audition concours cr2-2011-1 : mécanismes moléculaires et biodiversité métabolique
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Audition concours CR2-2011-1 :
Mécanismes moléculaires et biodiversité métabolique
Violaine Olivier
Mardi 31 mai 2011
• Caractérisation des mortalités d’abeilles
• Mécanismes moléculaires de la plasticité phénotypique
Deux profils différents mais des compétences similaires
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Insectes
Biologie moléculaire
Transcriptomique
Bioinformatique
Communication
Curriculum vitae
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Cursus universitaire2003 - Maitrise de biologie cellulaire et physiologie
2004 - DEA Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique
2008 - Doctorat BBSG
Expériences professionnelles2004 – Stagiaire de DEA, TAGC,
INSERM EMR 206 Marseille, Rémi Houlgatte
2005-2008 – Doctorant, Pathologie de l’abeille, AFSSA Sophia-Antipolis, Magali Ribière
2008-2010 – Post-doctorant, PISC, INRA Versailles, Emmanuelle Jacquin-Joly
DEA : "Mise en place de la technologie du ChIP-Chip pour l’étude des réseaux de régulation des gènes impliqués dans le cancer du sein, recherche
des gènes cibles du facteur de transcription GATA3"
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Gène XGATA3
Puce à ADN
Puce à ADN enrichie en séquences promotrices
Mise en évidence des gènes régulés par le facteur de transcription GATA3
Immuno-précipitation de GATA3
Fragments d’ADN : séquences promotrices
ChIP + Chip
DEA : "Mise en place de la technologie du ChIP-Chip pour l’étude des réseaux de régulation des gènes impliqués dans le cancer du sein, recherche
des gènes cibles du facteur de transcription GATA3"
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Biologie moléculaire PCR
Immuno-précipitation de la chromatine
Puce à ADN
Bioinformatique Analyse de séquences
Programmation
DEA : "Mise en place de la technologie du ChIP-Chip pour l’étude des réseaux de régulation des gènes impliqués dans le cancer du sein, recherche
des gènes cibles du facteur de transcription GATA3"
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Formation Bioinformatique Linux ; Programmation R ; Analyse des données transcriptomiques
(Unité MIG, INRA Jouy-en-Josas)
Thèse : "Caractérisation du virus de la paralysie chronique (CBPV) et étude de l’infection chez son hôte l’abeille Apis mellifera"
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Fipronil
Imidaclopride
Thèse : Caractérisation du CBPV
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
20 nm
0.5 kb
1.5 kb
1 kb
2 kb
2.5 kb
3 kb
5 kb4 kb
6 kb
9 kb
PM
3’5’
ARN 1
5’ 3’
ARN 2
Nodavirus
Tombusvirus
SmV A
Production du virus
Purification du virus
Analyse des ARN
Séquençage et analyse
Analyse phylogénétique
Thèse : Caractérisation du CBPV
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Thèse : Caractérisation du CBPV
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Biologie moléculaire
Électrophorèse ARN et ADN, Southern blot
Banque d’ADNc, Clonage moléculaire
RACE PCR, Transcription inverse
Bioinformatique
Analyse de séquences
Phylogénie
Pathologie de l’abeille
Infections expérimentales
Purification virale
Analyses des comportements
Observation des symptômes
Diagnostics différentiels
Détection moléculaire des principaux virus
Microscopie électronique
Olivier, V., et al. (2008). Molecular characterisation and phylogenetic analysis of Chronic bee paralysis virus, a honey bee virus. Virus Res. 132, 59-68.
Thèse : Détection moléculaire du virus
Connaissance de la séquence génomique virale
Étude de la variabilité=> amélioration de
la sensibilité du test PCR (diagnostic)
Mise en place de techniques de détection moléculaire
PCR en temps réel Hybridation in situ PCR sur le brin négatif
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Blanchard, P., Olivier, V., et al. (2008). Improvement of RT-PCR detection of chronic bee paralysis virus (CBPV) required by the description of genomic variability in French CBPV isolates. J.Invertebr.Pathol. 97, 182-185.
Blanchard, P., Schurr, F., Olivier, V., et al. (2009). Phylogenetic analysis of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) and a predicted structural protein (pSP) of the Chronic bee paralysis virus (CBPV) isolated from various geographic regions. Virus Res. 144, 334-338.
Thèse : Étude de l’infection chez A. mellifera
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
1. Le virus dans l’abeille
2. Le virus dans la ruche et son environnement
Cerveau
Glandes hypopharyngiennes
Tube digestif
Hémolymphe
Lobes optiques
Lobes antennaires
Corps pédonculés et corps central
Ruche
Camponotus vagus Varroa destructor
Formica rufa
CBPV + Réplication
CBPV +
CBPV +Réplication
CBPV +Réplication
CBPV +Infectieux
? ?
? ?
fecès
Environnement
Relation avec les symptômes observés
Voies potentielles de dissémination
Voies potentielles de dissémination
Réservoirs potentiels
Thèse : Étude de l’infection chez A. mellifera
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Thèse : Étude de l’infection chez A. mellifera
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Biologie moléculaire
Hybridation in situ
PCR temps réel
Abeille
Physiologie
Anatomie
Histologie
Comportement
Interactions abeilles/environnement
Abeille/Abeille
Pathogènes (virus ; acarien)
Extérieur (arthropodes)
Olivier, V. et al. (2008). In situ hybridization assays for localization of the chronic bee paralysis virus in the honey bee (Apis mellifera) brain. J.Virol.Methods 153, 232-237.
Blanchard, P., Ribiere, M., Celle, O., Lallemand, P., Schurr, F., Olivier, V. et al. (2007). Evaluation of a real-time two-step RT-PCR assay for quantitation of Chronic bee paralysis virus (CBPV) genome in experimentally-infected bee tissues and in life stages of a symptomatic colony. J.Virol.Methods 141, 7-13.
Celle, O., Blanchard, P., Olivier, V. et al. (2008). Detection of Chronic bee paralysis virus (CBPV) genome and its replicative RNA form in various hosts and possible ways of spread. Virus Res. 133, 280-284.
Ribiere, M., Lallemand, P., Iscache, A. L., Schurr, F., Celle, O., Blanchard, P., Olivier, V. et al. (2007). Spread of infectious chronic bee paralysis virus by honeybee (Apis mellifera L.) feces. Appl.Environ.Microbiol. 73, 7711-7716.
Formations (Université C. Bernard, Lyon )
Post-doctorat : L’olfaction chez les insectes
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NourritureCommunication sociale
Communication sexuelle
Post-doctorat : Les récepteurs olfactifs chez Spodoptera littoralis
2. Microgénomique de la sensille phéromonale (Projet ANR LepidOLF)
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
1. Caractérisation des récepteurs olfactifs
+= Séquençage haut débit
Récepteurs olfactifsTranscriptome antennes
20 000 EST
Post-doctorat : Les récepteurs olfactifs chez Spodoptera littoralis
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Olivier, V. et al. (2010). Candidate chemosensory ionotropic receptors in a Lepidoptera. Insect Mol.Biol.
Post-doctorat : Les récepteurs olfactifs chez Spodoptera littoralis
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Biologie moléculaire
PCR, PCR temps réel, Hybridation in situ
Travail sur de petites quantités
Bioinformatique
Phylogénie
Analyses des données de transcriptomique
Microdissection
Modèle noctuelle
Mes formations et autres compétences• Formations adéquates
– PCR temps réel– Hybridation in situ– Bioinformatique
• Communications écrites :– 8 articles scientifiques (3 en premier auteur)– 2 revues (1 en premier auteur) et 1 éditorial
• Communications orales :– 1 congrès national et 4 internationaux– Organisation du congrès "BRAVE " (Bee Research and Virology in Europe)
• Collaborations : – Monique Gauthier, CRCA, Toulouse – Jürgen Krieger, Université de Hohenheim, Stuttgart, Allemagne – Claudia Bevilacqua, INRA, Jouy-en-Josas
Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11
Communications, vulgarisation, travail en équipe, intégration, collaborations, organisation, contacts humains.
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