MÉDECINE PERSONNALISÉE DANS LE CBNPC

Dr Olivia BEAUDOUX

Institut Jean GODINOT

19/10/2016

oncocha

ACTUALITÉS : 28 PLATES-FORMES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS

- Labellisation par l’INCA

(2006 et 2007)

- 60 tests moléculaires

innovants -> 20 avec

thérapie ciblée

- En 2015, 76 200

patients dont : 26 600

examens pour la

recherche de mutations

d'EGFR

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Actualités

3

Enjeux et perspectives

Evolution des plateformes

- Juin 2016

- Réseau de 12 plateformes

- Centre national de calcul intensif

- Dossier électronique médical du patient, avec intégration des données génomiques

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TUMEURS SOLIDES

STRUCTURATION DE LA PLATE-FORME

HEMOPATHIES MALIGNES

ANATOMIE PREPARATOIREResponsable :

Pr Marie-Danièle DIEBOLD

BIOLOGIE MOLECULAIREResponsables :

Pr Christine CLAVEL & Dr Olivia BEAUDOUX

BIOLOGIE MOLECULAIREResponsable :

Dr Pascale CORNILLET-LEVEBVRE

PGMCCACoordonnateur : Pr Christine CLAVEL

Technicienne d’anatomie préparatoire commune : Sylviane VIGNOLLES

Mise en copeaux du bloc :

10 x 5 µm en tube (pour extr. ADN)

Extraction ADN (QIAamp Mini)

Analyse EGFRSéquençage , fragment, TaqMan

Analyse BRAFTaqman

Analyse HER2Séquençage

Analyse KRASIdylla

3 x 5 µm sur lame (pour FISH ALK)

Analyse ALKFISH

1 x 5 µm sur lame (pour HES début)

Recherche de biomarqueurs moléculaires dans les cancers broncho-pulmonaires

(Programme INCa)

Schéma d’organisation générale PGMCCAVersion de travail (2016)

1 X 5 µm sur lame (pour HES fin)

Qualification anatomo-

pathologique

Biologie oncologique IJG

Biologie cellulaire CHU

PRBI CHU

Anatomie Préparatoire

Dosage ADN

Environ 350 à 400 cas / an

Transmission de l’ADN restant

à la TCA

3 x 5 µm sur lame (pour FISH ROS1)

Anatomopathologie IJG

Analyse ROS1FISH

si génotypage EGFR-ALK sauvage

% MUTATIONCHIFFRES INCA 2012

7Les tests de génétique moléculaire pour l’accès aux thérapies ciblées en 2012.Collection Bilans d’activité et d’évaluation, ouvrage collectif édité par l’INCa, Boulogne-Billancourt, décembre 2012

% mutation

Chiffres biomarqueurs France 2012

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CANCER DU POUMON BILAN 2013

Arrêt de PI3KCA (fin 2013)

CANCER DU POUMON 1ER SEMESTRE 2014

4ème trimestre 2014: translocation ROS1 pour les tumeurs « triples négatives » : EGFR, ALK et KRAS WT

AcSé moléculaireEssai de Phase II

Accès sécurisé au crizotinib ou au vemurafenib pour les patients souffrant d’une tumeur porteuse d’une altération

génomique sur une des cibles biologiques de la molécule.

ACSÉ

2014 -2016 6 demandes CBNPC � 1 transloc ROS1 en 2014

BIOPSIES LIQUIDES

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EVOLUTION DES PRÉLÈVEMENTSLE PATRIMOINE TUMORAL CIRCULANT: UNE BIOPSIE LIQUIDE À PORTÉE DE TUBE

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ADN circulant (fragments)

Biopsie tissulaire

Biopsie liquide

Vallée et Denis, Corresp Onco-Ther. 2013

Cellules Tumorales Circulantes

Chiffres Biopsie liquide EGFR

POINT SUR LA MISE EN PLACE MUTATIONS DEL19, T790M ET L858R (EGFR) AU NIVEAU DE L’ADN TUMORAL CIRCULANT

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CONDITIONS DE PRÉLÈVEMENT ET D’EXTRACTION (NANTES ET IJG)� Patients en rechute / Patients dont le prélèvement est

impossible

� 2 tubes EDTA de 5 mL

� transport < 2h +++

� Double centrifugation (1 : 10 min 1900g ; 2 : 10 min 16 000g) à 4°C, décantation

� Conservation des tubes à -20°C ou -80°C� Extraction kit Qiagen QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit

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KIT THERASCREEN RGQ EGFR – QIAGEN TECHNIQUE SCORPION (NANTES)� Nantes = plateforme de référence (Pr Marc Denis)

� Prélèvement transmis par carboglace après une centrifugation

� Test CE-IVD

� 15 analyses pour patients IJG

� Utilisation de la technique

dite « Scorpion »

Sensibilité 100 copies /ml plasma

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TAQMAN MUTATION DETECTION ASSAYS (IJG)

� PCR Allèle spécifique : Bloqueur de l’allèle non muté + sonde marquée pour la mutation

� Sensibilité 1%

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RÉSULTATS IJG

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� Mutation pas toujours indentifiable : : répéter les prélèvements et les types de prélèvements

PERSPECTIVES MEDECINE PERSONNALISÉE

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Portrait moléculaire élargi (16 gènes minimum)

Perspectives (1)

- Collaboration CHU – IJG

-Panel 26 gènes Multiplicom

-Pipeline bio-informatique Sophia Genetics

- Mars – août 2016 : 6 runs de validation des performances : limites : qualité / quantité ADN

- Août 2016 : arrivée bio-informaticienne PGMCCA

- Octobre – décembre 2016 : validation d'un 2ème pipeline bio-informatique « maison »

- T1 2017: routine NGS effective (technique + rendu de résultat sur les panels)

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POINT SUR LA MISE EN PLACE DU PANEL TUMEURS SOLIDES INCA « NEXT GENERATION SEQUENCING » NGS SUR LA PLATEFORME DE GÉNÉTIQUE PGMCCA