veille stratégique : le référentiel terminologique "maladies animales"

Le référentiel terminologique "Maladies animales" et sa mise en œuvre dans le cadre de

CERISA - Le portail en santé animale et santé publique vétérinaire

Marie-Colette Fauré INRA Département Santé AnimaleINRA - Département Santé Animale

7 avril 2009

[email protected]

Quelques éléments de contexte…q

L'Inra : l'Institut National de la Recherche A iAgronomique

Créé en 1946

Établissement public à caractère scientifique et technologique,placé sous la double tutelle des ministères en charge de l’agriculture et de la recherche

2e organisme de recherche publique français avec près de 9000 gcollaborateurs et un budget de 680 millions d’euros

1er organisme européen de recherche agronomique1er organisme européen de recherche agronomique

Marie-Colette Fauré – Journée ADBS-EBD : Quel web demain ? – 7 avril 2009

Organisation de l'InraOrganisation de l Inra

Une présidente et un collège de direction

21 centres de recherche régionaux

14 départements de recherche scientifique

468 unités• 257 unités de recherche (dont 145 unités mixtes)257 unités de recherche (dont 145 unités mixtes)

• 80 unités expérimentales

• 131 unités d’appui et de service


pp

Le département Santé AnimaleLe département Santé Animale

Direction scientifiqueDirection scientifiqueAnimal et produits animaux

Département Santé Animale

4 unités de recherche14 unités mixtes de recherche3 unités expérimentalesp1 unité de gestion

700 agents dont environ 240 agents appartenant à d’autres organismes

Dispositif de veille stratégique du département SADispositif de veille stratégique du département SA

Contexte : maladies émergentes, crises sanitaires, zoonoses, mondialisation….

Veille Veille socio- Veille Veille

g , , ,

Veille industrielle

R&D, Vaccin et di ti

Veille socio-professionelle

Filières et G t

Veille Emergence

M l di

Veille événementielle

Appels d’offres,

Veille réglementaire

Expérimentation animale, diagnostic,

Médicament vétérinaire

Élargir

Groupements vétérinaires -Expertise DSA

Besoins des filières

Maladies émergentes, zoonose

Identifier les è

Appels d offres, experts, bourses,

colloques…

Opportunité de

animale, biosécurité,

éthique, bien-être animal

Démarches qualitépartenariat

Connaissance des stratégies de R&D

filières, expertise et

positionnement du département

CeriSA

problèmes émergents ou

récurrents

Opportunité de financement, formation…

qualité,plates-formes

IBiSA, collaboration …

VISACeriSA

VeliSANew@Diseases @genda VERSA

Référentiel, de quoi parle-t-on ?Référentiel, de quoi parle t on ?

Terminologie : vocabulaire, ensemble des termes propres à un

domaine, à une technique, à une science...

Référentiel : ensemble structuré d'informations utilisé pour l'exécution

d'un logiciel et constituant un cadre commun à plusieurs applications

Liste d'autorité : liste de termes normalisés et approuvés permettant un

enregistrement contrôlé de l'information pour faciliter les opérations de

i i t d h h L li t t êt t f ésaisie et de recherche. La liste peut être ouverte ou fermée.

Référentiel terminologique


g qSources : Dictionnaire de la langue française et Glossaire des techniques de l'information (Ministère de la Culture)

Réflexions préalables à la construction du référentielréférentiel

Une première expérience : le projet VeliSAUne première expérience : le projet VeliSA

VeliSA : dépouillement des revues francophones de transfert/

vulgarisation en santé animale (ressources non identifiées par ailleurs)

Identification des problèmes sanitaires dans les élevages

Premières réponses pour les professionnels de l'élevage

f SIdentification de la contribution du département SA

Environ 3700 références au 30 mars 2009

Indexation libre : maladie (s), agent pathogène (s), mots clés

P blè lié à l' b d éfé ti lProblèmes liés à l'absence de référentiel :hétérogénéité des descripteurs, doublons, pas de gestion des

synonymes…


http://www.toulouse.inra.fr/velisa

Pourquoi la création d'un référentiel ?Pourquoi la création d un référentiel ?

Ressources francophones de ce type inexistantes

Nombre important de maladies animales : noms scientifiques,

noms vernaculaires, synonymes, acronymes…, y y , y

Thésaurus MESH (base Medline) et CAB (base CAB Abstracts)Thésaurus MESH (base Medline) et CAB (base CAB Abstracts)

pas suffisamment spécialisés et en langue anglaise

Plus d'une centaine de maladies des bovinsPlus d une centaine de maladies des bovins…15 maladies dans le MESH

5 dans le thésaurus CAB


5 dans le thésaurus CAB

CeriSA – le portail en santé animale et santé bli été i ipublique vétérinaire

Objectifs du portail

• Apporter des éléments réponses aux questions Ressourcesdes professionnels (éleveurs, vétérinaires…)

• L i t l b t Acteurs• Les orienter vers les bons acteurs

• Partager les savoir-faire et les expertises du

Acteurs

g pdépartement SA Expertise


Les informations proposées par CeriSALes informations proposées par CeriSA

Des ressources pertinentes (informations accessibles librement

sur internet) sur les maladies des animaux de production

Des informations sur les acteurs majeurs en santé animale et j

santé publique vétérinaire : coordonnées, compétences,

spécialisationspécialisation…

Un espace d'échange avec les professionnelsUn espace d échange avec les professionnels


Les problèmes identifiés au démarrage du projetLes problèmes identifiés au démarrage du projet

Collecte des ressources : difficulté d'une couverture exhaustive et

homogène par maladie et espèce animale

Indexation : même problème que VeliSAp q

Utilisateurs du portail d'origine et d'horizon différents avec desUtilisateurs du portail d origine et d horizon différents avec des

compétences scientifiques et technologiques très hétérogènes


Un référentiel pourquoi ? Pour qui ?Un référentiel pourquoi ? Pour qui ?

Pourquoi ?Structurer la phase de recherche d'informations

Faciliter l'indexation

Proposer des systèmes de recherche et de navigation adaptés

Pour qui ?Pour les professionnels de l'information (recherche et indexation de l'information)

Pour les utilisateurs du portailPour les utilisateurs du portail

Le référentiel sort du cadre strictement "documentaire"


La construction du référentiel

Processus de constructionProcessus de construction

Elaboration du cadre général Elaboration du cadre théorique

Inventaire des termes• Maladies par espèces animales• Agent(s) pathogènes (s)

Enrichissement• Notes• Notes• Réglementation• Type de maladie

V lid ti Validation • Validation scientifique• Terme principal retenu

Cadre théoriqueCadre théorique

è lEspèce animale

Maladie Agent(s) pathogène(s) Type de maladie

1 terme retenu

Zoonose ?

1 terme retenu

Synonyme ou abréviation, terme

vernaculaire…

Note complémentaire

Statut réglementaire

Inventaire des termesInventaire des termes

Ressources utilisées

Connaissances académiques : ouvrages et traités de pathologie q g p ganimale

Liste des maladies animales réglementées :Liste des maladies animales réglementées : Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE)Maladies à Déclaration Obligatoires (MDO)Maladies Réputées Contagieuses (MRC)

Taxonomies et nomenclaturesexemple : J. Euzeby – Dictionnaire de bactériologie vétérinaire

Recherche complémentaires sur internet à l'aide des moteurs de


recherche

ValidationValidation

Validation scientifique par des experts vétérinaires du

département SA• Vérification de l'information

• Choix du terme retenu

• Notes complémentaires

• …


Fichier de travailFichier de travail

Exemple

Tularémie Francisella tularensis Bactérie

Lapin

Tularémie Francisella tularensis Bactérie

Fièvre du lièvreMaladie de Francis

Fièvre de la mouche du cerf

Zoonose : ouiFièvre de Ohara, Yato-Byo

Fièvre de la vallée de Pahvant …

Note complémentaire :Forme clinique rare chez le

lapin (Oryctolagus cuniculus), mais plus fréquente chez le lièvre (Lepus europeaus ou

ti id )


timidus)

Maladie notifiable à l'OIEMaladie à déclaration obligatoire

En back-officeEn back office

Une fois constituéUne fois constitué, par la somme des connaissance agrégées,

le référentiel "maladies animales" constitue en soiconstitue en soi

une base de connaissances unique

Maladies des bovins : 82

Maladies des caprins : 102Maladies des caprins : 102

Maladie des équins : 46

Maladie des lapins : 46Maladie des lapins : 46

Maladie des ovins : 102

Maladie des poissons : 102p

Maladie des porcins : 80

Maladie des volailles: 78


Une maladie du référentielUne maladie du référentiel

Les différents usages du référentielg

Du référentiel au portailDu référentiel au portail

Référentiel PortailUsage

Espèce animale Sélection d'informations

Maladie

A t th è

Ressourcesd informations

Agent pathogène

Type de maladieActeurs

IndexationMétadonnées

complémentaires


Zoonose

Acteurs

Navigation / rechercheZoonose

Base de connaissances Outil métier

LE CONTENU DU PORTAIL : RESSOURCES ET ACTEURS

Le référentiel pour la recherche des ressourcesLe référentiel pour la recherche des ressources

Structuration de la phase de rechercheLimiter le risque de dispersion et de non exhaustivité dû au nombre important de maladies (675 agents pathogènes et 412 maladies au 30 mars 2009)

Prioriser les maladies, et par conséquent la recherche de ressources, selon certains critères : zoonose, contagion, pertes économiques…

Support à l'élaboration des requêtes de recherche• Utilisation de toutes les formes d'un nom de maladie


• Recherche par agent pathogène si nécessaire

Sélection des ressourcesSélection des ressources

L itè tLes critères retenus :

• Informations en français

• Accessible pour un public non scientifique mais averti (professionnels de l'élevage, vétérinaires)

Q lité d l'i f ti ( t ( ) id tifié( ) édibilité d it• Qualité de l'information (auteur(s) identifié(s), crédibilité du site, date de l'information…)

• Informations non commercialesInformations non commerciales

• …


Recherche et sélection des acteursRecherche et sélection des acteurs

Recherche à partir :• Des sites publics (ministère de l'agriculture, organismes de

recherche…)

• Sites professionnels

• D t d h h é i li é t é é li t• Des moteurs de recherche spécialisés et généralistes

• …

Sélection selon les critères suivants :• Rôle majeur en santé animale et santé publique vétérinairej p q

• Spécialisation

• Compétences


• …

INDEXATION

L'indexation des ressourcesL indexation des ressources

Référentiel Aide à l'indexation • Proposition d'une liste contrôlée de termes "maladies" ou "agents

pathogènes"p g

Autres meta-données • Espèce animale• Espèce animale• Mots-clés• Description

Liens possibles entre ressources et avec des entités


Ressources : Back-officeRessources : Back office

Gestion contrôlée des maladies et des agents pathogènes grâce au

référentiel


Indexation d'un acteurIndexation d un acteur

Back-office du portail CeriSA

Gé é à l' id dGéré à l'aide du référentiel

Un acteur en front-officeUn acteur en front office

Caractérisé par les attributs suivants

Libellé

Type d'entité

Domaine de compétence

Mission-description

Spécialité(s) : maladie, agent pathogène, espèce

Mots-clés

Coordonnées

RECHERCHE ET NAVIGATION DANS LE PORTAIL

Les fonctionnalitésd h h t d i ti d l t ilde recherche et de navigation dans le portail

Accès directe, plus simple aux informations grâce au référentiel : • Recherche par maladie et espèce animale (Maladies de A à Z)

• Gestion des synonymes, des acronymes…

• Navigation croisée au sein des ressources et des acteurs

Autres possibilités offertes par des technologies comme AJAX,

Google map… :• Géolocalisation

A t léti ( é lt t é f ti d l h î d• Auto-complétion (résultats proposés en fonction de la chaîne de caractère saisie par l'utilisateur)

• …


…

Espèce animale

Par moteur de recherche interne

MenusEspèce animale

Maladie ou agent pathogène

Maladies réglementées

Par acteur

Par géolocalisationPar géolocalisation


Les maladies de A à ZLes maladies de A à Z

Possibilités de recherche et de navigation plus performantes grâce à la création d'un index des maladies

Navigation au sein des ressourcesNavigation au sein des ressources

Navigation croisée au sein des ressources viaNavigation croisée au sein des ressources via les maladies, les agents pathogènes et les

mots clés

Pour conclure

Les apports du référentielLes apports du référentiel

Le référentiel "maladies animales" : un outil structurant pour la

construction du portail CeriSA

Sert les autres projets du département SA :p j p• Visa – veille industrielle

• Amélioration de l'indexation de VeliSA

Un outil "métier" utilisable pour de nombreux projetsp p j


En perspective…En perspective…

Du référentiel terminologique à l'ontologie, un (petit) pas à

franchir relations entre les termes, écriture XML (RDF…)

• Autonomie de l'outil

• Maintenance plus efficace du référentiel

• Echange et partage des métadonnées

• …


MERCI DE VOTRE ATTENTION

veille stratégique : le référentiel terminologique "maladies animales"

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