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Département Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins Juin 2007

Rapport d’activité 2006

Sommaire 1. Introduction.................................... ..............................................................................3

1.1. Présentation du Département ................................................................................................. 3 1.2. Bilan et faits marquants de l’année......................................................................................... 3

2. Objectifs ....................................... ................................................................................6

3. Moyens et effectifs............................. ..........................................................................8 3.1. Personnels IFREMER............................................................................................................. 8 3.2. Mouvement de personnel ..................................................................................................... 10 3.3. Formations reçues ................................................................................................................ 10 3.4. Nouveaux diplômes des personnels permanents................................................................. 10 3.5. Doctorants............................................................................................................................. 11 3.6. Stagiaires .............................................................................................................................. 12 3.7. Personnels titulaires d’un contrat à durée déterminée, dont post-doctorants Ifremer.......... 13 3.8. Post-doctorants étrangers..................................................................................................... 13 3.9. Echanges de Chercheurs, Ingénieurs ou Techniciens avec les laboratoires extérieurs (si

chercheurs étrangers, préciser pays, organismes et cadre de l’opération) ......................... 13 3.10. Visites de délégations étrangères....................................................................................... 13 3.11. Formations données ........................................................................................................... 14 3.12. Contrats de recettes (indiquer les recettes UE que l’IFREMER soit partenaire ou sous-

traitant) ................................................................................................................................. 15 3.13. Infrastructures – Équipements (dont les acquisitions de l’année) ...................................... 15

4. Résultats obtenus en 2006....................... .................................................................16 4.1. Nutrition et développement des poissons............................................................................. 16 4.2. Remplacement des huiles et farines de poisson dans l’alimentation des poissons ............. 19 4.3. Physiologie des mollusques marins : du gène à l’organisme ............................................... 24 4.4. Ecophysiologie des mollusques marins : de l’organisme à l’écosystème ............................ 30

5. Perspectives 2007............................... .......................................................................36

6. Publications .................................... ...........................................................................38 6.1. Publications dans revues à comité de lecture ...................................................................... 38 6.2. Publications (sous-presse).................................................................................................... 39 6.3. Publications revues scientifiques ou technologiques sans comité de lecture ...................... 40 6.4. Ouvrages ou articles dans ouvrages .................................................................................... 40 6.5. Communications écrites dans des colloques, groupes de travail......................................... 40 6.6. Communications sans actes ................................................................................................. 43 6.7. Rapports de contrats (CEE, FAO, Conventions publiques ou privées…) et comptes-rendus

(expérience, essai, campagne de mesures…) .................................................................... 45 6.8. Thèses, HDR......................................................................................................................... 45 6.9. Mémoires d’étudiants (DEA, ISPA, IUT, Maîtrise) ................................................................ 45 6.10. Activités de diffusion des connaissances : voir tableau 3-11. ............................................ 46 6.11. Colloques et séminaires organisés par un membre de l’unité............................................ 46 6.12. Participation à des conseils nationaux et internationaux à caractère scientifique ou

technique.............................................................................................................................. 46 6.13. Activités de soutien aux laboratoires et services de l’IFREMER ........................................ 47 6.14. Activités de reviewing pour des revues scientifiques ou techniques .................................. 47

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1. Introduction

1.1. Présentation du Département Le département Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins a été créé le 1er janvier 2005. Il est composé de deux laboratoires : – laboratoire Adaptation Reproduction et Nutrition des poissons. Dans le cadre de l’UMR 1067

NUAGE, ce laboratoire est associé aux équipes de l’INRA de St Pée sur Nivelle et du Laboratoire Génomique et Physiologie des Poissons de l’Université Bordeaux 1. Cette UMR existe depuis 1992 ;

– laboratoire de Physiologie des Invertébrés, constitué en UMR (PE2M) en association avec le laboratoire de Biologie et Biotechnologies Marines de l’Université de Caen. L’UMR 100 existe depuis 2004.

Le but du département est de développer des connaissances sur les grandes fonctions physiologiques des poissons et des mollusques, en prenant comme modèle les deux espèces les plus élevées en France, le bar Dicentrarchus labrax et l’huître Crassostrea gigas. Les connaissances générées sur ces espèces sont applicables à d’autres espèces et peuvent servir aussi bien dans des buts d’aquaculture que pour l’halieutique. En 2006, les recherches du département étaient rattachées aux deux programmes du thème 3 : « Durabilité des systèmes de production » et « Qualité des procédés et des produits » et en partie au thème 4, projet STRADA. Le département est composé de 40 permanents et accueillait en 2006 13 doctorants et post-doctorants et une dizaine de stagiaires. Il regroupe des compétences en physiologie, zootechnie, nutrition, biochimie, biologie moléculaire, génomique, microbiologie. En plus du partenariat fort des UMR, des collaborations avec différentes universités européennes sont effectives dans de nombreuses disciplines, notamment en nutrition. Les compétences en biologie moléculaire et génomique, qu’il et indispensable de renforcer, sont développées dans un partenariat avec l’INRA et la participation au REX Marine Genomics.

1.2. Bilan et faits marquants de l’année

Vie du département et personnel Le travail en commun s’est renforcé entre les deux laboratoires, que ce soit sur les aspects de génomique, de microbiologie (notamment l’action des probiotiques) ou de développement larvaire. Une grande partie de la physiologie des organismes marins est donc abordée par l’intermédiaire des deux espèces modèles, chacune apportant ses particularités pour l’étude d’une fonction. En plus des sessions scientifiques PFOM institutionnalisées, les présentations scientifiques se sont multipliées, chacun intervenant volontiers pour soumettre son travail à l’évaluation de ses collègues. De la même façon, les chercheurs étrangers séjournant dans le département présentent leurs travaux. Le département a été renforcé par le recrutement d’un technicien en biochimie/biologie moléculaire, Virgil Quilien (ce qui correspondait à un départ en retraite). Un chercheur en écophysiologie des mollusques, Gilles Le Moullac et un technicien en nutrition des poissons, Jacques Moriceau, ont obtenu l’un et l’autre une mobilité au laboratoire d’Aquapol. Cette mobilité est une bonne chose pour Aquapol, mais constitue une perte de compétence pour le département. Des profils de postes ont été proposés pour leur remplacement. Renforcement de l’excellence scientifique Le département a poursuivi son effort pour l’obtention de d’Habilitation à Diriger les Recherches : Jean Robin, Jean-Louis Nicolas et Chantal Cahu ont passé leur HDR en 2006, ce qui porte à 8 le nombre de HDR totales du département. Ces HDR permettent l’accueil de nombreux doctorants et post-doctorants, qui contribuent de façon primordiale à la production scientifique du département. Le nombre de publications dans des revues à comité de lecture est de 24 en 2006 pour le département, dans des revues d’un impact factor moyen de 2. Le département s’est fortement mobilisé l’été 2006 pour contribuer au document du RTRA Europole Mer. Cela a été l’occasion de faire le point sur le niveau scientifique des chercheurs du département, par rapport aux indicateurs d’excellence scientifique universitaires. En août 2006, le point H moyen pour l’ensemble des chercheurs du département était de 12, allant jusqu’à 19, le nombre moyen de citation par chercheur de 410, allant jusqu’à 820.

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Evaluation des deux UMR Les deux UMR, « Nutrition, Aquaculture, Génomique » et Physiologie et Ecophysiologie des Mollusques Marins » ont été évaluées cette année. Pour l’UMR NUAGE, il s’agissait de la quatrième évaluation quadriennale. Elle a été très positive, malgré un questionnement fort du comité d’évaluation sur la faiblesse de l’investissement en moyen humain d’Ifremer en recherche piscicole, et des inquiétudes sur le devenir de la thématique « remplacement ders farines et huiles de poisson dans l’alimentation des poissons ». Pour l’UMR PE2M, il s’agissait d’une évaluation à mi-parcours, au terme de 2 ans. L’évaluation, également très positive, a recommandé une augmentation des publications communes entre les deux partenaires. Ce niveau de publications communes encore faible, bien qu’en augmentation, est normal étant donné le caractère récent de l’association. Organisation de congrès et séminaires Le département a été organisateur de nombreux congrès ou séminaires en 2006 : Le projet MOREST a eu son séminaire de clôture en mars, à la Rochelle, en présence d’une centaine de personnes et des évaluateurs étrangers. Devant le succès de ce projet, des pays du Sud Est Asiatique ont souhaité que l’équipe française (JF Samain) organise un séminaire en Corée puis en Chine pour transférer ces connaissances et les aider à élaborer un programme. Dans le cadre de la coordination Ifremer-INRA, les présidents des deux instituts ont souhaité qu’un séminaire « Santé des Organismes Marins » ait lieu afin de renforcer le partenariat de l’Ifremer, l’INRA et l’école vétérinaire de Nantes dans le domaine de la pathologie des poissons. Ce congrès, organisé à Nantes (C. Cahu) a regroupé plus de 100 participants et est à l’origine d’une proposition de GDR. Toujours dans le cadre de la coordination Ifremer-INRA, un séminaire de restitution des résultats obtenus à la suite de l’appel d’offre 2004 « Génomique et qualité des produits » s’est tenu en Avril à Paris (C. Cahu) en présence des directeurs scientifiques et des directeurs de département des deux instituts, les présidents participant à la clôture. L’UMR Nuage a organisé le XII International Symposium of Fish Nutrition and Feeding, à Biarritz, en mai. Le département a largement participé au congrès de la World Aquaculture Society à Florence, en mai, plusieurs chercheurs du département présentant des communications scientifiques et intervenant en tant que chairman de sessions. Notre support aux programmes des laboratoires Ifremer d’outre mer s’est concrétisé de deux façons : d’une part par une participation à l’évaluation du programme Desans en Nouvelle Calédonie, d’autre part une présentation de résultats au séminaire « ombrine » en Martinique. Projets nouveaux ou en clôture Le département s’est largement investi dans l’élaboration du Réseau Thématique de Recherche Avancée Europole Mer, notamment dans l’axe 1 « Génomique et Chimie Bleue ». Un GIS ayant été créé, le département aura une implication dans le comité de coordination de cet axe (C. Cahu). Nouvelles collaborations La collaboration avec l’INSTM, Tunisie, est devenue effective depuis 2006, avec l’accueil de 3 stagiaires pour une durée totale de 9 mois, sur le développement larvaire des mollusques et de poissons. Une collaboration avec l’Université de Tasmanie a été engagée, avec la venue d’une chercheuse pendant un mois.

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Département Physiologie Fonctionnelle des Organisme s Marins

Responsable département Chantal CAHU (HDR)

Secrétaire Département Yvette CASSOU

Laboratoire ARN Laboratoire LPI BUCHET Vincent RL Brest NICOLAS Jean-Louis RL (HDR) Brest CASSOU Yvette S Brest MARREC F/ LOISEAU V S Brest DARIAS Maria Post-D Brest DANIEL Jean-Yves I Brest GATESOUPE Joël C (HDR) Brest FABIOUX Caroline Post-D Brest GOUILLOU Marie F. C Brest HUVET Arnaud C Brest MAZURAIS David C Brest LE COZ Jean René I Brest OMNES Marie H. C Brest LE MOULLAC Gilles C Argenton PERSON Jeannine C (HDR) Brest MOAL Jeanne C Brest ROBIN Jean C (HDR) Brest POUVREAU Stéphane C Argenton SUQUET Marc C Argenton ROBERT René C (HDR) Argenton ZAMBONINO José C (HDR) Brest SAMAIN Jean-F. C (HDR) Brest SEGUINEAU Catherine C Brest DESBRUYERES Elisabeth T Brest BIZOUARN Yvon T Détaché HERVY Magali T- CDD Brest GARNIER Mathieu T Brest HUELVAN Christine T Brest GASTINEAU Olivier T -CDD Brest LE BAYON Nicolas T Brest LE SOUCHU Pierrick T Argenton LE DELLIOU Hervé T Brest LE BRUN Luc T Argenton LE GALL Marie M. T Brest MINER Philippe T Brest MORICEAU Jacques T Brest MINGANT Christian T Argenton QUAZUGUEL Patrick T Brest QUILLIEN Virgil T Brest SEVERE Armelle T Brest PETTON Bruno T Argenton QUEAU Isabelle T Brest QUERE Claudie T Brest RAGUENES Morgan D Brest AZANDEGBE Afi D Brest SILVA Flavia D Brest BEN KHEDER Rym D Argenton VAGNER Marie D Brest BOURLES Yves D Argenton ZOUITEN Dora D Brest RICO VILLA Benjamin D Argenton BACCA Hélène D Brest LABREUCHE Yannick D Brest FROUEL Stéphane D Brest FLEURY Elodie D Brest RL : responsable laboratoire, S: secrétaire, C: Chercheur, I : Ingénieur, T: technicien, D: Doctorant, Post-D : post-doctorant, HDR : Habilité à diriger des Recherches

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2. Objectifs L’objectif est de faire évoluer le département PFOM vers un groupe de compétence reconnu au niveau international dans le domaine de la physiologie des organismes marins. Ceci passe par différents moyens : Gestion des compétences Le nombre de HDR, de 8 actuellement, augmentera dans le département au cours des prochaines années, 3 jeunes chercheurs étant bientôt en situation de passer leur HDR. Cela permettra d’augmenter encore le nombre de doctorants et les collaborations avec l’université. Des chercheurs seront recrutés à un haut niveau d’excellence (doctorat + post-doc). Un plan de recrutement à été développé dans le cadre de la GPEC. Cependant, il faudra être vigilant à ce que les départs en retraite ne nous laissent pas dépourvus de scientifiques ayant une vision globale et synthétique et capable de dialoguer avec les professionnels. Participation aux réseaux régionaux, nationaux et e uropéens Les réseaux de collaboration nationale du département PFOM sont bien établis notamment le long de la cote atlantique grâce aux partenaires des Unités Mixtes, Université de Caen, Bordeaux, INRA près de Biarritz. Une discussion entre le département et les directeurs des deux unités mixtes (M. Mathieu pour l’UMR PE2M et Françoise Médale, future directrice de l’UMR Nuage), a été engagée pour que l’évolution des deux groupes se fasse en synergie. Le département est déjà partie prenante de projets régionaux, RTRA Europole Mer, de nombreux projets nationaux (ANR Physiogène Genanimal, projets d’incitation Ifremer-INRA…) de collaboration entre deux pays, de projets européens (AQUAFIRST, FINE FISH, FEUFAR…). Plusieurs réponses à des appels d’offre européens sont actuellement en chantier. Développement du projet scientifique du département Ce projet scientifique est développé dans le cadre du thème 3 majoritairement ainsi que des thèmes 2 et 4. - Améliorer la qualité des juvéniles de poisson et d’huître produits en écloserie grâce à une meilleure maîtrise de la reproduction et du dévelop pement larvaire . Il s’agira d’identifier les mécanismes moléculaires contrôlant l’initiation et le déroulement des différentes étapes de la gamétogenèse et de caractériser des interactions entre l’environnement et la ploïdie. Nous poursuivrons nos recherches pour comprendre le développement précoce de ces organismes et comment l’environnement -paramètres physico-chimiques et nutrition- affecte ce développement (quelles cascades de gènes sont activées au cours du développement, comment une variation de l’environnement affecte leur expression). Ce sujet est commencé dans le cadre du programme FINE FISH axé sur le développement des poissons. Ces données seraient entre autres utiles dans le cadre de programmes de repeuplement, pour « fabriquer » des populations spécialement adaptées au relachage en mer. - Comprendre les causes de la variabilité de captag e des naissains d’huître en milieu naturel (déficit de reproduction ou de fixation, température, polluants…) et proposer des solutions. Le projet Véliger est en cours d’élaboration. - Nourrir les poissons avec des sources végétales e n remplacement des farines et huiles de poisson actuellement utilisées pour nourrir les poissons d’élevage, en conservant aux poisson leur valeur nutritionnelle et organoleptique. Il s’agira notamment d’identifier des individus ayant un génotype leur permettant une meilleure synthèse des acides gras polyinsaturés en oméga 3. - Améliorer la santé des poissons et huîtres en éleva ge par une meilleure connaissance de l’impact des facteurs environnementaux et la connaissance de l’écologie microbienne ce qui conduira entre autre à une limitation de l’usage des antibiotiques. Comprendre à partir de quel moment et comment une variation de l’environnement (exemples : augmentation de température, apparition de xénobiotiques…) peut affecter l’expression des gènes jusqu’à l’apparition de maladies. Ce sujet en partie étudié dans le cadre du PI AQUAFIRST.

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- Comprendre comment les contraintes environnementa les peuvent avoir un effet sur la structure des génomes d’une population . Ce sujet déjà développé dans le cadre du programme Morest a mis en évidence des souches d’huîtres résistantes et sensibles. Cette approche en génomique fonctionnelle permettant d’identifier ces différentes souches sera poursuivie par les généticiens, afin d’isoler des souches dans le cadre de l’amélioration des espèces aquacoles. - Fournir des modèles bioénergétiques de croissance, de reproduction et de survie pour différents organismes d’intérêt aquacole, halieutique ou écologique. - Transférer des connaissances en écophysiologie et en nutrition sur d’autres espèces en élevage , pour apporter un support aux laboratoire d’outre-mer : crevettes en collaboration avec le département de Nouvelle Calédonie, ombrine en Martinique, huître perlière à Tahiti.

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Rapport d’activités, année 2006

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3. Moyens et effectifs

3.1. Personnels IFREMER Cadres ARN

Répartition du temps agent par principaux projets (h par an) Nom, Prénom Catégorie % activité C0101 C0106 C0201 C0202 C0203 C0207 C0209 C0210 D0207 H0301 I0201

Buchet Vincent C2 100 31 1048 5 320 52 Cahu Chantal C2 100 63 70 444 2 251 77 7 687 15 Gatesoupe Joël IR1 100 1615 Gouillou-Coustans Marie-Françoise C1 50 312 Mazurais David C1 100 1821 Omnès Marie-Hélène C2 100 1467 44 Person Jeannine C2 100 929 218 317 Robin Jean C2 100 8 1658 Suquet Marc C1 100 1080 292 169 Zambonino José C2 100 1486 38

Cadres PI

Répartition du temps agent par principaux projets (h par an) Nom, Prénom Catégorie % activité B0107 C0101 C0102 C0104 C0107 C0202 C0204 H0405 I0201 I0203 Autres

Daniel Jean-Yves C1 100 90 1510 24 26 Huvet Arnaud C1 100 70 1540 60 Le Coz Jean-René C1 100 191 10 862 190 162 198 Le Moullac Gilles C1 100 80 1159 Moal Jeanne C2 100 605 906 Nicolas Jean-Louis C2 100 411 153 935 20 Pouvreau Stéphane C1 100 102 251 78 579 482 38 Robert René C2 100 32 16 1476 44 12 Samain Jean-François C3 100 1033 540

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Techniciens/Administratifs ARN

Répartition du temps agent par principaux projets (h par an) Nom, Prénom Catégorie % activité C0108 C0202 C0203 C0207 C0209 H0301 H0405 Autres

Cassou Yvette AA 100 78 1040 516 72 Desbruyeres Elisabeth CTA 91 1420 Huelvan Christine TP 91 1385 Le Bayon Nicolas TP 100 1440 Le Delliou Hervé TS 100 1141 220 234 Le Gall Marie-Madeleine TP 100 1497 Moriceau Jacques CTA 100 759 40 Petton Bruno TP 100 152 1340 Quazuguel Patrick TP 100 291 1170 Severe Armelle TP 80 370 308 48

Techniciens/Administratifs PI

Répartition du temps agent par principaux projets (h par an) Nom, Prénom Catégorie % activité B0107 C0101 C0104 C0107 C0108 C0202 C0204 H0405 I0201 I0203 Autres

Garnier Matthieu TS 100 381 680 264 274 Lebrun Luc TS 100 80 80 298 850 21 Le Souchu Pierrick TS 100 860 162 198 224 Marrec Fatiha SD 100 Miner Philippe TP 100 16 1068 513 Mingant Christian TP 100 497 936 24 Queau Isabelle TS 80 374 374 448 Quere Claudie TS 50 617 Quillien Virgile TS 100

Correspondants informatiques et plongeurs professionnels

Nom, Prénom Plongeur professionnel Correspondant informatique Le Coz Jean-René X

Le Delliou Hervé X

Mingant Christian X

Pierric Le Souchu X

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3.2. Mouvement de personnel Nom, Prénom Laboratoire Date

Arrivée Départ

Le Moullac Gilles PI 31/08/06

Marrec Fatiha PI 6/07/06 31/12/06

Moriceau Jacques ARN 30/08/06

Quillien Virgile PI 23/10/06

3.3. Formations reçues Nom / Prénom Laboratoire Intitulé Formateur Le Gall Marie Madeleine Zambonino José

ARN Analyse transcriptomique par la technologie des puces à ADN

Pouvreau Stéphane PI Ecologie du phytoplancton Daniel Jean-Yves Fleury Elodie Huvet Arnaud Moal Jeanne

PI Plan d'expérience – Hybridations de puce à ADN

Queau Isabelle PI Conduite autoclaves Daniel Jean-Yves Mingant Christian Quillien Virgile

PI Le risque chimique en laboratoire

Le Souchu Pierrick Sévère Armelle

ARN/PI Prévention des risques physiologiques

Mazurais David Quillien Virgile ARN/PI Sécurité incendie Interne

Daniel Jean-Yves Sévère Armelle

ARN/PI Sensibilisation à la radioprotection

Garnier Mathieu Le Bayon Nicolas Person Jeannine

ARN/PI Ethique et principe de précaution Interne

Fleury Elodie Sévère Armelle ARN/PI Etre efficace dans ses recherches

documentaires BLP

Buchet Vincent Huvet Arnaud Pouvreau Stéphane

ARN/PI Anglais intensif

Huvet Arnaud Pouvreau Stéphane

PI Anglais cours particuliers

Buchet Vincent ARN Anglais extensif

English Appart

Le Coz Jean-René PI Espagnol

Sévère Armelle ARN Powerpoint Interne

3.4. Nouveaux diplômes des personnels permanents Cahu C.L. Nutrition, Digestion et développement des larves de crevettes et poissons marins.

Mémoire d’Habilitation à Diriger les Recherches, Université de Bretagne Occidentale, 68 p.

Nicolas J.L. Bilan des études en Ecologie microbienne et pathologie des élevages de mollusques bivalves. Mémoire d’Habilitation à Diriger les Recherches, Université de Bretagne Occidentale, 147p.

Robin J.H. Etude des acides gras des poissons marins, composition et incorporation. Mémoire d’Habilitation à Diriger les Recherches, Université de Bretagne Occidentale, 62 p.

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3.5. Doctorants Nom, Prénom Dates Etablissement d’origine Financement Sujet Tuteur

Azandegbe Afi 14/12/06 au 3/12/07 UBO Ifremer Etude de l’écologie de Vibrio aesterianus pathogène de l’huître creuse : un modèle d’interaction huître-environnement-pathogène. Comparaison des modalités de l’infection avec des souches pathogènes de Vibrio splendidus.

Nicolas J.L.

De Paula e Silva Flavia 1/4/06 au 28/2/07 Univ. Fédérale de Minas Gerais (Brésil)

Gouvernement brésilien Elevage larvaire des poissons – ontogenèse des fonctions digestives des larves et utilisation précoce des aliments microparticulaires

Joël Gatesoupe

Bacca Hélène 15/10/03 au 14/12/06 Univ Rennes Ifremer Région Bretagne Régulateur des voies métaboliques des sucres chez l'huître creuse Crassostrea gigas : intérêt pour l'étude des relations entre réserves, cycle reproducteur "R" et "S" survie estivale.

Van Wormhoudt Huvet A., Moal J.

Ben Kheder Rym 31/10/03 au 31/12/06 UBO Bourse Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche (Tunisie)

Etude sur le développement larvaire de Crassostrea gigas en conditions contrôlées : recherche d’index de qualité.

Robert R. (50 %) et Bejaoui N. (50 %)

Bourles Yves 1/12/04 au 30/11/07 Décembre 2008

Ifremer/Poitou-Charente Conception et mise en application d'un modèle générique de croissance,

de gamétogenèse et de survie de l'huître creuse (Crassostrea gigas).Projet : GENERIC (Generic model of ENERgetics in Crassostrea gigas

Alunno-Bruscia M. Pouvreau S.

Fleury Elodie 1/12/05 au 30/11/08 INSA Lyon Ifremer/Région Basse-Normandie

Exploration fonctionnelle de gènes différentiellement exprimés entre les souches d’huîtres résistantes et sensibles à la mortalité estivale

Huvet A.

FroueL Stéphane 01/01/03 au 30/01/06 Univ. Caen Bourse Région Basse Normandie

Essai de probiotiques en élevage larvaire de bivalves et mesure de l’activité.

Nicolas J.L.

Labreuche Yannick 15/10/02 au 30/09/06 Univ. Caen Région Bretagne Expression de la virulence de Vibrio pathogènes de bivalves : Identification des facteurs de virulence modulation de leur expression en fonction des paramètres physiques (températures, oxygène) et nutritionnels.

J.L. Nicolas

Olivo Erell 01/01/04 au 31/12/06 Univ. Nantes Bourse CIFRE Développement d’un photobioréacteur pour la production en continu de microalgues en écloserie aquacoles

Robert R. (50 %) Legrand J. (50 %)

Prudence Marie Prolongé

01/10/01 au 30/09/04 Univ.Caen CR Basse Normandie Recherche dans le cadre de l’Unité Mixte LPI-LBBM Univ. Caen sur la caractérisation de marqueurs génétiques fonctionnels de la nutrition et/ou de l’adaptation (analyse) chez l’huître Crassostrea gigas

Samain J.F.

Rico Villa Benjamin 15/09/04 au 15/09/07 UBO Bourse CONACY (Mexique) Définition des besoins écophysiologiques des larves de Crassostrea Gigas en conditions contrôlées.

Robert R.

Vagner Marie 1/10/04 au 30/09/07 UBO IFREMER puis INRA Orientation des processus métaboliques des juvéniles de bar (Dicentrarchus labrax) par un conditionnement nutritionnel et environnemental durant les phases larvaires

Person J.

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3.6. Stagiaires Nom, Prénom Durée Diplôme Etablissement d’origine Sujet Tuteur Amourda Christopher 17/4 au 24/6 DUT, Analyses biologiques

et biochimiques IUT Biologie Brest L’évolution de la qualité de gamètes d’huîtres au cours d’essais de

conservation à court terme M. Suquet

Barde Béatrice 13/3 au 19/5 Licence 3e année, Biologie des organismes

Univ. Pau et des Pays de Loire

Effet de l’aliment sur l’activité de la microflore au cours du transit intestinal chez un poisson marin

J. Gatesoupe

Baulach Sarah 1/6 au 30/7 Master 1, Sciences du vivant Univ. J. Fournier, Grenoble

Essai de nouveaux procédés d’élevage larvaire de coquilles St-Jacques Ph. Miner/JL Nicolas

Bennani Houda 7/11/05 au 10/4/06 puis 2/10/06 au 15/12/06

Master 2 UBO Expression des facteurs de virulence de Vibrio aesturianus pathogène de l'huître creuse Crassostrea gigas

J.L. Nicolas

Bernard Ismaël 1/5 au 30/6 Master 1, Environnement et espaces littoraux

UFR La Rochelle Application d’un nouveau modèle de croissance et de reproduction de l’huître creuse (Crassostrea gigas) au cas particulier du bassin d’Arcachon

S. Pouvreau

Boutaya Radhwane 3/4 au 3/9 Master 1, Biologie fondamentale et appliquée

Univ. Havre, UFR Sciences et Techniques

Etude de l’incorporation des acides gras essentiels chez le bar, en fonction du taux de l’alimentation

J. Robin

Canto Macias Loréna Janvier et février Master 1, Sciences et biologie marine

Univ. Cadiz, Espagne Effet de la dose d’un probiotique sur l’activité de la microflore au cours du transit intestinal chez la truite arc-en-ciel

J. Gatesoupe

Cassilde Charles 1/8 au 15/9 Formation ingénieur, spécialisation 3e année, Agrocampus Rennes

ENITA de Clermont Culture en continu de Chaetoceros gracilis en phytobioréacteur de 17L R. Robert

Cecile Sabrina 30/1 au 30/6 Master 2, Océanographie et Environnement marin

Univ. Paris 6 Recherche des molécules actives sur la croissance des crustacés dans une préparation probiotique

J.L. Nicolas

Cheize Marie 3 au 28/7 Master 2 IUEM Plouzané Dosages enzymatiques, dosages de divers métabolites en lien avec la des huîtres soumises aux sulfures

G. Le Moullac

Cos Isabelle 29/5 au 1/8 Ingénieur ESA Angers Etude par une approche multifactorielle de l’influence relative des facteurs d’élevage et de leurs interactions sur la qualité de la chair du bar (Dicentrarchus labrax)

V. Buchet

Dorigny Alexandre 10/4 au 16/6 DUT, Génie biologique IUT Laval Essai de nouveaux probiotiques en élevage larvaire de coquilles St-Jacques

Ph. Miner/JL Nicolas

Hainigue Marie-Hélène 18/4 au 23/6 DUT, Génie biologique IUT Brest Quantifier et qualifier les microflores bactériennes associées aux élevages d'huître creuse Crassostrea gigas conduits en séquentiel

R. Robert

Laugier Jaimie 15/6 au 15/8 Licence, Biologie cellulaire et physiologie

UBO Brest Culture et recherche des cyanobactéries dans les milieux larvaires J.L. Nicolas

Pénasse Sophie 24/4 au 31/8 Technicien supérieur de la mer

Intechmer Cherbourg Mise en évidence et quantification des réserves lipidiques chez les larves en conditions contrôlées

R. Robert

Raguenes Morgane 21/1 au 2/6 Master 2, Génie biologique et production marine

IUEM Plouzané Développement des cellules germinales chez les huîtres triploïdes : relation avec leur faible activité gamétogénétique

A. Huvet

Sotomayor Maria 3/11/06 au 3/12/07 Master 2, Microbiologie fondamentale et appliquée

IUEM Plouzané Purification et caractérisation de molécules J.L. Nicolas

Tidanini Farid Janvier et février Master 1, Sciences et biologie marine

IUEM Plouzané Etude de l’incorporation des acides gras essentiels chez le bar, en fonction du taux d’alimentation ; mise en place d’une expérimentation

J. Robin

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3.7. Personnels titulaires d’un contrat à durée dét erminée, dont post-doctorants Ifremer Fabioux Caroline : du 01/07/06 au 31/03/07, post doc Gastineau Olivier : du 01/09/2005 jusqu’au 31/07/2007. En formation par alternance pour l’obtention d’un DUT, IUT de Brest Hervy Magali : du 24/10/05 au 21/04/06 et du 01/07/06 au 31/12/06 Marrec Fatiha : du 17/10/05 au 14/04/06, secrétariat PI Quillien Virgile : du 01/06/05 au 30/09/06

3.8. Post-doctorants étrangers Nom, Prénom Dates Financement Sujet Etablissement d’origine Tuteur

Darias Maria 1/10/06 au 31/9/08 Gouvernement espagnol Génomique des poissons Univ. Cadiz (Espagne) D. Mazurais

3.9. Echanges de Chercheurs, Ingénieurs ou Technici ens avec les laboratoires extérieurs (si chercheurs étrangers, préciser pays, organismes et cadre de l’opération)

Nom, Prénom Qualification Organisme Sujet Période Tuteur

Ben Khemis Ines Chercheur INSTM (Tunisie) Pisciculture larvaire – élevage larvaire des poissons : ontogenèse des fonctions digestives des larves et utilisation précoce des aliments microparticulaires

23/11 au 7/12/06 C. Cahu

El Abed Medhi Mohamed

Doctorant INSTM (Tunisie) Larviculture et mollusques

1/8 au 29/12/06 R. Robert

King Nick Chercheur Cawthron Institue (Nlle Zélande)

Larviculture et mollusques 4 au 29/9/06 R. Robert

Zouiten Dora Doctorant INSTM (Tunisie) Pisciculture larvaire – élevage larvaire des poissons : ontogenèse des fonctions digestives des larves et utilisation précoce des aliments microparticulaires

18/9 au 15/12/06 C. Cahu

3.10. Visites de délégations étrangères Dr A.R. Thirunavukkarasu, directeur scientifique du CIBA (Central Institute for Brackishwater Aquaculture), Madras, Inde. 1er mars 2006. Projet d'aquaculture de lates calcarifer dans l'Etat du Tamil Nadu. Andrew Fidler, Cawthron Institute of Nelson, New Zealand, 5 juillet 2006. Physiologie et génétique de la moule verte (green-lipped mussel). Délégation de l'Union Européenne des Conservateurs d’Aquariums. 5 octobre 2006. Présentation des programmes d'aquaculture et visite des installations.

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3.11. Formations données Formateur Intitulé Durée Cadre de la formation Cahu Chantal Bases biologiques de l’aquaculture 3h ESMISAB, Bac + 5 Cahu Chantal Protocoles de Nutrition des poissons 2h Ecole Vétérinaire de Nantes Cahu Chantal Valeur nutritionnelle des Poissons 3h Master 2 Alimentation-Droit-Nutrition-Santé UBO Nicolas Jean-Louis Ecologie microbienne 3 heures MASTER 2 UBO Nicolas Jean-Louis Ecologie microbienne 2heures MASTER 2 Caen Moal Jeanne Physiologie-aquaculture des bivalves 1.5 heures Master Alimentation-Droit-Nutrition-Santé UBO Pouvreau Stéphane Ecophysiologie 10 heures ENSA Rennes 5ème année ingénieur Pouvreau Stéphane Ecophysiologie 10 heures MASTER 2 UBO Pouvreau Stéphane Ecophysiologie 2 heures MASTER 2 Univ. Caen Pouvreau Stéphane Ecophysiologie 10 heures MASTER 2 Univ. La Rochelle Robert René Maîtrise des productions en écloserie de mollusques 3 heures ENSAR Rennes 5ème anée Robert René Maîtrise des productions en écloserie de mollusques 2 heures MASTER 2 UBO Robert René Maîtrise des productions en écloserie de mollusques 8 heures MASTER 2 Univ. Caen Robert René Maîtrise des productions en écloserie de mollusques 3 heures ENV Nantes Samain Jean-François Physiologie 3 heures MASTER 2 Rennes

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3.12. Contrats de recettes (indiquer les recettes U E que l’IFREMER soit partenaire ou sous-traitant)

Contractant Type de contrat Objet Montant HT

CNC National MOREST - Ifop 291 006.76

Région Pays de la Loire CPER MOREST 6 680.82

Région Bretagne CPER Mortalités estivales 66 889.64

Union européenne BEAD 987.14

Nutreco Royalties Royalties sur aliments larves 8 529.35

Le Gouessant Redevance Aliment adapté au contrôle des rejets 568.00

Région Basse Normandie Cofinancement de thèse 18 873.00

Région Bretagne Cofinancement de thèse 11 461.12

Département du Finistère Soutien à l'Investissement Achat équipement : lecteur microplaques 12 600.00

3.13. Infrastructures – Équipements (dont les acqui sitions de l’année)

Les équipements : Lecteur de microplaques thermostaté permettant de faire de multiples analyses en rayonnements visibles et UV. Argenton, aménagement d’une cuisine et de sanitaire dans le bâtiment de stockage, d’un bureau à l’étage de l’écloserie. Détecteur de barrettes DIODES 2996

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4. Résultats obtenus en 2006

4.1. Nutrition et développement des poissons Action (C020303) : Nutrition et Développement des poissons Intervenants : C. Cahu, M. Darias (post-doc), E. Desbruyères, J. Gatesoupe, M.F. Gouillou-Coustans, C. Huelvan, H. Le Delliou, D. Mazurais, J. Moriceau, P. Quazuguel, J. Zambonino L’action Nutrition et Développement a pour objectif général de mieux connaître la physiologie des larves de poissons, en relation avec leur alimentation, pour améliorer la qualité de juvéniles en sortie d’écloserie.

4.1.1. Projet Européen FINEFISH (2005-2008) sur les malformations Rappel : Ce projet coordonné par la FEAP (Fédération Européenne des Aquaculteurs), regroupe 9 SME et 8 Universités/Instituts de Recherche. Son objectif est de déterminer les causes des malformations en s’intéressant à 3 paramètres d’élevage : la température, la nutrition et la zootechnie du bassin. L’équipe de Brest étudie l’impact de certaines vitamines (Vit A, C et D) sur la morphogenèse de la larve de bar, en s’intéressant aux acteurs moléculaires mis en jeu. Au cours de cette année 2006, notre équipe s’est particulièrement investie dans la réalisation des expériences contractuellement prévues dans le contrat FINEFISH et le développement de nouveaux outils analytiques. Expérience 1 : Mélange vitaminique Les résultats de croissance et survie indiquaient que le taux optimal d’incorporation du mélange vitaminique est de 4 % (rapport 2005). L’analyse des malformations fait apparaître que 4 % et 5 % de mélange vitaminique induisent de plus faibles taux de malformation (Figure 1).

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Dietary groups

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COLUMN

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N.S

Figure 1 : Pourcentage des larves malformées (tête et colonne vertébrale) chez les larves nourries avec les régimes contenant différentes teneurs en mélange vitaminique. Les larves issues des différents groupes expérimentaux ont été colorées au bleu alcian (colore les cartilages) et rouge alizarine (colore le tissu osseux minéralisé). Nous avons quantifié par analyse d’image les niveaux de bleu et rouge (mise au point d’un protocole). Nos résultats montrent que l’augmentation du taux de mélange vitaminique dans le régime se traduit par une ossification plus importante des larves (Figure 2), révélée par les colorations au

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bleu alcian et rouge alizarine et l’expression de l’ostéocalcine (marqueur du processus d’ossification).

Figure 2 : Niveau d’ossification des larves en fonction du taux alimentaire du mélange vitaminique mesuré chez des larves âgées de 38 jours. Une analyse du transcriptome de la larve de bar va être plus spécialement entreprise entre J15 et J30. Nous avons en effet montré pendant cette fenêtre du développement de la larve que les gènes codant l’ostéocalcine (marqueur du processus d’ossification) et le récepteur à la vitamine D (VDRb) présentaient des profils anti-corrélés (Figure 3). Sachant que la vitamine D intervient dans les processus d’ossification et de minéralisation (homéostasie calcique), via l’activation de son récepteur qui a des propriétés trans-activatrices de facteur de transcription, cette étude devrait nous permettre de mieux comprendre sur la base des profils d’expression de gènes, les mécanismes et acteurs impliqués dans le processus d’ossification. 30 puces « truite » vont être hybridées dans le cadre de ce travail avec des cibles complexes issues d’ARN de bar (hybridation hétérologue entre les deux espèces déjà testée au laboratoire).

Figure 3 : Expression de l’ostéocalcine et du récepteur à la vitamine D (exprimées par rapport à EF1) durant le développement de la larve de bar. Expérience 2 : Taux de vitamine A

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La seconde expérience, mars-avril 2006, avait pour but de déterminer le meilleur taux d’incorporation de la vitamine A. Sept régimes ont été testés en triplicat : 0, 5, 10, 15, 25, 35 et 70 mg rétinol acétate (RET)/kg d’aliment et correspondant à 0, 16600, 33200, 50000, 83300, 116600, 233300 IU/ kg d’aliment. L’expérience a duré 42 jours. Les résultats montrent que les aliments expérimentaux RET10 et RET15 induisent les meilleures croissances et survie (Figure 4). Une analyse partielle des taux de malformation (travail en cours, effectué en collaboration avec l’Université de Patras, Grèce) indique que le niveau optimal de rétinol acétate se situerait entre 10 et 15mg/kg d’aliment, ce qui correspond approximativement au niveau de vitamine A recommandé actuellement. Les analyses moléculaires sont encore en cours.

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Figure 4 : Poids des larves et survie de bar à J42, nourries avec les différents aliments expérimentaux. Expérience 3 : Taux de vitamine D La troisième expérience, octobre-décembre 2006, s’intéresse à l’effet du taux de vitamine D dans l’aliment. Six régimes ont été testés en 4 réplicats : 0, 250, 480 (témoin), 600, 960 et 3500 µg de vitamine D3 non hydroxylée/kg d’aliment et correspondant à 0, 10000, 19200, 24000, 38400, 140000 IU/ kg d’aliment. L’expérience a duré 44 jours.

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Figure 5 : Croissance et survie des larves de bar à J44, nourries avec les différents aliments expérimentaux. Les meilleurs résultats de croissance et survie sont observés chez les larves du régime témoin. L’analyse de l’ossification (colorations réalisées) et du taux de malformations est actuellement en cours.

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4.1.2. Construction d’une banque soustractive larve /adulte de bar Nos travaux dans le domaine du développement des larves de bar ont clairement indiqué que durant ces jeunes stades, des processus de différenciation et maturation étaient mis en œuvre pour permettre la transformation d’une larve en un juvénile possédant pleinement les fonctions physiologiques nécessaires à sa survie et croissance. Ces processus de développement sont contrôlés par des gènes spécifiquement exprimés pendant les jeunes stades. Afin de pouvoir les identifier et étudier leur régulation nutritionnelle, la construction d’une banque soustractive (SSH) enrichie en gènes spécifiquement exprimés aux stades larvaires est en cours : Principe : soustraire de l’ARN de stade juvénile (animaux prélevés à J45) à des ARN de stades larvaires (J5 et J15) afin d’obtenir une banque enrichie en ADNc correspondant à des gènes exprimés spécifiquement durant les stades de développements précoces ; gènes jouant a priori, de par leur fenêtre d’expression, un rôle durant ces stades de développement. Le développement de cet outil présente le double intérêt : • d’obtenir à moindre coût (séquençage) des informations sur les gènes jouant un rôle durant le

développement larvaire, • de compléter les banques du REX MGE qui ont été réalisées à partir de tissus adultes.

4.1.3. Orientation des processus métaboliques des j uvéniles par un conditionnement nutritionnel pendant les jeunes sta des larvaires

Cette thématique évalue dans quelle mesure il est possible d’orienter, par une alimentation et un conditionnement adéquats, certains processus physiologiques pour conférer aux poissons une plus grande adaptabilité nutritionnelle (concept de mémoire métabolique) aux aliments intégrant majoritairement des ingrédients d’origine végétale. Dans ce cadre, nous nous intéressons au métabolisme des lipides (expression des gènes codant pour PPARα, β, γ, delta 6 desaturase, lipase, phospholipase A2), et plus particulièrement à la possibilité d’induire les voies d’élongation des acides gras, voies faiblement exprimées chez les poissons marins (travaux menés dans le cadre d’une thèse INRA-Ifremer et décrits dans l’action remplacements des farines et huiles d’origine marine par des produits d’origine végétale).

4.2. Remplacement des huiles et farines de poisson dans l’alimentation des poissons

Action (C020304) : Substituts nutritionnels aux farines et huiles de poisson

4.2.1. Etude par une approche multifactorielle des effets des facteurs environnementaux sur les performances zootechniques et la qualité de la chair de bar

Intervenants : V. Buchet, J.Person, J.Robin, N. Le Bayon, H. Le Delliou, A. Sévère Le projet Multibar réalisé dans le cadre d'une l’action incitative INRA-Ifremer a démarré en 2004-2005 et s'est poursuivi au cours de l'année 2006 avec une seconde expérience sur des bars de taille commerciale. La première phase qui visait à valider la méthode d’approche (plans expérimentaux factoriels fractionnaires) a bien permis de mettre en évidence des effets des facteurs testés, ainsi que de certaines interactions, elle a également permis de hiérarchiser les facteurs entre eux. L’exploitation des résultats s’est poursuivie en 2006. La seconde phase avait un double objectif i) recentrer l’étude sur le remplacement des huiles marines par des huiles végétales ii)l'analyse de la qualité organoleptique de la chair en fonction des différentes conditions d'élevage (vis à vis du consommateur). Pour cette seconde expérimentation, les facteurs testés ont été la température (19 et 22°C), la photopériode (18h et 10h de jour), le taux de lipides (11 et 22 %) dans l'aliment. Un nouveau facteur a été introduit, l'origine (marine ou végétale) des lipides. L’amplitude de température a été réduite, afin de limiter les écarts de croissance en fin d’élevage pour faciliter la comparaison organoleptique. Une attention particulière a été portée sur l’éventualité de l’apparition d’une maturation sexuelle (RGS) avec des animaux ayant un poids moyen de départ de 150g. Des aliments expérimentaux extrudés ont été élaborés pour permettre une meilleure comparaison des facteurs nutritionnels. Le nourrissage était réalisé manuellement, une fois par jour.

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Les paramètres suivants ont été suivis : Performances zootechniques (croissance, ingéré, efficacité alimentaire) – Morphométrie – État physiologique – Qualité de la chair (déterminisme de la texture de la chair des poissons et mécanismes impliqués dans la constitution des dépôts lipidiques) – Composition corporelle (qualité des acides gras essentiels) et Qualité organoleptique. Les résultats de la première phase semblent être confirmés : influence de la température et de la photopériode sur les performances zootechniques (amélioration de l'efficacité alimentaire). De plus dans cette expérience l'origine des lipides semble avoir plus d’influence sur la croissance que le taux de lipides des aliments. Les tests organoleptiques réalisés par un jury de 16 membres semblent montrer que chaque facteur étudié influence au moins certaines caractéristiques organoleptiques de la chair. Cependant, la variabilité des valeurs des différents critères sensoriels reste assez faible entre les traitements. Le reste des analyses concernant l'état physiologique, la composition corporelle, la qualité (texture) de la chair ou les mécanismes impliqués dans la constitution des dépôts lipidiques seront disponibles au cours du printemps 2007.

4.2.2. Étude des possibilités d’orientation des pro cessus métaboliques des juvéniles de bar par un conditionnement nutriti onnel et environnemental pendant les phases larvaires

Intervenants : M. Vagner, J. Robin, J. Zambonino, J. Person, H. Le Delliou, M.M. Le Gall, P. Quazuguel Les travaux programmés dans le cadre de la thèse Ifremer-Inra de Marie Vagner se sont poursuivis en 2006 par la finalisation de l’exploitation des résultats acquis en 2005 et la réalisation d’une seconde série expérimentale complète. Les résultats des deux premières années de thèse ont montré que même si la larve de bar nourrie avec un aliment carencé en HUFA n-3 (LH) présente un retard significatif de croissance et une composition en acide gras différente de poissons ayant reçu un aliment riche en HUFA n-3 (HH), elle est capable de palier à la carence en développant un mécanisme enzymatique de désaturation mis en évidence par l’augmentation significative de la teneur en 18:3n-6 des tissus à partir du 18:2n-6. Ceci est appuyé par l’expression relative de la delta-6 désaturase (∆6D) significativement plus élevée chez les groupes LH que chez les groupes HH pendant tout le stade larvaire et indépendamment de la température d’élevage (Figure 6). La croissance et la survie des juvéniles issus des 4 conditionnements initiaux (LH16, HH16, LH22, HH22) n’ont pas été affectées par le conditionnement larvaire, en dépit d’une différence de poids initiale résultant des températures d’élevage différentes (16 ou 22°C) durant les plus jeunes stades. Cependant, l’expression de la ∆6D significativement plus élevée chez les juvéniles ex-LH que chez les groupes ex-HH indique que la désaturation des acides gras était positivement influencée chez les poissons conditionnés pendant leur stade larvaire (Figure 7). Ceci est confirmé par les plus fortes teneurs en DHA mesurées dans les PL des groupes ex-LH que dans les groupes ex-HH. La transcription de la ∆6D n’était plus stimulée à la fin de l’expérience (J211) suggérant une adaptation des poissons à leur aliment carencé pendant la deuxième moitié de l’expérience.

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NS

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Figure 6 : Expression relative de la ∆6D à J25 et à J45 pour chaque condition expérimentale et en fonction du groupe de référence HH22. *P<0.05 ; ***P<0.001

Figure 7 : Expression relative de la ∆6D chez les juvéniles entre J151 et J181 pour chaque condition expérimentale. *** P<0.001 ; NS non significatif.

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Les expériences menées en 2006 avaient pour but d’amplifier la réponse des juvéniles au conditionnement larvaire. Les larves ont été nourries pendant 45 jours avec 4 aliments différents par leur teneur en EPA+DHA (XLH : 0.4 % ; LH : 0.8 % ; HH : 2.2 % ; XH : 4 %) et élevés à 19°C. Après avoir reçu un aliment commercial (2.7 % EPA+DHA) pendant une période intermédiaire de 30 jours, les juvéniles issus de 4 conditionnements initiaux ont été nourris à la demande pendant 60 jours avec un aliment plus carencé que celui de l’année précédente (0.35 % EPA+DHA vs. 0.5 %) et élevés à 19°C. Les résultats obtenus chez les larves et les juvéniles sont en cours d’analyse : performances de croissance, analyses enzymatiques (amylase, trypsine, PLA2, lipase, LAP, PA et leu-ala), composition lipidique (AG des LT, PL et LN), expression de gènes impliqués dans les activités digestives (PLA2, lipase, ∆6D) et dans le développement (PPAR, RAR, RXR) par PCR en temps réel, localisation de l’expression du gène de la ∆6D dans les tissus par hybridation in situ.

4.2.3. Étude de la restriction alimentaire sur l’ép argne des protéines et la rétention des acides gras

Intervenants : J. Robin, N. Le Bayon, H. Le Delliou Cette étude fait parti d’un programme de coopération Franco Israélien : « Research Networks Programme in Sustainable Agriculture » en association avec l’INRA St Pée. L’effet de la ration alimentaire et de la teneur en lipides des aliments sur la rétention des acides gras et des protéines par les poissons a été étudié dans différentes configurations d’énergie distribuée. Nous avons élaboré 3 régimes expérimentaux utilisant des protéines végétales afin d’obtenir des teneurs en AGLPI proches de la limite du besoin : soit D1 : AGPLI n-3 0.8 % poids sec avec 13 % lipides ; D2 : HUFAn-3 0.8 % poids sec avec 17 % de lipides et D3 : HUFAn-3 0.95% poids sec avec 17% lipides (même ratio AGLPI/AGT que D1) chaque régime a été utilisé pour trois bacs nourris ad libitum et 3 autres (R) nourris à 80% de la ration définie par les précédents. De plus 2 bacs contrôles ont été nourris ad libitum avec un aliment commercial. Ceci est mené sur des bars (8.6 g poids moyen initial) pendant 84 jours. Les poissons ont eu quelques difficultés à s’adapter aux régimes expérimentaux riches en source végétale (moins appétant), les prises alimentaires et les croissances sont inférieures au témoin surtout en début d’expérience. Le niveau de lipides de l’aliment modifie la prise volontaire d'aliment (ajustement en énergie digestible) sans affecter la croissance. Par rapport aux lots nourris ad libitum, la croissance des lots rationnés est quasiment proportionnelle à la ration (Figure 8), mais leur efficacité alimentaire est significativement supérieure surtout ceux nourris avec les aliments à 17% de lipides. La teneur en lipides des poissons est influencée par la ration et le taux de lipides alimentaire mais augmente avec l’âge et la taille des poissons. La composition des phospholipides des poissons en acides gras en n-3 n’indique pas de déficience quelque soit le traitement (DHA supérieur à 20% des AG des PL). Les acides gras des lipides totaux sont surtout influencés par les proportions des acides gras de l’aliment plus que par les quantités induites par les taux de lipides. Les proportions d’AGLPI n-3 sont plus fortes en composition brute chez les poissons rationnés mais cela est dû à l’effet de dilution, la tendance inverse est observée quand on calcule l’incorporation relative (RI). La rétention (quantité incorporée/quantité ingérée) des acides gras essentiels n-3 est inférieure à celle des autres acides gras, ce qui est amplifié en alimentation restreinte. Une rétention des acides gras saturés supérieure à 1 indique une lipogénèse chez les poissons nourris à satiété ainsi que dans le régime D1 restreint, cependant que pour les autres régimes restreints D2 et D3 la rétention des acides gras (sauf n-3) reste voisine de 1. Les lipides alimentaires ne sont donc peu ou pas utilisés comme source d’énergie, et ne permettent pas réellement d’épargner les protéines. Ces résultats suggèrent que la qualité médiocre des protéines végétales utilisées entraîne un excès d’énergie non lipidique, induisant une faible capacité d’épargner les protéines par les lipides.

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sat mono n-6 n-3

Rétention des acides gras

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C D1 D2 D3 D1R D2R D3R

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Croissance (ICJ%) et rétention des protéines (P ret.)

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ICJ

a ab ab ab abc bc c

a

c

b

Figure 8 a : Croissance et rétention protéique. Figure 8 b : Rétention des classes de lipides.

4.2.4. Étude de la contribution de la microflore à la digestion de glucides d’origine végétale dans l’intestin des poi ssons

Intervenants : F. de Silva (travail de thèse), J. Gatesoupe, M.H. Omnes L’étude a porté sur la recherche de critères d’évaluation de l’effet de deux sources de protéines d’origine végétale, le tourteau de colza et la farine de lupin, sur la microflore gastro-intestinale et les activités d’enzymes digestives du poisson-hôte. Deux espèces modèles ont été retenues : i)la daurade Sparus aurata, dont l’alimentation naturelle comporte des débris de macrophytes, et qui pourrait recevoir dans son alimentation aquacole une part importante de matières premières d’origine végétale, ii)le cyprin doré Carassius auratus élevé dans les installations de Saint-Pée-sur-Nivelle, modèle permettant une meilleure comparaison plurispécifique avec l’espèce étudiée au Brésil (Prochilodus argenteus). Les poissons ont été nourris avec trois aliments où la farine de poisson était ou non partiellement remplacée par une des deux sources de protéines végétales. Dans le cas de la daurade, le poids moyen a été doublé en un mois d’élevage, de 19 à 36g, sans être significativement affecté par le régime alimentaire. Les trois régimes n’ont pas eu non plus d’effet sur la quantité totale de germes aérotolérants cultivables présents dans le tube digestif. Dans l’estomac, le niveau de population était faible (100 unités formant colonie (ufc)/g). Dans l’intestin le niveau moyen était de l’ordre de 104 ufc/g. D’un point de vue qualitatif, six génotypes différents ont été observés en dominance de la flore intestinale totale, cultivable ou non. Ces six génotypes étaient présents dans l’intestin des daurades nourries avec de la farine de lupin, mais deux seulement étaient communs aux trois régimes, les quatre autres n’étant communs qu’à deux régimes simultanément. Parmi les génotypes des souches cultivables, deux ont également été retrouvés communs aux trois régimes (Vibrio sp. et Photobacterium damselae), alors que Photobacterium phosphoreum n’était détecté que dans les deux régimes comportant une source de protéine d’origine végétale. La microflore intestinale semble donc qualitativement affectée par le régime alimentaire. Simultanément, des activités enzymatiques membranaires liées à la digestion-absorption ont été dosées dans la bordure en brosse des entérocytes (maltase, phosphatase alcaline, γ-glutamyl-transpeptidase et aminopeptidase N. L’incorporation de l’une des deux sources de protéine d’origine végétale a provoqué une diminution significative de ces activités (Figure 9) ; tendance similaire mais non significative dans le cas de l’aminopeptidase N. Cette baisse d’activité n’affectant pas la croissance, il est possible que la modification de l’équilibre de la microflore ait eu un effet compensatoire, mais des analyses complémentaires n’ont pas permis de le confirmer (activité cellulasique et taux de glucose dans le contenu de la lumière intestinale). Les résultats de l’expérience sur le cyprin doré sont encore en cours de dépouillement.

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Figure 9 : Activité des enzymes de la bordure en brosse des entérocytes de la daurade. L’étude des réponses structurelles des organes et des épithéliums digestifs (Figure 10), aux régimes riches en fibres a été initiée chez les deux espèces daurade et cyprin doré en complément de l’étude de la microflore et des enzymes digestives. De plus, l’effet de facteurs anti-nutritionnels, glucosinolates du tourteau de colza sur les follicules thyroïdiens et alcaloïdes de la farine de lupin sur le taux de macrophages au sein des organes cibles, sont recherchés par l’examen histologique, bien que les protéines végétales ont été modérément incorporées dans les régimes (20%).

Figure 10 : Organes digestifs de Sparus aurata et tube digestif de Carassius auratus. En fin d’expérimentation, les poissons sont rapidement disséqués, et les organes rate, foie, rein et tube digestif sont pesés et fixés. La biométrie des organes digestifs montre chez les deux espèces, des indices somatiques du foie et de la rate inférieurs lorsque les poissons reçoivent des fibres par rapport au régime de farine de poisson. Les pièces sont déshydratées et fixées en paraffine. Des sections sagittales ou longitudinales de 5 µm sont réalisées au microtome. Chez la daurade, la coloration H/E est réalisée pour une observation générale, PAS pour caractériser les cellules hépatiques et les cellules à mucus, le Perl’s pour mettre en évidence les centres mélano-macrophages. L’acquisition d’images numériques des différentes sections des tissus a été réalisée (Figure 11). Les différences recherchées (dénombrement cellulaire, biométrie) au sein des tissus observés sont en cours de dépouillement mettant en œuvre un logiciel de traitement d’images. Les travaux d’histologie chez le cyprin doré sont à réaliser.

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Figure 11 : Cellules à mucus des villosités (a, x 400), macrophages de la rate (b) et follicules thyroïdiens (c) observés chez la daurade (x100).

4.2.5. Autres actions (C020702F, C020305F et C02030 5G) : Bien être du poisson

Intervenantes : J. Person, A. Sévère Le département intervient à différents niveaux dans trois programmes européens : EthiQual (Sea Food), GRRAS (démarrage le 01/10/06) et Benefish (démarrage le 01/02/07). Pour EthiQual, notre intervention va s’achever avec la valorisation des résultats acquis la première année (DEA de S. Millot). Dans GRRAS nous avons la responsabilité du work package physiologie, et intervenons dans les expériences faites à France Turbot (Noirmoutier), avec des prélèvements sanguins et tissulaires pour évaluer l’état physiologique des poissons. Dans le cadre du bien être des poissons en élevage, en appui à la DGAL et à la FFA nous participons aussi aux travaux du Conseil de l’Europe (groupe de travail en charge de la rédaction de 3 annexes techniques).

4.3. Physiologie des mollusques marins : du gène à l’organisme

4.3.1. Approche de génomique fonctionnelle pour l’é tude des bases de la survie estivale chez l’huître creuse Crassostrea gigas

Action (C040404A) : Aquafirst et (C020401) : générique Intervenants : C. Fabioux, A. Huvet, E. Fleury, J. Moal, J.F. Samain, J.Y. Daniel, J.R. Le Coz, M. Raguenes Ce travail a pour objectif principal de réaliser une étude comparative au niveau moléculaire des souches sélectionnées Résistantes (R) et Sensibles (S) à la mortalité estivale afin d’identifier des caractères corrélés à la survie estivale, permettant ainsi d’obtenir des informations sur la ou les fonctions physiologiques affectées conduisant au phénomène de mortalité. Ce travail nécessite une approche globale de génomique fonctionnelle, en particulier via les puces à ADN qui permettent un screening large du transcriptome. Les outils de la génomique (puce à ADN) sont en cours de développement grâce aux programmes Européens MGE (C020403) et Aquafirst. La première étape a été la production d’un grand nombre de séquences transcrites (ESTs) du génome de l’huître. Pour ce faire, nous avons obtenu du Max Planck Institute for Molecular Genetic (Berlin) la construction de 4 banques normalisées d’ADNc (gonade, branchies, glande digestive naïve, glande digestive stimulée par polluants) dans le cadre du MGE et nous avons aussi construit 12 banques soustractives entre R et S au sein du programme Européen Aquafirst. Elles correspondent aux soustractions dans les deux sens entre les huîtres R et S sur 6 tissus : gonade, branchies, glande digestive, bord de manteau, hémocytes et muscle. Nous avons ainsi séquencé respectivement 6000 et 8064 clones. Au final, l’ensemble des séquences obtenues dans ces deux programmes et les séquences publiques (ARNm et ESTs) a été traité bio-informatiquement par la plate-forme Sigenae de Toulouse (INRA). La base unique annotée et contiguée de C. gigas obtenue est formée de 1758 contigs et 7518 singletons, soit 9216 ESTs qui vont être spottés en duplicat sur la lame microarray. La production de la microarray sera réalisée par le MPI de Berlin courant 2007. Les hybridations seront faites à partir d’échantillons R et S obtenus au cours de challenge hypoxique, bactérien ou de suivi in situ afin d’identifier des gènes de réponse aux stress et/ou des gènes du caractère sélectionné R/S. De ce travail, une liste de gènes candidats sera fournie à nos collègues généticiens pour rechercher du polymorphisme, les cartographier et rechercher des QTLs (Quantitative Trait Loci) associés au caractère survie estivale. De même, ces candidats seront explorés pour leur fonction

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chez C. gigas. Pour exemple, une première approche type gène candidat a été entreprise sur un EST déjà reconnu différentiellement exprimé entre les familles R et S (d’âge, de générations et d’environnements différents) par hybridation suppressive soustractive puis par macroarray. Cet EST code pour une protéine appartenant à la super-famille des Transforming Growth Factor-β (TGFβ) dont de nombreux membres sont impliqués dans la différenciation des tissus somatiques et reproducteurs. Nous avons obtenu une séquence complète de l’ADNc TGFβ qui a été amplifiée par PCR, clonée et séquencée. La séquence protéique obtenue confirme son appartenance à la super famille des TGFβ. L’expression spatio-temporelle de ce gène, étudiée par PCR en temps réel dans 11 tissus d’huître, se révèle quasi-exclusive dans la gonade. Dans la gonade, cette expression varie en fonction des stades de reproduction : elle est quasi nulle au stade 0 (cellules germinales souches noyées dans le tissu conjonctif) puis augmente progressivement au cours de la gamétogenèse pour atteindre son maximum quand les cellules germinales sont à pleine maturité (stade 3) puis chute après la ponte (Figure 12). A noter qu’aucune différence d’expression relative de ce gène n’a été observée entre sexe.

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Figure 12 : Quantité relative (QR) de transcrits du gène TGFβ- like en fonction des différents stades de reproduction de C .gigas, mâles et femelles confondus, sur une année entière. La localisation de l’expression de ce gène TGFβ a été analysée dans la gonade mâle et femelle en phase de gamétogenèse active (stade 2-3) par Hybridation In Situ. Chez les femelles, les résultats mettent en évidence un marquage spécifique, en périphérie des ovocytes (Figure 13A), alors que les ovocytes eux-mêmes, le tissu conjonctif et les cellules de la glande digestive ne sont pas marqués. Nous avons observé le même type de marquage sur les gonades mâles (Figure 13B).

Figure 13 : Localisation des transcrits du gène TGFβ dans le tissu gonadique d'huître Crassostrea gigas femelle (A) et mâle (B) pendant la phase de maturation de la gamétogenèse, par hybridation in situ. Ovo : ovocyte, spg : spermatogonie, spc : spermatocyte, aux : cellule auxiliaire putative. Grossissement (X1000).

Le type cellulaire, ici marqué, n’a jamais été décrit chez C. gigas mais l’existence de cellules de type auxiliaire, entourant les cellules germinales, a déjà été mis en évidence chez d’autres espèces de mollusques (chez le poulpe). Il est intéressant de noter que certains TGFβ (AMH, GSDF..) ont déjà pu être localisés à la fois dans les cellules de la granulosa et dans les cellules de Sertoli chez

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de nombreux vertébrés, cellules impliquées dans la régulation de la différenciation et/ou le support nourricier des cellules germinales. L’ensemble de ces résultats supporte l’hypothèse que ce gène soit impliqué dans le développement gonadique et sa régulation chez l’huître.

4.3.2. Développement chez l’huître de la technique d'interférence par les ARN (RNAi)

Action C020401 Intervenants : C. Fabioux, A. Huvet, V. Quillien, J.Y. Daniel La compréhension de la fonction de certains gènes candidats dans les mécanismes physiologiques de l’huître est une étape indispensable pour apporter des réponses à nos recherches actuelles. La technique d'interférence par les ARN (RNAi), qui consiste à inhiber spécifiquement l’expression d’un gène en détruisant son ARNm, se révèle très puissante pour analyser la fonction spécifique d'un gène. L’objectif de ce travail, complexe et de longue haleine, est donc la mise au point de la technique de RNAi chez C. gigas in vitro (ici sur ovocytes ou embryons) et in vivo sur l’adulte. Le gène ciblé est le gène Oyster vasa-like (Oyvlg) qui nous a permis d’étudier l'origine et le mécanisme de formation des cellules germinales chez C. gigas, jusqu’alors inconnus. D’après la littérature, l’inhibition de ce gène perturbe le développement des cellules germinales chez la drosophile et empêche la prolifération des cellules germinales chez Caenorhabditis démontrant le rôle de ce gène dans la différenciation des cellules germinales. Pour la mise au point de la technique de RNAi chez l'huître et son application pour l'étude fonctionnelle du gène Oyvlg, nous avons dans un premier temps testé différentes techniques d’administration des dsRNA, sur les huîtres adultes et sur les embryons grâce à des essais de transformation transitoire de cellules d'huîtres avec des constructions vectorielles contenant les gènes rapporteurs de la luciférase ou de la GFP (Green Fluorescent Protein). Chez les adultes, la technique qui apparaît la plus adaptée est l'injection alors que la lipofection se prête mieux au travail sur les embryons et les gamètes. Nous avons ensuite dessiné puis produit des ARN double brins (dsRNA) oyvlg par transcription in vitro pour réaliser les premiers essais d'inhibition de ce gène. Sur les huîtres adultes, l'injection de dsRNA Oyvlg dans la gonade a provoqué une inhibition partielle de l'expression de Oyvlg dans la zone injectée, qui peut atteindre environ 50% de réduction (Figure 14). De plus, un défaut de développement de la gonade a été observé macroscopiquement pour deux individus sur les douze injectés. Sur les ovocytes en primoculture lipofectés avec des dsRNA Oyvlg, une diminution d'environ 35% de l'expression de oyvlg par rapport aux témoins non lipofectés, est observée 24h après la lipofection. Les résultats d'inhibition partielle de l'expression de oyvlg obtenus au cours de ces premières expérimentations sont encourageants et nécessitent de nouvelles expériences pour définir les conditions d’utilisation de cette technique d’avenir chez l’huître.

Figure 14 : Comparaison des valeurs d'expression relative de Oyvlg par rapport au gène de référence Elongation Factor, dans les zones injectées et non injectées des gonades des individus injectés et des individus témoins.

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4.3.3. Reproduction résiduelle des huîtres triploïd es De récentes études ont montré que des huîtres triploïdes pouvaient accomplir un cycle de reproduction et développer une gonade, ce qui remettrait en cause leur stérilité communément admise et potentiellement l’intérêt commercial porté aux triploïdes ces dernières années. Ce travail a pour objectif d’étudier au niveau physiologique la reproduction résiduelle chez les huîtres triploïdes. Pour ce faire, le développement des cellules germinales a été étudié pendant la première reproduction d’huîtres triploïdes sur le site d’Auray (Bretagne sud) par l’analyse du gène oyvlg, marqueur spécifique des cellules germinales de C. gigas, le tout en comparaison à des huîtres diploïdes. Les résultats histologiques montrent que des cellules germinales souches et des gonies sont formées chez tous les individus triploïdes (période hivernale) mais que seule une partie d’entre eux montre un développement gonadique complet en juillet, suggérant que la stérilité de certains triploïdes proviendrait d’un blocage en stade 1, i.e. que les gonies n’entreraient pas en méiose. De plus, nous avons observé une très forte hétérogénéité de l’expression du gène oyvlg entre individus triploïdes alors que dans le même temps, ces individus présentaient des états gamétogénétiques très différents (entrée en phase de méiose de la gamétogenèse versus quelques cellules germinales souches et gonies autour du tissu conjonctif et pas de cytes). C’est ainsi que nous avons posé l’hypothèse que le gène oyvlg pourrait être un excellent marqueur pour différencier précocement les individus triploïdes stériles, hypothèse qu’il faudrait maintenant tester par de nouvelles expérimentations.

4.3.4. Polymorphisme de gènes clés impliqués dans l ’acquisition et la gestion de l’énergie chez l’huître creuse Crassostrea gigas

Action (C040406) : Polygigas Intervenants : J. Moal, J.Y. Daniel, A. Huvet, V. Quillien L’objectif de ce travail, pour notre laboratoire partenaire et responsable du projet, est de rechercher et documenter des corrélations entre polymorphisme aux gènes codant pour l’enzyme digestive amylase et performances physiologiques de l’huître. Au sein d’une famille produite pour être hétérozygote aux marqueurs amylase (constituée de 4 génotypes différents), des différences significatives de croissance ont été observées entre génotypes 30% entre génotypes extrêmes) dans le site d’Auray suggérant que le polymorphisme analysé est non neutre et potentiellement sous effet sélectif lié à son rôle dans la digestion. L’analyse physiologique de cette corrélation croissance-polymorphisme aux gènes amylase a ensuite été entreprise. Les paramètres écophysiologiques (absorption, assimilation, respiration) et l’expression des gènes amylase (au niveau moléculaire et enzymatique) ont été mesurés pour ces 4 génotypes en milieu contrôlé (station expérimentale d’Argenton). Les résultats acquis suggèrent l’existence d’une corrélation positive entre la croissance, l’assimilation (dépendante ici de la consommation algale et de l’efficacité d’absorption) et le niveau d’ARNm du gène AMYA au sein des génotypes analysés (Figure 15). En effet, les génotypes amylase présentent des efficacités d’absorption différentes ainsi que des niveaux différents d’ARNm du gène AMYA suivant un classement hiérarchique similaire à celui obtenu pour les poids total et de chair. Par contre, aucune différence enzymatique significative n’a été observée entre génotypes (activité spécifique et constante d’affinité de l’amylase). La régulation enzymatique d’une enzyme telle l’amylase est très complexe et nécessite des études supplémentaires pour expliquer une relation entre polymorphisme aux gènes de l’amylase et caractéristiques de l’enzyme. L’analyse du polymorphisme nucléotidique des séquences codantes AMYA, AMYB est en cours afin de rechercher des modifications protéïques fonctionnelles des enzymes amylase entre ces 4 génotypes.

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A1/1,B1/2 A1/2,B2/2 A1/5,B1/6 A2/5,B2/6

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Figure 15 : Poids total (bas gauche), niveau relatif d’ARNm du gène AMYA (haut gauche) et paramètres écophysiologiques, respiration, consommation algale, efficacité d’absorption et espérance de croissance (SFG) en joule/heure/gramme de chair humide (graphique de droite) pour 4 génotypes amylase d’une même famille d’huître. Les différences significatives observées entre génotypes montrent un classement similaire pour les valeurs de poids total, niveau relatif d’ARNm du gène AMYA, consommation algale et efficacité d’absorption suggérant que l’expression du gène AMYA et l’assimilation expliquent en partie les différences de croissance observées entre génotypes amylase.

4.3.5. Pathologie et écopathologie de l’huître creu se et de la coquille st-Jacques

Intervenants : Y. Labreuche, J.L. Nicolas, M. Garnier

− Gènes et facteurs de virulence de V. aestuarianus (C010104A, C010402) Le travail de Yannick Labreuche (soutenance de la thèse le 5/09/06) a mis en évidence le rôle majeur des produits extracellulaires de la bactérie V. aestuarianus dans la virulence chez l’huître et plus précisément celui d’une métallo-protéase zinc dépendant, appartenant à la famille des thermolysines. L’approche protéomique d’abord puis génomique a conduit à l’isolement et la caractérisation de cette toxine. Les effets des produits extra-cellulaires (ECPs) dus principalement à cette métallo-protéase sur les hémocytes sont multiples : inhibition de d’adhésion, de la phagocytose et stimulation de la production de radicaux libres (respiratory burst). L’ injection des ECPs aux huîtres entraîne des effets délétères provoquant dans les 24 heures leur mort. La poursuite de ce travail se fera dans 2 directions : • L’étude de l’écologie de Vibrio aestuarianus, thèse cofinancée par Ifremer et la région

Bretagne en particulier pour évaluer le réel impact de cette bactérie dans les mortalités estivales d’huîtres.

• La mise au point de diagnostic à partir de la mesure de l’activité protéasique dans l’hémolymphe ou du dosage par ELISA de la métallo-protéase par fabrication d’anticorps contre cette protéine.

Afin de rechercher les facteurs de virulence de V. aestuarianus, des banques soustractives ont été réalisées : 612 gènes obtenus entre le génome d’ une souche vir+ et d’une souche vir- ont été

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séquencés. L’hybridation en macroarrays de ces gènes (Figure 16) avec l’ADN marqué à la DIG d’autres souches de V. aestuarianus vir+ ou vir- n’ont cependant pas confirmé le lien entre ces gènes et la virulence. Seuls 11 gènes semblent être spécifiques des vir+ dont la plupart n’ont pas de fonction connue. Toutefois un gène candidat correspond à une hémagglutine. Pour rechercher sa séquence complète une banque génomique bactérien a été construite. Par ailleurs pour confirmer le rôle de la métallo-protéase dans la virulence l’inoculation à des huîtres d’ECP de plusieurs souches de V.aestuarianus a été réalisée.

Figure 16 : Macroarray pour le criblage des gènes de virulence.

− Recherche des causes de mortalités de larves d’huître (C010403) Au cours de l’année plusieurs écloseries d’huître ont eu à déplorer des mortalités de naissain et de larves empêchant toute production pour certaines d’entre elles. Jusqu’au mois d’octobre aucune cause nouvelle par rapport aux années antérieures n’avait été trouvée. Seule la présence d’herpès était signalée mais sans corrélation systématique avec les mortalités. A partir de larves provenant d’une écloserie de Bouin des essais de transmission ont été réalisés avec des larves écloses à Argenton. Des mortalités sont apparues au bout de 6 jours et les analyses bactériologiques ont conduit à l’isolement d’un pathogène Vibrio tubiashii qui présente une forte virulence et une infectiosité élevée. Une taxonomie plus précise est en cours pour confirmer ou non l’appartenance à cette espèce bactérienne de même que pour la mise au point de sondes spécifiques. Sans pouvoir extrapoler aux autres écloseries ayant subi des mortalités il est possible et même vraisemblable que cette bactérie en soit la cause en particulier parce que le naissain de petite taille a été touché.

− Etude de la pathologie des coquilles St Jacques (C020204) Le naissain correspondant à l’essentiel de la production annuelle de l’écloserie du Tinduff placé en cage dans la baie de Morlaix a été décimé par une maladie de fin octobre 2005 au mois de janvier. Les diverses analyses et expériences de reproduction de la maladie ont conduit à l’isolement de plusieurs souches de Vibrio lentus (groupe des V. splendidus) dont une s’est avérée pathogène. Cependant cette pathologie semble être limitée à cet élevage de prégrossissement sans conséquence pour les coquilles alentours. Cette infection a dû se déclencher suite à un stress environnemental (tempête, bloom phytoplanctonique toxique…) et s’installer dans les cages à cause de la densité des jeunes coquilles. Elle ne semble pas pour l’instant représenter de danger qui nécessiterait la mise œuvre d’une prophylaxie particulière.

− Prophylaxie : essais de probiotiques en élevage de CSJ (C020204) En comparaison avec des algues axéniques (T-iso, Pavlova lutheri,) ces mêmes algues réassociées chacune avec une souche de Roseobacter galleaciencis sélectionnée pour sa capacité à inhiber des vibrios pathogènes ont été testées sur les élevages larvaires. Les croissances larvaires ont été chaque fois améliorées par rapport aux larves témoins traitées ou non avec un antibiotique et le passage à la métamorphose avancé de quelques jours. L’effet de protection contre les mortalités n’a pu être montré, aucune mortalité n’étant survenue dans les témoins. Comme conséquence il apparaît que les bactéries communément associées aux algues agissent négativement chez les larves d’huître il y aurait donc lieu de contrôler cette microflore. Il faudrait

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recommencer ces expériences en procédant à un chalenge pour provoquer des mortalités et observer si les probiotiques assureraient une certaine protection des larves. Cette action va se poursuivre par des essais d’élevage en continu et par des tentatives de production d’algues axéniques ou réassociées à des probiotiques dans des photobioréacteurs (collaboration avec Gaël Bougaran). L’isolement d’autres probiotiques d’origine marine plus efficaces serait nécessaire pour une plus grande efficacité de la prévention. Des essais de purification des molécules d’une préparation microbienne commerciale (produit Sorbial) agissant sur les activités enzymatiques digestives des artémia ont été entrepris. Ils ont abouti à l’isolement de 2 molécules. L’une (PM 52KDa) active la trypsine (PM 68 KDa), l’autre l’amylase. Ce sont deux protéines dont le mécanisme d’action et la nature restent inconnus. Leur séquençage devrait apporter des éléments décisifs. Les possibilités d’application seront envisagées suivant leur nature.

4.4. Ecophysiologie des mollusques marins : de l’or ganisme à l’écosystème

4.4.1. Projet Obtention de Juvéniles de Qualité Le bilan des travaux 2006 du projet OJUVE est disponible sur le site intranet http://w3.ifremer.fr/program32/projets/projet2/vie%20projet.htm Intervenants : R. Robert, R. Ben Kheder

− Étude sur le développement larvaire de Crassostrea gigas en conditions contrôlées : recherche d’indices de qualité

Les irrégularités de l’approvisionnement du naissain d’écloserie sont en partie liées à la variabilité des résultats en termes de croissance, survie larvaire et succès à la métamorphose et il n’existe pas à notre connaissance d’indices prédictifs de la performance des élevages larvaires chez Crassostrea gigas. L’objectif de ce travail est donc de caractériser et de valider un certain nombre de critères de compétence larvaire à travers l’état des réserves énergétiques. Les essais de l’année 2006 se sont focalisés sur l’incidence du jeûne sur la gestion des réserves lipidiques et l’influence combinée de la technique d‘élevage larvaire (séquentiel ou flux ouvert) et de production phytoplanctonique (batch ou continu). Quatre séries expérimentales ont été conduites pour préciser l’incidence d’un jeûne permanent ou temporaire à différentes périodes de la vie larvaire sur la survie, la compétence, la croissance et la métamorphose ainsi que sur l’évolution de plusieurs indices de qualité dont l’aire lipidique et le rapport triglycérides /stérols. Il en était de même pour l’incidence combinée de la technique d’élevage et du type de production phytoplanctonique, les deux premières concernant la production monospécifique d’Isochrysis affinis galbana, deux autres celles de Chaetoceros gracilis tandis qu’une expérience complémentaire concernait la production simultanée de ces deux espèces en photobioréacteurs automatisés.

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Figure 17 : Croissance larvaire de Crassostrea gigas soumise à un jeûne permanent ou temporaire à différentes périodes du cycle pélagique. Le témoin est nourri tout au long de l’élevage.

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Excepté les larves maintenues à jeun en permanence qui montrent une plus faible survie au 14e jour (60 %) et dont l’élevage n’a pas été poursuivi au-delà, les survies sont élevées pour les autres conditions en fin d’expérimentation (> 75 %). Les larves normalement alimentées présentent un taux de croissance de 12,8 µmj-1 (Figure 17). Au 18e jour, 64 % de larves présentent une aptitude à la métamorphose dont le taux atteint 79 % en fin d’élevage. Les mises à jeun temporaires s’accompagnent d’un arrêt du développement, mais dès ré-alimentation la croissance reprend sans effet compensatoire. Par contre, lorsque ce jeun est déclenché plus tardivement un léger frein de croissance est enregistré (Figure 17). Cet écart n’est pas suffisamment important pour engendrer des différences notables de maturité larvaire (55 à 65 % vs 65 % chez le témoin) mais une moindre métamorphose en résulte (60-70 vs 80 % chez le témoin). Enfin, une absence d’alimentation en cours de métamorphose (J18J22) se traduit par un faible taux de métamorphose (17 %). Pour toutes les conditions expérimentales l’évolution de l’indice biochimique TAG/ST (Figure 18) est similaire à celle de l’évolution de l’aire lipidique. Chaque période de jeûne se traduit chez les larves par le maintien des teneurs en stérols et par la consommation des triglycérides entraînant un effondrement de ce rapport. Dès leur ré-alimentation les larves reconstituent rapidement leur réserve. Dans cette expérience, aucune corrélation nette ne se dégage avec les performances de métamorphose.

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Figure 18 : Évolution du rapport triglycérides/stérols chez des larves de C. gigas soumises à un jeûne temporaire à différentes périodes du cycle pélagique. Le témoin est nourri tout au long de l’élevage.

4.4.2. Recherche des besoins écophysiologiques des larves de Crassostrea gigas

Intervenants : Y. Bourles, B. Rico-Villa, R. Robert, S. Pouvreau

− Influence de l’alimentation Au cours de la dernière décennie, la fourniture du naissain d’huître d’écloserie a régulièrement progressé mais leur capacité de réponse à un produit de qualité normée reste limitée. Elle est en partie due à la faible évolution des pratiques zootechniques reposant pour la plupart sur des acquis anciens ainsi qu'à une méconnaissance dans le domaine de la physiologie de l’huître : reproduction, développements larvaire et postlarvaire, besoins nutritionnels, défenses immunitaires, adaptation au stress…. L’évolution récente des technologies permet de mieux cerner ces différents aspects et de proposer à terme de nouvelles pratiques d'élevage répondant aux réelles nécessités de ces stades précoces. L’objectif de ce travail est de définir les besoins écophysiologiques des larves de Crassostrea gigas en s’attachant spécifiquement à deux paramètres clés du développement, la nourriture et la température puis de les incorporer à terme dans un modèle de croissance dynamique reposant sur l’étude des flux énergétiques (DEB). La mise au point d’un outil de mesure en continu des paramètres hydrobiologiques couplé à un système d’élevage larvaire en flux ouvert (limitant le stress lié aux manipulations), a été opérée au cours de la première année. Les travaux de la seconde année ont porté sur l’effet de la nourriture et de la température sur deux processus physiologiques, ingestion et respiration sur différents traits de vie larvaire de l’huître creuse, croissance, survie et métamorphose.

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Deux séries expérimentales ont été conduites pour préciser l’influence de la nourriture sur l’ingestion et la respiration à trois différents niveaux trophiques. Il en était de même pour définir l’effet de la température à quatre niveaux sur ces même processus physiologiques. Seuls quelques résultats sur l’effet de la nourriture sur l’ingestion larvaire seront exposés ici. Pour ces expériences sous différents milieux trophiques, deux séries expérimentales ont été conduites pour estimer les deux paramètres DEB en fonction de la consommation larvaire maximale. Des larves de Crassostrea gigas ont été nourries ad libitum avec un régime bispécifique 50/50 d’Isochrysis aff. galbana et de Chaetoceros calcitrans forma pumilum la première semaine, cette dernière étant substituée par C. gracilis ultérieurement. La densité phytoplanctonique autour de la larve était maintenue à trois niveaux différents : C0 = 9 cellules µl-1 ; C1 = 14 cellules µl-1 ; C3 = 40 cellules µl-1. La consommation larvaire est représentée dans la figure 19.

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Temps depuis la fécondation (jour)

Cel

lule

s la

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-1 jo

ur-1

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C1

C3

Figure 19 : Consommation larvaire (cellules larve-1 jour-1) de Crassostrea gigas soumise à différents niveaux trophiques. Les larves sont élevées en flux ouvert et ces niveaux sont obtenus par le maintien d’une densité phytoplanctonique précise autour de chaque larve. Une transformation de ces données est ensuite opérée afin de les convertir en terme DEB (µm3 cellulaire par µm2 de larve et par jour) puis traitées sous XLSTAT pour obtenir les valeurs du graphique représentant l’ingestion maximale "functional response ingestion" (Figure 20). Ces valeurs correspondent pour JXm (maximum surface area-specific feeding rate) à 178.67 µm3 µm-2 jour-1 et pour Xk (saturation coefficient) à 456.72 µm3 µL-1.

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0 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500

Phytoplancton (µm 3/µL)

Inge

stio

n (µ

m3 /j/

µm²)

Figure 20 : Ingestion maximale larvaire (µm3 µm-2 jour-1) définie à partir de l’ensemble des résultats acquis au cours des deux séries expérimentales précédentes.

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− Modélisation de l’Ecophysiologie des Mollusques-filtreurs Action (C010705) : Modélisation de l’écophysiologie des invertébrés d’élevage Les Mollusques filtreurs et a fortiori les huîtres, Crassostrea gigas, sont des organismes chez qui la physiologie est directement sous la dépendance de l’environnement. L’étude de l’effet des facteurs environnementaux (température, nourriture…) sur la physiologie (éco-physiologie) est donc primordiale quand on s’intéresse à l’optimisation (et à la prédiction) des performances de développement, de croissance et de reproduction de ces espèces, en condition contrôlée ou in situ. Cependant, comme tous les facteurs interagissent ensemble, une meilleure compréhension de l’écophysiologie des mollusques passe désormais par l’utilisation d’outils de modélisation. Dans ce contexte, l’année 2006 a consisté à poursuivre le développement d’un modèle d’écophysiologie générique de l’huître creuse, modèle qui repose sur une théorie de bioénergétique, communément appelé théorie DEB (Dynamic Energy Budget). Cette année s’est concrétisée par la publication du premier modèle de type DEB pour C. gigas (Pouvreau et al., 2006), et sa généralisation à différents sites (Bourles et al., 2006). Ce modèle fait désormais appel au réseau REPHY (Figure 21), et permet d’interconnecter entre eux les réseaux de l’Ifremer. Ce travail a aussi d’autres interactions dans différents projets d’Ifremer.

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Figure 21 : Validation du modèle DEB de l’huître sur le Bassin d’Arcachon. 10 ans de simulation de croissance et de reproduction à partir des données Rephy et des suivis du Ler-Arcachon.

− Maîtrise de la Reproduction des Mollusques-filtreurs Action (C020201) : Maîtrise de la reproduction en écloserie Mise en place en 2001, cette action reposait sur deux contrats arrivés à échéance en 2006. Il s'agissait d'un contrat d'incitation « jeune chercheur » (dont l'objectif était le développement d'outils novateurs permettant l'étude de la physiologie de la reproduction chez les mollusques bivalves de façon non invasive) et d'un GDR « maîtrise de la reproduction » (dont l'objectif était l'étude de l'effet des facteurs environnementaux sur le cycle de reproduction de l'huître creuse, en milieu naturel et contrôlé). Ces contrats sont désormais terminés et ont abouti à la rédaction de deux rapports de synthèse, d'une vingtaine de publications et d'un brevet. En mars 2006, le séminaire de clôture du GDR « maîtrise de la reproduction » a réuni plus d’une cinquantaine de participants et donné lieu à la rédaction d’un rapport final (Pouvreau et Le Pennec, 2006, Figure 22) disponible au format pdf sur : http://www.ifremer.fr/argenton/argenton/publications_2006.htm

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Figure 22 : Bilan du GDR sur l’écophysiologie de la reproduction.

Courant 2006, il a été convenu qu’une partie importante de la poursuite de cette action « Maîtrise de la Reproduction » se ferait désormais en partie au sein du projet de GDR « Qualité des gamètes » qui est en cours d’évaluation (action C020205 pilotée par Marc Suquet). Du temps homme/mois de l’action C020201 a d’ailleurs été consacré à la rédaction de ce projet de GDR (mai/juin 2006). En outre, la poursuite du développement d'outils non invasifs en collaboration avec le Cemagref fait toujours partie de l’actualité, l’objectif étant désormais de disposer à terme d’un système opérationnel à moindre coût permettant de caractériser de façon non invasive la gamétogenèse et le sexe de l’huître. En 2006, de nouveaux essais réalisés au Cemagref en juillet 2006 laissent présager la possibilité de réaliser des mesures non invasives de la gamétogenèse par spectroscopie RMN (moins coûteux que les approches IRM).

− Mise en place du projet VeLyGer : ObserVer, AnaLyser et Gérer la Variabilité du recrutement de l’Huître Creuse sur les Côtes françaises

Depuis une dizaine d'années en France, le captage de l'huître creuse, Crassostrea gigas, est très variable : à des années de captage nul (e.g. 2002) succèdent des années pléthoriques (e.g. 2003). Cette forte variabilité inter-annuelle du recrutement engendre des problèmes d’approvisionnement dont les causes méritent d'être identifiées. Sur les bassins d'Arcachon et de Marennes-Oléron, principaux centres de captage français pour C. gigas, il semble qu'une grande part de la variabilité du recrutement soit d'origine bio-climatique : température, salinité, abondance phytoplanctonique réguleraient le déroulement de la gamétogenèse, l'intensité et le synchronisme des pontes et la rapidité du développement larvaire (Figure 23). Ceci s'inscrit par ailleurs dans un contexte d'évolution climatique avéré (+1,5°C en 20 ans). Ces constats restent à être vérifiés sur de nouvelles années, sur plusieurs bassins et de façon déterministe afin d'identifier clairement le lien entre les causes et les effets. C'est l'objectif de ce nouveau projet, initié en novembre 2006 à la demande du CNC.

Figure 23 : VeLyGer : un nouveau projet à l’Ifremer.

4.4.3. Qualité des gamètes de mollusques et poisson s Action (C020207) : Intervenants : M. Suquet, J.R. Le Coz, coll. J. Cosson (CNRS Villefranche/mer)

− Travaux réalisés chez l’huître Cette première année de travail sur la qualité des gamètes d’huître creuse a été consacrée à la mise en place des premiers outils indispensables à la poursuite de ce nouveau programme. Des protocoles d’incubation expérimentale, permettant de tester la capacité de développement de petits

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lots d’œufs d’huîtres, ne sont pas décrits dans la littérature. Une série de sept essais a donc été réalisée, précisant le type d’enceinte à employer (béchers de 1.8 l) et la densité en ovocytes (30/ml). De plus, l’ajout d’antibiotiques, la présence ou absence de lumière dans la pièce d’incubation ou un choc mécanique (chute de 30 cm sur un tamis) ne produisent pas d’effet significatif sur la survie ultérieure des oeufs d’huître. Des techniques de dosage de nucléotides (ATP, ADP et AMP) par HPLC ont été mises au point, permettant une estimation fiable du métabolisme énergétique des spermatozoïdes. Lors de la phase de nage des spermatozoïdes, on observe une chute significative de la teneur en ATP intracellulaire durant la première heure du mouvement, suivie par un plateau. Cette évolution est proche de celle observée chez l’oursin. Les caractéristiques du mouvement (fréquence de battement et pourcentage de cellules mobiles) de spermatozoïdes d’huîtres creuses obtenus par éjaculation après injection de sérotonine chez le reproducteur sont supérieures à celles de gamètes obtenues par scarification. Ce phénomène de « maturation » des spermatozoïdes le long des voies reproductrices peut être artificiellement reproduit par ajout, à des spermatozoïdes obtenus par scarification des gonades, de cAMP ou de caféine. Cette observation est d’importance, la plupart des opérations menées en routine dans les écloseries utilisant des spermatozoïdes obtenus par scarification et donc n’ayant pas atteint un stade final de maturation.

− Dépôt de projet de GDR La réflexion menée sur la constitution du GDR Calife et portant sur la qualité des gamètes d’espèces marines d’intérêt aquacole a été menée à terme. L’objectif scientifique du GDR est de comprendre comment la qualité des spermatozoïdes et des ovocytes est affectée par les facteurs environnementaux, physiologiques et cellulaires imposés par les conditions d’élevage des géniteurs et par les conditions de manipulation des gamètes. Le GDR regrouperait seize personnes provenant de six organismes différents (IFREMER, INRA, CNRS, IUEM, Sysaaf et Université de Caen). Ce GDR est en cours d’évaluation.

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5. Perspectives 2007 L’année 2007 va voir apparaître des évolutions dans le département PFOM, confortées par l’intégration de nouveaux chercheurs. 1- Les études faisant intervenir la génomique pour l’identification de transcriptomes favorables à l’élevage vont être renforcées. L’expression différentielle de gènes d’huîtres plac ées dans diverses situations de stress environnementaux et pathologiques sera étudiée entr e des familles résistantes (R) et sensibles (S) à la mortalité estivale. La fabrication de la première puce à ADN de C.gigas avec près de 10000 gènes spottés devrait être effective dès juin. La mise en place de ce dispositif comprenant la fabrication des puces (MPI de Berlin) leur utilisation et leur lecture à Rennes, le traitement informatique des données (INRA-Toulouse) et l’analyse des résultats permettra à l’UMR PE2M d’accéder désormais à ces techniques haut débit. La première année du programme Cg –physiogène prendra la suite du programme Aquafirst. Les essais sur le RNAi chez les huîtres (post-doc Caroline Fabioux) pour comprendre le rôle de certains gènes dans différentes fonctions et notamment la reproduction se poursuivront. Un chercheur sera recruté pour étudier comment la mortalité estivale des huîtres est liée à la reproduction, en utilisant des souches d’huîtres résistantes et sensibles et dans quelle mesure l’expression de certains gènes identifiés par transcriptomique, peut être associée à la reproduction résiduelle des triploïdes (projet CO204, Bases moléculaires et cellulaires). Dans le cadre des études sur le remplacement des huiles de poisson pa r des huiles végétales dans l’alimentation du poisson, les voies de synthèse des acides gras longs oméga 3 seront caractérisées par transcriptomique. Ce sera le début de programmes menés avec les généticiens ayant pour but de caractériser d’un point de vue transcriptome des familles d’individus plus aptes que d’autres à synthétiser ces acides gras, et donc mieux adaptés à une alimentation végétale. Dans ce cadre, un projet de thèse a été déposé, ainsi qu’un projet ANR (projet GALVA) et un « Small Collaborative Projet » européen (GENIOUS). Les premières lames microarrays spécifiques « bar » sont fournies grâce à l'intégration du département dans le REX Marine Genomics Europe (projet C0203, Domestication et amélioration des espèces aquacoles). L’arrivée dans le département de Pierre Boudry, généticien venant de la Tremblade, va permettre de faire le lien entre la physiologie et la génétique, nécessaire dans ces deux programmes concernant l’adaptation des espèces marines à l’élevage. 2- Des approches de physiologie intégrative continueront à être développées pour comprendre et modéliser les phénomènes observés sur le terrain. Les études sur les modèles d’allocation d’énergie v ont être renforcées chez l’huître, et initiées chez le bar, grâce à l’arrivée de Marianne Alunno Bruscia qui viendra renforcer cette thématique en collaboration avec Stéphane Pouvreau (projet C0107, Approche écosystémique des relations aquaculture-environnement). Un nouveau projet, sur la recherche des causes de variabilité du captage des naissains d’huître en milieu naturel (acronyme Véliger) a été élaboré à la demande du CNC et commencera en 2007. Le département commencera des expériences dans le p rojet ANR "Solebemol" (2007-2009), dont l'objectif et de prédire le potentiel de réponse des poissons à la contamination du milieu dans lequel ils vivent. Ce projet relève d’une démarche résolument pluri-disciplinaires. Ces expériences auront pour but de déterminer les cinétiques d’assimilation via la nourriture ainsi que les cinétiques de décontamination, ainsi que l’impact biologique de ces contaminants sur les grandes fonctions physiologiques du poissons (projet B0106, Devenir et effet des contaminants chimiques sur les populations).

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3- Les programmes concernant l’amélioration des la qualité des alevins et naissa ins vont se poursuivre sur de nombreuses espèces . Le projet européen FINE FISH, dans lequel nous intervenons pour définir les besoins en vitamines des larves de poissons rentre dans sa 3ème année. Par ailleurs, l’identification de gènes spécialement exprimés au cours du développement larvaire, conditionnant le devenir des juvéniles de bar, va être réalisée par l’élaboration d’une banque SSH (projet C0203, Domestication et amélioration des espèces aquacoles). Un projet européen SELFDOTT, visant à maîtriser la reproduction et l’élevage larvaire du thon (Thunnus thynnus) a été déposé (Collaborative project, 13 partenaires). Le département interviendra sur l’ontogenèse et la nutrition larvaire. Une collaboration avec la Tunisie (INSTM) permet de travailler sur des espèces moins dépendantes des ressources halieutiques (farine et huile de poisson) et d’intérêt pour les pays moins développés, notamment méditerranéens. Des expériences ont été réalisées sur le mulet Chelon labrosus l’année dernière et seront réalisée cette année sur Mugil cephalus. Les recherches sur les probiotiques, remplaçant les antibiotiques dans les élevages larvaires de poissons, crevettes, mollusques, vont se développer en collaboration avec le Canada et la Nelle Calédonie. Des essais d’élevage larvaire d’huître plate et de coquille st Jacques en continu seront entrepris grâce à un nouveau système mis en place à Argenton et pris en charge par B. Petton arrivé l’année dernière dans le département. De plus, une bourse CIFRE (Julie Marchetti) a été obtenue pour le transfert et l’optimisation des bioréacteurs (projet C0202, Obtention de juvéniles de qualité). Le GDR proposé sur la qualité des gamètes d’huîtres et de poisson n’a pas été accepté par l’INRA. Cependant, une partie des programmes prévus dans ce cadre se poursuivront avec les partenaires qui restent volontaires.

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6. Publications

6.1. Publications dans revues à comité de lecture Bernay B., Baudy-Floc’h M., Zanuttini B., Zatylny C., Pouvreau S. & J. Henry. Ovarian and sperm

regulatory peptides regulate ovulation in the oyster Crassostrea gigas. Molecular Reproduction Development 73, 607-616.

Chatelier A., McKenzie D.J., Prinet A., Galois R., Robin J.H., Zambonino-Infante J.L. & G. Claireaux. Associations between tissue fatty acid composition and physiological traits of performance and metabolism in the seabass (Dicentrarchus labrax). J. Exp. Biol. 209, 3429-3439.

Davenel A., Quellec S. & S. Pouvreau. Non-invasive characterization of the gonad maturation and the sex of the Pacific oyster by MRI. Magnetic Resonance Imaging 24, 1103-1110.

Delaporte M., Soudant P., Lambert C., Moal J., Pouvreau S. & J.F. Samain. Impact of food availability on energy storage and defense related hemocyte parameters of the Pacific oyster Crassostrea gigas during an experimental reproductive cycle. Aquaculture, 254, 571-582.

Delaporte M., Soudant P., Moal J., Giudicelli E., Lambert C., Séguineau C. & J.F. Samain. Impact of 20:4n-6 supplementation on the fatty acid composition and hemocyte parameters of the Pacific Oyster Crassostrea gigas. Lipids, 41 (6), 567-576.

Delaporte M., Soudant P., Lambert C., Moal J., Pouvreau S & J.F. Samain. Impact of food availability on energy storage and defense related hemocyte parameters of the Pacific oyster Crassostrea gigas during an experimental reproductive cycle. Aquaculture, 254, 571-582.

Knuckey R.M., Brown M., Robert R. & D.M.F. Frampton. Production of microalgal concentrates by flocculation and their assessments as aquaculture feeds. Journal of Aquacultural Engineering, 35, 300-313.

Labreuche Y., Lambert C., Soudant P., Boulo V., Huvet A. & J.L. Nicolas. Cellular and molecular hemocyte responses of the Pacific oyster, Crassostrea gigas, following bacterial infection with Vibrio aestuarianus strain 01/32. Microbes and infection, 8, 2715-2724.

Mahious A.S., Gatesoupe F.J., Hervi M., Métailler R. & F. Ollevier. Effect of dietary inulin and oligosaccharides as prebiotics for weaning turbot, Psetta maxima (Linnaeus, C. 1758), Aquaculture International 14, 219–229.

Paulet Y.M., Lorrain A., Richard J. & S. Pouvreau. Experimental shift in diet d13C : A potential tool for ecophysiological studies in marine bivalves. Organic Geochemistry, 37, 1359-1370.

Person-Le Ruyet J., Buchet V., Vincent B., Le Delliou H. & L. Quéméner. Effects of temperature on the growth of pollack (Pollachius pollachius) juveniles. Aquaculture 251 (2-4), 340-345.

Ponis E., Parisi G., Le Coz J.R., Robert R., Zitelli G.C. & M.R. Tredici. Effect of the culture system and culture technique on biochemical characteristics of Pavlova lutheri and its nutritional value for Crassostrea gigas larvae. Aquaculture Nutrition 12, 322-329.

Ponis E., Probert I., Véron B., Le Coz J.R., Mathieu M. & R. Robert. Nutritional value of six pavlovophyceae for Crassostrea gigas and Pecten maximus larvae. Aquaculture 254, 544-553.

Ponis E., Probert I., Véron B., Mathieu M. & R. Robert. New microalgae for the Pacific oyster Crassostrea gigas larvae. Aquaculture 253, 618-627.

Pouvreau S., Rambeau M., Cochard JC. & R. Robert. Investigation of marine bivalves morphology by in vivo MR imaging : first anatomical results of a promising technique. Aquaculture 259, 415-423.

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Pouvreau S., Bourles Y., Lefebvre S. & M. Alunno-Bruscia. Application of a dynamic energy budget model to the Pacific oyster, Crassostrea gigas, reared under various controlled conditions. J. Sea Research 56, 156-167.

Prudence M., Moal J., Boudry P., Daniel J.Y., Quéré C., Jeffroy F., Mingant C., Ropert M., Bédier E., Van Wormhoudt A., Samain J.F. & A. Huvet. An amylase gene polymorphism is associated with growth differences in the Pacific cupped oyster Crassostrea gigas. Animal Genetics, 37, 348-351.

Rico-Villa B., Le Coz J.R., Mingant C. & R. Robert. Influence of phytoplankton diet mixtures on microalgae consumption, larval development and settlement of the Pacific oyster Crassostrea gigas (Thunberg). Aquaculture 256, 377-388.

Savoie A., Le François N., Cahu C.L., Blier P.U. & I. Andreassen. Is protein digetsion capacity a limiting factor of growth and survival of newly hatched spotted wolffish (Anarhichas minor), a non-metamorphic aquaculture fish species? Aquaculture, 261, 782-788.

Skalli A., Robin J.H., Le Bayon N., Le Delliou H. & J. Person-Le Ruyet. Impact of essential fatty acid deficiency on tissues’ fatty acid composition of European sea bass (Dicentrarchus labrax). Aquaculture, 255, 223-232.

Villeneuve L., Gisbert E., Moriceau J., Cahu C.L. & J.L. Zambonino-Infante. Intake of high levels of vitamin A and polyunsaturated fatty acids during different developmental periods modifies the expression of morphogenesis genes in European sea bass (Dicentrarchus labrax). Brit. J. Nutr. 95, 676-686.

Waché Y., Auffray F., Gatesoupe F.J., Zambonino-Infante J.L., Gayet J., Labbé V. & C.Quentel. Cross effects of the strain of dietary Saccharomyces cerevisiae and rearing conditions on the onset of intestinal microbiota and digestive enzymes in rainbow trout, Onchorhynchus mykiss, fry, Aquaculture, 258, 470-478.

6.2. Publications (sous-presse) Cahu C.L. & J.L. Zambonino-Infante, 2007. Digestive function ontogenesis and nutritional

requirements in marine fish larvae. Cybium, in press.

Jenny M.J., Chapman R.W., Mancia A., Chen Y.A., McKillen D.J., Trent H., Lang P., Escoubas J.M., Bachere E., Boulo V., John Liu Z., Gross P.S., Cunningham C., Cupit P.M., Tanguy A., Guo X., Moraga D., Boutet I., Huvet A., De Guise S., Almeida J.S. & G.W. Warr. A cDNA Microarray for Crassostrea virginica and C. gigas. Marine Biotechnology, in press.

Kotzamanis Y.P., Gisbert E., Gatesoupe F.J., Zambonino-Infante J.L. & C.L. Cahu, 2007. Effects of different dietary levels of fish protein hydrolysates on growth, digestive enzymes, gut microbiota, and resistance to Vibrio anquillarum in European sea bass (Dicentrarchus labrax) larvae. Comp. Biochem. Physiol., in press.

Morais S., Conceiçao L.E.C., Rønnestad I., Koven W., Cahu C.L., Zambonino-Infante J.L. & M.T. Dinis, 2007. Dietary neutral lipid level and source affect food intake, nutrient absorption, gut structure, enzymatic activity and growth in marine fish larvae. Aquaculture, in press.

Olsen C., Wold P.A., Hoehne-Reitan K., Olsen A.I., Rainuzzo J., Cahu C.L. & E. Kjørsvik, 2007. Dietary phospholipids vs neutral lipids : effects on skeletal development in Atlantic cod (Gadus morhua). J. Fish Biol., in press.

Palacios E., Racotta I.S., Arjona O., Marty Y., Le Coz J.R., Moal J.& J.F. Samain. Lipid composition of the Pacific lion-paw scallop, Nodipecten subnodosus, in relation to gametogenesis. 2. Lipid classes and sterols. Aquaculture, accepté.

Robin J.H. & A. Skalli. Incorporation of dietary fatty acid in European sea bass (Dicentrarchus labrax) – A methodological approach evidencing losses of highly unsaturated fatty acids. in press.

Samain J.F., Dégremont L., Soletchnik P., Haure J., Bédier E., Ropert M., Moal J., Huvet A., Bacca H., Van Wormhoudt A., Delaporte M., Costil K., Pouvreau S., Lambert C., Boulo V., Soudant P., Nicolas J.L., Le Roux F., Renault T., Gagnaire B., Géret F.,

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Boutet I., Burgeot T. & P. Boudry, 2007. Genetically based resistance to summer mortality in the Pacific oyster (Crassostrea gigas) and its relationship with physiological, immunological characteristics and infection process. Aquaculture, in press.

Tremblay R., Cartier S., Miner P., Pernet F., Quéré C., Moal J., Muzellec M.L., Mazuret M. & J.F. Samain. Effect of Rhodomonas salina addition to a standard hatchery diet during the early ontogeny of the scallop Pecten maximus. Aquaculture, in press.

6.3. Publications revues scientifiques ou technolog iques sans comité de lecture

Gatesoupe F.J., 2005 (parution en 2006). Probiotics and prebiotics for fish culture, at the parting of the ways, Aqua Feeds : Formulation & Beyond, 2 (3), 3-5.

Robert R., Rico-Villa B & C. Mingant. Influence of sole and plurispecific diets on larval consumption and development of Pacific oyster Crassostrea gigas (Thunberg). Oyster Research Institute News, 18, 19-24.

6.4. Ouvrages ou articles dans ouvrages Gérard A., Perrot J.Y., Gros Ph., Romana L.A., Cahu C.L., Lacroix D., Kalaydjian R., Girard S.,

Lassus P. & F. Médale. Pisciculture marine- Eléments de prospective. Rapport Ifremer, 163 p.

Han-Ching L., Cahu C.L., Medale F., Baud J.P., Forest A., Knockaert C., Lassus P. & Ph. Paquotte. Produits alimentaires d’origine aquatique-Impacts des technologies sur la qualité des produits. Rapport pour l’Académie des Technologies et l’Académie d’Agriculture de France, 105 p.

6.5. Communications écrites dans des colloques, gro upes de travail

Batista F.M., Leitão A., Huvet A., Lapègue S., Heurtebise S. & P. Boudry. The taxonomic status and origin of the Portuguese oyster Crassostrea angulata (Lamark, 1819). Oyster Research Institute News (The International Oyster Symposium Proceedings), 18, 3-10.

Boulo V., Huvet A., Avazeri J., Bacca H., Moal J., Moraga D., Boutet I., David I., Burgeot T., Van Wormhoudt A., Gagnaire B., Renault T. & J.F. Samain. Functional genomic in the oyster Crassostrea gigas : contribution to high throughput genomic to explain the summer mortality phenomenon. International Workshop on summer mortality of marine shellfish. October 11-14, Busan, Korea.

Boulo V., Huvet A., Lapègue S., Tanguy A., Moraga D., Goostrey A., Davey G., Le Moullac G., Samain J.F., Prunet P. & J. Moal. Functional genomic in the oyster Crassostrea gigas : contribution of high throughput genomic to explain the summer mortality phenomenon. International Marine Genomics Conference, Sorrento, Italy, October 28 - November 1, 2006 (poster).

Bourles Y., Pouvreau S., Maurer D., Gangnery A. & M. Alunno-Bruscia. A Dynamic Energy Budget model to simulate the growth and reproduction of the Pacific oyster, Crassostrea gigas reared under various environments. Aqua 2006, 9-13 mai 2006, Florence, Italie (poster).

Brizard R., Boudry P., Haffray P., Labbé C., Suquet M., Robert R., Maisse G., Pépin J.F. & D. Saulnier. Mise au point d'outils de gestion des gamètes mâles d'huitre creuse Crassostrea gigas diploïdes et tétraploïdes, à des fins de conservation et de diffusion. Colloque du BRGM, 2-4 octobre 2006 (poster).

Burgeot T., Lambert C., Gagnaire B., Renault T., Geret F., Haure J., Moraga D., Boutet I., Lelong C., Sauriau P.G., Bouilly K., Le Moullac G., Quiniou F., Arzul G., Knoery J.R., Soletchnick P. & J.F. Samain. Specific responses to environmental stress of

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Crassostrea gigas families selected for high(HS) or low (LS) survival to summer mortality. International Workshop on summer mortality of marine shellfish. October 11-14, Busan, Korea.

Cahu C.L. & J.L. Zambonino-Infante. Nutrition et développement chez les larves de poissons marins. Troisièmes Rencontres de l’Ichtyologie en France, Paris 28-31 mars 2006, livre des résumés, p. 46.

Fauvel C., Abascal Crespo F.J., de la Gandara F., Suquet M., Cosson J. & REPRODOTT partners. Bluefin tuna (Thunnus thynnus) gamete maturation after hormonal induction. In Aqua 2006, Florence 9-13 mai 2006.

Fritsch M., Buchet V. & Y. Morizur. Maturation sexuelle et période de ponte des femelles de bar commun Dicentrarchus labrax (L.) en Manche ouest. Troisièmes Rencontres de l’Ichtyologie en France. Paris, 28-31 mars 2006.

Gatesoupe F.J. Importance des bactéries lactiques pour la pisciculture : Présence naturelle et traitement probiotique, 14ème colloque du Club des Bactéries Lactiques (CBL), Paris, 17-19 mai 2006.

Gatesoupe F.J. Live yeasts in the gut : natural occurrence, dietary introduction, and their effects on fish health and development, XII International Symposium on Fish Nutrition & Feeding, 28 May - 1 June 2006, Biarritz, France.

Gatesoupe F.J., Nicolas J.L., Chilmonczyk S. & Y. Gueguen. Probiotiques, immunostimulants, peptides antimicrobiens, Colloque Santé Aquacole, Nantes, 13 et 14 juin 2006.

Huvet A. AQUAFIRST (EU programme). Présentation des résultats sur le transcriptome de l’huitre. Héraklion, 13-14 Novembre 2006.

Lambert C. & J.F. Samain. Qualimer project : an attempt to disseminate practical aspects to manage oyster summer mortality and oyster sanitary quality. International Workshop on summer mortality of marine shellfish. October 11-14, Busan, Korea.

Lambert C., Soudant P., Labreuche Y., Delaporte M., Boulo V., Moal J. & J.F. Samain. Could oxidative metabolism of Crassostrea gigas hemocyte be a key point to explain susceptibility to summer mortality ? IX International Congress on Medical and applied Malacology, October 17-20, Qingdao, China.

Le Coz J.R., Connan J.P., Quéré C., Moal J. & R. Robert. Optimisation of phytoplanctonic production in hatchery : microalgal growth and biochemical characterisation (Part A). WAS, Florence, Mai 2006 (poster).

Milliot S., Di Poï C., Person-Le Ruyet J., Severe A., Pineau, P. & M.L. Begout. Analyse à long terme des demandes alimentaires d’une poplulation de bar (Dicentrarchus labrax) en situation d’auto-nourrissage : incidence de l’activité manipulatrice individuelle sur l’alimentation du groupe. Troisièmes Rencontres de l’Ichtyologie en France Paris, 28-31 mars 2006, Mémoires de l’Institut océanographique Paul Ricard, p. 116.

Moal J., Delaporte M., Bacca H., Soudant P., Lambert C.,pouvreau S., Le Moullac G., Le Coz J.R., Ropert M. & J.F. Samain. Why reproduction process is a risk factor in oyster (Crassostrea gigas) summer mortality in France? International Workshop on summer mortality of marine shellfish. October 11-14, Busan, Korea.

Moal J., Delaporte M., Bacca H., Soudant P., Lambert C., Pouvreau S., Le Moullac G., Le Coz J.R., Ropert M. & J.F. Samain. Why reproduction process is a risk factor in oyster (Crassostrea gigas) summer mortality in France ? IX International Congress on Medical and applied Malacology, October 17-20, Qingdao, China.

Robert R., B. Rico-Villa, R. Ben Kheder & C. Mingant. Innovative approaches of C. gigas larval study development : International Workshop : "Physiological aspects of reproduction and nutrition in molluscs". 6-8 Novembre 2006, La Paz, Mexique, CD Rom of Abstract, Communication.

Richard N., L. Larroquet, Robin J.H., Buchet V. & G. Corraze. Lipid metabolism in european sea bass (Dicentrarchus labrax) is more affected by rearing temperature than by dietary

42

Département PFOM


lipid level. XII International Symposium on Fish Nutrition & Feeding. Biarritz, 28 May - 1 June 2006. Book of abstract, p. 181 (poster).

Robert R. Importance of seawater quality for the development of early stages in molluscs. BEAD Worshop, Aquaculture and Environment in Germany, France and Poland, 26-28 Avril 2006, Fouesnant, France, Communication.

Robert R., Le Coz J.R., Connan J.P., Quéré C. & J. Moal. Optimisation of phytoplanctonic production in mollusc hatcheries : Characterization by biochemical markers (Part B). AQUA 2006, Linking Tradition and Technology, Highest Quality For The Consumer, 9-13 mai 2006, Florence, Italie, CD Rom of Abstract (poster).

Robert R., Le Gourrierer G. & V. Martin-Jézéquel. Optimisation of phytoplanktonic production in mollusc hatchery : microalgae cytometric signatures (Part A). AQUA 2006, Linking Tradition and Technology, Highest Quality For The Consumer, 9-13 mai 2006, Florence, Italie, CD Rom of Abstract (poster).

Robin J.H. Les acides gras du poisson : nouveaux concepts induits par une approche quantitative. Les rencontre de l’Ichthyologie Française. Paris 28-30 mars 2006 (Communication orale).

Robin J.H., Skalli A., Vagner M. & J. Person-Le Ruyet. A modeling approach to describe modulation of fish fatty acid composition. XII International Symposium Fish Nutrition and Feding. Biarritz France May 28- June 1 2006 (poster).

Samain J.F., Fabioux C, Fleury E., Daniel J.Y., Favrel P., Boudry P., Moal J. & A Huvet. Molecular approach of the reproduction of the cupped oyster Crassostrea gigas. Physiological aspects of reproduction and nutrition in molluscs. La Paz, Mexique, November 6-9, 2006.

Samain J.F., Dégremont L., Soletchnik P., Haure J., Bédier E., Ropert M., Moal J., Huvet, Bacca H., Van Wormhoudt A., Delaporte M., Costil K., Pouvreau S., Lambert C., Boulo V., Soudant P., Nicolas J.L., Le Roux F., Renault T., Gagnaire B., Geret F., Boutet I., Burgeot T. & P Boudry. Nutrition and reproduction are key parameters in the interaction process leading to Crassostrea gigas oyster summer mortality in France. Physiological aspects of reproduction and nutrition in molluscs. La Paz, Mexique, November 6-9, 2006.

Samain J.F., Degremont L., Soletchnick P., Ropert M., Bédier E., Mazurié J., Martin J.L., Moal J., Costil K., Pouvreau S., Lambert C., Lambert C., Boulo V., Nicolas J.L., Le Roux F., Renault T., Burgeot T., Bacher C., Huvet A. & P. Boudry. Possible interaction process for Crassostrea gigas summer mortality in France. International Workshop on summer mortality of marine shellfish. October 11-14, Busan, Korea.

Samain J.F., Degremont L., Soletchnick P., Ropert M., Bédier E., Mazurié J., Fleury P.G., Martin J.L., Moal J., Mathieu M., Pouvreau S., Lambert C., Boulo V., Nicolas J.L., Le Roux F., Renault T., Burgeot T., Bacher C., Huvet A. & P. Boudry. Possibilities to forecast and prevent Crassostrea gigas oyster summer mortality in France. International Workshop on summer mortality of marine shellfish. October 11-14, Busan, Korea.

Samain J.F., Degremont L., Soletchnick P., Ropert M., Mazurié J., Martin J.L., Moal J., Mathieu M., Pouvreau S., Lambert C., Escoubas J.M., Nicolas J.L., Le Roux F., Renault T., Burgeot T., Bacher C. & P. Boudry. C.gigas Pacific oyster summer mortality in France, towards risk analysis and risk management. IX International Congress on Medical and applied Malacology, October 17-20, Qingdao, China.

Samain J.F., Boudry P., Degremont L., Soletchnik P., Ropert M., Bédier E., Mazurié J., Martin J.L., Moal J., Mathieu M., Pouvreau S., Lambert C., Escoubas J.M., Nicolas J.L., Le Roux F., Renault T., Burgeot T. & C. Bacher. Possible ways to prevent Crassostrea gigas oyster Summer mortality in France. NSA2006, 27-30 mars 2006 Monterey (USA).

Samain J.F., Boudry P., Degremont L., Soletchnik P., Ropert M., Bédier E., Mazurié J., Martin J.L., Moal J., Mathieu M., Pouvreau S., Lambert C., Escoubas J.M., Nicolas J.L.,

43

Département PFOM


Le Roux F., Renault T., Burgeot T. & C. Bacher. Possibilities to prevent Crassotrea gigas oyster summer mortality in France. WAS, 9-13 mai 2006 Florence Italie.

Séguineau C., Delaporte M., Soudant P., Moal J. & J.F. Samain. Nutrition et immunité chez l’huître creuse Crassostrea gigas . Etude de l’impact de la qualité lipidique de la nourriture. XII CNR IUT Brest 1-2 juin 2006.

Soudant P., Delaporte M., Kraffe E., Moal J., Marty Y. & J.F. Samain. Roles of polyunsaturated fatty acids in bivalve reproduction, development and immunology. International workshop : Physiological aspects of reproduction and nutrition in molluscs, 6-9 de Noviembre, 2006. La Paz, Baja California Sur, México.

Thomas Y., Mazurié J., Bacher C., Pouvreau S. & S. Guesdon. Modelling the population dynamics of mussels Mytilus edulis reared on bouchot in Mont-Saint-Michel BAY (FRANCE). Aqua 2006, 9-13 mai 2006, Florence, Italie (oral comm.)

Vagner, M., Zambonino-Infante J.L., Robin J.H. & J. Person-Le Ruyet. Is it possible to influence sea bass (Dicentrarchus labrax) juveniles metabolism by a nutritional conditionning during larval stage? XII International Symposium Fish Nutrition and Feding. Biarritz France May 28- June 1 2006 (communication orale).

Wold P.A., Cahu C.L., Hoehne-Reitan K., Zambonino-Infante J.L., Rainuzzo J. & E. Kjorsvik. Effect of different phospholipid sources and levels in formulated diets on growth, survival and digestive enzyme responses in Atlantic cod larvae (Gadus morhua L.). Meeting of the World aquaculture Society, Firenze (Italy), book of abstract, p. 1013 (poster).

Yu H.R., Mai K.S., Ai Q.H., Ma H.M., Cahu C.L. & J.L. Zambonino-Infante. Dietary L-methionine requirement of large yellow croaker Pseudociaena crocea larvae. XII International symposium of Fish Nutrition and Feeding. Biarritz, France, May 29-June 1-Book of abstract, p. 121 (poster).

6.6. Communications sans actes Bacca H., Huvet A., Daniel J.Y., Moal J., Samain J.F. & A. Van Wormhoudt. Le métabolisme du

glycogène : un rôle dans les mortalités estivales d’huîtres ? Journées Ifremer du projet Bases Moléculaires et Cellulaires des fonctions physiologiques, Paris, 26-27 janvier 2006.

Ben Kheder R. & R. Robert. Étude sur le développement larvaire de Crassostrea gigas en conditions contrôlées : recherche d’index de qualité. Colloque Final « GDR reproduction de l’huître creuse », Brest, Mars 2006.

Burgeot T., Gagnaire B., Renault T., Haure J., Moraga D., David E., Boutet I., Sauriau P.G., Malet N., Bouchet V., Lapègue S., Bouilly K., Le Moullac G., Arzul G., Knoery J., Quiniou F. & P. Soletchnik. Risque associé au stress environnemental. Morest La Rochelle 14-15 mars 2006.

Cahu C.L. Développement de l’aquaculture marine en Chine. Journées du GIS tropical, Montpellier, avril 2006.

Cahu C.L. Bases nutritionnelles de l’alimentation inerte des larves de poisson. Séminaire ombrine et pisciculture tropicale, 28-29 novembre 2006, Fort de France.

Cahu C.L. Influence de l’alimentation des poissons sur la qualité diététique des produits. Séminaire ombrine et pisciculture tropicale, 28-29 novembre 2006, Fort de France.

Cahu C.L. Summer mortality in Oyster in France and Japon. 21ème session du sous-comité Franco-Japonais en Océanographie. Tokyo, 30 janvier 2006.

Cahu C.L. & S. Koshio, 2006. Effect of vitamin C on skeletal development in marine fish. 21ème session du sous-comité Franco-Japonais en Océanographie. Tokyo, 30 janvier 2006.

Fabioux C., Daniel J.Y., Favrel P. & A. Huvet. Origine et développement des cellules germinales chez Crassostrea gigas : analyse fonctionnelle du gène Oyster vasa-like par RNAi. Journées Ifremer du projet Bases Moléculaires et Cellulaires des fonctions physiologiques, Paris, 26-27 janvier 2006.

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Département PFOM


Fabioux C., Huvet A., Pouvreau S., Cochard J.C. & M. Le Pennec. Origine et développement des cellules germinales chez l’huître creuse Crassostrea gigas : intérêt pour le contrôle de la reproduction en écloserie. Journées de synthèse du Groupe de Recherche Ecophysiologie de la reproduction chez l’huître creuse, Crassostrea gigas. Brest, 21-22 mars 2006.

Fleury E., Huvet A., Daniel J.Y., Favrel P. & J.F. Samain. Exploration fonctionnelle des gènes impliqués dans la différence de stratégie de reproduction des souches d’huître Crassostrea gigas résistantes et sensibles à la mortalité estivale. Journées Ifremer du projet Bases Moléculaires et Cellulaires des fonctions physiologiques, Paris, 26-27 janvier 2006.

Huvet A. Identification de gènes différentiellement exprimés entre souches d’huîtres sélectionnées résistantes et sensibles à la mortalité estivale. Journée Ifremer du département de Physiologie Fonctionnelle des Mollusques Marins. Brest, 18 janvier 2006.

Huvet A. Physiologie intégrative chez l’huître Crassostrea gigas : Présentation des activités de recherche en biologie moléculaire au sein du groupe Ifremer Brest de l’UMR 100 PE2M. Journée INRA Genanimal, Paris, 3 janvier 2006.

Huvet A. Prudence M., Moal J., Daniel J.Y. & J.F. Samain. Action Polygigas : Polymorphisme de gènes clés impliqués dans l’acquisition et la gestion de l’énergie chez Crassostrea gigas, exemple de la corrélation croissance-polymorphisme amylasique. Journées Ifremer du projet Bases Moléculaires et Cellulaires des fonctions physiologiques, Paris, 26-27 janvier 2006.

Huvet A., Royer J., Pouvreau S., Moal J., Burgeot T., Lapègue S., Boulo V., Nicolas J.L., Saulnier D. & C Lambert. Caractérisation phénotypique des souches Résistantes & Sensibles à la mortalité estivale. Morest La Rochelle 14-15 mars 2006.

Lambert C., Moal J., Le Moullac G. & S. Pouvreau. Caractérisation des facteurs de risques associés aux mortalités estivales :Les risques associés à la physiologie de l’huître en période de reproduction. Morest La Rochelle 14-15 mars 2006.

Le Moullac G. Les conséquences écophysiologiques et métaboliques de l'hypoxie. Journées BMC 26-27 janvier 2006 Paris.

Moal J., Lambert C., Pouvreau S. & J.F. Samain. Caractérisation des facteurs de risques associés aux mortalités estivales : le risque température. Morest La Rochelle 14-15 mars 2006.

Pouvreau S. Recent developments in DEB for marine molluscs. First AQUADEB meeting, 29-30 October 2006. Ifremer nantes.

Pouvreau S., Enriquez M., Bourles Y., Fabioux C., Chavez J., Le Souchu P., Quéau I., Connan J.P., Lebrun L., Mingant C., Alunno-Bruscia M, Maurer D. & J.C. Cochard. Effet des facteurs externes sur la reproduction de l’huître creuse : Synthèse des résultats et intégration dans un modèle. Colloque Final ‘GDR reproduction de l’huître creuse’, Brest, Mars 2006.

Pouvreau S., Rambeau M., Davenel A. Foucat L., Quellec S., Robert R. & J.C. Cochard. Apports des technologies RMN-IRM dans l’étude de la physiologie de l’huître creuse : synthèse. Colloque Final « GDR reproduction de l’huître creuse », Brest, Mars 2006.

Raguenes M., Fabioux C. & A. Huvet. Etude du développement des cellules germinales chez les huîtres triploïdes par l’analyse de gène Oyvlg : relation avec leur reproduction résiduelle ? Journées de synthèse du Groupe de Recherche Ecophysiologie de la reproduction chez l’huître creuse, Crassostrea gigas. Brest, 21-22 mars 2006.

Samain J.F. CNC Paris, 25 janvier : présentation et discussion des propositions Morest.

Samain J.F. Bilan et prospective BMC 2005. Journées BMC 26-27 janvier 2006 Paris.

Samain J.F. Restitution du Bilan MOREST 2005 : SMIDAP 02 février 2006. Préparation à la Gestion prévisionnelle des mortalités estivales

Samain J.F. Réunion d’information SRC Bretagne Nord et Sud 9 février 2006 : Gestion prévisionnelle des mortalités estivales.

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Samain J.F. CNC Paris, 20 février : retour profession sur les propositions et mise en place des actions 2006-2008.

Samain J.F. Réunion d’information SRC Basse Normandie Comité interdépartemental Baie des Veys, 7 Mars 2006 : Recommandations pour une gestion et prévision des mortalités estivales.

Samain J.F. le Projet Ifremer « Bases Moléculaires et Cellulaires des principales fonctions physiologiques et immunitaires associées aux performances des espèces aquacoles » (BMC).

Suquet M. Eléments de perspectives : Présentation du GDR « Qualité des gamètes d'espèces d'intérêt aquacole ». Colloque Final GDR reproduction de l’huître creuse, Brest, Mars 2006.

6.7. Rapports de contrats (CEE, FAO, Conventions pu bliques ou privées…) et comptes-rendus (expérience, essai, cam pagne de mesures…)

Lambert C., Moal J., Le Moullac G. & S. Pouvreau. Les risques associés à la physiologie de l’huître en période de reproduction : Synthèse des résultats 2000-2005. Rapport Final de contrat, Défi Morest. 42 p.

Pouvreau S. & M. Le Pennec. Ecophysiologie de la Reproduction de l'Huître Creuse : Synthèse d'un Groupe de Recherche. Rapport Interne Ifremer. Station Expérimentale d'Argenton. 46 p + annexes.

Samain J.F. et al. Défi Morest Mortalités estivales des facteurs de risques associés aux mortalités estivales. Modèle d’interaction et recommandations. Rapport final 2006. Synthèses des résultats 2000-2005 production de 8 synthèses.

6.8. Thèses, HDR

6.8.1. Thèse Labreuche Y. Caractérisation de la virulenve d'une souche de Vibrio aestuarianus pathogène de

l'huître creuse, Crassostrea gigas. Doctorat. soutenue le 5 septembre 2006, 289 p.

Prudence M. Caractérisation de marqueurs génétiques fonctionnels de la nutrition et/ou de l’adaptation (les amylases) chez l’huître creuse Crassostrea gigas : intérêts pour la sélection. Doctorat Université de Caen /Basse Normandie. Soutenue le 20 avril 2006 -Directeur de thèse : Samain J.F.

6.8.2. HDR Cahu C.L. Nutrition, digestion et développement des larves de crevettes et poissons marins.

Mémoire d’Habilitation à Diriger les Recherches, Université de Bretagne Occidentale, 68 p.

Nicolas J.L. Bilan des études en Ecologie microbienne et pathologie des élevages de mollusques bivalves. Mémoire d’Habilitation à Diriger les Recherches, Université de Bretagne Occidentale, 147p.

Robin J.H. Etude des acides gras des poissons marins, composition et incorporation. Mémoire d’Habilitation à Diriger les Recherches, Université de Bretagne Occidentale, 62 p.

6.9. Mémoires d’étudiants (DEA, ISPA, IUT, Maîtrise ) Amourda C. Mise au point de conditions expérimentales d’estimation de la qualité des gamètes

d’huître creuse, 2006. Rapport IUT Brest, 36p. Responsable : M. Suquet.

Bernard I. Application d’un modèle DEB de croissance et de reproduction de l’huître creuse, Crassostrea gigas, dans le bassin d’Arcachon : identification des sources de

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nourriture potentielles. Rapport Master I, Univ. La Rochelle, 15 p. Responsables : S. Pouvreau et D. Maurer.

Berthollet E. Effet de la concentration en phytoplancton sur le taux d’ingestion de deux bivalves intertidaux : Cerastoderma edule et Macoma balthica. Rapport Master I, Univ. Brest, 20 p. Responsables : S. Pouvreau et M. Blanchard.

Buzin F. Quantification de l'expression de la pyruvate kinase et de la phosphoénolpyruvate carboxykinase lors de l'adaptation à l'hypoxie chez l'huître creuse Crasostrea gigas. Univ Bretagne Occidentale, IUEM, Master 1 Sciences de la Mer et du Littoral, Mention Sciences Biologiques Marines, Janvier-Février 2006. 24p. Responsable : G. Le Moullac.

Cheize M. Effet de l’hypoxie sur l’activite de la pyruvate kinase et de la phosphoenolpyruvate carboxykinase chez l’huitre creuse Crassostrea gigas, adaptation des lignées R et S. Master 1 Sciences Biologiques Marines, Université de Bretagne Occidentale – Institut Universitaire Européen de la Mer, 2005 – 2006. Responsable : G. Le Moullac.

Coum S. Modélisation déterministe de croissance de deux mollusques bivalves d’estran : Cerastoderma edule (L.) et Macoma Balthica (L.) en baie du Mont-Saint-Michel. Rapport Master I, Univ. Brest, 20 p. Responsables scientifiques : S. Pouvreau et M. Blanchard / Collaboration avec E. Thiebault.

Delebecq G. Effet du niveau trophique sur la mise en réserve du glycogène chez l’huître creuse Crassostrea gigas. Master 1 Sciences Biologiques Marines, Université de Bretagne Occidentale – Institut Universitaire Européen de la Mer, 2005–2006. Responsables : A. Huvet et H. Bacca.

Hainigue M.H. Caractérisation microbiologique et biochimique d’Isochrysis affinis galbana produite en continu en photobioréacteur. Rapport IUT Brest, 31 p. Responsable : R. Robert.

Penasse S. Influence du jeûne chez les larves de Crassostrea gigas : quantification des réserves lipidiques par méthode colorimétrique et biochimique. Rapport de DTSM, CNAM Cherbourg, 26 p + annexes. Responsable scientifique : R. Robert.

Le Dantec W. Application du modèle de croissance et de reproduction de l’Huître creuse au Bassin d’Arcachon. Rapport Master I, Univ. Brest, 20 p. Responsable : S. Pouvreau et D. Maurer.

Raguénes M. Développement de cellules germinales chez les triploïdes de C. gigas : relation avec leur faible activité gamétogénétique. Master2 Sciences Biologiques Marines, Université de Bretagne Occidentale – Institut Universitaire Européen de la Mer, 2005 – 2006. Responsables : A. Huvet et C. Fabioux.

6.10. Activités de diffusion des connaissances : vo ir tableau 3-11.

6.11. Colloques et séminaires organisés par un memb re de l’unité Cahu C., Médale F. Organisation du colloque « Santé des Organismes Marins », 13-14 juin 2006,

Ecole Vétérinaire de Nantes.

Cahu C., Médale F. Organisation du séminaire de restitution des résultats liés à l’appel d’offre Ifremer-INRA sur la génomique et la qualité des produits aquacoles. 21 avril, INRA, Paris.

Lazard J., Buchet V. & M. Legendre. Séminaire du GIS Pisciculture Tropicale. Montpellier 21 et 22 mars 2006.

Samain J.F. Journées de restitution du programme Morest. La Rochelle 14-15 mars 2006.

6.12. Participation à des conseils nationaux et int ernationaux à caractère scientifique ou technique

Cahu C. Participation au Conseil Scientifioque du dfépartement PHASE, INRA.

Cahu C. Participation au comité de recrutement des Directeurs de Recherche INRA.

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Cahu C. Membre du Panel d’évaluation pour mles chairs de propfesseurs d’Université au Canada.

Person J. Membre de 3 groupes de travail du Conseil de l’Europe sur la protection des animaux en élevage ; en charge de la rédaction d’une annexe technique sur l’abattage en urgence des poissons en élevage et de deux annexes spécifiques (saumon- truite et carpe).

6.13. Activités de soutien aux laboratoires et serv ices de l’IFREMER

Pouvreau S., Maurer D. & M. Alunno-Bruscia. Phytoplancton et Mollusques : de l’écophysiologie à la modélisation. Formation Interne Ifremer 'Journées Phytoplancton'. Nantes. 12-14 Décembre 06.

Omnes M.H. Participation aux reunions Comité d’Animantion du site WEB Aquaculture (CAWA). Mise à jour des statistiques de production aquacole poisson.

6.14. Activités de reviewing pour des revues scient ifiques ou techniques

-91 reviews d’articles pour revues à comité de lecture ont été faites par les chercheurs du département dans les journaux suivants : Animal Feed Science and Technology - Animal Genetics - Aquaculture - Biochemical genetics - Cybium - Developmental & Comparative Immunology - Pakistan Journal of Scientific and Industrial Research –Fish Physiology and Biochemistry – Aquaculture research.

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