8/6/2019 Xyloforest : Plateau technique Xylomic

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XylomicRmy Petit & Camille Lepoittevin

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Xylomic

Une des 6 plateformes de Xyloforest

Fait le lien fort-arbre-bois-fibre

Deux units impliques :

UMR BIOGECO (INRA & Univ. Bordeaux 1)

UR AGPF (INRA Orlans)

Arbre

Fort

Bois

Fibre

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Contexte

Bois

Variations de

lenvironnement

Gnotypes, base des programmes

damlioration gntique

Cernes daccroissement ,comprendre la

croissance Rsistance la cavitation,

comprendre la tolrance la

scheresse

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Comprendre : les dterminants environnementaux et gntiques de la

variabilit du bois.

les processus biologiques et cologiques impliqus dans

llaboration du bois.

Identifier des gnotypes performants pour la

sylviculture, en se basant sur le programmedamlioration long terme.

Objectifs

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Construire une plateforme technique de

classe mondiale sur la gnomique des

arbres et le phnotypage fin des proprits

du bois.

Lambition de Xylomic

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Objectifs spcifiques

Analyses gnomiques :

Projet Gnome-Transcriptome :

extraction dADN (>10,000 individus), gnotypage robotis,

squenage 3me

gnration Analyses phnotypiques :

projet Genobois :

proprits chimiques (SPIR),

micro-densitomtrie (Rayon X),

xylologie, dendrocologie haut dbit

projet Caviplace :

rsistance la scheresse par tude de la cavitation

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Systme de gnotypage

haut dbit(>3000 gnotypes/jour)

Reconstruction de

pdigres, traabilit, SAM

Exemples dquipement

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Robots pour lautomatisation des broyages : de bois pour lanalyse des proprits chimiques (SPIR) daiguilles, de feuilles pour lextraction dADN

Augmentation des dbits

Exemples dquipement

Mthode actuelle

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Mise en uvre

Gnome-Transcriptome : Cestas

o 1 IR + 1AI

o 1,36 M dinvestissements

Gnobois : Cestas & Orlans

o 0,48 M

Caviplace : Talence

o 0,39 M

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Exemple de projet en cours

Projet NOVEL TREE Breeding strategies, FP7-21186801/05/2008 30/04/2012 www.noveltree.eu

15 partenaires publics et privs, 4.1 M

Objectifs (Pin maritime, Pin sylvestre, Epicea, Peuplier) : Trouver des critres de slection adapts la foresterie durable Dvelopper des outils de phnotypage et de gnotypage haut dbit

Identifier des polymorphismes allliques lis des caractres dintrt

Concevoir de nouvelles stratgies damlioration gntique

Optimiser le dploiement des nouvelles varits

http://www.noveltree.eu/http://www.noveltree.eu/

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Exemple de projet en cours

Projet NOVEL TREE Breeding strategies, FP7-21186801/05/2008 30/04/2012 www.noveltree.eu

Ralisations : Phnotypage :

1800 arbres du programme damlioration Pin maritime mesurs pour les

proprits chimiques et mcaniques du bois et pour la croissance

mesure de la cavitation sur 200 arbres dun pedigree de cartographie

Gnotypage :Dtection ~10 000 mutations dans le gnome des populations Aquitaines de pin

maritime

Gnotypage pour ~1000 gniteurs du programme damlioration

Analyses en cours :

Etude des interactions gnotypeenvironnement

Recherche de marqueurs molculaires impliqus dans la variation de la tolrance

la scheresse, de la qualit du bois, de la croissance

Rflexion sur les mthodes de slection adaptes des objectifs multiples

http://www.noveltree.eu/http://www.noveltree.eu/