1

Salmonelles

2Classification

Genre le plus complexe et le plus vaste de la famille des entérobactéries

2 espèces : 2 espèces : S. entericaS. enterica +++ +++ et S. bongori (rare)

Salmonella enterica : divisée en 6 sous-espèces

• Salmonella enterica subspecies entericaSalmonella enterica subspecies enterica

homme et animaux à sang chaud (> 99,5 % des souches pathogènes)

• Salmonella enterica subspecies salamae• Salmonella enterica subspecies arizonae• Salmonella enterica subspecies diarizonae• Salmonella enterica subspecies houtenae• Salmonella enterica subspecies indica

Dans chaque sous-espèce, différents sérovars (sérotypes) sur la Dans chaque sous-espèce, différents sérovars (sérotypes) sur la base des antigènes O, H et Vibase des antigènes O, H et Vi

3Nomenclature

Genre, espèce, sous espèce : toujours en italique Ex : Salmonella enterica subspecies enterica

Salmonella enterica subspecies arizonae Sérotype :

Jamais en italique Commence par une majuscule Ex : Salmonella enterica subsp. enterica sérotype Typhi

Salmonella enterica subspecies enterica seul groupe isolé chez l ’homme

=> la sous espèce et l ’espèce ne sont pas mentionnés

=> seul le sérotype est précisé

=> nomenclature usuelle : genre + sérotype

Ex : Salmonella Typhi

Salmonella Enteritidis

4

Les Salmonella enterica sont essentiellement des parasites du tube digestif de l ’homme et des animaux à sang chaud

Sérotypes strictement humains : • TyphiTyphi• Paratyphi A, B ou CParatyphi A, B ou C• Sendai Sendai

Sérotypes strictement animaux : • Abortus-Ovis : ovins• Gallinarum-Pullorum : volaille

Sérotypes ubiquistes : • Typhimurium +++Typhimurium +++• Hadar, Heidelberg, Saint-Paul, Virchow, Senftenberg : volaille (dinde,

poulet)• Enteritidis : œufsEnteritidis : œufs• Dublin : bovins

Habitat

5Sous-espèce enterica :

2 types de salmonelloses

Salmonelloses majeures

Salmonelloses mineures

6

Affections strictement humaines

fréquentes en zone tropicale Sérotypes :

• Typhi : cosmopolite mais pratiquement plus de cas autochtones• Paratyphi A : surtout répandu en Afrique• Paratyphi B : Europe• Paratyphi C : Extrême-Orient

Transmission :

• Directe au contact des malades ou des porteurs• Indirecte par ingestion d ’eau ou d ’aliments souillés par les selles de

sujets infectés (malades, convalescents ou porteurs chroniques)• Très peu de salmonelles suffisent pour => la maladie

Salmonelloses majeures

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Physiopathologie

• Passage à travers la barrière intestinalePassage à travers la barrière intestinale

• Colonisation des ganglions lymphatiques intestinauxColonisation des ganglions lymphatiques intestinaux

• Passage dans le sang par le canal thoracique : septicémie

• Possibilité de multiplication dans différents organes :

foie, vésicule biliaire

• Passage dans le colon => germes retrouvés dans les selles

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Symptomatologie des fièvres typhoïdes

Incubation : 5 à 30 jours (15 jours en moyenne)

Période d'invasion : • fièvre, céphalées, vertiges• constipation, puis diarrhée, vomissements, douleurs abdominales• hépatosplénomégalie inconstante

Période d'état : • Tuphos (état d ’obnubilation + phases de délire) inconstant• taches rosées lenticulaires (2-4 mm diamètre) inconstantes

Guérison en 3-4 semaines, mais fatigue résiduelle Rechutes fréquentes (8 à 30 jours après l’arrêt du traitement)

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Salmonelloses mineures

Affections fréquentes en zone tropicale

Sérotypes : très nombreux • Typhimurium• Enteritidis• Hadar, Heidelberg, Virchow, Dublin …

Transmission :

• Ingestion d ’eau ou d ’aliments contaminés• Aliments incriminés : produits contaminés (viandes, charcuterie,

laitages, œufs, volailles), fruits et légumes souillés• Infection souvent collective : repas préparés à l'avance, défaut

dans la conservation des aliments (chaîne du froid)• Il faut ingérer beaucoup de germes pour => maladie (106)

les plus fréquents

10Symptomatologie des salmonelloses mineures :

gastroentérite fébrile

Incubation : 12 à 36 h (après ingestion de l'aliment contaminé)

Fièvre, nausées, céphalées

diarrhée liquide glaireuse parfois sanglante,

douleurs abdominales violentes, vomissements douloureux et fréquents

Évolution favorable en quelques jours (1 à 7)

Certains sujets restent porteurs sains après la maladie (plusieurs mois)

11Symptomatologie des salmonelloses mineures :

formes extra-digestives

Plus rares, surtout chez le patient immunodéprimé

Circonstances favorisantes:

drépanocytose, déficit enzymatique des globules rouges

Formes cliniques : septicémies, infections urinaires, cholécystites, méningites, infections ostéo-articulaires, infections pulmonaires

12Diagnostic direct des salmonelloses

Prélèvements pour culture

1. Suspicion de fièvre typhoïde Hémoculture (au début de la maladie, lors des ascensions thermiques)

• Prélever au moins 10 ml de sang• 1ère semaine : + dans 90 % des cas• 3ème semaine : + dans 40 % des cas

Coproculture (négative au début, peut rester longtemps positive après la négativation de l'hémoculture)

2. Salmonelloses mineures Coproculture L'hémoculture reste négative (parfois positive chez le jeune enfant) Autres prélèvements : en fonction du contexte (pus, LCR…) Aliments

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Milieux d ’isolement

Dans un prélèvement théoriquement stérile (hémoculture) :

Milieu ordinaire

Dans les selles :

l'excrétion des germes peut être faible au cours des salmonelloses, et leur nombre est inférieur à celui des espèces commensales : Culture sur milieu sélectif contenant des inhibiteurs Utilisation d'un milieu liquide d'enrichissement

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Milieux sélectifs généralement utilisés :

• Hektoen : contient des sels biliaires, du lactose (si utilisation du

lactose, le milieu vire au jaune) et des indicateurs (mise en

évidence de la production de H2S)

Salmonella : colonies verdâtres (lactose -) à centre noir si H2S+

• Milieux chromogènes très spécifiques de Salmonella

(colonies roses, oxydase -)

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Milieux sélectifs généralement utilisés :

• Hektoen : contient des sels biliaires, du lactose (si utilisation du

lactose, le milieu vire au jaune) et des indicateurs (mise en

évidence de la production de H2S)

Salmonella : colonies verdâtres (lactose -) à centre noir si H2S+

• Milieux chromogènes très spécifiques de Salmonella

(colonies roses, oxydase -)

Milieux d'enrichissement

contiennent des antiseptiques sélectifs inhibant les autres bactéries

– Müller-Kauffmann (au tétrathionate de Na et vert brillant)

– Sélénite (au sélénite de sodium).

16SCHEMA D'ISOLEMENT D'UNE SALMONELLA PAR COPROCULTURE

Selle

1e jour

2e jour

3e jour

Isolement sur gélose sélective :Hektoen ou milieu chromogène

Bouillon d'enrichissement(Müller-Kauffmann)

Identification présomptive : - de 5 colonies suspectes sur Hektoen : uréase- ou d ’ 1 colonie rose sur milieu chromogène : oxydase

Si uréase - ou oxydase - : galerie API 20E

Isolement sur gélose sélective : Hektoen ou milieu chromogène

Si Salmonella : agglutination sur lame

Si une Salmonella n'est pas déjà isolée : étude des colonies suspectes.

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Caractères d'identification : API 20 E

Caractères des entérobactéries

Gaz en glucose (sauf Typhi)

Mobiles (sauf Gallinarum)

Lactose -

ONPG -

ODC + (sauf Typhi)

LDC + (sauf Paratyphi A, Choleraesuis)

Citrate de Simmons + (sauf Typhi, Paratyphi A) H2S + (sauf Parayphi A, Choleraesuis et Typhi) Uréase -, TDA-, gélatinase -

VP -

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Identification antigénique : étape indispensable

Basée sur la détermination, par agglutination sur lame, des antigènes O (LPS paroi), H (flagelle) et Vi (capsule).

il existe >1400 sérotypes pour Salmonella enterica subsp enterica

Le typage est effectué à partir d'une gélose ordinaire en pente (humidité utile pour un bon développement de l'antigène H).

Vérifier que la souche n ’est pas autoagglutinable en testant un peu de culture dans de l ’eau physiologique.

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Antigènes O Spécifique du lipopolysaccharide de paroi

Antigène H Portés par les flagelles contenant une protéine, la flagelline, qui

détermine le type antigénique Habituellement diphasiques : les salmonelles ont deux systèmes de

synthèse codant pour 2 flagellines différentes

Antigène Vi Polyoside capsulaire retrouvé que chez 3 sérotypes mais de façon

inconstante : Salmonella Typhi, Paratyphi C, et Dublin Salmonella Typhi est O-inagglutinable par la présence d'un antigène Vi.

=> devient O-agglutinables après chauffage à 100°C, qui fait passer l'antigène Vi dans le surnageant.

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Tableau de Kaufmann-White indique pour chaque sérovar les antigènes O, Vi et H A chaque sérovar correspond une formule antigénique

• ex. S. Virchow : 6,7 : r : 1,2 Les sérovars ayant des antigènes O communs forment un groupe

désigné A, B, C, D etc...ex. sérovars du groupe B tous ont l'antigène O4

sérovars du groupe D tous ont l'antigène O9

Méthode classique de sérotypage Utilisation des sérums polyvalents O, puis agglutination par les

sérums monovalents

En pratique, minimum de sérums à posséder au laboratoire : sérum anti-Vi (S. Typhi) sérums polyvalents anti-O 4,5 - O 6, 7, 8- O 9

(> 90 % des Salmonella en France) Sérums anti- Hi - Hb - Hd - HG (mélange) et Hr

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S. Paratyphi A

S. Paratyphi BS. WienS. SchwarzengrundS. DuisburgS. Saint-paulS. DerbyS. AgonaS. TyphimuriumS. BredeneyS. BrandenburgS.. HeidelbergS. Coeln

S. OhioS. IsangiS. LivingstoneS. BraenderupS. MontevideoS. ThompsonS. InfantisS. Virchow

Groupe A1, 2, 12

Groupe B1, 4, (5), 121, 4, 12, 271, 4, 12, 271, 4, 12, 271, 4, 121, 4, (5), 121, 4, 121, 4, (5), 121, 4, 12, 271, 4, 121, 4, (5), 124, 5, 12Groupe C1

6, 76, 76, 76, 76, 76, 76, 76, 7

Phase I

a

bbdd

e, hf, g

f, g, si

1, v1, v

ry

bdd

e, hgkrr

Phase II

1, 21, w1, 7

e, n, z151, 2

--

1, 21, 7

e, n, z151, 21, 2

1, w1, 51, w1, 2m,s1, 51, 51, 2

Antigène HAntigène OSérovar

22

S. ManhattanS. NewportS. LitchfieldS. BovismorbificansS. Hadar

S. PanamaS. TyphiS. EnteritidisS. DublinS. Gallinarum

S. AnatumS. MeleagridisS. SenftenbergS. LondonS. Give

S. Tel-el-kebirS. KedougouS. Worthington

Groupe C26, 86, 86, 86, 86, 8Groupe D1, 9, 129, 12, (Vi)1, 9, 121, 9, 12 (Vi)1, 9, 12Groupe E3, 103, 101, 3, 193, 103, 10Groupe G213, 231, 13, 231, 13, 23

Phase I

de, hI, vr

z10

1, vd

g, mg, p

-

e, he, h

g, s, t1, v1, v

diz

Phase II

1, 51, 21, 21, 5

e, n, x

1, 5----

1, 61, w

-1, 61, 7

e, n, z151, w1, w

Antigène HAntigène OSérovar

23Diagnostic indirect des salmonelloses

recherche des anticorps: sérodiagnostic de Widal et Félix Utile uniquement pour le diagnostic des fièvres typhoïdes et paratyphoïdes,

en particulier lorsque l'isolement de la bactérie n'est plus possible(malade vu tardivement ou antibiothérapie donnée "à l'aveugle")

Permet de rechercher dans le sérum les anticorps (agglutinines) correspondant aux antigènes O et H de Typhi et Paratyphi A, B, C

Nombreux causes d'erreurs : demander en parallèle une coproculture

et une hémoculture pour isolement du germe Méthode :

Utilisation de suspensions antigéniques:TO, TH, AO, AH, BO, BH, CO, CH Ce sont des bactéries tuées :

• soit par l'alcool (détruit les antigènes H)• soit par le formol (détruit les antigènes O)

Chaque suspension antigénique est mise en présence de dilutions croissantes du sérum du malade pour déterminer le titre en agglutinines

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Interprétation Sérodiagnostic négatif la première semaine

Apparition des anticorps anti-O vers le 8ème jour de la maladie

(titre : 1/800e à 1/1600)

Apparition des anticorps anti-H vers le 10ème-12ème jour de la

maladie (titre : 1/3200)

A la période d'état, il y a simultanément les agglutinines O et H

(titre plus élevé des anticorps anti-H).

Les anticorps anti-O disparaissent après la maladie (en 2-3 mois)

Les anticorps anti-H persistent plusieurs années après la maladie ou

après une vaccination anti-TAB

La présence seule d'anticorps anti-O témoigne d'une infection récente

25 Résultats faussement positifs

Anticorps anti-TO seuls : infection par une Salmonella ayant un antigène O commun avec Typhi, mais des antigènes H différents.

( Il s'agit le plus souvent de Enteritidis)

anticorps anti-BO seul : Typhimurium

BO ou TO : certaines souches de Yersinia pseudotuberculosis (communautés antigéniques)

Réaction faussement positives au cours du paludisme, typhus exanthématique, dysglobulinémies et infections diverses à entérobactéries

Résultats faussement négatifs Pendant la première semaine de la maladie

Traitement précoce par antibiotiques ou corticoïdes

Rares cas de typhoïdes sans élévation d'anticorps La sérologie est une orientation et non un diagnostic

26Prévention

Surveillance épidémique nationale : Institut de Veille Sanitaire, Centre National de Référence

Salmonella Typhi : déclaration obligatoire

Autres salmonelles : envoi au Centre National de Référence

Réduction de la dissémination : hygiène Distribution d'eau de qualité, tout à l'égout, traitement des eaux usées, contrôle

de qualité de l'alimentation, zones contrôlées pour les coquillages Détection des porteurs sains à l'embauche pour certaines professions (cuisines,

industries alimentaires) Précautions d'hygiène quand un cas se déclare (hôpital, crèche...)

Vaccination contre la fièvre typhoïde chez les militaires et personnels professionnellement exposés TYPHIM Vi : protection contre S. Typhi, peu de réactions secondaires

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Fièvres typhoïdes et paratyphoïdes Les souches isolées en France demeurent sensibles aux antibiotiques

(1 % de souches résistantes)

Antibiotiques de choix : bonne concentration dans les ganglions lymphatiques• fluoroquinolones (voie orale préférée), triméthoprime-sulfaméthoxazole

(Bactrim®), céphalosporines de 3ème génération ou ampicilline (bonne élimination biliaire)

Entérites et toxi-infections alimentaires Evolution favorable en qq jours, le traitement des salmonelloses est destiné à

réduire le risque de diffusion systémique bactérienne dans les cas suivants :• diarrhée profuse ou très fébrile• âge < 3 mois• âge > 65 ans• déficit immunitaire, drépanocytose, prothèse cardiovasculaire ou ostéo-articulaire

Chez l'immunocompétent, une prise unique de fluoroquinolone raccourcit la durée de la diarrhée (principe ATBthérapie chez le voyageur par exemple …)

Traitement