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22/02/2018

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Journée technique Viande Bovine – 22 février 2018 - AngersCe document est la propriété exclusive des Chambres d’agriculture des Pays de la Loire.

Reproduction et communication à un tiers après autorisation des Chambres d’agriculture des Pays de la Loire.

Journée technique Viande Bovine – 22 février 2018 - Angers

Les nouveautés de la filière bovine

Ce document est la propriété exclusive des Chambres d’agriculture des Pays de la Loire.Reproduction et communication à un tiers après autorisation des Chambres d’agriculture des Pays de la Loire.

Utiliser la génomique sur génisses, quels intérêts ?

Vincent POUPIN

Bovins Croissance Sèvres Vendée Conseils

Olivier LEUDET

Institut de l’Elevage



Partenaires du projet

Et avec le soutien financier de :

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Un programme Multi-partenarial sur 3 ans

2015

• Enquête sur la perception qu’on les éleveurs de la génomique (stage 6 mois d’Hélène Macé,141 éleveurs enquêtés);

• Sélection des 8 élevages volontaires, en races Blonde d’aquitaine, Charolaise et Limousine.

2016

• génotypages des 230 génisses avant sevrage nées à l’automne 2015

• réalisation des tris des génisses à conserver pour le renouvellement :

• à l’œil par l’éleveur,

• à l’œil par le technicien puis avec les index IBOVAL et enfin avec les index génomiques.

2017

• Analyse des résultats des tris

• Simulations économiques de l’apport des tests génomiques (cas type Naisseur)

• Rédaction d’un guide d’utilisation des tests génomiques



5 profils d’éleveurs différents

• …

• …

• …

Quel génotypage quel intérêt Quel inconvénient

Estimation de la

population

régionale

Les mâles reproducteurs

achetés

• Index plus précis• mieux choisir leurs

taureaux reproducteurs

• Coût élevé des tests• fiabilité encore

incertaine

30% adhésionaux BC

les animaux issus de l’élevage, mâles et/ou femelles

Mieux trier les génisses de renouvellement

Rentabilité incertaine

Tous les bovins (achats des mâles et naissances)

• Connaitre la vraie valeur génétique de l’animal

• plus rapide

Coût élevé des tests

Pas d’avis sur l’utilisation de la génomique.

Trop commerciale et trop floue 70% hors base de

sélection peu d’achat de reprosdans la base

Ne souhaitent pas utiliser le génotypage

Pas d’avantage • Manque de naturel• perte de variabilité

génétique

Stage de fin

d’étude d’Hélène

Macé 2015

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Comment convaincre les éleveurs

• Les 3 premiers profils = déjà intéressés et convaincus

• Facilement atteignables:– presse spécialisée, Internet, réunions,

– formations, intervenants en élevage,…

• Attendent des preuves de fiabilité de rentabilité

• Le dernier = éleveurs proches de la retraite– éleveurs opposés à la génétique en général

– éleveurs qui ont une autre production plus importante

Stage de fin


Macé 2015



Comment convaincre les éleveurs

• Pas d’avis = cible principale

– Eleveurs qui hésitent

– Ouverts aux nouvelles technologies

• Atteignables par la presse, par les groupes professionnels

• Demandent des Informations sur les principes de la sélection génomique

• Demandent des Preuves de sa fiabilité et de sa rentabilité

• Demandent des Informations provenant d’un organisme neutre (sélection génomique trop commerciale selon eux)

Stage de fin


Macé 2015

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La population analysée

Seule l’analyse globale a

été réalisée !

Pas d’analyse raciale ou

par type d’engagement

de l’éleveur

62%

Analyse des

tests terrain



2

8

15

21

61

51

68

49

11

28

0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% 100%

tri eleveur

tri technicien très mauvaises

mauvaises

moyennes

bonnes

très bonnes

Un regard extérieur permet de mieux différencier les génisses

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Les éleveurs trient sur le poids

Quelque soit la race

Et ils éliminent les plus vives !

Très mauvaises mauvaises moyennes bonnes très bonnes

PA

T 2

10

j



Les techniciens trient sur le poids…

Mais avec des inflexions :

• entre mauvaises et moyennes ;

• Et bonnes et très bonnes ;


270kg

260kg

210kg


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Les techniciens trient sur le poids et le DS

• Le DM sélectionne les plus mauvaises




IBOVAL permet de reclasser 1 génisse sur 2

46%

46%

… et la génomique a permis de reclasser

de nouveau 1 génisse sur 2 !

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Calcul des index génomiques (GEBV)

Si parents connus & dans base

contrôlée :

Index IBOVAL actuel (EBV)

Performances

et généalogies

Valeur Génomique Directe

(DGV)

Information de la

Population de

Référence

Index Génomique (GEBV) = combinaison Index IBOVAL actuel

Valeur Génomique Directe

Précision GEBV Précision Index IBOVAL actuel (EBV)

Précision Valeur Génomique Directe (DGV )



Les index génomiques varient plus

• Des moyennes proches

• 1 variabilité + importante pour la génomique

• Les corrélations fortes mais reflet d’un apport de la génomique (AVel)

102

101

104

106

6,6

7,6

6,6

7,5

6

6,2

6,4

6,6

6,8

7

7,2

7,4

7,6

7,8

98

99

100

101

102

103

104

105

106

107

IBOVAL Génomique IBOVAL Génomique

IFNAIS IFNAIS AVEL AVEL

Moyenne Ecart-type

CorrélationsIFNAIS 0,87Avel 0,77

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La génomique pondère l’importance du phénotype dans les tris

POIDS et DS

principalement!

C’est bien le rôle d’une

évaluation génétique


Répartition du PAT 210j selon le tri génomique



L’allaitement et le DM ont impactés les tris

-2

0

2

4

6

8IFNAIS

Avel

Crsev

Dmsev

Dssev

Alaitsev

Différentiel en le groupe de classement des bonnes et des mauvaises

différentiel notation génomique

différentiel notation IBOVAL

Alors que les index

IBOVAL DSsev ont

impactés les tris

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Simuler le progrès génétique

• Élevage Naisseur 100 vêlages

• Taux de renouvellement 26 ou 31%

• Gain appliqué :– Mortalité (+bonus IVV)

– Allaitement = jour de complémentation des broutard en moins

• On ne touche pas– Poids

– Ingestion

Simulations économiques



Besoins en génisses de renouvellementFonctionnement TR 26% Ventes

77+28

100

102

92

46

46

Femelles à la reproduction

Vêlages

Veaux nés

Veaux sevrés

males

femelles

28 Génisses 1-2 ans

28Génisses 2-3 ans

25 Vaches de réformes+ 1 mort

2 Génisses finies 30 m

46 Broutards

18 Broutardes

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7 génisses amélioratrices par anTrès mauvaises mauvaises moyennes bonnes Très bonnes

Femelles nées sevrées 0 5 17 20 4

Tri à l’oeil sur sur Pas sur Pas sur sur

Tri génomique inutile inutile Oui oui inutile

• Le besoin: 28 génisses• Donc reste à choisir 24/37• La plus value des tests/ tri à l’œil :

7 génisses améliorées

• après 12 ans 34% du troupeau est

constitué de génisses améliorées

sélectionnées avec la génomique

Tri « Moy » « Bonnes »

potentiel 17 20

Tri au hasard (50%) 11 13

génomique 4 20



La pression de sélection détermine l’impact éco

Taux de renouvellement 26 % 31 %

Génisses « amélioratrices » conservées

7 génisses sur 28 mises à la repro en plus

2 génisses sur 34 mises à la reproen plus

Ecart de niveau génétique moyen troupeau après 12 ans De 106 à 113, soit +7 points De 106 à 108, soit +2 points

Ecart de performances obtenus après 12 ans

• 5 veaux sevrés en plus• 5 500 jours de

complémentation économisé

• 1 veau sevré en plus• 1 500 jours de

complémentation économisé

• A TR équivalent, un retour sur investissement trop lent selon les hypothèses testées.• Passer de 31 à 26 % et utiliser la génomique devient rentable avec une très bonne

valorisation des génisses non conservées

Quel usage raisonné faire des tests génomiques sur génisses ?

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Raisonner l’utilisation des testsConstat de l’étude Recommandations d’utilisation

Tri visuel desgénisses destinéesau renouvellement

Résultats moyen du génotypage

Trier pourmettre à la repro

Accouplerpour progresser

Les meilleursToujours top mais

desinfos plus précises

Intérêt limité En cumulatif pour l’élitede mon troupeau

Les bonnes

1 sur 2 reclassée

- Pour éliminer lesmoyennes sur

infogénotype

- Trier plus tôt

En cumulatif pour progresserEn correctif pour corriger

Les moyennesIntérêt limité

ou sexé mâle pour éliminer

Les moins bonnes Toujours mauvaises Intérêt limité



Raisonner l’utilisation des tests

– les gènes d’intérêts (Sans Cornes, Culard…)

– les anomalies génétiques (Ataxie, Axonopathie, Epilepsie, Palais fendu, Tourneur…)

demain, de nouveaux gènes majeurs seront découverts !

La génomique permet de détecter

les gènes originaux

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Raisonner l’utilisation des tests

Génotyper les taureaux de monte naturelle est primordial

• Pour une évaluation génétique complète avec l’aptitude au vêlage et le potentiel laitier;

• Avant la mise à la saillie du taureau afin de raisonner son utilisation dans son troupeau;

• Pour un investissement très limité qui représente de 2 à 3 €/descendants nés.



Perspectives

• Plus de caractères : la génomique est encore en plein développement, avec des perspectives pour de nouveaux caractères

• Plus précisément estimés : les modèles d’évaluation se spécialisent en génomique (single step) permettant notamment des gains de précisions.

• Plus tôt (avant sevrage) : La connaissance des valeurs génétiques précocement dans la vie d’un animal notamment sur les qualités maternelles va changer les possibilités de sélection des éleveurs.

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