bon usage et qualité des examens complémentaires les prélèvements microbiologiques et les...

Bon usage et qualité des examens complémentaires

Les prélèvements microbiologiques et les biomarqueurs

Gérard [email protected]

DIAGNOSTIC BIOLOGIQUECerner le besoin

Cerner le besoin

• Origine bactérienne, virale, fungique• Maladies souvent cliniquement évocatrices• Malgré une sémiologie partagée

- entre maladies infectieuses- avec des maladies non infectieuses

• Diagnostic probabiliste renforcé par- la saisonnalité- les cas groupés

Cerner le besoin

• Infection ou non ?• Diagnostic étiologique

- besoins du diagnostic- besoins de la thérapeutique- besoins de santé publique

> prévention de la contagion> Signalement (ARS – DO, CLIN, …)

• Le niveau de précision requis n’est pas forcément le même !

Cerner le besoin

• Des référentiels

- Haute Autorité de Santé http://www.has-sante.fr- Société française de microbiologie Rémic- Sociétés savantes dont la SPILF

• Le diagnostic biologique passe par une prise d’échantillon

ECHANTILLONAGERemarques préalables

Remarques préalables

Les bonnes pratiques générales s’appliquent

- le prescripteur> nom> coordonnées fiables

- locaux adaptés- le préleveur

> qualité et expérience> tenue> protocoles> convention

- l’asepsie> pour le patient> pour l’échantillon prélevé


Les bonnes pratiques générales s’appliquent

- l’étiquetage> civilités> date et heure> mode de prélèvement> localisation anatomique

- l’étiquetage concerne> l’échantillon> courrier d’accompagnement


Des recommandations spécifiques

- la nature des recherches- les signes cliniques pertinents- le traitement anti-infectieux- le contexte épidémique (séjour en zone d’endémie, cas groupés, …)- la chronologie de la maladie (date de la contamination)- l’évolution de la maladie

Exemple de la sérologie

Chronologie de la maladie et évolution de la maladie : quantification d’anticorps spécifiques dans le sérum

- IgG versus IgM- Choix de la technique- Interprétation : 2 échantillons pour mettre en évidence une séroconversion

CARACTERISATION D’UN ETAT INFECTIEUX

Etape non spécifique

Biomarqueurs de l’infection

• Numération et formule leucocytaire• CRP• Bandelettes urinaires

• Double utilisation> diagnostic> évolution

Numération et formule leucocytaire

• La numération sanguine consiste à compter (grâce à des automates le plus souvent) les différents éléments cellulaires du sang à savoir : globules blancs (ou leucocytes), globules rouges (ou hématies) et plaquettes sanguines.

• Prélèvement de sang veineux (en général au pli du coude). Le tube de sang contient un anticoagulant.


• La formule leucocytaire permet d'apprécier les éléments cellulaires du sang sous leur aspect qualitatif : - morphologie- homogénéité de forme et de taille des globules rouges et des plaquettes d'une part- pourcentage de chaque catégorie de leucocytes (ramené en valeur absolue) : polynucléaires, lymphocytes et monocytes


• Hyperleucocytose • Leucopénie• Polynucléaires neutrophile

-Diminution : certaines infections virales et parasitoses- Augmentation : infections bactériennes à germes pyogènes

• Lymphocytes- Augmentation : Infections aiguës virales ou bactériennes, tuberculose, brucellose

C-Réactive Protéine (CRP)

• La CRP est une protéine qui reflète l'inflammation aiguë ; elle s'élève très rapidement au cours de processus inflammatoires et permet un diagnostic différentiel entre certaines pathologies.

• Demi-vie : 12H00• Remplace la VS• Prélèvement de sang veineux (en général au pli

du coude). Le tube de prélèvement peut contenir un anticoagulant. Il est préférable d'être à jeun.

C-Réactive Protéine (CRP)

• Valeurs normales < 6 mg/l• Augmentation :

- Infections aiguës- Infections subaiguës ou chroniques- Pathologies néoplasiques- Les maladies systémiques

rhumatismes inflammatoires connectivites auto-immunes : LED - vascularite : maladie de Horton, …

• Autres protéines de l’inflammation

Bandelettes urinaires

• La bandelette urinaire est une méthode d'analyse biologique instantanée des urines qui sont mises en contact avec des réactifs spécifiques

• Acte infirmier (Code de la santé publique)• Résultat semi-quantitatif• Une plage par paramètre• Changement de couleur dans un temps

donné• Lecture visuelle ou automate


• La lecture automatisée élimine la contrainte du chronométrage et garantit l’appréciation des couleurs

• Les résultats semi quantitatifs de tous les paramètres (leucocytes, nitrites, sang, glucose, corps cétoniques, protéines, densité, pH) s’affichent automatiquement sur un ticket et les valeurs anormales sont signalées

• Utilisation simple : il suffit de placer la bandelette dans le tiroir après immersion dans l’échantillon d’urine et l’analyse se fait automatiquement en 1 minute avec impression instantanée d’un ticket


• Leucocyturie mais leucocyturie « naturelle » chez le malade sondé

• Bactériurie (nitrite) mais microbes ne réduisant pas les nitrates

• Hématurie


• Bonne valeur prédictive négative chez le patient asymptomatique

• Résultat positif et signes cliniques:confirmation bactériologique selon référentiel

• Résultat négatif et signes cliniques : confirmation bactériologique

• Résultat positif et patient asymptomatique :confirmation bactériologique

DIAGNOSTIC ETIOLOGIQUEEtape spécifique

Diagnostic étiologique

• Prélèvement• Examen macroscopique• Examen cytochimique• Détection d’Ag ou d’acides nucléiques• Cultures• Identification• Etude de la sensibilité à une chimio-

thérapie

Le prélèvement : remarques générales

• Récipient stérile, à usage unique, étanche• Un emballage (sac plastique) fermé

hermétiquement avec un compartiment externe pour la prescription

• Réglementation si transport• Une quantité suffisante de matériel

biologique• Tout produit pathologique est

potentiellement infectieux

Le prélèvement : raisonnement logique

• Le microbe doit être dans l’échantillon• Le microbe doit être seul dans l’échantillon• Le microbe doit être vivant à son arrivée

sur la paillasse du biologiste

Le microbe doit être dans l’échantillon

• Le site anatomique (amygdales, urine pour Legionella !...)

• Sites variables en fonction de l’histoire de la maladie• Au début du processus infectieux• Multiplier les échantillons pour augmenter la

sensibilité (parasitologie, BK, …) sans tomber dans l’excès !

• A des moments privilégiés (ex : urine du matin pour le BK)

Le microbe doit être seul dans l’échantillon

• Contamination accidentelle de l’échantillon :problème maîtrisable par de bonnes pratiques

• Contamination par la flore commensale du sujet :problème difficile à résoudre – contraintes pratiques d’accessibilité du site ou de l’échantillon

Le microbe doit être seul dans l’échantillon

• Détruire la flore commensale par utilisation d’antiseptique s’il existe une barrière cutanéo-muqueuse derrière laquelle se trouve l’agent infectieux

• Protéger le dispositif de prélèvement par un système de double cathéter

• Interpréter avec un seuil de significativité• Effectuer des recherches spécifiques

Le cas de l’ECBU

• Recueil à mi-jet

> miction de 4H> lavage des mains> lavage du méat urinaire> lavage vulvaire d’un seul geste de

l’avant vers l’arrière> éliminer le premier jet (20 ml)> recueil à la volée> boucher puis nettoyer le flacon> étiquetage

Le cas de l’ECBU

• Patient sondé à demeure

> pas dans le sac !> ponction de la sonde mais peu

représentatif> si changement de sonde, urine à

travers la nouvelle sonde> gold standard : ponction sus-pubienne

Le cas de l’ECBU

• Urétérostomie

> Nettoyage soigneux> Nouveau sac stérile> Une heure, pas plus> Transvasement avec précautions

Le cas de l’ECBU

• Patient incontinent

> Nettoyage soigneux> Collecteur pénien> Une heure, pas plus> Transvasement avec précautions

Le cas de l’ECBU

• Patiente incontinente

> Nettoyage soigneux

> Collecte à la volée

> Sondage aller retour avec sonde de petit calibre

Le microbe doit être vivant

• Avant antibiothérapie• Délai d’acheminement réduit• Milieux de transport• Température ambiante meilleure que non

maîtrisée• Biologie moléculaire• Immunochromatographie : « Doctor test »

Doctor test et tests rapides

• Doctor test : recherche de streptocoque du groupe A

• Tests rapides> nombreux (bactéries, virus, parasites)> domaine de la biologie> interprétation délicate (VPP, VPN, Prévalence)

HYGIENE ET PREVENTIONCas particulier

Hygiène et prévention

• Echantillons biologiques• Eau• Air• Surface• Protocole à mettre en place

> nature des investigations> fréquence

• Encadrement réglementaire

bon usage et qualité des examens complémentaires les prélèvements microbiologiques et les...

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