Audition concours CR2-2011-1 :

Mécanismes moléculaires et biodiversité métabolique

Violaine Olivier

Mardi 31 mai 2011

• Caractérisation des mortalités d’abeilles

• Mécanismes moléculaires de la plasticité phénotypique

Deux profils différents mais des compétences similaires

Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

Insectes

Biologie moléculaire

Transcriptomique

Bioinformatique

Communication

Curriculum vitae

Violaine Olivier – concours CR2-1 – mortalités d’abeilles ; plasticité phénotypique – 31/05/11

Cursus universitaire2003 - Maitrise de biologie cellulaire et physiologie

2004 - DEA Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique

2008 - Doctorat BBSG

Expériences professionnelles2004 – Stagiaire de DEA, TAGC,

INSERM EMR 206 Marseille, Rémi Houlgatte

2005-2008 – Doctorant, Pathologie de l’abeille, AFSSA Sophia-Antipolis, Magali Ribière

2008-2010 – Post-doctorant, PISC, INRA Versailles, Emmanuelle Jacquin-Joly

DEA : "Mise en place de la technologie du ChIP-Chip pour l’étude des réseaux de régulation des gènes impliqués dans le cancer du sein, recherche

des gènes cibles du facteur de transcription GATA3"

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Gène XGATA3

Puce à ADN

Puce à ADN enrichie en séquences promotrices

Mise en évidence des gènes régulés par le facteur de transcription GATA3

Immuno-précipitation de GATA3

Fragments d’ADN : séquences promotrices

ChIP + Chip

DEA : "Mise en place de la technologie du ChIP-Chip pour l’étude des réseaux de régulation des gènes impliqués dans le cancer du sein, recherche

des gènes cibles du facteur de transcription GATA3"

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Biologie moléculaire PCR

Immuno-précipitation de la chromatine

Puce à ADN

Bioinformatique Analyse de séquences

Programmation

DEA : "Mise en place de la technologie du ChIP-Chip pour l’étude des réseaux de régulation des gènes impliqués dans le cancer du sein, recherche

des gènes cibles du facteur de transcription GATA3"

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Formation Bioinformatique Linux ; Programmation R ; Analyse des données transcriptomiques

(Unité MIG, INRA Jouy-en-Josas)

Thèse : "Caractérisation du virus de la paralysie chronique (CBPV) et étude de l’infection chez son hôte l’abeille Apis mellifera"

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Fipronil

Imidaclopride

Thèse : Caractérisation du CBPV

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20 nm

0.5 kb

1.5 kb

1 kb

2 kb

2.5 kb

3 kb

5 kb4 kb

6 kb

9 kb

PM

3’5’

ARN 1

5’ 3’

ARN 2

Nodavirus

Tombusvirus

SmV A

Production du virus

Purification du virus

Analyse des ARN

Séquençage et analyse

Analyse phylogénétique

Thèse : Caractérisation du CBPV

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Thèse : Caractérisation du CBPV

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Biologie moléculaire

Électrophorèse ARN et ADN, Southern blot

Banque d’ADNc, Clonage moléculaire

RACE PCR, Transcription inverse

Bioinformatique

Analyse de séquences

Phylogénie

Pathologie de l’abeille

Infections expérimentales

Purification virale

Analyses des comportements

Observation des symptômes

Diagnostics différentiels

Détection moléculaire des principaux virus

Microscopie électronique

Olivier, V., et al. (2008). Molecular characterisation and phylogenetic analysis of Chronic bee paralysis virus, a honey bee virus. Virus Res. 132, 59-68.

Thèse : Détection moléculaire du virus

Connaissance de la séquence génomique virale

Étude de la variabilité=> amélioration de

la sensibilité du test PCR (diagnostic)

Mise en place de techniques de détection moléculaire

PCR en temps réel Hybridation in situ PCR sur le brin négatif

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Blanchard, P., Olivier, V., et al. (2008). Improvement of RT-PCR detection of chronic bee paralysis virus (CBPV) required by the description of genomic variability in French CBPV isolates. J.Invertebr.Pathol. 97, 182-185.

Blanchard, P., Schurr, F., Olivier, V., et al. (2009). Phylogenetic analysis of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) and a predicted structural protein (pSP) of the Chronic bee paralysis virus (CBPV) isolated from various geographic regions. Virus Res. 144, 334-338.

Thèse : Étude de l’infection chez A. mellifera

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1. Le virus dans l’abeille

2. Le virus dans la ruche et son environnement

Cerveau

Glandes hypopharyngiennes

Tube digestif

Hémolymphe

Lobes optiques

Lobes antennaires

Corps pédonculés et corps central

Ruche

Camponotus vagus Varroa destructor

Formica rufa

CBPV + Réplication

CBPV +

CBPV +Réplication

CBPV +Réplication

CBPV +Infectieux

? ?

? ?

fecès

Environnement

Relation avec les symptômes observés

Voies potentielles de dissémination

Voies potentielles de dissémination

Réservoirs potentiels

Thèse : Étude de l’infection chez A. mellifera

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Thèse : Étude de l’infection chez A. mellifera

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Biologie moléculaire

Hybridation in situ

PCR temps réel

Abeille

Physiologie

Anatomie

Histologie

Comportement

Interactions abeilles/environnement

Abeille/Abeille

Pathogènes (virus ; acarien)

Extérieur (arthropodes)

Olivier, V. et al. (2008). In situ hybridization assays for localization of the chronic bee paralysis virus in the honey bee (Apis mellifera) brain. J.Virol.Methods 153, 232-237.

Blanchard, P., Ribiere, M., Celle, O., Lallemand, P., Schurr, F., Olivier, V. et al. (2007). Evaluation of a real-time two-step RT-PCR assay for quantitation of Chronic bee paralysis virus (CBPV) genome in experimentally-infected bee tissues and in life stages of a symptomatic colony. J.Virol.Methods 141, 7-13.

Celle, O., Blanchard, P., Olivier, V. et al. (2008). Detection of Chronic bee paralysis virus (CBPV) genome and its replicative RNA form in various hosts and possible ways of spread. Virus Res. 133, 280-284.

Ribiere, M., Lallemand, P., Iscache, A. L., Schurr, F., Celle, O., Blanchard, P., Olivier, V. et al. (2007). Spread of infectious chronic bee paralysis virus by honeybee (Apis mellifera L.) feces. Appl.Environ.Microbiol. 73, 7711-7716.

Formations (Université C. Bernard, Lyon )

Post-doctorat : L’olfaction chez les insectes

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NourritureCommunication sociale

Communication sexuelle

Post-doctorat : Les récepteurs olfactifs chez Spodoptera littoralis

2. Microgénomique de la sensille phéromonale (Projet ANR LepidOLF)

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1. Caractérisation des récepteurs olfactifs

+= Séquençage haut débit

Récepteurs olfactifsTranscriptome antennes

20 000 EST

Post-doctorat : Les récepteurs olfactifs chez Spodoptera littoralis

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Olivier, V. et al. (2010). Candidate chemosensory ionotropic receptors in a Lepidoptera. Insect Mol.Biol.

Post-doctorat : Les récepteurs olfactifs chez Spodoptera littoralis

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Biologie moléculaire

PCR, PCR temps réel, Hybridation in situ

Travail sur de petites quantités

Bioinformatique

Phylogénie

Analyses des données de transcriptomique

Microdissection

Modèle noctuelle

Mes formations et autres compétences• Formations adéquates

– PCR temps réel– Hybridation in situ– Bioinformatique

• Communications écrites :– 8 articles scientifiques (3 en premier auteur)– 2 revues (1 en premier auteur) et 1 éditorial

• Communications orales :– 1 congrès national et 4 internationaux– Organisation du congrès "BRAVE " (Bee Research and Virology in Europe)

• Collaborations : – Monique Gauthier, CRCA, Toulouse – Jürgen Krieger, Université de Hohenheim, Stuttgart, Allemagne – Claudia Bevilacqua, INRA, Jouy-en-Josas

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Communications, vulgarisation, travail en équipe, intégration, collaborations, organisation, contacts humains.