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Notions de microbiologie
générale
Journée des correspondants en hygiène débutants du 20-11-2015
Dr J GAGNAIRE-Unité d’hygiène inter-hospitalière-Service des Maladies infectieuses
Différents agents infectieux
• les bactéries
• les virus
• les champignons
• les parasites
• (Les prions=ATNC=Agents Transmissibles Non
Conventionnels )
Cocci à Gram +
en amas
(staphylocoques)
Cocci à Gram -
en diplocoques, en grains de café
(Neisseria spp.)
Cocci à Gram +
en chainette
(streptocoques)
Cocci à Gram +
en diplocoques
(pneumocoque
= streptocoque)
Coloration différentielle: coloration de Gram
bactéries Gram + colorées en violet
bactéries Gram - en rose
EXAMEN
DIRECT
Au total
• Cocci Gram +
-Ex : staphylocoque, streptocoque, pneumocoque etc…
• Cocci Gram –
-Ex : méningocoque, gonocoque etc…
• Bacille Gram +
-Ex : corynebacterie, clostridium, bacillus, listeria, etc…
• Bacille Gram
-Ex : entérobactéries, pseudomonas etc…
• Autres bactéries :
-Ex : mycobactéries (Mycobacterium tuberculosis)-bactéries atypiques :
mycoplasme, chlamydia…-
Les bactéries multi résistantes aux ATB =BMR
Les bactéries émergentes hautement résistantes
aux ATB=BHRe
BMR les + fréquentes, résistantes par différents
mécanismes + ou – transférables entre bactéries,
résistances aux ATB acquises (≠naturelles) :
• SARM = BMR
• Entérobactéries résistantes aux C3G
(production de BLSE) = BMR
• Entérobactéries résistantes aux carbapénèmes
(production de carbapénémases)= BHRe
• Entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) =
BHRe
ER+PCC chez
patients avec FR
d’acquisition de
BHRe
(rapatriement,
hospitalisation
étranger dans les
6 mois…)
Structure d’un virus
et « mode de vie »
-Génome : ARN ou ADN
-Capside protéique : cubique ou hélicoidale
-Enveloppe CLASSIFICATION
1 virus = 1 génome avec une protection, dans le milieu extérieur
Le virus nécessite pour son développement un parasitisme
intracellulaire absolu
Absence de croissance, structure définitivement organisée
Principaux virus rencontrés
A- Virus respiratoire
Grippe, VRS (virus respiratoire syncytial),
Varicelle, Oreillons, Rubéole, Rougeole...
B- Virus entériques
Rotavirus, Adenovirus, Entérovirus, Hépatite A…
C- virus cutanés
Herpes, Varicelle …
D- Virus du sang et des tissus
Hépatite B, Hépatite C, HIV…
Différentes techniques de diagnostic
microbiologique pour les agents
infectieux
• Cultures : ++ bactéries
• Recherche d’antigène (ex : recherche Ag
streptocoque A)
• Recherche d’anticorps = sérologies
• Mise en évidence du génome (ex : PCR )
Culture bactériennes(besoins en nutriments, en oxygène ou non
(aérobie/anaérobie-…), facteurs de croissance, 37°C ou 30°C…)
Autres agents infectieux
• les champignons : microscopiques (levures : candida, moissures : aspergillus, penicillium…)
• les parasites : ectoparasites et endoparasites
• (Les prions) : conversion d’une protéine ?
Flore microbienne (=microbiote)
Ensemble des micro-organismes présents en un
site donné. Essentiellement des bactéries et
champignons.
La contamination par des agents infectieux peut
être limitée par cette flore
Distinction selon l’habitat
• Micro-organismes commensaux : (latin mensa : table) résidents habituels de la peau et des muqueuses des animaux et des êtres humains = flore humaine.
• Micro-organismes saprophytes : (grec sapros : fumier) résidents habituels de l’environnement(terre, eau) se nourrissent de la matièreorganique en décomposition = floreenvironnementale
=notion de flore transitoire (floreenvironnementale + d’autres individus)
La flore cutanée
• Répartition hétérogène sur la peau :
- Bactéries aérobies : couches superficielles. (Genres
staphylococcus, corynebacterium
- Bactéries anaérobies : follicules pileux, glandes sébacées
(Propionibactérium acnes
• Répartition hétérogène dans la population :
- Staphylococcus aureus : 19 à 40% de la population.
La flore du tube digestif
• Estomac : acidité +++ (pH=2), peu de germes.
• Intestin : présence ++ à partir de l’iléon
terminal, environ 400 espèces différentes,
variation liée à l’alimentation.
• Entérobactéries +++, Anaérobies strictes ++ …
• Fonctions majeures : métabolisme, barrière
contre les autres pathogènes
Distinction selon la pathogènicité
Bactéries pathogène spécifiques : à l’origine
d’une maladie infectieuse bien déterminée
• Virulence+++
• Contagiosité+++
• communautaire>>nosocomiale
Bactéries : tuberculose, typhoide
Virus : grippe, hépatite, rotavirus
Distinction selon la pathogènicité
Bactéries pathogène opportunistes : (= non
pathogènes), normalenent présentes dans la
flore humaine mais qui lors d’une
immunodépression deviennent pathogènes.
Pathogènes commensaux
opportunistes
• Réservoir : flores humaines
• Virulence variable (Staphylocoque doré >>staphylocoque blanc)
• Non contagieux mais transmission possible entre individus (manuportée ++)
• Origine : nosocomiale>>communautaire
• Microorganismes :
Bactérie : staphylocoque doré, pneumocoque, colibacille…
Champignon : candida
Pathogènes saprophytes opportunistes
• Réservoir : environnement : eau/air
• Virulence faible
• Non contagieux mais transmission possible par contamination par l’environnement
• Origine : nosocomiale>communautaire (rare)
• Microorganismes :
Bactérie : légionnelle
Champignon : aspergillus
� Niveau d’agressivité du micro-organisme.
� Fragilité du patient
� Pénétration par la bonne porte d’entrée(ex : le virus de la grippe = porte d’entrée aérienne, si
on mange le virus on ne craint rien).
� Quantité de microorganismes (inoculum)
Notion de pathogénie pour l’homme
Chaîne de transmission épidémiologique
Réservoirs :
• Humain
• Environnement
Transmission :
• Contact
•Aérien :
•Gouttelettes
•Aéroporté
Hôte
récepteur
• l'homme
• l'animal
• l'environnement (eau, air, surfaces)
d’où notions origines « endogène » ou
« exogène »
Réservoirs des agents infectieux
Modes de transmission
• par contact (directs
ou indirects)
• par voie aérienne
(gouttelettes,
aérosols)
• par l'intermédiaire
de vecteurs (ex :
insectes)