Sommaire

1. Définitions

2. Architecture

3. Taxonomie

4. Multiplication

Unicité et diversité des virus

Unicité

Diversité

de StratégieEmpaquetage dans une particule transmissibleGénome codant gènes nécessaires au cycle infectieuxEtablissement autonome dans une population hôte

de Contraintesstructurales (économie de place)fonctionnelles (dépendance vis-à-vis de la cellule hôte)

des mécanismes d’optimisation de l’expression du génome viral

d’interaction avec la cellule hôte

Conditionnent l’architecture virale

~ 30 nm(virus indépendants)

~ 1400 nm(ex : Ebola)

~ 3 Kb(virus indépendants)

~ 300 Kb(ex : Poxviridae)

~ 4 protéines

~ 300 protéines(ex : Poxviridae)

Virus à ADN Virus à ARN Famille Taille (Kb) Famille Taille (Kb)

Poxviridae 130-290

Herpesviridae 200

Adenoviridae 36-38

Coronaviridae 30

Reoviridae 23

Paramyxoviridae 16

Orthomyxoviridae 14

Bunyaviridae 14

Arenaviridae 14

Rhabdoviridae 13

Filoviridae 13

Togaviridae 12

Flaviviridae 11

Retroviridae 11

Papillomaviridae 6-8 Caliciviridae 8

Polyomaviridae 5 Picornaviridae 7

Parvoviridae 5

Hepdnaviridae 3

Limités dans leur taille(par une variabilité trop importante ?)

Les virus géants : les Mimivirus (mimiking microbe virus)

1200 ORFs putatives

J-M. Claverie et al., Virus Research (2006) 117: 133-144

nonouisystème générateur d'énergie

nonouireproduction par scissiparité

nonouiprésence simultanée d'ADN et d'ARN

ouiouinonparasitisme

intracellulaire

obligatoire

nonouinonouiprésence d'une paroi

20 à 250 nm300 nm300 nm1 à 3 µmtaille

Chlamydia

VirusRickettsieMycoplasmeEubactérie

Comparaison Bactéries / Virus

Taxonomie(classification & nomenclature)

1°) selon les manifestations cliniques (Burnett, 1937);

inadapté car:

- symptômes identiques pour des virus différents

- infections sans symptômes

2°) selon la gamme d’hôtes, les propriétés physico-chimiques,

la morphologie des virions, les propriétés antigéniques

(1937-1960)

Non satisfaisant et trop aléatoire

Taxonomie (2)

3°) Selon le virus et en faisant abstraction de l’hôte:

adopté universellement et fondation de l’ICTV en 1966:

International Committee of Taxonomy of Viruses

Trois critères :

- La nature du génome: ARN ou ADN (simple / double brin)

- Les stratégies de réplication: génome de polarité positive, négative,

ambisens, génome segmenté (mono/multipartite)

- La morphologie du virion: +/- enveloppe, nucléocapside

icosaédrique, hélicoïdale ou mixte

Eléments de classification des virus

plus de 4000 virusplus de 1550 espèces

Env. 70 familles3 ordres

Taxonomie (3)

3 ordres

80 familles et sous-familles

233 genres

1550 espèces+ 2550 virus avec statut spécial car non inventoriés en espèces

1999: dernière réunion ITCV

Autres critères pris en considération pour affiner:

Composition en protéines, carbohydrates, lipides, propriétés

antigéniques, structure et organisation des génomes, stratégies

d’expression, spectres d’hôtes, vecteurs de transmission,

pathogenèse…

Taxonomie (4)

Classification épidémiologique, non officielle, utilisée par

médecins et vétérinaires

=> effets pathologiques- virus respiratoires :

Picornaviridae, Orthomyxoviridae, Adenoviridae,…

- virus entériques :

Picornaviridae, Adenoviridae, Réoviridae,…

- virus oncogènes :

Retroviridae, Herspesviridae, Papillomaviridae,

Hepadnaviridae,…

=> modes de transmission (arbovirus : virus transmis par

arthropodes - arthropod born virus)

Règne, Embranchement, Classe, ordre, Famille, Genre, espèce, Race, Variété, Individu

...mais en plus simple : R E C O F (s/F) G E R V I :

Concrètement….

Nomenclature

Ordres, familles, sous-familles, genres et espèces sont écrits en

ITALIQUE et Première lettre en majuscule.

Ordre : -___virales

Famille: -___viridae

Sous-famille: -___virinae

Genre et espèce : -___virus

Exemple :

Ordre : Mononegavirales

Famille : Rhabdoviridae

Genre : Vesiculovirus

Espèce : Vesicular stomatitis virus

Rabies virus

�http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/index.htm

Nomenclature : d’où viennent les noms ?

Préfixe = désignation en latin ou en grec ou acronyme (généralement en anglais pour les virus de plantes) concernant les particularité structurales et/ou les symptômes et/ou le spectre d’hôtes du virus

Exemples : Hepadnavirus => Hepa = cellule hépatique=> dna = génome à ADN

Picornavirus => Pico = petit=> rna = génome à ARN

Luteovirus => Luteo = jaunisse

Caulimovirus => Cauli = cauliflower (chou fleur)=> mo = mosaïque

Nepovirus => Ne = Nematode

=> Po = Polio-like

Taxonomie des bactériophages

Tectiviridae(Bactéries Gram-, Bacillus)

Lipothrixviridae(Archaebactéries)

Corticoviridae(Pseudoalteromonas)

Plasmaviridae(Mycoplasme)

Fuselloviridae(Archaebactéries)

Cystoviridae(Pseudomonas phytopathogènes)

Leviviridae(Colibacilles)

Microviridae

Inoviridae

Plectrovirus

Inoviridae

Inovirus

100 nmADN double brin ADN simple brin

ARN double brin ARN simple brin

(Bactéries Gram- et Gram+)

(Bactéries Gram-)

(Enterobactéries, Spiroplasmes...)

Myoviridae

Siphoviridae

Podoviridae

Plantes

Caulimoviridae

CaulimovirusCsVM-likePVCV-like

SbCMV-like

BadnavirusRTBV-like

ADN double brin

ARN double brin

ReoviridaeFijivirus

PhytoreovirusOryzavirus

PartitiviridaeAlphacryptovirusBetacryptovirus

Varicosavirus

Geminiviridae

MastrevirusCurtovirusBegomovirus

Nanovirus

ADN simple brin

BunyaviridaeTospovirus

TenuivirusOphiovirus

RhabdoviridaeCytorhabdovirus

Nucleorhabdovirus

ARN simple brin (-)

ARN simple brin (+)

SequiviridaeTombusviridaeLuteoviridaeMarafivirusSobemovirusTymovirus

CucumovirusBromovirus

Ilarvirus

AlfamovirusComoviridae

Tobamovirus

Tobravirus

Hordeivirus

Furovirus

Pomovirus

Benyvirus

Pecluvirus

Allexivirus, Carlavirus, Foveavirus, Potexvirus

Capillovirus, Trichovirus, Vitivirus

Closteroviridae

Potyviridae

Bromoviridae

Taxonomie des virus animaux

Mononegavirales : ordre de virus à génome constitué d’ARN (-) non segmenté. Cet ordre

comprend 4 familles:

Bornaviridae (Borna disease virus)

Rhabdoviridae (e.g. Rabies virus)

Filoviridae (eg Marburg virus, Ebola virus)

Paramyxoviridae (eg Newcastle disease virus, measles virus)

Nidovirales : ordre de virus constituté d’ARN (+)

Roniviridae (virus d’invertébrés)

Coronaviridae (virus SARS)

Arteriviridae (artérite équine)

Caudovirales : bactériophages ADN db

Myoviridae (phage T4)

Podoviridae

Siphoviridae (phage λ)

ADN jamais fragmenté

(sauf certains Geminiviridae, les

Nanovirus et certains

Polydnaviridae)

ARN jamais circulaire

(sauf Deltavirus et certains agents sub-viraux

tels que les viroïdes et virusoïdes)

Classe I (non rétroïde)

Circulaires

Ex : Papillomaviridae,

Polyomaviridae

Linéaires

Ex : Adenoviridae, Caudovirales

Poxviridae

Herpesviridae

Double brin

Classe VII (= nouvelle classe,

pararétrovirus)

Ex : Caulimoviridae,

Hepdnaviridae

Classe III (peu nombreux, segmentés – nécessité d’une

RdRp structurale)

Ex : Reoviridae (10-18 seg.), Birnaviridae (2

seg.), Cystoviridae (3 seg.), Partitiviridae (2

seg., bipartite), Varicosavirus (2-3 seg.,

mutlipartite)

Positif Négatif Simple brin

Classe II (non enveloppés)

Circulaires

Ex : M13, fd, Geminiviridae

Linéaires

Ex : Parvoviridae (brin + ou -)

Classe IV (jamais

segmenté sauf

multipartites de

plantes) Ex : Picornaviridae,

Togaviridae,

Caliciviridae,

Tobamovirus,

Comoviridae

(bipartite)

Classe VI

(rétrovirus

– nécessité

d’une RT

structurale) Ex :

Retroviridae

(vertébrés, non

fragmentés,

diploïdes),

Pseudoviridae

(plantes),

Metaviridae

(invertébrés)

Classe V (nécessité d’une

RdRp structurale)

Fragmentés Ex : Orthomyxoviridae,

Arenaviridae

(ambisens),

Bunyaviridae,

Tenuiviridae

(tetrapartite)

Non fragmentés Ex : Mononégavirales

(Paramyxoviridae,

Rhabdoviridae…)

Classification de David Baltimore

(1975)

Classification simplifiée: virus à ADN

Classification simplifiée: virus à ARN

CLASSIFICATION DES VIRUS INTÉRESSANT L'HOMME (1)

IParvoviridaeNus monocaténaire

IPapovaviridae

I Adenoviridae

Nus

I + RTHepadnaviridae

IHerpesviridae

complexe Poxviridae

Enveloppés

bicaténaireADN

Particularités

Symétrie

FAMILLE GÉNOME

CLASSIFICATION DES VIRUS INTÉRESSANT L'HOMME (2)

I + T(10) ReoviridaeNus bicaténairesegmenté

H + T(3) Bunyaviridaeet segmenté

H + T(2) Arenaviridaemonocaténaire -

H + T(8) Orthomyxoviridae

H + TParamyxoviridae

H + TFiloviridaeet non segmenté

H + TRhabdoviridae

Enveloppés

monocaténaire -

ICaliciviridae

IPicornaviridaeNus

? + RTRetroviridae

HCoronaviridae

HTogaviridae

H Flaviviridae

Enveloppés

monocaténaire +

ARN

Particularités

SymétrieFAMILLE GÉNOME

virus respiratoire syncytialPneumovirus

virus de la rougeoleMorbillivirus

virus des oreillons

virus parainfluenzaeParamyxovirusHélicoïdale+ ARNParamyxoviridae

grippeV. influenza A,B,CHélicoïdale+ ARNOrthomyxoviridae

virus de l'hépatite B (HBV)Cubique+ ADNHepadnaviridae

B 19 (mégalérythème)

virus de NorwalkParvovirusCubique-ADNParvoviridae

inf. respiratoires , digestives

adénites, conjonctivitesAdenovirusCubique-ADNAdenoviridae

virus BK, virus JCPolyomavirus

verruesPapillomavirusCubique-ADNPapovaviridae

Herpesvirus types 6, 7, 8

(HHV)

Cytomégalovirus (CMV)

Epstein Barr (EBV)

Varicelle –Zona (VVZ)

Herpesvirus types 1 et 2

(HSV)

HerpesvirusCubique+ ADNHerpesviridae

variole, vaccineOrthopoxvirus?+ ADNPoxviridae

Espèces et pouvoirpathogène

GenresSymétrieEnveloppeAc. nucléiqueFamille

Virus pathogènes chez l’homme (1)

Virus pathogènes chez l’homme (2)

Espèces et pouvoirpathogène

GenresSymétrieEnveloppeAc. nucléiqueFamille

virus de la rubéoleRubivirus

encéphalitesAlphavirusArbovirus

virus de l'hépatite C (HCV)

virus de la fièvre jauneFlavivirusCubique+ ARNTogaviridae

virus EbolaArbovirus

virus MarburgHélicoïdale+ ARNFiloviridae

virus de la rageLyssavirusHélicoïdale+ ARNRhabdoviridae

gastro-entérites infantilesRotavirus

inf. respiratoires, digestivesOrthoreovirusCubique-ARNReoviridae

virus de l'hépatite E (HEV)

agent de NorwalkCubique-ARNCaliciviridae

rhumesRhinovirus

virus de l'hépatite A (HAV)

Enterovirus (68 – 71)

Echovirus (1 - 34)

Coxsackie virus (A et B)

poliovirus (1-3)EnterovirusCubique-ARNPicornaviridae

Espèces et pouvoirpathogène

GenresSymétrieEnveloppeAc. nucléiqueFamille

HTLV (lymphome)Oncornavirus

VIH (sida)Lentivirus?+ ARNRetroviridae

fièvresPhlebovirus

fièvre hémorrag. avec synd.

rénal

HantavirusArbovirus

fièvres hémorragiquesBunyavirusHélicoïdale+ ARNBunyaviridae

fièvre de LassaArbovirus

fièvres d'Amérique du SudArenavirusHélicoïdale+ ARNArenaviridae

inf. respiratoires et digestivesCoronavirusHélicoïdale+ARNCoronaviridae

Virus pathogènes chez l’homme (3)