Virologie médicale - Pierre Pothier

SommaireIntroduction et définitions1. Les premières vaccinations et les prémices de la microbiologie2. De la découverte des virus à leur caractérisation3. De la définition des virus aux critères de classification

1. Virologie générale

Chapitre 1 : Les virus : structure et classification

1. Structure1.1. L’acide nucléique viral1.2. La capside

1.2.1. Nucléocapside à symétrie hélicoïdale1.2.2. Nucléocapside à symétrie icosaédrique ou cubiqu1.2.3. Capside à symétrie complexe

1.3. L’enveloppe virale2. Classification et nomenclature des virus3. Quelques exemples d’interaction virus-récepteur cellulaire3.1. Les picornavirus3.2. Le virus de la grippe3.3. Le virus de l’immunodéficience humaine

Chapitre 2 : La multiplication virale

1. Cycle de multiplication virale2. Étapes initiales2.1. Attachement2.2. Pénétration2.3. Décapsidation3. Expression et réplication du génome viral3.1. Virus à ADN

3.1.1. Virus à ADN double brin3.1.1.1. La transcription3.1.1.2. La réplication

3.1.1.2.1. La réplication des Polyomaviridae et des Papillomaviridaeest bidirectionnelle3.1.1.2.2. La réplication des Herpesviridae3.1.1.2.3. La réplication des Adenoviridae est unidirectionnelle et asymétrique

3.1.2. Les virus à ADN simple brin3.2. Virus à ARN

3.2.1. Principaux éléments de la synthèse de l’ARN viral3.2.2. Virus à ARN simple brin de polarité positive3.2.3. Virus à ARN simple brin de polarité négative3.2.4. Virus à ARN ambisens

3.2.5. Virus à ARN double brin3.3. Virus utilisant la transcriptase inverse pour leur multiplication

3.3.1. Virus à ADN3.3.2. Virus à ARN

4. Assemblage, maturation et libération des virusConclusion

Chapitre 3 : Génétique et évolution des virus. Facteurs de virulence

1. Méthodes d’étude de la variabilité des virus1.1. Souches virales étudiées1.2. Marqueurs phénotypiques1.3. Méthodes d’étude de la variabilité antigénique1.4. Méthodes d’étude de la variabilité génétique2. Déterminisme de la variabilité des virus2.1. Les mutations2.2. Les recombinaisons génétiques2.3. Les réassortiments génétiques3. Facteurs de virulence3.1. Généralités3.2. Exemples4. Conséquences de l’évolution génétique chez les virus4.1. Apparition de souches nouvelles4.2. Facteurs d’origine humaine influençant la variabilité virale4.3. Conséquences de l’évolution sur le diagnostic au laboratoire4.4. Conséquences de l’évolution sur la prophylaxie spécifique4.5. Conséquences sur la thérapeutique, la désinfection et l’antisepsie5. Étude synthétique de trois modèles : hiv, grippe, rotavirus5.1. La variabilité du HIV5.2. Le modèle de la grippe5.3. Le modèle des rotavirusConclusion

Chapitre 4 : Réponse de l’organisme à l’infection virale. Interférons

I – Réponse de l’organisme à l’infection virale

1. Défenses ou immunité naturelles1.1. Le macrophage1.2. Cellules NK1.3. Le complément1.4. Réaction inflammatoire (fièvre et chute du pH)2. Réponse immunitaire spécifique2.1. Induction de la réponse

2.1.1. Transformation et présentation des antigènes, complexe majeurd’histocompatibilité (CMH) et récepteurs lymphocytaires2.1.2. Les antigènes viraux

2.1.3. Les lymphocytes T2.1.4. Les cytokines2.1.5. Les lymphocytes B et les anticorps

2.2. Effecteurs de la réponse immunitaire antivirale spécifique2.2.1. Cytolyse immune par les LTC2.2.2. Réaction d’hypersensibilité retardée (HSR)2.2.3. Cytotoxicité à médiation cellulaire dependant d’anticorps (ADCC)2.2.4. Anticorps antiviraux

2.3. Rôles respectifs des anticorps et de la réponse à médiation cellulairedans la prévention et la guérison d’une infection virale

II – Les interférons

1. Gènes et protéines2. 2. Cellules productrices3. Interférons et maladies infectieuses3.1. Infections aiguës3.2. Infections chroniques3.3. Infections du système nerveux central4. Rôle des interférons dans l’infection virale5. Mécanisme de l’activité antivirale des interférons5.1. Protéines antivirales5.2. Résistance à l’effet antiviral6. Autres effets biologiques des interférons6.1. Effet sur la mitose des cellules normales et tumorales6.2. Effet sur la réponse immunitaire6.3. L’activité antitumorale7. Utilisation de l’interféron en thérapeutique7.1. Pharmacocinétique et modes d’administration7.2. Thérapeutique antivirale7.3. Thérapeutique antitumorale

Chapitre 5 : Pathogénèse des infections virales

1. Propagation du virus dans l’organisme1.1. Voies de pénétration

1.1.1. Au niveau cutané1.1.2. Au niveau des muqueuses

1.1.2.1. Muqueuses respiratoires1.1.2.2. Muqueuse oropharyngée1.1.2.3. Muqueuses digestives1.1.2.4. Muqueuses génitales1.1.2.5. Conjonctive

1.1.3. Passage transplacentaire1.2. Diffusion du virus

1.2.1. Système réticulo-histiocytaire1.2.2. Voie lymphatique et sanguine1.2.3. Voie nerveuse

1.3. Organes cibles1.3.1. Facteurs du tropisme

1.3.1.1. Sensibilité1.3.1.2. Permissivité

1.3.2. Les différents organes-cibles1.3.2.1. Peau1.3.2.2. Voies respiratoires1.3.2.3. Tube digestif1.3.2.4. Foie1.3.2.5. Système nerveux1.3.2.6. Œil1.3.2.7. Cœur1.3.2.8. Rein1.3.2.9. Glandes1.3.2.10. Organes lymphoïdes1.3.2.11. Sang et organes hématopoïétiques1.3.2.12. Embryon et fœtus

1.4. Voies d’excrétion1.4.1. Les voies respiratoires1.4.2. La salive1.4.3. Les larmes1.4.4. Les lésions cutanéo-muqueuses1.4.5. Les selles1.4.6. Les urines1.4.7. Les sécrétions génitales1.4.8. Le lait

2. Les différents types d’infection virale2.1. Infections aiguës

2.1.1. Infections aiguës localisées2.1.2. Infections aiguës généralisées

2.2. Infections persistantes2.2.1. Infections latentes2.2.2. Infections chroniques

3. Facteurs intervenant dans la pathogénèse3.1. Facteurs liés au virus

3.1.1. Quantité de virus3.1.2. Voie d’inoculation3.1.3. Cytopathogénicité3.1.4. Échappement du virus à la réponse immunitaire

3.1.4.1. Latence3.1.4.2. Variabilité génétique3.1.4.3. Inhibition de l’expression des molécules du complexe majeurd’histocompatibilité (CMH)

3.1.4. Résistance aux antiviraux3.1.5. Bases moléculaires de la pathogénicité

3.2. Facteurs liés à l’hôte3.2.1. Infections virales et déficits immunitaires

3.2.1.1. Infections virales chez les immunodéprimés3.2.1.2. Déficits immunitaires d’origine virale

3.2.2. Rôle de la réponse immunitaire dans la pathogénèse des infections virales3.2.2.1. Réponse immunitaire non spécifique

3.2.2.1.1. Réaction inflammatoire3.2.2.1.2. Rôle des cytokines

3.2.2.2. Réponse anticorps3.2.2.2.1. Anticorps facilitants3.2.2.2.2. Complexes immuns

3.2.2.3. Réponse cytotoxique

3.2.2.4. Infections virales et auto-immunité4. Physiopathologie de l’infection à hiv4.1. La cytotoxicité virale4.2. Cytotoxicité indirecte : l’apotose ou la mort programmée de la cellule4.3. Lyse CTL-dépendante des cellules infectées4.4. Théorie du Superantigène4.5. Rôle de l’activation cellulaire4.6. Épuisement du système immunitaire4.7. Variabilité des souches4.8. Restauration du système immunitaire sous traitement antirétroviral

Chapitre 6 : Le pouvoir oncogène des virus

1. La notion de pouvoir oncogène2. Immortalisation et transformation2.1. Le virus persiste-t-il dans la cellule ?2.2. Sous quelle forme persiste le génome viral ?

2.2.1. Génome libre ou intégré2.2.2. Génome entier ou partiel

2.3. Quel est le rôle du génome viral dans la transformation ?3. Rétrovirus et oncogènes3.1 Réplication des rétrovirus3.2. Le virus du Sarcome de Rous (RSV) : modèle des rétrovirus oncogènes3.3. Découverte du premier oncogène : l’oncogène viral Src3.4. Du proto-oncogène à l’oncogène3.5. Rôle du virus ALV dans le développement des cancers chez le poulet3.6. les rétrovirus sont des agents transformants particulièrement efficaces4. Des oncogènes viraux aux oncogènes cellulaires5. Rôle des virus dans la genèse des cancers6. Moyens d’étude des tumeurs viro-induites

Chapitre 7 : Épidémiologie des maladies virales, prévention,maîtrise et éradication

I – Épidémiologie des maladies virales

1. Épidémiologie descriptive1.1. Morbidité1.2. Mortalité1.3. Répartition dans le temps1.4. Répartition dans l’espace1.5. Répartition en fonction des caractéristiques des individus1.6. Répartition et survenue des infections virales en fonction de l’environnement2. Chaine épidémiologique de transmission2.1. Les caractéristiques du virus2.2. Le réservoir et la source de virus2.3. La transmission

2.3.1. Les transmissions interhumaines2.3.1.1. La transmission horizontale2.3.1.2. La transmission verticale

2.3.2. Un exemple de transmission complexe : les zoonoses2.3.3. Pour certains virus, les mécanismes de transmission ne sontpas bien élucidés ou sont multiples

2.4. La porte d’entrée2.5. La porte de sortie2.6. L’individu récepteur ou terrain3. Séro-épidémiologie et épidémiologie moléculaire3.1. Surveillance3.2. Épidémiologie analytique : facteurs de risque3.3. Causalité et épidémiologie des maladies virales

3.3.1. Hypothèse monofactorielle : postulat de Koch3.3.2. Hypothèse plurifactorielle : facteurs de confusion (ou cofacteurs,ou tiers facteur)

3. Épidémiologie théorique : modélisation

II – Prévention, maîtrise et éradication des infections virales

1. Prévention1.1. Introduction1.2. Prévention primaire

1.2.1. L’isolement1.2.2. L’hygiène générale1.2.3. Le contrôle des vecteurs1.2.4. L’immunisation : cas particulier de la vaccination

1.3. Prévention secondaire et dépistage1.4. Prévention tertiaire2. Maîtrise et éradication des maladies virales3. Rappels de quelques définitions

Chapitre 8 : Sécurité virale

1. Circonstances d’exposition au risque viral1.2. Personnels de santé1.3. Collectivité2. Évaluation du risque viral2.1. Classes de risques des virus2.2. Facteurs influant sur la pathogénicité des virus2.3. Autres facteurs associés de risque biologique3. Contrôle du risque viral3.1. Cadre législatif et réglementaire3.2. Stratégie générale de contrôle du risque viral3.3. Sécurité virale des médicaments, des produits sanguins labiles, des greffons3.4. Prévention de la transmission virale lors des soins et du travail de laboratoire3.5. Confinement des activités à risqueConclusion

Chapitre 9 : Méthodes de diagnostic en virologie

1. Nature, recueil et transport des prélèvements virologiques2. Techniques de diagnostic direct2.1. Techniques utilisant des cultures cellulaires

2.1.1. Cultures classiques2.1.2. Cultures dites rapides

2.2. Techniques de détection des virus sans culture2.2.1. Détection du virus entier par microscopie électronique2.2.2. Détection directe des constituants antigéniques du virus

2.2.2.1. Immunocytodiagnostic par immunofluorescence (IF) ou immunoperoxydase2.2.2.2. Détection d’antigènes solubles par techniques immunoenzymatiques2.2.2.3. Détection d’antigènes solubles par agglutination de particules de latex

2.2.2. Détection de génomes viraux (virologie moléculaire)2.2.2.1. Détection directe de génomes viraux

2.2.2.1.1. Techniques d’hybridation sans amplification génique2.2.2.1.2. Techniques d’amplification génique

3. Techniques de diagnostic indirect3.1. Techniques détectant des anticorps possédant des propriétés antivirales définies

3.1.1. Techniques de séroneutralisation3.1.2. Techniques d’inhibition de l’hémagglutination

3.2. Techniques détectant des anticorps sans propriétés antivirales définies3.2.1. Techniques d’agglutination3.2.2. Technique de fixation du complément3.2.3. Techniques utilisant un deuxième anticorps marqué

4. Règles d’interprétation d’ordre général des examens virologiques4.1. Données du diagnostic direct4.2. Données du diagnostic indirect5. Indications et limites des examens virologiques

Chapitre 10 : Les antiviraux

1. Cibles des antiviraux1.1. Attachement1.2. Pénétration1.3. Décapsidation1.4. Réplication1.5. Assemblage et libération2. Évaluation de l’activité inhibitrice d’un antiviral2.1. In vitro2.2. In vivo3. Limites de la chimiothérapie antivirale3.1. La résistance3.2. La cytotoxicité3.3. La latence4. Avenir

Chapitre 11 : Antiseptiques et désinfectants

1. Définitions générales

2. Mode d’action des virucides2.1. Définition et mécanisme d’action2.2. Virus sensibles et virus résistants2.3. Charge virale initiale2.4. Autres paramètres importants3. Détermination expérimentale de la virucidie3.1. Principe général3.2. Limites des tests actuels3.3. Les normes4. Principaux produits4.1. Les aldéhydes4.2. Les alcools4.3. Les dérivés chlorés4.4. Les dérivés iodés4.5. La Chlorhexidine4.6. Les agents tensioactifs4.7. Autres produits5. Conditions générales d’utilisation des antiseptiques et désinfectantsen pratique médicale

Chapitre 12 : Utilisation des vecteurs viraux en thérapie génique

1. Qu’est-ce que la thérapie génique2. Méthodes de vectorisation3. Principaux vecteurs viraux3.1. Adénovirus3.2. Virus associés aux adénovirus (Adeno-Associated Virus)3.3. Vecteurs dérivés des rétrovirus3.4. Quelques autres vecteurs viraux4. Les stratégies d’amélioration des vecteurs viraux4.1. Ré-adressage des vesteurs viraux4.2. Adressage transcriptionel5. Conclusion et perspectives

Chapitre 13 : Les vaccins viraux

1. Généralités1.1. Historique1.2. Bases immunologiques de la vaccination

1.2.1. La réponse humorale1.2.2. La réponse cellulaire

1.3. Objectifs généraux et évaluation des stratégies vaccinales1.3.1. Éradication ou contrôle1.3.2. Prévention contre l’infection ou la prévention contre la maladie1.3.3. Évaluation

2. Les vaccins existants2.1. Les vaccins non réplicatifs

2.1.1. Le vaccin grippal

2.1.2. Le vaccin poliomyélitique injectable Salk2.1.3. Le vaccin rabique2.1.4. Vaccin contre l’hépatite A2.1.5. Vaccin contre l’hépatite B2.1.6. Vaccin contre le virus TBE2.1.7. Vaccin contre l’encéphalite japonaise

2.2. Les vaccins réplicatifs à virus vivants atténués2.2.1. Le vaccin contre la rubéole2.2.2. Le vaccin contre les oreillons2.2.3. Le vaccin contre la rougeole2.2.4. Le vaccin poliomyélitique vivant2.2.5. Le vaccin amarile2.2.6. Le vaccin contre la varicelle2.2.7. Les orientations actuelles

2.3. Avantages et inconvénients des vaccins non réplicatifs comparés aux vaccins à virus vivantsatténués

2.3.1. Avantages des vaccins inactivés2.3.2. Inconvénients des vaccins inactivés

3. Les vaccins du futur3.1. Les vaccins sous-unitaires non réplicatifs3.2. Les vaccins réplicatifs

3.2.1. Les vaccins à virus ou bactéries recombinants3.2.2. Les vaccins à base d’ADN

2. Virologie systématique

Chapitre 14 : Picornaviridae

I – Caractères généraux

1. Classification2. Caractères du virus2.1. Structure2.2. Le génome

2.2.1. Variations antigéniques et génétiques2.2.2. Application au diagnostic, à l’identification et à l’épidémiologie

2.3. Résistance physico-chimique et conséquences épidémiologiques3. Pouvoir pathogène

II – Les Rhinovirus

1. Caractères du virus2. Multiplication3. Pouvoir pathogène4. Diagnostic virologique4.1. Le diagnostic direct4.2. Le diagnostic indirect4.3. Indication

6. Traitement

III – Les enterovirus

1. Caractère des virus1.1. Propriétés antigéniques

1.1.1. Poliovirus1.1.2. Entérovirus non poliomyélitiques1.1.3. Souches non typables

1.2. Analyse génétique2. Multiplication3. Épidémiologie3.1. Caractères communs à tous les entérovirus3.2. Épidémiologie des entérovirus non poliomyélitiques3.3. Épidémiologie des poliovirus4. Pouvoir pathogène4.1. Physiopathologie4.2. Pouvoir pathogène chez l’animal4.3. Pouvoir pathogène chez l’homme

4.3.1. Infections aiguës non spécifiques4.3.2. Infections aiguës spécifiques4.3.3. Infections chroniques

5. Diagnostic virologique5.1. Diagnostic direct

5.1.1. Les prélèvements5.1.2. L’isolement des entérovirus sur cultures cellulaires5.1.3. La détection du génome des entérovirus5.1.4. Cas particulier de l’isolement d’un entérovirus identifiécomme étant un poliovirus

5.2. Diagnostic indirect5.3. Indication6. Traitement et prévention6.1. Vaccin inactivé6.2. Vaccin vivant atténué6.3. Recommandations du calendrier vaccinal 2000 en France

Chapitre 15 : Picornaviridae : Le virus de l’hépatite A (HAV)

1. Caractères du virus1.1. Classification et caractères antigéniques1.2. Résistance physico-chimique2. Multiplication3. Épidémiologie4. Pouvoir pathogène5. Diagnostic virologique5.1. Diagnostic direct5.2. Diagnostic indirect5.3. Indication6. Prévention

Chapitre 16 : Caliciviridae

1. Classification2. Caractéristiques virologiques2.1. Morphologie et propriétés physiques2.2. Le génome et les protéines virales3. Multiplication du virus et pathogénèse4. Épidémiologie5. Pouvoir pathogène6. Diagnostic virologique7. Prévention

Chapitre 17 : Le virus de l’hépatite E

1. Caractéristiques du virus1.1. Structure et classification1.2. Organisation et variabilité génétique du HEV2. La multiplication virale est mal connue3. Pouvoir pathogène3.1. Physiopathologie3.2. Clinique et biologie4. Le diagnostic virologique5. Épidémiologie et prévention6. Traitement

Chapitre 18 : Astroviridae

1. Classification2. Caractéristiques virologiques2.1. Morphologie et propriétés physiques2.2. Le génome et les protéines virales3. Multiplication du virus4. Épidémiologie5. Pouvoir pathogène6. Diagnostic virologique7. Traitement et prévention

Chapitre 19 : Coronaviridae

I – les Coronavirus humains (HCoV)

1. Caractères du virus1.1. Structure physico-chimique1.2. Multiplication

1.1.1. Animaux sensibles1.1.2. Culture du virus1.1.3. Réplication in vitro1.1.4. Évolution

1.3. Propriétés antigéniques2. Épidémiologie, pouvoir pathogène3. Diagnostic biologique

II – Torovirus

1. Caractéristiques du virion2. Pouvoir pathogène3. Méthodes de diagnostic

Chapitre 20 : TogaviridaeLes Alphavirus

1. Écologie des arboviroses2. Pouvoir pathogène2.1. Les infections à alphavirus à symptomatologie articulaire.Quatre principaux virus sont à considérer

2.1.1. Le virus du Chikungunya2.1.2. Le virus de l’O’nyong-nuyong2.1.3. Le virus Ross River2.1.4. Le virus Sindbis

2.2. Les encéphalites à alphavirus2.2.1. Le plus neuropathogène est le virus de l’encéphalite équine de l’Est (des USA) (EEE)2.2.2. Le virus de l’encéphalite équine de l’Ouest (des USA) (WEE)2.2.3. Le virus de l’encéphalite équine du Vénézuela (VEE)

3. Diagnostic biologique3.1. L’isolement du virus3.2. Le diagnostic sérologique4. Prévention

Chapitre 21 : Togaviridae : Le virus de la rubéole

1. Caractèristiques du virus1.1. Structure physico-chimique et antigénique1.2. Multiplication au laboratoire2. Épidémiologie3. Pouvoir Pathogène3.1. La rubéole de l’enfant et de l’adulte3.2. La rubéole congénitale4. Diagnostic biologique4.1. La recherche du virus par l’isolement en cultures de cellules4.2. Le titrage des anticorps rubéoliques dans le sérum total4.3. La recherche des IgM rubéoliques

4.3.1. La distinction, chez une femme enceinte, entre primo-infectioninapparente, dangereuse pour l’enfant, et réinfection, en principesans danger4.3.2. Le retard à l’examen d’une femme enceinte victime d’une éruptionou d’un contage suspect et présentant un titre d’anticorps rubéoliquesnotable et en plateau4.3.3. Le diagnostic de rubéole congénitale chez le nouveau-né4.3.4. La recherche des IgM rubéoliques n’est pas indiquée pour un titreélevé d’anticorps à l’examen systématique d’une femme enceinte

4.4. Pour clore le diagnostic sérologique5. Traitement et prévention

Chapitre 22 : Flaviviridae : Les Flavivirus

1. Caractéristiques des virus2. Épidémiologie3. Caractéristiques spécifiques selon les virus3.1. Virus de la fièvre jaune

3.1.1. Pouvoir pathogène3.1.2. Épidémiologie3.1.3. Diagnostic biologique3.1.4. Prévention et traitement

3.2. Le virus de la dengue3.2.1. Pouvoir pathogène3.2.2. Épidémiologie3.2.3. Diagnostic biologique3.2.4. Prévention et traitement

3.3. Le virus de l’encéphalite transmise par les tiques (TBEV)3.3.1. Pouvoir pathogène3.3.2. Épidémiologie3.3.3. Diagnostic biologique3.3.4. Prévention et traitement

Chapitre 23 : Flaviviridae : Le Virus de l’Hépatite C

1. Caractères du virus1.1. Identification du virus de l’hépatite C (HCV)1.2. Structure1.3. Organisation génomique et cycle réplicatif1.4. Variabilité génétique du HCV2. Épidémiologie2.1. Modes de contamination

2.1.1. Transmission parentérale2.1.2. Transmission sexuelle2.1.3. Transmission « intra-familiale »2.1.4. Transmission mère-enfant2.1.5. Infections « sporadiques »

2.2. Groupes à risque2.3. Prévalence des marqueurs d’infection par le HCV dans le monde2.4. Épidémiologie moléculaire

3. Infection humaine3.1. Pathologies hépatiques

3.1.1. Infection aiguë3.1.2. Infection chronique

3.2. Manifestations extra-hépatiques4. Diagnostic au laboratoire4.1. Diagnostic indirect

4.1.1. Tests de dépistage4.1.2. Tests de validation

4.2. Diagnostic direct4.2.1. Techniques de détection qualitative de l’ARN du HCV4.2.2. Méthodes de quantification de l’ARN viral4.2.3. Techniques de génotypage4.2.4. Indications de ces techniques

5. Diagnostic des hépatites C en pratique5.1. Hépatite aiguë5.2. Hépatite chronique6. Traitement – Prévention6.1. Traitement des hépatites chroniques C par l’interféron

6.1.1. Après arrêt du traitement6.1.2. Facteurs prédictifs de réponse6.1.3. Amélioration de l’efficacité du traitement par la bithérapieinterféron-ribavirine6.1.4. Tolérance du traitement6.1.5. Cas particuliers

6.2. Autres traitements des hépatites chroniques C6.3. Traitement des hépatites aiguës C6.4. Transplantation hépatique6.5. Prévention – VaccinationConclusion

Chapitre 24 : Flaviviridae : Le Virus de l’Hépatite G (HGV)

1. Caractéristiques du virus1.1. Identification du virus de l’hépatite G ou GBV-C (GBV)1.2. Structure1.3. Organisation génomique et cycle réplicatif1.4. Variabilité génétique du virus de l’hépatite G2. Épidémiologie2.1. Modes de contamination

2.1.1. Transmission parentérale2.1.2. Autres modes d’infection

2.2. La prévalence de l’infection par le virus de l’hépatite G a étédéterminée dans des populations sélectionnées3. Infection humaine4. Diagnostic5. Traitement

Chapitre 25 : Bornaviridae

1. Classification et spectre d’hôte2. Caractéristiques virologiques2.1. Morphologie et propriétés physiques2.2. Le génome et les protéines virales3. Multiplication du virus4. Épidémiologie5. Pouvoir pathogène5.1. Pathogenèse5.2. Caractères cliniques de l’infection naturelle6. Diagnostic virologique6.1. L’isolement du virus ou la détection de ses constituants (antigènes ou génome) relèveactuellement de laboratoires spécialisés6.2. Les méthodes sérologiques

Chapitre 26 : Filoviridae : Les virus de Marburg et Ébola

1. Historique – Épidémiologie1.1. Marburg1.2. Ébola2. Caractéristiques des virus3. Épidémiologie4. Pouvoir pathogène5. Diagnostic biologique5.1. Diagnostic virologique direct5.2. Diagnostic indirect6. Prévention – Contrôle

Chapitre 27 : Rhabdoviridae : Le virus de la rage

1. Classificatio2. Caractères du virus : modèle du virus rabique2.1. Morphologie et propriétés physico-chimiques2.2. Structures et propriétés antigéniques

2.2.1. Le génome2.2.2. Les protéines virales2.2.3. Propriétés antigéniques

3. Multiplication4. Épidémiologie du virus rabique4.1. Situation de la rage dans le Monde4.2. Situation en France5. Pouvoir pathogène5.1. Mode de contamination chez l’homme5.2. Manifestations cliniques chez l’homme5.3. Rage animale6. Diagnostic virologique6.1. Les prélèvements

6.1.1. Recueil chez le malade

6.1.2. Recueil chez l’animal6.1.3. Expédition des prélèvements

6.2. Techniques diagnostiques6.2.1. Diagnostic direct

6.2.1.1. Techniques d’immunofluorescence (IF) ou immunoperoxydase6.2.1.2. Isolement viral6.2.1.3. Techniques moléculaires6.2.1.4. Analyse histologique

6.2.2. Diagnostic indirect6.3. Le diagnostic de rage

6.3.1. Diagnostic post mortem de la rage chez l’homme et les animaux6.3.2. Diagnostic ante mortem de la rage humaine

7. Traitement7.1. Traitement en post-exposition

7.1.1. Le traitement de la blessure7.1.2. Le traitement antirabique

7.1.2.1. La vaccination antirabique7.1.2.2. La sérothérapie

7.2. Prophylaxie7.2.1.Vaccination chez l’Homme

7.2.1.1. Indications7.2.1.2. Vaccins et protocoles vaccinaux

7.2.2. Prévention de la rage chez la faune sauvage7.2.3. Prévention chez les animaux domestiques

Chapitre 28 : Paramyxoviridae

I – Virus Respiratoire Syncytial

1. Caractèristiques du virus1.1. Structure physicochimique1.2. Propriétés antigéniques1.3. Multiplication au laboratoire2. Épidémiologie3. Pouvoir pathogène3.1. Physiopathologie3.2. Caractères cliniques4. Diagnostic biologique4.1. Le diagnostic par détection du virus en culture est moins utilisé que la recherche desantigènes viraux qui permet un diagnostic rapide4.2. Le diagnostic par titrage des anticorps anti-RSV a peu d’intérêt chez l’enfant7. Traitement et prévention

II – Virus para-influenza

1. Caractèristiques du virus1.1. Structure physico-chimique1.2. Propriétés antigéniques1.3. Multiplication2. Épidémiologie

3. Pouvoir pathogène4. Diagnostic biologique4.1. Diagnostic direct et isolement

4.1.1. Prélèvements4.1.2. Diagnostic direct4.1.3. Isolement en cultures

4.2. Titrage des anticorps5. Traitement et prévention

III – Virus ourlien

1. Caractères du virus1.1. Structure physicochimique1.2. Propriétés antigéniques1.3. Multiplication au laboratoire2. Épidémiologie3. Pouvoir pathogène3.1. Physiopathologie3.2. Caractères cliniques4. Diagnostic biologique4.1. Diagnostic non spécifique4.2. Diagnostic direct4.3. Diagnostic par titrage d’anticorps5. Traitement et prévention

IV – Virus de la Rougeole

1. Caractéristiques du virus1.1. Structure physico-chimique1.2. Propriétés antigéniques1.3. Multiplication2. Épidémiologie3. Pouvoir pathogène3.1. Physiopathologie3.2. Caractères cliniques4. Diagnostic biologique4.1. Diagnostic direct4.2. Diagnostic indirect4.3 Diagnostic des complications neurologiques5. Traitement et prévention5.1. Traitement5.2. Prévention

V – Virus Hendra et Nipah

1. Classification1.1. Virus Hendra1.2. Virus Nipah2. Distribution géographique3. Manifestations cliniques

4. Diagnostic5. Traitement

Chapitre 29 : Orthomyxoviridae : les virus influenza

1. Caractères du virus1.1. Structure physico-chimique1.2. Multiplication

1.2.1. Culture du virus1.2.2. Multiplication chez l’animal

1.3. Propriétés antigéniques1.3.1. Les antigènes internes1.3.2. Les antigènes d’enveloppe1.3.3. Les variations antigéniques1.3.4. Origine des virus influenza

2. Épidémiologie3. Pouvoir pathogène3.1. Physiopathologie3.2. Caractères cliniques4. Diagnostic biologique4.1. Diagnostic virologique direct4.2. Diagnostic sérologique indirect5. Traitement et prévention5.1. Traitement5.2. Prévention

Chapitre 30 : Bunyaviridae

1. Caractères du virus1.1. Morphologie1.2. Propriétés physico-chimiques2. Propriétés biologiques3. Pouvoir pathogène3.1. Genre Orthobunyavirus3.2. Genre Hantavirus

3.2.1. Le virus Hantaan3.2.2. Le virus Sin Nombre (Virus Hantaan du syndrome pulmonaire)3.2.3. Le virus Puumala3.2.4. Le virus Séoul

3.3. Genre Nairovirus3.4. Genre Phlebovirus4. Diagnostic de laboratoire4.1. Diagnostic direct4.2. Diagnostic indirectConclusion

Chapitre 31 : Arenaviridae

1. Caractéristiques des virus1.1. Structure1.2. Propriétés biologiques2. Pouvoir pathogène2.1. Virus de la chorioméningite lymphocytaire2.2. Fièvre de Lassa2.3. Fièvre hémorragique d’Argentine2.4. Fièvre hémorragique de Bolivie3. Diagnostic3.1. Chorioméningite lymphocytaire3.2. Fièvre de Lassa3.3. Fièvres hémorragiques d’Amérique du Sud4. Épidémiologie5. Traitement5.1. Traitement antiviral5.2. Sérothérapie6. Prévention

Chapitre 32 : Reoviridae

I – Reovirus

II – Orbivirus

III – Coltivirus

1. Le virus de la fièvre à tique du Colorado1.1. Épidémiologie et cycle biologique1.2. Pouvoir pathogène1.3. Diagnostic virologique2. Les virus apparentés

IV – Les rotavirus

1. Classification2. Caractéristiques virologiques2.1. Morphologie2.2. Le génome2.3. Les protéines et caractères antigéniques3. Multiplication du virus4. Épidémiologie5. Pouvoir pathogène5.1. Physiopathologie

5.1.1. Les facteurs de virulence5.1.2. Tropisme et histopathologie5.1.3. Mécanisme de la diarrhée

5.2. Caractères cliniques6. Diagnostic virologique

7. Traitement et prévention7.1. Prévention non spécifique7.2. Prévention spécifique

Chapitre 33 : Circinoviridae : Virus Transmissible par Transfusion (TTV)

1. Classification et structure2. Épidémiologie3. Pouvoir pathogène3.1. Expérimental chez l’animal3.2. Chez l’homme4. Diagnostic virologique5. Prévention et traitementConclusion

Chapitre 34 : Parvoviridae : Le Parvovirus B19

1. Classification2. Épidémiologie3. Pouvoir pathogène3.1. Infection expérimentale3.2. Infections à parvovirus B19 chez l’homme

3.2.1. Infections chez l’homme sain3.2.1.1. La primo-infection à parvovirus B19 chez l’enfant : le mégalérythèmeépidémique3.2.1.2. La primo-infection à parvovirus B19 chez l’adulte : les manifestationsarticulaires

3.2.2. Erythroblastopénie aiguë3.2.2.1. Parvovirus B19 et érythroblastes in vitro3.2.2.2. Aspects cliniques de la crise d’érythroblastopénie aiguë à parvovirus B19

3.2.3. Infection chronique à parvovirus B193.2.4. Infection materno-fœtale

3.2.4.1. Épidémiologie de l’infection materno-fœtale3.2.4.2. Manifestations cliniques de l’infection materno-fœtale à parvovirus B193.2.4.3. Conduite à tenir en cas d’infection à parvovirus B19 pendant la grossesse

4. Diagnostic virologique4.1. Diagnostic de la primo-infection à parvovirus B19 : la sérologie4.2. Diagnostic virologique des infections persistantes à parvovirus B19 :l’amplification génique (PCR)4.3. Diagnostic virologique de l’infection materno-fœtale à parvovirus B19 :la PCR

Chapitre 35 : Poxviridae

1. Classification2. Caractères du virus3. Multiplication4. Pouvoir pathogène des différents Poxvirus

4.1. Orthopoxvirus4.2. Parapoxvirus4.3. Molluscipoxvirus4.4. Yatapoxvirus5. Diagnostic virologique6. Utilisation des Poxvirus comme vecteur de gènes

Chapitre 36 : Adenoviridae : Les adénovirus humains

1. Taxonomie2. Caractères du virus3. Multiplication3.1. Multiplication in vitro3.2. Les propriétés transformantes4. Pouvoir pathogène5. Diagnostic virologique5.1. Les prélèvements5.2. Diagnostic direct5.3. Diagnostic indirect5.4. Interprétation des résultats6. Adenovirus et thérapie génique

Chapitre 37 : Polyomaviridae

1. Caractères du virus1.1. Structure1.2. Propriétés antigéniques1.3. Multiplication2. Épidémiologie3. Pouvoir pathogène3.1. Physiopathologie3.2. Caractères cliniques

3.2.1. Leucoencéphalopathie multifocale progressive (LEMP)3.2.2. Infections de l’appareil urinaire3.2.3. Polyomavirus et tumeurs humaines

4. Diagnostic virologique4.1. La microscopie électronique4.2. Le cytodiagnostic et l’immunocytodiagnostic4.3. L’isolement du virus4.4. Les méthodes de biologie moléculaire4.5. Le diagnostic sérologique5. Traitement

Chapitre 38 : Papillomaviridae : Les Papillomavirus humains

1. Caractères du virus2. Multiplication

3. Épidémiologie4. Pouvoir pathogène4.1. Papillomavirus et cancer

4.1.1. L’épidermodysplasie verruciforme4.1.2. HPV et cancer du col utérin

4.2. Manifestations cliniques et génotypes impliqués4.2.1. Verrues cutanées4.2.2. Épidermodysplasie verruciforme4.2.3. Infections du tractus génital4.2.4. Les muqueuses orale et laryngée

5. Diagnostic virologique6. Traitement

Chapitre 39 : Herpesviridae : Caractères généraux

1. Classification2. Caractères du virus3. Multiplication virale

Chapitre 40 : Herpesviridae : Le virus herpes simplex

1. Caractères du virus2. Multiplication3. Épidémiologie4. Pouvoir pathogène4.1. Physiopathologie4.2. Manifestations cliniques

4.2.1. Primo-infection par HSV-14.2.2. Primo-infection par HSV-24.2.3. Infections oculaires4.2.4. L’encéphalite herpétique4.2.5. Infection néo-natale4.2.6. Infections herpétiques chez l’immunodéprimé4.2.7. Herpès cutané

5. Diagnostic virologique5.1. Diagnostic direct5.2. Diagnostic indirect5.3. Indication des examens6. Traitement et prévention6.1. Traitement6.2. Prévention

Chapitre 41 : Herpesviridae : Virus de la Varicelle et du Zona

1. Généralités2. Aspects virologiques3. Épidémiologie

4. Clinique4.1. Varicelle

4.1.1. Forme commune4.1.2. Formes compliquées

4.2. Zona5. Physiopathologie6. Diagnostic biologique6.1. Diagnostic virologique6.2. Diagnostic sérologique7. Prévention8. Traitement

Chapitre 42 : Herpesviridae : Le cytomégalovirus humain

1. Caractères du virus2. Multiplication3. Épidémiologie4. Pouvoir pathogène4.1. Physiopathologie4.2. Manifestations cliniques

4.2.1. La primo-infection postnatale du sujet sans déficit immunitaire4.2.2. La transmission materno-fœtale et l’infection périnatale4.2.3. L’infection à CMVH après allogreffe d’organe ou de moelle4.2.4. L’infection à CMVH au cours du SIDA

5. Diagnostic virologique5.1. Diagnostic direct5.2. Diagnostic indirect5.3. Comment utiliser ces méthodes du diagnostic virologique ?6. Traitement et prévention6.1.Traitement6.2. Prévention

Chapitre 43 : Herpesviridae : Virus Epstein-Barr

1. Les manifestations cliniques1.1. La mononucléose infectieuse1.2. La leucoplasie chevelue de la langue1.3. Les manifestations malignes du sujet immunocompétent

1.3.1. Le lymphome de Burkitt1.3.2. Le carcinome du nasopharynx1.3.3. La maladie de Hodgkin1.3.4. Le lymphome T centrofacial

1.4. Les manifestations malignes du sujet immunodéprimé1.4.1. Le syndrome lymphoprolifératif lié au chromosome X1.4.2. Les lymphomes

2. Le cycle réplicatif2.1. Protéines exprimées pendant la phase de latence

2.2. Le cycle lytique2.3. Analyse du cycle viral dans les lignées immortalisées

2.3.1. Les lignées lymphoblastoïdes 2.3.2. Les lignées dérivées de lymphome de Burkitt

3. Le cycle du virus Epstein-Barr chez l’homme4. Réponse immunitaire5. Moyens d’étude de l’EBV chez le sujet normal et en pathologie5.1. Primo-infection et mononucléose infectieuse5.2. Infection latente, réactivation, infection chroniqueConclusion

Chapitre 44 : Herpesviridae : Les Herpesvirus humains 6, 7 et 8

I – Herpes virus humain 6

1. Caractères du virus1.1. Structure1.2. Polymorphisme génétique2. Multiplication3. Épidémiologie4. Pouvoir pathogène4.1. Primo-infection4.2. Manifestations cliniques liées à la persistance de l’infection5. Diagnostic virologique5.1. Diagnostic direct5.2. Diagnostic indirect6. Traitement

II – Herpes virus humain 7

1. Caractères du virus2. Multiplication3. Épidémiologie4. Pouvoir pathogène5. Diagnostic virologique

III – Herpes virus humain 8

1. Caractères du virus2. Épidémiologie3. Pouvoir pathogène4. Diagnostic virologique

Chapitre 45 : Hepadnaviridae : Le virus de l’hépatite Bet Le virus satellite delta

I – Le virus de l’hépatite B (HBV)

1. Classification2. Caractéristiques du virus2.1. Structure

2.1.1. Le génome2.1.1.1. Organisation du génome2.1.1.2. Variabilité génétique

2.1.2. Les protéines virales2.1.2.1. Les protéines d’enveloppe sont composées de 3 formes différentes2.1.2.2. La protéine de capside C et la protéine portant l’antigène HBe2.1.2.3. La polymérase virale2.1.2.4. La protéine X

3. Multiplication3.1. Le cycle cellulaire du virus de l’hépatite B3.2. Transcription du génome4. Épidémiologie5. Pouvoir pathogène5.1. Physiopathologie5.2. Manisfestations cliniques

5.2.1. La primo-infection5.2.2. L’infection chronique5.2.3. Virus de l’Hépatite B et cancer

6. Diagnostic virologique6.1. Marqueurs directs du diagnostic virologique6.2. Marqueurs indirects du diagnostic virologique6.3. Interprétation des résultats des examens de laboratoire

II – Le virus satellite D ou delta (HDV)

1. Caractéristiques du virus1.1. Structure

1.1.1. Le génome1.1.2. Les protéines virales

1.2. Multiplication2. Épidémiologie3. Pouvoir pathogène3.1. Physiopathologie3.2. Manifestations cliniques

3.2.1. Le schéma classique : la co-infection et la surinfection3.2.2. HDV et carcinome hépatocellulaire3.2.3. HDV et immunodépression

4. Diagnostic virologique4.1. Détection de l’Ag HD4.2. Détection des anticorps4.3. Détection du génome viral4.4. Interprétation des marqueurs d’infection dans le sérum5. Traitement et prévention de l’hépatite B et de l’hépatite D5.1. Traitement des infections chroniques

5.1.1. Les Interférons (IFN)

5.1.2. La vidarabine et la vidarabine mono-phosphate5.1.3. Les nouvelles thérapeutiques

5.2. Traitement des infections très sévères5.3. Prévention

5.3.1. Prévention de l’infection par le HBV5.3.1.1. L’ancien vaccin inactivé5.3.1.2. Les vaccins obtenus par recombinaison génétiques

5.3.2. Prévention de l’infection par le HDV

Chapitre 46 : Retroviridae : Les virus de l’Immunodéficience Humaine (HIV)

1. Caractéristiques des virus1.1. Structure physico-chimique

1.1.1. Morphologie ; structures génétique et antigénique1.1.1.1. Virus HIV-11.1.1.2. Virus HIV-2

1.1.2. Variabilité génétique. Origine du HIV1.1.3. Stabilité physico-chimique

1.2. Multiplication du HIV1.2.1. Cycle de multiplication1.2.2. Effet cytopathique du HIV

2. Pouvoir pathogène2.1. Infection humaine2.2. Pouvoir pathogène expérimental3. Épidémiologie3.1. Caractère pandémique3.2. Transmission4. Diagnostic virologique4.1. Dépistage et confirmation4.2. Recherche d’une antigénémie4.3. Isolement du virus4.4. Diagnostic moléculaire

4.4.1. Recherche qualitative par amplification génique (PCR = Polymerase Chain Reaction)4.4.2. Détermination de la charge virale4.4.3. Recherche de mutations associées à une résistance aux antiviraux

4.5. Problèmes liés à la diversité du HIV4.6. Diagnostic virologique de l’infection à HIV chez le nouveau-né et le nourrisson5. Traitement et prévention5.1. Traitement5.2. Prévention

Chapitre 47 : Les virus HTLV (Human T-cell Lymphotropic Virus)

1. Caractéristiques virologiques1.1. Organisation génomique1.2. Variabilité nucléotidique2. Multiplication virale

3. Épidémiologie3.1. Transmission3.2. Distribution et prévalence de l’infection4. Pouvoir pathogène4.1. Mécanismes de la transformation4.2. Manifestations cliniques

4.2.1. Leucémie à cellules T de l’adulte ou « Adult T Cell Leukemia » ou ATL4.2.2. Paraparésie spastique tropicale (PST) ou « Tropical Spastic Paraparesis » (TSP) ou « HTLVAssociated Myelopathy » (HAM)4.2.3. Autres pathologies

5. Diagnostic virologique6. Traitement et prévention

Chapitre 48 : Les agents transmissibles non conventionnels ou prions

1. Caractérisation biochimique et propriétés physico-chimiques des ATNC2. Propagation des ATNC2.1. Les hypothèses faisant appel à un génome indépendant2.2. Les hypothèses faisant appel à une composition exclusivement protéique de l’agent3. Épidémiologie des maladies humaines à prions4. Pouvoir pathogène4.1. Physiopathologie des ESST4.2. Clinique des encéphalopathies subaiguës spongiformes transmissibles humaines

4.2.1. Le Kuru4.2.2. La maladie de Creutzfeldt-Jakob4.2.3. Le syndrome de Gerstmann-Straüssler-Scheinker4.2.4. L’insomnie fatale familiale (I.F.F.)

4.3. La génétique des formes familiales d’ESST5. Diagnostic des ESST humaines6. Traitement et prévention6.1. Traitement6.2. Prévention

3. Grands syndromes

Chapitre 49 : Infections virales respiratoires

1. Les virus respiratoires2. Expression clinique des infections virales respiratoires3. Infections du sujet immunocompétent4. Pneumopathies du sujet immunodéprimé

Chapitre 50 : Les gastro-entérites virales

1. Les agents responsables des gastro-entérites2. Données cliniques et épidémiologiques3. Les gastro-entérites virales doivent être différenciées des autres étiologiesDiagnostic biologique

Chapitre 51 : Les hépatites d’étiologie virale

1. Les virus2. Les hépatites virales2.1. Les hépatites virales aiguës

2.1.1. Les formes cliniques2.1.2. Le diagnostic virologique de l’hépatite aiguë

2.2. Les hépatites virales chroniques2.2.1. Clinique2.2.2. Biochimie2.2.3. Anatomopathologie2.2.4. Le diagnostic virologique

2.2.4.1. Le virus de l’Hépatite C2.2.4.2. Le virus de l’Hépatite B

3. Traitement3.1. Le traitement préventif est fondamental

3.1.1. Vaccinations3.1.2. Les autres mesures

3.2. Le traitement curatif varie en fonction du virus infectant3.3. La transplantation hépatique

Chapitre 52 : Diagnostic des infections virales neuro-méningées

1. Éléments du diagnostic virologique1.1. Diagnostic direct1.2. Diagnostic indirect

1.2.1. Dosage de l’interféron alpha dans le LCR1.2.2. Sérologie

1.3. Interprétation des résultats2. Diagnostic étiologique des méningites virales3. Diagnostic étiologique des encéphalites virales aiguës3.1. Encéphalites primitives

3.1.1. L’encéphalite herpétique3.1.2. Les autres virus responsables d’encéphalites primitives3.1.3. Encéphalites aiguës du sujet immunodéprimé

3.2. Encéphalites post-infectieuses4. Diagnostic étiologique des myélites aiguës4.1. Myélites aiguës par agression virale directe

4.1.1. La poliomyélite4.1.2. Myélites des sujets immunodéprimés

4.2. Myélites aiguës post-infectieuses5. Diagnostic étiologique des encéphalites et encéphalomyélites subaiguës virales5.1. La LESS5.2. La LEMP

5.3. La myélite due au virus HTLV-15.4. L’encéphalite due au HIV5.5. Diagnostic différentiel : les encéphalopathies dues aux agents non conventionnels

Chapitre 53 : Pathologie gynécologique viro-induites

1. L’infection génitale à papillomavirus humain (HPV)1.1. Prévalence des infections à Papillomavirus1.2. Transmission de la mère à l’enfant1.3. Pathologie

1.3.1. Les Condylomes ano-génitaux1.3.2. Néoplasies intra-épithéliales (NIE)

1.3.2.1. Col de l’utérus1.3.2.2. Autres localisations anogénitales

1.4. Intérêt du typage viral dans la démarche diagnostique et thérapeutique1.5. Traitement

1.5.1. Traitements topiques1.5.2. Traitements médico-chirurgicaux1.5.3. Traitements systémiques

1.6. Conclusion2. Infection génitale à herpes virus2.1. Épidémiologie

2.1.1. Les infections génitales symptomatiques2.1.2. Séroprévalence HSV-1 et HSV-2

2.2. Clinique2.2.1. La primo-infection2.2.2. Les récurrences génitales2.2.3. Les formes atypiques2.2.4. Les formes sévères

2.2.4.1. Syndrome de Kaposi-Juliusberg2.2.4.2. L’immunodépression congénitale ou acquise

Chapitre 54 : Infections virales congénitales et périnatales

1. Généralités2. La rubéole congénitale3. L’herpès néonatal4. L’infection à cytomégalovirus (CMV)5. Le virus de la varicelle et du zona (VZV)6. Le virus de l’immunodéficience humaine type 1 (HIV-1)7. L’hépatite B8. Le Parvovirus humain B199. Virus divers9.1. Le virus de la rougeole9.2. Le virus ourlien9.3. Les poliovirus9.4. Coxsackie et échovirus

Chapitre 55 : Les Dermatoses virales

1. Érythèmes1.1. Érythèmes morbilliformes

1.1.1. Rougeole1.1.2. Mononucléose infectieuse1.1.3. Érythème à entérovirus

1.2. Exanthèmes roséoliformes1.2.1. Rubéole1.2.2. Exanthème subit ou 6e maladie (encore appelé roséole infantile)

1.3. Érythèmes de topographie particulière1.3.1. Mégalérythème épidémique1.3.2. Syndrome pieds-mains-bouche1.3.3. Exanthème unilatéral thoracique1.3.4. Syndrome en gants et chaussettes1.3.5. Pityriasis rosé de Gilbert1.3.6. Syndrome de Gianotti-Crosti

2. Affections vésiculeuses2.1. L’herpangine réalise une gingivo-stomatite2.2. L’herpès cutanéomuqueux (virus herpès simplex)2.3. La varicelle2.4. Le zona2.5. Virus de l’hépatite C3. Tumeurs3.1. Papillomes viraux3.2. Sarcome de Kaposi3.3. Pox et parapoxvirus

3.3.1. Variole3.3.2.Vaccine3.3.3. Molluscum contagiosum (MC)3.3.4. Orf3.3.5. Nodules des trayeurs

3.4. Affections dues aux rétrovirus

Chapitre 56 : Médecine interne et virus

I – Virus, maladies systémiques et rhumatologie

1. Lupus érythémateux systémique2. Syndrome de Gougerot-Sjögren (SGS)2.1. La physiopathologie de cette exocrinopathie auto-immune resteencore mal connue2.2. Différents virus sialotropes sont incriminés3. Vascularites3.1. Physiopathologie3.2. Périartérite noueuse et HBV

3.3. Cryoglobulinémie, HBV et HCV3.4. Vascularite et HIV3.5. Vascularites virales non liées au HBV, HCV et HIV4. Polyarthrite rhumatoïde5. Myosites6. Affections diverses6.1. Des spondylarthropathies6.2. La maladie de Still de l’adulte (MSA)6.3. Le syndrome de fatigue chronique et le syndrome fibromyalgique

II – Affections spécifiques d’organe et virus

1.1. Hypophyse1.2. Thyroïde1.3. Parathyroïdes1.4. Surrénales1.5. Gonades2. Diabète et virus2.1. Diabète insulinodépendant, de type 12.2. Diabète non-insulinodépendant, de type 2 (DNID)3. Cœur et virus3.1. Myocardites3.2. Péricardites aiguës4. Rein et virus4.1. Néphropathies glomérulaires4.2. Les complications rénales de l’infection HIV sont diverses, tant sur le plan clinique quemorphologique4.3. Par ailleurs, l’infection du greffon rénal par le CMV est capable d’engendrer des lésions derejet aigu4.4. La fièvre hémorragique avec syndrome rénal (FHSR)4.5. D’autres infections virales peuvent toucher le rein5. Hématologie et virus5.1. Hyperleucocytoses5.2. Cytopénies5.3. Le syndrome d’activation macrophagique (SAM)5.4. Le purpura thrombotique thrombocytopénique et le syndrome hémolytique et urémique

Chapitre 57 : Les Infections Virales chez le Sujet Immunodéprimé

1. Les déficits immunitaires1.1. Déficits de l’immunité naturelle1.2. Déficits de l’immunité spécifique

1.2.1. Déficits de l’immunité à médiation humorale1.2.2. Déficits de l’immunité à médiation cellulaire

1.2.2.1. Déficits congénitaux1.2.2.2. Déficits acquis

2. Virus impliqués dans les infections chez les immunodéprimés2.1. Herpesviridae

2.1.1. Herpes simplex virus 1 et 2 (HSV-1 et 2)2.1.2. Virus Varicelle-Zona (VZV)2.1.3. Cytomégalovirus (CMV)

2.1.3.1. Transplantés2.1.3.2. SIDA

2.1.4. Virus Epstein-Barr (EBV)2.1.4.1. Déficits immunitaires congénitaux2.1.4.2. Transplantés2.1.4.3. SIDA

2.1.5. Herpesvirus humain 6 et 7 (HHV-6, HHV-7)2.1.6. Herpesvirus humain 8 (HHV-8)

2.2. Papillomaviridae2.3. Polyomaviridae : virus BK et JC2.4. Autres virus

2.4.1. Adénovirus2.4.2. Virus respiratoire syncytial2.4.3. Rotavirus2.4.4. Entérovirus2.4.5. Parvovirus B192.4.6. Virus de l’hépatite B (HBV)2.4.7. Virus de l’hépatite C (HCV)

3. Particularités du diagnostic virologique chez l’immunodéprimé3.1. Sérodiagnostics3.2. Surveillance de l’infection à CMV

Chapitre 58 : Les infections nosocomiales virales

1. Caractéristiques des infections nosocomiales virales1.1. Les infections nosocomiales virales sont dues à des souches communautaires1.2. La durée d’incubation du virus concerné est décisive pour définir une infection nosocomialevirale1.3. La transmission des infections nosocomiales s’effectue selon les modes épidémiologiquesclassiques1.4. Mesures générales de prévention des infections nosocomiales2. Infections nosocomiales selon le terrain et prévention adaptée2.1. Les infections nosocomiales en pédiatrie2.2. Les infections chez les immunodéprimés2.3. Les infections nosocomiales chez les personnes âgées2.4. Les infections nosocomiales et matériel d’endoscopie2.5. Les infections nosocomiales en hémodialyse chronique

2.5.1. La transmission manuportée2.5.2. La transmission par le générateur

Chapitre 59 : Voyages et risque viral

1. Quels sont les risques viraux ?1.1. Les infections virales de répartition ubiquitaire1.2. Les infections virales de répartition géographique limitée

1.2.1. Les arboviroses1.2.2. Autres infections virales

2. Prévention des infections virales2.1. Pour toutes destinations : règles générales d’hygiène (valableségalement pour la prévention des infections bactériennes et parasitaires)2.2. Vaccinations recommandées pour tous voyageurs2.3. Vaccinations spécifiques selon la destination