Recherches en génomique forestière et en protection des arbres contre les maladies et les insectes ravageurs

Louis Bernier

Axe 1Axe 1 Génétique, biologie moléculaire et physiologieGénétique, biologie moléculaire et physiologie

• Volet 1.1- Étude des génomes et transcriptomes (Bernier, Bousquet, Mackay, Tremblay)

• Volet 1.2- Physiologie et biologie moléculaire des arbres, plantes forestières et symbioses (Berninger, Desrochers, Khasa, Laliberté, Lapointe, Lechowicz, Margolis, Messier, Piché, Shipley, Tremblay)

• Volet 1.3- Micropropagation et embryogenèse somatique (Laliberté, Lapointe, Tremblay)

• Volet 1.4- Flux géniques et structures de populations des arbres, végétaux et leurs agents pathogènes et symbiotiques (Bernier, Bousquet, Dayanandan, Green, Khasa, Mackay, Piché)

• Volet 1.5- Moyens de lutte biologique contre les pathogènes et insectes ravageurs (Bauce, Bernier, Mauffette)

Volet Volet 1.11.1

Étude des génomes et transcriptomes

Répartition de Répartition de l'équipel'équipe

(plus de 50 personnes!)(plus de 50 personnes!)22%

13%

13%9%

6%

37%

ChercheursÉtudiants graduésÉtudiants 1er cyclePost-docProf.Rech/Biol/Tech.Pers. Admin.

Près de 15% de l’équipe est située en

Alberta!

Stratégie canadienne de la biotechnologie

Institutions participantesInstitutions participantes

Institutions ParticipantsUniversité Laval Co-dir : J. Bousquet, J. MacKay

P. Rigault, N. Gélinas, R. BeauregardGestionnaire de projets P. Poulin

Service canadien des forêts (RNCan) N. Isabel, A. Séguin, J. Beaulieu

Agriculture et Agroalimentaire Canada A. Bertrand, Y. Castonguay

Min. des Ressources Naturelles M. Perron et de la Faune (Québec)

University of Alberta J. Cooke

PAPRICAN L. Wallbacks

University of Georgia J. Dean

Projet financé par…Projet financé par…

Arborea: La génomique pour la sélection de Arborea: La génomique pour la sélection de variétés chez les épinettes variétés chez les épinettes

(Genomics for molecular breeding in spruces)(Genomics for molecular breeding in spruces)

Mettre en évidence le contrôle génétique sous-jacent à l’aoûtement des bourgeons Mettre en évidence le contrôle génétique sous-jacent à l’aoûtement des bourgeons (indicateur de l’adaptation et de la croissance) et aux caractéristiques du bois(indicateur de l’adaptation et de la croissance) et aux caractéristiques du bois

Intégrer différentes approches expérimentales de la génomique pour établir des liens Intégrer différentes approches expérimentales de la génomique pour établir des liens entre les gènes (génotypes) et ces caractères complexesentre les gènes (génotypes) et ces caractères complexes

Connaissance du génome– Inventaire des gènes actifs chez l’épinette: plus de 15,000 identifiés

– Répertoire des variations dans l’ADN des gènes: des milliers de gènes ciblés – Caractérisations fonctionnelles: gènes régulateurs, protéines de réserve, métabolisme de l’arginine

Ressources et méthodes développées pour l’analyse des épinettes– Biopuces à ADN: profils de l’expression, environ 10, 000 gènes à la fois

– Méthodes pour déterminer le génotype sur des centaines de gènes en parallèle

– Base de données des gènes, leur fonction et variations: www.ForestTreeDB.org ( avec U. of Minnesota)

L’aoûtement des bourgeons – Génotype vs phénotype– Approches expérimentales: Étude d’association ( population d’arbres non-apparentées) et

cartographie génétique (familles obtenues de croisements). Jeunes arbres répliqués.

– Comparaison de conditions naturelles et artificielles

– Analyse fine de la morphologie, du métabolisme et expression des gènes pendant l’aoutement

Caractéristiques du bois - Génotype vs phénotype– Approches expérimentales: Étude d’association. Test de descendances de 200 familles sur 3 sites.

– Densité et rigidité du bois, angle des microfibrils de la cellulose, contenu en lignine, celllulose, composés extractibles

Objectifs du projet ArboreaObjectifs du projet Arborea

(1) OutdoorValcartier, Quebec

Photopériode naturelle

(3) Chambre de croissanceU. Alberta, Edmonton

Changements brusques de la photopériode (1) Sous serres

Valcartier, Quebec

(2) Chambre de croissance

AAFC, Québec

Études d’association et cartographie Études d’association et cartographie de QTL, génotypage de QTL, génotypage

Expression génique, Biopuces

Aoûtement des bourgeonsAoûtement des bourgeons

Arborea II: La génomique pour la sélection de variétés Arborea II: La génomique pour la sélection de variétés chez les épinetteschez les épinettes

(Genomics for molecular breeding in spruces)(Genomics for molecular breeding in spruces)

Découverte de marqueurs de gènes indicatifs de l’adaptation de la productivité à Découverte de marqueurs de gènes indicatifs de l’adaptation de la productivité à partir d’approches intégrant la génomique fonctionnelle et associativepartir d’approches intégrant la génomique fonctionnelle et associative

Volet Volet 1.41.4

Flux géniques et structures de populations

Vers une meilleure évaluation des risques environnementaux liés à la dispersion de nouveaux gènes

dans l’environnement

N. Isabel, P. Meirmans, M. Lamothe, P. Talbot, G. Guigou,

P. Périnet, D. Khasa, J. Bousquet

Problématique

• Inquiétudes soulevées par le manque de données sur les impacts environnementaux potentiels suivant le déploiement d’espèces

exotiques ou d’OGMs.

• Chez les arbres: risque de contamination génomique des espèces indigènes par les espèces exotiques ou les gènes introduits via le flux génique par le pollen.

• Déterminer une alternative pour mesurer le flux génique potentiel entre les AGMs et les espèces indigènes, sans le recours aux plantations d’AGMs sexuellement matures.

• Estimer le flux génique depuis les plantations matures d’espèces exotiques vers les espèces voisines indigènes situées en périphérie, à l’aide de marqueurs moléculaires.

Approche

Résultats

Khasa, D.P., P. Pollefeys, A. Navarro-Quezada, P. Périnet and J. Bousquet. 2005. Molecular Ecology Notes 5: 920-923.

Hamzeh, M., P. Périnet et S. Dayanandan. 2006. J. of the Torrey Botanical Society 133 : 519-527.

Meirmans, P.G., M. Lamothe and N. Isabel, 2007.). Submitted

• Les taux d‘introgression observés diffèrent dépendamment de l’espèce "receveuse" et entre les sites. Par contre, ils sont peu variables dans le temps. Les sites forestiers sont faiblement affectés; les arbres isolés en paysage agricole plus affectés.

• Quand Populus balsamifera est l’espèce "receveuse", la majorité des hybrides correspondent à des croisements naturels entre P. balsamifera et P. deltoides.

• L’ampleur des taux d‘introgression spontanée trouvés pourrait affecter à très long terme la constitution génétique des populations locales des espèces indigènes sous la condition que les hybrides fortuits soient plus adaptés que les arbres indigènes.

• Les données obtenues pour P. balsamifera et P. deltoides seront intégrées dans un modèle de prédiction.

Atlas phylogéographique des conifères du Canada

J. Bousquet, J. Beaulieu, J.P. Jaramillo-Correa, J. Godbout, S. Gerardi, B. Cinget, M. Deslauriers, S.

Senneville

Problématique• La phylogéographie s’intéresse à la distribution géographique des

lignées ancestrales au sein d’une espèce. Ces différentes lignées sont engendrées par des évènements historiques majeurs tels les grandes glaciations du Quaternaire.

• Les connaissances sur la diversité génétique d’ordre géographique de ces espèces s’avèrent indispensables pour la conservation appropriée des ressources génétiques. L’objectif du projet est donc de constituer un atlas phylogéographique des conifères à large distribution canadienne.

• Chez la plupart des conifères, l’ADN mitochondrial est transmis maternellement par les graines uniquement, et non par le pollen comme pour l’ADN du noyau.

• Parce que les graines sont dispersées sur de plus courtes distances que le pollen, les structures géographiques représentatives des lignées ancestrales sont donc plus faciles à détecter dans l’ADN mitochondrial. D’où l’emphase sur la recherche et la découverte de polymorphismes spécifiques au génome mitochondrial.

Approche

Résultats

• La structure phylogéographique a été déterminée pour quelques conifères à vaste distribution: pin gris, épinette noire, pin tordu dans l’Ouest canadien. Le nombre de lignées ancestrales et leur étendue géographique ont pu être déterminés.

• Ces résultats ont permis d’identifier des refuges glaciaires distincts près des côtes et au sud. L’inlandsis mais aussi les chaînes de montagnes comme les Rocheuses, les Cascades et les Appalaches ont permis l’isolement et la différenciation génétique des refuges.

• Les voies de recolonisation postglaciaire et les zones de rencontre des fronts de migration ne correspondent pas toujours d’une espèce à l’autre. Ainsi, pour le pin gris, le centre du Québec constitue une zone de rencontre génétiquement hétérogène alors que pour l’épinette noire, c’est la vallée du St-Laurent qui constitue une telle zone.

• D’autres espèces comme l’épinette blanche, le sapin baumier, le mélèze laricin, le pin blanc, la pruche et l’if sont présentement considérées.

• Publications: dans Molecular Ecology.

Voir affiche # 29 (Godbout et al.)

Volet Volet 1.51.5 Raffiner les moyens de lutte contre les champignons

pathogènes et les insectes ravageurs, en utilisant des approches moléculaires et physiologiques.

Équipe Yves Mauffette

• Écophysiologie des essences feuillues détermination de l'allocation du carbone, de la photosynthèse,

des concentrations de produits toxiques et nutritifs du feuillage en fonction d'insectes phytophages.

• Dynamique de populations d'insectes défoliateurs présents dans les écosystèmes forestiers et leurs effets sur les plantes hôtes.

Équipe Éric Bauce

• Développement d’un outil de prévention (sylvicole) pour accroître la résistance

• Sélection de plants à résistance naturelle multiple et élucidation des mécanismes physiologiques et biochimiques en cause

• Adaptation locale des populations de ravageurs

• Biologie hivernale des insectes forestiers dans un contexte de changements climatiques

Équipe Louis Bernier

• Diversité des espèces et dynamique des populations de champignons pathogènes (1.4)

• Étude des interactions arbre-pathogène (1.1)

• Développement d’agents de lutte biologique

Diversité des champignons pathogènes

Collaborateurs: C. Breuil (UBC), RC Hamelin (SCF), GR Stanosz (UWisc)

• Champignons ophiostomatoïdes (bleuissement)Espèces associées aux scolytes de l’écorce (M.-È. Beaulieu)Génétique des populations (P. Gagné, C. Morin)

Affiche #5

Pourquoi étudier la diversité des champignons pathogènes ?

•Associer la bonne espèce fongique à la bonne maladieComplexes d’espèces apparentées: pathogènes vs saprophytes

indigènes vs exotiques (quarantaine)

•Évaluer le degré de variabilité génétique au sein des espècesPlasticité des espèces pathogènesReproduction sexuée vs asexuée Espèce indigène vs exotique

• Identifier les sources de variabilité (localité, hôte…)Populations panmictiques vs fragmentées; biotypes

•Guider les améliorateurs dans le choix des isolats fongiques à utiliser lors des tests de résistance (par ex., PEH au Québec)

Étude des interactions arbre-pathogène

• Chancre septorien Bases physiologiques et

moléculaires de la pathogénécité chez le S. musiva (V. Jacobi)

Collaborateurs: CM Brasier (UK), WE Hintz (UVic), N Feau (SCF),MJ Mottet (MRNF)

• Maladie hollandaise de l’orme (MHO) Pathogénomique (M. Aoun, K. Plourde, J. Dufour, V. Jacobi) Caractérisation des transposons chez les Ophiostoma (G. Bouvet)

Pourquoi étudier les interactions hôte-pathogène?

• Identifier les facteurs de pathogénécité et de fitnessModulation ÉvolutionCibles potentielles pour lutte contre les pathogènes

• Identifier des gènes de résistance susceptibles d’être sélectionnés ou manipulés chez l’hôte

•Accélérer la sélection de matériel résistant par les améliorateurs

MRNF

Travaux en cours sur la MHO

Cellules levuriformes

Ophiostoma novo-ulmi

Mycélium

Hylurgopinus rufipesScolytus multistriatus

Inoculation de gaules d’orme

Inoculation de cals d’orme

Identification de gènes individuels modulant la pathogénécité chez Ophiostoma novo-ulmi

Et-Touil et al. 1999

Pat

ho

gén

écit

é (%

déf

olia

iso

n)

0

20

40

60

80 H327+

AST27-

1. AST27: mutant naturel

Gène Pat1

Dist MarkercM Name

OPA18-62024.4OPJ10-1970

38.3

OPE1-243624.3OPC8-95814.3OPC8-92915.7OPE18-8253.2cDNA1014.7OPC2-84512.6OPE7-5857.7OPC18-8706.6OPP6-7302.6OPE18-5676.9OPA4-101811.1OPA18-267311.5OPA15-4987.7OPE1-94611.5OPJ9-148313.6OPK4-20364.9OPC15-7355.1OPJ20-10185.5OPK14-9406.8OPA7-87820.1OPC11-64527.1OPE19-24147.6OPQ5-12985.6OPQ5-134012.6OPJ15-150310.1OPE18-91617.6OPK4-91720.7OPE7-38210.4OPQ2-11989.4OPC16-281320.4OPC16-181413.3OPE1-210310.1OPJ18-41225.9OPK3-105033.0OPC18-79538.5OPJ20-63533.7

OPE7-2557

Chromosome II(3.8 Mb)

•

•

•

••

•

a

b

0

20

40

60

80 H327+

M78-

2. M78: mutant induit in vitro

Pat

ho

gén

écit

é (%

déf

olia

iso

n)

Plourde et al. Données non publiées

Gène Pat2

Affiche #58

a

b

MycéliumMycélium

CellulesCellulesd’ormed’orme

Identification à grande échelle de gènes modulant l’interaction entre l’orme et O. novo-ulmi

Extraction des ARN messagers et analyse des gènes exprimés 72 h après l’inoculation d’O. novo-ulmi

Aoun et al. Données non publiées

Gènes exprimés lors de l’interaction orme - O. novo-ulmi

Gènes fongiques

Gènes de plante

Orphelins

• 543 Étiquettes (EST) représentant 314 gènes différents

479

361

Aoun et al. Données non publiées

Peu de gènes candidats pour pathogénécité

Analyse de l’expression génique

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 nc/pc

A: Expression chez cals infectés B: Expression chez cals sains

• ~30% des gènes sont surexprimés en présence du pathogène

• Plusieurs dizaines de ces gènes sont homologues à des gènes de résistance (R) connus chez d’autres plantes

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 nc/pc

A

B

C

D

E

F

G

H

A

B

C

D

E

F

G

H

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 nc/pc

Comparaison de macroarrays (96 gènes/membrane)

L’orme d’Amérique, bien que très sensible à la MHO, possède des gènes R qui pourraient guider les améliorateurs

Lutte biologique contre le bleuissement de l’aubier

• Obtention d’une souche de Ceratocystis resinifera albinos (Kasper)• Inoculation de Kasper pour contrer souches sauvages pigmentées

•Dispositifs en Colombie-Britannique (2002) et au Québec (2003, 2004)

pks1

Souche sauvage

Kasper

(C. Morin)

(mutant spontané)

Et ça fonctionne ?

Colombie-Britannique 2002

0

20

40

60

80

100C. resinifera sauvage

Témoin

Kasper

1 2 3 4 5 6

% B

leu

isse

men

t

Disque

Témoin

C. resiniferasauvage

Kasper

Morin et al. 2006 Phytopathology 96:526-533.

Collaborateurs: C Breuil (SCF), DQ Yang (Forintek)

Tanguay et al. 2006 Can.J. Microbiol. 52:501-507.

En guise de conclusion

La génomique, un outil puissant pour :

• Étudier le génome individuel ou cribler des populations entières• Établir les liens entre des gènes et des caractères souvent complexes• Étudier différents types d’organismes• Accélérer le processus d’amélioration génétique traditionnelle

La lutte biologique en foresterie, bien plus que le BT !

• De nombreux microorganismes présentent un potentiel intéressant• Écueils à surmonter: application à grande échelle, homologation,

commercialisation.