une autre méthode de génomique inverse : tilling (targeted induced local lesins in genomes, comai,...

Une autre méthode de génomique inverse : TILLING (targeted induced local lesins in genomes, Comai,

Henikoff, 2001)

Applicable a tous organismes, produit des séries alléliques, backcross nécessaires (plusieurs mutations / génome)

Exploitation de la variabilité naturelleCore-collection

Identification des facteurs génétiques impliqués dans les caractéres complexes par analyse de la variabilité génétique au sein d’une espéce

Arabidopsis: plusieurs centaines d’écotypes (isolats géographiques de l’Himalaya au Cap Vert)-> séquencage de quelques régions uniformément réparties dans le génome chez 265 écotypes-> sélection de 48 écotypes représentant la quasi totalité de la variabilité génétique de l’espéce.

Applications: séquencage systématique de gènescandidats et identification des allélesassociés a des adaptations environnementale (génétique d’association du génotype au phénotype)

Froid , sécheresse

Life after transcription: Genome wide analysis of translational regulations

• Multiple mechanisms

• Multiple roles (viral expression,metabolism,development, cell growth and division).

• Require appropriate methods for analysis

Interaction with small RNA

Degradation(RNA silencing)

Translation inhibition

Access to translation factors

40S

eIF2

21

1A

5

4E

4G

4A

PABP

3

uORFs/reinitiation

QuickTime™ et undécompresseur TIFF (non compressé)

sont requis pour visionner cette image.

Sucrose gradient

40S

60S

80S

polysomes

monosomes

Sédimentation

260nm

Total RNA

Polysomal RNA

-stress

+stress

Large scale analysis of mRNA translation

during stress

Microarrays:

Sugar: Rhobio/Biogemma company; Sarda Freyssinet et al, Evry, 25607 oligos (Operon)

Cadmium: URGV Evry; Renou et al, 24576 GeneSpecificTags (CATMA Consortium)QuickTime™ et un

décompresseur TIFF (non compressé)sont requis pour visionner cette image.

Comparison of polysomal RNA to total RNA ratio for each mRNA in different physiological conditions

Cadmium intoxication

264

0 12 24 48 720

10

20

30

40

50

60

0 24 48 72 96 120 144 168 192 216 240Time (hours)

PC

V (

%)

Control200uM300uM

Cadmium addition

A

Glutathion

Phytochelatins

• phytochelatin production

0

0,5

1,5

2,5

3,5controlCadmium

C

Arabidopsis cells



Polysome purificationRNA extractionMicroarray analysis

Homodirectional regulation

ARN totaux

ARN polysomaux

-Cd

+Cd

TTem TCad

PTem PCad

TCad PCad

TTem PTem

AT1G17710 -1,19 -1,15 1,23 0,73

AT5G19600 -1,88 -1,03 1,12 0,23

AT1G31780 -1,39 -1,06 0,32 -0,43

AT1G02110 -0,95 -1,04 0,56 0,43

AT1G07750 -1,51 -1,06 0,43 0,02

AT1G09780 -1,48 -1,01 0,31 -0,10

AT1G71410 -0,85 -1,06 -0,24 -0,27

AT1G77490 -1,45 -1,03 0,25 -0,21

AT1G77885 -1,07 -1,24 0,58 0,62

AT2G25430 -1,18 -1,13 0,00 -0,06

AT2G28870 -1,18 -1,10 0,52 0,27

AT3G01120 -2,12 -1,50 0,72 -0,17

AT3G20050 -1,03 -1,18 0,02 -0,16

AT3G20770 -0,91 -1,01 0,60 0,33

AT3G27300 -0,91 -1,05 0,21 -0,14

AT3G27320 -0,89 -1,10 0,52 0,34

AT3G61460 -1,20 -1,49 0,19 0,04

AT4G14900 -2,24 -1,17 0,53 -0,32

AT4G36040 -1,23 -1,14 0,59 0,34

AT5G03300 -1,66 -1,08 0,44 -0,04

AT5G09510 -1,83 -1,07 0,57 -0,68

AT5G11420 -1,71 -1,29 0,50 0,20

AT5G25460 -1,06 -1,09 0,51 0,29

AT1G18150 -0,86 -1,03 -0,61 -0,83

AT4G30190 -1,32 -1,43 -0,31 -1,03

AT1G68840 -1,08 -1,61 -0,97 -0,99

AT1G80240 -1,09 -1,82 -0,97 -1,00

AT2G31740 -0,94 -1,13 -0,84 -0,80

Decrease in total RNA Decrease in polysomal RNA



-Cd

+Cd

Total RNA

Polysomal RNA

TTem TCad

PTem PCad

TCad PCad

TTem PTem

ATCG00830 2,07 1,86 1,69 1,38

ATCG00470 1,10 2,04 2,64 1,65

ATCG00470 1,32 1,68 1,47 1,06

AT1G21520 0,92 1,41 1,84 1,45

AT1G36310 1,99 1,13 0,89 1,47

AT1G68540 0,91 1,37 0,93 0,88

AT1G69530 1,80 1,64 1,80 1,90

AT1G76180 1,76 1,27 0,86 1,52

AT2G23150 1,55 1,33 1,35 1,36

AT3G55360 1,09 1,13 0,85 0,78

AT4G17430 0,89 1,58 1,15 1,16

AT4G34290 0,97 1,79 1,14 1,30

AT5G07440 1,15 1,34 0,94 1,08

AT5G13300 2,22 1,63 0,96 1,27

AT5G22800 1,90 1,26 0,84 1,51

AT1G74260 1,48 1,41 0,91 0,33

AT3G07810 0,89 1,49 0,81 0,37

AT5G35980 0,99 1,40 0,88 0,65

AT1G05870 1,14 1,51 0,13 0,75

AT1G08560 0,83 1,30 0,51 0,75

AT1G11840 1,68 1,85 0,21 1,45

AT1G15340 1,65 1,25 0,31 1,19

AT1G31660 1,83 1,49 0,61 0,82

AT1G54990 2,31 1,29 -0,28 0,97

AT1G60770 1,37 1,17 0,76 1,07

AT1G66620 0,85 1,14 0,18 0,79

AT1G67280 1,67 1,05 0,08 1,21

AT1G73885 2,40 1,27 -0,08 0,80

AT2G06530 1,64 1,06 -0,26 0,81

AT2G19480 2,07 1,94 0,25 1,02

AT2G24550 1,29 1,13 0,28 1,05

AT2G33410 1,78 1,12 0,39 1,27

AT2G33530 1,95 1,05 0,02 1,44

AT2G38780 2,92 1,25 -0,69 1,10

AT2G38800 2,57 1,48 0,77 2,02

AT2G38820 1,92 1,13 -0,47 0,80

AT2G39990 1,30 1,07 0,76 1,12

AT3G04730 0,82 1,07 0,32 0,79

AT3G22660 2,29 1,80 0,09 0,95

AT3G27400 1,01 1,17 0,54 1,33

AT3G44110 0,84 1,08 0,75 1,24

AT3G49490 1,27 1,23 0,37 1,10

AT3G51720 1,95 1,51 0,69 1,35

AT3G53110 1,57 1,15 0,48 0,93

AT3G54080 2,25 1,05 0,23 1,47

AT3G54110 2,51 2,23 0,40 0,85

AT3G54260 2,12 1,55 -0,25 0,85

AT3G56070 2,73 1,94 0,29 1,21

AT3G57000 1,13 1,34 0,41 0,84

AT3G57990 1,39 1,15 0,40 1,05

AT3G62130 2,49 1,14 -0,57 0,97

AT4G02080 1,43 1,25 -0,12 0,84

AT4G14880 1,11 1,17 0,52 1,09

AT4G17440 1,51 1,15 0,27 1,09

AT4G35630 1,73 1,50 0,20 1,11

AT5G14780 2,11 1,15 0,22 1,17

AT5G22650 2,95 1,64 0,53 2,21

AT5G27670 1,76 1,30 0,71 0,82

AT5G43940 2,04 1,03 0,65 1,19

ATCG00750 1,86 1,90 0,61 0,37

AT5G63780 1,17 1,71 -0,04 -0,37

AT1G02220 0,94 1,50 -0,16 0,59

AT1G16040 1,56 1,39 0,08 0,55

AT1G16460 1,12 1,20 -0,19 0,58

AT1G36380 0,88 1,25 0,45 0,69

AT1G37130 1,95 1,86 0,35 0,41

AT1G49870 1,28 1,20 -0,38 0,02

AT1G61040 0,97 1,13 -0,20 0,29

AT1G62180 1,68 1,31 -0,52 -0,13

AT1G64660 2,38 2,65 0,60 0,30

AT1G67230 0,85 1,13 0,15 0,09

AT1G67360 2,38 1,18 -0,67 0,28

AT1G73940 1,37 1,05 0,49 0,71

AT1G78040 1,12 1,06 -0,23 0,46

AT2G02870 1,64 1,21 -0,42 0,10

AT2G03390 1,34 1,56 0,24 0,61

AT2G24820 0,99 1,31 -0,04 0,58

AT2G25650 2,10 1,35 0,04 0,60

AT2G30440 1,60 1,80 -0,21 0,30

AT2G31010 0,99 1,03 0,68 0,62

AT2G34470 1,03 1,25 -0,20 0,08

AT2G34770 1,02 1,11 0,22 0,05

AT2G35490 1,18 1,33 0,43 0,53

AT2G42100 0,95 1,83 0,39 0,50

AT3G01970 1,81 1,26 -0,69 -0,12

AT3G14890 0,89 1,39 -0,14 0,07

AT3G18270 0,94 1,02 -0,34 0,29

AT3G18790 1,15 1,12 -0,12 0,10

AT3G20500 1,12 1,14 -0,12 0,24

AT3G24160 1,11 1,16 0,38 0,53

AT3G46640 0,82 1,04 0,04 0,32

AT3G49160 1,23 1,36 0,01 0,12

AT3G56120 0,91 1,20 0,11 0,25

AT3G56460 1,11 1,33 0,47 0,61

AT3G58220 1,14 1,09 -0,66 0,12

AT3G60250 1,44 1,16 0,08 0,47

AT3G60480 1,61 1,31 -0,61 0,09

AT3G62580 1,02 1,33 0,57 0,65

AT4G01050 1,18 1,45 0,05 0,58

AT4G02720 0,95 1,04 0,36 0,69

AT4G08250 0,82 1,04 0,18 0,57

AT4G26450 1,72 1,56 0,17 0,57

AT4G34310 1,04 1,93 0,42 0,66

AT4G35490 1,39 1,26 -0,41 -0,51

AT5G03990 1,71 1,05 -0,46 0,32

AT5G06340 1,48 1,38 0,09 0,38

AT5G10010 1,06 1,25 0,01 0,14

AT5G13280 1,51 1,10 0,06 0,40

AT5G13650 0,82 1,08 -0,10 0,49

AT5G16040 1,04 1,07 0,27 0,68

AT5G17560 1,21 1,07 0,64 0,68

AT5G18290 1,06 1,03 -0,42 -0,39

AT5G19900 1,71 1,15 0,07 0,54

AT5G19990 0,86 1,78 0,60 0,22

AT5G20520 1,76 1,15 -0,47 0,52

AT5G20920 1,13 1,66 0,50 0,66

AT5G21160 1,02 1,29 0,39 0,45

AT5G24300 1,10 1,21 -0,09 0,26

AT5G24660 2,90 2,27 -0,77 -0,38

AT5G26360 0,96 1,28 -0,10 0,05

AT5G38895 2,04 1,40 -0,24 0,34

AT5G39730 2,39 1,44 -0,02 0,66

AT5G40610 1,34 1,09 -0,11 0,70

AT5G40670 1,26 1,30 -0,43 -0,44

AT5G42020 1,45 1,86 0,00 -0,09

AT5G42870 0,81 1,03 -0,02 0,43

AT5G46180 0,83 1,27 0,39 0,37

AT5G48680 1,08 1,62 0,36 0,70

AT5G49940 1,10 1,12 -0,42 0,09

AT5G50920 1,24 1,05 -0,09 0,48

AT5G58920 2,01 1,43 -0,62 0,14

AT5G61490 1,47 1,05 0,23 0,25

AT5G61820 1,03 1,12 -0,24 -0,26

AT5G64460 1,15 1,24 0,02 0,18

AT3G44300 0,84 1,28 -0,35 -0,75

AT5G65720 3,17 1,20 -0,84 0,96

AT3G46220 1,95 1,36 -1,82 -0,67

AT1G15230 1,37 1,11 -1,18 -0,43

AT1G64680 2,07 1,05 -1,04 0,09

AT1G75280 1,12 1,23 -0,82 -0,41

AT2G33310 2,64 1,19 -0,88 0,38

AT3G09390 1,65 1,04 -0,92 -0,29

AT3G25710 1,78 1,36 -1,01 -0,58

AT3G57450 1,86 1,14 -0,92 -0,66

AT4G13530 2,98 1,78 -1,10 0,47

AT4G32870 2,09 1,00 -1,30 0,06

AT5G10180 3,96 2,64 -1,30 -0,18

AT4G27380 1,19 1,09 -1,10 -0,76

AT1G08830 0,94 1,31 -1,39 -1,26

AT2G43510 1,18 1,28 -2,45 -2,32

AT3G27340 2,30 1,08 -2,59 -1,44

AT4G13180 1,53 1,07 -2,14 -1,90

AT4G27640 1,26 1,17 -1,55 -1,20

Homodirectional regulation

Increase total RNA Increase polysomal RNA



Translational regulation

-Cd

+Cd

Total RNA

Polysomal RNA

TTem TCad

PTem PCad

TCad PCad

TTem PTem

AT5G45800 -0,20 -1,34 1,01 1,90

AT1G64625 -0,04 -1,06 0,13 1,44

AT2G04850 -0,04 -1,26 -0,52 0,81

AT2G18193 0,02 -1,10 0,07 0,84

AT2G33830 -0,79 -1,04 0,66 0,82

AT2G34060 0,50 -1,32 -0,58 1,31

AT3G26520 -0,12 -1,32 0,36 1,36

AT4G34950 0,51 -1,04 0,12 1,78

AT5G08370 -0,15 -1,51 0,14 1,04

AT5G48485 -0,25 -1,29 0,35 1,14

AT1G76160 0,35 -1,30 -1,31 -0,19

AT1G78830 -0,24 -1,22 -0,89 -0,08

AT3G56240 -0,53 -1,00 -0,78 -0,40

AT4G33070 0,77 -1,38 -2,77 -0,35

AT4G10265 -0,24 -1,45 -1,90 -1,35

AT5G03545 -0,21 -1,39 -2,73 -1,77

No variation in total RNA Polysomal RNA decrease



TTem TCad

PTem PCad

TCad PCad

TTem PTem

AT1G21525 0,78 1,84 2,01 2,05

AT1G44170 0,43 1,15 1,19 0,97

AT1G77670 0,75 1,38 1,02 0,76

AT2G45290 0,77 1,14 0,98 1,19

AT3G23120 0,40 1,51 2,01 0,82

AT4G27310 -0,17 1,02 1,31 0,80

AT4G38660 -0,15 1,18 1,38 1,02

ATMG01280 -0,48 2,32 3,01 -0,02

ATCG00740 0,69 1,73 1,16 0,27

ATCG00710 -0,08 1,65 1,17 -0,65

ATCG00330 -0,20 1,10 1,49 0,20

AT1G07890 -0,30 1,63 1,37 0,29

AT1G52150 0,25 1,08 1,06 0,57

AT2G03070 -0,05 1,02 1,11 0,26

AT2G23150 0,34 1,34 0,85 0,37

AT2G27530 0,29 1,67 1,08 0,19

AT3G29350 0,26 1,26 0,96 0,28

AT3G56090 0,02 1,02 1,11 0,46

AT4G03510 0,25 1,26 0,86 0,41

AT5G23910 0,13 1,05 1,09 0,52

AT5G42090 0,54 1,40 0,80 0,12

ATCG00160 0,39 1,05 0,89 0,22

ATCG00380 0,06 1,60 1,63 0,33

ATCG00480 0,28 1,77 2,21 0,54

ATCG00500 0,27 1,75 1,05 -0,16

ATCG00540 0,45 2,12 1,39 0,52

ATCG00790 -0,14 1,13 1,21 -0,34

ATCG00720 -0,58 1,41 1,04 -0,82

AT2G29340 0,62 1,14 0,37 0,79

AT3G12950 0,72 1,06 0,75 1,13

AT3G58610 0,75 1,46 0,49 0,82

AT1G68660 0,16 1,19 -0,64 -1,36

AT1G02850 -0,07 1,10 -1,28 -1,82

AT2G15490 0,70 1,64 -1,32 -1,70

-Cd

+Cd

ARN totaux

ARN polysomaux

Translational regulation

No variation in total RNA Polysomal RNA increase



TTem TCad

PTem PCad

TCad PCad

TTem PTem

Uncoupling

AT5G48800 -1,13 -0,56 1,19 0,84

AT1G52470 -1,13 -0,42 2,26 1,51

AT2G03090 -0,90 -0,71 1,89 1,96

AT2G06850 -0,97 -0,97 2,05 1,67

AT3G44750 -0,84 -0,83 0,85 0,98

AT3G54210 -0,88 -0,07 1,10 0,75

AT5G13330 -0,94 0,66 2,42 1,07

AT5G17330 -0,94 -0,69 1,66 0,76

AT5G59870 -0,96 0,06 1,84 0,90

ATCG00150 -0,97 0,36 0,92 -0,30

AT5G41980 -0,83 -0,65 0,83 0,35

AT5G41680 -1,77 -0,64 0,92 -0,34

AT5G41680 -1,73 -0,54 0,89 -0,42

AT5G24490 -0,95 -0,59 0,87 0,10

AT5G14430 -0,91 -0,34 0,83 0,30

AT4G38500 -1,61 -0,31 1,02 -0,49

AT1G76140 -0,93 -0,53 0,93 0,21

AT1G73220 -2,39 -0,77 1,69 0,01

AT1G49960 -1,73 -0,37 1,10 0,18

AT1G33680 -1,17 -0,10 0,93 0,21

AT1G15810 -1,14 0,02 1,29 0,16

AT1G03680 -1,80 0,14 1,02 -0,45

AT1G04510 -1,77 -0,36 0,84 -0,44

AT1G07360 -1,31 0,26 1,07 -0,23

AT1G09760 -1,46 -0,10 1,09 -0,50

AT1G14910 -1,19 -0,05 1,11 0,00

AT1G15370 -1,25 -0,34 1,00 0,07

AT1G16350 -1,17 -0,21 0,86 0,10

AT1G16520 -0,99 0,08 0,98 0,27

AT1G21500 -1,07 -0,62 0,79 0,06

AT1G26660 -0,97 -0,08 0,94 -0,12

AT1G27400 -1,75 -0,41 1,42 -0,23

AT1G30360 -1,39 -0,53 1,42 0,18

AT1G30580 -1,08 -0,68 0,83 0,09

AT1G31330 -3,08 -0,11 2,31 -0,69

AT1G31940 -1,09 -0,15 0,80 -0,22

AT1G32470 -0,97 -0,05 1,20 0,10

AT1G51400 -1,47 -0,46 1,45 0,33

AT1G52190 -0,87 -0,05 1,06 0,35

AT1G52230 -1,09 -0,05 0,91 0,19

AT1G56580 -1,14 -0,51 0,79 0,51

AT1G64510 -0,86 -0,29 0,78 0,13

AT1G73930 -0,85 -0,64 0,97 0,55

AT1G74210 -1,80 -0,69 1,01 -0,50

AT1G76540 -2,02 -0,32 0,91 -0,42

AT1G77760 -1,68 -0,89 0,97 0,19

AT1G77940 -1,80 -0,33 0,95 -0,58

AT1G78630 -1,48 -0,80 1,09 0,46

AT1G78870 -0,87 -0,31 0,94 -0,19

AT1G80750 -0,92 -0,05 1,31 0,37

AT2G01820 -0,82 -0,48 1,05 0,40

AT2G03870 -1,34 -0,05 0,91 -0,42

AT2G04460 -1,44 -0,23 1,49 0,25

AT2G17700 -1,78 -0,05 1,05 -0,50

AT2G19540 -1,13 -0,37 1,01 0,11

AT2G20530 -0,96 -0,24 1,15 0,17

AT2G25060 -0,96 0,08 1,13 -0,27

AT2G25670 -1,01 -0,75 0,78 0,20

AT2G27600 -1,11 0,04 1,11 0,16

AT2G33040 -1,63 -0,37 1,18 0,04

AT2G34650 -1,02 -0,34 0,94 0,46

AT2G38810 -1,19 0,40 0,97 -0,70

AT2G40060 -1,09 0,33 0,87 -0,35

AT2G41380 -1,84 0,12 1,55 -0,05

AT2G41530 -1,86 0,03 1,38 -0,28

AT2G42110 -1,10 0,06 0,98 0,02

AT2G44100 -1,36 -0,11 0,86 -0,34

AT2G45960 -1,19 -0,35 1,22 0,58

AT2G47680 -0,90 0,02 0,94 -0,12

AT3G01280 -1,14 -0,21 0,83 0,20

AT3G04510 -1,01 0,00 0,82 -0,32

AT3G07480 -0,95 0,00 1,16 0,11

AT3G09090 -1,35 -0,17 1,00 -0,16

AT3G11630 -1,43 -0,15 0,88 -0,16

AT3G15110 -1,13 0,22 1,39 0,17

AT3G18000 -1,02 0,35 1,25 -0,29

AT3G22880 -0,93 -0,38 1,15 0,59

AT3G46510 -1,11 -0,11 0,87 0,07

AT3G47860 -0,95 -0,28 0,87 0,44

AT3G51500 -0,98 0,04 1,16 0,16

AT3G51620 -2,06 0,10 1,31 -0,58

AT3G52090 -1,21 0,50 1,11 -0,50

AT3G53620 -1,84 -0,15 1,09 -0,43

AT3G59900 -0,88 0,29 1,01 -0,06

AT3G60770 -1,45 -0,30 1,19 0,04

AT3G60840 -1,39 -0,31 0,90 -0,10

AT4G01290 -1,37 -0,62 0,89 0,20

AT4G01730 -0,81 -0,18 0,90 0,09

AT4G02150 -1,06 -0,53 1,11 0,06

AT4G11420 -0,96 -0,21 0,83 0,40

AT4G12800 -1,99 -0,25 1,35 -0,09

AT4G14330 -0,89 -0,10 0,88 -0,24

AT4G15510 -1,21 -0,41 0,78 -0,30

AT4G26870 -1,82 -0,38 0,87 -0,27

AT4G27590 -2,37 -0,14 1,74 -0,01

AT4G28300 -1,17 0,08 0,85 0,13

AT4G31300 -1,11 -0,79 1,17 0,56

AT4G31700 -2,11 -0,40 1,12 -0,18

AT4G31840 -1,69 -0,10 1,39 -0,16

AT4G32470 -1,51 0,20 0,85 -0,62

AT4G34710 -2,04 -0,50 1,98 0,52

AT4G36650 -1,16 -0,11 1,02 0,02

AT5G02610 -1,70 -0,33 1,01 -0,53

AT5G06860 -1,13 0,71 1,26 -0,43

AT5G07590 -1,43 -0,17 0,79 -0,23

AT5G09330 -2,02 0,62 2,22 -0,20

AT5G09960 -0,99 -0,17 1,20 0,25

AT5G10060 -0,97 -0,27 1,13 0,24

AT5G10360 -1,08 -0,13 1,11 -0,03

AT5G11560 -2,04 -0,78 0,83 -0,50

AT5G13290 -1,26 -0,24 1,40 0,21

AT5G17340 -1,42 -0,93 1,25 0,62

AT5G18170 -2,36 -0,66 1,08 -0,16

AT5G20160 -0,94 0,23 0,84 0,03

AT5G23060 -0,90 -0,36 0,84 0,42

AT5G24610 -1,47 0,07 1,19 -0,08

AT5G28490 -0,88 -0,17 0,94 0,29

AT5G30510 -1,72 -0,64 1,01 -0,19

AT5G38410 -1,31 -0,61 0,88 0,39

AT5G38470 -1,45 -0,44 1,03 -0,06

AT5G41870 -1,44 -0,43 1,32 0,43

AT5G41970 -0,85 -0,15 1,61 0,71

AT5G47030 -1,29 0,35 2,03 0,54

AT5G47180 -1,18 0,41 1,42 -0,25

AT5G48610 -0,82 -0,24 0,82 0,24

AT5G49630 -1,67 -0,49 1,24 -0,03

AT5G55280 -1,73 -0,64 0,86 -0,06

AT5G56240 -1,37 0,02 0,94 -0,20

AT5G56280 -1,78 -0,49 0,80 -0,51

AT5G57490 -1,11 -0,23 1,04 0,03

AT5G58250 -1,27 -0,29 1,26 0,12

AT5G59880 -1,10 -0,37 1,00 0,06

AT5G61330 -1,14 -0,42 0,92 0,52

AT5G66140 -2,23 -0,53 1,11 -0,39

AT5G67270 -2,10 -0,37 1,21 -0,50

AT2G18230 -1,36 0,20 0,89 -0,73

AT4G34555 -2,75 -0,66 1,28 -0,78

ATCG00080 -1,23 0,53 0,88 -0,97

ATCG00720 -1,59 -0,43 0,45 -1,09

AT5G54270 -1,19 0,03 0,70 -0,73

AT5G51010 -1,19 -0,42 -0,13 -1,01

AT5G18780 -1,32 -0,12 0,03 -0,73

AT3G52030 -1,35 -0,61 0,08 -0,75

AT3G29320 -0,84 -0,13 -0,11 -0,86

AT2G01400 -0,87 -0,39 -0,30 -0,84

AT1G79380 -1,72 -0,50 0,10 -1,19

AT1G48300 -1,07 -0,66 -0,71 -0,89

AT1G01050 -1,44 -0,21 0,03 -1,17

AT1G02130 -0,91 0,16 -0,27 -1,01

AT1G05205 -1,24 -0,46 0,57 -0,78

AT1G05900 -1,22 -0,06 0,15 -1,19

AT1G06430 -0,81 -0,36 -0,64 -0,77

AT1G07950 -0,99 -0,20 0,10 -0,89

AT1G07980 -0,97 0,12 0,10 -0,81

AT1G11890 -1,42 -0,20 0,29 -0,88

AT1G18360 -1,12 -0,09 0,37 -0,78

AT1G20830 -1,21 -0,35 -0,02 -1,23

AT1G29250 -0,94 -0,22 0,16 -0,81

AT1G34340 -0,81 -0,33 -0,12 -0,74

AT1G35830 -1,50 0,04 -0,03 -1,03

AT1G51070 -1,37 -0,53 -0,23 -0,89

AT1G60850 -1,39 -0,63 -0,03 -0,81

AT1G61770 -1,02 -0,42 -0,24 -0,88

AT1G65220 -0,98 -0,53 -0,11 -0,72

AT1G65650 -0,92 -0,59 0,00 -0,73

AT1G67090 -1,63 -0,32 -0,28 -1,08

AT1G68680 -1,68 -0,32 0,47 -0,74

AT1G69220 -1,00 -0,12 0,02 -0,76

AT1G69960 -1,53 -0,39 0,11 -1,07

AT1G70410 -1,76 -0,70 -0,55 -1,51

AT1G73430 -1,22 -0,40 -0,03 -0,89

AT1G74270 -1,41 -0,22 0,02 -0,98

AT1G77490 -0,98 0,54 0,29 -2,08

AT1G79930 -0,92 -0,18 -0,12 -0,77

AT1G80230 -1,42 -0,89 0,06 -0,73

AT2G01170 -0,92 -0,45 -0,43 -0,80

AT2G01180 -0,98 -0,57 -0,42 -1,09

AT2G02760 -1,60 0,00 0,04 -1,60

AT2G04700 -1,35 0,04 0,52 -0,84

AT2G14045 -0,83 -0,41 -0,33 -1,15

AT2G18900 -0,85 -0,39 -0,39 -0,72

AT2G19680 -1,43 -0,14 -0,04 -1,45

AT2G26530 -0,82 0,07 -0,25 -0,98

AT2G28240 -0,82 0,07 0,29 -0,75

AT2G32060 -0,81 0,40 -0,11 -0,89

AT2G34480 -1,21 -0,52 -0,54 -1,00

AT2G37120 -0,83 -0,47 -0,74 -0,84

AT2G38140 -2,07 -0,54 0,72 -0,84

AT2G40085 -1,16 -0,09 -0,36 -0,92

AT2G41160 -0,98 -0,01 0,15 -0,78

AT2G42390 -0,97 -0,10 -0,25 -1,22

AT2G42600 -0,94 -0,51 0,33 -0,81

AT2G44620 -1,43 0,05 0,36 -1,00

AT2G45135 -1,53 -0,47 0,40 -0,90

AT2G45200 -1,20 -0,04 -0,10 -1,23

AT2G47730 -1,00 0,29 -0,26 -1,56

AT3G04040 -1,37 -0,45 0,00 -0,93

AT3G04830 -1,18 -0,34 -0,12 -1,23

AT3G05280 -1,00 -0,41 0,13 -0,87

AT3G10730 -1,11 -0,10 -0,03 -0,81

AT3G11780 -1,96 -0,67 0,38 -1,02

AT3G13530 -1,07 -0,59 0,12 -0,75

AT3G14600 -1,36 -0,42 -0,16 -1,17

AT3G14610 -1,02 -0,17 0,31 -0,79

AT3G15020 -1,41 -0,31 0,01 -0,80

AT3G15980 -0,81 -0,42 -0,50 -0,80

AT3G17410 -1,30 -0,33 -0,07 -1,19

AT3G19740 -1,08 -0,35 0,13 -0,92

AT3G22290 -1,15 -0,58 0,25 -0,74

AT3G26090 -1,03 0,03 0,20 -0,81

AT3G48490 -0,98 -0,17 -0,07 -0,90

AT3G49100 -0,84 -0,41 -0,71 -1,29

AT3G52420 -1,13 -0,33 0,52 -0,79

AT3G52570 -0,95 -0,16 0,07 -1,03

AT3G52580 -1,14 0,22 0,24 -0,82

AT3G53670 -1,15 0,04 -0,21 -0,86

AT3G54560 -1,39 -0,47 -0,14 -0,77

AT3G56340 -1,96 -0,23 0,57 -0,82

AT3G56490 -1,17 0,44 0,47 -1,11

AT3G57160 -1,81 -0,45 0,43 -0,93

AT3G57320 -1,03 -0,10 -0,30 -1,11

AT3G58500 -0,94 0,06 -0,04 -0,82

AT3G59920 -0,82 0,15 0,33 -0,73

AT3G61640 -0,86 0,20 -0,53 -1,45

AT3G63080 -2,00 -0,30 0,30 -1,36

AT4G09800 -0,98 -0,32 0,28 -0,77

AT4G10180 -0,93 0,07 0,61 -0,72

AT4G12650 -1,59 -0,54 0,55 -0,78

AT4G14600 -1,05 0,15 0,19 -0,81

AT4G16520 -0,84 -0,77 -0,49 -0,75

AT4G18810 -1,11 -0,21 -0,41 -0,82

AT4G19050 -1,70 -0,43 0,05 -0,94

AT4G21270 -1,16 -0,23 -0,42 -1,00

AT4G29590 -0,98 0,01 0,33 -0,84

AT4G32830 -1,98 -0,42 0,65 -1,11

AT4G33010 -2,29 -0,70 0,56 -1,04

AT4G35360 -1,21 -0,35 -0,16 -1,02

AT4G38495 -0,98 -0,36 0,08 -0,86

AT4G38800 -0,90 -0,32 -0,51 -1,08

AT4G39540 -0,82 0,00 -0,49 -0,80

AT5G07300 -1,08 -0,34 -0,14 -0,73

AT5G09770 -1,79 -0,11 0,01 -1,69

AT5G09920 -1,99 -0,51 0,76 -0,88

AT5G11800 -1,41 -0,67 0,20 -0,91

AT5G18940 -1,04 -0,27 -0,04 -0,87

AT5G22875 -1,04 -0,21 0,02 -1,09

AT5G35520 -0,93 0,01 0,12 -1,94

AT5G41300 -1,53 0,75 0,00 -2,24

AT5G42720 -1,65 -0,91 0,19 -1,04

AT5G43460 -0,96 -0,44 -0,52 -1,62

AT5G44560 -1,57 -0,16 0,38 -1,03

AT5G47200 -1,63 -0,18 0,33 -0,94

AT5G47840 -1,14 -0,15 0,04 -1,15

AT5G49020 -1,70 -0,42 0,51 -0,94

AT5G50680 -1,28 0,08 0,01 -0,95

AT5G53870 -1,08 -0,14 0,24 -1,00

AT5G58375 -1,28 -0,08 0,10 -1,06

AT5G58740 -0,86 0,23 -0,02 -1,32

AT5G63135 -0,81 -0,16 -0,08 -0,96

AT5G63400 -1,62 -0,12 0,54 -0,88

AT5G65260 -0,99 0,42 0,14 -0,94

ATCG00020 -0,89 0,85 -0,49 -1,78

ATCG00670 -0,82 0,49 0,06 -1,69

ATCG00670 -1,09 0,76 -0,23 -1,85

ATMG00110 -0,88 -0,51 0,15 -1,01

ATMG00560 -1,31 -0,03 -0,17 -1,69

AT1G02080 -1,01 -0,30 -0,78 -1,51

AT1G13950 -1,30 -0,53 -0,99 -1,78

AT2G02120 -1,36 -0,45 -0,86 -1,33

AT2G23170 -1,17 0,84 -1,51 -3,66

AT2G34680 -0,88 -0,60 -1,10 -1,43

AT2G40010 -0,92 -0,53 -0,90 -1,82

AT4G23470 -1,51 -0,80 -0,97 -1,18

AT5G27700 -1,04 -0,55 -1,20 -1,50

AT5G66040 -0,99 0,59 -0,93 -2,38

ATCG00020 -0,87 0,03 -1,26 -2,13

-Cd

+Cd

Total RNA

Polysomal RNA

Total RNA decrease No variation polysomal RNA



TTem TCad

PTem PCad

TCad PCad

TTem PTem

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AT3G54000 0,91 0,23 -1,90 -1,16

AT4G13860 0,82 0,00 -1,56 -0,94

AT5G24090 0,84 -0,20 -2,16 -1,10

AT5G25110 1,61 -0,06 -2,14 -0,85

AT5G45350 1,08 -0,01 -1,72 -0,78

AT5G48180 1,05 0,90 -0,79 -1,13

AT5G57815 1,27 0,78 -1,06 -0,75

AT5G61660 0,97 0,28 -2,43 -2,09

AT5G63030 0,84 0,04 -1,60 -1,12

ATCGMVL072 1,25 0,58 -1,51 -1,52

-Cd

+Cd

Total RNA

Polysomal RNA

total RNA increase No variation polysomal RNA

Uncoupling



Class 1: Homodirectional variation: Cadmium: 23% , Sucrose 17%Class 2: Translational regulation: Cadmium 7%, Sucrose 76%Class 3: Uncoupling: Cadmium 70%, Sucrose 7%

Class 2 and 3 define subcellular sites for accumulation of mRNA

Polysomal RNATotal RNA

Polysomal RNATotal RNA

- stress

+ stress

- stress

+ stress

- stress

+ stress

1

2

3

UP DOWN

Different stresses leads to different types of translational responses



les ARNm sont localisés et traduits dans des régions cellulairesparticuliéres->gradients

Comparative Genomics Identifies a Flagellar and Basal Body Proteome that Includes the BBS5 Human Disease Gene (Cell, 117 p541 2004)

Flagelles: structures complexes (100-250 proteines)Plantes: cellules non-flagelléesAlgues, animaux: cell. flagellées

Proteome humain + proteome chlamydomonas - proteome arabidopsis= ensemble des composants du flagelle!!!!

Génomique comparative

4E

4G

4A

PABP

40S

2

11A

3

AAAAA

5

Protein synthesis: initiation

AUG

4E+4G+4A=eucaryotic initiation complex 4F (eIF4F)

une autre méthode de génomique inverse : tilling (targeted induced local lesins in genomes, comai,...

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