epidémiologie des infections fongiques opportunistes et ......
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Epidémiologie des infections
fongiques opportunistes et
nosocomiales
Microbiologie Médicale
V. Letscher-Bru
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I. Généralités sur les champignons
II. Epidémiologie générale des
infections fongiques
III. Les aspergilloses
IV. Les candidoses
V. Conclusion
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Règne des champignons70 000 espèces connues
Eucaryotes uni- ou multicellulaires
Macromycètes Micromycètes
I. Généralités :
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Règne des champignons70 000 espèces connues
Micromycètes
LevuresChampignons filamenteux
Dimorphiques
I. Généralités :
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• Largement répandus- Environnement (sol, plantes, eau, air)
- Flore commensale humaine et animale (levures)
- Industrie agroalimentaire, chimique et pharmaceutique
• Pouvoir pathogène spontané le plus souvent nul
ou faible opportunistes
I. Généralités :
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Micromycètes
LevuresChampignons filamenteux
Dimorphiques
Règne des champignons70 000 espèces connues
I. Généralités :
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1. Champignons filamenteux
1.2. Moisissures
1.1. Dermatophytes
• 3 genres : Epidermophyton, Microsporum, Trichosporon
• Kératinophiles Peau, ongles, cheveux
• Pathogènes primaires
• Infections communautaires
I. Généralités :
• Très grande diversité d’espèces, de biotopes et d’infections
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aérocontaminants
1.2. Moisissures : biotope naturel
I. Généralités :
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1.2. Moisissures : diversité des biotopes
I. Généralités :
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1.2. Moisissures : cultures environnementales
I. Généralités :
Terre : 100 000 spores / gramme
Air extérieur : > 100 spores / m3 d'air
Air habitations : 50 à 100 spores / m3 d'air, dépôt sur les surfaces
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Aspergillus Penicillium Geotrichum Fusarium Mucorale
Cladosporium Alternaria Nigrospora Chaetomium
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• Allergies : très nombreuses espèces– Aspergillus +++
– Mucorales
– Fusarium
– Scedosporium
– …
• Infections superficielles (ongles, otites)
• Infections profondes après contamination respiratoire
par les spores environnementales
Infections opportunistes
et nosocomiales
possibles
1.2. Moisissures : pathogénicité
I. Généralités :
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Micromycètes
LevuresChampignons filamenteux
Dimorphiques
Règne des champignons70 000 espèces connues
I. Généralités :
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2. Levures
Candida
Candidoses
C. albicans
C. glabrata
C. tropicalis
C. parapsilosis
C. krusei
Cryptococcus
Cryptococcoses
C. neoformans
Malassezia
Pytiriasis versicolor
M. furfur
Infections opportunistes
et nosocomiales
I. Généralités :
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I. Généralités sur les champignons
II. Epidémiologie générale des
infections fongiques
III. Les aspergilloses
IV. Les candidoses
V. Conclusion
16(Martin et coll, N Engl J Med, 2003)
Augmentation de l’incidence globale des infections fongiques
II. Epidémiologie générale :
•Incidence la + élevée:
jusqu’à 30 %
-Onco-hématologie
-Greffes
-Chirurgie
-Réanimation
•Fréquence X5
•Incidence 0,7 %
(patients hospitalisés)
•Incidence réelle 4 %
(autopsies)
(Yamazaki et coll., J Clin Microbiol, 1999)
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Augmentation du nombre de patients à risque
ET augmentation de l’intensité du risque pour ces patients
• Immunosuppression-intensification des chimiothérapies anticancéreuses
-augmentation du nb de greffes, meilleur contrôle des rejets
immunosuppression plus profonde et plus longue
• Techniques plus invasives-chirurgie
-réanimation
rupture des barrières anatomiques, séjours en réa. plus longs
• Antibiothérapie plus large et plus efficace
II. Epidémiologie générale :
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Patients Incidence (%) Référence
Soins intensifs (trauma) 4.3 Borzotta,1999
Tx cardiaque 6.7 Konduracka, 1998
Tx hépatique 20.2 Collins, 1994
Tx pulmonaire 12.5 Maurer, 1992
Allogreffe de moelle 14.8 Jantunen, 1997
Leucémie aiguë 27.0 De Gregorio, 1982
Neutropénie 9.6 Nucci, 1995
Incidence globale des mycoses invasives
II. Epidémiologie générale :
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I. Généralités sur les champignons
II. Epidémiologie générale des
infections fongiques
III. Les aspergilloses
IV. Les candidoses
V. Conclusion
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III. Aspergilloses : Aspergilloses profondes
• Aspergillus fumigatus dans 80 % des cas
Présent dans le milieu extérieur et dans les habitations
– 20 à 30 spores / m3 d'air, dépôt sur les surfaces
– si brassage d'air et de poussière important, jusqu'à
plusieurs milliers/millions de spores par m3 d'air
• Contamination aérienne (spores)
• 2 types d'aspergillose profonde
- Aspergillomes
Inf. non nosocomiales
- Aspergilloses invasives
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Aspergilloses invasives
• Développement des filaments
mycéliens dans les tissus.
Dissémination possible.
• Facteur de risque
= immunosuppression phagocytaire
neutropénie, corticothérapie
• Mortalité 30 à 90 % selon le terrain du patient, l’extension de
l’infection et la précocité du traitement
• Nosocomialité possible mais difficile à prouver car durée
d’incubation de l’infection inconnue
III. Aspergilloses : CliniqueGMS x4
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Incidence (%) Mortalité (%)
Hémopathies malignes 6-24 50
Allogreffe moelle osseuse 4-9 90
Aplasie médullaire 5 50
Greffe d'organe 1-26 60-93
Tumeur solide < 1 30
SIDA 0,5-7 80
III. Aspergilloses : Clinique
Incidence - mortalité
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Sources de contamination
• Sol et végétaux en décomposition
• Epidémies ou cas sporadiques d’AI
Travaux
Plantes en pot et fleurs Appareils ménagers
Tapis Marijuana contaminée
Cartons Cigarettes
Matériaux de construction Aliments
Systèmes de ventilation Eau
Systèmes de filtration d'air
Faux plafonds
Surfaces murales poreuses
(Manuel, J Hosp Infect 1998, Anaissie, Clin Infect Dis 2001, Bouakline, ICAAC 1999)
III. Aspergilloses : Contamination
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Prélèvements positifs
Poivre 100 %
Thé 100 %Infusions 27 %Potage lyophilisé 20 %Fromages affinés (Camembert, Brie, St Nectaire) 100 %Biscuits 7 %Abricots 75 %Kiwis, pêches 50 %Pommes 38 %Bananes 25 %Oranges, citrons 13 %
Présence d'Aspergillus dans les aliments
(Bouakline et coll., ICAAC, 1999)
III. Aspergilloses : Contamination
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• Prophylaxie médicamenteuse
• Eviter l'aérocontamination pendant l’hospitalisation
– air filtré (HEPA) et pression positive ou flux laminaire
– limiter au maximum les sorties de l'environnement protégé
– interdire tout objet ou aliment vecteur potentiel
• cartons, tapis, peluches, fleurs, ...
• poivre et autres épices, thé, fruits crus, ....
– précautions en cas de travaux
• Limiter les risques après retour à domicile
III. Aspergilloses : de l’épidémiologie à la prévention
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I. Généralités sur les champignons
II. Epidémiologie générale des
infections fongiques
III. Les aspergilloses
IV. Les candidoses
V. Conclusion
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• Genre Candida
Candida albicans : 80 %
et C. glabrata
C. tropicalis
C. parapsilosis
C. krusei
20 %
50% dans les septicémies
• Ecologie
- Saprophytes du milieu extérieur
- Commensaux de la flore des muqueuses et de la peau
- Industrie agroalimentaire
IV. Candidoses : Généralités
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• Infection d'origine endogène le plus souvent
• Opportuniste facteurs favorisants locaux ou généraux
Commensalisme Colonisationavancée
Infection
facteurs favorisants
= facteurs de risque
IV. Candidoses : Bases physiopathologiques
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• Candidoses superficielles muqueuses, peau, ongles
• Candidoses profondes sang et organes profonds
- C. albicans > 95 %
- Fréquentes, localisées, bénignes
- Immunocompétent et immunodéprimé
- C. albicans = 50 %
- Surviennent sur terrains très particuliers
- Diagnostic et traitement difficiles
- Mortalité 40 %
Acquisition
communautaire
ou nosocomiale
Acquisition
nosocomiale ++
IV. Candidoses : Clinique
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CliniqueIV. Candidoses :
Facteurs de risque des candidoses profondes
• Immunosuppression (neutropénie)- Hémopathies, chimiothérapie anticancéreuse
Risque si association avec antibiotiques, corticoïdes
ou colonisation avancée
• Chirurgie
- Chirurgie digestive surtout
• Voies veineuses
Tout matériel étranger constituant un support
Acquisition nosocomiale
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CliniqueIV. Candidoses :
• Nosocomiales
• Septicémie fongémie candidémie
• Patients à risque : onco-hématologie, chirurgie, réanimation
• Portes d'entrée : levures digestives (endogène),
cathéter colonisé (endo- ou exogène)
• Mortalité 40 %
• Diversité des levures : C. albicans 50 %,et C. glabrata, C. tropicalis, C. parapsilosis, C. krusei …
Candidoses profondes
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Répartition des germes isolés dans les hémocultures
% Rang
E. coli 13,7 1S. aureus 11,2 2Entérocoques 10,7 3Pseudomonas sp. 10,1 4SCN 9,7 5Candida sp. 7,1 6Enterobacter sp. 6,3 7Klebsiella sp. 4,9 8Proteus sp. 3,5 9Serratia sp. 1,5 10
(Jarvis et coll., Clin Infect Dis, 1995)
IV. Candidoses :
Infections nosocomiales dans 180 hôpitaux US 1986-1990
Incidence
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% Rang Mortalité
SCN 31,9 1 21 %
S. aureus 15,7 2 25 %
Entérocoques 11,1 3 32 %
Candida sp. 7,6 4 40 %
E. coli 5,7 5 24 %
Klebsiella sp. 5,4 6 27 %
Enterobacter sp. 4,5 7 28 %
Pseudomonas sp. 4,4 8 33 %
Serratia sp. 1,4 9 26 %
Strepto verdissants 1,4 10 23 %
Infections nosocomiales dans 49 hôpitaux US 1995-1998
Répartition des germes isolés dans les hémocultures
(Edmond et coll., Clin Infect Dis, 1999)
IV. Candidoses : Incidence
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Depuis 2005
Répartition des germes isolés dans les hémocultures
% Rang Mortalité
SCN _ 1 21 %
S. aureus _ 2 25 %
Entérocoques _ 3 32 %
Candida sp. 8 à 17 % 4 40 %
E. coli _ 5 24 %
Klebsiella sp. _ 6 27 %
Enterobacter sp. _ 7 28 %
Pseudomonas sp. _ 8 33 %
Serratia sp. _ 9 26 %
Strepto verdissants _ 10 23 %
IV. Candidoses : Incidence
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107 patients colonisés, 19 candidémies
Intervalle de temps
Nb colonisation–candidémie
Souches identiques 16 4 j (1-11)
Souches différentes 3 30 j (3-31)
(Voss et coll., J Clin. Microbiol, 1994)
La colonisation, un facteur de risque majeur
La colonisation : le risque de candidémie
raccourcit le délai de survenue de la candidémie
IV. Candidoses : Origine ENDOGÈNE de l’infection
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Age (ans) Total
<3 >3-18 >18
Nb sujets 13 50 102 228
% colonisés 30,8 % 44,4 % 54,9 % 51,8 %
(Khatib et coll., Mycoses, 2001)
IV. Candidoses :
Sujet sain : acquisition de la flore fongique digestive
Origine ENDOGÈNE de l’infection
Acquisition progressive dès la naissance
37(Khatib et coll., Mycoses, 2001)
IV. Candidoses :
Modifications de la flore fongique digestive basse chez pts hospitalisés
Volontaires sains Pts hospitalisés(n=162) (n=34)
Colonisation (%) 54,9 % 88,2 %**
C. albicans 62,9 70,0
C. krusei 10,1 3,3
C. lusitaniae 6,7 3,3
C. glabrata 3,4 33,3**
C. parapsilosis 2,2 3,3
C. tropicalis 2,2 6,7
C. lambica 2,2 0
C. guilliermondii 1,1 0
Levures non Candida 23,6 3,3**
Origine ENDOGÈNE de l’infection
L'hospitalisation la colonisation et modifie la flore
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Chirurgie Nouveaux-nés
Personnel testé 1796 856
Positifs
- Moyenne 33,1 % 28,6 %
- Extrêmes 17,2 - 58,3 % 7,8 - 62 %
(Rangel-Frausto et coll., Clin. Infect. Dis, 1999)
Portage de Candida sp. sur les mains du personnel
Unité de soins intensifs
IV. Candidoses : Origine EXOGÈNE de l’infection
7 hôpitaux US.
Prélèvements mensuels de tout le personnel soignant présent.
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Transmission par les mains : colonisation expérimentale
(Rangel-Frausto, 1994, Eur.J.Clin.Microbiol.Infect.Dis)
IV. Candidoses : Origine EXOGÈNE de l’infection
1
1 2
13
5.105 C. albicans
1 heure
transmission
38 %
transmission
69 %
40
• Variations observées– incidence des candidoses
– répartition des espèces en cause
– développement de résistances aux antifongiques
• Selon– évolution dans le temps
– variations géographiques
– le service d'hospitalisation
– les pratiques d'utilisation des antifongiques
IV. Candidoses : Evolution de l’épidémiologie
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1984 2003n = 184 n = 182
C. albicans 50% 40%
C. tropicalis 29% 9%
C. parapsilosis 3% 23%
C. glabrata 3% 15%
C. krusei 1% ND
C. kefyr 5% ND
Association 9% ND
Candida sp. 9% 13%
(Maksymiuk et al, 1984 ; Bassetti et al. 2006)
Répartition des espèces : variation dans le temps
IV. Candidoses : Evolution de l’épidémiologie
42(Viscoli, Clin Infect Dis 1999, Rangel-Frausto, Clin Infect Dis 1999)
0
10
20
30
40
50
60
70
Cancer Nx-nés Réa chir
C. albicans
C. glabrata
C. parapsilosis
C. tropicalis
Candida sp
%
IV. Candidoses :
Répartition des espèces : influence du service d'hospitalisation
neutropénie
cathéter
prophylaxie AF
rupture barrières
cathéter
immaturité SI
cathéter
nutrition parentérale
Evolution de l’épidémiologie
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2000 patients greffés de moelle osseuse :
Non Oui
Fongémies 10 % 4 %
C. albicans 63 % 12 %
C. glabrata 6 % 33 %
(d'après DuBois et coll., ICAAC 1994)
IV. Candidoses :
Répartition des espèces : influence de l'utilisation du fluconazole
Prophylaxie par fluconazole :
- réduit incidence des candidoses invasives
- modifie la répartition des espèces en cause
Prophylaxie par fluconazole
Evolution de l’épidémiologie
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C. albicans
Distribution des résistances
au fluconazole par espèce
(Meis, Diag Microbiol Infect Dis, 2000)
C. kruseiR +SDD : 73,8 %Résistance naturelle
R + SDD : 1,5 %
C. glabrata R + SDD : 32,9 %Résistance naturelle + acquise
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I. Généralités sur les champignons
II. Epidémiologie générale des
infections fongiques
III. Les aspergilloses
IV. Les candidoses
V. Conclusion
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V. Conclusion :
• Augmentation constante des infections fongiques opportunistes
Grande diversité des types d’infections et des patients à risque
• Aspergilloses :
1ere cause de mortalité infectieuse chez les patients d'hématologie.
Caractère nosocomial non démontré
• Candidoses nosocomiales :
Modification de la répartition des espèces
Emergence de résistances aux antifongiques
• Émergence de nouveaux champignons autrefois non pathogènes.
Actuellement > 500 espèces impliquées
• Physiopathologie des infections encore mal connue