STRATEacuteGIE ET ACTIVITEacuteS

laquo OPEN SCIENCE raquo Agrave LA

BIBLIOTHEgraveQUE DU CHUV

2016-2018

32

1 httpswwwfosteropenscienceeufoster-taxonomyopen-science-definition2 httpssfdoraorg

Les services offerts par lrsquouniteacute de gestions des publications et des donneacutees de recherches agrave la Bibliothegraveque de Meacutedecine (BiUM) geacutereacutee par le Dr Ceacutecile Lebrand ont pour objectif de permettre aux chercheurs FBM drsquoeffectuer une phase de transition rapide vers une science plus ouverte integravegre et reproductible appeleacutee ldquoOpen Sciencerdquo LrsquoOpen Science est deacutefinie comme une pratique scientifique qui vise agrave ce que les donneacutees de recherche les notes de laboratoire et autres processus de recherche soient librement disponibles dans des conditions permettant la reacuteutilisation la redistribution et la reproduction de la recherche[1]

LrsquoOpen Science telle que deacutefinit par le FNS et Swissuniversities est un concept qui englobe toutes les activiteacutes qui œuvrent agrave louverture de la science telles i) lrsquoOpen Access to publications (libre accegraves aux publications scientifiques) ii) lrsquoOpen Data (libre accegraves aux donneacutees de recherche accompagnant un article publieacute) et iii) le passage agrave une promotion de la recherche conforme aux principes de la deacuteclaration Dora3

Ce rapport vise agrave preacutesenter en deacutetail la strateacutegie et les activiteacutes laquo Open Science raquo meneacutees par la bibliothegraveque depuis 2016 afin de faciliter pour les chercheurs de la faculteacute de Biologie et de Meacutedecine (FBM) lrsquoimpleacutementation pratique de ces preacuteceptes

Sa mise en pratique permettra drsquoameacuteliorer la qualiteacute la transparence et la reproductibiliteacute de la recherche effectueacutee agrave lrsquoUNIL ou au CHUV

2

Deacutefinition Open Science 2

Contexte crise reproductibiliteacute amp politiques 3 -6

Vision Open Science BiUM 7Membres de lrsquouniteacute de gestions des publications 8-9 Collaborations avec services GDR 10Strateacutegie amp offre de services Open Science BiUM 11-12Activiteacutes Open Science raquo agrave la BiUM en quelques chiffres 13Visibiliteacute accrue publications et sets de donneacutees FBM 14- 16Boicircte agrave outils Open Science BiUM 17Communication intensive 18-27

Objectifs BiUM Open Science 28

DEacuteFINITION DE l OPEN SCIENCE

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1 httpswwwfosteropenscienceeufoster-taxonomyopen-science-definition2 httpssfdoraorg

Les services offerts par lrsquouniteacute de gestions des publications et des donneacutees de recherches agrave la Bibliothegraveque de Meacutedecine (BiUM) geacutereacutee par le Dr Ceacutecile Lebrand ont pour objectif de permettre aux chercheurs FBM drsquoeffectuer une phase de transition rapide vers une science plus ouverte integravegre et reproductible appeleacutee ldquoOpen Sciencerdquo LrsquoOpen Science est deacutefinie comme une pratique scientifique qui vise agrave ce que les donneacutees de recherche les notes de laboratoire et autres processus de recherche soient librement disponibles dans des conditions permettant la reacuteutilisation la redistribution et la reproduction de la recherche[1]

LrsquoOpen Science telle que deacutefinit par le FNS et Swissuniversities est un concept qui englobe toutes les activiteacutes qui œuvrent agrave louverture de la science telles i) lrsquoOpen Access to publications (libre accegraves aux publications scientifiques) ii) lrsquoOpen Data (libre accegraves aux donneacutees de recherche accompagnant un article publieacute) et iii) le passage agrave une promotion de la recherche conforme aux principes de la deacuteclaration Dora3

Ce rapport vise agrave preacutesenter en deacutetail la strateacutegie et les activiteacutes laquo Open Science raquo meneacutees par la bibliothegraveque depuis 2016 afin de faciliter pour les chercheurs de la faculteacute de Biologie et de Meacutedecine (FBM) lrsquoimpleacutementation pratique de ces preacuteceptes

Sa mise en pratique permettra drsquoameacuteliorer la qualiteacute la transparence et la reproductibiliteacute de la recherche effectueacutee agrave lrsquoUNIL ou au CHUV

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Deacutefinition Open Science 2

Contexte crise reproductibiliteacute amp politiques 3 -6

Vision Open Science BiUM 7Membres de lrsquouniteacute de gestions des publications 8-9 Collaborations avec services GDR 10Strateacutegie amp offre de services Open Science BiUM 11-12Activiteacutes Open Science raquo agrave la BiUM en quelques chiffres 13Visibiliteacute accrue publications et sets de donneacutees FBM 14- 16Boicircte agrave outils Open Science BiUM 17Communication intensive 18-27

Objectifs BiUM Open Science 28

DEacuteFINITION DE l OPEN SCIENCE

CONTEXTE CRISE DEREPRODUCTIBILITEacuteDES EacuteTUDESBIOMEacuteDICALESPUBLIEacuteES

2 |

De nombreuses eacutetudes ont reacuteveacuteleacute quentre 51 et 89 des travaux publieacutes en recherche preacuteclinique ne seraient pas reproductibles Les faibles taux de reproductibiliteacute des recherches effectueacutees en sciences de la vie sont alarmants puisquils occasionnent des retards et des coucircts majeurs dans les deacuteveloppements theacuterapeutiques Au niveau mondial ce manque de reproductibiliteacute occasionnerait une perte drsquoenviron 100 milliards de dollars par an pour les eacutetudes preacutecliniques subventionneacutees dans le domaine public1

De multiples causes contribuent agrave cette absence de reproductibiliteacute des eacutetudes en sciences de la vie1234 Les chercheurs effectuent tregraves souvent leurs expeacuteriences preacutecliniques de maniegravere non aveugle et ont donc tendance agrave deacuteceler les reacutesultats quils anticipaient agrave cause drsquoun parti pris Toute une seacuterie de problegravemes reacutecurrents ont eacutegalement eacuteteacute mis en eacutevidence dont le manque de reacutepeacutetitions du nombre drsquoexpeacuteriences lrsquoabsence de controcircles adeacutequats lrsquoabsence de validation des reacuteactifs et la non-utilisation de tests statistiques approprieacutes En plus de cela les chercheurs tregraves souvent choisissent la meilleure expeacuterience plutocirct que de reacutefeacuterencer lensemble des donneacutees et les reacutesultats neacutegatifs ne sont que tregraves rarement publieacutes En particulier ces eacutetudes ont clairement montreacute que les donneacutees de recherche associeacutees agrave une publication sont fondamentales pour valider les analyses et les reacutesultats publieacutes

Ce manque de standards et de bonnes pratiques ont conduit non seulement agrave lrsquoabsence de reproductibiliteacute des expeacuteriences individuelles mais eacutegalement au fait que les conclusions principales des articles ne sont souvent pas eacutetayeacutees correctement

1 httpjournalsplosorgplosbiologyarticleid=101371journalpbio10021652 httpcircresahajournalsorgcontent1161116full

3httpwwwnaturecomnaturejournalv483n7391full483531ahtml4httpwwwsciencedirectcomsciencearticlepiiS0140673609603299

3

Afin drsquoameacuteliorer les taux de reproductibiliteacute et la reacuteutilisation de reacutesultats preacutealablement publieacutes les donneacutees de recherche qui sont associeacutees agrave une publication doivent ecirctre accessibles Pour cette raison les eacutediteurs de revues scientifiques introduisent depuis peu des politiques obligatoires de partage des donneacutees de la recherche accompagnant lrsquoarticle en accegraves libre crsquoest agrave dire lrsquoOpen Data12 Cette exigence est due au fait que les donneacutees de recherche sont fondamentales pour valider les analyses et les reacutesultats publieacutes dans les articles de recherche

Les organismes de financement Ameacutericains et Europeacuteens (programme Horizon H2020)1 oblige tregraves fortement les auteurs agrave partager leurs donneacutees de recherche accompagnant les publications (Open Data) srsquoil nrsquoy a pas de raisons drsquoen restreindre laccegraves comme dans les cas de protection des donneacutees personnelles ou drsquoarrangements commerciaux

INITIATIVES OPEN SCIENCE

AU NIVEAU NATIONAL amp INTERNATIONAL

1httpwwwnaturecomnaturejournalv490n7419fullnature11556html2 httpsciencesciencemagorgcontent34862421422fullijkey=ha1o5D9wvW4ZQampkeytype=refampsiteid=sci

3httpeceuropaeuresearchparticipantsdocsh2020-funding-guidecross-cutting-issuesopen-access-data-managementdata-management_enhtm

4

Open Access to Publications

Le FNS astreint les chercheuses et les chercheurs agrave publier les reacutesultats des projets quil soutient dans des revues ou des bases de donneacutees en libre accegraves (Open Access OA) Lobjectif est de publier 100 des reacutesultats en OA dici 2020 Les chercheurs reccediloivent des subsides pour cela

POLITIQUE

OPEN SCIENCE DU

FONDS NATIONAL SUISSE

Open Research Data

Depuis octobre 2017 il est obligatoire drsquoinclure un plan de gestion des donneacutees (Data Management Plan ou DMP) lors de la soumission drsquoune requecircte pour la plupart des instruments drsquoencouragement

Le FNS sattend en outre agrave ce que les donneacutees produites au cours des travaux de recherche soient archiveacutees dans des bases de donneacutees numeacuteriques en libre accegraves pour autant quaucune clause juridique eacutethique concernant le droit dauteur ou autre ne sy oppose

httpwwwsnfchfrpointrecherchedossiersopen-sciencePagesdefaultaspx

5

Au niveau national (eg EPFL1 Bern2hellip) ainsi que international (eg MIT Cambridge Universityhellip) les bibliothegraveques universitaires ont deacuteveloppeacute des offres de services qui visent agrave aider les chercheurs de leur institution agrave geacuterer leurs donneacutees de recherche en fournissant des outils et des conseils tout au long du cycle de vie des donneacutees

Ces services ont pour but drsquo aider les chercheurs agrave mieux comprendre la gestion des donneacutees de recherche agrave trouver les outils et ressources approprieacutes et agrave conseiller sur de nombreux aspects tels que bull Plan de gestion des donneacutees (DMP) bull Formats de donneacutees meacutetadonneacutees et normes nom de fichierbull Anonymisation des donneacuteesbull Exigences des bailleurs de fonds et des eacutediteursbull Licences droits dauteur et questions juridiquesbull Deacutepocircts de donneacutees et conservation agrave long termebull Publication de donneacuteesbull Principes FAIR

SERVICES OPEN SCIENCE

DEacuteVELOPPEacuteS PAR LES

BIBLIOTHEgraveQUES UNIVERSITAIRES

1 httpsresearchdataepflch2httpwwwunibechuniversityservicesuniversity_libraryservicesopen_scienceindex_enghtml

6

VISION OPEN SCIENCE

Agrave LA BIBLIOTHEgraveQUE

UNIVERSITAIRE DE

MEacuteDECINE DU CHUV

Le Reacutesultat proposeacute ndash

consiste en une offre de services Open Science agrave la bibliothegraveque de Meacutedecine pour les chercheurs de la FBM UNILCHUV Notre uniteacute de gestion des publications et donneacutees de recherche a pour mission drsquoaider les chercheurs agrave effectuer de la recherche de maniegravere conforme aux normes internationales Open Science en respectant de hauts standards de transparence et de reproductibiliteacute scientifique

La Bibliothegraveque propose son expertise et son soutien durant tout le processus de publication de leacutecriture agrave la diffusion des reacutesultats de recherche

Notre uniteacute est une plateforme multidisciplinaire drsquoinformation de consulting et de formation concernant quatre aspects majeurs de lrsquoOpen Science bull Publication amp Open Accessbull Gestion des donneacutees amp Open Databull Visibiliteacute de la recherche amp ORCIDbull Impact de la recherche

Les objectifs speacutecifiques ndash

permettent aux chercheurs de trouver un appui efficace afin de publier des travaux de qualiteacute et conformes aux directives qui sont instaureacutees par les maisons drsquoeacutedition de revues scientifiques et les agences de financement Nos services facilitent le partage des deacutecouvertes publieacutees de maniegravere libre en Open Access et ainsi ameacutelioreront la transparence et la diffusion des reacutesultats

Lrsquoobjectif global ndash

contribue agrave consolider lrsquoinfluence la visibiliteacute et lrsquoexcellence de notre faculteacute sur les scegravenes nationale et internationale Notre uniteacute est une des plateformes du Deacutepartement de la Formation et la Recherche qui aide agrave garantir que agrave la FBM reste un lieu de preacutedilection et de reacutefeacuterence pour le deacuteveloppement de projets innovateurs et audacieux

7

MEMBRES DE LrsquoUNITEacute DE

GESTIONS DES PUBLICATIONS ET

DES DONNEacuteES DE RECHERCHE

Gestionnaire Serval amp Open Access

A lrsquoissu de son PhD en Neuroscience au DNF le Dr Alexandre Pinault se consacre agrave la meacutediation scientifique au travers de lrsquoenseignement la creacuteation et lrsquoanimation drsquoateliers

Aujourdrsquohui il associe son expertise des techniques de communication audiovisuelles avec sa passion pour la communication scientifique en tant que reacutealisateur indeacutependant dans sa compagnie httpswwwbigbangbraincom

Son profil hybride permet drsquoapporter une expertise essentielle dans le cadre de son activiteacute agrave la Bibliothegraveque pour le deacuteveloppement de lrsquoOpen Access agrave la FBM Il est en charge des deacutepocircts de Manuscrits et de la gestion des validations Serval pour les chercheurs ainsi que de la creacuteation de leur bibliomeacutetrie

httpsorcidorg0000-0002-8099-6025

8

Cheffe de projets scientifiques amp Open Science advocate

Extrecircmement impliqueacutee dans les activiteacutes drsquoinformation sur les enjeux de lrsquoOpen Science et de lrsquoeacutedition scientifique Le Dr Ceacutecile Lebrand appreacutecie particuliegraverement les missions scientifiques et de gestion de projets qui lui sont confieacutees dans son activiteacute

Son expeacuterience en tant que chercheuse en neurobiologie dans plusieurs institutions internationales de renom (MIT - USA Universiteacute de Cambridge ndash UK) directrice de laboratoire agrave lrsquoUNIL et manager directeur du NCCR Robotics (EPFL) lui permettent drsquoappreacutecier pleinement les enjeux scientifiques et financiers lieacutes agrave la mise en place de politiques de gestion et de partage de donneacutees de recherche Par ailleurs sa longue expeacuterience de publication avec 26 articles dans les meilleurs revues scientifiques internationales (Neuron Nature Neurosciences Nature Com PLoS Biology PLoS Geneticshellip) lrsquoautorise agrave bien comprendre les rouages et la complexiteacute du domaine de lrsquoeacutedition scientifique

Depuis avril 2015 elle supervise lrsquouniteacute de gestions des publications et des donneacutees de recherches de la FBM agrave la BiUM Dans le cadre de cette fonction elle deacuteveloppe des services afin drsquoameacuteliorer la visibiliteacute des publications FBM en favorisant les modegraveles en Open Access Son offre de services visent eacutegalement agrave aider les chercheurs FBM agrave une meilleure gestion de leurs donneacutees de recherche agrave des fins de publication

httpsorcidorg0000-0002-2750-3164

MEMBRES DE LrsquoUNITEacute DE

GESTIONS DES PUBLICATIONS ET

DES DONNEacuteES DE RECHERCHE

Gestionnaire Serval amp Open Access

A lrsquoissu de son PhD en Neuroscience au DNF le Dr Alexandre Pinault se consacre agrave la meacutediation scientifique au travers de lrsquoenseignement la creacuteation et lrsquoanimation drsquoateliers

Aujourdrsquohui il associe son expertise des techniques de communication audiovisuelles avec sa passion pour la communication scientifique en tant que reacutealisateur indeacutependant dans sa compagnie httpswwwbigbangbraincom

Son profil hybride permet drsquoapporter une expertise essentielle dans le cadre de son activiteacute agrave la Bibliothegraveque pour le deacuteveloppement de lrsquoOpen Access agrave la FBM Il est en charge des deacutepocircts de Manuscrits et de la gestion des validations Serval pour les chercheurs ainsi que de la creacuteation de leur bibliomeacutetrie

httpsorcidorg0000-0002-8099-6025

8

Cheffe de projets scientifiques amp Open Science advocate

Extrecircmement impliqueacutee dans les activiteacutes drsquoinformation sur les enjeux de lrsquoOpen Science et de lrsquoeacutedition scientifique Le Dr Ceacutecile Lebrand appreacutecie particuliegraverement les missions scientifiques et de gestion de projets qui lui sont confieacutees dans son activiteacute

Son expeacuterience en tant que chercheuse en neurobiologie dans plusieurs institutions internationales de renom (MIT - USA Universiteacute de Cambridge ndash UK) directrice de laboratoire agrave lrsquoUNIL et manager directeur du NCCR Robotics (EPFL) lui permettent drsquoappreacutecier pleinement les enjeux scientifiques et financiers lieacutes agrave la mise en place de politiques de gestion et de partage de donneacutees de recherche Par ailleurs sa longue expeacuterience de publication avec 26 articles dans les meilleurs revues scientifiques internationales (Neuron Nature Neurosciences Nature Com PLoS Biology PLoS Geneticshellip) lrsquoautorise agrave bien comprendre les rouages et la complexiteacute du domaine de lrsquoeacutedition scientifique

Depuis avril 2015 elle supervise lrsquouniteacute de gestions des publications et des donneacutees de recherches de la FBM agrave la BiUM Dans le cadre de cette fonction elle deacuteveloppe des services afin drsquoameacuteliorer la visibiliteacute des publications FBM en favorisant les modegraveles en Open Access Son offre de services visent eacutegalement agrave aider les chercheurs FBM agrave une meilleure gestion de leurs donneacutees de recherche agrave des fins de publication

httpsorcidorg0000-0002-2750-3164

MEMBRES DES BIBLIOTHEgraveQUES FBM ASSOCIEacuteS AUX ACTIVITEacuteS OPEN SCIENCE

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Alexandre Racine est titulaire drsquoun Masteren Sciences de linformation de la Hauteeacutecole de gestion de Genegraveve (HEG)

Alexandre a reacutealiseacute son travail de Master encollaboration avec le deacutepartement IT duCERN et a occupeacute un poste drsquoassistantdrsquoenseignement au sein de la HEG duranttrois ans

Fort de son expeacuterience sur les technologiesde linformation il travaille aujourdrsquohuicomme bibliotheacutecaire scientifique affilieacute aupocircle informatique de la BiUM

Jeacuterocircme Zbinden est expert informatique au sein de la FBM et partage ses activiteacutes entre la Bibliothegraveque universitaire de meacutedecine et la Direction formation et recherche

Ingeacutenieur en informatique diplocircmeacute de lEPFL Jeacuterocircme a travailleacute plusieurs anneacutees au CERN en tant que chef de projet et gestionnaire de services en lien avec la publication scientifique et la gestion eacutelectronique de documents

Il supervise aujourdrsquohui le pocircle informatique de la Bibliothegraveque et propose des solutions permettant un suivi et un appui aux activiteacutes acadeacutemiques de la FBM

POcircLE INFORMATIQUE BIUM

Josiane Bonetti Section des sciences fondamentales

Magdalena Czartoryjska Meier Bibliothegraveque Institut Universitaire

Histoire Meacutedecine et Santeacute Publique

Laurent Gouban Bibliothegraveque de lrsquoHocircpital ophtalmique Jules Gonin

Marylegravene Grzesiak Bibliothegraveque Psychiatrique Universitaire de

Lausanne

Veacuteronique Joris Bibliothegraveque de lrsquoInstitut de Pathologie

Chantal Petoud dei Rossi Bibliothegraveque de lrsquoInstitut Universitaire de

Meacutedecine Sociale et Preacuteventive

Aline Sager Bibliothegraveque de lrsquoInstitut Universitaire Romand de Santeacute

au Travail

RESPONSABLES VALIDATION

DES PUBLICATIONS FBM

Chaque anneacutee les responsables de validation agrave la BiUM et dans les diffeacuterentes bibliothegraveques de la FBM valident plus de 3rsquo000 reacutefeacuterences Ils sont eacutegalement tregraves impliqueacutes dans la mise en Open Access des manuscrits des auteurs de leur deacutepartement respectif sur Serval et participent agrave ameacuteliorer la visibiliteacute de la production scientifique FBM

COLLABORATIONS AVEC LES

SERVICES INTERNES amp EXTERNES

DE GESTION DE DONNEacuteES DE

RECHERCHE (GDR)

La gestion organiseacutee et centraliseacutee des donneacutees primaires de la recherche au niveau des universiteacutes demande lrsquointervention de plusieurs services extrecircmement speacutecialiseacutes ainsi que leur collaboration eacutetroite agrave diffeacuterents niveaux du cycle de la gestion des donneacutees de recherche

La BiUM a concentreacute son expertise et activiteacute pour la FBM sur un service drsquoaide aux chercheurs concernant la creacuteation de Data Management Plan et la publication des sets de donneacutees qui accompagnent les articles publieacutes en Open Access Cette deacutemarche est tout agrave fait leacutegitime puisqursquoelle gegravere deacutejagrave lrsquoauto-archivage des publications de la FBM et est speacutecialiste des questions concernant le partage de donneacutees en Open Access

Lrsquointervention de notre service sur ces aspects est solliciteacutee par le service des ressources informationnelles et archive (UNIRIS) qui a reccedilu le mandat du rectorat UNIL de coordonner la gestion des donneacutees agrave lrsquoUNIL Notre service participe activement aux journeacutees drsquoeacutetude laquo Parole aux chercheurmiddotemiddots et expertmiddotemiddots de lrsquoUNIL raquo (cf annexes) ainsi qursquoau groupe de travail laquo Seacuteance consultantmiddotemiddots Open Science raquo placeacute sous lrsquoeacutegide drsquoUNIRIS

En interne notre service

Collabore de maniegravere eacutetroite avec les services du DFR de lrsquoUNIL et du CHUV impliqueacutes dans les eacutetapes en aval cest-agrave-dire la gestion centraliseacutee des donneacutees primaires et actives (en cours drsquoacquisition et drsquoanalyse) issues de la recherche

A ce titre la BiUM a deacutejagrave rencontreacute et meneacute divers travaux avec plusieurs acteurs actifs dans ce domaine notamment

bull PACTT avec qui nous interagissons reacuteguliegraverement pour des questions de droits drsquoauteur et probleacutematiqued de proprieacuteteacute intellectuelle (voir article)

bull DSI avec qui nous avons reacuteorganiseacute les documents DMP et stockage de donneacutees neacutecessaires aux chercheurs CHUV

bull Service informatique FBM et Ci UNIL

bull Plates-formes DFR qui assistent les chercheurs dans lrsquoacquisition de donneacutees de recherche CIF GTF MEF CIBM hellip

bull Centre de recherche clinique CRC

En externe notre service

bull Collabore avec Vital-ITSIB dans les deacuteveloppements de lrsquooutil DMP Canvasgenerator et lrsquoorganisation conjointe du workshop Data Management Plan pour le programme doctoral StarOmics (cf annexes)

bull Repreacutesente lrsquoAcadeacutemie suisse des sciences meacutedicales (ASSM) dans le groupe de travail chargeacute de reacutediger la Factsheet Open Science in Switzerland

bull Interagit reacuteguliegraverement avec le FNS pour la creacuteation de DMP lors de demandes de fonds

bull Interagit avec la Commission cantonale (VD) deacutethique de la recherche sur lecirctre humain

10

PARTAGE DE NOTRE EXPERTISE

COLLABORATIONS AVEC LES

SERVICES INTERNES amp EXTERNES

DE GESTION DE DONNEacuteES DE

RECHERCHE (GDR)

La gestion organiseacutee et centraliseacutee des donneacutees primaires de la recherche au niveau des universiteacutes demande lrsquointervention de plusieurs services extrecircmement speacutecialiseacutes ainsi que leur collaboration eacutetroite agrave diffeacuterents niveaux du cycle de la gestion des donneacutees de recherche

La BiUM a concentreacute son expertise et activiteacute pour la FBM sur un service drsquoaide aux chercheurs concernant la creacuteation de Data Management Plan et la publication des sets de donneacutees qui accompagnent les articles publieacutes en Open Access Cette deacutemarche est tout agrave fait leacutegitime puisqursquoelle gegravere deacutejagrave lrsquoauto-archivage des publications de la FBM et est speacutecialiste des questions concernant le partage de donneacutees en Open Access

Lrsquointervention de notre service sur ces aspects est solliciteacutee par le service des ressources informationnelles et archive (UNIRIS) qui a reccedilu le mandat du rectorat UNIL de coordonner la gestion des donneacutees agrave lrsquoUNIL Notre service participe activement aux journeacutees drsquoeacutetude laquo Parole aux chercheurmiddotemiddots et expertmiddotemiddots de lrsquoUNIL raquo (cf annexes) ainsi qursquoau groupe de travail laquo Seacuteance consultantmiddotemiddots Open Science raquo placeacute sous lrsquoeacutegide drsquoUNIRIS

En interne notre service

Collabore de maniegravere eacutetroite avec les services du DFR de lrsquoUNIL et du CHUV impliqueacutes dans les eacutetapes en aval cest-agrave-dire la gestion centraliseacutee des donneacutees primaires et actives (en cours drsquoacquisition et drsquoanalyse) issues de la recherche

A ce titre la BiUM a deacutejagrave rencontreacute et meneacute divers travaux avec plusieurs acteurs actifs dans ce domaine notamment

bull PACTT avec qui nous interagissons reacuteguliegraverement pour des questions de droits drsquoauteur et probleacutematiqued de proprieacuteteacute intellectuelle (voir article)

bull DSI avec qui nous avons reacuteorganiseacute les documents DMP et stockage de donneacutees neacutecessaires aux chercheurs CHUV

bull Service informatique FBM et Ci UNIL

bull Plates-formes DFR qui assistent les chercheurs dans lrsquoacquisition de donneacutees de recherche CIF GTF MEF CIBM hellip

bull Centre de recherche clinique CRC

En externe notre service

bull Collabore avec Vital-ITSIB dans les deacuteveloppements de lrsquooutil DMP Canvasgenerator et lrsquoorganisation conjointe du workshop Data Management Plan pour le programme doctoral StarOmics (cf annexes)

bull Repreacutesente lrsquoAcadeacutemie suisse des sciences meacutedicales (ASSM) dans le groupe de travail chargeacute de reacutediger la Factsheet Open Science in Switzerland

bull Interagit reacuteguliegraverement avec le FNS pour la creacuteation de DMP lors de demandes de fonds

bull Interagit avec la Commission cantonale (VD) deacutethique de la recherche sur lecirctre humain

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PARTAGE DE NOTRE EXPERTISE

STRATEacuteGIE ET MISE EN

ŒUVRE DE NOTRE

OFFRE DE SERVICE

OPEN SCIENCE

Reacutesistances au changement

les nouvelles directives pour une Open Science vont entraicircner un surplus de travail consideacuterable agrave toutes les eacutetapes du cycle de recherche et eacutegalement une surcharge administrative pour les laboratoires de recherche

Afin drsquoanticiper le mieux possible toute reacutesistance au changement et preacuteparer au mieux le terrain pour le deacuteveloppement de lrsquoOpen Science le management du changement a eacuteteacute eacutetudieacute par le prisme des recommandations faites par John Paul Kotter1 agrave ce sujet et compleacuteteacutees par celles des organismes de reacutefeacuterence en politique Open Access tels que SPARC Europe2 et le Joint Information Systems Committee (Jisc) au Royaume-Uni3

1 httpwwwkotterinternationalcomthe-8-step-process-for-leading-change2 httpsparceuropeorgwp-contentuploads201508SETools_Flyerpdf3 httprepositoryjiscacuk61431oa-top-tipspdf

Creacuteer un sentiment drsquourgence et une vision partageacutee par tous les chercheurs de la graviteacute des conseacutequences financiegraveres dues agrave lrsquoabsence drsquoune Open Science

Creacuteer une puissante coalition pour guider en incluant degraves le deacutepart tous les pouvoirs et personnes drsquoinfluence de lrsquoinstitution (service drsquoeacutevaluation et deacutecanat de la FBM) les services speacutecialiseacutes UNILCHUV dans ces questions (UNIRIS VDE CRC DSI Ci VitalITSIB plateformes DFR drsquoacquision de donneacutees) ainsi que les leader drsquoopinion dans ce domaine

Consolider et ancrer une culture Open Science afin drsquoeacuteviter tout retour en arriegravere

Deacutevelopper une vision et une strateacutegie qui soit ldquoattirante pour le cœur seacuteduisante pour lrsquoespritrdquo en preacutesentant les nombreux avantages de lrsquoOpen Access et en ancrant un sentiment de fierteacute agrave pratiquer une Open Science plus rigoureuse transparente reproductible et propice agrave lrsquoinnovation

Donner un pouvoir drsquoaction aux employeacutes en impliquant au maximum les chercheurs agrave tous les niveaux afin qursquoils deviennent les acteurs actifs de la reacutevolution de lrsquoOpen Science

Geacuteneacuterer des reacuteussites agrave court terme en mesurant quantitativement lrsquoavancement de lrsquoOpen Science (pex calcul de lrsquoaugmentation du nombre drsquoarticles en Open Access) en remettant des prix laquo Open Science raquo et en diffusant des laquo success stories raquo

Communiquer sur la vision

11

OFFRE DE SERVICES ET CONSEILS OPEN SCIENCE OFFERTS PAR LrsquoUNITEacute DE

GESTIONS DES PUBLICATIONS ET DES DONNEacuteES DE RECHERCHES Agrave LA BIUM

Publication amp Open Access

bull Exigences Open Access des bailleurs de fonds et des eacutediteurs sur les publications

bull Disseacutemination (Green Open Access sur Serval Fonds Gold Open Access)

bull Lecture de contrat drsquoeacutediteurbull Droit drsquoauteur et licences pour articlebull Plagiatbull Choix de journaux (Open Access Traditionnel Publications

preacutedatrices)

bull Mise en place drsquoun Data Mangement Planbull Exigences des bailleurs de fonds et eacutediteurs sur les donneacuteesbull Formats et description des donneacutees (metadata)bull Disseacutemination - publication de sets de donneacutees bull Droits drsquoauteurs et Licences pour datasetsbull Notion drsquoeacutethique

Gestion des donneacutees amp Open Data

Visibiliteacute de la recherche

bull Orcidbull bioRxivbull Profil Google Scholar bull Profil Impactstory

Impact de la recherche

bull Deacutefinition des index de citationbull Bibliomeacutetrie responsable bull Altmeacutetrie

12

ACTIVITEacuteS laquo OPEN SCIENCE raquo AgraveLA BIUM EN QUELQUES CHIFFRES

2016-2018

2rsquo642 pages vues

Open Science sur site web de la BiUM

16 sets de donneacutees de

recherche publieacutees par la FBM sur Zenodo

153 seacuteminaires cours et

workshops pratiques en lien avec lrsquoOpen Science

1rsquo669 participants

doctorants postdocs et chefs de groupe formeacutes agrave lrsquoOpen Access amp Open Data DMP et ORCID

11 outils Open Science

pour accompagner les chercheurs

8 subsides Open Access

FBM de 3rsquo000 francs

650 Author Manuscripts

FBM mis en Open Access via SERVAL et lieacutes agrave PubMed

4rsquo700 PDFs en OA

rapatrieacutes sur Serval agrave partir de PMC ou de sites eacutediteurs

100rsquo000 documents

UNILCHUV teacuteleacutechargeacutes sur Serval chaque mois

13

2rsquo059 ORCID iDs

UNILCHUV

REacuteALISATIONSSUBSIDES laquo OPEN ACCESS raquo amp LIEN SERVAL-PUBMED

En deacutebut de lrsquoanneacutee 2018 la Bibliothegraveque universitaire de meacutedecine a mis au concours avec le soutien de la Faculteacute huit subsides Open Access de 3rsquo000 francs chacun pour des frais de publication dans des journaux Gold Open Access

Cette action avait pour but drsquo encourager nos chercheurs FBM agrave une deacutemarche Open Access mais eacutegalement avait comme ambition de permettre notre eacuteligibiliteacute au projet LinkOut Le projet LinkOut geacutereacute par Pubmed permet de faire le lien entre PubMed et les articles disponibles en Green Open Access sur les serveurs institutionnels comme Serval

Gracircce agrave la mobilisation de nos chercheurs et le deacutepocirct de plusieurs centaines de manuscrits Serval compte aujourdrsquohui parmi les 31 deacutepocircts institutionnels au niveau mondial qui ont reacuteussi agrave inteacutegrer le projet LinkOut

Nous sommes donc maintenant agrave mecircme drsquooffrir une tregraves grande visibiliteacute aux publications FBM mise en Open Access sur Serval qui se retrouvent en lien direct avec PubMed et de valoriser ainsi la recherche de nos chercheurs au niveau international

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ACTIVITEacuteS laquo OPEN SCIENCE raquo AgraveLA BIUM EN QUELQUES CHIFFRES

2016-2018

2rsquo642 pages vues

Open Science sur site web de la BiUM

16 sets de donneacutees de

recherche publieacutees par la FBM sur Zenodo

153 seacuteminaires cours et

workshops pratiques en lien avec lrsquoOpen Science

1rsquo669 participants

doctorants postdocs et chefs de groupe formeacutes agrave lrsquoOpen Access amp Open Data DMP et ORCID

11 outils Open Science

pour accompagner les chercheurs

8 subsides Open Access

FBM de 3rsquo000 francs

650 Author Manuscripts

FBM mis en Open Access via SERVAL et lieacutes agrave PubMed

4rsquo700 PDFs en OA

rapatrieacutes sur Serval agrave partir de PMC ou de sites eacutediteurs

100rsquo000 documents

UNILCHUV teacuteleacutechargeacutes sur Serval chaque mois

13

2rsquo059 ORCID iDs

UNILCHUV

REacuteALISATIONSSUBSIDES laquo OPEN ACCESS raquo amp LIEN SERVAL-PUBMED

En deacutebut de lrsquoanneacutee 2018 la Bibliothegraveque universitaire de meacutedecine a mis au concours avec le soutien de la Faculteacute huit subsides Open Access de 3rsquo000 francs chacun pour des frais de publication dans des journaux Gold Open Access

Cette action avait pour but drsquo encourager nos chercheurs FBM agrave une deacutemarche Open Access mais eacutegalement avait comme ambition de permettre notre eacuteligibiliteacute au projet LinkOut Le projet LinkOut geacutereacute par Pubmed permet de faire le lien entre PubMed et les articles disponibles en Green Open Access sur les serveurs institutionnels comme Serval

Gracircce agrave la mobilisation de nos chercheurs et le deacutepocirct de plusieurs centaines de manuscrits Serval compte aujourdrsquohui parmi les 31 deacutepocircts institutionnels au niveau mondial qui ont reacuteussi agrave inteacutegrer le projet LinkOut

Nous sommes donc maintenant agrave mecircme drsquooffrir une tregraves grande visibiliteacute aux publications FBM mise en Open Access sur Serval qui se retrouvent en lien direct avec PubMed et de valoriser ainsi la recherche de nos chercheurs au niveau international

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REacuteALISATIONSSUBSIDES laquo OPEN ACCESS raquo amp LIEN SERVAL-PUBMED

En deacutebut de lrsquoanneacutee 2018 la Bibliothegraveque universitaire de meacutedecine a mis au concours avec le soutien de la Faculteacute huit subsides Open Access de 3rsquo000 francs chacun pour des frais de publication dans des journaux Gold Open Access

Cette action avait pour but drsquo encourager nos chercheurs FBM agrave une deacutemarche Open Access mais eacutegalement avait comme ambition de permettre notre eacuteligibiliteacute au projet LinkOut Le projet LinkOut geacutereacute par Pubmed permet de faire le lien entre PubMed et les articles disponibles en Green Open Access sur les serveurs institutionnels comme Serval

Gracircce agrave la mobilisation de nos chercheurs et le deacutepocirct de plusieurs centaines de manuscrits Serval compte aujourdrsquohui parmi les 31 deacutepocircts institutionnels au niveau mondial qui ont reacuteussi agrave inteacutegrer le projet LinkOut

Nous sommes donc maintenant agrave mecircme drsquooffrir une tregraves grande visibiliteacute aux publications FBM mise en Open Access sur Serval qui se retrouvent en lien direct avec PubMed et de valoriser ainsi la recherche de nos chercheurs au niveau international

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Notre uniteacute de gestion des publications a deacuteveloppeacute des services et outils adapteacutes pour permettre aux chercheurs FBM de publier en Open Access en suivant la voie Green ou Gold conformeacutement aux directives FNS SwissUniversities et UNIL Nous avons eacutegalement reacuteussi agrave mettre en place un monitoring preacutecis et semi-automatiseacute de nos publications FBM mises en Open Access selon une de ces voies

bull Tutorial Servalbull Nouvelles fonctionnaliteacutes Serval pour deacutepocircts Manuscrits Auteursbull Monitoring Open Access FBMbull Informations actualiseacutees sur directives OA et financements

FNSH2020bull Droits drsquoauteurs conseils et recommandationsbull Strateacutegie de publication Open Access

Nos efforts combineacutes agrave celui de nos chercheurs ont permis la publication en open Access de plus de 650 Author Manuscripts FBM via SERVAL depuis 2016 Nous avons eacutegalement rapatrieacutes sur Serval de maniegravere semi-automatiseacutee 4rsquo700 PDF eacutediteurs (pur Gold hybrid platinium green) et 537 Manuscrits en OA agrave partir de PMC ou de sites eacutediteurs

Ces efforts nous ont permis drsquoameacuteliorer consideacuterablement la visibiliteacute de la production intellectuelle de la FBM notamment en eacutetant reacutefeacuterenceacute sur Google Scholar et en devenant eacuteligible pour le projet Linkout (lien avec PubMed) (environ 100rsquo000 down-loads chaque mois sur Serval pour les publications UNIL amp CHUV)

Enfin les bibliothegraveques FBM offrent un soutien reacutegulier en saisissant et validant plus de 3rsquo000 publications sur Serval chaque anneacutee

REacuteALISATIONS VISIBILITEacute ACCRUE

DES PUBLICATIONS FBM EN OPEN

ACCESS SUR SERVAL

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7

62

0 65

3

77

5 81

6

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9 90

0

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9

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1

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3 56

2

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77 1

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2

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2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017

Publi OA sur PMC PDF Pure Gold OA

Author Manuscripts PMC Author Manuscripts Serval

Monitoring Publications FBM en Open Access 2010-2017

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Consultations et teacuteleacutechargements de publications UNILCHUV sur Serval en 2018

Nb de notices Serval vues mois Nb de PDFs teacuteleacutechargeacutes sur Serval mois

Nb de documents additionnels teacuteleacutechargeacutes

REacuteALISATIONSVISIBILITEacute ACCRUE

DES SETS DE DONNEacuteES

FBM SUR ZENODO

Nous avons creacutee un espace privileacutegieacute sur le deacutepocirct Zenodo pour faciliter la publication en Open Access des donneacutees de recherche FBM UNILCHUV de maniegravere conforme aux exigences des journaux de lrsquoUNIL et du FNS

Cet espace a dors et deacutejagrave permis la publication et valorisation de 16 sets de donneacutees de recherche publieacutes par la FBM

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REacuteALISATIONSCREacuteATION ET MISE Agrave DISPOSITION

DrsquoUNE BOIcircTE Agrave OUTILS

OPEN SCIENCE

Gestion des donneacutees amp Open Data

bull Templates DMP FNS speacutecifiques pour FBM UNIL amp CHUV bull DMP canvas Generatorbull Formats de fichiers conseils et recommandationsbull Droits drsquoauteur amp Proprieacuteteacute intellectuelle licences CC BYbull Standards pour meacutetadonneacutees conseils et recommandationsbull Deacutepocircts de sets de donneacutees tutoriaux Zenodo et Dryad

Notre collaboration avec VitalITSIB pour lrsquoapplicabiliteacute de lrsquooutil laquoDMP Canvas Generatorraquo aux besoins speacutecifiques de nos chercheurs FBM srsquoest aveacutereacutee particuliegraverement fructueuse En effet cet outil guide nos utilisateurs pour reacutepondre aux exigences relatives agrave la gestion des donneacutees et produit un document conforme aux instructions SNSF pour la creacuteation drsquoun DMPhttpswwwvital-itchresearchsoftwareDMPCanvasGenerator

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REacuteALISATIONS COMMUNICATION

INTENSIVE

Seacuteminaires Open Science donneacutes dansdeacutepartementsservices FBM UNILCHUV

2016 2017 2018Commission recherche amp deacuteveloppement de la direction des soins

Institut universitaire de pathologie Service de meacutedecine nucleacuteaire

Centre inteacutegratif de geacutenomique Service de neacuteonatologie Deacutepartement de physiologie

Institut universitaire de meacutedecine sociale et preacuteventive

Service de pharmacie Service de meacutedecine interne

Centre de recherche en neurosciences Deacutepartement doncologie fondamentale

Centre universitaire romand de meacutedecine leacutegale

Deacutepartement de gyneacutecologie- obsteacutetrique et geacuteneacutetique meacutedicale

Service de meacutedecine preacuteventive hospitaliegravere

Service de pharmacie

Preacutesentation Deacutecanat (Prof I Decosterd) Service de soins palliatifs et de

support

Service de neacuteonatologie

Deacutepartement de pharmacologie et toxicologie

Dido doyens de lrsquoUNIL Institut des Sciences du Sport UNIL

Deacutepartement de biochimie (Prof N Fasel)

Policlinique meacutedicale universitaire Service dendocrinologie diabeacutetologie et meacutetabolisme

Deacutepartement neurosciences fondamentales

Service de gastro-enteacuterologie et dheacutepatologie

Services des uniteacutes deacutepartementales du Deacutepartement de psychiatrie

Radiophysique appliqueacutee Service des Maladies infectieuses Deacutepartement deacutecologie et eacutevolution

Service dalcoologie Uniteacute de valorisation des donneacutees et des eacutechantillons

DG CHUV Service de chirurgie visceacuterale

Hocircpital ophtalmique Jules Gonin Equipe jeunes PIs du CHUV

Institut universitaire de formation et de recherche en soins

Deacutepartement de microbiologie fondamentale

Institut universitaire romand de santeacute au travail

Service de pneumologie

Deacutepartement neurosciences fondamentales

Histoire de la meacutedecine et santeacute publique

Deacutepartement de psychiatrie

Institut universitaire de microbiologie (IMU)

Deacutecanat FBM

Collegravege Acadeacutemique des Professeurs FBM

Rectorat UNIL (Prof F Bussy)

Notre service drsquoaide agrave la gestion des publications a mis en place ces trois derniegraveres anneacutees une large campagne de communication combinant divers meacutedias afin de sensibiliser les chercheurs et les dirigeants de la FBMaux probleacutematiques Open Access et questions concernant la gestion des donneacutees de recherche

Nous avons combineacute divers types drsquointerventions sur les theacutematiques Open Science telles que des preacutesentations in situ dans les deacutepartements de nos chercheurs des interventions lors de meetings speacutecialiseacutes lrsquo organisation drsquoeacutevegravenements cours et workshops pratiques

Preacutesentations Open ScienceFBM UNIL CHUV

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SEacuteMINAIRES ET WORKSHOPS

OPEN SCIENCE DE LA BIUM

Ces deux derniegraveres anneacutees notre service a notamment organiseacute ou a participeacute avec succegraves agrave plus de 150 seacuteminaires ou workshops pratiques en lien avec lrsquoOpen Science pour reacutepondre aux besoins grandissant des chercheurs

Nous avons enregistreacute une audience de plus de 1500 participants avec comme public cible privileacutegieacute les chercheurs cadres de la FBM En effet ces derniers une fois convaincus pourront asseoir et relayer les principes Open Science dans leur laboratoire et notre faculteacute

Notre service a continuellement eacutetoffeacute son offre de formations continues et seacuteances drsquoinformation pour la FBM bull 23 workshops Serval amp Open Accessbull 22 workshops ORCIDbull 51 preacutesentations Open Sciencebull 38 workshops sur la mise en place drsquoun Data

Management Plan en Life sciencesbull 13 workshops Open Data

Pour deacutecouvrir en deacutetail le contenu de ces formations vous pouvez consulter notre page drsquoinformation sur nos workshopset le site de formation continue du CHUV

Atelier Bibliomeacutetrie Responsable reacuteserveacute FBM 3

Atelier DMP 1

Atelier DMP reacuteserveacute FBM 37

Atelier Open Data reacuteserveacute

FBM 13

Atelier Orcid reacuteserveacute FBM 22

Preacutesentation Open Science reacuteserveacutee

FBM 44

Preacutesentation Serval amp Open

Access 24

NOMBRE DrsquoEacuteVEacuteNEMENTS 2016-2018

Chercheurs agrave tous niveaux de carriegravere

263

Chercheurs agrave tous niveaux de carriegravere et speacutecialistes information 500

Doctorants 48

Personnel Administratif Principal

Investigator 75

Principal Investigator 575

Principal Investigator Senior Scientist 161

Principal Investigator Post-doc 47

PUBLIC CIBLE amp NIVEAU DE CARRIEgraveRE

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SEacuteMINAIRES ET WORKSHOPS

OPEN SCIENCE DE LA BIUM

Ces deux derniegraveres anneacutees notre service a notamment organiseacute ou a participeacute avec succegraves agrave plus de 150 seacuteminaires ou workshops pratiques en lien avec lrsquoOpen Science pour reacutepondre aux besoins grandissant des chercheurs

Nous avons enregistreacute une audience de plus de 1500 participants avec comme public cible privileacutegieacute les chercheurs cadres de la FBM En effet ces derniers une fois convaincus pourront asseoir et relayer les principes Open Science dans leur laboratoire et notre faculteacute

Notre service a continuellement eacutetoffeacute son offre de formations continues et seacuteances drsquoinformation pour la FBM bull 23 workshops Serval amp Open Accessbull 22 workshops ORCIDbull 51 preacutesentations Open Sciencebull 38 workshops sur la mise en place drsquoun Data

Management Plan en Life sciencesbull 13 workshops Open Data

Pour deacutecouvrir en deacutetail le contenu de ces formations vous pouvez consulter notre page drsquoinformation sur nos workshopset le site de formation continue du CHUV

Atelier Bibliomeacutetrie Responsable reacuteserveacute FBM 3

Atelier DMP 1

Atelier DMP reacuteserveacute FBM 37

Atelier Open Data reacuteserveacute

FBM 13

Atelier Orcid reacuteserveacute FBM 22

Preacutesentation Open Science reacuteserveacutee

FBM 44

Preacutesentation Serval amp Open

Access 24

NOMBRE DrsquoEacuteVEacuteNEMENTS 2016-2018

Chercheurs agrave tous niveaux de carriegravere

263

Chercheurs agrave tous niveaux de carriegravere et speacutecialistes information 500

Doctorants 48

Personnel Administratif Principal

Investigator 75

Principal Investigator 575

Principal Investigator Senior Scientist 161

Principal Investigator Post-doc 47

PUBLIC CIBLE amp NIVEAU DE CARRIEgraveRE

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Temps Forts Activiteacutes Open Science BiUM2016

FEacute V R I E R 2016

Workshop laquo Gestion des donneacutees de la recherche raquo

Luniteacute de Documentation et Donneacutees en Santeacute Publique de lInstitut universitaire de meacutedecine sociale et preacuteventive (IUMSP) du CHUV a organiseacute une demi-journeacutee consacreacutee agrave la gestion des donneacutees de la recherche

La gestion des donneacutees de la recherche est un enjeu crucial pour lrsquointeacutegriteacute et la reproducibiliteacute de la science De nombreux intervenants de lUNIL de lUNIGE et de lEPFL ont apporteacute agrave cette occasion un eacuteclairage nouveau autour de cette theacutematique

Dr Ceacutecile Lebrand responsable de lrsquouniteacute de gestions des publications agrave la Bibliothegraveque universitaire de meacutedecine a preacutesenteacute les services proposeacutes aux chercheurs de la FBM pour les aider agrave publier en Open Access les sets de donneacutees ayant directement contribueacute agrave la publication Elle a pu expliquer eacutegalement comment ce service reacutepond aux nouvelles directives internationales ldquoOpen Datardquo des agences de financement et des maisons deacutedition qui visent agrave ameacuteliorer la transparence et la reproductibiliteacute de la recherche biomeacutedicale

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M A R S 2016

Journeacutee drsquoeacutetude laquo Parole aux chercheurmiddotemiddots et expertmiddotemiddots de lrsquoUNIL raquo

Cette demi-journeacutee co-organiseacutee par le Service des ressources informationnelles et archives UNIRIS et le Dicastegravere Recherche de lrsquoUNIL eacutetait entiegraverement deacutedieacutee agrave la theacutematique de la gestion des donneacutees de recherche

Lrsquoobjectif principal eacutetait de sensibiliser la communauteacute UNIL agrave cette theacutematique et agrave ses nombreux enjeux transdisciplinaires notamment par le dialogue entre expertmiddotemiddots internes et chercheurmiddotemiddots de lrsquoUNIL et par le partage drsquoexpeacuteriences

Dr Ceacutecile Lebrand responsable agrave la BiUM du soutien aux chercheurs de la Faculteacute de Biologie et de Meacutedecine de la gestion des donneacutees de recherche publieacutees et de lrsquoOpen Access participa en tant qursquoexperte pour preacutesenter laquo Les enjeux de lrsquoOpen Access de lrsquoOpen Data et de la publication raquo

httpsunirisunilchresearchdataevenementjournee-etude-20160322

J A N V I E R 2016

Workshop laquoMeet Editors to discuss and learn about novel ways for publishing and promoting your researchraquo

In order to inform and help researchers better use new ways of publishing and sharing scientific results the FBM Publication Management Unit of the University Medical Library has organized a workshop laquo Meet Editors to discuss and learn about novel ways for publishing and promoting your researchraquo

This was a unique opportunity for FBM UNILCHUV researchers to discuss their work with two senior journal Editors (BMJ and PLoSMedicine) and to discover new developments related to scholarly publications Researchers were also invited to exchange their views on sharing standards for open practices in biomedical research such as the need of publishing underlying research data of open reviews and of reporting standards

Dr Clare Garvey Senior Research Editor Dr Trish Groves Head of Research BMJ amp Editor-in-chief

For more information

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J U I N 2016

Get to know your neighbours at the IMUL DMF and EPFL UnconventionalMeeting

The IDEUM unconventional meeting included presentations by several group leaders chalk talks how abouts on the publishing process a ldquoMy project in 180 secondsrdquo contest a brainstorming session and speed geeking

In order to inform and help researchers better use new ways of publishing and sharing scientific results the FBM Publication Management Unit participated to the meeting

Dr Ceacutecile Lebrand gave a talk entitled New tips for managing your publications and research visibility get visible or vanishraquo

In the first part of her talk she presented how making published works and their accompanying datasets freely accessible and reusable through Open Access can benefit researchers and the scientific community eg by improving transparency and increasing results reproducibility In this context she also explained how the BIUM Research amp Publication unit actually helps researchers address the Open Access requirements from major funding agencies (SNSF Horizon2020)

In the second part of her talk considering the gradual paradigm shift from ldquopublish or perishrdquo to ldquoget visible or vanishrdquo in todayrsquos digital and open access environments she presented innovative ways of increasing the visibility of your work and of yourself (ORCID id) Finally she discussed the use of responsible and fair metrics that respect the principles of robustness humility transparency diversity and reflexivity which should be important during the evaluation process of research quality

More information about the program and the different activities

S E P T E M B R E 2 0 1 6

The 13th edition of the Lemanic Neuroscience Annual Meeting (LNAM16) took place on Friday and

Saturday 2-3 September at the Maison des Congregraves in Les Diablerets

On Saturday an Open Science Workshop took place including a talk by Prof Malcolm Mcleod (University of Edinburgh) and an introduction to a series of Open Science workshops for Lemanicresearchers by Dr Ceacutecile Lebrand (FBM Publication Management Unit CHUVUNIL)

Programme

Temps Forts Activiteacutes Open Science BiUM2016

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Temps Forts Activiteacutes Open Science BiUM2017

M A I 2017

Workshop II on laquo Data management amp Open Data raquo

The workshop was fully booked with more than 150 participants (researchers in the biomedical field from UNIL CHUV EPFL UNIGE and HUG at all career stages as well as scientific informationdata manager specialists)

During the first part of this workshop researchers have learned what are the upcoming policies concerning data management and data sharing of the SNFS funding agency They have also discovered the visions of Prof F Bussy (Vice Rector for Research and International Relations UNIL) and Prof P Vandergheynst (Vice President for education EPFL) on Open Science To help researchers professionals involved in Big Data management at VitalITSIBas well as in Data Management Plan preparation at EPFLDLCM have shown to researchers best practices in data management

The second part of the workshop was dedicated to Open Data Researchers have been introduced to journal (PLoS Nature Publishing Group) guidelines concerning data sharing They also learned about data paper (Scientific Data a Nature Research Journal) as well as Zenodo and figshare two adapted data repositories for publishing biomedical research data underlying their publication

More information about the program and the different activities

La seacuterie de workshops en anglais ldquoOpen Science amp reproducibilityrdquo soutenue par lrsquouniteacute de gestions des publications et des donneacutees de recherches agrave la Bibliothegraveque de Meacutedecine leacutecole doctorale leacutemanique en neurosciences et RESAL a eacuteteacute une occasion unique pour les chercheurs FBM UNILCHUV de discuter et de deacutecouvrir les bonnes pratiques et standards de lrsquoOpen Science agrave toutes les eacutetapes du cycle de la recherche

Notre big event ldquoData Management amp Open Data in Life Science raquo en mai 2017 a eu un fort

impact avec une audience de plus de 150 chercheurs de lrsquoarc Leacutemanique et speacutecialistes de lrsquoinformation scientifique

The ldquoOpen Science amp reproducibilityrdquo workshop series initiative

J U I N 2017

Workshop III on ldquoImproving experimental design in basic and clinical research for increased science reproducibilityrdquo

This workshop given by Dr Romain-Daniel Gosselin was fully booked with 21 participants

The first course gave basic concepts of biostatistics and experimental design

The second half was dedicated to practical activities where attendees can apply their newfound skills in critically assessing the quality of designs presenting their design in grant application and publications as well as using software and online tools

Have a look at our final programme

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D E C E M B R E 2 0 1 7

WBI-UNIL Confeacuterence Open Access 2017Pratiques croiseacutees de la valorisation de la recherche

Agrave lrsquoheure des laquo nouvelles alternatives raquo ou fake news qui nous parviennent quotidiennement notamment via les reacuteseaux sociaux les publications deacutemontreacutees scientifiquement restent quant agrave elles payantes alors mecircme qursquoelles sont financeacutees par le contribuable (via les contributions aux Universiteacutes et au FNS)

Ce paradoxe implique une reacuteflexion sur lrsquoorganisation de lrsquoaccegraves aux publications de recherche Dans cette perspective la confeacuterence laquo Pratiques croiseacutees de la valorisation de la recherche raquo vise agrave mettre en lumiegravere lrsquoeacutetat de lrsquoart dans le domaine de lrsquoOpen Access en srsquoappuyant sur des expeacuteriences meneacutees en Suisse et en Belgique pour tenter de changer de paradigme au sein des universiteacutes

cette confeacuterence publique a eacuteteacute co-organiseacutee par le dicastegravere Recherche de lrsquoUNIL et par le service UNIRIS en partenariat avec Wallonie-Bruxelles International (WBI)

Au cours de cette confeacuterence Dr Ceacutecile Lebrand responsable Open Science agrave la FBM a donneacute une preacutesentation intituleacutee laquoUniversiteacute de Lausanne ndash Serval point sur les deacuteveloppements pour la diffusion en Open Access et la valorisation des publications de LrsquoUNIL et du CHUVraquo

Programme et informations sur le site web de la manifestation

Temps Forts Activiteacutes Open Science BiUM2017

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Temps Forts Activiteacutes Open Science BiUM2018

N O V E M B R E 2018

Workshop on laquo Data management amp Open Data raquo in life science

The workshop was fully booked with 20 PhD from the FBM UNILCHUV

This workshop animated and organized by Dr Lebrand Ceacutecile Jeacuterocircme Zbinden and Alexandre Racine from the CHUV Library is integrated into the PhD programmes of the FBM doctoral school and Lemanic Neuroscience Doctoral School

During the first part of this workshop doctoral students were taught best practices in data management and how to collect describe store secure and archive research data

The second half of the workshop was dedicated to practical exercises on data management where doctoral students learned how to prepare a DMP corresponding to their PhD thesis project and how to share their published data on adapted repository

Have a look at our final programme

M A R S 2 0 1 8

Workshop on laquo Data Management Planrdquo

The workshop was fully booked with 31 researchers at all career stages

This workshop animated and co-organized by Dr C Lebrand from the CHUV Library and Dr Anastasia Chasapi from the SIBVitalIT was part of the Doctoral Program StarOmics of the Universities of Bern Fribourg Geneva Lausanne and Neuchacirctel

During the first part of this workshop researchers were introduced to the need for a Data Management Plan (DMP) preparation an evolving document reporting how the research data will be managed during and after a research project

The second half of the workshop was dedicated to a practical session on Data management where they have learned how to fill a DMP corresponding their own research project

More information about the program and the different activities

Workshops sur la gestion des donneacutees de rechercheet le Data Management Plan pour doctorants et postdocs FBM

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SITE WEB OPEN SCIENCE

DE LA BIBLIOTHEgraveQUE

Sur le site web de la bibliothegraveque un pan entier est deacutedieacute speacutecifiquement aux 4 grands axes Open Science sur lesquels nous basons nos actionsbull Publication amp Open Accessbull Gestion des donneacutees amp Open Databull Visibiliteacute de la recherchebull Impact de la recherche

Adresse Web httpswwwbiumchenpublication-open-access

Ces chapitres en anglais preacutesentent en deacutetail- les preacuteceptes Open Science- Nos services et formations pour aider les chercheurs agrave plusieurs eacutetapes

du flux de travail de recherche reacutedaction publication et mise en Open Access diffusion et eacutevaluation

- Tous les outils neacutecessaires agrave nos chercheurs pour une mise en pratique simplifieacutee de lrsquoOpen Science

Sur notre page actualiteacute nous avons pu relayer aupregraves de la FBM et de lrsquoUNIL tous les derniers deacuteveloppements Open Sciences importants au niveau mondial national et local httpswwwbiumchnews

En 2 ans plus de 2500 visites de nos pages Open Science et plus de 1000 visites pour les annonces de nos workshops DMPOpen Data

Bibliomeacutetrie responsable

363

Gestion des donneacutees amp Open Data

733

Publication amp Open Access

1230

Visibiliteacute de la recherche

316

Nombre de pages ldquo4 axes Open Sciencerdquo consulteacutees sur notre site depuis Sept 2016

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ARTICLES DE VULGARISATION SUR LES ENJEUX

DE LrsquoEacuteDITION ET LrsquoOPEN ACCESS

httpwwwinvivomagazinecomfrmens_sanarecherchearticle387le-savoir-libere

Notre uniteacute de gestion des publications a participeacute agrave plusieurs reprises agrave la reacutedaction drsquoarticles de vulgarisation scientifique dans le journal In Vivo du CHUV sur les theacutematiques concernant les auteurs drsquoune publication lrsquoimpact facteur des journaux lrsquoOpen Access et Open Data afin de sensibiliser les chercheurs aux probleacutematiques Open Science

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PREacuteSENTATION DE NOS ACTIONS SUR LES

REacuteSEAUX SOCIAUX (LINKEDIN TWEETER YOUTUBE FACEBOOK)

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OBJECTIFS BIUM OPEN SCIENCE

2020-2024

En 2016

bull Pas de politique institutionnelle Open Access amp Open Data bull Problegraveme de gestion et visibiliteacute des publications FBMbull Peu drsquooutils performants pour reacutepondre au haut standard Open Science en terme de gestion des donneacutees amp FAIR data

Objectifs 2020 - 2024

bull Politique Open Access effective (70 en 2020 -100 en 2024)bull Participation directe au deacuteploiement de laquoServal 3raquo avec performances et fonctionnaliteacutes augmenteacuteesbull Excellente gestion amp visibiliteacute des publications FBM (tous les cadres acadeacutemiques avec un ORCID iD)bull Deacutevelopper une culture Open Science en accord avec les politiques UNIL Swissuniversities et FNSbull Aide au service drsquoeacutevaluation FBM pour la transition vers une promotion de la recherche conforme aux principes DORAbull Collaboration avec les services speacutecialiseacutes IT et Big Data pour le deacuteveloppement drsquooutils innovants (canvas DMP speacutecifique aux disciplines et deacutepocirct FAIR pour donneacutees cliniques non anonymisables)

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OBJECTIFS BIUM OPEN SCIENCE

2020-2024

En 2016

bull Pas de politique institutionnelle Open Access amp Open Data bull Problegraveme de gestion et visibiliteacute des publications FBMbull Peu drsquooutils performants pour reacutepondre au haut standard Open Science en terme de gestion des donneacutees amp FAIR data

Objectifs 2020 - 2024

bull Politique Open Access effective (70 en 2020 -100 en 2024)bull Participation directe au deacuteploiement de laquoServal 3raquo avec performances et fonctionnaliteacutes augmenteacuteesbull Excellente gestion amp visibiliteacute des publications FBM (tous les cadres acadeacutemiques avec un ORCID iD)bull Deacutevelopper une culture Open Science en accord avec les politiques UNIL Swissuniversities et FNSbull Aide au service drsquoeacutevaluation FBM pour la transition vers une promotion de la recherche conforme aux principes DORAbull Collaboration avec les services speacutecialiseacutes IT et Big Data pour le deacuteveloppement drsquooutils innovants (canvas DMP speacutecifique aux disciplines et deacutepocirct FAIR pour donneacutees cliniques non anonymisables)

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