La genómica applicada à la seleção

de bovinos.

La genómica applicada a la seleción

de bovinos.

• La genomica que es ?

• Ejemplo concreto : desarrollo muscular y

apertura pélvica.

• ¿ Por qué utilizar las pruebas genómicas al

nivel de los ganaderos : ejemplo del test

EvaLiM.

La genomica que es ?

3

• La unida funcional del ADN es el gen.

• La genomica se interessa en la estructura y en el

funcionamiento des los genomas.

El ADN, soporte de herencia.

TCAGTTGGAGCTGCTCCCCCACGGCCTCTCCTCACATTCCACGTCCTGTAGCTCTATGACCTCCACCTTTGAGTCCCTCCTCTCACA

CCTGACATGAAAAGGCACATGAGGATCCTCAAATACCCCGTGATCAGTCTCAGGGTAGCTCTCATAGCCTGGACAGGGCCCCCCTCG

GGGGTTGCGCCCAGGTCCAGGCGGGGGATGCACAGCAACAGTCACCGAAGCAGAAGCCGTCACAGTGGTGATGGGCTGGCAGTAGCT

GGGCACAGAGCTGCCCATGGCGGTGGACGTTGGGTTCCGAGGGTTGTGAGAACGGGCCCCACGGGGCCCTGAGCGGTCCCTATTGCT

AGGGCCAGAATGCCCTTCAGTAGAAATTTCAAAAGCGTCTCTGCGCGGTCTGTAGGGGGGTGGCCGCAAGCCTTCTCTAGGGGGATC

CCTTCGAGGCTGCTGGCCTTGCCGTCCAGGGGACAAGGAGCCAGAGTCCAGGTGGGGCTGTTGCCGAGGGGTCAAGGGAGGCTGATG

TCTGGAGTCCGGATGGACCACCTGCAGAGGAGAGACATAGGTCAACACAGGGAGGTAGGATGGTGGTGATGTTCCACCCACAAAAGA

AAACCTATTCCTTTAGAAACCTCCAGGATGTGAATCCTGCCTGCACCTGCACAGCTGGCTGGAGGCATATAGCCACTGCCCATAGAT

CTCAACTTACCCTCACAACCAACTGCCCCCAGGCCTAAGTTCTCTGCCTCAAAACTGCCAAGGCCTGGATAGCCAAGAGCCTGGGTG

TCTTGGAAATATGCAACCATAAATAGTAGCTTTTAGAAGTATAAGGCTCCTGTTTCTGGGTCATATTAGTGTTGTTTTCACCTGTCC

CCAGCCCTAAGCCAGGTGTGGCCAGAAGCAAATGTACTGTAAGAGCAGAGCAAAAACTTCCACACAGATAGTTCTGTTAGGCAATAC

ATCTCTGCCTGACTATTAGGAATCTGGTTTCTGGGTCCTCTGTACAAAGCTCGGAGCAACACAGTGGCCACATCAATCAAAAGGACC

GTGACCAACTTCAAAGTCGGTGAGCTTGTACCTATTTTTAGGCTCCTGCTGAACAGAACCAGATTCACACTACAGCTCAGCAGGGCA

TCGTCACGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGGGGGGGGGGGTGGACAGAGGACGGGGACACAATTCAC

TGGCCAGCCCTTCTCTCCTTCAAGGAAGGCTGCTCTAGCCTGGGACTGGAATACACATTTCCTGTAAACATGGTGGGGGCCTCAGGC

AAGCCAGAGTTTTGGAGCCTTCCTTAACTCTTCAAGGTGAGCATCTTGACTTGGAGGGTGGGGGTGCGGGTAAGGAAGGAACCTGTG

GACTCCTCCCTACAAGACAGAAAAGGAATAAGCCACGAAGACAATAACGATTTTTGTATCAAGCGTCCTCTCCCATTTCAGCTTACC

TGACAATGAAATCAAATTCGGACCCTGCAAGCATCAGTACACCCAGCAGAGTGGACACAGCACCGTCCAGAACGGGAGCAAACATGT

GCTCCAGAGCGAGCATAGCCCTGTGGTTCTTGTCCCCAATGGCTGTCAGAAAGGCCTGAACAAAGGAGAAAATTGACACGGTCACAT

TCTGGGTGTGGTAAAGTGCTCAGCTGTGTCTATACTTGGGTTTTGTATTTACGACTAGACTAGCATGGACCAATTTTTCGCCGGGTA

CGCGATATATTTAAACGATGGATGGACCACCTGCAGAGGAGAGACATAGGTCAACACAGGGAGGTAGGATGGTGGTGATGTTCCACC

CACAAAAGAAAACCTATTCCTTTAGAAACCTCCAGGATGTGAATCCTGCCTGCACCTGCACAGCTGGCTGGAGGCATATAGCCACTG

CCCATAGATCTCAACTTACCCTCACAACCAACTGCCCCCAGGCCTAAGTTCTCTGCCTCAAAACTGCCAAGGCCTGGATAGCCAAGA

GCCTGGGTGTCTTGGAAATATGCAACCATAAATAGTAGCTTTTAGAAGTATAAGGCTCCTGTTTCTGGGTCATATTAGTGTTGTTTT

CACCTGTCCCCAGCCCTAAGCCAGGTGTGGCCAGAAGCAAATGTACTGTAAGAGCAGAGCAAAAACTTCCACACAGATAGTTCTGTT

AGGCAATACATCTCTGCCTGACTATTAGGAATCTGGTTTCTGGGTCCTCTGTACAAAGCTCGGAGCAACACAGTGGCCACATCAATC

AAAAGGACCGTGACCAACTTCAAAGTCGGTGAGCTTGTACCTATTTTTAGGCTCCTGCTGAACA…

El genoma completo de una vaca: 3,000,000,000 de bases

Diversidad: más de 730 razas de ganado identificadas

99,9 % del ADN es idéntico entre 2 individuos.

0,1 % del ADN explica el 100% de la variabilidad fenotípica

entre 2 individuos. (alrededor de 3 millones de bases) =

POLIMORFISMO

la mayoría de las diferencias toman la forma de SNP

Diversidad: más de 730 razas de ganado

identificadas

Caso simple de estudio de asociación

8

AATCAGGGGTACCAATTTGATCCATTTTAACCGGGTTACGGTACAT

AATCAGAGGTACCAATTTGATCCATTTTAACCGGGGTACGGTACAT

AATCAGAGGTACCAATTTGATCCATTTTAACCGGGGTACGGTACAT

AATCAGGGGTACCAATTTGATCCATTTTAACCGGGTTACGGTACAT

Toros con fuerte desarollo muscular

SNP1 SNP2 SNP3 SNP4

Músculo

AATCAGGGGTACCAATTTGATCCATTATAACCGGGTTACGGTACAT

AATCAGAGGTACCAATTTGATCCATTATAACCGGGGTACGGTACAT

AATCAGAGGTACCAATTTGATCCATTATAACCGGGGTACGGTACAT

AATCAGGGGTACCAATTTGATCCATTATAACCGGGTTACGGTACAT

Validación de métodos de prédicción

9

Población de d’aprendizajePoblación de

validación

Ecuación de

predición

Valor Genomic (VG)

R(VG ; Fenotipo)

Seleción

genomica

Población de referenciaGenotipo & Fenotipo

alto baja

75% 25%

10

Precisión de las herramientas genómicas

Ejemplo del DM

valores reales

pre

dic

ción

correlación

0,76

CaracteristicasDelta de los GMD 120

corregidosInterpretación

Crecimiento + 76g/diaGMD 120 mejorado

-> puntuación CR padre cerca de 10

Resultados obtenidos con datos de GMD (Ganancia media diaria) a 4

meses corregidos de los descendientes

Altas puntuaciones de CR en machosGMD 120 medio de terneros mejoradoAumento de GMD gracias a la genéticaLa mejora será la rentabilidad

2. Estudio comparativo: puntuaciones y datos de producción

Ejemplo concreto con un carácter :

apertura de la pelvis.

distancia en relación con la

media con

la población de referencia

Caracteres : Apertura pelvica

Caracteres : Apertura pelvica

Medidas Genotípo

Efectos del medio

Rebaño - año de naciemiento

Técnico - año de medida

Edad en la medida

N° de parto de la madre

Temporada de nacimiento

AP independientedel pesoh² = 0,20

¿ Por qué utilizar las pruebas

genómicas al nivel de los ganaderos

: ejemplo del test EvaLiM.

Presentación de la prueba genómica

12 Valores

génomicos

caractères+ Identificación ADN 200 SNP

+ Filiación

+ Estatus doble músculo (F94L)

+ Estatus sin cuerno

+ Estatus « palatoschisis »

EvaliM, una prueba completa para la raza Limusina.

a partir de una muestra de pelo…con ADN

4. La fiche de résultats

La abertura pélvica está integrada en el diagrama de radar

La media racial está simbolizada por una línea negra continua

Resumen de todas las informaciones conocidas:

filiaciones, F94L,sin cuerno.

Representación de la morfología de la ubre : diagrama de banda con la optimización en el centro.

¿ Por qué utilizar las pruebas

genómicas al nivel de los ganaderos

?

5 Buenas razones para elegir la

prueba EvaliM hembra:

20

Seleccionar sus mejores novillas desde el nacimiento..

Conocer el potencial genético de sus hembras con la misma

fiabilidad que para los machos.

Optimizar sus acoplamientos.

Asegurar la renovación (reemplazo), en particular sobre las

cualidades maternas: Facilidad de parto, Aptitud lechera, Apertura

pélvica, Ubre......

Mejorar la rentabilidad del rebaño : aumento del número de

terneros destetados, menos días de mantenimiento o de engorde,

más kg de carne/ vaca ...

5 Buenas razones para elegir la

prueba EvaliM Machos :

21

Asegurar la elección del reproductor.

Seleccionar con fiabilidad animales jóvenes.

Conocer y gestionar los genes de interés y las anomalías genéticas.

Valora a sus mejores reproductores.

Elegir una inversión rápidamente rentabilizada en función del

número de descendientes de un toro.

Obrigado pela atenção

22

Fiabilidad de las pruebas

EvaLiM3 maneras de controlar la calidad de las pruebas:

1. correlaciones entre las predicciones y los valores reales

2. Estudio comparativo: puntuaciones y datos de producción

3. Estudio retrospectivo índices 2011-2018

1. Correlaciones entre las predicciones y los

valores reales.

Aumento de la población (rebaño) de referencia :

=> una ganancia de fiabilidad

2013 2016

Caractères Heritabilité 2900 Mâles 12800 Mâles + Femelles Progrès

A Lait 0,11 0,49 0,68 39%

Avel 0,02 0,68 0,77 13%

Crsev 0,3 0,5 0,59 18%

DMsev 0,22 0,64 0,76 19%

Dssev 0,33 0,65 0,73 12%

FOSsev 0,14 0,56 0,66 18%

IFNAIS 0,48 0,46 0,54 17%

Coefficient de correlation

3. Estudio retrospectivo 2011-2018

Valores genéticos reales(sobre descendencia)

Índices de la Ascendencia

Crias jovenesen 2011

Confirmadas en2018

=> Ventaja genomica ?

Nuevas características : Morfología de la ubre

Pedigree Phénotypes Génotypes

41 695 8 389 1 202

Fenotipo Heritabilidad

Longitud de los pezones 0,27

Grosor de los pezones 0,34

Suspensión de la ubre 0,28

Equilibrio de los cuarterones 0,12

Medidas Genotípo

CaracteristicasDelta de los GMD 120

corregidosInterpretación

CR + 76g/diaGMD 120 mejorado

-> puntuación CR padre cerca de 10

Resultados obtenidos con datos de GMD (Ganancia media diaria) a 4

meses corregidos de los descendientes

Altas puntuaciones de CR en machosGMD 120 medio de terneros mejoradoAumento de GMD gracias a la genéticaLa mejora será la rentabilidad

2. Estudio comparativo: puntuaciones y datos de producción

Resultados del estudio en la vía del macho

Comparación del valor genético real (confirmados en 2018)

frente a las puntuaciones genómicas EvaLiM® y los índices de

ascendencia : (padre + madre) / 2

IFNAIS CRsev DMsev DSsev FOSsev AVel ALait0.00

0.10

0.20

0.30

0.40

0.50

0.60

0.70

0.80

0.90

Index Ascendance

Scores génomiques

0.95 0.92 0.88 0.92 0.63 0.46 0.69

cd medio IBOVAL 2017 de 500 animales delestudio

Co

eff

icie

nte

de

co

rre

laci

ón/ I

BO

VA

L 2

01

8

Recogida de muestras

biológicas (pelo, sangre, cartílago,

semen)

Análisis del ADN = genotipo

Comparación del ADN del animal con el de la

población de referencia

Evaluacióngenómica del animal

Clasificación de los mejores animales a

conservar

Herramientas

genómicas

para

seleccionar

sus

reproductores

Procedimiento de pedido

Extraccióndel ADN

Recogida de material biológico y datos

fenotípicos

Genotipo de banda ancha: prestación

externalizada

CALI (Calculador Limousin)

Tratamientode datos

Genética Biología molecular Bioestadísticas Modelización Bioinformática

La genómica dentro del

programa francés de selección

Limusina.

31

La genómica dentro del programa francés de selección Limusina.