mers-cov€¦ · n =23 cas du 1er avril au 23 mai 2013 15 décès (65% mortalité) 21 cas...
TRANSCRIPT
MERS-CoV : Middle-Est Respiratory
Syndrome Coronavirus
Astrid Vabret
Laboratoire de Virologie, CHU de Caen
Centre de Référence National de Référence
pour les paramyxoviridae et la rougeole
EA4655 Unité de Recherche Risques Microbiens
Université de Caen Basse-Normandie
CEMI 19
4 avril 2019
Institut Pasteur - Paris
MERS-CoV : histoire d’une émergence
Emergence récente (2012) liée à l’infection
de l’homme par un virus nouveau
Pathologie respiratoire grave
Emergence dans une zone géographique
limitée au Moyen – Orient actuellement
Probable réservoir animal, plus ou complexe
: x populations animales
épidémiologiquement liées et permettant le
maintien dans la nature du virus
Le virus responsable est un coronavirus
(connaissances acquises ++)
Contact Homme -
Réservoir animal
Franchissement(s) de barrière
d’espèce
Transmission interhumaine
Adaptation
Sélection des variants
R0 > 1
Virus respiratoires émergents : 3 familles virales sous surveillance
Paramyxoviridae Coronaviridae Virus Influenza
MIB ? MIC ?
MIA H1N1
H2N2
H3N2
H5N1
H7N9,etc
HCoV « classiques »
1967
229E
OC43 *
HCoV « nouveaux »
2004 - 2005
NL63 *
HKU1
HCoV « émergents »
2003 et 2012
SARS-CoV *
MERS-CoV
Tropisme respiratoire
* : origine zoonotique
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
20 septembre 2012 : Dr Zaki,
microbiologiste, annonce Online, sur le site
ProMED qu’un nouveau coronavirus a été
identifié
Juin : cas index
Arabie Saoudite
MERS-CoV : l’émergence, année 2012
Publié le 17 octobre 2012
Patient n°1 : homme de 60 ans, sans antécédent notable
Djeddah, Arabie Saoudite, hospitalisation le 13 juin 2012
Admission J+2
Infection respiratoire sévère
Et défaillance rénale aiguë
Décès à J+11
Patient 1
Virus obtenu en culture
cellulaire
Identification moléculaire d’un
virus du genre coronavirus
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
20 septembre 2012 : Dr Zaki,
microbiologiste, annonce Online, sur le site
ProMED qu’un nouveau coronavirus a été
identifié
Juin : cas index
Arabie Saoudite
26 septembre 2012 : l’équipe de Ron Fouchier
à Rotterdam dépose la séquence complète du
nouveau coronavirus dans GenBank :
betacoronavirus 2c EMC/2012
Corman VM et al., Eurosurveillance.org
MERS-CoV : l’émergence, année 2012
27 septembre 2012 :
publication des premiers tests
diagnostiques moléculaires
Coronavirus : 4 genres alpha-, beta-, gamma-, et delta-
Beta Coronavirus
Arbres phylogénétiques construits à partir de 42 séquences
complètes de génomes de coronavirus. Kin N et al., en préparation
OC43
γ
α
β
Coronavirus : un très large spectre d’hôte, un réservoir animal potentiel étendu
OC43 1966
HKU1 2005
229E 1966
NL63 2004 SARS-CoV 2003
MERS-CoV 2012
Corman WN et al., 2014
Woo PC et al., J. Virol. 2014
Woo PC., EID 2014
2010 : Betacoronavirus (VM314/2008) de Pipistrellus pipistrellus bat
aux Pays-Bas : 88% identité nt avec MERS-CoV dans RdRp 332 nt
(ORF1b) Reusken CB et al., 2010, Vector Borne Zoonotic Dis
Emerging Infectious Diseases :
Memish ZA et al., 2013, Vol 19, Number 11
MERS-CoV in Bats, Saudi Arabia : Prélèvements en Octobre 2012 et
Avril 2013 : 28% CoV ARN prevalence, MERS-CoV chez 1 chauve-
souris (Taphozous perforatus), 100% d’identité nucléotidique sur 190 nt
Tests diagnostiques : dépistage et confirmation. Agent classe 3
Corman VM et al, Eurosurveillance 27.09.2012 / Eurosurveillance 06.12.12
ORF 1a ORF 1b L
5
’ 3
’
HE S NS E M N
M Le Gouil, JC Manuguerra, 2013
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
20 septembre 2012 : Dr Zaki,
microbiologiste, annonce Online, sur le site
ProMED qu’un nouveau coronavirus a été
identifié
Juin : cas index
Arabie Saoudite
26 septembre 2012 : l’équipe de Ron Fouchier
à Rotterdam dépose la séquence complète du
nouveau coronavirus dans GenBank :
betacoronavirus 2c EMC/2012
Corman VM et al., Eurosurveillance.org
MERS-CoV : l’émergence, année 2012
27 septembre 2012 :
publication des premiers tests
diagnostiques moléculaires
22 septembre 2012 : the UK
Health Protection Agency
confirme un cas n°2
originaire du Qatar : nCoV
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
MERS-CoV : l’émergence, année 2012
24 Avril 2012 : 13 cas groupés de
pneumopathies non étiquetées à
l’hôpital d’Amman, Jordanie. Cas index
: étudiant, début des symptômes le 21
mars 2012, hospitalisation le 5 avril
Tests rétrospectifs en Novembre 2012 :
MERS-CoV chez 2 cas mortels.
3 décembre 2012 : l’OMS
(Suisse) incite à une
surveillance des infections à
coronavirus, avec investigation
des cas suspects
Menace : MERS-CoV : un « remake » ?
Coronavirus associé au SRAS ou SARS-CoV :
Emergence en novembre 2002 en Chine du Sud
Circulation jusqu’en août 2003
Existence de superpropagateurs
8000 cas, 800 morts
Mortalité ≈ 50% chez les > 65 ans
Coùt du contrôle de la pandémie estimé à 30 – 60
billions de dollars
Connaissance de la biologie du SARS-CoV :
cycle de réplication, récepteur, évolution
I MacKay. VDU
MERS-CoV : 1er avril 2014: 207 cas, 87 décès. Mortalité 42%
Prédominance masculine. > 50 ans
Augmentation progressive du nombre de cas :
Mise en place des tests de détection
Facteur de risque de décès de l’infection par MERS-CoV :
existence de comorbidités
Source ECDC septembre 2013
Distribution des cas confirmés d’infections à MERS-COV. Avril 2012 au 24 septembre 2013
Mise en évidence d’un cluster nosocomial à Al-Ahsa (1,1 M d’habitants)
Assiri et al., NEJM 2013
N =23 cas du 1er avril au 23 mai 2013
15 décès (65% mortalité)
21 cas nosocomiaux dans 3 unités de soins
Incubation : 1,9 à 14,7 jours
Cas pauci-symptomatiques
Chaîne de transmission
hypothétique
Difficultés du diagnostic
sur prélèvement
respiratoire haut ?
Evolution de la charge
virale dans le temps ?
Lancet 2013
Patient 1 : patient index
Homme de 64 ans
9 – 17 avril 2013 : voyage organisé Dubai
ATCD : diabète, greffe rénale en 1998
Traitement par Ciclosporine, Cellcept et
corticoïdes
Sigmoïdite fin 2012
Hospitalisé pour fièvre et diarrhées
Patient 2 : cas secondaire
Homme de 51 ans
Hospitalisé le 26 avril pour
thrombose veineuse profonde
Aucun ATCD de voyage
HTA, dyslipidémie, pathologie
nécessitant corticoïdes depuis
juin 2012
Décès le 28 mai 2013
Chambre partagée (20 m2) pendant 3 jours, lits distants de 1,5 m, patient 1 confiné au lit, patient 2 mobile
Pas de nébulisation générée. Pas de protection particulière (masque, gants, casaques, visites)
Cotten M. et al., Mbio Février 2014
65 séquences MERS-CoV
Circulation de plusieurs
clades
L’étude conclue qu’il
existe probablement
une transmission
interhumaine limitée et
plusieurs
franchissements de
barrière d’espèce à
partir d’une source encore inconnue
tMRCA = mars 2012
R0 estimé < 1
26 mars 2014 : 200 cas, 85 mortels
Distribution des
différentes clades dans le
temps et l’espace
Persistance limitée de la
circulation des différentes
clades dans le temps :
absence de transmission
homme-homme soutenue
Peu de pression sélective
sur la protéine S (peu de
mutations d’adaptation)
Moyen – Orient :
Dromadaires : sources majeures de viande et de lait au Moyen-Orient (avec vaches,
chèvres, et moutons)
Ecuries de dromadaires de courses
Dromadaires :
réservoir animal ?
Reusken CB et al., Lancet Infect Dis 2013. Pereira RA et al., Euro Surveil, 2013. Haagmans BL et al., Lancet Infectious Dis 2014
. Woo PC et al., EID 2014
Mise en évidence chez les dromadaires (Oman, Iles Canaries) d’anticorps réactifs contre le
MERS-CoV (Ac neutralisant)
Détection de fragments ARN MERS-CoV dans les voies respiratoires de dromadaires (Qatar)
d’un élevage dont le propriétaire a été infecté par le MERS-CoV
A signaler : Identification récente d’un nouveau CoV dans les selles de jeunes dromadaires aux
EAU : betacoronavirus clade A : le DcCoV-HKU23 (prévalence 4,8%, séroprévalence 53 %,
séroprévalence MERS-CoV 100% !)
M. Le Gouil.. 2014
Ferguson NM et al., 2013
Scénario le plus probable :
Réservoir impliquant chiroptères et
dromadaires ?
Multiples franchissement de
barrières d’espèces à partir du
réservoir dromadaires
R0 < 1 chez Hommes
Pas de « super-propagateurs »
? Dc CoV (entérique)
MERS-CoV (respiratoire)
OC43 et HKU1
SARS-CoV
MERS-CoV
Beta coronavirus
Données manquantes :
Incidence de l’infection par le
MERS-CoV dans la
population dromadaire ?
Route de transmission
Dromadaires – Hommes ?
Consortium EPICOREM, projet ANR 2014 – 2017 Eco-epidemiology of coronaviruses from wildlife to humans
Université de Caen Basse-Normandie
EA4655
Astrid Vabret
Fabien Miszczak
Nathalie Kin
UMR1161 ANSES, ENVA, INRA
Sophie Le Poder
Stéphan Zientara
Institut Pasteur Paris
Meriadeg Ar Gouilh
Jean-Claude Manuguerra
Hervé Bourrhy
Valérie Caro
ANSES Nancy
Elodie Montchatre
Franck Boué
François Moutou
ANSES Ploufragan
Nicolas Eteradossi
Olivier Guionie
Ecole Vétérinaire Toulouse
Jean-Luc Guérin
Mariette Ducatez
Christine Legall-Reculé