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Institut Pasteur de Madagascar

BP 1274 - 101 Antananarivo

Tel (261 20) 22 412 72/74

Fax (261 20) 22 415 34

E-mail [email protected]

Site Web www.pasteur.mg

Réseau International des Instituts Pasteur

RAPPORT D’ACTIVITES

2014

1

Table des matières

Organigramme 2

Préambule 3

Laboratoires, unités et services 8

Activités de recherche 33

Activités de diagnostic, de santé publique et de service 118

Formation scientifique : Etudiants, stagiaires & scientifiques accueillis 156

Publications du personnel de l’Institut Pasteur de Madagascar en 2014 164

2

DIRECTEUR DIRECTEUR ADJOINT

DIRECTEURADMINISTRATIF ET

FINANCIER

DIRECTION

CENTRE DE BIOLOGIE CLINIQUE

LABORATOIRE D'HYGIENE DES ALIMENTS ET DE

L'ENVIRONNEMENT

UNITES DE RECHERCHE

Service Médical- Centre International de Vaccination- Centre de Traitement Antirabique- Médecine du Personnel - Dispensaire

COMEDOC

Service Qualité

Bactériologie Expérimentale

Epidémiologie

Entomologie Médicale

Immunologie des Maladies Infectieuses

Paludisme

Virologie

Helminthiases

Peste

Mycobactéries

Laboratoire Central de la Bilharziose

Laboratoire Central de la Peste

Laboratoire National de Référence des Mycobactéries

Ministère de la Santé PubliqueDirection des Urgences et de la Lutte contre les Maladies Négligées

Service Ressources Humaines

Service des Achats

Service des Approvisionnements

Service Comptabilité

Service Moyens Généraux

Service Informatique

Conseil de Perfectionnement

INSTITUT PASTEURPARIS

MINISTERE DE LA SANTE PUBLIQUE

Organigramme

3

PréambuleL’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est l’établissement scientifique malgache sans but

lucratif et reconnu d’utilité publique du réseau international des instituts Pasteur. Créé en

1898 et régit par la convention de 1961 qui lie l’Institut Pasteur à Paris et le Ministère de la

santé de Madagascar, il remplit des missions

de santé publique au travers de ses centres de référence OMS ou nationaux,

d’expertises, d’investigations d’épidémies et d’interventions,

de recherche directement appliquée aux priorités de santé nationales, essentiellement

en microbiologie et en épidémiologie des maladies infectieuses,

de formation et d’enseignement, et

de diagnostic et la lutte au bénéfice direct de la population (Centres de traitement

antirabique, Centre International de Vaccination, Centre de Biologie Clinique - CBC,

Laboratoire d’Hygiène des Aliments et de l’Environnement - LHAE).

L’IPM est à la disposition du Ministère de la santé publique de Madagascar pour réaliser les

études et enquêtes qu’il lui demanderait. Ses activités s’étendent à Madagascar et aux pays

de l’Océan Indien. Elles sont soumises à une politique d’assurance qualité ; Plusieurs

laboratoires ou activités sont accrédités (COFRAC, OMS/WHO…). Ses thèmes d’étude

portent sur les grandes endémies présentes à Madagascar (paludisme, bilharzioses,

cysticercose, tuberculose, peste, poliomyélite, grippe, rage, rougeole), les anthropo-zoonoses

et maladies transmises par vecteurs (leptospirose, rickettsiose, dengue, chikungunya, fièvre

de la vallée du rift, hantavirose…), les résistances (aux antipaludiques, antibiotiques et

insecticides), les causes et déterminants des syndromes infectieux respiratoires et digestifs.

En pratique, l’ensemble des pathologies auxquelles la population malgache est confrontrée

peut faire l’objet des travaux de l’Institut. Ainsi, les causes de décès et leurs déterminants

sont étudiés au sein d’une cohorte d’environ 70.000 personnes dans le district de

Moramanga. L’hypertension artérielle et le diabète, des déterminants importants de la

mortalité, ont été des sujets de recherche épidémiologique.

Pour remplir ses missions, l’IPM dispose de larges capacités scientifiques en biologie et

biochimie, parasitologie, microbiologie, virologie, immunologie, biologie moléculaire,

entomologie, mammalogie, épidémiologie, informatique, télédétection, modélisation

mathématique, gestion et analyse des données spatialisées, recherche clinique mais aussi

en économie de la santé, démographie, sociologie et anthropologie. L’IPM a aussi des

capacités de support importantes en gestion administrative et financière, logistique,

informatique, assurance qualité et communication. Ces capacités et ces missions sont

4

portées par plus de 500 personnes qui œuvrent au quotidien pour la santé des populations,

l’avancée des connaissances et le développement économique de Madagascar.

En termes d’organisation, l’IPM a connu plusieurs restructurations en 2014. Pour des raisons

de pratiques, de qualité et de production scientifique, l’Unité d’immunologie a été dissoute et

fusionnée avec l’Unité d’immunologie du paludisme pour former une Unité d’immunologie des

maladies infectieuses. Cette réorganisation a été l’occasion d’un renforcement des bonnes

pratiques de laboratoire et de l’encadrement des étudiants, et d’une meilleure focalisation des

recherches sur des sujets pertinents et prioritaires, conformément aux recommandations du

conseil scientifique. Les engagements pris seront cependant globalement respectés,

alourdissant la tâche du responsable de la nouvelle unité. Le laboratoire d’épidémio-

surveillance des maladies des crevettes (LES) avait été créé pour répondre à une demande

des autorités et du groupement des éleveurs et pêcheurs de crevettes. Les commandes des

autorités et des acteurs économiques n’ont jamais été au niveau de ce qui était prévu dans

les contrats et accords, empêchant ce laboratoire d’atteindre l’équilibre financier. Par ailleurs,

les autorités et les acteurs de la filière n’ont pas soutenu le laboratoire comme il aurait pu ou

dû l’être lorsque la maladie du « White spot » est apparu à Madagascar. Pour ces raisons, en

attendant d’arrêter éventuellement son activité, le LES a été intégré au laboratoire d’hygiène

des aliments et de l’environnement (LHAE). Cela a permis à l’emploi des locaux et des

équipements d’être mieux rationalisé, et au personnel du LES de retrouver un niveau

d’activité suffisant pour maintenir et développer ses compétences.

En 2014, l’IPM a commencé à accueillir une équipe de l’agence « SoftPower Solutions » pour

mettre sur pied et professionnaliser ses fonctions de communication interne et externe.

En septembre 2014, l’IPM s’est doté d’un spectromètre de masse MALDI-TOF Microflex®

Bruker™ pour le diagnostic microbiologique. Il permet d’améliorer la rapidité et la qualité du

diagnostic, et d’en diminuer le coût. Par cet équipement, l’IPM entre de plein pied dans la

microbiologie du XXIème siècle avec une technologie qui est rare dans l’Océan indien et en

Afrique subsaharienne ; moins de quatre équipements de ce type sont actuellement utilisés

dans ces zones. Au-delà du diagnostic microbiologique médical ou environnemental et

alimentaire, cet appareil pourra être utilisé en mycologie, virologie et entomologie.

En termes de santé publique, l’IPM a continué à être une référence pour les autorités

sanitaires nationales et internationales. L’apport de l’IPM est important sur les plans

d’expertise scientifique et technique, mais aussi en forces d’actions directes dans les

populations. Fin décembre 2013 et au début de l’année 2014, jusqu’à cinq foyers distincts de

peste ont fait l’objet d’interventions majeures de l’IPM. La létalité élevée observée au cours

de ces épidémies témoigne de la difficulté du système de santé à prévenir, détecter et traiter

à temps les cas de peste, et à intervenir efficacement sur le terrain. Dans ce contexte

particulièrement difficile pour le pays et les populations, l’IPM a joué un rôle de premier plan,

5

bien au-delà de son rôle de conseiller, s’investissant lourdement dans la lutte sur le terrain,

que ce soit pour la recherche active des cas en faisant du porte à porte, le diagnostic, le

traitement et la coordination des interventions. Cette action qui n’a pas été médiatisée a

permis d’éviter que l’impact des épidémies soit le plus limité possible, et qu’elles ne

débordent pas sur les grands centres urbains. Elle n’a peut-être pas été appréciée à sa juste

valeur. Plus généralement, bien que l’expertise et les capacités de l’IPM soient appréciées

par le Ministère de la santé comme par ses partenaires techniques et financiers, l’IPM ne

reçoit en retour, le plus souvent, qu’un soutien très en deçà de son engagement. Cela peut

en partie être expliqué par la crise économique et sociale que traverse Madagascar, et n’est

pas sans questionner la durabilité du niveau d’engagement de l’IPM que ses moyens propres

lui permettent de plus en plus difficilement d’assurer.

Sur le plan scientifique, l’année 2014 a été marquée par le développement ou la continuation

de nombreux programmes de recherche dont les fiches descriptives constituent l’essentiel du

présent rapport. Il s’agit de plus en plus souvent d’études de grande ampleur, c’est par

exemple le cas du projet PALEVALUT sur cinq pays (Madagascar, Bénin, Cameroun, Niger

et Côte d’Ivoire) piloté par l’IPM au sujet de l’efficacité des mesures de lutte contre le

paludisme et de ses déterminants, de l’étude ZORA qui continue à explorer les zoonoses à

Madagascar, ou le projet « PAUSENS » d’évaluation de la prévalence de la bilharziose, des

géo-helminthiases et de la filariose, ainsi que de l’efficacité de la stratégie de lutte

actuellement déployée.

En 2014, le personnel de l’IPM a publié 48 articles dans des revues scientifiques référencées,

à comité de lecture. Le nombre et la qualité des publications de l’IPM continuent à augmenter

d’années en années.

Nombre et Impact Factor des publications du personnelde l'Institut Pasteur de Madagascar

05

101520253035404550

2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014

≥ 10

5-9,99

4-4,99

3-3,99

2-2,99

1-1,99

<1

Impact factor

6

Pour mener ses travaux, l’IPM obtient ses moyens d’une part de son activité économique

(Centre de biologie clinique, LHAE, centre international de vaccination) et d’autre part de

contrats ou de subventions de recherche. Entre 2011 et 2014, les moyens mis en œuvre par

l’IPM pour ses travaux sur projet ont doublé. Parmi ses bailleurs de fonds, ce sont les

institutions américaines et françaises qui soutiennent le plus l’IPM. Que tous ses bailleurs

soient ici tous remerciés de leur soutien.

Evolution des dépenses sur projets et des sources de financementde l'Institut Pasteur de Madagascar.

Enfin, l’IPM continue à assurer sa mission de formation. Au-delà des nombreux cours qui

sont organisés à l’IPM ou auxquels du personnel de l’IPM participe à l’Université, le nombre

de stagiaires accueillis à l’IPM est resté élevé, plus de 140 en 2014, dont plus d’une

soixantaine en troisième cycle d’études universitaires (thèses, master-DEA et internat).

2010 2011 2012 2013 2014

Privé non lucratif

Institut Pasteur (Paris et réseauinternational)Institut Pasteur de Madagascar

Madagascar (Ministère de laSanté)Public (Suisse, Monaco,Allemagne, Japon)Grande-Bretagne (MRC-WellcomeTrust-Univ)Industrie (Sanofi-GSK-Total-Chimie)Multilateral (COI-UNICEF-OMS-BAD-FM-BM-EDCTP-FIND-UE)France (MAE-MRES-FEI-ANR-Univ-CNES-CIRAD-CRVOI)USA (USAID-CDC-Univ-DHHS)

7

Nombre de stagiaires accueillis à l'Institut Pasteur de Madagascar

En conclusion du préambule de ce rapport, je tiens à souligner la dynamique dans laquelle

l’IPM s’est engagé au cours des dernières années. Elle a nécessité des efforts importants du

personnel et le soutien de nombreux bailleurs. Elle a aussi nécessité le recrutement de

nombreuses personnes au point de doubler les effectifs de l’Institut entre 2011 et 2014. Cela

a un effet sur la vie de l’Institut. L’intégration des nouveaux arrivants et la transmission des

valeurs pasteuriennes est un défi relevé par les « anciens » et la direction. L’Institut Pasteur

de Madagascar connait une mutation. Cela le fragilise. Il reste cependant fidèle à ses valeurs

et est résolument tourné vers l’avenir avec l’ambition de mener ses actions au bénéfice de la

population de Madagascar au meilleur niveau scientifique et technique, un niveau de classe

internationale.

Pr Christophe ROGIER

Directeur de l’Institut Pasteur de Madagascar

0

20

40

60

80

100

120

140

160

2010 2011 2012 2013 2014

Theses malgaches

Master-DEAmalgaches

Internatmalgaches

Tech. & paraméd.publics malgaches

Tech. & paraméd.privés malgaches

DU, Master,These étrangers

8

Laboratoires, unités et services

Centre de biologie clinique.............................................................................................................. 9

Laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement ............................................................ 11

Unité de bactériologie expérimentale ............................................................................................ 13

Unité d’entomologie médicale ....................................................................................................... 14

Unité d'épidémiologie.................................................................................................................... 16

Unité des helminthiases................................................................................................................ 19

Unité d’Immunologie des Maladies Infectieuses............................................................................ 20

Unité des mycobactéries............................................................................................................... 22

Unité de la peste........................................................................................................................... 24

Unité de virologie .......................................................................................................................... 28

Service médical............................................................................................................................. 32

(crédit R. Carayol)

9

Centre de biologie clinique

Le centre de biologie clinique (CBC) remplit les missions d’un Laboratoire d’Analyses Biomédicales polyvalent au service du public en lui offrant le plus large éventail possible d’analyses médicales réalisées dans les meilleures conditions de rapidité, de coût et de fiabilité, sous démarche qualité, incluant des contrôles externes réguliers. Dans ce cadre, le CBC est un observatoire biologique dont les résultats peuvent servir à adapter les politiques nationales de traitement de certaines affections. Il a aussi pour mission de soutenir sur le plan biologique et en particulier microbiologique, les activités de recherche des autres unités de l’IPM. Le CBC a enfin une mission de formation, que ce soit dans le cadre du stage validant obligatoire des internes en biologie médicale ou dans celui de la formation de techniciens. Le CBC est centre national de référence des salmonelles, des shigelles et de vibrio cholerae.

Le plateau technique du CBC est divisé en 5 secteurs : hématologie, bactériologie, immuno-sérologie, biochimie et anatomo-cytopathologie (laboratoire d'anatomie et de cytologie pathologiques, LACP). Le panel des analyses réalisées est présenté dans le catalogue du laboratoire qui est en ligne (http://www.pasteur.mg/). Un manuel de prélèvement et catalogue des analyses avec toutes les recommandations relatives à l’étape pré-analytique des analyses est aussi disponible en ligne et au laboratoire.

Les activités de diagnostic du CBC sont présentées dans les fiches CBC et LACP.

Le CBC travaille en collaboration avec les autres unités de recherche de l’Institut. En 2014, les activités de recherche du laboratoire portaient sur :

- La prévalence du diabète et de ses facteurs associés, et état des lieux de la prise en charge des patients diabétiques, au sein de l’observatoire de population à Moramanga, Madagascar.

- Le projet ChARLI ou Children’s Antibiotic Resistant infections in Low Income countries: fiche ChARLI- Le projet IMMI ou « Facteurs associés à la gravité des infections par le virus de la grippe, souche

A/H1N1pdm 2009 incluse, dans les pays en voie de développement » : fiche IMMI.- L’enquête nationale sur l’iode et le sel à Madagascar : fiche ENISM 2014

L’année 2014 a été marquée par une augmentation de 21% des activités du laboratoire, cette hausse correspond surtout aux activités du centre de prélèvement.

Personnel du serviceCadres scientifiques

- Frédérique Randrianirina, MD, Responsable du service- Elisoa Hariniaina Ratsima, MD, adjointe au chef de service- Lovasoa Ramparany, MD, adjointe au chef de service- Clairette Raharisolo Vololonantenaina, MD, adjointe, responsable du LACP

Personnel permanent- Cadres médico-technique 3- Surveillante 1- Responsable qualité 1- Correspondant qualité 1- Techniciens de laboratoire 22 + 3 (LACP)- Secrétaires 12 + 1 (LACP)- Aides techniciens 3

- Agents de laboratoire 2 + 1 (LACP)

Stagiaires - Internat qualifiant 5- Techniciens de laboratoire 02 - Autres stagiaires 20

Productions scientifiques

Publications- Rindra Vatosoa Randremanana*, Frédérique Randrianirina, Philippe Sabatier, Hanitra Clara

Rakotonirina,Arthur Randriamanantena, Iony Manitra Razanajatovo, Rila Ratovoson, and Vincent Richard. Campylobacter infection in a cohort of ruralchildren in Moramanga, Madagascar. BMC Infect Dis. 2014;14:372.

- Frédérique Randrianirina, Elisoa Ratsima Hariniana, Lova Ramparany, Rindra Randremanana, Hanitra Clara Rakotonirina, Tahiry Andriamanantena, Fanjasoa Rakotomanana, Soatiana

(http://www.pasteur.mg/). Un manuel de pr�l�vement et catalogue des analyses avec toutes les

10

Rajatonirina, Vincent Richard and Antoine Talarmin. Antimicrobial resistance of bacterial enteropathogens isolated from stools in Madagascar. BMC Infect Dis. 2014;14:104.

- Bodo Linz, Clairette Romaine Raharisolo Vololonantenaina, Abdoulaye Seck, Jean-François Carod, Daouda Dia, Nenoît Garin, Rado Manitrala Ramanampamonjy, Jean-Michel Thiberge, Josette Raymond, Sébastien Breurec. Population Genetic Structure and Isolation by Distance of Helicobacter pylori in Senegal and Madagascar. PLoS One. 2014;9(1):e87355

- Nomeharisoa Rodrigue Emile Hasiniatsy, Clairette Raharisolo Vololonantenaina, Hary Fanambinantsoa Rabarikoto, Narindra Razafimanjato, Hasina Dina Ranoharison, Joelson Lovaniaina Rakotoson, Luc Hervé Samison, Florine Rafaramino. First results of hormone receptors’ status in Malagasy women with invasive breast cancer. Pan Afr Med J. 2014;17:153.

Communications orales : Néant

Activité de formation, d'enseignement ou d'expertise : Formation pratiques et théoriques des internes en biologie médicales et élèves techniciens de laboratoire et de l’ISPM.

Entrée du centre de biologie clinique (RdC) et du bâtiment de la direction de l’Institut (décembre 2013)

Centre de prélèvement dans la zone commerciale Zoom à Ankorondrano, Antananarivo (janvier 2014)

11

Laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement

Le laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement (LHAE) est un laboratoire dont les activités de diagnostic sont axées sur la surveillance des risques sanitaires liés à l’alimentation, aux eaux et à l’environnement. Il est centre national de référence des salmonelles, des shigelles et de vibrio cholerae,conjointement avec le centre de biologie clinique de l’Institut Pasteur de Madagascar.

Accrédité COFRAC sur la microbiologie des eaux et des aliments (portée disponible sur www.cofrac.fr),il permet notamment, le contrôle microbiologique pour l’exportation des produits agro-alimentaires malagasy, et contribue ainsi au développement économique et social du pays.

Reconnu par le Ministère de la Pêche et le Ministère de l’Elevage, il est le laboratoire officiel pour le contrôle bactériologique à l’export des produits halieutiques et assure le plan national de surveillance des vibrions sur les produits de la mer.

Il collabore avec les professionnels de l’agro-alimentaire pour un renforcement des capacités analytiques au plan national, notamment par des formations organisées auprès des laboratoires d’autocontrôles. Il continue à développer une expertise locale dans le domaine de la sécurité sanitaire des eaux et des aliments. Il participe ainsi à la surveillance et au contrôle des principales maladies entériques infectieuses liées à l’alimentation.

Ses principales activités - La sécurité alimentaire : prélèvements, analyses microbiologiques et mycotoxines,

accompagnement - conseils auprès des entreprises, audits bonnes pratiques d’hygiène, audits HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point, i.e. Analyse des dangers - points critiques pour leur maîtrise), audits ISO 22000. Cela concerne les industries agro-alimentaires, les artisans, les producteurs agricoles, les métiers de bouche (restaurateurs, pâtissiers, bouchers, traiteurs…), les métiers de distribution.

- La sécurité sanitaire de l’eau : prélèvements, analyses microbiologiques et chimiques des eaux de consommation, des eaux de rejets, des eaux superficielles, des eaux chaudes sanitaires (Legionella pneumophila) et des eaux techniques. Cela concerne les distributeurs d’eau, les établissements hôteliers, les industriels, les particuliers et tout projet ayant un impact sur l’environnement.

- La formation aux professionnels : techniques d’analyses microbiologiques de base et bonnes pratiques de laboratoire, pratique de l’assurance qualité en laboratoire; sécurité alimentaire, i.e.bonnes pratiques d’hygiène et HACCP. Cela concerne le personnel des entreprises en relation avec l’agroalimentaire (production ou vente), le personnel de laboratoire et les responsables production ou qualité.

L’année 2014 a été marquée par les faits suivants :

- Décembre : Mise en place du dosage de l’iode urinaire (méthode modifiée en microplaque) et de la

standardisation selon l’Equip (ensuring the quality of urinary iodine procedures) et visite du coordinateur régional pour l’Afrique Australe d’ICCIDD (international council control of iodine deficiency disorders)

Début des dosages des 1760 échantillons d’urine dans le cadre du programme de lutte contre les troubles dus à la carence en iode (UNICEF).

Visite de l’expert en commerce international du programme SmartFish, œuvrant pour la valorisation des produits de la pêche et pour le renforcement des capacités analytiques, notamment dans l’Océan Indien.

- Novembre : Participation au cours de bactériologie médicale organisé par le Réseau des Instituts Pasteur et

l’Institut Pasteur de Madagascar du 17 au 28 novembre 2014. Participation aux 4èmes journées scientifiques de l’agro-alimentaire en Océan Indien organisé par

le réseau QualiREG du 24 au 28 novembre 2014 à Antananarivo.

- Octobre : Participation à l’atelier d’échanges sur la qualité de l’eau, organisé par le réseau d’appui aux acteurs du secteur « Eau et assainissement à Madagascar », Programme Solidarité Eau (Pseau).

- Août : Début de la campagne d’analyse sur site, qualité des eaux de puits, programme de Santé Mahefa, USAID.

- Juillet :

www.cofrac.fr

12

Audit d’extension COFRAC (portée disponible sur www.cofrac.fr), en LABGTA23 relatif à la microbiologie des eaux.

Intégration du Laboratoire d’Epidémio -Surveillance des maladies des crevettes au LHAE

- Mai : Participation au 10ème salon de la FIM (Foire Internationale de Madagascar) du 15 au 18 mai 2014, Tanjombato.

- Avril : Exécution de l’appel d’offre – contrôle sanitaire des eaux d’adduction JIRAMA et Water Aid.

- Mars : Renforcement des capacités de surveillance des réseaux d’eaux d’adduction ou des systèmes d’assainissement.

- Février : Le laboratoire a été présélectionné suite à l’appel à manifestation d’intérêt des autorités malagasy

pour le renforcement des laboratoires d’analyses travaillant dans le domaine de la sécurité sanitaire des aliments.

Participation à une conférence sur les toxi-infections alimentaires (TIAC), organisée par la Mutuelle de Santé, Antsirabe, 26 février 2014.

- Janvier : Suivi de la qualité bactériologique des eaux du lac de Mandroseza et de l’usine de production d’eau d’Antananarivo, en collaboration avec la JIRAMA.

Personnel du laboratoire Cadres scientifiques

- Alexandra Bastaraud-Célestin, chef de service - Noro Ravaonindrina N, MD, adjointe au chef de service

Personnel permanent - Responsables techniques 3- Responsable qualité 1- Conseiller clientèle 1- Surveillant 1

- Techniciens 5- Secrétaires 1- Agents de production 4- Agents de laboratoire 4

Stagiaires- Master et plus 9- Licence 14- Techniciens supérieurs 2

Communications orales ou affichéesRavaonindrina N, Solofondrazaitsoa R, Goulzaraly S, Razanajatovo I, Bastaraud A. Contribution à l’étude de la qualité microbiologique de la viande commercialisée dans la Communauté Urbaine d’Antananarivo. 4èmes

journées scientifiques de l’agro-alimentaire en Océan Indien à Madagascar, qualiREG. Antananarivo, 24 au 28 novembre 2014.

Activité de formation, d'enseignement ou d'expertise- Formations données : 7

o Formation théorique et pratique en techniques microbiologiques de base pour l’analyse de l’eau. (3)

o Formation théorique et pratique en techniques microbiologiques de base pour l’analyse des aliments. (3)

o Formation sur les bonnes pratiques de laboratoire, l’audit et le contrôle qualité en IAA (1).- Formations reçues : 3

o Formation qualité à la NF EN ISO 17025 (ensemble du personnel)o Master II, sciences de la santé, de l’environnement, du territoire et de la société, UVSQ/AUFo Workshop : « Structuration d’un dispositif administratif et scientifique d’évaluation des risques

sanitaires et phytosanitaires à Madagascar », EDES COLEACP- Appartenance/participation à des groupes ou comités d’experts nationaux :

o Participation aux réunions du Codex alimentarius de Madagascar sur la création de la loi alimentaire malagasy et l’élaboration des projets de textes réglementaires régissant les produits alimentaires malagasy.

o Membre du global foodborn infections network de l’OMS (GFN), impliqué dans la surveillance mondiale des infections d’origine.

o Membre du groupe de travail pour le programme EDES-COLEACP pour la Sécurité sanitaire des Aliments – chef de groupe dans la dimension « processus opérationnel ».

www.cofrac.fr

13

Unité de bactériologie expérimentale

L’unité de bactériologie expérimentale mène des travaux de recherche sur les résistances des bactéries aux antibiotiques et leurs mécanismes, sur le diagnostic et l’épidémiologie moléculaire des bactéries isolées chez l’homme, l’animal et l’environnement, ainsi que sur des bactéries responsables de maladies négligées comme la mélioïdose. Elle met en œuvre des techniques de microbiologie classiques et moléculaires, et a récemment acquis un spectromètre de masse de type MALDI-TOF pour l’identification bactérienne.

Les projets de recherche qu’elle a menés en 2014 portaient sur les thématiques suivantes :Résistances aux antibiotiques- Etude des environnements génétiques des gènes de résistance de bactéries gram négatif : fiche

BGNBMR.- Etude de la dynamique des résistances aux antibiotiques en milieu communautaire : fiche DynRMC.- Etude de la dynamique de transmission des bactéries multi-résistantes (BMR) en néonatalogie : fiche

ChART- Projet ChARLI (children’s antibiotic resistant infections in low income countries) : fiche ChARLI- Mise au point de tests de diagnostic rapide (LAMP) pour la détection des R aux antibiotiques : fiche

LAMPIKMaladies négligées- Etude de la Mélioïdose : fiche HMelioid.

Personnel de l’unité (hors projet ChARLI)Cadre scientifique

- Benoit GARIN (jusqu’à fin août), remplacé par Jean-Marc COLLARD (depuis le 15 septembre) : responsable du laboratoire

Personnel permanent- Technicienne de laboratoire 1

Prestataires- Enquêtrice 1

Stagiaires- Thèses de Sciences 3- Thèse d’exercice 1

Activités de formation, d’enseignement et d’expertiseCours international de bactériologie médicale du 17 au 28 novembre 2014, à l’Institut Pasteur de

Madagascar, à Antananarivo.Participation à l’organisation et la gestion des cours théoriques et pratiques.

2 cours donnés par le Dr JM Collard Outils moléculaires en bactériologie médicale Les méningites bactériennes en Afrique sub-saharienne

2 cours donnés par le Dr B Garin Infections Communautaires Infections nosocomiales

http://www.pasteur.fr/fr/enseignement/cours-du-reseau-international/tous-les-cours-du-riip/cours-2014

Productions scientifiquesPublications

- Bialek-Davenet S, Criscuolo A, Ailloud F, Passet V, Jones L, Delannoy-Vieillard AS, Garin B, Le Hello S, Arlet G, Nicolas-Chanoine MH, Decré D, Brisse S. Genomic definition of hypervirulent and multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae clonal groups. Emerg Infect Dis. 2014;20(11):1812-20.

- Garin B, Djaomazala I, Dubois-Cauwelaert N, Mahafaly, Raharimanga V, Ralison F, Herindrainy P, Andriamalala NC, Sarovich DS, Mayo M, Kaestli M, Currie BJ. Autochthonous melioidosis in humans, Madagascar, 2012 and 2013. Emerg Infect Dis. 2014;20(10):1739-41.

Spectromètre de masse de type MALDI-TOF (Microflex®) utilisé pour le diagnostic

microbiologique et entomologique (sept. 2014)

http://www.pasteur.fr/fr/enseignement/cours

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Unité d’entomologie médicale

L’unité d'entomologie médicale mène des activités de Recherche (fondamentale et opérationnelle), de Santé Publique (Protocole mis au point avec le Ministère de la Santé, intervention en cas d’épidémies, en particulier peste et paludisme) et de Formation (formation d’étudiants et de professionnels via des stages ou des cours spécialisés).

Ses activités de recherche portent sur l’identification des vecteurs potentiels impliqués dans la transmission du paludisme (historiquement et actuellement la majorité de l’activité), les vecteurs potentiels d’arbovirus et leurs suivis pour une meilleure compréhension des épidémies d’arboviroses (Fièvre de la Vallée du Rift - FVR , infections à virus West Nile), le rôle des puces dans les épidémies de peste, l’évaluation des risques de diffusion des maladies vectorielles et l’étude des interactions entre leurs différents acteurs (vecteurs, hommes, réservoirs et pathogènes) dans leur environnement pour mieux en comprendre l’épidémiologie. La mise en œuvre de ces activités se fait à travers des projets multidisciplinaires menés avec les différentes unités de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) (peste, paludisme, virologie et épidémiologie) et en collaboration avec des institutions de recherche ou de santé publique œuvrant au niveau national (Ministère de la santé publique, Ministère de l’élevage, Universités, Associations), régional (CRVOI) et international (Réseau International des Instituts Pasteur, IRD, CIRAD, OMS, USAID, RTI).

En collaboration avec le Ministère de la santé publique et différentes unités de l’IPM, l’unité est également impliquée dans la surveillance des vecteurs d’arboviroses (FVR et infections à virus Chikungunya), du paludisme et de la peste, et dans l’évaluation de la sensibilité/résistance des vecteurs aux insecticides utilisés dans les programmes de lutte.

Les différents sites d’études et la plateforme du laboratoire d’entomologie médicale offrent de nombreuses possibilités pour la formation de jeunes chercheurs, d’étudiants et de techniciens.

En 2014, les activités de recherche de l’unité portaient sur : - extraction d’ADN pour la détection de Yersinia pestis & les Puces selvatiques vectrices de la peste :

fiche Entomo-PESTE- surveillance des puces et des rats dans les ports de Mahajanga (Madagascar) et de Mayotte : fiche

PUCES-ARSOI- évaluation de l’efficacité opérationnelle des stratégies de lutte antivectorielle contre le paludisme et de

ses déterminants : fiche PALEVALUT- évaluation d’un nouveau produit insecticide, le chlorfenapyr, dans les cases pièges : fiche Eval-Cases- suivi longitudinal des moustiques vecteurs du virus West Nile à Mitsinjo : fiche WNV-Vectors- analyse de la relation entre transmission entomologique des Plasmodium et poids épidémiologique du

paludisme : fiche USAID.

Personnel de l’unitéCadres scientifiques :- Sébastien BOYER, chef d’unité, PhD - Jocelyn RATOVONJATO, Adjoint, MD

Post-doc, Stagiaire de recherche PSRL :- Mireille Harimalala, - Fara Nantenaina Raharimalala - Fano José Randrianambinintsoa- Michael Luciano Tantely

Personnel permanent- Techniciens 04- Surveillant 01- Project manager 01- Secrétaire 01- Aide-techniciens 02

Stagiaires- Techniciens 06- Thèse de sciences 03- Master 2 02- DEA 01- PICS 08

Productions scientifiquesPublications- Boyer S, Miarinjara A & Elissa N. Xenopsylla cheopis (Siphonaptera: Pulicidae) susceptibility to

Deltamethrin in Madagascar. PLoS One. 2014;9(11):e111998.- Boyer S, Tantely ML, Randriamaherijaona S, Andrianaivolambo L & Cardinale E. Mosquitoes sampling

strategy for studying West Nile Virus Vectors in Madagascar: Abundance, Distribution and Methods of Catching in High Risk Areas. Archives Institut Pasteur Madagascar, 2014, 71:1-4.

- Ratovonjato J, Rajerison M, Rahelinirina S & Boyer S. Yersinia pestis in Pulex irritans fleas during outbreak, Madagascar. Emerging Infectious Diseases 2014 20:1414-1415.

15

- Boyer S, Foray C & Dehecq JS. Spatial and temporal heterogeneities of Aedes albopictus density in La Reunion Island: Rise and weakness of entomological indices. PLoS One, 2014. 9 (3), e91170.

- Gouagna LC, Kerampran R, Lebon C, Brengues C, Toty C, Wilkinson D, Boyer S, Fontenille D. Sugar-source preference, sugar intake and relative nutritional benefits in Anopheles arabiensis males. Acta tropica, 2014. 132:S70-S79

- Ratovonjato J, Randrianarivelojosia M, Rakotondrainibe ME, Raharimanga V, Andrianaivolambo L, Le Goff G, Rogier C, Ariey F, Boyer S, Robert V. Entomological and parasitological impacts of Indoor residual spraying with DDT, alphacypermethrin and deltamethrin in the western foothill area of Madagascar. Malar J. 2014 Jan 14;13:21.

- Nicolas G, Chevalier V, Tantely ML, Fontenille D, Benoit D. A spatially explicit metapopulation model and cattle trade analysis suggests key determinants for the recurrent circulation of Rift Valley fever virus in a pilot area of Madagascar highlands. PLoS Negl Trop Dis. 2014; 8(12): e3346.

Communications orales- Miarinjara A., Tata E., Ramihangihajason T. R. Rajaonarimanana M., Boyer S - Sensibilité actuelle de la puce

Xenopsylla cheopis à l’insecticide Deltaméthrine à Madagascar In Congrès Scientifiques de la Faculté de Médecine de l’Université d’Antananarivo, 2014, Madagascar

- TNJJ Nepomichene, SHJ Velonirina, F Randrianaivo, C Bourgouin, S Boyer Influence de l’âge de la population des moustiques sur la transmission du Plasmodium In Congrès Scientifiques de la Faculté de Médecine de l’Université d’Antananarivo, 2014, Madagascar

- S Randriamaherijaona, THNJJ Népomichène, L Andrianaivolambo, F Maminirina, S Boyer. Rémanence du bendiocarbe en pulvérisation intra-domiciliaire à Madagascar : étude dans les cases expérimentales In CongrèsScientifiques de la Faculté de Médecine de l’Université d’Antananarivo, 2014, Madagascar

- J Ratovonjato, S Boyer. Utilisation intensive d’insecticides chimiques dans le cadre de l’élimination du paludisme à Madagascar : situation actuelle de la sensibilité des Anophèles vecteurs aux insecticides In Congrès Scientifiques de la Faculté de Médecine de l’Université d’Antananarivo, 2014, Madagascar

- Randrianambinintsoa FJ, Boyer S & Depaquit J - Les vecteurs potentiels de la Leishmaniose identifiés à Madagascar représentent-ils un danger pour les santés humaine et animale? In Congrès Scientifiques de la Faculté de Médecine de l’Université d’Antananarivo, 2014, Madagascar (orale).

Communications affichées- Adélaïde Miaranjara, Sanjiarizaha Randriamaherijaona, Thiery Nirina Jean-José Nepomichene. Les puces et les

maladies qu’elles provoquent chez l’homme. Journée Mondiale de la santé 2014 « Les maladies à transmission vectorielle ».15 avril 2014. Antananarivo, Madagascar

- Sanjiarizaha Randriamaherijaona, Thiery Nirina Jean-José Nepomichene. Les moustiques transmetteurs de microbe. Journée Mondiale de la santé 2014 « Les maladies à transmission vectorielle ». 15 avril 2014 Antananarivo, Madagascar

- Sanjiarizaha Randriamaherijaona , Thiery Nirina Jean Jose Nepomichene, Jade Assoukpa, Yoann Madec, Sébastien Boyer. First trial with experimental huts in Madagascar: the perfect tool to evaluate insecticide durability in the field. Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network, Paris, September 10-13, 2014

- Raharimalala, F. N., Boukraa, S., Bawin, T., Zimmer, J.-Y., & Francis, F. (2014, July 15). Molecular detection of six high importance endosymbiotic bacteria in Belgian wild-caught mosquitoes. Poster session presented at The Seventh International Symposium on Molecular Insect Science, Amsterdam, and Pays-Bas. http://hdl.handle.net/2268/171330

- Raharimalala, F. N., Boukraa, S., Bawin, T., Zimmer, J.-Y., & Francis, F. (2014, April 10). Phylogenetic study of Aedes albopictus and Aedes koreicus (Diptera, Culicidae) origin, two invasive mosquito species in Belgium. Poster session presented at 9th Conference Louis Pasteur Emerging Infectious Diseases, Paris, France. http://hdl.handle.net/2268/165780

Principales implications dans des institutions nationales ou internationalesLa Réunion : projet - Animal Risk IIParis : Réunion « Malaria - RIIP

Cases pièges pour expérimentations en condition naturelle, zone de Moramanga

http://hdl.handle.net/2268/171330

http://hdl.handle.net/2268/165780

16

Unité d'épidémiologie

L’unité d’épidémiologie mène des activités de recherche, de santé publique et de formation. Ses activités de recherche s’appuient sur la conduite d'études cliniques, sur la rédaction de protocoles d’étude jusqu’à l’analyse des données et la publication des résultats, sur des modélisations spatio-temporelles utilisant des Systèmes d’Information Géographique (SIG) appliqués à la santé, et sur la surveillance démographique au sein d’un observatoire en population dans le district de Moramanga. Ses activités de santé publique comprennent la surveillance épidémiologique avec notamment l’animation du réseau sentinelle de surveillance des maladies à potentiel épidémique et la participation à des investigations d’épidémies.

En termes d’activités de formation, l’unité accueille des internes de santé publique de l’Université d’Antananarivo, des stagiaires malgaches et étrangers dans le cadre de Masters, de travaux de thèses d’exercices et de thèses d’université. L’unité organise des formations sur les bonnes pratiques cliniques (BPC), en statistiques appliquées (Stata et R) et participe également aux ateliers organisés à l'Institut Pasteur de Madagascar (IPM). Depuis 2011, l’unité d’épidémiologie est un des sites d’accueil des stagiaires FETP (field an epidemiological training program) formés dans l’Océan Indien. L’unité participe à des enseignements magistraux de l’Université d’Antananarivo (par exemple : SIG et télédétection) et à l’Institut Pasteur à Paris (essais cliniques).

En 2014, les activités de recherche de l’unité portaient sur :- Réseau sentinelle des fièvres à Madagascar et son évaluation: fiches SENTFI et EVASENTFI.- Maladies diarrhéiques hospitalisées à Moramanga et Antananarivo: fiche MADIHO.- Malnutrition chronique et aigüe à Madagascar (prévalence, causes et interventions) : fiche MALNUT- Système de suivi démographique et sanitaire à Moramanga (Madagascar) : fiche SSDS.- Facteurs associés à la gravité des infections par les virus de la grippe à Antananarivo : fiche IMMI- Economie de Santé sur PEV et prise en charge Pneumonie communautaire : fiches PEV et i-CCM- L’hypertension artérielle à Moramanga : dépistage, risques et observance des traitements : fiche HTA- Prédiction des épidémies de paludisme par serveur cartographique : fiche MALPRED et MHEALTH- Etude SIG sur les zones priorisées pour l’aspersion intra-domiciliaire (paludisme): fiche GISVEC- Principaux pathogènes associés à la fièvre : fiche ETIOFEB- Etude de prévalence du Diabète à Moramanga : fiche Diabète- Enquête Nationale sur l’Iode et le Sel à Madagascar : fiche ENISM

L’année 2014 a été marquée par :- La réalisation de nombreux projets financés par l’USAID, en collaboration avec le CDC. Ce groupe de

projets comprend 17 sous projets qui s’étalent sur 5 ans (jusqu’en 2018). Les thématiques principales sont la surveillance épidémiologique, les étiologies des fièvres, la malnutrition, la santé materno-infantile, lepaludisme et l’entomologie médicale.

- L’expansion considérable de la cellule réalisatrice de projets (CRP) qui a permis de réaliser des projets communs avec d’autres unités de l’IPM ainsi qu’avec des partenaires extérieurs (UNICEF, CDC, BAsD).

- Des formations à l’utilisation de logiciels d’analyse statistiques (R et Stata).- Au total presque 130 personnes ont été employées ou en stage dans l’unité d’épidémiologie en 2014.

Personnel de l’unité Cadres scientifiques

-Piola Patrice, MD, PhD, responsable de l’unité-Rindra Vatosoa Randremanana, MD, PhD, adjointe, cellule Modélisation Spatio-temporelle-Fanjasoa Rakotomanana, MD, PhD, adjointe, cellule Système d'Information Géographique.-Aina Harimanana, MD, PhD, Responsable Cellule Réalisatrice de Projet

Personnel permanent- Médecins d'études cliniques . . . . . . . . . . 16- Médecins de surveillance . . . . . . . . . . . . . 3- Animatrice site sentinelle . . . . . . . . . . . . . . 3- Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . 24

Temporaire- Superviseurs d’enquête . . . . . . . . . . . 5- Administrateurs base de données . . . . 3- Project Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . 2- Secrétaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3- Technicien SIG . . . . . . . . . . . . . . . . . 2- Agent de saisie . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5- Enquêteurs, Lab et Superviseurs . . . . 44

Stagiaires - Thèse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6- Master 2 . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . 2- Master Pasteur CNAM . . . . . . . .. . . . . 1- Internes en Santé Publique . . . . . . . . . 2- Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2

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- Garin B, Djaomazala I, Dubois-Cauwelaert N, Mahafaly, Raharimanga V, Ralison F, et al. Autochthonous melioidosis in humans, Madagascar, 2012 and 2013. Emerging infectious diseases. 2014;20(10):1739-41.

- Kesteman T, Randrianarivelojosia M, Mattern C, Raboanary E, Pourette D, Girond F, et al. Nationwide evaluation of malaria infections, morbidity, mortality, and coverage of malaria control interventions in Madagascar. Malaria journal. 2014;13(1):465.

- Rajatonirina S, Rakotomanana F, Randrianasolo L, Razanajatovo NH, Andriamandimby SF, Ravolomanana L, et al. Early-warning health and process indicators for sentinel surveillance in Madagascar 2007-2011. Online journal of public health informatics. 2014;6(3):e197.

- Rakotosamimanana S, Mandrosovololona V, Rakotonirina J, Ramamonjisoa J, Ranjalahy JR, Randremanana RV, et al. Spatial analysis of pulmonary tuberculosis in Antananarivo Madagascar: tuberculosis-related knowledge, attitude and practice. PloS one. 2014;9(11):e110471.

- Ramarokoto CE, Kildemoes AO, Randrianasolo BS, Ravoniarimbinina P, Ravaoalimalala VE, Leutscher P, et al. Eosinophil granule proteins ECP and EPX as markers for a potential early-stage inflammatory lesion in female genital schistosomiasis (FGS). PLoS neglected tropical diseases. 2014;8(7):e2974.

- Randremanana RV, Randrianirina F, Sabatier P, Rakotonirina HC, Randriamanantena A, Razanajatovo IM, et al. Campylobacter infection in a cohort of rural children in Moramanga, Madagascar. BMC infectious diseases. 2014;14:372.

- Randrianirina F, Ratsima EH, Ramparany L, Randremanana R, Rakotonirina HC, Andriamanantena T, et al. Antimicrobial resistance of bacterial enteropathogens isolated from stools in Madagascar. BMC infectious diseases. 2014;14:104.

- Ratovonjato J, Randrianarivelojosia M, Rakotondrainibe ME, Raharimanga V, Andrianaivolambo L, Le Goff G, et al. Entomological and parasitological impacts of indoor residual spraying with DDT, alphacypermethrin and deltamethrin in the western foothill area of Madagascar. Malaria journal. 2014;13:21.

- Ratovoson R, Raharimanga V, Rakotosamimanana N, Ravaloson B, Ratsitorahina M, Randremanana R, et al. Increase in the number of tuberculosis cases treated following tuberculin skin testing in first-year schoolchildren in Madagascar. PloS one. 2014;9(4):e95494.

- Pourette D, Raharimanga V. Représentations et répercussions sociales d’un essai clinique à Madagascar. Sciences Sociales et Santé, 2014, 32 (2), p. 5-26.

Communications orales : - Videau C. Prévalence du diabète et ses facteurs associés, et état des lieux de la prise en charge des

patients diabétiques, au sein de l’observatoire de population de Moramanga, Madagascar. Mémoire de Master Sciences, Technologies, Santé Spécialité Santé Internationale ISPED Bordeaux. 16 Septembre 2014.

- Rakotoarison HA, Piola P, Rakotomanana F. Identification des zones prioritaires pour la Campagne d'Aspersion Intra Domiciliaire dans la lutte contre le paludisme à Madagascar. In : Andriamanarivo ML, dir. Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo « Recherche, Santé et Développement » ; 30 septembre-1-2- octobre 2014 ; Antananarivo, Madagascar. 2014.

- Rakotoarison HA, Piola P, Rakotomanana F. Identification des zones prioritaires pour la Campagne d'Aspersion Intra Domiciliaire dans la lutte contre le paludisme à Madagascar. In : Salamon R, dir. 1er Congrès de Recherche en Santé Publique de l’Océan Indien « Transitions épidémiologiques et sanitaires » ; 12-13 novembre 2014 ; Saint-Paul, La Réunion – France. 2014.

- Ratovoson R, Rabarisoa Rasetarinera O, Andrianantenaina I, Rogier C, Piola P, Pacaud P. L’hypertension artérielle chez les adultes âgés de 15 ans et plus à Moramanga. 1ère Journée Scientifique de Santé Publique. Akademia Malagasy Tsimbazaza Antananarivo 30 Mai 2014

- Ratovoson R, Rabarisoa Rasetarinera O, Andrianantenaina I, Rogier C, Piola P, Pacaud P. L’hypertension artérielle chez les adultes âgés de 15 ans et plus à Moramanga. 1er Congrès Scientifique de la Faculté de Médecine. CCI Ivato Antananarivo 30 Septembre – 2 Octobre 2014

- Andrianantenaina I. L’observance à la thérapeutique médicamenteuse des hypertendus de la région de Moramanga. Thèse de Doctorat en Pharmacie. Faculté de Médecine d’Antananarivo. 18 Décembre 2014.

- Marilys RAZAKAMANANA Evaluation économique de l’intégration du diagnostic et du traitement de la pneumonie dans la prise en charge communautaire du paludisme : 25 novembre 2014 auprès des responsables du MinSanP et des Partenaires Techniques et Financiers.

18

- Razakamanana Marilys. Evaluation des goulots d’étranglement relatifs aux flux de financement des activités de vaccination. 26 novembre et 11 décembre 2014 auprès des responsables du MinSanP et des Partenaires Techniques et Financiers.

- Randremanana RV, Randrianirina F, Razafindratsimandresy R, Andriatahina T, Ravelomanana L, Richard V. Maladies diarrhéiqueshospitalisées à Madagascar. VIèmeCongrès International d’épidémiologie- ADELF-EPITER, 10-12 septembre 2014, Nice, France.

- Randremanana RV, Randrianirina F, Razafindratsimandresy R, Andriatahina T, Ravelomanana L, Richard V. Maladies diarrhéiqueshospitalisées à Madagascar.Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo « Recherche, Santé et Développement », 30 septembre-1-2- octobre 2014, Antananarivo, Madagascar.

- Girond Florian. Mathematical models on surveillance data to detect epidemic thresholds & GIS technology to visualize trends in malaria incidence: 1) Congrès de la Faculté de Médecine, 01 Octobre 2014. Centre de conférence international d’Antananarivo, Madagascar. 2) Congrès de la Fédération hospitalière de France de l’Océan Indien, Transitions épidémiologiques et sanitaires, 12 et 13 Novembre 2014. Ile de la Réunion 3) IPM- Centre ValBio Joint Health Workshop, 6 Juin 2014. Antananarivo, Madagascar.

Communication affichée- Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network, 10 au 13 Septembre 2014.

Utilisation des nouvelles technologies de communication pour le développement d’un système d’alerte précoce de paludisme.

Activités de formations, d'enseignement et d'expertise- Formations données et reçues : 10- Mémoires soutenus : 8- Principales implications dans des institutions nationales ou internationales :

oMembre de l’Akademia Malagasy.oComité Roll Back Malaria (RBM).oMembre de l’initiative contre les maladies

diarrhéiques et Entériques en Afrique (IDEA).

oCDCoOMSoUNICEF.

Architecture du système en réseau d’alerte précoce en temps réel développé et déployé par l’Unité d’épidémiologie de l’IPM en collaboration avec le ministère de la santé

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Unité des helminthiases

L’unité des helminthiases est constituée du laboratoire central bilharziose, laboratoire du Ministère de la Santé Publique rattaché au Service de Lutte contre les Maladies Epidémiques et Négligées (SLMEN) de la Direction des Urgences et de la Lutte contre les Maladies Négligées (DULMN) et sous la responsabilité technique de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM).

Elle réalise des enquêtes épidémiologiques sur la situation des schistosomoses et des géohelminthiases dans les différentes régions de l’Ile (enquêtes parasitologiques et malacologiques), assure le suivi et évaluation de la distribution de masse de médicaments (DMM) contre ces parasitoses dans le cadre de l’approche intégrée de la lutte contre les maladies tropicales négligées (MTN), participe à des activités de recherche en collaboration avec d’autres unités de l’IPM ou des laboratoires internationaux, et contribue à la formation des étudiants des facultés de médecine et des sciences.

Ses activités de diagnostic et de santé publique sont présentées dans la fiche LC Bilharzioses. Elles comprennent :

- Des enquêtes épidémiologiques pour connaître la situation des schistosomiases et des géohelminthiases dans les différentes régions de l’Ile (enquête parasitologique et malacologique) ; Fiche :LC Bilharziose ;

- Le suivi et évaluation de la distribution de masse de médicaments contre ces parasitoses dans le cadre de l’Approche intégrée de la lutte contre les Maladies Tropicales Négligées; Fiche : PAUSENS ;

- La formation des étudiants des facultés de médecine et des sciences; Fiche : LC Bilharziose .- La participation aux activités de recherche des autres unités ou collaboration avec des laboratoires

internationaux ;

Personnel de l’unitéCadres scientifiques

- Vololomboahangy Ravaoalimalala, MD, chef d’unité- Fabienne Rasoamanamihaja, MD, chef de laboratoire- Pascaline Ravonirimbinina, MD, prestataire de service

Personnels permanents- techniciens 2- secrétaire 1- agent de laboratoire 1

Production scientifiqueCommunication affichée

- Randrianasolo BS, Jourdan MJ, Ravoniarimbinina P, Ramarokoto CE, Rakotomanana F, Ravaoalimalala VE, Gundresen SG, Feldmeier H, Vennervald BJ, van Lieshout L, Roald B, Leutscher P, Kjetland EF. Clinical manifestations, histological correlates and non-invasive diagnostic tools in female genital schistosomiasis : a community-based cross-sectional study in Miandrivazo, Madagascar. 61st Annual meeting ʺAmerican Society Tropical Medicine and Hygieneʺ, Atlanta –USA, 11-15 novembre.

Activités de formation, d'enseignement ou d'expertise- Formation donnée : 1

Evaluation des schistosomiases et des géohelminthiases dans 360 sites de 24 districts (Projet PAUSENS, financement Banque Mondiale ; fiche :PAUSENS)

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Unité d’Immunologie des Maladies Infectieuses

L’unité d’immunologie des maladies infectieuses (IMI), a été créé le 1er Juillet 2013 et résulte de la fusion de l’unité d’immunologie du paludisme et de l’unité d’immunologie. Les activités de recherche de l’unité sont centrées sur :

- l’analyse des réponses immunes humorales et cellulaires au cours du paludisme : fiche IMI-PaluSéro- l’étude de la dynamique des interactions Hôte-Parasite (Plasmodium falciparum et Plasmodium vivax)

au cours de l’infection palustre : fiche IMI-PaluVivax- la mise au point de tests de diagnostic sérologiques (ELISA, Multiplex) et moléculaires (PCR, LAMP),

facilement utilisables dans les centres de santé de base et permettant le diagnostic de pathologies telles que la Leptospirose (fiche IMI-LeptoDiag) et la Téniasis/Cysticercose (fiche IMI-CystiDiag).

- Le rôle des parasitoses dans les diarrhées de l’enfant et la malnutrition : fiche MALNUT

Associé à des activités de formation/enseignement et de transfert de technologie et en collaboration avec les équipes de recherche de l’Institut Pasteur de Madagascar, de l’Institut Pasteur à Paris et des Instituts du réseau (RIIP), les programmes de recherche menés au sein de l’unité ont pour objectifs, d’une part d’évaluer la réelle prévalence de maladies endémiques à Madagascar (paludisme et Téniasis/cysticercose) et d’autre part, d’assurer un meilleur suivi des stratégies de lutte déployées sur cette île-continent afin de guider la formulation des stratégies d’intervention.

L’année 2014 a été marquée par : - La mise en œuvre d’une étude sur l’évaluation de la transmission du Paludisme dans 7 districts (96

communes) des Hautes Terres Centrales et des Marges à Madagascar afin d’orienter les Campagnes d’Aspersion Intra-Domiciliaire d’Insecticides (Projet School-Based Malaria Survey). Ce projet de recherche opérationnelle financé par le “President’s Malaria Initiative”/USAID a été mené en étroite collaboration avec l’unité de recherche sur le paludisme, l’unité d’épidémiologie et le “Centers for Disease Control and Prevention” (CDC, Atlanta). Les collectes de données et de prélèvements ont été réalisées de mai à juillet 2014 (période de transmission). Les marqueurs sérologiques d'exposition au paludisme (Multiplex-Magpix) sont en cours d’analyse chez les écoliers et leurs parents (deux écoles par commune, 12 000 prélèvements) et serviront de référence pour l’analyse de l'intensité de la transmission du paludisme dans chaque commune.

- La production de plus de 1000 tests de diagnostic rapide pour la Leptospirose (bandelettes réactives permettant la détection des IgM anti-leptospires dans le sérum de patient). Ces tests sont en cours de validation à Madagascar, à Paris, à Mayotte et à la Réunion.

- Le développement d’une technique simple de diagnostic moléculaire par amplification isothermale de l’ADN (LAMP) pour la détection de la neurocysticercose à partir du LCR.


- Inès Vigan-Womas, PhD, chef de l'unité- Anjanirina Rahantamalala, PhD, adjointe

au chef d'unité- Niry Rabenindrina, vétérinaire, ingénieur

biotechnologie

Personnel permanent- Surveillante 1- Techniciens 6- Agent de laboratoire 1

Stagiaires- Thèse de sciences 2- Master 2

Productions scientifiques- Perraut R, Richard V, Varela ML, Trape JF, Guillotte M, Tall A, Toure A, Sokhna C, Vigan-Womas I,

Mercereau-Puijalon O. Comparative analysis of IgG responses to Plasmodium falciparum MSP1p19 and PF13-DBL1α1 using ELISA and a magnetic bead-based duplex assay (MAGPIX®-Luminex) in a Senegalese meso-endemic community. Malar J. 2014 Oct 17;13:410. doi: 10.1186/1475-2875-13-410. PMID: 25326042.

Communications orales- Anjanirina Rahantamalala. Taeniasis and cysticercosis in Madagascar : New challenge “Point of care”

diagnostic tests. WHO Informal Consultation on assembling a framework for control of Taenia soliumand Neurocysticercosis. WHO Headquarters, 17 to 18 July 2014, Geneva.

- Thomas Kesteman, Lili M. Varela, Micheline Guillotte-Blisnick, Elisabeth Ravaorisoa, Shirley Longacre, Chris Drakeley, Milijaona Randrianarivelojosia, Odile Mercereau-Puijalon, Ronald Perraut, Christophe Rogier, Inès Vigan-Womas. Malaria humoral response profiling using a multistage, multispecies antigen array in a Luminex-magnetic-bead-based multiplex assay. Congrès du Réseau International des Institut Pasteur (RIIP), Paris, 10-13 Septembre 2014. Conférencier invité.

21

- Inès Vigan-Womas, Thomas Kesteman, Micheline Guillotte-Blisnick, Elisabeth Ravaorisoa, TsikiniainaRasoloharimanana, Emma Rakotomalala, Aina Harimanana, Shirley Longacre, Chris Drakeley, Odile Mercereau-Puijalon, Patrice Piola, Milijaona Randrianarivelojosia, Laura Steinhardt, Christophe Rogier. Malaria humoral response profiling using a multistage, multispecies antigen in a multiplex-bead-based assay: target the parasite reservoir in Madagascar. Journées du Département Infection et Epidémiologie, Institut Pasteur – 12-13 Novembre 2012, Paris. Conférencier invité.

Communications affichées- Rahantamalala A., Mahanty S. et al., Molecular diagnostic of Neurocysticercosis by detection of

Taenia solium Cox 1 gene in CSF using Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): initial results.10th International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM 10), October 2014 Paris.

Déploiement d’équipes d’investigation de l’IPM sur le

terrain

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Unité des mycobactéries

L’unité des mycobactéries comprend le laboratoire des mycobactéries du Centre National de Référence des Mycobactéries (CNRM) qui effectue le diagnostic de référence de la tuberculose pour le centre de biologie clinique (CBC) de l'IPM et pour le Programme National de Lutte contre la Tuberculose (PNLT, Ministère de la Santé). Elle a aussi des activités de surveillance de la résistance aux antituberculeux pour le PNLT. Les antibiogrammes sont réalisés essentiellement pour les cas déjà traités (échec, rechute ou reprise de traitement) dans le cadre du programme de prise en charge des tuberculoses multirésistantes (TB-MR) par le PNLT. Elle effectue la mise en place et l’évaluation de nouveaux outils pour le diagnostic de la tuberculose et des résistances (fiche CNRM).

Elle mène aussi des activités de recherche, qu’elles soient opérationnelles (en collaboration avec le PNLT), appliquées ou plus fondamentales :

Etude épidémiologique et moléculaire des souches Mycobacterium tuberculosis : fiche TB-SLIDE. Réponse immune de l’hôte associée aux facteurs bactériens de prédisposition à la dissémination de

Mycobacterium tuberculosis et à la diversité des formes cliniques de la tuberculose : fiche TB-Clin-Divers

Détection moléculaire de la résistance aux anti-tuberculeux de Mycobacterium tuberculosis à partir d’échantillons conservés sur différents supports : fiche TB-SLIDE DNA

Tuberculose latente à Tunis (Tunisie), Antananarivo (Madagascar) et Saint-Louis (Sénégal) : fiche TB-LaTAS

Evaluation des nouvelles méthodes de diagnostic de la tuberculose intrathoracique de l’enfant dans trois villes d’Afrique subsaharienne : Abidjan (Côte d’Ivoire), Yaoundé (Cameroun) et Antananarivo (Madagascar) : fiche TB-KIDS

Evaluation de la performance du kit LoopampTM MTBC pour la détection rapide du Complexe Mycobacterium tuberculosis. Protocole d’étude à Madagascar : fiche TB-LAMP

Optimisation du diagnostic des tuberculoses pulmonaires à microscopie négative et des tuberculoses extra pulmonaires à l’Hôpital Universitaire Joseph Raseta de Befelatanana d’Antananarivo, Madagascar : fiche Mada-Xpert

Analyse de séquences de génomes de souches cliniques M. tuberculosis : fiche TB-Genom

L’unité a enfin de nombreuses activités de formation.

Faits marquants de l’année 2014 :- Début des études d’infection in vitro de cellules.- Renforcement de capacités pour l’analyse génomique

Personnel de l’unité Cadres scientifiques- Voahangy Rasolofo Razanamparany, PhD, HDR,chef de l'unité- Andrianantenaina Rakotoson, MD, chef du Centre National de Référence des Mycobactéries- Niaina Rakotosamimanana, PhD, adjoint au chef d'unité

Personnel permanent- Surveillante 1- Techniciens 4- Agents de laboratoire 2

Stagiaires- Thèse de sciences 4- Master 2 2- Thèse vétérinaire 1- Master 1 2


- - Martin A, Imperiale B, Ravolonandriana P, Coban AY, Akgunes A, Ikram A, Satti L, Odoun M, Pandey, P, Mishra M, Affolabi D, Singh U, Rasolofo V, Morcillo N, Vandamme P, Palomino JC. Prospective multicentre evaluation of the direct nitrate reductase assay for the rapid detection of extensively drug-resistant tuberculosis. J Antimicrob Chemother. 2014 Feb;69(2):441-4.

- Ratovoson R, Raharimanga V, Rakotosamimanana N, Ravaloson B, Ratsitorahina M, Randremanana R, Ramarokoto H, Rajatonirina S, Rasolofo V, Richard V. Increase in the Number of Tuberculosis Cases Treated following Tuberculin Skin Testing in First-Year Schoolchildren in Madagascar. PLoS One. 2014;9(4):e95494.

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Posters- Rakotosamimanana N, Ratovonirina NH, Ratsiferana A, Rabemiarana J, Ramarokoto H, Sola C,

Rastogi N, Rasolofo V. Spoligotype profile analyses of Mycobacterium tuberculosis clinical strains isolated from the six different provinces of Madagascar Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network. 10-13 September 2014, Institut Pasteur, Paris, France.

- Ratovonirina NH, Raherison MS, Razafimahatratra SL, Rakotosamimanana N, Rambeloarison SJ, Rakotoson A, Rakotomanana F, Rasolofo V. Spatial distribution of Mycobacterium tuberculosis clinical strain genotypes in Antananarivo: a pilot study. Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network. 10-13 September 2014, Institut Pasteur, Paris, France.

Communications orales- Rasolofo V, Rabodoarivelo MS, Cnockaert M, Palomino JC, Vandamme P, Martin A. Molecular

detection of multidrug resistance in M. tuberculosis from slides and filter paper cards in low-income countries. World's Tuberculosis Day International Conference. 21 March 2014, Ghent University, Gent, Belgium.

- Rakotosamimanana N, Doherty M, Richard V, Soares J-L, Zumla A, Rasolofo V. Peripheral blood TNF-alpha-Dependent apoptotic genes expression and white blood cell count to characterize the tuberculosis clinical status of individuals in a high burden setting. Seventh EDCTP Forum. 20 June - 2 July 2014, Berlin, Germany.

- Rabodoarivelo MS, Cnockaert M, Palomino JC, Vandamme P, Rasolofo V, Martin A. Molecular detection of multidrug resistance in M. tuberculosis from slides and filter paper cards in low-income countries. 35th Annual Congress of the European Society of Mycobacteriology (ESM) 2014. 29 June-2 July 2014; Vienna, Austria.

- Rakotosamimanana N, Raharimanga V, Andriamandimby SF, Ratovoson R, Doherty TM, Zumla A, Gicquel B, Rasolofo V. Detection of host immune responses against tuberculosis by using Mycobacterium tuberculosis Des Protein and different mycobacterial antigens for IGRA. International Microbiology Congress and Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network. 27 July - 1 August 2014, Montreal, Canada.

- Rakotosamimanana N, Doherty MT, Zumla A, Gicquel B, Rasolofo V. Human immune response against Mycobacterium tuberculosis antigens analysis by IGRA in pulmonary TB and their household contacts. Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network. 10-13 September 2014, Institut Pasteur, Paris, France.

- Rakotoarivelo R, Rasolofo V, Randria M, Rakotosamimanana N, Andrianasolo R, Razafimahefa S, Rakotoson J, Rakotovao L, Raberahona M, Ambrosioni J, Bonnet F, Calmy A. Optimisation du diagnostic des tuberculoses pulmonaires à microscopie négative et des tuberculoses extrapulmonaires à l’Hôpital Universitaire Joseph Raseta de Befelatanana: Etude MadaXpert. Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo "Recherche, Santé et Développement". 30 septembre - 2 octobre 2014, Centre de Conférence International d'Ivato, Antananarivo, Madagascar.

- Ranaivomanana P, Raharimanga V, Dubois PM, Richard V, Rasolofo V. Etude de la réponse immunitaire chez les enfants vaccinés par le BCG à Antananarivo Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo "Recherche, Santé et Développement". 30 septembre - 2 octobre 2014, Centre de Conférence International d'Ivato, Antananarivo, Madagascar.

Activités de formations, d'enseignement et d'expertise - Formations reçues : 10- Formations données: 1- Enseignements magistraux : 2

Appartenance/participation à des groupes ou comités nationaux ou internationaux- PNLT – Ministère de la Santé

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Communications affichées- Rakotosamimanana N, Doherty MT, Richard V, Soarès JL, Gicquel B, Zumla A, Rasolofo VR. Using

TNF-alpha-dependent anti-apoptotic-related genes expression with white blood cell count to characterize the clinical status of Malagasy Subjects with tuberculosis. 44ème Congrès IUCTMR, Paris, novembre.

- Rakotosamimanana N et al. Variation des réponses interféron gamma de l’hôte selon les souches infectantes de Mycobacterium tuberculosis des patients tuberculeux et de leurs contacts familiaux à Antananarivo. 80ème Anniversaire IHS, Académie Nationale Malgache, septembre.

- Ranaivomanana P et al. Étude de la réponse immunitaire chez les enfants vaccinés par le BCG à Madagascar. 80ème Anniversaire IHS, Académie Nationale Malagasy, septembre.

- Rasoahanitralisoa RL, Bodoarivelo MS, Rakotosamimanana N, Rasolofo VR. Malagasy Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) strains classification obtained from three differentmolecular markers genotyping techniques. Congrès IMMEM, Paris, octobre.

Activités de formations, d'enseignement et d'expertise - Formations données et reçues : 11- Enseignements magistraux : 2- Appartenance/participation à des groupes ou comités nationaux ou internationaux : PNLT – Ministère de

la Santé

Culture de Mycobacterium tuberculosis en laboratoire laboratoire de niveau de sécurité biologique de type 3 (NSB3) à l’IPM, Crédit René Carayol.

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Unité du paludisme

L’unité « paludisme » a essentiellement pour mission d’éclairer le Ministère de la santé publique sur l’efficacité des outils de lutte recommandés par la politique nationale de lutte contre le paludisme et sur l’endémicité du paludisme à Madagascar. Les thèmes de recherche de l’unité portent sur les médicaments antipaludiques, leur efficacité et le diagnostic biologique du paludisme au sens large du terme. Elle a enfin une importante activité de formation.

En 2014, ses principales activités ont été les suivantes :- Evaluation de l’efficacité thérapeutique de la combinaison Artésunate + Amodiaquine dans le

traitement du paludisme non compliqué à Madagascar : fiche Palu-ASAQ- Apport du diagnostic biologique dans le contexte de l’élimination du paludisme à Madagascar: fiche

Palu-Diagnostic- Evaluation opérationnelle de la lutte intégrée contre le paludisme. Madagascar, Bénin, Côte d’Ivoire,

Cameroun, Niger : fiche PALEVALUT- Etiologies des fièvres à Madagascar: fiche ETIOFEB- Le Paludisme à Madagascar : mesure de l’impact des mesures de lutte antipaludique et des

changements épidémiologiques sur la transmission et le réservoir: fiche IMI-PaluSéro- Le Paludisme à Plasmodium vivax à Madagascar : Caractérisation des nouvelles voies d’invasion de

globules rouges/réticulocytes Duffy-négatif: fiche IMI-PaluVivax- Etude des infections filariennes dans le cadre du projet d’appui aux secteurs essentiels de

l’education nutrition et santé: fiche PAUSENS


- Ghansah A, Amenga-Etego L, Amambua-Ngwa A, Andagalu B, Apinjoh T, Bouyou-Akotet M, Cornelius V, Golassa L, Andrianaranjaka VH, Ishengoma D, Johnson K, Kamau E, Maiga-Ascofare O, Mumba D, Tindana P, Tshefu-Kitoto A, Randrianarivelojosia M, William Y, Kwiatkowski DP, Djimde AA. Monitoring parasite diversity for malaria elimination in sub-Saharan Africa. Science (New York, NY)2014;345(6202):1297-8.

- Kamau E, Campino S, Amenga-Etego L, Drury E, Ishengoma D, Johnson K, Mumba D, Kekre M, Yavo W, Mead D, Bouyou-Akotet M, Apinjoh T, Golassa L, Randrianarivelojosia M, Andagalu B, Maiga-Ascofare O, Amambua-Ngwa A, Tindana P, Ghansah A, MacInnis B, Kwiatkowski D, Djimde AA. K13-Propeller Polymorphisms in Plasmodium falciparum Parasites From Sub-Saharan Africa. Journal of infectious diseases 2015;211:1352-5.

- Kesteman T, Randrianarivelojosia M, Mattern C, Raboanary E, Pourette D, Girond F, Raharimanga V, Randrianasolo L, Piola P, Rogier C. Nationwide evaluation of malaria infections, morbidity, mortality, and coverage of malaria control interventions in Madagascar. Malaria journal 2014;13:465.

- Ratovonjato J, Randrianarivelojosia M, Rakotondrainibe ME, Raharimanga V, Andrianaivolambo L, Le Goff G, Rogier C, Ariey F, Boyer S, Robert V. Entomological and parasitological impacts of indoor residual spraying with DDT, alphacypermethrin and deltamethrin in the western foothill area of Madagascar. Malaria journal 2014;13:21.

- Khim N, Andrianaranjaka V, Popovici J, Kim S, Ratsimbasoa A, Benedet C, Barnadas C, Durand R, Thellier M, Legrand E, Musset L, Menegon M, Severini C, Nour BY, Tichit M, Bouchier C, Mercereau-Puijalon O, Menard D. Effects of mefloquine use on Plasmodium vivax multidrug resistance. Emerging infectious diseases2014;20(10):1637-44.

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Unité de la peste

L’unité peste regroupe l’unité de recherche, le Laboratoire Central Peste (LCP) du Ministère de la Santé Publique (MSanP) et l’unité de production de tests de diagnostic rapide de la peste. Le LCP est le laboratoire national référent pour le diagnostic biologique de la peste à Madagascar et dans la région Africaine. Le LCP est aussi un Centre Collaborateur OMS (CCOMS) pour la lutte et les recherches sur la peste.

Les différentes activités sur la peste voient le concours de plusieurs disciplines et impliquent ainsi d’autres unités de l’IPM : les unités d’épidémiologie, d’entomologie médicale et d’immunologie. Actuellement, les activités de recherches se sont orientées vers la compréhension de la persistance de la peste à Madagascar et aborde en particulier les aspects génétiques de la réponse immune des rongeurs réservoirs de la maladie, les caractéristiques génétiques de l’agent pathogène, la détermination des facteurs de risque et la modélisation de sa transmission. Le développement de nouveaux outils de diagnostic (faciles d’emploi et permettant la confirmation de la peste) est en cours.

Enfin, le CCOMS peste a continué à assurer des services intéressant les programmes de l’OMS d’intérêt régional et mondial. En effet, l’expertise en matière de tests de diagnostic rapide a permis de répondre aux besoins du pays et d’autres pays extérieurs: fourniture de tests de diagnostic rapide dans le cadre de la recherche (Medford-New York et Italie).

En 2014, les activités de recherche et de santé publique menées par l’unité étaient les suivantes :- Etude de la réponse immunitaire lors d’une infection pesteuse : interaction hôte animal et Yersinia

pestis (volet génétique): fiche Peste-RR.- Etude des zoonoses des rongeurs : facteurs environnementaux et socio-économiques associés aux

risques: fiche ZORA / PRIZM.- Etude d’infections pesteuses asymptomatiques et du rôle de la réponse immunitaire de l’hôte: Peste-

FAS- Suivi épidémiologique de la population du vallon Metzinger et ses abords à Mahajanga : fiche ASM-

MJG- Surveillance de la sensibilité de Yersinia pestis aux antibiotiques: caractérisation d’une nouvelle

souche résistante à la streptomycine : fiche Peste-ATB®- Surveillance de la peste humaine à Madagascar en 2014: fiche LC Peste- CCOMS pour la lutte et les recherches sur la peste: fiche COMS-Peste.


- Minoarisoa Rajerison, PhD, chef de l'unité- Samuel Andrianalimanana, MD, chef du laboratoire central de la peste (jusqu’en août 2014)- Jean-Michel Razafimahatratra, MD, chef du laboratoire central de la peste (depuis novembre 2014)- Soanandrasana Rahelinirina, PhD, mammalogiste- Voahangy Andrianaivoarimanana, PhD, ingénieur-Adjointe- Sandra Telfer, PhD, scientifique accueillie (Univ. Aberdeen, UK), pi projets

Personnel permanent- Surveillante 1- Techniciens 7- Secrétaire 1- Agent de laboratoire 4

Stagiaires- Post-doc 3 - Doctorant 1 - Master 3


- Rajerison M, Ratsitorahina M, Andrianaivoarimanana V. Plague. In: Jeremy Farrar. Manson’s Tropical Diseases, 23rd edition chap 37. 2014 Jan. p. 404-409.

- Riehm JM, Rajerison M, Andrianaivoarimanana V, Scholz HC. Die Pest, eine immer noch gefürchtete Infektionskrankheit Aktuelle Forschung zu Yersinia pestis. Flug u Reisemed 2014; 21 (1): 24–29.

- Ratovonjato J, Rajerison M, Rahelinirina S, Boyer S. Yersinia pestis in Pulex irritans fleas during plague outbreak, Madagascar. Emerging Infectious Diseases. 2014 Aug; 20 (8):1414-1415.

- Brouat C, Tollenaere C, Estoup A, Loiseau A, Sommer S, Rahelinirina S, Rahalison L, Rajerison M, Piry S, Goodman SM et Duplantier J-M. Invasion genetics of a human commensal rodent: the black rat Rattus rattus in Madagascar. Molecular Ecology. 2014 Aug; 23(16):4153–4167.

- Cui Y; Yang X; Xiao X; Anisimov AP; Li D; Yan Y; Zhou D; Rajerison M; Carniel E; Achtman M; Yang R; Song Y. Genetic variations of live attenuated plague vaccine strains (Yersinia pestis EV76 lineage) during laboratory passages in different countries. Infect Genet Evol 2014 Aug; 26:172-9.

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- Kreppel KS, Caminade C, Telfer S, Rajerison M, Rahalison L, Morse A, Baylis M. A Non-Stationary Relationship between Global Climate Phenomena and Human Plague Incidence in Madagascar. PLoS Neglected Tropical Diseases. 2014 Oct; 8(10): e3155.

- Richard V, Riehm JM, Herindrainy P, Rahelinirina S, Ratsitoharina M, Rakotomanana F, Andrianalimanana S, Scholz HC, Rajerison M. Pneumonic plague outbreak, northern Madagascar, 2011. Emerging Infectious Diseases. 2015 Jan; 21(1):8-15.

Communications orales- Andrianaivoarimanana V, Rabeviloma, Andriananja N et Rajerison M. La peste pulmonaire de

Mandritsara: le destin des guérisseurs traditionnels. Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo- 30 Septembre au 02 Octobre 2014.

- Rakotonanahary R J L, Harrison A, Maina A, Jiang J, Raoult D, Richards A, Rajerison M, Telfer S. Première mise en évidence de Rickettsia typhi et Rickettsia felis chez les puces, hommes et rongeur à Madagascar. Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo- 30 Septembre au 02 Octobre 2014.

- Rajerison M, Rahelinirina S, Andrianaivoarimanana V, Andriamiarimanana V, Raharimanana C, Andrianalimanana S, Ralafiarisoa L, Ratsimba M. Prévention de l’épidémie de peste à Lakato-Moramanga. Journée de Santé Publique à l’Akademia Malagasy- Mai 2014.

Communication affichée- Rakotonanahary R J L, Harrison A, Maina A, Jiang J, Raoult D, Richards A, Rajerison M, Telfer S.

First molecular evidence of Rickettsia typhi and Rickettsia felis in fleas associated with human and rodent seropositive to anti-TG and SFG Rickettsia antibodies in Madagascar. Symposium RIIP du 10-13 Septembre 2014, Paris.

Activités de formation, d'enseignement et d'expertise- Formations données: 4- Formations reçues: 3- Appartenance/participation à des groupes ou comités d’experts nationaux/régionaux

oGroupe Intersectoriel d’Appui dans la Lutte contre la Peste (GIALP)oEquipe de Réponse Rapide-OMS Région Afrique.

Elevage de rongeurs

Elevage de puces

pour l’étude de la peste dans les laboratoires de l’IPM.(crédit R. Carayol)

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Unité de virologie

L’unité de virologie de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est composée de plusieurs laboratoires partageant la même plateforme : le laboratoire national de référence (LNR) pour la poliomyélite et la rougeole, le centre national de référence pour la grippe (CNRG) tous deux reconnus par l’organisation mondiale de la santé (OMS), le LNR pour la rage et le LNR pour les arbovirus et virus des fièvres hémorragiques. Ces laboratoires sont impliqués dans des activités de surveillance, de recherche et de formation. Les laboratoires de l’unité sont souvent les seuls laboratoires, dans la région, capables de faire le diagnostic de certaines infections virales affectant l’homme ou l’animal.

L’unité, avec l’unité des mycobactéries, dispose d’un laboratoire de niveau de sécurité biologique de type 3 (NSB3) en fonctionnement depuis 2009. Ce type de laboratoire permet de répondre aux exigences internationales en termes de sécurité pour l’homme et l’environnement lors de la manipulation d’agents hautement pathogènes.

L’unité est impliquée dans de nombreux programmes de recherche impliquant des partenaires malgaches (Ministère de la santé, Université) mais aussi internationaux (CDC, CIRAD, Wellcome Trust, University of Bangor, Princeton University, etc…).

Faits marquants Dans le cadre de ses activités de surveillance de la Poliomyélite, et suite à un audit commandité par

l’OMS, l’unité de virologie a maintenu cette année son accréditation OMS en tant que laboratoire national de référence pour la poliomyélite. C’est grâce à ses activités de surveillance que le LNR a pu mettre en évidence pour la première fois à Madagascar, la circulation de virus vaccinaux dérivés du vaccin contre la poliomyélite (VDPV de type 1) dans le Nord-Ouest de Madagascar (Région Sofia).

Par ailleurs, par arrêté du Ministère de l’Elevage (N°12497/201) du 11 avril 2014, l’unité de virologie a obtenu le statut de LNR pour certaines maladies animales et zoonotiques (Fièvre catarrhale du mouton, Fièvre de West Nile, Fièvre de la Vallée du Rift, Fièvre hémorragique de Crimée-Congo, Rage, Peste porcine africaine, Peste porcine classique, Influenza aviaire à virus hautement pathogène chez les oiseaux et influenza aviaire à virus faiblement pathogène à déclaration obligatoire chez la volaille)

Dans le cadre de la préparation à une éventuelle introduction du virus Ebola à Madagascar ou aux Comores, l’unité de virologie a signé une convention avec la Commission de l’Océan Indien (COI) pour la mise en place d’un laboratoire mobile constituée d’une équipe de virologiste et épidémiologiste mobilisable dans les 48h sur l’ensemble du territoire malagasy et comorien.

Enfin, dans le cadre de la formation continue, l’unité a organisé en collaboration avec le CDC une formation sur la gestion de projets. Par ailleurs, grâce aux financements du CDC, l’unité a organisé une formation sur la communication des risques lors d’épidémies d’importance en santé publique.

Activités de l’unitéActivités coordonnées par l’unité de virologie

- Surveillance des paralysies flasques aigües et de la poliomyélite à Madagascar : fiche PFA- Surveillance de la rougeole à Madagascar : fiche SurveRo- Caractérisation des Entérovirus non poliomyélitiques associés aux PFA à Madagascar : fiche ENPV-PFA- Surveillance des cas d’infection respiratoire aigüe et sévère à Madagascar : fiche SARI- Surveillance de la grippe et des infections respiratoires à Madagascar : fiche SurGIR- Evaluation du risque d’infection par les virus grippaux dans une population exposée aux porcs : Fiche PorHumINF- Surveillance des Arboviroses à Madagascar : fiche SurvArbo- Surveillance de la Rage à Madagascar : fiche SuRage- Zoonoses, rongeurs et arboviroses à Madagascar : fiche Viro-ZORA- La Fièvre de la Vallée du Rift chez l'homme et les bovins à Madagascar : fiche FVR-ZORA- Compréhension des mécanismes de transmission de la Fièvre de la Vallée du Rift dans un site pilote de Madagascar : fiche RIFT-Antsohihy- Ecologie Hantavirus à Madagascar et dans l’Océan Indien : Fiche Hanta-MADOI.

Activités cordonnées par d’autres équipes- Etude des zoonoses liées aux rongeurs et des arboviroses à Madagascar : fiche ZORA/PRISM- Etude des différentes étiologies des Fièvres à Madagascar : Fiche ETIOFEB- Etude en laboratoire de la compétence vectorielle pour le Virus de la Fièvre de la Vallée du Rift et de la biologie de Culex antennatus, Anopheles squamosus et Anopheles coustani (CULICIDAE) de Madagascar : fiche COMPVEC-FVR- Détection et génotypage des papillomavirus humains lies aux cancers du col de l’utérus : fiche HPV- Facteurs associés aux formes sévères de la grippe à Antananarivo : fiche IMMI- Réseau de surveillance sentinelle des maladies à potentiels épidémiques à Madagascar : fiche SENTFI

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Personnel de l’unitéCadres scientifiques- Jean-Michel Héraud, PhD, chef d’unité- Claudia Filippone, PhD, responsable de projets- Soa Fy Andriamandimby, MD, responsable du LNR des Arboviroses, des virus des fièvres hémorragiques et de la Rage - Richter Razafindratsimandresy, PhD, responsable du LNR OMS pour la Poliomyélite et la Rougeole - Julia Guillebaud, responsable du CNR OMS pour la Grippe- Norosoa Razanajatovo, PhD, Ingénieur de recherche au CNR OMS pour la Grippe- Lalaina Nomenjanahary, Vétérinaire

Personnel permanent- Assistant manageur de projet 1- Animaliers 2- Techniciens 8- Agents de laboratoire 2- Secrétaire/surveillant 1- Correspondant qualité 1Stagiaires- Ph.D/MD 4- Vétérinaire 1- B.Sc 1


- Bessaud M, Razafindratsimandresy, R, Nougairede A, Joffret ML, Deshpande JM, Dubot-Peres A, Heraud JM, de Lamballerie X, Delpeyroux F, Bailly JL. Molecular comparison and evolutionary analyses of VP1 nucleotide sequences of new African human enterovirus 71 isolates reveal a wide genetic diversity. PLoS One. 2014; Mar 5;9(3):e90624.

- Dunning JW, Merson L, Rohde GG, Gao Z, Semple MG, Tran D, Gordon A, Olliaro PL, Khoo SH, Bruzzone R, Horby P, Cobb JP, Longuere KS, Kellam P, Nichol A, Brett S, Everett D, Walsh TS, Hien TT, Yu H, Zambon M, Ruiz-Palacios G, Lang T, Akhvlediani T, ISARIC Working Group 3, ISARIC Council, Hayden FG, Marshall J, Webb S, Angus DC, Shindo N, van der Werf S, Openshaw PJ, Farrar J, Carson G, Baillie JK. Open source clinical science for emerging infections. Lancet Infect Dis. 2014; Jan 14(1):8-9.

- Maquart M, Temmam S, Heraud JM, Leparc-Goffart I, Cetre-Sossah C, Dellagi K, Cardinale E, Pascalis H. Development of real-time RT-PCR for the detection of low concentrations of Rift Valley fever virus. J Virol Methods 2014; Jan 195, 92-99.

- Razafindratsimandresy R, Joffret ML, Delpeyroux F, Heraud JM. First full genome sequence of a human enterovirus a120, isolated in Madagascar. Genome Announc. 2014 Jun 19;2(3).

- Reynes JM, Razafindralambo NK, Lacoste V, Olive MM, Barivelo TA, Soarimalala V, Heraud JM, Lavergne A. Anjozorobe hantavirus, a new genetic variant of Thailand virus detected in rodents from Madagascar. Vector Borne Zoonotic Dis. 2014; Mar 14(3), 212-219.

- Wilkinson DA, Melade J, Dietrich M, Ramasindrazana B, Soarimalala V, Lagadec E, le Minter G, Tortosa P, Heraud JM, de Lamballerie X, Goodman SM, Dellagi K, Pascalis H. Highly diverse morbillivirus-related paramyxoviruses in wild fauna of the southwestern Indian Ocean Islands: evidence of exchange between introduced and endemic small mammals. J Virol. 2014; Aug 88(15):8268-8277.

- Sangaré AK, Boutellis A, Drali R, Socolovschi C, Barker SC, Diatta G, Rogier C, Olive MM, Doumbo OK, Raoult D. Detection of Bartonella quintana in African body and head lice. Am J Trop Med Hyg. 2014 Aug;91(2):294-301

Communications orales- Heraud JM. Virus émergents : Des loups dans la bergerie ? Institut Français de Madagascar,

Antananarivo, Madagascar, 14 Juin.- Razanajatovo N, Nomenjanahary L, Wilkinson D, Razafimanahaka J, Goodman S, Jenkins R, Jones J,

Heraud JM. Detection of new genetic variants of betacoronaviruses in endemic frugivorous bats of Madagascar. 63rd Annual Wildlife Disease Association Conference, Albuquerque, New Mexico, USA, 6-10 Juillet.

- Joffret M-L, Sadeuh-Mba S, Shaw J, Razafindratsimandresy R, Muslin C, Heraud JM, Rousset D, Njouom R, Burns CC, Delpeyroux F. Genetic interaction between poliovaccine strains and other enteroviruses of species C in Madagascar, Cameroon and neighboring countries. Translational and Regulatory Science of Polio Vaccines and Antivirals, Bethesda, MD, USA, 22-23 September.

- Razanajatovo N, Nomenjanahary L, Wilkinson D, Razafimanahaka J, Goodman S, Jenkins R, Jones J, Heraud JM. Detection of new genetic variants of betacoronaviruses in endemic frugivorous bats of

30

Madagascar. Amazonian conference on emerging and infectious diseases (ACEID), Cayenne, French Guiana, 26-28 Septembre.

- Razafindratsimandresy R, Rabemanantsoa S, Andriamamonjy S, Joffret M-L, Heraud JM, Delpeyroux F. Diversités moléculaires des entérovirus humains détectés dans le sud et le nord de Madagascar. Congrès Scientifiques de la Faculté de Médecine. Antananarivo, Madagascar. 30 Septembre - 02 Octobre.

- Razafindratsimandresy R, Rabemanantsoa S, Andriamamonjy S, Joffret M-L, Heraud JM, Delpeyroux F. Détection de virus dérivés du poliovirus vaccinal dans la région Sud-Ouest de Madagascar.Congrès Scientifiques de la Faculté de Médecine. Antananarivo, Madagascar. 30 Septembre - 02 Octobre.

- Heraud JM, Andriamandimby SF, Piola P, Andrianaivoarivelo R, Rogier C. Ebola Actualité. Institut Français de Madagascar, Antananarivo, Madagascar, 14 Octobre.

- Heraud JM, Razanajatovo N, Olive MM, Nomenjanahary L, Wilkinson D, Razafimanahaka J, Goodman S, Jenkins R, Jones J. Detection of new genetic variants of betacoronaviruses in endemic frugivorous bats of Madagascar. International Meeting on Emerging Diseases (IMED) 2014, Vienna, Austria, 31 Octobre - 3 Novembre.

- Heraud JM. Future directions and new approaches in virological studies at the Institut Pasteur of Madagascar. Annual Retreat - Infection and Epidemiology Department, Château de Villiers-Le-Mahieu, 12-13 Novembre.

- Razanajatovo N, Andrianirina Z, Harimanana A, Irinantenaina J, Rakotonanahary D, Rajatonirina S, Piola P, Richard V, Heraud JM. Integrating laboratory-based surveillance for influenza with surveillance for other pathogens of priority in Africa. African Network for Influenza Surveillance and Epidemiology (ANISE), Cape-Town, South Africa, 4-6 Décembre.

- Guillebaud J, Razanajatovo N, Harimanana A, Piola P, Heraud JM. Improving surveillance to support influenza vaccine virus selection: contribution of Madagascar. 3rd WHO Informal consultation on improving influenza vaccine selection, WHO Headquarters, Geneva, Switzerland, 1-3 Avril.

Communications affichées- Razanajatovo N, Guillebaud J, Rajatonirina S, Andrianirina Z, Harimanana A, Piola P, Heraud JM.

Epidemiology and molecular characteristics of respiratory syncytial virus amongst children under five years in Antananarivo, Madagascar. 9th International Respiratory Syncytial Virus Symposium. Setellenbosch, South Africa, 9–13 Novembre.

- Razafindratsimandresy R, Joffret M-L, Andriamamonjy S, Rabemanantsoa S, Heraud JM, Delpeyroux F. Molecular diversity of human enteroviruses circulating between North and South regions of Madagascar. Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network, Institut Pasteur, Paris, France, 10-13 Septembre.

- Olive MM, Chevalier V, Andriamandimby SF, Rakotomanana F, Grosbois V, Tran A, Rogier C, Heraud JM. Rift Valley Fever in human and ruminants in the different ecosystems of Madagascar. Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network, Paris, 10-13 Septembre.

Activités de formations, d’enseignement et d’expertise

Formations données et reçues : 11- Razanajatovo N, Raharinosy A, Guillebaud J, Olive MM. D.U. du Centre d’Enseignement de la

Statistique Appliquée à la Médecine et à la Biologie Médicale (CESAM), Université Pierre et Marie Curie, Paris, France (2 Apprenants reçus).

- Rakotohaingomahefa A, Heraud JM. International Grant Management Training Course for CDC Grantees. Antananarivo, Madagascar, 24-28 février (Organisateur/Apprenant).

- Razanajatovo N, Raharinosy A. Atelier d'initiation à la génétique empirique des populations, Institut Pasteur de Madagascar, Antananarivo, Madagascar, 19-23 Mai 2014 (Apprenants)

- Olive MM. Modélisation des systèmes dynamiques en épidémiologie, Université de Montpelier, France, juin (Apprenant).

- Randrimanantena A. WHO-AFRO Cell culture training workshop. NICD, Johannesburg, South Africa, 11-23 Août (Apprenant).

31

- Andriamandimby SF. 19th International Bioinformatics Workshop on Virus Evolution and Molecular Epidemiology (VEME), National Institute for Infectious Diseases 'L Spallanzani', Rome, Italy, 7-12 Septembre (Apprenant).

- Razafindratsimandresy R. Regional training on Filovirus Real Time RT-PCR assay for Ebola Virus detection. Entebbe, Uganda, 18-19 Septembre (Apprenant).

- Andriamandimby SF. SADC training session on Ebola, NICD, Johannesburg, South Africa, 23-24 septembre (Facilitateur).

- Razanajatovo N, Raharinosy A. Analyse de données épidémiologiques avec le logiciel Stata, Institut Pasteur de Madagascar, Antananarivo, Madagascar, 6-17 octobre. (Apprenants)

- Razanajatovo N. Burden of Influenza Disease Workshop, African Network for Influenza Surveillance and Epidemiology (ANISE), Cape-Town, South Africa, 4 Décembre (Apprenant).

- Heraud JM. International Workshop on Risk Communication Related to Public Health Emergency, Flic-en-Flac, Mauritius, 15-17 décembre (Organisteur/Apprenant).

Appartenance/participation à des groupes ou comité d’experts nationaux ou internationaux- International Society for Influenza and other Respiratory Virus Diseases (ISIRV), Bureau Executif.- African Network for Influenza Surveillance and Epidemiology (ANISE), Membre.- WHO Technical Working Group on Influenza Severity Assessment, Expert Technique.- International Severe Acute Respiratory and Emerging Infection Consortium (ISARIC), Représentant

IPM.

Prélèvement d’un voyageur de retour du Libéria signalé comme suspect d’une infection à virus Ebola.Déploiement de l’équipe « Ebola » de l’IPM, Antananarivo-Ivato, Aout 2014

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Service médical

Le Service Médical de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) assure les fonctions suivantes : Centre International de Vaccination (CIV) : centre de consultations en matière de vaccination qui

assure les vaccinations recommandées à Madagascar et exigées pour les voyages internationaux.Il assure aussi la réalisation d’intradermoréaction (IDR) à la tuberculine. Il est enfin fournisseur, à Madagascar, de produits utilisés en allergologie.

Centre de Traitement Anti-Rabique (CTAR). Conformément à la convention de 1961 liant le Gouvernement de Madagascar et l’Institut Pasteur à Paris, le CTAR traite les personnes exposées à la rage et approvisionne en vaccin anti rabique tous les centres de traitement anti rabique de Madagascar, aux frais de l’IPM. Ce service est assuré à la population de Madagascar, sans interruption depuis 1901. Il assure aussi le lien avec les services du Ministère de la santé en charge de la lutte contre la rage.

Dispensaire. Le dispensaire de l’IPM est ouvert gratuitement à son personnel et à ses ayants droits. Il propose un système de soins à tiers payant pour les prescriptions. Il sert aussi de support à la médecine du travail.

Faits marquants de l’année 2014 L’activité du CIV a augmenté de 34% malgré les ruptures de stocks de plusieurs vaccins chez le

fournisseur. (fiche CIV) L’ouverture de 4 nouveaux CTAR : Marolambo, Soanierana Ivongo, Bekily et Manja. (fiche CTAR)

Personnel du serviceCadres

- Dr. Ravoniaina RAMIANDRASOA, Chef du Service médical et du CIV, [email protected] Dr. William RAKOTOMALALA, CTAR & Dispensaire, [email protected] Dr. Fara Marie Annie RANDRIANARIVONY, CTAR & Dispensaire, [email protected]

Sage-femme : 1 (CIV)

Programmes/types d’activité - Centre International de Vaccination : fiche CIV- Centre de Traitement Anti-Rabique : fiche CTAR- Dispensaire : fiche DISP

Activités de formations, d’enseignements et d'expertise - Formation reçue : Anglais, CESAM

Consultation avant la vaccination au Centre international de vaccination de l’IPM (crédit Carayol)

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Activités de recherche

BGNBMR Etude des environnements génétiques des gènes de résistance de bactéries gram négatif......................................................................................36

ChARLI Children’s antibiotic resistant infections in low income countries .................38

ChART Dynamique de transmission des bactéries multi-résistantes (BMR) en néonatalogie......................................................................................................41

Diabète Prévalence du diabète et de ses facteurs associés et état des lieux de la prise en charge des patients diabétiques au sein de l’observatoire de population de Moramanga, Madagascar...........................43

DynRMC Etude de la dynamique des résistances aux antibiotiques en milieu communautaire .................................................................................................45

ENISM 2014 Enquête Nationale sur l’Iode et le Sel à Madagascar ...................................47

Entomo-Eval-Cases Evaluation d’un nouveau produit insecticide, le chlorfenapyr, dans les cases pièges .....................................................................................................49

Entomo-PALEVALUT Évaluation de l’efficacité opérationnelle des stratégies de lutte antivectorielle contre le paludisme et de ses déterminants ..........................51

Entomo-PESTE Extraction d’ADN pour la détection de Yersinia pestis & les puces selvatiques vectrices de la peste ....................................................................53

Entomo-PUCES-OI Surveillance des puces et des rats dans les ports de Mahajanga (Madagascar) et de Mayotte............................................................................55

Entomo-USAID Analyse de la relation entre transmission entomologique des Plasmodium et poids épidémiologique du paludisme ...................................57

Entomo-WNV Suivi longitudinal des moustiques vecteurs du virus West Nile à Mitsinjo...............................................................................................................59

ETIOFEB Etiologies des fièvres à Madagascar ..............................................................61

EVA SENTFI Etude de la sensibilité du système de surveillance sentinelle des fièvres à Madagascar .......................................................................................41

FVR-ZORA La Fièvre de la Vallée du Rift chez l'homme et les bovins à Madagascar ......................................................................................................43

GISVEC GIS and VEctor Control program to identify priority areas for insecticide residual spraying............................................................................45

Hanta-MADOI Ecologie des Hantavirus à Madagascar et dans l’Océan Indien ..................47

HepMada Epidémiologie moléculaire des virus de l’hépatite B et E à Madagascar ......................................................................................................48

HMelioid Mélioïdose .........................................................................................................50

HPV Détection et génotypage des papillomavirus humains lies aux cancers du col de l’utérus...............................................................................................52

HTA L’hypertension artérielle chez les adultes âgés de 15 ans et plus à Moramanga : dépistage, risques et observance des traitements.................55

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i-CCM Evaluation économique de l’intégration du diagnostic et du traitement de la pneumonie dans la prise en charge communautaire du paludisme ..........................................................................................................57

IMI-CystiDiag Diagnostic de la Cysticercose à Madagascar : Développement et validation de tests de diagnostic sérologiques et moléculaires pour la cysticercose Humaine et porcine ....................................................................59

IMI-LeptoDiag Diagnostic de la leptospirose Humaine et animale à Madagascar ..............61

IMI-PaluSéro Le Paludisme à Madagascar : mesure de l’impact des mesures de lutte antipaludique et des changements épidémiologiques sur la transmission et le réservoir..............................................................................63

IMI-PaluVivax Le Paludisme à Plasmodium vivax à Madagascar : Caractérisation des nouvelles voies d’invasion de globules rouges/réticulocytes Duffy-négatif......................................................................................................65

IMMI Facteurs associés aux formes sévères de la grippe à Antananarivo...........67

LAMPIK Test de diagnostic rapide (LAMP) pour la détection des R aux antibiotiques ......................................................................................................68

Mada-Xpert Optimisation du diagnostic des tuberculoses pulmonaires à microscopie négative et des tuberculoses extra pulmonaires à l’Hôpital Universitaire Joseph Raseta de Befelatanana d’Antananarivo, Madagascar...........................................................................70

MADIHO Maladies diarrhéiques hospitalisées– Etude cas-témoins ............................72

MALNUT Etude sur la malnutrition et infections à Madagascar....................................74

MALPRED Mathematical models on surveillance data to detect epidemic thresholds & GIS technology to visualize trends in malaria incidence.........76

Mhealth Mobile Health ....................................................................................................78

PALEVALUT Evaluation opérationnelle de la lutte intégrée contre le paludisme. Madagascar, Bénin, Côte d’Ivoire, Cameroun, Niger....................................79

Palu-ASAQ Evaluation de l’efficacité thérapeutique de la combinaison Artésunate + Amodiaquine dans le traitement du paludisme non compliqué à Madagascar ......................................................................................................81

Palu-Diagnostic Apport du diagnostic biologique dans le contexte de l’élimination du paludisme à Madagascar.................................................................................83

PAUSENS Projet d’Appui aux Secteurs Essentiels de l’Education Nutrition et Santé .................................................................................................................85

Peste-ASM-MJG Suivi épidémiologique de la population du vallon Metzinger et ses abords à Mahajanga.........................................................................................87

Peste-ATB® Surveillance de la sensibilité deYersinia pestis aux antibiotiques et caractérisation de la nouvelle souche résistante à la streptomycine ...........89

Peste-FAS Peste asymptomatique et rôle du système immunitaire de l’hôte ................91

Peste-RR Etude de la réponse immunitaire lors d’une infection pesteuse : interaction hôte animal et Yersinia pestis.......................................................93

PorHumINF Evaluation du risque d’infection par les virus grippaux dans une population exposée aux porcs.........................................................................94

PRIZM Zoonoses des rongeurs : facteurs environnementaux et socio-économique associés aux risques (étude à l’échelle du paysage) ..............95

35

RIFT-Antsohihy Compréhension des mécanismes de transmission de la Fièvre de la Vallée du Rift dans un site pilote de Madagascar..........................................97

SENTFI Réseau de surveillance sentinelle des maladies à potentiels épidémiques à Madagascar.............................................................................99

SLIDE-DNA Détection moléculaire de la résistance aux anti-tuberculeux de Mycobacterium tuberculosis à partir d’échantillons conservés sur différents supports. .........................................................................................101

SSDS Système de suivi démographique et sanitaire à Moramanga (Madagascar) ..................................................................................................103

TB-Clin-Divers Réponse immune de l’hote associée aux facteurs bactériens de predisposition à la dissémination de mycobactérium tuberculosis et à la diversite de la forme clinique de la tuberculose.......................................105

TB-Genom Analyse de séquences de génomes de souches cliniques M. tuberculosis .....................................................................................................107

TB-KIDS Evaluation des nouvelles méthodes de diagnostic de la tuberculose intrathoracique de l’enfant dans trois villes d’Afrique subsaharienne : Abidjan (Côte d’Ivoire), Yaoundé (Cameroun) et Antananarivo (Madagascar) ..................................................................................................109

TB-LAMP Evaluation de la performance du kit LoopampTM MTBC pour la détection rapide du Complexe Mycobacterium tuberculosis. Protocoled’étude à Madagascar....................................................................................111

TB-LaTAS Tuberculose latente à Tunis (Tunisie), Antananarivo (Madagascar) et Saint-Louis (Sénégal). Etude pilote. .............................................................113

TB-SLIDE Distribution spatiale des génotypes des souches cliniques mycobacterium tuberculosis à Antananarivo. Etude pilote .........................115

Viro-ZORA Zoonoses, rongeurs et arboviroses à Madagascar .....................................117

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BGNBMR Etude des environnements génétiques des gènes de résistance de bactéries gram négatif

Correspondants :- Benoit GARIN- Jean Marc COLLARD

Email : [email protected] / [email protected]

Téléphone :+261 20 22 412 72

Date de rédaction :22/01/2015

Co-investigateurs de l’IPM- Tahiry Sylviane ANDRIAMANANTENA, bactériologie expérimentale,

[email protected]

Lieux des travaux :

Antananarivo

Budget total :7500 €

Co-investigateurs hors IPMLaurence RALAMBORANTO, Faculté des sciences, Département de Biochimie

Fondamentale et Appliquée - Université d’AntananarivoDate début : 1/11/2010 Date fin : 31/03/2015 Durée (mois) : 43

Financements : Institut Pasteur de Madagascar (projet de recherche interne)Mots clés : Résistances aux antibiotiques, gènes de résistance, éléments mobiles, bactéries gram-

Contexte & justificationLe présent programme s’intéresse aux bactéries de l’environnement résistantes aux antibiotiques et

isolées dans un cadre hospitalier (genres Chryseomonas, Pseudomonas, Stenotrophomonas, Aeromonas) ainsi qu’à des entérobactéries connues pour être à l’origine de certains gènes de résistance (genres Kluyvera, Morganella, Citrobacter) ou d’autres qui n’ont pas été inventoriées lors d’une première étude (genres Providencia, Pantoea, Serratia, Proteus). L'hôpital est un écosystème particulier où la pression de sélection de bactéries résistantes est élevée, avec des interactions multiples entre genres bactériens (flores des patients, bio-films, surfaces, matériels diagnostiques et thérapeutiques). C’est aussi une zone de multiplication et de dissémination des bactéries résistantes aux antibiotiques, dont une partie est d’origine communautaire. La transmission par « transfert horizontal » de matériel génétique est le principal mécanisme responsable de la dissémination des gènes de résistance au sein du monde bactérien et il concerne 80% des cas de résistances aux antibiotiques rencontrés en médecine humaine (Ploy et al., 2005).

ObjectifsL’objectif de ce travail est d’identifier chez des bactéries à Gram négatif d’origine hospitalière non-

inventoriées jusqu’à présent, leurs gènes de résistance aux antibiotiques et de caractériser leurs supports génétiques.

Méthodes- antibiogramme par méthode de diffusion des disques, CMI par E-test- gènes de résistance par PCR et séquençage- environnement génétique par caractérisation des plasmides (groupe d’incompatibilité), des intégrons

(classe) et de leur mobilité (conjugaison, électroporation).

Résultats & discussion Les souches de l’étude ont été isolées lors de trois programmes de recherche, les PTR 189 et 222 ainsi

qu’un projet BMR Befelatanana. Le nombre de souches résistantes aux antibiotiques sélectionnées pour l’étude était de 62.

Tableau I : Résistances aux antibiotiques des 62 souchesC3g* Céfoxitine Carbapénème Ciprofloxacine

Stenotrophomonas maltophilia 6/6 6/6 6/6 3/6Pseudomonas aeruginosa 2/2 NF 0/2 1/2Pseudomonas putida 1/1 NF 0/1 1/1Aeromonas hydrophila 1/1 NF 0/1 0/1Chryseomonas luteola 1/1 1/1 1/1 1/1Kluyvera spp. 1/1 0/1 0/1 0/1Providencia spp. 2/2 2/2 0/2 2/2Citrobacter spp. 17/17 15/17 1/17 7/17Morganella morganii 6/6 6/6 1/6 5/6Pantoea spp. 4/4 2/4 0/4 3/4Proteus spp. 4/4 2/4 0/4 2/4Serratia marcescens 17/17 15/17 0/17 1/17Total 62/62 49/58 9/62 26/62

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*Céphalosporine de 3ème génération NF : non-faitParmi les 33 gènes recherchés ciblant des résistances aux b-lactamines et aux fluoroquinolones, 14 ont

été retrouvés au moins une fois.

Tableau II : Répartition des gènes de résistances par famille d’antibiotiques parmi les 62 souches

Résistances ATB Gènes de R Nombre ObservationsC3g bla CTX-M1* 19n=62 bla CTX-M2* 1 dont 1 association avec CTX-M1et 8

bla CTX-M8* 3 dont 3 associations avec CTX-M1bla SHV 8 dont 2 associations avec CTX-M1bla TEM 18 dont 1 association avec CTX-M1, 8

dont 1 association avec CTX-M1 et SHVdont 2 associations avec SHVdont 13 associations avec CTX-M1

Cefoxitine CMY-2 7 dont 1 association avec CTX-M1dont 1 association avec SHV

n=49 cit 10 dont 6 associations avec CMY-2dha 12 dont 1 association avec CMY-2 et citacc 2 dont 1 association avec CMY-2mox 6 dont 6 associations avec dha

Carbapenèmes bla OXA-10 1n=9 bla OXA-23 1Fluoroquinolones qnr 16n=26 aac (6‘)-Ib 25 dont 13 associations avec qnr (0 variant)

* Familles CTX-M1, 2 et 8 (comprenant plusieurs gènes)

Les deux entérobactéries (Citrobacter freundii et Morganella morganii) avaient des CMI montrant une résistance à l’imipénème (respectivement 32mg/L et 16mg/L). Un gène bla OXA-23 a été mis en évidence chez C. freundii pouvant ainsi expliquer la résistance à l’imipénème. En revanche, pour M. morganii, aucun gène connu pour conférer une résistance à l’imipénème n’a été retrouvé.

La conjugaison et la transformation par électroporation ont indiqué que 51,6% des gènes de résistance sont localisés sur des plasmides. L’étude des groupes d’incompatibilité des plasmides par une PCR « replicon-typing » a montré la présence majoritaire de IncHI2, et dans une moindre mesure de IncFrepB et IncFII. Un typage moléculaire de toutes les souches de C. freundii, M. morganii et Serratia marcescensrésistantes aux C3G par REP-PCR a révélé que les souches ne sont pas clonales au sein d’une même espèce. Parmi les 62 souches analysées, 2 portaient des gènes de résistance peu ou non décrits dans l’espèce. Ce sont Providencia rettgeri avec bla OXA-10et qnrD (+ cmy-2 et cit) et C. freundii avec bla OXA-23 (+blaTEM). Le clonage du gène bla OXA-23 de C. freundii est en cours.

ImpactLes caractéristiques des supports génétiques de la résistance aux antibiotiques de ces genres

bactériens n’ont pas encore été décrites à Madagascar. Ces résultats permettront d’alerter les autorités sanitaires sur les infections nosocomiales à BMR et de décrire deux ou trois souches porteuses de gènes de résistance jamais décrits dans ces espèces.

Publications : néant

Communications orales ou affichées Andriamanantena T.Caractérisation des gènes de résistance aux β-lactamines chez les bactéries à Gram négatif dans les hôpitaux à Antananarivo entre Septembre 2006 et Mars 2008. Congrès Scientifique de la Faculté de Médecine, 30 Septembre 2014, Ivato Antananarivo.

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ChARLI Children’s antibiotic resistant infections in low income countriesCorrespondants :

- Benoit GARIN- Jean Marc

COLLARD

Email : [email protected]@pasteur.mg

Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Perlinot HERINDRAINY, unité épidémiologie, [email protected] Frédérique RANDRIANIRINA, centre de biologie clinque, [email protected] Elisoa RATSIMA-HARINIAINA, centre de biologie clinque, [email protected]

Co-investigateurs hors IPM- Didier GUILLEMOT, Michael PADGET, Bich-Tram HUYNH, Elisabeth DELAROQUE-- ASTAGNEAU, Unité de Pharmaco-épidémiologie et maladies infectieuses (PhEMI), Institut Pasteur, Université de Versailles St Quentin, Paris.- Maud SEGUY, Division International, Institut Pasteur à Paris.- à Antananarivo : Hôpital de Befelatanana, Hôpital mère-enfant de Tsaralàlana, CENHOSOA,

OSTIE, Clinique Fidy, Clinique Ste Fleur, Marie Stopes International.- à Moramanga : CHDII, CSBU, CSMI, SMIMO, Dispensaire des soeurs

Date début : 1/04/2012 Date fin : 31/03/2017 Durée (mois) : 60 Financements :Fondation de la Principauté de Monaco, Monaco.

Budget total :620 000 €

Mots clés : Infections pédiatriques, résistances aux antibiotiques, communautaireContexte & justification

Comme le soulignel’objectif 4 du Millennium Development Goal (MDG4), la santé infantile, entre 0 et 5 ans, constitue un axe d’action prioritaire dans les Pays en Développement (PED). Le premier mois de vie est la période où la diminution observée de mortalité reste actuellement la plus faible. Cette période néonatale concentre à elle seule un tiers des décès survenant avant l’âge d’un an, soit 4 millions de décès annuels dont un tiers à une moitié survient à la suite d’infections.

En l’absence de réseau de surveillance, seules les études, principalement transversales, permettent de dresser l’état des lieux de la résistance aux antibiotiques des bactéries liées aux infections des jeunes enfants en PED. La résistance aux antibiotiques des pathogènes à l’origine des infections néonatales semble avoir atteint un niveau inquiétant, à la fois à l’hôpital et en communauté. Cependant, la grande hétérogénéité, notamment dans la méthodologie, le choix des populations et les techniques de laboratoire utilisées, rend difficile les comparaisons entre les résultats issus des travaux existants. Les données disponibles sur les infections à bactéries multi-résistantes (BMR) des jeunes enfants restent encore très limitées en PED. Elles permettent cependant de suggérer, d’une part, l’existence d’une mortalité importante liée aux infections bactériennes, et d’autre part, des taux de résistance élevés chez les pathogènes en cause, en contexte hospitalier comme communautaire.

ObjectifsL'objectif principal est d'évaluer l'incidence aussi bien que les conséquences médicales et économiques des infections graves néonatale et infantiles causées par des bactéries résistantes aux antibiotiques. L'enquête concerne aussi bien les infections associées aux soins de santé que celles acquises en collectivité. http://www.charliproject.org

MéthodesPopulation de l’étude et recrutementCohorte de nouveaux nés et d’enfants jusqu’à l’âge de 18 mois. Le recrutement se fait à 2 moments : au

moment de l’accouchement ou en amont de l’accouchement lors d’une phase appelée pré-inclusion. L’exhaustivité du recrutement des naissances vivantes dans la population/zone géographique rural/urbain, est recherchée. Les sites d'étude sont constitués de trois quartiers du 3ème arrondissement de la Commune Urbaine d’Antananarivo (CUA) : Avaradoha, Besarety, Soavinandriana et de 6 quartiers de la Commune Urbaine de Moramanga : Ambohimadera, Ambohitranjavidy, Moramanga ville, Tanambao, Tsarahonenana, Tsaralalàna.

Le suivi des enfants est réalisé sur les 18 premiers mois de vie. En cas de fièvre authentifiée (≥ 38°C), l’enfant est examiné par un médecin, soit dans un centre de santé, soit à l’hôpital de niveau 1 ou de proximité. Les prélèvements sont acheminés au Centre de biologie clinique (CBC) de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) où ils sont analysés.

http://www.charliproject.org

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Prise en charge thérapeutique de l’enfant Elle est tout d’abord empirique selon les « standard operating procedures » de l’OMS, puis guidée par

les analyses microbiologiques qui sont transmises au médecin. Dans le cas d’une bactérie résistante aux antibiotiques, le traitement par l’imipénème est fourni si nécessaire.

BiobanqueAu CBC et à l’Unité de bactériologie expérimentale à l’IPM, chaque souche isolée est congelée et

conservée dans un congélateur à -80°C, de même que les prélèvements. Les souches d’entérobactéries présentant une béta-lactamase à spectre étendu (BLSE) sont aussi génotypées.

Résultats & discussion Les premières inclusions ont été faites à partir du 17/09/2012 (Etude pilote). Au 31/12/2014 (10 mois

après le démarrage du projet principal), le bilan de l’activité était le suivant :Antananarivo Moramanga Total

Femmes enceintes 493 589 1082Enfants 523 744 1267Arrêt prématurés 61 78 139Décès 11 10 21Enfants en cours de suivi 161 240 401

Une première analyse a été faite dans le cadre d’une thèse professionnelle par Fanny Chéreau (2012-2013) sur le portage de bactéries productrices de BLSE chez les femmes enceintes. Dans son étude, 139 des 179 femmes interrogées avaient subi un prélèvement de selles analysable. La recherche d’E(entérobactéries)-BLSE était positive pour 16 prélèvements. La prévalence de colonisation par des E-BLSE était de 11,5% (Intervalle de confiance (IC95%) 6.1-16.9) et ne différait pas significativement entre milieu rural et milieu urbain. L’espèce bactérienne majoritairement isolée était Escherichia coli. Au total, 26% des femmes ont déclaré avoir consommé des antibiotiques pendant la grossesse. En analyse multivariée, seul l’accès privatif à l’eau de boisson restait un facteur de risque significatif (OR=7.3 ; IC95% 1.7-30.7). L’utilisation d’une antibiothérapie récente était associée à la colonisation avec un OR de 2.5, (IC95% 0.7-8.7). Sachant que les deux facteurs principaux d’acquisition de bactéries résistantes dans une population sont la pression antibiotique et la consommation de soins de santé et que le facteur de dissémination est le contact inter-humain, nous aurions pu nous attendre à une différence de portage entre Moramanga et Antananarivo. Il est probable qu’une investigation de l’environnement pour comprendre ce taux de portage fécal élevé (mais semblable à une étude antérieure) devra être menée. D’autres études et analyses sont en cours et les résultats devraient être disponibles en 2015.

Depuis novembre 2013, le programme ChARLI a sollicité la mutuelle de santé AFAFI (Aro ho an’ny FAhasalaman’ny FIanakaviana) afin qu’elle puisse proposer une couverture santé à une population recrutée dans l’étude pilote (environ 500 familles). Le partenariat a pour objet l’extension de la couverture des soins de santé aux mamans ChARLI ainsi qu’aux membres de famille des bébés ChARLI.

Une série d’actions visant au renforcement des capacités locales (y compris la formation) et à la qualité et traçabilités des processus ont été également entreprises durant l’année 2014 :

- Activité d'amélioration de la prise en charge diagnostique des infections néonatales en particulier avec l'organisation de 2 séminaires avec les pédiatres (à Moramanga et Antananarivo) pilotés par la pédiatre néonatalogiste référente du projet (Dr Elsa Kermorvant)

- Amélioration de la qualité des données, avec en particulier le traçage des prélèvements à visée diagnostique

- Amélioration des pratiques de prélèvements sanguins (en particulier, hémocultures) des professionnels de santé par l'appui technique direct et la formation

- Le démarrage de deux thèses doctorales (un médecin de l'IPM et un étudiant de l'Institut Pasteur à Paris) ont aussi été formalisées

En ce qui concerne la gestion du projet, un bilan positif de la phase pilote à Madagascar a été établi et rendu à la Fondation de la Principauté de Monaco et le projet multi-centrique (cohorte de 18 mois) a démarré en mars 2014 après avoir recueilli les avis favorables des différents comités d’éthique.

ImpactLes données épidémiologiques et microbiologiques recueillies permettront de décrire au niveau local les

taux d’incidence des différentes étiologies bactériennes à l’origine d’infections sévères chez le nouveau-né et le jeune enfant, ainsi que les profils de résistance et les facteurs de risques associés; ce travail permettra aussi de guider le choix des traitements empiriques et à terme pour aider à l’amélioration globale des soins que nécessite ces infections par l’élaboration de « guidelines » mieux adaptés aux spécificités locales. La mise en place d’une cohorte internationale de jeunes enfants peut aussi servir de support pour la

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construction d’une véritable plate-forme de recherche appliquée permettant l’évaluation de vaccins, et d’outils de diagnostiques rapides.Publications:

- Chereau F, Herindrainy P, Garin B, Huynh BT, Randrianirina F, Padget M, Piola P, Guillemot D, Delarocque-Astagneau E. ESBL- and NDM-1-Producing Enterobacteriaceae Colonization Among Pregnant Women in the Community in a Low Income Country: a Potential Reservoir for Transmission of Multi-Resistant Enterobacteriaceae to Neonates. Submitted to Antimicrob Ag Chemother.

- Huynh BT, Padget M, Garin B, Herindrainy P, Kermorvant-Duchemin E, Watier L, Guillemot D, Delarocque-Astagneau E. Burden of bacterial resistance in low income countries: how convincing is the epidemiological evidence? Focus on neonatal infection – a systematic review. Submitted to BMC Infect. Dis.

Communications orales ou affichées: - Chereau F, Herindrainy P, Huynh BT, Padget M, Randrianirina F, Piola P, Guillemot D, Garin B,

Delarocque-Astagneau E. ESBL-producing Enterobacteriacae colonization among pregnant women in the community in Madagascar. 16th International Congress on Infectious Diseases, Cape Town, South Africa, April 2-5, 2014.

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ChART Dynamique de transmission des bactéries multi-résistantes (BMR) en néonatalogie


Email :[email protected]@pasteur.mg

Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPMVolasoa ANDRIANOELINA, bactériologie expérimentale

Lieux des travaux :Antananarivo, MadagascarCo-investigateurs hors IPM

- Zo ZAFITSARA, service de néonatalogie, CENHOSOA, Antananarivo- Lulla OPATOWSKI, unité de pharmaco-épidémiologie et maladies

infectieuses, Institut Pasteur à ParisDate début : 1/01/2014 Date fin : 1/01/2016 Durée (mois) : 24 Financements :Institut Pasteur à Paris, ACIP A-22-2013

Budget total :13 500€

Mots clés : Portage, colonisation, BMR, néonatalogie, environnement

Contexte & justification La diffusion des bactéries multi-résistantes (BMR) a un impact important sur les établissements de santé

du monde entier, aggravant le pronostic des malades infectés et augmentant les dépenses liées à leur prise en charge. Malgré le peu de données de qualité disponibles, quelques études montrent que ces BMR ont largement diffusé dans les hôpitaux africains. Les Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline (SARM) et les entérobactéries résistantes aux céphalosporines de 3ème génération (EBRCIIIG) sont les BMR les plus préoccupantes. La résistance des EBRCIIIG est principalement assurée par la production de -lactamase à spectre élargi (BLSE) de type CTX-M dont la diffusion est qualifiée de pandémique. La résistance à la méthicilline des S. aureus est liée à la synthèse d’une protéine de liaison à la pénicilline, la PLP2a, qui possède une faible affinité pour les -lactamines. Quelques clones de SARM ont émergé et sont responsables à eux seuls de la plupart des infections nosocomiales dans le monde, bien que la majorité des clones majeurs en Afrique soient rarement retrouvés sur les autres continents. Les infections néonatales dans les PVD sont considérées comme une cause prédominante de létalité et ont été identifiées comme un axe d’amélioration indispensable pour faire reculer la mortalité infantile. Les étiologies bactériennes sont en majorité des entérobactéries multi-résistantes aux antibiotiques d’acquisition nosocomiale. L’infection néonatale est considérée comme l’étape finale succédant à une série d’évènements antérieurs de portage, de colonisation et de contamination de la mère, du personnel soignant et de l’environnement. En effet, les infections ne représentant que la partie « émergée de l’iceberg », l’analyse épidémiologique de la résistance se doit d’évaluer aussi les dynamiques de colonisation.

ObjectifsL’objectif principal de ce projet est de mesurer et d’analyser les évènements de transmission inter-

individuelle d’EBRCIIIG de manière à modéliser la transmission de ces bactéries dans un service de néonatalogie.

Méthodes Population Il s’agit d’une cohorte prospective constituée de nouveau-nés hospitalisés, de l’accompagnant principal

et de l’ensemble des personnels soignants dans le service de néonatalogie, de l’hôpital CENHOSOA à Antananarivo.

Inclusion des participants A l’inclusion, des prélèvements systématiques du nouveau-né, de son accompagnateur principal et de

l’ensemble du personnel soignant sont effectués pour détecter la colonisation des EBRCIIIG au niveau intestinal. Le portage d’EBRCIIIG au niveau des mains est recherché uniquement chez l’accompagnant principal et le personnel soignant. En présence de lésions cutanées, un prélèvement est effectué pour détecter la colonisation par EBRCIIIG, mais également des bactéries pathogènes. Les données sur les caractéristiques socio-démographiques et les antécédents médicaux sont aussi collectées.

Suivi des participantsLe type de prélèvements est le même qu’à l’inclusion. Le rythme de ces prélèvements dépend de la

durée de l’hospitalisation : pour les nouveau-nés et l’accompagnant principal, tous les 7 jours, si la durée d’hospitalisation est >7 jours, dans le cas contraire, uniquement lors de la sortie de l’hôpital. Le personnel soignant est prélevé de façon hebdomadaire. Pour l’accompagnant principal et le personnel soignant, la recherche d’EBRCIIIG au niveau des mains se fait tous les deux jours. En présence de lésions cutanées, un prélèvement de ces lésions est effectué pour détecter la colonisation par EBRCIIIG, mais également par des

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bactéries pathogènes. Les données enregistrées concernent les facteurs de risque présumés de portage/colonisation et de transmission : topologie relationnelle, les actes invasifs effectués, l’administration d’antibiotiques que ce soit de manière préventive ou curative, la consommation d’antibiotiques de l’accompagnant principal, les hospitalisations et les périodes de travail du personnel soignant.

Recherche d’EBRCIIIG dans l’environnementDes prélèvements environnementaux sont réalisés en début, milieu et fin de projet sur les sources de

contaminations à risque. Les données générées ne sont pas utilisées dans le modèle mathématique de transmission des BMR mais elles permettent d’identifier des points critiques pour définir des recommandations afin de diminuer les contaminations.

Recueil des données bactériologiquesPrélèvements : Les prélèvements pour la recherche d’EBRCIIIG sont réalisés par écouvillonnage des

éventuelles lésions cutanées, de l’ampoule rectale ou sur une émission de selles. Les prélèvements de la flore cutanée sont réalisés par apposition des doigts de la main (2, 3 et 4) sur une gélose sélective. Les prélèvements environnementaux sont réalisés par gélose contact ou écouvillonnage.

Procédures microbiologiques : Les étapes de microbiologie clinique comprennent des cultures sur milieux sélectifs, une identification, un antibiogramme par la méthode de diffusion en milieu gélosé selon les recommandations du comité de l’antibiogramme de la société française de microbiologie et une conservation par congélation à -80°C des colonies.

Procédures moléculaires : Le typage du fond génétique des EBRCIIIG est réalisé par Rep-PCR/ERIC-PCR, PFGE et/ou multilocus sequence typing (MLST).

Plan d’analyse Les données seront analysées à l’aide de modèles statistiques et mathématiques de la dynamique de

transmission des bactéries.

Résultats & discussionL’étude a débuté le 27/08/2014 et 21 nouveau-nés (53 écouvillonnages rectaux), 23 accompagnants (38

émissions de selles, 51 appositions de doigts) et 19 personnels soignants (81 émissions de selles, 208 appositions de doigts) ont été inclus et 77 prélèvements environnementaux effectués. Au total, 505 prélèvements ont été inclus dans l’étude jusqu’à présent. Après culture sur le milieu sélectif CHROMagar ESBL, 27,2% des prélèvements ont donné des colonies (N=121) sur le milieu sélectif, dont la majorité est représentée par des Escherichia coli (39,7%), des Klebsiella pneumoniae (28,1%), des Enterobacter spp. (14,9%), mais aussi d’autres bactéries comme Cronobacter sakazakii et Acinetobacter spp. La majorité de ces souches (N=102 ; 84,3%) produisaient une BLSE. Les prévalences de colonisation par des BMR à l’inclusion pour les nouveau-nés, accompagnants et personnels soignants étaient respectivement 42,9% (IC 95% : 21,7-64,2), 34,8% (IC 95% : 30-38), 26,3% (IC 95% : 6,4-45,6). Les taux d’acquisition (acquisition prolongée ou temporaire) pour les non-porteurs après l’inclusion étaient de 36,8%, 19% et 13% respectivement pour les personnels soignants, les accompagnants et les nouveau-nés. Des typages moléculaires seront réalisés afin de caractériser les clones circulants pour mettre en évidence les liens génétiques entre les différentes souches obtenues. Cette caractérisation permettra aussi de quantifier la transmissibilité relative des différents clones entre les personnes et de déterminer les différentes routes de transmission. Le but de ce travail est d’identifier les dangers et étapes critiques de la transmission des BMR en milieu hospitalier (service de néonatalogie) dans un pays en voie de développement pour en permettre la maîtrise.

Impact Mise en place d’intervention guidée par la scénarisation du modèle. Le modèle développé et paramétré pourra être directement utilisé en vue de guider la mise en place de mesures de contrôle visant à réduire la transmission des BMR dans les services. En effet, plusieurs stratégies de contrôle (ou combinaisons d’entre elles) pourront être simulées et leur effet sur la prévalence des BMR dans les services comparés. Il sera ainsi possible d’évaluer l’effet de différentes politiques d’hygiène, d’exposition aux antibiotiques ou de réorganisation dans les services sur la diffusion des clones et d’identifier les mesures ou combinaisons de mesures les plus efficaces.

Publications & Communications orales ou affichées : néant.

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Diabète Prévalence du diabète et de ses facteurs associés et état des lieux de la prise en charge des patients diabétiques au sein de l’observatoire de population de Moramanga, Madagascar.

Correspondant :Claire VIDEAU

Email :[email protected]

Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Rila RATOVOSON, unité épidémiologie, [email protected] Christophe ROGIER, directeur, [email protected] Patrice Piola, unité épidémiologie, [email protected]

Lieux des travaux :District de

Moramanga

Date début : 31/03/2014 Date fin : 31/12/2014 Durée (mois) : 09Financement : Institut Pasteur de Madagascar Budget total :

14 450€Mots clés : Madagascar, dépistage, communauté, diabète, adulte

Contexte & justificationSuite à des changements de mode de vie, le poids des maladies non transmissibles devient grandissant

dans les pays en développement. Mais les maladies chroniques comme le diabète ne sont pas considérées comme une priorité de santé publique à Madagascar. Des études sur la prévalence en communauté et la prise en charge du diabète y demeurent encore rares. Moramanga a été désigné comme un site d’étude pour le développement de recherche clinique de l’Institut Pasteur de Madagascar. Une enquête en population à Moramanga sur la prévalence et les facteurs associés du diabète ainsi qu’un état des lieux de la prise en charge des patients diabétiques ont été réalisés dans ce site d’étude.

Objectifs Evaluer la prévalence du diabète et de ses facteurs associés dans le système de surveillance

démographique et de santé (SSDS) de Moramanga et réaliser un état des lieux de la prise en charge des patients diabétiques à Madagascar.

MéthodesIl s’agit d’une étude transversale qui s’est déroulée dans les 3 communes concernées par le SSDS à

Moramanga. Pour pouvoir mettre en évidence un facteur de risque avec un odds ratio OR=2,5 chez 33,3% de la population témoin et 55,6% de la population diabétique avec un niveau de confiance à 95% et une puissance à 80%, un échantillon de 1317 individus était nécessaire. En tenant compte des éventuels refus et absences, un échantillon de 1560 individus a été tiré au sort parmi la population âgée de plus de 20 ans recensée dans le SSDS. Les critères d’inclusion étaient être âgés de 20 ans ou plus et résidant à Madagascar depuis au moins 5 ans. Une mesure de la glycémie à domicile et un questionnaire standardisé ont été utilisé chez tous les individus inclus. Pour ceux dont la glycémie était élevée, et ceux déjà diagnostiqués diabétiques, des analyses complémentaires ont été effectuées pour confirmer ou infirmer le statut de diabétique. Ont été défini comme diabétique tout individu ayant :

- un taux de glycémie à jeun supérieure ou égale à 1,26g/L,- ou une hyperglycémie provoquée par voie orale (HGPO) supérieure ou égale à 2g/L- ou un taux d’hémoglobine glyquée supérieure à 7% - ou une personne diagnostiqué comme diabétique dans les 12 derniers mois avec mesure de la

glycémie à domicile sans équivoque (supérieure ou égale à 2g/L)- ou une personne sous traitement antidiabétique au moment de l’enquête.

Parallèlement, une enquête auprès du personnel de santé impliqué dans la prise en charge des patients diabétiques a été également effectuée.

Résultats & discussionLe recueil des données sur le terrain s’était déroulé en 2 séries : la première en juillet-aout 2014 et la

deuxième en octobre-décembre 2014. Durant le premier recueil, 888 individus ont été dépistés sur les 1560 prévus. Le taux d’absence au

domicile lors des trois passages prévus a été de 16,4%, 7,8% ont déménagé et 3,0% ont refusé de participer. L’âge moyen des individus enquêtés à domicile était de 39 ans et 45,5% d’entre eux étaient des hommes. En milieu urbain, 14,7% des individus étaient dans le secteur privé et 36,2% dans le secteur informel. En milieu rural, la majorité (72,0%) était des cultivateurs.

Quinze individus ont été confirmés comme diabétiques dont trois déjà diagnostiqués. Au moment de l’analyse préliminaire, 43% des individus qui devaient faire les analyses complémentaires ne s’étaient pas encore présentés au rendez-vous. La prévalence du diabète a été estimée à 2,8% (intervalle de confiance à

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95% IC95% [1,7-3,8]). L’âge élevé, l’obésité et le surpoids, l’hypertension artérielle, l’inactivité physique et les antécédents familiaux ont été identifiés comme les facteurs de risques dans cette population.

Concernant les pratiques de prise en charge du diabète dans les formations sanitaires, 11 structures étaient fonctionnelles dans la zone d’étude. Trois sur 11 disposaient d’au moins un glucomètre fonctionnel, des bandelettes et des lancettes. Toutes étaient des structures de zone urbaine. Pour la prise en charge du diabète, aucun des professionnels de santé interrogés n’avait connaissance des recommandations du ministère de la santé de 2013. Leur pratique dépendait uniquement de leur formation initiale et de leurs recherches personnelles. Seul un médecin, représentant de l’association malagasy contre le diabète (AMADIA) à Moramanga, avait reçu des formations de la part de celle-ci.

Pendant le deuxième recueil, 638 individus ont été visités à domicile pour participer à l’étude. Quinze individus (2,3%) ont refusé, 70 (11,0%) ont déménagé et 22 (3,4%) étaient absents. Sur les 531 dépistés, cinq ont été diagnostiqués comme diabétiques (0,9% IC95% [0,3-2,2]). Les résultats de cette deuxième série sont en cours de compilation avec la première pour être analysés.

Les données analysées au moment de ce rapport demeurent des données préliminaires.

ImpactA notre connaissance, cette étude constitue la première étude sur le diabète réalisé en milieu

communautaire à Moramanga. Les résultats pourront permettre de sensibiliser la communauté nationale au problème du diabète afin que les recommandations soient mises en oeuvre.

Publication : néant

Communications orales- VIDEAU C. Prévalence du diabète et ses facteurs associés, et état des lieux de la prise en charge des

patients diabétiques, au sein de l’observatoire de population de Moramanga, Madagascar. Mémoire de Master Sciences, Technologies, Santé Spécialité Santé Internationale ISPED Bordeaux. 16 Septembre 2014.

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DynRMC Etude de la dynamique des résistances aux antibiotiques en milieu communautaire


Email :[email protected]@pasteur.mg

Téléphone :+261 20 22 412 72


PI : RAFETRARIVONY Lala, [email protected] de l’IPM

- Alexandra BASTARAUD, laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement, [email protected]

Lieux des travaux :Beontsa, Madagascar

Co-investigateurs hors IPM- Chitale REMONJA, Master 2, IFMT, [email protected]

Date début : 1/04/2012 Date fin : 31/10/15 Durée (mois) : 30 Financements : Projet Interne. IB : 17-03


Mots clés : Bactéries, antibiorésistance, colonisation, communautaire, environnement

Contexte & justificationLes bactéries résistantes aux antibiotiques se détectent principalement dans les hôpitaux, mais aussi

chez les êtres humains et les animaux, qu’ils soient malades ou non (portage, colonisation), ainsi que dans d’autres écosystèmes comme les sols et les eaux. Les résistances en milieu communautaire ont été peu étudiées. La prévalence des résistances, de même que les mécanismes régissant la circulation de ces souches dans ce milieu sont mal connus.

Objectifs Etudier la faisabilité d’un suivi de foyers familiaux pour évaluer et caractériser les bactéries résistantes

aux antibiotiques, en portage et dans l’environnement.

Méthodes - l’étude préliminaire a pour objectif d’identifier 6 foyers familiaux qui seront suivis sur une année- le site choisi est le village de Beontsa dans la périphérie de Moramanga- des prélèvements de selles sont réalisés chez les membres de ces foyers familiaux tous les 2 mois et

les bactéries résistantes aux antibiotiques présentes dans leur flore intestinale et dans leur environnement y sont recherchées (selles animales, eaux, sol). L’analyse des données est faite dans un but descriptif plutôt qu’analytique, étant donné le faible effectif de cette étude de faisabilité.

- une méthode de détection des bactéries résistantes aux antibiotiques a été utilisée et validée. Elle consiste dans une première étape à étudier la capacité d’une méthode, le replica plating method (RPM) à reproduire un nombre constant de colonies bactériennes lors de leurs transferts à partir d’un milieu de Drigalski sur des milieux de Mueller-Hinton (MH) avec antibiotique (reproductibilité du dénombrement), par l’intermédiaire d’un tissu de velours tendu sur un support. Dans une seconde étape, elle consiste à déterminer les concentrations de 5 antibiotiques (ampicilline, ceftazidime, céfotaxime, acide nalidixique, ciprofloxacine) dans un milieu de MH permettant de détecter les bactéries résistantes à ces 5 antibiotiques dans des selles, des eaux et du sol (sensibilité, spécificité).

Résultats & discussion La phase préliminaire a été menée du 2 au 6/04/2012, puis 5 enquêtes de suivi tous les deux mois,

entre août 2012 et septembre 2013. Ce travail de terrain a été mené en parallèle avec la mise au point des techniques de laboratoire.

Validation de la méthode de replica plating pour la recherche et le dénombrement de coloniesrésistantesCette méthode a été validée lors d’un stage d’un étudiant en Master 2 (soutenance 18/10/2013). La

reproductibilité, la sensibilité et la spécificité variaient en fonction du type d’antibiotique et du type de matrice. Globalement les caractéristiques étaient bonnes et cette méthode pouvait être utilisée sur le terrain.

Résultats enquête préliminaireSur les 129 selles, 99 (77%) présentaient une culture bactérienne positive (196 bactéries isolées) dont

75% étaient des entérobactéries, les 25% restant étant des bactéries à Gram négatif non-entérobactéries (NE). La recherche de résistance aux antibiotiques a montré 6 résistances à la ciprofloxacine et aucune aux céphalosporines de 3ème génération (C3G).

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Résultats des enquêtes de suiviSix foyers composés de 43 personnes, avec un nombre moyen de 7,17 personnes par foyer (extrêmes :

6-9) ont été suivis. Le sex-ratio était de 1,05 avec 22 hommes et 21 femmes. L’âge moyen global était de 16,7 ans (extrêmes : 1-50 ans), 65% de la population était composée d’enfants. Dix-sept personnes (40%) avaient consommé au moins une fois un antibiotique durant la durée de l'étude et la moitié d'entre eux par automédication. Les antibiotiques utilisés étaient l'amoxicilline (38,2%), les tétracyclines (35,3%) le cotrimoxazole (8,8%) ou des antibiotiques inconnus dans 16,6% des cas. Les C3G et les fluoroquinolones ne faisaient pas partie des antibiotiques consommés.

Dix-sept (17) entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre élargi (BLSE) ont été isolées, majoritairement en portage fécal asymptomatique humain (11/17) avec une prévalence moyenne de 6,9% (IC 95%, 1%-13%). Elles ont été aussi retrouvées dans des bactéries provenant des animaux, du sol ou des eaux sales. Escherichia coli était l’espèce la plus fréquente et blaCTX-M15 était le principal gène de résistance rencontré. Le gène qnrB a été le plus souvent retrouvé pour la résistance aux fluoroquinolones. Aucune bactérie productrice de carbapénémase n’avait été détectée.Par ailleurs, l’environnement constitue un large réservoir d’autres bacilles Gram négatif non-Entérobactéries opportunistes et multi-résistantes (Acinetobacter, Stenotrophomonas…).

Les BMR (BLSE) étaient présentes depuis la première jusqu’à la 4ème visite, particulièrement chez les humains, mais la persistance de phénotypes de résistance n’a pas été clairement démontrée.

La circulation de BMR telles que les entérobactéries productrices de BLSE est un signal inquiétant de la diffusion de bactéries et des gènes de résistances dans la communauté rurale. La prévalence de portage d’EBLSE chez les humains est légèrement inférieure (7%) à celle retrouvée dans la Capitale (10%). L'origine, le support génétique et le mode de transmission de ces gènes de résistances aux flores bactériennes commensales de l’homme sont encore mal compris mais leur présence dans l'environnement doit être prise en considération pour éviter leur dissémination.

Publications Sur la validation de la technique de laboratoire : un mémoire de Master 2 en 2013 intitulé « Validation

d’une technique bactériologique de détection et de dénombrement de bactéries résistantes en portages et dans l’environnement ». Auteur : ANDRIANOELINA Volasoa.

Sur les résultats de l’étude de terrain qui a permis la réalisation : - Deux master 2 d’étudiants de l’Institut de la Francophonie de Médecine Tropicale de Ventiane au

Laos : en 2012, intitulé « Portage intestinal d’Entérobactéries multirésistantes en milieu rural malgache isolé ». Auteur : Dr Mahandry Elie-Jean TAFARAMAHAVONJY. e en 2013, intitulé « Dynamique des populations bactériennes résistantes aux C3G et aux fluoroquinolones en milieu rural isolé malgache ». Auteur : Dr RABAOARISOA Chitale Remonja.

- Une thèse vétérinaire en préparation de soutenance (soutenance prévue début 2015), intitulée « Circulation de bactéries résistantes aux C3G et FQ en milieu communautaire de Moramanga ». Auteur : RAFETRARIVONY Lala Fanomezantsoa.

Communications orales- RAFETRARIVONY LF. Prévalence de la résistance aux C3G dans un milieu rural de Moramanga –

Madagascar en 2012/2013 au Congrès de la Médecine au Centre de Conférence Internationale Ivato, Antananarivo, Octobre 2014.

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ENISM 2014 Enquête Nationale sur l’Iode et le Sel à MadagascarCorrespondant :Rindra RANDREMANANA

Email : [email protected]

Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Alexandra Bastaraud, LHAE, [email protected] Aina Harimanana, unité d’épidémiologie, [email protected] Frédérique RANDRIANIRINA,CBC,[email protected]

Lieux des travaux :90 Fokontany, Madagascar

Co-investigateurs hors IPM- Olivier RAZAFINIMANANA, SPPCM, Ministère de la Santé- Lalaharizaka Andriantsarafara, Office National de Nutrition

Date début : 01/09/2014 Date fin : 31/10/2015 Durée (mois) : 13Financements :UNICEF

Budget total :157 311 $

Mots clés : Statut en iode, sel, Madagascar

Contexte & justification L’iode est un micronutriment essentiel pour la synthèse des hormones thyroidiennes, lesquelles sont

indispensables pour le développement du cerveau. La carence en iode provoque des troubles pouvant être graves qui sont regroupées sous le nom de « troubles dus à la carence en iode » (TDCI). Ces troubles incluent le goitre endémique, le retard de croissance linéaire et intellectuel, les avortements spontanés et la mortalité infantile. La carence en iode est une des premières causes de retard mental évitable dans le monde, les moyens de prévention consistant en la supplémentation en capsule d'iode, la promotion de la consommation d'aliments riche en iode et l’iodation du sel. Le sommet mondial de l’enfance qui s’est tenu à New-York en 1990, a reconnu l’importance de l’élimination de la carence en iode au niveau mondial. En 1993, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a affirmé que la stratégie principale pour atteindre cet objectif est l’iodation du sel. Au cours des dernières décennies, la majorité des pays dans le monde a adopté des textes législatifs et réglementaires rendant obligatoire l’iodation universelle du sel destiné à l’alimentation humaine et animale. Depuis, plusieurs indicateurs ont été utilisés pour évaluer l’impact de ces programmes au niveau de la population : la médiane de la concentration urinaire en iode et la proportion des ménages disposant de sel iodé et de sel adéquatement iodés (supérieur ou égal à 15 ppm d’iode).

A Madagascar, la stratégie d’iodation universelle du sel a été appliquée à partir de février 1996. En plus de la législation, un suivi de la qualité du sel iodé a été mis en place. Il implique des contrôles de qualité internes, au niveau des sites de production, et externes menés par les districts sanitaires et les laboratoires de référence.Depuis l’adoption de la stratégie d’iodation du sel, les enquêtes nationales réalisées depuis 1997 ont montré que la proportion de ménages disposant de sel iodé était 73% en 1997, 75% en 2003 et 72% en 2008, toujours en dessous du seuil recommandé par l’OMS qui est de 90%. En 2008, on notait que 53% des ménages disposant des sels iodés avaient des sels avec une teneur en iode adéquate. Cependant aucune donnée représentative au niveau national sur le statut en iode de la population mmalagasy n’est disponible depuis le début de la mise en place du programme de lutte contre les TDCI.

Objectifs - déterminer le statut en iode de la population malagasy- déterminer la disponibilité de sel iodé dans les ménages et évaluer leur teneur en iode- estimer la consommation de sodium dans un sous-échantillon d’individus

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Méthodes Il s’agissait d’une étude transversale basée sur la technique de sondage stratifiée en grappes à deux degrés, avec probabilité proportionnelle à l’effectif de la population. L’échantillon de l’enquête a été conçu de manière à fournir des données représentatives au niveau national et au niveau de 3 strates. Ces strates composées de plusieurs régions, ont été délimitées en fonction de la disponibilité de sel adéquatement iodé (sur la base de résultats de l’enquête démographique et de santé 2008). Les grappes ont été constituées par les Fokontany. Conformément à la méthode couramment utilisée pour les enquêtes d’évaluation du statut en micronutriments de la population, l’enquête a porté sur 30 grappes. Ainsi, pour chaque strate, 30 grappes ont été sélectionnées et au total 90 grappes ont été tirées au hasard. Le premier degré de l’échantillonnage a été constitué par les Fokontany (quartiers) choisis de manière aléatoire et proportionnelle à l’effectif de la population par Fokontany. Au 2ème degré, dans chaque Fokontany, 19 à 20 ménages ont été sélectionnés aléatoirement selon un pas de sondage calculé en fonction du nombre d’habitations dans le Fokontany. Toutes les femmes en âge de procréer de 15 à 49 ans, consentantes, enceintes ou non et résidant dans les ménages sélectionnés ont été incluses dans l’étude. Les recueils des données sur les caractéristiques des ménages, celles des sujets inclus et les aliments consommés la veille de l’enquête y compris les repas

pris en dehors du foyer ont été faits directement sur tablette. La taille d’échantillon prévue a été de 1736 femmes dans les 3 strates; le calcul a été réalisé sur la base d’une prévalence attendue d’hypoiodurie de 20%, d’une précision de 5%, d’un effet de grappe de 2 et d’un taux de non-répondant à 15%. Pour atteindre le nombre de sujets nécessaires de 1736 femmes, environ 578 femmes ont été recrutées par strate, donc 20 femmes par grappe. Un échantillon d’urine de 25 ml a été demandé à chaque femme afin de déterminer la concentration urinaire en iode, la mesure a été réalisée par spectrophotométrie après digestion au persulfate d’ammonium. Pour les sujets qui n’ont pas pu donner leur date de dernières règles, un test de grossesse a été réalisé. En même temps, la disponibilité du sel au niveau des ménages sélectionnés a été demandée et un échantillon de 30 à 50g de sel de cuisine a été collecté dans chaque ménage afin d’évaluer la présence d’iode dans le sel et, le cas échéant, mesurer la teneur en iode dans le sel par la méthode titrimétrique standard. Deux cent personnes choisies au hasard dans les ménages sélectionnés ont fait l’objet de collecte d’un échantillon de 5ml d’urine de 24 heures qui a servi ensuite a évaluer la teneur de sodium, potassium et créatinine urinaire par la méthode de potentiométrie directe.

RésultatsL’enquête terrain a démarré fin novembre 2014 et a duré en moyenne 3 semaines. Elle a été menée

dans 90 Fokontany répartis aléatoirement dans les 3 strates définies (cf. Carte). Nous avons inclu 1760 femmes en âge de procréer appartenant à 1304 ménages. Environ 1209 échantillons de sels de cuisine ont été collectés. Deux cents échantillons d’urine de 24 heures en vue de la détermination du niveau de consommation de sodium ont été obtenus.

La réalisation des analyses biologiques des urines (IPM), des sels (Ministère de la Santé) est en cours ainsi que le nettoyage de la base de données.

Impact Cette étude permettra de disposer des données sur le statut en iode de la population à Madagascar

après quelques années de mise en œuvre du programme de lutte contre les TDCI. Elle permettra également d’avoir quelques données de base sur le niveau de consommation de sodium dans un sous-échantillon de la population. Ces informations permettront d’identifier des axes d’intervention pour améliorer le programme d’iodation du sel et de contrôle de la consommation de sel à Madagascar.

Publications & Communications orales ou affichées : néant

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Entomo-Eval-Cases Evaluation d’un nouveau produit insecticide, le chlorfenapyr, dans les cases pièges

Correspondant :Sébastien BOYER


Téléphone :+261 20 22 401 64


Co-investigateurs de l’IPMSanjiarizaha RANDRIAMAHERIJAONA, unité entomologie médicale, [email protected] RATOVONJATO, unité entomologie médicale, [email protected]

Lieux des travaux :Moramanga

Date début : 1/09/2014 Date fin: 31/08/2015 Durée (mois) :12

Financements :- B.A.S.F Budget total :

23 546 €Mots clés : Cases pièges, chlorfenapyr, vecteurs, pulvérisation intra-domiciliaire, Madagascar

Contexte & justificationL'Organisation mondiale de la santé (OMS) recommande au Programme national de lutte contre le

paludisme (PNLP) une rotation d'insecticide pendant les pulvérisations intra-domiciliaires (PIDs) tous les 3 ans. Cette méthode permet d’éviter l'acquisition rapide des mécanismes de résistance aux insecticides.Sur les hautes terres centrales (HTC) de Madagascar, la PID utilisant le DDT (organochloré) a été initiée par le PNLP depuis 1949 jusqu’en 2004. Entre 2005 et 2009, l’alphacypermethrine, un pyréthrinoïde choisi pour son efficacité et sa rémanence de 4 à 6 mois, a été utilisée dans les campagnes d’aspersion intra-domiciliaires d’insecticides sur les HTC. Depuis 2010, l‘alphacypermethrine a été remplacée par du bendiocarbe dans les zones couvertes par les moustiquaires imprégnées d’insecticide (pyréthrinoïdes) à longue durée (MIlLDs). L'objectif principal de ce projet scientifique est de déterminer la persistance d'un insecticide particulier qui pourrait être un candidat pour les prochaines années : le chlorfenapyr. Il appartient à la classe chimique des pyrroles et agit en perturbant la production d'ATP (adenosine triphosphate) par phosphorylation oxydative dans les mitochondries des cellules des moustiques. Le chlorfenapyr facilite la perte de proton de l'intérieur vers l'extérieur de la mitochondrie. Couplées à une source d'énergie protonique, les mitochondries ne sont pas capables de générer de l'ATP et les cellules cessent de fonctionner. Le chlorfenapyr est un pro- insecticide qui est activé par des monooxygénases à cytochrome P450 en son métabolite plus actif. La mortalité est maximisée à 48 heures et à 72 heures après l'exposition.

Objectifs- Déterminer la rémanence et l’activité résiduelle du chlorfenapyr.- Evaluer l’efficacité du chlorfenapyr en milieu naturel semi-contrôlé (cases pièges), en déterminant

l’effet létal, l’effet dissuasif, l’effet d’inhibition et l’effet d’expulsion de l’insecticide.

Matériels et Méthodes- Sites d’études : stations expérimentales de Saharevo et d’Ambohitranivo dans le district de

Moramanga qui se trouve sur une zone de transition entre la côte–est et les HTC de Madagascar. Trois espèces d’anophèles vectrices : An. arabiensis, An. gambiae s.s. et An. mascarensis sont présents dans ces deux sites. Des cases représentant les différents types d’habitat trouvés à Madagascar (case en brique, en bois, en tôle, en torchis et en matière végétale ou « falafa ») ont été construites en double dans chaque station, l’une pour recevoir le traitement, l’autre comme témoin.

- Moustiques utilisés pour les tests en cônes : une souche de laboratoire : Anopheles arabiensis.- Capture mensuelle dans les cases pièges : les moustiques capturés sont enregistrés selon leur état

(morts/vivants et gorgés/non-gorgés) et leur lieu de capture (intérieur/extérieur).- Tests en cônes mensuels selon le standard OMS: effectués dans les cases pièges et dans 28 autres

maisons habitées avoisinant les deux stations expérimentales (14 à Saharevo et 14 à Ambohitranivo).

Résultats et discussion

Un total de 1225 moustiques a était capturé dans les cases pièges pendant la période pré-traitement, de septembre 2014 à décembre 2014 dans les deux sites expérimentaux (449 moustiques à Ambohitranivo et 776 à Saharevo). 62,1% des moustiques sont des vecteurs du Plasmodium dont : Anopheles. gambiae sl. 6,4%, An. mascariensis : 2,1%, An. coustani : 7,3% et An. squamosus/cyddipis : 46,3%.

50

Le résultat des tests en cônes effectuées sur les murs pendant la période pré-traitement montrait une mortalité inférieure à 2%, vérifiant la non-contamination des murs.

Impact Cette étude menée en condition semi-naturelle contrôlée selon la méthodologie des essais de phase II

du protocole WHOPES, permettra de vérifier l’efficacité du chlorfenapyr insecticide candidat pour les campagnes de PID à Madagascar et d’évaluer sa rémanence sur différents matériaux, informations utiles à l’élaboration des stratégies de lutte et au choix des méthodes. Par ailleurs, ce dispositif permettra d’étudier les comportements des moustiques, en particulier les comportements d’évitement qui peuvent leur servir à résister aux insecticides.


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Entomo-PALEVALUT Évaluation de l’efficacité opérationnelle des stratégies de lutte antivectorielle contre le paludisme et de ses déterminants

Correspondant :Sébastien Boyer


Téléphone :+261 32 66 595 61


Co-investigateurs de l’IPM- Thomas Kesteman, unité paludisme, [email protected] Christophe Rogier, directeur IPM, [email protected] Jocelyn Ratovonjato, unité entomologie médicale, [email protected] Sanjiarizaha Randriamaherijaona, unité entomologie médicale,

[email protected]

Lieux des travaux :Brickaville et

AnkazobeMadagascar

Co-investigateurs hors IPM- Cédric Pennetier, MiVEGEC (UM1-UM2-CNRS 5290-IRD 224)

IRD /CREC, 08 BP 841, Cotonou, BENIN- Franck Remoue, UMR MIVEGEC - Maladies Infectieuses et Vecteurs

(IRD224-CNRS5290-UM1-UM2), IRD/CREC, Cotonou - BENINDate début : 01/11/2013 Date fin: 31/12/2014 Durée (mois) :13 Financements :Dispositif 5% Fonds Mondial / FEI-MAEE France


Mots clés : paludisme, vecteurs, lutte anti-vectorielle, efficacité opérationnelle, évaluation.

Contexte & justification L’efficacité opérationnelle de la lutte anti vectorielle (LAV) déployée dépend de la qualité du support

traité avec de l’insecticide (moustiquaires imprégnées d‘insecticide à longue durée ou MIILD et pulvérisation intra-domiciliaire ou PID), la sensibilité des vecteurs du paludisme aux insecticides utilisés et les comportements des vecteurs et des humains. Toute modification de ces paramètres est susceptible de diminuer l’efficacité opérationnelle de la LAV. L'évaluation de ces paramètres après le déploiement des outils de LAV est indispensable pour ajuster leur utilisation aux conditions réelles. Une telle évaluation, pour êtreadéquate, devra être composée du contrôle de la qualité des outils de lutte anti vectorielle mis en place, de l’étude du comportement des anophèles vecteurs, ainsi que de l'évaluation du risque de transmission dans les zones couvertes.

Objectifs- Mesurer les indicateurs du comportement trophique pour chaque espèce d’anophèles vecteurs- Mesurer les indicateurs du risque de transmission du paludisme - Mesurer l’efficacité des pulvérisations intra-domiciliaires- Mesurer l'intégrité physique et l’efficacité insecticide des moustiquaires imprégnées

Méthodes a- Echantillonnage des vecteurs

Afin de disposer de données pour évaluer les différents indicateurs entomologiques, les moustiques ont été capturés sur des volontaires humains éveillés (Coffinet et al. 2009). Cette méthode vise à mesurer le contact homme/vecteur, le rythme d’agressivité, la période d’activité et le taux d'inoculation entomologique. Les captures étaient organisées simultanément à l’intérieur et à l’extérieur des maisons pour estimer respectivement l’agressivité des vecteurs endophages et exophages.

b- Traitement des moustiques au laboratoireLes femelles des moustiques vecteurs ont été identifiés, disséqués et conservés individuellement dans une plaque de microtitration à sec. Les espèces membres du complexe An. gambiae ont été identifiées par PCR et l’évaluation des indices sporozoitiques ainsi que l’analyse des repas sanguins faites par ELISA.

c- Evaluation de l’efficacité des PIDsDes maisons ayant reçues une pulvérisation d’insecticide pendant les campagnes d’aspersion ont été tirées au sort pour y mener les tests de rémanence (60 maisons à Ankazobe et 25 maisons à Brickaville). Les tests ont été effectués selon le protocole standard OMS (2006). Des moustiques de souche de laboratoire (Anopheles arabiensis) ont été exposés à l’intérieur de cônes OMS pour évaluer l’efficacité et la rémanence du bendiocarbe sur les murs.

d- Evaluation de l’intégrité physique et la bioefficacité des MIILDs

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Les MIILDs à examiner ont été tirées au sort parmi les moustiquaires déployées dans les habitations. Pour des raisons éthiques, toute moustiquaire tirée au sort a été remplacée par une neuve à la charge du programme. 32 moustiquaires à Ankazobe et 31 moustiquaires à Brickaville ont été prises respectivement pour être évaluées. Pour la mesure de l’intégrité physique des moustiquaires, chaque moustiquaire a été fixée sur un cadre. Les trous ont été comptés et classés selon leur taille et à partir de ces observations, l’indice trou ou « Hole Index » a été estimé (WHO 2013). Les comportements de la population humaine relatifs aux moustiquaires ont aussi été évalués.Les tests en cône sur les MIILDs ont été réalisés selon le protocole standard OMS (WHO 2006) en utilisant une souche sensible de laboratoire (An. arabiensis).

Résultats et discussion ANKAZOBE :- 5180 moustiques ont été capturés dont 4298 Anopheles, 744 Culex, 21 Aedes , 115 Mansonia et 2

Coquillettidia.- 959 anophèles vecteurs ont été capturés dont 215 An. funestus, 182 An. arabiensis et 562 An.

mascarensis.- Les vecteurs étaient plutôt exophages avec 71,6%, 75,3%, 78,5% des An. funestus, An. arabiensis et

An. mascarensis respectivement piquant à l’extérieur des maisons.- 13 An. coustani et 8 An. squamosus/cyddipis ont été trouvés porteurs de Plasmodium après analyses

biochimiques des moustiques.- Le résultat des tests de rémanence du bendiocarbe sur les murs des 60 maisons testées a montré une

mortalité moyenne induite de 53,2% après 24h d’observation (S.E.= 6.1 ; Min=18.2% ; Max= 100%).- Concernant les moustiquaires, 32 MIILDs ont été récupérées. 14 moustiquaires ne comportaient aucun

trou et l’indice de trou moyen pour toutes les moustiquaires est de 59,31 (Min= 0 ; Max= 625). La mesure de la bioefficacité des MIILDs de cette localité n’a pas encore été effectuée.

BRICKAVILLE :- 5002 moustiques ont été capturés dont 1983 Anopheles, 1597 Culex, 125 Aedes et 1292 Mansonia et

5 Coquillettidia.- 1083 anophèles vecteurs ont été capturés dont 16 An. funestus, 984 An. gambiae ss, 13 An.

arabiensis et 70 An. mascarensis.- Les vecteurs étaient plutôt exophages. 76,9%, 62,0%, 61,4% des An. arabiensis, An. gambiae ss et

An. mascarensis respectivement piquant à l’extérieur des maisons, sauf An. funestus dont 43,8% des spécimens capturés piquaient à l’extérieur.

- 6 An. gambiae ss et 5 An. coustani ont été trouvés porteurs de Plasmodium après analyses biochimiques des moustiques.

- Le résultat des tests de rémanence du bendiocarbe sur les murs des 25 maisons testées a montré une mortalité moyenne induite de 2.8% après 24h d’observation (S.E.= 2.1 ; Min=0% ; Max= 13.3%).

- 31 MIILDs ont été récupérées sur le terrain et 2 seulement étaient intactes. La valeur moyenne de l’indice de trous pour toutes les moustiquaires était de 903.35 (Min=0 ; Max= 5102). La bio-efficacité de 9 moustiquaires parmi celle collectées a montré une mortalité induite moyenne de 6,1% (S.E.= 4.64, Min= 0% ; Max= 60%).

Impact Les résultats de ce type d’étude standardisée, si elles étaient mises en œuvre systématiquement,

devraient permettre de faire reposer les choix des stratégies de lutte antivectorielle et leur mise en œuvre optimale sur la base d’évidences, source d’une amélioration de l’efficacité réelles et de l’efficience des programmes de lutte.


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Contexte & justificationL’étude des puces (Siphonaptera) de Madagascar a été surtout stimulée par la recherche de vecteurs

potentiels de la peste. Hormis les deux espèces vectrices de peste, Xenopsylla cheopis et Synopsyllus fonquerniei, et quelques espèces cosmopolites parasites des animaux domestiques, plus de 90% des espèces ont été trouvées en milieu forestier associées à des micromammifères sauvages. Les résultats des études menées par l’équipe de l’unité entomologie médicale de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) en 2009 à Madagascar (cf rapport d’activités 2009-2010) montrent que la peste circule chez les micromammifères selvatiques en l’absence cependant des espèces vectrices majeures de Yersinia pestis. Les puces de forêt sont donc soupçonnées d’être impliquées dans un cycle forestier de la peste.

La diversité des puces de Madagascar a été étudiée depuis les années 30. Plusieurs auteurs ont contribué à la description de plus de 40 espèces. Si la taxonomie basée sur la description morphologique des espèces a beaucoup progressé, la littérature ne rapporte aucune étude moléculaire effectuée sur ces puces, et la phylogénie moléculaire des puces de Madagascar est un domaine quasi inexploré.

Les procédures actuellement disponibles, pour l’identification morphologique ne permettent pas l’extraction et l’analyse de l’ADN du spécimen étudié. Inversement, les méthodes d’extraction d’ADN impliquent une destruction totale ou partielle du corps du spécimen, empêchant une identification morphologique précise.

En effet, l’identification morphologique des puces jusqu’au niveau spécifique nécessite des procédés comprenant un traitement chimique préalable qui vise à éclaircir la cuticule des spécimens pour rendre visible certaines parties anatomiques utiles à cette identification morphologique avant tout montage permanent entre lame et lamelle. A l’issue de ces procédés, l’extraction d’ADN ne peut plus se faire. Cependant une nouvelle technique d’extraction d’ADN a été mise au point par l’équipe de l’Unité d’entomologie médicale pour résoudre ce problème (cf rapport d’activité 2013). Cette technique baptisée « non destructive » permet de garder l’intégrité du corps de la puce tout en permettant d’obtenir de l’ADN amplifiable. Ainsi nous disposons pour chaque puce du montage entre lame et lamelle pour la description morphologique et de l’extrait d’ADN pour les études moléculaires qui vont permettre de confronter les résultats obtenus par les deux techniques.

ObjectifsDécrire la phylogénie des puces de Madagascar

Matériels biologiques et méthodes Les matériels biologiques sont des puces de forêt collectées lors des études multidisciplinaires menées

par les équipes de l’IPM, dans le cadre des projets Rift-OI et Faune sauvage dans trois zones forestières de Madagascar: Anorana (Anjozorobe), Ankazomivady (Ambositra), Lakato (Moramanga) entre 2008 et 2012, mais aussi des puces provenant de l’insectarium de l’unité entomologie médicale et des puces collectées pendant les missions d’investigation des épidémies de peste. Ces spécimens ont été conservés dans de l’alcool 70°. Méthodes

1- Travaux d’extraction d’ADN et de séquençage: a) extraction d’ADN par la méthode non-destructive qui consiste à extraire l’ADN de la puce sans endommager les caractères morphologiques. b) amplification par PCR de l’ADN obtenu avec différents amorces retrouvés dans la littérature [1, 2]:

Entomo-PESTE Extraction d’ADN pour la détection de Yersinia pestis & les puces selvatiques vectrices de la peste



Téléphone :+261 20 22 590 04


Co-investigateurs de l’IPM- Adélaïde MIARINJARA, unité entomologie médicale, [email protected] Mireille HARIMALALA, unité entomologie médicale,[email protected]

Lieux des travaux :Madagascar

Co-investigateurs hors IPMNohal ELISSA

Date début :1/05/13 Date fin:30/04/14 Durée (mois) : 12

Financements :Fonds propres de l’Institut Pasteur de Madagascar (Projet interne)

Budget total :7500 €

Mots clés : Milieu selvatique, Puces, Siphonaptera,Yersinia pestis, transmission, PCR, Madagascar

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gène codant la Cytochrome Oxydase c, sous-unité 2 (COII), une portion du gène ITS2 (Internal Transcribed Spacer 2), une partie des gènes mitochondriaux 12S et 16S. Ensuite, les amplifiats sont envoyés à séquencer chez Macrogen Inc (Séoul, Corée).

2- Travaux de montage : après l’extraction d’ADN, les specimens sont montés entre lame et lamelle puis identifiés au niveau espèce avec la clé d’identification de Jean-Bernard Duchemin [3].

RésultatsLes résultats de cette étude feront l’objet d’un article en cours de finition sur la phylogénie des puces de

Madagascar.

Impact (conséquences scientifiques, sanitaires et/ou sociétales.)L’étude de la phylogénie des puces de Madagascar permettra de comprendre les relations de parenté et

l’évolution de ces puces. En outre, cette étude permettra d’ouvrir la voie à des études sur l’écologie des puces de forêt, en étudiant la relation de ces puces avec leurs hôtes micromammifères. Enfin, la mise en place d’une technique d’identification moléculaire des espèces de puces est à envisager à partir d’extrait d’ADN et d’amorces spécifiques, sans passer par les étapes laborieuses de montage et d’identification morphologique.

Publications : néant (en cours)

Communication orale: néant

Bibliographie1. Kambhampati, S and Smith, PT, PCR primers for the amplification of four insect mitochondrial gene fragments. Insect molecular biology, 1995. 4(4): p. 233-236.2. Lucheti, A, Mantovani, B, Pampiglione, S, and Trantini, M, Molecular characterisation ot Tunga trimamillata and Tunga Penetrans (Insecta, Siphonaptera, Tungidae): Taxonomy and genetic variability. Parasite, 2005. 12: p. 123-129.3. Duchemin, J-B, Biogéographie des puces de Madagascar. 2003, Université de Paris XII - Val de Marne.

Puce montée en lame et lamelle pour identification morphologiques (crédit R. Carayol)

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Entomo-PUCES-OI Surveillance des puces et des rats dans les ports de Mahajanga (Madagascar) et de Mayotte



Téléphone :+261 32 66 595 61


Co-investigateurs de l’IPM- Minoarisoa RAJERISON, unité peste, [email protected] Soanandrasana RAHELINIRINA, unité peste, [email protected] Tojo Rindra RAMIHANGIHAJASON, unité entomologie médicale,

[email protected] Etienne TATA, unité entomologie médicale, [email protected] Claudine RAHARIMANANA, unité peste, [email protected] Mamy RATSIMBA, unité peste, [email protected] Adélaïde MIARINJARA, unité entomologie médicale, [email protected] Mireille HARIMALALA, unité entomologie médicale,[email protected]

Lieux des travaux :Mahajanga, Madagascar

Mayotte

Co-investigateurs hors IPM- François Mansotte, ARS-OI, Mayotte, France, [email protected] Betty Zumbo, ARS-OI, Mayotte, France, [email protected]

Date début : 01/01/2014 Date fin: 30/02/2015 Durée (mois) :14 Financements :Agence Régionale pour la Santé de l’Océan Indien (ARS-OI), Mayotte, France


Mots clés : puces, rats, peste, Mayotte, Madagascar, ports

Contexte & justification Compte-tenu des échanges commerciaux et humains croissants au niveau des îles de l’Océan Indien, il

existe un risque potentiel de diffusion par voie maritime de la peste à partir des ports et villes portuaires de Madagascar via les rongeurs eùbarqués sur des bateaux. Parmi les îles de l’Océan Indien, Madagascar est actuellement le seul pays touché avec des foyers actifs de Peste. Au cours des 5 dernières années (2007-2011), 500 cas y ont été déclarés en moyenne chaque année, avec une centaine de décès approximativement. Outre Madagascar, il faut signaler l’existence de foyers importants dans la zone du Sud-Ouest de l’Océan Indien, côté Afrique continentale, en Afrique du Sud, au Mozambique et en Tanzanie (pays ayant des échanges avec les îles de la zone OI). Dans la sous-région de l’Océan Indien, à notre connaissance, les autres îles ne sont plus touchées par la peste bien que le faciès épidémiologique de certaines d’entre elles soit favorable à la dissémination et à l’implantation de la maladie, du moins pour les Comores et Maurice ; îles dans lesquelles la présence du rat noir Rattus rattus (réservoir potentiel de la peste) et de la puce Xenopsylla cheopis (vecteur pandémique de la peste) sont confirmés. Rattus norvegicus, espèce réputée résistante à Yersinia pestis à Madagascar, est présent à la Réunion, et a été capturée dans les ports de Moroni (Grande Comore, 1999, Duplantier, données non publiées) et de Port-Louis (Maurice, 2001, Duchemin, données non publiées). De plus, récemment, à La Réunion, des cas de typhus murin ont été confirmés (investigation en cours).

Spécifiquement, à Mayotte, l’intensité des échanges maritimes officiels et non-officiels (notamment avec des pays d’Afrique de l’Est, mais aussi avec Madagascar) sont des facteurs de risque d’importation d’animaux infectés par Yersinia pestis.

Objectifs - Identifier les acteurs pouvant être impliqués dans un cycle épidémiologique : espèces de puces et de

rats- Evaluer les échanges des espèces de puces et de rats entre les ports - Proposer un protocole de gestion de la découverte d'un cas de peste à Mayotte (plan de réponse)- Définir des actions ciblées prioritaires pour Mayotte (mission de formation, mission d’urgence…)- Conseiller les autorités pour la mise en œuvre de dispositions préventives - Renforcer la surveillance de la peste sur l’ensemble de la Zone Sud-Ouest de l’Océan Indien

Méthodes En février 2014, 4 experts scientifiques ont été missionés au sujet de la Peste (voire partenaires plus

haut) pour rédiger un document de travail sur le risque d’introduction de peste à Mayotte.

En mai et octobre 2014, des piégeages et prélèvements de rongeurs et de puces ont été réalisés dans le port et le village de Longoni à Mayotte et dans le port et le quartier de Mahajanga be (près du marché de Marolaka) à Mahajanga.

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Résultats et discussion A Mayotte : Durant les deux sessions de capture, 87 individus ont été capturés dont 61 Rattus rattus, 20 Mus musculus et 6 Suncus murinus. Au total, 40 puces ont été recoltées chez les micromammifères appartenant toutes à l’espèce Xenopsylla cheopis (espèce vectrice de la peste). Aucune puce libre n’a été capturée.Les tests de diagnostic bactériologique et sérologique de la peste effectués sur les micromammifères étaient négatifs. Les investigations n’ont donc pas montré de circulation de Y. pestis dans le port et son voisinage.Le risque d’introduction de la peste est cependant réel en raison de la présence de tous les acteurs nécessaires (réservoir potentiel et vecteur).

A Mahajanga : Durant les deux sessions, 67 individus ont été capturés dont 30 Rattus norvegicus, 29 Suncus murinus, 5 Mus musculus et 3 Rattus rattus. Au total, 250 puces ont été récoltées chez les micromammifères appartenant toutes à Xenopsylla cheopis. Trois puces libres ont été capturées dont une X. cheopis.Au mois de mai (basse saison de la peste), les tests de diagnostics rapide (antigène ; TDRA) étaient négatifs et environ 13% des tests sérologiques étaient positifs. L’index pulicidien était de 0,6. Au mois d’octobre (saison haute de la peste), 17,6% des TDRA ont été positifs et une souche de Yersinia pestis a été isolée dans le quartier près du marché de Marolaka. L’index pulicidien était supérieur au seuil (IP = 7) La présence de rat porteur de Y. pestis et la présence de vecteur libre montre un risque élevé d’émergence de peste humaine. Ce foyer reste donc toujours actif malgré l’absence de cas de peste humaine depuis l’an 2000. Marolaka fait partie du point de départ des précédentes épidémies. Les recommandations par rapport à ce constat ont été adressées en urgence aux autorités sanitaires.

Impact Meilleure évaluation du risque d’émergence de la peste à Mayotte et dans les îles indemnes de l’Océan-

Indien, préparation de mesures préventives et de ripostes appropriées.


Collecte des puces dans une bassine après épuçage d’un micromammifère

(crédit R. Carayol)

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Entomo-USAID Analyse de la relation entre transmission entomologique des Plasmodium et poids épidémiologique du paludisme

Correspondant :Sébastien BOYER


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Patrice PIOLA, unité épidémiologie, [email protected] Thomas KESTEMAN, unité paludisme, [email protected] Jocelyn RATOVONJATO, unité entomologie médicale, [email protected] Sanjiarizaha RANDRIAMAHERIJAONA, unité entomologie médicale,

[email protected]

Lieux des travaux :

Sites sentinelles, sites alertes, sites

cases pièges, Madagascar

Date début : 1/10/2013 Date fin: 31/09/2018 Durée (mois) : 60

Financements : USAID


Mots clés : Paludisme, vecteur, épidémies, résistances, comportement

Contexte & justification La surveillance épidémiologique quotidienne du paludisme menée à travers le réseau, animée par

l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) dans plus de trente sites sentinelles du pays, permet de détecter des épidémies, quelques semaines avant qu’elles n’éclatent, et une augmentation du nombre de cas de paludisme clinique déclarés dans les sites sentinelles environnants. Il n’existe pas de surveillance entomologique ayant cette régularité et un maillage aussi étroit du pays. En revanche, nous pouvons faire l’hypothèse que ces augmentations des nombres de cas devaient être précédées de modifications du niveau de transmission des Plasmodium et de ses déterminants. Identifier les caractéristiques entomologiques des contextes qui aboutissent à l’émergence d’épidémies serait utile pour mieux les prévenir ou les contrôler. Il s’agit de la distribution des vecteurs, densité, des taux de piqûres, des taux de parité et de leurs comportements à l’intérieur et à l’extérieur des habitations.

Objectifs - Améliorer les connaissances sur la répartition des espèces de vecteurs du paludisme sur l'éventuel

changement de comportement des vecteurs- Identifier un facteur prédictif entomologique des épidémies.

Méthodes

- Développer une approche reliant un modèle prédictif épidémiologique avec des indicateurs entomologiques.

Basé sur le modèle de prédiction des épidémies de paludisme développé par l'unité d'épidémiologie de l'IPM, nous allons développer une méthodologie pour être en mesure de relier les indices entomologiques existants au modèle prédictif épidémiologique. Deux approches sont envisagées. Une approche se basant sur 3 sites sentinelles qui seront investigués chaque année avant, pendant et après le pic épidémique. La seconde approche se basera sur le modèle épidémiologique : lorsque le modèle prédira une épidémie dans un site, deux missions entomologiques partiront en parallèle : une mission où une alerte est prédite, et une mission où le modèle n'en a pas prévu. L'objectif est de mettre en évidence un indicateur entomologique prédictif des épidémies.

- Lieux de visites et échantillonnageNous allons investiguer deux sites sentinelles tous les 2 mois, et trois sites sentinelles avant/pendant et

après le pic épidémique (voir la 3ème partie décrite plus loin), et quelques sites sentinelles sur pré-alerte épidémiologique. Ces missions entomologiques sont programmées pour identifier et caractériser les facteurs entomologiques critiques qui concernent le rôle des vecteurs dans la transmission. C'est aussi l'occasion d'améliorer les méthodes de contrôle et de surveillance des vecteurs, de mettre en évidence un facteur entomologique permettant de renseigner l'intensité de la transmission à Madagascar.

Résistance aux insecticides : approches et méthodologies à développer pour « relier » les mesures entomologiques à la lutte contre le paludisme

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- Résistance des vecteurs in situ : la résistance des vecteurs sera évaluée dans les sites une fois par an. Les indicateurs entomologiques obtenus vont nous permettre de comprendre et d'identifier des changements dans le comportement des vecteurs in situ suite à une exposition à la PID (pulvéristaion intradomiciliaire d’insecticide) et les MIILD (moustiquaires imprégnées d’insecticide à longue durée d’action).

- Résistance biochimique et moléculaire : la détection de la résistance moléculaire est réalisée en routine dans l’unité d'entomologie médicale. Au cours de ce projet, nous allons également utiliser des méthodes biochimiques d’évaluation de la résistance des moustiques aux insecticides.

Résultats & discussion- Distribution des vecteurs, densité, taux dagressivité, taux de parturité, endo/exophagie

12 missions ont été réalisées en 2014 : 6 missions à Farafangana et 6 missions à Miandrivazo. Durant ces missions, des moustiques ont été capturés dans et hors des maisons. Les indicateurs (distribution des vecteurs, densité, taux d’agressivité, taux de parturité, endo/exophagie) ont été mesurés. L’analyse des données sera réalisée à la fin de l’étude (2016-2017).

- Relier les mesures de terrain d’entomologie avec le programme de contrôle du paludisme9 missions ont été réalisées : 3 à Ihosy, 3 à Tsiroanomandidy et 3 à Maevatanana. Ces missions ont été réalisées avant, pendant et après le pic épidémique saisonnier. Après 3 années, les analyses seront effectuées.

ImpactLa collecte d’imago de vecteurs de Plasmodium et leur identification morphologique, la cartographie et la

densité de ces vecteurs et leur sensibilité aux insecticides sont des informations entomologiques de base, habituellement nécessaires dans tout programme de lutte antivectorielle pour l'évaluation continue de l'efficacité des interventions. La distribution des vecteurs, leur densité et leur taux d’agressivité, leur taux de parité et leur endo-exophilie sont des indices utiles pour le programme national de lutte contre le paludisme.

L’analyse des données est susceptible de permettre d’identifier des marqueurs entomologiques du risque d’épidémie de paludisme.


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Entomo-WNV Suivi longitudinal des moustiques vecteurs du virus West Nile à MitsinjoCorrespondant :Michaël Luciano Tantely


Téléphone :+261 32 46 761 54


Co-investigateurs de l’IPM- Tsirinaina Rakotondranaivo, unité entomologie médicale,

[email protected] Sébastien Boyer, unité entomologie médicale, [email protected]

Lieux des travaux :Lac Kinkony, district de Mitsinjo, province

de MahajangaCo-investigateurs hors IPM- Eric Cardinale, Centre de Recherche et de Veille sur les Maladies

Emergentes dans l’Ocean Indien, 2 rue Maxime Riviere, 97490 Sainte Clotilde, La Reunion, France

Date début : 01/01/2014 Date fin: 31/12/2014 Durée (mois) : 12Financements : Budget total :Mots clés : West Nile, vecteurs, biologie

Contexte & justification A Madagascar, la circulation du virus West Nile (WNV) a été reportée en 1953 (Fontenille 1989) et le

premier isolement viral a été réalisé en 1978 chez des oiseaux (Mathiot et al. 1984). Le virus a été isolé ensuite chez huit genres de moustiques, des oiseaux et les hommes, et des anticorps anti-WNV ont été détectés chez des bovins, des rongeurs et des chauves-souris (Fontenille, 1989). Aucune donnée virologique n’a été obtenue chez les équidés qui sont peu abondants à Madagascar. Seule le lignage 2 du WNV circule dans l’île (Bondre et al, 2007 ; Lanciotti et al. 2002). Les données d’isolement viraux et sérologiques ont montré la présence du virus dans presque toute l’île. Aucune période épidémique n’a été enregistrée jusqu’à présent (Mathiot et al. 1983 ; Morvan et al. 1990 ; Fontenille 1989 ; Lonchampt et al. 2003).

En revanche, le cas humain observé chez un voyageur retournant de Madagascar en 2011 (Larrieu et al. 2013) montre que la circulation du WNV à Madagascar persiste. Il apparait nécessaire de mieux comprendre l’épidémiologie de la fièvre à WNV à Madagascar, en particulier où le virus circule et où les vecteurs potentiels et les réservoirs naturels sont présents.

Objectifs - Etudier la biodiversité de la faune culicidienne autour du lac Kinkony - Inventorier les espèces de moustiques déjà associés au WNV,- Etudier la saisonnalité de ces espèces de moustiques pour estimer leur éventuelle implication dans la transmission du WNV- Evaluer l’attractivité des oiseaux domestiques pour les moustiques vecteurs potentiels.

Matériels et Méthodes L’étude entomologique s’est déroulée dans 3 villages autour du lac Kinkony dans la province de Mitsinjo

(Morafeno, Ankelimitondrotra et Analalava). La collecte des moustiques a été réalisée tous les deux mois de février 2014 à octobre 2014, Une nuit de capture par village a été effectuée dans chaque village. Cela a nécessité l’utilisation de différentes méthodes de captures, (pièges lumineux CDC, BG sentinels appâtés avec des poussins).

Résultats et discussionsAu total 2416 moustiques adultes appartenant à au moins à 24 espèces de 7 genres ont été récoltés

dont 15 dans le village de Morafeno, 14 dans le village d’Ankelimitondrotra et 19 dans le village d’Analalava. Parmi les moustiques capturés dans cette étude, les 10 espèces suivantes : Aedeomyia madagascarica, Anopheles maculipalpis, An. coustani, An. pauliani, Culex antennatus, Cx. poicilipes, Cx. univittatus/ neavei, Cx. decens, Cx. tritaeniorhynchus, Ma. uniformis représentaient un intérêt particulier puisque ayant déjà été décrites comme pouvant être infectées naturellement par le WNV.

Une densité élevée d’Aedeomyia madagascarica a été observée autour du lac Kinkony. A notre connaissance, c’est la première fois que cette espèce est capturée en aussi grand nombre à Madagascar (81% des moustiques capturés). C’est une espèce qui a été récemment décrite en 2011. Ce résultat doit être pris en considération car cette espèce a récemment été trouvée positive au virus WN en 2013 : isolements viraux effectués à partir de la population naturelle.

On a constaté que la population vectorielle d’Aedeomyia madagascarica était abondante durant la saison sèche. Cette observation pourrait être en relation avec une circulation virale en saison sèche du virus

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autour du lac Kinkony. La recherche du virus WN dans les moustiques collectés sur le terrain n’a pas encore été faite.

Aedeomyia madagascarica était l’espèce la plus abondante dans les BG sentinelles avec des poussins comme appâts. Cela est compatible avec l’hypothèse d’une transmission du virus WN chez les oiseaux parcette espèce de moustiques.

Impact L’identification et la caractérisation des vecteurs potentiels du WNV à Madagascar permettraient de

mieux en comprendre l’épidémiologie et d’adapter la lutte éventuelle à mener contre ce virus responsable de zoonoses.


Communications orales ou affichées : néant

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ETIOFEB Etiologies des fièvres à MadagascarCorrespondant :Patrice PIOLA


Téléphone :+261 20 22 412 72

Date de rédaction:07/01/2015

Co-investigateurs de l’IPM- Jean-Michel HERAUD, unité de virologie, [email protected] Julia GUILLEBAUD, unité de virologie, [email protected] Laurence RANDRIANASOLO, unité d’épidémiologie, [email protected] Léa RANDRIAMAMPIONONA, unité d’épidémiologie, [email protected] Benoît GARIN, unité bactériologie expérimentale, [email protected] Milijaona RANDRIANARIVELOJOSIA, unité paludisme, [email protected]


Co-investigateurs hors IPMUnité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Marseille, France

Date début : 1/10/2013 Date fin : 31/09/2015 Durée (mois) : 23Financements : USAID (AID-687-G-13-00003) Budget total : 143 605 €Mots clés : Fièvres, étiologies, Madagascar

Contexte & justification Il est difficile de distinguer cliniquement les différents agents étiologiques des fièvres. Les analyses de

laboratoire restant encore limitées dans la plupart des régions de Madagascar, les cliniciens et agents de santé ont peu d’outils pour établir un diagnostic étiologique. Par conséquent, la prise en charge des patients repose souvent sur des algotithmes prenant uniquement en compte les syndromes pour le diagnostic, et une approche empirique pour le traitement. En l’absence de recherche des causes des fièvres, un mauvais diagnostic et une prise en charge inadéquate peuvent avoir des conséquences importantes voire graves pour les patients.

Un réseau de surveillance sentinelle des fièvres est en place à Madagascar depuis 2007, et couvre l’ensemble du territoire. Les maladies à potentiel épidémique sous surveillance sont le paludisme, les syndromes grippaux, les diarrhées, et les syndromes Dengue-like. Seul le paludisme est confirmé biologiquement grâce à l’utilisation des tests de diagnostic rapide pour tout cas suspect. De ce système, nous savons que la fièvre constitue environ 10% des motifs de consultation (variant de 2% à plus de 30% selon les zones géographiques) et 20% des cas de fièvre sont dus au paludisme. Les autres syndromes représentent pour leur part 20%, 10% et 2% respectivement pour les syndromes grippaux, les diarrhées et les syndromes Dengue-like. Ces derniers classements cliniques uniquement basés sur les définitions de cas du système sentinelle ne nous permettent pas d’identifier les causes infectieuses des fièvres, d’autant que certaines définitions sont communes à beaucoup de maladies infectieuses. C’est pourquoi il est nécessaire d’évaluer les principales étiologies des fièvres afin d’améliorer la prise en charge des patients fébriles.

Objectifs L’objectif principal de ce travail est d’effectuer un inventaire approfondi des pathogènes impliqués dans

les cas de fièvre, diagnostiqués par des techniques actuelles de laboratoire.

Méthodes Type d’étude et zones d’étude. Il s’agit d’une étude transversale ciblant les patients fébriles (température

axillaire ≥ 37,5°C) de tout âge supérieur ou égal à 6 mois, venant en consultation externe dans 22 districts des sites sentinelles des fièvres du Ministère de la Santé et de l’IPM.

Fiches de recueil clinique et prélèvements effectués. Entre 30 et 40 patients fébriles sont recrutés par site. Des informations démographiques, cliniques, ainsi que les principaux paramètres anthropométriques sont collectés pour chaque patient inclus. Les prélèvements biologiques suivants sont réalisés au moment de la consultation : prise de sang (sur tube sec et tube avec anticoagulant ; sur papier buvard), prélèvements par écouvillonnage des voies respiratoires hautes (gorge, nasopharynx) et prélèvements des voies respiratoires basses (crachats) uniquement pour les patients présentant une toux et capables de produire un crachat. Pour chaque patient, un test de diagnostic rapide du paludisme est effectué, et, avec le consentement éclairé du patient (conseil au dépistage), un test rapide pour le VIH.

Analyses de laboratoire. Les analyses biologiques portent sur la détection (et éventuellement la caractérisation) de différents pathogènes viraux, bactériens et parasitaires, sélectionnés pour refléter l’éventail des maladies infectieuses qui pourraient être présentes à Madagascar.

Ethique. Cette étude a reçu une autorisation du comité d’éthique national de Madagascar (Autorisation n° 013-MSANP/CE du 26 Mars 2014).

62

Résultats et discussionInclusion des patientsA ce jour, nous avons investigué 11 des 22 sites sélectionnés et 385 patients fébriles ont été inclus (sex

ratio F/H = 0,97) ; la répartition par tranches d’âge est la suivante : 141 (37%) âgés de moins de 5 ans, 93 (24%) de 5 à 14 ans, 70 (18%) de 15 à 24 ans, 62 (16%) de 25 à 49 ans et 19 (5%) de 50 ans et plus. Trente-quatre patients (ou tuteur pour les jeunes enfants) ont refusé de participer à l’étude, surtout par peur des prélèvements.

Tableau 1 : Nombre d’inclusions par site et par groupe d’âge

Groupe d’âge <5 ans 5-14 ans

15-24 ans

25-49 ans

>=50 ans TOTAL

SITE

S D’

INVE

STIG

ATI

ON

Antananarivo 14 10 7 9 2 42Farafangana 14 10 10 5 1 40Maintirano 16 10 6 7 2 41Nosy Be 11 7 10 13 2 43

Ihosy 24 6 4 6 1 41Maroantsetra 7 10 5 5 1 28Mahajanga 12 9 6 2 1 30

Maevatanana 14 7 7 1 1 30Toamasina 6 4 7 9 4 30

Ambatondrazaka 10 10 5 3 2 30Antsiranana 13 10 3 2 2 30

TOTAL 141 93 70 62 19 385

Analyses de laboratoire et tests rapides. Les résultats des tests rapides ont mis en évidence 61 cas de paludisme (15,8%) et aucun cas de VIH sur les 334 patients testés. Sur 23 crachats récoltés, nous avons pu détecter deux cas de tuberculose (8,7%).

Nous avons analysé à l’Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales (URMITE) de Marseille (France), 207 prélèvements de sang provenant des sites d’Antananarivo, Farafangana, Maintirano, Nosy et Ihosy. Ces analyses ont recherché au total 21 agents infectieux potentiels et ont mis en évidence des infections par Haemophilus influenzae (9), Streptococcus pneumoniae (5), Acinetobacter baumanii (2), Escherichia coli (2) et un cas d’infection par Rickettsia felis. Les cas d’infection par Haemophilus influenzae et Streptococcus pneumoniae n’ont été détectés que chez des enfants de moins de 5 ans.

Des analyses concernant la détection d’autres pathogènes (virus et bactéries responsables d’infections respiratoires, arbovirus, bactéries zoonotiques…) sont en cours.

Figure 1 : Résultats partiels des proportions de détection des agents infectieux recherchés surles prélèvements biologiques des patients inclus dans l’étude des étiologies des fièvres à Madagascar, 2014

0% 5% 10% 15%

VIH [TDR] (n=334)Rickettsia felis (n=207)

Escherichia coli (n=207)Acinetobacter baumanii (n=207)

Virus Respiratoire Syncitial (n=269)Streptococcus pneumoniae (n=207)

Influenza A (n=385)Haemophilus influenzae (n=207)

Influenza B (n=385)Mycobacteirum tuberculosis (n=23)

Rhinovirus (n=269)Plasmodium spp. [TDR] (n=385)

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ImpactsSi cette étude porte ses fruits, elle permettra de :- Identifier les principaux pathogènes impliqués dans les cas de fièvres de sujets se présentant en

consultation dans des centres de santé de base ;- Evaluer la répartition selon l’âge des principaux pathogènes associés aux fièvres ;- Proposer des algorithmes plus appropriés de diagnostic clinique selon les symptômes, l’âge et

éventuellement la zone géographique ;- Evaluer les possibilités de mise en place de moyens diagnostics au plus près du malade à

Madagascar (Point of care) ;- Proposer de nouvelles stratégies de lutte contre les maladies infectieuses (éducation à la santé,

hygiène de vie, vaccination…) en fonction de la prévalence des pathogènes.


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EVA SENTFI Etude de la sensibilité du système de surveillance sentinelle des fièvres à Madagascar

Correspondants :Patrice PIOLALaurence RANDRIANASOLO


[email protected]

Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Léa RANDRIAMAMPIONONA, unité d’épidémiologie, [email protected] Toky RAMAROKOTO, unité d’épidémiologie, [email protected] Arthur RANDRIAMANANTENA , unité d’épidémiologie, [email protected] Charles Emile RAMAROKOTO, unité d’épidémiologie, [email protected]

Lieux des travaux :

Date début : 1/10/2013 Date fin: 30/09/2015Financements : USAID n°AID-687-G-13-00003 Budget 2014-2015 :

22 003 eurosMots clés : Surveillance, fièvre, sensibilité, Madagascar

Contexte & justification Depuis avril 2007, un réseau de surveillance sentinelle des fièvres provenant des centres de santé de

bases répartis sur l’ensemble du pays permettait de suivre des maladies à potentiel épidémique : le paludisme, la grippe, les arboviroses et la diarrhée. Le critère de déclaration de cas était la température axillaire supérieure ou égale à 37,5°C au moment de la consultation. L’évaluation interne du système de surveillance sentinelle des fièvres en 2011 avait montré que les données recueillies étaient de bonne qualité. Le taux de promptitude d’envoi des données avoisinait 77,6% [IC95% : 72,9 - 82,2] et le taux de complétude des données était de 96,7% [IC95% : 95,4 - 97,9]. Le nombre de cas de fièvre déclarés par centre sentinelle variait de 0 à plus de 100 par jour. Un quart des centres sentinelles affirmait l’absence de cas de fièvre dans la journée. Une question se posait: « est-ce que les résultats sur la distribution spatio-temporelle des maladies sous surveillance pourront être extrapolés à la population du bassin de recrutement ? ». Une étude visant à estimer la sensibilité du système de surveillance sentinelle des fièvres à Madagascar était justifiée.

Objectifs 1. Connaitre la distribution spatio-temporelle des maladies sous surveillance dans la population du bassin de recrutement d’une sélection de sites sentinelles.2. Estimer le taux d’exhaustivité des cas de fièvres déclarés par les centres sentinelles. 3. Améliorer le système de surveillance sentinelles des fièvres à Madagascar.

Méthodes Une étude transversale prospective utilisant la méthode d’enquête quantitative permettait de comparer

les données du centre sentinelle (registre de consultation externe) et un échantillon de population du bassin de recrutement. L’enquête intéressait 5 centres sentinelles tirés au sort parmi les 34 sites de surveillance des fièvres à Madagascar. La définition de cas était un épisode fébrile. L’étude se faisait en deux étapes : un dépistage passif au niveau du centre sentinelle pendant une semaine suivi d’un dépistage actif au niveau de la population pour identifier les cas de fièvre non répertoriés au centre sentinelle (CSB). L’échantillon de la population du bassin de recrutement était constitué par tous les fokontany (élément administratif de base de chaque commune) qui se trouvaient à moins de 5 Km et 2 fokontany tirés au sort qui se trouvaient à plus de 5 Km du centre sentinelle. Des agents communautaires (AC) ont effectués le recensement de la population et des malades. Une carte était distribuée au cours du dépistage passif permettant ainsi de différencier les cas non répertoriés au centre sentinelle lors du dépistage actif au niveau des fokontany. La comparaison des données des deux sources reposait sur l’existence ou non de la carte. Les données étaient stockées dans une base de données à l’IPM et traitées anonymement.

Résultats & discussion Le protocole a été présenté au Comité National d’Etudes (CNE) en juillet 2014. Le CNE avait classé

cette étude « non interventionnelle » donc sans nécessité d’accord éthique préalable. L’enquête sur terrain a débuté en août 2014.

Les centres sentinelles étaient stratifiés en 3 groupes selon la moyenne des cas de fièvres déclarés par jour : inférieur à la moyenne, moyenne (de 4 à 9 cas/jour) et supérieur à la moyenne. Taolagnaro (TGR), Ambositra (BOS), Tsiroanomandidy (TDD), Ambato Boeny (BOE) et Maevatanana (MAE) étaient les sites d’études tirés au sort parmi les 34 centres de santé de base (CSB) formant le réseau sentinelle de surveillance des fièvres à Madagascar.

La collecte des données étaient effectuées d’août à décembre 2014. Au cours du dépistage passif dans les centres sentinelles, il y avait eu 206 cas de fièvres diagnostiqués dont 124 cas ont été identifiés dans les zones d’études et 82 étaient hors zones d’études parmi 1.016 consultants. Au cours du dépistage actif, sur

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les 59 fokontany investigués, 3.524 sujets fébriles ont été identifiés par les AC parmi 119.905 personnes recensées. Sur 3.524 sujets fébriles, 1.154 étaient inclus et 2.370 étaient exclus. Les principaux motifs d’exclusion étaient : date de début postérieur à la période d’inclusion au CSB, absence de fièvre, absents au village, refus ou non retrouvés lors du passage des enquêteurs. Parmi 1.154 inclus, 94 cas étaient déjà identifiés aux CSB et 1.060 étaient des cas non répertoriés par CSB (nouveaux inclus).

Tableau d’activité synthétique annuelle

Site d’ étude

Période d’enquête

Dépistage passif (DP) Dépistage actif (DA)Cas DP

retrouvés en DA

Cas identifiésNombre de consultants

Cas recensés Nombre popula-

tionsZone

d’étudeHors zone

Nouveaux Inclus Exclus

MAE 04 au 08/08/2014

63 58 346 134 75 13.736 36

TGR 01 au 06/09/2014

13 0 75 479 1.856 45.879 13

TDD 17 au 22/11/2014

28 5 123 375 419 34.591 28

BOE 24 au 28/11/2014

10 8 209 34 20 14.715 7

BOS 08 au 12/12/2014

10 11 263 38 0 10.984 10

Total 124 82 1.016 1.060 2.370 119.905 94

75,8% (94/124) des fièvres déclarées au CSB ont été retrouvés dans la population39,8% (82/206) des fièvres déclarées par les centres sentinelles viennent d’autres communes ou hors zones d’études10,7% (124/1.154) des cas de fièvres dans la population ont été identifiés aux centres sentinelles.

1,0% (1.154/119.905) des habitants ont été fébriles dans la population d’étude.

Mise en perspective de l’impact de l’activité Les principales motivations de fréquentation des centres sentinelles ont été étudiées (en cours

d’analyse) au cours de cette enquête et seront pris en compte pour améliorer le système de surveillance sentinelle des fièvres à Madagascar.

La saisie des données et les analyses statistiques sont en cours.

Publication & Communication orale ou affichée : néant -

Faits marquants de l’annéeAu cours de notre visite au niveau des fokontany, nous avons identifiés 7 cas cliniques nécessitant des

soins d’urgences : 1 avortement en cours, 2 accès palustre, 1 fièvre puerpérale, 1 cardiopathie, 1 ostéite, 1 tuberculose. Nous avons dispensé ou cherché des soins pour ces malades.

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FVR-ZORA La Fièvre de la Vallée du Rift chez l'homme et les bovins à Madagascar

Correspondant :Marie-Marie OLIVE


Téléphone :+261 20 22 412 72

Date de rédaction26/01/2014

Co-investigateurs de l’IPM- Jean-Michel HERAUD, unité virologie, [email protected] Soa Fy ANDRIAMANDIMBY, unité virologie, [email protected] Fanjasoa RAKOTOMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected] Sedera ANDRIMASINORO, unité d’épidémiologie, [email protected]


Co-investigateurs hors IPM- Véronique CHEVALIER, Unité AGIRs, CIRAD- Vladimir GROSBOIS, Unité AGIRs, CIRAD- Annelise TRAN, Unité AGIRs, CIRAD

Date début : 01/01/2012 Date fin : 31/12/2015 Durée (mois) : 48Financement : Wellcome Trust; University of Florida; FAOMots clés : Fièvre de la Vallée du Rift, mécanismes de transmission. Budget total :

50 000€

Contexte & justification A Madagascar, des épidémies et épizooties dues au virus de la Fièvre de la Vallée du Rift (VFVR) ont

été rapportées en 1990-1991 et 2008-2009. A ce jour, les conditions de persistance et de réémergence du virus à Madagascar restent peu connues. Madagascar est considérée comme une île-continent possédant des écosystèmes différents allant de semi-aride dans le sud de l'île, à humide et montagneux sur les hauts-plateaux en passant par sub-tropical dans le moyen-ouest et per-humide dans l'est. Ces écosystèmes sont plus ou moins favorables aux vecteurs de la Fièvre de la Vallée du Rift (FVR). Notre étude se base sur l'hypothèse principale suivante : les mécanismes de transmission et de persistance de la FVR sont différents d’un écosystème à un autre.

Objectifs - Déterminer quelles sont les régions à risque de transmission de la FVR à Madagascar chez l’humain

et les ruminants et les caractéristiques environnementales et bioclimatiques de ces régions ;- Déterminer quels sont les comportements humains favorisant l’infection.

Méthodes Nous disposons de jeux de données d'enquêtes réalisées sur des ruminants en 2009 (projet FAO ;

période post-épidémique; n=1432 ; Jeanmaire, 2011) et d'investigations réalisées de 2011-2013 sur un échantillon aléatoire de la population malgache (projet ZORA ; n=1680). Une analyse conjointe des données ZORA et FAO a été réalisée et est détaillée ci-dessous.

Dans un premier temps, une caractérisation environnementale des 1578 communes de Madagascar a été réalisée. Des données paysagères ont été extraites par imagerie satellite et traitées afin de calculer des pourcentages d’occupation du sol par différents types de végétation (culture, boisé, arbustive, herbacé) et des différents points d’eau (permanent et temporaire). Des données MODIS climatiques (température de jour et nuit, précipitation) et de NDVI (Normalized Difference Vegetation Index) ont été téléchargées à l’échelle des communes de Madagascar. Une Analyse Factorielle Multiple (MFA) a été réalisée afin de caractériser les environnements des communes à partir des données paysagères et climatiques. Cette méthode, qui peut être considérée comme une méthode factorielle (dont la plus connue est l’ACP) s’applique sur des variables séparées en différents groupes. En prenant en compte la structure des données et en étudiant les liens entre les variables, elle produit de nouvelles variables quantitatives (que nous appellerons axes) résumant la relation entre les variables de chaque groupe. Les données environnementales ont été groupées en variables climatiques et paysagères. Les jeux de données sérologiques ont été analysés séparément par un modèle linéaire généralisé mixte (GLMM) avec le statut sérologique comme variable à expliquer (modèle binomial) et le site de prélèvement comme effet aléatoire. Les valeurs des axes issues de la MFA et l’âge des individus ont été utilisés comme variables explicatives pour les deux analyses. Pour ce qui est des données humaines, le contact avec les ruminants et les produits issus des ruminants (contact ruminant, contact sang frais, contact lait cru) ont également été utilisés comme variables explicatives.

Résultats & discussion Quatre axes ont été sélectionnés pour la MFA : (i) axe 1 décrivant un environnement sec (températures

de jour et de nuit élevé, végétation herbacée, faibles précipitations annuelles) ; (ii) axes 2 décrivant un paysage de hauts-plateaux (végétation boisée et arbustive, faibles températures, zones irriguées) ; (iii) axe 3

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décrivant un environnement urbanisé humide et (iv) l’axe 4 décrivant un environnement humide (points d’eau permanents et temporaires, zones irriguées).

La séroprévalence globale chez l’humain était de 9,5% (IC95% [8,2-11,0]) et chez les zébus de 19,3% (IC95% [17,3-21,8]). Les analyses statistiques multivariées révèlent que de fortes valeurs de l’axe 4 ont une influence positive et statistiquement significative sur la séroprévalence des personnes vivant en milieu rural (p<0.01) et chez les bovins (p<0.001). A l’inverse, les fortes valeurs sur l’axe 1 ont une influence négative et statistiquement significative sur les deux séroprévalences (humains et bovins) (p<0.05). Par ailleurs, le contact avec le lait cru constitue un facteur de risque d’infection chez les personnes vivant en milieu rural. Aucun environnement et comportement n’est associé à l’infection des personnes vivant en milieu urbain.

Ces premiers résultats nous permettent de faire l’hypothèse que les environnements humides seraient plus favorables à la circulation de la FVR et constitueraient donc des environnements à risque autant chez les bovins que les humains. Ceci, suggère l’existence d’une transmission vectorielle dans les deux populations. Ces environnements favorables aux moustiques (longue saison des pluies, nombreux points d’eau, températures moyennes) sont fortement représentés dans le moyen-ouest et la côte-est de Madagascar. Par ailleurs, cet environnement humide serait plus favorable aux vecteurs de genres Culex et Anopheles. A Madagascar, lors des épidémies de 2008-2009, des moustiques des espèces Anopheles squamosus, An. coustani et Culex antennatus ont été trouvés naturellement infectés par le VFVR (Ratovonjato, 2011). Ces trois espèces de vecteurs piquent les ruminants et les humains (Tantely, 2015 sous-presse). Ainsi, il semblerait qu’en plus d’une transmission directe par contact avec le lait cru, la transmission vectorielle pourrait être impliquée dans l’infection humaine en milieu rural.

Impact Cette étude en cours s'attache à comprendre et expliquer l'épidémiologie de la FVR à l'échelle nationale

de Madagascar. Les résultats de cette étude feront objet d’au moins une publication scientifique dans une revue

scientifique internationale à facteur d’impact.

Communications affichées- Olive MM, Chevalier V, Andriamandimby SF, Rakotomanana F, Grosbois V, Tran A, Rogier C, Heraud JM. Rift Valley Fever in human and ruminants in the different ecosystems of Madagascar.Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network, Paris, September 10-13, 2014

Publication- Maquart M, Temmam S, Heraud JM, Leparc-Goffart I, Cetre-Sossah C, Dellagi K, Cardinale E, Pascalis H. Development of real-time RT-PCR for the detection of low concentrations of Rift Valley fever virus. J Virol Methods 2014; Jan 195, 92-99.

Références- Jeanmaire EM, et al. Prevalence of Rift Valley fever infection in ruminants in Madagascar after the 2008 outbreak. Vector Borne Zoonotic Dis. 2011 Apr;11(4):395-402. - Ratovonjato J, et al. Detection, isolation, and genetic characterization of Rift Valley fever virus from Anopheles (Anopheles) coustani, Anopheles (Anopheles) squamosus, and Culex (Culex) antennatus of the Haute Matsiatra region, Madagascar. Vector Borne Zoonotic Dis. 2011 Jun;11(6):753-9.- Tantely L.M., et al. A review of mosquitoes associated with Rift Valley fever virus in Madagascar. American Journal of Tropical Medicine and Hygiene (sous presse)

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GISVEC GIS and VEctor Control program to identify priority areas for insecticide residual spraying

Correspondant :Fanjasoa RAKOTOMANANA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Patrice PIOLA, unité d’épidémiologie, [email protected] Florian GIROND, unité d’épidémiologie, [email protected] Milijaona RANDRIANRIVELOJOSIA, Elisabeth RAVAOARISOA, unité paludisme, [email protected] Bienvenue RAHOILIJAONA, unité d’épidémiologie, [email protected] Hobiniaina Anthonio RAKOTOARISON, unité d’épidémiologie

Lieux des travaux :Hautes Terres,

Co-investigateurs hors IPM- Judith HEDGE, CDC Resident Advisor in Madagascar- Raymond BEACH, CDC Atlanta

Date début : 26/09/2013 Date fin : 30/09/2017 Durée (mois) : 72Financements :USAID


Mots clés : SIG, Analyse multi-critère, paludisme, lutte

Contexte & justification Plusieurs types d’interventions ont été menés à Madagascar pour lutter contre le paludisme, surtout

pour maintenir la transmission au niveau le plus bas. L’aspersion intra-domiciliaire (AID, ou pulvérisation intradomiciliaire, PID) d’insecticide est une stratégie de lutte adoptée pour les hautes terres centrales (HTC). Ces efforts ont toujours été soutenus par des financements venant de l’extérieur. L’optimisation de l’utilisation des ressources allouées devient donc primordiale pour les pays à ressources limitées comme Madagascar. L’analyse multi-critère (AMC) pour l’identification des zones prioritaires pour l’AID permettrait d’intégrer les déterminants opérationnels de la lutte vectorielle et de mieux cibler cette action à mener. L’une des méthodes est basée sur la théorie des limites floues où la limite entre l’aptitude ou non d’un facteur varie de façon progressive à travers l’espace (distance entre village-gîtes larvaires..). En revanche, il y a une distinction nette entre les facteurs et contraintes. La contrainte est une sorte de masque qui fait qu’une zone n’est pas prise en compte dans le calcul; exemple les zones non habitées (zones sans population où le risque n’est donc pas présent). Les facteurs et contraintes sont donc traités et combinés de manières différentes.

Objectifs Proposer un outil d’aide à la décision pour l’identification des zones prioritaires d’intervention en matière

de campagne d’aspersion intra domiciliaire d’insecticide.

Méthodes Zone d’étude

L’étude a intéressé toutes les hautes terres centrales avec une approche plus précise pour le district d’Ankazobe.

Source des donnéesGéographique : SRTM90m, Spot 5 du projet SEAS-Oi (résolution 10m), Landsat 8 (résolution 30m),

limite administrative des communes de l’OCHA (Office for Coordination of Humanitarian Affairs).Epidémiologique : rapport du PNLP (Programme national de lutte contre le paludisme). Cette étude

s’appuiera également sur celle effectuée dans le cadre de la sérologie des écoliers effectuée pour la détermination des zones à cibler par l’AID.

Climatique : IRI (International Research Institute)Action de lutte : Programme national de lutte contre le paludisme.Démographique : WorldPop.Analyses- Deux types d’images satellitaires ont été utilisés pour extraire les informations qui nous intéressent,

principalement les plans d’eau et les zones humides dont les rizières: SPOT 5 (pour le district d’Ankazobe) et Landsat 8 (pour Ankazobe et le reste des hautes terres centrales). L’approche « orienté objet » a été adoptée pour la classification des images en utilisant deux méthodes dont la classification par règle d’appartenance (pour les images SPOT 5) et la classification par apprentissage (pour les images Landsat 8).

- L’analyse multicritère (AMC) a été effectuée pour la modélisation du risque paludisme dans les HTC aboutissant à un gradient de risques. Des critères tels que l'occupation du sol, l'altitude, la température et la densité humaine ont été pris en compte.

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- Les cartes des gradients de risques obtenues ont été superposées avec les zones habitées pour déterminer les localités à cibler.

Logiciels utilisésENVI/FX, QGIS, Idrisi, Arcgis 10

Résultats & discussion La comparaison des résultats de la classification des images du district d’Ankazobe, extraites à partir de

celle de Spot 5 et de Landsat 8, a montré une cohérence de 87,6% pour les plans d’eau et 72,5% pour les rizières et zones humides. Ceci implique l’intérêt de l’utilisation des images Landsat 8 à l’échelle des communes (la plus petite unité spatiale pour l’intervention) étant donné que l’outil doit être disponible à moindre coût. Les images Landsat 8 sont facilement accessibles à cause de leur gratuité et leur résolution, limitant le nombre d’images à traiter. La détermination du pas de temps pour la mise à jour des données d’occupation du sol a été envisagée pour mettre au point l’outil. La mise à jour des données nécessaires pour obtenir une carte dynamique a commencé depuis le début de la deuxième année du projet ainsi que la collecte des données épidémiologiques du paludisme disponible pour la validation du modèle. L’automatisation du processus vers d’autres régions de Madagascar et d’autres moyens de lutte contre le paludisme constitue notre prochaine étape.

Impact Disposer d’un outil d’aide à la décision pour la détermination des zones à traiter par l’AID d’insecticides,

reposant sur le SIG. Cet outil permettra également de disposer des informations intégrant les différents paramètres environnementaux, logistiques et épidémiologiques pour surveiller et cibler l’action de lutte dans une zone donnée.


Communications orales:- Rakotoarison HA, Piola P, Rakotomanana F. Identification des zones prioritaires pour la Campagne d'Aspersion Intra Domiciliaire dans la lutte contre le paludisme à Madagascar. In : Andriamanarivo ML, dir. Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo « Recherche, Santé et Développement » ; 30 septembre-1-2- octobre 2014 ; Antananarivo, Madagascar. 2014. - Rakotoarison HA, Piola P, Rakotomanana F. Identification des zones prioritaires pour la Campagne d'Aspersion Intra Domiciliaire dans la lutte contre le paludisme à Madagascar. In : Salamon R, dir. 1er

Congrès de Recherche en Santé Publique de l’Océan Indien « Transitions épidémiologiques et sanitaires » ; 12-13 novembre 2014 ; Saint-Paul, La Réunion – France. 2014.

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Hanta-MADOI Ecologie des Hantavirus à Madagascar et dans l’Océan IndienCorrespondant :Jean-Michel HERAUD


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Sandra TELFER, unité peste, [email protected] Vololoniaina RAHARINOSY, unité de virologie, [email protected]

Lieux des travaux :28 sites sentinellesde surveillance des

fièvresDébut : 2013 Fin : 2016 Durée (mois) : 36Financement : Wellcome Trust (Fellowship 2011-2016); IPMMots clés : Hantavirus, micromammifères, écologie virale, Madagascar Budget total : 15 000€

Contexte & justification Chez l’homme, l’infection par les hantavirus peut provoquer des maladies graves. Des études

préliminaires sur les hantavirus chez des micromammifères sauvages de Madagascar ont mis en évidence un nouveau variant génétique du virus Thailand (THAIV) rencontré en Asie du sud-est et nommé Anjozorobe virus (ANJOV) (Reynes JM et al. Vector Borne Zoonotic Dis, 2014).

Objectifs Les objectifs du projet sont:- mieux comprendre/décrire l’introduction et la distribution spatiale et temporelle des hantavirus à

Madagascar et dans les îles de l’Océan Indien (Seychelles, Maurice, La Réunion),- analyser les caractéristiques moléculaires de ces virus, et évaluer les risques d’infection chez

l’homme.

Méthodes Dans le cadre du projet d’étude sur les zoonoses (cf. fiche ZORA/PRIZM), des prélèvements de sang

d’un échantillon représentatif de la population malagasy (1 680 individus), ainsi que des organes obtenus à partir de micromammifères capturés (1279 individus) sont disponibles. Le projet utilisera aussi les échantillons collectés dans la région de Moramanga dans le cadre du projet PRIZM (cf. Fiche ZORA/PRIZM) où les micromammifères sont capturés dans divers habitats incluant la forêt naturelle et plantation, rizières et maisons. Des analyses phylogénétiques à partir des virus détectés à Madagascar et dans la région de l’Océan Indien (OI) seront réalisées.

Résultats et discussion A ce jour, 1 279 organes de rongeurs ont été testés. Pour l’ensemble de Madagascar, nous avons

trouvé une prévalence de 8,8% (113). Nous avons détecté la circulation d’Hantavirus sur presque tout le territoire à l’exception de deux zones (Belo/Tsiribihina et Ambovombe). Les premières analyses phylogénétiques semblent montrer l’existence de clusters de virus répartis par zones géographiques qui pourrait s’expliquer par des dynamiques des populations réservoirs particulières. Des analyses plus fines sont nécessaires pour l’analyse des dynamiques des populations virales à Madagascar.

Conclusion Nos résultats vont dans le sens d’une distribution large des hantavirus à Madagascar mais aussi dans

l’OI. Les mécanismes d’introductions restent encore à élucider. Afin d’évaluer les risques d’infection dans les populations humaines, nous développons actuellement un test sérologique capable d’estimer la prévalence de ces infections chez l’homme.

Impact Une cartographie de la répartition des hantavirus chez l'homme et les petits mammifères terrestres,

dans les différents écosystèmes de Madagascar pourra être réalisée. Ceci permettra, entre autre, de cibler les prochaines études de surveillance et de recherche sur ces pathogènes. Enfin, une étude des facteurs de risques associés à l’infection par les hantavirus chez l'homme sera menée.

Publications- Reynes JM, Razafindralambo NK, Lacoste V, Olive MM, Barivelo TA, Soarimalala V, Heraud JM,

Lavergne A. Anjozorobe hantavirus, a new genetic variant of Thailand virus detected in rodents from Madagascar. Vector Borne Zoonotic Dis. 2014; Mar 14(3), 212-219.

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HepMada Epidémiologie moléculaire des virus de l’hépatite B et E à Madagascar

Correspondant :Soa Fy Andriamandimby


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPMHasina RABARISON, unité de virologie, (thésard en médecine)

Co-investigateur hors IPMCHU Befelatanana (services hépatogastro-entérologie et maladies infectieuses)



Date début : 1/11/2011 Date fin : 31/11/2015 Durée (mois) : 48Financements : Institut Pasteur de Madagascar

Mots clés : Hépatites, Zoonoses, Madagascar

Contexte & justification : Les hépatites virales sont causées principalement par l’un des virus exclusivement hépatotropes

nommés A, B, C, D ou E. D’autres virus sont capables d’entraîner occasionnellement des lésions hépatiques. Le virus de l’hépatite E (HEV) se transmet par voie oro-fécale, tandis que le virus de l’hépatite B (HBV) se transmet par voie sanguine ou sexuelle. Le virus de l’hépatite B peut conduire au portage chronique et peut entrainer une cirrhose qui est un facteur de risque d’évolution vers le cancer hépatocellulaire.

A Madagascar, une récente étude effectuée a montré une prévalence élevée d’HEV chez les porcs avec une circulation du génotype-3. Chez l’homme, l’étude de séroprévalence a donné une estimation de 14,7% chez les travailleurs dans les abattoirs. Les études menées et publiées sur l’hépatite B à Madagascar ont montré que le pays se situe dans la zone à haute prévalence par rapport à l’infection avec une prévalence jusqu’à 23% dans la population générale. Cette prévalence diffère selon que la zone est urbaine (5,3%) ou rurale (26%). La transmission en zone rurale se fait essentiellement en périnatal ou en postnatal.

Objectifs : Cette étude se propose de collecter les données épidémiologiques et virologiques sur les hépatites virales afin de répondre aux objectifs suivants :

1. Remettre à jour la prévalence des hépatites B et E à Madagascar ;2. Déterminer la relation des taux de séroprévalence avec l’âge et le lieu à Madagascar ;3. Evaluer le poids de la maladie en relation avec l’infection par les virus des hépatites à Madagascar ;4. Décrire les génotypes des virus de l’hépatite B circulant à Madagascar ;5. Retracer l’histoire de l’introduction et de la circulation des virus de l’hépatite B à Madagascar.

Méthodes :Sérothèque humaineDurant notre étude, nous avons utilisé la sérothèque provenant d’une campagne de prélèvements, qui a

débuté en novembre 2011 et s'est terminée à la fin du mois d'avril 2013 dans le cadre du projet ZORA. Un prélèvement de 15 ml de sang a été réalisé sur chacune des personnes recrutées. Sur le terrain, les aliquotes de prélèvements ont été conservés à 4°C ou dans un Dewar refroidi en azote liquide. Chacune des personnes prélevées a été questionnée individuellement sur ses contacts avec les animaux domestiques, sauvages et leurs environnements. Cette étude a reçu l’autorisation du comité d’éthique national (Autorisation n° 066 - MSANP/CE du 26 juillet 2011).

Analyses virologiquesL’étude de prévalence de l’Antigène HBs (AgHBs), un marqueur de portage du virus HBV, et de la

séroprévalence en anticorps anti-HEV, un marqueur d’infection ancienne du virus HEV a été faite en utilisant respectivement une technique maison et le kit Wantai®. Ce kit est celui recommandé par le CNR des hépatites A et E en France. L’étude moléculaire des souches circulant a été faite à partir des échantillons conservés à cet effet à -80°C.

Une partie du génome viral a été analysée dans le but de décrire l’aspect phylogéographique de la circulation du virus de l’hépatite B à Madagascar et les éventuels liens avec les autres souches de différentes origines géographiques. Le génotypage a été effectué avec une amplification génomique etanalyses des séquences (Blast) selon Bartholomeusz et al. (2007).

Etude cas-témoinUne étude cas-témoin, en collaboration avec le service des hépatogastro-entérologie et du service des

maladies infectieuses est menée afin d’évaluer la part attribuable à l’infection par les virus des hépatites dans les maladies chroniques du foie.

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Résultats et discussion : Dans le volet « hépatite », 1781 échantillons collectés dans le cadre du projet « ZORA » ont été utilisés

pour la recherche d’AgHBs (Hépatite B) et d’IgG anti-HEV (901 hommes et 879 femmes ; sex- ratio H/F = 1,02). L’âge des individus recrutés se situe entre 17 et 100 ans, avec une moyenne d’âge de 37,7 et une médiane de 35,0 ans.

Hépatite virale HBVPour la recherche d’AgHBs, 142 échantillons ont été testés positifs (7,97% IC à 95% = [6,77–9,35]). La

séroprévalence variait 1,7% à 18,3% selon les districts. D’autres analyses statistiques sont en cours.A ce jour, le génotype a pu être déterminé pour 80 échantillons, et 3 génotypes circulent à Madagascar

(A, D et E) avec une très nette prédominance du génotype E comme décrit précédemment (Dupinay et al. 2010). Les travaux de séquençage en vue d’une analyse phylogéographique sont en cours.

Hépatite virale HBEL’étude de séroprévalence en IgG dirigées contre le virus de l’hépatite E a montré un résultat global de

positivité de 16,8% (n=300). Les analyses statistiques des résultats sont en cours.

Impact :Une cartographie de la répartition des différents virus des hépatites et de leurs génotypes sera réalisée.

Ceci permettra, entre autre, de cibler les prochaines études de surveillances et de recherches sur ces pathogènes. L’évaluation indirecte de la circulation virale du VHB après l’introduction de la valence hépatite B dans le programme national pourra réorienter la lutte.

Publication & Communication orale ou affichée : néant

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HMelioid MélioïdoseCorrespondants :

- Benoit GARIN- JM COLLARD


Téléphone :+261 20 22 412 72

Date de rédaction

31/01/2015Co-investigateurs de l’IPM

- Vaomalala RAHARIMANGA, unité d’épidémiologie, [email protected] des travaux :

Mahajanga, Antananarivo

(IPM), Madagascar

Co-investigateurs hors IPM- I. DJAOMALAZA, MEC Mahajanga, [email protected]

Date début : 1/09/2011 Date fin: 25/09/2013 Durée (mois) : 24Prolongation jusqu’au 20/08/2015

Financements :Actions Concertées Inter-Pasteuriennes (ACIP).


Mots clés : Mélioïdose, Burkholderia pseudomallei, tellurique, septicémie

Contexte & justification Burkholderia pseudomallei (ou bacille de Whitmore) est une bactérie saprophyte retrouvée dans le sol

et l’eau des zones endémiques. Elle est située dans la profondeur du sol pendant la saison sèche et après des pluies importantes elle peut remonter en surface. Cette bactérie est transmise à l’homme ou aux animaux exposés à des sols humides par voie transcutanée ou, plus rarement, par inhalation ou ingestion. Elle est responsable de la mélioïdose également appelée maladie de Stanton, infection particulièrement grave, à mortalité élevée de l’ordre de 20 à plus de 50 %, selon les formes. Cette maladie est endémique dans le sud-est asiatique et le nord de l’Australie. La mélioïdose est aujourd’hui classée dans les maladies infectieuses émergentes, mais peu de données existent sur sa présence en Afrique et dans l’Océan Indien bien que des cas humains et animaux aient été déjà rapportés.

Objectifs - Chercher la présence de cas humains de mélioïdose à Madagascar;- Identifier des facteurs de risque de contracter la maladie;- Déterminer la structure et la diversité génétique des souches isolées;- Comparer les clones obtenus avec les clones internationaux;- Réaliser des études environnementales.

Méthodes EtudeIl s’agissait d’une étude transversale en milieu hospitalier d’une durée de 18 mois. L’échantillon de

patients inclus comprenait tous les patients qui correspondaient aux critères d’inclusion (syndrome septicémique, âge>18ans) et qui avaient donné leur agrément pour participer à l’étude.

Culture et identificationLes hémocultures ont été analysées, d’une part comme des hémocultures classiques et d’autre part,

ensemencées sur milieu d’Ashdown avec une incubation de 24 à 48 heures à 37°C pour détection et identification de B. pseudomallei. Les échantillons de sols et d’eaux ont d’abord été pré-enrichis dans du bouillon Ashdown avant d’être ensemencés.

Typage moléculaire des souchesLes ADN de B. pseudomallei ont été utilisés pour typage par MLST pour permettre l’analyse

phylogénétique des souches. Certaines des souches pourraient encore être entièrement séquencées par l’intermédiaire du World Genome Project.

Gestion et analyse des donnéesLes données collectées étaient celles obtenues par interrogatoire des malades et celles obtenues par

les examens de laboratoire.Après saisie sur Excel, les données ont été analysées sous Stata. Une recherche de facteurs de risque de la maladie a été faite à partir des données récoltées par interrogatoire.Résultats & discussion

La première inclusion a été faite le 5/04/2012, la dernière le 25/09/2013, soit 18 mois d’inclusion, comprenant 185 patients et 205 hémocultures.

Le CHU d’Androva a été le principal utilisateur des hémocultures, notamment le service des urgences, SUSI. Le nombre de patients fébriles inclus dans l’étude était de 185/18=10 par mois, ce qui est faible pour un hôpital de ce type.

Description des casPremier casHomme de 52 ans, riziculteur à Marovoay (≈ 100 kms de Mahajanga), hospitalisé en juillet 2012 au

CHU d’Androva. Le terrain favorisant était un diabète méconnu. Par la suite, un tableau fébrile et

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septicémique le fait hospitaliser à Mahajanga. L’hémoculture révèlera au 8ème jour une Burkholderia gladioliqui sera rendue Pseudomonas spp. Son décès surviendra 3 jours après son admission et la radiographie thoracique montrera une pleuro-pneumonie gauche et l’échographie abdominale une hépato-splénomégalie avec de multiple abcès de la rate.

Second casHomme de 45 ans, travaillant comme cadre dans une plantation de tabac à Mampikony (≈ 250 kms de

Mahajanga), étant aussi riziculteur et ancien exploitant de plantation de canne à sucre. Lors de son hospitalisation au CHU d’Androva en mai 2013, quatre hémocultures ont été prélevées, 2 ont poussé avec B. pseudomallei au 5ème jour et une avec K. pneumoniae. L’identification par API20NE a été faite facilement pour ce cas.

Les points communs de ces deux cas sont leur âge, leur profession, leur terrain diabétique, leur histoire clinique et leur issue fatale.

Description génotypique des deux isolatsLa rtPCR TTS(Type Three Secretion)1 a permis l’identification du premier cas et a confirmé le second

cas. Le test d’agglutination au latex était aussi positif pour les deux souches. Une MLST (multi locus sequence typing) a permis de génotyper ces deux souches. Elles sont toutes les deux d’un nouveau séquence-type, ST1053 et ST1054 éloignés de ceux des souches déjà connues, l’un étant un single locus variant (SLV) d’une souche d’un patient français hospitalisé en Belgique en mars 2013 pour une mélioïdose qu’il a contracté lors de ses séjours à Mahajanga (Rossi C. Melioidosis—Belgium ex Madagascar. ProMed. 2013 May 3. http://www.promedmail.org, archive no. 20130503.1687746.) et l’autre un SLV d’une souche isolée chez un Mauritien en 2006.

Prélèvements de l’environnement direct d’un cas de mélioïdose (patient français) hospitalisé en Belgique en 2013 et ayant régulièrement voyagé à Mahajanga.

Quatre échantillons d’eau (eau de puits, eau de douche reliée à ce puits, eau sortant du tuyau d’arrosage relié au même puits, eau de robinet relié à un fût dans la cour de l’habitation du cas hospitalisé et 12 échantillons de sols (mission du 24/05/14) ont été analysés pour la recherche de B. pseudomallei.

Après filtration des eaux, la membrane de nitrocellulose de 0.45µm a été placée dans du bouillon Ashdown pour un pré-enrichissement pendant 24h. La membrane et une partie du bouillon ont été ensemencés sur une gélose Ashdown additionnée de gentamicine. Aucune pousse n’a été observée à partir des 4 échantillons d’eaux.

En revanche, la mise en culture des 12 sols échantillonnés (pré-enrichissement et ensemencement sur une gélose) a permis d’isoler des colonies de B. pseudomallei à partir de 3 sols (dénommés A4, A8 et A12). Le test rapide sur bandelette et le test au latex ont confirmé l’identification, de même les qPCR TTS1 123bp et TTS1 548bp.

L’identification sur MALDI-TOF des 3 souches provenant du sol et des 2 cas humains a donné comme résultats B. thailandesis avec des scores variant de 1,7 à 1,9. Après envoi des dossiers Biotyper au CHU de Lille (Dr O. Gaillot) et analyse avec la base de donnée SR (Security Relevant), chaque souche a été confirmée B. pseudomallei avec des scores variant de 2,1 à 2,3.

Le typage par MLST des 3 ADN du sol est en cours.PerspectivesLe séquençage génomique complet des ADN des 5 souches isolées de patients français et malagasy à

Mahajanga (2004, 2005, 2012 et 2013), ainsi que des souches isolées de l’environnement d’un cas, sera d’un apport vraisemblablement important pour commencer à décrypter l’histoire évolutive de cette maladie dans la région de l’Océan Indien.

Impact Cette maladie infectieuse, ignorée des médecins malagasy et non-enseignée dans les Facultés de

Médecine, devra être à nouveau prise en compte notamment par les autorités sanitaires.

Publications- Benoit G., Innocente D., Natasha D.,Mahafaly, Vaomalala R., Fidiarivony R., Perlinot H., Nivosoa C.,

Dereck, Mark .M., Myriam K., Bart C. 2014. Autochthonous Melioidosis in Humans, Madagascar, 2012 and 2013. EID 20, 10: 1739-1741.

Communications orales: - Mélioïdose à Madagascar (Burkholderia pseudomallei). Congrès Scientifique de la Faculté de

Médecine, 30 Septembre 2014, Ivato Antananarivo. Andriniaina Rakotondrasoa.

2013 May 3. http://www.promedmail.org, archive no. 20130503.1687746.)

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HPV Détection et génotypage des papillomavirus humains lies aux cancers du col de l’utérus

Correspondant :Clairette RAHARISOLO VOLOLONANTENAINA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM :- Richter RAZAFINDRATSIMANDRESY, unité virologie, [email protected] Jean-Michel HERAUD, unité virologie, [email protected] Maherisoa RATSITORAHINA, unité d’épidémiologie, [email protected]

Lieux des travaux :IPM

Date début : Novembre 2012 Date fin : Juin 2014 Durée (mois) :18Financement : Projet de recherche interne IPM

Budget total : 5 000 €

Mots clés : Papillomavirus humain (HPV), cancer, col utérin, génotypage

Contexte & justification Le cancer du col de l'utérus est au deuxième rang des cancers chez la femme dans le monde en

termes d’incidence. Il est l'une des principales causes de décès par cancer chez les femmes et est la première cause de mortalité dans les pays en voie de développement. Actuellement, il est communément reconnu que 99% des cancers du col utérin sont liés à l’infection persistante de l’un des quinze types oncogènes du virus papillomavirus humain (HPV). La prévalence et la distribution de l’infection par HPV varient considérablement suivant les populations, l’âge et les pays.

Une étude faite à partir des frottis cervicaux par l’équipe de Smith chez les femmes travailleuses du sexe malagasy a montré une prévalence de 36,7% aux HPV. Ils ont trouvé que le HPV type 52 représentait11,1% des HPV, le type 31 et le type 39 représentaient chacun 5,6% ; le type 16 et le type 83 représentaientchacun à 3,3%. Aucune des femmes ayant participé à cette étude n’avait de lésion de haut grade ni delésion cancéreuse (Smith et al. 2010).

Jusqu’à ce jour, aucune donnée n’a été publiée sur la caractérisation des types de HPV liés aux cancers du col chez les femmes malagasy. Cette situation nous a incitée à rechercher et à caractériser les types de virus associés aux cancers du col diagnostiqués chez des femmes malagasy et archivés dans notre laboratoire.

Objectifs - Objectif principal : identifier et caractériser les différents génotypes de HPV liés au cancer du col utérin à partir des prélèvements fixés au formaldéhyde et inclus en paraffine ;- Objectif secondaire : créer une base de données fiable qui servira de base d’informations à une étude à plus grande échelle.

Matériels et méthodes Population d’étude :

L’étude portait sur 90 cas de cancer invasif du col utérin diagnostiqués et archivés dans notre laboratoire durant la période de juin 2010 au 21 décembre 2012.

Matériels et méthodesLes prélèvements étaient fixés au formol à 10% et inclus en paraffine. L’extraction d’ADN a été réalisée

avec le kit DNeasy Blood & Tissue (Qiagen). Pour le typage, nous avons utilisé 2 techniques :

un séquençage directe de la région du gène L utilisant les amorces consensuelles MY09/MY11 [Manos et al., 1989] et GP5/GP6 [Husman de Roda et al., 1995]

une technique d’hybridation moléculaire utilisant le kit HPV INNO-LiPA (Innogenetics, Belgique).

RésultatsL’âge moyen des femmes inclues dans cette étude était de 54 ans.

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Table 1: Prévalence globale de l'infection au HPV (N=90)

No. Proportion IC 95%Tout type HPV 82 91,1% 82,7 – 95,8HR-HPV (à haut risque) 80*

80*88,9% 80,1 – 94,3

pHR-HPV (probablement à haut risque) 3† 3,3% 0,9 – 10,1LR- HPV (à faible risque) 1‡ 1,1% 0,1 – 6,9Infection à HPV multiple (combinaison de genotypes) 33 36,7% 26,9 – 47,5Infection à un seul type d’HPV 49 54,4% 43,6 – 64,9Génotypes utilisés dans les vaccins disponibles (16 et/ou 18) 55 61,1% 50,2 – 71,0Génotypes non inclus dans les vaccins et HR-HPV 25¶ 27,8% 19,1 – 38,4Génotypes non inclus dans les vaccins et pHR-HPV 2 2,2% 0,4 – 8,6

*: incluant la combinaison de : 1 pHR (HPV-26) et 1 HR (HPV-35) ; 1 LR (HPV-6) et 1 HR (HPV-45)†: incluant 1 infection multiple de 1 pHR (HPV-26) et 1 HR (HPV-35)‡: incluant 1 infection multiple de 1 LR (HPV-6) et 1 HR (HPV-45)¶: 7 infections multiples et 18 infections simples.

Tableau 2: Distribution des génotypes de HPV détectés par séquençage direct (N=90)

Infection simple No. Prevalence

(%) Infection multiple No. Prevalence (%)

HPV-57 36 40,0 HPV-18 and 57 4 4,4HPV-16 15 16,7 HPV-16 and 57 2 2,2HPV-18 11 12,2 HPV-33 and 57 1 1,1HPV-45 6 6,7 HPV-56 and 57 1 1,1HPV-33 4 4,4HPV-35 2 2,2HPV-67 2 2,2HPV-52 1 1,1HPV-73 1 1,1HPV-X 1 1,1

79 87,8 8 8,9

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Tableau 3: Distribution des types de HPV détectés par le test INNO-LiPA (N=90)

Single Classification a No. Prevalence (%) Multiple Classification a No. Prevalence

(%)HPV-16 HR 20 22,2 HPV-16 and 33 HR 4 4,4HPV-18 HR 9 10,0 HPV-16 and 18 HR 3 3,3HPV-33 HR 7 7,8 HPV-18 and 52 HR 3 3,3HPV-52 HR 6 6,7 HPV-16 and 39 HR 2 2,2HPV-35 HR 2 2,2 HPV-16 and 51 HR 2 2,2HPV-26 pHR 1 1,1 HPV-18 and 33 HR 2 2,2HPV-39 HR 1 1,1 HPV-33 and 45 HR 2 2,2HPV-45 HR 1 1,1 HPV-16 and 35 HR 1 1,1HPV-66 pHR 1 1,1 HPV-16 and 45 HR 1 1,1HPV-68 HR 1 1,1 HPV-18 and 54 HR 1 1,1

HPV-18 and 56 HR 1 1,1HPV-6 and 45 LR and HR 1 1,1HPV-26 and 35 pHR and HR 1 1,1HPV-33 and 68 HR 1 1,1HPV-39 and 52 HR 1 1,1HPV-45 and 54 HR 1 1,1HPV-16, 18 and 33 HR 3 3,3HPV-16, 18 and 52 HR 1 1,1HPV-16, 26 and 33 HR 1 1,1HPV-16, 33 and 45 HR 1 1,1

Total 49 54,4 33 36,7a: HR: High-risk, pHR: Probable high-risk, LR: Low-risk

Conclusion et perspectivesEn conclusion, la compréhension de l'épidémiologie des infections aux HPV liés aux cancers du col de

l’utérus est essentielle à la planification des stratégies de dépistage du cancer et de vaccination. Même sinotre étude est limitée par la taille de l’échantillon, elle a pu décrire la diversité des différents génotypes que nous pouvons trouver dans les carcinomes invasifs du col de l'utérus des femmes malagasy. Ces données serviront de base à une étude à plus grande échelle. Un article est en cours de rédaction pour valoriser cette étude.

Publication : en cours de rédaction


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HTA L’hypertension artérielle chez les adultes âgés de 15 ans et plus à Moramanga : dépistage, risques et observance des traitements

Correspondant :Rila RATOVOSON


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPMPatrice PIOLA, unité d’épidémiologie, [email protected]


MoramangaCo-investigateurs hors IPMPierre PACAUD, Université de Nantes

Date début : 1/02/2013 Date fin : 31/01/2014 Durée (mois) :Financement : Université de Nantes & IPM Budget total :

10 000€Mots clés : Madagascar, dépistage, communauté, HTA, adulte

Contexte & justificationL’hypertension artérielle (HTA) représente un problème mondial majeur de santé publique. Les

connaissances sur l’HTA à Madagascar sont très peu documentées surtout en milieu rural. Moramanga a été désigné comme un site d’étude pour le développement de recherche clinique de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM). Une enquête en population à Moramanga sur la prévalence et les déterminants de la HTA ainsi que l’observance des traitements a été réalisée dans ce site d’étude.

Objectifs Les objectifs généraux de ce projet étaient d’estimer la prévalence et de connaître les risques de l’HTA

chez les adultes âgés de 15 ans et plus, habitant dans les 3 communes inclues dans le système de surveillance démographique et de santé (SSDS) de Moramanga (Ambohibary, Moramanga ville, Ampasimpotsy) et d’évaluer la prise en charge et l’observance à la thérapeutique médicamenteuse des hypertendus de cette zone.

MéthodesL’étude a concerné les sujets âgés de 15 ans et plus résidant dans le SSDS à Moramanga. Un

interrogatoire par questionnaire standardisé et deux mesures de la tension artérielle (TA) ont été effectués. En milieu rural, tous les individus répondant aux critères d’inclusion ont été invités à participer. En milieu urbain, pour des raisons financières et pratiques, un tirage au sort des individus recensés a été effectué par fokontany pour inclure les sujets. Le calcul du nombre de sujets nécessaires a reposé sur une prévalence estimée à 22% avec un risque α égal à 0,05 et une précision à 0,04.

Un individu était considéré comme hypertendu si, après 5 à 10 minutes de repos, sa pression artérielle systolique moyenne (PAS) était supérieure ou égale à 140 mmHg et/ou sa pression artérielle diastolique moyenne (PAD) supérieure ou égale à 90 mmHg après 2 mesures espacées de 5 minutes OU si un sujet était sous médicaments antihypertenseurs prescrits par un médecin depuis au moins un mois avant l’enquête.

Les réponses aux questions sur les facteurs de risques connus de l’HTA (antécédents personnels de TA élevée 130/80mmHg, antécédents familiaux d’HTA, gain de poids récent, sédentarité, habitudes alimentaires salées, habitudes alcoolo-tabagiques) ont été utilisées pour construire un indice de risque en 3 classes (faible, modéré et élevé) pour de l’analyse des facteurs de risques.

Résultats & discussionEn milieu rural, les données de 3621 sur 3708 (97,6%) individus ont été analysées. L’âge moyen était

de 37,8±15,3 ans, avec un maximum de 100,3 ans. L’intervalle interquartile IIQ était de 23,2-45,6 ans. En milieu urbain, les données de 4010 sur 4020 (99,7%) individus ont été incluses dans l’analyse. L’âge moyen était de 36,1±15,1 ans avec un maximum à 100,6 ans. L’IIQ était de 23,5-46,0 ans. Les femmes étaient plus nombreuses que les hommes aussi bien en milieu rural qu’en urbain (respectivement 53,6% et 56,2%).

La prévalence de l’HTA était de 27,0% (979/3621) intervalle de confiance à 95% IC95% [25.6%-28.5%] en milieu rural ; et 29,7% (1191/4010) en milieu urbain IC95% [28,3%-31,1%]. Les patients sous antihypertenseurs depuis au moins 1 mois avant l’enquête étaient de 1,7% (17/979) en milieu rural et de 5,4% (64/1191) en milieu urbain.

Les résultats des analyses multivariées ont montré que tout étant égal par ailleurs, l’âge croissant, et plus de 3 réponses positives aux questions sur les facteurs de risques connus d’HTA constituaient les facteurs de risques d’HTA en milieu rural, et que le fait d’être marié protégeait contre l’HTA (tableau 1); enmilieu urbain, l’âge croissant, plus de 3 réponses positives aux questions sur les facteurs de risques connus et l’obésité ont été retrouvés comme facteurs de risques d’HTA (tableau 2).

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Tableau 1. Facteurs de risques de l’HTA en milieu rural à Moramanga, analyses multivariées Caractéristiques Hypertendus % Total aOR IC95%Age (ans)

15-25 145 13,2 1096 1 -26-35 184 20,8 886 1,8 1,4-2,436-45 192 27,4 701 2,6 2,0-3,546-55 179 38,6 464 4,5 3,3-6,156-65 165 55,0 300 8,7 6,2-12,1

Plus de 65ans 114 65,5 174 13,2 8,7-20,1Niveau de risque

Faible 494 24,3 2035 1 -Modérée 433 30,2 1435 1,4 1,2-1,6

Elevée 52 34,4 151 1,7 1,2-2,5Statut matrimonial

Célibataire 116 16,4 706 1 -Marié 469 26,8 1747 0,7 0,5-0,9

Union libre 200 27,4 730 0,9 0,6-1,2Divorcé 81 38,4 211 1,2 0,8-1,7Séparé 15 26,8 56 0,7 0,3-1,4

Veuf/veuve 97 57,1 170 1,0 0,7-1,6

Tableau 2. Facteurs de risques de l’HTA en milieu urbain à Moramanga, analyses multivariées Caractéristiques Hypertendus % Total aOR IC95%Age (ans)

15-25 98 8,4 1163 1 -26-35 198 19,2 1032 2,4 1,9 - 3,236-45 278 36,3 766 5,6 4,4 - 7,346-55 239 48,7 491 9,5 7,2-12,656-65 232 62,9 369 17,8 13,2-24,2

Plus de 65ans 146 77,2 189 40,8 27,3-62,0Niveau de risque

Faible 387 21,2 1435 1 -Modérée 669 34,9 1246 2,0 1,7-2,4

Elevée 135 49,6 137 3,4 2,5-4,6Obésité par calcul de l’IMC

Non 28 56 50 1Oui 359 30,8 1167 2,4 1,5-3,8

ImpactL’HTA est un problème de santé publique à Moramanga. Plus du quart de la population rurale et urbaine

a été notifié comme hypertendu, mais seulement très peu étaient sous traitements réguliers. De surcroît, les résultats d’une enquête de mortalité menée par l’IPM à Moramanga montrent que les maladies cardio-vasculaires représentent la principale cause de mortalité parmi les adultes. Les résultats de notre étude ont montré que la population de Moramanga ne diffère pas des autres populations concernant les facteurs de risques d’HTA. Mais, la sensibilisation et la prise en charge des hypertendus restent encore très faibles.


Communications orales- Ratovoson R, Rabarisoa Rasetarinera O, Andrianantenaina I, Rogier C, Piola P, Pacaud P.

L’hypertension artérielle chez les adultes âgés de 15 ans et plus à Moramanga. 1ère Journée Scientifique de Santé Publique. Akademia Malagasy Tsimbazaza Antananarivo 30 Mai 2014

- Ratovoson R, Rabarisoa Rasetarinera O, Andrianantenaina I, Rogier C, Piola P, Pacaud P. L’hypertension artérielle chez les adultes âgés de 15 ans et plus à Moramanga. 1er Congrès Scientifique de la Faculté de Médecine. CCI Ivato Antananarivo 30 Septembre – 2 Octobre 2014

- Andrianantenaina I. L’observance à la thérapeutique médicamenteuse des hypertendus de la région de Moramanga. Thèse de Doctorat en Pharmacie. Faculté de Médecine d’Antananarivo. 18 Décembre 2014.

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i-CCM Evaluation économique de l’intégration du diagnostic et du traitement de la pneumonie dans la prise en charge communautaire du paludisme

Correspondant :Marilys RAZAKAMANANA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Marilys RAZAKAMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected] Aina HARIMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected] Patrice PIOLA, unité d’épidémiologie, [email protected] Christophe ROGIER, directeur, [email protected]

Lieux des travaux :Région SAVA

Co-investigateurs hors IPM- Voahirana Tantely ANDRIANANTOANDRO (Economiste Sénior)- Thomas O'CONNELL, UNICEF (New-York)

Date début : 01/05/2014 Date fin: 30/03/2015 Durée (mois) : 11Financements :UNICEF (accord de convention du 10 juillet 2014)

Budget total :39 951,61€

Mots clés : coût, pneumonie, paludisme, prise en charge communautaire

Contexte & justificationMadagascar a considérablement progressé dans la réduction de la mortalité infantile. En effet, le décès

des enfants de moins de 5 ans a diminué de 29% entre 2000 et 2010 (OMS, 2010). Toutefois le paludisme, la pneumonie et la diarrhée constituent encore les principales causes de décès des enfants à Madagascar. Ensemble, ces trois maladies représentent 34% des décès chez les enfants de 1 à 59 mois (OMS, 20131). Or, une grande proportion de ces décès peut être évitée par des interventions préventives et curatives. Outre les efforts de prévention, offrir un traitement rapide et approprié pourrait sensiblement réduire le taux de mortalité des moins de 5 ans. Cependant, en milieu rural, en raison de l’éloignement géographique des centres de santé, du manque de personnel médical et de moyens financiers, l’accès aux soins demeure difficile.

L’hypothèse principale à démontrer à travers ce projet était la suivante : l’efficacité de la prise en charge de la pneumonie au niveau des agents communautaires (AC) dépend à la fois de l’efficacité de la formation, et de l’efficacité de la chaîne d’approvisionnement des médicaments. Une formation efficace suppose d’une part que les AC, outre la formation de base, reçoivent des suivis-formatifs et recyclages réguliers venant des agents de santé. En ce qui concerne la chaîne d’approvisionnement, pour éviter toute rupture de stock de médicaments, les AC peuvent s’approvisionner à la fois auprès des structures publiques telles que les Centres de Santé de Base (CSB) et auprès des structures privées (les points d’approvisionnement).

ObjectifsCette étude a pour but de :- Estimer les coûts de l'intégration du diagnostic et du traitement de la pneumonie dans le programme

PCIMEC (prise en charge intégrée des maladies de l’enfant au niveu communautaire, i.e. par des agents communautaires) et

- Evaluer le coût de la mise à l’échelle.

Méthodes Deux districts de la région de SAVA sont concernés par ce projet : Andapa et Antalaha. Pour vérifier l’hypothèse principale, le projet adopte les deux scénarii suivants pour chaque district :

- Scénario 1, pour le district d’Andapa, où l’ensemble des activités se résument à la formation de base des AC au mois de février 2014, à la suite de laquelle, chaque site communautaire (2 AC) a été doté en outils de gestion et en lot de démarrage composé d’un ARI-timer et de 2 boîtes d’Amoxicilline DT de 250 mg. Chaque boîte contient 100 comprimés.

- Scénario 2, pour le district d’Antalaha, où l’on a administré le scénario 1 renforcé par d’autres activitéstelles que le renforcement du système d’approvisionnement des médicaments (juillet 2014), puis la supervision formative (Août 2014). Le recyclage était prévu au mois de décembre 2014. La mobilisation communautaire était également planifiée en novembre 2014.

Une collecte de données permettant d’estimer les coûts engendrés (rapports, entretiens, documents comptables) et leur analyse a été effectuée dans les deux scenarii. Le recueil de données démographiques, sanitaires, épidémiques et socio-économiques des zones d’intervention a permis une évaluation de leur efficacité. Le district de Sambava a été pris comme district témoin (zone de contrôle).

1 Statistiques Sanitaires Mondiales, OMS 2013.

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Résultats & discussionEn cours

ImpactCette étude permettrait d’évaluer le coût de la mise à l’échelle de l’intégration du diagnostic et du

traitement de la pneumonie dans la prise en charge communautaire du paludisme.

Publications: à venir

Communication orale ou affichée- 25 novembre 2014 auprès des responsables du MinSanP et des Partenaires Techniques et

Financiers.

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IMI-CystiDiag Diagnostic de la Cysticercose à Madagascar : Développement et validation de tests de diagnostic sérologiques et moléculaires pour la cysticercose Humaine et porcine

Correspondants :Inès VIGAN-WOMASAnjanirina RAHANTAMALALA


[email protected]

Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Ronan JAMBOU, Ex-unité immunologie, - Frédérique RANDRIANIRINA, centre de biologie clinique,

[email protected] Prisca RAMANDANIRAINY, unité d’immunologie des maladies infectieuses,

[email protected]


Co-investigateurs hors IPM- Alain Djacoba TEHINDRAZANARIVELO, Service de Neuro-psychiatrie,

Hôpital de Befelatanana, Madagascar- Julien RAZAFIMAHEFA, Service de Neuro-psychiatrie, Hôpital de

Befelatanana, Madagascar- Francesca BISIO, Hôpital d’Ambovombe, Madagascar- Vincent PORPHYRE, CIRAD St Pierre, La Réunion- FOFIFA- DRZV, Département de Recherches Zootechniques et Vétérinaires

Date début : 1/11/2012 Date fin: 31/12/2017 Durée (mois) : 5 ansFinancements :- Grant Dedonder Clayton, Projet Cysti-LAMP, Division International, IPP- Projet QualiREG – CIRAD La Réunion- Projet PARRUR – SCAC – Ambassade de France

Budget total :Cysti-LAMP : 14 890 €QualiREG : 18 500 €PARRUR : 32 000 €

Mots clés : Taenia solium, cysticercose, neurocysticercose (NCC), LAMP, protéine recombinante, réponses immunes, tests de diagnostic

Contexte & justification L'homme est le seul hôte définitif connu du ver solitaire (Taenia solium) responsable de la téniasis

humaine. La cysticercose chez l'homme est due à l’ingestion des œufs de T. solium contenus dans les excréments humains contaminant les mains et les aliments. A Madagascar, plus de 15% de la population est touchée par cette maladie. La neurocysticercose (NCC) est la plus fréquente des parasitoses du système nerveux central et constitue la forme la plus grave de cette pathologie. Elle est également la première cause des crises épileptiques dans les pays tropicaux.

Beaucoup d’efforts ont été déployés à l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) ces quinze dernières années pour développer et valider des outils de diagnostic pour la cysticercose et la NCC. L’ELISA et le Western Blot (ou EITB) constituent les principales techniques de diagnostic sérologique. En accord avec l’équipe de Tsang et al., du “Centers for Disease Control and Prevention”, CDC – Atlanta, l’EITB utilisant des glycoprotéines totales purifiées sur résine de Concanavaline A est la technique sérologique de référence utilisée à l’IPM. En effet, des études ont montré que, les réactivités immunes détectées par EITB contre les glycoprotéines de cysticerques de T. solium ayant une masse moléculaire de 13-14 kilodaltons, sont associées à une cysticercose active. En ce qui concerne la NCC, son diagnostic repose principalement sur le scanner. Mais à Madagascar, le scanner n’est disponible que dans la capitale et reste d’un coût inaccesible au plus grand nombre. Ainsi le traitement de la NCC est habituellement proposé sans aucune confirmation de diagnostic.

Toutes les techniques actuellement disponibles pour le diagnostic de la cysticercose (ELISA, EITB, PCR) nécessitent qu’elles soient réalisées en laboratoire car elles requièrent des équipements, des réactifs et des consommables spécifiques.

Objectifs Dans ce contexte, l’objectif de ce projet de recherche est de développer des outils de diagnostic

performants et utilisables au chevet des patients afin d’améliorer le diagnostic de la cysticercose et de la NCC à Madagascar. Les objectifs plus spécifiques concernent :

1. la mise au point et la validation d’une technique simple de diagnostic moléculaire par amplification isothermale de l’ADN (LAMP ou “Loop-mediated isothermal amplification”) pour la détection de la NCC à partir du LCR

2. le développement et la validation d’un test de diagnostic sérologique plus sensible et plus spécifique en utilisant des protéines recombinantes de cysticerques produites chez la bactérie E. coli. Ces tests pourraient être utilisés à la fois pour le diagnostic de la cysticercose Humaine et porcine

3. la validation de ces tests dans des centres de santé de base et au niveau des élevages de porcs

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4. l’étude de la prévalence réelle de la téniasis/cysticercose à Madagascar afin de guider la mise en place de stratégies de lutte et de traitements efficaces.

Méthodes Après une formation sur la technique LAMP au sein du laboratoire des maladies parasitaires (NIH –

Bethesda) et un transfert de cette technique à l’IPM, une mise au point de la LAMP en ciblant le gène de la Cytochrome C oxidase cox1 a été réalisée. Cette technique permet une amplification spécifique du gène cox1 des cysticerques de T. solium sans extraction d’ADN du Liquide Céphalo-Rachidien (LCR) des patients.

Quatre protéines du liquide de cysticerques de T. solium qui jouent un rôle majeur dans le diagnostic de la cysticercose Humaine et porcine (GP50, GP24, GP13/14 et GP8) devraient être produites sous forme de protéines recombinantes solubles. Ces protéines permettraient d’analyser plus finement la présence d’anticorps anti-T. solium dans le sérum ou le LCR de sujets vivants en zone d’endémie. Elles seraient aussi utilisées pour la mise au point de tests de diagnostic pour la cysticercose porcine.

Ces tests seront validés à partir d’une biothèque de LCR et de sérums provenant du centre de bilogie clinique de l’IPM, du service de neurologie des l’hôpital de Befelatanana et de l’hôpital d’Ambovombe. En collaboration avec le FOFIFA, une sérothèque de porc atteints ou non de cysticercose sera constituée. Pour finir, ces nouveaux outils seront directement implémenté sur le terrain lors d’études pilotes.

Résultats & discussion La technique LAMP-Cox1 a été mise au point. En utilisant directement les LCR préalablement chauffés

sans extraction d’ADN, les tests de spécificité et de sensibilité montrent que la LAMP-Cox1 (1) permet de confirmer les résultats obtenus avec les techniques de référence (EITB, ELISA) et (2) est aussi sensible que la PCR. Des mises au point sont en cours afin de définir la meilleure méthode de révélation à utiliser.

Les productions de protéines recombinantes solubles sont en cours et la constitution des biothèques porcine et humaine (LCR et sérums) a débuté.

A part le volet recherche, le financement de ce projet doit permettre de réaliser des supports de sensibilisation (dépliants, carnet de sensibilisation, formation villageoise, spots et reportage télévisés).

Impact Après validation, ces nouvelles méthodes de diagnostic devraient permettre d’améliorer le diagnostic et

la prise en charge des patients atteints de cysticercose/neurocysticercose, et ce, en l’absence de scanner cérébral. Ces tests de diagnostic permettraient également de contrôler la cysticercose à Madagascar par une approche combinée humaine et vétérinaire pour interrompre le cycle de la maladie et seraient utiles pour évaluer l’efficacité des mesures de luttes anti-téniasis déployées au niveau des zones d’endémies.

Productions scientifiques : Néant

Communications orales ou affichées : - Anjanirina Rahantamalala. Taeniasis and cysticercosis in Madagascar : New challenge “Point of

care” diagnostic tests. WHO Informal Consultation on assembling a framework for control of Taenia solium and Neurocysticercosis. WHO Headquarters, 17 to 18 July 2014, Geneva.

- Rahantamalala A., Mahanty S. et al., Molecular diagnostic of Neurocysticercosis by detection of Taenia solium Cox 1 gene in CSF using Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): initial results. 10th International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM 10), October 2014 Paris.

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IMI-LeptoDiag Diagnostic de la leptospirose Humaine et animale à Madagascar

Correspondants :Inès VIGAN-WOMAS


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Niry RABENINDRINA, unité d’immunologie des maladies infectieuses,

[email protected] Ronan JAMBOU, Ex-unité immunologie, - Benoit GARIN, Ex-unité bactériologie expérimentale, - Minoarisoa RAJERISON, unité peste, [email protected] Soanandrasana RAHELINIRINA, unité peste, [email protected]

Lieux des travaux :IP MadagascarIP ParisCHU de la Réunion

Co-investigateurs hors IPM- Pascale BOURHY, CNR Leptospirose, IP Paris, [email protected] Alain MICHAULT, CHU sud - La Réunion- Murielle VRAY, unité d’épidémiologie des maladies émergentes, IP Paris- Sandra TELFER Université Abadeen, Welcome Trust, [email protected]

Date début : 1/09/2013 Date fin: 31/12/2016 Durée (mois) : 3 ansFinancements :- VALOEXPRESS, IPP- Wellcome Trust (Fellowship 2011-2016)- Ambassade de Suisse- Division Internationale, ACIP-Leptospirose, IP Paris - Institut Régional de Coopération-Développement (IRCOD)

Budget total :ValoExpress : 32 000 €Wellcome Trust : 5000 €ACIP-Lepto : 21 800 € IRCOD : 20 000 €

Mots clés : Leptospirose, tests de diagnostic Immuno-Chromatographique (ICT)

Contexte & justification La leptospirose est une zoonose bactérienne due à des bactéries pathogènes du genre Leptospira et

de l'espèce Leptospira interrogans. La prévalence mondiale de la Leptospirose est estimée à 1,7 millions de cas/an avec un taux de mortalité pouvant atteindre 20% (OMS, 2012). Le réservoir animal est très diversifié,et outre les rongeurs (rats, souris) et les insectivores, il comprend aussi des animaux domestiques et d’élevage. Tous ces animaux disséminent des leptospires par voie urinaire et les bactéries peuvent survivre longtemps en eau douce (rivières et les lacs). Les rats, excrétant de fortes concentrations de leptospires dans leurs urines pendant des mois après leur infection initiale, sont considérés comme le principal réservoir (Evangelista et Coburn, 2010). Les zones humides sont des zones à risque de contamination et la transmission humaine est le plus souvent indirecte par l’eau ou la boue contaminée par des urines d’animaux infectés. Chez l’Homme, les symptômes de la leptospirose sont peu spécifiques en début de maladie et rendent le diagnostic clinique différentiel difficile car ils sont proches d’autres pathologies telles que la dengue, le paludisme, la fièvre Q ou la grippe. De nombreuses formes cliniques, allant du syndrome grippal à l’atteinte multiviscérale avec syndrome hémorragique sont décrites. Chez le bétail, les signes cliniques le plus souvent rencontrés sont liés à des troubles de la reproduction (mort-nés, infertilité et les avortements). Chez l’homme, la leptospirose est ainsi fréquemment une maladie professionnelle, affectant principalement les fermiers, les travailleurs des abattoirs, les éboueurs, les animaliers, les vétérinaires, les collecteurs de rongeurs et les égoutiers (Hartskeel et al, 2011). A Madagascar où les zébus participent au travail dans la rizière, leur rôle comme réservoir pourrait être majeur.

Le test de référence pour le diagnostic de la leptospirose est le MAT (Micro-Agglutination Test). C’est un test très spécifique nécessitant de faire réagir le sérum des patients sur un panel de leptospires maintenues en culture. Il n’est réalisé que dans très peu de laboratoires dont le Centre National de Référence de la Leptospirose (CNRL) à l’Institut Pasteur à Paris. Le CNRL, a développé un nouvel antigène (Leptospira fainei serovar Hurstbridge) ayant une large communauté antigénique avec les différents sérogroupes de leptospires. Cet antigène est utilisé en routine depuis plusieurs années dans un test ELISA IgM (sensibilité de 94%, spécificité de 99%).

Objectifs Les objectifs de ce projet sont : - de développer un test de diagnostic de type immuno-chromatographique (ICT, bandelettes réactives)

pour la détection des IgM anti-Leptospires chez l’homme en utilisant l’antigène (Leptospira fainei serovar Hurstbridge),

- d’adapté ces tests sérologiques (ELISA et ICT) à la détection d’IgG chez l’homme mais aussi chez

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l’animal pour permettre la réalisation d’études séro-épidémiologiques en zone de transmission, - de mener, à Madagascar, des enquêtes de séroprévalence dans des populations à risques telles que

les éboueurs et les éleveurs de zébus

Méthodes La première partie de ce projet consiste à mettre en place dans l’Unité d’immunologie des maladies

infectieuses, d’une part la production de l’antigène Leptospira fainei serovar Hurstbridge et d’autre part, la fabrication de tests de diagnostic immuno-chromatographique. Cette mise en place sera réalisée via un cycle de formation et de transfert de technologie entre le CNRL et l’Unité. L’antigène Leptospira sera également utilisé pour analyser les réponses immunes humorales (IgM et IgG) par ELISA.

Résultats & discussion La production de l’antigène Leptospira fainei serovar Hurstbridge a été mise en place au laboratoire. Le

processus de production et la qualité de l’antigène sont en cours de validation par le CNRL. Parallèlement, en utilisant l’antigène produit par le CNRL, une série de 2500 bandelettes permettant de détecter les IgM anti-Leptospires chez l’homme a été réalisée. Les tests de stabilité, sensibilité et spécificité sont en cours à la fois au CNRL et à l’IP Madagascar. Les résultats préliminaires montrent que ces tests sont très stables après conservation à 4°C ou à 40°C pendant 3 à 6 mois. Les bandelettes ont été envoyées à l’IP Paris, au CHU sud de la Réunion et à Mayotte et sont actuellement en cours de validation. Les ELISA permettant de détecter à la fois les IgM et les IgG ont été mis au point, et les sérums d’individus à risque pour la Leptospirose (éboueurs et éleveurs) sont en cours d’analyse (Projet ACIP-Leptospirose, IRCOD et Wellcome Trust).

Impact Ce travail vise à proposer des tests de diagnostic simples et fiables (ELISA et ICT) pour le séro-

diagnostic de la Leptospirose afin de mieux connaître la prévalence de cette maladie, et d’améliorer la prise en charge des patients.

Publication & Communication orale ou affichée : néant

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IMI-PaluSéro Le Paludisme à Madagascar : mesure de l’impact des mesures de lutte antipaludique et des changements épidémiologiques sur la transmission et le réservoir

Correspondant :Inès VIGAN-WOMAS


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Christophe ROGIER, directeur, [email protected] - Milijaona RANDRIANARIVELOJOSIA, unité paludisme,

[email protected] - Patrice PIOLA, unité d’épidémiologie, [email protected] Ronan JAMBOU, Ex-unité immunologie, - Thomas KESTEMAN, unité paludisme, [email protected] Elisabeth RAVAOARISOA, unité paludisme, [email protected] Emma RAKOTOMALALA, unité d’immunologie des maladies infectieuses,

[email protected] Aina HARIMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected] Tsikiniaina RASOLOHARIMANANA, unité d’immunologie des maladies

infectieuses, [email protected]

Lieux des travaux :IP MadagascarIP DakarIP ParisIP Côte d’IvoireIRD BéninIP CamerounCERMES Niger

Co-investigateurs hors IPM- Odile PUIJALON, unité immunologie moléculaire des parasites, Institut

Pasteur à Paris (IPP).- Ronald PERRAUT et Aïssatou TOURE-BALDE, unité immunologie,

Institut Pasteur de Dakar (IPD).- André OFFIANAN, unité paludisme, Institut Pasteur de Côte d'Ivoire (IPCI).- Consortium PALEVALUT, Institut de Recherche pour le Développement

au Bénin (IRD), Institut Pierre Richet de Bouaké (IPCI), Centre Pasteur du Cameroun (CPC), Centre de Recherche Médicale et Sanitaire du Niger (CERMES)

-Laura Steinhardt, Centers for Disease Control and Prevention, AtlantaDate début : 10/10/2012 Date fin: 31/12/2017 Durée (mois) : 5 ansFinancements :

- Division International, IPP, projet “ACIP-Multiplex”- Fonds Mondial “Initiative 5% Sida, Tuberculose, Paludisme” France Expertise International (FEI), projets MEDALI et PALEVALUT.

- PMI/USAID/CDC, projet “School-Based Survey”.

Budget total :ACIP : 51 800 €MEDALI : 100 000 €PALEVALUT : 25 000 €USAID/CDC : 280 000 €

Mots clés : Paludisme, transmission, réponses immunes humorales, multiplex, bio-marqueurs sérologiques, efficacité des mesures de lutte

Contexte & justification Au cours des dix dernières années, l’accroissement des moyens alloués à la lutte contre le paludisme a

entrainé une diminution notable de la mortalité et de la morbidité palustre dans de nombreux pays (World Malaria Report, 2011-2014, Murray et al., 2012). Toutefois, après plusieurs années successives de baisse, on assiste depuis 2010 à une recrudescence du paludisme dans plusieurs pays (World Malaria Report, 2010-2014), indiquant que les mesures de lutte actuelles ont atteints leurs limites. A Madagascar, les trois dernières années ont été marquées par une recrudescence des cas de paludisme à Plasmodium falciparumet à Plasmodium vivax touchant toutes les classes d’âges.

Ces épidémies soulignent une fois de plus la fragilité des acquis de la lutte antipaludique qui y avait été menée intensivement depuis 2010. Comment les mesures de luttes et les changements épidémiologiques qui en découlent influent sur la morbidité/mortalité palustre, sur le portage parasitaire et la transmission ? Quelle est l’efficacité réelle des différentes mesures de lutte (distributions de moustiquaires imprégnées, pulvérisations intra-domiciliaires d’insecticides à effet rémanent, utilisation de tests de diagnostic rapide et de combinaisons thérapeutiques à base d’artémisinine ? Quels sont facteurs interférant avec l’efficacité des interventions ? Ce sont autant de questions qu'il faut explorer afin de guider efficacement la mise en œuvre des stratégies nationales de lutte contre le paludisme.

Objectifs Les différents projets de recherche associés à ce programme ont pour objectifs de développer les

outils/techniques nécessaires et d'apporter les connaissances permettant de i) comprendre comment la baisse de la transmission influence les réponses immunes des populations exposées et le risque de contracter des formes graves du paludisme [projet ACIP-Multiplex] ii) d’assurer un meilleur suivi de l’impact des programmes de lutte antipaludique en termes de nombre de cas (infections, maladies et décès) évités dans les différents contextes épidémiologiques [projet MEDALI, PALEVALUT et SBS] et iii) de guider la

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formulation de nouvelles stratégies d’intervention. Ce programme de recherche multicentrique est mené en étroite collaboration avec les unités paludisme, épidémiologie et immunologie de l’IPM, mais aussi avec les partenaires locaux (Ministère de la Santé et PNLP) et internationaux (IRD, Institut Pasteur à Paris, Réseau International des instituts Pasteur, Centers for Disease Control and Prevention”, CDC – Atlanta).

Méthodes Développer un jeu de bio-marqueurs (antigènes, cytokines) permettant de suivre l'évolution des

réponses immunes anti-plasmodium. Il s’agit de mettre en place à l’IPM et dans les différents instituts de recherche associés un essai

standardisé permettant d’analyser, de façon qualitative et quantitative, les réponses humorales contre un panel d'antigènes parasitaires en utilisant la dernière génération de système de multiplexage le MAGPIX (Luminex Corp.). Pour ce faire, un panel “à façon” comprenant des antigènes pré-erythrocytaires et érythrocytaires de P. falciparum (candidats vaccins inclus dans des essais vaccinaux en cours tels que la CSP, MSP1, AMA1 et LSA3), des antigènes impliquées dans la cytoadhérence parasitaire (adhésines PfEMP1) et des antigènes salivaires d'Anopheles a été mis en place. Selon les sites d’étude, des antigènes de P. vivax, P. malariae et P. ovale seront inclus. Les antigènes testés sont produits sous forme de protéines recombinantes solubles ou de peptides synthétiques. Après une première phase de mise au point des conditions de dosage des anticorps spécifiques et la constitution des standards pour l'étalonnage des dosages, un multiplex multi-antigène et multi-stade parasitaire a été mis au point. Ce multiplex sera validé par des études pilotes réalisées dans chacun des Instituts participants pour explorer les profils immunologiques avant et après la mise en place des mesures de lutte antipaludiques, étude englobant les phases de baisse et de recrudescence en accès palustres.

Résultats & discussion Les travaux menés conjointement à l’Institut Pasteur à Paris, l’IPM et l’Institut Pasteur de Dakar ont

permis de développer et de mettre en place la technique multiplex-MagPix incluant un panel de 15 antigènes de P. falciparum, P. vivax et P. malariae et un antigène salivaire d'anophèles. A Madagascar, les profils immunologiques contre ce panel d’antigènes ont été analysés sur plus de 11000 échantillons collectés sur l’ensemble du territoire et représentatifs des différents faciès du paludisme à Madagascar (projet MEDALI), sur 4000 prélèvements provenant de deux zones d’endémicité différente (Ankazobe et Brickaville, projet PALEVALUT) et sur 12500 échantillons collectés dans 7 districts des Hautes Terres Centrale et de Marges dans le cadre du projet School-based Malaria Survey. De plus, les suivis longitudinaux sero-épidémiologiques menés dans le village de Saharevo et chez les enfants de la plaine d’Antananarivo (Projet ACIP) devraient permettre d’analyser l’impact des mesures de lutte anti-paludiques sur la transmission. Au Sénégal, les profils immunologiques avant et après la mise en place de moustiquaires et des traitements à base d’Artémisinine (ACT) dans les villages de Dielmo et Ndiop sont en cours d’acquisition. L’ensemble des résultats obtenus sont en cours d’analyse. Ces analyses devraient permettre de définir un jeu de bio-marqueurs antigéniques permettant de suivre l’évolution des réponses immunes anti-plasmodium et d’évaluer l’efficacités des mesures de luttes déployées.

Impact Les outils/techniques disponibles devraient permettre d’assurer un meilleur suivi de l’impact des

programmes de lutte anti-paludique.

Productions scientifiques- Perraut R, Richard V, Varela ML, Trape JF, Guillotte M, Tall A, Toure A, Sokhna C, Vigan-Womas I,

Mercereau-Puijalon O. Comparative analysis of IgG responses to Plasmodium falciparum MSP1p19 and PF13-DBL1α1 using ELISA and a magnetic bead-based duplex assay (MAGPIX®-Luminex) in a Senegalese meso-endemic community. Malar J. 2014 Oct 17;13:410. doi: 10.1186/1475-2875-13-410. PMID: 25326042.

Communications orales- Thomas Kesteman, Lili M. Varela, Micheline Guillotte-Blisnick, Elisabeth Ravaorisoa, Shirley Longacre,

Chris Drakeley, Milijaona Randrianarivelojosia, Odile Mercereau-Puijalon, Ronald Perraut, Christophe Rogier, Inès Vigan-Womas. Malaria humoral response profiling using a multistage, multispecies antigen array in a Luminex-magnetic-bead-based multiplex assay. Congrès du Réseau International des Institut Pasteur (RIIP), Paris, 10-13 Septembre 2014. Conférencier invité.

- Inès Vigan-Womas, Thomas Kesteman, Micheline Guillotte-Blisnick, Elisabeth Ravaorisoa, TsikiniainaRasoloharimanana, Emma Rakotomalala, Aina Harimanana, Shirley Longacre, Chris Drakeley, Odile Mercereau-Puijalon, Patrice Piola, Milijaona Randrianarivelojosia, Laura Steinhardt, Christophe Rogier. Malaria humoral response profiling using a multistage, multispecies antigen in a multiplex-bead-based assay: target the parasite reservoir in Madagascar. Journées du Département Infection et Epidémiologie, Institut Pasteur – 12-13 Novembre 2012, Paris. Conférencier invité.

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IMI-PaluVivax Le Paludisme à Plasmodium vivax à Madagascar : Caractérisation des nouvelles voies d’invasion de globules rouges/réticulocytes Duffy-négatif

Correspondant :Inès VIGAN-WOMAS


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Christophe ROGIER, directeur, [email protected] - Milijaona RANDRIANARIVELOJOSIA, unité paludisme,

[email protected] - Elisabeth RAVAOARISOA, unité paludisme, [email protected] Frédérique RANDRIANIRINA, centre de biologie clinique,

[email protected] - Emma RAKOTOMALALA, unité d’immunologie des maladies infectieuses,

[email protected] Tsikiniaina RASOLOHARIMANANA, [email protected]

Lieux des travaux :IP MadagascarIP ParisIP Cambodge

Co-investigateurs hors IPM- Chetan CHITNIS, Unité de Biologie de Plasmodium et Vaccins, Institut

Pasteur à Paris (IPP).- Didier MENARD, Unité d'Epidémiologie Moléculaire du Paludisme, Institut

Pasteur du Cambodge (IPC).- Odile PUIJALON, unité immunologie moléculaire des parasites, Institut

Pasteur à Paris (IPP).- Olivat RAKOTO, Laboratoire d’Hématologie, Hôpital Joseph

RAVOAHANGY ANDRIANAVALONA (HJRA), Madagascar- Romuald RANDRIAMAHAVONJY, Maternité de l’Hôpital Militaire

d’Antananarivo (HOMI), Madagascar- Hery RAKOTOVAO ANDRIAMPANALINARIVO, Maternité de l’Hôpital

Général de BEFELATANANA, Madagascar

Date début : 01/10/2014 Date fin: 31/12/2017 Durée (mois) : 3 ansFinancements :- Projet Interne, IPM, projet “IPalvivaxDuffy”- Programme Transversal de Recherche Pasteurien (PTR 490), IPP

Budget total :IPalvivaxDuffy : 7500 €PTR : 32 460 €

Mots clés : Paludisme, Plasmodium vivax, adhésines parasitaires, récepteurs globulaires, réticulocytes, antigène Duffy, réponses immunes.

Contexte & justification Le paludisme reste l'une des principales causes de morbidité et de mortalité dans les régions tropicales

et intertropicales du monde. Bien que Plasmodium falciparum soit responsable de la grande majorité des cas et des décès dus au paludisme, P. vivax, l'espèce la plus répandue géographiquement, est responsable d'un grand nombre de cas et est de plus en plus reconnue comme une cause de paludisme grave et de mortalité. L’Organisation mondiale de la santé (OMS), estime que 2,9 milliards de personnes vivent dans des zones à risque pour P. vivax (principalement en Asie et en Amérique latine) avec chaque année 130 à 435 millions de cas de paludisme à P. vivax (Gething et al., 2012; Rapport OMS 2013). P. vivax est la seconde cause de paludisme à Madagascar (Rapport MIS 2013). Cependant, la prévalence actuelle de cette infection dans l’île reste encore mal connue, avec peu ou pas de données sur la morbidité et la mortalité palustre attribuable à P. vivax.

Contrairement à P. falciparum qui infecte les globules rouges durant son cycle érythrocytaire, P. vivaxparasite préférentiellement les réticulocytes. Les premières études sur l’invasion de P. vivax suggéraient que l’étape clé de l’invasion de P. vivax est médiée par l’interaction spécifique de la Duffy Binding Protein (PvDBP), une adhésine de surface du mérozoïte, avec la glycoprotéine du groupe sanguin Duffy-DARC (Miller et al., 1976; Chitnis et al., 2008; Batchelor et al., 2011). De ce fait, les individus n’exprimant pas l’antigène Duffy étaient supposés naturellement résistants à l’infection à P. vivax (Miller et al, 1976). Ces observations expliquaient l’apparente absence de P. vivax dans la région sub-saharienne de l’Afrique où 90% des individus sont Duffy négatifs. Toutefois, les données récentes de la littérature acquises au Kenya, au Brésil, à Madagascar, en Mauritanie et au Cameroun montrent que P. vivax est capable de s'affranchir des barrières génétiques de l'hôte et d'infecter des globules rouges/réticulocytes n’exprimant pas l’antigène Duffy (Ryan et al., 2006; Cavasini et al., 2007; Ménard et al., 2010; Wurtz et al., 2011; Fru-Cho et al., 2014). Cette capacité d’adaptation insoupçonnée de P. vivax permettrait à ce parasite de coloniser de nouvelles niches érythrocytaires, d’avoir accès à un réservoir parasitaire plus important que celui qui était anticipé et par conséquent fait peser le risque d’une transmission de P.vivax dans les populations Africaines et Malagasy jusque-là supposées être naturellement protégées car Duffy-négatives.

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Objectifs A Madagascar, les équipes de l’IPM ont démontré la présence d’infections à P. vivax chez les individus

Duffy-négatif suggérant la possibilité d’un autre mécanisme alternatif d’invasion des réticulocytes (Ménard et al., 2010). Cependant, le mécanisme utilisé par P. vivax, indépendamment de la protéine Duffy/DARC, n’est pas encore élucidé.

Dans ce contexte du paludisme à P. vivax dans le monde et plus particulièrement à Madagascar, l’objectif principal de ce projet est de décrypter les bases moléculaires, immunologiques et fonctionnelles des interactions adhésines parasitaires–récepteurs globulaires mis en jeu au cours des infections à P. vivaxchez des individus n’exprimant pas son récepteur traditionnel, l’antigène Duffy.

Méthodes Des études transversales seront réalisées dans différentes zones endémiques à P. vivax à Madagascar

afin : - d’évaluer la prévalence actuelle des infections à P. vivax (TDR, PCR, sérologie-multiplex), de

déterminer les foyers de transmission de P. vivax et de détecter les infections à P. vivax chez des individus n‘exprimant pas l’antigène Duffy,

- de déterminer les couples adhésines parasitaires–récepteurs globulaires mis en jeu au cours des infections à P. vivax chez des individus Duffy-négatif.

Résultats & discussion La mise en place de cette étude est en cours.

Impact A terme, ce programme de recherche permettra :

1. De mieux connaître la prévalence des infections à P. vivax sur l’ensemble de l’île et le rôle du groupe sanguin Duffy dans cette infection dans les zones à risque,

2. De déchiffrer les bases moléculaires, immunologiques et fonctionnelles de cette adaptation de P. vivax à une invasion de globules rouges/réticulocytes n’exprimant pas l’antigène Duffy afin de cibler les nouveaux couples adhésines/récepteurs identifiés dans de nouvelles stratégies thérapeutiques et/ou vaccinales.

Publication & Communication orale ou affichée : néant -

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IMMI Facteurs associés aux formes sévères de la grippe à AntananarivoCorrespondant :Aina HARIMANANA


Téléphone :+ 261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Jean-Michel HERAUD, unité de virologie, [email protected] Elisoa RATSIMA, centre de biologie clinique, [email protected] Patrice PIOLA, unité d’épidémiologie, [email protected]

Lieux des travaux :

MadagascarCamerounCambodge

SénégalCo-investigateurs hors IPM- Zo Zafitsara ANDRIANIRINA, Service Pédiatrie, CENHOSOA- Miary JOSEE, Service des Maladies Respiratoires, CENHOSOA - Nirina Lalao RAMIARISOA, Dispensaire Manjakaray- Benoit GARIN, Institut Pasteur à Paris

Date début : 1/11/ 2010 Date fin :poursuite des inclusions en 2014 Durée (mois) : 20Financements :

- Réseau International des Instituts Pasteur- Institut de Microbiologie et des Maladies infectieuses- Convention : DI/MJ/AS/N°422/10 du 3 Nov 2010


Mots clés : Virus grippaux, Infections respiratoires sévères, Co-infectionsContexte & justification

Les facteurs associés aux formes sévères de grippes sont méconnus dans les pays à faible et moyen revenu. A Madagascar, les infections respiratoires aigües font partie des trois premières causes de mortalité et de morbidité chez les enfants de moins de 5 ans et constituent un véritable problème de santé publique. Peu d’informations sur les infections respiratoires aigües sont disponibles en milieu hospitalier. Les tableaux cliniques seuls ne permettent pas de différencier les différentes étiologies. En l’absence de capacités diagnostiques de laboratoire. L’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) dispose d’un laboratoire de virologie et de plateformes de microbiologie. Si aujourd’hui, des informations sont disponibles pour les syndromes pseudo-grippaux ou la grippe bénigne, l’absence de données concernant les formes graves d’infections par les virus grippaux, les étiologies diverses des infections respiratoires aigües sévères et la part des co-infections ne permettent pas de proposer une politique de santé publique de prise en charge des cas hospitalisés.

ObjectifsIdentifier les facteurs épidémiologiques, cliniques, bactériologiques, virologiques et immunologiques de

la gravité de la grippe dans les pays en développement et plus particulièrement le rôle des co-infections dans l’évolution des infections par les virus grippaux.

Méthodes Il s’agit d’une étude cas-témoins prospective multi-centrique. Les sites de recrutements sont : Centre

Hospitalier de Soavinandriana (CENHOSOA), le Dispensaire de Manjakaray, le CSMI Tsaralalàna, le Dispensaire Mère-Enfant Tsaralalàna, CSB2 Ampasanimalo et CSB2 Antanimena. Tout patient avec un diagnostic positif de grippe sur les prélèvements nasopharyngés par RT-PCR est susceptible d’être inclus dans l’étude. Les cas sont les personnes présentant une forme sévère de syndrome grippal ou d’infection respiratoire aigüe sévère. Les témoins sont les personnes ayant une forme bénigne de syndrome grippal ou d’infection respiratoire aigüe (i.e. forme non sévère).

Résultats & discussionPour les années 2012, 2013 et 2014 respectivement, 83 (31 cas vs 52 témoins), 139 (28 vs 111) et 50

(17 vs 33) patients ont été recrutés. Le sex ratio était de 1,1. La moyenne d’âge était de 19 ans. A l’inclusion, la répartition des grippes était la suivante : 204 cas de grippe A (dont 59 cas et 145 témoins), 40 cas de grippe B (dont 10 cas et 30 témoins) et 28 cas de co-infection grippe A et grippe B (dont 7 cas et 21 témoins).

Quarante patients présentaient une co-infection virale. Une analyse préliminaire montre que la notion d’allergie et la tuberculose étaient des facteurs associés

aux formes sévères de grippe.

Impact-Avec le feed-back des résultats, les patients et leurs médecins avaient accès à un examen biologique

qui est un avantage dans la conduite à tenir au cas par cas.-Les résultats de cette étude pourraient intéresser également tous les cliniciens sur le profil

épidémiologique des cas de grippe à Madagascar. Cette étude apportera des informations importantes pour les attitudes et conduite à tenir devant un cas de grippe à Madagascar.

-Une étude plus poussée sur la co-infection tuberculose – grippe sera conduite

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LAMPIK Test de diagnostic rapide (LAMP) pour la détection des R aux antibiotiques Correspondants :

- Benoit GARIN- Jean Marc COLLARD


Téléphone :+ 261 20 22 590 19


Co-investigateurs de l’IPM- Odile RIVOARILALA, bactériologie expérimentale, [email protected] la LAMP cysticercose : - Ines VIGAN, unité immunologie des maladies infectieuses, [email protected] Anjanirina RAHANTAMALALA, unité immunologie des maladies infectieuses,

[email protected]

Lieux des travaux :

AntananarivoMahajanga

Co-investigateurs hors IPM- Mamy RANDRIA, Laboratoire de biologie moléculaire, CHU Befelatanana- J HOLIANJAVONY, Hôpital de district, Antsirabe- M RAZAFIMAHEFA, Laboratoire de biologie clinique, Hôpital d’Androva,

Mahajanga- TB NUTMAN, Clinical Parasitology Unit, JIAID, Bethesda, USA

Date début : 1/11/2012 Date fin : 31/10/2015 Durée (mois) : 36 Financements :Grant Dedonder Clayton 2012


Mots clés : POC, loop mediated isothermal amplification, résistance bactérienne aux antibiotiques

Contexte & justification Contexte malagasyUne étude dans des sites hospitaliers et de soins communautaires a montré la présence de plasmides

porteurs de gènes de résistances aux β-lactamines chez les entérobactéries avec une prédominance de blaTEM1, de bla SHV12 et de bla CTX-M15 (Rakotonirina HC et al. BMC Microbiol. 2013 Apr 17;13:85.). Une étude sur les méningites infantiles à Antananarivo a été menée il y a 10 ans. Streptococcus pneumoniae était la bactérie le plus souvent retrouvée (45%), mais toutefois les souches (n=54) restaient sensibles à la pénicilline.

Les laboratoires hospitaliers n’ont pas les moyens de réaliser des analyses bactériologiques et a fortiori des antibiogrammes. Les patients reçoivent des traitements antibiotiques en présomptif sans savoir s’ils sont adaptés à la sensibilité des germes par absence de prélèvements biologiques. Cette absence d’analyses de bactériologie est également un frein à l’obtention de données épidémiologiques précises sur les résistances aux antibiotiques à Madagascar.

Dans les pays en voie de développement (PVD), pour décentraliser les diagnostics et les rendre plus accessible à la population avec un délai court de rendu de résultats, il est nécessaire de mettre à la disposition des laboratoires périphériques des tests diagnostiques de proximité, bon marché. Des techniques innovantes basées sur l’amplification isothermique de l’ADN ont été développées pour le diagnostic de virus, bactéries et parasites. Parmi elle, la LAMP (Loop mediated isothermal Amplification) a démontré des propriétés compatibles avec nos objectifs de diagnostics de proximité : a) pas de nécessité de thermocycleur b) pas de nécessité d’extraction sophistiquée de l’ADN c) sensibilité et spécificité élevées d)cycle court d’amplification de 60 mn e) résultats lisibles directement à l’œil nu f) coût réduit.

La LAMP semble donc être un bon candidat pour être transférée dans les laboratoires des hôpitaux de district de manière à renforcer les réseaux de surveillance nationaux et les collaborations.

L’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) souhaite développer cette technique, en collaboration avec des partenaires industriels dans plusieurs directions, mais en priorité pour la détection des résistances bactériennes aux antibiotiques et d’un pathogène fréquent dans les infections urinaires (Escherichia coli).

Objectifs Mettre à la disposition des PVD des tests diagnostiques basés sur la biologie moléculaire (technique

LAMP), simple d’utilisation, peu onéreux, dédiés à l’identification de bactéries pathogènes et de gènes de résistance aux antibiotiques.

Méthodes La LAMP a déjà été utilisée dans l’identification de certaines bactéries (S. pneumoniae, Staphylococcus

aureus, Mycobacterium tuberculosis) et de certains gènes de résistances (NDM-1, IMP-1, VIM-2) après culture conventionnelle de ces bactéries. Notre projet est ciblé dans un premier temps sur la détection d’une bactérie responsable (Escherichia coli) d’une forte proportion des infections dans les urines avec détection des gènes bla TEM et bla CTX-M et dans un deuxième temps sur la détection de S. pneumoniae dans les liquides céphalo-rachidiens (LCR) avec détection du gène pbp2b (résistance à la pénicilline).

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Dans un premier temps cette technique sera validée sur des ADN extraits de colonies en culture de souches de référence en comparaison avec une méthode de référence par PCR. La spécificité sera ensuite déterminée sur un panel de souches.

Dans un second temps, cette technique sera adaptée pour qu’elle soit utilisable directement sur les prélèvements (liquides stériles comme l’urine et le LCR).

Enfin, dans un troisième temps elle sera testée et validée sur le terrain. Actuellement, le plus probable serait d’inclure les patients du service des Maladies Infectieuses de l’Hôpital Universitaire Befelatànana et de réaliser les diagnostics à la bactériologie expérimentale de l’IPM puis dans le laboratoire de l’hôpital.

Résultats & discussion Des amorces génériques pour les gènes bla des groupes CTX-M1, CTX-M2, CTX-M8, CTX-M9, CTX-M25 (selon R.

Bonnet, 2004), TEM et SHV et pour E. coli ont été développées pour les amplifications par PCR conventionnelle (technique de référence) et pour la technologie LAMP. Les tests de sensibilité des techniques LAMP et PCRont montré que l’amplification par la technologie LAMP sur les gènes bla des groupes CTX-M1, CTX-M2, CTX-M8, CTX-M9 est 100 à 1000 fois plus sensible (1 à 0,1pg/µL) que celle par PCR (0,1ng/µl). Les tests de spécificité par la technologie LAMP appliquée à 40 souches du laboratoire préalablement typées et présentant 42 gènes de résistances différents (comme tem, oxa, pse, per, ges, vim, dha, cmy, fox, cit, ebc, veb) ont montré que les amplifications avec les amorces LAMP ciblant les groupes CTX-M1, CTX-M8, CTX-M9 étaient spécifiques à 100%. En revanche, les amplifications avec les amorces LAMP ciblant le groupe CTX-M2 étaient spécifiques à 90% (réactivité croisée avec les gènes veb, tem-3 et shv-2a). Le HNB (Hydroxynaphtol blue) qui a été utilisé afin de pouvoir visualiser la positivité des résultats pose un problème de discrimination entre réactions positives et négatives à l’œil nu. Un autre colorant « Propydium iodide (PI) » est en cours d’évaluation. Les analyses de spécificité et de sensibilité sur le groupe CTX-M25 et SHV et avec la bactérie E. coli seront réalisées en 2015, à la fois sur des ADN mais aussi sur des prélèvements cliniques.

Impact Si cette technique s’avère transférable dans les laboratoires de PVD et plus pérenne que les techniques

de bactériologie, elle permettra non seulement une meilleure prise en charge des patients (rapide et adaptée), mais aussi l’insertion de ces laboratoires dans des réseaux de surveillance des résistances aux antibiotiques, nationaux et internationaux. Ce dernier aspect est fondamental pour que l’on puisse obtenir des données sur la surveillance des bactéries pathogènes et la situation de la résistance aux antibiotiques dans ce type de pays.

Publications : néant.

Communications orales ou affichées - Rivoarilala O, Garin B. Detection of CTX-M resistance genes by LAMP test. Scientific Symposium of

the Institut Pasteur International Network, Paris, September 10-13, 2014. September 10-13, 2014

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Mada-Xpert Optimisation du diagnostic des tuberculoses pulmonaires à microscopie négative et des tuberculoses extra pulmonaires à l’Hôpital Universitaire JosephRaseta de Befelatanana d’Antananarivo, Madagascar.

Correspondant :Voahangy RASOLOFO


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Voahangy RASOLOFO, unité mycobactéries- Niaina RAKOTOSAMIMANANA, unité mycobactéries, [email protected] Andrianantenaina RAKOTOSON, Centre National de Référence des

Mycobactéries, [email protected]

Lieux des travaux :Antananarivo, Madagascar

Budget total :11 000 € pour IPM

Co-investigateurs hors IPM- Dr Rivo RAKOTOARIVELO, Investigateur Principal, Service des Maladies

Infectieuses, Hôpital Universitaire Joseph Raseta Befelatanana (HUJRB)- Pr Mamy RANDRIA (Responsable scientifique à Madagascar), Service des

Maladies Infectieuses, HUJRBCoordonnateurs et responsables scientifiques en Suisse et en France:

- Dr Alexandra CALMY, Unité VIH/Sida, Département de Médecine Interne des spécialités, Hôpital Cantonal Universitaire de Genève, 1205 Genève, Suisse

- Pr Fabrice BONNET, Service de Médecine interne et Maladies infectieuses, Hôpital Saint André au CHU de Bordeaux, France

Date début : Avril 2013 Date fin : Sept 2014 Durée (mois) : 18 Financements :Hôpital Cantonal Universitaire de Genève et CHU de BordeauxMots clés : TB extrapulmonaire, TB pulmonaire à microscopie négative, diagnostic, GeneXpert

Contexte & justification La tuberculose (TB) est endémique à Madagascar avec une incidence de toutes les formes confondues

estimée à 261/100 000 habitants, ce qui constitue une des plus fortes incidences mondiales dans un contexte de faible exposition au VIH (environ 1% à l’échelle du pays) (1). Les cas de TB pulmonaire à microscopie négative (TPM-) et de TB extra pulmonaires (TEP) représentent environ 34% des cas de tuberculose ; Chez les patients dont la co-infection VIH et tuberculose est reconnue, 60% ont une forme de tuberculose de type TPM- ou TEP.

Le diagnosic bactériologique de la TB par la culture est long, ne permettant pas une prise en charge optimale des patients. De nouveaux outils de diagnostic précoce et facile à utiliser comme le test GeneXpert® et le test TB-LoopampTM, constituent une réelle opportunité pour l’amélioration de la prise en charge des TPM- et desTEP. Cependant, l’évaluation et la validation de cet outil de diagnostic s’avèrentnécessaires avant son utilisation en routine à l’hôpital.

ObjectifsAméliorer le diagnostic des tuberculoses pulmonaires à microscopie négative (TPM–) et des

tuberculoses extra-pulmonaires (TEP) à l’Hôpital Universitaire Joseph Raseta Befelatanana (HUJRB), Antananarivo, Madagascar.

Objectifs spécifiques :- Evaluer la faisabilité de l’utilisation de GeneXpert à l’HUJRB, Antananarivo, Madagascar.- Evaluer la performance des tests GeneXpert et TB-LoopampTM pour le diagnostic des TPM-, les TEP

avec la culture sur milieu de Löwenstein-Jensen comme méthode de référence et le diagnostic clinique de la tuberculose.

MéthodesL’étude a obtenu l’autorisation du comité d’éthique auprès du Ministère de la Santé.

Recrutement des patients- 400 patients hospitalisés dans le service de maladies infectieuses, de pneumologie et de neurologie au sein de l’HUJRB, suspects de TPM- ou de TEP selon des critères prédéfinis.- Durée de l’inclusion : 12 mois

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Examens biologiques- Microscopie ; culture, tests GeneXpert et TB-Loopamp des liquides biologiques et crachats à l’IPM ;- Examens biochimiques-cytobactériologiques classiques des liquides biologiques au laboratoire de HUJRB ;- Examen anatomopathologique des pièces biopsiques au laboratoire d’anatomo-pathologique de l’Hôpital Joseph Ravoahangy Andrianavalona.

Résultats (état d’avancement)

- D’octobre 2013 à décembre 2014, 409 prélèvements ont été analysés dont 203 d’origine pulmonaire et 206 d’origine extrapulmonaire.

- Sur 373 échantillons dont les résultats de la culture sont disponibles, 115 (30,8%) étaient positifs dont 73 d’origine pulmonaire et 42 d’origine extrapulmonaire.

- Détection de M. tuberculosis (MTB) par le test GeneXpert :

Cas testés Culture sur milieu de Löwenstein-JensenPositive Négative En cours Contaminée

MTB détecté 99 17 5 2MTB non détecté 16 237 30 1

Ininterprétable 0 1 1 0Total 115 255 36 3

- L’inclusion des patients est prévu jusqu’en mars 2015.- L’analyse des résultats sera effectuée dès que les résultats des cultures seront complets.

Impact- Performances du Genexpert et TB-Loopamp dans le diagnostic de la TPM- et la TEP à Madagascar connues et justifiant le déploiement de ces méthodes.- Renforcement des capacités de diagnostic des TPM- et des TEP.


Communications orales :

- Rakotoarivelo R, Rasolofo V, Randria M, Rakotosamimanana N, Andrianasolo R, Razafimahefa S, Rakotoson J, Rakotovao L, Raberahona M, Ambrosioni J, Bonnet F, Calmy A. Optimisation du diagnostic des tuberculoses pulmonaires à microscopie négative et des tuberculoses extrapulmonaires à l’Hôpital Universitaire Joseph Raseta de Befelatanana : Etude MadaXpert. Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo "Recherche, Santé et Développement". 30 septembre – 2 octobre 2014, Centre de Conférence International d'Ivato, Antananarivo, Madagascar.

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MADIHO Maladies diarrhéiques hospitalisées– Etude cas-témoins

Correspondant :Rindra V RANDREMANANA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Heritiana RANDRIARILALA, unité d’épidémiologie, [email protected] Arthur RANDRIAMANANTENA, unité d’épidémiologie, [email protected] Frédérique RANDRIANIRINA, centre de biologie clinique,[email protected] Benoit GARIN, bactériologie expérimentale,[email protected] Jean-Michel HERAUD, unité virologie,[email protected] Richter RAZAFINDRATSIMANDRESY, unité virologie,[email protected]



Co-investigateurs hors IPM- Todisoa ANDRIATAHINA, Service de pédiatrie, CHD2 Moramanga- Lovaniaina RAVELOMANANA, Hôpital Mère-Enfant d’Ambohimiandra, AntananarivoDate début : 28/11/2011 Date fin inclusion : 15/02/2014 Durée (mois) : 24

Financements : Fondation Total Mots clés : Diarrhées hospitalisées, étiologies, développement staturo-pondéral, Madagascar

Contexte & justification Les maladies infectieuses sont responsables de 25% des décès dans le monde. Parmi elles, les

maladies diarrhéiques tuent 1 enfant sur 10 pendant les cinq premières années de la vie. La fréquence des diarrhées infectieuses en zone tropicale oblige à proposer une stratégie cohérente en matière de conduite thérapeutique. En l’absence d’examens complémentaires, le traitement ne peut être que probabiliste, décidé à partir de données cliniques. Les algorithmes classiques utilisés conduisent à une surestimation des diarrhées possiblement bactériennes (les diarrhées virales prolongées chez l’enfant malnutri pouvant être glairo-sanglantes) et à l’utilisation d’antibiotiques non actifs par méconnaissance des résistances. A Madagascar, comme dans les autres pays en développement (PED), les diarrhées infantiles constituent un des principaux problèmes de santé publique, sa prévalence est estimée à 8% et la tranche d’âge la plus touchée se trouve entre 6 à 23 mois, de l’ordre de 17% à 18%. Dans le cadre de la dynamique lancée par le groupe diarrhées infantiles graves dans les PED (Institut Pasteur à Paris), l’Institut Pasteur de Madagascar(IPM) propose de développer une étude sur les diarrhées infantiles nécessitant une hospitalisation en ciblant les enfants de moins de 5 ans.

Objectifs - identifier les pathogènes impliqués dans les diarrhées hospitalisées - identifier les facteurs de risque de diarrhées hospitalisées et leur impact sur le développement staturo-

pondéral des enfants.

Méthodes Il s’agit d’une étude cas-témoins menée de novembre 2011 jusqu’en février 2014, les cas ont été les

enfants diarrhéiques moins de 5 ans hospitalisés au niveau de l’unité de pédiatrie de Moramanga et d’Ambohimiandra, les témoins ont été les enfants non diarrhéiques, même âge, même sexe et résidant dans le même Fokontany que le cas. Des collectes d’informations socio-démographiques, cliniques, sur le mode d’alimentation et l’état vaccinal ont été effectuées à l’aide d’un questionnaire administré chez les cas et les témoins. Des examens microbiologiques des selles ont été réalisés pour recherche de parasites, bactéries et virus. Des suivis à domicile du statut nutritionnel et des états morbides des enfants inclus dans l’étude ont été menés 1, 2 et 6 mois après leur inclusion par le médecin d’étude.

Résultats & discussion Pendant toute la durée de l’étude, il y a eu 210 enfants diarrhéiques qui répondaient aux critères

d’inclusion et qui ont été invités à participer à l’étude. Parmi eux, 199 enfants (94,7%) ont été inclus dans l’analyse. En même temps, 199 témoins ont été enrôlés. Le centre de Moramanga a inclus 105 enfantsdiarrhéiques et autant de témoins ; à Antananarivo nous avons inclus 94 enfants diarrhéiques et 94 témoins. L'âge médian des enfants était de 13 mois (Intervalle Interquartile: 9,2-19,5 mois), 44,7% étaient âgés de moins de 12 mois et 64,3% étaient de sexe masculin. Au moment de leur enrôlement, 35,9% des enfants avaient une malnutrition chronique, 22,8% étaient malnutris aigus. Deux enfants sur cinq (41%) étaient porteurs dans les selles d'au moins d’un microorganisme (50,2% des cas et 31,3% des témoins). Les virus étaient les microorganismes les plus fréquemment isolés avec une fréquence de 40% (150/376); la

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prévalence bactérienne globale était de 5,3% (6,1 % chez les cas et 4,5% chez les témoins), celle des parasites était de 1,2% (tous chez les témoins). Nos résultats ont montré que parmi les étiologies virales, les rotavirus étaient les plus fréquemment rencontrés à 35,6% (47,9% des cas et 23,4% des témoins), et la moitié des enfants (52,2%) excréteurs de rotavirus étaient âgés de moins de 12 mois. Les bactéries isolées ont été constituées principalement par des Escherichia coli à 3%. Nous avons trouvé une association statistiquement significative entre la survenue de diarrhées graves et le portage de rotavirus, le risque de diarrhées nécessitant une hospitalisation était multiplié par 12,6 chez les enfants porteurs de rotavirus par rapport aux non porteurs (IC 95%: 4,5-35). Environ 83,7% des génotypes circulant de rotavirus ont été constitués par G1[P8] à 40,2%, G2[P4] à 34,8% et G3[P8] à 8,7%.Environ 84,6% (11/13) des E. coli étaient résistants à l’amoxicilline et 76,9% (10/13) au Triméthroprime-Sulfamides. Toutes les shigelles étaient résistantes au Triméthroprime-Sulfamide et 80% étaient résistantes à l’amoxicilline. Pour les Campylobacter, 33,3% étaient résistants à l’amoxicilline et à l'érythromycine. Toutes les bactéries étaient sensibles aux céphalosporines de 3ème génération et aux fluoroquinolones.

Une association statistiquement significative entre la survenue de diarrhée grave et de malnutrition aigüe (p=4.10-13) a été mise en évidence, la diminution du ratio poids/taille étant significativement associée au risque de diarrhée grave (OR ajusté: 0,5; IC 95%: 0,4-0,6).

Le taux de létalité pour les diarrhées graves a été de 2,5% (5/199). Tous les enfants décédés étaient des cas hospitalisés, en bas âge (moins de 24 mois) et malnutris.

Nous avons calculé la différence entre les indicateurs de la malnutrition des enfants à leur enrôlement et au cours des suivis à 1 et à 2 mois. Nous avons comparé cette différence par une analyse de régression linéaire ajustée par l'indicateur concerné au moment de l'inclusion et la durée du suivi. Nous avons trouvé que le gain du ratio poids/taille à 1 mois et à 2 mois de suivi, était significativement supérieur chez les cas de diarrhées graves que chez les témoins (p<0,001)

L’association entre la présence de rotavirus et la survenue des diarrhées graves a suggéré que 44% des diarrhées graves étaient attribuables à ce virus. Nos résultats ont supposé que la prévention vaccinale des infections à rotavirus pourrait avoir un impact important sur la survenue de diarrhées graves. Le vaccin monovalent (G1[P8]) contre le rotavirus a été introduit à Madagascar en 2014. Bien que ce vaccin est supposé engendrer une protection croisée contre d’autres génotypes de rotavirus, il semble important de vérifier son efficacité par un renforcement de la surveillance post-introduction. Les enfants malnutris aigus étaient plus à risque de diarrhées graves, sans que le lien de causalité ait pu être plus étayé en raison du schéma d’étude cas-témoins. Les enfants hospitalisés pour diarrhées graves ont eu un gain du ratio poids/taille très significatif bien après leur hospitalisation. Le traitement de la diarrhée grave dans le contexte de la présente étude apparait donc comme un facteur d’amélioration de l’état nutritionnel. Des efforts devraient être orientés vers l'amélioration du statut nutritionnel des enfants (intervention nutritionnelle, amélioration de l’algorithme de prise en charge des enfants malnutris diarrhéiques..) car cela pourrait avoir un impact sur l'efficacité de la vaccination contre le rotavirus et peut-être sur la survenue des diarrhées graves. La réalisation de cette étude s’est confrontée à des difficultés liées à un faible nombre d’inclusion due à une incidence des diarrhées graves inférieure à celle qui était attendue. Nous n'avons pu inclure que le tiers de l'effectif prévu malgré des mesures mises en place pour améliorer le recrutement. Les diarrhées graves ne semblent pas être fréquentes dans nos sites d'étude contrairement à ce qu'on voit dans d'autres PED (incidence annuelle de 20% chez les enfants de moins de 2 ans). Une plus faible exposition aux agents pathogènes (par le contrôle des eaux de boisson par exemple à Antananarivo) et/ou une efficacité plus importante qu’attendu des programmes de prévention ou de prise en charge des diarrhées pourrait expliquer cette différence.

Publications : en cours de préparation.

Communications orales ou affichées :- Randremanana RV, Randrianirina F, Razafindratsimandresy R, Andriatahina T, Ravelomanana L,

Richard V.Maladies diarrhéiqueshospitalisées à Madagascar. VIèmeCongrès International d’épidémiologie- ADELF-EPITER, 10-12 septembre 2014,Nice,France.

- Randremanana RV, Randrianirina F, Razafindratsimandresy R, Andriatahina T, Ravelomanana L, Richard V.Maladies diarrhéiqueshospitalisées à Madagascar.Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo « Recherche, Santé et Développement », 30 septembre-1-2- octobre 2014, Antananarivo, Madagascar.

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MALNUT Etude sur la malnutrition et infections à MadagascarCorrespondant :Rindra V RANDREMANANA


Téléphone :+ 261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Patrice PIOLA, unité d’épidémiologie, [email protected] Ines WIGAN-WOMAS, unité d’immunologie des maladies infectieuses,[email protected]

Lieux des travaux :Moramanga,Morondava, Madagascar

Date début : 1/10/2013 Date fin : 30/09/2015 Durée (mois) :24Financements :USAID- 3442/IPM/DAF/Hn/2013 du 31/10/2013

Budget total :127 526,4 €

Mots clés : Malnutrition chronique, malnutrition aigüe, infections, Madagascar

Contexte & justification La malnutrition infantile constitue un problème de santé d’envergure mondiale avec un impact sur la

mortalité et morbidité infantile ainsi qu’au développement de la fonction cognitive et intellectuelle. Sur les 7,6 millions de décès annuel chez les enfants de moins de 5 ans, environ 35% sont dus à des facteurs liés à la nutrition et 4,4% des décès ont été attribués à une émaciation sévère. Dans les pays en développement (PED), un enfant sur trois est atteint de problème de malnutrition; plus de 90% des enfants avec un retard de croissance proviennent du continent africain et asiatique. L’insuffisance de l’apport alimentaire a été souvent et longtemps évoquée comme étant la base des problèmes nutritionnels. Ce n’est qu’après les recherches et études menées vers les années 1960 que les interactions entre statut nutritionnel, infections et immunité ont commencé à être élucidées. Une relation bi-directionnelle existe entre la malnutrition et l’infection : la malnutrition augmente la sensibilité à une infection (par une diminution de l’immunité, une altération des muqueuses intestinales…), à son tour, l’infection contribue à l’apparition d’une malnutrition (par une malabsorption intestinale, perte d’appétit, détournement des micronutriments pour la réponse immunitaire, modification du microbiote intestinal…). De plus, il a été démontré que les états physiologiques liés aux infections même infra-clinique pourraient avoir un impact sur le métabolisme et le statut nutritionnel des enfants. L’entéropathie environnementale, assez fréquente dans les PED et pouvant être due à l’ingestion chronique de germes entériques pathogènes suite aux mauvaises conditions d’hygiène et d’assainissement rentrerait dans ce cadre. A Madagascar, la moitié des enfants de moins de 5 ans accusent un retard de croissance : 24% sous la forme modérée et 26% sous la forme sévère. La malnutrition aigüe sévère demeure à Madagascar une des principales causes de mortalité infantile. Les estimations indiquent que près de 45 000 décès d’enfants âgés de moins de 5 ans (soit 13,6% du nombre total des décès) sont directement liés à une malnutrition aigüe sévère dont 500 000 cas sont signalés annuellement. Comme dans tous lesPED, le poids des maladies infectieuses reste important à Madagascar. Selon l’OMS, les 2 maladies infectieuses les plus fréquentes à Madagascar, à savoir les maladies diarrhéiques et les infections respiratoires, sont responsables respectivement de 38 Année de vie corrigée du facteur d’invalidité (AVCI) /1000 capita et de 21 AVCI/1000 capita.

Objectifs - identifier les déterminants de la malnutrition chez les enfants de moins de 5 ans dans 2 districts de

Madagascar- évaluer l'association entre les infections intestinales d'origine parasitaire et la malnutrition

Méthodes L’étude a été menée au niveau du site de surveillance démographique et de l’état de santé (SSDS) de la

population de Moramanga et dans le district de Morondava. Elle a été faite en 2 étapes : une phase de dépistage de malnutrition chez les enfants de moins de 5 ans suivie d’une étude cas-témoins chez les enfants de 6 à 59 mois.

Le dépistage des enfants malnutris dans les 2 zones d'étude a été réalisé par des mesures anthropométriques de tous les enfants de moins de 5 ans dont les parents étaient consentants. Ces mesures incluaient la prise du poids, de la taille et du périmètre brachial. Toutes les mesures ont été faites en double et la moyenne des 2 valeurs a été considérée comme valeur finale. Par la suite, un tirage au sort des enfants préalablement dépistés a été effectué pour choisir les enfants à inclure dans l’étude cas-témoins. Les cas ont été les enfants qui avaient une malnutrition chronique ou aigüe et les témoins ceux qui étaient normonutris. La définition du statut nutritionnel des enfants a reposé sur les indices poids/taille pour la malnutrition aigüe et taille/ âge pour la malnutrition chronique. Ces indices ont été exprimés en écart-type (ET) ou z-scores en fonction de la médiane des valeurs de références internationales, et les scores ont été ensuite catégorisés selon les définitions de malnutrition chronique ou aigue. Des données sur les caractéristiques des ménages, de la mère ou de la personne en charge de l'enfant (âge, niveau d’éducation, statut nutritionnel) et de l’enfant (pratiques alimentaires, de soins, symptômes présentés..) ont été

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collectées directement sur tablette. Au total, pour l’étude cas-témoins il a été prévu d'inclure 1620 enfants dans les 2 districts : 810 enfants malnutris chroniques et autant d’enfants normonutris. Pour des raisons logistiques et vu que la faible prévalence de la malnutrition aigüe, tous les enfants malnutris aigus vu au dépistage ont été invités à participer à l’étude cas-témoins. Un échantillon de selles fraiches a été demandé à chaque enfant afin de rechercher des parasites intestinaux tels que Entamoeba sp, Giardia intestinalis, et les parasites opportunistes (microsporidies, cryptosporidies…).

RésultatsL’enquête sur le terrain a démarré en janvier 2014 dans 30 Fokontany pour Moramanga et 13

Fokontany dans la commune de Bemanonga, Morondava. Dans les 2 districts, 86% des enfants de moins de 5 ans ont participé aux mesures anthropométriques. Parmi eux, 99% (7359/7436) et 96,2% (1971/2048) ont eu des mesures valides respectivement à Moramanga et à Morondava; ils ont été inclus dans l’analyse des données et l’étude cas-témoins. La prévalence de la malnutrition chronique a été de 52,8% (IC 95%:51,7-54,0) à Moramanga et 40% (IC 95%: 37,8-42,1) à Morondava. A Moramanga, nos résultats ont montré que 3% (IC 95%:2,6-3,4) des enfants de moins de 5 ans étaient malnutris aigus et à Morondava, cette proportion a été de 4,2% (IC 95%: 3,3-5,1). Nous avons trouvé une association statistiquement significative entre la prévalence de la malnutrition chronique et le groupe d’âge (p=10-12 à Morondava et p=2.10-16 à Moramanga, test Khi²).La proportion de la malnutrition chronique augmentait à partir de l’âge de 6 mois, la prévalence la plus élevée a été retrouvée chez les enfants de 12 à 23 mois: 49,7% à Morondava et 61,2% à Moramanga. Concernant la distribution spatiale, la prévalence de la malnutrition chronique (p=2.10-12, test Khi²) et aigue (p=5.10-3, test Khi²) différait entre les Fokontany à Moramanga. La malnutrition chronique prédominait dans les Fokontany situés en milieu rural. Pour Morondava, seule la prévalence de la malnutrition chronique variait entre les Fokontany (p=0,01, testKhi²); elle semblait être plus fréquente dans les parties nord et sud de la zone d’étude.Pour l’étude cas-témoins, nous avons inclus 1827 enfants de 6 à 59 mois: 894 à Moramanga et 933 à Morondava. Dans le SSDS de Moramanga, 431 enfants malnutris chroniques, 430 enfants non malnutris et 33 enfants malnutris aigus ont été enrôlés. Pour le district de Morondava, nous avons inclus 420 enfants avec une malnutrition chronique, 481 sans problème de malnutrition et 32 malnutris aigus.L’analyse biologique des échantillons de selles collectées en vue de la recherche des parasites est en cours (coloration et lecture) ainsi que le nettoyage de la base de données. Les prochaines étapes sont les analyses statistiques des données avec élaboration au préalable d’indices composites des pratiques alimentaires, estimation de la couverture des besoins nutritionnels des enfants et élaboration d’un score deniveau socio-économique des ménages, en vue de la détermination des facteurs qui peuvent influencer la survenue de la malnutrition infantile.

Impact Cette étude permettra d’identifier les facteurs qui peuvent influencer l’apparition de la malnutrition. La

connaissance de ces facteurs pourrait aider les décideurs dans le choix des interventions prioritaires à mettre en place pour améliorer le statut nutritionnel des enfants malagasy. Elle conduira également à l’élaboration de recommandations thérapeutiques en cas de malnutrition et infections.


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MALPRED Mathematical models on surveillance data to detect epidemic thresholds & GIS technology to visualize trends in malaria incidence

CorrespondantFlorian Girond


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM :- Patrice PIOLA, unité épidémiologie,[email protected] Fanjasoa RAKOTOMANANA, unité épidémiologie,[email protected] Laurence RANDRIANASOLO, unité épidémiologie, [email protected] Bienvenue RAHOILIJAONA, unité épidémiologie, [email protected] Reziky MANGAHASIMBOLA, unité épidémiologie,[email protected]

Lieux des travaux :

Co-investigateurs hors IPM :- Télesphore BROU (IRD)- Vincent HERBRETEAU (IRD)

Date début : 18/09/2012 Date fin : 18/10/2015 Durée (mois) : 36

Financements :CDC - USAID


Mots clés : Paludisme, Epidémie, Prédiction, Cartographie, Web

Contexte & justificationUne collaboration entre l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) et le Ministère de la Santé Publique

(MSanP) a permis la mise en place d’un réseau de surveillance sentinelle des fièvres. Ce réseau, créé en 2007 (suite aux épidémies concomitantes de dengue et de chikungunya en janvier 2006), permet de suivre les tendances de certaines maladies à potentiel épidémique, dont le paludisme. Il s’appuie aujourd’hui sur 34 formations sanitaires et centres de santé de base, répartis dans les 22 régions de Madagascar.

L’anticipation du risque épidémique devient un enjeu qui se doit d’être conforté par un outil capable de fournir aux décideurs des informations accessibles, fiables et dynamiques pour une aide à la décision opérationnelle (action) et stratégique.

ObjectifsCe projet vise à développer un système d’information géographique (SIG) prédictif (prévisionnel),

dynamique et opérationnel du risque d’épidémies de paludisme à Madagascar à partir des données issues du réseau de sites sentinelles.

MéthodesL’utilisation de modèles statistiques permet de modéliser des séries temporelles et de définir une valeur

attendue au-dessus de laquelle pourrait être définie une alerte.

La mise en place d’un tel système fait face à plusieurs défis scientifiques et techniques :

- Prérequis suggérés par l’OMS non disponibles pour l’utilisation d’algorithmes (5 ans de données rétrospectives et identification/exclusion des années épidémiques).

- Prise en compte du biais spatial, populationnel et peut-être temporel imposé par les données des sites sentinelles, qui ne représentent qu’une fraction des cas survenus en population.

- Prise en compte des sites à faible nombre de cas.- Prise en compte, dans les modèles prédictifs de variables environnementales et des stratégies de

lutte contre le paludisme (pulvérisation d’insecticide - CAID et moustiquaires - MIILD).

Résultats & discussionUn système de surveillance opérationnel accessible via un navigateur web a été développé. Cet outil

permet d’appliquer différents algorithmes de détection de seuil épidémique en temps réel sur les séries chronologiques de données sentinelles. Cet outil à la fois simple et intuitif permet aux utilisateurs de tester, comparer, modifier les paramètres des différents algorithmes proposés. Les résultats sont présentés instantanément de façon graphique mais aussi cartographique. Les utilisateurs peuvent y superposer différentes variables telles que les températures, les précipitations et l’indice de végétation normalisé (NDVI), mais également des interventions de lutte contre le paludisme (MIILD, CAID) afin de générer des hypothèses dans une approche écologique.

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L’utilisation d’une approche utilisant les percentiles a permis de contourner les contraintes liées à l’utilisation de méthodes de détection dites standards de l’OMS (Moyenne + 2sd, Cumulative Sum) car cette méthode à l’avantage d’être peu sensible aux valeurs extrêmes.

Ce système de surveillance opérationnel basé sur le Web a déjà démontré sa capacité à détecter des situations dites « anormales » dans le sud-est (Farafangana) et d'alerter l’ensemble des partenaires de la lutte contre le paludisme.

ImpactCe projet vise à apporter aux acteurs de la lutte contre le paludisme, des outils et des méthodes leur

permettant de détecter et d’anticiper le risque de survenue d’une épidémie de paludisme.

Publications : en préparation.

Communications orales:- Congrès de la Faculté de Médecine, 01 Octobre 2014. Centre de conférence international

d’Antananarivo, Madagascar.- Congrès de la Fédération hospitalière de France de l’Océan Indien, Transitions épidémiologiques et

sanitaires, 12 et 13 Novembre 2014. Ile de la Réunion- IPM- Centre ValBio Joint Health Workshop, 6 Juin 2014. Antananarivo, Madagascar.

Communications affichées :- Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network, 10 au 13 Septembre 2014.

Utilisation des nouvelles technologies de communication pour le développement d’un système d’alerte précoce de paludisme.

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Mhealth Mobile Health

CorrespondantFlorian Girond


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM :- Patrice PIOLA, unité d’épidémiologie, [email protected] Laurence RANDRIANASOLO, unité épidémiologie, [email protected] Stephan RANDRIANASOLO, unité épidémiologie, [email protected] Reziky MANGAHASIMBOLA, unité épidémiologie, [email protected]

Lieux des travaux :


Financements :CDC - USAID


Mots clés : Surveillance, mHealth

Contexte & justification Définie comme « l’utilisation des communications mobiles émergentes en santé publique » et inventée

par le Pr Robert Istepanian1, l’expression “Mobile Health“ (mHealth ou m-health) s’emploie pour décrire les pratiques de la médecine qui utilisent les technologies de communication mobile : téléphones mobiles, tablettes numériques et PDA (personal digital assistant), etc.

Dans le cadre de la surveillance sentinelle des fièvres, l’utilisation de technologies mobiles (GSM) permet une remontée en temps réel des données cliniques du réseau sentinelle des fièvres.

Ces données sont quotidiennement rapportées par short message service (SMS) et automatiquement stockées sur une base de données PostgreSQL hébergée sur un serveur dédié à l'Institut Pasteur de Madagascar (IPM).

Alors que les technologies de communication mobile existent depuis une vingtaine d’années, c’est l’apparition des Smartphones qui, depuis une décennie, a contribué à asseoir ce nouveau concept dans le domaine plus vaste de la e-health ou e-santé.

ObjectifL’objectif de ce projet vise à améliorer l’ensemble de la chaine de transmission/traitement (envoi,

réception, rétro-information) de données en temps réel par l’utilisation de nouvelles technologies de l’information et de communication, notamment par l’utilisation de Smartphones Android.

Méthodes Le fonctionnement de Smartphone sous système Android, permet le développement d’applications

dédiées. Elles sont entièrement réalisées en interne par un technicien développeur sous Android. - Des masques de saisie (en langue malagasy) ont été développés afin de permettre une diminution

des erreurs de saisie (par rapport à l’envoi classique d’une chaine de caractères entrée manuellement) et de faciliter l’ajout/modification/suppression de variables. Ces données sont automatiquement retranscrites sous format SMS et envoyées/enregistrées sur une base de données PostgreSQL sur le serveur de l’IPM.

- Des algorithmes de détection de seuils épidémiques et la création d’indicateurs ont été développés à partir du logiciel R Server connecté en temps réel à la base de données sentinelle PostgreSQL.

- Le résultat des traitements sont renvoyés par SMS à chaque site sentinelle. Une application Smartphone dédiée a été développée pour recevoir automatiquement les SMS dans une base de données portable (MySQL lite) et générer à partir de ces variables un rétro-information hebdomadaire spécifique à chaque site sentinelle (textes, graphiques et cartographies).

- Les Smartphones dotés de cartes mémoires permettent de stocker une série de vidéos didacticiels en malagasy sur des thématiques spécifiques de santé publique.

Résultats & discussion Les masques de saisie et l’application Android permettant de générer des rapports automatiques à

partir de la réception de SMS ont été créés et installés sur les Smartphones. L’intégralité des indicateurs et les algorithmes de détection de seuils ont d’ores et déjà été programmés sous R Server. Une phase test afin de s’assurer de la stabilité et de la performance du système est en cours.

Publications & Communications orales ou affichées : néant1R. Istepanian, Laxminarayan,Swamy, Pattichis, S. Constantinos, eds. (2005). M-Health: Emerging Mobile Health Systems. Springer. ISBN 9780387265582.

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PALEVALUT Evaluation opérationnelle de la lutte intégrée contre le paludisme. Madagascar, Bénin, Côte d’Ivoire, Cameroun, Niger

Correspondant :Christophe ROGIER


Téléphone :+261 20 22 412 72

Date de rédaction : 3/04/2015

Co-investigateurs de l’IPM :- Milijaona RANDRIANARIVELOJOSIA, unité paludisme, [email protected] Thomas KESTEMAN, unité paludisme, [email protected]

Lieux des travaux :Madagascar, Bénin,

Côte d’Ivoire, Cameroun et Niger

Date de début: Mai 2013 Date fin : Mai 2016Durée (mois) : 19

Financements:FEI – 5% Fonds Mondial

Budget total :1,5 M€

Mots clés : Paludisme, lutte, efficacité. Déterminants, procédures

Contexte & justificationLe Fonds Mondial et les programmes bilatéraux comme la President Malaria Initiative (USA) ont

massivement financé la lutte contre le paludisme. Il est de plus en plus demandé aux états de contribuer par eux-même à cet effort de lutte. Dans un contaxte de rationalisation de l’utilisation des moyens dédiés à la lutte contre le paludisme, il devient primordial de pouvoir évaluer l’impact, l’efficacité en condition réelle (effectiveness) et le ratio coût/efficacité des mesures de lutte adoptées, ainsi que d’identifier les facteurs qui conditionnent cette efficacité, qu’ils soient économiques, sociaux, organisationnels, comportementaux, biologiques, entomologiques ou autres.

ObjectifsConcernant les stratégies de lutte contre le paludisme financées par le Fonds Mondial, FM (lutte anti-vectorielle, diagnostic et traitement des cas cliniques de paludisme par des combinaisons thérapeutiques à base d’artémisinine (CTA), traitement préventif intermittent (TPI) et éducation pour la santé (IEC), l’objectif général est de mettre au point, valider et publier, pour les pays d’Afrique subsaharienne et de l’Océan Indien une méthodologie pluridisciplinaire intégrée :• d’évaluation post-déploiement de l’efficacité en conditions réelles (effectiveness) et de l’efficience des stratégies utilisable dans tous les contextes, et • d’identification des facteurs interférant avec le déploiement et l’efficacité de ces stratégies, qu’ilssoient de natures psychologique, sociale, culturelle, organisationnelle ou économique.

Le but est de mesurer l’impact des interventions du FM, d’identifier et mesurer les facteurs interférant avec l’efficacité de ces interventions, de capitaliser les résultats obtenus, et de disséminer et/ou transposer ces résultats. Il s’agit de définir une « boite à outils » d’évaluation de la lutte intégrée contre le paludisme, à géométrie variable et déployée selon les besoins de l’évaluation et des pays concernés. Les éléments de cette « boite à outils » pourront être utilisés ensemble ou séparément, à l’échelle d’un pays, d’une région ou d’un district. Ils seront présentés dans un guide rassemblant les procédures et modes opératoires les plus adaptés qui auront été mis au point par des experts et validés dans des pays différant par leurs contextes épidémiologiques, entomologiques, sanitaires, économiques et socio-culturels. Le présent projet et l’utilisation de ce guide permettront d’améliorer l’efficience et la qualité des interventions et des services par un renforcement des stratégies nationales et de leur adaptation aux besoins et aux contextes socio-culturels.Les objectifs généraux secondaires qui seront également atteints dans le cadre de ce projet sont une fédération et un renforcement de l’expertise française et francophone en paludologie et un panorama de l’efficacité post-déploiement des mesures de lutte financées jusqu’à présent par le FM et une identification des facteurs interférant avec cette efficacité dans 5 pays d’endémie palustre.

Activités (5 paquets d’activité ou WP)1) Sélection des méthodes et élaboration des éléments de la « boite à outils » (WP1). Parmi les méthodes connues, sélection des méthodes pertinentes par rapport aux objectifs, les moins coûteuses, les plus reproductibles, et pouvant être standardisées (i.e. utilisables par d’autres experts que leurs concepteurs) en tirant parti de l’expérience des experts appartenant au consortium et de la littérature : ateliers méthodologiques.2) Mise au point, évaluation et comparaison des méthodes (WP2). Afin de pouvoir faire reposer le choix des méthodes identifiées par le WP1 sur des évidences, les méthodes sélectionnées seront mises au point (élaboration de protocoles et procédures standardisés) et mises en œuvre simultanément puis comparées, dans deux pays (Bénin et Madagascar), sur des terrains connus et où les équipes du consortium sont les plus expérimentées dans ce domaine.

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2.1) Mise au point et évaluation des méthodes reproductibles et standardisées d’évaluation post-déploiement de l’efficacité en conditions réelles (effectiveness) et de l’efficience des mesures de lutte antipaludique. 2.2) Mise au point et évaluation des méthodes reproductibles et standardisées d’identification et de mesure de l’importance des facteurs culturels, sociaux, logistiques, économiques et biologiques (e.g. résistances) interférant avec l’accès, l’utilisation ou l’efficacité des mesures de lutte antipaludique. 3) Transfert et validation des méthodes sélectionnées et mises au point au WP2 (WP3). Tirant parti des enseignements du WP2, un premier guide décrivant les méthodes retenues dans la «boite à outils» sera rédigé et appliqué dans des pays différents par de nouvelles équipes « pays » (Côte d’Ivoire, Niger, Cameroun), avec l’aide ou les conseils d’experts des deux premières équipes (du Bénin et de Madagascar). 4) Finalisation et diffusion de la « boite à outils » (WP4) sous la forme d’un guide méthodologique comprenant les procédures, les protocoles et les modes opératoires relatifs aux méthodes sélectionnées, évaluées et validées.5) Coordination et transferts d’expérience (WP5). Un comité de pilotage réunira par téléconférence les responsables de la conduite des travaux de chaque pays ainsi que les représentants des PNLP une fois par semestre au moins. Le suivi et monitoring des activités reposera sur un système d’information ad hoc avec compte rendu mensuel.

Equipes participantes :MadagascarInstitut Pasteur de Madagascar (coordinateur pays & coordinateur général), Centre Population Développement (IRD, Université Paris Descartes, INED), Université Catholique de Madagascar, PNLPBéninIRD- MIVEGEC : Unité Mixte de Recherche « Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle » (IRD 224-CNRS 5290-Universités de Montpellier 1 & 2) (coordinateur pays), Faculté des Sciences de la Santé - Université d’Abomey-Calavi, IRD-UMR 216, Centre de Recherche Entomologique de Cotonou, PNLPCamerounCentre pasteur du Cameroun (coordinateur pays), IRD- Unité Mixte de Recherche « Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle », UMR7300 EspaceCôte d’IvoireInstitut Pierre Richet (Min. Santé, coordinateur pays), Institut Pasteur de Côte d’Ivoire, Centre d’Entomologie Médical et Vétérinaire - Université de Bouaké, Centre de Recherche pour le Développement - Université de Bouaké, PNLPNigerCentre de Recherches Médicales et Sanitaires (coordinateur pays), PNLP

Publications & Communications orales et affichées : néant

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Palu-ASAQ Evaluation de l’efficacité thérapeutique de la combinaison Artésunate + Amodiaquine dans le traitement du paludisme non compliqué à Madagascar

Correspondant :Milijaona RANDRIANARIVELOJOSIA


Téléphone :+261 20 22 412 72

Date de rédaction : 23/01/2015

Co-investigateurs de l’IPM :- Patrice PIOLA, unité épidémiologie, [email protected] Jemima RAVELONARIVO, unité paludisme, [email protected] Léonora RAVOLANJARASOA, unité paludisme, [email protected]


- Aina HARIMANANA, unité épidémiologie, [email protected] Vaomalala RAHARIMANGA, unité épidémiologie, [email protected] Voahangy ANDRIANARANJAKA, unité paludisme,

[email protected] de début: Mars 2014 Date fin : Septembre 2015 Durée (mois) : 19Financements:USAID Grant No. AID-687-G-13-00003

Budget total :200 000$

Mots clés : Paludisme, traitement, efficacité.

Contexte & justificationLa résistance de Plasmodium sp aux antipaludiques demeure une menace majeure aux stratégies de

lutte antipaludique. Face à l’émergence de P. falciparum résistants à l’artémisinine et dérivés en Asie du sud-est, il est crucial de surveiller l’efficacité thérapeutique des combinaisons thérapeutiques à base d’artémisinine (ACT) à Madagascar selon une méthodologie rigoureuse ; et de typer les marqueurs génétiques de la résistance à l’artemisinine. Les données relatives à l’évaluation de l’efficacité thérapeutique des antipaludiques sont un des éléments nécessaires à la révision de la politique de traitement antipaludique.

ObjectifsL'objectif principal de cette étude est de documenter la réponse de Plasmodium sp au traitement par

ASAQ recommandé pour le traitement du paludisme non compliqué à Madagascar depuis 2006, puis d’évaluer la réponse au traitement en termes d’efficacité parasitologique et clinique à J14, J28 et J42 sur la population tout âge confondus ; de tolérance clinique ; de temps de clairance parasitaire et thermique ; et d’évolution de la gamétocytémie.

Matériel & méthodesIl s’agit d’une étude transversale, multicentrique (Mananjary, Farafangana, Kianjavato, Vohitromby). La

durée de suivi (pour chaque patient) était de 42 jours. Les participants inclus dans l’étude ont reçu le traitement de 1ère ligne recommandé par le Ministère de la Santé Publique, à savoir la combinaison artésunate + amodiaquine (ASAQ) pendant 3 jours (J0-J2). Le médicament à tester était l’artésunate-amodiaquine comprimé du laboratoire IPCA.

Il a été prévu d’inclure 50 patients par site d’étude. Le recrutement des patients a été effectué lors du dépistage passif du paludisme parmi les patients suspects du paludisme vus dans le centre de santé de base. Par respect à la politique de lutte contre le paludisme en vigueur à Madagascar, le diagnostic biologique du paludisme a été fait en utilisant le test de diagnostic rapide par bandelette réactive (RDT). La microscopie a été par la suite effectuée pour les RDT positifs.

L’examen microscopique des frottis sanguins a été réalisé sur place. Pour le contrôle de qualité, 10% des frottis sanguins ont été réexaminés à l’unité de recherche sur le paludisme de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM). Des échantillons de sang sur buvard ont été collectés pour la confirmation et la détection des marqueurs génétique de la résistance de P. falciparum notamment à l’amodiaquine et à l’artémisinine selon des procédures communément utilisées à l’IPM.

La parasitémie du patient a été mesurée toutes les 6 heures le premier jour (J0), puis toutes les 12 heures le deuxième jour (J1), et enfin tous les jours à partir de J2. L’hémoglobinémie a été mesurée à J0, J7, J28 et J42. Le patient a été hospitalisé pendant les 3 premiers jours de suivi, c’est-à-dire, à J0, J1 et J2 pour pouvoir réaliser les prélèvements sanguins pour la confection de frottis mince et goutte épaisse.

La présence d’événement indésirable a été recherchée par l’investigateur à chaque visite. En cas d’événement indésirable grave, l’investigateur devait référer le patient à l’équipe médicale sur place dans le centre de santé et particulièrement au médecin dirigeant le centre de santé. L’investigateur a pris toutes les mesures appropriées pour assurer la sécurité des patients, notamment il devait suivre l’évolution de tout événement indésirable (clinique, biologique ou autre…) jusqu’au retour à la normale ou jusqu’à consolidation de l’état du patient.

82

Résultats & discussionAu total, 1553 patients ont été vus en consultation de juin à octobre 2014 dans les 4 sites d’étude. 244

ont été enrôlés. La moyenne d’âge des patients était de 8,8 ans avec 27,9% de moins de 5 ans (68/244), 60,2% de 5 à 14 ans (147/244) et 11,9% de plus de 15 ans (29/244). 61,1% (149/244) des patients avaient une température supérieure ou égale à 37,5°C et la parasitémie moyenne était de 36361 parasites/µL de sang à l’enrôlement. Parmi les 244 enrôlés, 222 (91%) ont terminé le suivi de 42 jours. Durant cette étude, aucun échec thérapeutique précoce n’a été constaté ; En revanche, un cas d’échec clinique tardif a été constaté à Farafangana à J35 soit 0,5% par rapport au total des patients qui ont terminé le suivi de 42 jours, 6 (2,7%) cas d’échec parasitologique tardif dont 1 à J35 et 1 à J42 à Farafangana et 4 à J42 à Vohitromby. Le taux de réponse clinique et parasitologique adéquate sur cette étude était donc de 96,8% sans correction par PCR.

ImpactLes données relatives à l’évaluation de l’efficacité thérapeutique des antipaludiques sont un des

éléments nécessaires à la révision de la politique de traitement antipaludique. Le typage des marqueurs génétiques de la résistance à l’artémisinine permettra de détecter précocement les parasites potentiellement résistants à l’artémisinine et ses dérivés et aux ACT.

Publications & Communications orales et affichées : néant

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Contexte & justificationDans le contexte de l’élimination du paludisme, diagnostiquer avant de traiter est l’idéal dans l’intérêt

individuel des malades. Aussi, dans l’intérêt de l’ensemble de la communauté, le recours au diagnostic parasitologique est crucial pour le dépistage actif de l’infection plasmodiale en cas de recrudescence de la maladie ou afin de générer des indicateurs utiles et utilisables pour asseoir les stratégies de lutte contre le paludisme. Ainsi, l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est impliqué activement dans le contrôle de qualité des tests de diagnostic rapide du paludisme (TDR) et dans la surveillance épidémiologique du paludisme au sens large du terme.

ObjectifsMettre à jour les indicateurs parasitologiques afin de guider les décideurs dans la réorientation des

interventions de lutte contre le paludisme aux niveaux local et national; et promouvoir sur la base de l’évidence l’utilisation des TDR à Madagascar

MéthodesLe contrôle de qualité de l’utilisation et des résultats des TDR est effectué dans les sites sentinelles

de surveillance de fièvres par les superviseurs du ministère de la santé publique et de l’IPM. Les résultats obtenus sur site avec des lots de TDR stockés dans les structures de santé sont comparés à ceux des lots de TDR conservés dans de bonnes conditions à l'IPM. Lors de chaque mission, les frottis sanguins (goutte épaisse et frottis mince) sont confectionnés ; et des échantillons de sang sont collectés sur papier buvard. La microscopie et la PCR en temps réel sont effectuées à l’IPM. La performance des TDR est évaluée par comparaison à la microscopie et la RT-PCR. L’IPM s’implique aussi dans l’investigation et la riposte lors des épidémies du paludisme. Notre équipe assure ainsi le dépistage actif de l’infection plasmodiale. Aussi, dans un esprit de veille, nous avons effectué un dépistage actif du paludisme à Mangasoavina (District d’Ankazobe et commune de Talatan’Angavo)

Résultats & discussion Contrôle de qualité de l’utilisation et des résultats des TDR : le contrôle de qualité des TDR per se

a été effectué à l’IPM à la réception des lots de TDR avant de les envoyer dans les centres sentinelles. Le contrôle de qualité sur site a été effectué dans 16 des 34 sites sentinelles pendant la saison de pluie avec la participation de 443 patients vus en consultation pour fièvre et dans 7 sites sentinelles sur 34 pendant la saison sèche sur 214 patients. Pendant la saison pluvieuse, la prévalence de l’infection palustre était de 19% par TDR (88/460) contre 10% (22/214) pendant la saison sèche. Le personnel de santé dans les sitessentinelles a respecté les procédures pour la réalisation des TDR, fruit des séances répétées de formation sur le TDR pour les responsables des centres sentinelles lors des missions de supervision. Les résultats des TDR stockés et utilisés dans les sites sentinelles et ceux des TDR conservés dans des bonnes conditions à l’IPM ont été concordants. La concordance entre TDR et la microscopie était bonne avec un coefficient de Youden de 0,99 pendant la saison sèche et 0,91 pendant la saison pluvieuse. Le personnel de santé dans les centres sentinelles de surveillance de fièvre et ceux qui sont en contact avec ces derniers admettaient progressivement l’intérêt des TDR dans la lutte contre le paludisme à Madagascar.

Le dépistage actif de l’infection plasmodialeEn mars 2014, suite à un rapport suspectant une augmentation de cas de paludisme, une mission a été effectuée à Mangasoavina (Ankazobe). 516 villageois (moyenne d’âge : 23,4± 20,7 ans) ont été examinés. Le TDR (CareStartTM) détectant pan-LDH et pfHRP2 a été utilisé pour dépister l’infection palustre. Sur les 47

Palu-Diagnostic Apport du diagnostic biologique dans le contexte de l’élimination du paludisme à Madagascar

Correspondant :Milijaona RANDRIANARIVELOJOSIA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Elisabeth RAVAOARISOA, unité paludisme, [email protected] Laurence RANDRIANASOLO, unité épidémiologie, [email protected] Patrice PIOLA, unité épidémiologie, [email protected] Sébastien BOYER, unité d’entomologie médicale, [email protected]


Date début : Janvier 2014 Date fin : Décembre 2014 Durée (mois) : 12Financements :

USAID Grant No. AID-687-G-13-00003Institut Pasteur de Madagascar


Mots clés : Paludisme, diagnostic, microscopie, TDR, contrôle de qualité

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patients avec TDR positifs (19,7%), 37 ont affirmé ne pas avoir effectué un déplacement hors du district (Ankazobe) au moins au cours des trois derniers mois précédant l’enquête. La proportion d’individus infectés qui déclarait dormir sous moustiquaire était de 89% (42/47) contre 11% (5/47) parmi ceux qui n’ont pas dormi sous moustiquaire. L’utilisation des pièges lumineux CDC ont permis de recenser Anopheles funestus, An. gambiae sl, An. Mascarensis. Ces données récentes confirment l’observation de l’année dernière comme une « reconquête du paludisme » sur les hautes terres centrales (HTC).

ImpactLes données actuelles confirment la fiabilité des TDR CareStartTM. Dans le cadre de l’élimination du

paludisme, la facilité d’utilisation et la fiabilité des ces tests s’avèrent très importantes et permettent une riposte rapide en cas de recrudescence et/ou d’épidémie. Malgré les années d'efforts et de programme d'intervention contre le paludisme, la transmission du paludisme persiste à Madagascar.


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PAUSENS Projet d’Appui aux Secteurs Essentiels de l’Education Nutrition et SantéCorrespondant :Fabienne RASOAMANAMIHAJA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Responsable scientifique de l’IPM :- Christophe ROGIER, Directeur, [email protected] Milijaona RANDRIANARIVELOJOSIA, unité Paludisme, [email protected] Vololomboahangy RAVAOALIMALALA, unité Helminthiases, [email protected] Patrice Piola, unité épidémiologie, [email protected]

Lieux des travaux :

Régions projet PAUSENS


Financement : Banque Africaine de Développement

Budget total:157.977€

Mots clés : Filariose - Schistosomiase - Géo helminthiases - prévalence Amoron’i Mania - Matsiatra Ambony - Androy-Vatovavy Fitovinany - Atsimo Atsinanana

Contexte & justification Dans la cadre du projet PAUSENS financé par la Banque mondiale, le programme de lutte contre les

maladies tropicales négligées (MTN) du Ministère de la santé publique (MSANP) mène des activités de poly chimiothérapie préventive (traitement de masse en médicament, TMM) contre la filariose lymphatique (population âgée de 2 ans et plus), ainsi que contre les schistosomiases et les géo helminthiases (population d’âge scolaire, 5-15 ans) dans 24 districts de 5 régions où ces maladies sont co-endémiques. Afin de rationaliser l’utilisation des ressources et d’apprécier à la fin du projet l’impact de la stratégie adoptée, il est nécessaire d’évaluer la prévalence et l’importance des maladies concernées dans les populations bénéficiant des interventions. Il serait aussi utile de mieux apprécier leurs facteurs de risque et leur distribution dans la population générale (tous âges confondus).

Objectifs - Les objectifs principaux de notre étude sont d’estimer dans 24 districts de 5 régions de Madagascar

(Amoron’i Mania, Matsiatra Ambony, Androy, Vatovavy Fitovinany, Atsimo Atsinanana) concernés par le programme PAUSENS :

o la prévalence de la filariose lymphatique au niveau de sites sentinelles et de sites de contrôle préalablement choisis selon les recommandations de l’OMS et

o la prévalence des schistosomiases et des géo helminthiases au niveau de ces districts.- Objectifs secondaires :o Créer une base de données fiable qui servira de base d’informations à une étude à grande

échelle.o Estimer l’intensité de l’infection par les filaires lymphatiques, les schistosomes et les géo

helminthes, dans les mêmes sites d’étude.o Identifier les facteurs de risque de ces trois infections et évaluer l’importance des infections par

schistosomes et géo helminthes chez les individus plus âgés que ceux de la population cible du projet PAUSENS.

Méthodologie de l’étude- L'étude s’est déroulée dans 24 districts de 5 régions de Madagascar : Amoron’i Mania, Matsiatra

Ambony, Androy, Vatovavy Fitovinany et Atsimo Atsinanana.- Les ménages et les personnes concernées par les recherches de filaires, de schistosomes et de

géohelminthes ont fait l’objet d’une collecte de données par questionnaire. Seules les personnes (ou leur tuteur) ayant donné leur accord après information ont participé à l’étude.

- Les filarioses lymphatiques ont été recherchées la nuit (22h-2h), par gouttes épaisses examinées en microscopie, chez 300 personnes âgées de 2 ans et plus, tirées au sort par cheminement aléatoire dans 33 sites (dits « sentinelles » ou « de contrôle ») choisis selon les critères de l’OMS.

- Dans chaque district, Schistosoma haematobium a été recherché par examen microscopique d’urines (après filtration), et S. mansoni et les géohelminthes ont été recherchés par examen microscopique de selles (après concentration). Les urines et selles ont été collectées chez 300 enfants âgés de 5 à 15 ans et chez 60 individus âgés de plus de 15 ans tirés au sort par cheminement aléatoire au sein de 20 fokontanytirés au sort avec une probabilité proportionnelle à leur taille.

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Conclusion des résultats provisoires

Infection par les Bilharzioses et les géo helminthes

L’infection causée par le Schistosoma haematobium avait une prévalence de 0,7% à 69,9% avec :- 1/24 district classé méso endémique (Bekily)- 23/24 districts classés hypo endémiques (les 23 autres districts)

L’infection causée par le Schistosoma mansoni avait une prévalence de 0,7% à 69,9% avec- 2/24 districts classés hyper endémique (Befotaka, Ikalamavony)- 14/24 districts classés méso endémiques (Ambalavao, Ambatofinandrahana, Ambohimahasoa, Ambositra, Bekily, Fianarantsoa I, Fianarantsoa II, Ifanadiana, Ikongo, Manandriana, Mananjary, Midongy Atsimo, Nosy Varika, Vondrozo)- 8/24 districts classés hypo endémiques (Ambovombe, Beloha,Fandriana, Farafangana, Manakara, Tsihombe,Vangaindrano, Vohipeno)

L’infections causée par l’Ascaris avait une prévalence de 0,3% à 75,9% avec :- 13/24 districts classés hyper endémiques (Befotaka, Farafangana, Fianarantsoa I, Fianarantsoa II, Ifanadiana, Ikongo, Manakara, Mananjary, Midongy Atsimo, Nosy Varika, Vangaindrano, Vohipeno, Vondrozo)- 11/24 districts classés hypo endémiques (Ambalavao, Ambatofinandrahana, Ambohimahasoa, Ambositra, Ambovombe Androy, Bekily, Beloha, Fandriana, Ikalamavony, Manandriana, Tsihombe)

L’infection causée par l’Ankylostome avait une prévalence allant de 0,0% à 34% avec tous (24/24) les districts hypo endémiques.

L’infection causée par le Trichocephale avait une prévalence allant de 0,3% à 94,0% avec :- 11/24 districts classés hyper endémiques (Farafangana, Fianarantsoa I, Ifanadiana, Ikongo, Manakara, Mananjary, Midongy Atsimo, Nosy Varika, Vangaindrano,Vohipeno,Vondrozo)- 13/24 districts classés hypo endémiques (Ambalavao, Ambatofinandrahana, Ambohimahasoa, Ambositra, Ambovombe Androy, Befotaka, Bekily, Beloha, Fandriana, Fianarantsoa II, Ikalamavony, Manandriana,Tsihombe)

L’infection causée par le Hymenolepis avait une prévalence allant de 0,0% à 4,7%. Tous les 24 districts étaient classés hypo endémiques.

L’infection causée par le Taenia avait une prévalence allant de 0,0% à 3,0%, tous les 24 districts étaient classés hypo endémiques

La prévalence de l’infection causée par l’Oxyure dans les 24 districts était de 0,0% à 2,3%; tous les districts étant classés hypo endémiques.

Infection par la filariose lymphatiqueSur les 24 districts (33 sites sentinelles de base et sites de contrôle ponctuel) investigués, les résultats

des 19 districts sont disponibles ; les 5 districts restants sont en cours d’analyse.- On retrouve des microfilaremies dans 8 des 19 districts, avec une prévalence variant de 0,2 à 1,2 %.- Parmi ces 8 districts, deux avaient une prévalence ≥ 1% : Nosy Varika et Vondrozo.

Selon la recommandation de l’OMS(2008), la conduite thérapeutique de masse doit être fonction de la classification (taux de prévalence) de l’infection dans chaque district.

ImpactCes données serviront de mise à jour pour le programme de lutte contre les maladies tropicales

négligées (MTN) du Ministère de la santé, et devraient permettre de rationnaliser le traitement de masse dans ces 5 régions d’intervention du projet PAUSENS.

Publications & Communication orale ou affichée : néant

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Peste-ASM-MJG Suivi épidémiologique de la population du vallon Metzinger et ses abords à Mahajanga

Correspondant :Minoarisoa RAJERISON


Téléphone :+261 20 22 412 72


Responsable scientifique : - Rogier Christophe, Directeur, [email protected]

Co-investigateurs de l’IPM- Soanandrasana RAHELINIRINA, unité peste, [email protected] Ronan JAMBOU, ex-unité immunologie, - Ines VIGAN, unité immunologie des maladies infectieuses, [email protected] Sébastien BOYER, unité entomologie médicale,[email protected] Alexandra BASTARAUD, laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement (LHAE), [email protected]

Lieux des travaux :Vallon Meztinger,

Mahajanga, Madagascar


Co-investigateurs hors IPM- Pascal HANDSCHUMACHER, IRD UMR 912 SESSTIM, [email protected] Jean-Marc DUPLANTIER, CBGP, UMR 22, IRD, [email protected] Michael RAKOTONDRASOLO, IRCOD Mahajanga, [email protected]

Date début : Janv 2013 Date fin : Janv 2017 Durée (mois) : 48

Financements : IRCODMots clés : Peste, leptospirose, parasitose, assainissement, Madagascar

Contexte & justificationLa mise en place d’infrastructures d’assainissement dans les quartiers défavorisés de Mahajanga

répond à des enjeux forts dans une ville caractérisée à la fois par une fréquence élevée de maladies eau-dépendantes et par la circulation de maladies épidémiques liées à l’hygiène comme la peste et le choléra. Chez les consultants de l’hôpital de Mahajanga, dépassant donc le seul cadre de la ville, les protozoaires (47,7 %) et nématodes (23,4 %) étaient particulièrement fréquents. La sérologie amibienne était positive chez 31,2 % des patients et les examens microscopiques étaient positifs dans 12,5 % des cas (Buchy P., 2003). L’actualité est à la crainte d’épidémies de diarrhées et de zoonoses liées à la pullulation des rats, en raison d’importantes lacunes et lenteurs dans le ramassage des ordures. La paralysie du service de ramassage des ordures à Mahajanga en 1990 a été à l’origine de la prolifération de rongeurs qui a fait le lit de la peste un an après.

La question de l’assainissement tant du point de vue de l’accès à l’eau potable, que de l’évacuation des eaux usées et plus généralement de l’évacuation des déchets constitue un enjeu fort de santé publique. Par sa dimension multiforme, la mise en place d’infrastructures d’assainissement peut alors générer un bénéfice en terme de santé publique dans de multiples dimensions : modification de la fréquence et de la distribution des affections digestives bactériennes et parasitaires, des diarrhées et de la malnutrition infantiles, modification des dynamiques de populations de rongeurs réservoirs d’anthropozoonoses comme la peste.

ObjectifsEvaluer l’impact sanitaire de l’amélioration de l’accès durable à l’assainissement de base (latrines,

collecte d’ordures, information-éducation-communication dans le domaine de l’hygiène et de la santé), en particulier sur (i) l’incidence des diarrhées, (ii) la prévalence des infections parasitaires intestinales opportunistes, (iii) la séroprévalence de la leptospirose (iv) les densités de rats et de puces et ainsi que les autres indicateurs de risque d’apparition de la peste et (v) la qualité de l’eau.

MéthodesPopulation d’étudeL’étude a ciblé les ménages et leurs membres, habitant le vallon Metzinger et ses abords, bénéficiaires

ou non d’assainissement durable par ENDA/IRCOD, ainsi que ceux des zones voisines ne bénéficiant pas de ces interventions.

Schéma d’étudeLe schéma d’étude visait à vérifier si les personnes et ménages ayant bénéficié des interventions

étaient moins à risque des maladies et infections investiguées, en faisant l’hypothèse que les effets des caractéristiques socio-démographiques, environnementales, comportementales et sanitaires, potentiels facteurs de confusion de l’évaluation de l’impact des interventions, seraient contrôlés au niveau de l’analyse statistique.

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En début et en fin d’étude, des ménages exposés aux interventions d’ENDA et des ménages non-exposés aux interventions d’ENDA ont été tirés au sort à partir des bases de sondage établis par ENDA et la communauté. Une enquête a été réalisée auprès des membres de ces ménages.

Des captures de rats et des collectes de puces ont été organisées dans les mêmes ménages.Les taux d’incidence des diarrhées, de prévalence des infections parasitaires opportunistes, de

séroprévalence de la leptospirose, et les densités de rats et de puces ainsi que les autres indicateurs de risque d’apparition de la peste, devraient être comparés entre ménages avec et sans interventions, en tenant compte, en analyse multivariée, des facteurs de confusion potentiels.

RésultatsPour le volet parasitose, l’inclusion avant le début des installations a été effectuée en mai 2014. En

effet, 790 participants répartis dans 261 ménages issus de 14 fokontany ont été enquêtés et prélevés (selles et sang). Les analyses sont en cours et devraient permettre d’évaluer l’incidence des diarrhées, la prévalence des infections parasitaires intestinales opportunistes et la séroprévalence de la leptospirose.

ImpactCette étude épidémiologique permettra de cibler l’action de façon plus efficace et cohérente, de mesurer

les incidences sur la santé des populations et de tirer des recommandations pour la lutte contre les maladies liées à l’hygiène et l’assainissement. La mise en évidence de l’impact sanitaire de ces interventions permettrait d’améliorer le plaidoyer pour leur pérennisation et de justifier l’approche communautaire dans d’autres sites comparables.


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Peste-ATB® Surveillance de la sensibilité deYersinia pestis aux antibiotiques et caractérisation de la nouvelle souche résistante à la streptomycine



Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Faniry RAKOTOARIMANANA, unite peste, [email protected] Voahangy ANDRIANAIVOARIMANANA, unite peste, [email protected] Samuel ANDRIANALIMANANA, LCP/SLMEN/MSanP, [email protected]


Co-investigateurs hors IPM- David WAGNER, Northern Arizona University,[email protected] Pr Adolphe RANDRIANTSOA (encadreur pédagogique), Faculté des Sciences, Département de PharmacologieDate début : Novembre 2013 Date fin : Avril 2015 Durée (mois) : 17

Budget totalFinancements : IPMMots clés : Peste, Yersinia pestis, résistance aux antibiotiques, Madagascar

Contexte & justification La résistance aux antimicrobiens survient dans toutes les parties du monde et concerne une gamme

croissante d’agents pathogènes. Les conséquences sont graves pour la santé humaine, d’autant qu’il y a peu de produits de remplacement en perspective. Une des préoccupations majeures du programme national de lutte contre la peste (PNLP) à Madagascar est la surveillance de la sensibilité des souches de Yersinia pestis aux antibiotiques classiquement utilisables dans le traitement de cette maladie. Le PNLP recommande la chimioprophylaxie des sujets contacts par des sulfamides et le traitement des malades par la streptomycine relayée par des sulfamides. L’émergence d’une souche résistante à la streptomycine et d’une souche multirésistante aux antibiotiques dans le sud des hautes terres en 1995 et la re-émergence d’une autre souche résistante à la streptomycine en 2013 constituent une menace pour la santé publique et impose une grande vigilance et un renforcement de la surveillance. Notons qu’actuellement, aucun autre schéma de traitement n’est proposé par le PNLP. Cette étude fait l’objet d’un sujet de mémoire de Mlle Faniry Rakotoarimanana et entre dans le cadre de la surveillance de routine du Laboratoire central de la peste (LCP).

Objectifs- Surveiller l’efficacité des antibiotiques recommandés par le PNLP- Caractériser l’origine et le mécanisme de la résistance à la streptomycine de la nouvelle souche de Y.

pestis 56/13 et comprendre les mécanismes moléculaires de la résistance chez les deux souches de Y. pestis résistantes (multirésistante MDR 17/95 et résistante à la streptomycine)

- Comparer les effets de la ciprofloxacine avec celle de la streptomycine sur Y. pestis in vitro et in vivo.

MéthodesTest in vitro et in vivo- Test de sensibilité aux antibiotiques de la souche d’intérêt par méthode de diffusion du disque

d’antibiotiques- Détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI) de la streptomycine (SM) et de la

ciprofloxacine (Cip) vis-à-vis des souches de Y. pestis sensibles et résistantes testées : E-test et microdilution en milieu liquide

- Comparaison des effets de SM et Cip in vivo sur modèle souris après infection expérimentale par voie parentérale de Y.pestis : i) au niveau de la température, ii) au niveau de la bactériémie : prélèvement sanguin au niveau de la veine caudale et mise en culture sur CIN quotidiennement pendant toute la durée du traitement, iii) au niveau du taux de survie des animaux infectés. Ces tests sont effectués en traitement précoce et en traitement tardif.

Mécanisme génétique de la résistance- Test de transfert de plasmide par conjugaison - Recherche des gènes de résistance par PCR- Extraction et séquençage de l’ADN plasmidique de la souche 56/13 en vue d’étude comparative avec

celui de la souche multi-résistante (MDR) 17/95

Résultats & discussionSur les 168 isolats de Y. pestis (167 humains et 1 rat) testés en 2014, aucun phénomène de résistance

n’a été détecté vis-à-vis des 6 antibiotiques testés (Streptomycine (SM), Gentamycine G, Tétracycline (Tet), Sulfaméthoxazole-trimetoprime (Sul), Chloramphénicol (C), Ampicilline (Amp)). De 1926 à 2014, sur les

90

5728 isolats en collection, 3 seulement ont été identifiées résistantes à la Sm, antibiotique recommandé par le PLNP pour le traitement de la peste.

Pour l’étude sur la souche résistante 56/13, les antibiogrammes ont confirmé que cette souche était résistante à la SM avec un diamètre de la zone d’inhibition quasiment nul. La détermination de CMI a révélé un très haut niveau de résistance à SM de la souche 56/13 (CMI > 3200µg/ml).

Pour l’étude in vivo de ces deux antibiotiques, la Cip en traitement précoce a éliminé les bactéries du sang à partir du quatrième jour de traitement. Le sang et la rate ont été complètement stérilisés à la fin du traitement chez toutes les souris ayant survécu. La température s’est stabilisée au bout de deux jours de traitement. Des effets similaires ont été obtenus avec les souris traitées par l’antibiotique de référence SM. Comme pour la SM, le temps d’initiation du traitement et l’optimisation des effets antibactériens sont étroitement liées : le taux de survie était nettement plus élevé pour les traitements précoces, 83 et 92% respectivement pour Cip et SM ; qu’en traitement tardif, respectivement 58 et 50%.

Figure 1 : Courbes de survie des souris (N=60) infectées avec Y.pestis sensible aux antibiotiques, traitement précoce/tardif avec SM et Cip

Le gène responsable de cette résistance à la SM est porté par un plasmide transférable. Le séquençage du génome des souches 56/13 et 17/95 est en cours pour déterminer le ou les gènes de résistance. L’analyse du mécanisme impliqué dans la résistance est à entreprendre.

Impact Les données génétiques vont permettre de vérifier si il existe un lien entre la souche de Y.pestis

résistante isolée en 2013 et la souche MDR isolée en 1995.Ces résultats montrant l’efficacité de la ciprofloxacine pour le traitement de la peste pourront

suggérer au PNLP l’établissement d’un profil de traitement alternatif à la streptomycine et pourront aussi intéresser les cliniciens en cas d’échec ou d’inaccessibilité de cet antibiotique.


0

20

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0 2 4 6

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traitement précoce

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100

120

0 1 2 3 4 5 6

SM

CIP

Eau physiologique

% de survie


innoculation début traitement

traitement tardif

91

Peste-FAS Peste asymptomatique et rôle du système immunitaire de l’hôte



Téléphone :+261 20 22 412 72

Date de rédaction30/01//2015

Co-investigateurs de l’IPM- Samuel ANDRIANALIMANANA, LCP/SLMEN/MSanP, [email protected] Ronan JAMBOU, unité immunologie, - Voahangy ANDRIANAIVOARIMANANA, unité peste,[email protected] Maherisoa RATSITORAHINA, unité épidémiologie, [email protected]


(foyers Haute-Terre)

Co-investigateurs hors IPM- Elisabeth Carniel, Unité des Yersinia, IP Paris, [email protected] Alzira Maria Paiva de Almeida, SRP Fiocruz, Brésil,

[email protected] Manuel Jesús Céspedes Zambrano, INS Pérou, [email protected]

Date début : novembre 2012 Date fin : octobre 2015 Durée (mois) : 36Financements : ACIP-A21//2012Mots clés : Peste, asymptomatique, réponse, immune, Madagascar

Budget :32.000 €

Contexte & justificationLa peste est connue comme une maladie extrêmement grave avec un taux de mortalité élevé chez les

humains. Plusieurs évidences passées et récentes suggèrent que les formes asymptomatiques de la peste peuvent exister, mais ces formes possibles sont rares, inconnues ou ignorées. Madagascar déclare chaque année des cas de peste humaine grâce à son système de surveillance fonctionnel et efficace ainsi qu’à son infrastructure en place. Madagascar est probablement le meilleur endroit au monde pour déterminer l’existence et la fréquence de ces formes sub-cliniques. Etant donné que les résultats peuvent varier en fonction du contexte épidémiologique, étendre l’étude aux foyers pesteux du Brésil (un foyer de peste qui apparaît actuellement silencieux) et du Pérou (situation intermédiaire entre Madagascar et le Brésil) pourrait accroître l’intérêt des résultats de cette étude. Le projet a nécessité la collecte de sang humain pour confirmer l'exposition à Yersinia pestis, et étudier la réponse immune humorale et cellulaire contre Y. pestischez les humains. Cette dernière composante de la réponse immunitaire a été jusqu'à présent peu étudiée chez l'homme.

Objectifs- Chercher l’existence de formes asymptomatiques de peste.- Caractériser la réponse immunitaire cellulaire des individus asymptomatiques exposés à la peste.

MéthodesLa recherche de la forme asymptomatique de la peste a commencé par l’identification d’individus qui

n’ont jamais eu d’antécédent d’infection pesteuse, mais produisent de l’anticorps contre la peste. Cette approche peut avoir au moins deux biais: i) la présence d'anticorps spécifiques de Y. pestis peut

être due à une infection ancienne déjà oubliée, ii) les réactions croisées possibles avec les antigènes non-pestis pourraient produire une sérologie faussement positive. Trois approches ont été adoptées pour éviter ces biais:

- Collecte de paires de sérum sur chaque participant tiré au sort: un avant la saison de haute transmisison de la peste et un autre après la saison. La recherche d’anticorps IgG anti-F1 a étéeffectuée. Une séroconversion au cours de cette période, sans signe clinique de peste évoque une infection asymptomatique.

- Développement d’autres techniques de confirmation (ELISA et Western blot): pour éliminer les faux positifs en raison des réactions croisées entre l’antigène F1 et les antigènes non-pestis, d’autres antigènes spécifique à Y. pestis ont été utilisés (IP Paris).

- Evaluation de la réactivité du système immunitaire contreY. pestis par l’étude de la réponse cellulaire des personnes qui ont présenté une séroconversion.

Résultats (état d’avancement)Le projet a obtenu l’autorisation du comité d’éthique auprès du Ministère de la Santé. Au total, 534 paires (T1 et T2) de plasma et de cellules (en deux exemplaires chacune) ont été

collectées et conservées. Les plasmas recueillis ont été testés en ELISA IgG anti-F1 après chaque période et avec le même lot d’antigène (tableau 1). La sérologie des participants présentant une séroconversion (négatifs-positifs et positifs-négatifs) a été refaite en un seul lot pour avoir une homogénéité technique entre

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les deux périodes. Ensuite, une inhibition de l’IgG anti-F1 avec le même antigène a été effectuée avant un deuxième ELISA pour confirmer la spécificité de la réaction vis-à-vis de l’antigène F1. Les positifs avec ce dernier test ont été considérés comme confirmés. Une confirmation avec d’autre antigène spécifique de Y. pestis sera effectuée à Paris.

Tableau 1: Récapitulation de l’ELISA IgG anti-F1 sur les pairs de plasmas (avant et après saison pesteuse)T1

(Av saison oct 2013)

T2 (après saison: juillet 2014)

Abs Négatifs Positifs TotalNégatifs 146 505 14 665Positifs 3 3 12 18

Total recruté 149 508 26 683Abs : absent lors de la période T2

Au total 14 participants ont présenté une séroconversion négatif-positif. L’analyse des facteurs d’exposition à la peste nous indique que 2 cas ayant été en contact avec un malade pesteux ont reçu le traitement chimioprophylactique et ont donc été éliminés des formes asymptomatiques (formes « décapitées » d’infection). Etant donné que la forme asymptomatique de peste est inhabituelle, ce nombre important mérite une confirmation bien fondée d’où l’intérêt d’utiliser d’autres cibles. Néanmoins, la spécificité de ses réponses anticorps anti-F1 a été prouvée par test d’inhibition avec l’antigène F1.

La caractérisation de la réponse cellulaire chez les cas présentant une séroconversion est en cours.

Impact Ce projet devrait permettre d'améliorer notre compréhension de la circulation de la peste et de la

réponse à médiation cellulaire de l’hôte humain après cette infection. Si les cas asymptomatiques sont confirmés, cela donnerait une occasion sans précédent de préciser les conditions qui feraient qu’un contact infectieux se transformerait en maladie ou en immunisation silencieuse. Cette information pourrait avoir d'importantes conséquences pratiques, car il peut conduire à des changements dans le système de surveillance de la peste.


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Peste-RR Etude de la réponse immunitaire lors d’une infection pesteuse : interaction hôte animal et Yersinia pestis

Correspondant:Voahangy ANDRIANAIVOARIMANANA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM :- Ronan JAMBOU, unité immunologie,- Minoarisoa RAJERISON, unité peste, [email protected]

Lieux des travaux :IPM, Betafo

Miandrivazo et ToamasinaCo-investigateurs hors IPM :

- Jean-Yves COPPEE / Guillaume SOUBIGOU, PF2 Institut Pasteur Date début : Janvier 2012 Date fin : Décembre 2013 Durée (mois) : 24Financements : Projet interne (IPM)

Mots clés : Peste, résistance, expression gène, Rattus rattus, Madagascar

Budget total : 7 500€

Contexte & justificationMalgré les connaissances détaillées de la façon dont Yersinia pestis tue ses hôtes, nous ne savons

toujours pas comment cet agent pathogène très virulent pourrait persister à des niveaux faibles dans les populations naturelles de petits mammifères pendant plusieurs années, pour réapparaître de façon sporadique et provoquer des épizooties de grande ampleur. Par ailleurs, le rat noir est la seule espèce susceptible de jouer le rôle de réservoir de la peste sur les hautes terres centrales (HTC) malagasy, mais très peu d’études ont été menées chez la population de rat noir, Rattus rattus. Cette étude a été menée afin de décrire les mécanismes de défense immunitaire du rat noir, notamment la sensibilité génétique et l’acquisition de l’immunité afin d’apporter les informations nécessaires quant au rôle de R. rattus dans le maintien du cycle de la maladie.

ObjectifsCette étude vise à caractériser les réponses développées chez le rat noir après infections

expérimentales par Y. pestis. Elle concerne plus particulièrement : i) la sensibilité génétique par comparaison de la réponse innée inflammatoire chez R. rattus issus de zone non endémique et endémique de peste, ii) l’acquisition de l’immunité par évaluation du rôle protecteur de la réponse humorale des rats de terrain et des F1-F2 issus de ces rats iii) les gènes impliqués dans la modulation de la réponse immunologique par une étude transcriptomique des ARNm des leucocytes après inoculation expérimentale.

Méthodes- Echantillonnage des rats sur le terrain dans les différentes régions de Madagascar et établissement de

F1 et F2 - Analyse du transcriptome des leucocytes des rats après inoculation des bactéries (rats de Toamasina

et Betafo)- Confirmation par Q-PCR des gènes d’intérêt analysés en transcriptome- Détection de cytokines extracellulaires sur Magpix Luminex par utilisation d’un kit Novex Rat Cytokine

Magnetic 10-Plex Panel for simultaneous quantitative determination of GM-CSF, IFN-γ, IL-1α, IL-1β, IL-2, IL-4, IL-6, IL-10, IL-12 (p40/p70) and TNF-α.

Résultats & discussionUne analyse préliminaire du transcriptome des PBMC à J5 post-infection a montré une activation

différentielle des voies de l’inflammation et de l’apoptose selon l’origine géographique du rat qui pourrait être liée à la résistance. L’amplification des gènes d’intérêt (Bcl-2, caspase 3, caspase 8, Tumor necrosis factor (Tnf), Promyelocytic leukemia (Pml), Heme oxygenase 1 (Hmox1), ubiquitine, CXCL10)par Q-PCR a montré qu’ils étaient fortement exprimés chez les rats provenant de Toamasina comparés à ceux provenant de Betafo. Cette forte expression chez les rats sensibles confirmerait l’activation de la voie des TNF et de l’apoptose. L’expression élevée du gène Heme oxygenase1 pourrait aussi être liée à l’hypoxie des cellules.

Les cytokines produites ont été mesurées dans les plasmas obtenus à J5 après infection des rats F1 provenant de Betafo et de Toamasina. Chez les rats de Betafo (zone endémique), IFN-gamma, IL-12 et IL-2 étaient exprimés de façon significative alors que IL-1 alpha et IL-1 beta l’étaient chez les rats originaires de Toamasina (zone non endémique).

Ces résultats obtenus sur un très faible échantillon nécessitent d’être vérifiés.

Impact Ces résultats suggèrent des mécanismes de résistance du rat noir à la peste et une sélection des rats résistants à la bactérie en zone d’endémie pesteuse.

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PorHumINF Evaluation du risque d’infection par les virus grippaux dans une population exposée aux porcs

Correspondant :Jean-Michel HERAUD


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Julia GUILLEBAUD, unité de virologie, [email protected] Norosoa RAZANAJATOVO, unité de virologie, [email protected] Lalaina NOMENJANAHARY, unité de virologie, [email protected] Judicaëlle IRINANTENAINA, unité d’épidémiologie, [email protected]

Lieux des travaux :Imerintsiatosika

Co-investigateurs hors IPM- Vincent RICHARD, Institut Pasteur de Dakar- Emmanuel NAKOUNE, Institut Pasteur de Bangui

Date début : 4/03/2013 Date fin : 28/02/2015 Durée (mois) : 24Financements :Institut Pasteur (ACIP : A-23-2012)Mots clés : Grippe, Homme, Porc, Transmission


Contexte & justification La transmission de maladies de l’animal à l’homme est un sujet majeur de santé publique avec le risque

d’émergence de nouveaux agents pathogènes pour l’homme. Les virus grippaux sont un bon exemple de transmission d’un virus zoonotique, et le porc est connu pour être à l’origine de réassortiments de nouveaux virus grippaux. Il apparaît donc important de développer des activités de surveillance et de recherche dans des fermes d’élevage de porcs pour identifier précocement l’émergence de nouveaux virus grippaux.

Objectifs L’objectif principal de ce travail était de contribuer à une meilleure connaissance de l’histoire naturelle

des virus grippaux et de leur transmission entre le porc et l’homme (transmission potentiellement bilatérale).

Méthodes Il s’agit d’une étude prospective multicentrique de 2 ans en milieu professionnel ciblant la filière

d’élevage des porcs à laquelle sont adossées 2 études cas/témoins à l’inclusion et en fin d’étude afin de mesurer les niveaux de prévalence de l’infection par un virus grippal. Le suivi a été réalisé au niveau de la commune rurale d’Imerintsiatosika (30km à l’Ouest d’Antananarivo). Des informations sociodémographiques ont été récoltées auprès des professionnels travaillant dans la filière d’élevage des porcs et un suivi biologique a été effectué.

Résultats & discussion Pour Madagascar, depuis le début du projet, 88 professionnels et témoins, et 205 porcs issus de

différentes fermes d’élevage ont été inclus. Aucun cas d’infection par un virus grippal n’a été détecté que ce soit chez l’homme ou chez l’animal. La mise en évidence d’anticorps totaux dirigés contre le virus grippal de type A avait montré une prévalence de 15,2% (31/204) chez les porcs et de 98,9% (87/88) chez l’homme (cas et témoins confondus). Afin d’augmenter les chances de détecter un virus grippal chez le porc, un suivi hebdomadaire durant la saison grippale avec prélèvement nasopharyngé aléatoire des animaux inclus a été réalisé. Aucun virus grippal n’a pu être mis en évidence.

ConclusionLe suivi des fermes d’élevage de porcs en vue d’évaluer la transmission des virus grippaux entre

l’homme et le porc est toujours en cours, et les résultats sérologiques préliminaires indiquent que la quasi-totalité des personnes testées a déjà été en contact avec des virus grippaux de type A, ainsi qu’environ 15% des porcs. Les analyses statistiques seront réalisées à la fin de l’étude pour évaluer le risque de transmission.

Impact Outre le projet de recherche sur la transmission inter-espèce des virus grippaux, cette étude nous

permet de valider des outils de surveillance animale dans des fermes d’élevage à Madagascar, qui pourront s’appliquer à d’autres maladies, que ce soit zoonoses ou maladies purement animales ayant un impact économique.

Publications & Communications orales ou affichées: néant

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PRIZM Zoonoses des rongeurs : facteurs environnementaux et socio-économique associés aux risques (étude à l’échelle du paysage)

Correspondant :Sandra TELFER


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Minoarisoa RAJERISON, unité peste, [email protected] Jean-Michel HERAUD, unité de virologie, [email protected] Patrice PIOLA, unité d’épidémiologie, [email protected] Sandra TELFER, unité peste, [email protected] Soanandrasana RAHELINIRINA, unité peste, [email protected] Fanjasoa RAKOTOMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected] Inès VIGAN, unité immunologie des maladies infectieuses, [email protected]

Lieux des travaux :MORAMANGA

Co-investigateurs hors IPM- SteveGOODMAN, Vahatra, Madagascar- RasoloheryANDRIAMBOLANTSOA, Conservation International- MatthewBAYLIS, University of Liverpool, UK

Date début : aout 2011 Date fin : aout 2016 Durée (mois) : 60

Financement : Wellcome Trust (Fellowship 2011-2016) Budget total :227 941€

Mots clés : Zoonoses, rongeurs, environnement, risque, Madagascar +110 000€

Contexte & justification La plupart des maladies émergentes dans le monde sont celles véhiculées par les animaux dont les

animaux sauvages constituent les réservoirs importants. L’accroissement en effectif de ces derniers forme une menace pour la prolifération des maladies zoonotiques. Les rongeurs se trouvent au premier rang de ces réservoirs. Leur caractère commensal avec une large distribution facilite le transfert des maladies entre eux et autres espèces sauvages, le bétail et les humains.

Les maladies zoonotiques sont plus menaçantes dans les pays en voie de développement, où beaucoup de cas ne sont pas déclarés. La vulnérabilité à ces maladies est influencée par des facteurs environnementaux et socio-économiques dont les changements climatiques et l’exploitation des nouveaux terrains qui peuvent changer les risques d’infection. Les relations entre les différents facteurs socio-environnementaux et le risque de maladie zoonotique sont encore mal connues, en particulier à des échelles locales. Ces échelles sont capitales à la compréhension et à l’atténuation des risques car le processus fondamental de la transmission (à la fois au sein des populations d'hôtes réservoirs et entre réservoirs et les humains) se produit à cette échelle.

Le projet permettra d'examiner comment les facteurs socio-environnementaux contribuent au risque de zoonoses des rongeurs à Madagascar. Les données archivées et historiques des incidences de la peste humaine à Madagascar, les nouvelles données sur les rongeurs et les infections de l'homme dans divers paysage, et les échantillons de rongeurs seront analysés. Le projet traitera 4 pathogènes véhiculés par les rongeurs dont Yersinia pestis responsable de la peste, Leptospira sp responsables de leptospiroses, Hantavirus et Ricketsia typhi responsable du typhus murin.

Objectifs- Déterminer comment le climat, l'habitat et le paysage affectent la dynamique hôte-pathogène dans les

populations de rongeurs en tenant compte de toute une gamme de pathogènes à différentes voies de transmission.

- Evaluer l'importance relative des facteurs environnementaux et socio-économiques pour le risque d'exposition humaine à ces pathogènes et vérifier si les relations entre ces facteurs et les pathogènes varient.

- Développer des modèles spatiaux pour identifier les populations à haut risque.

Méthodes Enquête à l’échelle du paysagePour cette étude, des captures de rongeurs et leurs prélèvements ont été effectués dans 4 communes

du district de Moramanga. Trois types de localités ont fait l’objet d’échantillonnage: forêt, localités proches de la forêt et localités éloignées de la forêt. Pour chaque site, 10 lignes de 12 pièges grillagés et 3 lignes de 11 pièges « pitfalls » ont été déposées. Un suivi longitudinal, incluant saison sèche et humide, a été effectué en 2014. Une enquête et des prélèvements chez l’Homme commenceront en 2015.

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Analyse des échantillons biologiquesLe portage de Y. pestis a été recherché sur des échantillons de rate de micromammifères (par TDR,

bactériologie et sérologie). Les échantillons de rein ont été utilisés pour la recherche de Leptospira sp(bactériologie et PCR). Le portage de Hantavirus a été cherché par PCR par pool de 3 échantillons, puis par individu sur les pools positifs.

RésultatsEn 2014, trois communes (Andasibe, Ambohibary et Ampasipotsy Gard) dans le district de Moramanga

ont fait l’objet d’échantillonnages. Quatorze sites situés en forêt et/ou village ont été visités. Au total, 2378 micromammifères appartenant à 13 espèces ont été capturés : 3 espèces introduites (Rattus rattus (RR), Rattus norvegicus (RN) et Mus musculus (MM)), 3 espèces endémiques (Eliurus sp.(EL), Nesomys sp (NE). et Brachyuromys sp.(BR)), 5 espèces de Tenrecidae (Setifer setosus (SS), Tenrec ecaudatus (TE),Hemicentetes semispinosus (HM), Oryzorictes hova (OR) et Microgale sp. (MI)) et 2 Soricidae (Suncus murinus (SM) et Suncus etruscus (SE)). La proportion d’individus par espèce est illustrée dans la figure 1. Le taux de portage global de puces était de 0,4.

Sur 280 prélèvements de reins mis en culture pour la recherche de leptospirose, 36 (12,8%) ont présenté des aspects de culture suspecte, mais une seule souche de leptospire a été isolée et confirmée. Cinquante (soit 17,8%) ont présenté des résultats positifs par Q-PCR ciblant le gène Lip32.

Pour la recherche de Y. pestis, 2205 échantillons de rates ont été testés en TDR de détection d’antigène F1, 83 (3,7 %) étaient positifs. Une souche de Y. pestis avait été isolée sur ces 83 échantillons positifs en TDR. La recherche d’anticorps anti-F1 a été effectuée sur 1980 sérums de petits mammifères. La prévalence globale en anticorps IgG anti-F1 était de 4,1%. Trente échantillons de rate par site ont été tirés au sort pour la recherche de Hantavirus, 10 pools par sites ont été constitués. Sur 74 pools testés, 60% ont été identifiés positifs par PCR, l’analyse par individu est en cours.

Des analyses d’autres endoparasites et l’identification des ectoparasites, vont être effectuées.

Figure 1 : Proportion d’espèces capturéesen 2014

ImpactCe projet nous a permis de réaliser une surveillance régulière de la peste murine dans le district de

Moramanga. Il apportera principalement une meilleure compréhension des rôles des facteurs socio-environnementaux dans le risque de transmission de maladies zoonotiques transmises par les rongeurs à Madagascar.


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RIFT-Antsohihy Compréhension des mécanismes de transmission de la Fièvre de la Vallée du Rift dans un site pilote de Madagascar

Correspondants :- Soa Fy ANDRIAMANDIMBY- Marie-Marie OLIVE


[email protected]

Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Jean-Michel HERAUD, unité de virologie, [email protected] Sébastien BOYER, unité entomologie médicale, [email protected] Fanjasoa RAKOTOMANANA, unité épidémiologie, [email protected]

Lieux des travaux :Antsohihy

Co-investigateurs hors IPM- Cécile VIGNOLLES, Centre National d'Etudes Spatiales (CNES), France- Véronique CHEVALIER, CIRAD, UR AGIRs, France- Jean-Pierre LACAUX, Laboratoire d’Aérologie, CNRS/ Université Paul Sabatier, France

Début : 1/09/2014 Fin : 31/12/2016 Durée (mois) : 27Financement : CNES ; Projet Internet IPM ; Grant Dedonder Clayton

Budget total : 44 000€

Mots clés : Fièvre de la Vallée du Rift, vecteurs, Mécanismes de transmission, télédétection, Madagascar

Contexte & justification La Fièvre de la Vallée du Rift (FVR) est une arbovirose zoonotique affectant principalement les

ruminants domestiques et provoquant des épizooties sévères (avortement, augmentation de la mortalité chez les jeunes ruminants). L’homme peut être infecté par piqûre de moustiques ou par contact direct avec des produits issus d’animaux infectés (avortons, sécrétions). Les vecteurs du virus de la FVR (VFVR) sont nombreux (EFSA, 2005). A Madagascar, le VFVR a provoqué des épidémies et épizooties en 1990-1991, puis en 2008-2009.

Malgré les nombreuses études menées depuis la dernière épizootie à Madagascar, les conditions et facteurs d’émergence, de persistance et de dissémination virale dans les différents écosystèmes, demeurent inconnus.

Le projet ZORA/FAO-RVF s'attache à comprendre et expliquer l'épidémiologie de la FVR à l'échelle nationale de Madagascar. Cependant, des travaux spécifiques à chacun des écosystèmes sont nécessaires pour comprendre les mécanismes de transmission du VFVR à l'échelle locale et proposer des méthodes de lutte appropriées à chacune des zones de Madagascar.

L’écosystème identifié au départ était situé au Sud-Ouest de Madagascar car des séroconversions avaient été observées en 2010-2011. Le VFVR semblait s’être installé dans un environnement composé de mares temporaires, permanentes où l’élevage de ruminants était conséquent. Cependant l’analyse réalisée dans le cadre du projet ZORA/FAO-RVF a montré une situation relative à la FVR, peu claire dans cette région (pas d’évolution de la séroprévalence en fonction de l’âge) et que l’environnement sec du Sud-Ouest était défavorable à la transmission du VFVR chez l’humain et les bovins.

Objectifs Cette étude a pour objectif la compréhension des mécanismes mis en jeu dans le cycle de

transmission, l’estimation des paramètres de transmission et les risques d’émergence de la FVR dans un site pilote de Madagascar :

- une étude de terrain et l’analyse des données récoltées permettront l’identification des facteurs clés (entomologiques, virologiques, épidémiologiques) impliqués dans le cycle de transmission du VFVR;

- une étude de télédétection permettra d’identifier les changements de l’environnement (évolution des mares, changement de la végétation) et les changements climatiques au niveau local (pluviométrie, température) associés à l’émergence du VFVR

Méthodes L’année 2014 a été consacrée à la réévaluation du choix du site où les travaux seront mis en place.Ainsi, afin de s’assurer que nous travaillerons dans une zone où la FVR est endémique chez les

ruminants et ainsi décrire et identifier les composantes entomologiques et environnementales associées à cette circulation endémique nous avons réévalué la situation relative à la FVR dans les différents écosystèmes de Madagascar.

Des enquêtes et prélèvements ont été réalisés d’avril à juin 2014, dans 5 districts appartenant à des écosystèmes différents de Madagascar:

- Antsohihy (AHH ; écosystème sub-humide du moyen ouest);- Tsiroanomandidy (TDD ; écosystème humide des hauts-plateaux);

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- Morombe (MRB ; écosystème semi-aride du sud-ouest);- Tulear (TOL ; écosystème semi-aride du sud-ouest) ; - Farafangana (FAR ; écosystème humide du sud-est).

Afin de déterminer si la transmission du VFVR se faisait toujours chez les ruminants depuis les épizooties de 2009 (et donc si la circulation est enzootique) nous avons ciblé les animaux nés après 2009. Ainsi, dans chacun des sites nous avons échantillonné 30 animaux des classes d'âge de [0-1an]; ]1-2ans]; ]2-3ans]; ]3-4ans]; ]4- 5 ans]. Nous avons également échantillonné 100 animaux de la classe d'âge de plus de 5 ans. Dues à des problèmes de réactifs, seule une partie des sérums a pu être analysée, nous avons donc ciblé les prélèvements venant d’animaux d’âges inférieurs à 4 ans. Au total, 635 des 1309 prélèvements obtenus ont été analysés.

Résultats et discussionLes résultats préliminaires montrent des individus de moins de

2 ans séropositifs (donc probablement infectés entre 2012 et 2014) dans les sites d’AHH, TDD, TOL et FAR (Tableau). Cependant, nous observons une augmentation de la séroprévalence (SP) avec l’âge statistiquement significative seulement dans les sites d’AHH et TDD (p<0.05 pour les deux sites).

Le site d’Antsohihy semble le plus adéquat pour mettre en place une étude à l’échelle locale : (1) nous observons des individus de moins de 2 ans séropositifs ; (2) nous observons une augmentation statistiquement significative de la SP avec l’âge (p<0.05) ; (3) le site semble favorable aux vecteurs (zone humide, points d’eau temporaires et permanents, rizières ; figure 2) ;(4) le district est une zone de rassemblement de zébu (marché) et donc potentiellement à risque diffusion de FVR.

L’étude qui sera mise en place contribuera à une meilleure compréhension des facteurs favorisant le maintien et la circulation du VFVR dans la région d’Antsohihy. La circulation du virus étant dépendante de facteurs socio-économique (systèmes d’élevage, commerce de ruminants), environnementaux et climatiques (dont dépendent la dynamique des vecteurs), nous aurons donc une approche pluridisciplinaire prenant en compte ces facteurs. Ainsi, des enquêtes épidémiologiques (suivi sérologiques de bovins et de petits ruminants, des pratiques d’élevage), un suivi entomologique dynamique (captures de moustiques tous les mois en saison des pluies et tous les 3 mois en saison sèche) et un suivi de l’environnement (suivi des mares et de la végétation par télédétection, validations de terrain) seront mis en place en 2015 pour une durée d’un an.

Impact Cette étude en cours s'attache à comprendre et expliquer l'épidémiologie de la FVR à l'échelle nationale

de Madagascar afin d’en améliorer éventuellement le contrôle.


Positif Total SP12 123 9,8

[0 - 1] 1 31 3,2]1 - 2] 2 31 6,5]2 - 3] 3 30 10,0]3 - 4] 6 31 19,4

10 133 7,5[0 - 1] 2 40 5,0]1 - 2] 1 32 3,1]2 - 3] 5 30 16,7]3 - 4] 2 31 6,5

4 124 3,2[0 - 1] 31 0,0]1 - 2] 31 0,0]2 - 3] 1 31 3,2]3 - 4] 3 31 9,7

14 128 10,9[0 - 1] 33 0,0]1 - 2] 3 29 10,3]2 - 3] 4 31 12,9]3 - 4] 7 35 20,0

17 127 13,4[0 - 1] 3 31 9,7]1 - 2] 3 33 9,1]2 - 3] 8 32 25,0]3 - 4] 3 31 9,7

57 635 9,0TOTAL GENERAL

FARAFANGANA

MOROMBE

TSIROANOMANDIDY

TULEAR 2

TRANCHE AGE

(année)

ANSTOHIHY

TRANCHE AGE

(année)

TRANCHE AGE

(année)

TRANCHE AGE

(année)

TRANCHE AGE

(année)

99

SENTFI Réseau de surveillance sentinelle des maladies à potentiels épidémiques à Madagascar

Correspondants :- Patrice PIOLA- Laurence RANDRIANASOLO


[email protected]

Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Léa RANDRIAMAMPIONONA, unité d’épidémiologie, [email protected] Toky RAMAROKOTO, unité d’épidémiologie, [email protected]

Lieux des travaux :

Co-investigateurs hors IPM- Judith HEDGE, CDC Resident Advisor in Madagascar- Programme national de lutte contre le paludisme- Direction des Urgences et de la Lutte contre les Maladies Négligées- Service de Surveillance Epidémiologique

Date début : 10/04/2007 Date fin: Activité continueFinancements :

- President’s Malaria Initiative (PMI) via RTI International - Subcontract number : 18-330-0210502

- CoAgreement CDC- 1 U01 GH000077-01 - CoAgreement CDC 5U01 GH000077-02 - USAID n°AID-687-G-13-00003

Budget 2014-2015 :261 081€

Mots clés : Surveillance, SMS, fièvre, Madagascar

Contexte & justification L’épidémie de Dengue et de Chickungunya, dans les régions nord et Est de Madagascar en 2006,

témoignait de la faiblesse du système de surveillance à Madagascar et incitait le Ministère de la santé publique à le renforcer pour répondre aux exigences du nouveau règlement sanitaire international de 2005. Par ailleurs, l’actualité internationale sur le risque de pandémie de grippe aviaire justifiait l’association de la surveillance sentinelle des maladies à potentiels épidémiques au niveau des centres de santé de base (CSB) à celle des hôpitaux. Il s’agissait d’un réseau de surveillance sentinelle complémentaire aux systèmes de surveillance de routine du ministère de la santé.

Objectifs Disposer d’un système sentinelle d’alerte précoce permettant de déclencher une riposte rapide, qui

permettrait aussi de disposer des données régulières en temps quasi-réel, de mesurer la part du paludisme et de la grippe dans l’étiologie des syndromes fébriles et de mettre en évidence l’agent causal en circulation.

Méthodes Le réseau de surveillance sentinelle disposait de trois niveaux : un réseau hospitalier, un réseau de

CSB et un réseau des agents communautaires (AC). Au niveau CSB, la déclaration était journalière par short message system (SMS) sur le nombre de consultants, de fièvres, de paludisme confirmé par test de diagnostic rapide du paludisme (TDR), de syndrome dengue-like (SDL ou suspicion d’arboviroses), de syndromes grippaux et de diarrhées. Au niveau hospitalier, il s’appuyait sur une déclaration hebdomadaire par SMS du nombre d’admissions, de fièvres, de paludisme confirmé, de syndrome de détresse respiratoire aigüe (SDRA), de cas suspect de grippe aviaire, des fièvres hémorragiques et des hépatites graves. Au niveau des AC, la surveillance intéressait toutes les classes d’âge et la déclaration était journalière par SMS sur le nombre de consultants, de fièvres, de paludisme confirmé par TDR, de malades transférés au CSB et de cas de décès. Ces données étaient saisies dès réception dans une base de données et étaient analysées en temps quasi-réel pour la recherche de modifications de tendances. Une situation anormale était définie comme une augmentation d’indicateur ou par la mise en évidence de circulation d’un agent pathogène. Ce système était couplé à une surveillance biologique des arboviroses et de la grippe permettant l’isolement et la caractérisation des virus. Il servait d’appui pour la collecte de souches plasmodiales en vue de la surveillance de la chimiorésistance des plasmodies aux antipaludiques.

Résultats & discussion Les analyses de données concernaient la période d’octobre 2013 à septembre 2014. La surveillance

sentinelle reposait sur 18 centres hospitaliers et 34 CSB répartis sur toutes les zones bioclimatiques de Madagascar. Un réseau de 73 AC a été mis en place en 2013 pour la surveillance du paludisme et de la mortalité dans des zones rurales isolées de 3 districts pilotes : Farafangana, Moramanga et Ankazobe.

Au niveau du réseau de CSB, les syndromes fébriles représentaient 13,4% (35.141/261.528) des consultants. La part du paludisme, de la suspicion d’arboviroses, des syndromes grippaux et des syndromes diarrhéiques représentaient respectivement 16,3% - 1,1% - 29,0% et 7,3 % des fièvres (les résultats du

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premier semestre 2014 sont disponible sur le site http://www.pasteur.mg/IMG/pdf/EpiVeille06_2014.pdf. Le taux d’utilisation du test de diagnostic rapide du paludisme était de 96,7% des fièvres.

Au 4ème trimestre de l’année 2014, la situation du paludisme à Farafangana et Mananjary était inquiétante. Il y avait eu une augmentation de la prévalence du paludisme parmi les consultants (nombre de cas sur nombre de consultants) de près de 70% par rapport au 4ème trimestre 2013 : 6,6% vs 15,5% à Farafangana et 2,8% vs 9,5% à Mananjary.

Dans des zones rurales isolées gérées par le réseau des AC, la part du paludisme était de 88% (14.133/15.790) des consultants, le nombre de malades référés au CSB était de 3.467 et le taux de mortalité lié au paludisme était de 7,3% (14/193). Ce réseau AC avait permis d’objectiver des alertes pour le paludisme et la peste.

Au niveau des centres hospitaliers sentinelles, les syndromes fébriles représentaient 25,5% (10.235/40.080) des admissions à l’hôpital. Le paludisme, le SDRA et les fièvres hémorragiques constituaient respectivement 20,8% - 8,3% et 0,3% de ces admissions. Aucun cas suspect de grippe aviaire n’a été déclaré au cours de cette période.

Au cours de l’année 2014, le centre hospitalier de Soavinandriana d’Antananarivo n’a pas envoyé dedonnées de surveillance épidémiologique et ce malgré les relances effectuées. Le centre hospitalier de référence régional d’Antananarivo-Atsimondrano à Itaosy était identifié en décembre pour le remplacer.

Depuis juillet 2014, une amélioration de la méthode de collecte des données a été entreprise au niveau des centres hospitaliers sentinelles : organisation de réunion annuelle, des formations des 929 agents de santé impliqués à la surveillance, dotations en équipement informatique des centres et élaboration d’une page web pour la collecte des données en ligne. Les rétro-informations en ligne seront en place courant 2015. Le centre hospitalier de référence du district de Moramanga était inclus dans ce système de surveillance, amenant ainsi le réseau à 18 centres hospitaliers sentinelles en fin 2014.Impact

Ce réseau sentinelle de surveillance a permis d’objectiver des phénomènes épidémiologiques anormaux pouvant menacer la santé des populations. Treize situations anormales ont été détectées : 2 pour les arboviroses, 5 pour le paludisme, 6 pour la fièvre et 3 pour les décès. Les examens biologiques ont montré la circulation de virus de la Dengue, virus de Chickungunya et des virus grippaux (saisonniers et A/H1N1pdm). La plupart de ces situations anormales ont été contrôlées au niveau local par le district sanitaire (12/13).

Publications- Rajatonirina S, Rakotomanana F, Randrianasolo L, Razanajatovo NH, Andriamandimby SF, Ravolomanana L, Randrianarivo-Solofoniaina AE, Reynes JM, Piola P, Finlay-Vickers A, Heraud JM, Richard V. Early-warning health and process indicators for sentinel surveillance in Madagascar 2007-2011. OJPHI. 2014 ; 6(3):e197. * ISSN 1947-2579 * http://ojphi.org *

Communication orale ou affichée : néant

Faits marquants de l’annéeEn juin 2014, l’utilisation du financement USAID a été autorisée pour les activités en collaboration

directe avec le Ministère de la Santé Publique.En août 2014, une pétition de l’équipe du Ministère de la Santé Publique mécontante de l’organisation

de travail avec l’IPM a entrainé un retard de mise en œuvre des activités planifiés pour l’amélioration de la surveillance au niveau hospitalier.

Aux deuxième et troisième trimestres 2014, des perturbations du réseau interne de l’IPM dus aux installations électriques et réparations du réseau TELMA ont eu des impacts sur la réception des données des sites et les résultats du réseau.

http://www.pasteur.mg/IMG/pdf/EpiVeille06_2014.pdf

2579 * http://ojphi.org *

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SLIDE-DNA Détection moléculaire de la résistance aux anti-tuberculeux de Mycobacterium tuberculosis à partir d’échantillons conservés sur différents supports.

Correspondant :Dr Voahangy RASOLOFO


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Marie Sylvianne RABODOARIVELO, unité des mycobactéries,

[email protected]

Lieux des travaux :Antananarivo, Madagascar.

Gand, Belgique.Co-investigateurs hors IPM- Dr Anandi MARTIN, Laboratoire de microbiologie, Université de Gand, Belgique (LM-UGent), [email protected], (coordonnateur du projet multicentrique)- Dr Juan Carlos PALOMINO, Dr Peter VANDAMME, Université de Gand, Belgique- Dr Nora Morcillo, Dr Belen Imperiale, Hospital Dr. Cetrángolo, Buenos Aires, Argentine- Dr Sarman Singh, All India Institute of Medical Sciences, Department of Laboratory Medicine, Delhi, Inde- Dr Lucilaine Ferrazoli, Angela Brandao, Instituto Adolfo Lutz, Núcleo de Tuberculose e Micobacteriosis, Sao Paulo, Brésil.

Date début : 1/05/2013 Date fin : 30/05/2015 Durée (mois) : 36Financements : Fondation DamienMots clés : M. tuberculosis, multirésistance, Genotype MTBDRplus, FTA card, GenoCard, lames

Budget :17 370 €

Contexte & justificationLa tuberculose (TB) reste un problème sanitaire mondial. Les efforts de lutte contre cette maladie

reposent sur le diagnostic des cas, suivi d’un traitement adéquat. L’émergence de souches M. tuberculosis multirésistantes (MDR) aux deux antituberculeux majeurs, l’isoniazide (INH) et la rifampicine (RIF), constitue une menace pour le contrôle de la TB. Dans les pays en voie de développement, le diagnostic de la tuberculose repose sur l’examen microscopique du crachat qui est simple, rapide et économique. Cependant, en raison de l’absence de tests rapides, adéquats et d’équipements spécifiques, le traitement de la TB est souvent commencé sans les résultats de la culture et des tests de sensibilité aux médicaments (DTS). La méthode bactériologique standard pour la détection des résistances, basée sur la culture de bacilles isolés à partir de crachats, requiert des délais de quelques semaines, ce qui rend difficiles le diagnostic et la surveillance des résistances, en particulier dans les pays en développement. Il existe actuellement des tests moléculaires pour la détection des TB-MDR, réalisés directement sur les crachats, et permettant de s’affranchir de la culture. Toutefois, pour des enquêtes de résistance à l’échelle d’un pays, se pose le problème de collecte et de transport des échantillons biologiques potentiellement infectieux.

ObjectifsLes objectifs de cette étude sont d’évaluer :- différents supports pour la conservation et le transport de crachats,- le test Genotype MTBDRplus (HAIN, LifeScience) pour la détection rapide de la résistance à la

rifampicine (RIF) et à l’isoniazide (INH), réalisé à partir de l’ADN extrait des crachats conservés sur différents supports.

Ainsi, il s’agit plus spécifiquement d’étudier la faisabilité de l’extraction d’ADN à partir de lames de frottis d’expectorations colorés, d’échantillons de crachats déposés sur deux cartes en papier filtre commercialisées (FTA [Whatman] et le GenoCard [Hain]) ainsi qu’à partir de crachats conservés dans de l’éthanol absolu, pour la détection ultérieure de la résistance à la RIF et INH par le kit Genotype MTBDRplus.

Méthodes1) Etude de la viabilité de M. tuberculosis dans les crachats conservés sur les différents supports.2) Evaluation de la méthode en 3 étapes :

1. Evaluation du test à partir de 15 suspensions de souches et 15 crachats négatifs infectés artificiellement (« spiked ») par les mêmes 15 souches M. tuberculosis, déposés sur les différents supports. 10 de ces 15 échantillons étaient MDR et 5 étaient sensibles selon l’antibiogramme (ATB).

2. Evaluation du test Genotype MTBDRplus réalisé à partir d’ADN extrait de 50 crachats infectés artificiellement avec 50 souches M. tuberculosis (25 MDR et 25 sensibles) déposées sur les différents supports.

3. Etude prospective chez environ 700 patients tuberculeux à microscopie positive recrutés dans les centres de diagnostic de la tuberculose à Antananarivo, Buenos Aires, New Delhi et Sao Paulo.

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Les références standards pour l’évaluation étaient les tests de sensibilité à RIF et à INH par la méthode indirecte des proportions, ainsi que le séquençage. La sensibilité, la spécificité, les valeurs prédictives positives et négatives seront estimées.

Résultats (état d’avancement)1) la standardisation de la méthode d’extraction d’ADN à partir de ces différents systèmes de stockage

de crachats ainsi que la standardisation de la méthode d’amplification d’ADN pour la détection de la résistance à la RPM et INH a été faite lors d’un stage à l’Université de Gand Belgique, avec 6 souches M. tuberculosis (3 MDR et 3 sensibles) et 4 souches de mycobactéries non tuberculeuses.

2) Les premiers tests de viabilité ont montré que : Sur les lames de microscopie colorées, aucune bactérie n’est vivante. Sur les cartes FTA et Genocard, les bactéries doivent être inactivées avec l’éthanol 90°. Dans les crachats, les bactéries peuvent être inactivées avec de l’éthanol.3) La méthode d’extraction d’ADN est faisable à partir des 4 systèmes de stockage étudiés. Les

premiers résultats ont montré que le profil de sensibilité à RIF et INH est bien détecté par le test Genotype MTBDRplus, et concorde avec celui de l’ATB.

4) En 2014, les 1ère et 2ème étapes d’évaluation de la méthode ont été réalisées :- 1ère étape : les mêmes résultats ont été obtenus à partir des 15 suspensions de souches et 15

crachats « spiked ». De plus, Les mêmes profils de souches ont été identifiés sur les 4 systèmes de stockage par le test MTBDRplus. Par rapport à l’ATB, la sensibilité est de 90% et 80% respectivement pour RIF et INH tandis que la spécificité était de 100% pour les 2 antibiotiques.

- 2ème étape : L’évaluation des 50 crachats « spiked » sur les 4 systèmes a montré que la sensibilité et la spécificité du test pour la détection de la résistance à la RIF et l’INH variaient de 80% à 100% selon le support utilisé.

RIF INH

SupportSensibilité %

[IC, 95%]Specificité %

[IC, 95%]VPP (%)

VPN (%)

Sensibilité % [IC, 95%]

Specificité % [IC, 95%]

VPP (%)

VPN (%)

Lame 84 [0,70;0,98] 100 86,2 86,2 80 [0,57;1] 92 [0,82;1] 90,9 82,1

FTA card 84 [0,70;0,98] 100 100 86,2 84 [0,70;0,98] 92 [0,82;1] 90,3 85,2

GenoCard 80 [0,57;1] 100 100 83,3 80 [0,57;1] 92 [0,82;1] 90,9 82,1

Ethanol 84 [0,70;0,98] 96 [0,91;1] 95,4 81,5 80 [0,57;1] 88 [0,77;0,99] 86,4 81,5

- Aucune différence significative n’a été trouvée entre les 4 systèmes.- Le séquençage des 50 souches est en cours.

5) L’étude prospective a obtenu l’accord du comité d’éthique et sera réalisée en 2015.

Impact Mise à disposition des programmes nationaux de lutte contre la TB d’une nouvelle méthode rapide de

détection de la résistance aux antibiotiques et solution du problème posé par les limites de transport et de stockage des échantillons potentiellement infectieux.


Communications orales :- Rasolofo V, Rabodoarivelo MS, Cnockaert M, Palomino JC, Vandamme P, Martin A. Molecular detection of multidrug resistance in M. tuberculosis from slides and filter paper cards. World's Tuberculosis Day International Conference. 21 March 2014, Ghent University, Gent, Belgium.- Rabodoarivelo MS, Cnockaert M, Palomino JC, Vandamme P, Rasolofo V, Martin A. Molecular detection of multidrug resistance in M. tuberculosis from slides and filter paper cards in low-income countries. 35th Annual Congress of European Society of Mycobacteriology (ESM). 29 June-2 July 2014, Vienna, Austria.

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SSDS Système de suivi démographique et sanitaire à Moramanga (Madagascar)Correspondant :Rila RATOVOSON


Téléphone :+ 261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Patrice PIOLA, unité d’épidémiologie, [email protected] Rindra RANDREMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected]


MoramangaCo-investigateurs hors IPM :

- Gilles PISON, INED France, [email protected] Maryse GAIMARD, Université de Bourgogne, [email protected]

Date début : 1/10/2012 Date fin : Durée (mois) :Financement :USAID


Mots clés : Madagascar, suivi, démographie, santé

Contexte & justificationLes systèmes de suivi démographiques et de santé (SSDS) demeurent un outil nécessaire dans les

contextes où les systèmes de recensement sont imparfaits. Ces observatoires de population ont montré leur importance et leur fiabilité dans les pays en développement, où la charge de morbidité et de mortalité est élevée. Dans ces pays, comme à Madagascar, il n’existe pratiquement pas d’enregistrement de naissances ni de décès, il existe d’importants problèmes d’accessibilité aux soins (inaccessibilité géographique, ressources financières limitées, faiblesse du système d’information…). A cette méconnaissance s’ajoute le manque d’informations sur l’état de santé des populations. Les données pouvant être recueillies dans le cadre d’un SSDS, ne se limitent pas seulement aux données démographiques, d’autres informations sur les facteurs de risque de maladies peuvent y être collectées. Moramanga a été désigné comme un site d’étude pour le développement de recherches cliniques. Quatre communes sont concernées par le SSDS à Moramanga : la commune urbaine, et 3 communes rurales (Ampasimpotsy, Ambohibary et Andasibe). Pour des raisons pratiques et financières, la commune d’Andasibe n’a pas encore été recensée. Afin d’avoir la situation démographique de la population au même point de départ (1/01/2014), en plus du recensement des fokontany non fait en 2013, une mise à jour de la population recensée avant 2014 a été réalisé.

Objectifs Le but principal du SSDS de Moramanga est de créer une plateforme démographique qui contribue aux

différentes études et évaluations en santé pour l’Institut Pasteur de Madagascar. Les différents objectifs sont : 1) fournir des informations longitudinales précises et fiables sur la population des villages observés pour le calcul des taux d’incidence, de morbidité, ou de mortalité dans cette population ; 2) obtenir une base de sondage pour les études sur la population; 3) participer à l’amélioration des connaissances sur les habitudes des populations et sur leur état de santé ; 4) connaitre la mobilité de la population en lien avec les agents pathogènes.

MéthodesLa collecte de données sur la population se fait en deux phases, le recensement initial et le suivi. Le

SSDS a débuté en 2010, mais pour diverses raisons, il y a eu des périodes d’interruptions. En 2012, il a redémarré avec une nouvelle méthode pour la collecte des données. Les agents enquêteurs saisissent en temps réel sur ordinateur les informations recueillies, les superviseurs compilent les données et le contrôleur les envoie quotidiennement aux responsables au niveau central. L’équipe d’étude de terrain était composée de 30 enquêteurs, 5 superviseurs et 1 contrôleur.

Le recensement initial : outre les données habituelles recueillies durant le recensement initial (la composition des ménages, des notions socio-démographiques et culturelles, les conditions socio-économiques, les conditions d’hygiène et les habitudes alimentaires…), des données sur les facteurs de risque du paludisme ont été obtenues. Lorsqu’il est enregistré, chaque ménage ainsi que chaque individu se voient assigner un identifiant unique. L’identifiant assigné est permanent, c’est-à-dire, que l’individu garde le même numéro même s’il change de ménage au sein du SSDS. Une procédure de nettoyage informatisée a été mise en place et lancée de façon régulière afin de détecter les valeurs aberrantes et les données manquantes, en plus d’une contre-enquête de 5% des ménages recensés par fokontany.

La majorité des fokontany a été recensé en 2013, quelques fokontany restants ont été recensés en début d’année 2014.

Le suivi démographique : La collecte longitudinale de données se poursuit sous la forme de visites périodiques des ménages enregistrés. L’objectif est de noter tous les changements ou événements démographiques qui ont eu lieu depuis la visite précédente. Il peut s’agir de naissances ou d’autres issues de grossesses, de décès ou de migrations ayant eu lieu entre la dernière visite et la visite en cours. La miseà jour effectuée en 2014 était une version simplifiée du suivi démographique pour avoir les situations de la

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population au 1er janvier 2014. En même temps, les empreintes digitales ont été enregistrées (sans image stockée) pour tout individu recensé et retrouvé à domicile lors de ces passages. Cette mise à jour des données, le recueil des empreintes digitales et le recensement des nouveaux ménages et des nouveaux arrivants ont été réalisés de février à avril 2014 ; de mai 2014 à octobre 2014, tous les décès notifiés dans les 12 mois avant le recensement et ceux survenus pendant la période de mise à jour ont été soumis à un questionnaire d’autopsie verbale afin d’identifier les causes probables de décès.

Résultats & discussionsDe son démarrage en 2012 jusqu’en 2014, les résultats obtenus de chaque fokontany sont résumés

dans le tableau 1.Tableau 1. Caractéristiques de la population dans le SSDS à Moramanga en 2014.

Caractérisitiques des communes recensées

Commune urbaine de Moramanga Ambohibary Ampasimpotsy Total

Fokontany 13 12 5 30Recensement initialMénages recensés 9 518 5 661 1 750 16 929Taille médiane des ménages [min-max] 4 [1-17] 4 [1-20] 4 [1-20]

Individus recensés 37 071 24 513 7 855 69 439- % des [0-5[ans 12,61 14,98 14,16- % des [5-15[ans 24,69 29,18 30,78- % des [15-65[ans 60,49 53,60 52,86- % des ≥ 65 ans 2,21 2,24 2,20

Rapport de masculinité 0,97 1,01 1,00% des femmes de 15-49 ans 26,90 23,01 22,41Suivi ou mise à jour 2014Ménages vus 7 327 3 537 1 491 12 355Individus vus

- Nouveaux arrivants 1 311 883 422 2 616- Résidants 29 779 15 705 6 970 52 454

- Ayant déménagé hors de la zone 3491 1774 910 6175

Empreintes digitales recueillies 7 894 7 692 2 397 17 983

Les décès recensés depuis son démarrage en 2012 jusqu’en avril 2014 étaient au nombre de 543. Les ménages où ont été notifiés les 529 décès (97,4%) ont été revisités pour l’autopsie verbale. Plus de 30% (175/529) des réponses à ces autopsies verbales ont été lues par des médecins pour établir le(s) diagnostic(s) probable, 58% (315/529) sont en cours de lecture et 7,4% (40/529) des décès n’ont pas fait l’objet d’une autopsie verbale à cause de refus du ménage ou de déménagement hors de la zone. Parmi les 175 dossiers lus par les médecins, 50 dossiers étaient des décès d’enfants de moins de 5 ans. Les résultats préliminaires ont montré que chez les enfants de moins de 5 ans, les 3 premières causes de décès étaient la malnutrition sévère (16%, 8/50), l’infection bactérienne néonatale (12%, 6/50) et la mortinatalité (10%, 5/50). Chez les sujets âgés de 5 ans et plus, 35,2% (44/125) des décès étaient attribuables aux maladies de l’appareil circulatoire (maladies hypertensives, cérébrovasculaires, cardiopathies…), 12% (15/125) aux maladies infectieuses et parasitaires, et 9,6% (12/125) aux troubles gastro-intestinaux.

ImpactLe SSDS de la population à Moramanga a permis de fournir des données précises du fait de son

exhaustivité. En plus du recensement, la documentation des causes de décès contribuera à long terme à améliorer la politique de santé publique non seulement pour le district de Moramanga mais aussi pour tout Madagascar.


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TB-Clin-Divers Réponse immune de l’hote associée aux facteurs bactériens de predisposition à la dissémination de mycobactérium tuberculosis et à la diversite de la forme clinique de la tuberculose

Correspondant :Niaina RAKOTOSAMIMANANA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Voahangy RASOLOFO, unité des mycobactéries, [email protected] Paulo RANAIVOMANANA, unité des mycobactéries, [email protected]

Lieux des travaux :

Antananarivo

Budget total :15 457,90€

Co-investigateurs hors IPM- Ludovic TAILLEUX, unité génétique mycobactérienne (UGM), Institut Pasteur à

Paris- Brigitte GICQUEL, UGM, Institut Pasteur à Paris


Financements :Grant Dedonder Clayton, Division International Institut PasteurMots clés : M. tuberculosis, tuberculose clinique, macrophages infectés, diversité, facteurs bactériens

Contexte & justification La tuberculose (TB) atteint généralement les poumons. Mais au cours de l’infection, Mycobacterium

tuberculosis (Mtb) peut disséminer dans l’organisme et atteindre d’autres organes conduisant ainsi à une TB extrapulmonaire (EPTB). Le diagnostic de l’EPTB repose principalement sur des critères cliniques et paracliniques car le diagnostic bactériologique est difficile. Les délais entre le diagnostic et le début du traitement sont associés à une forte mortalité. L’EPTB est observée chez environ 20% des sujets immunocompétents et 50% des sujets immunodéprimés. Elle est la première cause de mortalité chez les sujets infectés par le VIH. Son développement semble être associé à certains déficits immunitaires. Dans une étude sur des macrophages infectés par Mtb et des observations de patients atteints de TB, une corrélation entre la production des facteurs de l’angiogenèse et la vascularisation avec la dissémination des bactéries dans d'autres organes a été observée. Il a également été observé que la réponse du système immunitaire de l'hôte humain varie selon le génotype des souches de Mtb et pourrait influencer la présentation clinique de la TB. Une meilleure compréhension des facteurs bactériens sur la réponse immunitaire de l’hôte en relation avec les formes cliniques de Mtb pourrait permettre de comprendre les mécanismes de l’EPTB et de mettre au point des outils de diagnostic pour la prise en charge rapide des patients tuberculeux.

ObjectifsL’objectif de cette étude est de rechercher des facteurs génétiques bactériens associés aux EPTB. Ces

facteurs seront déduits des variations de la réponse immunitaire et de la réponse angiogénique de macrophages de l’hôte infectés par des bactéries issues de diverses formes cliniques de TB.

Méthodes- Sélection de souches cliniques Mtb de même spoligotype, isolées de patients présentant diverses

formes cliniques d’EPTB, dont les données épidémiologiques sont disponibles ; et de souches pulmonaires appariées sur l’âge et le sexe des patients.

- Infection in vitro par les souches sélectionnées de lignées cellulaires THP1 et de cellules isolées de donneurs sains, différenciées en macrophages.

- Mesure des réponses produites par les macrophages infectés selon les souches de Mtb et les formes cliniques : dosage de cytokines associées aux EPTB (IFN-ɣ, TNF-α, IL-6, IL-10,…), mesure de facteurs angiogéniques (VEGF) par CFU, ELISA et PCR en temps réel.

- Recherche des facteurs bactériens par séquençage de génomes de Mtb avec des réponses macrophagiques différentes selon les formes cliniques.

Résultats (état d’avancement) Dix souches cliniques EPTB provenant de différents sites cliniques et 10 souches PTB appariées

présentant les mêmes spoligotypes EAI_MDG (ST109) ont été sélectionnées pour l’étude et préparées pour les infections cellulaires in vitro.

La détermination du temps d’internalisation des bactéries par le comptage de CFU après infection des macrophages différenciées de cellules souches THP1 par des souches EPTB et pulmonaires (n=3 souches chacune) est en cours. Une première estimation de la variabilité des réponses IFN- ɣ, TNF-α, IL-6, IL-10 et

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VEGF a été réalisée par ELISA à partir des surnageant des cellules infectées après différents temps jusqu’à 48h. Cette première estimation montre une uniformité de la sécrétion des cytokines et suggère d’ajuster les temps d’infection in vitro avec des délais allant jusqu’à 96h voire 5 jours. Une fois les temps d’infection bien ciblés, toutes les souches seront utilisées pour les infections.

Les données des infections in vitro sur les macrophages différenciées à partir de lignées cellulaires THP1 permettront non seulement d’avoir une estimation de la réponse cytokine indépendamment de la variabilité génétique de l’hôte mais aussi d’optimiser les expériences d’infection in vitro de cellules provenant de sang de donneurs.

L’accord du comité d’éthique à Madagascar pour le recrutement de donneurs sains a été obtenu en août 2014.

ImpactLa mise en évidence des facteurs bactériens associés aux formes cliniques de la TB permettra

d’améliorer la compréhension des mécanismes de dissémination du pathogène, l’identification de cibles thérapeutiques et la lutte contre la propagation de la maladie.


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TB-Genom Analyse de séquences de génomes de souches cliniques M. tuberculosis

Correspondant :Niaina RAKOTOSAMIMANANA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Voahangy RASOLOFO, unité des mycobactéries, [email protected] Natacha T. Randria, unité des mycobactéries

Lieux des travaux :

Antananarivo

Co-investigateurs hors IPM- Brigitte GICQUEL, unité génétique mycobactérienne, Institut Pasteur à Paris

Date début : 01/01/2014 Date fin : 01/01/2016 Durée (mois) : 24 Financements : IPMMots clés : M. tuberculosis, diversité, génomes, in silico, transferts horizontaux

Budget total :

Contexte & justification L’émergence de souches M. tuberculosis (Mtb) multirésistantes aux antibiotiques ainsi que l’association

aux infections par le VIH aggravent l’ampleur de la tuberculose dans le monde. Les stratégies de lutte contre la tuberculose mettent en place des programmes de recherche pour améliorer le diagnostic de la maladie, trouver de nouveaux antituberculeux et de nouveaux vaccins. La diversité génétique des souches Mtb est associée à une évolution des bactéries avec leur hôte et une adaptation aux aléas de leur environnement. Les nouvelles technologies de séquençage en haut débit de génomes permettent aujourd’hui une étude plus approfondie de cette diversité génomique de la bactérie et de son influence sur la biologie et les phénotypes bactériens en particulier. Ces nouvelles technologies devraient être considérées dans les stratégies de lutte. Ce projet se propose d’étudier les séquences génomiques au niveau de régions transmises par transferts horizontaux (Horizontally transfered regions, HGT) afin d’y étudier les facteurs évolutifs de souches cliniques Mtb.

ObjectifsEtudier le polymorphisme des régions potentiellement acquises par HGT et leur évolution dans des

génomes de souches cliniques Mtb à Madagascar : 1) Etude de la distribution des SNPs dans les génomes de souches et des phénotypes associés2) Etude de l’évolution des souches à partir de la pression de sélection sur différentes régions des

génomes, déduite du ratio dN/dS.

Méthodes1) Séquençage par Next Generation Sequencing du génome de neuf souches cliniques Mtb pour

lesquelles les informations cliniques et épidémiologiques sont connues ainsi que les génotypes obtenus par spoligotyping, MIRU – VNTR et SNP-tagging.

2) Etude in silico de la plasticité des génomes des souches Mtb séquencés : - Mapping des NGS avec MAQ, génération/filtrage des SNPs avec Mapviewer et Ingap avec comme référence la souche H37Rv- Utilisation d’outils statistiques avec un système d’équation d’estimation généralisée pour l’étude de la répartition des SNPs sur chacun des génomes et dans les régions HGT avec STATA.- Utilisation de KaKs_Calculator pour le calcul du dN/dS ratio dans chaque génome et dans les régions HGT.

3) Etude in silico de génomes Mtb disponibles dans les bases de données biologiques en ligne : - Obtention de génomes en ligne sur GenBank avec BioPython- Calcul du ratio dN/dS avec le logiciel gKaKs

a. Calcul des ratios dN/dS par génome avec permutation du génome de référenceb. Calcul des ratios dN/dS par régions d’intérêt des génomes.

Résultats et discussion Ce projet fait suite à une étude précédente ayant montré un polymorphisme dans les régions HGT de

180 souches cliniques HGT de Madagascar (projet TB-HITS). L’assemblage et la comparaison des génomes de 9 souches cliniques obtenus par NGS avec la souche

H37Rv ont montré que le nombre de SNP dans les régions HGT polymorphes était significativement plus élevé que dans les régions non polymorphes, en particulier dans les groupes génétiques de souches «moderne 1» et «moderne 2". En outre, l'accumulation de SNPs dans les régions HGT polymorphes semble être associée à une sélection négative purificatrice. En effet, les régions HGT polymorphes ont en moyenne une valeur de la différence Ks-Ka diminuée de -0,0003874 (IC95% : -0,0006380, -0,0001368 ; p=0,002). Aucune différence significative de la valeur moyenne du Ks-Ka n’a été observée entre les groupes des neuf souches.

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Globalement, dans les régions non polymorphes la valeur moyenne de Ks-Ka est de 0,000357 (IC95% : 0,000180, 0,000533, p<0.01). Dans les régions polymorphes, cette valeur de Ks-Ka est de -0,000033 (IC95% : -0,000111, 0,000045, NS). Cette tendance devrait être vérifiée dans les génomes en ligne de Genbank pour renforcer la puissance statistique, avec des permutations des souches de références associées à la phylogénie des souches Mtb afin d’éviter le biais des classifications phylogénétiques des souches.

Des formations avancées en bio-informatique et en analyses génomiques à partir de génomes en lignes ont été suivies pour mener ces études qui sont aujourd’hui en cours.


Mémoires- Natacha Tiavina Randria. Polymorphisme des régions acquises par HGT chez les souches cliniques

de M. tuberculosis à Madagascar : Analyse bio-informatique de séquences de génomes de M. tuberculosis obtenues par NGS. Rapport de stage 2ème année du cycle Ingénieur à l’Institut Supérieur de BioSciences de Paris, France (soutenu en Septembre 2014).

- Anja Ratsiferana. Etudes de profils génétiques de souches cliniques Mycobacterium tuberculosis à Madagascar. Rapport de stage (24 mars-7 mai 2014) de Master 1 - Microbiologie, biologie végétale et biotechnologies de l’Université d 'Aix-Marseille - Faculté des Sciences de Luminy.

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TB-KIDS Evaluation des nouvelles méthodes de diagnostic de la tuberculose intrathoracique de l’enfant dans trois villes d’Afrique subsaharienne : Abidjan (Côte d’Ivoire), Yaoundé (Cameroun) et Antananarivo (Madagascar)



Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Dr Rindra Randremanana, unité d’épidémiologie, [email protected] Dr Patrice Piola, unité d’épidémiologie, [email protected] Dr Aina Harimanana, Cellule de Réalisation de Projet, unité

d’épidémiologie, [email protected] Dr Andrianantenaina RAKOTOSON, Centre National de Référence des

Mycobactéries, [email protected]

Lieux des travaux :IPM, Antananarivo,

Madagascar

Co-investigateurs hors IPM- Dr Kathleen Victoir, coordinateur Institut Pasteur-Division International- Pr Brigitte Gicquel, unité de génétique mycobactérienne, Institut Pasteur à

Paris (coordinateur scientifique)- Dr Sara Eyangoh, Dr Mathurin Tejiokem (CPC)- Pr Raymond Kouassi N’Guessan (IPCI)- Pr Annick Lalaina Robinson, Centre Hospitalo-Universitaire Mère enfant

de Tsaralàlana (CHUMET), Antananarivo- Dr Mbola Rakotomahefa, Pr Honoré Raobijaona, Service de Pédiatrie de

l’Hôpital Universitaire Joseph Raseta de Befelatanana (HUJRB), Antananarivo

- Programme National de Lutte contre la Tuberculose (PNLT), Ministère de la Santé Publique, Madagascar

ate début : Janv 2014 Date fin : Déc 2016 Durée (mois) : 36 mois Financements : Fondation TOTALMots clés : Tuberculose pédiatrique, diagnostic, algorithme, GeneXpert

Budget total :€522.480 (dont

€194.753 pour IPM)

Contexte & justification La tuberculose (TB) est une des principales maladies responsable de décès tant chez les adultes que

chez les enfants dans le monde. Les enfants peuvent généralement être contaminés par le bacille tuberculeux quand ils sont exposés à un patient tuberculeux pulmonaire à microscopie positive. Les enfants de moins de 5 ans ont un risque plus élevé de développer la maladie même chez les sujets immunocompétents à cause de leur système immunitaire moins développé, mais plus encore chez les sujets immunodéprimés et/ou infectés par le VIH.L’évaluation du fardeau que représente la TB chez l’enfant est difficile à établir pour de nombreuses raisons : la difficulté du diagnostic définitif, la présence fréquente d’une TB extrapulmonaire alors que la priorité en santé publique est le dépistage des patients à frottis positifs, et les liens insuffisants entre les pédiatres et les programmes nationaux contre la TB. L’incidence des cas de TB diagnostiqués chez l'enfant est variable selon les pays, dépendant de la prévalence de la maladie, de la structure par âge de la population mais aussi des outils de diagnostic disponibles.Les nouvelles technologies de diagnostic telles que GeneXpert et les méthodes alternatives de recueil d’échantillons bactériologiques sont des alternatives intéressantes à la culture de M. tuberculosis qui est longue et fastidieuse et aux aspirations gastriques, examens invasifs et nécessitant le plus souvent une hospitalisation.

ObjectifsL’objectif est d’identifier des algorithmes optimaux pour le diagnostic de la TB intrathoracique chez

l’enfant en fonction de différents environnements et différents niveaux de ressources de prise en charge.Plus spécifiquement, il s’agit de :1. Evaluer le nouvel outil diagnostique Xpert MTB/RIF et les méthodes alternatives de prélèvement

bactériologiques (string test, aspiration nasopharyngée, selles) pour le diagnostic de la TB intrathoracique pédiatrique.

2. Identifier les déterminants des faux positifs et des faux négatifs pour chaque outil diagnostic.3. Evaluer la performance du score pédiatrique utilisé par les pédiatres au niveau ou applicable.

MéthodesIl s’agit d’une étude prospective menée dans les hôpitaux pédiatriques des capitales des trois pays

impliqués. Après une évaluation initiale clinique, les cliniciens poseront un diagnostic en utilisant les

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algorithmes nationaux pour la TB (diagnostic du clinicien). Les enfants identifiés avec une TB intrathoracique seront traités selon les recommandations nationales.

Environ 1500 enfants cliniquement suspects de TB intrathoracique devront être dépistés pour obtenir 420 enfants tuberculeux sur les 3 pays pendant la durée de l’étude qui est de 3 ans.

Au cours de ce dépistage, un examen clinique complet et des examens biologiques seront faits. Des échantillons cliniques seront recueillis par les méthodes conventionnelles (crachat, tubage gastrique) et par des méthodes alternatives (string test, aspiration nasopharyngée, selles). Les analyses bactériologiques pour le diagnostic de la TB seront effectuées par la microscopie, la culture et le test Xpert MTB/RIF.

Chaque enfant ayant répondu aux critères d’inclusion sera classé en tuberculose confirmée, probable, possible, improbable ou non tuberculeux.

La performance des nouveaux outils diagnostiques et des méthodes alternatives de prélèvement bactériologique sera évaluée en décrivant leur sensibilité et spécificité respectives.

L’élaboration d’algorithmes se fera en tenant compte du coût de chaque test, de leur sensibilité et de leur spécificité respectives, et des capacités des laboratoires disponibles.

Etat d’avancementLa réunion de lancement du projet a eu lieu à l’Institut Pasteur de Madagascar les 18 et 19 novembre

2014 avec la participation des représentants des Instituts Pasteur à Paris, Côte d’Ivoire, Madagascar, du Centre Pasteur du Cameroun, des représentants des hôpitaux à Antananarivo. Une visite des services pédiatriques de l’ Hôpital Universitaire Joseph Raseta de Befelatanana et du Centre Hospitalo-Universitaire Mère enfant de Tsaralàlana a été faite.Après une formation des personnels des hôpitaux à Antananarivo et à Abidjan au string test et à l’aspiration nasopharyngé par des formateurs du Cameroun, le recrutement des patients débutera au cours du premier trimestre 2015.

Impact- Développement d’algorithmes optimaux pour le diagnostic de la TB chez l’enfant.- Renforcement des capacités de diagnostic de la TB chez les enfants et mise en place des méthodes

de diagnostic rapides dans les différents pays impliqués.


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TB-LAMP Evaluation de la performance du kit LoopampTM MTBC pour la détection rapide du Complexe Mycobacterium tuberculosis. Protocole d’étude à Madagascar



Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Andrianantenaina RAKOTOSON, Centre National de Référence des

Mycobactéries, [email protected] Niaina RAKOTOSAMIMANANA, unité des mycobactéries, [email protected]

Lieux des travaux :IPM,

Antananarivo, Madagascar

Co-investigateurs hors IPM- Responsables du Programme National de Lutte contre la Tuberculose (PNLT), Ministère de la Santé Publique

- Mamy RAJERISON, Centre National de Référence des Mycobactéries- Julio RAKOTONIRINA, Etablissement Universitaire de Soins et de Santé Publique d’Analakely (EUSSPA), Antananarivo

- Autres IP du RIIP partenaires du Projet : IPC, CPC, IPG, IPCI, NIHE

Date début : Sept 2013 Date fin : Août 2014 Durée (mois) : 12 Financements : FINDMots clés : M. tuberculosis, Loop amplification, diagnostic

Budget total :15 000 € pour IPM

Contexte & justification La tuberculose (TB) est un problème de santé publique dans le monde et principalement dans les pays

en voie de développement. De nouvelles techniques de diagnostic moléculaire telles que le test GeneXpert® MTB/RIF et « Loop-mediated isothermal amplification » (LAMP) ont été mises en place depuis quelques années. En 2012, le groupe d’experts de l’OMS a recommandé, après une première étude menée par FIND ("Foundation for Innovative New Diagnostics"), l’utilisation de la LAMP, en substitution de la culture, là où elle ne peut être pratiquée.FIND a mis en place une étude multicentrique impliquant plusieurs pays dont 6 instituts du Réseau International des Instituts Pasteur (Cambodge, Cameroun, Côte d’Ivoire, Guadeloupe, Madagascar, Vietnam) pour l’évaluation du nouveau kit commercial LoopampTM MTBC sur des échantillons de crachats provenant de cas suspects de TB, pour la détection de l’infection tuberculeuse.

ObjectifsL’objectif est d’évaluer les performances du kit LoopampTM MTBC avec des échantillons pulmonaires

pour le diagnostic de la TB, par rapport à la microscopie, la culture et le test GeneXpert.

MéthodesIl s’agit d’une étude prospective. A Madagascar, elle sera réalisée pour une durée de 6 mois sur 500

échantillons d’expectoration provenant de patients suspects de TB de dispensaire antituberculeux de Tananarive (DAT) de l’établissement universitaire de soins et de santé publique d’Analakely.

La microscopie, sous le contrôle du centre national de référence des mycobactéries (CNRM), et le test LoopampTM MTBC (qui sera contrôlé par le laboratoire de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM)) seront effectués au laboratoire du DAT.

La culture sur milieu solide de Löweinstein-Jensen (LJ), l’identification de M. tuberculosis et le test GeneXpert seront réalisés au laboratoire des mycobactéries de l’IPM.

Les résultats seront analysés afin de déterminer la sensibilité et la spécificité du test LoopampTM MTBC en prenant comme références la culture sur milieu de LJ et le test GeneXpert.

Résultats (état d’avancement) L’étude a obtenu l’autorisation du comité d’éthique auprès du Ministère de la Santé.La formation au test TB-LAMP a été donnée à l’IPM et au DAT par la société EIKEN du 16 au 20

septembre 2013.Du 19 novembre 2013 au 25 avril 2014, 547 patients ont été inclus.

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Résultats du test LoopampTM MTBC par rapport à la microscopie et à la culture :

MicroscopieCulture positive Culture négative

TotalTest LoopampTM MTBC Test LoopampTM MTBCPositif Négatif Indéterminé Positif Négatif

Positive 128 4 0 3 1 136Négative 37 17 1 9 346 410Non faite 0 0 0 1 0 1

Total 165 21 1 13 347 547

Les analyses des résultats sont en cours.

ImpactLes données de l’étude multicentrique permettront de justifier ou non l’utilisation du test TB-LAMP dans

les zones qui n’ont pas accès à la culture.


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TB-LaTAS Tuberculose latente à Tunis (Tunisie), Antananarivo (Madagascar) et Saint-Louis (Sénégal). Etude pilote.

Correspondant :Voahangy RASOLOFO Email : [email protected] Téléphone :

+261 20 22 412 72Date de rédaction

02/01/2014Co-investigateurs de l’IPM

- Paulo RANAIVOMANANA, unité des mycobactéries, [email protected] Andrianantenaina RAKOTOSON, Centre National de Référence des

Mycobactéries, [email protected] Rindra RANDREMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected]


Budget total :€62 000 dont

€24 300 pour IPM

Co-investigateurs hors IPM- Nathalie MIELCAREK (coordonnateur du projet), Institut Pasteur de Lille (IPL),

France- Camille LOCHT (responsable scientifique), IPL- Ridha BARBOUCHE (responsable scientifique), Institut Pasteur de Tunis (IPT),

Tunisie- Gilles RIVEAU et coll., Espoir Pour La Santé (EPLS), Saint-Louis, Sénégal- Chaouki BENABDESSALEM, Institut Pasteur de Tunis (IPT), Tunisie- Françoise MASCART, Université Libre de Bruxelles- Julio RAKOTONIRINA et coll., Etablissement Universitaire de Soins et de Santé

Publique d’Analakely (EUSSPA), Antananarivo, Madagascar

Date début : Sept 2013 Date fin : Août 2015 Durée (mois) : 24Financements : ACIP (DI)Mots clés : Tuberculose latente, antigène HBHA, IFN-ɣ, IGRA

Contexte & justification La tuberculose (TB) est une maladie infectieuse causée par la bactérie Mycobacterium tuberculosis.

Elle se propage par voie d’aérosols. Seules 5 à 10% des personnes infectées développent une forme active de la maladie. Dans plus de 90 % des cas, la multiplication de M. tuberculosis est contrôlée par le sujet infecté. Le sujet n'est pas malade mais il maintient une infection dite « latente ».

L’antigène HBHA (« Heparin bindin haemagglutinin ») est une protéine méthylée de 28kDa exprimée à la surface de la plupart des mycobactéries. L’HBHA, un des nouveaux candidats vaccins, stimule l’immunité à médiation cellulaire humaine avec, toutefois, des différences selon que le sujet infecté souffre ou non de TB active. Ainsi, les lymphocytes T des sujets latents (infectés mais non-malades), suite à la stimulation in-vitro avec la HBHA produisent de l’IFN-ɣ. En comparaison, les cellules mononuclées (PBMC) de personnes ayant une TB active secrètent de faibles quantités d’IFN-ɣ. Ces résultats ont permis la mise au point d’un test de détection de TB latente appelé HBHA-IGRA (« HBHA-Interferon gamma release assay »).

ObjectifsL’objectif de ce projet est d’obtenir des premières données sur la prévalence de TB latente chez les

populations malagasy, tunisienne et sénégalaise. Pour cela, nous mesurerons la réponse à médiation cellulaire induite par la HBHA. Nous utiliserons le test HBHA-IGRA développé et standardisé par l’Institut Pasteur de Lille (équipe du Dr Camille Locht) en collaboration avec l’Université libre de Bruxelles (équipe du Professeur Françoise Mascart).

MéthodesLa réponse à médiation cellulaire induite par la HBHA sera étudiée et comparée à celle induite par

ESAT-6 dans 3 populations africaines bien distinctes géographiquement (Madagascar, Tunisie et Sénégal) et également en terme d’endémicité.

3 groupes de sujets seront inclus :a) sujets ayant une TB active (arguments cliniques et bactériologiques)b) sujets sains ayant été en contact avec des personnes avec une TB active (Intradermo-réaction (IDR)

positif, pas de signe clinique)c) sujets contrôles sains présentant un test tuberculinique négatif.Le test HBHA-IGRA sera effectué sur sang total.Les données des 3 pays seront groupées et soumises à une analyse multicentrique. L’analyse des

résultats sera réalisée avec l’aide de l’équipe du Pr. Françoise Mascart (ULB, Belgique) qui a mis en place la plupart des études cliniques utilisant le test HBHA-IGRA.

Etat d’avancementLa réunion de lancement du projet a eu lieu à l’IPL en novembre 2013.

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Le projet a obtenu l’autorisation du CoCR en mai 2014 et du comité d’éthique à Madagascar en novembre 2014.

L’inclusion des patients et la réalisation des analyses commenceront au cours du premier trimestre 2015.

ImpactCette étude pilote nous permettra de déterminer si les résultats obtenus en Europe avec le test HBHA-

IGRA sont transposables aux différentes régions africaines partenaires de ce projet. Par ailleurs, les données acquises permettront non seulement de donner une première estimation du taux de TB latente dans les sites impliqués dans ce projet mais également de connaître le niveau basal de la réponse cellulaire à l’HBHA, donnée indispensable au suivi de l’efficacité de la vaccination par l’HBHA lors de futurs essais cliniques.


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TB-SLIDE Distribution spatiale des génotypes des souches cliniques mycobacterium tuberculosis à Antananarivo. Etude pilote



Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Noël H. RATOVONIRINA, unité des mycobactéries, [email protected] Fanjasoa RAKOTOMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected] RAKOTOSAMIMANANA, unité des mycobactéries, [email protected] Solohery Lalaina RAZAFIMAHATRATRA, unité mycobactéries,

[email protected]

Lieux des travaux :Antananarivo, Madagascar,

France

Co-investigateurs hors IPM- Christophe SOLA, Guislaine REFREGIER, Institut de Génétique et

Microbiologie UMR8621, Université Paris-Sud, Orsay, France

Date début : 1/07/2012 Date fin : 31/08/2014 Durée (mois) : 24Financements : Bourse du Gouvernement Français ; Financement Projet interne IPM Mots clés : M. tuberculosis, lames bacilloscopie, génotypage, SIG, clusters

Contexte & justificationLa tuberculose (TB) est un problème majeur de santé publique dans le monde, il est aggravé par

l’apparition de souches multirésistantes (MDR) et de souches extrarésistantes (XDR : MDR et résistantes à une quinolone et, à au moins, à un antituberculeux de 2nde ligne injectable), ainsi que la co-infection par le VIH/SIDA.

Une grande variété de souches M. tuberculosis à Madagascar, appartenant à différents groupes génétiques a été décrite. Le génotypage est en général réalisé à partir de l’ADN extrait de souches en culture. Or, la culture de M. tuberculosis, de même que le diagnostic des résistances, réalisés à partir des crachats, sont longs et fastidieux. De plus, pour la surveillance des résistances et pour les études d’épidémiologie moléculaire, ces crachats (matériels biologiques infectieux et difficiles à conserver) doivent être transportés des centres de santé vers l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) où sont effectués les tests, ce qui pose des problèmes de conservation et de sécurité. La possibilité de réaliser les tests moléculaires à partir de frottis sur lames utilisées pour le diagnostic microscopique (matériel non infectieux) de la TB peut être une alternative et offre la perspective de réaliser d’une part, la détection des résistances et d’autre part, le génotypage des souches pour les patients TB des centres éloignés d’Antananarivo, permettant ainsi des études épidémiologiques ou de résistance à grande échelle.

Par ailleurs, le Système d’Information Géographique (SIG) permet la localisation et la cartographie des foyers d’agrégation spatio-temporelle de maladies. Des études menées par l’unité d’épidémiologie ont montré la présence de clusters spatiaux de cas de TB à Antananarivo suggérant une transmission plus ou moins importante des bacilles. Un regroupement spatial a été observé dans 3 des 6 arrondissements de la ville (192 quartiers) en 2004 ; puis une diminution de la taille du regroupement et un déplacement du site de regroupement vers les quartiers du sud ont été observés en 2005.

ObjectifsL’objectif principal de ce projet est de déterminer s’il existe une association entre les clusters spatiaux

des cas de tuberculose et les clusters génotypiques des souches de M. tuberculosis à Antananarivo.Plus spécifiquement il s’agit : de démontrer la faisabilité des techniques de typage moléculaire (spoligotyping) à partir des lames

de diagnostic microscopique positives, récoltées dans les centres de diagnostic de la ville d’Antananarivo d’étudier la diversité génétique des souches circulant à Antananarivo et de rechercher les clusters

génotypiques de souches ; de rechercher s’il existe une superposition des clusters spatiaux des cas de tuberculose et des

clusters de souches cliniques de M. tuberculosis.

MéthodesLe projet a obtenu l’autorisation du comité d’éthique auprès du Ministère de la Santé le 4 Juillet 2013.Il s’agit d’une étude prospective recrutant environ 500 cas de TB pulmonaire à microscopie positive

(TPM+) dans les 20 centres de diagnostic de la tuberculose (CDT) de la ville d’Antananarivo pendant environ 8 mois. Après information des patients et obtention de leur consentement, une fiche d’information a été remplie. Les lames utilisées pour le diagnostic bacilloscopique et les crachats ont été envoyés à l’IPM pour les analyses.

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L’ADN, extrait à partir des lames, a été utilisé pour le génotypage par spoligotyping et pour le test Hain MTBDRplus®. L’analyse des profils génétiques (spoligotypes) a été faite avec le logiciel Excel. Un cluster génotypique est défini comme un groupe de souches présentant le même spoligotype.

Les souches M. tuberculosis ont été isolées et identifiées après mise en culture des crachats sur milieu de Löwenstein-Jensen (LJ), et les tests de sensibilité à l’Isoniazide et à la rifampicine réalisés par la méthode des proportions. Les souches isolées ont été typées par spoligotyping sur la plateforme Luminex®, et les spoligotypes obtenus comparés à ceux obtenus à partir des ADN extraits des lames.

Les patients ont été localisés par « Fokontany » selon les informations sur les fiches d’enquêtes et l’étude des clusters spatiaux de cas de tuberculose sera faite avec le logiciel SatScan® et QuantumGis®.

L’association entre les clusters de cas de tuberculose et les clusters de souches circulant à Antananarivo sera enfin étudiée pour la détermination des zones de transmission de la tuberculose (étude d’épidémio-surveillance).

Par ailleurs, la sensibilité et la spécificité des méthodes moléculaires à partir de lames seront évaluées par rapport aux méthodes de référence à partir de la culture.

Résultats (état d’avancement)- Du 1er août 2013 au 7 mai 2014, 517 patients TPM+ ont été inclus.- Sur 333 échantillons pour lesquels les spoligotypes ont été obtenus avec l’ADN extrait de lames et

l’ADN extrait de colonies sur milieu LJ, 160 (48%) ont des profils concordants.- Les familles de spoligotype majoritaire sont les familles T (44,4%) et « East African Indian » (13,1%).- L’étude d’association entre les clusters spatiaux de cas de tuberculose et cluster génotypique est en

cours.

ImpactPossibilité de réaliser des études épidémiologiques et de surveillance des cas de tuberculose à grande

échelle avec les lames faites pour le diagnostic microscopique.


Communications orales- Ratovonirina NH, Raherison MS, Razafimahatratra SL, Rakotosamimanana N, Rambeloarison SJ, Rakotoson A, Rakotomanana F, Rasolofo V. Distribution spatiale des génotypes des souches cliniques Mycobacterium tuberculosis à Antananarivo: étude pilote. Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo "Recherche, Santé et Développement". 30 septembre - 2 octobre 2014, Centre de Conférence International d'Ivato, Antananarivo, Madagascar.

Communications affichées- Ratovonirina NH, Raherison MS, Razafimahatratra SL, Rakotosamimanana N, Rambeloarison SJ, Rakotoson A, Rakotomanana F, Rasolofo V. Spatial distribution of Mycobacterium tuberculosis clinical strain genotypes in Antananarivo: a pilot study. Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network. 10-13 September 2014, Institut Pasteur, Paris, France

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Viro-ZORA Zoonoses, rongeurs et arboviroses à MadagascarCorrespondant :Marie-Marie OLIVE


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Jean-Michel HERAUD, unité de virologie, [email protected] Soa Fy ANDRIAMANDIMBY, unité de virologie, [email protected] Minoarisoa RAJERISON, unité peste, [email protected] Sandra TELFER, unité peste, [email protected] Soanandrasana RAHELINIRINA, unité peste, [email protected] Fanjasoa RAKOTOMANANA, unité d'épidémiologie, [email protected] Sedera ANDRIMASINORO, unité d’épidémiologie,[email protected]

Lieux des travaux :28 sites sentinelles de

surveillance des fièvres

Date début: 2011 Date fin : 2016 Durée (mois) : 24Financement : Wellcome Trust (Fellowship 2011-2016); University of Florida; CDC (CoAg Grippe)


Mots clés : Zoonoses, arboviroses, rongeurs, Madagascar

Contexte & justification De nombreuses maladies émergentes ou réémergentes ont une origine zoonotique et constituent une

préoccupation de santé publique (Influenza aviaires, Fièvre de la Vallée du Rift, Peste, Leptospirose, Encéphalite japonaise, hantavirus…). Les arbovirus ont une origine zoonotique et certains d’entre eux ont la capacité d’infecter l’homme. En dehors de la peste, dont des épidémies sont déclarées régulièrement, les autres pathogènes zoonotiques associés aux petits mammifères terrestres sont peu connus à Madagascar. Des données actualisées sur la circulation des arboviroses et des zoonoses dans les différentes régions de Madagascar font donc défaut. Dans cette optique, le projet ZORA impliquant les unités de virologie, de la peste et d’épidémiologie a été initié. Ce projet vise à déterminer l’importance de la circulation des arboviroses, de la peste, de la leptospirose dans la population de l’île, et des hantavirus chez les rongeurs vivant en milieu péri-domestiques. Des prélèvements et enquêtes chez l’homme ainsi que des captures et prélèvements de rongeurs ont été effectués autour de 28 des 31 sites de surveillance sentinelle des fièvres à Madagascar.

ObjectifsComprendre l’épidémiologie de certains agents pathogènes tels que des arbovirus, les virus de la

grippe, les hantavirus, Yersinia pestis et les leptospires dans la population de Madagascar

Méthodes Zones d’étudeLes recrutements ont été réalisés dans les districts de 28 sites sentinelles de surveillance des fièvres

(voir fiche Surveillance sentinelle des fièvres). Deux sites ont été sélectionnés aléatoirement dans chacune des zones : un site en milieu urbain et un site en milieu rural. Dans chacun des sites urbains et ruraux 30 personnes ont été recrutées (tirage au sort des ménages) pour participer volontairement à l’étude.

EthiqueCette étude a reçu une autorisation du comité d’éthique national (Autorisation n° 066 - MSANP/CE du

26 juillet 2011).Capture et prélèvements de rongeursCes données sont présentées dans la fiche programme ZORA-PRIZM.

Résultats & discussion Fièvre de la Vallée du Rift : voir Fiche FVR-ZORAHantavirus : voir Fiche Hanta-MADOIPeste et Leptospirose : voir Fiche ZORA-PRIZMPour les autres arboviroses (Dengue, Chikungunya et WestNile) et la Grippe, les analyses sont en

cours.

Impact Une cartographie de la répartition des différents pathogènes recherchés chez l'homme et les petits

mammifères terrestres, dans les différents écosystèmes de Madagascar pourra être réalisée. Ceci permettra, entre autre, de cibler les prochaines études de surveillances et de recherches sur ces pathogènes. Enfin, une étude sur les facteurs de risques associés à l’infection par ces pathogènes chez l'homme sera menée.

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Activités de diagnostic, de santé publique et de service

CBC Centre de biologie clinique (hors anatomopathologie) ............................ 119LACP Laboratoire d’anatomie et de cytologie pathologiques (suite CBC) ......... 121LHAE Laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement...................... 125CIV Centre international de vaccination......................................................... 127CTAR Centre de traitement anti-rabique ........................................................... 129DISP Dispensaire ............................................................................................ 131LC Bilharziose Laboratoire central de la bilharziose ....................................................... 132CNRM Centre national de référence des mycobactéries.................................... 134CCOMS Peste Centre collaborateur OMS pour la lutte et les recherches sur la peste.... 136LC Peste Laboratoire central de la peste : surveillance de la peste humaine ......... 138SurvArbo Surveillance des arboviroses à Madagascar........................................... 140SurvGIR Surveillance de la grippe et des infections respiratoires à

Madagascar............................................................................................ 142SurvPolio PFA Surveillance des paralysies flasques aigües et de la poliomyélite à

Madagascar............................................................................................ 144SurvRage Surveillance de la rage à Madagascar.................................................... 146SurvRo Surveillance de la rougeole à Madagascar ............................................. 148SQ-AQ Service qualité : assurance qualité ......................................................... 150SQ-MET Service qualité : métrologie..................................................................... 152SQ-HSE Service qualité : biosécurité .................................................................... 154

119

CBC Centre de biologie clinique (hors anatomopathologie)

Correspondant :Frédérique RANDRIANIRINA


Téléphone :+262 20 22 412 72


Chef de Service : - Dr Frédérique RANDRIANIRINA, Médecin Biologiste, [email protected]

Adjoints : - Dr Elisoa RATSIMA, Médecin Biologiste, [email protected] Dr Lovasoa RAMPARANY, Médecin Biologiste, [email protected]

Mots clés : Laboratoire d’Analyses de Biologie Médicale (LABM)

Contexte & justificationLe Centre de Biologie Clinique (CBC) est un Laboratoire d’Analyses Biomédicales polyvalent qui met

ses compétences et ses capacités techniques au service du public en lui offrant le plus large éventail possible d’analyses médicales réalisées dans les meilleures conditions de fiabilité, de rapidité et de coût.

En 2014 le laboratoire a traité en moyenne 380 patients et/ou prélèvements par jour soit 102 629 dossiers et 21 578 196 B. Il est ouvert au public sans interruption de 7h00 à 17h00, du lundi au vendredi, etde 9h00 à 13h00 les samedis. Le centre de prélèvement est ouvert de 7h30 à 16h00 du lundi au vendredi et de 7h30 à 15h30 les samedis.

Il travaille en collaboration avec le laboratoire CERBA pour les analyses spécialisées. Avec le Laboratoire d’Hygiène des Aliments et de l’Environnement, Il est Centre national de référence

des salmonelles, shigelles et du choléra.Le plateau technique comprend 5 secteurs :

- Hématologie- Bactériologie- Immuno-sérologie- Biochimie- Anatomo-cytopathologie (cf. fiche LACP)

Les panels d’analyses sont présentés dans le catalogue du laboratoire qui est en ligne (http://www.pasteur.mg). Un manuel de prélèvement avec toutes les recommandations relatives à l’étape pré-analytique des analyses est aussi disponible en ligne et au laboratoire.

L’activité du CBC est sous démarche qualité en vue de l’accréditation à la norme NF EN ISO 15189.

Faits marquants de l’année : ouverture d’un nouveau centre de prélèvement en ville et ouverture les samedis matin sur les deux sites.

0200000400000600000800000

10000001200000140000016000001800000

janv

.-14

févr

.-14

mar

s-14

avr.-

14

mai

-14

juin

-14

juil.

-14

août

-14

sept

.-14

oct.-

14

nov.

-14

déc.

-14

nombre de B

nombre de B

(http://www.pasteur.mg). Un manuel de pr�l�vement avec toutes les recommandations relatives � l��tape

120

Tableau d’activité synthétique annuelle

Secteur Demandes Nombres de BBiochimie 61 191 6 144 044Immuno-sérologie 36 356 7 381 105Hématologie 43 651 2 684 616Microbiologie 21 123 3 726 236

Tableaux de résultats annuels

Le laboratoire participe aux activités de recherche de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) ainsi que du Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP). Le laboratoire travaille surtout en collaboration avec les autres unités de recherche de l’IPM. En 2014, les activités de recherche du laboratoire portaient sur :

- Etude du rôle de Mycoplasma pneumoniae dans l’asthme aigüe et la pneumonie aigüe de l’enfant à Madagascar.

- Le projet ChARLI ou Children’s Antibiotic Resistant infections in Low Income countries: fiche ChARLI

- Projet IMMI ou « Facteurs associés à la gravité des infections par le virus de la grippe, souche A/H1N1pdm 2009 incluse, dans les pays en voie de développement » fiche IMMI

- Prévalence du diabète et de ses facteurs associés, et état des lieux de la prise en charge des patients diabétiques, au sein de l’observatoire de population à Moramanga, Madagascar.

- Enquête nationale sur l’Iode et le Sel à Madagascar (ENISM2014)

Mise en perspectiveLe CBC, dont les activités sont surtout diagnostiques, répond aux différentes missions pasteuriennes.

Le laboratoire sert d’observatoire biologique et en particulier microbiologique. Il est un support précieux à plusieurs programmes de recherche et à la formation d’internes en biologie médicale (stage d’internat validant obligatoire de 6 mois), de techniciens de laboratoire venant d’instituts de formation publics ou privés.

Publications-Rindra Vatosoa Randremanana*, Frédérique Randrianirina, Philippe Sabatier, Hanitra Clara Rakotonirina,Arthur Randriamanantena, Iony Manitra Razanajatovo, Rila Ratovoson, and Vincent Richard. Campylobacter infection in a cohort of ruralchildren in Moramanga, Madagascar. BMC Infect Dis. 2014;14:372.- Frédérique Randrianirina, Elisoa Ratsima Hariniana, Lova Ramparany, Rindra Randremanana, Hanitra Clara Rakotonirina, Tahiry Andriamanantena, Fanjasoa Rakotomanana, Soatiana Rajatonirina,Vincent Richard and Antoine Talarmin. Antimicrobial resistance of bacterial enteropathogens isolated from stools in Madagascar. BMC Infect Dis. 2014;14:104.

Communications orales: néant

0100020003000400050006000700080009000

Nombre de dossiers

Dem.

121

LACP Laboratoire d’anatomie et de cytologie pathologiques (suite CBC)

Correspondant :Clairette RAHARISOLO VOLOLONANTENAINA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Responsable de l’activité :Clairette RAHARISOLO VOLOLONANTENAINA, responsable technique du LACP du CBC,

[email protected] Collaborateur :

Narindra RAKOTONANAHARY, responsable de la cytologie, [email protected]

Mots clés : Laboratoire d’anatomie et de cytologie pathologiques, examens anatomopathologiques,frottis cervicaux utérins, cancers du sein, immunohistochimie

Contexte et JustificationLe laboratoire d’anatomie et de cytologie pathologiques (LACP) est un secteur du Centre de Biologie

Clinique (CBC) de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM). Comme tous les autres secteurs du service, ses activités sont à 99% des activités de diagnostic. Il travaille en collaboration avec les autres laboratoires d’anatomie et de cytologie pathologiques d’Antananarivo et des laboratoires de l’Ile de France.

Faits marquants de l’année 2014Ce qui marque l’année 2014 est l’augmentation des activités et la finalisation du projet interne sur la

détection et le génotypage des papillomavirus humains lies aux cancers du col de l’utérus en collaboration avec l’unité de virologie de l’IPM.

Activités de diagnosticGlobalement en 2014, Il y a eu 6383 demandes d’examen (5410 en 2013 ; Figure 1) provenant de 6018

patients. Le nombre de B est égal à 677 410 (500 740 en 2013 ; Tableau I et II). L’augmentation est de 18% en nombre de demandes et de 35% en nombre de B par rapport à l’année 2013.

Figure1 : Evolution des activités depuis 2006 à 2014

122

Tableau I : Examens effectués en 2013 et 2014

2013 2014n B n B

Frottis cervicaux utérins 3567 214 020 3944 236 640Examens anatomopathologiques 1472 210 430 1839 248 700Cytoponctions/cytologies diverses 336 33 520 474 48 630Immunohistochimie 37 42 770 126 143 320Total 5 412 500 740 6 383 677 290

1) Examens anatomopathologiquesDu 1er janvier au 31 décembre 2014, 1782 demandes d’examens enregistrés comportant 1839 types de

prélèvements (tableau II) ont été enregistrés.

Tableau II : Distribution des types de prélèvements anatomiques

Type de prélèvements anatomiques n %Biopsies uniques, multiples, étagées ou biopsie exérèse 909 49,4Pièces opératoires simples, pièces d’exérèse, cônisation,.… 688 37,4Pièces opératoires complexes 242 13,2Total 1839

Parmi les 1839 types de prélèvements, 38 étaient des blocs communiqués par d’autres laboratoires d’anatomopathologie d’Antananarivo pour examen immunohistochimique. Ils représentaient 30,1% des études immunohistochimiques réalisés dans le laboratoire.

Résultats anatomopathologiquesSur les 1782 dossiers enregistrés, une pathologie tumorale a été observée dans 766 dossiers soit 43%

de tous les diagnostics, tout âge et sexe confondus. Il a été observé 457 cas de cancer qui représentaient 59,7% des pathologies tumorales et 25,6% de l’ensemble des diagnostics (tableau III). Ces cancers sont distribués en tumeurs primitives (421 cas) et en tumeurs secondaires (36 cas). Au total, 71% des cancers primitifs (300 cas) ont été diagnostiqués chez la femme à un âge moyen de 51 ans et 29% chez l’homme (121 cas) à un âge moyen de 55 ans.

Le sein (130 cas) était la première localisation des cancers observés, avec ensuite le col utérin (52 cas) suivi des ganglions (lymphomes non hodgkinien/Maladie de Hodgkin) et le segment colorectal (respectivement 41 cas et 40 cas) (tableau IV).

Tableau III : Diagnostics anatomopathologiques du 01/01/2014 au 31/12/2014

Diagnostics n %Pathologie inflammatoire 517 29%

Tumeurs malignes 457 26%

Tumeurs bénignes 309 17%

Lésions dystrophiques 266 15%

Tissus normaux 156 9%

Pathologie de la grossesse 10 1%

Lésions précancéreuses du col 17 1%

Dysgénésie et anomalie chromosomique 7 0%

Prélèvement non concluant 43 2%

Total 1782

123

Tableau IV : Localisations des cancers diagnostiqués du 01/01/2014 au 31/12/2014

Localisation n %Sein 130 28,4Col utérin 52 11,4Tumeur ganglionnaire primitive 41 9,0Segment colorectal 40 8,7Peau 20 4,4Médiastin 15 3,3Poumon, plèvre 12 2,6Estomac 12 2,6Poumon, plèvre, bronche 12 2,6Prostate 11 2,4Thyroïde 11 2,4Vessie, rein 9 2,0Autres localisations 58 12,7Tumeurs secondaires 34 7,4Total 457

Etude immunohistochimiqueDepuis l’instauration de cette technique, les demandes provenant des médecins et d’autres laboratoires

d’anatomopathologie ne cessent d’augmenter. En comparant avec l’année 2013, le nombre de demandesd’immunohistochimie a triplé (126 vs 37). La moitié concerne des cancers du sein (63 cas) pour étude des récepteurs hormonaux et du statut Her2-Neu. Onze cas de cancer du sein invasif « triple zéro » ont été observés.

2) Frottis cervicaux utérins (FCU) Le nombre de FCU a augmenté de 11% par rapport à l’année précédente (3944 vs 3567 en 2013).

Ils représentent 35% des activités (tableau I). Cette activité est assurée par le Docteur Narindra Rakotonanahary. La classification de Bethesda 2001 est utilisée pour les comptes rendus (tableau V).

Tableau V : Résultats des FCU

CATEGORIE DIAGNOSTIC n %

NILM Negative for Frottis normaux 2038 51,7intraepithelial lesion Frottis inflammatoires 1523 38,6or malignancy Dystrophie cellulaire 220 5,6Atypie malpighienne ASC-US atypical squamous cells of undetermined significance 18 0,5

ASC-H atypical squamous cells cannot exclude HSIL 11 0,3LSIL low-grade squamous intraepithelial lesion 21 0,5HSIL high-grade squamous intraepithelial lesion 20 0,5CENK carcinome épidermoïde non kératinisant 10 0,3CEK carcinome épidermoïde kératinisant 8 0,2

Atypie glandulaires Sans Autres Indications 21 0,5En faveur d'une néoplasie 15 0,4Adénocarcinome 0 -

Présence de cellules endométriales 38 1,0Inclassable 1 -TOTAL 3944

124

Cytologies diverses :Par rapport à l’année 2013, le nombre de demandes de cytologies diverses a augmenté de 46,7% (474 vs 323 en 2013 ; Tableau VI).

Tableau VI : cytologies diverses

REPARTITION NOMBRE %

LBA et liquide d'aspiration bronchique 118 24,9Liquide pleural 108 22,8LCR 72 15,2Liquide d'ascite 54 11,4Cytoponction mammaire et autres 52 11,0Crachat 34 7,2Autres liquides 36 7,6TOTAL 474

Perspectives sur l’impact de l’activitéEn 2014, les activités du LACP ont été en nette augmentation par rapport à l’année précédente. La

pratique de l’immunohistochimie a beaucoup contribué à cet essor. Tous les types d’examens sont cependant concernés, qu’ils soient anatomopathologiques ou cytologiques. Nous estimons une augmentation de 20% de nos activités en 2015.

Tests d’assurance qualité :En 2014, six des dix tests d’assurance qualité organisés par l’AFAQAP (Association française

d’assurance qualité en anatomie et cytologie pathologiques) auxquels le laboratoire était inscrit ont été mis en ligne et réalisés.

Publications: - Bodo Linz, Clairette Romaine Raharisolo Vololonantenaina, Abdoulaye Seck, Jean-François Carod,

Daouda Dia, Nenoît Garin, Rado Manitrala Ramanampamonjy, Jean-Michel Thiberge, Josette Raymond, Sébastien Breurec. Population Genetic Structure and Isolation by Distance of Helicobacter pylori in Senegal and Madagascar. PLoS One. 2014;9(1):e87355

- Nomeharisoa Rodrigue Emile Hasiniatsy, Clairette Raharisolo Vololonantenaina, Hary Fanambinantsoa Rabarikoto, Narindra Razafimanjato, Hasina Dina Ranoharison, Joelson Lovaniaina Rakotoson, Luc Hervé Samison, Florine Rafaramino. First results of hormone receptors’ status in Malagasy women with invasive breast cancer. Pan Afr Med J. 2014;17:153.

Communications orales ou affichées : néant.

125

LHAE Laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement

Correspondant :Alexandra BASTARAUD


Téléphone :+261 20 22 412 72


Responsables de l’activité :- Alexandra BASTARAUD-CELESTIN, chef de service, [email protected] Noro RAVAONINDRINA, adjoint au chef de service, [email protected]

Mots clés : Sécurité alimentaire, environnement, contrôle sanitaire des eaux, pathogènes entériques

Contexte & justification Le laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement (LHAE) est un service de diagnostics en

microbiologie et en chimie des eaux et des aliments. Reconnu laboratoire de référence par le Ministère de la Pêche et le Ministère de l’Elevage, il analyse les critères d’hygiène et de sécurité sur les produits halieutiques et sur l’eau des établissements agréés (convention ASH, Autorité Sanitaire Halieutique). Il est le seul laboratoire pour le contrôle sanitaire des eaux. Plateforme technique vouée au diagnostic des bactéries pathogènes majeures transmises par l’eau ou les aliments, il développe désormais des formations techniques en microbiologie et en qualité à l’endroit des laboratoires d’autocontrôle malagasy.

Faits marquants de l’année 2014Le volume d’activités du laboratoire a été en augmentation de 11% par rapport à 2013. La progression

observée est essentiellement due au développement des analyses d’eau. Le LHAE a aussi intensifié son effort d’investissement en équipant son unité de chimie pour l’évaluation de la pollution organique des eaux (Azote de Kjeldahl, Demande chimique et biochimique en oxygène…).

Le 1er semestre 2014 a été consacré à la mise en place et à la validation de ces méthodes physico-chimiques, grâce au concours du Réseau International des Instituts Pasteur et de la Fondation Pierre Ledoux. Elles permettent désormais de caractériser le niveau de pollution des eaux superficielles.

En mai 2014, la participation au IXème salon de la Foire Internationale de Madagascar a permis au laboratoire de mieux se faire connaitre du grand public, mais aussi d’échanger avec de potentiels partenaires commerciaux.

En juin 2014, le LHAE a demandé et a obtenu 2 extensions de son accréditation COFRAC en LABGTA 23 (portée disponible sur www.cofrac.fr). Ceci lui permet, notamment avec la technologie IDEXX, d’apporter en 24 heures une réponse sur la conformité bactériologique des eaux de consommation.

En juillet 2014, le Laboratoire d’Epidémio-Surveillance de la santé des crevettes (LES) a intégré le LHAE et devient une plate-forme dédiée à l’épidémio-surveillance vétérinaire.

D’août à décembre 2014, le laboratoire a évalué la qualité des eaux de puits réhabilités ou construits avec JSI/Mahefa (programme de santé financé par l’Agence des Etats-Unis pour le développement international, USAID) en renforçant ses capacités de mesures sur site et en délocalisant la technologie IDEXX dans les zones les plus enclavées de Madagascar. (315 puits)

En décembre 2014, a été pris en charge le dosage de l’iode urinaire, soit 1 700 échantillons, suite à l’enquête financée par le programme de lutte contre les troubles dus à la carence de l’iode, UNICEF.

Tableaux d’activité synthétique annuelle

Le LHAE a analysé 10617 échantillons et mesuré 38156 paramètres en 2014. Le niveau d’activité reste soutenu et en terme de nombre d’échantillons pris en charge, 2014 est la meilleure année depuis 6 ans. La part des analyses réalisées sous convention ASH (produits de la mer) représente désormais 35% de l’activité. (-2%)

www.cofrac.fr

126


CNR Salmonella, Vibrio, ShigellaDans le cadre de ses missions de CNR, le laboratoire a sérotypé 102 souches du genre Salmonella

dont 10 provenaient d’isolats cliniques.

Les 10 principaux sérovars de Salmonella au CNR Salmonella, Vibrio, Shigella depuis 2007

2007(N=21)

2008(N=108)

2009(N=46)

2010(N=11)

2011(N=31)

2012(N=30)

2013(N=48)

2014(N=102)

1 Enteritidis (13) Enteritidis (51) Enteritidis (10)

Enteritidis (4) Enteritidis (11) Typhimurium (14)

Enteritidis (11) Enteritidis (8)

2 Muenster (2) Typhimurium (13)

Hvittingfos (4)

Typhi (4) Typhimurium (10)

Enteritidis (7) Essen (5) Muenchen (7)

3 Braendrup (1) Saintpaul (10) Give (4) Typhimurium (1) Senftenberg (4) Hayindogo (2) Typhimurium (4)

Essen (7)

4 Othmarshen (1)

Newport (7) Anatum (3) Newport (1) Typhi (3) Park roal (2) Saintpaul (2) Budapest (7)

5 Typhi (1) Bardo (5) Bukavu (2) OMS,HMC,y ;1,5 (1)

Stratford (1) Fareham (1) Dublin (2) Paratyphi A (5)

6 Virginia (1) Tananarive (5) Hadar (2) Hilingdon (1) Oyonnax (1) Anatum (2) Virginia (5)7 Anatum (1) Muenster (2 Typhi (2) Saintpaul (1) Holcomb (1) Hayindogo (2) Anatum (5)8 Holcomb (1) Arizonae (2) Sandiego (2) Muenster (2) Saintpaul (3)9 Salamae (2) Glostrup (2) Newport (2) Bardo (3)10 Aqua (2) Hayindogo

(2)Budapest (2) Typhi (2)

Le nombre d’isolats a doublé, le laboratoire ayant réalisé la surveillance ponctuelle des viandes de boucherie, tout circuit de distribution confondue. Le sérotype Enteritidis reste prédominant, isolats cliniques compris.

Les isolats alimentaires sont en majorité des Salmonella non typhiques. Toutefois des S. enterica. Paratyphi A (5) et Paratyphi B (1) ont été respectivement isolés de la viande de boucherie et de cressons. Un isolat alimentaire de S. enterica Bahrenfeld a démontré un phénotype de résistance aux quinolones (acide nalidixique, ciprofloxacine et norfloxacine).

Hormis les salmonelles, le LHAE a isolé 48 E. coli O157 :H7 (Vidas technologie et confirmation par biologie moléculaire) essentiellement sur des produits carnés. Des phénotypes de résistance aux antibiotiques sont observés, notamment à la colistine.

Mise en perspectiveEtant le seul laboratoire accrédité COFRAC sur le territoire, le LHAE reste indispensable au

management de la sécurité sanitaire des produits d’exportation. Pour promouvoir la sécurité sanitaire des aliments à Madagascar, il collabore au programme européen EDES–COLEACP (programme d’aide aux pays ACP), et met en place des méthodes de détection de pathogènes émergents. Ce renforcement de capacité permet de faire un état des lieux rapide et fiable sur les pathogènes circulant dans certaines filières comme la filière bovine. Le laboratoire continue à recevoir les professionnels de l’agro-alimentaire et œuvre au renforcement des capacités analytiques du pays.

127

CIV Centre international de vaccination

Correspondant :Ravoniaina RAMIANDRASOA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Responsables de l’activité :- Ravoniaina RAMIANDRASOA, service médical, [email protected] Caroline ANDRIANJAFY, [email protected] clés : Vaccins, vaccinations internationales

Contexte & justification Le Centre International de Vaccination (CIV) est un centre de consultation en matière de vaccination. Il

assure les vaccinations recommandées à Madagascar ou exigées pour les voyages internationaux. Il assure aussi la réalisation d’intradermoréaction (IDR) à la tuberculine. Il est enfin fournisseur de produits utilisés en allergologie à Madagascar.

Faits marquants de l’année 2014L’activité a augmenté de 34% malgré des ruptures de plusieurs vaccins chez les fournisseurs. La

réalisation d’IDR à la tuberculine n’a été possible que 10 mois au cours de l’année 2014 à cause de l’indisponibilité du produit.

Tableaux d’activité synthétique annuelle 2014

Tableau I : Nombre de vaccins administrés au CIV (hors vaccin amaril)

Nature du vaccin Nom générique du vaccin Nombre vaccinations %

Avaxim Anti hépatite A 531 3,18Avaxim pédiatrique Anti hépatite A 590 3,53Meningo A+C Anti méningococcique A et C 1821 10,91Pneumo 23 Anti pneumococcique 792 4 ,75ROR Anti rougeoleux

OurlienRubéoleuse

1839 11,02

Verorab Anti rabique (préventif) 199 1,19Infanrix Hexa Anti diphtérique

TétaniqueCoquelucheusePoliomyélitiqueHaemophilus Influenzae BHépatite B

283 1,70

Tetavax Anti tétanique 163 0,98Typhim Vi Anti typhique 1718 10,29

DultavaxAnti diphtériqueTétaniquePoliomyélitique

1035 6,20

Vaxigrip Anti grippal 3210 19,23Pentaxim Anti diphtérique

TétaniqueCoquelucheusePoliomyélitiqueHaemophilus Influenzae B

1056 6,33

Euvax B pédiatrique Anti hépatite B 1430 8,57Euvax B adulte Anti hépatite B 2012 12,05Varilrix Anti varicelle 12 0,07Total 16691 100

128

Tableaux de résultats annuels 2014

Tableau II : Vaccinations internationales

Nature du vaccin Nom générique du vaccin 2014

Stamaril Anti fièvre jaune 2099

Tableau III : Test IDR à la tuberculine

Nature du produit Nom générique du produit 2014

Tubersol Tuberculine 474

Mise en perspectiveLe CIV envisage de développer une activité de vaccino-vigilance.

129

CTAR Centre de traitement anti-rabique

Correspondant :Ravoniaina RAMIANDRASOA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Responsables de l’activité :- William RAKOTOMALALA, service médical, [email protected] Fara Marie Annie RANDRIANARIVONY, service médical, [email protected]

Mots clés : Rage, vaccination anti rabique

Contexte & justification Suivant la convention de 1961, entre l’état malagasy et l’Institut Pasteur à Paris, le centre de traitement

antirabique de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) traite les personnes exposées à la rage et approvisionne en vaccin anti-rabique, à ses frais, tous les centres de traitement antirabique de Madagascar.

Faits marquants de l’année - Ouverture effective des 4 nouveaux centres de traitement anti-rabique à Marolambo, Soanierana

Ivongo, Bekily et Manja. Ces sites ont été choisis après modélisation des délais de déplacement de toutes les communes du pays vers les CTAR existants et potentiels, et des densités de population par commune afin de maximiser l’impact de ces ouvertures de CTAR sur l’accessibilité physique de la vaccination. ;

- Célébration de la journée mondiale de la rage à Soavina Ambanitsena le 28 septembre ;- Accord du comité d’éthique pour le protocole d’étude épidémiologique et socio-anthropologique des

facteurs de risque de survenue de la rage humaine à Madagascar ;- Saisie des fiches de traitement des patients des CTAR du pays pour les années 2011-2012 et 2013.


Tableau I : Répartition des patients selon le type de traitement et l'application de sérothérapieau début de la prise en charge (IPM)

Vaccin sur Culture cellulaire

Patients non traités

Total patients reçus

ProtocoleThaïlandais

ProtocoleOMS

Avec sérothérapieSans sérothérapie

2 0983 918

921

0106

1 8113 692

Total 6 016 30 106 6 152

Tableau II : Répartition des caractéristiques des principales espèces animales selon les caractéristiques décrites lors de la consultation initiale

Caractéristique de l’animal Nombre Pourcentage

Errant ou disparu 1 896 30,8

Domestique (propriétaire connu) 3 497 56,8

Domestique abattu ou mort de "maladie" 759 12,4

Total 6 152 100


Tableau III : Nombre de vaccins fournis aux centres de traitement anti-rabique de Madagascar

Centres de traitement antirabique 2014IPM 18 728Autres CTAR 24 350

Total 43 078

130

Mise en perspectiveMise en place d’une nouvelle base de données pour les patients du CTAR.

Communications affichées : - Ravoniaina RAMIANDRASOA : « Fantaro ny haromotana »,Imerintsiatosika, Antananarivo

Centres de Traitement Anti-rabique (CTAR)En vert les nouveaux centres

131

DISP DispensaireCorrespondant :Ravoniaina RAMIANDRASOA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Responsables de l’activité : - William RAKOTOMALALA, service médical, [email protected] Fara Marie Annie RANDRIANARIVONY, service médical, [email protected]

Mots clés : Dispensaire, médecine du personnel, médecine de travail

Contexte & justification Le dispensaire de l’Institut Pasteur de Madagascar est ouvert gratuitement à son personnel et ses

ayants droits. Il propose un système de soins à tiers payant pour les prescriptions. Il sert aussi de support à la médecine du travail.

Faits marquants de l’annéePour améliorer le diagnostic des affections respiratoires, et pour évaluer l’impact de la grippe sur la santé du personnel de l’IPM ainsi que la pertinence éventuelle de sa vaccination, un prélèvement systématique detout le personnel présentant un syndrome grippal pour isolement du virus grippal a été effectué pendantl’année 2014 : 104 prélèvements ont été réalisés.

Tableaux d’activité synthétique annuelle Tableau I : Nombre de différentes consultations et visites

Type de consultation Nombre de patientsConsultations générales 5015Visite systématique 208Visite d’embauche 64Visite de reprise 9Consultations pour accident à l’exposition au sang 0Consultations pour accident de travail 5

Tableau II : Suites des différentes consultationsSuites des différentes consultations Nombre de casArrêt de travail 439Repos médicalAssistance maternelle

40056

Bilans biologiquesExamens spécialisés

756191

Consultations spécialisées 564Soins spécialisésProphylaxie

234249

Hospitalisations 45

Tableaux de résultats annuels Tableau III : Nombre et pourcentage des consultants suivant les motifs de consultations

Motifs de consultations

Nb patients % Motifs de

consultationsNb

patients %Respiratoires 903 18,00 Parasitoses 157 3,13Cardiologie 640 12,76 Neurologie 73 1,46ORL 490 9,77 Maladies infectieuses 63 1,26Gastro-entérologie 344 6,86 Néphrologie 31 0,62Gynéco-obstétrique 318 6,34 Suivi d’une pathologie 38 0,76Chirurgie 40 0,80 Fièvre 79 1,58Stomatologie 263 5,24 Endocrinologie 38 0,76Ophtalmologie 203 4,05 Urologie 28 0,56MST 32 0,64 Cancérologie 49 0,98Maladies métaboliques 272 5,42 Planning familial 11 0,22Dermatologie 231 4,60 Hématologie 10 0,20Rhumatologie 216 4,31 Appareil locomoteur 1 0,02Traumatologie 117 2,33 Autres 255 5,08Allergologie 113 2,25 Total 5015 100

Mise en perspectiveLes locaux du dispensaire seront remis à neufs et agrandis afin d’améliorer l’accueil du personnel et de

leurs ayant-droits.

132

LC Bilharziose Laboratoire central de la bilharzioseCorrespondant :Vololomboahangy RAVAOALIMALALA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Lieux de travauxResponsables de l’activité :

- Vololomboahangy RAVAOALIMALALA, chef d’unité helminthiases, [email protected]

- Fabienne RASOAMANAMIHAJA, laboratoire central bilharziose, [email protected]

- Pascaline RAVONIARIMBININA, laboratoire central bilharziose, [email protected]

Mots clés : Bilharziose, géo helminthiases

Contexte & justification Le laboratoire central bilharziose, laboratoire du Ministère de la Santé Publique rattaché au Service de

Lutte contre les Maladies Epidémiques et Négligées (SLMEN) de la Direction des Urgences et de Lutte contre les Maladies Transmissibles (DULMT), sous la responsabilité technique de l’Institut Pasteur de Madagascar, assure la surveillance épidémiologique de cette maladie.

Depuis 2008, le laboratoire assure le suivi et l’évaluation de la distribution de masse de médicaments (DMM) contre la schistosomiase et les géo helminthiases (i.e. helminthes transmissibles par le sol), dans le cadre de la lutte contre les Maladies Tropicales Négligées (MTN).

Fait marquant de l’annéeUn projet de mise à jour de la prévalence de la filariose lymphatique, des schistosomiases et des géo

helminthiases des 5 régions du Sud de Madagascar, « PAUSENS » dans le cadre de Traitement de Masse en Médicament contre les Maladies Tropicales Négligées, financé par la Banque Mondiale a été mené cette année.

Tableaux d’activité synthétique annuelle 1- Enquêtes épidémiologiques.

- Une évaluation rapide de la situation de la schistosomiase (intestinale et uro-génitale) et des géohelminthiases a été menée à Antsiranana I et II, région DIANA au mois de Février 2014,

- Une évaluation rapide de la situation de la schistosomiase ((intestinale et uro-génitale) et des géo helminthiases a été mené dans le district de Mahabo en collaboration avec le SCI (Schistosomiase control initiative).2- Enquêtes malacologiques à la recherche des bullins (hôte intermédiaire de la Bilharziose urinaire)

dans le lac et les marécages à proximité des villagesUne mission conjointe avec celle du service d’entomologie dans le district de Miandrivazo a été réalisée

au mois de mai 2014. Ceci a permis de relancer au laboratoire l’élevage de Bulinus obtusispira, hôte intermédiaire de Schistosoma haematobium.

3- Autres activités - Formation des stagiaires en Médecine (4è année).- Installation de 7 équipes de terrain sur 8 du projet PAUSENS au mois d’octobre 2014.- Accueil et formation de Docteur Nicolas LEBON, en stage d’observation (stage CAPA) au mois

d’octobre 2014.- Supervision de la campagne de Traitement de Masse en Médicament (TMM), dans le district de

Marovoay, Antsohihy et de Maevatanana (en matière de lutte contre les MTN en collaboration avec le SCI) au mois de novembre 2014.

- Activités de formation des formateurs à Ambovombe (région d’Androy) au mois de décembre 2014, pour la préparation de la 2è campagne de TMM/PAUSENS, projet concernant les 5 régions du Sud deMadagascar tel que Haute Matsiatra, Amoron’i Mania, Vatovavy Fitovinany, Atsimo Atsinanana, et Androy en matière de lutte contre les maladies négligées.

Tableaux de résultats annuelsUn total de 965 personnes (élèves et instituteurs) ont accepté de participer aux enquêtes

épidémiologiques effectuées en milieu scolaire. Les résultats présentés ci-dessous sont uniquement ceux des élèves âgés de 6 à 16 ans.

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SchistosomiaseDistrict ou commune

Nb écoles ou Fokontany visités

(nb personnes)

Prévalence Schistosomiase intestinale à S. mansoni

(minima – maxima)

Prévalence Schistosomiase uro-génitale à S. Haematobium

(minima – maxima)

Antsiranana I 3 (183) 0,5% (0 – 1,6%) 40.4% (11,5 – 95,7%)Antsiranana II 13 (782) 0.1% 23.7% (1,7-83,9%) >50% dans 1 école

Et ≥10% et<50% dans 6 écoles

L’intensité moyenne des infections (moyenne arithmétique) à S. mansoni chez les positifs était très forte (1200 opg) pour le district d’Antsiranana I, tandis que celle-ci était assez basse, de l’ordre de 24 œufs par gramme de selles (opg) pour Antsiranana II.

L’intensité moyenne des infections à S. haematobium pour Antsiranana I était de 430 œufs pour 10 mLd’urines, et de 91 pour 10mL pour celle d’Antsiranana II (tous > 50 œufs pour 10 mL d’urine).

GéohelminthiasesDistrict ou commune

Effectifs enquêtés

Prévalence Ascaridiase (minima – maxima)

Prévalence Trichocephalose

(minima – maxima)Prévalence Ankylostomiase

(minima – maxima)

Antsiranana I 183 2.2% (0 – 6,7%)<20% dans toutes les écoles

13.1% (1,8 – 23,3%)>20% dans 1 école

2,7% (0-8,3%)<20% dans toutes les écoles

Antsiranana II 759 5.4%(0 – 25,4%)>20% dans 1 école

6% (0 – 18,6%)Pas d’école>20%

9,6% (0 – 28,3%)>20% dans 2 écoles

Les intensités des infections moyennes à Ascaris lumbricoïdes étaient de 3822 opg pour Antsiranana I, et de 4744 opg pour Antsiranana II.

Les intensités des infections moyennes au Trichuris trichura étaient de 685 opg pour Antsiranana I, et de 600 opg pour Antsiranana II.

Les intensités des infections moyennes à l’Ankylostoma étaient de 120 opg pour Antsiranana I et de 179 opg pour Antsiranana II.

Les autres helminthes retrouvés étaient les Oxyures chez 6 personnes et l’Hymenolepis chez 4 personnes.

Mise en perspective

Les résultats obtenus permettent au programme de lutte contre les MTN de planifier, de prioriser, ainsi que de rationnaliser la TMM qui en est la politique nationale contre ces MTN.

Ils leur permettent aussi d’étayer leurs activités de plaidoyer.

Les communautés exposées à un risque élevé de schistosomiase et celles exposées à un risque faible ou élevé aux géo helminthiases sont ciblées pour la distribution de masse de médicaments contre ces helminthiases organisée par le Ministère de la Santé Publique. Celles exposées à un risque faible deschistosomiase et les cas positifs en téniasis vont bénéficier des traitements ciblé.

Les résultats permettent aussi de faire le « suivi et évaluation » de l’activité de TMM.

134

CNRM Centre national de référence des mycobactériesCorrespondant :Voahangy RASOLOFO


Téléphone :+261 20 22 412 72


Responsables de l’activité :- Andrianantenaina RAKOTOSON, unité des mycobactéries - Voahangy RASOLOFO, unité des mycobactéries, [email protected] clés : Tuberculose, diagnostic, microscopie, culture, résistance, tests moléculaires

Contexte & justification Le centre national de référence des mycobactéries (CNRM) comprend le Service de laboratoire des

mycobactéries du ministère de la santé (SLM) à l’institut d’hygiène sociale (IHS) et le laboratoire des mycobactéries de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM).

Le Laboratoire des mycobactéries de l’IPM effectue le diagnostic de la tuberculose (TB) pour le centre de biologie clinique (CBC) de l'IPM, le programme national de lutte contre la tuberculose (PNLT, Ministère de la Santé), les activités de surveillance de la résistance pour le PNLT et les activités de recherche. Tous les échantillons sont analysés par microscopie à fluorescence après coloration à l’auramine. La culture est demandée pour les cas de tuberculose de diagnostic difficile (tuberculose pulmonaire à microscopie négative, tuberculose de l’enfant, tuberculose extrapulmonaire), des enquêtes et des projets de recherche. Le test GeneXpert MTB/RIF (Cepheid) est réalisé pour la détection de la résistance à la rifampicine (RIF) chez les cas déjà traités (échec, rechute ou reprise de traitement), pour lesquels les tests de sensibilité (tests génotypiques HAIN et méthode des proportions sur milieu de Löwenstein-Jensen [LJ]) sont également effectués. Par ailleurs, ces derniers ont essentiellement un intérêt dans la surveillance épidémiologique de la résistance aux antituberculeux et de manière plus spécifique de la multirésistance (MDR) à au moins l’isoniazide (INH) et la RIF, ainsi que pour les enquêtes dans le cadre d’une convention entre l’IPM et le PNLT.

Faits marquants de l’année 2014 :- La culture en milieu liquide MGIT a été mise en place dans le cadre du programme TB-MR.- Les résultats obtenus pour le test GeneXpert et le test MTBDRplus (HAIN) ont permis au PNLT de modifier sa stratégie de dépistage des tuberculoses multirésistantes (TB-MR).- Le test moléculaire LoopampTM MTBC (voir fiche TB-LAMP) a fait l’objet d’une étude d’évaluation.


Prélèvements reçus

Organisme demandeur Nombre PourcentageCBC (IPM) 1 530 41,3%Recherche 584 15,8%PNLT :

CNRM 1003 27,1%TB-MR 590 15,9%

Total 3 707

Microscopie

Type d’échantillons Négative Positive (%) Non faite TotalPulmonaire 2 310 969 (29,6) 55 3 334Extrapulmonaire 330 12 (3,5) 31 373Total 2 640 981 (27,1) 86 3 707

Culture sur milieu de Löwenstein-Jensen

Type d’échantillons

Négative Positive (%)*

En cours

Prélèvement contaminé

Total

Pulmonaire 1118 941 (45,7) 78 7 2 144Extrapulmonaire 205 47 (18,7) 58 1 311Total 1323 988 (42,8) 136 8 2 455

* Pourcentage calculé par rapport aux résultats disponibles

135

Identification (par test SD MPT64 et, si confirmation nécessaire, par les tests biochimiques et/ou par GenoType Mycobacterium CM/AS [HAIN])

Type d’échantillon Complexe M. tuberculosis

Mycobactérie atypique

En attente Total

Pulmonaire 880 6 55 941Extrapulmonaire 45 0 2 47Total 925 6 57 988


Résistance aux antituberculeux de 1ère ligne INH et RIF par la méthode des proportions sur LJ

RésistanceCas

TotalInconnu Nouveau cas Echec Rechute RepriseSensibles 3 18 2 19 6 48Résistant s à INH seul 0 3 0 0 0 3Résistants à RIF seul 0 3 0 0 0 3MDR1 1 0 1 2 0 4Total 4 24 3 21 6 58

1Multirésistance à au moins INH et RIF

Résistance aux antituberculeux de 2nde ligne (ofloxacine, kanamycine, amikacine, capréomycine)

Cas testés Nouveau cas EchecSensibles 0 1Résistants 0 0Total 0 1

Détection de M. tuberculosis (MTB) avec le test moléculaire GeneXpert MTB/RIF

Microscopie positive Microscopie négativeCas testés Culture Culture

Positive Négative Positive NégativeMTB détecté 433 50 110 56MTB non détecté 12 5 28 549Ininterprétable 1 0 0 8Total 446 55 138 613

Dépistage des patients avec souches résistantes à la RIF avec le test GeneXpert MTB/RIF

Test GeneXpert Résistance à RIF par test MTBDRplus (HAIN) Test de résistance à RIF sur milieu LJ1

Détectée Non détectée Indéterminée Résistant Sensible Non faitRésistance à RIF

détectée 16 10 1 2 0 33

Résistance à RIF non détectée 10 389 9 1 30 617

Indéterminée 1 3 2 10Test non fait 7 41 11 4 18

Total 27 251 21 7 50 6601Méthode indirecte des proportions critiques


136

CCOMS Peste Centre collaborateur OMS pour la lutte et les recherches sur la peste



Téléphone :+261 20 22 412 72


Directeur du Centre :- Christophe ROGIER, direction, [email protected]

Responsables de l’activité :- Minoarisoa RAJERISON, unité peste, [email protected] Jean Michel RAZAFIMAHATRATRA, LCP/SLMEN/MSanP, [email protected] Soanandrasana RAHELINIRINA, unité peste, [email protected] Voahangy ANDRIANAIVOARIMANANA, unité peste, [email protected]

Contexte & justificationL’unité peste de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) a été désignée quatre fois centre collaborateur

OMS (CCOMS) pour la lutte et les recherches sur la peste. Le premier mandat de 4 ans de CCOMS a été accordé en mai 1998, le deuxième en avril 2004 et le troisième en juillet 2009. Pour ces 3 premiers mandats, le centre collaborateur (CC) a assuré la mise en œuvre des activités répondants aux mêmes termes de références. Lors de la désignation pour le quatrième mandat de juin 2014 à juin 2018, une proposition determes de références a été reçue du responsable au siège de l’OMS à Genève. En conséquence, les activités y afférentes ont été établies par le CC. L’Officier Régional de l’OMS a approuvé les activités proposées et la décision de désignation après étude de dossier par une commission a été rendue officielle au mois de juillet 2014.

Termes de références (TDR) pour le mandat du CCOMS de juin 2014 à juin 20181. Fournir à l’OMS une expertise technique pour l’identification des souches et leur susceptibilité aux

antibiotiques, ainsi que pour la surveillance épidémiologique, l’investigation et le contrôle des épidémies ;2. Participer aux formations organisées par l’OMS relatives aux techniques de laboratoire et aux

mesures de contrôle de la peste ;3. Sur demande de l’OMS et dans la mesure des moyens du CC, fournir des tests de diagnostic rapide

aux pays touchés par une épidémie ;4. Contribuer à l’élaboration ou actualisation des guides pour le diagnostic biologique de la peste.

Faits marquant de l’année L’année 2014 a été marquée par le début du quatrième mandat avec la mise en place des activités

proposé dans le plan de travail.La surveillance épidémiologique de la peste à Madagascar semble être fonctionnelle, mais des

problèmes organisationnels et de gouvernance ressentis de la base jusqu’au niveau central du système de santé se sont exprimés par des difficultés dans le contrôle d’épidémies. Deux réunions-ateliers en présence d’un expert de l’OMS ont dû être organisées par le CCOMS pour tenter d’améliorer la situation. Elles entrent dans le cadre du TDR 1 (fournir à l’OMS une expertise technique pour la surveillance épidémiologique et le contrôle des épidémies).

Atelier d’élaboration de plan de contingence pour la prise en charge de pestes pulmonaires en zone urbaine (13-14 février 2014) : Les larges épidémies de peste pulmonaire vers la fin de l’année 2013 ont montré qu’elles pouvaient rapidement s’étendre loin des foyers reculés initiaux. En effet, le risque de voir émerger une épidémie de peste pulmonaire en milieu urbain est actuellement élevé. Etant donné l’état actuel de préparation et de coordination des acteurs, les conséquences de ce type d’épidémie pourraient se compter rapidement en dizaines ou centaines de cas et de morts. De plus, la présence d’épidémie de peste en zone urbaine peut avoir des conséquences sociales (panique, comportements irrationnels, agressions à l’endroit des acteurs de santé, des autorités ou des boucs émissaires…), économiques (tourisme, commerce…) et internationales, d’où l’importance de l’élaboration d’un plan de contingence en milieu urbain. Avec l’appui de l’OMS, l’organisation et le financement de l’IPM et l’appuis des autres partenaires, le gouvernement de Madagascar a développé un plan de réponse d’urgence pour mieux faire face à la recrudescence actuelle de la peste et surtout à sa forme pulmonaire. Ce plan de contingence, couvrant une période d’une année, illustre la coordination et l’opérationnalisation de la prise en charge des cas, de l’investigation et riposte, de la surveillance et prévention selon trois scénarii possibles. Les informations contenues dans ce plan nécessitent des mises à jour annuelles sur la base des leçons apprises des saisons précédentes.

Evaluation des risques d’épidémie de peste pulmonaire dans la capitale et de diffusion de la peste vers d’autres pays à partir du foyer côtier à Mahajanga (4 au 9 décembre 2014) : Les évènements récents laissent augurer que les deux grandes villes Antananarivo et Mahajanga sont sous la menace

137

d’épidémies de peste. Un cas de peste pulmonaire décédé a été rapporté à Ankasina (un bidonville avec une densité de population élevée à Antananarivo). Par ailleurs, la circulation de Yersinia pestis a été identifiée chez les rongeurs dans le quartier de Marolaka épicentre des précédentes épidémies de peste dans la ville portuaire de Mahajanga. Le défi pour ces zones est rendu compliqué par la densité de la population et par la présence de portes d’entrée concernés par le RSI (règlement sanitaire internationa ; Aéroport international et grand port). Une mission mixte OMS-IPM-MinSan a été menée dans ces zones pour évaluer les risques de peste et le fonctionnement du système de santé (alerte, isolement, mesure de contrôle, …..). Elle consistait à des entretiens avec les responsables impliqués dans la prise en charge et la riposte, à des réunions avec les autorités sanitaires, à des visites des sites sensibles et à des formations. Il a été constaté que les risques étaient bien présents, les personnels de santé n’étaient pas préparés, la population n’était pas sensibilisée et les structures n’étaient pas adaptées. Des recommandations formulées dans ce sens ont été adressés aux responsables du Ministère de la santé, des ONG et des représentants d’autres entités ministérielles constituant l’équipe pluridisciplinaire impliquée dans la lutte contre la peste.

Pour répondre au TDR 3, le CCOMS a produit 2600 tests de diagnostic rapide de la peste en 2014 avec le support de l’OMS (SPHQ2014-APW-251 pour 1000 tests) et de l’IPM. Trente et un districts à Madagascar ont bénéficié d’une dotation de 1581 tests de diagnostic rapide de la peste et 1573 kits de prélèvement.

Le CCOMS a participé à l’élaboration d’un questionnaire auto administré pour une première évaluation des capacités des laboratoires nationaux en Asie du sud-est dans le cadre d’un projet de renforcement des capacités de diagnostic des pathogènes dangereux (EDPLN) dont la peste fait partie (juillet 2014).

Le CCOMS est aussi un laboratoire de référence pour le contrôle qualité externe des laboratoires en Afrique dans le cadre du programme « WHO proficiency testing scheme” et le “national heath laboratory service” en Afrique du Sud. Six échantillons ont été référés au CCOMS en 2014.

138

LC Peste Laboratoire central de la peste : surveillance de la peste humaine



Téléphone :+261 20 22 412 72


Responsables de l’activité- Jean-Michel RAZAFIMAHATRATRA, LCP/SLMEN/MSanP, [email protected] Maherisoa RATSITORAHINA, unité épidémiologie, [email protected] Voahangy ANDRIANAIVOARIMANANA, unité peste, [email protected] Mamy RATSIMBA, LCP/SLMEN/MSanP, [email protected]

Mots clés : Peste, humaine, Madagascar

Contexte & justification La peste est endémique à Madagascar et reste encore un problème de santé publique préoccupant

depuis son introduction sur les hautes terres en 1921. La surveillance de cette maladie transmissible, partie du programme national de lutte contre la peste (PNLP), est assurée par le laboratoire central de la peste (LCP) sous la supervision technique de l’unité peste de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) et s’inscrit plus largement dans la surveillance internationale prescrite par le Règlement Sanitaire International (RSI). Tous les cas suspects de peste observés dans les centres sanitaires périphériques doivent être prélevés et envoyés au LCP pour confirmation. Toutes les informations de la fiche de déclaration de cas de peste humaine sont saisies dans une base de données informatisée (Logiciel ACCESS) permettant de faire l’analyse de la situation épidémiologique de cette maladie à Madagascar.

Faits marquants de l’année Les évènements du mois de décembre 2013 n’avaient pas été pris en compte dans le rapport d’activités

de l’année 2013.Comparé à l’année 2013 à la même période (1 janvier au 31 décembre), l’année 2014 a été marquée à

Madagascar par une baisse du nombre de cas déclarés de peste (481 vs 685 en 2013), avec une diminution importante de la proportion de forme pulmonaire (12.13% vs 27.3% en 2013). En revanche, le taux de létalité a augmenté (23,9 % vs 17,2% en 2013), suggérant une dégradation de la prise en charge des cas. Le nombre de cas confirmés de peste est resté sensiblement le même (168 vs 197 en 2013). Par ailleurs, les objectifs du programme national (édition 2012) d’un taux de létalité due à la peste maintenu inférieur à 14% et une absence de peste pulmonaire, sont loin d’être atteints. La situation des 10 dernières années est illustrée dans la figure 1.

Figure1 : Situation de la peste humaine à Madagascar de 2005 à 2014

Investigation d’épidémiesDevant des situations particulières ou inhabituelles, bouffée épidémique, recrudescence, mortalité

importante, peste pulmonaire, nouveau foyer…, des investigations ont été menées en fonction des moyens disponibles. Du 1er décembre 2013 au 31 décembre 2014, cinq districts ont fait l’objet d’investigations épidémiologiques et/ou rodento-entomologiques : Mandritsara, Soanierana Ivongo, Ikongo,Tsiroanomandidy et Antananarivo Renivohitra. Les objectifs des investigations étaient :

- d’identifier la source de l’infection, - d’identifier l’ensemble des cas dus à l’épisode épidémique,- de caractériser les risques liés aux rongeurs,

Cas déclarés Taux de létalité

0

5

10

15

20

25

30

0

100

200

300

400

500

600

700

800

2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014

Confirmés Probables Suspects Taux de létalité

139

- de tester la sensibilité des puces aux insecticides,- d’évaluer l’efficacité du PNL contre la peste, et- d’émettre des recommandations aux autorités concernées.

Mandritsara (8 au 20/12/2013) : une alerte parvenue au LCP le 3/12/2013 rapportait 20 malades suspects de peste pulmonaire et 17 cas décédés. Des symptômes tels que des douleurs thoraciques, vomissement sanguinolant et mort subite ont été décrits. Le cas index était un tradipraticien de 70 ans du Fokontany (Fkt)de Beranimbo – Commune rurale (CR) Ampatakamaroreny ayant contaminé une partie de la population. Il a été fait état de 7 décès et 22 malades suspects. La maladie s’est ensuite propagée dans 2 villages d’un Fkt de la commune voisine d’Antanambaon’Amberina avec 10 décès et 3 cas suspects. La méconnaissance de la maladie (coutume et superstition), l’enclavement ainsi que le retard de prise en charge ont contribué à la propagation de cette épidémie avec un bilan de 20 décès (19 suspects et 1 probable) et 25 cas vivants. Un cas probable vivant de Beranimbo s’est enfui à Tsararapaka-Anteny (Soanierana Ivongo) et a été l’origine d’une épidémie de peste dans cette zone préalablement indemne.

Soanierana Ivongo (21 au 28/12/2013) : cette zone ne fait pas partie des foyers historiques de peste.L’alerte reçue rapporte une épidémie de peste pulmonaire secondaire au foyer actif de Mandritsara (FktBeranimbo). La source de l’épidémie était une femme très fatiguée et malade (douleur thoracique, fièvre)venant du district de Mandritsara, elle s’est fait masser par une tradipraticienne avant de décéder. Cette dernière a succombé à son tour, ainsi que la plupart des membres de sa famille et d’autres personnes à Ambodirafia. Au total, 10 décès et 20 cas vivants ont été recensés à Ambahinkarabo, Ambodirafia, Ambodivoanio, Antsirangavo, Sahafary et Tanambao I.

Ikongo (13 au 23/12/2013) : une alerte de peste pulmonaire a été reçue en décembre 2013, plus de dix ans après la dernière épidémie enregistrée dans cette zone (1998 à 2000). L’origine de la maladie est suspectée se situer dans la forêt. Un garçon a rendu visite à ses parents dans un corridor forestier (zone d’endémie pesteuse) où il est tombé malade avant de revenir à Antarafanananaka. Il est décédé 3 jours après son arrivée. C’était la source des décès successifs. Les enquêtes menées dans différents hameaux du Fkt de Mamolifoly rapportaient 13 cas de décès et 28 cas vivants dont la majorité est de forme pulmonaire (81%). Des rats morts ont été retrouvés dans la forêt.

Tsinjoarivo-Tsiroanomandidy (6 au 14/10/2014) : au mois d’aout 2014, 3 cas suspects de peste bubonique dont un décédé ont été signalés dans la CR de Tsinjoarivo-SSD Tsiroanomandidy. Il s’en est suivi une épidémie de peste bubonique qui s’est étendue sur plusieurs Fkt au sein des 2 CR voisines (Tsinjoarivo et Ambatolampy). La recherche active des cas a montré 11 cas (8 vivants et 3 décès du 1er

septembre au 12 octobre 2014) avec un taux de létalité globale de 27% dans la CR d’Ambatolampy et 19 cas (8 vivants et 11 décès) avec un taux de létalité globale de 58% dans la CR de Tsinjoarivo. Des captures de puces libres et de rongeurs ont également été effectuées dans 5 Fkt (Antanimbaribe, Fonoraty, Bemananasy, Soamahatamana et Miarikofeno). La circulation active de Y. pestis dans les Fkt de Bemananasy et Soamahatamana a été démontrée.

Ankasina-Antananarivo (17 au 21/11/2014) : un cas de décès dû à la peste pulmonaire secondaire a été notifié le 14 novembre 2014 par la direction régionale de la santé (DRS) d’Analamanga. Il s’agissait d’unejeune femme de 21 ans qui résidait dans le quartier d’Ankasina, district d’Antananarivo Renivohitra. Son décès est survenu 5 heures après son admission au centre hospitalo-universitaire de Befelatànana pour l’altération de son état général après passage dans plusieurs structures sanitaires de la ville. Ce cas a été confirmé biologiquement sur prélèvement post-mortem. Ses contacts ont reçus des chimio prophylaxies. Des investigations autour de ce décès de peste ont été menées par l’IPM ainsi qu’une sensibilisation des habitants sur la peste.

Impacts & PerspectivesLes crises socio-politico-économiques ont eu beaucoup d’impact sur la survenue et la gestion de ces

épidémies de peste. Il faut reconnaître une large défaillance du système de surveillance de la peste, de la périphérie avec souvent uen incapacité à diagnostiquer les premiers cas, jusqu’au niveau central pour assurer l’approvisionnement en intrants , et soutenir ou mobiliser les services pour le contrôle des épidémies. Les informations et/ou retro informations sont retenues au niveau central. Les autorités sanitaires n’arrivent plus à détecter une réémergence à temps et à gérer l’épidémie de peste bubonique pour prévenirle décès et l’évolution vers la forme pulmonaire très contagieuse. Ces responsables ont perdu leur crédibilité vis-à-vis de la population. L’intervention des guérisseurs traditionnels ne fait qu’aggraver la situation. Une évaluation des composantes du programme national serait d’une importance capitale pour permettre de retrouver une stratégie de sensibilisation, de surveillance, de lutte et de riposte efficace.

140

SurvArbo Surveillance des arboviroses à Madagascar



Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Jean-Michel HERAUD, unité de virologie, [email protected] Laurence RANDRIANASOLO, unité d’épidémiologie, [email protected]

Lieux des travaux :Madagascar Toamasina, Mahajanga,

Antsiranana, Taolagnaro

Co-investigateurs hors IPM- Ministère de la Santé Publique, Madagascar

Date début : 1/01/2014 Date fin : 31/12/2014 Durée (mois) : 12Financements :Institut Pasteur de MadagascarMots clés : Chikungunya, Dengue, Arbovirus, Fièvre de la Vallée de Rift,

Surveillance


Contexte & justification : Depuis 2007, le laboratoire national de référence (LNR) des arboviroses, en collaboration avec l’unité

d’épidémiologie et les services de la direction des urgences et de la lutte contre les maladies négligées (DULMN) et le service de surveillance épidémiologique (SSEP) a participé au fonctionnement du réseau sentinelle de surveillance des fièvres. Cette surveillance porte non seulement sur les arboviroses (syndrome dengue-like), mais aussi d’autres causes de fièvres dont le paludisme et la grippe. Ce projet permet un suivi en temps réel de l’évolution des causes de fièvres dans 33 sites sentinelles. Au sein de ce réseau, 4 sites, Toamasina, Mahajanga, Antsiranana et Taolagnaro sont aussi des sites sentinelles biologiques qui envoient hebdomadairement au LNR des prélèvements de patients suspects d’arboviroses.

Objectifs : La surveillance biologique est complémentaire de la surveillance clinique des arboviroses. Elle permet

d’une part de confirmer une infection par un arbovirus chez les cas suspects au cours d’une augmentation d’incidence saisonnière ou épidémique, de disposer d'un système d'alerte précoce de situation épidémique, d'attester la réalité d'une épidémie et d'en confirmer l'origine afin d'assurer une riposte rapide et adaptée.Elle permet d’autre part, pendant la période inter-épidémique, de confirmer ou non la circulation d’arbovirus (passage à l’endémicité).

Méthodes :Chaque semaine, les 4 sites sentinelles biologiques prélèvent au maximum 5 patients présentant les

critères cliniques d’une arbovirose qui sont alors acheminés au LNR. Les résultats sont transmis en retour au centre sentinelle, à l’unité d’épidémiologie de l’IPM, à la DULMN, à la DVSSE ainsi qu’aux responsables de la surveillance clinique pour diffusion.

Résultats et discussion : En 2014, le LNR a reçu 230 prélèvements dont 146 envoyés par les 4 sites sentinelles biologiques

(Tableau). Cela reste encore très en dessous (4 fois moins) du nombre maximum attendu (1040). Le nombre des échantillons reçus via les sites sentinelles biologiques reste en dessous du nombre moyen de prélèvements reçus durant les années précédentes (moyenne= 240).La répartition des prélèvements par sites est très hétérogène puisque 31% et 23% proviennent respectivement du site sentinelle d’Antsiranana et de Toamasina. Le site sentinelle de Taolagnaro reste inactif en surveillance biologique. Le problème de transport d’échantillon reste la principale raison de cette inactivité.

Au niveau régional, en mars 2014, le LNR a reçus 8 prélèvements en provenance de l’Union des Comores. Deux (2) des échantillons reçus des îles des Comores étaient positifs en DENV-sérotype 2.

Une circulation du virus DENV-2 a été mise en évidence en janvier/février 2014 à Vohipeno (3 fois) et à Toamasina (1 fois). Des preuves sérologiques d’infection par le virus de la Dengue ont été mises en évidence à Mahajanga en janvier 2014 et à Toamasina en juillet 2014. Des preuves sérologiques d’infection par le virus West-Nile et par le virus Wesselsbron ont été détectées à Antsiranana respectivement en mai et en décembre.

Conclusion :La surveillance des arboviroses à Madagascar est fonctionnelle. Le nombre moyen d’échantillons

attendus fixé à 5 par semaine n’a pas été atteint. Le nombre d’échantillon a varié entre 0 et 9 selon les périodes. Il peut refléter la situation réelle en termes de circulation d’arbovirus responsables d’une manifestation fébrile. Malgré la baisse du nombre de prélèvements reçus par rapport aux années précédentes, la surveillance a permis de détecter une circulation sporadique du virus de la Dengue à

141

Toamasina et à Vohipeno (hors site sentinelle) et reste un moyen incontournable pour les prises de décision en cas de circulation virale potentiellement épidémique.

Tableau : Nombre des sérums reçus au LNR et nombre de virus isolés, janvier au 31 décembre 2014.

1 DENV = Infection aigüe par le Virus de la dengue (présence d'ARN viral avec ou sans présence d'IgM dirigée contre DENV). DEN = Infection récente probable par DENV (présence d’IgM dirigée contre DENV sans présence d’ARN viral)

Impact :Les données de la surveillance des Arboviroses à Madagascar permettent de mieux comprendre leur

importance et de mettre en place une riposte adaptée en cas de mise en évidence d’une circulation d’arbovirus.

Transmetteurs Prélèvements précoces

Prélèvements tardifs

Virus détectés (Sérologies positives)1

Statut indéterminé (%)

Site

s se

ntin

elle

s bi

olog

ique

s Toamasina 37 18 1 DENV-2 (1 DEN) 19 (51,3)

Antsiranana 53 20 0 (1 DEN, 1 WESS) 31 (58,5)Mahajanga 13 5 0 8 (61,5)Taolagnaro 0 0 0 0

Site

s se

ntin

elle

s cl

iniq

ues

Ambositra 2 0 0 2 (100)Ambato Boeny 1 0 0 1 (100)Mananjary 5 0 0 5 (100)

Moramanga 14 0 0 14 (100)

Nosy Be 4 2 0 2 (50,0)

Tsiroanomandidy 1 0 0 1 (100)

Hor

s si

tes

sent

inel

les Comores 8 0 2 DENV-2 (1 DEN) 5 (62,5)

Autres 47 0 3 DENV-2(1 DEN) 43 (91,4)

Total Patients 185 45 6 DENV-2 (3 DEN) 131 (70,8)

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SurvGIR Surveillance de la grippe et des infections respiratoires à Madagascar

Correspondant :Jean-Michel HERAUD


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Julia GUILLEBAUD, unité de virologie, [email protected] Norosoa RAZANAJATOVO, unité de virologie, [email protected]


Co-investigateurs hors IPM- Ministère de la Santé Publique, Antananarivo, Madagascar

Date début : 1/09/2013 Date fin : 31/08/2018 Durée (mois) : 60Financements :CDC Atlanta, US. CoAg n°U51/IP000812

Mots clés : Grippe, ILI, Surveillance VirologiqueBudget total :1 642 755.00$

Contexte & justification Depuis 1978, le laboratoire de la grippe de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est reconnu par

l’organisation mondiale de la santé (OMS) et le ministère de la santé publique de Madagascar, comme centre national de référence pour la grippe (CNRG). En 2009, l’IPM a signé un accord de collaboration avec le CDC d’Atlanta, renouvelé en 2013. Ce nouveau projet intitulé «Maintien du réseau de surveillance de la grippe saisonnière et pandémique à Madagascar» soutient les capacités de surveillance et de diagnostic des infections respiratoires dues à la grippe mais aussi aux autres virus respiratoires à Madagascar.

Objectifs Le projet a pour but d’améliorer la surveillance de la grippe saisonnière et pandémique afin d’informer

régulièrement le réseau mondial de surveillance de la grippe sur les souches circulant à Madagascar. Il permet aussi de détecter rapidement toute nouvelle souche grippale pouvant être responsable d’épidémies importantes.

Méthodes A ce jour, le système de surveillance sentinelle de la grippe se compose de 34 sites impliqués dans la

surveillance des infections pseudo-grippales (ILI) et de 17 hôpitaux assurant la surveillance des infections respiratoires aigües sévères hospitalisées (SARI). Douze sites envoient chaque semaine au CNRG jusqu’à 5 prélèvements respiratoires (gorge, nasal ou nasopharyngé) pour être analysés.

Résultats & discussion En 2014 (du 1er janvier au 31 décembre), le CNRG a reçu 1 405 prélèvements de patients présentant

un syndrome pseudo-grippal dont 99,4% (soit 1 397 prélèvements) traités (taux de non-conformités =0,6%) ; il est cependant important de noter que davantage de non-conformités ont été enregistrées (2,7%), mais que la grande majorité de ces prélèvements ont quand même été traités. L’essentiel (78,7%) des prélèvements reçus au CNRG provient du réseau sentinelle biologique de surveillance des fièvres. Sur l’ensemble de Madagascar, le pourcentage de positivité pour la grippe est de 43,5%, mais varie selon les sites.

En 2014, à l’échelle du territoire malagasy, l’activité grippale se caractérisait par une forte circulation en tout début d’année, avec une prédominance du virus A/H3 (quelques cas sporadiques de virus A/H1N1pdm09 ont été détectés au niveau des sites situés dans le nord et dans la partie Nord-Ouest du pays) (Figure). Une deuxième vague épidémique a été observée avec un pic de détection durant le mois d’octobre, avec une co-circulation des virus A/H3 et B sur l’ensemble du territoire. Pour les virus de type B, seule la lignée Yamagata a été mise en évidence.

ConclusionLa surveillance de la grippe à Madagascar, reposant désormais sur 34 sites sentinelles, permet de

suivre la situation virologique et épidémiologique de la grippe. Les données accumulées depuis plusieurs années permettent d’envisager des analyses plus fines, notamment concernant la saisonnalité de la grippe à Antananarivo par exemple, ou encore sur le poids de cette infection à Madagascar (disease burden).

Impact Ces données recueillies tout au long de l’année permettent de suivre les tendances au niveau de la

circulation des virus grippaux à Madagascar. En outre, cette surveillance entre dans le cadre du « Global Influenza Program » mis en place par l’OMS ayant pour but la caractérisation antigénique et moléculaire des souches circulant dans le monde pour mettre au point chaque année la meilleure composition vaccinale.

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Figure : Résultats hebdomadaires de la surveillance biologique des syndromes pseudo-grippaux à Madagascar en 2014 (résultats pour tout Madagascar)


Communications orales- Guillebaud J. Improving surveillance to support influenza vaccine virus selection: contribution of

Madagascar. 3rd WHO Informal consultation on improving influenza vaccine selection, WHO Headquarters, Geneva, Switzerland, 1-3 Avril.

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SurvPolio PFASurveillance des paralysies flasques aigües et de la poliomyélite à Madagascar

Correspondant :Richter RAZAFINDRATSIMANDRESY


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateur IPMJean-Michel HERAUD, unité de virologie, [email protected]

Co-investigateurs hors IPMService de vaccination, Antananarivo, Madagascar

Lieux des travaux :Tous les districts de Madagascar


Date début : Depuis 1997 Date fin : Activité continue Durée: 12 Financements :

Organisation Mondiale de la Santé (renouvellement annuel)Mots clés : Surveillance, poliovirus, PFA

Contexte & justificationsLa surveillance des paralysies flasques aigües (PFA) et de la poliomyélite entre dans le cadre des

objectifs de l’organisation mondiale de la santé (OMS) pour l’éradication de la poliomyélite. Ainsi, le laboratoire pour la poliomyélite de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est un centre de référence OMS inter-pays qui assure le diagnostic d’infection par les poliovirus, des cas de PFA détectés sur l’île Maurice, aux Seychelles, dans l’Union des Comores et à Madagascar.

Objectifs (au niveau du laboratoire)- maintenir les techniques de diagnostic et d’isolement selon les standards de l’OMS,- assurer un rendu rapide des résultats,- caractériser génétiquement d’éventuels poliovirus qui seraient isolés,- participer aux contrôles annuels de qualité (isolements des poliovirus sur cellules et détection virale

par la PCR en temps réel).

Résultats synthétiques annuelsEn 2014, le laboratoire a analysé 861 échantillons de selles issus de 448 cas de PFA en provenance de

Madagascar (442 cas) et de Maurice (6 cas) (tableau I). Les Seychelles et l’Union des Comores n’ont pas notifié de cas pendant l’année 2014. Pour Madagascar, 35 cas n’ont pas eu de 2ème prélèvement dont 31 prélèvements des enfants en contact avec le cas en provenance d’Analalava (VDPV1).

Aucune selle de l'île Maurice n’a été trouvée positive en isolement. En revanche, à Madagascar, 88 entérovirus non polio (ENPV) ont été isolés dans 88 selles des 53 cas (dont 1 contact d’Analalava), 2 non entérovirus (2 selles / 2 cas différents), 4 poliovirus (PV) vaccinaux de type 1 (Sabin 1) à partir de 4 selles (2 cas d’Antsirabe et 2 contacts), 4 Sabin 2 (1 cas de Fianarantsoa et 1 cas de Mitsinjo), 1 Sabin 3 (1 cas d’Antsirabe) et 5 VDPV1 (1 cas et 3 contacts d’Analalava).

En termes de performance de la surveillance, nous observons une baisse régulière depuis 2009 du pourcentage d’échantillons reçus au laboratoire dans les 3 jours suivant le prélèvement, ainsi qu’une diminution du nombre de prélèvements arrivant dans de bonnes conditions (tableau II). Ceci peut s’expliquer dans certains cas par les difficultés d’acheminement des prélèvements vers le laboratoire. Suite à des améliorations techniques, le taux d’isolement d’ENPV a pu atteindre 10% (le seuil attendu). Il est à noter que 105 districts sanitaires à Madagascar (93,7%) sur les 112 ont signalé au moins un cas. Sept districts sont restés silencieux.

Tableau I : Répartition des cas de PFA et des souches isolées par pays en 2014

Pays Cas SellesCas et selles positifs

(isolement sur cellules RD et L20B)

Types(différenciation

intratypique)Union des Comores 0 0 0 0

Madagascar 442 849 64 cas / 103 selles 2 NEV, 4 Sabin 1, 5 VDPV1, 4 Sabin 2 et 1 Sabin 3

Maurice 6 12 0 0

Seychelles 0 0 0 0

145

Tableau II : Performance de la surveillance des PFA à Madagascar (2011-2014)

Critères Performance attendue 2011 2012 2013 2014Nombre de cas de PFA 176 291 329 402 442Nombre d’échantillons analysés 352 580 625 800 849Echantillons adéquats ≥ 80% 95% 92% 89% 87%Réception au laboratoire dans un délai 3 jours ≥ 90% 58% 54% 53% 55%Echantillons reçus en bonnes conditions† ≥ 90% 80% 76% 80% 88%Rendu des résultats dans un délai 14 jours ≥ 80% 88% 89% 87% 92%Entérovirus non polio isolés ≥ 10% 9% 10% 10% 10%Poliovirus isolés - 3* 6** 1*** 14‡

Envoi des souches de poliovirus 7 jours vers le laboratoire régional ≥ 90% NA NA NA 3

Résultat "Proficiency test" isolement ≥ 90% 100% 100% NA

†Température ≤ + 8°C et absence de fuite de conteneur* Deux PV1 vaccinaux des districts de Betafo et de Manakara ; et un PV3 vaccinal provenant du district de

Beroroha.**Six PV3 vaccinaux : 1 d’Antananarivo Renivohitra et 1 d’Antananarivo Avaradrano (Antananarivo), 2 de

Fianarantsoa I et 2 d’Ampanihy.*** Un PV1 vaccinal de district de Tsihombe. ‡ Quatre PV2 vaccinaux (2 de Fianarantsoa, 2 de Mitsinjo) ; 5 VDPV1 d’Analalava ; 4 PV1 vaccinaux (2

d’Analalava, 2 d’Antsirabe) et 1 PV3 vaccinal d’Antsirabe

ConclusionLa surveillance des PFA à Madagascar est fonctionnelle. Des améliorations doivent cependant être

apportées concernant l’acheminement des prélèvements au laboratoire pour atteindre les objectifs de performance définis par l’OMS. Une circulation des poliovirus vaccinaux mutés de type 1 a été constatée à Madagascar. Pour vérifier l’efficacité de l’élimination de la poliomyélite, il faudrait compléter la surveillance par la recherche des poliovirus dans l’environnement, notamment dans les eaux usées.


Communications orales ou affichées- Joffret M-L, Sadeuh-Mba S, Shaw J, Razafindratsimandresy R, Muslin C, Heraud JM, Rousset D, Njouom R, Burns CC, Delpeyroux F. Genetic interaction between poliovaccine strains and other enteroviruses of species C in Madagascar, Cameroon and neighboring countries. Translational and Regulatory Science of Polio Vaccines and Antivirals, Bethesda, MD, USA, 22-23 September.- Razafindratsimandresy R, Rabemanantsoa S, Andriamamonjy S, Joffret M-L, Heraud JM, Delpeyroux F. Détection de virus dérivés du poliovirus vaccinal dans la région Sud-Ouest de Madagascar. Congrès Scientifiques de la Faculté de Médecine. Antananarivo, Madagascar. 30 Septembre - 02 Octobre.

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SurvRage Surveillance de la rage à Madagascar



Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateurs de l’IPM- Jean-Michel HERAUD, unité de virologie, [email protected]


Co-investigateurs hors IPM- Ministère de la Santé Publique, Madagascar- Direction des Services Vétérinaires, Madagascar

Date début : 01/01/2014 Date fin : 31/12/2014 Durée (mois) : 12Financements :Institut Pasteur de MadagascarMots clés : Rage, Diagnostic


Contexte & justificationLa rage est endémique à Madagascar et est essentiellement de type canin. La surveillance biologique

de la rage à Madagascar est passive et supportée financièrement par l'Institut Pasteur de Madagascar (IPM) et le Ministère de la Santé Publique. Elle consiste en le diagnostic du virus de la rage dans les échantillons reçus au laboratoire de référence (LNR) pour la rage. Le diagnostic de la rage est pris en charge totalement par l’IPM et ce service est assuré à titre gratuit pour la population malagasy.

Résultats synthétiques annuelsEn 2014, le LNR a reçu 88 prélèvements, en baisse de 18% par rapport à l’année 2013 (en baisse

aussi par rapport aux 5 dernières années). Trois échantillons n’ont pas pu être analysés à cause de leur étatà la réception.

Les échantillons de chiens représentent 76% des prélèvements reçus (Tableau). Quatre cas de rage humaine sur les six suspects ont pu être confirmés. Ces cas humains confirmés proviennent de la région Atsinanana (Toamasina) (1 cas), du district Arivonimamo (1 cas), du district d’Anjozorobe (1 cas) et du district de Morondava (1 cas).

Malgré le nombre peu élevé des échantillons en provenance des districts éloignés d’Antananarivo, le pourcentage de positivité des échantillons envoyés est très élevé (entre 50 à 100% des échantillons reçus). La plupart des échantillons reçus zones lointaines proviennent de bovins pour lesquels l’impact économique de l’infection par la rage est important. Le propriétaire prend en charge le cout de l’envoi de l’échantillon à l’IPM.

L’inexistence du système de surveillance systématique, la méconnaissance des agents sur le terrain des procédures à suivre pour l’envoi des échantillons suspects, ainsi que la difficulté rencontrée lors des envois d’échantillons nécessitent la mise en place d’un système plus performant et une collaboration plus étroite avec les structures publiques et ministérielles.

Les conditions de conservation des échantillons lors de l’envoi sont de première importance la possibilité d’obtenir des résultats des tests de laboratoire en dépendent significativement.

ConclusionLes données de laboratoire ne permettent pas d’avoir une vue d’ensemble sur le territoire car 82% des

prélèvements proviennent de la province d’Antananarivo (Analamanga, Vakinankaratra, Itasy et Bongolava). Un groupe de travail rage composé de biologistes, d’épidémiologistes, de cliniciens et des agents des

ministères de la santé humaine et animale, a été réuni à l’IPM afin de tenter d’améliorer la surveillance et la lutte contre la rage.

Impact Le diagnostic de la rage au laboratoire a un impact direct sur la prise en charge des patients mordus

(durée de la vaccination). Il permet aussi d’estimer l’importance du problème posé par la rage à Madagascar et a permis de confirmer les cas de rage humaine.

147

Tableau : Nombre de cas de rage confirmés au LNR, selon les espèces animales et le district de provenance des échantillons

District Espèce Reçu Rage confirmée

Positif (%)

Antananarivo Renivohitra Bovin 1 1 100Chat 3 0 0Chien 18 8 44Humain 1 0 0

Antananarivo Atsimondrano

Chat 1 0 0Chien 9 6 67

Antananarivo Avaradrano Bovin 2 2 100Chat 2 1 50Chien 7 2 29

Ambatolampy Chien 1 0 0Ambohidratrimo Chien 5 3 60

Rat 1 0 0Andramasina Chien 1 1 100Anjozorobe Chien 2 1 50

Humain 1 1 100Ankazobe Chien 5 2 40Antsirabe I Bovin 1 1 100Antsirabe II Bovin 1 1 100Arivonimamo Bovin 2 2 100

Chien 4 3 75Humain 1 1 100

Betafo Chien 3 3 100Faratsiho Bovin 1 1 100

Chien 1 1 100Fenoarivo Be Chien 1 1 100Manjakandriana Bovin 1 1 100

Ambositra Bovin 1 1 100Mahajanga Chien 1 1 100Antsalova Chien 1 1 100Maevatanana Bovin 1 1 100

Chien 1 1 100Toamasina I Humain 1 1 100Ambatondrazaka Chien 1 1 100Andilamena Chien 1 0 0Moramanga Chat 3 0 0Sainte Marie Humain 1 0 0Morondava Chien 3 3 100

Humain 1 1 100Total 92 54 58.7

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SurvRo Surveillance de la rougeole à Madagascar

Correspondant :Richter RAZAFINDRATSIMANDRESY


Téléphone :+261 20 22 412 72


Co-investigateur IPMJean-Michel HERAUD, unité de virologie, [email protected]

Co-investigateurs hors IPMService de vaccination, Antananarivo, Madagascar

Lieux des travaux :Tous les districts de Madagascar


Date début : Depuis 2004 Date fin : Activité continue Durée: 12 Financements :Organisation Mondiale de la Santé (renouvellement annuel)Mots clés : Surveillance, rougeole

Contexte & JustificationLa surveillance nationale des cas suspects de rougeole à Madagascar a démarré après les campagnes

de vaccination de masse organisées en septembre et octobre 2004. Dans le cadre de cette surveillance, le laboratoire national de référence (LNR) Rougeole de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est chargé du diagnostic sérologique de la rougeole et de la rubéole (recherche d’IgM par la technique ELISA) chez les patients suspects prélevés dans les centres de santé.

Objectifs- maintenir un diagnostic sérologique selon les standards de l'OMS,- assurer un rendu des résultats rapide (≤ 7 jours),- vérifier la concordance des résultats de diagnostic de rougeole et rubéole entre le laboratoire national

et le laboratoire régional (contrôle qualité),- isoler et caractériser génétiquement tous les virus de la rougeole reçus au laboratoire.

Résultats synthétiques annuelsEn 2014, le laboratoire a reçu 645 échantillons de sérum. Le taux des prélèvements reçus à une

température comprise entre 0 et +8°C (bonne condition) dans le laboratoire était de 87,0%. Il est encore en dessous de celui qui est exigé (> 90%). Ainsi, les objectifs de performances relatives à la réception des échantillons dans les 3 jours qui suivent la collecte des prélèvements (59,8%) et le taux d’adéquation des échantillons (51,9%) (Prélèvements de sérums entre le 4ème et 28ème jour post-éruption) sont encore très en dessous des objectifs attendus (> 90%).

Sur le plan épidémiologique, l’âge médian des patients suspects était de 9,2 ans (0 à 55 ans) avec une sex-ratio (M:F) de 0,9. Deux cent quarante-neuf des 645 patients (38,6%) avaient des antécédents de vaccination contre la rougeole. Trois cent quatre prélèvements (47,1%) ont été collectés dans les 3 jours qui suivent l'éruption et 335 (51,9%) dans les 4 à 28 jours et 6 prélèvements (0,9%) ont été collectés au-delà de 28 jours.

Dix-neuf districts des 112 districts sanitaires n’ont pas rapporté le moindre cas. L'absence de cas rapporté ne signifie pas l'absence de circulation du virus de la rougeole.

La recherche d'IgM anti-rougeole a été :- positive pour 3 prélèvements en provenance de Fandriana, Antsiranana II, et Antananarivo renivohitra- négative pour 636 échantillons. Pour ces échantillons, la recherche d’IgM anti-rubéole a été positive

pour 123, négative pour 473 et douteuse pour 40. Ces 40 échantillons ayant un résultat « douteux » pour la rubéole ont été testés une seconde fois (sur le même prélèvement) et le résultat a été confirmé (douteux).

- douteuse pour 6 échantillons. La recherche des IgM anti-rubéole avait un résultat positif pour 1 et négatif pour les 5 autres. Ces échantillons ont été prélevés entre le 4ème et 28ème jour post-éruption cutanée.

La distribution mensuelle des cas suspects et des cas probables de rougeole montre une saisonnalité avec un pic annuel se situant entre les mois d’octobre et novembre correspondant à l’intersaison et le début de la saison des pluies (Figure).

Dans le cadre du contrôle qualité, 3 envois d’échantillons ont été organisés vers le laboratoire régional de référence à Johannesburg en Afrique du Sud (National institute for communicable diseases – serology laboratory). Les résultats étaient concordants dans 95% des cas pour la recherche d’IgM anti-rougeole. Le résultat des tests de performance sur les sérologies rougeole et rubéole de l’année 2014 ne sont pas encore publiés.

149

Figure : Répartition mensuelle des cas suspects de rougeole déclarés et confirmés infectés par le virus de la rougeole ou par le virus de la rubéole à Madagascar (janvier 2012 – décembre 2014)

ConclusionLa surveillance de la rougeole à Madagascar est fonctionnelle. Cependant comme pour la surveillance

des PFA, des améliorations doivent être apportées concernant l’acheminement des prélèvements au laboratoire pour atteindre les objectifs de performance définis par l’OMS. En 2014, aucun virus de la rougeole n’a été détecté au LNR. Aussi, l’objectif d’isoler et de caractériser génétiquement de virus de la rougeole circulant à Madagascar sera difficile à atteindre du fait du faible nombre de cas positif (20 cas positifs depuis 2005).


0

20

40

60

80

100

120

J F M A M J J A S O N D J F M A M J J A S O N D J F M A M J J A S O N D

2012 2013 2014

Nombre total de sérums testés Nombre d'échantillons positifs IgM rubéole: 2 cas pos. rougeole de 2012 (Antananarivo et Sambava)

: 6 cas pos. rougeole de 2013 (Midongy atsimo, Marolambo, Benenitra, Antseranana,Amparafaravola et Antananarivo atsimondrano)

150

SQ-AQ Service qualité : assurance qualitéCorrespondant :Tiana RASOLONAVALONA


Téléphone :+261 20 22 412 72

Date de rédactionJanvier 2015

Responsables de l’activité :Tiana RASOLONAVALONA, service qualité, [email protected] clés : Qualité, système de management de la qualité, assurance qualité

Contexte & justificationChargé de déployer la politique qualité de la direction de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM), le

service qualité vise à soumettre l’ensemble des activités de l’IPM à une démarche qualité pour garantir le maintien de prestations de qualité effectuées dans les règles de l'art médical et scientifique. Le service qualité a pour mission d’accompagner les différentes unités dans la mise en place d’un système de management de la qualité (SMQ) et d’apporter son soutien aux laboratoires accrédités d’une part, d’évaluer périodiquement la conformité des activités des différents services par rapport aux exigences normatives, réglementaires ou contractuelles d’autre part.

Faits marquants de l’annéeL’année 2014 a été marquée par la mise en œuvre d’un important programme de formation du

personnel de l’IPM. Cette formation a concerné en particulier les bonnes pratiques de laboratoire (BPL) dont la nécessité avait été objectivée par un audit commandé par la direction. Au total, 131 personnes issues de 12 unités et services différents ont été formées. Les formations étaient destinées aux personnels des laboratoires de recherche (formation aux BPL), du LHAE (formation à la Norme NF EN ISO/CEI 17025 V2005) et du CBC (formation à la Norme NF EN ISO 15189 V2012). Des agents de sécurité du service desmoyens généraux ont bénéficié d’une formation à l’utilisation du système de télésurveillance centralisée de la température des enceintes thermostatiques (ThermoClient V5). L’ensemble de l’équipe du service qualité ont également profité de ce programme de formation.


Activités d’accompagnement et de soutien aux services

Outre la participation régulière au comité de pilotage et aux revues de direction des laboratoires (CBC et LHAE), les activités d’accompagnement et de soutien aux services étaient axées sur la formation du personnel. Du 21/01 au 15/12/2014, 22 sessions représentant 68 jours et près de 210 heures de formations ont été organisées. Le tableau ci-dessous représente le nombre de participants par unité et par thème.

Unités/ServicesNombre de participants par thème

TotalBPL Norme NF EN

ISO 15189:2012Norme NF EN

ISO/CEI 17025:2005ThermoClient

V5Bactériologie expérimentale 3 3CBC 40 40Entomologie médicale 7 7Helminthiase 3 3Immunologie 1 1LHAE/LES 4 17 1 22Moyens généraux 13 13Mycobactéries 14 14Paludisme 6 6Peste 1 1Qualité 3 2 1 1 7Virologie 14 14Total 56 42 18 15 131

Activités d’évaluation et d’audits internesLe programme annuel des audits internes est programmé par chaque service/unité en début d’année.

Le choix du champ d’audit appartient à chaque service. Les audits internes sont ensuite réalisés après une confirmation émanant du demandeur, confirmation matérialisée par une demande formelle du responsable du service à auditer.

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En 2014, 7 audits sur 15 programmés par les services ont été réalisés. La non réalisation des audits estdûe soit à l’indisponibilité des services à auditer ou des auditeurs internes, soit au manque d’auditeur technique habilité (l’expert technique prévu assister l’auditeur interne n’étant pas disponible aux périodes prévues). L’IPM dispose de 2 auditeurs internes habilités.

Les résultats des audits sont confidentiels et appartiennent aux commanditaires. Seul le bilan des audits réalisés est reporté dans les tableaux suivants.

Tableau I : bilan des évaluations et audits internes

Services Prévus RéalisésCBC 5 1LHAE 4 4IMMUNOLOGIE 2 1PESTE 2 1QUALITE 1 0VIROLOGIE 1 0Total général 15 7

Tableau II : activités auditées par service demandeur

Services Période Activités auditéesLHAE Février Audit vertical LAB GTA 23CBC Mars Gestion du matériel

IMMUNOLOGIE Mars Audit vertical projet leptospirosePESTE Mars Audit technique BactériologieLHAE Mai Essai de traçabilité des paramètres demandés en extensionLHAE Juin ManagementLHAE Décembre Audit vertical LAB GTA 59

Mise en perspective1. Finalisation de la mise en place du SMQ du service selon la norme NF EN ISO/CEI 17025 dans le

cadre du projet d’accréditation des activités de métrologie (voir Fiche SQ-MET). 2. Renforcement de la formation au SMQ et à la métrologie de l’équipe du service qualité.3. Renforcement de l’équipe d’auditeurs internes de l’IPM, notamment en auditeurs techniques pour

étendre les activités à auditer et alléger le volume de travail des 2 auditeurs habilités.4. La poursuite du programme de formation de l’ensemble du personnel de l’IPM aux BPL et aux normes

essentielles pour maintenir le niveau de qualité des prestations fournies par tous les laboratoires et unités de recherche.


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SQ-MET Service qualité : métrologieCorrespondant :Tiana RASOLONAVALONA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Responsables de l’activité :Tiana RASOLONAVALONA, service qualité, [email protected]

Mots clés : Qualité, Métrologie, température, masse, balance, volume

Contexte & justificationLa métrologie est une activité essentielle sur laquelle repose la crédibilité des résultats d’analyses

réalisées par les laboratoires. Les unités et services identifient leurs grandeurs et les appareils de mesure critiques afin de maîtriser les conditions d’analyse et de conservation. Le service qualité s’assure de la fiabilité, de la justesse, de la reproductibilité et de la fonctionnalité de ces appareils de mesure en assurant leur raccordement au Système International (SI) de mesure. Les appareils de mesure critiques sont étalonnés et/ou vérifiés avant la première mise en service, périodiquement à intervalle régulier et après une maintenance curative. Les résultats d’étalonnage fournissent les caractéristiques métrologiques permettant d’apporter les corrections aux mesurages réalisés. La vérification, quant à elle, permet d’établir la conformité d’un appareil de mesure par rapport aux exigences ou spécifications métrologiques définies par l’utilisateur et se rapportant aux analyses concernées et aux produits sensibles conservés (vaccins, réactifs, matériels biologiques).

Faits marquants de l’annéeComme prévu en 2013, l’extension de la télésurveillance centralisée des enceintes thermostatiques et

climatiques critiques des unités et services a été réalisée en mai 2014. Le nombre de capteurs (température et CO2) installés sur les équipements a plus que doublé (de 63 à 133). Ce système de télésurveillance des paramètres critiques répond aux besoins et objectifs de l’IPM : maitriser les conditions d’analyse et de conservation, évaluer et optimiser les équipements, anticiper les défaillances et répondre aux exigences normatives et réglementaires. De plus, ce système permet d’avoir la traçabilité et l’historique des paramètres surveillés, de visualiser et d’exploiter les mesures et surtout d’être alerté en temps réel en cas de dépassement de consigne, de coupure d’électricité ou de réseau informatique.

Tableaux d’activité synthétique annuelleLe Service Qualité réalise, au sein de son laboratoire de métrologie, des opérations de vérification et

d’étalonnage dans la limite de ses capacités. Ces opérations sont réalisées à la demande des unités/services utilisateurs. En fonction des besoins et exigences des utilisateurs, des appareils de mesure peuvent être envoyés dans un laboratoire accrédité Cofrac.

Tableau I : Nombre d’appareils de mesure vérifiés et étalonnés

Type appareils de mesure Vérifiés(1) Etalonnés(2) TotalBain thermostaté 8 8Balance de précision 15 15Chambre froide positive 1 1Combiné réfrigérateur/congélateur 2 2Etuve 45 45Micropipette (IVAP) 47 47Réfrigérateur 4 4Chaîne de mesure de la température 35 35

Masse 2 2Total 122 37 159

Note : (1) la vérification permet d’établir la conformité d’un appareil de mesure par rapport aux exigences ou spécifications métrologiques définies par l’utilisateur et se rapportant aux analyses concernées. (2) les résultats d’étalonnage fournissent les caractéristiques métrologiques permettant d’apporter les corrections aux mesurages réalisés.

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Tableau II : résultats des vérifications par rapports aux spécifications demandées par les utilisateurs

Type d’appareils de mesure Résultats 2014 TotalConforme(1) Non conforme(2)

Bain thermostaté 8 8Balance de précision 15 15Chambre froide positive 1 1Combiné réfrigérateur/congélateur 2 2Etuve 42 3 45Micropipettes (IVAP) 34 13 47Réfrigérateur 4 4Total général 106 16 122

Note : (1) la confirmation métrologique est un ensemble d’opérations nécessaires pour assurer qu’un équipement de mesure répond aux exigences correspondant à l’utilisation prévue (NF EN ISO 10012). (2) En cas de non-conformité, les utilisateurs évaluent les conséquences, les risques induits, l’impact et l’étendue de la non-conformité et mettent en place des actions correctives adéquates.

Mise en perspectiveLe service qualité assure des activités supports, dont la métrologie, pour l’ensemble des laboratoires à

l’IPM. Au même titre que les laboratoires notamment accrédités, le service qualité doit prouver ses compétences aux organismes accréditeurs. Pour cela, le service qualité a inscrit dans ses priorités pour 2015, 1. La préparation de l’accréditation Cofrac du laboratoire de métrologie selon la Norme NF EN ISO/CEI

17025. Cette accréditation figure dans la politique qualité de la direction de l’IPM depuis mars 2014. L’atteinte de cet objectif (prévu en 2016) requiert la mise à disposition de moyens et ressources adéquats d’une part, le renforcement des compétences et la disponibilité de l’ensemble de l’équipe du service qualité d’autre part.

2. La formation et l'habilitation des techniciens des laboratoires accrédités ou engagés dans un processus d’accréditation Cofrac aux opérations de vérification et d’étalonnage. Cette disposition, fortement recommandée par le Cofrac, permettra aux laboratoires concernés de prouver la maîtrise des grandeurs critiques influant sur la qualité des résultats d’analyse.


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SQ-HSE Service qualité : biosécurité

Correspondant :Tiana RASOLONAVALONA


Téléphone :+261 20 22 412 72


Responsables de l’activité :- Tiana RASOLONAVALONA, chargée de prévention, [email protected] Philippe LASNIER, directeur administratif et financier, [email protected]

Mots clés : Biosécurité, hygiène, sécurité, environnement

Contexte & justificationAssurer la sécurité des personnes et des biens et préserver l’environnement constituent un souci

permanent de la direction de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM). Le service qualité (SQ), à travers ses actions au sein du comité consultatif d’hygiène et de sécurité (CCHS), est chargé de veiller au respect de la politique hygiène, sécurité et environnement de l’IPM, de sensibiliser et d’assurer la formation du personnel à la biosécurité et au respect de l’environnement. L’objectif principal étant de prévenir les risques encourus liés aux différentes activités de l’IPM.


1. Vérifications et contrôles des installations et équipements à risque :Les vérifications et les contrôles réglementaires sont réalisés par des sociétés ou organismes agréés.

Installations et équipements Fréquence Nb Nb contrôlesprévus Réalisés

Réseau Incendie Armé (RIA) Annuelle 14 14 14Extincteurs Annuelle 110 110 110Poste de Sécurité Microbiologie (PSM) et hottes diverses 18 mois 55 0(a) 7(b)

Autoclaves 18 mois 12 0(a) 0Réseau de distribution de gaz Annuelle 2 2 2Détecteur et alarme incendie Annuelle 1 1 1Laboratoire de sécurité biologique de niveau 3 (NSB3) Annuelle 1 1 1Total 195 128 135

Note : (a) les contrôles périodiques sont prévus en 2015, (b) 7 contrôles ponctuels réalisés suite à une anomalie.Tout équipement non conforme est identifié comme tel pour éviter leur utilisation éventuelle. Tous travaux de

maintenance sont suivis d’un contrôle de conformité avant réutilisation.

2. Suivi de la restauration collectiveCantine :Les prélèvements et analyses microbiologiques sont périodiquement réalisés par le LHAE et les visites d’hygiène par les membres du CCHS de l’IPM.

Contrôles Fréquence Nb contrôles prévus RéalisésPlats cuisinés Mensuelle 12 8Hygiène des surfaces et matériels (3 points) Trimestrielle 12 9Hygiène des mains (3 personnes) Semestrielle 6 6Visite d’hygiène Mensuelle 12 09Total 42 26

Cafétéria :Les prélèvements, les analyses microbiologiques et les visites d’hygiène sont périodiquement réalisées par le LHAE. Le CCHS réalise également des visites inopinées le cas échéant.

Contrôles Fréquence Nb contrôles prévus RéalisésProduits alimentaires sensibles (3 produits) Trimestrielle 12 25(a)

Hygiène des surfaces et matériels (3 points) Trimestrielle 12 27(a)

Hygiène des mains (3 personnes) Trimestrielle 12 37(a)

Visite d’hygiène Trimestrielle 5 5Total 36 89

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3. Visite d’hygiène des unités et servicesLes membres du CCHS réalisent des visites mensuelles des unités et services. En 2014, 07 visites ont été réalisées. Ces visites permettent de vérifier le respect des consignes et d’identifier les risques éventuels. En cas de non-conformité, des actions correctives sont mises en place par le service concerné avec l’appui du CCHS.

4. Qualité de l’eau L’eau d’adduction et l’eau de source sur le campus de l’IPM sont régulièrement contrôlées. En 2014, 12 échantillons d’eau d’adduction 9 échantillons d’eau de sources ont été analysées.

5. Gestion des déchets d’activités de soins : Les déchets d’activités de soins à risque infectieux (DASRI) et les déchets de laboratoire assimilés aux ordures ménagères (DAOM) sont traités pour la majeure partie (90%) par une entreprise spécialisée et agréée. En 2014, près de 12 500 kg de déchets d’activités de soin (DAS) ont été produits par l’ensemble des laboratoires et services. La quantité de DASRI a légèrement diminué (11 529 Kg en 2013 et 10 495 Kg en 2014) et la quantité de DAOM a en revanche augmenté (2 244 kg en 2013 contre en 2004 Kg 2014). L’objectif pour améliorer la qualité du tri à la source n’est pas toujours atteint malgré l’augmentation de la production de DAOM. En effet, la quantité de DAOM devrait être entre 60 à 70% de la production totale. L’élimination des déchets chimiques toxiques ainsi que des polluants (solvants, insecticides, etc.) s’avère problématique pour l’IPM. L’analyse et la mise en place des moyens et méthodes d’élimination reste d’actualité.

6. Médecine de prévention : bilan des accidents de travail en général et des AES en particulier (voir rapport Service Médical – médecine du personnel)

Tableaux de résultats annuels Cantine du personnel

Contrôles Nb contrôles RésultatsPlats cuisinés 8 8/8 conformesHygiène des surfaces et matériels (3 points) 9 9/9 conformesHygiène des mains (3 personnes) 6 6/6 conformesTotal 26

CafétériaContrôles Nb contrôles Résultats

Produits alimentaires sensibles (3 produits) 25 6/25 conformesHygiène des surfaces et matériels (3 points) 27 12/27 conformesHygiène des mains (3 personnes) 37 20/21 conformesTotal 89

EauxContrôles Nb contrôles Résultats

Eau d’adduction 12 11/12 conformesEau de source 9 8/9 conformesTotal 89

Note : les produits non conformes sont de nouveau contrôlés. Ils sont retirés de la liste des produits servis. Lorsque l’eau est non conforme aux critères bactériologiques de potabilité, l’ensemble du personnel en est informé.

Mise en perspective1. L’évacuation et traitement des déchets chimiques solides tritiés soit par les autorités compétentes,

soit par l’IPM s’avère de plus en plus urgent. 2. La mise en place d’une filière de traitement des déchets chimiques toxiques et des polluants est

nécessaire pour renforcer la prévention du personnel et la préservation de l’environnement. 3. L’augmentation de la capacité de l’incinérateur de l’IPM doit être évaluée pour assurer le traitement

efficace, sans risque et de manière pérenne des DAS en cas de problème avec le seul prestataire externe agréé. A noter que les DASRI piquants, les pièces anatomiques ainsi que les DAS récoltés sur le terrain sont déjà traités à l’IPM.

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Formation scientifique : Etudiants, stagiaires & scientifiques accueillis

Thèses de sciences................................................................................................................. 157

Thèses d'exercice (médecine, pharmacie, vétérinaire) ............................................................ 158

Master 2, Master pro, DEA & équivalent.................................................................................. 159

Internat qualifiant..................................................................................................................... 160

Formation professionnelle payante.......................................................................................... 160

Autres stages .......................................................................................................................... 161

157

Thèses de sciences

Unité de bactériologie expérimentaleo Andriamanantena Tahiry Sylviane, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO

(Madagascar)]. Etude des environnements génétiques des gènes de résistance de bactéries de Gram négatives.

o Andrianoelina Herilalaina Volasoa , [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Dynamique et transmission des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques (BMR) en néonatologie l'hôpital CENHOSOA à Antananarivo.

o Rivolala Lalaina Odile, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Tests de diagnostiques rapides de détection des résistances bactériennes aux antibiotiques dans les Pays en Voie de Développement.

Unité de la pesteo Rakotonanahary Jean Luc Rado, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].

Etude épidémiologique des rickettsioses à Madagascar. Unité de virologie

o Marie Marie Olive, [UNIVERSITE DE MONTPELLIER & CIRAD (France)]. Mécanismes de transmission du virus de la Fièvre de la Vallée du Rift à Madagascar.

o Raharinantoanina Sandratana Vonjilalao Johnson, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Génotypage des entérovirus non poliomyélitiques isolés dans des selles des cas de PFA à Madagascar.

o Raharinosy Vololoniaina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Ecologie et évolution génétique des Hantavirus à Madagascar.

Unité d'entomologieo Miarinjara Adelaide , [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].

Détermination des espèces de puces vectrices à Madagascar: implications de nouvelles méthodes moléculaires pour la détermination des espèces et l'histoire des populations.

o Randriamaherijaona Sanjiarizaha , [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Adaptation des vecteurs de paludisme aux différentes méthodes de lutte mise en place à Madagascar: résistance - distribution.

o Thiery Nirina Jean Jose Nepomichene, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Biologie de Anopheles coustani et Anopheles squamosus/cydippiset leurs implications dans la transmission de Plasmodium, du virus de la Fièvre de la Vallée du Rift et du virus West Nile.

Unité d'épidémiologieo Andrianasolo Andry Herisoa , [UNIVERSITE DE BOURGOGNE (France)].

Déterminants épidémiologique et socio-anthropologique du poids, de la prise en charge et de la prévention du paludisme et des infections respiratoires basses (tuberculose, grippe, pneumocoques) à Madagascar.

o Chiarella Mattern, [UNIVERSITE DE LOUVAIN (Belgique)]. Perspectives anthropologiques sur l’accès aux soins à Madagascar : la peste, la tuberculose et le paludisme. De la prévention à la prise en charge.

o Ihantamalala Hanitriniaina Felana Angella , [UNIVERSITE DE LA REUNION (France)]. Modélisation des zones variables à la propagation de la grippe et du paludisme par rapport à la mobilité de la population à Madagascar.

o Raharijaona Hanta Marie Emma, [UNIVERSITE DE BOURGOGNE (France)]. Déterminants de l'accès aux luttes préventives et thérapeutiques face au paludisme, à la peste et à l'exposition à la rage.

o Florian Girond, [UNIVERSITE DE LA REUNION (France)]. Système d’information géographique prédictif et dynamique du risque d’épidémie de paludisme àMadagascar.

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Unité des mycobactérieso Rabodoarivelo Marie Sylvianne , [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].

Détection moléculaire de la résistance aux anti-tuberculeux de M. Tuberculosis à partir de lames colorées, d'échantillons conservés papier filtre.

o Ranaivomanana Paulo, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Etude de la réponse immune chez les enfants vaccinés par le BCG à Madagascar.

o Rasoahanitralisoa Lucia Rondroarivelo, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Polymorphisme des gènes acquis par transfert horizontal chez les souches cliniques de Mycobacterium tuberculosis et recherche de nouvelles cibles médicamenteuses.

o Ratovonirina Noel Harijaona, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Etude épidémiologique et moléculaire des souches Mycobacterium tuberculosiscirculant à Antananarivo Madagascar.

Unité d'immunologieo Chakir Ismael, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Etude de la

réponse anticorps des sujets faisant un primo-accès palustre et ses applications pour le développement d'un test de détection des séroconversions.

o Ramandanirainy Prisca Annick, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Exploration de la réponse immunitaire cellulaire au cours de la cysticercose humaine.

o Tahina Vonimbola Louison, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].L'Etude sérologique de la cysticercose avec des protéines recombinantes

Unité du paludismeo Andrianaranjaka Voahangy, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].

Impact de la pression médicamenteuse liée à la politique de traitement antipaludique sur la population de plasmodium falciparum à Madagascar.

o Thomas Kesteman, [UNIVERSITE AIX-MARSEILLE (France)]. Evaluation du poids du paludisme dans une situation de transition épidémiologique, à Madagascar, et de l’efficacité en conditions réelles (effectiveness) des mesures de lutte déployées dans le cadre du programme national de lutte.

Thèses d'exercice (médecine, pharmacie, vétérinaire)

LESo Andrianaivo Holy, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Identification

moléculaire des amibes libres (Naegleria) isolées de sources thermales de Madagascar.

Unité de bactériologie expérimentaleo Randriamalala Rivohaja Michael, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].

Etude de faisabilité sur l'apparition, la disparition, la persistance et la dissémination de bactéries résistantes aux antibiotiques en milieu communautaire.

Unité d'épidémiologieo Andrianantenaina Ionimalala, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].

Observance thérapeutique des patients hypertendus dans la région de Moramanga. Unité d'immunologie

o Guillaume Roux, [UNIVERSITE JOSEPH FOURIER DE GRENOBLE (France)]. Mise en place d'un système de culture cellulaire des crysporidies pour la détection de viabilité des parasites.

Tahina Vonimbola Louison, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Etude sérologique de la cysticercose avec des protéines recombinantes.

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Unité du paludismeo Emasignavy Henrielle, [UNIVERSITE DE MAHAJANGA (Madagascar)]. Evaluation

de l'efficacité thérapeutique de l'association sulfadoxine-pyrimethamine et de l'act contenant piperaquine à Maevatanana.

Master 2, Master pro, DEA & équivalent

Unité de bactériologie expérimentaleo Rafetrarivony Lala Fanomezantsoa, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO

(Madagascar)]. Etude de la dynamique de transmission des résistances bactériennes aux antibiotiques dans un milieu communautaire.

Unité de la pesteo Asinely Estherine, [UNIVERSITE DE TULEAR (Madagascar)]. Mise au point des

techniques d'identification des Haemoparasites des micromammifères de Madagascar et détermination du taux de portage.

o Rakotoarimanana Faniry, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Caractérisation des nouvelles souches de Yersinia pestis résistantes aux antibiotiques.

o Lantoniaina Iharisoa Alice, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Etude de la réponse immune cellulaire contre la peste: mise au point des techniques.

Unité de virologieo Tiana Rakotoarisoa Ny Aina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].

Génotypage des souches de virus de la peste porcine africaine récemment isolées à Madagascar.

o Rabarison Joelinotahina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].Epidémiologie des hépatites à Antananarivo et Mahajanga

o Razafindramparany Mino Harimbola, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Séroprévalence des hépatites B et C et génotypage des virus circulant à Madagascar

o Rakotoarinoro Mihajamanana, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].Détection de la circulation d'orthopoxvirus chez les petits mammifères de Madagascar

Unité d'entomologieo Miarinjara Adelaide, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Mise en

place d'outils moléculaires pour l'identification des puces selvatiques en vue d'étudier leur implication dans le cycle pesteux.

o Rajonhson Dora Murielle, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].Evaluation de l'épandage d'insecticide versus l'utilisation de boîtes de Kartman sur les puces libres et les puces des ronguers dans le cadre d'une lutte contre les vecteurs de la peste

Unité d'épidémiologieo Rakotoarison Hobiniaina Anthonio, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO

(Madagascar)]. Système d'information géographique et analyse multicère pour l'identification des zones prioritaires à la campagne d'aspersion d'insecticide contre le paludisme

o Rasoloarijaona Randza Vololona, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Les pratiques alimentaires des enfants de 6 à 59 mois à Moramanga, consommation et couverture des besoins nutritionnels.

Unité des mycobactérieso Rabodoarivelo Marie Sylvianne, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].

Génotypage de mutations caractéristiques des grandes lignées de M. Tuberculosis : étude de la diversité génétique des souches.

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o Rakotonanahary Ranto Tiana, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Mise en place du diagnostic moléculaire de Mycobacterium ulcerans par la méthode de PCR.

o Andrianivomikotroka Rina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Evaluation de test moléculaire de détection de la multirésistance de Mycobactérium Tuberculosis à partir d'ADN extrait de crachats conservés sur des supports en papier filtre

o Razafimahatratra Solohery Lalaina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Distribution spatiale des génotypes des souches cliniques de Mycobactérium tuberculosis à Antananarivo

Unité d'immunologieo Fomenjanahary Verosoa , [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Etude

de la leptospirose bovine à Moramanga.o Rabeniary Rasoamanjara Madeleine , [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO

(Madagascar)]. Etude de la séroprévalence de la cysticercose porcine en élevage et en abattoir dans la zone d'Antananarivo.

Unité du paludismeo Andriamahefa Heritiana Fanomezantsoa, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO

(Madagascar)]. Détection de Trypanosoma sp chez les batraciens.

Internat qualifiant

CBCo Andriamandimbisoa Tojoniaina Herinjaka, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO

(Madagascar)]. Stage d'observation (2 mois).o Ramavoson Tsiriniaina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Stage

d'observation (2 mois).o Tsatoromila Fenosoa Anita Mireille , [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO

(Madagascar)]. Bactériologie (2 mois).o Razanadrakoto Ianja Iorenantsoa, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO

(Madagascar)]. Bactériologie (2 mois).o Batavisoaniatsy Elodie Emile, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].

Immunologie - Allergologie (1 mois). Unité d'épidémiologie

o Dorasse Rabenaivo, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Evaluation de la performance des indicateurs de la malnutrition aigüe sévère à Moramanga (6 mois)

o Rasolofozafy Hanitriniaina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Gestion de projet (6 mois).

Unité d'immunologieo Rakotonidrina Francine Isabelle, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].

Stage d'observation (2 mois). Unité de bactériologie expérimentale

o Razafinarivo Anjaratiana Hasina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Stage d'observation (2 mois).

Formation professionnelle payante

LHAEo Ramahandrisoa Fernand Christian, [PECHEXPORT (Madagascar)]. Analyse de

produits de la mer (5 jours).o Razanadrakoto Herinirina Alain Odon, [BRASSERIE STAR (Madagascar)].

Microbiologie, lecture de boîte et calcul, expression des résultats (5 jours).

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o Andriambahiny Faly, [BRASSERIE STAR (Madagascar)]. Microbiologie, lecture de boîte et calcul, expression des résultats (5 jours).

o Randrianasolo Faliarimanana, [BRASSERIE STAR (Madagascar)]. Microbiologie, lecture de boîte et calcul, expression des résultats (5 jours).

o Raharivony Michel,[BRASSERIE STAR (Madagascar)]. Microbiologie, lecture de boîte et calcul, expression des résultats (5 jours).

o Ahamed Soifa, [ONCQ-CPH (Comores)]. Formation en Techniques de laboratoire et assurance qualité, Audit Bonne pratiques de laboratoire / Assurance qualité (1 mois)

o Ali M'ssa Nidali, [ONCQ-CPH (Comores)]. Formation en Techniques de laboratoire et assurance qualité, Audit Bonne pratiques de laboratoire / Assurance qualité (1 mois)

o Sahnoune Mohamed Abdou, [ONCQ-CPH (Comores)]. Formation en Techniques de laboratoire et assurance qualité, Audit Bonne pratiques de laboratoire / Assurance qualité (1 mois)

o Mohamed Adam Ismael, [ONCQ-CPH (Comores)]. Formation en Techniques de laboratoire et assurance qualité, Audit Bonne pratiques de laboratoire / Assurance qualité (1 mois)

Autres stages

Direction administrative et financièreo Raharison Onja Toavina, [UNIVERSITE D'ANTANANARIVO (Madagascar)].

Optimisation de la gestion des contrats de service IPM (3 mois)o Andrianjohary Prisily, [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE DE

MADAGASCAR (Madagascar)]. Service Inormatique (6 mois)o Razafimandranto Herizo Christian, [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE DE

MADAGASCAR (Madagascar)]. Service Informatique. (6 mois)o Andrianjafy Voahiranahanitriniony, [UNIVERSITE DE TECHNOLOGIE

D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Stage pratique en entreprise (1 mois)o Razafindrabe Durbin Orlando, Stage d'observation (1 mois).

CBCo Farida, [UNIVERSITE DE TOLIARA (Madagascar)]. Stage d'observationo Rakotomamonjy Yonnie Ando Noelle,[UNIVERSITE DE TOLIARA (Madagascar)].

Stage d'observation o Ranaivoarimanana Njivaniaina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO(Madagascar)].

Stage d'observation (6 mois)o Rakotovelomiarison Tahiry Todisoa, [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE

DE MADAGASCAR (Madagascar)]. Guide de bonne exécution en analyses biomédicales (3 mois).

o Raneliarison Kirijavola, (Madagascar). Stage d'observation (4 mois).o Raveloson Amour Sarah, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO(Madagascar)]. Etude

in-vitro des activités anti-bactériennes d'extraits bruts de fruit NONI (Morinda citrifolia) (1 mois)

o Raveloson Mialitiana, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Stage d'observation (3 mois)

o Rakotovao Claudia, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO(Madagascar)]. Stage d'observation (3 mois)

o Randrianarisoa Joela Tovoitokiana, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO(Madagascar)]. Gestion des DASRI dans un laboratoire d’analyse médicale : Expériences du Centre de Biologie Clinique de l’Institut Pasteur de Madagascar (2 mois)

o Randriamitandrina Andoniaina Annah, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO(Madagascar)]. Stage d'observation (6 mois)

o Ratsimiebo Maholy Pricille, Stage d'observation (2 mois)

162

o Razanatseheno Mihajasoa Stella, Stage d'observation (1 mois) LHAE

o Rabialahy Nico Valery, [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE DE MADAGASCAR (I.S.P.M) (Madagascar)]. Analyse des produits alimentaires et leurs hygiènes (1 mois).

o Rambohitrarivo Berthod, (Madagascar). Stage d'observation (1 mois).o Rakotosamimanana Henintsoa. Marketing et communication extérieure pour un

laboratoire de diagnostic et prestataire de service (6 mois).o Solofondrazaintsoarinirina Rojompitiavana, [INSTITUT SUPERIEUR

POLYTECHNIQUE DE MADAGASCAR (Madagascar)]. Suivi microbiologique de la viande de boucherie de l'abattoir au point de vente (1 mois).

o Randriambolaina Jonathan, [UNIVERSITE DE LA REUNION (France)]. Mise en place de la détection des Entérobactéries et vibrio entéropathogènes dans l'eau (1 mois).

o Ranaivojaona M. Sendrahasina. L'Etude d'impact environnemental de la contamination fécale en milieu défavorisé (2 mois).

o Andrianarisoa A. Alain Berthin. Concentration et extraction d'ADN de pathogènes entériques sur la ressource en eau ( mois).

o Ravelomanantsoa Koloina Fiona. Liens entre niveau de contamination fécale et agents pathogènes (1 mois).

o Randriamalala Tsanta Fifaliana. Liens entre niveau de contamination fécale et agents pathogènes (1 mois).

o Rakotoarimanana Fanomezantsoa A. (3 semaines)o Ravelojaona Bakoly Harisoa, [ECOLE PETERPAN (Madagascar)]. Prévalence des

enthéropathogènes dans les viandes (1 mois).o Ratsimbazafy Andrisoa Tanjona. Contrôle Qualité physico-chimique eaux propres et

eaux résiduaires (2 mois).o Kinsou Hasdheka A.Y. Techniques de biologie moléculaire et détection des

entéropathogènes dans l'eau (6 mois).o Ratovoarisoa Liantsoa Gina. Stage ouvrier en analyses microbiologiques des

aliments (1 mois)o Raharimihaja Miarintsoa Fanomezana Rado. Microbiologie et Chimie de l'eau (2

mois)o Raoelijaona Alain Patrick. Microbiologie et Chimie de l'eau (2 mois)o Andrianoelisoa Verohasimanga. La filière malgache du lait : Conservation des

propriétés nutritionnelles (2 mois)o Andriamandroso Haja-Tiana. La filière malgache du lait : détection des fraudes (2

mois)o Razafindrabenja Lantomalala Elsa. Evaluation du pouvoir antimicrobien d'extraits de

plante (1 mois)o Rajosefa Nivo Andrianina. Evaluation du pouvoir antimicrobien d'extraits de plante

(1 mois)o Ratsimba Salohy Haingolalaina. Stage de préparation d'une thèse (2 mois)

Unité de virologieo Benoit Mandin. La technique en biologie moléculaire et immunologie (7 mois)o Ramamonjiharisoa Miora Bruna. Diagnostics des infections virales (1 mois).o Rabemananjara Aina. Stage d'observation (1 mois).o Andrianinarivomanana Tsarasoa Malala. Stage de découverte sur l'hépatite à

Madagascar (3 mois)o Ahitantsoa Andre Theodule, [UNIVERSITE DE MAHAJANGA (Madagascar)]. Stage

d'imprégnation (1 mois) Unité d'entomologie

o Saidou Ahamada M'madi. Stage d'observation (1 mois).o Rajohnson Dora Murielle. Stage d'observation (2 mois)

163

o Rakotomanga Malala Nirina. Etude des tiques des micromammifères terrestres de la Réserve Spéciale d'Ambohitantely (2 mois).

o Randrenjarison Andriniaina Herman Rico. Etude des tiques des micromammifères terrestres de la Réserve Spéciale d'Ambohitantely (1 mois).

o Rasolonjatovo Julien Jose. Stage d'observation (5 mois).o Fanomezantsoa Hajarivao. Stage d'observation (6 mois).

Unité d'épidémiologieo Randrianiaina Samoelina Joro. Etude de la prévalence et des déterminants des

expositions à la rage dans la ville d'Antananarivo (4 mois).o Randriamiarana Rado. La surveillance sentinelle, les investigations d'épidémies et

les aspects de laboratoire (3 mois).o Rakotomanana Razafintsalama Holifidy. [LYCEE FRANCAIS DE TANANARIVE

(Madagascar)]. Découverte du travail de laboratoire et de recherche (1 semaine).o Ramahery Haingonanahary. Stage d'observation (2 semaines).

Unité des helminthiaseso Rakotoniaina Hasina Josue, [UNIVERSITE GOTTINGEN ET DEUTSCHES

PRIMATENEZENTRUM (Allemagne)]. Identification des parasites chez les Cheirogaleus medius (10 jours).

Unité des mycobactérieso Ratsiferana Anja. Etude de profils génétiques des souches Mycobacterium

tuberculosis à Madagascar (2 mois) Unité d'immunologie

o Minorivomandimby Rojo Navalona , [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE DE MADAGASCAR (Madagascar)]. Mise au point d’une PCR pour la séquençage pour la détermination des espèces microsporidies (5 mois).

o Rasolofomboahangy Valisoa , [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE DE MADAGASCAR (Madagascar)]. Mise au point d’une PCR en temps réel dans les prélèvements des selles pour la détection d’Entomaeba (2 mois).

o Sagui Uranya Felicite, [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE DE MADAGASCAR (I.S.P.M) (Madagascar)]. Clonage et expression de protéines plasmodiales (6 mois).

164

Publications du personnel del’Institut Pasteur de Madagascar

en 2014

1. Bessaud M, Razafindratsimandresy R, Nougairede A, Joffret ML, Deshpande JM, Dubot-Peres A, Heraud JM, de Lamballerie X, Delpeyroux F, Bailly JL. Molecular comparison and evolutionary analyses of VP1 nucleotide sequences of new African human enterovirus 71 isolates reveal a wide genetic diversity. PloS one2014;9(3):e90624. Impact Factor: 3.534

2. Boyer S, Miarinjara A, Elissa N. Xenopsylla cheopis (Siphonaptera: Pulicidae) susceptibility to Deltamethrin in Madagascar. PLoS One. 2014; 9(11):e111998. Impact Factor: 3.534

3. Brouat C, Tollenaere C, Estoup A, Loiseau A, Sommer S, Soanandrasana R (Rahelinirina S), Rahalison L, Rajerison M, Piry S, Goodman SM, Duplantier JM. Invasion genetics of a human commensal rodent: the black rat Rattus rattus in Madagascar. Molecular ecology2014;23(16):4153-67. Impact Factor: 5.84

4. Cui Y, Yang X, Xiao X, Anisimov AP, Li D, Yan Y, Zhou D, Rajerison M, Carniel E, Achtman M, Yang R, Song Y. Genetic variations of live attenuated plague vaccine strains (Yersinia pestis EV76 lineage) during laboratory passages in different countries. Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases2014;26:172-9. Impact Factor: 3.264

5. Garin B, Djaomazala I, Dubois-Cauwelaert N, Raharimanga V, Ralison F, Herindrainy P, Andriamalala NC, Sarovich DS, Mayo M, Kaestli M, Currie BJ. Autochthonous melioidosis in humans, Madagascar, 2012 and 2013. Emerging infectious diseases2014;20(10):1739-41.

Impact Factor: 7.327

6. Ghansah A, Amenga-Etego L, Amambua-Ngwa A, Andagalu B, Apinjoh T, Bouyou-Akotet M, Cornelius V, Golassa L, Andrianaranjaka VH, Ishengoma D, Johnson K, Kamau E, Maiga-Ascofare O, Mumba D, Tindana P, Tshefu-Kitoto A, Randrianarivelojosia M, William Y, Kwiatkowski DP, Djimde AA. Monitoring parasite diversity for malaria elimination in sub-Saharan Africa. Science (New York, NY)2014;345(6202):1297-8. Impact Factor: 31.477

7. Hasiniatsy NR, Vololonantenaina CR, Rabarikoto HF, Razafimanjato N, Ranoharison HD, Rakotoson JL, Samison LH, Rafaramino F. First results of hormone receptors' status in Malagasy women with invasive breast cancer. The Pan African medical journal2014;17:153.

Impact Factor: ?

8. Kamau E, Campino S, Amenga-Etego L, Drury E, Ishengoma D, Johnson K, Mumba D, Kekre M, Yavo W, Mead D, Bouyou-Akotet M, Apinjoh T, Golassa L, Randrianarivelojosia M, Andagalu B, Maiga-Ascofare O, Amambua-Ngwa A, Tindana P, Ghansah A, MacInnis B, Kwiatkowski D, Djimde AA. K13-Propeller Polymorphisms in Plasmodium falciparum Parasites From Sub-Saharan Africa. The Journal of infectious diseases2014.

Impact Factor: 5.7789. Kesteman T, Randrianarivelojosia M, Mattern C, Raboanary E, Pourette D, Girond F,

Raharimanga V, Randrianasolo L, Piola P, Rogier C. Nationwide evaluation of malaria

165

infections, morbidity, mortality, and coverage of malaria control interventions in Madagascar. Malaria journal 2014;13:465. Impact Factor: 3.489

10. Khim N, Andrianaranjaka V, Popovici J, Kim S, Ratsimbasoa A, Benedet C, Barnadas C, Durand R, Thellier M, Legrand E, Musset L, Menegon M, Severini C, Nour BY, Tichit M, Bouchier C, Mercereau-Puijalon O, Menard D. Effects of mefloquine use on Plasmodium vivax multidrug resistance. Emerging infectious diseases2014;20(10):1637-44.

Impact Factor: 7.32711. Kreppel KS, Caminade C, Telfer S, Rajerison M, Rahalison L, Morse A, Baylis M. A non-

stationary relationship between global climate phenomena and human plague incidence in Madagascar. PLoS neglected tropical diseases2014;8(10):e3155. Impact Factor: 4.489

12. Langat MK, Randrianavelojosia M, Langat LC, Plant N, Mulholland DA. Langaside, a novel secoiridolactone glycoside derivative from Tachiadenus longiflorus Griseb. (Gentianaceae) formed by a [2+2] cycloaddition reaction. Phytochemistry Letters 2014;10: 118-122.

Impact Factor : 1.54213. Linz B, Vololonantenaina CR, Seck A, Carod JF, Dia D, Garin B, Ramanampamonjy RM,

Thiberge JM, Raymond J, Breurec S. Population genetic structure and isolation by distance of Helicobacter pylori in Senegal and Madagascar. PloS one2014;9(1):e87355.

Impact Factor: 3.53414. Martin A, Imperiale B, Ravolonandriana P, Coban AY, Akgunes A, Ikram A, Satti L, Odoun

M, Pandey P, Mishra M, Affolabi D, Singh U, Rasolofo V, Morcillo N, Vandamme P, Palomino JC. Prospective multicentre evaluation of the direct nitrate reductase assay for the rapid detection of extensively drug-resistant tuberculosis. The Journal of antimicrobial chemotherapy 2014;69(2):441-4. Impact Factor: 5.439

15. Nicolas G, Chevalier V, Tantely LM, Fontenille D, Durand B. A spatially explicit metapopulation model and cattle trade analysis suggests key determinants for the recurrent circulation of rift valley Fever virus in a pilot area of madagascar highlands. PLoS neglected tropical diseases 2014;8(12):e3346. Impact Factor: 4.489

16. Pourette D, Raharimanga V. Représentations et répercussions sociales d’un essai clinique à Madagascar. Sciences Sociales et Santé 2014 ;32 :5-26. Impact Factor : 0.28

17. Rajatonirina S, Rakotomanana F, Randrianasolo L, Razanajatovo NH, Andriamandimby SF, Ravolomanana L, Randrianarivo-Solofoniaina AE, Reynes JM, Piola P, Finlay-Vickers A, Heraud JM, Richard V. Early-warning health and process indicators for sentinel surveillance in Madagascar 2007-2011. Online journal of public health informatics2014;6(3):e197. Impact Factor: ?

18. Rakotosamimanana S, Mandrosovololona V, Rakotonirina J, Ramamonjisoa J, Ranjalahy JR, Randremanana RV, Rakotomanana F. Spatial analysis of pulmonary tuberculosis in Antananarivo Madagascar: tuberculosis-related knowledge, attitude and practice. PloS one2014;9(11):e110471. Impact Factor: 3.534

19. Ramarokoto CE, Kildemoes AO, Randrianasolo BS, Ravoniarimbinina P, Ravaoalimalala VE, Leutscher P, Kjetland EF, Vennervald BJ. Eosinophil granule proteins ECP and EPX as markers for a potential early-stage inflammatory lesion in female genital schistosomiasis (FGS). PLoS neglected tropical diseases2014;8(7):e2974. Impact Factor: 4.489

20. Randremanana RV, Randrianirina F, Sabatier P, Rakotonirina HC, Randriamanantena A, Razanajatovo IM, Ratovoson R, Richard V. Campylobacter infection in a cohort of rural children in Moramanga, Madagascar. BMC infectious diseases 2014;14:372.


166

21. Randrianambinintsoa FJ, Leger N, Robert V, Depaquit J. Paraphyly of the subgenus Sintonius (Diptera, Psychodidae, Sergentomyia): status of the Malagasy species. Creation of a new subgenus and description of a new species. PloS one2014;9(6):e98065.

Impact Factor: 3.53422. Randrianirina F, Ratsima EH, Ramparany L, Randremanana R, Rakotonirina HC,

Andriamanantena T, Rakotomanana F, Rajatonirina S, Richard V, Talarmin A. Antimicrobial resistance of bacterial enteropathogens isolated from stools in Madagascar. BMC infectious diseases 2014;14:104. Impact Factor: 2.561

23. Ratovonjato J, Rajerison M, Rahelinirina S, Boyer S. Yersinia pestis in Pulex irritans fleas during plague outbreak, Madagascar. Emerging infectious diseases2014;20(8):1414-5.

Impact Factor: 7.32724. Ratovonjato J, Randrianarivelojosia M, Rakotondrainibe ME, Raharimanga V,

Andrianaivolambo L, Le Goff G, Rogier C, Ariey F, Boyer S, Robert V. Entomological and parasitological impacts of indoor residual spraying with DDT, alphacypermethrin and deltamethrin in the western foothill area of Madagascar. Malaria journal 2014;13:21.

Impact Factor: 3.48925. Reynes JM, Razafindralambo NK, Lacoste V, Olive MM, Barivelo TA, Soarimalala V,

Heraud JM, Lavergne A. Anjozorobe hantavirus, a new genetic variant of Thailand virus detected in rodents from Madagascar. Vector borne and zoonotic diseases 2014;14(3):212-9. Impact Factor: 2.531

26. Ratovoson R, Raharimanga V, Rakotosamimanana N, Ravaloson B, Ratsitorahina M, Randremanana R, Ramarokoto H, Rajatonirina S, Rasolofo V, Richard V. Increase in the number of tuberculosis cases treated following tuberculin skin testing in first-year schoolchildren in Madagascar. PloS one2014;9(4):e95494. Impact Factor: 3.534

27. Razafindratsimandresy R, Joffret ML, Delpeyroux F, Heraud JM. First full genome sequence of a human enterovirus a120, isolated in madagascar. Genome announcements2014;2(3). Impact Factor: 0

28. Norseth HM, Ndhlovu PD, Kleppa E, Randrianasolo BS, Jourdan PM, Roald B, Holmen SD, Gundersen SG, Bagratee J, Onsrud M, Kjetland EF. The colposcopic atlas of schistosomiasis in the lower female genital tract based on studies in Malawi,Zimbabwe, Madagascar and South Africa. PLoS neglected tropical diseases2014;8(11):e3229.


29. Almelli T, Nuel G, Bischoff E, Aubouy A, Elati M, Wang CW, Dillies MA, Coppee JY, Ayissi GN, Basco LK, Rogier C, Ndam NT, Deloron P, Tahar R. Differences in gene transcriptomic pattern of Plasmodium falciparum in children with cerebral malaria and asymptomatic carriers. PloS one2014;9(12):e114401. Impact Factor: 3.534

30. Boyer S, Foray C, Dehecq JS. Spatial and temporal heterogeneities of Aedes albopictus density in La Reunion Island: rise and weakness of entomological indices. PloS one2014;9(3):e91170. Impact Factor: 3.534

31. Boyer S, Tantely ML, Randriamaherijaona S, Andrianaivolambo L, Cardinale E. Mosquitoes sampling strategy for studying West Nile Virus Vectors in Madagascar: Abundance, Distribution and Methods of Catching in High Risk Areas. Arch Instit Pasteur Madagascar. 2014; 71:1-4. Impact Factor: 0

32. Demanou M, Pouillot R, Grandadam M, Boisier P, Kamgang B, Herve JP, Rogier C, Rousset D, Paupy C. Evidence of dengue virus transmission and factors associated with the

167

presence of anti-dengue virus antibodies in humans in three major towns in cameroon. PLoS neglected tropical diseases2014;8(7):e2950. Impact Factor: 4.489

33. Djalle D, Njuimo SP, Manirakiza A, Laganier R, Le Faou A, Rogier C. Efficacy and safety of artemether + lumefantrine, artesunate + sulphamethoxypyrazine-pyrimethamine and artesunate + amodiaquine and sulphadoxine-pyrimethamine + amodiaquine in the treatment of uncomplicated falciparum malaria in Bangui, Central African Republic: a randomized trial. Malaria journal 2014;13:9. Impact Factor: 3.489

34. Dunning JW, Merson L, Rohde GG, Gao Z, Semple MG, Tran D, Gordon A, Olliaro PL, Khoo SH, Bruzzone R, Horby P, Cobb JP, Longuere KS, Kellam P, Nichol A, Brett S, Everett D, Walsh TS, Hien TT, Yu H, Zambon M, Ruiz-Palacios G, Lang T, Akhvlediani T; ISARIC Working Group 3 (including Heraud JM), ISARIC Council, Hayden FG, Marshall J, Webb S, Angus DC, Shindo N, van der Werf S, Openshaw PJ, Farrar J, Carson G, Baillie JK. Lancet Infect Dis. 2014 Jan;14(1):8-9. Impact Factor: 19,446

35. El-Assaad F, Combes V, Grau GE, Jambou R. Potential efficacy of citicoline as adjunct therapy in treatment of cerebral malaria. Antimicrobial agents and chemotherapy2014;58(1):602-5. Impact Factor: 4.451

36. Gouagna LC, Kerampran R, Lebon C, Brengues C, Toty C, Wilkinson DA, Boyer S, Fontenille D. Sugar-source preference, sugar intake and relative nutritional benefits in Anopheles arabiensis males. Acta tropica 2014;132 Suppl:S70-9. Impact Factor: 2.519

37. Harrois D, Breurec S, Seck A, Delaune A, Le Hello S, Pardos de la Gandara M, Sontag L, Perrier-Gros-Claude JD, Sire JM, Garin B, Weill FX. Prevalence and characterization of extended-spectrum beta-lactamase-producing clinical Salmonella enterica isolates in Dakar, Senegal, from 1999 to 2009. Clinical microbiology and infection 2014;20(2):O109-16.


38. Kloprogge F, Jullien V, Piola P, Dhorda M, Muwanga S, Nosten F, Day NP, White NJ, Guerin PJ, Tarning J. Population pharmacokinetics of quinine in pregnant women with uncomplicated Plasmodium falciparum malaria in Uganda. The Journal of antimicrobial chemotherapy 2014;69(11):3033-40. Impact Factor: 5.439

39. Maquart M, Temmam S, Heraud JM, Leparc-Goffart I, Cetre-Sossah C, Dellagi K, Cardinale E, Pascalis H. Development of real-time RT-PCR for the detection of low concentrations of Rift Valley fever virus. Journal of virological methods 2014;195:92-9. Impact Factor: 1.883

40. Roger M, Beral M, Licciardi S, Soule M, Faharoudine A, Foray C, Olive MM, Maquart M, Soulaimane A, Madi Kassim A, Cetre-Sossah C, Cardinale E. Evidence for circulation of the rift valley fever virus among livestock in the union of Comoros. PLoS neglected tropical diseases2014;8(7):e3045. Impact Factor: 4.489

41. Roucher C, Rogier C, Sokhna C, Tall A, Trape JF. A 20-year longitudinal study of Plasmodium ovale and Plasmodium malariae prevalence and morbidity in a West African population. PloS one2014;9(2):e87169. Impact Factor: 3.534

42. Sagui E, Cordier PY, Nau A, Rogier C, Bregigeon M, Brosset C. Is critical illness polyneuropathy associated with decreased heart rate variability? Revue neurologique2014;170(1):32-6. Impact Factor: 0.601

43. Sangare AK, Boutellis A, Drali R, Socolovschi C, Barker SC, Diatta G, Rogier C, Olive MM, Doumbo OK, Raoult D. Detection of Bartonella quintana in African body and head lice. The American journal of tropical medicine and hygiene 2014;91(2):294-301. Impact Factor: 2.736

168

44. Trape JF, Tall A, Sokhna C, Ly AB, Diagne N, Ndiath O, Mazenot C, Richard V, Badiane A, Dieye-Ba F, Faye J, Ndiaye G, Diene Sarr F, Roucher C, Bouganali C, Bassene H, Toure-Balde A, Roussilhon C, Perraut R, Spiegel A, Sarthou JL, da Silva LP, Mercereau-Puijalon O, Druilhe P, Rogier C. The rise and fall of malaria in a West African rural community, Dielmo, Senegal, from 1990 to 2012: a 22 year longitudinal study. The Lancet Infectious diseases 2014;14(6):476-88. Impact Factor: 19.446

45. Varela ML, Razakandrainibe R, Aldebert D, Barale JC, Jambou R. Cytometric measurement of in vitro inhibition of Plasmodium falciparum field isolates by drugs: a new approach for re-invasion inhibition study. Malaria journal 2014;13:110. Impact Factor: 3.489

46. Venkatesan M, Gadalla NB, Stepniewska K, Dahal P, Nsanzabana C, Moriera C, Price RN, Martensson A, Rosenthal PJ, Dorsey G, Sutherland CJ, Guerin P, Davis TM, Menard D, Adam I, Ademowo G, Arze C, Baliraine FN, Berens-Riha N, Bjorkman A, Borrmann S, Checchi F, Desai M, Dhorda M, Djimde AA, El-Sayed BB, Eshetu T, Eyase F, Falade C, Faucher JF, Froberg G, Grivoyannis A, Hamour S, Houze S, Johnson J, Kamugisha E, Kariuki S, Kiechel JR, Kironde F, Kofoed PE, LeBras J, Malmberg M, Mwai L, Ngasala B, Nosten F, Nsobya SL, Nzila A, Oguike M, Otienoburu SD, Ogutu B, Ouedraogo JB, Piola P, Rombo L, Schramm B, Some AF, Thwing J, Ursing J, Wong RP, Zeynudin A, Zongo I, Plowe CV, Sibley CH. Polymorphisms in Plasmodium falciparum chloroquine resistance transporter and multidrug resistance 1 genes: parasite risk factors that affect treatment outcomes for P. falciparum malaria after artemether-lumefantrine and artesunate-amodiaquine. The American journal of tropical medicine and hygiene2014;91(4):833-43.


47. Wilkinson DA, Melade J, Dietrich M, Ramasindrazana B, Soarimalala V, Lagadec E, le Minter G, Tortosa P, Heraud JM, de Lamballerie X, Goodman SM, Dellagi K, Pascalis H. Highly diverse morbillivirus-related paramyxoviruses in wild fauna of the southwestern Indian Ocean Islands: evidence of exchange between introduced and endemic small mammals. Journal of virology 2014;88(15):8268-77. Impact Factor: 4.648

48. Yanagida T, Carod JF, Sako Y, Nakao M, Hoberg EP, Ito A. Genetics of the pig tapeworm in Madagascar reveal a history of human dispersal and colonization. PloS one2014;9(10):e109002. Impact Factor: 3.534

rapport d’activites 2014©s-2014.pdf · entomologie é immunologie des ... é rapport. il ’ de...

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