Sous-ensembles naturelsRhne-Alpes s'tend du Massif central l'ouest jusqu'aux Alpes l'est. Entre ces deux ensembles montagneux se trouve la valle du Rhne.

Massif Central l'ouest, la rgion se compose de la partie orientale du Massif central:

Monts et plaine du Forez Massif du Pilat Monts du Vivarais Monts du Beaujolais Monts du LyonnaisLe Massif central rhnalpin culmine au mont Mzenc (altitude 1753mtres).

VallesAu centre, la rgion est traverse du nord au sud par les valles de la Sane et du Rhne ainsi qu' l'est par la valle de l'Isre. A l'Ouest, elle est traverse par la Loire .

JuraAu nord-est de la rgion, s'tend le Jura. Du nord vers le sud, les plis mridionaux du Jura laissent place aux Alpes du nord. Le point culminant du Jura se trouve, en Rhne-Alpes, au Crt de la Neige (altitude 1718mtres).

Alpes l'est, la rgion s'tend sur les Alpes avec des rgions de haute montagne. Les Alpes dauphinoises et savoyardes sont fortement marques par les dernires glaciations (larges valles de l'Isre et de la Maurienne / Mrina, et ses lacs). Les Alpes sont facilement pntrables grce au sillon alpin, qui comprend les cluses de Grenoble et Chambry, ainsi que le Grsivaudan et la combe de Savoie.

En Isre, la chane de Belledonne (altitude 2977mtres) longe le Grsivaudan et les massifs du Pelvoux et des crins (altitude 4102mtres) forment la frontire de l'Isre avec les Hautes-Alpes.

Le point culminant des Alpes se trouve, en Rhne-Alpes, au Mont-Blanc (altitude 4810mtres, le plus haut sommet d'Europe hors Caucase).

Les grands glaciers comme celui du Montenvers (Mer de Glace), des Bossons, ou d'Argentire se rduisent fortement en raison du rchauffement climatique.

VercorsCet important massif, haut lieu de la rsistance franaise, chevauche la partie Est de la Drme et la partie Sud-ouest de l'Isre en constituant les Pralpes. Il comporte des cols comme celui du Rousset, des valles trs troites comme les Grands Goulets et de nombreuses grottes comme celles des grottes de Choranche. Le point culminant du Vercors se trouve, en Rhne-Alpes, au Grand Veymont (altitude 2341mtres). Un autre de ses sommets connus est le Mont-Aiguille (altitude 2086mtres) prs de Clelles en Isre.

LacsLa rgion contient les plus grandes tendues d'eau douce de France:

Lac de Nantua (Ain), avec plages

Lac de Barterand (Ain), avec plage

Lac de Laffrey (Isre), avec plages et pdalos

Lac de Paladru (Isre), avec plages et pdalos

Lac de Miribel Jonage (Rhne - Ain), avec plages, animations nautique

Lac du Monteynard (Isre), avec plages et promenades en bateau

Lac du Bois Franais (Isre), avec plage

Lac d'Aiguebelette (Savoie), avec plages

Lac du Bourget (Savoie), avec plages et promenades en bateau, centre nautique Aix-les-Bains Lac de Saint-Andr (Savoie), avec plage

Lac d'Annecy (Haute-Savoie), avec plages et promenades en bateau, centres nautiques Annecy et quelques autres communes situes sur les rives du lac

Lac Lman (Haute-Savoie) sur sa partie franaise limitrophe de la Suisse, dans la partie sud du lac, avec plages et promenades en bateau, centres nautiques Thonon-les-Bains, vian-les-Bains et quelques autres communes situes sur les rives du lac.

Lac d'Issarls (Ardche) Le plus profond de France aprs le Lac du Bourget.