un nouveau regard sur les données moléculaires barcoding détermination de la frontière...
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Un nouveau regard sur les données moléculaires
• Barcoding
Détermination de la frontière génétique Méthode Résultats et analyse
Barcoding et phylogénie Barcoding et expertise taxonomique
• Approche cladiste des données moléculaires
Un nouveau regard sur les données Un nouveau regard sur les données moléculairesmoléculaires
• Barcoding
Détermination de la frontière génétique Méthode :1 séquence, 40 espèces, 222 spécimens Résultats et analyse: Il existe une différence marquée entre les variations intra et interspécifiques
Un nouveau regard sur les données moléculaires
• Barcoding
Barcoding et phylogéniePeut-on utiliser une séquence appartenant à un spécimen donné pour construire les liens de parenté entre des taxons ?
La réalisation de phylogénies avec des séquences de spécimens variés permet de valider l’utilisation d’une séquence de référence pour un taxon donnée.
Un nouveau regard sur les données moléculaires
• Barcoding
Barcoding et expertise taxonomique : un saucisson « pur âne »
Un nouveau regard sur les données moléculaires
Approche cladiste des données moléculaires
• Alignement des séquences et repérage des sites informatifs
Un nouveau regard sur les données moléculaires
Approche cladiste des données moléculaires
• On adopte la même méthodologie qu’avec les caractères anatomiques. Chaque site informatif représente un caractère. Les états du caractère sont les différents acides aminés présents au niveau de ce site. L’état du caractère est déterminé par l’acide aminé présent dans l’extragroupe.
Un nouveau regard sur les données moléculaires
Approche cladiste des données moléculairesApproche cladiste des données moléculaires
• On obtient des arbres phylogénétiques différents en fonction de l’ordre dans lequel on prend les sites informatifs . Le choix de l’arbre le plus probable est déterminé par le principe de parcimonie.
Un nouveau regard sur les données moléculaires
Approche cladiste des données moléculairesApproche cladiste des données moléculaires
• Il existe des outils qui permettent de visualiser des arbres dont la construction s’est faite par la méthode de parcimonie.
Un nouveau regard sur les données moléculaires
Approche cladiste des données moléculaires
• MEGA4 est un logiciel gratuit permettent des traitements multiples des données moléculaires.
Arbre UPGMA
AlignementDe séquences
Matrice de distance
Arbres parcimonieux