bios – [email protected] – 2009.11.26 un environnement de développement et de...

BIOS – [email protected] – 2009.11.26

Un environnement de développement Un environnement de développement et de production de web-services et de production de web-services

BioMOBYBioMOBY

Sébastien Carrere


BioMOBY ?BioMOBY ?

► But: fournir des ressources bioinformatiques (données, programmes) via le web

► Comment: Des spécifications pour la description des services, la gestion des

erreurs, l’implémentation de services asynchrones Une API multi-langages (Perl / JAVA / Python) Un annuaire pour faciliter la découverte Un protocole de communication basé sur une ontologie

► Types de services ► DataTypes (typage métier des entrées / sorties)


DataType Ontology @ BioMOBYDataType Ontology @ BioMOBY

► Spécification des entrées spécialisation du service Un service pouvant manipuler un fichier FASTA (ex:

squizz), peut manipuler un fichier FASTA proteique

Un service analysant une proteine (ex: blastp) ne peut pas traiter une sequence nucleique

► Spécification des sorties limitation des chaînages


Architecture BioMOBYArchitecture BioMOBY

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Fournisseur

Service Descriptions (RDF)

Service Description (RDF)

Service (fonction)

WDSL, UDDIWSDL, UDDI

Client


Un web-service @ LIPMUn web-service @ LIPM

on peut toujours utiliser ces programmes en ligne de commande on peut les encapsuler via d'autres technologies (CGI, Mobyle)

► Un web-service est l'encapsulation d'un programme déjà existant

► Ce programme manipule des fichiers

► Pourquoi PlayMOBY ? Déployer de nouveaux web-services

►Automatiquement►pour des programmes existants (et maintenus !)►pour les futurs programmes

► Pourquoi Mobyle Utiliser un format pivot pour la description Experience .acd EMBOSS Profiter des programmes déjà décrits


PlayMOBY : les 3 étapes PlayMOBY : les 3 étapes

1. Génération d'un fichier de description Mobyle XML

Appli.pm: un module pour générer ces fichiers XML

2. Génération du web-service à partir de la description XML

3. Enregistrement et tests


PlayMOBY :PlayMOBY : Appli.pmAppli.pm

► Pourquoi ? Avoir une description du programme embarquée Restituer la description sous différents formats

► Mobyle► Usage ? ACD ?

► Comment ? Structures Perl de description embarquées Dictionnaire BioMOBY Mobyle


Interopérabilité


BIOS: Service Oriented Architecture in Bioinformatics dedicated to RNA-Seq

External tools: tools developped by other teams (almost EMBOSS)

iANT: tools for sequence annotation

HeliaGene: a bioinformatics portal for Helianthus sp. genomics

LEGOO: a bioinformatics gateway towards integrative legume biology

Narcisse: a mirror view of conserved synteniescollaboration with Thomas Faraut - Laboratoire de Génétique Cellulaire

► Transparence

Réseau de confiance & QoS (i)Réseau de confiance & QoS (i)

http://bios.toulouse.inra.fr//cgi-bin/bios.cgi?__wb_function=PlaymobyReports


Réseau de confiance & QoS (ii)Réseau de confiance & QoS (ii)► Test fonctionnels par défaut .... ou plus sophistiqués

Rapport compatible QBios http://gforge.inria.fr/projects/qbios/ F. Moreews, C. Caron et al. (définit dans Projet RENABI BioWorkFlow)


Réseau de confiance & QoS (iv)Réseau de confiance & QoS (iv)

► Surveillance des ressources hardware NAGIOS Redondance des services (redirection « intelligente »)

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