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MINISTÈRE DE L’ENSEIGNEMENT SUPÉRIEUR ET DE LA RECHERCHE

MINISTERE DE L’ECOLOGIE, DU DÉVELOPPEMENT DURABLE ET DE L’ENERGIE

MUSÉUM NATIONAL D'HISTOIRE NATURELLEDirection de l'Enseignement, de la Pédagogie et des Formations

Unités d’enseignementSpécialité Unité et Diversité du Vivant (UDV)

Analyse protéomique par électrophorèse bi-dimensionnelle et spectrométrie de masse, UDV7b 2Atelier : Ciblage d’un gène par ARNi et conséquences fonctionnelles, UDV7a/ NV572 Master BMC 3Atelier : Imagerie 3D pour les Sciences de la Vie, UDV26 4Atelier : Isolement et analyse structurale de biomolécules, UDV 9 5Atelier : Régulation d’une fonction dans 3 espèces différentes : approches comparatives, in vivo et in silico, UDV13 6Atelier : Transfert de gènes in vivo, UDV-10 7Atelier "Animaux sentinelles", UDV11 8Atelier "vidéo microscopie, microscopie confocale et imagerie numérique", UDV10b 9Bases moléculaires des interactions entre l’environnement et grandes fonctions, UDV 12 10Biodiversité des micro-organismes, UDV 4 11Biologie in silico (B.I.S), UDV21 12Colloque de la SFET - Société Française pour l’Etude des Toxines, UDV27 16Des gènes aux écosystèmes, EBE 1 - UDV 16 17Diversité des génomes dans le monde vivant, UDV1 18Diversité des métabolites synthétisés, UDV 6 19Diversité des toxines protéiques de venins et de bactéries, UDV15 20Diversité fonctionnelle et structurale des protozoaires, UDV 22/NV 580 Master BMC 21Evaluation des risques en toxicologie et écotoxicologie 22Introduction à la biodiversité des micro-organismes : de la cellule à la molécule, UDV 2 23Méthode d'étude des médiateurs chimiques dans le monde vivant, UDV 24 24Projet scientifique, UDV 28 25Régulations hormonales et grandes fonctions en physiologie comparée, UDV3 26Relations symbiotiques et interactions hôtes-parasites chez les micro-organismes, UDV 23 27Réponses aux toxiques des organismes et des populations, UDV 5a 28Substances naturelles: de l'Ethnopharmacologie à la caractérisation structurale, UDV 8 29Toxicologie nucléaire et toxiques chimiques liés aux activités humaines, UDV 14 30Valorisation des travaux de recherche & Technologies du Vivant 31

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Analyse protéomique par électrophorèse bi-dimensionnelle etspectrométrie de masse, UDV7b

3 ECTS

Responsables de l'UE Danièle Praseuth, MC (Muséum) ; Anne-Laure Guieysse-Peugeot, MC (Muséum)

Equipe pédagogique Danièle Praseuth, (Muséum), Anne-Laure Guieysse-Peugeot, MC (Muséum), Jean Pylouster (CNRS), Tula Saison-Behmoaras (Muséum), Filippo Rusconi (CNRS), Gildas Mouta Cardoso (Muséum)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 15 h (CM et TD : 15 h ; TP 25 h)Nombre de semaines : CM et TD 2 demi journées, TP 6 demi-journéesMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S3] et [S3]Effectifs prévus : 12 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE

a) Objectifs Aborder l'utilisation d'approches globales en biologie par une étude expérimentale du protéome.

b) Thèmes abordés Analyse comparative du protéome par électrophorèse bi-dimensionnelle suivie d'identification de protéines par spectrométrie de masse ; - Analyse et traitement des données, interrogation de banques de données.

c) Pré-requis Niveau L2-3

d) Organisation pédagogique Ce module se compose d'un stage pratique où les étudiants réaliseront une électrophorèse bidimensionnelle suivie d'une analyse différentielle des protéines issues de deux échantillons biologiques. Certains "spots" seront traités puis analysés en vue de l'identification des protéines qu'ils contiennent par MALDI-TOF. Les résultats seront interprétés à l'aide de données disponibles sur le web. Evaluation : une présentation orale d'une analyse d'article et un compte-rendu écrit.

Contacts Danièle Praseuth, 01.40.79.36.84, [email protected] Anne-Laure Guieyesse, 01.40.79.36.84, [email protected] MNHN/CNRS -INSERM U565, Régulation et dynamique des génomes, 43 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05


Atelier : Ciblage d’un gène par ARNi et conséquencesfonctionnelles, UDV7a/ NV572 Master BMC

3 ECTS

Responsable de l'UE : Linda Kohl, MNHN

1. Descriptif de l'UE

Volumes horaires globaux : 30H (TD et travaux expérimentaux)Nombre de semaines : 1 semaineMNHN : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les Ecosystèmes et MCT (Molécules Cibles et Thérapeutiques)Paris VI :Master Sciences et TechnologiesMention : Biologie moléculaire et cellulaireSemestre où l'enseignement est proposé: [S3]Effectifs prévus : 8 étudiants

2. Présentation pédagogique de l'UE

a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement : - Utiliser différentes méthodes pour générer l'ARN interférence et éteindre l'expression de gènes chez un organisme modèle, le trypanosome- Analyser les conséquences de l'extinction des gènes étudiés sur le comportement des cellules, notamment par microscopie optique et immunofluorescence

b) Thèmes abordés - Comparaison des méthodes disponibles ;- Préparation d'ARN double brin et transfection de cellules eucaryotes- Observation du phénotype par microscopie de fluorescence - Etude du temps de réponse.

c) Organisation pédagogique Les enseignements sont donnés par les chercheurs et enseignants chercheurs de l'équipe pédagogique :

d) Contacts :: Linda KOHL MCAM-FRE CNRS/MNHN 3206 Eq Biologie fonctionnelle des protozoaires, CP 52, 57 rue Cuvier, 75231, Paris Cedex 05, Tel : 0140793503, Fax : 0140793499, Courriel : [email protected]


Atelier : Imagerie 3D pour les Sciences de la Vie, UDV263 ECTS

Responsable de l'UE : Dellinger Marc, MC MNHN

Equipe pédagogique Renaud Boistel (MNHN), Gaël Clément (MNHN), Marc Dellinger (MNHN), Didier Geffard-Kuriyama (MNHN)

1. Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30h (CM : 12h ; TD : 18h)Mention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialités : UDV (Unité et Diversité du Vivant), SEP (Systématique, Evolution, Paléontologie), QP (Quaternaire et Préhistoire)Semestre où l'enseignement est proposé : [S2, S3]Effectifs prévus : 20 étudiants


a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement Acquérir l'autonomie dans l'installation et l'exploitation de logiciels libres pour l'imagerie scientifique, ainsi que les bases du traitement, de l'analyse et de la visualisation d'images 2D & 3D à l'aide d'exemples tirés de la microscopie de fluorescence et de la tomographie.b) Thèmes abordés * logiciels libres pour l'imagerie scientifique*acquisition des images numériques* traitement d'images numériques*segmentation des objets*reconstruction volumétrique*visualisation 3D*analyse quantitativec) organisation pédagogique Atelier consacré à la prise en main, l'étude et la manipulation de logiciels de visualisation et de traitement d'images tridimensionnelles de cellules et d'organismes issues de scannerisations tomographiques X et de la microscopie de fluorescence conventionnelle ou confocale.Interventions articulées principalement autour d'exercices dirigés afin de permettre l'acquisition des principes du traitement et de l'analyse quantitative des images numériques 2D/3D, de la segmentation, de la navigation orthographique, de la reconstruction volumétrique et des techniques de rendu surfacique. Les étudiants seront amenés à comprendre et à appliquer les techniques d'imagerie scientifique et d'exploitation de données 3D pour la recherche.L'adaptabilité au public étudiant est l'approche recherchée et aucun bagage technique en informatique n'est requis. Cependant, une pratique régulière de la microinformatique est fortement recommandée.

Enseignements présentiels CM : 12hTravaux encadrés : 18h

Contacts : Marc Dellinger, FRE 3206 CNRS/MNHN, MNHN CP52, 57 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, Tel : 01 40 79 34 99; Fax : 01 40 79 35 13/37 30. [email protected].


Atelier : Isolement et analyse structurale de biomolécules, UDV 93 ECTS

Responsables Angèle Mambu ([email protected] 01 40 79 56 07), Soizic Prado ([email protected] 01 40 79 31 19), Séverine Zirah ([email protected] 01 40 79 31 40), UMR 5157, Département RDDM, CP54, 57 rue Cuvier, 75231 Paris cedex 05.

Equipe pédagogique

Alain Blond (MNHN), Bernard Bodo (MNHN), Michel Cheminant (MNHN), Angèle Mambu (MNHN), Soizic Prado (MNHN), Sévérine Zirah (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H (CM: 3 h; TD: 18 h; Travaux expérimentaux: 9 h)Nombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : MNHN : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les Ecosystèmeset MCT (Molécules Cibles et Thérapeutiques)Paris VI :Master Sciences et TechnologiesMention : Biologie moléculaire et cellulaireParcours « Protéomique structurale et fonctionnelle et MCT (Molécules Cibles et Thérapeutiques)Semestre où l'enseignement est proposé: [S3]Effectifs prévus : 15 étudiants


a) Objectifs Apprendre à isoler des molécules d?intérêt biologique (petites molécules, peptides et protéines) par méthodes séparatives et à caractériser leur structure par spectrométrie de masse et RMN.

b) Thèmes abordés Méthodes séparatives (chromatographies d'adsorption, d'échange ionique, d'affinité, filtration sur gel). Isolement par HPLC de métabolites secondaires à partir d'extraits bruts de plantes et de peptides antimicrobiens à partir de surnageants bactériens.Atelier de spectrométrie de masse (modes d'ionisation ESI et MALDI), LC/MS et de RMN.Atelier de modélisation moléculaire.TD de RMN et de spectrométrie de masse, analyse et traitement des données, caractérisation structurale des composés isolés.

c) Pré-requis Master 1 Chimie, Biochimie et Biologie

d) Organisation pédagogique Cet atelier se composera d'une partie pratique : séparation par SPE, HPLC et chromatographie d'affinité, ateliers de RMN, de spectrométrie de masse et de modélisation moléculaire, et d'une partie théorique sous forme de cours/TD. Les participants présenteront à l'oral par binôme, en fin de formation, la description structurale d'un métabolite secondaire ou d'un peptide à partir de données de RMN et de MS.

Contacts Angèle Mambu [email protected] 01 40 79 56 07Soizic Prado [email protected] 01 40 79 31 19Séverine Zirah [email protected] 01 40 79 31 40FRE 3206 CNRS-MNHN. Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes, 63 rue Buffon, 75005 Paris.


Atelier : Régulation d’une fonction dans 3 espèces différentes :approches comparatives, in vivo et in silico, UDV13

3 ECTS

Responsables de l'UE: L. Coen, MC MNHN & N. Buisine, MC MNHN

Equipe pédagogique N. Buisine (MNHN), M.-S. Clerget-Froidevaux (MNHN), L. Coen (MNHN), A. de Luze (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : TP: 30hNombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée :Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S2]Effectifs prévus : 8 étudiants


a) Objectifs Les objectifs de cette UE sont d'aborder l'étude d'une fonction biologique par des approches multidisciplinaires (prédiction bioinformatique et validation expérimentale), au moyen d'analyses comparées de modèles animaux.

b) Thèmes abordés - L'expression de gènes cibles des hormones thyroïdiennes chez trois organismes modèles : poisson (médaka), amphibien (xénope) et mamifère (souris).- L'outil bioinformatique pour rechercher et identifier des orthologues du (ou des) gène(s) d'intérêt et prédire les séquences régulatrices potentielles qui leur sont associées.- L'implication de ces séquences dans la régulation des gènes d'intérêt in vivo par différentes approches expérimentales, chez les trois modèles choisis (animaux sauvages et transgéniques).

c) Pré-requis UDV3 - UDV5 - UDV11- UDV12

d) 0rganisation pédagogique La semaine sera organisée en quatre sous-ateliers (bioinformatique, modèles médaka, souris et xénope) durant lesquels les étudiants réaliseront les expériences par eux-mêmes et les analyseront. Evaluation fin de semaine : présentation orale des travaux réalisés ; examen écrit de connaissances.

Contacts Laurent Coen, UMR 7221, 01 40 79 57 47, [email protected] Buisine, 01 40 79 57 44, [email protected] Laboratoire de Physiologie Générale et Comparée, UMR7221 Evolution des Régulations Endocriniennes, 7 rue Cuvier, 75005 Paris. Fax : 01 40 79 36 18


Atelier : Transfert de gènes in vivo, UDV-103 ECTS

Responsables de l'UE Laurent Coen, MC MNHN & Marie-Stéphanie Clerget-Froidevaux MC MNHN

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : TP: 30hNombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée :Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : MCT (Molécules et cibles thérapeutiques) et TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: M2-S3 Effectifs prévus : 12 étudiants


a) Objectifs -L'objectif est de permettre aux étudiants de réaliser/interpréter des expériences de transfert de gènes somatique dans un contexte intégré (celui de l'organisme) et évolutif (comparaison xénope/souris).

b) Thèmes abordés - Les régulations transcriptionnelles induites par les hormones thyroïdiennes seront étudiées dans deux organismes modèles : le xénope et la souris ;- La fonction des hormones thyroïdiennes et de leurs récepteurs sera étudiée à l'aide de gènes rapporteurs quantifiables (luciférase), placés en aval de régions régulatrices "répondant" aux hormones thyroïdiennes.

c) Pré-requis -pas de pré-requis

d) 0rganisation pédagogique -Les 2 groupes d?étudiants (modèle souris et modèle xénope) réaliseront les expériences de transfert de gène, supervisés par les encadrants. L'ensemble des résultats sera discuté en groupe.Evaluation fin de semaine : présentation orale des travaux réalisés ; examen écrit de connaissances.

Contacts Laurent Coen, UMR 7221, 7 Rue Cuvier, 75231 Paris cedex 05, Tél. : 01 40 79 57 47; Fax : 01 40 79 36 18; [email protected]éphanie Clerget-Froidevaux, UMR 7221, 7 Rue Cuvier, 75231 Paris cedex 05, Tél. : 01 40 79 36 19; Fax : 01 40 79 36 18; [email protected]


Atelier "Animaux sentinelles", UDV113 ECTS

Responsables de l'UE Marie Stéphanie Clerget-Froidevaux, MC MNHN & Amaury de Luze, Pr MNHN

Equipe pédagogique A. de Luze (MNHN) ; M.-S. Clerget-Froidevaux (MNHN) ; L. Coen (MNHN) ; G. Lemkine (Watchfrog) ; F. Sohm (CNRS) ; J-B Fini (MNHN) ; S. Le Mével (MNHN) ; H. Salin (MNHN) ; Katia Comte (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : TD: 30hNombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée :Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: M1-S2Effectifs prévus : 12 étudiants


a) Objectifs Cet enseignement a pour but de permettre aux étudiants qui suivront ce module de se familiariser aux diverses approches expérimentales en écotoxicologie (tests biologiques, outils analytiques), réalisées en condition de laboratoire sur trois modèles animaux (poissons, amphibiens et mammifères). Cet enseignement a pour but d'apporter par des exemples concrets, les besoins et les potentialités de valorisation offertes grâce à l'utilisation d'approches moléculaires (transgénèse germinale et somatique), chez ces modèles animaux. L'importance de plus en plus prépondérante de l'imagerie nécessite actuellement le développement de logiciels d'imagerie de plus en plus performant appliqués à ces modèles animaux tant pour analyser l'impact des perturbateurs endocriniens, des déchets chimiques, des polluants et des toxines. Cet enseignement comporte un exemple industriel de valorisation par transfert de technologie et également une introduction aux différentes notions que recouvrent la valorisation des travaux de recherche (propriété intellectuelle, dépôt de brevets, transfert de technologie, création de start-up etc ).b) Thèmes abordés Connaissances et suivis de l'animal de laboratoire, démonstration de tests de toxicité, de techniques de transgénèses, de démonstration pour exploitation de logiciel d'analyse d'image et une introduction aux besoins actuels de valorisation des travaux de recherche avec présentation d'une société émergente en écotoxicologie.c) Pré-requis UDV3 - UDV5d) 0rganisation pédagogique Les 3 groupes d'étudiants (modèle souris, modèle xénope, modèle médaka) suivront des démonstrations de transfert de gène, réalisées par les encadrants. L'ensemble des résultats sera discuté en groupe. Evaluation fin de semaine : présentation orale des travaux réalisés ; examen écrit de connaissances.

Contacts Amaury de Luze, Tél. : 01 40 79 36 08 ; [email protected]. Marie-Stéphanie Clerget-Froidevaux, Tél. : 01 40 79 36 19 ; [email protected]. UMR7221, 7 Rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, Fax : 01 40 79 36 18


Atelier "vidéo microscopie, microscopie confocale et imagerienumérique", UDV10b

3 ECTS

Responsable de l'UE Marc Gèze, MCF (Muséum)

Equipe pédagogique M. Dellinger, MCMU(Muséum), jérome Jovet, AI(Muséum), Marc Gèze, MCF(Muséum)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30 h (CM 8 h, Travaux expérimentaux 22 h)Nombre de semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : spécialité "Unité et Diversité du Vivant" Semestre où l'enseignement est proposé : S1 (1er trimestre 2 fois une semaine en décembre)Effectifs prévus : 6-8 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs Le contenu de ce module est essentiellement une approche pratique des outils et méthodes permettant la visualisation des structures et compartiments cellulaires par microscopie de fluorescence.

b) Thèmes abordés Cet atelier a pour objectif de donner des bases de microscopie de fluorescence et des notions d'imagerie numérique. Il sera montré à partir d'exemples, l'ensemble de la chaîne d'acquisition, de traitement et d'analyse d'images qui va de la préparation d'échantillons biologiques jusqu'au processus d'analyse. L'étudiant aura à mettre en pratique ces diverses techniques et sera amené à utiliser ces différentes méthodologies.

c) Pré-requis Les UE de licence B205 (Biochimie et régulation cellulaire).

d) Organisation pédagogique Les étudiants auront une série de cours leur permettant d'acquérir les notions de bases du domaine. Au centre de microscopie de fluorescence et d'imagerie numérique (CeMIM) ils réaliseront différents marquages d'échantillons biologiques (cellules en culture principalement), observeront différentes préparations sur deux microscopes de fluorescence (champ large avec acquisition multidimentionnelle, confocal) et participeront à l'acquisition des images en 2D et 3D. En salle informatique ils réaliseront le traitement (y compris la déconvolution) et l'analyse des images avec des logiciels libres sous Linux. L'atelier se terminera par une initiation à la visualisation des données 3D.Ce module sera évalué par un examen écrit (2 heures) et un rapport écrit à rendre ultérieurement

Contact Marc Gèze, Département Régulations, Développement et Diversité Moléculaire, CeMIM, Boite postale 26, tél. : 01.40.79.37.28, fax : 01.40.79.37.16, courriel : [email protected]


mailto:[email protected]

http://www.mnhn.fr/museum/foffice/science/science/Enseignement/rubmastere/ssmentionmaster/fichemention.xsp?i=1&idx=5&ARTICLE_ARTICLE_ID=861&nav=liste&idxtra=1

http://www.mnhn.fr/museum/foffice/science/science/Enseignement/rubmastere/ssEnsChercheur/ficheEnsChercheurs.xsp?i=1&idx=31&ARTICLE_ARTICLE_ID=1179&nav=liste&idxtra=0

Bases moléculaires des interactions entre l’environnement etgrandes fonctions, UDV 12

3 ECTS

Responsables de l'UE Amaury de Luze, Pr MNHN & Hervé Tostivint, Pr MNHN

Equipe pédagogique Nicolas Buisine (MNHN) ; Marie Stéphanie Clerget-Froidevaux (MNHN) ; Laurent Coen (MNHN) ; Barbara Demeneix (MNHN) ; Fabrice Girardot (MNHN) ; Amaury de Luze (MNHN) ; Ghishlaine Morvan (CNRS) ; Jacqueline Pierre-Simons (MNHN) ; Karine Rousseau (MNHN) ; Laurent Sachs (CNRS) ; Hervé Tostivint (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : CM: 30hNombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée :Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S2] Effectifs prévus : 12 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement: L'objectif de l'enseignement proposé est double : tout d'abord présenter les bases cellulaires et moléculaires de l'action des hormones dans le contrôle des grandes fonctions ; ensuite montrer comment divers facteurs de l'environnement (physiques ou chimiques) sont susceptibles de moduler voire perturber ces fonctions, par leur interaction avec certaines hormones, leurs récepteurs ou les voies de signalisation qu'elles contrôlent. Cet enseignement constitue la suite logique du module UDV3.

b) Thèmes abordés Réception et transduction du signal hormonal. Diversité des voies de signalisation. Cibles géniques et non-géniques. Mécanismes d'action des perturbateurs endocriniens. Les fonctions traitées seront les mêmes que celles déjà abordées dans le module UDV3: métabolisme, croissance, stress et reproduction.c) Pré-requis UDV-3d) 0rganisation pédagogique L'enseignement est réalisé sur une semaine. Evaluation : présentation orale (analyse d'article) et examen écrit de connaissances.

Contacts Amaury de Luze: UMR 7221, 7 Rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, Tel: 01 40 79 36 08, Fax: 01 40 79 36 18 ; [email protected]é Tostivint : UMR 7221, 7 Rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, Tel: 01 40 79 36 19, Fax: 01 40 79 36 18 ; [email protected]


Biodiversité des micro-organismes, UDV 46 ECTS

Responsables de l'UE Alyssa Carré-Mlouka MC MNHN ; Delphine Depoix MC MNHN ; Cécile Bernard Pr MNHN

Equipe pédagogique Marc Dellinger (MNHN), Delphine Depoix (MNHN), Isabelle Florent (MNHN), Philippe Grellier (MNHN), Linda Kohl (MNHN), Alyssa Carré-Mlouka (MNHN), Soizic Zirah (MNHN), Joelle Dupont (MNHN), Manuella Lopez (MNHN), Katia Comte (MNHN), Cécile Bernard (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 60 h (CM 42 h ; TP-TD 18 h)Nombre des semaines : 2 semaines complètesMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Naturel et Sociétés ; Spécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant) ; Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S2]Effectifs prévus : 20 étudiants


a)Objectifs et thèmes abordés. Ce module a pour objectif de présenter la taxinomie et la biologie des principaux micro-organismes, en rapport avec leur écosystème.Une semaine dans le module sera consacrée aux bactéries, cyanobactéries, et micro-algues. Une autre semaine sera plus spécifiquement dédiée aux protozoaires, champignons et dinoflagellés.Les taxinomies anciennes et modernes des micro-organismes seront abordées, puis les caractères morphologiques, biologiques et écologiques des principaux groupes seront présentés en appuyant sur certains écosystèmes et micro-organismes modèles. Des séances de TP/TD permettront d'observer des organismes vivants caractéristiques de chaque groupe et de déterminer leur nom d'espèce.

b)Pré-requis L'origine des étudiants peut être assez diverse : chimistes/biochimistes, écologues, biologistes cellulaires et moléculaires, pharmaciens, vétérinaires. Ce module concerne tous les étudiants souhaitant approfondir leurs connaissances sur la biologie des micro-organismes dans l'environnement. Il est fortement recommandé d?avoir suivi l'UE UDV2 : « Introduction à la biodiversité des micro-organismes : de la cellule à la molécule » en S1.

c)Organisation pédagogique Le module est organisé en deux parties : l'une consacrée aux procaryotes et micro-algues, l'autre dédiée aux protozoaires, champignons, et dinoflagellés. Des TD/TP complèteront et illustreront les cours. Les enseignements sont donnés par des spécialistes de chaque domaine avec des exemples concrets et des discussions d'expériences ou de problèmes en cours d'étude.Des sujets d'examens écrits, généralement sur article, sont axés sur des analyses critiques d'expériences et de leurs interprétations.

Contacts Alyssa Carré-Mlouka, [email protected], MNHN, 01 40 79 31 32Delphine Depoix, [email protected], MNHN, 01 40 79 35 1 Cécile Bernard, [email protected], MNHN, 01 40 79 31 83FRE 3206 CNRS-MNHN. Molécules de Communication et Adaptation des Micro-


Biologie in silico (B.I.S), UDV213 ECTS

Responsables de l'UE Loïc Ponger MC MNHN

Equipe pédagogique Isabelle Florent, MC MNHN, Loïc Ponger, MC MNHN, Nicolas Vidal, MC MNHN

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 35 h de cours, TD et TP intégrés Nombre de semaines : 1Mention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialités : UDV (Unité et Diversité du Vivant), SEP (Systématique et Evolution)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et Médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S2]Effectifs prévus : 12 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs Fournir les bases pratiques et théoriques nécessaires à l'analyse in silico des séquences biologiques. Rendre les participants autonomes pour la manipulation des principaux outils proposés dans les domaines de la bioinformatique et de la génomique comparative.

b) Thèmes abordés - les banques de données biologiques- les concepts nécessaires à la manipulation des séquences- les méthodes de recherche de similarité- les méthodes d'alignement des séquences- les outils d'annotation des séquences (gènes, promoteurs, )- les méthodes utilisées en phylogénie moléculairec) Pré-requis Aucun.d) Organisation pédagogique L?enseignement est organisé en cours-TD/TP intégrés sur une période d?une semaine. L'examen sera sous forme d?un mini-rapport dont la problématique sera choisie avec l'étudiant.

Contacts Loïc Ponger, USM503, [email protected], tél : 01 40 79 37 27, fax : 01 40 79 37 05UMR5153 MNHN/CNRS -INSERM U565, Régulation et dynamique des génomes, 43 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05.


Biomineralisations, UDV 206 ECTS

Responsables de l'UE : Stéphanie Auzoux-Bordenave MC (Paris VI), Nadia Ameziane MC (MNHN), Christian Milet MC (MNHN), Marc de Rafelis MC (Paris VI)

Equipe pédagogique : N. Ameziane (Muséum), S. Auzoux-Bordenave (Paris VI), J. Broutin (Paris VI), J. Castanet (Paris VI), S. Delgado, I. Domart-Coulon (Muséum), A. Meibom (Muséum), C. Milet (Muséum), A. Quilhac (Paris VI), M. de Rafelis (Paris VI), D. Smith (Muséum), Intervenants extérieurs.

Descriptif de l'UE : Volume horaire globaux : 60 h (CM 26 h et TP/TD 34h)Nombre de semaines : 2 (1 semaine sur site Jussieu/Jardin des Plantes, 1 semaine sur site Concarneau)Mention et spécialité de master où l?UE est proposée : M1 spécialités SEP (co-habilitée MNHN-Paris VI), BEE (ParisVI), GG (Paris VI), QP (MNHN), M2 spécialité UDV (MNHN). Semestre où l?enseignement est proposé : S2Effectifs prévus : 15 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE : a) Objectifs Montrer les interactions entre le "milieu" vivant et son environnement physico-chimique à travers les éléments minéraux (calcium, silice ) et leurs associations moléculaires rencontrées dans les organismes. Les processus biologiques/physico-chimiques de l'incorporation des éléments minéraux dans les matrices biologiques cellulaires et extra cellulaires des animaux comme des végétaux seront spécialement abordés, à l'échelle de l'organisme. Une approche comparative permettra d'appréhender l'unité des mécanismes de biominéralisation à travers la diversité des structures squelettiques. Les applications en paléobiologie et diagénèse seront également abordées.Les cours magistraux se prolongeront par des ateliers illustrant la diversité des techniques histologiques et paléohistologiques, ainsi que les techniques récentes d?analyse structurale et géochimique. Les travaux pratiques s'appuieront sur des prélèvements in situ d'espèces marines présentant un squelette minéralisé. L'équipe « Biominéralisations » de la station marine de Concarneau illustrera à l'aide des méthodes de biochimie l'unité et la diversité des formations bio-minérales, à l'échelle de l'organisme. La démarche écosystémique sera présentée par l?équipe « Ecologie benthique » de la station marine de Roscoff par des démonstrations sur les phénomènes de calcification dans les mers tempérées et leurs implications sur les cycles bio-géochimiques. b) Thèmes abordés - Présentation générale de l'interface organique/minéral. Données et concepts fondamentaux. (4h CM)Biominéralisation et squelette minéralisé dans les principaux taxons animaux : Spongiaires et Cnidaires, Mollusques, Arthropodes, Echinodermes, Vertébrés. (15h CM)Minéralisation chez les végétaux. (4h CM)- Paléo-biominéralisations: processus de préservation et utilisation en géosciences, diagénèse. (3h CM)c) Pré-requis aucund) Organisation pédagogique Cours magistraux: (26h) cf ci-dessus « thèmes abordés »sur les campus de Jussieu et du Jardin des PlantesTravaux pratiques et dirigés (34h) - 8h de TP/TD sur le campus Jussieu Ostéohistologie et paléohistologie (4h) Techniques de spectrométrie, diffraction et cathodoluminescence appliquées à la paléobiominéralisation.- 2h de TD sur le site du Jardin des Plantes :Application de la NanoSIMS à l'analyse géochimique des structures squelettiques (coraux).- 24h de TP/TD en station marine (Concarneau) Présentation et prélèvements des spécimens des principaux groupes zoologiques sur l'estran.Diversité des structures squelettiques minéralisées : morphologie, analyse structurale et minéralogique par spectrométrie Raman in situ. Caractérisation immunohistochimiques des matrices minéralisables. Isolement et caractérisation des protéines matricielles (électrophorèse). Recherche par PCR de produits d'amplification de séquences codantes de protéines de la matrice organique chez les mollusques et les gastéropodes. Dosage d'une enzyme de biominéralisation


(anhydrase carbonique). Analyse des dépôts carbonatés actuels, bioaccumulations.Contrôle des connaissances: Ecrit (/40), Contrôle continu (/30), Compte-rendu TP/TD (/30)

Contact Stéphanie Auzoux-Bordenave, [email protected]; Nadia Ameziane, [email protected]; Christian Milet, [email protected], UMR BOREA, 61 rue Buffon 75005 PARIS, France, Tel: 01 40 79 80 93 / 01 40 79 48 60, Fax: 01 40 79 31 09. Marc de Rafelis, [email protected], Biominéralisations et paléoenvironnements (J.E 2477) Paris VI, Case Postale 116 - 75252 PARIS cedex 05 Fax : +33144273831.


Colloque de la SFET - Société Française pour l’Etude des Toxines,UDV27

3 ECTS

Responsables de l'UE Daniel Gillet, Directeur de Recherche (CEA); Max Goyffon, Pr Attaché (MNHN)

Equipe pédagogique Daniel Gillet (CEA); Max Goyffon (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30hMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S3]Effectifs prévus : 20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs Ce module correspond au colloque annuel de la SFET. Il a pour but de faire participer les étudiants à une manifestation dans laquelle des spécialistes abordent des problèmes d'actualité relatifs aux toxines. Les conférences en français et en anglais ainsi que les discussions permettent aux étudiants de prendre contact avec la nécessité d'échanges et de critiques indispensables aux progrès scientifiques. b) Thèmes abordés Le thème du colloque change chaque année. Le prochain (décembre 2009) est intitulé : "Toxines et signalisation"c) Pré-requis Aucund) Organisation pédagogique Après les deux journées du colloque, l?évaluation portera sur l'analyse avec présentation orale dun article portant sur le thème du colloque

Contacts Daniel Gillet, CEA 01 69 08 76 46 ; [email protected] Goyffon, MNHN - 01 40 79 31 94 - [email protected], MCAM-FRE CNRS/MNHN 3206 ? 12 rue Buffon 75231 Paris Cedex 05. Fax : 01 40 79 35 94


Des gènes aux écosystèmes, EBE 1 - UDV 166 ECTS

Responsables de l'UE Emmanuelle Porcher, MC MNHN ; Manuela Lopez, MC MNHN

Equipe pédagogique (sous réserve) Nathalie Becker (MNHN) ; Alyssa Carré (MNHN) ; Amaury Deluze (MNHN) ; Delphine Depoix (MNHN) ; Isabelle Florent (MNHN) ; Philippe Grellier (MNHN) ; Evelyne Heyer (MNHN) ; Manuela Lopez (MNHN) ; Emmanuelle Porcher (MNHN).

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 60H (CM: 42h; TD: 9h; Travaux expérimentaux: 9h)Nombre de semaines : 10 semainesMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention Evolution, Patrimoine Naturel et Sociétés, Spécialités « Ecologie, Biodiversité, Evolution » et « Unité et Diversité du Vivant ».Semestre où l'enseignement est proposé: S1Effectifs prévus : 15 étudiants


a) Objectifs « Rien n'a de sens en biologie, si ce n'est à la lumière de l'évolution » (Dobzhansky, 1970)L'objectif général de ce cours est de présenter les mécanismes qui contrôlent l'évolution des populations, face notamment aux changements de leur environnement. L'enseignement porte particulièrement sur les apports de la génétique et de la génomique pour comprendre les relations entre les organismes et leur environnement physique et biologique (interactions entre espèces). Ces thèmes, qui sont l'objet d'étude de l'écologie évolutive, seront illustrés par des exemples issus de l'ensemble du monde vivant.

b) Thèmes abordés - Rappels de génétique des populations, de biologie moléculaire et cellulaire- Diversité génétique dans les populations et adaptation à l'environnement physique- Les interactions entre espèces, moteurs de l'évolution- Diversité génétique et fonctionnement des écosystèmes

c) Pré-requis Licence de Biologie des Organismes et des Populations, ou Biologie cellulaire et moléculaire.

d) organisation pédagogique L'enseignement s'appuie principalement sur les cours magistraux, mais laisse une place importante aux travaux dirigés (ex : évolution de gènes de résistance aux antibiotiques, interactions virus du chikungunya / moustique) et aux travaux pratiques (ex : influence de paramètres physico-chimiques sur la composition des communautés bactériennes ; identification des symbiontes d'un insecte). Evaluation par contrôle continu (comptes-rendus de TP) et par un examen écrit final.

Contacts Emmanuelle Porcher Laboratoire Conservation des Espèces, Restauration et Suivi des Populations - 61 rue Buffon, 75005 Paris ?Tél. 01 40 79 53 61 - [email protected]

Manuela Lopez Département Systématique et Évolution - Case postale 39 - 57, rue Cuvier - 75231 Paris cedex 05 - Tel. 01 40 79 31 92


Diversité des génomes dans le monde vivant, UDV13ECTS

Responsables de l'UE Isabelle Florent MC (MNHN) ; Nicolas Buisine, MC (MNHN)

Equipe pédagogique Nicolas Buisine (MNHN), Alyssa Carré-Mlouka (MNHN), Delphine Depoix (MNHN), Isabelle Florent (MNHN), Loïc Ponger (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30h (CM : 24h, TD bio-informatique 6h), Nombre de semaines : repartis sur 10 semaines d'octobre à décembre.Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant), SEP (Systématique, Evolution, Paléontologie), etc Semestre où l'enseignement est proposé : [S1]Effectifs prévus : 20 étudiants


a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement

Le séquençage complet des génomes d'un nombre croissant d'organismes modifie profondément notre approche de nombreuses questions biologiques. Cet enseignement fera le point sur la diversité structurale et fonctionnelle des génomes de procaryotes et d'eucaryotes, ainsi que les méthodologies ayant permis l'accès à ces connaissances (séquençages, assemblages, annotations, etc..) et celles permettant de les exploiter (bases de données, génomique comparative, post-génomique etc..).

b) Thèmes abordés Génomique des procaryotes : organisation des gènes, régions régulatrices, origines de réplication, transferts horizontaux de gènes. Biodiversité des Phages.Génomique des eucaryotes : organisation chromosomique, télomères, centromères, origines de réplication, structure des gènes (introns/exons), gènes mosaïques, éléments transposables, mécanismes évolutifs. Génomes des organites (mitochondries, chloroplastes, autres). Génomes de Parasites. Méthylation des génomes. Duplication/polyploidisation des génomes.ADN ancien

c) organisation pédagogique L'enseignement comporte principalement des cours magistraux faisant intervenir des enseignants pour des problématiques générales et des experts des différents domaines pour des conférences plus pointues (métagénomique, génomique comparative ADN ancien). Deux séances pratiques (TD en salle de bioinformatique) seront organisées pour permettre aux étudiants d'être ensuite autonome dans l'accès et l'analyse de données génomiques d?intérêt via le web.

d) Utilisation des Technologies d'Information et de Communication pour l'Enseignement (TICE) Navigation sur les bases de données de gènes, de protéines et de génomes en ligne et initiation aux logiciels d?analyse de séquences (similitudes, alignements, recherche de motifs )

Contacts Isabelle. Florent, FRE3206 CNRS/MNHN, Tél.: 01.40.79.35.47 ; Fax : 01.40.79.34.99.; [email protected] Buisine, Tél. : 01 40 79 57 44; Fax : 01.40.79.36.18; [email protected]


mailto:[email protected]

Diversité des métabolites synthétisés, UDV 63 ECTS

Responsables de l'UE Séverine Zirah MC MNHN

Equipe pédagogique Alyssa Carré-Mlouka (MNHN), Séverine Zirah (MNHN), Soizic Prado (MNHN), Angèle Mambu (MNHN), Sylvie Rebuffat (MNHN), Bernard Bodo (MNHN), Katia Comte (MNHN), Cécile Bernard (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30 h (CM 24 h ; TP-TD 6 h)Nombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Naturel et Sociétés ; Spécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant) ; Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S2]Effectifs prévus : 20 étudiants


a) Objectifs et thèmes abordés. Ce module vise à faire connaître la diversité des métabolites produits par les micro-organismes et impliqués dans les compétitions, la défense ou la virulence des micro-organismes.Les différents thèmes présentés seront les molécules de compétitions entre micro-organismes : peptides antimicrobiens et petites molécules antibiotiques (biosynthèse, structures et modes d'action) ; les molécules permettant la communication entre les micro-organismes (quorum sensing); les toxines des procaryotes et des micro-algues ainsi que leurs outils de détection.Les bases moléculaires de la virulence seront également présentées.

b) Pré-requis L'origine des étudiants peut être assez diverse : chimistes/biochimistes, écologues, biologistes cellulaires et moléculaires, pharmaciens, vétérinaires. Ce module concerne tous les étudiants souhaitant approfondir leurs connaissances sur la biologie des micro-organismes dans l?environnement. Il est fortement recommandé d'avoir suivi l'UE UDV2 : « Introduction à la biodiversité des micro-organismes : de la cellule à la molécule » en S1. Ce module constitue la suite logique du module UDV4a : « Biodiversité des micro-organismes », qu?il faudra avoir préalablement suivi.

c) Organisation pédagogique Le module est organisé en cours complétés par des TD et une épreuve d'analyse d'article. Un TP permettra de caractériser des activités antimicrobiennesLes enseignements sont donnés par des spécialistes de chaque domaine avec des exemples concrets et des discussions d'expériences ou de problèmes en cours d'étude.Des sujets d'examens écrits, généralement sur article, sont axés sur des analyses critiques d'expériences et de leurs interprétations.

Contacts Séverine Zirah, [email protected], 01 40 79 31 40MCAM-FRE CNRS/MNHN 3206, 63 rue Buffon 75005 Paris.


Diversité des toxines protéiques de venins et de bactéries, UDV153 ECTS

Responsables de l'UE Max Goyffon, MNHN ; Daniel Gillet, CEA ;

Equipe pédagogique Philippe Billiald, Pr Univ. Chatenay-Malabry (MNHN); D. Gillet, Directeur de recherche (CEA) ; M. Goyffon, Pr Attaché (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30 h (Toxines animales 18 h ; Toxines bactériennes et de plantes 12 h)Nombre de semaines : 1 semaine complèteMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S3]Effectifs prévus : 20 étudiants


a) Objectifs et thèmes abordés Les toxines protéiques de bactéries et d'animaux invertébrés et vertébrés forment un ensemble de substances naturelles aux tailles et aux propriétés biologiques extrêmement variées qui reflètent l'évolution concertée des bactéries et de leurs hôtes, et des animaux producteurs et de leurs proies. Le cours présente les animaux venimeux (serpents, araignées, scorpions, cônes, anémones de mer), la composition de leurs venins, la physiopathologie des envenimations, les méthodes thérapeutiques conventionnelles et du futur. Il décrit la diversité des toxines protéiques, leur classification en grandes familles structurales et leurs rapports phylogénétiques. L'analyse de l'architecture de ces toxines permet de comprendre leur mode d'interaction avec leur cible moléculaire à l'échelle de l'acide aminé. Ces toxines ciblant de nombreux processus physiologiques essentiels comme la transmission nerveuse ou le trafic intracellulaire, elles constituent des outils irremplaçables pour comprendre ces processus et sont des sources de nouvelles molécules thérapeutiques ou applications biotechnologiques. Enfin, les étudiants seront sensibilisés aux nouveaux risques liés à un usage malveillant des toxines (bioterrorisme, usage dual) et aux parades scientifiques, techniques et réglementaires mises en place pour s'en prémunir.

b) Pré-requis L'origine des étudiants peut être diverse, depuis des spécialistes des organismes et des écologues en formation jusqu'à des biologistes cellulaires et moléculaires, pharmaciens, médecins, vétérinaires. Des bases en biologie moléculaire et biochimie des protéines sont indispensables

c) Organisation pédagogique Les enseignements sont donnés par des spécialistes, chercheurs du secteur académique.Deux sujets d'examens écrits sont à traiter, généralement une question de cours et/ou une analyse de résultats expérimentaux tirés d'une publication scientifique.

Contacts Philippe Billiald, MNHN - 01 40 79 31 55, [email protected] Gillet, CEA - 01 69 08 76 46, [email protected] Goyffon, MNHN - 01 40 79 31 94 - [email protected]


Diversité fonctionnelle et structurale des protozoaires, UDV 22/NV580 Master BMC

3 ECTS

Responsables de l'UE : Dellinger Marc et Delphine Depoix, FRE 3206 CNRS/MNHN "Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes" (Equipe USM 0504, case 52 - 61, rue Buffon)

Equipe pédagogique Dellinger Marc (MCM), Depoix Delphine (MCM), Florent Isabelle (MCM), Grellier Philippe (PM), Kohl Linda (MCM), Palka Laurent (MCM)

1. Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30h (CM : 15h, TP/TD 15 h)Nombre de semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé : [S3]Effectifs prévus : 12 étudiants


a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement Connaître la biologie cellulaire des Protozoaires. Décrire la diversité fonctionnelle et structurale des grandes fonctions cellulaires chez différents eucaryotes unicellulaires, pris comme exemples de leur taxon comme les amibes, les ciliés, les apicomplexes ou les kinétoplastidés.

b) Thèmes abordés Cycles biologiques et reproduction, sexualité, division cellulaire, motilité, prédation, nutrition, métabolisme, régulation osmotique, excrétion, expression génique.

c) organisation pédagogique L'UE est organisée en cours-TD consacrés aux différents thèmes abordés (environ une semaine), suivis d'un TP illustrant différents aspects du cours.

Contacts : Dellinger Marc, 01 40 79 34 99, [email protected] Depoix, [email protected] FRE 3206 CNRS/MNHN, CP52, 57 rue Cuvier, 75005 Paris. Fax : 01 40 79 35 13/37 30.


Evaluation des risques en toxicologie et écotoxicologie3 ECTS

Responsables de l'UE Katia Comte, MC MNHN, Simone Puiseux-Dao, Pr Emérite;

Equipe pédagogique Catherine Rousselle (AFSSET), Jacqueline Garnier-Laplace (IRSN), Simone Puiseux-Dao (MNHN), Katia Comte (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30 h (CM 20 h ; Etude de cas 6 h)Nombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S3]Effectifs prévus : 20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs et thèmes abordés Le risque présenté par une molécule toxique dépend fortement de son environnement abiotique (sédiments, particules en suspension, solvants, confinement), de son niveau de concentration, de sa voie de pénétration dans les organismes ainsi que du franchissement des diverses barrières biologiques rencontrées jusqu'à la (ou les) cible(s) sensible(s).En réponse à la diversité et l'abondance de substances exogènes potentiellement toxiques, des parades variées, dans le but de diminuer un effet nocif ou même de le faire disparaître, peuvent être mises en place par les organismes contaminés telles que piégeage intra-organisme par des métabolites ou des protéines ou bien métabolisation de substances organiques par des systèmes enzymatiques relativement peu spécifiques. Pour les agences et les responsables de la santé humaine et animale ainsi que de la protection des écosystèmes, l'évaluation des risques est complexe mais fondamentale pour la prise de décision en vue de réglementations. Les approches en cours de développement sont présentées et des études de cas permettent d'en apprécier l'enjeu, les méthodologies et l'importance.

b) Pré-requis Compte tenu de l'éventail large des problèmes abordés, l'origine des étudiants peut être diverse depuis des spécialistes des organismes et des écologues en formation jusqu'à des biologistes cellulaires et moléculaires, des pharmaciens, vétérinaires. Il faut une bonne adaptabilité et un niveau assez élevé au moins dans sa spécialité dominante.

c) Organisation pédagogique Les enseignements sont donnés par des spécialistes (universitaires, agences de veille sanitaire, industriels) de chaque domaine avec des exemples concrets et des discussions d'expériences ou de problèmes en cours d'étude.Deux sujets d'examens écrits, généralement sur article, sont axés sur des analyses critiques d'expériences et de leurs interprétations.

Contacts Katia Comte, [email protected], 01 40 79 80 14Simone Puiseux-Dao (toxiques chimiques), [email protected], 01 40 79 80 14MCAM-FRE CNRS/MNHN 3206, 12 rue Buffon, 75231 Paris Cedex 05; Fax : 01 40 79 31 94


Introduction à la biodiversité des micro-organismes : de la celluleà la molécule, UDV 2

3 ECTS

Responsables de l'UE :Delphine Depoix MC MNHN ; Séverine Zirah, MC MNHN

Equipe pédagogique : Cécile Bernard (MHNM), Bernard Bodo (MHNM), Alyssa Carré-Mlouka (MHNM), Marc Dellinger (MHNM), Delphine Depoix (MHNM), Joëlle Dupont MHNM), Isabelle Florent (MHNM), Philippe Grellier (MHNM), Linda Kohl (MHNM), Katia Comte (MHNM), Manuela Lopez (MHNM), Angèle Mambu (MHNM), Bastien Nay (CNRS), Laurent Palka (MHNM), Soizic Prado (MHNM), Sylvie Rebuffat (MHNM), Séverine Zirah (MHNM)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30h (CM 25h30, TP 4h30)Nombre de semaines : 10 ¿ journées sur 5 semaines Mention : Evolution, Patrimoine Naturel et Sociétés ; Spécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant) ; Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé : [S1]Effectifs prévus : 10-15 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement et thèmes abordés Cette UE a deux objectifs :(1) présenter une vision globale de l'ensemble des microorganismes sur le plan taxinomique, structural et écologique : bactéries, archées, et grands phyla eucaryotes.(2) présenter les molécules constitutives et les molécules impliquées dans les principales fonctions cellulaires des micro-organismes : parois et membranes, matériel génétique, transport, biosynthèse de polypeptides et polycétides, métabolisme énergétique photosynthèse, motilité.

b) Pré-requis Cette UE s'adresse aux étudiants ayant une formation en chimie, biochimie ou biologie, pharmaciens et vétérinaires. Elle est vivement recommandée pour les étudiants qui souhaitent se spécialiser dans la biologie ou biochimie des micro-organismes. c) Organisation pédagogique L'UE est organisée en 2 ECUEs : l'une consacrée à la biodiversité des micro-organismes, l'autre à la biochimie des micro-organismes. Les cours sont associés à des TP d'observation et d'identification de microorganismes vivants ou colorés et à des TD.

Contacts Delphine Depoix [email protected] 01 40 79 35 11Séverine Zirah [email protected] 01 40 79 31 40MCAM-FRE 3206 MNHN/CNRS, 63 rue Buffon 75005 Paris, 01.40.79.31.19.


Méthode d'étude des médiateurs chimiques dans le monde vivant,UDV 24

3 ECTS

Responsables de l'UE Soizic, Prado, MC, MNHN,Lengo, Mambu, MC, MNHN

Equipe pédagogique Séverine Zirah (MNHN), Alyssa Carré-Mlouka (MNHN), Bernard Bodo (MNHN), Sylvie Rebuffat (MNHN), C. Alfonso (UPMC), Gilles Comte (Université Lyon I), Soizic Prado (MNHN), Angèle Mambu (MNHN).

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : [30H : CM 25.5 h; TD: 4.5 h]Nombre des semaines : [CM 1 semaine]Mention et spécialité de master où l?UE est proposée : MNHN : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les Ecosystèmeset MCT (Molécules Cibles et Thérapeutiques)Paris VI :Master Sciences et TechnologiesMention : Biologie moléculaire et cellulaireParcours « Protéomique structurale et fonctionnelle?Semestre où l?enseignement est proposé: [S3]Effectifs prévus : 15 étudiants


a) Objectifs L'objectif de ce module est d'approfondir les méthodes de culture, d'isolement, de caractérisation structurale et de valorisation des molécules biosynthétisées par les microorganismes.

b) Thèmes abordés L'enseignement dispensé abordera les grandes techniques de culture de microorganisme en vue de l'extraction, selon des procédés modernes, des métabolites biosynthétisés. Les différentes méthodes séparatives permettant l'isolement des métabolites seront également approfondies au même titre que les méthodes spectrométriques (MS, RMN) permettant la détermination structurale des molécules isolées

c) Pré-requis Master 1 Chimie, Biochimie et Biologie

d) organisation pédagogique L'UE est organisée en CM consacrés aux différents thèmes abordés, TD. Un examen final sur table sanctionnera la validation des acquis.

Contacts Soizic Prado, MCAM-FRE 3206 MNHN/CNRS, 63 rue Buffon 75005 Paris, 01.40.79.31.19, 01.40.79.31.35 - [email protected] Angèle Mambu, MCAM-FRE 3206 MNHN/CNRS, 63 rue Buffon 75005 Paris, 01.40.79.56.07, 01.40.79.31.35, [email protected]


Projet scientifique, UDV 283 ECTS

Responsables de l'UE Alyssa Carré-Mlouka MC MNHN

Equipe pédagogique Alyssa Carré-Mlouka (MNHN), encadrants de stage de S4

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30 h Nombre des semaines : réparti au long du S3Mention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S3]Effectifs prévus : 12 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs et thèmes abordés. Ce module a pour objectif de former les étudiants à la conception, la rédaction, et la présentation d'un projet scientifique. L'étudiant contactera son laboratoire d'accueil pour son stage de M2 et participera, avec son encadrant, à l’élaboration de son projet. Il réalisera l'étude bibliographique, et mettra en place un échéancier des expériences à réaliser pour mener à bien son projet. Il rédigera un rapport écrit, et présentera oralement son projet devant les autres étudiants inscrits à ce module, ainsi que des enseignants spécialistes de la discipline.b) Pré-requis Ce module concerne tous les étudiants inscrits en M2.c) Organisation pédagogique L’étudiant devra se rendre dans son laboratoire d'accueil à sa convenance, pour y discuter avec son encadrant et réaliser des recherches bibliographiques. Le rapport écrit sera à remettre la dernière semaine de décembre. Les soutenances orales auront lieu la première semaine de janvier.

Contacts Alyssa Carré-Mlouka, MCAM-FRE CNRS/MNHN 3206 63 rue Buffon, 75231 Paris Cedex 05, Tél : 01 40 79 31 32; Fax : 01 40 79 31 35 ; [email protected]


Régulations hormonales et grandes fonctions en physiologiecomparée, UDV3

3 ECTS

Responsables de l'UE Amaury de Luze, Pr MNHN ; Hervé Tostivint, Pr MNHN

Equipe pédagogique Nicolas Buisine (MNHN), Marie Stéphanie Clerget-Froidevaux (MNHN), Laurent Coen (MNHN), Barbara Demeneix (MNHN), Fabrice Girardot (MNHN), Amaury de Luze (MNHN), Jacqueline Pierre-Simons (MNHN), Karine Rousseau (MNHN), Hervé Tostivint (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : CM: 30hNombre des semaines : enseignements repartis sur 10 semainesMention et spécialité de master où l'UE est proposée :Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S1]Effectifs prévus : 20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs L'objectif de l'enseignement proposé est de présenter les mécanismes de contrôle des grandes fonctions chez les vertébrés, en montrant, par une approche comparée, leur unité et leur diversité. L'accent sera mis sur le rôle joué par les hormones dans la régulation de ces fonctions chez l'adulte ainsi que dans leur mise en place au cours du développement embryonnaire et post-embryonnaire. Cet enseignement est un préalable indispensable pour comprendre l'action perturbatrice des facteurs de l’environnement sur le contrôle des fonctions normales des organismes.

b) Thèmes abordés Les fonctions traitées seront les suivantes : métabolisme, croissance, stress, reproduction

c) Pré-requis Aucun pré-requis

d) Organisation pédagogique L'enseignement est composé de cours magistraux une demi-journée par semaine.Evaluation : présentation orale (analyse d'article) et examen écrit de connaissances.

Contacts Amaury de Luze, [email protected], 01 40 79 36 08Hervé Tostivint, [email protected] ,01 40 79 36 19UMR 7221, 7 Rue Cuvier, 75231 Paris cedex 05


Relations symbiotiques et interactions hôtes-parasites chez lesmicro-organismes, UDV 23

3 ECTS

Responsables de l'UE Alyssa Carré-Mlouka MC MNHN, Isabelle Florent MC MNHN

Equipe pédagogique Alyssa Carré-Mlouka MC MNHN, Isabelle Florent MC MNHN, Coralie Martin MC MNHN, Delphine Depoix MC MNHN

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30 h (CM 24 h ; TP-TD 6 h)Nombre des semaines : 1 semaine Mention et spécialité de master où l?UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l?enseignement est proposé: [S3]Effectifs prévus : 20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs et thèmes abordés. Ce module a pour objectif d'illustrer les différents types d'associations d'espèces rencontrées dans le monde vivant (des symbioses au parasitisme) et impliquant des micro-organismes, ainsi que les communications chimiques entre ces microorganismes.Les exemples seront pris à la fois dans le monde procaryote (bactéries intestinales, de la panse des ruminants, des nodules de légumineuses) et dans le monde eucaryote unicellulaire (lichens, protozoaires parasites..) et s'efforceront de mettre en évidence : 1) la physiologie de l'établissement et du maintien de ces associations,2) les réponses moléculaires des micro-organismes (et de leur hôtes pour les parasites) 3) les médiateurs chimiques impliqués dans ces échanges. L'impact sur le matériel génétique (transfert, évolution) sera également documenté.

b) Pré-requis L'origine des étudiants peut être assez diverse : chimistes/biochimistes, écologues, biologistes cellulaires et moléculaires, pharmaciens, vétérinaires. Ce module concerne tous les étudiants souhaitant approfondir leurs connaissances sur les interactions entre micro-organismes.

c) Organisation pédagogique Les enseignements sont dispensés par des spécialistes de chaque domaine avec des exemples concrets et des discussions d'expériences ou de problèmes en cours d'étude.Des sujets d'examens écrits, généralement sur article, sont axés sur des analyses critiques d'expériences et de leurs interprétations. L'UE est organisée en CM consacrés aux différents thèmes abordés et TP-TD..

Contacts Alyssa Carré-Mlouka MC MNHN, FRE CNRS/MNHN 3206, Tél : 01 40 79 31 32; Fax : 01 40 79 31 35 ; [email protected] Florent MC MNHN, FRE CNRS/MNHN 3206, Tél : 01 40 79 35 47; Fax : 01 40 79 34 09 ; [email protected]


Réponses aux toxiques des organismes et des populations, UDV5a

3 ECTSResponsables de l'UE Katia Comte, MC MNHN ; Simone Puiseux-Dao, Pr émérite .

Equipe pédagogique Katia Comte (MNHN), Simone Puiseux-Dao (MNHN), Catherine Quiblier (Univ. Denis Diderot-Paris 7/MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30h (CM )Nombre des semaines : 1 semaines complèteMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S2]Effectifs prévus : 20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs et thèmes abordés. Ce module a pour but de faire prendre conscience de la diversité des atteintes dues aux toxiques ainsi que des réponses enclenchées à différents niveaux d'organisation du monde vivant. Dans une première partie ce module présente les principales réactions cellulaires aux toxiques, pouvant conduire à la mort des cellules, à la cancérisation ou à divers dysfonctionnements (réprotoxicité). Les perturbations induites au niveau des communautés et des populations sont ensuite étudiées sur modèles expérimentaux (mésocosmes) et in situ. La biosurveillance à l'aide de tests, de biomarqueurs et de bioindicateurs est abordée dans divers milieux. Les bases de la réglementation sont présentées.Des études de cas liés aux pesticides donnent lieu à des analyses de risque en TP.En outre le poisson médaka, modèle expérimental en toxicologie environnementale, est étudié après traitement ou non par une phycotoxine.

b) Pré-requis Compte tenu de l'éventail large des problèmes abordés, l'origine des étudiants peut être diverse depuis des spécialistes des organismes et des écologues en formation jusqu'à des biologistes cellulaires et moléculaires, des pharmaciens, vétérinairesIl faut une bonne adaptabilité et un niveau assez élevé au moins dans sa spécialité dominante.

c) Organisation pédagogique Les enseignements sont donnés par des spécialistes (universitaires, agences de veille sanitaire, industriels ) de chaque domaine avec des exemples concrets et des discussions d'expériences ou de problèmes en cours d'étude.Deux sujets d'examens écrits, généralement sur article, sont axés sur des analyses critiques d'expériences et de leurs interprétations.

Contacts Katia Comte, [email protected], 01 40 79 80 14Simone Puiseux-Dao, [email protected], 01 40 79 80 14FRE CNRS/MNHN 3206, 12 rue Buffon


Substances naturelles: de l'Ethnopharmacologie à lacaractérisation structurale, UDV 8

3 ECTS

Responsables de l'UE Angèle Mambu, MC, MNHN ; Soizic Prado, MC MNHN

Equipe pédagogique Bernard Bodo (MNHN), Angèle Mambu (MNHN), Soizic Prado (MNHN), Hélène Salin (MNHN), Pierre Champy (Univ. Paris XI)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30H CMNombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Semestre où l'enseignement est proposé: [S2]Effectifs prévus : 15 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs L'objectif de ce module est de montrer les différents modes de sélection des organismes supérieurs selon des critères ethnobotanique, ethnopharmacologique, chimiotaxonomique ainsi que les méthodes d'accès aux substances naturelles produites selon les différents procédés d'extraction et de purification. Les méthodes d'analyse structurale des composés isolés et les méthodes d'évaluation biologique en vue de leur valorisation seront introduites ainsi que les notions de protection de la diversité biologique.

b) Thèmes abordés L'enseignement dispensé s'intéressera à la sélection des organismes pour leur potentiel thérapeutique, à la démarche ethnopharmacologique et aux techniques d'extraction et de purification conduisant à l'isolement des métabolites secondaires. La caractérisation de ces molécules, l'évaluation de leur potentialité pharmacologique et leur valorisation seront abordés ainsi que les aspects juridiques concernant les ressources biologiques.

c) Pré-requis Licence L3

d) Organisation pédagogique L'UE est organisée en CM consacrés aux différents thèmes abordés. Un examen final sur table sanctionnera la validation des acquis.

Contacts Angèle Mambu, MCAM-FRE 3206 MNHN/CNRS, 63 rue Buffon 75005 Paris, 01.40.79.56.07, 01.40.79.31.35, [email protected], Prado, MCAM-FRE 3206 MNHN/CNRS, 63 rue Buffon 75005 Paris, 01.40.79.31.19, 01.40.79.31.35, [email protected]


Toxicologie nucléaire et toxiques chimiques liés aux activitéshumaines, UDV 14

3 ECTSResponsables de l'UE Daniel Gillet, Directeur de Recherche (CEA) ; Simone Puiseux-Dao, Professeur Emérite (MNHN)

Equipe pédagogique Philippe Garrigues, Univ. Bordeaux ; Daniel Gillet, CEA ; Simone Puiseux-Dao, MNHN

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30 h (Toxicologie nucléaire 15h ; Toxiques chimiques 15 h)Nombre de semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S3]Effectifs prévus : 20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs et thèmes abordés Les substances toxiques issues des activités humaines s'accumulent dans l'environnement et les écosystèmes. Parmi celles-ci on retrouve des métaux lourds, des hydrocarbures, des PCB, des composés organochlorés, des pesticides, des perturbateurs endocriniens et des médicaments. Le cours présente ces toxiques ainsi que leurs caractéristiques physicochimiques, puis leur distribution dans les différents compartiments du milieu naturel, leur transformation, leur transport et leur accumulation. Les éléments provenant de l?industrie nucléaire (iode, césium, uranium peuvent s'échapper dans l'environnement en cas d'accidents graves (Tchernobyl,). Le cours présente la variété des formes chimiques de ces composés (spéciation) ainsi que les méthodes d'analyse, leur toxicité sur l'homme, les parades et les méthodes de dépollution, le retraitement et le stockage des déchets. La perspective historique et sociale du sujet est abordée.Ce cours s'inscrit dans une intention de sensibilisation des étudiants au développement durable.

b) Pré-requis Compte tenu de l'éventail large des problèmes abordés, l'origine des étudiants peut être diverse depuis des spécialistes des organismes et des écologues en formation jusqu'à des biologistes cellulaires et moléculaires, des pharmaciens, médecins, vétérinaires.Il faut une bonne adaptabilité et un niveau assez élevé au moins dans sa spécialité dominante.

c) Organisation pédagogique Les enseignements sont donnés par des spécialistes du CEA, de l'université et d'autres organismes de recherche.Deux sujets d'examens écrits sont à traiter, généralement une série de questions de cours courtes et une analyse de résultats expérimentaux tirés d'une publication scientifique.

Contacts Daniel Gillet (toxicologie nucléaire), CEA, 01 69 08 76 46, [email protected] Puiseux-Dao (toxiques chimiques) - FRE CNRS/MNHN 3206, 12 rue Buffon - Tél : 01 40 79 80 14; Fax : 01 40 79 31 94 ; [email protected]


Valorisation des travaux de recherche & Technologies du Vivant3 ECTS

Responsables de l'UE Hélène SALIN, Ingénieur de Recherche, MNHN

Equipe pédagogique Hélène SALIN (MNHN)

Descriptif de l'UE Volumes horaires globaux : 30h (CM: 30h)Nombre des semaines : 1 semaineMention et spécialité de master où l'UE est proposée : Mention : Evolution, Patrimoine Nature et SociétésSpécialité : UDV (Unité et Diversité du Vivant)Parcours : TMMCE (Toxiques, Microorganismes et médiateurs Chimiques dans les EcosystèmesSemestre où l'enseignement est proposé: [S3]Effectifs prévus : 10-20 étudiants

Présentation pédagogique de l'UE a) Objectifs Cette formation aborde différentes facettes de la valorisation des travaux de recherche et des technologies du Vivant. Les objectifs sont de sensibiliser les étudiants à l'importance de valoriser les travaux de recherche et de leur présenter les différentes formes de valorisation possibles et les moyens disponibles pour :- mettre en oeuvre de tels projets (propriété intellectuelle, dépôt de brevets, transfert de technologie, création de start-up etc);- leur fournir des exemples de valorisation de recherches dans le domaine des Sciences du Vivant;- leur faire découvrir le monde de l'entreprise liée aux technologies du Vivant.b) Pré-requis Aucunc) Organisation pédagogique L'enseignement privilégiera l'intervention des professionnels des différents secteurs de la valorisation et du monde de l'entreprise liée aux technologies du Vivant.Mode d'évaluation: Les étudiants devront rendre un travail personnel mettant en application les notions enseignées dans ce module

Contacts Hélène SALIN. Délégation à la Valorisation de la Recherche, Muséum national d'Histoire naturelle, CP26, 57 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05. Tél: 01 40 79 56 16. [email protected]


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