Le référentiel terminologique "Maladies animales" et sa mise en œuvre dans le cadre de
CERISA - Le portail en santé animale et santé publique vétérinaire
Marie-Colette Fauré INRA Département Santé AnimaleINRA - Département Santé Animale
7 avril 2009
Quelques éléments de contexte…q
L'Inra : l'Institut National de la Recherche A iAgronomique
Créé en 1946
Établissement public à caractère scientifique et technologique,placé sous la double tutelle des ministères en charge de l’agriculture et de la recherche
2e organisme de recherche publique français avec près de 9000 gcollaborateurs et un budget de 680 millions d’euros
1er organisme européen de recherche agronomique1er organisme européen de recherche agronomique
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Organisation de l'InraOrganisation de l Inra
Une présidente et un collège de direction
21 centres de recherche régionaux
14 départements de recherche scientifique
468 unités• 257 unités de recherche (dont 145 unités mixtes)257 unités de recherche (dont 145 unités mixtes)
• 80 unités expérimentales
• 131 unités d’appui et de service
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pp
Le département Santé AnimaleLe département Santé Animale
Direction scientifiqueDirection scientifiqueAnimal et produits animaux
Département Santé Animale
4 unités de recherche14 unités mixtes de recherche3 unités expérimentalesp1 unité de gestion
700 agents dont environ 240 agents appartenant à d’autres organismes
Dispositif de veille stratégique du département SADispositif de veille stratégique du département SA
Contexte : maladies émergentes, crises sanitaires, zoonoses, mondialisation….
Veille Veille socio- Veille Veille
g , , ,
Veille industrielle
R&D, Vaccin et di ti
Veille socio-professionelle
Filières et G t
Veille Emergence
M l di
Veille événementielle
Appels d’offres,
Veille réglementaire
Expérimentation animale, diagnostic,
Médicament vétérinaire
Élargir
Groupements vétérinaires -Expertise DSA
Besoins des filières
Maladies émergentes, zoonose
Identifier les è
Appels d offres, experts, bourses,
colloques…
Opportunité de
animale, biosécurité,
éthique, bien-être animal
Démarches qualitépartenariat
Connaissance des stratégies de R&D
filières, expertise et
positionnement du département
CeriSA
problèmes émergents ou
récurrents
Opportunité de financement, formation…
qualité,plates-formes
IBiSA, collaboration …
VISACeriSA
VeliSANew@Diseases @genda VERSA
Référentiel, de quoi parle-t-on ?Référentiel, de quoi parle t on ?
Terminologie : vocabulaire, ensemble des termes propres à un
domaine, à une technique, à une science...
Référentiel : ensemble structuré d'informations utilisé pour l'exécution
d'un logiciel et constituant un cadre commun à plusieurs applications
Liste d'autorité : liste de termes normalisés et approuvés permettant un
enregistrement contrôlé de l'information pour faciliter les opérations de
i i t d h h L li t t êt t f ésaisie et de recherche. La liste peut être ouverte ou fermée.
Référentiel terminologique
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g qSources : Dictionnaire de la langue française et Glossaire des techniques de l'information (Ministère de la Culture)
Réflexions préalables à la construction du référentielréférentiel
Une première expérience : le projet VeliSAUne première expérience : le projet VeliSA
VeliSA : dépouillement des revues francophones de transfert/
vulgarisation en santé animale (ressources non identifiées par ailleurs)
Identification des problèmes sanitaires dans les élevages
Premières réponses pour les professionnels de l'élevage
f SIdentification de la contribution du département SA
Environ 3700 références au 30 mars 2009
Indexation libre : maladie (s), agent pathogène (s), mots clés
P blè lié à l' b d éfé ti lProblèmes liés à l'absence de référentiel :hétérogénéité des descripteurs, doublons, pas de gestion des
synonymes…
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http://www.toulouse.inra.fr/velisa
Pourquoi la création d'un référentiel ?Pourquoi la création d un référentiel ?
Ressources francophones de ce type inexistantes
Nombre important de maladies animales : noms scientifiques,
noms vernaculaires, synonymes, acronymes…, y y , y
Thésaurus MESH (base Medline) et CAB (base CAB Abstracts)Thésaurus MESH (base Medline) et CAB (base CAB Abstracts)
pas suffisamment spécialisés et en langue anglaise
Plus d'une centaine de maladies des bovinsPlus d une centaine de maladies des bovins…15 maladies dans le MESH
5 dans le thésaurus CAB
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5 dans le thésaurus CAB
CeriSA – le portail en santé animale et santé bli été i ipublique vétérinaire
Objectifs du portail
• Apporter des éléments réponses aux questions Ressourcesdes professionnels (éleveurs, vétérinaires…)
• L i t l b t Acteurs• Les orienter vers les bons acteurs
• Partager les savoir-faire et les expertises du
Acteurs
g pdépartement SA Expertise
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Les informations proposées par CeriSALes informations proposées par CeriSA
Des ressources pertinentes (informations accessibles librement
sur internet) sur les maladies des animaux de production
Des informations sur les acteurs majeurs en santé animale et j
santé publique vétérinaire : coordonnées, compétences,
spécialisationspécialisation…
Un espace d'échange avec les professionnelsUn espace d échange avec les professionnels
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Les problèmes identifiés au démarrage du projetLes problèmes identifiés au démarrage du projet
Collecte des ressources : difficulté d'une couverture exhaustive et
homogène par maladie et espèce animale
Indexation : même problème que VeliSAp q
Utilisateurs du portail d'origine et d'horizon différents avec desUtilisateurs du portail d origine et d horizon différents avec des
compétences scientifiques et technologiques très hétérogènes
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Un référentiel pourquoi ? Pour qui ?Un référentiel pourquoi ? Pour qui ?
Pourquoi ?Structurer la phase de recherche d'informations
Faciliter l'indexation
Proposer des systèmes de recherche et de navigation adaptés
Pour qui ?Pour les professionnels de l'information (recherche et indexation de l'information)
Pour les utilisateurs du portailPour les utilisateurs du portail
Le référentiel sort du cadre strictement "documentaire"
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La construction du référentiel
Processus de constructionProcessus de construction
Elaboration du cadre général Elaboration du cadre théorique
Inventaire des termes• Maladies par espèces animales• Agent(s) pathogènes (s)
Enrichissement• Notes• Notes• Réglementation• Type de maladie
V lid ti Validation • Validation scientifique• Terme principal retenu
Cadre théoriqueCadre théorique
è lEspèce animale
Maladie Agent(s) pathogène(s) Type de maladie
1 terme retenu
Zoonose ?
1 terme retenu
Synonyme ou abréviation, terme
vernaculaire…
Note complémentaire
Statut réglementaire
Inventaire des termesInventaire des termes
Ressources utilisées
Connaissances académiques : ouvrages et traités de pathologie q g p ganimale
Liste des maladies animales réglementées :Liste des maladies animales réglementées : Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE)Maladies à Déclaration Obligatoires (MDO)Maladies Réputées Contagieuses (MRC)
Taxonomies et nomenclaturesexemple : J. Euzeby – Dictionnaire de bactériologie vétérinaire
Recherche complémentaires sur internet à l'aide des moteurs de
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recherche
ValidationValidation
Validation scientifique par des experts vétérinaires du
département SA• Vérification de l'information
• Choix du terme retenu
• Notes complémentaires
• …
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Fichier de travailFichier de travail
Exemple
Tularémie Francisella tularensis Bactérie
Lapin
Tularémie Francisella tularensis Bactérie
Fièvre du lièvreMaladie de Francis
Fièvre de la mouche du cerf
Zoonose : ouiFièvre de Ohara, Yato-Byo
Fièvre de la vallée de Pahvant …
Note complémentaire :Forme clinique rare chez le
lapin (Oryctolagus cuniculus), mais plus fréquente chez le lièvre (Lepus europeaus ou
ti id )
Statut réglementaire
timidus)
Maladie notifiable à l'OIEMaladie à déclaration obligatoire
En back-officeEn back office
Une fois constituéUne fois constitué, par la somme des connaissance agrégées,
le référentiel "maladies animales" constitue en soiconstitue en soi
une base de connaissances unique
Maladies des bovins : 82
Maladies des caprins : 102Maladies des caprins : 102
Maladie des équins : 46
Maladie des lapins : 46Maladie des lapins : 46
Maladie des ovins : 102
Maladie des poissons : 102p
Maladie des porcins : 80
Maladie des volailles: 78
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Une maladie du référentielUne maladie du référentiel
Les différents usages du référentielg
Du référentiel au portailDu référentiel au portail
Référentiel PortailUsage
Espèce animale Sélection d'informations
Maladie
A t th è
Ressourcesd informations
Agent pathogène
Type de maladieActeurs
IndexationMétadonnées
complémentaires
Statut réglementaire
Zoonose
Acteurs
Navigation / rechercheZoonose
Base de connaissances Outil métier
LE CONTENU DU PORTAIL : RESSOURCES ET ACTEURS
Le référentiel pour la recherche des ressourcesLe référentiel pour la recherche des ressources
Structuration de la phase de rechercheLimiter le risque de dispersion et de non exhaustivité dû au nombre important de maladies (675 agents pathogènes et 412 maladies au 30 mars 2009)
Prioriser les maladies, et par conséquent la recherche de ressources, selon certains critères : zoonose, contagion, pertes économiques…
Support à l'élaboration des requêtes de recherche• Utilisation de toutes les formes d'un nom de maladie
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• Recherche par agent pathogène si nécessaire
Sélection des ressourcesSélection des ressources
L itè tLes critères retenus :
• Informations en français
• Accessible pour un public non scientifique mais averti (professionnels de l'élevage, vétérinaires)
Q lité d l'i f ti ( t ( ) id tifié( ) édibilité d it• Qualité de l'information (auteur(s) identifié(s), crédibilité du site, date de l'information…)
• Informations non commercialesInformations non commerciales
• …
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Recherche et sélection des acteursRecherche et sélection des acteurs
Recherche à partir :• Des sites publics (ministère de l'agriculture, organismes de
recherche…)
• Sites professionnels
• D t d h h é i li é t é é li t• Des moteurs de recherche spécialisés et généralistes
• …
Sélection selon les critères suivants :• Rôle majeur en santé animale et santé publique vétérinairej p q
• Spécialisation
• Compétences
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• …
INDEXATION
L'indexation des ressourcesL indexation des ressources
Référentiel Aide à l'indexation • Proposition d'une liste contrôlée de termes "maladies" ou "agents
pathogènes"p g
Autres meta-données • Espèce animale• Espèce animale• Mots-clés• Description
Liens possibles entre ressources et avec des entités
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Ressources : Back-officeRessources : Back office
Gestion contrôlée des maladies et des agents pathogènes grâce au
référentiel
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Indexation d'un acteurIndexation d un acteur
Back-office du portail CeriSA
Gé é à l' id dGéré à l'aide du référentiel
Un acteur en front-officeUn acteur en front office
Caractérisé par les attributs suivants
Libellé
Type d'entité
Domaine de compétence
Mission-description
Spécialité(s) : maladie, agent pathogène, espèce
Mots-clés
Coordonnées
RECHERCHE ET NAVIGATION DANS LE PORTAIL
Les fonctionnalitésd h h t d i ti d l t ilde recherche et de navigation dans le portail
Accès directe, plus simple aux informations grâce au référentiel : • Recherche par maladie et espèce animale (Maladies de A à Z)
• Gestion des synonymes, des acronymes…
• Navigation croisée au sein des ressources et des acteurs
Autres possibilités offertes par des technologies comme AJAX,
Google map… :• Géolocalisation
A t léti ( é lt t é f ti d l h î d• Auto-complétion (résultats proposés en fonction de la chaîne de caractère saisie par l'utilisateur)
• …
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…
Espèce animale
Par moteur de recherche interne
MenusEspèce animale
Maladie ou agent pathogène
Maladies réglementées
Par acteur
Par géolocalisationPar géolocalisation
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Les maladies de A à ZLes maladies de A à Z
Possibilités de recherche et de navigation plus performantes grâce à la création d'un index des maladies
Navigation au sein des ressourcesNavigation au sein des ressources
Navigation croisée au sein des ressources viaNavigation croisée au sein des ressources via les maladies, les agents pathogènes et les
mots clés
Pour conclure
Les apports du référentielLes apports du référentiel
Le référentiel "maladies animales" : un outil structurant pour la
construction du portail CeriSA
Sert les autres projets du département SA :p j p• Visa – veille industrielle
• Amélioration de l'indexation de VeliSA
Un outil "métier" utilisable pour de nombreux projetsp p j
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En perspective…En perspective…
Du référentiel terminologique à l'ontologie, un (petit) pas à
franchir relations entre les termes, écriture XML (RDF…)
• Autonomie de l'outil
• Maintenance plus efficace du référentiel
• Echange et partage des métadonnées
• …
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MERCI DE VOTRE ATTENTION