laboratoire national de référence - anses · méthodes de diagnostic disponibles au lnr et dans...
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Laboratoire National de Référence
Influenza aviaire
Maladie de Newcastle
Rapport annuel d'activité, année 2013
A. Introduction
Précisez la catégorisation du danger (en SA) sinon la justification de
l'existence du mandat de LNR
Rapport commun pour les deux mandats de référence pour l’influenza aviaire et la
maladie de Newcastle.
Virus de l'influenza aviaire (IA) hautement pathogène : danger sanitaire de première
catégorie pour toutes les espèces d'oiseaux.
Virus de l'influenza aviaire des sous-types H5 et H7, faiblement pathogène : danger
sanitaire de première catégorie pour toutes les espèces d'oiseaux de la catégorie
volailles et les oiseaux captifs.
Virus de la maladie de Newcastle (MN) / APMV1 : danger sanitaire de première
catégorie pour toutes les espèces d'oiseaux de la catégorie volailles.
Les faits marquants de l'année
- Émergence de cas humains dus à un virus réassortant IA H7N9 en Chine et à
Taïwan depuis février 2013 : taux de létalité observé d’environ 33% des cas
recensés. Suivi en temps réel de l’évolution de la situation épidémiologique et
soutien de la mission alertes et veille Anses. Contrôle de la fonctionnalité des
méthodes de diagnostic disponibles au LNR et dans les labos agréés du
réseau pour la détection du virus.
- Diffusion aux laboratoires agréés d’un dossier de validation synthétique pour
transfert de la méthode améliorée de détection de l’IA par RT-PCR temps
réel.
2
- Publication des normes technique d’inhibition de l’hémagglutination (IHA)
pour la recherche d’anticorps contre les virus IA de sous-types H5/H7 et
révision de la norme technique IHA pour la recherche d’anticorps contre les
APMV1 (MN). Réalisation d’un essai inter-laboratoire de validation (EILV)
correspondant aux normes précédentes. Évolution de deux méthodes
internes conformément aux normes IHA précédentes : préparation de 2
dossiers de validation pour l’audit de renouvellement ISO 17025.
- Préparation de l’audit initial en tant qu’organisateur de comparaisons inter-
laboratoire selon la norme ISO 17043 : organisation de 2 essais inter-
laboratoires d’aptitude (EILA) pour la recherche d’anticorps contre les virus IA
par immunodiffusion en gélose (IDG) et pour la recherche des virus IA par
RT-PCR temps réel.
- Audit de renouvellement de l’accréditation par le COFRAC selon la norme
ISO 17025 les 9 et 10 décembre 2013 : avis favorable des auditeurs, dans
l’attente de la notification officielle par le COFRAC de l’attestation
d’accréditation.
B. Activités de développement, d'analyse et d'EST
1. Méthodes disponibles au LNR
1.1. INDICATEUR COP Référence n°1
Indicateur COP Référence n°1-i) Précisez ici le nombre de méthodes
développées ou révisées que vous avez proposées à l’autorité compétente au
cours de l’année N
3
Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes
- Méthode de détection des virus IA (tout sous-type) par RT-PCR temps réel
basée sur la détection du gène de matrice (M) en conformité avec la norme
XP U47-600 (contrôle positif interne [IPC] constitué d’ARN encapsidé mimant
l’ARN cible, présent à toutes les étapes de l’extraction de l’ARN viral à
l’amplification du gène cible, amélioration par rapport à la technique
européenne de référence : détection des faux négatifs et sensibilité accrue).
- Norme NF U 47-011 (octobre 2013) : recherche d’anticorps contre les
paramyxovirus aviaires de type 1 (APMV1, virus de la maladie de Newcastle)
par la technique IHA. Révision de la version d’avril 2009.
- Normes NF U 47-036 (octobre 2013) : recherche d’anticorps contre les
3
orthomyxovirus (influenzavirus) aviaires de type A de sous-types H5 et H7 par
la technique IHA, partie 1 : criblage et partie 2 : confirmation. Création d’un
nouveau texte normatif.
Indicateur COP Référence n°1-ii) Précisez ici le nombre de méthodes
développées ou révisées qui sont susceptibles d’être prêtes pour être
proposées à l’autorité compétente au cours de l’année N+1
1
Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes
Méthode RT PCR temps réel de première génération pour la détection des virus IA
de sous type H7 : proposition en attente de la réponse de la DGAL pour le
recrutement de laboratoires agréés PCR IA candidats.
1.2. Matériels biologiques ou chimiques, matériaux de référence et échantillons
et souches d'intérêt
Décrire ici les collections d'échantillons biologiques ou d'autre nature
(environnement, aliment...) conservés par le LNR; indiquer les méthodes de
conservation, la température, le nombre de "repositories", le nombre
d'échantillons par souche, l'enregistrement associé...).
Souches reçues en 2013 :
- IA : 1 souche H7N9 A/Anhui/01/2013 fournie par le CNR de l’Institut Pasteur
Paris.
- MN : 3 liquides allantoïques issus d’ovocultures réalisées par les laboratoires
de criblage agréés, à partir d’échantillons prélevés sur des oiseaux dans le
cadre de la surveillance événementielle en élevage ou dans l’avifaune
sauvage.
Souches maintenues en collection en 2013 :
- IA : 193 souches.
- MN et APMV : une centaine de souches.
Nombre de souches/échantillons reçu(e)s et mises en collection dans l'année
4
4
Nombre de souches/échantillons maintenus au total
293
2. Activités d'analyses de première intention pour l'année N
Nombre d'analyses de première intention réalisées dans l'année, de biotypie,
sérotypie, caractérisation moléculaire...
4494
Détaillez ici par type d'analyse de première intention
Analyses effectuées dans le cadre des auto-contrôles de nos troupeaux EOPS
(poule, canard, dinde) et de nos troupeaux conventionnels de volailles :
- IHA pour la détection et le titrage des anticorps contre le virus de la MN :
2566 analyses.
- ELISA pour la détection d’anticorps contre le virus de la MN : 15 analyses.
- IDG pour la détection des anticorps contre les virus IA : 1889 analyses.
Analyses effectuées dans le cadre de suspicions cliniques et de la surveillance
événementielle de l’IA :
- RT-PCR temps réel IA : 24 analyses.
3. Activités de confirmation et activités de laboratoire expert
3.1. Analyses de seconde intention
Nombre d'analyses de seconde intention réalisées dans l'année, de biotypie,
sérotypie, caractérisation moléculaire...
1716
Détaillez ici par type d'analyse de confirmation
Identification de virus hémagglutinants par technique IHA : 3 analyses.
IHA pour la détection d’anticorps contre les virus IA H5/H7 : 1676 analyses.
RT-PCR point final et séquençage pour le typage ou le pathotypage des virus IA/MN
: 37 analyses.
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Taux de confirmations par type d’analyse (= nombre d’analyses confirmées /
nombre d’analyses de seconde intention réalisées)
Le taux de confirmations par type d’analyse n’est pas un critère réellement pertinent,
car le LNR ne met pas en œuvre les mêmes techniques que les laboratoires agréés
mais des techniques complémentaires pour approfondir l’analyse.
3.2. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence et de
réactifs biologiques, contribution à l’inspection, AMM
Le LNR produit-il et fournit-il des réactifs ?
Oui
Quelles sont les bases réglementaires ou infra-réglementaires (note de service)
Décision 2006/437/CE de la Commission du 4/08/2006 : manuel de diagnostic pour
l’IA,
Décision 2010/367/UE de la Commission du 25/06/2010 : programme de
surveillance de l’IA chez les volailles et les oiseaux sauvages.
Directive 92/66/CEE du Conseil du 14/07/1992 : mesures communautaires de lutte
contre la MN,
OIE : Manual of diagnostic tests and vaccines for terrestrial animals, chapitres 2.3.4
(IA) et 2.3.14 (MN),
Quels sont les types de réactifs produits et fournis (vaccins, kits, autres) ?
Antigènes inactivés pour techniques sérologiques IHA et IDG, et souches vivantes
(pour utilisation interne et fourniture)
Quels est le nombre de lots produits et fournis par an ?
(moyenne sur les 5 dernières années)
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Quelles sont les quantités produites/fournies par lot ?
(moyenne sur les 5 dernières années)
70
Estimez le temps consacré à la production/mise à disposition ? (moyenne sur
6
les 5 dernières années)
Antigènes inactivés pour IDG : 1100 ml et 250 ml produits pour les 2 lots, et au total
152 ml fournis sur les 5 dernières années (correspondant à 4 lots différents).
Antigènes inactivés pour IDG IA : 2 lots produits sur les 5 dernières années.
Antigènes inactivés pour IHA (IA, MN/APMV) : 37 lots produits sur les 5 dernières
années.
Antigènes inactivés pour IHA : environ 80 ml produit par lot, et au total 178 ml fournis
sur les 5 dernières années (correspondant à des antigènes de 32 lots différents).
Pour un lot de souche ou d’antigène : environ 2 journées de travail pour la
production proprement dite + environ 1 semaine de travail pour les contrôles.
Souches (IA, MN/APMV) : 58 lots produits sur les 5 dernières années.
Souches : environ 40 ml produit par lot, et au total 6 ml fournis sur les 5 dernières
années (correspondant à 3 lots différents).
Quels contrôles internes réalisez-vous sur ces réactifs ?
Le LNR effectue des contrôles d’identité antigénique et génétique, d’activité, de
spécificité, d’inactivation (le cas échéant) et de pureté bactériologique, fongique et
virale de tous les réactifs qu’il fournit : contrôles initiaux pour la libération de chaque
lot et contrôles de suivi de lot. Il délivre une fiche de contrôle et le cas échéant un
certificat d’inactivation pour les réactifs produits au LNR.
A quels clients fournissez-vous ces réactifs ?
Laboratoires départementaux d’analyses et laboratoires privés d’analyses
vétérinaires (dont les laboratoires agréés pour les analyses officielles IA et MN),
établissements publics, et industriels fabricants de trousses de réactifs pour
analyses.
Sous quelles conditions fournissez-vous ces réactifs (à la demande, à titre
gracieux, autre) ?
Les réactifs sont vendus sur la base du tarif Anses en vigueur, ou sur devis s’ils n’y
sont pas inscrits. Les souches vivantes sont fournies sous MTA et sous réserve que
le destinataire atteste qu’il a le niveau de confinement adéquat.
Le LNR fournit-il des matériaux de référence ?
Oui
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Quelles sont les bases réglementaires, normatives ou infra-réglementaires
(notes de service) ?
Décision 2006/437/CE de la Commission du 4/08/2006 : manuel de diagnostic pour
l’IA,
Décision 2010/367/UE de la Commission du 25/06/2010 : programme de
surveillance de l’IA chez les volailles et les oiseaux sauvages.
Directive 92/66/CEE du Conseil du 14/07/1992 : mesures communautaires de lutte
contre la MN,
Norme XP U 47-600 : PCR en santé animale.
OIE : Manual of diagnostic tests and vaccines for terrestrial animals, chapitres 2.3.4
(IA) et 2.3.14 (MN),
Quels sont les types de matériaux de référence (MRE, MRI, contrôles positifs
ou négatifs, autre) produits et fournis ?
Contrôles positifs et négatifs pour techniques sérologiques et moléculaires.
Quel est le format (sérum, souche, produit chimique, autre) de ces matériaux
de référence ?
Pour les techniques de RT-PCR temps réel IA : antigènes inactivés pour contrôle
positif d’extraction, ARN encapsidé pour contrôle positif interne de réaction (IPC),
ARN transcrits ou ARN viraux pour contrôle positif.
Sérums de contrôle positifs et négatifs pour les techniques sérologiques IHA et IDG.
Quel est le nombre de lots produits et fournis par an ?
(moyenne sur les 5 dernières années)
10
Quelles sont les quantités produites/fournies par lot ?
(moyenne sur les 5 dernières années)
50
Estimez le temps consacré à la production/mise à disposition ? (moyenne sur
les 5 dernières années)
8
ARN encapsidé IPC : 2 lots produits sur les 5 dernières années.
ARN encapsidé IPC : environ 3 semaines de travail par lot (après le travail initial de
développement et mise au point).
ARN encapsidé IPC et ARN transcrits / ARN viraux : environ 3 ml produit par lot, et
au total 4,75 ml fournis sur les 5 dernières années (correspondant à 5 lots
différents).
ARN transcrits / ARN viraux : 6 lots produits sur les 5 dernières années.
Sérums : 38 lots produits sur les 5 dernières années.
Sérums : environ 1 semaine de travail par lot pour la production + environ 3 à 4
semaines de travail pour le contrôle de l’ensemble des lots produits sur une année.
Sérums : environ 60 ml produit par lot, et au total 306 ml fournis sur les 5 dernières
années (correspondant 17 lots différents).
Témoins positifs d’extraction : environ 130 ml produit par lot, et au total 17 ml fournis
sur les 5 dernières années (correspondant à 1seul lot de production).
Témoins positifs d’extraction pour RT-PCR : 2 lots produits sur les 5 dernières
années.
Témoins positifs d’extraction, ARN transcrits / ARN viraux : environ 2 semaines de
travail par lot.
Quels contrôles internes réalisez-vous sur ces matériaux de référence?
Le LNR effectue des contrôles d’activité, de spécificité, d’inactivation et de pureté
microbiologique (le cas échéant pour ces 2 derniers) de tous les réactifs qu’il fournit :
contrôles initiaux pour la libération de chaque lot et contrôles de suivi de lot. Il délivre
une fiche de contrôle et le cas échéant un certificat d’inactivation pour les réactifs
produits au LNR.
A quels clients fournissez-vous ces matériaux de référence ?
Laboratoires départementaux d’analyses et laboratoires privés d’analyses
vétérinaires (dont les laboratoires agréés pour les analyses officielles IA et MN),
établissements publics, et industriels fabricants de trousses de réactifs pour
analyses.
Sous quelles conditions fournissez-vous ces matériaux de référence (à la
demande, à titre gracieux, autres) ?
Les réactifs sont vendus sur la base du tarif Anses en vigueur, ou sur devis s’ils n’y
sont pas inscrits. L’utilisation du vecteur phagique permettant la fabrication de l’IPC
par le LNR a fait l’objet d’un MTA conclu par l’Anses.
9
Le LNR réalise-t-il des contrôles de réactifs commerciaux ?
Non
Pas de contrôle effectué pendant les 5 dernières années en l’absence de réactifs
commerciaux correspondant aux méthodes d’analyses officielles, et en l’absence de
demandes des fabricants et de la DGAL. Toutefois, le LNR a publié en 2013 les
résultats de travaux de caractérisation d’une méthode ELISA commerciale de
détection des anticorps IA de sous-type H5 par comparaison avec les méthodes IHA
(en partenariat avec l’unité EBEP pour l’exploitation statistique des résultats par
méthode bayesienne).
4. Analyse de l'évolution des tendances en termes d'activité
Détaillez ici l'analyse de l'évolution des tendances en termes d'activité
(augmentation, diminution... sur les 5 dernières années)
Diminution de l’activité en rapport avec la baisse de la surveillance événementielle
de l’IA et la suppression de sa surveillance active dans l’avifaune sauvage et pour
les canards appelants.
5. Activités d'expertise scientifique et technique
5.1. Demandes d’expertise scientifique et technique du ministère (chargé de
l’agriculture, santé, etc…) ou d’instances communautaires et internationales
qui concernent votre domaine de compétence
Nombre de rapports d'EST rendus dans l'année
0
5.2. Autres expertises
Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise
(internes: CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de
commissions de normalisation (Afnor...). Détaillez ici ces activités et estimez le
temps qui y est consacré.
A la demande de la DGAL, avis sur un projet de modification du Code terrestre de
l’O.I.E. (chapitres influenza aviaire et maladie de Newcastle) concernant les
exigences d’inactivation pour les plumes et duvet et les produits d’origine avicole
destinés à l’alimentation animale (V. Jestin, novembre-décembre 2013).
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Participation aux réunions de la Commission AFNOR U 47A en santé animale et des
groupes de travail AFNOR rattachés (virologie animale, sérologie animale, PCR en
santé animale) = 3 jours.
Présentation au CES santé animale Anses d’un point d’actualité sur l’émergence du
virus influenza aviaire H7N9 en Chine (V. Jestin, juin 2013).
5.3. Dossiers de demande d'agrément
Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année
0
C. Animation du réseau de laboratoires officiels
5.4 Organisation d'EILA
INDICATEUR COP Référence n°2
Indicateur COP Référence n°2-a. Précisez ici le nombre d'EILA organisés par le
LNR au cours de l’année N
2
Ces EILA ont-ils été réalisés selon la norme 17043 (avec ou sans accréditation)
?
Oui
Si vous n'êtes pas accrédité 17043, avez-vous bénéficié d'un audit interne ?
Oui
Détaillez ici le nombre de laboratoires ayant participé pour chaque EILA; le
nombre de laboratoires ayant obtenu des résultats défavorables pour chaque
EILA; les actions mises en œuvre pour l'identification des causes et des
mesures correctives
1. EILA IDG influenza aviaire
11 laboratoires participants, dont 1 laboratoire ayant des résultats non conformes.
11
2. EILA RT-PCR temps réel M et H5
14 laboratoires.
Actions correctives en cours en 2014, le rapport de restitution des résultats n’ayant
été validé et envoyé aux participants que fin janvier 2014 (l'EILA ayant été envoyé le
18/11/2013).
Indicateur COP Référence n°2-a. Précisez ici le nombre d'EILA que vous
prévoyez d'organiser au cours de l’année N+1
1
Indicateur COP Référence n°2-a. Ces EILA sont-ils réalisés selon la norme
17043 avec ou sans accréditation ?
Oui
Indicateur COP Référence n°2-b. Précisez ici le nombre d'EIL (hors EILA - dont
EILV en lien avec méthodes en cours de validation telles que précisées dans le
paragraphe 1.1) organisés par le LNR au cours de l’année N
2
Détaillez ici le nombre de laboratoires ayant participé pour chaque EIL(hors
EILA)
EILV IHA PMV1 et EILV IHA influenza aviaire H5/H7 : 11 laboratoires participants.
Indicateur COP Référence n°2-b. Précisez ici le nombre d'EIL (hors EILA) que
vous prévoyez d'organiser au cours de l’année N+1
1
EILV (susceptible d'être prévu en 2014) de la méthode de détection des virus IA de
sous type H7 par RT-PCR temps réel de 1re génération, sous réserve d’appel, de la
part de la DGAL, à manifestation d’intérêt pour le recrutement de laboratoires agréés
PCR IA candidats.
Indicateur COP Référence n°3. Le cas échéant, indiquez que le système qualité
en référence à la norme NF EN ISO/CEI 17043 est en place
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Oui
Le système qualité selon la norme ISO 17043 a été mis en place et évalué
favorablement lors d’un audit interne en 2012. L’audit initial d’accréditation par le
COFRAC est prévu le 12-13/02/2014.
Précisez s'il a été évalué par audit interne
Oui
5.5. Modalités de diffusion des données de surveillance et production du LNR
L’information des partenaires du réseau de la surveillance de l’influenza aviaire est
faite à l’initiative de la DGAL (à sa demande, les données de surveillance IA lui
appartenant). Cette information se fait sous la forme d’un tableau récapitulatif (dérivé
de la synthèse faite par le LNR) inséré dans la note de service (NS) de la campagne
de prélèvements de l’année suivante et via une publication conjointe DGAL/LNR
dans le bulletin épidémiologique santé animale et alimentation (voir publications
destinées aux professionnels).
Cette publication est reprise sur le site de la plateforme d’épidémiosurveillance.
- Diffusion aux professionnels : conférences, site web Compte tenu du caractère obligatoire de la surveillance IA en Europe l’autorité
compétente a en charge de transmettre les données de surveillance à la Commission
Européenne sur la base des synthèses préparées par le LNR. Celui-ci quant à lui est
chargé de faire un rapport annuel au LRUE selon une trame imposée (données
virologiques essentiellement). Les données de surveillance émanant de chaque état
membre via les autorités compétentes sont synthétisées annuellement par le LRUE
et font l’objet d’un rapport de surveillance accessible sur le site de la DG SANCO.
5.6. Formation, organisation d'ateliers, accueil de stagiaires
Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires
agréés du réseau organisées dans l'année
0
Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux
méthodes utilisées pour les contrôles officiels que le LNR a organisées dans
l'année
13
1
Détaillez ici ces activités et indiquez la durée moyenne des sessions et le
nombre de participants par atelier
Formation aux méthodes de détection des anticorps par la technique IHA pour l'IA /
MN (normes NF U47-011 octobre 2013 et NF U47-036 partie 1 d'octobre 2013).
2 participants (techniciens en laboratoire départemental d’analyses).
durée : 2 jours.
5.7. Activités de conseil aux professionnels
Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré
Les partenaires du réseau de laboratoires agréés de criblage et du bureau santé
animale de la DGAL ont comme recommandation d’adresser systématiquement tous
leurs messages d’alerte à 6 scientifiques et ingénieurs du LNR de façon à ce que le
message puisse être pris en charge immédiatement. De même pour les demandes
d’informations spécifiques ou les appels téléphoniques qui sont orientées vers un
scientifique dédié (en fonction des champs de compétences).
Pour 2013, en moyenne 2 à 3 sollicitations par semaine.
5.8. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année
Détaillez les EILA auxquels vous, en tant que LNR, vous avez participé dans
l'année
EILA organisés par le laboratoire de référence de l'UE
- Identification et pathotypage de virus influenza par méthodes moléculaires
(RT-PCR temps réel, RT-PCR en point final, séquençage) : résultat conforme.
- Identification et pathotypage de virus de la maladie de Newcastle par
méthodes moléculaires (RT-PCR temps réel, RT-PCR en point final,
séquençage) : résultat conforme.
- Titrage et identification de virus hémagglutinants par technique IHA : résultat
conforme pour les virus IA H5/H7 et APMV. Une absence de caractérisation
d’un virus IA de sous type H9 (non réglementaire) par cette méthode, ce qui
ne fait pas partie des compétences obligatoires d’un LNR, ce même virus
ayant été identifié comme non réglementaire (non H5/H7 PMV1) par les
méthodes moléculaires, a pour autant conduit à la mise en place de mesures
correctives (maîtrise de la température de réalisation des essais) dont
14
l’efficacité a été vérifiée.
- Titrage d'anticorps par technique IHA : un écart de titre IHA signalé entre les
résultats du LRUE et les résultats du LNR pour un seul sérum faible en limite
de détection mais contestation du LNR, le LRUE n’appliquant pas la norme
ISO 17043 et ne pouvant apporter la démonstration de l’homogénéité et de la
stabilité des échantillons fournis
EILA organisés par l'Unité mais réalisés par personnel différent (absence de
collusion garantie)
- Détection des anticorps IA par IDG : résultat conforme
- Détection de virus IA par RT-PCR temps réel M et H5 : résultat conforme
D. Participation aux activités de surveillance
6. Existence et gestion d'un réseau
6.1. Indiquer si le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance ?
Oui, plusieurs
A combien de dispositifs de surveillance le LNR est-il intégré ?
5
Pour l’IA : 4 dispositifs de surveillance
Pour la MN : 1 dispositif unique de surveillance événementielle des volailles et des
oiseaux captifs (selon l’arrêté du 8 juin 1994 fixant les mesures de lutte contre la
MN).
6.2. Indiquer qui est le gestionnaire de ce dispositif
La DGAL.
6.3. Préciser si d'autres unités/entités de l'agence sont intégrées dans ce
dispositif à vos cotés
Oui
Lesquelles ?
Des épidémiologistes de l’unité EBEAC (Anses laboratoire de Ploufragan-Plouzané)
15
ont ponctuellement conforté les directions départementales (de la cohésion sociale
et) de la protection des populations (DD[CS]PP) en période de crise (février-mars
2006, décembre 2010) pour la réalisation des enquêtes épidémiologiques.
L’unité de surveillance épidémiologique rattachée à la DSL Anses, dans le cadre de
la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale, a été missionnée
en 2010 par la DGAL pour évaluer le dispositif de surveillance des pestes aviaires
(MN et IA, excluant les formes faiblement pathogènes d’IA) et a rendu son rapport
au cours de l’été 2013.
Commentaire sur les items décrits au n°9 (Parmi ces activités, certaines
mériteraient-elles une attention ou un investissement plus particulier de l’Agence et
pourquoi ?) :
Commentaires sur l'item 7 suivant :
7. Les partenaires et acteurs de ce dispositif de surveillance
Sont acteurs ou partenaires de ce dispositif (plusieurs réponses possibles) :
Le réseau de laboratoire du LNR
Un réseau de vétérinaires
Un réseau d'acteurs professionnels
Autre, précisez...
Un réseau de laboratoires agréés pour le diagnostic de l’IA et de la MN a été
organisé par la DGAL : sa composition est définie par la NS DGAL/SPSA/N2007-
8162 du 5 juillet 2007 (Pestes aviaires : laboratoires d’analyses pour le diagnostic
sérologique et virologique). Sa mise à jour est disponible avec le lien suivant
http://agriculture.gouv.fr/laboratoires-agrees-et-methodes-officielles-en-sante-
animale. Il est animé par le LNR IA/MN. Lui-même dépend du réseau des
laboratoires européens et mondiaux (FluLabNet, Offlu) animés par le laboratoire de
référence de l’union européenne et les laboratoires OIE/FAO.
Pour la surveillance programmée, qui vise à détecter la circulation sub-clinique des
virus IA faiblement pathogènes de sous types H5/H7 par le biais d’enquêtes
sérologiques annuelles, la DGAL s’appuie sur les vétérinaires sanitaires avicoles, en
complément des agents des DD(CS)PP pour la réalisation des prélèvements et sur le
réseau des laboratoires agréés pour les analyses de 1re intention. Le LNR prend le
relais des analyses sur tous les sérums potentiellement positifs pour la présence
d’anticorps vis-à-vis des sous-types H5/H7.
En ce qui concerne la surveillance événementielle en élevage de l’IA/MN, la DGAL
s’appuie sur un réseau de vétérinaires sanitaires avicoles. Les suspicions cliniques
validées par les DD(CS)PP remontent au LNR pour confirmation via le réseau de
laboratoires agréés lesquels effectuent les analyses de 1re intention. Le LNR prend
le relais des analyses sur tous les prélèvements positifs ou douteux par rapport à la
présence de génome viral IA.
16
En ce qui concerne l’avifaune sauvage, seule une surveillance minimale des
mortalités groupées reste mise en œuvre via le réseau SAGIR. Les prélèvements
sont transmis via les laboratoires départementaux concernés aux laboratoires agréés
précités pour la réalisation des analyses de 1re intention. Le LNR prend le relais des
analyses sur tous les prélèvements positifs ou douteux par rapport à la présence de
génome viral IA.
8. Modalités de surveillance
Préciser si ce dispositif repose (plusieurs réponses possibles) :
Sur des modalités de surveillance événementielles (notification de cas par des
acteurs de terrain)
Sur des modalités de surveillance programmées (active)
(i) programmée en élevage ou en abattoir par enquête sérologique annuelle définie
au niveau communautaire par la Décision 2010/367/EU de la Commission du 25 juin
2010,
(ii) événementielle en élevage (notamment selon des critères d’alerte fixés par
l’arrêté du 24 janvier 2008),
(iii) événementielle des cas de mortalité anormale chez les oiseaux sauvages
(définies par la NS DGAL/SDSPA/N2007-8056 du 28 février 2007),
(iv) événementielle des canards appelants (définie par la NS DGAl/SDSPA/N2011-
8007 du 4 janvier 2011).
9. Autres activités du LNR en matière de surveillance
En dehors des aspects analytiques, quelles sont les autres activités auxquelles
le LNR (avec éventuellement les autres unités de l'agence impliquées) participe
dans le cadre de la surveillance ? (plusieurs réponses possibles)
Définition des orientations stratégiques de la surveillance
Participation au comité de pilotage du dispositif
Définition des modalités de surveillance (protocoles)
Appui scientifique et technique
Participation à un comité ou groupe de travail d'appui scientifique et technique du
dispositif
Gestion et analyse des données
Interprétation des données
Retour d'information aux acteurs de terrain
Evaluation de la surveillance
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Parmi ces activités, certaines mériteraient-elles une attention ou un
investissement plus particulier de l'Agence et pourquoi ?
Pour les 5 premiers items, l’implication du LNR a été importante lors de la mise en
place historique des plans de surveillance, puis pour la mise en cohérence et la
convergence avec les orientations et les recommandations des directives
européennes lorsqu’elles ont été disponibles.
Pour l’évaluation de la surveillance, la sollicitation de la plateforme ESA a déjà été
signalée plus haut (avec l’implication d’un scientifique LNR dans le groupe de suivi),
néanmoins cette évaluation a été limitée à la surveillance de l’influenza aviaire
hautement pathogène et de la maladie de Newcastle. Or l’évaluation de la
surveillance de l’influenza aviaire faiblement pathogène reste à faire ce qui serait
d’autant plus nécessaire compte tenu de la possibilité d’émergence d’un virus
présentant un risque en santé publique comme le démontre l’émergence du virus
H7N9 en Chine (apathogène pour les oiseaux mais capable d’une forte léthalité pour
l’homme).
E. Activités de recherche en lien avec l’activité de référence
10.1. Recherches méthodologiques pour la référence
Détaillez ici les recherches méthodologiques que vous avez réalisées dans
l'année : objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre
d'appels à projets...
Extension d’évaluation expérimentale d’un test ELISA expérimental mis au point par
le LNR pour la détection des anticorps dirigés contre les virus IA de sous-type N9
(incluant H7N9 Chine 2013).
Mise au point et utilisation d’une méthode de séquençage des extrémités non
codantes des génomes viraux à ARN négatif.
10.2. Recherches associées pour la référence
Détaillez ici les recherches associées auxquelles vous avez participé dans
l'année (participations à des études cliniques, études d'incidences, modèles
d'infections expérimentales, études toxicologiques, essais vaccinaux...):
objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels
à projets...
Du fait des possibilités d’expérimentation animale limitées en raison de travaux de
rénovation des locaux qui se sont encore poursuivis pendant toute l’année 2013,
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aucune étude recourant à l’expérimentation animale en confinement de niveaux 2 et
3 n’a pu être programmée.
F. Liste des publications et communications dans le cadre du
mandat
Publications de l'année destinées aux professionnels (Les publications qui
figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.)
Allix S., Garin-Bastuji B., Jestin V., Madani N., Marianneau P., Monchâtre-Leroy E.,
Rizzo F., Rousset E., Sidi-Boumedine K., Zini S. 2013. Mise en œuvre de la nouvelle
réglementation MOT: expérience de l'Anses. EuroRéférence, Cahier n° 11.
Cherbonnel M. et Jestin V. Rapport d'essai interlaboratoires de validation RT-PCR
temps réel influenza aviaire gène M avec contrôle positif interne – Mars 2013- 14
pages.
Cherbonnel M. et Jestin V. Synthèse du dossier de validation de la méthode RT-
PCR temps réel influenza aviaire gène M avec contrôle positif interne – Mars 2013 –
5 pages.
Jestin V. Actualisation fiche maladie de Newcastle Site Web Anses Octobre 2013
Jestin V. Actualisation fiches influenza aviaire et rôle de l’agence en matière
d’influenza aviaire pour nouveau site Web Anses Janvier 2013
Jestin V. Point sur le nouveau virus émergent de grippe aviaire H7N9 en Chine. site
Web Anses Mai 2013
Sadonès H., Hendrikx P., Hars J., Niqueux E., Schmitz A., Briand F-X. Bilan de la
surveillance de l’influenza aviaire et de la maladie de Newcastle en France en 2012.
Bulletin épidémiologique santé animale et alimentation, 59 : 54-59.
Publications scientifiques internationales de l'année (Les publications qui
figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.)
Briand FX, Massin P, Jestin V. Characterisation of a type 1 Avian Paramyxovirus
belonging to a divergent group. Veterinary Microbiology (2013)
http://dx.doi.org/10.1016/ j.vetmic.2013.10.005 (sous presse)
Brown PA, Briand FX, Guionie O, Lemaitre E, Courtillon C, Henry A, Jestin V,
Eterradossi N. An alternative method to determine the 5' extremities of non-
segmented, negative sense RNA viral genomes using positive replication
intermediate 3' tailing: Application to two members of the Paramyxoviridae family. J
19
Virol Methods. (2013) 193:121-127
Jensen T.H., Ajjouri G., Handberg K.J., Slomka M.J., Coward V.J., Cherbonnel M.,
Jestin V., Lind P., Jorgensen P.H., 2013. An enzyme-linked immunosorbent assay
for detection of avian influenza virus subtypes H5 and H7 antibodies. Acta
Veterinaria Scandinavica. Acta Veterinaria Scandinavia 2013, 55 :84.
Jestin V. (supervision de la traduction française du livre) influenza aviaire et maladie
de Newcastle, un manuel de diagnostic de terrain et de laboratoire (direction I Capua
et D .J. Alexander), Springer edt, Février 2013, 194 pages.
Massin P, Deleage C, Oger A, Briand FX, Quenault H, Blanchard Y. Differential
cellular gene expression in duck trachea infected with a highly or low pathogenic
H5N1 avian influenza virus.Virol J. 2013 Sep 10 10(1):279
Niqueux É, Guionie O, Amelot M, Jestin V, 2013. Prime-boost vaccination with
recombinant H5-fowlpox and Newcastle disease virus vectors affords lasting
protection in SPF Muscovy ducks against highly pathogenic H5N1 influenza virus.
Vaccine 31 (38) : 4121-4128
Niqueux É, Picault JP, Amelot M, Allée C, Lamandé J, Guillemoto C, Pierre I, Massin
P, Blot G, Briand FX, Rose N, Jestin V, 2013. Quantitative transmission
characteristics of different H5 low pathogenic avian influenza viruses in Muscovy
ducks. Veterinary Microbiology (2013) http://dx.doi.org/10.1016/j.vetmic.2013.10.020
(sous presse)
Schmitz A., Le Bras M.O., Guillemoto C., Pierre I., Rose N., Bougeard S., Jestin V.
2013, Evaluation of a commercial ELISA for H5 low pathogenic avian influenza virus
antibody detection in duck sera using Bayesian methods. J Virol Methods. 193(1):
197-204.
Servan de Almeida R, Hammoumi S, Gil P, Briand FX, Molia S, Gaidet N, Capelle J,
Chevalier, V, Balança G, Traoré A, Grillet C, Maminiaina OF, Guendouz S, Dakouo,
Samaké K, Bezeid O, Diarra A, Chaka H, Goutard F, Thompson P, Martinez D,
Jestin V, Albina E. New avian paramyxoviruses type I strains identified in Africa
provide new outcomes for phylogeny reconstruction and genotype classification.
PLoS ONE 8(10): e76413.
Communications nationales de l'année (Les publications qui figureront dans le
rapport doivent être sous presse ou publiées.)
Briand FX, Jestin V. Analyses comparatives de l’utilisation de codons dans les gènes
codant les protéines d’enveloppe HN et F des 2 classes de paramyxovirus aviaires
de type 1. Virologie, vol.17, supplément avril 2013, S67, AO18, XV Journées
Francophones de Virologie, Paris, France, 18-19 Avril 2013 (poster)
Brown PA, Briand FX, Guionie O, Lemaitre E, Courtillon C, Henry A, Jestin V,
Eterradossi N : Mise au point d’une méthode simplifiée permettant de déterminer
20
rapidement les deux extrémités du génome des virus à ARN négatif non segmenté.
Virologie, vol.17, supplément avril 2013, S16, AO63, XV Journées Francophones de
Virologie, Paris, France, 18-19 Avril 2013 (poster)
Jestin V. Emergence du virus IA A H7N9 en Chine : Point d’actualité. Réunion
groupe français AMVA, Ploufragan, 6 juin 2013 (comm. orale)
Communications internationales de l'année (Les publications qui figureront
dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.)
Briand FX, Henry A, Brown P, Massin P, Jestin V. Complete genome sequence of a
recently identified genotype more intermediate between class I and II of type one
avian Paramyxovirus. WVPA congress, Nantes, France, 19-23 August 2013, book of
abstracts p.463 (poster)
Briand FX, Henry A, Massin P, Jestin V. Characterization of a new serotype of Avian
Paramyxovirus, proposed as serotype 11. WVPA congress, Nantes, France, 19-23
August 2013, book of abstracts p.464 (poster)
Brown PA, Briand FX, Guionie O, Lemaitre E, Courtillon C, Henry A, Jestin V,
Eterradossi N. An alternative method to determine the 5' extremities of non-
segmented, negative sense RNA viral genomes using positive replication
intermediate 3' tailing: Application to two members of the Paramyxoviridae family.
15th international Negative Strand Virus meeting, Granada, Spain, 16-21 juin 2013
(poster)
Cherbonnel Martine, Henry Aurélie, Ogor Katell and Jestin Véronique. Validation of a
duplex real-time Assay to detect avian influenza virus matrix gene using Armored
RNA as an internal positive control. WVPA congress, Nantes, France, 19-23 August
2013, book of abstracts p.466 (poster)
Niqueux É, Brochet AL, Leveau A, Fablet A, Guillemoto C, Hamet S, Lebras MO,
Hars J, Jestin V. Serological surveillance of sentinel ducks over time detects
infections by avian influenzavirus missed by virus detection alone. WVPA congress,
Nantes, France, 19-23 August 2013, book of abstracts p.484 (poster)
Schmitz A. et Jestin V. Development and evaluation of N9-specific ELISA to detect
antibodies in duck and chicken sera. 20th joint annual meetings of EU reference
laboratories for avian influenza and Newcastle disease. Helsinki, Finland, 24-26
September 2013 (comm. orale)
Schmitz A., Le Bras M.O., Guillemoto C., Pierre I., Rose N., Bougeard S., Jestin V.
Evaluation of a commercial ELISA for specific detection of low pathogenic H5 avian
influenza virus antibodies in duck sera using Bayesian methods. WVPA congress,
Nantes, France, 19-23 August 2013, book of abstracts p.495 (poster)
Conférences sur invitation dans l'année (Les publications qui figureront dans
21
le rapport doivent être sous presse ou publiées.)
Jestin V. Emergence du virus IA A H7N9 en Chine : Point d’actualité. Réunion CES
santé animale Anses, Maisons Alfort, 12 juin 2013.
G. Activités du LR-UE
Avez-vous également des activités de LR-UE ?
Non
H. Détention d'autres mandats de référence
Le LNR détient-il d'autres mandats de référence dans le même domaine de
compétences
Non