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30 avril 2009 1 Introduction aux outils de gestion de références bibliographiques Stage URFIST de Bordeaux 30 avril 2009 Marie-Laure Malingre - URFIST de Rennes

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Introduction aux outils de gestion de références

bibliographiques 

Stage URFIST de Bordeaux

30 avril 2009

Marie-Laure Malingre - URFIST de Rennes

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Introduction / Outils de gestion bibliographique

Plan

1 - Contexte d’utilisation 2 - Définition et applications 3 - Panorama général 4 – Présentation de quelques outils

et méthodologie

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Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte

A la base de toute recherche : Le travail de citation

Confrontation aux énoncés et travaux précédents, concernant le même sujet de recherche ou des sujets connexes crédibilité scientifique

Réseau de citations intégrées dans la publication citations dans le texte notes de bas de page bibliographie

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Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte

Les principales étapes Recherche documentaire et exploration

de la littérature scientifique sur le sujet de recherche Bases de données Recherche dans le web

Récupération et stockage de références bibliographiques Constitution d’un corpus de références Identification et description précises des

documents référencés

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Outils de gestion bibliographique 1 - Contexte

Les principales étapes (suite) : Exploitation des références

Citations dans le texte de la thèse et notes de bas de page

Élaboration de la bibliographie Réutilisation des références pour d’autres travaux

: communications à des congrès, articles de revues spécialisées …

Mise en forme des références En conformité avec des normes d’écriture et de

présentation

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Outils de gestion bibliographique

1 - Contexte

Les normes :

Normes ISO / AFNOR Norme ISO 690 (Norme AFNOR NF Z 44-

005 de 1987 pour les publications imprimées, livres et publications en série, leurs parties composantes et les brevets)

Norme 690-2 (Norme AFNOR Z 44-005-2) de 1998, pour les documents électroniques

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Outils de gestion bibliographique

1 - Contexte Les normes :

Protocoles spécifiques Style Harvard en Sciences exactes Recommandations de Vancouver en

Médecine / Pharmacie Protocole APA (American Psychological

Association) Protocole MLA (Modern Language Association of

America)

Pratiques mises en œuvre par les universitaires et les étudiants dans leurs travaux

Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues

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Outils de gestion bibliographique

2 – Définition et applications

Qu’est-ce qu’un logiciel de gestion de références bibliographiques (LGR) ? Un outil spécialisé qui permet principalement :

de stocker des références issues d'une recherche documentaire (par saisie manuelle ou import automatisé)

d'organiser et de gérer ces références dans une base de données

de formater les références selon un style donné

de générer automatiquement dans une publication scientifique les citations et la bibliographie ainsi formatées.

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Outils de gestion bibliographique

2 – Définition et applications

Typologies des LGR :

Libres ou propriétaires Gratuits ou commerciaux En ligne ou à installer en local Outils individuels ou de partage Outils à forte intégration web ou outils à

orientation plus bibliographique Outils professionnels ou plus basiques

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Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications

Atouts des LGR Pour le stockage et la gestion des références :

facilités d’exploitation de gros corpus de références par la structuration en base de données

Pour la publication : récupération des références lors de l’écriture d’un texte formatage automatique des références selon les normes

d’écriture en vigueur saisie unique des données et choix d’un format d’édition

Pour le suivi de la recherche documentaire : liens entre la recherche documentaire et la base personnelle

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Outils de gestion bibliographique

2 – Définition et applications

Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique :

« Grilles de saisie » regroupant dans des zones

différenciées = champs, les éléments nécessaires à la description des documents cités description bibliographique mots clés sujet éventuellement notes de

lecture Exemple d’une grille JabRef

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Outils de gestion bibliographique

2 – Définition et applications

Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :

Modules de récupération de références depuis des bases de données

Filtres Fichiers de connexion

Exemple des filtres Refworks

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Outils de gestion bibliographique

2 – Définition et applications

Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :

Gestion interne de la base Recherche dans la

base Tri des références Modification des

références …

Exemple de recherche EndNote

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Outils de gestion bibliographique

2 – Définition et applications

Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :

Modèles d’édition des références conformes aux normes de publication

Styles

Exemple des styles Zotero

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Outils de gestion bibliographique

2 – Définition et applications

Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :

Éléments complémentaires Gestion d’objets (images, graphiques, tableaux) Passerelles vers les traitements de texte Outils de partage des référence Aides à la saisie Lien vers le texte intégral Possibilités d’annotation, de notes de lecture Fonctionnalités d’export de la base de

références …

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Outils de gestion bibliographique

2 – Définition et applications En résumé, pourquoi se servir d’un

logiciel bibliographique ?

Pour récupérer des références directement des bases de données bibliographiques vers sa base de travail

Pour retrouver directement à partir des références stockées le texte intégral du document

Pour conserver et utiliser les références trouvées

Pour gérer de nombreuses références

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Outils de gestion bibliographique

2 – Définition et applications

Pour ajouter des notes personnelles à ses références

Pour présenter ses références suivant des normes, des standards ou les « notes aux auteurs » données par les revues

Pour insérer ses références dans un traitement de texte, sous forme de :

Citation dans le texte Note de bas de page Bibliographie

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Outils de gestion bibliographique

2 – Définition et applications

Pour exporter des références ou des listes bibliographiques suivant le type de document à diffuser (y compris dans le Web)

Pour gagner du temps …

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Outils de gestion bibliographique

3 – Panorama des outils

Un grand nombre de produits

Développement permanent de nouveaux logiciels

Evolution et multiplication des fonctions

Des outils multi-plateformes ou non

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Outils de gestion bibliographique

3 – Panorama des outils

Evolution générale : A l’origine, limités à la gestion de références

saisies manuellement Saisie, Recherche, Tri

Ensuite, multiplication des fonctions : Lien avec la recherche documentaire dans les bases de

données scientifiques Formatage des références bibliographiques

sélectionnées Proposition de formats d’édition prédéfinis conformes aux

normes d’écriture des revues scientifiques Edition de citations et de bibliographies Interface directe avec les logiciels de traitement de

texte Orientation web

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Outils de gestion bibliographique

3 – Panorama des outils

Quelques logiciels professionnels (commerciaux) connus et utilisés : EndNote EndNote Web (en ligne) ProCite Reference Manager

RefWorks

édités par Thomson Reuters + WriteNotehttp://thomsonreuters.com/products_services/scientific/ResearchSoft/

Logiciel en lignehttp://www.refworks.com

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Outils de gestion bibliographique

3 – Panorama des outils

Il existe un grand nombre d’autres logiciels bibliographiques

Voir par exemple la liste proposée par Jean-Pierre Lardy (URFIST de Lyon, http://urfist.univ-lyon1.fr/ > Rubrique Ressources pédagogiques): Les logiciels personnels de gestion documen

taire

Quelques exemples de logiciels gratuits à télécharger ou à utiliser en ligne Voir diapo suivante

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Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils

Outils gratuits (références et / ou signets web)

En ligne BibMe BibsonomyCiteUlikeConnoteaHotReference Wikindx (serveur local)WizFolio (version de base)

En local BibusJabRefZotero

Quelques logiciels de bibliographie personnelle

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Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils

Critères de comparaison et de choix proposés par Sandrine Royer-Devaux de l’Institut Pasteur : Formats de références disponibles (et possibilité d’en créer de

nouveaux)

Possibilité de générer une liste de références à partir d’un traitement de texte

Formats d’éditions fournis (et possibilité d’en créer de nouveaux)

Possibilité d’importer depuis différentes sources bibliographiques

Capacité de la base

Outils de recherche et de tri dans les bibliothèques de références

Options

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Outils de gestion bibliographique

3 – Panorama des outils Evaluations comparatives

« Comparison of reference management software » sur Wikipedia

http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software

L’évaluation comparative de Francesco Dell’Orso : http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/index.html

La page de ressources de Fourmi (URFIST de Paris) sur les logiciels de gestion de références bibliographiques http://www.ext.upmc.fr/urfist/fourmi/fourmibiblio.htm

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Gérer ses références avec : Zotero Bibus CiteUlike

Quelques autres outils Plateformes en ligne

Connotea Outils en local

JabRef, EndNote

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Zotero

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Zotero

Depuis octobre 2006 Andrew W. Mellon Foundation Center for

History and New Media George Mason University

Extension du navigateur Firefox (à partir de la version 2.0)

Logiciel libre et gratuit, à télecharger à partir du site http://www.zotero.org

Projet de serveur Zotero (outil en ligne)

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Principales fonctionnalités de Zotero Récupération de données et constitution

de la base personnelle Références multiples / Référence par référence Intégration dans les « collections » de la

bibliothèque personnelle Liste de sites compatibles (ScienceDirect, SUDOC,

Google Scholar, PubMed …) > voir sur la page http://www.zotero.org/index.php/translators

Capture de documents web (avec métadonnées) et lien au fichier web

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Saisie manuelle de références

Gestion de la base personnelle Modification de références Recherche dans la base Tri des notices Ajout de notes de lecture Ajout de tags (marqueurs) Export de la bibliothèque de références Lien de deux notices

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Création d’une bibliographie À partir d’une collection donnée Formatage dans une style donné (16 styles +

page Repository pour les styles : http://www.zotero.org/styles )

Passerelle avec les traitements de texte

Avec Word et Open Office Choix d’un style Insertion de citations Création d’une bibliographie

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Installation de Zotero A partir de la page http://www.zotero.org Avec Mozilla Firefox, version 2 ou 3 Installation complémentaire du module d’interfaçage

avec le traitement de texte (Word et Open Office) Redémarrer Firefox Icône Zotero en bas à droite de l’écran (réduire ou

développer) + Menu Outils > Zotero

Activation / désactivation de Zotero : Menu « Outils > Modules complémentaires » de Firefox

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

L’interface de Zotero : en 3 panneaux

La bibliothèque et ses collections

La liste des références d’une collection donnée

Le détail de la référence sélectionnée

+ la barre d’action et le panneau des marqueurs

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Bibliothèque et ses

collections

Liste des signets / références

Une référence

Panneau des

marqueurs

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

La barre d’outils

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

La barre d’outils Créer une nouvelle collection (ou une sous-collection)

Montrer / cacher le sélecteur de marqueurs

Actions : Importer, exporter une bibliothèque, créer une chronologie, gérer les préférences …

Nouvel élément : créer un type de document et faire le lien vers le fichier de texte intégral

Créer un nouvel élément à partir de la page courante = à partir de la page ouverte dans le navigateur en utilisant les métadonnées du site; une capture d’écran est liée au site

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Enregistrer le lien vers la page courante = juste le lien vers le site sans donnée bibliographique

Capturer la page courante = ajouter une capture d’écran (page du site enregistrée sur l’ordinateur personnel)

Nouvelle note indépendante = ajoute une note indépendante d’un élément, ajoutée comme référence

Recherche avancée = recherche dans la base

Passage en mode plein écran

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

La référence : onglets

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

La référence Onglet Info = les différents éléments de la référence

Localiser : résolveur de lien Afficher … : la capture d’écran, le fichier, la page

Onglet Notes = possibilité d’ajouter une note liée à la référence bibliographique

Onglet Fichiers joints = possibilité de joindre un ou plusieurs fichiers à l’élément

Onglets Marqueurs = possibilité d’apposer des tags (mots clés libres) sur une référence

Onglet Connexe = possibilité de faire un lien entre deux éléments (référence, notes)

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Gestion des collections de la bibliothèque

Créer une collection / des sous-collections

Nouvelle sous-collection

Renommer la collection Supprimer la collection Exporter la collection Classer les références

Clic droit

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Importer des références dans sa bibliothèque / sa collection

Sites « Zotero compatibles » : voir http://www.zotero.org/translators

Ex : ScienceDirect, Google Scholar et Books, PubMed, Amazon, Revues.org, Citeseer, Bases Ebsco Host, SUDOC …

Sites partiellement compatibles (ex : HAL)

Récupération de références multiples (en cliquant sur le dossier jaune

dans barre d’adresse)

référence par référence (en cliquant sur l’icône de document)

Source des images :

Maire - AgroParisTech-Engref, Montpellier

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Import de pages web

Création d’un élément à partir de la page web courante

Capture d’écran Lien vers page courante

Import de fichiers RDF, MODS, BibTex,

RIS, Refer/BibIx, Unqualified Dublin Core RDF

Choisir la collection adéquate

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Entrée manuelle de nouveaux éléments et modification des éléments importés

Modification des éléments

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Annoter ses collections de références Ajouter un tag

Afficher les tags et rechercher

par tag

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Créer une note indépendante

Créer une note liée à un élément

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Recherche dans la bibliothèque de références

Fenêtre de recherche avancée,

accessible par la barre

d’outils

Possibilité d’enregistre

r la recherche

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Créer une bibliographie

En utilisant le menu contextuelà partir de la collection souhaitée

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Formater sa bibliographie Utilisation des styles fournis par Zotero Voir http://www.zotero.org/styles

Enregistrement en format RTF ou HTML

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Citer dans un traitement de texte depuis Zotero Barre d’outils

Zotero dans Word

Editer une

référence

Insérer une référence

Créer la bibliographie

Editer la bibliograph

ie

Choisir / Modifier le style

Rafraîchir l’affichage

des références

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Un autre exemples : Bibushttp://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page

Spécificités :

Gratuit (GNU GENERAL PUBLIC LICENSE) MultiOS avec quelques spécificités et plusieurs

développements à venir Connexion avec MsWord et OOo Import/export avec format Endnote et Bibtex Orienté « Biomed » (connexion Pubmed et

EtBlast…)

(repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

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30 avril 2009

Pour télécharge Bibus : http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Pag

e

double cliquez sur l'icone "bibus" aprés le téléchargement ensuite plusieur fenêtre vont se succéder choisissez "français“ + suivant “j'accepte” + suivant + suivant installer si vous n'avez pas OpenOffice.org (OOo) un msg d'alerte

vous prévient (le plus simple, mais ce n'est pas une obligation, c'est peut-

être de télécharger ce TTX gratuit qui remplace très largement la suite de MS office : Word, excel, PPT, ...) http://fr.openoffice.org/

Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils

/méthodologie

Source : Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

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Démarrez Bibus (menu démarrer sous window > Bibus)

des msg d'erreur apparaissent : ("dtBib.getRoot : not such table : bibrefKey"s, ....) ; cliquez OK à chaque fois

Vous arrivez devant la fenêtre Bibus; allez dans le menu "Aide" puis > "première connexion“

cochez Word si vous avez word, OpenOffice.org (OOo) si vous l'avez, puis "Next“

"Next" si vous avez word (et si vous avez OOo "Activer", ensuite c'est indiqué)

Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

“next" pour utiliser SQLite (les pros seront quoi faire avec MySql)

choissez le nom d'utilisateur (votre nom c'est le plus simple), puis "Next“

Donnez un nom à votre base (exemple : BASE_Votre_Nom, observer aussi le chemin d’accès) puis "ok“

maintenant vous devriez voir une liste dans la colonne de gauche ( Références, Marquées, Toutes, ...)

L'installation est vraiment terminée

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

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30 avril 2009

Répertoire « Bibus » dans « Program Files »

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

2 fichiers à observer : Le fichier « base de données » (le nom que vous

avez donné à l’installation et si vous avez choisi cet emplacement)

Le fichier « bibus.config » … et aussi

Le désinstallateur : uninst.exe Tous les « fichiers et répertoires logiciel » Ce répertoire pourra servir aux raccourcis du

menu éditeur de ref

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

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Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils

/méthodologie

Insérer une référence à la main Menu Références > Nvelle références Fenêtre « éditeur de références »

Choix du type de doc Champ auteur :

Nom1, AB;Nom2, CDI;Nom3, XYZ Choix revues :

attention aux abréviationx … et à la saisie en générale

Editer une ref : double-click

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Chercher des références Dans la base « Bibus » Dans Pubmed

Le principe des tampons Online/import

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Classement des références

les ref (drag & drop)

Les différentes catégories existantes

Créer des sous catégories

Glisser /déposer

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30 avril 2009 60

Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Supprimer une référence « Fausse » suppression, dans les catégories

et sous-cat de « Références » (et « Marquées »)

Pas de suppression dans le(s) tampon(s) car « vidé(s) » à chaque nouvel import

Pas de suppression dans « Toutes » car multi-utilisateurs possibles

Vraie suppression (SQLite database browser et add-on FF: http://sqlitebrowser.sourceforge.net/development.htmlhttps://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/5817

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Import / Export Test avec, Science Direct, ProQuest, HAL

(CCSD), Google scholar … et d’autres bases ou d’autres sites (citeUlike, connotea)

Test via Zotero (utile pour grouper des ref avant export vers Bibus)

Echange de Fichier entre utilisateurs :Bibus<>Bibus, EndNote<>Bibus, … Export en HTML > lister une biblio

Bien regarder les formats import/export

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

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Préférences Edition > Préférences (cocher Pref Avancées) Changer l’affichage des références Gérer les styles d’impression Gérer les champs de recherche dans la base bibus Gérer le contrôle des doublons Gérer les champs de l’éditeur de références Gérer les Raccourcis de l’éditeur de références Déterminer un répertoire de stockage des doc pour gérer

les liens (champ URL dans Ed des Pref) Gérer la liaison avec la base (SQLite ou MySQL) Gérer la liaison avec OOo ou MS Word

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

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Les champs « Custom » Ajouter des types de doc

(BIBbase.NAME_TYPE['CUSTOM1'] = 'BREVET‘ ) Ajouter des champs à une ref

(BIBbase.NAME_FIELD['Custom1'] = 'OAIdentifier ) Soit à l’installation Soit en modifiant le fichier de config Fichier de config : C:\Program Files\bibus\bibus.config

Quelques bugs observés (pas changement de type de doc dans les Prefs, mais dans l’éditeur de Ref

ok) Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

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Partage

2 (n) utilisateurs, une même base Fichier > Se connecter, puis choisir un

autre nom

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

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Lien / traitement de texte

Choix à l’installation Pour changer après l’installation Edition > Préférences > Onglet « traitement de

texte » ( utiliser l’ascenseur latéral) Choisissez votre TTX Ouvrez votre TTX A partir du menu MsWord ou OOo Insérer une citation

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

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Choix des styles Dépend de la communauté scientifique, des revues,

de l’éditeur, … Les styles répandus > menu « Styles » Liste de styles créer par d’autres utilisateurs

(« Charger »): http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Bibus_Styles , http://www-cbd.ups-tlse.fr/imagerie/tech/bibus/index.php

Créer son(ses) style(s)Attention à l’emplacement d’enregistrement

(valable pour suppression des styles après redémarrage)

> « nouveau », « Éditer »

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

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Editer son style Penser à chaque type de doc Citations > dans le texte Bibliographie > fin de texte

Pour vérifier > liaison avec TTX

Bibus (repris de G. Gallezot, URFIST de Nice)

Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

CiteUlike

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils / méthodologie

CiteUlike http://www.citeulike.org/

créé en 2004 + développements ultérieurs Gestion de références en ligne gratuite (sur inscription) Sauvegarde, recherche, et partage de références d’articles / STM Fils RSS pour mettre en place une veille sur un thème ou un tag Accès possible aux 13 480 revues auxquelles CiteUlike est abonné

Voir : Bibliographie collaborative avec Wikindx et CiteUlike, par Carole Giansily

http://pistlr.lirmm.fr/IMG/pdf/Giansily-Wikindx-CiteUlike-23-11-07.pdf

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils / méthodologie

Intégration des références dans CiteUlike 3 modes d’intégration des références :

Intégration automatisée par la bookmarklet à intégrer dans le navigateur

Intégration automatisée à partir d’une liste de sommaires dans CiteUlike

Intégration manuelle Sources diverses :

Sites d’éditeurs commerciaux (ex: Elsevier, Springer) Agrégateurs (ex: Ingenta, JSTOR) Archives ouvertes (ex: ArXiv) Librairies (ex: Amazon)

Edition des références dans diverses normes :

Harvard, Nature, Elsevier…

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Connotea

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Connotea http://www.connotea.org/

Lancé en 2004 par la revue Nature (Nature Publishing Group)

Service en ligne gratuit Création, gestion, partage de sa bibliographie de

références en ligne gratuit / accès à l’ensemble des références partagées dans Connotea

Partage de signets dans le monde académique Annotation / Tags Extraction automatique de références bibliographiques Abonnement RSS aux listes des autres utilisateurs ou

tags spécifiques Export des références

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Import automatique de références possible depuis :

Nature.com PubMed PubMed Central Science PloS BioMed Central Supported EPrints repositories Supported Highwire Press

publications Blackwell Synergy

Import par filtres d’import

Wiley Interscience Scitation arXiv.org Smithsonian/NASA

Astrophysics Data System

Amazon HubMed D-Lib Magazine + autres sources

compatibles…

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

WizFolio Web 2.0

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

WizFolio Web 2.0 https://home.wizfolio.com/

Outil de gestion de références en ligne Version de base gratuite = 100 mb ou 200 références Toutes les fonctionnalités propres à un logiciel de gestion

de références bibliographiques Récupération de références à la volée (référence par

référence) Localisation du texte intégral (PDF) Intégration avec Word / Windows 68 styles bibliographiques Partage des références Intégration des références d’une biliographie depuis le

traitement de texte (exportable ensuite au format RIS)

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Autres exemples : JabRef Qu’est-ce que JabRef ?

Application écrite en Java, utilisant nativement le format Bibtex pour enregistrer ses données

Outil gratuit et OpenSource

Cf. Fiche technique du Cemagref : http://ist.cemagref.fr/tutoriaux_de_gestion_bibliogr

aphique_article363.html

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Principales fonctionnalités de JabRef Saisie des données dans les champs

existant dans BibTeX (Ajout possible des champs personnalisés, génération automatique des clés BibTeX, groupement des entrées, gestion partielle des autorités)

Fonctions de recherche Recherche par mots-clés Surlignage de certaines entrées Recherche par groupes / sous-groupes

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Imports de données dans JabRef : Dans les formats suivants : BibTeXML,

Biblioscape, Biomail, CSA, INSPEC, ISI, JStor (tabulations), Medline, Ovid, REPEC (New Economic Paper), RIS, Refer/EndNote, Scifinder, SilverPlatter, Sixpack

Bases : Web of Science (ISI), ScienceDirect et EconLit (RIS), CAB, Francis (SilverPlatter), EndNote (RIS)

+ recherche sur serveurs distants

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

JabRef : Gestion du lien vers le texte intégral depuis la référence (pdf, ps, url, doi)

Export : html, BibTeXML, Harvard RTF, EndNote… Citations : Liens vers éditeurs LaTeX

Automatisation de l’attribution d’une étiquette BibTeX de type AuteurDate (icône baguette magique)

Insertion de la référence à citer dans un fichier Latex par CTRL-K / CTRL-V {\citeToto2005}

Option « Push selection » to WinEdt (éditeur LateX)

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Créer une base de

références

Import de données

Fonctions d’export

JabRef

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Saisie manuelle

des données

JabRef

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Choix du type de référence

JabRef

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Saisie des données dans

les champs

JabRef

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

présence d’une image

référence

Pour voir une référence dans un style donné

Nombre de références affichées sur nombre total

Groupes de références

Le logiciel EndNote

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

EndNote

Outil commercial, professionnel Outil en local (+ un module Web lié au Web of

Science) Édité par Thomson ResearchSoft (ISI) Site http://www.endnote.com Fournisseur français : Ritme,

http://www.ritme.com

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30 avril 2009 86

Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Principales fonctionnalités d’EndNote Recherche documentaire et constitution

de la base : Connexion directe à des bases de données distantes Intégration automatique de références sous

EndNote à partir des interfaces de recherche de bases de données

Import des fichiers de résultats issus de bases de données via des filtres d’import

Récupération de bibliographies rédigées avec un traitement de texte

Récupération de bases élaborées sous d’autres logiciels bibliographiques

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30 avril 2009 87

Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

L’organisation et l’exploitation de la documentation personnelle : Gestion des fichiers de références bibliographiques

organisés au sein de bases de données, permettant : La saisie manuelle de références (aides à la saisie)

et l’intégration d’objets (tableaux, graphiques); l’import de références

Le lien au texte intégral La modification et la mise à jour des références La recherche dans les références Le formatage bibliographique des références L’export des données sous d’autres formats

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30 avril 2009 88

Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

La rédaction et la publication scientifiques : Interface directe avec le traitement de texte

Word permettant : de créer des citations dans le texte en cours de

rédaction de générer une bibliographie, soit à la suite de

l’article rédigé, soit indépendamment de tout texte (possibilité aussi de générer la liste des tableaux, etc.)

de choisir un format d’édition déterminé = style (correspondant aux normes de présentation bibliographique des revues scientifiques)

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30 avril 2009 89

Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

Rappel de la démarche et des étapes 1/ Créer et alimenter une base de références

par saisie manuelle (aidée le cas échéant par des listes de termes)

par import de références à partir de banques de données

Export automatique et direct des résultats de recherche depuis la base de donnée (bouton « Export citations » ou analogues)

recherche dans une banque de données, sauvegarde des résultats et utilisation de filtres d’import

connexion directe depuis le logiciel bibliographique à une base distante et rapatriement des références

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Outils de gestion bibliographique

4 - Présentation de quelques outils /méthodologie

2/ Editer des références formatées en utilisant des styles spécifiques respectant les

normes et conventions d’écritures exigées Format de la référence bibliographique Format de la citation dans le texte Format de la note de bas de page

Application Intégrer, depuis la base de références, des

citations et générer la bibliographie dans un traitement de texte (Word, OpenOffice …)

Générer une bibliographie indépendante