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30 avril 2009 1
Introduction aux outils de gestion de références
bibliographiques
Stage URFIST de Bordeaux
30 avril 2009
Marie-Laure Malingre - URFIST de Rennes
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Introduction / Outils de gestion bibliographique
Plan
1 - Contexte d’utilisation 2 - Définition et applications 3 - Panorama général 4 – Présentation de quelques outils
et méthodologie
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Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte
A la base de toute recherche : Le travail de citation
Confrontation aux énoncés et travaux précédents, concernant le même sujet de recherche ou des sujets connexes crédibilité scientifique
Réseau de citations intégrées dans la publication citations dans le texte notes de bas de page bibliographie
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Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte
Les principales étapes Recherche documentaire et exploration
de la littérature scientifique sur le sujet de recherche Bases de données Recherche dans le web
Récupération et stockage de références bibliographiques Constitution d’un corpus de références Identification et description précises des
documents référencés
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Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte
Les principales étapes (suite) : Exploitation des références
Citations dans le texte de la thèse et notes de bas de page
Élaboration de la bibliographie Réutilisation des références pour d’autres travaux
: communications à des congrès, articles de revues spécialisées …
Mise en forme des références En conformité avec des normes d’écriture et de
présentation
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Outils de gestion bibliographique
1 - Contexte
Les normes :
Normes ISO / AFNOR Norme ISO 690 (Norme AFNOR NF Z 44-
005 de 1987 pour les publications imprimées, livres et publications en série, leurs parties composantes et les brevets)
Norme 690-2 (Norme AFNOR Z 44-005-2) de 1998, pour les documents électroniques
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Outils de gestion bibliographique
1 - Contexte Les normes :
Protocoles spécifiques Style Harvard en Sciences exactes Recommandations de Vancouver en
Médecine / Pharmacie Protocole APA (American Psychological
Association) Protocole MLA (Modern Language Association of
America)
Pratiques mises en œuvre par les universitaires et les étudiants dans leurs travaux
Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Qu’est-ce qu’un logiciel de gestion de références bibliographiques (LGR) ? Un outil spécialisé qui permet principalement :
de stocker des références issues d'une recherche documentaire (par saisie manuelle ou import automatisé)
d'organiser et de gérer ces références dans une base de données
de formater les références selon un style donné
de générer automatiquement dans une publication scientifique les citations et la bibliographie ainsi formatées.
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Typologies des LGR :
Libres ou propriétaires Gratuits ou commerciaux En ligne ou à installer en local Outils individuels ou de partage Outils à forte intégration web ou outils à
orientation plus bibliographique Outils professionnels ou plus basiques
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Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications
Atouts des LGR Pour le stockage et la gestion des références :
facilités d’exploitation de gros corpus de références par la structuration en base de données
Pour la publication : récupération des références lors de l’écriture d’un texte formatage automatique des références selon les normes
d’écriture en vigueur saisie unique des données et choix d’un format d’édition
Pour le suivi de la recherche documentaire : liens entre la recherche documentaire et la base personnelle
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique :
« Grilles de saisie » regroupant dans des zones
différenciées = champs, les éléments nécessaires à la description des documents cités description bibliographique mots clés sujet éventuellement notes de
lecture Exemple d’une grille JabRef
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :
Modules de récupération de références depuis des bases de données
Filtres Fichiers de connexion
Exemple des filtres Refworks
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :
Gestion interne de la base Recherche dans la
base Tri des références Modification des
références …
Exemple de recherche EndNote
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :
Modèles d’édition des références conformes aux normes de publication
Styles
Exemple des styles Zotero
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :
Éléments complémentaires Gestion d’objets (images, graphiques, tableaux) Passerelles vers les traitements de texte Outils de partage des référence Aides à la saisie Lien vers le texte intégral Possibilités d’annotation, de notes de lecture Fonctionnalités d’export de la base de
références …
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications En résumé, pourquoi se servir d’un
logiciel bibliographique ?
Pour récupérer des références directement des bases de données bibliographiques vers sa base de travail
Pour retrouver directement à partir des références stockées le texte intégral du document
Pour conserver et utiliser les références trouvées
Pour gérer de nombreuses références
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Pour ajouter des notes personnelles à ses références
Pour présenter ses références suivant des normes, des standards ou les « notes aux auteurs » données par les revues
Pour insérer ses références dans un traitement de texte, sous forme de :
Citation dans le texte Note de bas de page Bibliographie
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Pour exporter des références ou des listes bibliographiques suivant le type de document à diffuser (y compris dans le Web)
Pour gagner du temps …
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Outils de gestion bibliographique
3 – Panorama des outils
Un grand nombre de produits
Développement permanent de nouveaux logiciels
Evolution et multiplication des fonctions
Des outils multi-plateformes ou non
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Outils de gestion bibliographique
3 – Panorama des outils
Evolution générale : A l’origine, limités à la gestion de références
saisies manuellement Saisie, Recherche, Tri
Ensuite, multiplication des fonctions : Lien avec la recherche documentaire dans les bases de
données scientifiques Formatage des références bibliographiques
sélectionnées Proposition de formats d’édition prédéfinis conformes aux
normes d’écriture des revues scientifiques Edition de citations et de bibliographies Interface directe avec les logiciels de traitement de
texte Orientation web
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Outils de gestion bibliographique
3 – Panorama des outils
Quelques logiciels professionnels (commerciaux) connus et utilisés : EndNote EndNote Web (en ligne) ProCite Reference Manager
RefWorks
édités par Thomson Reuters + WriteNotehttp://thomsonreuters.com/products_services/scientific/ResearchSoft/
Logiciel en lignehttp://www.refworks.com
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Outils de gestion bibliographique
3 – Panorama des outils
Il existe un grand nombre d’autres logiciels bibliographiques
Voir par exemple la liste proposée par Jean-Pierre Lardy (URFIST de Lyon, http://urfist.univ-lyon1.fr/ > Rubrique Ressources pédagogiques): Les logiciels personnels de gestion documen
taire
Quelques exemples de logiciels gratuits à télécharger ou à utiliser en ligne Voir diapo suivante
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Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils
Outils gratuits (références et / ou signets web)
En ligne BibMe BibsonomyCiteUlikeConnoteaHotReference Wikindx (serveur local)WizFolio (version de base)
En local BibusJabRefZotero
Quelques logiciels de bibliographie personnelle
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Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils
Critères de comparaison et de choix proposés par Sandrine Royer-Devaux de l’Institut Pasteur : Formats de références disponibles (et possibilité d’en créer de
nouveaux)
Possibilité de générer une liste de références à partir d’un traitement de texte
Formats d’éditions fournis (et possibilité d’en créer de nouveaux)
Possibilité d’importer depuis différentes sources bibliographiques
Capacité de la base
Outils de recherche et de tri dans les bibliothèques de références
Options
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Outils de gestion bibliographique
3 – Panorama des outils Evaluations comparatives
« Comparison of reference management software » sur Wikipedia
http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software
L’évaluation comparative de Francesco Dell’Orso : http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/index.html
La page de ressources de Fourmi (URFIST de Paris) sur les logiciels de gestion de références bibliographiques http://www.ext.upmc.fr/urfist/fourmi/fourmibiblio.htm
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Gérer ses références avec : Zotero Bibus CiteUlike
Quelques autres outils Plateformes en ligne
Connotea Outils en local
JabRef, EndNote
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Zotero
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Zotero
Depuis octobre 2006 Andrew W. Mellon Foundation Center for
History and New Media George Mason University
Extension du navigateur Firefox (à partir de la version 2.0)
Logiciel libre et gratuit, à télecharger à partir du site http://www.zotero.org
Projet de serveur Zotero (outil en ligne)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Principales fonctionnalités de Zotero Récupération de données et constitution
de la base personnelle Références multiples / Référence par référence Intégration dans les « collections » de la
bibliothèque personnelle Liste de sites compatibles (ScienceDirect, SUDOC,
Google Scholar, PubMed …) > voir sur la page http://www.zotero.org/index.php/translators
Capture de documents web (avec métadonnées) et lien au fichier web
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Saisie manuelle de références
Gestion de la base personnelle Modification de références Recherche dans la base Tri des notices Ajout de notes de lecture Ajout de tags (marqueurs) Export de la bibliothèque de références Lien de deux notices
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Création d’une bibliographie À partir d’une collection donnée Formatage dans une style donné (16 styles +
page Repository pour les styles : http://www.zotero.org/styles )
Passerelle avec les traitements de texte
Avec Word et Open Office Choix d’un style Insertion de citations Création d’une bibliographie
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Installation de Zotero A partir de la page http://www.zotero.org Avec Mozilla Firefox, version 2 ou 3 Installation complémentaire du module d’interfaçage
avec le traitement de texte (Word et Open Office) Redémarrer Firefox Icône Zotero en bas à droite de l’écran (réduire ou
développer) + Menu Outils > Zotero
Activation / désactivation de Zotero : Menu « Outils > Modules complémentaires » de Firefox
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
L’interface de Zotero : en 3 panneaux
La bibliothèque et ses collections
La liste des références d’une collection donnée
Le détail de la référence sélectionnée
+ la barre d’action et le panneau des marqueurs
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Bibliothèque et ses
collections
Liste des signets / références
Une référence
Panneau des
marqueurs
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
La barre d’outils
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
La barre d’outils Créer une nouvelle collection (ou une sous-collection)
Montrer / cacher le sélecteur de marqueurs
Actions : Importer, exporter une bibliothèque, créer une chronologie, gérer les préférences …
Nouvel élément : créer un type de document et faire le lien vers le fichier de texte intégral
Créer un nouvel élément à partir de la page courante = à partir de la page ouverte dans le navigateur en utilisant les métadonnées du site; une capture d’écran est liée au site
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Enregistrer le lien vers la page courante = juste le lien vers le site sans donnée bibliographique
Capturer la page courante = ajouter une capture d’écran (page du site enregistrée sur l’ordinateur personnel)
Nouvelle note indépendante = ajoute une note indépendante d’un élément, ajoutée comme référence
Recherche avancée = recherche dans la base
Passage en mode plein écran
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
La référence : onglets
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
La référence Onglet Info = les différents éléments de la référence
Localiser : résolveur de lien Afficher … : la capture d’écran, le fichier, la page
Onglet Notes = possibilité d’ajouter une note liée à la référence bibliographique
Onglet Fichiers joints = possibilité de joindre un ou plusieurs fichiers à l’élément
Onglets Marqueurs = possibilité d’apposer des tags (mots clés libres) sur une référence
Onglet Connexe = possibilité de faire un lien entre deux éléments (référence, notes)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Gestion des collections de la bibliothèque
Créer une collection / des sous-collections
Nouvelle sous-collection
Renommer la collection Supprimer la collection Exporter la collection Classer les références
Clic droit
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Importer des références dans sa bibliothèque / sa collection
Sites « Zotero compatibles » : voir http://www.zotero.org/translators
Ex : ScienceDirect, Google Scholar et Books, PubMed, Amazon, Revues.org, Citeseer, Bases Ebsco Host, SUDOC …
Sites partiellement compatibles (ex : HAL)
Récupération de références multiples (en cliquant sur le dossier jaune
dans barre d’adresse)
référence par référence (en cliquant sur l’icône de document)
Source des images :
Maire - AgroParisTech-Engref, Montpellier
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Import de pages web
Création d’un élément à partir de la page web courante
Capture d’écran Lien vers page courante
Import de fichiers RDF, MODS, BibTex,
RIS, Refer/BibIx, Unqualified Dublin Core RDF
Choisir la collection adéquate
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Entrée manuelle de nouveaux éléments et modification des éléments importés
Modification des éléments
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Annoter ses collections de références Ajouter un tag
Afficher les tags et rechercher
par tag
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Créer une note indépendante
Créer une note liée à un élément
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Recherche dans la bibliothèque de références
Fenêtre de recherche avancée,
accessible par la barre
d’outils
Possibilité d’enregistre
r la recherche
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Créer une bibliographie
En utilisant le menu contextuelà partir de la collection souhaitée
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Formater sa bibliographie Utilisation des styles fournis par Zotero Voir http://www.zotero.org/styles
Enregistrement en format RTF ou HTML
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Citer dans un traitement de texte depuis Zotero Barre d’outils
Zotero dans Word
Editer une
référence
Insérer une référence
Créer la bibliographie
Editer la bibliograph
ie
Choisir / Modifier le style
Rafraîchir l’affichage
des références
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Un autre exemples : Bibushttp://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page
Spécificités :
Gratuit (GNU GENERAL PUBLIC LICENSE) MultiOS avec quelques spécificités et plusieurs
développements à venir Connexion avec MsWord et OOo Import/export avec format Endnote et Bibtex Orienté « Biomed » (connexion Pubmed et
EtBlast…)
(repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
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Pour télécharge Bibus : http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Pag
e
double cliquez sur l'icone "bibus" aprés le téléchargement ensuite plusieur fenêtre vont se succéder choisissez "français“ + suivant “j'accepte” + suivant + suivant installer si vous n'avez pas OpenOffice.org (OOo) un msg d'alerte
vous prévient (le plus simple, mais ce n'est pas une obligation, c'est peut-
être de télécharger ce TTX gratuit qui remplace très largement la suite de MS office : Word, excel, PPT, ...) http://fr.openoffice.org/
Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils
/méthodologie
Source : Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
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Démarrez Bibus (menu démarrer sous window > Bibus)
des msg d'erreur apparaissent : ("dtBib.getRoot : not such table : bibrefKey"s, ....) ; cliquez OK à chaque fois
Vous arrivez devant la fenêtre Bibus; allez dans le menu "Aide" puis > "première connexion“
cochez Word si vous avez word, OpenOffice.org (OOo) si vous l'avez, puis "Next“
"Next" si vous avez word (et si vous avez OOo "Activer", ensuite c'est indiqué)
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
“next" pour utiliser SQLite (les pros seront quoi faire avec MySql)
choissez le nom d'utilisateur (votre nom c'est le plus simple), puis "Next“
Donnez un nom à votre base (exemple : BASE_Votre_Nom, observer aussi le chemin d’accès) puis "ok“
maintenant vous devriez voir une liste dans la colonne de gauche ( Références, Marquées, Toutes, ...)
L'installation est vraiment terminée
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
30 avril 2009
Répertoire « Bibus » dans « Program Files »
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
2 fichiers à observer : Le fichier « base de données » (le nom que vous
avez donné à l’installation et si vous avez choisi cet emplacement)
Le fichier « bibus.config » … et aussi
Le désinstallateur : uninst.exe Tous les « fichiers et répertoires logiciel » Ce répertoire pourra servir aux raccourcis du
menu éditeur de ref
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
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Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils
/méthodologie
Insérer une référence à la main Menu Références > Nvelle références Fenêtre « éditeur de références »
Choix du type de doc Champ auteur :
Nom1, AB;Nom2, CDI;Nom3, XYZ Choix revues :
attention aux abréviationx … et à la saisie en générale
Editer une ref : double-click
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Chercher des références Dans la base « Bibus » Dans Pubmed
Le principe des tampons Online/import
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Classement des références
les ref (drag & drop)
Les différentes catégories existantes
Créer des sous catégories
Glisser /déposer
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Supprimer une référence « Fausse » suppression, dans les catégories
et sous-cat de « Références » (et « Marquées »)
Pas de suppression dans le(s) tampon(s) car « vidé(s) » à chaque nouvel import
Pas de suppression dans « Toutes » car multi-utilisateurs possibles
Vraie suppression (SQLite database browser et add-on FF: http://sqlitebrowser.sourceforge.net/development.htmlhttps://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/5817
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Import / Export Test avec, Science Direct, ProQuest, HAL
(CCSD), Google scholar … et d’autres bases ou d’autres sites (citeUlike, connotea)
Test via Zotero (utile pour grouper des ref avant export vers Bibus)
Echange de Fichier entre utilisateurs :Bibus<>Bibus, EndNote<>Bibus, … Export en HTML > lister une biblio
Bien regarder les formats import/export
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
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Préférences Edition > Préférences (cocher Pref Avancées) Changer l’affichage des références Gérer les styles d’impression Gérer les champs de recherche dans la base bibus Gérer le contrôle des doublons Gérer les champs de l’éditeur de références Gérer les Raccourcis de l’éditeur de références Déterminer un répertoire de stockage des doc pour gérer
les liens (champ URL dans Ed des Pref) Gérer la liaison avec la base (SQLite ou MySQL) Gérer la liaison avec OOo ou MS Word
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
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Les champs « Custom » Ajouter des types de doc
(BIBbase.NAME_TYPE['CUSTOM1'] = 'BREVET‘ ) Ajouter des champs à une ref
(BIBbase.NAME_FIELD['Custom1'] = 'OAIdentifier ) Soit à l’installation Soit en modifiant le fichier de config Fichier de config : C:\Program Files\bibus\bibus.config
Quelques bugs observés (pas changement de type de doc dans les Prefs, mais dans l’éditeur de Ref
ok) Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
30 avril 2009 64
Partage
2 (n) utilisateurs, une même base Fichier > Se connecter, puis choisir un
autre nom
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
30 avril 2009 65
Lien / traitement de texte
Choix à l’installation Pour changer après l’installation Edition > Préférences > Onglet « traitement de
texte » ( utiliser l’ascenseur latéral) Choisissez votre TTX Ouvrez votre TTX A partir du menu MsWord ou OOo Insérer une citation
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
30 avril 2009 66
Choix des styles Dépend de la communauté scientifique, des revues,
de l’éditeur, … Les styles répandus > menu « Styles » Liste de styles créer par d’autres utilisateurs
(« Charger »): http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Bibus_Styles , http://www-cbd.ups-tlse.fr/imagerie/tech/bibus/index.php
Créer son(ses) style(s)Attention à l’emplacement d’enregistrement
(valable pour suppression des styles après redémarrage)
> « nouveau », « Éditer »
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
30 avril 2009 67
Editer son style Penser à chaque type de doc Citations > dans le texte Bibliographie > fin de texte
Pour vérifier > liaison avec TTX
Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
30 avril 2009 68
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
CiteUlike
30 avril 2009 69
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils / méthodologie
CiteUlike http://www.citeulike.org/
créé en 2004 + développements ultérieurs Gestion de références en ligne gratuite (sur inscription) Sauvegarde, recherche, et partage de références d’articles / STM Fils RSS pour mettre en place une veille sur un thème ou un tag Accès possible aux 13 480 revues auxquelles CiteUlike est abonné
Voir : Bibliographie collaborative avec Wikindx et CiteUlike, par Carole Giansily
http://pistlr.lirmm.fr/IMG/pdf/Giansily-Wikindx-CiteUlike-23-11-07.pdf
30 avril 2009 70
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils / méthodologie
Intégration des références dans CiteUlike 3 modes d’intégration des références :
Intégration automatisée par la bookmarklet à intégrer dans le navigateur
Intégration automatisée à partir d’une liste de sommaires dans CiteUlike
Intégration manuelle Sources diverses :
Sites d’éditeurs commerciaux (ex: Elsevier, Springer) Agrégateurs (ex: Ingenta, JSTOR) Archives ouvertes (ex: ArXiv) Librairies (ex: Amazon)
Edition des références dans diverses normes :
Harvard, Nature, Elsevier…
30 avril 2009 71
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Connotea
30 avril 2009 72
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Connotea http://www.connotea.org/
Lancé en 2004 par la revue Nature (Nature Publishing Group)
Service en ligne gratuit Création, gestion, partage de sa bibliographie de
références en ligne gratuit / accès à l’ensemble des références partagées dans Connotea
Partage de signets dans le monde académique Annotation / Tags Extraction automatique de références bibliographiques Abonnement RSS aux listes des autres utilisateurs ou
tags spécifiques Export des références
30 avril 2009 73
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Import automatique de références possible depuis :
Nature.com PubMed PubMed Central Science PloS BioMed Central Supported EPrints repositories Supported Highwire Press
publications Blackwell Synergy
Import par filtres d’import
Wiley Interscience Scitation arXiv.org Smithsonian/NASA
Astrophysics Data System
Amazon HubMed D-Lib Magazine + autres sources
compatibles…
30 avril 2009 74
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
WizFolio Web 2.0
30 avril 2009 75
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
WizFolio Web 2.0 https://home.wizfolio.com/
Outil de gestion de références en ligne Version de base gratuite = 100 mb ou 200 références Toutes les fonctionnalités propres à un logiciel de gestion
de références bibliographiques Récupération de références à la volée (référence par
référence) Localisation du texte intégral (PDF) Intégration avec Word / Windows 68 styles bibliographiques Partage des références Intégration des références d’une biliographie depuis le
traitement de texte (exportable ensuite au format RIS)
30 avril 2009 76
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Autres exemples : JabRef Qu’est-ce que JabRef ?
Application écrite en Java, utilisant nativement le format Bibtex pour enregistrer ses données
Outil gratuit et OpenSource
Cf. Fiche technique du Cemagref : http://ist.cemagref.fr/tutoriaux_de_gestion_bibliogr
aphique_article363.html
30 avril 2009 77
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Principales fonctionnalités de JabRef Saisie des données dans les champs
existant dans BibTeX (Ajout possible des champs personnalisés, génération automatique des clés BibTeX, groupement des entrées, gestion partielle des autorités)
Fonctions de recherche Recherche par mots-clés Surlignage de certaines entrées Recherche par groupes / sous-groupes
30 avril 2009 78
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Imports de données dans JabRef : Dans les formats suivants : BibTeXML,
Biblioscape, Biomail, CSA, INSPEC, ISI, JStor (tabulations), Medline, Ovid, REPEC (New Economic Paper), RIS, Refer/EndNote, Scifinder, SilverPlatter, Sixpack
Bases : Web of Science (ISI), ScienceDirect et EconLit (RIS), CAB, Francis (SilverPlatter), EndNote (RIS)
+ recherche sur serveurs distants
30 avril 2009 79
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
JabRef : Gestion du lien vers le texte intégral depuis la référence (pdf, ps, url, doi)
Export : html, BibTeXML, Harvard RTF, EndNote… Citations : Liens vers éditeurs LaTeX
Automatisation de l’attribution d’une étiquette BibTeX de type AuteurDate (icône baguette magique)
Insertion de la référence à citer dans un fichier Latex par CTRL-K / CTRL-V {\citeToto2005}
Option « Push selection » to WinEdt (éditeur LateX)
30 avril 2009 80
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Créer une base de
références
Import de données
Fonctions d’export
JabRef
30 avril 2009 81
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Saisie manuelle
des données
JabRef
30 avril 2009 82
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Choix du type de référence
JabRef
30 avril 2009 83
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Saisie des données dans
les champs
JabRef
30 avril 2009 84
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
présence d’une image
référence
Pour voir une référence dans un style donné
Nombre de références affichées sur nombre total
Groupes de références
Le logiciel EndNote
30 avril 2009 85
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
EndNote
Outil commercial, professionnel Outil en local (+ un module Web lié au Web of
Science) Édité par Thomson ResearchSoft (ISI) Site http://www.endnote.com Fournisseur français : Ritme,
http://www.ritme.com
30 avril 2009 86
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Principales fonctionnalités d’EndNote Recherche documentaire et constitution
de la base : Connexion directe à des bases de données distantes Intégration automatique de références sous
EndNote à partir des interfaces de recherche de bases de données
Import des fichiers de résultats issus de bases de données via des filtres d’import
Récupération de bibliographies rédigées avec un traitement de texte
Récupération de bases élaborées sous d’autres logiciels bibliographiques
30 avril 2009 87
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
L’organisation et l’exploitation de la documentation personnelle : Gestion des fichiers de références bibliographiques
organisés au sein de bases de données, permettant : La saisie manuelle de références (aides à la saisie)
et l’intégration d’objets (tableaux, graphiques); l’import de références
Le lien au texte intégral La modification et la mise à jour des références La recherche dans les références Le formatage bibliographique des références L’export des données sous d’autres formats
30 avril 2009 88
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
La rédaction et la publication scientifiques : Interface directe avec le traitement de texte
Word permettant : de créer des citations dans le texte en cours de
rédaction de générer une bibliographie, soit à la suite de
l’article rédigé, soit indépendamment de tout texte (possibilité aussi de générer la liste des tableaux, etc.)
de choisir un format d’édition déterminé = style (correspondant aux normes de présentation bibliographique des revues scientifiques)
30 avril 2009 89
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Rappel de la démarche et des étapes 1/ Créer et alimenter une base de références
par saisie manuelle (aidée le cas échéant par des listes de termes)
par import de références à partir de banques de données
Export automatique et direct des résultats de recherche depuis la base de donnée (bouton « Export citations » ou analogues)
recherche dans une banque de données, sauvegarde des résultats et utilisation de filtres d’import
connexion directe depuis le logiciel bibliographique à une base distante et rapatriement des références
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
2/ Editer des références formatées en utilisant des styles spécifiques respectant les
normes et conventions d’écritures exigées Format de la référence bibliographique Format de la citation dans le texte Format de la note de bas de page
Application Intégrer, depuis la base de références, des
citations et générer la bibliographie dans un traitement de texte (Word, OpenOffice …)
Générer une bibliographie indépendante