campylobacterspp et bactéries apparentées isolés chez l’homme … · 2019. 7. 3. · cnr...
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CNRCampylobacter spp et bactéries
apparentées isolés chez l’homme en France
2003-2010
Francis Mégraud & Philippe LehoursUniversité de Bordeaux et Hôpital Pellegrin,
Bordeaux
Campylobacter jejuni
Surveillance des infections à Campylobacters en France
- 1986-2001 : réseau de surveillance basé sur des laboratoires hospitaliers
- 2002 : 2 réseauxextension du réseau de laboratoires
hospitaliers (50)
organisation d’un réseau de laboratoires privés (300)
- 2013: début de saisie directe par certains gros laboratoires
0
1000
2000
3000
4000
5000
2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
2200 2127 2047
26763058
3472
40194316
Années
Nbre de souches
Evolution du nombre de souches
reçues (2003-2010)
Nombre total de souches identifiées : 22 245
(1 733 souches additionelles reçues n’on pas donné de subculture)
Distribution des espèces de Campylobacters & bactéries apparentées identifiées au CNR selon l’origine du prélèvement (2003-2010)
Espèces Selles Hémoculture Autres plvts Total (%)
C. jejuni 17291 202 82 17575 (79,3)C. coli 3322 38 22 3382 (15,2)C. fetus 235 544 94 873 (3,9)C. lari 77 16 2 95 (0,4)C. upsaliensis 25 2 27 (0,1)C. jejuni ssp doylei 3 3 C. sputorum 1 1A. butzleri 164 3 3 170 (0,8)A. cryaerophila 13 13 H. pullorum 14 14 H. canadensis 11 1 12
Total 21 155 (95,4%) 807 (3,6%) 203 (0,9 %) 22 165
C. jejuni C. coli C. fetus C. lari A. bu tzleri(56) (16) (62) (1) (2)
Biopsies intestinales 42 15 1Bile 3Liquide articulaire 2 32*Liquide pleural 4Liquide d ’ascite 2 4Liquide de dialyse péritonéal 1 1 3 2LCR 3Urine 2Placenta 1 1Anévrysme 4Pus d ’ostéite 2Prothèse d ’aorte 2Autres** 3 7
*inclus 5 sur prothèses (hanche)** C. jejuni : utérus, hématome tibial, méconium
C. fetus : sonde intracardiaque, hématome rétropéritonéal, c alcul abdominal, chambre implantable, abcès du rein , drain, abcès de jambe
Distribution des espèces de Campylobacters & bactéries apparentées identifiées au CNR
selon l’origine du prélèvement autre que selles et hémocultures (2006-2010)
Distribution selon le sexe
(2003-2010)
Total No %
Homme 12,087 54.6
Femme 10,016 45.3
Inconnu 142
Sex ratio : 1,2
0
1000
2000
3000
4000
5000
6000
7000
0-9 10-19 20-29 30-39 40-49 50-59 60-69 70-79 80-89 90-99 >100
6733
26763054
1848
1372 15481382
1594
960
Age (années)
163 6
Nbre de souches
Autres
C. jejuni
C. coli
Distribution selon l’âge
(2003-2010)
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
J F M A M J J A S O N D
Autres
C. jejuni
C. coli
Mois
Nbre de souches
Distribution selon le mois del’année (2003-2010)
Contexte de cas groupés (2003-2010)
Total No. %
Cas isolés 11 226 96,2Cas groupés 438 Famille 334 3,7
Collectivité 50Inconnu 54
Inconnu 10 581
Contexte de voyage à l’étranger (2003-2010)
Total No. %
Voyage 810 14,2
Pas de voyage 4 906 85,8
Inconnu 16 259
Exemples de pays où le voyage a eu lieu,
568 cas (2006-2010)
Afrique = 315 (55,4%) Amérique = 52 (9,4%)
Maroc 114 Haïti 15Tunisie 31 Antilles françaises 8Sénégal 21 Rep. Dominicaine 6Burkina Faso 19 Canada 4Algérie 14 Etats Unis 4Madagascar 14 Autres 15Autres 102
Asie = 118 (20.7%) Europe = 77 (13.5%) Océanie = 6 (1 %)
Inde 42 Espagne 25Turquie 11 Portugal 13Cambodge 6 Italie 8Indonésie 6 Grèce 6Népal 6 Royaume Uni 6Autres 47 Autres 19
Comparaison des facteurs de risque
pour les infections à C. jejuni & C. coliAnalyse multivariée
C. jejuni est associé à:• survenue durant l’été (Mai-Septembre)
C. coli est associé à:• survenue à un âge plus élevé• existence d’un voyage à l’étranger
Comparaison des facteurs de risque
des infections à C. fetus à ceux des infections à Campylobacters thermotolérants
Analyse multivariée
C. fetus est associé à:
• survenue à un âge plus élevé• échantillons autres que les selles• hospitalisation
Surveillance de la résistance des Campylobacters aux antibiotiques
- Tous les isolats sont testés par antibiogramme
- Une PCR en temps réel pour identifier les mutations associées à la résistance aux macrolides peut être employée
0
20
40
60
80
100
86-89 90-93 94-97 98-02 2003-5 2006-8 2009-10
% Résistant C. jejuni
C. coli
50,8 53,746,6
51,5 54,2
65,2
44,450,4
34,8
26 2723
29,922,7
p<0.001
Evolution de la résistance de C. jejuni& C. coli à l’amoxicilline
(1986-2010)
années
0
20
40
60
80
100
86-89 90-93 94-97 98-02 2003-5 2006-8 2009-10
% Résistant C. jejuni
C. coli
0,89,9
1,1
12,2
1,7
18
2,511
0,9
10
1
10
0,5
13,9
Evolution de la résistance de C. jejuni& C. coli à l’érythromycine
(1986-2010)
années
0
20
40
60
80
100
86-89 90-93 94-97 98-02 2003-5 2006-8 2009-10
% Résistant C. jejuni
C. coli
8 11,3 1117,1 18
31,9
15
3325,7
50,4
32
4435,5
69,6
p<0.001
Evolution de la résistance de C. jejuni& C. coli à la doxycycline
(1986-2010)
années
0
20
40
60
80
100
86-89 90-93 94-97 98-02 2003-5 2006-8 2009-10
% Résistant C. jejuni
C. coli
4,9 68,9 8,5
17
41,5
26,3
44,6
28,9
44,538
53 47
74,3
p<0.001
Evolution de la résistance de C. jejuni& C. coli à l’acide nalidixique
(1986-2010)
années
Conclusions
- Augmentation apparente de l’isolement des Campylobacters en France
- Augmentation constante de la résistance aux fluoroquinolones
- C. jejuni et C. coli ont des caractéristiques épidémiologogiques différentes
- Importance des maladies systémiques en particulier de la morbidité et la mortalité due à C. fetus
Observation d’une fréquence élevée de C. coli multirésistants
C. coli résistants: AmpicillineCiprofloxacineTétracyclineErythromycine
7,3
11,1
8,4
6,1
760 706 703 613N testés:
%
Origine géographique des C. coli multirésistants
Question : Est-ce une épidémie qui serait liée à u ne contamination permanente dans un abattoir ou élevage?
Typage MLST au LNR des C. coli multirésistants (K. Rivoal)
11 souches d’origine porcine9 souches d’origine aviaire
prélevées à l’abattoir de matières fécales d’animau x provenant de différents types d’élevage et de diffé rentes régions
Toutes du complexe clonal (CC) 828 mais « séquence t ypes » (ST) différents:
Porc 10 ST (2 ST 1068)Volaille 5 ST (3 ST 872)
Pas de différence avec les C. coli non résistants eux aussi du CC828 mais de différents ST
Typage MLST au CNR des C. coli multirésistants (L. Bénéjat)
17 souches C. coli multi R typées par MLST
Toutes du complexe clonal 828 représentant 3 « séquence types »
NST 825 1 ST 6689 4ST 872 6
1 2 5 9 13 17
MADD
Comparaison des 6 C. coli ST-872
1290
1 2 5 9 13 17
2 5 9 13 17
HLWL74
Sans
souche 1
HLWL85
Sans
souche 1
2 5 9 13 17
6 profils différents
Souches 1 et 13 différentesSouche 9 différente Souches 5 et 13 identiques
Souches 2, 9 et 13 identiques
1 = 2012/136
2= 2012/319
5 = 2012/468
9 = 2012/1059
13 = 20122309
17 = 2012/2689
Différenciation du ST872 par RAPD
Conclusion: il ne s’agit pas d’une épidémie
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