Rapport 2015

Institut Pasteur de Tunis

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Sommaire Edito du Directeur Gnral ......................................................................................... 2

LInstitut Pasteur de Tunis .......................................................................................... 4

Gouvernance .............................................................................................................. 5

Liste des laboratoires, services et comits en 2015 ................................................... 8

Les chiffres de lInstitut Pasteur de Tunis en 2015 ................................................... 10

Equipes de recherche ............................................................................................... 16

Services dinvestigation clinique et de sant publique ............................................ 104

Production de vaccins et srums thrapeutiques ................................................... 148

Soutien technique ................................................................................................... 159

Soutien logistique ................................................................................................... 177

Comits .................................................................................................................. 190

Administration ......................................................................................................... 201

Annexes.................................................................................................................. 211

2

Edito du Directeur Gnral

L'anne 2015 a t marque par la ralisation dactions concrtes relevant de nos missions stratgiques. Notre engagement dans les grands enjeux de sant publique, la coopration internationale, la valorisation et le transfert technologique et le partage des connaissances par lencadrement et la formation, continuent de faire de notre Institut lun des plus grands centres de recherche en sant pour lAfrique et la rgion MENA.

Cette anne a t celle de llaboration de notre nouveau contrat-programme pour les activits de R&D et formation pour la priode 2016-2019. Son valuation a t ralise par un comit international du Comit National dEvaluation des Activits de Recherche (CNEAR) fin 2015. Celle-ci a port sur les rsultats raliss durant la priode 2011-2015 ainsi que sur la nouvelle proposition. Notre programme a t valid pour tre financ par le Ministre de lEnseignement Suprieur et de la Recherche Scientifique. Avec le renforcement des plateformes technologiques et la cration dun nouveau laboratoire de bioinformatique, biomathmatique et biostatistique, lIPT sera en mesure de mieux grer les donnes biologiques et apprhender le traitement et lanalyse des donnes gnres par les nouvelles technologies de criblage et danalyse haut dbit. De plus, 13 nouveaux projets internationaux ont dmarr en 2015 et sont financs par divers bailleurs de fonds comme lOrganisation Mondiale de la Sant, le Rseau des Instituts Pasteur, le Center for Diseases Control (USA) ou la Fondation Bill Gates, notamment. Ce qui porte 57 le nombre total de projets en cours de ralisation. Fin 2015, lIPT a sign un premier partenariat avec la Principaut de Monaco sur un grand projet structurant ayant pour objectif l'amlioration de la prise en charge des enfants atteints de Dficits Immunitaires Primitifs. Par ailleurs, 6 nouveaux projets financements internes (dans le cadre des Projets Collaboratifs Internes) ont t slectionns et ont dmarr en 2015. 121 articles ont t publis en 2015 par les chercheurs de lIPT. Ce chiffre est stable par rapport 2014 (124). Cependant, limpact factor mdian des articles est de 2.83, en augmentation par rapport celui de 2014 (2.21). Nos publications ont t cites environ 1600 fois cette anne. Dans nos autres domaines d'activit, environ 220.000 analyses, services et autres tests spcialiss ont t raliss en 2015, le chiffre d'affaire de cette activit est stable par rapport 2014. De mme, lactivit de production des vaccins et srums, alors quelle a subi une nette augmentation en 2014 (26%), enregistre une lgre baisse (5,6%) en 2015. Durant 2015, nous avons aussi poursuivi, en collaboration avec le Robert Koch Institute (Allemagne), notre programme en matire de bioscurit et prvention des risques biotechnologiques, avec plusieurs actions de formation destines diffrentes catgories de personnel de l'IPT, lacquisition de matriel (Glove Box) ainsi que llaboration dun code de conduite. Dans le domaine de la formation, nous accueillons 249 tudiants, dont la majorit en thse de Sciences Biologiques (158). Par ailleurs, 93 diplmes ont t finaliss et soutenus par les tudiants de lInstitut en 2015. En termes de manifestations scientifiques, l'IPT a organis 57 vnements en 2015, la plupart ayant une dimension internationale. Parmi les vnements marquants de lanne, nous pouvons citer le:

Cours international OMS/TDR, dans le cadre de notre Regional Training Center, sur le renforcement des capacits dans la mise en uvre de la recherche sur les maladies tropicales.

Colloque international sur La leishmaniose viscrale au Maghreb : Du Diagnostic au Contrle avec le soutien de lIFT, lAUF et le Rseau International des Instituts Pasteur. Cette manifestation a runi des experts d'Algrie, du Maroc, de France et de Tunisie.

Rencontre Tuniso-italienne pour la surveillance des maladies mergentes, dans le cadre du projet RESTUS (financ par la Commission Europenne).

Les 2mes

Journes Franco-Tunisiennes de Parasitologie, organises en partenariat avec le Rseau International des Instituts Pasteur et plusieurs socits savantes (Algrie, Maroc, Tunisie et France).

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Enfin, cette anne, lInstitut a reu plusieurs personnalits scientifiques de premier rang, parmi lesquelles les Professeurs du Collge de France Alain Fischer et Philippe Kourilsky dans le cadre des programmes scientifiques avec lInstitut Franais de Tunisie ainsi que Peter J. Hotez, Prsident du Sabin Vaccine Institute et envoy amricain pour la Science.

Hechmi Louzir Directeur Gnral de lInstitut Pasteur de Tunis

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LInstitut Pasteur de Tunis Lutter contre les maladies pour la Sant de Tous Statuts, missions, historique Etablissement Publique de Sant, lIPT est la seule institution tunisienne runissant les missions de recherche et formation, diagnostic et sant publique, production de vaccins. Intimement lies, elles ont fait de lIPT une structure de rfrence dans le domaine de la recherche biomdicale. Depuis lpoque de Charles Nicolle (directeur de lIPT de 1903 1936 et prix Nobel de mdecine en 1928) lIPT occupe une place prpondrante dans lhistoire de la mdecine en Tunisie avec dimportantes dcouvertes dans le domaine des maladies infectieuses, (cycles de transmission de la toxoplasmose, le vecteur du typhus, la leishmaniose viscrale, ainsi que le dveloppement du concept original des infections inapparentes). LIPT a particip lradication de plusieurs maladies endmiques en Tunisie comme le paludisme, aux campagnes nationales de vaccination et continue de collaborer activement dans les programmes de sant publique.

Diagnostic et Sant Publique

La mission du dpartement de sant publique de lIPT tourne autour de deux activits principales. La premire comporte la vaccination (plus dune quinzaine de vaccins), le conseil aux voyageurs ainsi que le traitement antirabique. La seconde activit est destine aux prlvements et aux examens biologiques courants et spcialiss. Ces analyses sont ralises dans les 18 laboratoires de diagnostic et de sant publique de lIPT. La plupart de

ces laboratoires participent des programmes de sant publique nationaux et internationaux (enqutes pidmiologiques, suivi des programmes de vaccination et certains sont des laboratoires de rfrences nationaux ou rgionaux OMS.

Recherche et Formation Lactivit de recherche de lIPT se droule dans 9 laboratoires. Ces quipes de recherche sont multidisciplinaires (biologistes, hospitalo-universitaires, mdecins de la sant publique, vtrinaires) et runissent plus dune centaine de cadres scientifiques et plus de 200 tudiants. Nos domaines de recherche : - pidmiologie des maladies infectieuses ; - Immunologie des maladies infectieuses de lhomme et de lanimal ; - Etude des maladies causes par un dficit gntique et/ou immunitaire ; - Biochimie/immunologie des venins et toxines ; - Dveloppement biotechnologique. Production

LInstitut Pasteur de Tunis produit des vaccins et srums thrapeutiques pour les besoins du pays. Ses locaux de 700 m sont conformes aux normes internationales de bonnes pratiques de fabrication. Cest la seule unit de ce type lchelle nationale. Actuellement, lInstitut Pasteur de Tunis produit du vaccin BCG intradermique, du vaccin BCG frais pour immunothrapie du cancer de la vessie et des srums thrapeutiques (anti-viprin, anti-scorpionique et anti-rabique).

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Gouvernance

Le conseil dadministration ......................................................................................... 6 Le conseil scientifique ................................................................................................ 7

6

Le conseil dadministration Ses missions Selon larticle 3 du dcret n 95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financire ainsi que les modalits de fonctionnement de l'Institut Pasteur de Tunis. Le conseil d'administration est investi des pouvoirs les plus tendus pour agir au nom de l'institut conformment la lgislation et la rglementation en vigueur. Il a notamment pour attribution : - La cration, suppression et transformation des services mdicaux et pharmaceutiques, des laboratoires de recherche, d'analyse, de production et de contrle et des units d'enseignement ; - L'organisation des diffrents services administratifs et techniques de l'institut et l'tablissement de son rglement intrieur ; - L'approbation des contrats-programmes et le suivi de leur excution, conformment la lgislation en vigueur ; - La prise des dcisions relatives aux emprunts, conformment la lgislation en vigueur. - L'approbation, dans le cadre de la rglementation en vigueur, de la passation des marchs par le directeur gnral. Composition du conseil dadministration

Prnom, Nom Affiliation, Reprsentations

Mohamed Hdi Oueslati Prsident du conseil d'administration/Ministre de la Sant Publique

Mahrez El Ghediri Ministre des Finances

Saloua Boutej Ministre du Dveloppement Rgional et de la Planification

Abdelatif Boudabous Ministre de l'enseignement et de la Recherche Scientifique

Wahiba Douki Ministre de lnseignement et de la Recherche Scientifique

Sameh Ben Mbarka Ministre de l'industrie

Moncef El Mejri Ministre de l'Agriculture

Samia Menif Chef de service

Mohamed El Ayeb Chef de service

Ahlem Amouri Chef de service

Imen Kraiem Reprsentant des mdecins

Dhafer Laouini Reprsentant des scientifiques

Nizar Laabidi Reprsentant des pharmaciens

Mohamed Fethi Diouani Reprsentant des mdecins vtrinaires

Nacer El Ouni Reprsentant des ingnieurs

Amina Dhahak Reprsentant du corps para mdical

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Le conseil scientifique Ses missions Selon larticle 10 du dcret n95-186 du 23 janvier 1995, fixant l'organisation administrative et financire ainsi que les modalits de fonctionnement de l'institut Pasteur de Tunis. Il est institu un conseil scientifique de l'institut Pasteur de Tunis qui a pour mission de : - donner son avis sur toutes les questions relatives la politique scientifique de l'tablissement, l'organisation, la programmation et le suivi de la recherche, la production, l'enseignement et l'encadrement des rsidents, des stagiaires et des tudiants. - donner son avis sur les crations, suppressions et regroupements des laboratoires et sur les propositions de candidature pour les bourses d'tude et de stages caractre scientifique dans les limites des crdits allous. - donner son avis sur les propositions de conventions et de coopration scientifique avec les tablissements et rseaux scientifiques nationaux, maghrbins, trangers ou internationaux. - rpondre toute demande d'avis scientifique formule par le ministre de la sant publique ou le conseil d'administration Composition du conseil scientifique largi*

Prnom, Nom Affiliation

Hechmi Louzir Institut Pasteur de Tunis (Prsident du Conseil)

Yousr Galai Institut Pasteur de Tunis

Boutheina Mardassi Institut Pasteur de Tunis

Najet Srairi Institut Pasteur de Tunis

Habib Karoui Institut Pasteur de Tunis

Ikram Guizani Institut Pasteur de Tunis

Mohamed El Ayeb Institut Pasteur de Tunis

Henda Triki Institut Pasteur de Tunis

Salem Abbes Institut Pasteur de Tunis

Amel El Gaied Ministre de l'enseignement et de la recherche scientifique

Marc Bonneville Institut Mrieux

Ines Fradi Ministre de la Sant Publique

Arnaud Fontanet Institut Pasteur Paris

Claude Leclerc Institut Pasteur Paris

Lilia Messadi Ministre de l'Agriculture des Ressources Hydrauliques et de la Pche

Salem Chouaib Institut Gustave Roussy

*Selon larticle 12 du dcret n 95-186 du 23 janvier 1995, le conseil scientifique tient une runion largie l'occasion de la session annuelle d'valuation des activits scientifiques de l'tablissement. A cet effet, le conseil comprendra, outre ses membres prvus l'article 11 du prsent dcret, huit autres membres choisis hors de la communaut scientifique de l'institut, reconnus pour leur comptence dans l'un des domaines de la recherche scientifique et biologique.

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Liste des laboratoires, services et comits en 2015 Laboratoires de recherche

LABORATOIRES DE RECHERCHE RESPONSABLE

Microbiologie molculaire, vaccinologie et dveloppement biotechnologique

Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.rns.tn

Transmission, contrle et immunobiologie des infections

Ridha Barbouche ridha.barbouche@pasteur.rns.tn

Epidmiologie et microbiologie vtrinaire Abdejelil Ghram abdeljelil.ghram@pasteur.rns.tn

Epidmiologie molculaire et pathologie exprimentale applique aux maladies infectieuses

Ikram Guizani ikram.guizani@pasteur.rns.tn

Gnomique biomdicale et oncogntique Sonia Abdelhak sonia.abdelhak@pasteur.rns.tn

Parasitologie mdicale, biotechnologies et biomolcules

Ada Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.rns.tn

Hmatologie molculaire et cellulaire Salem Abbes salem.abbes@pasteur.rns.tn

Venins et biomolcules thrapeutiques

Mohamed El Ayeb mohamed.elayeb@pasteur.rns.tn

Epidmiologie et diversit gntique des virus hpatiques et entriques humains

Henda Triki henda.triki@pasteur.rns.tn

Laboratoire de Cyto-immunologie Ridha Barbouche Ridha.barbouche@pasteur.rns.tn

Laboratoire de Contrle des Eaux et Denres Alimentaires

Ridha Ben Aissa ridha.benaissa@pasteur.rns

Laboratoire de Virologie Clinique Henda Triki henda.triki@pasteur.rns.tn

Laboratoire des Mycobactries Helmi Mardassi helmi.merdassi@pasteur.rns.tn

Laboratoire dAnatomo-Patologie Humaine et Exprimentale

Samir Boubaker samir.boubaker@pasteur.rns.tn

Laboratoire de Radio-Immunologie Salma Feki salma.feki@pasteur.rns.tn

Laboratoire de la Rage Habib Kharmachi habib.kharmachi@pasteur.rns.tn

Service des Vaccinations Internationales et Anitrabique

Samy Khoufi samy.khoufi@pasteur.rns.tn

Services des Consultations Externes Radhia Ammi radhia.ammi@pasteur.rns.tn

Laboratoire dHmatologie Samia Mnif

samia.menif@pasteur.rns.tn

Laboratoire des Mycoplasmes Boutheina Mardassi boutheina.mardassi@pasteur.rns.tn

Laboratoire de Parasitologie Clinique Ada Bouratbine aida.bouratbine@pasteur.rns.tn

Laboratoire Histologie et Cytolognetique Ahlem Laamouri ahlem.amouri@pasteur.rns.tn

Laboratoire des Toxines Alimentaires Riadh Kharrat riadh.kharrat@pasteur.rns.tn

Laboratoire de Pathologie Animale Abdeljelil Ghram abdeljelil.ghram@pasteur.rns.tn

Laboratoire dEpidmiologie et dEcologie Parasitaire

Karim Aoun Karim.aoun@pasteur.rns.tn

Laboratoire de Mdecine Nuclaire Chokri Maktouf chokri.maktouf@pasteur.rns.tn

Service dEpidmologie Mdicale Afif Ben Salah afif Ben Salah@pasteur.rns.tn

LABORATOIRE ET SERVICES RESPONSABLE

Laboratoire de Bactriologie Clinique Imen Kraiem imen.kraiem@pasteur.rns.tn

Laboratoire de Biochimie Clinique Afef Bahlous Afef.bahlous@pasteur.rns.tn

Laboratoire dImmunologie Clinique Mlika Ben Ahmed melika.benahmed@pasteur.rns.tn

Services dinvestigation clinique et de sant publique

http://pasteur.tn/index.php?option=com_content&view=article&id=341:laboratoire-epidemiologie-moleculaire-et-pathologie-experimentale-appliquee-aux-maladies-infectieuses&catid=87&Itemid=690http://pasteur.tn/index.php?option=com_content&view=article&id=341:laboratoire-epidemiologie-moleculaire-et-pathologie-experimentale-appliquee-aux-maladies-infectieuses&catid=87&Itemid=690http://pasteur.tn/index.php?option=com_content&view=article&id=341:laboratoire-epidemiologie-moleculaire-et-pathologie-experimentale-appliquee-aux-maladies-infectieuses&catid=87&Itemid=690mailto:Ridha.barbouche@pasteur.rns.tnmailto:ridha.benaissa@pasteur.rnsmailto:henda.triki@pasteur.rns.tnmailto:helmi.merdassi@pasteur.rns.tnmailto:samir.boubaker@pasteur.rns.tnmailto:fattouma.bchir@pasteur.rns.tnmailto:habib.kharmachi@pasteur.rns.tnmailto:samy.khoufi@pasteur.rns.tnmailto:radhia.ammi@pasteur.rns.tnmailto:samia.menif@pasteur.rns.tnmailto:boutheina.mardassi@pasteur.rns.tnmailto:aida.bouratbine@pasteur.rns.tnmailto:ahlem.amouri@pasteur.rns.tnmailto:riadh.kharrat@pasteur.rns.tnmailto:Abdeljelil.ghram@pasteur.rns.tnmailto:Chokri.maktouf@pasteur.rns.tnmailto:melika.benahmed@pasteur.rns.tn

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Production de vaccins et srums thrapeutiques

SERVICE RESPONSABLE

Direction de la Production Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.rns.tn

Service de production du vaccin et Immun BCG

Nizar Laabidi nizar.laabidi@pasteur.rns.tn

Service de production des srums thrapeutiques

Sarra Ouahchi Sarra.ouahchi@pasteur.rns.tn

Service contrle de qualit Sana Masmoudi Sana.masmoudi@pasteur.rns.tn

Validation des quipements et formation

Dorra Ben Abdelsselem dorra.benabdelsselem@pasteur.rns.tn Leila Bachraoui leila.bachraoui@pasteur.rns.tn

Unit de production des plasmas bruts Sana Bachraoui sana.bachraoui@pasteur.rns.tn

Soutien technique

SERVICE RESPONSABLE

Units animalires Zakaria Ben Lasfar zakaria.benlasfar@pasteur.rns.tn

Cytomtrie en flux Ridha Barbouche Ridha.barbouche@pasteur.rns.tn

Typage gntique Sonia Abdelhak Sonia.abdelhak@pasteur.rns.tn

Direction technique Naceur El Ouni naceur.elouni@pasteur.rns.tn

Service de production de milieux de culture et reactifs

Ridha Ben Assa/Haifa Ben Sedrine

Unit d'Ecologie des Systmes Vectoriels Elyes Zhioua Elyes.Zhioua@pasteur.rns.tn

Plate-forme Technique Gnomique, Protomique et Imagerie

Sinda Zarrouk Sinda.zarrouk@pasteur.rns.tn

Soutien logistique

Comits

Administration

Administration RESPONSABLE

Direction des Ressources humaines Jamel Ben Ammar Jamel.benammar@pasteur.rns.tn

Direction Financire et comptable Mahrez Kallel mahrez.kallel@pasteur.rns.tn

Direction de lApprovisionnement

Rym Soltani Rym.soltani@pasteur.rns.tn

Service du secrtariat permanent de la commission des marchs publics

Raja Riahi Hamdi Raja.RiahiHamdi@pasteur.rns.tn

Sous direction commerciale et promotion des activits

Amel Abbouz Amel.abbouz@pasteur.rns.tn

Sous-direction audit interne Mahrez Kallel Feten Ben Ali (depuis le 1

er juillet 2015)

Feten.benali@pasteur.rns.tn

Service juridique Chadly Tayari Chadli.tayari@pasteur.rns.tn

SERVICE RESPONSABLE

Bibliothque de lInstitut Pasteur de Tunis Habib Karoui habib.karoui@pasteur.rns.tn

Cellule de communication, valorisation et transfert technologique

Hichem Ben Hassine (communication) hichem.benhassine@pasteur.rns.tn Najet Hadhri (valorisation) najet.hadhri@pasteur.rns.tn Oussama Ben Fadhel (transfert technologique) oussama.benfadhel@pasteur.rns.tn

Direction informatique Wassim Ben Salah Wassim.bensalah@pasteur.rns.tn

COMITE RESPONSABLE/COORDINATEUR

Ethique bio-mdicale Samir Boubaker Samir.boubaker@pasteur.rns.tn

Qualit Mahrez Kallel mahrez.kallel@pasteur.rns.tn

Sant et scurit au travail

Badii Kamoun badii.kamoun@pasteur.rns.tn

Formation et stages Ali Bouattour Ali.bouattour@pasteur.rns.tn

Ressources biologiques Dhafer Laouini Dhafer.laouini@pasteur.rns.tn

Programmes Collaboratifs Internes Dhafer Laouini Dhafer.laouini@pasteur.rns.tn

mailto:Nizar.laabidi@pasteur.rns.tnmailto:Nizar.laabidi@pasteur.rns.tnmailto:dorra.benabdelsselem@pasteur.rns.tnmailto:Sana.bachraoui@pasteur.rns.tnmailto:zakaria.benlasfar@pasteur.rns.tnmailto:Ridha.barbouche@pasteur.rns.tnmailto:Sonia.abdelhak@pasteur.rns.tnmailto:naceur.elouni@pasteur.rns.tnmailto:Elyes.Zhioua@pasteur.rns.tnmailto:Sinda.zarrouk@pasteur.rns.tnmailto:Amel.abbouz@pasteur.rns.tnmailto:Feten.benali@pasteur.rns.tn

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Les chiffres de lInstitut Pasteur de Tunis en 2015 Ressources humaines

Effectif global : 495 Scientifiques : 119

Source : Bilan Social de lInstitut Pasteur de Tunis, 2015 Chiffres comprenant le personnel statutaire et contractuel

Publications

Source : Scopus, web of knowledge et rapports des laboratoires et services de lInstitut Pasteur de Tunis

Administratifs; 158

ouvriers; 111

techniciens; 107

scientifiques; 119

Biologistes; 54

Enseignants chercheurs;

17

Mdecins; 29

Mdecins vtrinaires;

10

Pharmaciens; 9

8 5 3 8

107

92

121 113 115

97

124 121

2012 2013 2014 2015

Nationales Internationales Total

11

Top 5 des publications en 2015 1. IF: 6.49 Stable coexistence of incompatible Wolbachia along a narrow contact zone in mosquito field populations Atyame, CM Labbe, P Rousset, F Beji, M Makoundou, P Duron, O Dumas, E Pasteur, N Bouattour, A Fort, P Weill, M Publi : JAN 2015 Revue : MOLECULAR ECOLOGY Volume : 24 Numro de revue : 2 Pages : 508 - 521 2. IF: 6.49, Colonization of the Mediterranean basin by the vector biting midge species Culicoides imicola: an old story Jacquet, S Garros, C Lombaert, E Walton, C Restrepo, J Allene, X Baldet, T Cetre-Sossah, C Chaskopoulou, A Delecolle, JC Desvars, A Djerbal, M Fall, M Gardes, L De Garine-Wichatitsky, M Goffredo, M Gottlieb, Y Fall, AG Kasina, M Labuschagne, K Lhor, Y Lucientes, J Martin, T Mathieu, B Miranda, M Pages, N Da Fonseca, IP Ramilo, DW Segard, A Setier-Rio, ML Stachurski, F Tabbabi, A Seck, MT Venter, G Zimba, M Balenghien, T Guis, H Chevillon, C Bouyer, J Huber, K Publi : NOV 2015 Revue : MOLECULAR ECOLOGY Volume : 24 Numro de revue : 22 Pages : 5707 - 5725 3. IF: 5.16 The galactolipase activity of Fusarium solani (phospho)lipase Jallouli, R Othman, H Amara, S Parsiegla, G Carriere, F Srairi-Abid, N Gargouri, Y Bezzine, S Publi : MAR 2015 Revue : BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-MOLECULAR AND CELL BIOLOGY OF LIPIDS Volume : 1851 Numro de revue : 3 Pages : 282 - 289 4. IF: 5.14 Mediterranean Founder Mutation Database (MFMD): Taking Advantage from Founder Mutations in Genetics Diagnosis, Genetic Diversity and Migration History of the Mediterranean Population Charoute, H Bakhchane, A Benrahma, H Romdhane, L Gabi, K Rouba, H Fakiri, M Abdelhak, S Lenaers, G Barakat, A Publi : NOV 2015 Revue : HUMAN MUTATION Volume : 36 Numro de revue : 11 Pages : E2441 - E2453 5. IF: 4.44 Comparison of Two Quantitative Real Time PCR Assays for Rickettsia Detection in Patients from Tunisia Znazen, A Sellami, H Elleuch, E Hattab, Z Ben Sassi, L Khrouf, F Dammak, H Letaief, A Ben Jemaa, M Hammami, A Publi : FEB 2015 Revue : PLOS NEGLECTED TROPICAL DISEASES Volume : 9 Numro de revue : 2

Domaines de publications

Type de publications

Type de documents Publications

Article 83

Article in Press 19

Book Chapter 1

Letter 9

Meeting Abstract 8

Review 2

Total 2015 121

https://172.20.5.220/owa/redir.aspx?C=o8U01I0knUeIZAPyxfdQFzZ8N1PXutMIp3mNEO5ISnyvc5M7TYZkrOPKjPYf02si77Te-8MK-tk.&URL=http%3a%2f%2f172.20.5.23%2fIPTs%2fipt%2f%3faction%3dArticlview%26id%3d4208https://172.20.5.220/owa/redir.aspx?C=o8U01I0knUeIZAPyxfdQFzZ8N1PXutMIp3mNEO5ISnyvc5M7TYZkrOPKjPYf02si77Te-8MK-tk.&URL=http%3a%2f%2f172.20.5.23%2fIPTs%2fipt%2f%3faction%3dArticlview%26id%3d5763https://172.20.5.220/owa/redir.aspx?C=o8U01I0knUeIZAPyxfdQFzZ8N1PXutMIp3mNEO5ISnyvc5M7TYZkrOPKjPYf02si77Te-8MK-tk.&URL=http%3a%2f%2f172.20.5.23%2fIPTs%2fipt%2f%3faction%3dArticlview%26id%3d5763https://172.20.5.220/owa/redir.aspx?C=o8U01I0knUeIZAPyxfdQFzZ8N1PXutMIp3mNEO5ISnyvc5M7TYZkrOPKjPYf02si77Te-8MK-tk.&URL=http%3a%2f%2f172.20.5.23%2fIPTs%2fipt%2f%3faction%3dArticlview%26id%3d4189https://172.20.5.220/owa/redir.aspx?C=o8U01I0knUeIZAPyxfdQFzZ8N1PXutMIp3mNEO5ISnyvc5M7TYZkrOPKjPYf02si77Te-8MK-tk.&URL=http%3a%2f%2f172.20.5.23%2fIPTs%2fipt%2f%3faction%3dArticlview%26id%3d5598https://172.20.5.220/owa/redir.aspx?C=o8U01I0knUeIZAPyxfdQFzZ8N1PXutMIp3mNEO5ISnyvc5M7TYZkrOPKjPYf02si77Te-8MK-tk.&URL=http%3a%2f%2f172.20.5.23%2fIPTs%2fipt%2f%3faction%3dArticlview%26id%3d5598https://172.20.5.220/owa/redir.aspx?C=o8U01I0knUeIZAPyxfdQFzZ8N1PXutMIp3mNEO5ISnyvc5M7TYZkrOPKjPYf02si77Te-8MK-tk.&URL=http%3a%2f%2f172.20.5.23%2fIPTs%2fipt%2f%3faction%3dArticlview%26id%3d4191

12

Productivit et impact

Evolution du facteur dimpact mdian et du nombre darticles publis

Les valeurs des indicateurs IF 2015 sont calcules selon les donnes de registre JCR et sont sujets une lgre variation lors de la mise jour des donnes JCR 2015 qui aura lieu en aot 2016.

Projets de recherche

31 30

43 36

23

14 7

19

54

44 50

55

2012 2013 2014 2015

Projets en cours Projets obtenus Total

2012 2013 2014 2015

Nombre de chercheurs

91 103 105 107

Nombre de publications

100 106 133 121

Mdiane IF 2.53 2.27 2.21 2.83

Nombre de publications 121

Nombre darticles 83

IF mdian* 2.83

1 er quatrile IF* 1.93

3 eme quatrile * 3.33

Nombre de publications/ Chercheurs 1.13

13

Les 55 projets de recherche en cours ou obtenus en 2015 sont financs par plusieurs bailleurs de fonds nationaux et internationaux, dont le Ministre de lEnseignement Suprieur et de la Recherche, la Commission europenne, lOMS, le Rseau International des Instituts Pasteur, le TDR, les cooprations bilatrales, linstitut Pasteur de Tunis (Projet collaboratifs internes) Source : rapports des laboratoires et services de lInstitut Pasteur de Tunis Etudiants

Diplmes soutenus

Source : Rapports des laboratoires et services de lInstitut Pasteur de Tunis

Analyses, tests et services raliss Les analyses et tests sont raliss par les laboratoires danalyse de lInstitut. Les services sont raliss majoritairement par les services communs, le service des vaccinations internationales et antirabiques, le service des consultants externes et certains laboratoires danalyses. En 2015, lIPT a ralis 219 853 analyses, tests et services. Le chiffre daffaire de lactivit des analyses, diagnostic et de sante publique, slve 3 755 050 DT en 2015. Ce chiffre est stable par rapport lanne 2014 (3 767 190 DT). Source : Rapports des services diagnostic et de sant publique, de soutien technique et de la direction financire de lInstitut Pasteur de Tunis

19

75

37

2 7 3

143

28

68

43

5 7 4

155

13

70

32

12

0 1

128

10

40 33

3 4 3

93

Thses Mastres PFE/ingnieurat Thses de mdecine

Thses de mdecine vtrinaire

Thses de pharmacie

TOTAL

2012 2013 2014 2015

Thses

de mdecine

14

Diplmes en cours/Nombre dtudiants

Source : Rapports des laboratoires et services et du Comit Formation et stages de lInstitut Pasteur de Tunis

Evnements (organisation ou contribution lorganisation)

Source : rapports des laboratoires et services de lInstitut Pasteur de Tunis

154

57

12 7 0 3

233

138

37

2 4 4 0

185 180

26

3 3 0 5

217

158

53

27

4 3 4

249

Thses Mastres PFE/ingnieurat Thses de mdecine

Thses de mdecine vtrinaire

Thses de pharmacie

Total

2012 2013 2014 2015

7 6

27

10

50

10 7

25

5

47

8 7

25

11

51

8 9

27

13

57

Manifestations scientifiques (colloque, congrs,,,)

Cours et ateliers pratiques Sminaires de formation (confrences, journes

d'information

Manifestation de culture scientifique (visite, salon

Total

2012 2013 2014 2015

15

Nombre de doses vendues par lunit de production de vaccins et srums

Produits issus de lactivit de production de vaccins et srums thrapeutiques de lInstitut Pasteur de Tunis

Les chiffres daffaires globales de la vente de vaccins et srums slve 1 708 453.0 DT HT, alors qui slevait 1 812 817,2 DT HT en 2014, soit une lgre baisse de 5,6%. Source : Rapports de la direction de la production de vaccins et srums thrapeutiques et de la direction financire de lInstitut Pasteur de Tunis

Autres chiffres

60 confrences donnes par la scientifiques de lInstitut Pasteur en Tunisie et ltranger 41 vacations et cours rmunrs 78 participations des jurys pour lobtention de diplmes en Tunisie et ltranger 27 participations des commissions nationales et internationales 156 communications orales ou affiches (68 nationales, 88 internationales) 90 formations continues (42 en Tunisie 48 ltranger) Source : Rapports des laboratoires et services de lInstitut Pasteur de Tunis

8070

3284

12550

46790

7314

78008

4372 2296

8240

41568

8759

65235

7142 2627

6980

56741

9155

82645

4429 1557

4020

59246

9727

78979

Srum antiscorpionique Srum antiviprin Srum antirabique Vaccin BCG Immun BCG TOTAL

2012 2013 2014 2015

16

Equipes de recherche Laboratoire de Microbiologie Molculaire, Vaccinologie et Dveloppement Biotechnologique ............ 17

Laboratoire Transmission, Contrle et Immunobiologie Des Infections ................................................ 25

Laboratoire dpidmiologie et de Microbiologie Vtrinaire ................................................................ 36

Laboratoire dEpidmiologie Molculaire et Pathologie Exprimentale Applique Aux Maladies

Infectieuses............................................................................................................................................ 42

Laboratoire de Gnomique Biomdicale et Oncogntique ................................................................. 59

Laboratoire de Parasitologie Mdicale, Biotechnologies et Biomolcules ............................................ 69

Laboratoire dHmatologie Molculaire et Cellulaire ............................................................................. 76

Laboratoire de Venins et Biomolcules Thrapeutiques ....................................................................... 87

Laboratoire dEpidmiologie et de Gntique des Virus Hpatiques et Entriques ............................. 97

17

Laboratoire de Microbiologie Molculaire, Vaccinologie et Dveloppement Biotechnologique

Composition de lquipe

Nom et Prnom Position

Helmi Mardassi Biologiste Principal/Chef du Laboratoire

Hla Kallel Biologiste Principal/Chef du groupe Dveloppement Biotechnologique

Boutheina Mardassi Biologiste Principal/Chef de lUnit des Mycoplasmes

Chokri Bahloul Biologiste Principal/Chef du groupe Vaccinologie

Abdelhak Ben Younes Professeur hospitalo-universitaire

Ferjani Imne Biologiste-adjoint

Rourou Samia Biologiste-adjoint

Bjaoui Khiari Awatef (A dmission du laboratoire)

Biologiste adjoint

Emna Saida Fakhfakh Matre-assistant

Khaled Kaboudi Matre-assistant

Wafa Tombari Assistante

Dridi Amor Assistant

Radhia Ammi Mdecin de la sant publique

Trabelsi Khaled Ingnieur

Sghaier Sofien Mdecin Vtrinaire

Sofine Chaari Mdecin Vtrinaire

Mehdi Jmel Mdecin Vtrinaire

Bhija Mlik Technienne suprieure principale (surveillante)

Nabiha Belhaj Technienne suprieure major

Amina Alaya Technicienne suprieure

Sami Majoul Technicien suprieur major (surveillant)

Ines Akrouti Technicienne suprieure

Besma Mhenni Technicienne suprieure principale (surveillante)

Saloua Ben Fredj Technicienne suprieure

Maherzia Lahmar Ouvrire

Lobna Belghuil Ouvrire

Maher Bouraoui Ouvrier

Houssem Mejri Ouvrier

Ben Azoun Safa Doctorant

Sassi Hosni Doctorant

Boujemaa Safa Doctorant

Chniba Imne Doctorant

Thabet Sarra Doctorant

Dekhil Neira Doctorant

Meftahi Nedra Doctorant

Rym Gharbi Doctorant

Haj Slimne Dhouha Doctorant

Skhairia Mohamed Amine Doctorant

Amira Zanati Doctorant

Khaled Trabelsi Doctorant

Nadia Rahali Doctorant

Ben Talab Syrine Etudiant en Mastre

Choucha Zeineb Etudiant en Mastre

Abbes Mohamed Ghofrane Etudiant en Mastre

Dhifalli Rym Etudiant en Mastre

Seif Maazaoui Etudiant en Mastre

Skhairia Mohamed Amine Etudiant en Mastre

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PRESENTATION GENERALE DU LABORATOIRE MMVDB Le Laboratoire de Microbiologie Molculaire, Vaccinologie et Dveloppement Biotechnologique (MMVDB) a t cre dans le cadre du contrat programme 2011-2014. Quatre groupes de recherche se sont joints afin de constituer ce nouveau laboratoire :

1. Groupe des Mycobactries conduit par le Pr Helmi Mardassi 2. Groupe des Mycoplasmes conduit par la Pr Boutheina Ben Abdelmoumen Mardassi 3. Groupe de Vaccinologie et veille sanitaire conduit par le Pr Chokri Bahloul 4. Groupe de Dveloppement Biotechnologique conduit par la Pr Hla Kallel

Ces quatre groupes de recherche ont ainsi mis en commun leurs thmes respectifs de recherche afin de constituer ce nouveau laboratoire, dont les trois axes majeurs de recherche sont:

La gntique molculaire des infections bactriennes qui a rassembl les groupes des Mycobactries et des Mycoplasmes

La veille sanitaire et vaccinologie

Le dveloppement biotechnologique

OBJECTIFS POURSUIVIS EN 2015

Groupe de gntique molculaire des infections bactriennes - Squenage Nouvelle Gnration (NGS) des gnomes complets de trois souches de

Mycoplasmes Aviaires - Diversit gntique des gnes de virulence chez les isolats Tunisiens de Mycoplasma

hominis et tude de leur susceptibilit aux antibactriens - Srotypage molculaire des isolats Tunisiens dUreaplasma spp. par typage du gne mba

et tude de leur susceptibilit antibactrienne - Exploration gnomiquement guide des variations au sein des gnes PPE_MPTR de

Mycobacterium tuberculosis - Raffinement dune approche de typage automatise de Mycobacterium tuberculosis - Rle de mutations gidB dans le niveau de rsistance et le fitness de Mycobacterium

tuberculosis

Groupe Vaccinologie - Mise au point de ractifs de diagnostic par PCR en temps rel - Epidmiologie molculaire du virus de la fivre hmorragique du lapin en Tunisie

Groupe Dveloppement Biotechnologique - Mise au point dun vaccin vectoris contre lhpatite E - Evaluation de produits dorigine vgtale pour la production de virus de la rage sur

cellules Vero et du virus de la rougeole sur cellules MRC-5 - Expression de la glycoprotine du virus rabique chez Pichia pastoris - Dveloppement dun procd optimis pour la production de protines recombinantes

chez la levure Yarrowia lipolytica

RESUME DES RESULTATS OBTENUS LORS DE LANNEE 2015

Groupe de gntique molculaire des infections bactriennes Squenage Nouvelle Gnration (NGS) des gnomes complets de trois souches de

Mycoplasmes Aviaires Le squenage des gnomes de Mycoplasma meleagridis (souche de rfrence ATCC

25294) (MM_ATCC) et un isolat de terrain MM_26B8_IPT) et Mycoplasma gallinarum (isolat de terrain Mgn_IPT) a t ralis en utilisant la plateforme Illumina V2 au CBiB de Bordeaux. Lannotation des gnomes a t accomplie automatiquement en utilisant le Serveur RAST et lanalyse des squences in-silico a t effectue moyennant les diffrents outils bio-informatiques disponibles sur les bases de donnes MolliGen, RAST et NCBI. Les rsultats obtenus ont montr que les gnomes de MM_26B8_IPT et Mgn_IPT prsentent des tailles de 664,256 pb et de 800,663 pb, respectivement. Chez MM_ATCC, MM_26B8_IPT et Mgn_IPT, plus que la moiti des protines est consacre aux mtabolismes. Outre la voie du mtabolisme de larginine, qui a t retrouve intacte dans les 3 gnomes, de nombreux gnes impliques dans la voie du mtabolisme des carbohydrates ont t dtects, notamment sur le gnome de Mgn_IPT (44 CDS).

19

Comparaison des voies du mtabolisme de larginine et du mtabolisme des carbohydrates, chez MM_ATCC, MM_26B8_IPT et Mgn_IPT. La comparaison inter-souches de M. meleagridis a permis de mettre en vidence quelques diffrences entre les deux gnomes. Prsentant presque 30 Kb de plus, le gnome de lisolat MM_26B8_IPT (664,256 pb) sest rvl plus grand que celui de la souche type MM_ATCC (634,182 bp). Cet excs dADN correspond la fois une acquisition dun nouveau matriel gntique et une rptition dun certain nombre de locus existant dj sur le gnome de la souche de rfrence, MM_ATCC. Il est possible que ces diffrences gnomiques seraient la base du transfert gntique et de changement dhte. Les analyses gnomiques comparatives bases sur la recherche des facteurs de virulence ont montr que MM_ATCC, MM_26B8_IPT et Mgn_IPT sont, contrairement aux mycoplasmes aviaires les plus redoutables, dpourvus dadhsines et dhmagglutinines. Il semblerait que la pathognie de ces trois souches est plutt assure par une multitude de nuclases et de protases quelles hbergent. De plus, dautres dterminants gntiques tels que les transposases, les gnes LicD et lpd dont lincrimination dans la virulence est antrieurement prouve, ont t dtects chez Mgn_IPT. Cette trouvaille semble contredire la littrature souvent rapportant le caractre avirulent de cette espce. Diversit gntique des gnes de virulence chez les isolats Tunisiens de Mycoplasma hominis et tude de leur susceptibilit aux antibactriens Plusieurs tudes portant sur la pathognicit de M. hominis, indiquent que certaines modifications gntiques sont lorigine de variantes antigniques membranaires responsables de la dynamique des surfaces cellulaires au sein dune mme espce. Lexploration de la diversit gntique de 34 isolats de Mycoplasma hominis, collects entre les annes 2000 et 2015 chez des patients infertiles a t ralise travers 5 gnes de virulence : p120, vaa, lmp1, lmp2 et lmp3. Aussi, il sest avr que les 34 isolats de M. hominis appartiennent 20 types de virulence diffrents (VT1->VT20). Les types de virulence les plus dominants sont : VT1, VT2, VT3 et VT4. Ltude de la susceptibilit antibactrienne a t aussi ralise sur 23 isolats qui se sont rvls tre tous rsistants lrythromycine et lazythromycine, mais sensibles la doxycycline et lofloxacine. Quant la ttracycline, 45% des isolats en sont rsistants.

MST montrant la relation entre les 20 types de

virulence chez M. hominis

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Srotypage molculaire des isolats Tunisiens dUreaplasma spp. par typage du gne mba et tude de leur susceptibilit antibactrienne Ltude de la prvalence des deux espces dUreaplasma spp. (Ureaplasma parvum et Ureaplasma urealyticum) chez 70 isolats collects entre les annes 2004 et 2015 chez des patients souffrant principalement dinfertilit, a t effectue par amplification de la rgion 5 du gne mba. Il sest avr que 67.1% des isolats sont Ureaplasma parvum et 32.9% sont Ureaplasma urealyticum. Ltude de la susceptibilit de 22 isolats dUreaplasma spp. aux antibactriens a montr quil ny a aucune relation entre la diversit gntique des souches d'Ureaplasma spp. et leurs comportements vis--vis de la ttracycline (100% sensibles), la doxycycline (100% sensibles), l'rythromycine (100% rsistants) l'azythromycine (100% intermdiaires) et la ciprofloxacine (100% rsistants). Alors que le profil de susceptibilit des isolats vis--vis de l'ofloxacine varie d'un srotype un autre. Exploration gnomiquement guide des variations au sein des gnes PPE_MPTR de Mycobacterium tuberculosis Dans le cadre dun projet de collaboration bilatral Tunisie-Afrique du Sud, nous nous sommes proposs de miser sur lexploitation des donnes de squenage gnomique afin dvaluer la variabilit gntique au sein des gnes PPE_MPTR. Ces derniers font partie dune sous famille multignique dont le rle dans linteraction hte-pathogne est plus que vident. Pour ce faire, nous avons dabord cibl une famille gnotypique majeure de M. tuberculosis, savoir la famille Haarlem, dont nous disposons de donnes de squenage gnomique Illumina de haute qualit. Afin davoir un aperu lchelle gnomique sur la teneur de la variabilit des gnes PPE_MPTR, nous avons procd tout dabord lanalyse comparative de six gnomes disolats multirsistants pidmiques ainsi que le gnome de leur parent sensible le plus proche. Aussi lobjectif prcis consiste dterminer la variabilit gntique au sein de la sous-famille multignique PPE_MPTR, en traitant de manire spciale les donnes gnomiques de sorte pouvoir dgager le moins possible dambiguts de squences et dterminer les mutations de manire spcifiques. En effet, les gnes PPE_MPTR sont hautement rptitifs et possdent un taux de GC trs lev, pouvant mme atteindre les 80%. Pour ce faire, nous avons utilis les lectures ou reads de tailles 250 pb issus du squenage paired end de la paletforme Illumina HiSeq 2500 (GATC). Dans le cas particulier des gnes PPE_MPTR, trois logiciels dalignement diffrents, BWA, Smalt et NOVO ont t utiliss. En outre, les fichiers binaires dalignement BAM sont visualiss et tudis l'aide du logiciel Artemis. Nous avons dvelopp un certain nombre de modules Python qui utilisent le format de fichier VCF comme entre pour identifier les SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms ou mutations ponctuelles) spcifiques et partages entre tous les gnomes. Pour tous les gnomes squencs dans cette tude, les SNPs sont vrifis en prenant en compte le score de contrle de la qualit de chaque position de nuclotide (QC => 30). Lensemble de ces analyses nous ont permis de cartographier les mutations sigeant dans les gnes PPE_MPTR du clone pidmique Harrlem3-ST50. Nous avons dnombr au total 66 mutations (ou SNPs), dont 27 (40,9%) sont non synonymes (nsSNP), et ce travers 13 gnes PPE_MPTR sur les 22. Les gnes les plus variables (en ordre dcroissant) sont PPE55, PPE34, PPE54 et PPE39. Curieusement, dans ces gnes la majorit des mutations est confine dans des rgions bien particulires quon a appel rgions hypervariables. Nous pensons quil sagit de la consquence de phnomnes de recombinaison et/ou conversion gniques. Cette distribution des mutations dans des rgions bien dfinies nous a facilit le choix des amorces et les travaux de squenage Sanger que nous allons entamer sous peu. Raffinement et valuation du pouvoir discriminant de la technique de typage automatise, IS6110-53FP Nous avons entam le raffinement et la validation dune nouvelle technique de typage automatise (IS6110-53FP) sur squenceur capillaire que nous avons prcdemment dveloppe. La technique telle quelle a t publie en 2014 (Thabet et al., IJID 2014) avait apport beaucoup de points avantageux par rapport la technique gold standard IS6110 RFLP, mais elle demeurait quivalente en termes de pouvoir discriminant et pouvait tre amliore sur le plan de lexcution (versatilit). Ci aprs les amliorations que nous avons ralises: (i) Cibler la quasi-totalit des fragments polymorphiques IS6110 en rduisant leur taille grce lutilisation de lenzyme Bst UI qui coupe le gnome mycobactrien 50 000 x ; (ii) Eliminer ltape de pr-amplification dand E. coli de la banque plasmidique, do un gain de temps important ; (iii) Utiliser des fluorophores plus stables savoir ATTO la place de JOE; (iv) Assurer une dtection plus spcifique et plus sensible des pics fluorescents en liminant ltape de dilution des produit PCR tout en liminant automatiquement les

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pics dun tmoin ngatif inclus dans chaque run du squenceur capillaire ; (v) Convertir automatiquement les signaux fluorescents en format binaire. Toutes ces tapes ont t ralises avec succs et dans plus de 90% des isolats types, nous sommes parvenus obtenir le double, sinon plus, du nombre de copie IS6110 RFLP. Aussi, afin de tester le pouvoir discriminant de cette version amliore de IS6110-53FP nous avons eu recours une collection de 33 isolats Haarlem identiques sur la base de leur profil MIRU-VNTR24, lactuelle gold standard dans le typage de M. tuberculosis. Sur la base des rsultats prliminaire portant sur 16 isolats, nous avons pu discriminer davantage le cluster et donc, nous apportons la preuve que du moins pour ce gnotype, notre technique IS6110-53FP est bien plis discriminante que MIRU-VNTR24. Rle de mutations gidB dans le niveau de rsistance et le fitness de M. tuberculosis Tel que mentionn dans le rapport prcdent, nous avons identifi une dltion dune base (delC 78 ; single base frameshift deletion) dans le gne gidB dune srie pidmique multi-rsistante impliquant 8 patients et qui est associe un gnotype Haarlem-like . La souche en question montrait un fort taux de rsistance la Streptomycine en labsence de mutations dans les gnes rrs et rpsL ce qui est inattendu, car les mutations dans gidB sont connues pour induire de faibles niveaux de rsistances la streptomycine. Afin de comprendre ce phnomne, nous avons tent dintroduire la mutation delC 78 dans gidB de la souche BCG, utilise ici comme modle. Toutefois, dans le gnome de BCG, il existe 2 copies de gidB car ce gne fait partie dune duplication gnomique majeure. Il va donc falloir introduire la mutation delC 78 dans les deux copies gidB. Nous avons ralis avec succs les clonages dans un vecteur dchange alllique (pCSn construit au sein de notre laboratoire). A prsent, nous disposons de plusieurs clones dont seule une copie contient la mutation delC 78. Ces souches se sont avres sensibles la streptomycine, puisquune deuxime copie gidB est demeure intacte. Nous allons transformer ces mmes souches mutes dans une seule copie afin de gnrer le double mutant, lequel devrait tre rsistant la streptomycine.

Groupe Vaccinologie Mise au point de ractifs de diagnostic par PCR en temps rel Nous avons dj procd la mise en place de la technologie de PCR en temps rel. Aprs lalignement de squences de diffrents varient du virus de la rage qui circulent en Tunisie, au Maghreb, en Afrique et dans le monde, nous avons choisi les oligomres les plus conservs pour les diffrents ractions de PCR. La matrice ADN utilise est soit le plasmide pCMV3ISS-GPV, qui code pour la glycoprotine du virus rabique, soit du cDNA dun extrait dARN total de cellules BHK-21, pralablement infectes in vitro avec la souche PV du virus rabique. Nous avons optimis les conditions exprimentales pour lextraction dARN, la production des cDNA et la PCR en temps rel des diffrents chantillons tester contre la rage. Nous avons aussi mis au point diffrentes techniques de nested et semi-nested PCR en temps rel contre la rage. Ces protocoles pourront servir pour le diagnostic de la rage dans diffrents prlvements de terrain par PCR en temps rel. Ainsi, des dilutions du cDNA de cellules BHK infectes par le virus de la rage, jusqu 1014, ont t testes par la technique de nested PCR. Les rsultats dmontrent que des quantits infiniment petites de matrices cDNA peuvent tre dtectes par cette technique. Dautre part, nous avons procd adapter une nouvelle technique de titrage du virus rabique produit sur culture cellulaire ou des anticorps antirabiques par une technique de PCR en temps rel. La technique de rfrence pour le titrage du virus rabique est effectue sur culture cellulaire. Elle est ralise en effectuant un nombre croissant de dilutions de la prparation virale, qui infectent des cellules BHK-21 en culture (50.000 cellules par puits de plaques 96 de culture cellulaire). Ensuite nous cherchons au microscope fluorescence la dernire dilution virale qui donne des foyers fluorescents par lintermdiaire dun srum anti ribonucloprotine rabique marqu la fluorescine. La technique que nous tentons de mettre en place est base sur la recherche des traces de virus par PCR en temps rel en fonction de la dilution initiale de la prparation virale. Nous effectuerons ensuite des tudes de corrlations entre les deux techniques pour une ventuelle validation. De mme, pour le titrage des anticorps antirabiques nous tentons de mettre en place une technique semblable celle du titrage du virus par PCR en temps rel et la comparer la technique de rfrence RFFIT. La technique RFFIT est une technique de sroneutralisation de la rplication virale sur culture cellulaire. Elle repose sur lutilisation dune concentration virale pr-tablie qui sera incube avec des dilutions successives des srums titrer en comparaison un srum de rfrence dont le titre en UI/ml est connu d'avance. Une suspension de cellules permissives de la rplication virale (BHK-21) est ensuite ajoute et la rplication virale est rvle par lintermdiaire dun conjugu fluorescent base d'anticorps polyclolonaux contre la ribonuclocapside coupls la FITC. Le titre en

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anticorps neutralisants de chaque chantillon est extrapol partir de la courbe dinhibition de la fluorescence des diffrentes dilutions du srum standard. La nouvelle technique de dosage des anticorps neutralisants par PCR en temps rel est identique celle du RFFIT mais elle est base sur la recherche des traces du virus par RT-PCR en temps rel, la place du conjugu marqu la fluorescine. Les rsultats prliminaires montrent une bonne corrlation entre les deux techniques. Epidmiologie molculaire du virus de la fivre hmorragique du lapin en Tunisie En collaboration avec lIRVT (Institut de Recherche Vtrinaire de Tunisie) nous avons reu plusieurs chantillons positifs de fivre hmorragique du lapin. Lobjectif de ce travail est le diagnostic et caractrisation molculaire du virus de la maladie hmorragique des lapins (RHDV) qui circulent en Tunisie. Ainsi, nous effectuerons une caractrisation molculaire et une tude phylogntique des diffrents variants antigniques de RHDV qui circulent en Tunisie ; Nous procderons ensuite la mise en place dune plateforme de diagnostic de la RHDVpar PCR en temps rel ; Nous tenterons ensuite la construction dun plasmide qui poura servir en tant que vaccin base dADN contre la RHDV. Nous avons reu de lIRVT 12 chantillons de lapins suspects dtre infects par le RHDV. Aprs RT-PCR avec diffrents jeux doligonuclotides tous les chantillons se sont avrs positifs. Nous avons squenc ces produits de PCR et nous allons tudier lpidmiologie molculaire de la fivre hmorragique du lapin en Tunisie.

Groupe DEVELOPPEMENT BIOTECHNOLOGIQUE ET PARTENARIAT

INDUSTRIEL - Mise au point dun vaccin vectoris contre lhpatite E (Hla Kallel, Khaled Trabelsi) ;

collaborateurs : Amine Kamen (Universit de McGill, Montral, Canada), Kavita Lole (National Institute of Virology, Pune, India)

Lobjectif de ce projet est de mettre au point un nouveau candidat vaccin contre les infections de virus de l'hpatite E (HEV) en utilisant le virus adno-associ (AAV) comme vecteur qui permettra lexpression in vivo du gne de la protine tronque de la capside du HEV. Le vecteur sera produit en utilisant la plateforme baculovirus/cellules dinsectes. En effet ce jour, il existe un seul vaccin contre le virus de lhpatite E, dvelopp par les chinois. Ce vaccin a obtenu son autorisation de mise sur le march en Dcembre 2011, il sagit dun vaccin sous forme de VLP adjuv et inject par voie intramusculaire. Nous avons dj ralis la construction des AAV recombinants de srotypes 2, 5 et 6 en utilisant soit deux baculovirus recombinants qui codent pour la production de protines Rep et Cap, soit un seul baculovirus qui contient le deux gnes Rep et Cap. Nous avons galement prpar tous les stocks viraux et vrifi la qualit de nos constructions en ralisant des tests de transduction des cellules HEK 293 EBNA. Nous avons galement optimis les conditions opratoires (temprature, MOI et Time Of Infection (TOI)) pour la production du rAAV2, rAAV5, T2rAAV6, T2rAAV2, en utilisant lapproche des plans dexpriences. Pour purifier les diffrents srotypes dAVV, nous avons utilis diffrentes techniques chromatographiques tels que la purification sur colonne daffinit en utilisant la matrice AVB Sepharose High Performance et la chromatographie changeuse dions (anions et cations). Nous avons ainsi dtermin pour chaque srotype les conditions permettant dobtenir un rendement de purification maximal. Nous avons dmarr les essais dimmunisation chez la souris, nous avons test les voies dimmunisation nasale (rAAV5 et rAAV6) et intramusculaire (rAAV2 et rAAV6). Pour chaque srotype de rAAV nous avons test leffet dose, pour cela nous avons valu linjection de 10

10 vg (viral

genome) et 1011

vg/souris. Leffet de ladjuvant a t aussi tudi, ladjuvant MPLA (monophosphoryl lipid A (MPLA) drivant de Salmonella enterica serovar Minnesota R595 LPS) a t test deux concentrations : 5 et 20 g/dose, lors de ladministration du vaccin par voie nasale. Ladjuvant complet de Freund a t aussi test deux concentrations lors de limmunisation des souris par voie intramusculaire. Ainsi nous avons valu la rponse humorale (IgG et IgA) en analysant les diffrents srums collects par ELISA. La distribution du vecteur rAVV aux niveaux des organes des souris injectes ainsi que la synthse de la protine dintrt ont t aussi values. - Evaluation de produits dorigine vgtale pour la production de virus de la rage sur cellules

Vero et du virus de la rougeole sur cellules MRC-5 (Hla Kallel, Semi Majoul, Ines Akrouti, Samia Rourou) ; collaborateur : John Menton (Directeur R&D, Kerry, WI, USA)

23

La culture des cellules animales pour la production de produits biologiques (vaccins, protines recombinantes, thrapie cellulaire, etc.) se fait aujourdhui dans des milieux exempts de composant dorigine animale. Cet accord de R&D avec la compagnie Kerry (Wisconsin, USA) rentre dans ce cadre. Il a pour objectif dvaluer une gamme de produits obtenus par hydrolyse enzymatique de diffrents produits vgtaux, comme substitut du srum de veau. La capacit de ces produits en tant que substitut du srum, sera value pendant la phase de croissance cellulaire et la phase de rplication virale. Pour cela nous avons pris deux modles : les cellules Vero/virus de la rage (souche LP2061), et les cellules diplodes MRC-5/virus de la rougeole (souche AIK-C). Dans un premier temps nous avons adapt les deux supports cellulaires savoir Vero et MRC5, la croissance dans des conditions exemptes de srum de veau ftal (cellules Vero) ou des taux rduits de srum (MRC-5). En parallle nous avons aussi tudi la rplication des virus tudis (rougeole et rage) sur les cellules MRC-5 et Vero dans des milieux base de DMEM mais supplments par diffrents concentrations de chaque produit tudier, au total 4 produits ont t tests, chaque produit a t test 4 concentrations. Les titres viraux obtenus ont t compars aux milieux standards (MEM+0.5% HSA pour la multiplication du virus de la rougeole et MEM+0.2% HSA pour la multiplication du virus de la rage). Les conditions optimales de production de chaque virus ont t dfinies ; certains supplments permettent damliorer dune faon significative le titre viral. - Expression de la glycoprotine du virus rabique chez Pichia pastoris (Hla Kallel & Safa

Bern Azoun) ; collaborateur : Brigitte Gasser (Universit des Ressources Naturelles et des Sciences de la Vie, Dpartement de Biotechnologie, Vienne, Autriche)

La glycoprotine rabique est considre comme tant lantigne majeur du virus de la rage, cest le seul antigne capable de protger contre une injection du virus par voie intracrbrale. Lobjectif de cette tude est dtudier lexpression de cette protine chez la levure Pichia pastoris et dvaluer son immunogncit in vitro et in vivo. Jusque l, la glycoprotine rabique exprime soit chez la bactrie Escherichia coli soit la levure Saccharomyces cerevisiae, ntait pas fonctionnelle, probablement cause des modifications post traductionnelles qui ne sont pas ou qui sont partiellement ralises. Le gne sauvage, codant pour la glycoprotine rabique a t clon chez la levure Pichia pastoris en utilisant -factor de Saccharomyces cerevisiae comme squence signal. Le gne dintrt a t clon dans le vecteur dexpression PpiczA sous le contrle du promoteur AOX1 inductible par le mthanol. Des clones recombinants de P.pastoris KM71H ont t slectionns en fonction de leur rsistance la concentration en zocine, qui normalement corrle avec le nombre de copies intgres du gne dintrt, dtermin par qPCR. Le niveau de production de RABV-G obtenu par P.pastoris tait faible de lordre de 60 ng/ml. Leffet de biais de codon, la squence signal, le dosage du gne dintrt, le promoteur et la co-expression de cinq protines chaperonnes ont t alors tudies pour amliorer lexpression de la protine dintrt. Une amlioration spectaculaire a t observe au cours de la co-expression du gne PDI1 ; le niveau dexpression tait de lordre de 2261 ng/ml et de 1230 ng/ml dans le cas o lexpression tait sous le contrle du promoteur GAP et le promoteur AOX1, respectivement. Pour expliquer la diffrence du niveau dexpression constat, une tude de ltat physiologique des transformants de P.pastoris, cultivs sur deux sources de carbone diffrentes (glucose et mthanol) a t ralise travers une analyse comparative du taux de transcription de plusieurs gnes cls, qui sont des indicateurs de l'tat physiologique de P.pastoris. Elle a dmontr que lutilisation de glucose comme seule source de carbone a aboutit une augmentation de la croissance cellulaire et de la production de la glycoprotine par rapport au mthanol. Ltude de la ractivit de la glycoprotine recombinante scrte vis vis des anticorps antirabiques neutralisants a montr en utilisant le test RFFIT modifi, que la glycoprotine rabique recombinante tait fonctionnelle et avait la capacit de renter en comptition avec le virus rabique pour neutraliser un srum antirabique hyper-immun - Dveloppement dun procd optimis pour la production de protines recombinantes

chez la levure Yarrowia lipolytica (Hla Kallel, Hosni Sassi) ; collaborateur : Patrick Fickers (Universit de Lige - Gembloux Agro-Bio Tech, Belgique, Microbial Processes and Interactions (MiPI)

Lutilisation de la levure dimorphique Yarrowia lipolytica pour la production de protines recombinantes est considre comme une alternative intressante aux autres systmes dvelopps chez dautres levures. Nous avons dj dmontr cela au cours de nos travaux antrieurs, en tudiant deux protines humaines: linterfron alpha2b et le GM-CSF humain. Lobjectif de ce projet ralis dans le cadre dune thse en codirection avec lUniversit libre de Bruxelles est de parvenir une meilleure comprhension des facteurs dinfluence impactant la production de protines recombinantes chez la levure Y.lipolytica.

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Yarrowia lipolytica prsente lavantage de pouvoir croitre sur des substrats hydrophobes non couteux. Aussi, le choix dun promoteur fort est un paramtre cl pour tout le procd de production des protines recombinantes chez tout systme dexpression y compris Yarrowia lipolytica. Nous avons compar deux promoteurs : pLIP2 (code pour une lipase extracellulaire) et pPOX2 (code pour une acyl Co-A oxydase implique dans la voie de -oxydation) sur lexpression htrologue de protines chez cette levure, en adoptant lapproche de gne rapporteur (LacZ et DsRed). Nous avons donc compar leffet du promoteur et du milieu de culture sur lexpression de protines tudies. Ces tudes ont t ralises en microplaque puis valides en bioracteur de 5L. Les travaux raliss par le doctorant Hosni Sassi en Belgique consistent mettre en place un modle pour lanalyse des diffrents paramtres physiologiques par la mthode de cytomtrie de flux en temps rel. En Tunisie, on sest intress dune part ltude de leffet de la source de lazote sur lexpression des protines modles et leffet du dimorphisme de la levure dautre part. La quantification de lexpression temporelle de certains gnes impliqus dans ces mcanismes a t aussi ralise par PCR quantitative (qPCR). Les chiffres cls du laboratoire en 2015

1 vacation ou cours rmunr 11 participations des jurys 9 participations des commissions nationales et internationales 14 communications orales et affiches nationales et internationales 3 publications internationales 1 projet obtenu et 1 projet en cours 14 diplmes soutenus 11 diplmes en cours 1 formation continue Publications de lanne 2015

1. Yacoub E, Sirand-Pugnet P, Blanchard A, Ben Abdelmoumen Mardassi B. Genome Sequence of Mycoplasma meleagridis Type Strain 17529. Genome Announc. 2015 May 21;3(3). pii: e00484-15.

2. Hla Kallel, Amine Kamen (2015) Large-scale adenovirus and poxvirus vectored vaccines manufacturing to enable clinical trials. Biotechnology Journal, May;10(5):741-7.

3. Thabet S, Namouchi A, Mardassi H. Evolutionary Trends of the Transposase-Encoding Open Reading Frames A and B (orfA and orfB) of the Mycobacterial IS6110 Insertion Sequence. PLoS One. 2015 Jun 18;10(6):e0130161.

Projets de recherche nationaux ou internationaux Projet de coopration Bilatrale Tunisie- Afrique du Sud. PPE_MPTR proteins at the Tuberculosis host-pathogen interface. Reprsentant Tunisien: Helmi Mardassi

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Laboratoire Transmission, Contrle et Immunobiologie des Infections Composition de lquipe

Nom et Prnom Position

Barbouche Ridha (Chef de Laboratoire et Chef dEquipe)

Louzir Hechmi Professeurs Hospitalo-Universitaire

Ben Salah Afif (Chef dEquipe)

Laouini Dhafer (Chef dEquipe) Biologiste Principal

Zhioua Elyes Biologiste Principal

Ben Ahmed Malika Matre de confrence Universitaire Hospitalo-

Ben Mustapha Imen Matre de confrence Hospitalo-Universitaire

Essafi Makram Biologiste

Bettaieb Jihne Assistants Hospitalo-Universitaires

Mekki Nejla Assistants Hospitalo-Universitaires

Aissi Wafa Assistants Hospitalo-Universitaires

Ben Ali Meriem Biologistes Adjoints

Bousoffara Thouraya Biologistes Adjoints

Chelbi Ifhem Biologistes Adjoints

Rym Ouni Doctorants

Ben Khemiss Leila

Bayoudh Salma

Khaoula Ben Farhat

Nourhene Agregi

Bahrini Khadija

Bouzeyen Rania

Refai Amira

Bilel Chalghaf

Myriam Harrabi

Ferdaous Ouertani

Amina Khadher

Rihab Yazidi

Wajdi Zaatour

Sghaier Manel

Attia Hanene

Chourabi Khaled

Atri Chiraz

Naouar Ikbel

Tlili Aymen

Barhoumi Walid

Ben Fadhel Oussema

Raja Rekik

Kammoun Saida Post-doc

Wissem Ghawar Post-doc

Kaouther Jaouadi Post-doc

Marzouki Soumaya Post-doc

Bali Aymen Ingnieur Principal contractuel

Wassim Zaatour Ingnieur Principal Contractuel

Ghouila Amel Biologiste Adjointe contractuelle

Wissem Zid Ingnieur Principal Contractuel

Rihab Yazidi Ingnieur Principal Contractuel

Meriem Nouira Rsident en Mdecine

Kharroubi Ghassen Rsident en Mdecine

Sana Chaabane Ingnieur Principal Contractuel

Amor Zaatour Techn. Sup. Major

Aicha Boukthir Techn. Sup. Major

Nabil Belhaj Hmida Techn. Sup. Major

Chater Saloua Techn. Sup. Major

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Ben Hassouna Nabiha Techn. Sup. Major

Mohamed Ali Snoussi Technicien sup Principal

Hayet Mhenni Gestionnaire Contractuel

Ajmi Monia Ouvrier

Dridi Hla ouvrier

Louhichi Moncef Ouvrier

Ghribi Samir Chauffeur

Slama Adel Chauffeur

Kadri Abdelaziz Chauffeur

Prsentation gnrale du laboratoire Lanne 2015 tait lanne de lvaluation du mandat de 4 ans (2011-2014) du LR11IPT02 tel que intgr dans le contrat-programme institutionnel avec le Ministre de lEnseignement Suprieur et la Recherche Scientifique. Les rapports dauto-valuation et de candidature pour une reconduite du laboratoire (2015-2018) ont t soumis dans les dlais et lvaluation externe par le Comit National dEvaluation des Activits de Recherche (CNEAR) qui devait avoir lieu en Septembre 2015 en vue dune reconduction effective sur le plan budgtaire fin 2015 na t effective quen Fvrier 2016. Les 3 quipes impliques dans le Laboratoire ont continu leurs travaux de recherche sur leurs thmatiques respectives et ont une production scientifique en progression significative lors de lanne 2015. Ci-aprs sont rsums les principaux rsultats obtenus. Le Conseil de Laboratoire a tenu des runions rgulires dont les dbats sont consigns dans des procs verbaux. 1re quipe : Epidmiologie, Surveillance et Contrle (Chef dquipe : Afif BEN SALAH, MD/PhD, Professeur en Mdecine Prventive) Nos axes d'activit concernent spcifiquement: A. Les systmes de surveillance pidmiologique : Ce programme consiste la participation, l'laboration et la mise en place des nouveaux systmes de surveillance et de veille sanitaire qui incorpore en plus des donnes temporelles sur les maladies (essentiellement celles dclaration obligatoire, les maladies mergentes et r-mergentes et les maladies potentiel pidmique), des informations dmographiques, cologiques et gographiques superposes dans des cartes lectroniques plusieurs couches. Ces outils permettraient la modernisation et l'amlioration de la performance des systmes d'informations sanitaires actuels pour une meilleure gestion des risques sanitaires. Cette activit se droule dsormais en collaboration avec la Direction des soins de sant de Base (DSSB) et le laboratoire de rfrence de la grippe au CHU Charles Nicole pour mettre niveau le systme de surveillance pidmiologique. Dans le cadre de cette collaboration un projet intitul "Renforcement de la surveillance de la grippe en Tunisie", financ par le CDC dAtlanta, USA a t mis en place en 2014. Ce projet vise amliorer les performances du systme de surveillance sentinelle actuel dici 2018. Ainsi les objectifs, les composantes et l'organisation du dispositif national de surveillance de la grippe ont t rviss afin de renforcer ses capacits, en utilisant des mthodologies et des procdures normalises. Un protocole dvaluation mi -parcours de ce nouveau systme de surveillance a t rdig et sera mis en place en 2016. Lvaluation couvrira la structure, lorganisation, le processus et les produits du systme de surveillance et de riposte et devra pouvoir implmenter les mesures correctives permettant datteindre les objectifs fixs. Un 2eme projet financ par lOrganisation Mondiale de la Sant (OMS), a t entrepris avec la DSSB, vise mettre en place un systme dinformation pidmiologique lectronique qui englobe les maladies dclaration obligatoire et lactivit des centres de sant de base. Ce systme intgre pour la premire fois une carte lectronique de tout le pays dont la rsolution atteint le village. Ce systme est en cours de dveloppement avec lappui dun comit de pilotage national sous la coordination scientifique du service dEpidmiologie Mdicale (Afif Ben Salah, Jihene Bettaieb, Wafa Aissi, Rihab Yazidi, Sana Chaabane, Hayet Mhenni, Adel Gharbi, Mongi Dellagi, Aicha Boukthir, Sadak Chlif, Wissem Zid et collaborateurs). B. La Recherche clinique pour le dveloppement de mdicaments anti-leishmaniens et de tests de diagnostic rapide : La recherche clinique selon les standards internationaux des Bonnes Pratiques Cliniques reprsente un volet trs actif au sein du service. En effet, en collaboration avec des organismes de recherche

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nationaux et internationaux, on contribue au dveloppement et lenregistrement, en Tunisie et aux Etats Unis dAmrique, dun nouveau mdicament anti-leishmanien sous forme de pommade. Il sagit dun produit compos de paromomycine 15%, gentamycine 0,5% dans un vhicule hydrophile. De plus, une srie dessais thrapeutiques (deux tudes en phase II et une tude en phase III) pour tester un nouveau mdicament anti-leishmanien sous forme de pommade (WR279396) ont t ralises. Ces essais ont conclu l'efficacit du nouveau produit test (80 94%) et sa trs bonne tolrance (absence de toxicit systmique). Il s'agit d'essais cliniques multi-centriques regroupant trois institutions internationales (l'Institut Pasteur de Tunis, L'Institut Pasteur Paris et l'Institut Walter Reed, USA). Pour la premire fois en Tunisie, cette activit a t renforce par limplmentation dun centre de recherche clinique, oprant selon les normes internationales de bonnes pratiques cliniques, dans le gouvernorat de Sidi Bouzid, en pleine zone dendmie leishmanienne. Ce centre est totalement intgr aux soins de sant de base, et comporte par ailleurs un local pour la logistique, un laboratoire et une unit mobile (2 mdecins, 2 infirmiers, 2 vhicules tout terrain avec 2 chauffeurs) pour la mise en uvre des essais sur le terrain. Il se base sur le systme des soins de sant primaires pour le recrutement des sujets volontaires. Un test de diagnostic rapide (CL-Detect) a t test et valid intgralement dans notre groupe pour la composante sensibilit, il a t enregistr en 2014 lUS-FDA. (Afif Ben Salah, Amor Zaatour, Jihene Bettaieb, Rihab Yazidi, Sana Chaabane, Hayet Mhenni, Adel Gharbi, Nabil Belhadj Hmida, Mongi Dellagi, Aicha Boukthir, Sadak Chlif, Wissem Zid et collaborateurs). C. Epidmiologie molculaire des parasites Leishmania major : effet du temps et de la rpartition gographique sur le profil gntique des leishmanies : Le groupe dEpidmiologie continue alimenter sa banque de souches de leishmanies afin de tester des hypothses en rapport avec la variabilit gntique des souches en fonction du type de rongeur et de lexpression clinique de la maladie chez lhomme. Des comparaisons entre le profil gntique des souches anciennes (collects en 1990) et les souches rcentes (collects 20 ans plus plu tard) ainsi que lorigine gographique ont permis dvaluer leffet du temps et de lappartenance gographique sur le profil gntique des souches de leishmanies en Tunisie. (Mariem Harrabi, Afif Ben Salah, Wissem Ghawar, Jihene Bettaieb, Rihab Yazidi, Sana Chaabane, Hayet Mhenni, Adel Gharbi, Nabil Belhadj Hmida, Mongi Dellagi, Aicha Boukthir, Sadak Chlif, Wissem Zid, Wassim Zaatour, Mohamed Ali Snoussi, Sadak Salem, Kaouther Jaouadi et collaborateurs). D. Modlisation spatiale de la dynamique des rongeurs Mriones et son impact sur lmergence de la maladie : Une tude pidmiologique a vis lvaluation de la dynamique spatiale du rongeur Meriones Shawi : 30 rongeurs ont t quips de colliers metteurs et ont t suivis de faon hebdomadaire par radio-tlmtrie. Cette tude a montr pour la 1re fois que ce rservoir se dplace et on a pu quantifier ses dplacements (distance moyenne parcourue pendant 9 mois = 1.4 km) ce qui explique la diffusion spatiale de la leishmaniose cutane en Tunisie. Un modle mathmatique intgrant les paramtres intrinsques de transmission et la dynamique spatiale est en cours de conception (Wajdi Zaatour, Afif Ben Salah, Wissem Ghawar, Bilel Chalghaf, Jihene Bettaieb, Sadak Chlif, Sadak Salem, Mohamed Ali Snoussi). E. Qualification pour la coordination scientifique dun centre dinvestigation clinique (CIC) : Cette qualification suit la prsentation lappel doffre lanc conjointement par le Ministre de la Sant et le Ministre de la Recherche pour nommer quatre CIC lchelle nationale. Notre CIC intitul Maladies transmissible : histoire naturelle et outils innovants pour le diagnostic, la prvention et le traitement , est constitu de six quipes multidisciplinaires en relation avec les hpitaux de la Tunisie, sous la coordination du Pr. Afif Ben Salah. Ce centre a t valu et retenu le 25 dcembre 2014. Son objectif vise mieux contribuer au contrle des maladies transmissibles les plus frquentes en Tunisie (leishmaniose, hpatite, tuberculose) et promouvoir les bonnes pratiques cliniques dans le pays, il complte naturellement lactivit des laboratoires de recherche en assurant limplmentation des produits de la recherche sur le terrain (Afif Ben Salah, Amor Zaatour, Jihene Bettaieb, Wafa Aissi, Rihab Yazidi, Sana Chaabane, Hayet Mhenni, Adel Gharbi, Nabil Belhadj Hmida, Mongi Dellagi, Aicha Boukthir, Sadak Chlif, Wissem Zid, Wajdi Zaatour, Mohamed Ali Snoussi, Mariem Harrabi, Amina Khedher, Bilel Chalghaf, Ferdaous Wertani et collaborateurs).

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F. Le centre de formation rgional financ par lOMS/ TDR : LInstitut Pasteur de Tunis a t slectionn en Mai 2015 pour hberger le Centre Rgional de Formation (RTC) sur les maladies ngliges, sous la coordination scientifique du Pr. Afif Ben Salah. Ce centre est le 6me lchelle internationale. Sa vocation essentielle est la formation dans le domaine de lthique, des bonnes pratiques cliniques et de limplmentation de la recherche. Ce centre a dj hberg un cours international en rapport avec limplmentation de la recherche et se prpare pour organiser des cours nationaux et internationaux en rapport avec lthique bio-mdicale, les bonnes pratiques cliniques (BPC), de laboratoires (BPL) et en recherche dans le domaine de la sant (Afif Ben Salah, Sadak Chlif, Wissem Zid, Aicha Boukthir, Hayet Mhenni, Adel Gharbi, Jihene Bettaieb, Wissem Ghawar, Rihab Yazidi, Sana Chaabane et collaborateurs). . 2

me quipe : Immunobiologie des Leishmanioses (Chef dquipe: Dhafer Laouini, PhD,

Biologiste Principal) Notre groupe sintresse trois axes complmentaires essentiels pour la comprhension de la physiopathologie des leishmanioses travers ltude (i) de lImmunit et corrlats de protection contre linfection par Leishmania (L.), (ii) de linteraction hte-parasite par des approches gnomiques, transcriptomiques, protomiques, rgulomiques et mtabolomiques et (iii) de limmunobiologie du phlbotome, vecteur de la leishmaniose. A. Identification de peptides de protines parasitaires secrtes/excrtes dont la prsentation induit la production de granzyme B : La rponse des lymphocytes T cytotoxiques spcifiques du parasite Leishmania est lune des composantes de la rponse immune acquise dveloppe contre ce pathogne et contribue la rsistance la rinfection. Une approche immuno-informatique ralise sur les principales protines potentiellement excrtes/scrtes a permis didentifier des peptides qui pourraient tre cibles par la rponse anti-parasitaire cytotoxique. Ainsi, soixante-dix-huit (78) peptides nonamriques susceptibles dtre prsents par les molcules du complexe majeur dhistocompatibilit HLA-A * 0201 ont t identifis et leur capacit de liaison aux molcules HLA-A2 a t value par approches immuno-informatiques a t ralise. Ces peptides ont t synthtiss puis regroups en 20 pools et leur immunognicit a t value, suite une stimulation in vitro de cellules mononucles du sang circulant dindividus HLA-A2

+ guris de leishmaniose cutane cause par L. major . Six peptides parmi

eux ont t identifis pour leur capacit induire la production de granzyme B. Parmi ces derniers, trois ont montr une haute affinit pour la molcule HLA-A* 0201 humaine et appartiennent respectivement un facteur dlongation et deux protines parasitaires fonctions inconnues. Ces protines pourraient constituer de potentiels candidats vaccins anti-leihmaniens (Ikbel Naouar, Thouraya Boussofara, Melika Ben Ahmed, Hechmi Louzir et collaborateurs). B. La protine immuno-dominante PpSP32 de Phlebotomus (P.) papatasi comme marqueur dexposition aux piqures du vecteur : Au cours d'un repas de sang, les femelles du phlbotome, vecteur du parasite Leishmania, injectent de la salive dans la peau de l'hte. Cette salive contient une grande varit de composants qui exercent diffrentes activits pharmacologiques. En outre, les protines salivaires sont capables d'induire la production d'anticorps qui leur sont spcifiques et qui pourraient tre utiliss comme marqueurs dexposition aux piqres du vecteur. Notre quipe a pralablement dmontr que lune de ces protines salivaires, la PpSP32 est un antigne immunodominant reconnu spcifiquement par des anticorps dindividus exposs aux piqres de P. papatasi, vecteur de L. major. Au cous de nos travaux, nous avons valid, sur une large cohorte de 522 personnes, l'utilisation de la protine salivaire recombinante (r) PpSP32 comme marqueur d'exposition la piqure de phlbotomes. Nous avons galement dmontr que le dpistage de lexposition aux piqures pourrait se faire aussi bien par la dtection danticorps IgG anti-rPpSP32 totaux que par celle des anticorps anti-rPpSP32 de classes et sous-classes IgG2, IgG4 et IgE. Toutes ces donnes indiquent que la rPpSP32 pourrait constituer un outil pidmiologique utile pour la surveillance de la distribution spatiale du vecteur P. papatasi dans une rgion donne. Il pourrait galement permettre damliorer la qualit des programmes de lutte contre la leishmaniose cutane zoonotique cause par L. major et plus particulirement daugmenter lefficacit des campagnes de lutte anti-vectorielle (Soumaya Marzouki, Melika Ben Ahmed, Hechmi Louzir et collaborateurs).

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C. Micro-htrognit gntique des souches de Leishmania (L.) major dans les foyers mergeants de la leishmaniose cutane zoonotique : Dans cette tude, nous avons appliqu la mthode de typage des microsatellites (MLMT) en utilisant dix marqueurs hautement informatifs et discriminantes pour tudier la structure gntique de 35 isolats de L. major obtenus chez des patients vivant dans cinq diffrents foyers du Centre tunisien (deux anciens et trois foyers mergents). Les reconstructions phylogntiques bases sur les distances gntiques ont montr que neuf des dix loci tests taient homognes dans tous les isolats avec allles homozygotes, alors quun locus (71AT) avait un profil bi-alllique 58/64 pb avec lun des allles li des foyers mergents. Les parasites promastigotes exprimant l'allle de 58 pb ont tendance tre plus rsistants in vitro la lyse par le complment. Ces rsultats, qui mettent l'accent sur une ventuelle dpendance gographique de la micro-htrognit gntique, peuvent amliorer notre comprhension de l'pidmiologie de cette forme pidmique (Hanne Attia, Rabiaa Manel Sghaier, Aymen Bali, Fatma Z Guerfali, Ghada Mkannez, Koussay Dellagi, Dhafer Laouini et collaborateurs). D. Gnomique comparative disolats de L. major induisant une expression clinique contraste de la leishmaniose cutane humaine : Linfection L. major induit chez les patients des lsions dont la svrit est variable. On sait cependant trs peu sur les mcanismes sous-jacents cette diversit. Notre hypothse est que la variabilit gntique intra-espce des souches parasitaires pourrait largement contribuer la diversit de lexpression clinique de la maladie observe chez les patients. Sur la base de donnes pidmiologiques et dexprimentations in vitro, nous nous sommes concentrs sur deux isolats cliniques montrant une gravit contraste chez les patients desquels ils ont t obtenus. Nous avons utilis la technique de squenage ADN haut dbit afin d'identifier les variants gntiques ayant un potentiel de discrimination entre ces deux isolats. Les rsultats montrent diffrents niveaux d'htrognit entre les deux isolats de L. major en terme de variations chromosomique ou gniques (CNV) et que la divergence intra-spcifique pourrait tre lie des polymorphismes nuclotidiques (SNP) et des vnements dinsertion/dltion (indels). Fait intressant, les gnes touchs par ces deux types dvnements (SNP et indels) sont corrls avec les CNV gniques. La contribution de ces diffrences la variabilit de lexpression clinique de la maladie reste dmontrer fonctionnellement. Cependant, des analyses omiques plus pousses sont ncessaires pour une meilleure comprhension des facteurs de svrit clinique de la maladie (Amel Ghouila, Chiraz Atri, Dhafer Laouini, Fatma Z Guerfali et collaborateurs). 3me quipe : Dysimmunit et Infections (Chef dquipe :Mohamed Ridha BARBOUCHE, MD/PhD, Professeur en Immunologie) A . Etude de situations dysimmunitaires par chappement et modulation des rponses immunes, induites par les mycobactries:

a- Etude de la modulation des rponses inflammatoires et apoptotiques du macrophage humain infect par des mycobactries

Nous avons dj dmontr le rle important jou par le facteur de transcription FOXO3 dans l'apoptose des macrophages humains infects par le BCG. En effet, nos rsultats indiquent que le facteur de transcription FOXO3 serait responsable de linduction de lexpression de deux facteurs pro-apoptotiques, NOXA et PUMA, causant une mort caspases-indpendante. L'apoptose accrue des macrophages infects par le BCG a t considre comme bnfique pour l'tablissement d'une rponse adaptative optimale, conduisant une plus grande protection contre la tuberculose. Booster l'apoptose lors de la vaccination par le BCG, travers l'activation de FOXO3, pourrait donc confrer une meilleure protection contre la tuberculose. Afin de vrifier cette hypothse, un projet de collaboration Tuniso-Indien, qui consiste valuer l'effet d'une nouvelle composition vaccinale contenant le BCG mlang avec des activateurs de FOXO3 est actuellement en cours. Nous continuons aussi l'valuation de l'effet de FOXO3 sur la rponse du macrophage aux infections mycobactriennes. Les rsultats prliminaires suggrent que FOXO3 est aussi impliqu dans la phagocytose des mycobactries (Makram Essafi, Mariem Houas, Rania Bouzeyene).

b- Caractrisation de leffet de certains facteurs de virulence de M. tuberculosis sur les rponses macrophagiques

Les facteurs de virulence de la souche pathogne, Mycobacterium tuberculosis (Mtb), notamment le complexe ESAT-6/CFP10 jouent un rle majeur dans la pathogense de la tuberculose. Cependant,

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les tudes portant sur les fonctions biologiques de l'ESAT-6 ont conduit des rsultats discordants et son rle reste toujours controvers. Nous avons pu montrer que la controverse, autour des fonctions biologiques d'ESAT-6, serait de une diffrence dans les protocoles de purification de l'ESAT-6 recombinante. Notre travail propose aussi que dans les conditions physiologiques une dissociation du complexe CFP10/ESAT-6 et la libration de l'ESAT-6, seule responsable de la lyse cellulaire, serait une phase ncessaire afin de favoriser la dissmination de l'infection. Nous avons aussi gnr des rsultats suggrant que le facteur ESAT-6 serait derrire le dtournement de la rponse macrophagique d'une rponse du type M1 vers une rponse anti-inflammatoire du type M2 (Makram Essafi, Amira Refai).

c- Exploration de la rponse immune dirige contre les antignes de latence et de ractivation identifis en vue dvaluer leur potentiel diagnostique :

Ltude des rponses immunes diriges contre M. tuberculosis pendant la phase de dormance (forme latente) et celle de ractivation (forme active) de la tuberculose constitue une approche pouvant aider identifier de nouvelles cibles pour lidentification de bio-marqueurs permettant de discriminer la forme active de la forme latente de la maladie. Cette discrimination est cruciale notamment pour lidentification de ce rservoir potentiel que sont les proteurs sains qui dans la stratgie post-2015 de lOMS, notamment ceux infects rcemment, devraient tre identifis et traits. Dans ce but, plusieurs antignes spcifiques de ractivation (Rv0140) et de latence (Rv2660c et Rv3704) de M. tuberculosis ont t clons et exprims dans E. coli et P. pastoris et les rponses immunes cellulaires par des IGRA dvelopps avec ces antignes sont actuellement investigues chez 3 groupes dinvividus: TB pulmonaire active, avec infection latente et contrles sains. Nous avons galement valu lintrt de lutilisation du test Quantiferon-TB Gold pour le diagnostic de la tuberculose ganglionnaire, qui progresse en Tunisie et dont le diagnostic tiologique et diffrentiel reste difficile. Nos rsultats prliminaires semblent indiquer une sensibilit meilleure du test dans le contexte de la tuberculose ganglionnaire (90%) que dans la forme pulmonaire (76%). Enfin, dans un projet ACIP, nous avons essay de valider un test HBHA-IGRA pour le diagnostic de la tuberculose pulmonaire latente. Lobjectif tant dobtenir des donnes sur la prvalence de la TB latente chez les populations Malgache, Tunisienne et Sngalaise o il y a une incidence variable de la tuberculose. Un test HBHA-IGRA dvelopp et standardis lInstitut Pasteur de Lille a t utilis. Cette tude multicentrique est actuellement sur le point de sachever et lanalyse des rsultats sera mene trs bientt (Chaouki Benadbessalem, Rym Ouni, Soumaya Bchiri, Amani Braiek). B. Etude des dysfonctionnements du systme immunitaire lis une susceptibilit gntique de lhte aux infections, dans des modles dterminisme monognique ou multignique :

a- Identification des bases molculaires de Dficits Immunitaires Primitifs (DIPs), notamment dans leurs formes autosomiques rcessives plus frquentes dans notre population fortement consanguine et tude des corrlations gnotype/phnotype (Imen Ben Mustapha, Mariem Ben Ali, Hanen Ouadani, Khaoula Ben Farhat, Nourhen Agrebi, Leila Ben Khemis).

Nous avons poursuivi ce travail avec ltude de lagammaglobulimnie qui est un DIP rare caractris par une absence de lymphocytes B circulants et des taux trs rduits ou nuls danticorps dans le sang. Lobjectif a t de caractriser les bases molculaires de lagammaglobulinmie dans une population maghrbine hautement consanguine, augmentant ainsi les chances didentifier de nouvelles mutations. Parmi les 70 cas dagammaglobulinmie inclus dans ltude nous avons identifi chez 41 garons appartenant 36 familles, la prsence de 33 mutations diffrentes du gne BTK confirmant le diagnostic de Maladie de Bruton lie lX. Concernant les 29 patients (garons et filles) restants et suspects de porter des mutations de gnes autosomiques rcessifs, nous avons squenc les 5 gnes connus pour tre responsables des formes autosomiques rcessives de lagammaglobulinmie nommment IGHM, IGLL1, CD79A, CD79B et VprB. Les mutations identifies touchent 4 patients dont 3 patients appartenant deux familles pour IGHM et 1 patient pour CD79A. Une majorit de nos patients reste donc investiguer, une tude par exome sequencing la recherche de nouveaux gnes impliqus a t entame. Par ailleurs, aprs avoir dmontr limplication dun nouveau gne dans le syndrome hyper-IgE (HIES) identifi dans deux familles multiplexes tunisiennes non apparentes chez lesquelles nous avons exclu limplication du gne STAT3, responsable de la forme classique autosomique dominante du HIES et reprsentant 70% des cas en Europe et aux USA; nous avons poursuivi ltude fonctionnelle de ce dficit touchant lenzyme PGM3 qui appartient la famille des phospho-exose mutases et permet la production dun prcurseur essentiel de la glycosylation protique. Par ailleurs, nous avons pu dmontrer lexistence dun effet fondateur pour une mutation dans notre population.

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b- Etude du rle de polymorphismes de gnes de la rponse immune inne au cours de la

tuberculose maladie : Dans le cadre de ltude des modles de susceptibilit dterminisme multignique aux infections, nous nous sommes intresss notamment ltude du rle de polymorphismes gntiques des TLRs dans la rsistance/susceptibilit la tuberculose dans la population tunisienne en utilisant une cohorte cas/tmoins avec validation de leffet fonctionnel de ces variations. Nous avons ainsi tudi limplication du polymorphisme I602S du gne TLR1 dans la susceptibilit/rsistance la tuberculose. Ce polymorphisme situ dans la rgion transmembranaire du rcepteur affecte le trafficking du rcepteur vers la membrane et a t associ dans la littrature une protection contre la lpre (Meriem Ben Ali).

c- Evaluatio