apiclass formation aux analyses morphométriques sées 11 janvier 2014

Apiclass

Formation aux analyses morphométriques

Sées11 janvier 2014

Sommaire1. Présentation 1.1 Apiclass 1.2 Méthode 1.3 Matériel2. Installations

2.1 Scanner à diapositive2.2 Compte Apiclass

3. Echantillons4. Préparation des ailes5. Numérisation

5.1 Dossier d’enregistrement5.2 Réglages de SylverFast5.3 Numérisation5.4 Enregistrement

6. Exploitation des ailes6.1 Connexion6.2 Analyse

7. Interprétation des résultats7.1 Présentation des résultats7.2 Document d’exploitation7.3. Analyse des résultats

ConclusionSources

2.1 Scanner à diapositive

• Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

• Deux scanners Plustek à la section abeille noire

• Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :– OpticFilm Series– SilverFast

1. Présentation

1.1 Apiclass

• Système en ligne d’identification morphométrique des ailes d’abeilles pour en connaitre la sous-espèce.

• Mise en place par le Muséum National d’Histoire Naturelle.

• Basé sur 5000 ailes d’ouvrières dont l’appartenance aux sous-espèces a été identifiée par analyse génétique.

• L’analyse est réalisée par le logiciel ce qui supprime l’effet opérateur.

• Système évolutif et accessible gratuitement à tous.

1. Présentation

1. Présentation

1.2 Méthode

• 4 étapes :

– Echantillonnage.– Montage des ailes entre lame et lamelles.– Numérisation des ailes à l’aide d’un scanner à

diapositive.– Analyse des ailes sur le site Apiclass.

1. Présentation1.3 MatérielEchantillonage Préparation des

ailesNumérisation Analyse

-1 pot par colonie à analyser-Congélateur ou alcool

-Lames-Lamelles-Ciseaux (coupe ongles) ou lame de rasoir-Pince à épiler -Pinceau fin (type pinceau de greffage)-Eau déminéralisée (pour fer à repasser)-Mouillant (liquide vaisselle)-Chiffon non pelucheux

-Scanner à diapositive et logiciels d’exploitation-Ordinateur

-Site Apiclass sur internet

2.1 Scanner à diapositive

• Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

• Deux scanners Plustek à la section abeille noire

• Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :– OpticFilm Series– SilverFast

2. Installations

2.1 Scanner à diapositive

• Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

• Deux scanners Plustek à la section abeille noire

• Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :– OpticFilm Series– SilverFast

2. Installations

OpticFilm Series

• Fonction : Installer le scanner sur l’ordinateur

• Guide d’installation sur le CD :Plustek OF7400

FrenchFichier pdf « Scanner »

2. Installations

SilverFast

• Fonction : Logiciel permettant de traiter les photos numérisées par le scanner

• Introduire le CD SilverFast et suivre les instructions pour l’installation

• Une fois le logiciel installé, plus besoin du CD pour utiliser SilverFast

2. Installations

2.2 Compte Apiclass

• Fonction : Analyser les ailes à partir des photos numérisées par le scanner

• Créer un compte sur le site Apiclass :http://apiclass.mnhn.fr/index.php?

option=com_user&view=register&lang=fr

2. Installations

2.1 Scanner à diapositive

• Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

• Deux scanners Plustek à la section abeille noire

• Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :– OpticFilm Series– SilverFast

3. Echantillons

• Prélever une cinquantaine d’abeilles à l’aide d’un pots de miel vide par exemple.– Au niveau du couvain, en « raclant » le cadre de haut en

bas– A l’automne de préférence, hors miellé (sinon il y a de la

dérive, et donc des abeilles issues de colonies différentes)

• Congélation de l’échantillon

NB: le risque de dérive est plus important dans les ruchers où les ruches sont alignées et orientées dans la même direction.

3. Echantillons

2.1 Scanner à diapositive

• Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

• Deux scanners Plustek à la section abeille noire

• Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :– OpticFilm Series– SilverFast

4. Préparation des ailes

4. Préparation des ailes

• Couper l’aile antérieure droite à sa base. Veiller à ne garder que l’aile antérieure, car l’aile postérieure y est souvent attachée.

4. Préparation des ailes

• Tremper les ailes dans de l’eau déminéralisée ou distillée à laquelle on aura ajouté quelques gouttes d’agent mouillant (liquide vaisselle).

• Sur une lame pour préparation microscopique, déposer une grosse goutte d’eau à l’aide d’un pinceau avant d’y déposer l’aile, section coupée à gauche.

• Déposer une goutte d’eau sur une lamelle, la retourner, et la poser à plat sur l’aile, de sorte que l’eau recouvre l’aile.

4. Préparation des ailes

• Si l’espace entre lame et lamelle n’est pas entièrement imbibé d’eau, en rajouter au bord de la lamelle à l’aide du pinceau.

2.1 Scanner à diapositive

• Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

• Deux scanners Plustek à la section abeille noire

• Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :– OpticFilm Series– SilverFast

5. Numérisation

5.1 Dossier d’enregistrement

• Créer dans vos documents un dossier Apiclass.

• Dans ce dossier créer un nouveau dossier, le nommer au nom de la colonie que vous analysez. Ex: colonie1

5. Numérisation

5.2 Réglage de SilverFast

– Brancher le Scanner au port USB de votre ordinateur ainsi qu’à une prise électrique.

– Ouvrir Silverfast

– Cliquer sur « Ajustement de la gradation » : Une fenêtre s’ouvre : Cliquer sur RAZ puis sur OK

– Cliquer sur « Filtre » puis choisir auto-accentuation

– Taper 4000 devant l’icône

5. Numérisation

5.2 Réglage de SilverFast

– Cliquer sur « Options » : Une fenêtre s’ouvre : Taper 1.00 dans « Gamma » puis cliquer sur appliquer et OK.

5. Numérisation

5.3 Numérisation

• Placer les préparations d’ailes sur le porte diapositives et l’introduire dans le scanner.

• Cliquer sur « Prévisu »

5. Numérisation

5.3 Numérisation

• La photo du montage de l’aile s’affiche.

• Ajuster la taille du cadre rouge afin qu’il encadre au mieux l’aile. C’est ce cadre qui délimitera la photo.

5. Numérisation

5.3 Numérisation

• Une fois l’ajustement du cadre réalisé, cliquez sur « Numérisation »

5. Numérisation

5.4 Enregistrement

• Il vous est demandé où enregistrer la photo de l’aile. Choisir ce dossier et nommer la photo L suivie du numéro de l’aile analysée, sans espace entre les deux. Enregistrer la photo en type JPG.

5. Numérisation

NB : le nom du fichier peut empêcher l’analyse sur Apiclass, il ne doit pas comporter d’espace ou de caractères spéciaux.

2.1 Scanner à diapositive

• Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

• Deux scanners Plustek à la section abeille noire

• Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :– OpticFilm Series– SilverFast

6. Exploitation des ailes

6.1 Connexion au site Apiclass – http://apiclass.mnhn.fr/

• Connexion : identifiants et mot de passe

6. Exploitation des ailes

• Pour commencer l’analyse, aller sur : « Identification »Puis cliquer sur « commencer »

6.2 Analyses

• Une nouvelles page s’ouvre

– Cocher « Scanner Diapo »

– Cliquer sur Parcourir et ouvrir une photo d’aile enregistrée dans votre dossier

– Cliquer sur envoyer le fichier

6. Exploitation des ailes

6.2 Analyses• La photo de votre aile s’affiche– Cliquer sur le point A– Cliquer sur le point B– Cliquer sur le point C (le bas de l’aile)

6. Exploitation des ailes

A

C

B

6.2 Analyses• Apiclass pointe automatiquement tous les repères

• Valider les mesures uniquement si les 19 points sont bien placés.

6. Exploitation des ailes

2.1 Scanner à diapositive

• Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

• Deux scanners Plustek à la section abeille noire

• Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :– OpticFilm Series– SilverFast

7. Interprétation des résultats

7.1 Présentation des résultats• Probabilité d’appartenance à une sous-espèce d’un

individu

7. Interprétation des résultats

7.2 Document d’exploitation

• Rentrer les résultats sur un tableur (Excel)

• Dans la colonne résultat, taper 1 si la colonie a le plus probabilité d’être de sous-espèce mellifera.

• Taper 0 si elle la le plus de probabilité d’appartenir à une autre sous-espèce.

7. Interprétation des résultats

7.3 Analyse de la colonie

• Dans la colonne résultat, écrire dans la case sous votre dernière analyse :« =MOYENNE », cliquer sur la proposition MOYENNE et sélectionner

les résultats de toute la colonne pour la colonie en question.

• Faire l’opération pour chaque colonie.• Ce pourcentage représente le degré de métissage d’une

colonie.• Les colonies obtenant les moyennes les plus faibles sont à

proscrire pour la multiplication.

7. Interprétation des résultats

7.3 Analyse de la colonie

• Si vous voulez baser votre sélection sur l’appartenance à la sous-espèce mellifera, privilégiez les colonies obtenant les moyennes les plus hautes.

• En cas d’égalité, faire la moyenne pour la « Affectation, Mellifera » et choisissez les colonies ayant le plus fort taux moyen de probabilité d’appartenance à la sous-espèce mellifera.

7. Interprétation des résultats

2.1 Scanner à diapositive

• Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

• Deux scanners Plustek à la section abeille noire

• Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :– OpticFilm Series– SilverFast

Conclusion

• Système performant et accessible à tous.

• Deux point clefs :– Informatique– Préparation des ailes

• N’hésitez pas à me contacter en cas de besoinalex.pelletier.72@gmail.com

Conclusion

Sources

http://apiclass.mnhn.fr/

Rubrique documentation

Sources

Merci de votre attention