le peignage moléculaire de l'adn génomique un nouveau test diagnostique de la dystrophie...
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Le peignage moléculaire de l'ADN génomique
Un nouveau test diagnostique de laDystrophie Facio-Scapulo-Humérale
Karine Nguyen, Pierre Walrafen, Charlène Chaix, Catherine Vovan, Rafaelle Bernard, Shahram Attarian, Jean Pouget, Nathalie Dufrane, Anne Vannier,
Aaron Bensimon, Nicolas Lévy
Département de Génétique Médicale /UMR Inserm U 910
Marseille
FSHD : une maladie génétique complexe
3ème dystrophie musculaire en fréquence (1/10000 à 1/20000)
Autosomique dominante à pénétrance incomplète et expressivité variable
~ 1/3 de cas sporadiques: pénétrance incomplète
mutations de novo
mosaïques somatiques
FSHDFSHD 1 - 10 répétitions (< 35 Kb)1 - 10 répétitions (< 35 Kb)
TelomereTelomereFRG2TUB4QFRG1
D4Z4D4Z4DUX4CDUX4C
TelomereTelomere
TelomereTelomere
4qB4qB
4qA4qAnormalnormal
FSHDFSHD
FRG2TUB4QFRG1
FRG2TUB4QFRG1
D4Z4D4Z4
D4Z4D4Z4
DUX4CDUX4C
DUX4CDUX4C
normalnormal 11 - >100 répétitions (35 - >300 Kb)11 - >100 répétitions (35 - >300 Kb)
TelomereTelomereFRG2TUB4QFRG1 Homologie 10q26
D4Z4D4Z4DUX4CDUX4C
FSHD : une anomalie moléculaire complexe
Locus 4q35Locus 4q35
FSHD : un diagnostic moléculaire complexe
Chr. 4
p13E11EcoRI
EcoRI
BlnI
Chr. 10
E E/BE/B E/BE E
PFGE
2 3
Southern blot sur ADN génomique
• L'exploration des patients est incomplèteEnviron 20% de diagnostic ambigu
• Variants génomiques mal diagnostiqués
• Mosaiques somatiques fréquentes
• Translocations entre D4Z4 du chr4 et du chr10
• Délétions non canoniques (p13E11)
FSHD : un diagnostic moléculaire complexe
E E+B
2 UR
E E+B E E+B
La technologie: le peignage moléculaire de l'ADN
Analyse d'une molécule d'ADN génomique unique• molécules d'ADN de haut poids moléculaire, individualisées, étirées,
fixées, linéaires et parallèles
• Facteur d'étirement constant, conversion 1µm = 2 kb
• 100 génomes sur une lame, fibres de 100kb à 2 Mb de long
2.106
Bensimon et al., Science 1994
106
Le peignage moléculaire de l'ADNcouplé au Code Barre Génomique
Répétitions Distance Longueur Couleur
Cartographie physique de grandes régions génomiques à la résolution de 1 kb et à l'échelle d'une molécule d'ADN unique
4qB
10q(A)
4qA5
5
5
35
35
35
D4Z4
10 10 10 10 10 10 10
10 10 10 10 10 10 10 28
28
5 5 5 5 5 5 5 7
4 ≠10qA ≠ qB
chr. 10
chr. 4
Cartographie physique du locus FSHDdesign des sondes
Visualisation directe des 4 allèles chez un patient
FSHD : résultats
4qA(10.4 kb)
4qB (66.3 kb)
10q (99 kb)
10q (152 kb)
10 kb
4q 4q 10q 10q
All
4q
10q
FSHD : résultats
FSHD: mosaïque somatique
All
4q
4q 4q10q 10q 4q
10 kb
10q
Foetus Mother
E E+B E E+B
2 UR
4q 4q10q 10q
All
4q
10q
4q
10 kb
FSHD: mosaïque somatique
10q50 kb 10 kb 20 kb
D4Z4
Remaniements complexes…
FSHD : résultats
Le peignage comme nouveau test diagnostique de la FSHD
Visualisation directe et simultanée des 4 allèles en 1 seule manip
Détection des mosaïques, des remaniements complexes
Test rapide, fiable, sensible et spécifique
Supprime les inconvénients liés à la technique du SB
Nouvel outil de recherche pour explorer la région
Le peignage moléculaire de l'ADN