UMT SPR CP 2014 06 23

Impact du virus Schmallenberg sur les performances de reproduction dans les troupeaux ovins laitiers du Rayon Roquefort

Fabien Corbière1,2

1 - UMT Santé des Troupeaux de Petits Ruminants

2 - UMR 1225 IHAP INRA ENVT

Résultats préliminaires

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Contexte

Virus Schmallemberg

Isolement et identification en novembre 2011 (prélèvement

Allemagne été 2011 – fièvre et chute de lait)

Orthobunyavirus (Akabane)

Epizootie de malformations congénitales

Première circulation été 2011- hiver 2012

Ovins >= Bovins >> caprins (Buffle, Bison, Chevreuil)

Quasiment tous les pays de l’UE (excepté Portugal, Lituanie, Chypre

au début 2013)

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Situation en Europe fin Aout 2012

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Contexte : France

Période I (été 2011 – 31 aout 2012) : SBV congénital

1129 élevages ovins confirmés

2018 élevages bovins confirmés

17 élevages caprins confirmés

Période II (1.09.2012 –31.08.2013) : SBV congénital

2332 élevages avec suspicion(s) (1896 BV, 386 OV, 50 CP)

1834 élevages confirmés (1541 BV, 271 OV, 32 CP)

Période III (1.09.2013 –14.05.2014) : SBV congénital

99 élevages avec suspicion(s) (79 BV, 18 OV, 2 CP)

15 élevages confirmés (12 BV, 2 OV, 1 CP)Source Plateforme ESA octobre 2013

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Contexte : France : période II

Source Plateforme ESA octobre 2013

BOVINS OVINS

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Contexte : France – période II

09.2012 10.2012

11.2012 12.2012

Source Plateforme ESA octobre 2013

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Contexte

Impact dans les troupeaux avec SBV congénital confirmé

Source : GDS France 04/06/2012

574 élevages enquêtés (563 lots ovins, 11 lots caprins)

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Contexte

Impact dans les troupeaux avec SBV congénital confirmé

Source : Plateforme ESA octobre 2013

16% (n=44) des élevages ovins atteints en saison II avaient déjà

été touchés par le SBV (formes congénitales) en saison I

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Contexte

Peu ou pas de données sur exposition / impact

Peu de données globales de circulation en dehors des déclarations

Peu ou pas de données consolidées sur l’impact en début de

gestation (avortements précoces…)

Quelques données sur séroprévalence intra-troupeaux

Gache, Vet Rec 2013

N=77 N=78

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Objectif de l’étude Schmalovin

Evaluer impact de la circulation 2012 (2013 ?) sur les

paramètres de reproduction

Suivre la circulation 2013

Evaluer le niveau de circulation virale 2012 en élevage ovin laitier

Evaluer le niveau de séroprévalence intra-troupeau

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M&M : sélection des élevages

Elevages ovins laitiers Rayon Roquefort en CLO 2010

Département 12 et 81

Taille supérieure à 50 brebis

Sélection des cantons avec >= 8 élevages (11 cantons)

Liste de 257 élevages sur 357 (72 %)

Lait de tank en analyse de paiement au LIAL Aurillac

228 présents en avril 2013 / 257 (89 %)

Elargissement à l’ensemble des troupeaux ovins laitiers de ces

cantons (hors CLO) en mai 2013

Liste de 385 élevages au pointage

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M&M : localisation des élevagesEFFECTIF

2515

5

AVEYRON

TARN

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M&M : calendrier prélèvement lait

de tank

Calendrier IA dans les lots en CLO (193 élevages)

LT LT LT LT LT LT

0

5

10

15

20

25

30

35

40

45

Fev 13 Mars Avril Mai Juin Juillet Aout Sept Oct Nov Dec janv-14 Fevrier

% d

es lo

ts d

'IA

Adultes

Agnelles

STATUT « INITIAL » 2013 STATUT « FINAL » 2013

STATUT « INTERMEDIAIRE»

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M&M :prélèvements laits individuels

Elevages en CLO répartis sur toute la gamme de DOtank

60 brebis primipares (ou 2ieme lactation)

Entre 16 avril et 16 mai 2013 (même date intra-troupeau)

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M&M : analyse des laits

ID Screen® Schmallenberg virus Milk Indirect (Idvet)

Règles d’interprétation selon fabricant (Bovin)

Lait individuel : Neg ≤ 50% < Douteux ≤ 60% < Positif

Lait tank : Neg ≤ 30% < Douteux ≤ 40% < Positif

Performances (Bovin)

Lait individuel : Sp = 99.05% [97.2 – 99.7] ; Se = 96.5 % [93.5 – 98.2]

Lait de tank : Sp = 100 % [97.5 – 100.0] ; Se = ? Dilution possible au 1/32

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M&M : données reproduction

Sources : SIEOL, campagnes 2010 à 2014 (février)

Données individuelles

Rang de lactation

Date de mise à la repro, date de mise-bas

N° lot, mode de reproduction

Anomalies repro (vide, avortement avec lait, sans lait)

193 élevages avec données complètes

Sélection des lot d’IA uniquement > 40 brebis de 2019 à 2013

Connaissance plus stricte des performances

83.7% (q1 = 76% ; q3 = 94%) des brebis et 98% (q1 = 91% ; q3=100%) des agnelles

1194 lots adultes ; 990 lots agnelles, 13 mixtes sur les 5 campagnes

58 % de élevages avec 2 lots, 18.1% avec 3 lots

Taille médiane 144 (q1= 94, q3 = 237, maximum 562)

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M&M : analyse statistique

Unité statistique

Elevage : ensemble des brebis à l’IA

Lot de brebis > 40 à l’IA

Brebis à l’IA

Analyse séparée Adultes / Agnelles

Critères de jugement

% brebis / agnelles avec retour en chaleur (mise-bas sur retour)

% brebis / agnelles avortées tardivement (avec ou sans lait)

% brebis / agnelles vides

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M&M : analyse statistique

Relation lait individuel / lait de tank

Régression linéaire / non linéaire après transformation ln des

données

Relations statut SBV et performance de reproduction

LOT : régression linéaire mixte avec effet aléatoire élevage

BREBIS : régression logistique effet aléatoire brebis, lot et

élevage

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Résultats : relation individuel / tank

Lait individuels : 3593 laits individuels, 591 positif (16.4%), 65 (1.8%) douteux

DTX = NEG : Médiane = 10.8 % (q1 = 3.3 ; q3 = 23.3)

DTX = POS : Médiane = 12.5 % (q1 = 5.0 ; q3 = 25.0)

Prévalence apparente intra-troupeau

0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100

0

5

10

15

20

25

Pourcentage de brebis séropositives

Pourc

enta

ge d

es é

levages

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Pourcentage de brebis séropositives (%)

0 20 40 60 80

Ln

(%D

Ota

nk)

2,0

2,5

3,0

3,5

4,0

4,5

5,0

5,5

Résultats : relation individuel / tank

Réduction significative DOtank

avec effectif en lactation : -2.4 % pour 50 brebis supplémentaires

Augmentation du niveau laitier moyen du troupeau en lactation (-6.6 points DOtank / 0.5 litre)

R² = 0.68, p<10-4

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Résultats : relation individuel / tank

Définition de 3 groupes

G1 = DOtank=< 40 % : séroprévalence « faible » (< 10 % ?)

G2 = 40% < DOtank =< 90 % : séroprévalence moyenne (10 -25 % ?)

G3 = Dotank > 90 % : séroprévalence « forte » (> 25 % ?)

DO tank (%)

0 20 40 60 80 100 120 140 160

Pourc

en

tage d

e b

rebis

L1 s

éro

positiv

es (

%)

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

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Résultats : évolution DOtank

Groupe : ----1 --- 2 --- 3 --- TOUS

Avril 2013 à Février 2014

Origine : effet concentration / dilution du lait de tank selon niveau de production?

Circulation SBV ?

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Résultats : évolution statuts

troupeaux Evolution des statuts des troupeaux

Résultats similaires selon les règles fabricant (NEG, POS, DTX)

Effectif

(% par mois) Avril Mai Juin Nov Janvier Février

Groupe 1

95

42.22

82

37.27

108

32.24

147

53.85

161

52.61

151

42.42

Groupe 2

78

34.67

73

33.18

99

29.55

81

29.67

98

32.03

132

37.08

Groupe 3

52

23.11

65

29.55

128

38.21

45

16.48

47

15.36

73

20.51

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Résultats : statuts SBV et repro

CAMPAGNE 2012-2013

ADULTES : par élevage

Nb élevages % retour % vides % avortées

Moyenne Moyenne Moyenne

2009-2011 170 29.36 a 2.91 a 0.39 a

Groupe 1 82 29.99 a 2.94 a 0.28 a

Groupe 2 54 30.16 a 3.65 a 0.40 a

Groupe 3 34 29.58 a 5.01 b 0.41 a

* Tests des rangs pour données appariés

Statut d’avril 2013

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Résultats : statuts SBV et repro

CAMPAGNE 2012-2013

AGNELLES : par élevage

Nb élevages % retour % vide % avortées

Moyenne Moyenne Moyenne

2009-2011 142 18.54 a 7.51 a 0.81 a

Groupe 1 74 20.02 a 6.03 a 0.64 a

Groupe 2 42 16.32 a 7.44 a 0.57 a

Groupe 3 26 19.37 a 9.90 a 1.07 a

Tests des rangs pour données appariés

Statut d’avril 2013

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Résultats : statuts SBV et repro

CAMPAGNE 2012-2013

ADULTES : par lot d’IA

% vides Nb lots Effet P value

Référence 2009-2011 3.09

Groupe 1 106 -0.1 0.81

Groupe 2 62 +0.40 0.49

Groupe 3 40 +3.65 <10-4

Modèles linéaires mixtes avec effet élevage, ajusté sur taille des lots et le mois d’IA

Statut d’avril 2013

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Discussion

Schéma d’étude et M&M

Variations des DOtank : signification biologique ?

difficultés à définir le statut des troupeaux

Lait de tank : manque de sensibilité et de spécificité

Biais de classification

Impact sur les comparaisons des performances de reproduction ?

Influence du niveau de production

Augmentation significative des Dotank avec la réduction du niveau de

production du troupeau (fin de campagne laiti-=ère 2013)

Très variable selon les élevages

Difficultés à faire une estimation précise (décalage date de

Contrôle individuel et date de prélèvement lait de tank)

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Discussion

Résultats

Forte circulation virale en 2012

50 % des troupeaux avec séroprévalence > 10 %

Impact circulation SBV

Faible en moyenne sur le Rayon

augmentation % adultes vides dans les élevages fortement

séropositifs

N’exclut pas des conséquences fortes ponctuellement

Circulation 2013 ???

Analyse à finalisée…

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Remerciements

Soutien Financier