1. identitÉ du missionnaire nom...

Rapport de mission à Madagascar 07 au 25 avril 2010 D. Filloux, Cirad 1

_________________________________________________________________________________ 1. IDENTITÉ DU MISSIONNAIRE Nom Prénom : Filloux Denis Adresse : CIRAD-BIOS UMR BGPI TA A-54 / K Campus International de Baillarguet 34398 Montpellier Cedex 5 France Tél : +33 (0)4 99 62 48 29 Fax : +33 (0)4 99 62 48 48 E-mail : [email protected] Département : Bios UMR : BGPI (Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite) Discipline : Virologie Filière : Racines et tubercules, ignames Thématiques : Maladies émergentes, Sécurité alimentaire, Biodiversité _________________________________________________________________________________ 2. PAYS VISITÉ : Madagascar Date début : 07/04/2010 Date fin : 25/04/2010

_________________________________________________________________________________ 3. OBJET DE LA MISSION : Expertise : Collecte d'échantillons d'ignames pour études virologiques dans le cadre du projet

Corus 6020 "Valorisation de l'agrobiodiversité des ignames de Madagascar". Appui scientifique et technique : Formation d'un étudiant en thèse (Université

d'Antananarivo - Département Ecologie et Biologie Végétales). Cette mission à Madagascar s'inscrit dans le cadre de l'action "Inventaire et caractérisation des virus affectant les ignames cultivées de Madagascar" du projet Corus 6020 (Valorisation de l'agrobiodiversité des ignames de Madagascar) démarré en septembre 2007 (fin prévue : mars 2011). L'objectif global de l'action vise à caractériser les viroses présentes sur les ignames de parcelles paysannes et en évaluer la prévalence afin de proposer des méthodes de lutte adaptées et de prévenir leur diffusion. La présente mission avait essentiellement pour objet de collecter des échantillons (feuilles) d'ignames en vue de réaliser a posteriori des analyses virologiques en laboratoire au Cirad à Montpellier, de tester la faisabilité de tester la présence de virus au laboratoire de l'URP "Forêt et Biodiversité" d'Antananarivo, d'encadrer M.T. Rajaonah, étudiant en thèse, et de se concerter avec les partenaires malgaches de l'Université d'Antananarivo.

mailto:[email protected]


_________________________________________________________________________________ 4. ORGANISMES/PERSONNALITÉS RENCONTRÉS

Personne Fonction Organisme Adresse

François Monicat Directeur régional Madagascar et COI

Cirad Antananarivo [email protected]

Jean-Michel Leong Pock Tsy

Chercheur URP Forêts et Biodiversité


Pascal Danthu Responsable URP Forêts et Biodiversité


Jeannot Ramelison Agronome Fofifa Antananarivo

Hariliva Rasoanarivo Conseiller thématique Saha Antananarivo [email protected]

Mamy Tiana Rajaonah

Etudiant en thèse Université des Sciences d'Antananarivo

Antananarivo [email protected]

Victor Jeannoda Responsable du Département de Biochimie Fondamentale et Appliquée

Université des Sciences d'Antananarivo


Vololoniaina Jeannoda

Coordinatrice Sud Corus Responsable du Département d'Ecologie et Biologie Végétales

Université des Sciences d'Antananarivo


_________________________________________________________________________________ 5. CALENDRIER

07 avril Départ Montpellier - Arrivée Antananarivo

08 avril Travail hôtel

09 avril Visite de l’Université Antananarivo et discussion avec V. Jeannoda Visite du laboratoire URP Forêts et Biodiversité et rencontre avec P. Danthu Extraction d’ADN avec H. Chair et M.T. Rajaonah

10 avril Travail hôtel

11 avril Journée libre

12 avril Départ sur le terrain avec M.T. Rajaonah par la N2 et collecte échantillons : Antananarivo - Vatomandry

13 avril Collecte échantillons sur la N11 : Vatomandry - Mahanoro - Ampasimanolotra

14 avril Collecte échantillons sur la N2 : Ampasimanolotra - Andovoranto - Antananarivo

15 avril Collecte échantillons dans la collection d’ignames de l’Université d’Antananarivo Analyses virologiques au laboratoire URP Forêts et Biodiversité

16 avril Analyses virologiques au laboratoire URP Forêts et Biodiversité

17 avril Travail hôtel - Journée libre 18 avril Travail hôtel - Journée libre 19 avril Travail avec M.T. Rajaonah sur poster et thèse

20 avril Visite de Saha - Discussion avec H. Rasoanarivo

21 avril Travail avec M.T. Rajaonah sur poster et thèse

22 avril Visite délégation régionale Cirad - Discussion avec F. Monicat

23 avril Travail avec M.T. Rajaonah sur poster et thèse

24 avril Départ Antananarivo

25 avril Arrivée Montpellier

_________________________________________________________________________________ 6. DIFFUSION P. Vernier (Drs-drei), V. Jeannoda (Univ. Antanarivo), M.T. Rajaonah (Univ. Antanarivo), H. Chair (UR 75), F. Monicat (Drs-Drei), J-C. Girard (UMR BGPI), M.F Duval (UR 75).


[email protected]



[email protected]

[email protected]

[email protected]


________________________________________________________________________________ 7. DEROULEMENT DE LA MISSION 7.1. Collecte du matériel végétal Côte est : Une tournée de 3 jours sur la côte Est (Antananarivo, Brickaville, Mahanoro), une des principales zones de culture d'ignames, a été réalisée pour collecter des échantillons d’ignames (tab. 1). La stratégie de collecte à consister, dans un lieu donné, à prélever :

- une feuille par plante, - les plantes à symptômes viraux typiques ou douteux (mosaïque, déformation de feuille, tâche foliaire, chlorose,…), - au moins une plante de chaque espèce présente, - au moins une plante de chaque variété présente.

Les feuilles ont été conditionnées à plat dans des sachets plastiques type Minigrip, fermés hermétiquement et vidés du maximum de leur air. Dès que possible, les feuilles ont été conservées au frigo, à 4°C, sinon à température ambiante (au delà d’une dizaine de jour, les échantillons commencent à s’abimer). De retour à Montpellier, les échantillons ont été immédiatement congelés tels quels à -20°C. Dans la région visitée, les ignames rencontrées l’ont été principalement autour des habitations dans des jardins de case. Il s’agissait essentiellement de Dioscorea alata et D. esculenta, plus rarement D. bulbifera, moins consommée. Le nombre de plants est relativement faible et n’est jamais supérieur à une vingtaine environ. Les plantes grimpent plus ou moins spontanément sur des tuteurs naturels (arbre, case,…). Ce mode de culture extensif et dédié en grande partie à l’autoconsommation ou ponctuellement à une commercialisation locale, est a priori peu propice à la diffusion des variétés et par voie de conséquence des maladies, notamment virales. Une seule parcelle d’ignames, en sous bois, éloignée des habitations a été vue et visitée. Des ignames de moindre importance (D. bulbifera, D. sansibarensis), pouvant servir occasionnellement d’appoint alimentaire ou médicinal, ont souvent été observées sur le bord des routes à l’état spontané, leur caractère bulbifère favorisant leur dissémination naturelle. Trois espèces d'ignames cultivées ont été rencontrées : D. alata (17), D. bulbifera (5) et D. esculenta (10) et deux espèces spontanées : D. minutiflora (1) et D. sansibarensis (1). Chez D. alata, quatre variétés ou morphotypes, Ovy lalaina, Ovibe et plus rarement Ovy vazaha et Ovy voay, ont été trouvées. Deux morphotypes de D. bulbifera, l’un à bulbille sphérique et l’autre à bulbille anguleuse, ont été trouvés, et uniquement un seul pour D. esculenta. De plus, six échantillons de manioc (Manihot esculenta), présentant de très forts symptômes de mosaïque et de rabougrissement, probablement infectés par l’ACMV (bégomovirus), ont également été récoltés dans quatre points de la région visitée, pour études complémentaires en marge du projet. La présence en abondance d’aleurodes, vecteur de l’ACMV, sur les plants de manioc a été observée. Hormis le cas du manioc, aucun symptôme typique et marqué de viroses n’a été observé sur ignames. Cependant, des enroulements suspects de feuilles (« leaf curl ») ont été régulièrement vus sur le morphotype Ovy lalaina (D. alata), sans qu’il soit possible de dire s’il s’agit d’une origine virale ou une caractéristique propre à la variété. Quelques symptômes faibles et douteux de mosaïque et de « leaf spot » ont également été trouvés, mais leur origine est totalement inconnue. Aucune cochenille, vecteur du DBV (badnavirus) ni pucerons, vecteur des potyvirus (YMMV et YMV), n’ont été observés. Il faut noter également la présence latente d’anthracnose (Colletotrichum gloeosporioides) sur D. alata mais aucune plante n’a présenté de grosses attaques, suggérant une bonne tolérance des variétés d’ignames aux souches locales d’anthracnose. Collection Université : Une trentaine d'échantillons ont également été prélevés dans la collection d'ignames de l'Université d'Antananarivo, représentative de la diversité phénotypique et géographique des ignames malgaches, et constituée par M.T. Rajaonah, suite aux prospections faites ces deux dernières années dans la majeure partie du pays. La collection principale est constituée de matériel cultivé en pot et maintenue en serre grillagée. Du matériel est également cultivé en pleine terre, en petite parcelle tuteurée à proximité des laboratoires.


Malheureusement, l’état de la collection principale, en serre, est peu satisfaisant. Plus de la moitié (sur une centaine d’accessions) des plantes en pots n’ont visiblement pas repris lors de la replantation en septembre 2009, réduisant à néant le travail de collecte effectué ces dernières années, et les plantes restantes n’ont qu’une végétation limitée. En revanche, les plantes en pleine terre dans les petites parcelles ont un développement bien meilleur. Pour le matériel en pot, pour lequel l’étiquetage permet de connaître l’origine du matériel, la stratégie de collecte à consister à échantillonner (une feuille par plante) la totalité du matériel en végétation (sauf si le prélèvement risquerait de condamner la plante) quelque soit l’espèce, la variété ou la symptomatologie. Pour le matériel en pleine terre, la stratégie de collecte a été identique à celle établie lors de la mission sur la côte est. En ce qui concerne la symptomatologie, des enroulements marqués de feuilles (« leaf curl ») ont été observés sur de nombreuses plantes D. alata qu’elles soient en pot ou en pleine terre. Le morphotype Ovy lalaina est particulièrement touché par le phénomène (fig. 1), mais aussi d’autres cultivars dont notamment Florido, importé à Madagascar en 2006 depuis le Cirad (UMR BGPI). L’origine de ces symptômes est mystérieuse. L’origine virale est tout à fait possible, mais un déséquilibre nutritionnel du sol (excès ou déficit d’engrais, carence, toxification, faible taux en matière organique,…) n’est pas a exclure. De tests virologiques approfondis seront réalisés à Montpellier pour permettre de lever cette question. Par ailleurs, aucune cochenille ni puceron n’a été observé.


Figure 1 : Plants du cultivar Ovy Lalaina présentant de forts symptômes de « leaf curl » (parcelle Université d’Antananarivo)

Tableau 1 : Liste des échantillons collectés.

Code de collecte

Nom d'espèce

Nom vernaculaire

Date de collecte Lieu de collecte Caractéristiques morphologiques Symptômes

MDG 001 Dioscorea alata Ovy lalaina 12/04/2010 Route N2 - Ambohimiarina - Jardin de case paysan 1 Mâle, bulbifère

MDG 002 Dioscorea esculenta Mavondro 12/04/2010 Route N2 - Ambohimiarina - Jardin de case paysan 1

MDG 003 Dioscorea alata Ovibe 12/04/2010 Route N2 - Ambohimiarina - Jardin de case paysan 1

MDG 004 Dioscorea alata Ovy lalaina 12/04/2010 Route N2 - Ambohimiarina - Jardin de case paysan 1 Mâle, bulbifère Leaf curl

MDG 005 Dioscorea esculenta Mavondro 12/04/2010 Route N2 - Ambohimiarina - Jardin de case paysan 2

MDG 006 Dioscorea alata Ovibe 12/04/2010 Route N2 - Ambohimiarina - Jardin de case paysan 2

MDG 007 Manihot esculenta 12/04/2010 Route N2 - Ambohimiarina - Jardin de case paysan 2 Mosaique

MDG 008 Manihot esculenta 12/04/2010 Route N2 - Ambohimiarina - Jardin de case paysan 2 Mosaique

MDG 009 Dioscorea alata Ovy vazaha 12/04/2010 Route N2 - Antobitilo - Parcelle paysanne Bulbifère, absence d'aile, feuille épaisse

MDG 010 Dioscorea alata Ovy vazaha 12/04/2010 Route N2 - Antobitilo - Parcelle paysanne Bulbifère, absence d'aile, feuille épaisse

MDG 011 Dioscorea alata Ovibe 12/04/2010 Route N2 - Antobitilo - Parcelle paysanne

MDG 012 Manihot esculenta 12/04/2010 Route N2 - Antobitilo - Parcelle paysanne Mosaique

MDG 013 Dioscorea esculenta Mavondro 13/04/2010 Route N11 - Ambalamangahazo - Jardin de case paysan Mâle



MDG 016 Dioscorea alata Ovibe 13/04/2010 Route N11 - Ambalamangahazo - Jardin de case paysan


MDG 018 Dioscorea bulbifera Hofika 13/04/2010 Route N11 - Ambalamangahazo - Jardin de case paysan Mâle, bulbille sphérique Leaf spot ?

MDG 019 Dioscorea bulbifera Hofika 13/04/2010 Route N11 - Ambalamangahazo - Jardin de case paysan Mâle, bulbille sphérique Leaf spot ?

MDG 020 Dioscorea alata Ovy lalaina 13/04/2010 Route N11 - Ampanasana - Jardin de case paysan

MDG 021 Dioscorea alata Ovy lalaina 13/04/2010 Route N11 - Ampanasana - Jardin de case paysan

MDG 022 Dioscorea alata Ovy voay 13/04/2010 Route N11 - Ampanasana - Jardin de case paysan Feuille épaisse

MDG 023 Dioscorea esculenta Mavondro 13/04/2010 Route N11 - Ampanasana - Jardin de case paysan

MDG 024 Dioscorea alata Ovy vazaha 13/04/2010 Route N11 - Ampanasana - Jardin de case paysan Bulbifère, absence d'aile, feuille épaisse

MDG 025 Dioscorea esculenta Mavondro 13/04/2010 Route N11 - Ampanasana - Jardin de case paysan

MDG 026 Manihot esculenta 13/04/2010 Route N11 - Ampanasana - Jardin de case paysan Mosaïque

MDG 027 Dioscorea bulbifera Hofika 13/04/2010 Route N11 - Lieu dit "12%" - Mahanoro - Bord de route

MDG 028 Dioscorea bulbifera Hofika 13/04/2010 Route N11 - Lieu dit "12%" - Mahanoro - Bord de route

MDG 029 Dioscorea sansibarensis 13/04/2010 Route N11 - Avant Mahanoro - Bord de route

MDG 030 Dioscorea alata Ovy lalaina 13/04/2010 Route N11 - Mahanoro - Centre-ville

MDG 031 Dioscorea minutiflora 13/04/2010 Route N11 - Mahanoro - Centre-ville

MDG 032 Dioscorea alata Ovy lalaina 14/04/2010 Andovoranto - Jardin de case paysan

MDG 033 Dioscorea alata Ovy lalaina 14/04/2010 Andovoranto - Jardin de case paysan Mosaïque ?

MDG 034 Dioscorea alata Ovy lalaina 14/04/2010 Andovoranto - Jardin de case paysan Leaf curl

MDG 035 Dioscorea esculenta Mavondro 14/04/2010 Andovoranto - Jardin de case paysan Mâle Distorsion foliaire, leaf spot

MDG 036 Dioscorea esculenta Mavondro 14/04/2010 Andovoranto - Jardin de case paysan Mâle Distorsion foliaire, leaf spot

MDG 037 Manihot esculenta 14/04/2010 Andovoranto - Jardin de case paysan Mosaïque

MDG 038 Manihot esculenta 14/04/2010 Andovoranto - Jardin de case paysan Mosaïque

MDG 039 Dioscorea bulbifera Hofika 14/04/2010 Andovoranto - Bord de route Mosaïque ?

MDG 040 Dioscorea alata Ovy lalaina 14/04/2010 Andovoranto - Bord de route Leaf curl, mosaïque ?

MDG 041 Dioscorea alata Florido 15/04/2010 Université - Serre Leaf curl

MDG 042 Dioscorea rotundata Kpouna 15/04/2010 Université - Serre Mosaïque ?

MDG 043 Dioscorea alata RLH A 15/04/2010 Université - Serre

MDG 044 Dioscorea alata RLH B (Ovibe) 15/04/2010 Université - Serre

MDG 045 Dioscorea alata RLH C 15/04/2010 Université - Serre

MDG 046 Dioscorea alata RLH D 15/04/2010 Université - Serre Leaf curl

MDG 047 Dioscorea alata RAV 016 (Ovy bodoa) 15/04/2010 Université - Serre Leaf curl, mosaïque

MDG 048 Dioscorea alata RAV 016 (Ovy bodoa) 15/04/2010 Université - Serre

MDG 049 Dioscorea alata RAV 017 (Ovy bleu) 15/04/2010 Université - Serre Leaf curl, mosaïque

MDG 050 Dioscorea alata RAV 034 15/04/2010 Université - Serre Leaf curl, mosaïque

MDG 051 Dioscorea alata RAV 041 15/04/2010 Université - Serre


MDG 053 Dioscorea alata RAV 045 15/04/2010 Université - Serre Leaf curl, mosaïque

MDG 054 Dioscorea alata RAV 048 15/04/2010 Université - Serre Mosaïque ?


MDG 056 Dioscorea alata RAV … 15/04/2010 Université - Serre Leaf curl, mosaïque

MDG 057 Dioscorea alata MT 267 (Ovy vazaha) 15/04/2010 Université - Serre

MDG 058 Dioscorea minutiflora MT 272 ??? 15/04/2010 Université - Serre

MDG 059 Dioscorea alata MT 274 (Ovibe) 15/04/2010 Université - Serre

MDG 060 Dioscorea alata MT 276 (Ovy lalaina = ovy mena) 15/04/2010 Université - Serre Leaf curl

MDG 061 Dioscorea alata MT 303 (Ovibe) 15/04/2010 Université - Serre Leaf curl, mosaïque

MDG 062 Dioscorea alata MT 304 (Ovy tranga) 15/04/2010 Université - Serre Mosaïque

MDG 063 Dioscorea alata MT 312 (Ovy tanty) 15/04/2010 Université - Serre Mosaïque

MDG 064 Dioscorea bulbifera Hofika 15/04/2010 Université - Parcelle Bulbille anguleuse

MDG 065 Dioscorea alata Ovibe 15/04/2010 Université - Parcelle

MDG 066 Dioscorea alata Ovy voay 15/04/2010 Université - Parcelle

MDG 067 Dioscorea alata Ovy lava 15/04/2010 Université - Parcelle

MDG 068 Dioscorea alata Ovy lalaina 15/04/2010 Université - Parcelle Leaf curl


7.2. Test virologique à l’UPR Forêts et Biodiversité Dans un but démonstratif et aussi exploratoire, des tests virologiques ont été réalisés au laboratoire de l'URP "Forêt et Biodiversité" d'Antananarivo. Pour cela, D. Filloux avait amené tout le matériel nécessaire à la réalisation de tests virologiques (Kit PCR et RT-PCR, amorces) et des témoins positifs et négatifs (CMV, DBV, DLV, YMMV, YMV), hormis l’équipement (thermocycleur, cuve de migration) déjà présent au laboratoire. Faute de temps, nous avons donné la priorité à la détection de tous les potyvirus avec le test DB RT-PCR de Marie-Jeanne et al. (2000)

1 et, de façon spécifique, le Yam

mosaic virus (YMV) et Yam mild mosaic virus (YMMV) avec le test DB RT-PCR de Mumford et Seal (1997)

2.

Les résultats sont présentés dans le tableau 2. Ce test a permis de confirmer la présence de YMMV sur la plante D. alata MT 312 (puits 12), présence déjà trouvée sur cette plante lors du séjour de M.T Rajaonah à Montpellier, en septembre 2009 - janvier 2010. Les autres échantillons n’ont pas révélé la présence de potyvirus et, en particulier, de YMMV et YMV.

1 Marie-Jeanne, V., Ioos, R., Peyre, J., Alliot, B. & Signoret, P. (2000). Differentiation of Poaceae Potyviruses by Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction and

Restriction Analysis. Journal of Phytopathology 148 (3), 141-151.

2 Mumford R.A., Seal S.E. (1997). Rapid single-tube immunocapture RT-PCR for the detection of two yam potyviruses. Journal of Virological Methods 69: 73-79.

Tableau 2 : Recherche des potyvirus infectant les ignames malgaches : résultats d’analyse de quelques échantillons collectés. N° Nom échantillon Code de collecte Espèce Variété Lieu de collecte Lieu d'origine Symptômes Potyvirus YMMV YMV

1 Mix - - -

2 Témoin négatif D. alata 313 Serre Montpellier Inde - - -

3 Témoin positif D. trifida 78 Serre Montpellier Guyane française Mosaïque +++ +++ +++

4 MDG 41 D. alata Florido Serre Université Antananarivo Bénin Leaf curl - - -

5 MDG 42 D. rotundata Kpouna Serre Université Antananarivo Bénin Mosaïque ? - - -

6 MDG 57 MT 267 D. alata Ovy Vazaha Serre Université Antananarivo - - -

7 MDG 58 MT 272 ??? D. minutiflora Serre Université Antananarivo - - -

8 MDG 59 MT 274 D. alata Ovibe Serre Université Antananarivo Anivorano Abeovihazo - - -

9 MDG 60 MT 276 D. alata Ovy lalaina = ovy mena Serre Université Antananarivo Anivorano Ambodiravinala Leaf curl - - -

10 MDG 61 MT 303 D. alata Ovibe Serre Université Antananarivo Asendriavato Marohita (Ambatofotsy-Ikongo) Leaf curl, mosaïque ? - - -

11 MDG 62 MT 304 D. alata Ovy tranga Serre Université Antananarivo Asendriavato Marohita (Ambatofotsy-Ikongo) Mosaïque ? - - -

12 MDG 63 MT 312 D. alata Ovy tanty Serre Université Antananarivo Sahamatiloha Vohiboay (Miarinarivo-Ambalavao) Mosaïque +++ + -

13 MDG 47 RAV 016 D. alata Ovy bodoa Serre Université Antananarivo Amboibohy-Vangaindrano Leaf curl, mosaïque ? - - -

14 MDG 49 RAV 017 D. alata Ovy bleu Serre Université Antananarivo Mahabo-Farafangana Leaf curl, mosaïque ? - - -

Légende : virus faiblement (+), moyennement (++), fortement (+++) ou pas détecté (-)

L 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 L


7.3. Analyse des données de séquençage DBV : Lors du séjour de M.T Rajaonah à Montpellier, en septembre 2009 - janvier 2010, nous avions détecté par PCR (Yang et al., 2003)

3 la présence de DBV (Badnavirus) chez 29 (sur 88) accessions

malgaches de D. alata. Neuf produits de PCR (579 pb) issus de cette détection ont été clonés et séquencés à raison de 2 à 5 clones par produit de PCR : MT 212, MT 215, MT 255, MT 271, MT 324 MT 329, RAV 56, LRK 474. Un total de 33 séquences a ainsi été généré. Nous avons analysé ces séquences. Elles ont été comparées par Nucleotide Blast (Blastn) aux séquences virales disponibles sur la Genebank (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). Ainsi, nous avons trouvé que les plantes étaient infectées par 2 souches différentes de DBV et qu’elles présentaient 99 à 100 % d’homologie avec les séquences AM072674 et AM072675, décrites sur la plantes PG102 Da de Papouasie Nouvelle-Guinée par Kenyon et al. (2008)

4.

YMMV : La souche d’YMMV détectée sur MT 312 a été clonée et séquencée (559 pb). Les 3 séquences obtenues ont été trouvées identiques et présentent 92 % d’identité avec la séquence AJ305458 Da Van1 Da Vanuatu. Une telle différence révèle la mise en évidence d’une nouvelle souche d’YMMV. C’est la première fois, à notre connaissance, qu’YMMV est mise en évidence à Madagascar. 7.4. Visite de Saha (Intercoopération suisse) L’igname, historiquement importante à Madagascar, a perdu progressivement de son importance face au développement d’autres plantes à racines plus faciles de culture mais malheureusement moins riches nutritionnellement (manioc, patate douce). Pour relancer la culture de l’igname, le programme Saha (Intercoopération suisse), basé à Antananarivo, vise, depuis 2002, au développement et à la vulgarisation de la culture d'ignames à Madagascar. Saha a édité des livrets et plaquettes liées à son activité (fig. 2). En 2008, on comptait 35 villages et 65 associations ayant pu profiter d’actions de formation à la culture de l’igname et à la fourniture de matériel végétal (tubercules tout venant ou vitroplants acclimatés), provenant d’autres régions historiquement productrices telle que la côte est, du laboratoire de culture in vitro du CTHA (Antananarivo) et d’un réseau de planteurs-pépiniéristes. Le conseiller thématique au programme Saha, H. Rasoanarivo, nous a confirmé la bonne diffusion de 2 variétés d'ignames (D. alata var. Florido et D. rotundata var. Kpouna) fournies, sous forme de quelques vitroplants indexés, par la quarantaine du Cirad (Umr BGPI) en 2006. Il est, cependant, encore malheureusement incapable actuellement de préciser la part de ces variétés parmi les plantations du projet ni d’en avoir un retour sur la qualité de la part des villageois. Cependant, un planteur-pépiniériste, M. Velojaona, d’Antogombato (N2), nous a raconté s'être fait volé tous ces tubercules de Florido au champ, mais les a retrouvé en plantation chez un autre paysan (!), suggérant un intérêt certain pour cette variété et, probablement, le démarrage d’une diffusion spontanée (bien qu’inattendue !) de cette variété… Lors de la rencontre avec H. Rasoanarivo, il a été rappelé qu’il ne fallait pas négliger les problèmes sanitaires qui allaient immanquablement apparaître, à terme, suite à l’intensification de la culture, à la diffusion transnationale de matériel végétal de type tubercule tout venant, sans contrôle de l’état sanitaire (notamment anthracnose, viroses et nématodes (?)) et de l’étroitesse de la gamme variétale. Il a également été suggéré d’anticiper les besoins en amélioration de la qualité des tubercules (format, couleur et texture de la chair,…), les variétés existantes, notamment D. alata, ayant souvent de nombreux défauts (longs tubercules tortueux, chair fibreuse,…). Ces problèmes peuvent être en partie résolus en étendant la gamme variétale. Il a été précisé que le Cirad (notamment UR 75) était en mesure de proposer des variétés élites d’ignames, issues de son propre programme de création variétale ou non, plus conformes en termes de qualité et de tolérance à l’anthracnose.

3 Yang I.C., Hafner G.J., Dale J.L., Harding R.M. (2003). Genomic characterisation of taro bacilliform virus. Archives of Virology 148 (5): 937-949.

4 Kenyon L., Lebas B.S.M., Seal S.E. (2008). Yams (Dioscorea spp.) from the South Pacific Islands contain many novel badnaviruses: implications for international

movement of yam germplasm. Archives of Virology 153: 877-889.

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi


Figure 2 : Couvertures de 4 livrets et plaquettes éditées par Saha pour la promotion et la vulgarisation de la culture d’ignames à Madagascar


7.5. Poster AETFAT M.T. Rajaonah avait préparé un projet de poster qu’il devait présenter au congrès 19ème congrès de l’AETFAT qui devait se tenir à Antananarivo du 25-30 avril 2010. Nous avons rédigé ensemble ce poster en y incluant tout le travail réalisé par M.T. Rajaonah avec l’aide du Cirad (UR 75 et UMR BGPI) depuis le démarrage de sa thèse : prospection et collecte d’échantillons, caractérisation et classification morphologique, comptage chromosomique, analyse de diversité génétique et détection et caractérisation virale. Rajaonah M.T., Chair H., Rodier M., Filloux D., Jeannoda V. (2010). Caractérisation génétique et virale des ignames cultivées de Madagascar. Poster : 19ème congrès de l’AETFAT "Diversité des plantes africaines, systématique et développement durable", 25-30 avril 2010, Antananarivo, Madagascar.


_________________________________________________________________________________ 8. CONCLUSIONS - RECOMMANDATIONS - PROGRAMMATION 1) Collecte de matériel végétal : Sauf exception, il n’est pas nécessaire à ce stade de procéder à d’autres collectes de matériel végétal en vue de recherche de virus. 2) Analyse des 68 échantillons collectés : D. Filloux procèdera à l’analyse (test PCR et séquençage) de ces échantillons à Montpellier. Les résultats seront communiqués à M.T. Rajaonah avant mars 2011. 3) Possibilité de réaliser des tests virologiques à Antananarivo : Tout le matériel nécessaire à la réalisation de 200 tests virologiques et des témoins positifs et négatifs ont été laissés au congélateur à l’URP Forêts et Biodiversité. M.T. Rajaonah a la possibilité de réaliser des tests si besoins pour vérification, complément d’analyse ou action transversale avec Saha et le CTHA (criblage et diffusion de matériel végétale sain). Cependant, les résultats déjà acquis, à Montpellier et à Antananarivo, ne nécessitent pas, pour sa part, d’aller plus loin dans les analyses. 4) Maintien de la collection de plantes vivantes de l’Université : Une attention particulière doit être apportée à la collection d’ignames, au moins le temps de la thèse de M.T. Rajaonah, car celle-ci constitue la base de son travail. Cette collection doit servir de référence pour la description morphologique, génétique et virale et, à tout moment, on doit pouvoir y revenir en cas de doutes dans les analyses. Pour bien faire, il conviendrait de privilégier la culture en pleine terre plutôt qu’en pot. 5) Amélioration de l’environnement scientifique de M.T. Rajaonah : En complément de l’encadrement en botanique de V. Jeannoda au Département d'Ecologie et Biologie Végétales de l’Université, il est très fortement recommandé à M .T. Rajaonah de se rapprocher de l’URP Forêts et Biodiversité (P. Danthu, J.M. Leong) et d’y passer plus de temps pour la réalisation des analyses génétiques, le traitement de données, l’accès aux ressources bibliographiques et la rédaction de sa thèse. La présence d’une équipe scientifique (chercheur et thésards) et d’un laboratoire de génétique efficient devrait lui faciliter la tâche. 6) Facilitation de l’accès à internet et aux revues en ligne : M.T. Rajaonah n’a pas accès à internet à domicile et, sauf erreur, n’y a pas toujours facilement accès à l’Université. Il a souvent recours au cybercafé ce qui lui coûte et l’endroit n’est pas l’idéal pour travailler. Une solution doit être trouvée (à l’URP Forêts et Biodiversité ou à la délégation Cirad ?). De même, il faudrait que M.T. Rajaonah puisse avoir accès aux revues en lignes pour lui faciliter le travail de synthèse bibliographique et la rédaction de sa thèse. Après renseignement, le Cirad-Dist ne peut pas donner un accès codé temporaire à M.T. Rajaonah, suite aux accords avec les éditeurs. D’après le Cirad-Dist, la seule chose à faire est de demander à pouvoir consulter en ligne les revues électroniques (http://atoz.ebsco.com/titles.asp?Id=cira&sid=8834999&TabID=2) à la délégation Cirad ou à l’URP Forêts et Biodiversité. 7) Valorisation des résultats : Les analyses virologiques et la caractérisation des virus détectés, faites à Montpellier et à Antananarivo, seront valorisées par la rédaction d’un article de revue à comité de lecture (titre possible : First detection et partial molecular characterization of DBV and YMMV infecting Dioscorea yams in Madagascar) et la mise en ligne sur la Genbank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/) de la séquence de la souche originale malgache d’YMMV qui a été détectée. D. Filloux se chargera de cela en temps utile. 8) Préparation à la possible introduction de variétés élites : Dans la continuité du projet Corus et suite aux introductions récentes de Florido et Kpouna, l’introduction à Madagascar de variétés élites Cirad ou autres doit être envisagée pour améliorer la qualité très moyenne des ignames cultivées et pour prévenir de possibles épidémies d’anthracnose sur D. alata. Le programme Saha (Intercoopération suisse) est pour cela l’interlocuteur naturel ([email protected]), compte tenu de son implication historique pour le développement et de la vulgarisation de la culture d'ignames à Madagascar. L’UR 75 « Amélioration génétique d'espèces à multiplication végétative» pourrait solliciter Saha pour proposer ses variétés. La multiplication in vitro et la production de jeune plants acclimatés pouvant être assuré sur place, à Antananarivo, par le CTHA, seulement quelques vitroplants indexés sont nécessaires à la fourniture. Le financement de la fourniture (Cirad, UR 75 + BGPI), de la multiplication (CTHA) et de la diffusion (Saha) doit être identifié.

http://atoz.ebsco.com/titles.asp?Id=cira&sid=8834999&TabID=2

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/


1. identitÉ du missionnaire nom...

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