rapport d’activités 2010 - biogenouest.org · terme de réseau participatif. ... en 2011. fin...

rapport d’activitésrapport d’activités

20102010

ÉDITO

Des événements importants

ont jalonné l’année 2010

de Biogenouest :

renouvellement de la

Convention du GIS et

Règlement intérieur, affichage

de la thématique transversale

« Environnement »,

structuration de l’axe

technologique « Génomique »,

création d’un nouvel axe

« Analyse structurale et

métabolomique » avec la

constitution de la plate-forme

Corsaire, création de

sous-thèmes dans l’axe

« Exploration fonctionnelle »,

intégration de la plate-forme

MicroPICell de Nantes,

labellisation IBiSA de la

plate-forme BIBS et de ReNaBi

Grand Ouest pour la

bio-informatique, réunion de

lancement du projet européen

ShareBiotech à Rennes…

Madame, Monsieur,

Chers collègues,

Je vous invite à découvrir le Rapport d’activités 2010 de Biogenouest.

L’évaluation par une commission d’experts extérieurs, fin 2009, a donné lieu à la rédaction d’un plan d’actions que Biogenouest s’est attaché à mettre en œuvre au cours de l’année 2010. Véritable outil de pilotage pour Biogenouest, ce plan d’actions permet de mieux suivre l’activité de notre réseau et de mieux en structurer le fonctionnement.

Le présent rapport d’activités montre la richesse et la diversité des projets qui sont menés. Tout ceci n’est bien sûr possible que grâce au travail, à la passion et à la motivation des équipes, dans leurs domaines respectifs mais également dans leur participation active à la vie du réseau !

Pour conclure, je voudrais remercier toutes celles et tous ceux qui ont participé à la dynamique de Biogenouest en 2010, à titre individuel ou collectif, donnant ainsi tout son sens au terme de réseau participatif.

Très bonne lecture à toutes et à tous.

Michel Renard Directeur de Biogenouest

SOMMAIRE 1 Thématique transversale « Environnement » ................................................................................................... 3 2 Projet européen « ShareBiotech » ................................................................................................................... 4 3 Structuration de l’axe Génomique ................................................................................................................... 5 4 Faits marquants des plates‐formes technologiques ......................................................................................... 6

4.1 Axe « Génomique » ................................................................................................................................... 6 4.2 Protéomique : « Identification et caractérisation à haut débit » ................................................................ 8 4.3 Protéomique : « Plate‐forme automatisée de développement d'anticorps monoclonaux (Padam) » ....... 10 4.4 Protéomique : « Interactions moléculaires puces activités (Impact) » ...................................................... 12 4.5 Exploration fonctionnelle : « Production de vecteurs viraux » .................................................................. 14 4.6 Exploration fonctionnelle : « Vecteurs de synthèse (SynNanoVect) » ...................................................... 16 4.7 Exploration fonctionnelle : « Transgenèse Xénope » ............................................................................... 18 4.8 Exploration fonctionnelle : « Transgenèse Rat » ...................................................................................... 19 4.9 Exploration fonctionnelle : « Cardiex » .................................................................................................... 21 4.10 Exploration fonctionnelle : « Microscopy Rennes imaging center (MRic) » ............................................ 22 4.11 Exploration fonctionnelle : « Imagerie fonctionnelle PRISM » ................................................................ 24 4.12 Exploration fonctionnelle : « Imagerie pour analyse du contenu cellulaire (ImPACcell) » ....................... 26 4.14 Exploration fonctionnelle : « Histopathologie (H2P2) » ........................................................................... 28 4.15 Exploration fonctionnelle : « Cyclotron Arronax » .................................................................................. 29 4.16 Analyse structurale et métabolomique : « Biopolymères, biologie structurale (BIBS) » .......................... 31 4.17 Analyse structurale et métabolomique : « Corsaire » .............................................................................. 33 4.18 Bio‐informatique : ReNaBi Grand Ouest ............................................................................................... 35

5 Budget 2010 ................................................................................................................................................... 37 6 Animation de Biogenouest ............................................................................................................................ 38

6.1 Animation scientifique ............................................................................................................................ 38 6.2 Démarche Qualité .................................................................................................................................. 40 6.3 Valorisation ............................................................................................................................................ 41 6.5 Communication ...................................................................................................................................... 42

Biogenouest – Rapport d’activités 2010 3

1 Thématique transversale « Environnement »

En 2010, une réflexion s'est engagée sur l’affichage du thème « environnement » au sein de Biogenouest, l’objectif étant de renforcer l’affichage et la visibilité de cette thématique.

Un premier constat : tous les acteurs de Biogenouest se sentent concernés par cette thématique et les domaines Mer, Agro et Santé la revendiquent. L’environnement recouvre en effet une dimension des recherches menées au sein des domaines sans les représenter complètement. Il semble toutefois que le domaine Santé en fasse une appropriation différente.

Afin d’avancer sur le sujet, un groupe de travail représentatif des différentes sensibilités a été mis en place :

Anne‐Claude Lefebvre (valorisation et membre du Comité directeur)

Denis Tagu (domaine Agro)

Christiane Guillouzo (domaine Santé)

Philippe Vandenkoornhuyse (thème Environnement)

Olivier Collin (domaine Bio‐informatique)

Christelle Hays (animation et communication)

Catherine Boyen (domaine Mer et membre du Comité directeur)

Ce groupe de travail a présenté ses conclusions lors de la réunion du Conseil scientifique du 4 mai 2010 à Vegenov à Saint Pol de Léon. Après discussion, il a été convenu d'intégrer la thématique « environnement » dans le titre même de Biogenouest, qui devient donc le « Réseau des plates‐formes du Grand Ouest en sciences du vivant et de l’environnement ».

En outre, un meilleur affichage de l’environnement en tant que thématique transversale doit être mis en œuvre sur la plaquette de Biogenouest pour chacun des domaines.

4 Biogenouest – Rapport d’activités 2010

2 Projet européen « ShareBiotech »

Le projet européen ShareBiotech a démarré le 1er janvier 2010. Les représentants des dix partenaires du projet se sont réunis les 4 et 5 mars à Rennes pour le lancement officiel du projet. Deux autres réunions de consortium ont eu lieu en 2010 : à Faro (Portugal) en avril et à Pampelune (Espagne) en septembre.

Pour rappel, l’objectif du projet est de rendre plus accessibles les plates‐formes technologiques, notamment pour les entreprises, afin de soutenir des projets de recherche fondamentale et appliquée, et de développer une économie de la connaissance basée sur les sciences du vivant dans l’Espace Atlantique européen.

Des outils de communication ont été réalisés : le site internet www.sharebiotech.net, une plaquette, ainsi qu’un poster rappelant les principaux objectifs et la composition du partenariat.

Cette année de démarrage a principalement consisté à poser les bases du projet. Il s’agissait, d’une part, de recenser l’offre technologique – c'est‐à‐dire les plates‐formes technologiques ‐ existant dans les 7 régions du projet. D’autre part, les partenaires ont mené des enquêtes afin d’évaluer les besoins technologiques des chercheurs et des entreprises. Au total, 183 équipes de recherche et 143 entreprises ont été interviewées fin 2010 et début 2011 dans les 4 pays du projet, dont 43 entreprises et 29 équipes de recherche en France. Les résultats font l’objet d’un traitement à la fois quantitatif et qualitatif, et déboucheront sur la production d’un rapport en 2011. Fin 2010, le Conseil scientifique de Biogenouest a participé à l’analyse en groupes de travail thématiques : Génomique, Protéomique, Ressources biologiques, Bio‐informatique et Professionnalisation des plates‐formes technologiques.

Les autres actions ShareBiotech ont pour objectif de mieux répondre aux besoins en termes d’accès aux technologies, en valorisant au mieux les plates‐formes technologiques.

Pour cela, l’action « Connecting people » se fonde sur un plan de mobilité qui finance voyage et hébergement pour des échanges de personnes principalement entre les régions du projet. Les bénéficiaires sont les acteurs des biotechnologies des régions ShareBiotech (chercheurs, ingénieurs, acteurs de l’innovation et du transfert de technologies, etc.). L’objectif est de faciliter les rencontres, la formation et l’information afin de permettre aux bénéficiaires d’améliorer leurs compétences technologiques ou relatives à la gestion, la communication et la valorisation des outils et compétences technologiques. Le plan de mobilité a été conçu en 2010 (mise en place des règles, du formulaire de demande de bourse de mobilité, etc.) et quelques mobilités ont eu lieu.

Par ailleurs, l’action « professionnalisation des plates‐formes technologiques » a été lancée fin 2010. Elle consiste à sélectionner des plates‐formes puis à les accompagner vers une offre de service plus visible, mieux structurée et de meilleure qualité. La sélection des plates‐formes, en particulier celles de Biogenouest, se fera en 2011.

Enfin, le projet ShareBiotech établit des liens avec d’autres projets européens d’intérêt, tels que BIO‐CT, Fasilis, Interbio ou ABCEurope, et ce afin de capitaliser sur des actions similaires. Tous ces projets s’intéressent à la mutualisation et à l’ouverture des plates‐formes technologiques en sciences du vivant.

FAIT MARQUANT :La première réunion du consortium,

en mars à Rennes, marque le lancement officiel du projet et le démarrage concret des actions.


3 Structuration de l’axe Génomique

En 2010, du fait de la convergence de plus en plus grande des technologies liées au séquençage de nouvelle génération (ou NGS pour Next Generation Sequencing), les plates‐formes « Séquençage/génotypage » et « Transcriptome » de Biogenouest se sont regroupées au sein d’un seul axe appelé « Génomique ».

L’axe Génomique met à la disposition de la communauté scientifique les outils nécessaires pour mener à bien des projets de génomique structurale et/ou fonctionnelle dans les domaines de la mer, de l’agronomie, de l’environnement et de la santé. Il fonctionne en étroite collaboration avec les plates‐formes de bio‐informatique pour le traitement, l’analyse et le stockage des données.

Coordonné par Philippe Vandenkoornhuyse (Rennes) et Richard Redon (Nantes), l'axe Génomique regroupe 5 sites en Bretagne et Pays de la Loire :

RHE : plate‐forme « Génotypage » Rennes‐Le Rheu, UMR 118 et 1099, Inra‐Agrocampus Ouest‐Université de Rennes 1

RNB : plate‐forme « Génomique environnementale et fonctionnelle », Université de Rennes 1, campus de Beaulieu ‐ Observatoire de Rennes (IFR2116/FR90 Caren)

RNV : plate‐forme « Génomique santé » de Rennes Villejean ‐ Laboratoire de génomique médicale, CHU de Rennes; UMR6061 CNRS, IFR140

SBR : plate‐forme « Séquençage/génotypage » de Roscoff ‐ Station biologique de Roscoff

NTS : plate‐forme « Génomique » de Nantes ‐ UMR 915 / IFR26


4 Faits marquants des plates‐formes technologiques

4.1 Axe « Génomique »

4.1.1 Faits marquants

Au cours de l’année 2010, les membres de l’axe Génomique de Biogenouest ont décidé de renforcer leur collaboration et ont fondé « Biogenouest Génomique », une organisation unique regroupant cinq plates‐formes :

NTS : plate‐forme Génomique de Nantes – UMR 915 / IFR26

RHE : plate‐forme de Génotypage de Rennes – Le Rheu, UMR 118 / 1099, Inra ‐ Université de Rennes 1

RNB : plate‐forme de Génomique environnementale et fonctionnelle de Rennes‐Beaulieu, IFR2116/Caren

RNV : plate‐forme Génomique‐Santé de Rennes‐Villejean, CHU de Rennes, UMR6061/IFR140

SBR : plate‐forme de Séquençage/génotypage de Roscoff, Station biologique de Roscoff, CNRS/UPMC

La coordination de Biogenouest Génomique est assurée par Philippe Vandenkoornhuyse (RNB) et Richard Redon (NTS).

La principale avancée technologique en 2010 a été mise en œuvre sur le site de Rennes‐Beaulieu. Différentes applications de séquençage haut débit sur Roche/454 GS‐FLX Titanium (Roche) y ont été développées, ainsi qu’un pipeline bio‐informatique garantissant une analyse optimale des données de séquence. Les premières applications offertes ont été le séquençage de génomes, de méta‐génomes et d'amplicons. Dès cette première année de production de séquences, la plate‐forme a fonctionné à capacité maximale (le goulot d'étranglement étant le manque relatif de personnel réalisant les étapes de préparation des librairies avant séquençage).

4.1.2 Equipement, technologies, projets

Nouveaux équipements acquis en 2010 : Le site NTS a acquis la station Affymetrix GeneTitan MC, qui permet le génotypage et l’analyse de transcriptome sur puces à ADN à très haut débit. Cette station, financée sur des fonds propres de l’UMR 915, était initialement dédiée aux projets de recherche des généticiens de l’Institut du thorax de Nantes. Elle sera progressivement ouverte à la communauté scientifique via Biogenouest Génomique courant 2011.

Nouveaux projets démarrés en 2010 :

Projets académiques :

Au cours de l'année 2010, le site RNB a accueilli 17 nouveaux projets sur Roche GS‐FLX, correspondant au séquençage de 7 milliards de bases (après filtration). Note : L’une des toutes premières études – « Evolution des comportements de coopération entre symbiotes de plantes » ‐ a été publiée en 2011 dans la prestigieuse revue américaine Science.

En parallèle, 160 projets de génotypage/séquençage capillaire ont été accueillis sur les sites NTS, RHE et SBR. Enfin, les sites RNV et NTS ont accompli 38 projets basés sur les technologies de puces à ADN, dont une étude consistant à rechercher des marqueurs épigénétiques pronostiques/prédictifs dans le glioblastome, un projet visant à identifier des facteurs génétiques modificateurs de la pénétrance de l’hémochromatose‐HFE et une étude ayant pour but de caractériser le rôle de l’IL2 lors de la différentiation des lymphocytes B naïfs.

Projets avec les entreprises :

Partenariats avec les sociétés TcLand, Atlangène Application et Affilogic (NTS)

Deux collaborations avec le Centre technique Vegenov (SBR) Un projet basé sur l’étude transcriptomique de lignées cellulaires pour ManRos Therapeutics (RNV).

FAIT MARQUANT : En 2010, afin de renforcer leur collaboration, les membres de

l’axe Génomique créent « Biogenouest Génomique ».


Nouvelles technologies :

Application NGS sur Roche/454 GS‐FLX : séquençages de génomes, de méta‐génomes et d’amplicons ; RNA‐seq et meta‐RNA‐seq en cours de développement fin 2010 (RNB)

Génotypage haut débit (SNP, CNV) par la technologie Illumina Infinium HD (RNV)

Installation de la station Affymetrix GeneTitan MC : service disponible en 2011 (NTS)

Développements relatifs aux activités de génotypage : mise en place de la technologie « CSCE » (en cours), mise en production de la technologie « SnapShot » (SBR).

4.1.3 Nouveaux personnels en 2010

Aurore DESPRES, Tech. CHU Nantes (CDD) depuis juin 2010 (NTS)

Alexandra DHEILLY, IE Université de Rennes 1 (CDD) depuis novembre 2010 (RNB)

4.1.4 Coordonnées

Biogenouest Génomique www.biogenouest.org/index.php?pa=N310&la=fr

RNV : PF Génomique‐Santé Laboratoire de génomique médicale 2 avenue Henri Le Guilloux 35033 RENNES Cedex 9

Tél. 02 99 28 92 53 [email protected]‐rennes1.fr

RNB : PF de Génomique environnementale et fonctionnelle Campus de Beaulieu 35000 RENNES

Tél. 02 23 23 50 07 philippe.vandenkoornhuyse@univ‐rennes1.fr

NTS : PF Génomique de Nantes 8 quai Moncousu, BP 70721 44007 NANTES Cedex 1 Tél. 02 28 08 01 41 Pf‐Seq‐Gen@univ‐nantes.fr

RHE : PF de Génotypage de Rennes‐Le Rheu Domaine de la Motte au Vicomte, BP 35327 35653 LE RHEU Cedex

Tél. 02 23 48 51 40 [email protected]

SBR: PF de Séquençage/génotypage de Roscoff Station biologique de Roscoff Place Georges Teissier 29682 ROSCOFF Cedex

Tél. 02 98 29 23 81 erwan.corre@sb‐roscoff.fr

Rattachement :

RNV : CNRS UMR 6061 ‐ IFR140 – Université de Rennes 1 RNB : Osu‐Caren, Université de Rennes 1 NTS : Inserm UMR 915, IRT‐UN RHE : Inra UMR 118 SBR : FR 2424 CNRS ‐ UPMC

Coordinateurs :

Philippe VANDENKOORNHUYSE (RNB) philippe.vandenkoornhuyse@univ‐rennes1.fr

Richard REDON (NTS) richard.redon@univ‐nantes.fr RNV : Jean MOSSER (resp. scientifique) Amandine ETCHEVERRY (resp. technique) RNB : Philippe VANDENKOORNHUYSE (resp. scientifique) Sophie COUDOUEL, Oscar LIMA (resp. techniques) NTS : Richard REDON (resp. scientifique) Françoise GROS (resp. technique) RHE : Gilles BOUTET (resp.scientifique et technique) SBR : Erwan CORRE (resp. scientifique) Morgan PERENNOU (resp.technique)


4.2 Protéomique : « Identification et caractérisation à haut débit »


L’année 2010 a été marquée par les développements en imagerie par spectrométrie de masse. L’un des enjeux majeurs de cette technologie est l’atteinte d’une résolution à l’échelle de la cellule unique. La plate‐forme est la première au monde à réaliser des images moléculaires avec une résolution latérale de 20 microns sur un instrument commercial (Lagarrigue et al., 2011 Mol Cell Proteomics. Epub 2010 Dec 12). Ces travaux ouvrent des perspectives majeures pour la découverte de biomarqueurs en cancérologie mais également dans le domaine de la toxicologie mécanistique, de la sécurité des substances chimiques (cf. REACH) ou de l’évaluation in vivo en Drug Development. Cette technologie rendrait également possible la construction de modèles qualitatifs et quantitatifs de l’action de toxiques sur des tissus.

2010 a également été marquée par une stabilisation des savoir‐faire avec la prise de fonction de Laetitia Guillot et Régis Lavigne en tant qu’ingénieurs d’étude statutaires.

Enfin, le partenariat avec Bruker Daltonics est reconduit pour des développements dans le domaine de l’imagerie MALDI.


Pas de nouveaux équipements en 2010.



Etude du sécrétome de la lignée germinale testiculaire par Omique combinatoire. Responsable : C. Pineau – Inserm U625, Rennes.

Fertichip : Développement d’un dosage prédictif pour évaluer la présence de spermatozoïdes dans les testicules d’hommes infertiles. Responsable : C. Pineau ‐ Inserm U625, Rennes.

Determination of mechanisms involved in the phenotypic correction in the GRMD treated dog, a model of Duchenne muscular dystrophy. Responsible : L. Guével ‐ UMR CNRS 6204 U3B, Nantes.

The proteome of fermentation, respiration and sporulation in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Responsable : M. Primig ‐ Inserm U625, Rennes.

Annotation experte assistée par protéomique du génome d'Ectocarpus Siliculosus. Responsables : C. Pineau et P. Potin, Station Biologique de Roscoff

Identification de biomarqueurs de l’épilepsie absence sur souris modèles par Imagerie MALDI. Responsable : B. Martin ‐ Inserm U642, Rennes

CRIPTAGO II : Nouvelles techniques de dépistage des ß‐agonistes par approches Omiques en vue du contrôle de leur usage illégal en élevage. Responsable : G. Pinel, Laberca Oniris Nantes

Identification de facteurs du liquide séminal modulant la transmission sexuelle VIH/SIV. Responsable : N. Dejucq‐Rainsford – Inserm U625, Rennes.

Proteome analysis of Xenopus laevis oocyte at different stages of maturation: Toward single cell proteomics. Responsible : J. Kubiak ‐ UMR CNRS6061, Rennes.

Projets avec des entreprises :

La plate‐forme ne traite aucun projet industriel. Les demandes sont orientées vers la société Innova Proteomics.

FAIT MARQUANT : L’année 2010 a été marquée par les développements de la plateforme en imagerie par

spectrométrie de masse.

Image moléculaire d'une coupe de tubule séminifère testiculaires à une résolution latérale de 20 microns.

La distribution de 4 protéines d'intérêt est suivie par des codes couleur.



La plate‐forme a développé une approche de sélection de protéines d’intérêt par “Omique combinatoire”, une approche qui utilise les jeux de données d’expression transcriptomique pour la fouille des listes de protéines issues de programmes d’analyse systématique. Cette approche est particulièrement pertinente pour la mise en évidence de biomarqueurs fonctionnels et/ou diagnostics à partir de fluides biologiques. Elle repose en grande partie sur les fonctionnalités du logiciel AMEN (The Annotation, Mapping, Expression & Network suite of tools; Chalmel & Primig 2008 BMC Bioinformatics). Cette approche est accessible aux équipes collaboratrices. Les travaux en cours sont axés sur 1) l’optimisation du workflow d’identification de protéines dans des échantillons complexes sur LTQ‐Orbitrap XL ETD, et 2) l’amélioration des méthodes bio‐informatiques employées pour l’extraction de connaissance et prise de décision à partir des données protéomiques générées.

La plate‐forme offre également un accès aux technologies d’imagerie MALDI. Les travaux en cours concernent 1) l’amélioration de la résolution latérale que l’équipe a déjà amenée à 20 µm ; 2) la co‐localisation de protéines et petites molécules (toxiques) ; 3) le développement et l’optimisation d’un workflow d’identification des protéines d’intérêt par une approche MALDI linéaire et caractérisation en topdown ; et 4) la quantification absolue de peptides et petites molécules.


Régis LAVIGNE, IE Inserm, spectrométrie de masse. Titularisé le 1er février 2010

Laetitia GUILLOT, IE Université de Rennes 1, Bio‐informatique. Titularisée le 1er décembre 2009

Sophie GUINARD, Assistante de direction CDD. Arrivée le 1er mars 2010

4.2.4 Coordonnées

Plate‐forme Protéomique haut débit Bât. 24 Campus de Beaulieu 263 avenue du Général Leclerc 35042 RENNES Cedex

Tél. 02 23 23 52 83 Fax : 02 23 23 52 82 proteome@univ‐rennes1.fr

www.proteome.univ‐rennes1.fr

Rattachement : Irset, Inserm U625

Responsables :

Charles PINEAU (resp. scientifique) Emmanuelle COM (resp. technique)


4.3 Protéomique : « Plate‐forme automatisée de développement d'anticorps monoclonaux (Padam) »


En juin 2010, suite à sa demande de financement, la plate‐forme Padam a reçu la visite de Jacques Grassi et Michel Kochoyan. En particulier, le projet d’investir dans une nouvelle chaîne automatisée pour la génération d’anticorps monoclonaux leur a été présenté. L’objet de ce nouvel équipement est de pouvoir à terme automatiser toutes les étapes de la fusion cellulaire à la congélation des hybridomes, en passant par la réalisation des ELISAs. Cette opération devrait permettre de maintenir l’avance technologique de Padam.

A l’automne, IBiSA a confirmé son soutien à ce projet, à hauteur de 200 K€. Padam a également obtenu le soutien de Biogenouest et de la Région Pays de la Loire qui lui a accordé le même montant.

Parmi les autres faits marquants pour la plate‐forme, l’obtention d’anticorps neutralisant la forme humaine de l’oncostatin M. (cf. ci‐dessous) et l’obtention d’anticorps neutralisant la sous‐unité p19 de l’interleukine‐23 (cf. ci‐dessous).


Nouveaux équipements acquis en 2010 : Acquisition de deux congélateurs ‐80°C, deux containers et un réservoir pressurisé à azote, afin de consolider le parc d’équipements pour la préservation du matériel biologique. Renouvellement du système d’imagerie ECL avec l’achat d’un LAS4000 (GE).



Certaines cytokines secrétées lors des maladies inflammatoires chroniques (TNFa, IL‐1, IL‐6 ou les interferons) contribuent au développement et à l’auto‐entretien de la maladie. Ceci est le cas par exemple dans la polyarthrite rhumatoïde, le psoriasis, les inflammations chroniques de l’intestin, ou bien encore dans la sclérose en plaque. La neutralisation de ces cytokines pro‐inflammatoires par des anticorps monoclonaux a permis, au cours de ces dix dernières années, des progrès considérables dans le traitement de ces pathologies. Quelques cytokines supplémentaires, identifiées par le secteur pharmaceutique comme étant des cibles importantes à neutraliser dans ces maladies, n’ont pas encore pu donner lieu à l’obtention de monoclonaux neutralisants du fait de leur structure, ou simplement parce qu’elles sont très peu immunogènes.

Padam travaille en partenariat à lever certains de ces verrous pour obtenir des monoclonaux originaux contre ces molécules pro‐inflammatoires.

Anti‐OSM ‐ Courant 2009 Padam avait répondu à un appel à projet OSEO « Maturation de projets innovants en Anjou » pour lequel la plate‐forme montre l’intérêt de développer des anticorps neutralisants contre une cytokine impliquée dans les pathologies cutanées, l’Oncostatin M (OSM). Padam a travaillé sur deux axes, l’un étant d’obtenir des anticorps neutralisant l’OSM humaine et l’autre vis‐à‐vis de l’OSM murine, pour renforcer la preuve de concept chez l’animal. Elle a obtenu des anti‐OSM dirigés contre la forme humaine. La génération des anti‐OSM murin est en cours (Angers). Les parties variables de 5 monoclonaux neutralisant la forme humaine ont été clonées, la rédaction d’un brevet est en cours.

Anti‐IL23p19 ‐ Il a été montré que l’IL‐23 est fortement impliquée dans les maladies inflammatoires chroniques et auto‐immunes. C’est une cytokine composite des deux sous‐unités p19 et p40. Padam a généré une cinquantaine d’anticorps dirigés contre l’IL‐23 dont une dizaine contre la sous‐unité p19. Durant l’année 2010, Padam a développé des outils pour la caractérisation d’anticorps neutralisants et identifié les candidats pour une application thérapeutique. Les CDRs des monoclonaux neutralisants ont été clonés. Ce travail a été mené conjointement avec TcL Pharma, société de biotechnologie nantaise. Un brevet est à la relecture finale et va être déposé avec le soutien d’Inserm Transfert.

FAIT MARQUANT : En 2010, Padam a reçu un soutien

financier important pour l’acquisition d’une nouvelle chaîne automatisée pour la génération

d’anticorps monoclonaux.


Dans ces deux projets anti‐OSM et anti‐IL‐23, Padam a travaillé conjointement avec la plate‐forme Impact, pilotée par Yannick Jacques à Nantes, pour la détermination des affinités des anticorps monoclonaux générés vis‐à‐vis de leurs cibles.

Anticorps dirigés contre un virus de la pomme de terre : Padam a travaillé avec le Dr Laurent Glais (Inra) au développement d’anticorps monoclonaux dirigés contre des virus de la pomme de terre. La réponse immunitaire des souris au virus n’a pas été robuste et a conduit à la génération d’hybridomes très majoritairement de type IgM. La plate‐forme n’a finalement pas obtenu d’anticorps d’intérêt. (Rennes)

Par ailleurs, Padam a démarré plusieurs projets courant 2010 :

Le premier consiste à développer des anticorps dirigés contre une protéine impliquée en cancérologie, mais aussi et surtout lors de la reproduction. Ce travail réalisé avec le Dr Daniel Guerrier (UMR CNRS 6061, Rennes) a pour objet le développement d’un ELISA permettant de doser cette molécule au niveau sérique chez la femme, comme indicateur de stérilité.

Le second est un projet développé conjointement avec la plate‐forme protéomique de Rennes dirigée par Charles Pineau. Il s’agit d’un programme important qui porte sur 7 cibles différentes. L’objectif est de développer des anticorps monoclonaux reconnaissant ces 7 protéines, qui sont des marqueurs sériques de stérilité masculine. Ces marqueurs ont été identifiés par l’équipe de Charles Pineau avec une approche haut débit. L’analyse de leur expression sera multiplexée en utilisant soit une puce à protéines, soit vraisemblablement une détection de type Bioplex.


In Cell Art : Padam a travaillé avec cette société spécialisée dans des systèmes d’immunisation génique et validé la possibilité d’intervenir en amont pour générer des monoclonaux à partir des animaux qu’ils immunisent. La validation a notamment porté sur une protéine de membrane du lymphocyte. Ceci a ensuite permis un premier contrat de prestation en réponse à une demande d’une société suisse qui les a sollicités pour générer des monoclonaux contre une protéine d’un virus pathogène de l’homme. La plate‐forme a ainsi généré plus d’une vingtaine d’anticorps monoclonaux dirigés contre la protéine virale d’intérêt.

InnaVirVax : dans le cadre d’un contrat de service avec la société InnaVirVax, en région parisienne, Padam développe des anticorps monoclonaux dirigés contre une protéine membranaire de cellules sanguines dites « natural killer », en vue d’une application thérapeutique.

Nokad : Padam a développé des anticorps monoclonaux dirigés contre une protéine nucléaire, protéine qui est sur‐exprimée par certains types tumoraux.


La plate‐forme avait amorcé le développement de l’immunisation génique en 2009. Elle continue à mettre en œuvre cette technologie, en utilisant différents systèmes de vectorisation, car elle permettra de générer des monoclonaux vis‐à‐vis de protéines difficiles à produire sous forme recombinante dans leur conformation native. Ce travail vient en complément des interfaces avec In Cell Art et associe également l’unité Inserm 646 de Jean‐Pierre Benoit à Angers.

Padam a optimisé les procédures permettant le séquençage des fragments variables des immunoglobulines des monoclonaux (CDRs). En effet, la connaissance de ces séquences de DNA est nécessaire pour affirmer l’originalité des anticorps obtenus et renforce considérablement le dépôt des brevets. Deux approches sont réalisées : soit par séquençage direct d’un produit reverse‐transcrit, soit par séquençage de plusieurs cDNAs après leur insertion dans un plasmide.


Pas de nouveaux personnels en 2010.

4.3.4 Coordonnées

Plate‐forme Padam CHU Angers 4 rue Larrey 49933 ANGERS Cedex

Tél. 02 44 68 84 26/27 ‐ 02 44 68 83 99 Fax : 02 44 68 83 97 josy‐anne.froger@univ‐angers.fr

www.padam.eu

Rattachement : Inserm U564, IFR132

Responsables :

Hugues GASCAN Josy FROGER


4.4 Protéomique : « Interactions moléculaires puces activités (Impact) »


En 2010, Impact a commencé à développer une puce à protéines à visée diagnostic « MGUS‐Chip » dans le cadre d’un projet INCa – DHOS, Recherche Translationnelle : Spécificité anti‐agent infectieux des gammapathies monoclonales bénignes (MGUS) et malignes (myélome). L’objectif est de démontrer la spécificité des anticorps monoclonaux issus de patients diagnostiqués MGUS ou MM (myélome multiple). La technologie des puces à protéines et leur caractère haut débit permettront de cribler de nombreux sérums de patients vis‐à‐vis de protéines ou peptides caractéristiques de plus d’une vingtaine d’agents infectieux. Les IgG monoclonales sélectionnées seront caractérisées par SPR et par des approches spectroscopiques sur la plate‐forme.

La plate‐forme a par ailleurs développé de nombreux partenariats (Jasco, Polyintell, TLC Pharma, Cytune Pharma, Atlantic bone Screen) et poursuivi ses projets collaboratifs et de développements technologiques avec les sociétés ProtNeteomix et Affilogic.

Impact est impliquée dans deux programmes financés par Servier et Chemveda Life Sciences dédiés au criblage d’agents thérapeutiques potentiels dans la lutte contre le cancer.

Impact a intégré le GDR CNRS 3260 ACCITH « Anticorps et ciblage thérapeutique », réunissant plus de 74 équipes (CNRS, Inserm, CEA, CHRU tours, LEEM, Pierre‐Fabre, Servier etc. ; coordinateur : H Watier, Tours), ainsi que le projet fédérateur « Biologie intégrative » de Biogenouest.


Nouveaux équipements acquis en 2010 : Microcalorimètre MicroCal™ Auto‐iTC200 financé par l’ARC (50 %), la Région Pays de la Loire (38%) et l’Université de Nantes (12%)



Détection d’agent infectieux chez des patients atteints de Monoclonal gammopathy of undetermined significance (MGUS). Responsable : Dr Sylvie Hermouët ‐ Inserm U892, Nantes et plate‐forme Impact UMR 6204 U3B – Financement : INCa DHOS

Validation de thérapie cellulaire chez le chien GRMD (Golden retriever dystrophic dog) : Profil d’expression protéique et signalisation du muscle dystrophique après traitement thérapeutique. Responsable : Dr Laetitia Guével – plate‐forme Impact UMR 6204, UMR CNRS 6204, Université de Nantes), Dr Karl Rouger (Oniris)

Développement d’un outil diagnostique dans le domaine de l’infertilité. Responsable : Charles Pineau – plates‐formes Padam et Impact.

Etude de la pathogenèse des tumeurs osseuses, microenvironnement ostéolytiques, processus inflammatoires associés et thérapies ciblées. Responsable : Dr Dominique Heymann, Laboratoire de Physiopathologie de la résorption osseuse (LPRO) en collaboration avec l’Université d’Italie, l’Ifremer (Nantes) et Atlantic Bone Screen .

Mise au point de modèle BRET/HTRF dans le contexte cytokines et récepteurs : étude de l’état oligomérique des récepteurs à cytokines implquées dans la prolifération et le potentiel cytotoxiques des cellules NK et des TCD8+.


Radiothérapie vectorisée et radioimmunothérapie pour le traitement des cancers disséminés, Vectorisation des radio‐éléments en cancérologie. Responsable : Dr Jacques Barbet, Dr A. Faivre‐Chauvet. Equipe 13 (CRCNA, Inserm U892, Nantes), l'IRCNA et des collaborations avec l'industrie. Travail supporté en partie par la Communauté européenne via le 7ème PCRD et le Projet collaboratif TARCC, L’ANR (PCV grant VecRIT), l’INCa par l’« Innovative delivery systems for cancer radionuclide therapy » et le programme COST BM 0607 « Targeted Radionuclide Therapy ».

FAIT MARQUANT : En 2010, IMPACT a commencé

à développer une puce à protéine à visée diagnostic.


Implication de l’apoptose (famille Bcl‐2) dans la progression et le dévelopement des tumeurs, survie cellulaire, échappement tumorale et thérapie ciblée. Responsable : Dr Philippe, Programme « CIMATH », Agence nationale de la recherche (Mechanism of Activation of Bax project), ARC (grant 3875), Fondation de France et l’Institut de recherche Servier.


Microcalorimétrie depuis février 2010.

La plate‐forme est engagée dans le développement de la technologie BRET/HTRF dédiée au criblage de composés chimiques. Elle développe un catalogue de cibles thérapeutiques validées présentées à des clients académiques et industriels pour le développement de nouveaux composés à potentiel thérapeutique. Cibles développées : Bax/Bcl, sous‐unités alpha du récepteur à l’IL15, IL15R/RLI.

Technologie de ligation de proximité pour l’analyse d’interaction moléculaire in cellulo. Adaptation de la technologie pour l’analyse dynamique des interactions moléculaires en cytométrie en flux.


Mike MAILLASSON (IE) a obtenu un poste Inserm au 01/12/2010 Cathy CHARLIER (IE, CDD) a rejoint la plate‐forme en novembre 2010 en remplacement d’Adrien HERLEDAN Fabien GAUTIER (IE, CDD, Inserm) est affecté aux activités du plateau Mithras – HTRF‐Bret de la plate‐forme

4.4.4 Coordonnées

Plate‐forme Impact

Site de l’UFR Sciences et techniques : UMR CNRS 6204 « Biotechnologie, Biocatalyse et Biorégulation » Faculté des sciences et techniques 2 rue de la Houssinière 44322 NANTES Cedex 3 Site du Centre de recherche en cancérologie (CRCNA) Institut de biologie : Inserm UMR892 Institut de recherche thérapeutique (IRT1) 8, quai Moncousu, BP 70721 44007 NANTES Cedex 1

www.impact‐plateforme.com

Rattachement : IFR26

Responsables :

Directeur : Yannick JACQUES, Directeur de recherche CNRS Inserm UMR892, IRT1 8 quai Moncousu, BP 70721 44007 NANTES Cedex 1 Tél. 02 28 08 03 15 ‐ [email protected] Directeur‐adjoint : Pierre WEIGEL, MCU‐HDR Laboratoire de biotechnologie au sein de l’UMR CNRS 6204 Faculté des Sciences et Techniques 2 rue de la Houssinière 44322 NANTES Cedex 3 Tél. 02 51 12 56 24 ‐ pierre.weigel@univ‐nantes.fr Responsables techniques : Site de l’UFR Sciences et techniques : Cathy CHARLIER, Ingénieur d’études Tél. 02 51 12 56 21 ‐ Fax : 02 51 12 56 37 ‐ cathy.charlier@univ‐nantes.fr Site du Centre de Recherche en Cancérologie (CRCNA) IRT1 : Mike MAILLASSON, Ingénieur d’études Tél. 02 28 08 03 79 ‐ Fax : 02 28 08 03 79 ‐ mike.maillasson@univ‐nantes.fr


4.5 Exploration fonctionnelle : « Production de vecteurs viraux »


Le fait marquant pour l’année 2010 est la production du lot clinique du vecteur AAV4 RPE65 à ABG et le développement des tests de contrôle qualité (CQ) pour la caractérisation de ce lot clinique AAV4 RPE65.

Note : en 2011 l’Afssaps a autorisé l’essai clinique de thérapie génique de phase I/II utilisant le vecteur rAAV2/4.hRPE65 pour le traitement de dystrophies rétiniennes liées à des déficiences du gène RPE65.

3 autres faits ont marqué l’année pour la plate‐forme :

Projet multi‐partenariat « Contrôle qualité des vecteurs de thérapie génique dérivés des virus adéno‐associé de sérotype 8 (AAV8) ». Ce projet est développé entre le Laboratoire de Généthon (Evry), le Laboratoire de thérapie génique du CHU de Nantes (UMR 649) et l’unité Biologie cellulaire et moléculaire de la Direction des laboratoires et des contrôles (DLC de Vendargues, Afssaps). L’objectif du projet, planifié sur 3 ans, est de promouvoir le développement clinique des vecteurs AAV8 en développant les contrôles essentiels à l’établissement de leur qualité pharmaceutique.

Répartition selon les exigences GMP au niveau de la plate‐forme Atlantic Bio‐GMP (ABG) du vecteur standard international AAV8‐RSS produit par la plate‐forme à l’UMR 649 et le laboratoire dirigé par F. Bosch à l’Université Autonome de Barcelone (projet européen, piloté par le réseau d’excellence CliniGene). Génération de plus de 4000 doses de vecteur AAV8‐RSS référence qui ont été déposées à l’ATCC début 2011 pour la communauté scientifique internationale.

Mise en place d’une collaboration très étroite avec une société belge pour développer un procédé de culture cellulaire à grande échelle de cellules humaines adhérentes pour la production de vecteurs viraux.


Nouveaux équipements acquis en 2010 : Equipement pour développer la technologie baculo/AAVr qui consiste à produire des vecteurs AAVr par infection de cellules d’insectes SF9 par des baculo‐vecteurs recombinants.

Spinners, étuves à 27°C, une hotte dédiée à la production à l’aide de baculo‐vecteurs recombinants

Rotors pour ultra‐centrifugeuses Renouvellement du parc informatique (2010‐2011).



En 2010, la plate‐forme a commencé le transfert de la technologie impliquant des baculovirus recombinants dans des cellules d’insectes. Cette technologie est un outil puissant pour produire des vecteurs AAVr à grande échelle et répond aux besoins de la plate‐forme en termes de production de vecteurs viraux de grade recherche.

Projets avec les entreprises :

Collaboration avec une société belge pour développer un procédé de culture cellulaire adhérente à grande échelle (en bioréacteurs).

FAIT MARQUANT : Production du lot clinique du vecteur AAV4 RPE65 à ABG en

2010 et développement des tests de contrôle qualité (CQ) pour la

caractérisation de ce lot clinique AAV4 RPE65.



1. Depuis 2010 la plate‐forme développe la technologie de production de vecteurs AAVr à l’aide de baculo‐vecteurs en cellules d’insectes. Cette technologie a pour avantage la production à grande échelle des vecteurs AAVr en bioréacteurs. Les cellules d’insectes poussent en suspension et assemblent très efficacement les particules AAVr.

2. Développement de nouveaux process de purification par chromatographie par échanges d’ions ou par affinité répondant aux exigences de la production GMP (application clinique) pour de nouveaux sérotypes de vecteurs AAVr.



4.5.4 Coordonnées

Plate‐forme Production de vecteurs viraux Institut de recherche thérapeutique IRT1 ‐ Université de Nantes 8 quai Moncousu – 6ème étage BP 70721 44007 NANTES Cedex 1

Tél. 02 28 08 04 40 Fax : 02 28 08 04 16 ltg@univ‐nantes.fr

http://vectors.nantes.inserm.fr

Rattachement : Inserm UMR 649, IFR26

Responsables :

Philippe MOULLIER Véronique BLOUIN‐TAVEL


4.6 Exploration fonctionnelle : « Vecteurs de synthèse (SynNanoVect) »


L’un des projets marquants de 2010 fut la prestation de service que SynNanoVect a réalisée pour Hemarina (Morlaix), car elle a requis l’ensemble des compétences de la plate‐forme, depuis la caractérisation physico‐chimique jusqu’à l’imagerie in vivo.

Il s’agissait d’assurer la biodistribution in vivo de plusieurs isomères de l’hémocarrier et de s’assurer de l’absence de néphrotoxicité. Dans un premier temps, la plate‐forme s’est attachée à assurer le marquage covalent avec un fluorochrome sans dénaturer les propriétés physico‐chimiques de la protéine d’intérêt. L’équipe s’est ensuite assurée de la stabilité du marquage, puis a commencé les expérimentations in vivo chez la souris. Une acquisition séquentielle en temps précoce et jusqu’à 6 jours a été menée. Il a ainsi été démontré que la molécule développée par Hemarina restait détectable jusqu’à 5 jours post‐injection et qu’elle n’était accumulée dans aucun des principaux organes. Enfin, grâce aux équipements de biochimie et d’hématologie dont s’est équipée la plate‐forme cette année, démonstration a été faite que la clairance rénale n’était pas diminuée et qu’il n’y avait pas d’augmentation des marqueurs de toxicité hépatique. Au final, SynNanoVect a pu conclure que cette famille de protéines était bien tolérée sur le plan physiologique et qu’elles étaient progressivement éliminées sur 4 à 5 jours.


Nouveaux équipements acquis en 2010 : Selectra‐E, automate de biochimie pour le dosage de marqueurs Appareil à hémogramme Ionogramme



Unité Pathologie virale des poissons, Anses‐LERAPP Technopole Brest‐Iroise, resp. Dr Laurent Bigarré : « Expression in vitro d’un gène de structure d’un virus »

Inserm UMR 991, resp. Pr André Guillouzo (Université de Rennes 1) : « Induction préférentielle de gènes régulés par AhR dans les cellules HepaRG traitées par une dose unique ou exposition chronique aux amines aromatiques hétérocycliques »

UMR 6061 CNRS, resp. Marie‐Dominique Galibert (MCU‐PH, Université Rennes 1) : « Rôle de la molécule CD20 dans la prolifération cellulaire et la migration métastatique »

UMR 6226 CNRS (Ecole nationale supérieure de chimie de Rennes) et Inserm U991 (deux composantes de la plate‐forme), resp. Sandrine Cammas‐Marion (CR CNRS) : « Elaboration de nanoparticules de poly(acide beta‐malique) pour la vectorisation de principes actifs anticancéreux ciblant le carcinome hépatocellulaire »

Inserm UMR 991, resp. Olivier Loréal (DR Inserm) : « Evaluation de l’utilisation des cellules de la lignée HepaRG pour l'expression de protéines recombinantes sécrétées : application à la production de l’hepcidine humaine »

Inserm UMR 991 et Biopredic International, resp. Bernard Fromenty (DR Inserm) et Christophe Chesné (Directeur de Bioprédic International) : « Amélioration du potentiel d’applications pharmacotoxicologiques de la lignée de cellules HepaRG par expression stable du cytochrome P4502E1 »

Inserm U620‐EA , resp. Marie‐Thérèse Dimanche‐Boitrel : « Production par transfection d’une protéine de fusion pour l’identification de partenaires fonctionnels par la technique de “Tandem affinity purification (TAP) ” et spectrométrie de masse »

Inserm U646 Ingénierie de la vectorisation particulaire, resp. Catherine Passirani : « Suivi in vivo de nanoparticules ADN fluorescentes (DiD ou autres...) complexés par DSPE‐PEG / F108 avec ou sans galactose pour le ciblage du foie »

FAIT MARQUANT : La prestation de service réalisée

pour la société Hemarina en 2010 a requis l’ensemble des compétences

de la plateforme.

Etude de la biodistribution de l’Hémo2Carrier

par fluorescence in vivo



Hemarina, resp. Franck Zal (Morlaix) : « HEMO2carrier® » ‐ Financement : Hemarina www.hemarina.com

Berthold Technologies, resp. Manfred Hennecke (Stuttgart, Allemagne) : « Evaluation de nouveaux filtres pour la détection de fluorochromes in vivo » ‐ Financement : Berthold www.berthold.com

QUIDD ‐ Quidd (Quantitative imaging in drug development) est une société de biotechnologie dans le domaine de l'imagerie moléculaire non nucléaire, dont l'objectif est d'améliorer la sélection des nouveaux médicaments à leur stade préclinique et la détection précoce et le suivi des maladies. www.quidd.com

EFS Bretagne ‐ L’Etablissement français du sang est l’opérateur civil unique de la transfusion en France. La transfusion sanguine, dont l’EFS a le monopole depuis 2000, comprend le don de sang, le don de plasma et le don de plaquettes. Il contribue à soigner plus d'1 million de malades chaque année. L’ESF est présent sur l’ensemble du territoire (dont DOM) avec ses 153 sites de collecte et ses 40 000 collectes mobiles. www.dondusang.net

GUERBET ‐ Leader du marché en France, Guerbet développe son expertise dans le domaine des produits de contraste. Sa mission est de contribuer aux progrès du diagnostic des pathologies majeures (cancers, maladies cardio‐vasculaires, inflammatoires et dégénératives), en proposant des solutions d’imagerie médicale innovantes et efficaces. www.guerbet.fr


Par rapport aux équipements acquis en 2010, la plate‐forme est désormais en mesure d’assurer les dosages de plusieurs types de marqueurs se trouvant dans le sérum ou le sang total, et ce à partir d’un prélèvement de sang total de 50µL. Elle est également capable de définir la numération et formule sanguine ainsi que le ionogramme sanguin et urinaire. Ces nouvelles compétences permettent de compléter la documentation des molécules qui lui sont confiées. Ainsi, SynNanoVect peut assurer leur caractérisation physico‐chimique, leur formulation, la mesure de leur efficacité et de leur biodistribution mais également leur impact sur les plans physiologique, toxicilogique, immunitaire et inflammatoire.


Véronique LAURENT, IR 20% (U 613‐ Brest) – CDI

Jean‐Paul GUÉGAN, AI (UMR 6226 – ENSC Rennes) ‐ CDI

4.6.4 Coordonnées

Plate‐forme SynNanoVect Hôpital Morvan ‐ CHU de Brest – Bât. 2 bis 5 avenue du Maréchal Foch 29200 BREST

Tél. 02 98 01 80 80 Fax : 02 98 46 79 10 Tristan.Montier@univ‐brest.fr

www.synnanovect.ueb.eu

Rattachement : Inserm U613 (Brest), UMR CNRS 6521 (Brest), UMR CNRS 6226 (Rennes), Inserm U 991 (Rennes), IFR148 ScinBiOs (Brest) et IFR140 (Rennes)

Responsables :

Tristan MONTIER Inserm U613 Brest Thierry BENVEGNU, CNRS UMR 6226 Rennes ‐ thierry.benvegnu@ensc‐rennes.fr Paul‐Alain JAFFRÈS, CNRS UMR 6521 Brest ‐ pjaffres@univ‐brest.fr Pascal LOYER, Inserm U991 Rennes ‐ pascal.loyer@univ‐rennes1.fr


4.7 Exploration fonctionnelle : « Transgenèse Xénope »


Le projet européen « Hydromel », coordonné par Biopredic International et en partenariat avec le Centre suisse d’électronique et microtechnique d’Alpnach, s’est terminé en 2010. Dans le cadre de ce projet, le Centre de ressources biologiques a testé et validé un prototype de robot qui permet de trier les ovocytes selon leur stade et de les microinjecter. Le CSEM a mis au point ce robot dénommé « Xenofactor » et le CRB a testé le système à partir d’ovocytes défollicularisés. Les différentes étapes d’utilisation du robot ont été validées au CRB comme le réglage des problèmes de dysfonctionnement, l’installation de la connexion informatique, l’amélioration du « trieur » dans la reconnaissance des cellules viables et non viables. Le prototype sera conservé au CRB et il sera mis à disposition de la communauté. Le robot définitif est actuellement opérationnel et disponible à la vente. Une publication vient de paraître reprenant la description et les potentialités du robot (JALA 2011;16:186–96).

Hydromel : S. Graf / H. Knapp; CSEM, Alpnach, Suisse ; Ruoya Li / Christophe Chesné; Biopredic International, Rennes


Nouveaux équipements acquis en 2010 : Module de transfert dans l’élevage : ce nouveau module permet une meilleure gestion sanitaire des stocks d’animaux.



Projet ci‐VP‐R : Jean‐Stéphane Joly, UPR 2197 CNRS DEPSN, Institut de Neurobiologie Alfred Fressard, Gif‐sur‐Yvette : mise à disposition d’ovocytes exprimant le gène ci‐VP‐R.

Projet SPARTE : Aurélien Sérandour / Gilles Salbert CNRS UMR 6026, Université de Rennes 1 : ce projet consiste à tester la fonctionnalité d'enhancers ou silencers murins in vivo, par transgenèse chez xenopus laevis. Cinq vecteurs de transgenèse contenant des séquences régulatrices associées à un promoteur ayant une expression ubiquitaire (promoteur minimal‐EGFP (1), Enhancer‐promoteur minimal‐EGFP (3), silencer‐promoteur minimal‐EGFP (1)) ont été préparés puis injectés en ovocytes de xénopes afin de comparer les constructions : promoteur minimal‐EGFP vs Enhancer‐promoteur minimal‐EGFP ou silencer‐promoteur minimal‐EGFP. Les embryons obtenus sont imagés après 24, 48 et 72h et les résultats sont remis au laboratoire demandeur au fur et à mesure.

Nouvelles technologies : la plate‐forme a développé en 2010 la vente de fragments d’ovaires. En travaillant sur le milieu de conditionnement des fragments, elle a développé un nouveau service qui permet aux laboratoires clients pratiquant les techniques d’électrophysiologie de disposer pendant trois semaines d’ovocytes fonctionnels. Ceux‐ci peuvent ainsi travailler dans de bonnes conditions sans avoir besoin d’animalerie de proximité.


Thomas LAFOND, arrivé en CDD en mars 2010 et recruté comme technicien au CNRS en décembre 2010.

4.7.4 Coordonnées

Plate‐forme Transgenèse Xénope CRB Xénope Université de Rennes 1 Bâtiment 13 ‐ Campus de Beaulieu 35042 RENNES Cedex

Tél. 02 23 23 52 51 Fax : 02 23 23 67 82 crb@univ‐rennes1.fr

http://xenopus.univ‐rennes1.fr

Rattachement : UMR6026 « Interactions cellulaires et moléculaires », IFR140

Responsables :

Daniel BOUJARD (coordinateur) Christophe HELIGON (resp. scientifique) Brigitte GUILLET (resp.transgenèse)

FAIT MARQUANT : Fin du projet européen

« Hydromel », avec la mise au point du robot « Xenofactor »

testé et validé par la plateforme.

Système automatisé Xenofactor permettant le tri et la microinjection des ovocytes (d’après Graf et al., 2011)


4.8 Exploration fonctionnelle : « Transgenèse Rat »


La génération de nouveaux modèles de rats génétiquement modifiés nécessite des analyses phénotypiques, immunologiques et fonctionnelles pour évaluer précisément l’impact de la surexpression ou de l’absence de la protéine d’intérêt. La plate‐forme était déjà contactée pour réaliser ce type d’analyses, mais aujourd’hui cette demande augmente considérablement. La plate‐forme a donc décidé d’afficher clairement cette nouvelle offre sur son site web. Cette nouvelle activité d’immunophénotypage et d’immunomonitorage s’est concrétisée par la signature d’un contrat avec une société de biotechnologie américaine, pour analyser deux modèles de rats, générés au préalable par la plate‐forme. L’un de ces projets a abouti à une publication et l’autre est en cours de valorisation. D’autres demandes avec des partenaires locaux sont en cours (cf. projets listés ci‐dessous).


Nouveaux équipements acquis en 2010 : Centrifugeuse multifonction réfrigérée de paillasse Machine à glace Combiné réfrigérateur/congélateur ‐20°C Microscope inversé / appareil photo numérique Ordinateur



Immunophénotypage et analyse de la réponse immune de rats transgéniques mir‐GFP. Projet développé par TH Nguyen (Inserm UMR S_948, Nantes).

Cryopréservation de 2 lignées de rats transgéniques pour C. Gauthier (Inserm UMR915, Nantes).

Redérivation d’une souche de rats, rats « Gunn », pour TH Nguyen (Inserm UMR S_948, Nantes).

Génération de rats KO, au moyen des ZFNs, pour un gène codant pour un facteur de transcription impliqué dans la régulation de la tolérance immunitaire. Projet développé par R. Josien et FX Hubert (Inserm UMR643, Nantes).

Génération de rats KO, au moyen des ZFNs, pour un gène présent chez l’homme et le rat, absent chez la souris, et dont la fonctionnalité est mal connue. Projet développé par R. Josien et FX Hubert (Inserm UMR643, Nantes).

Développement d’un modèle de rats KO, au moyen des ZFNs comme modèle préclinique de l’amaurose congénitale de Leber. Projet développé par F. Rolling et E. Lhériteau (Inserm UMR649, Nantes).


Immunophénotypage de rats Tg exprimant Bcl‐2. Contrat avec la société biotechnologique Open Monoclonal Technology (Palo Alto, Californie, USA). Ce projet s’est finalisé par une publication (Iscache AL. /et al/. Int Immunol. 2011 Oct;23(10):625‐36.)

Immunophénotypage de rats déficients pour les IgM. Projet développé par la société Open Monoclonal Technology (Palo Alto, California, USA). Ce projet s’est finalisé par une publication (Ménoret et al. 2010 Eur J Immunol. 40(10):2932‐41)

Génération de rats transgéniques pour la société Open Monoclonal Technology (Palo Alto, California, USA) à partir de plusieurs constructions d’ADN différentes

FAIT MARQUANT :En 2010, la signature d’un contrat

avec une biotech américaine concrétise la nouvelle activité

d’immunophénotypage et d’immunomonitorage.



Développement d’une nouvelle stratégie pour générer des invalidations ciblées de gènes chez le rat au moyen de nouvelles nucléases, les TALE nucléases (« Transcription activator‐like effector »). Le potentiel prometteur des TALE nucléases pour modifier des gènes endogènes a été récemment démontré dans des cellules de mammifères. Aucune donnée dans l’embryon de rat ou de n’importe quelle autre espèce n’est à ce jour publiée. Le développement de cette technologie est réalisé dans le cadre d’une collaboration avec une équipe américaine, qui a généré ces nucléases spécifiques au locus ciblé. Les expériences préliminaires de microinjection de ces nucléases dans l’embryon de rat sont très encourageantes.

Utilisation des ZFN et des TALE nucléases pour introduire spécifiquement des séquences d’ADN, par recombinaison homologue, dans le génome du rat. Le développement de cette stratégie est en cours et différents paramètres sont testés pour maximiser l’efficacité de la méthode.


Reynald THINARD, AI, CDD Inserm, 0.5 ETP, prise de fonction: 01/12/2010

Joëlle VEZIERS, IE, CDD CHU, 0.3 ETP, prise de fonction: 01/12/2010

4.8.4 Coordonnées

Plate‐forme Transgenèse Rat 20 Boulevard Jean Monnet 44093 NANTES Cedex 01

Tél. 02 40 08 74 10 Fax : 02 40 08 74 11 ignacio.anegon@univ‐nantes.fr

www.ifr26.univ‐nantes.fr/ITERT/transgenese‐rat/

Rattachement : Inserm UMR 643, IFR26

Responsables :

Ignacio ANEGON (resp. scientifique) Séverine REMY (resp. technique)


4.9 Exploration fonctionnelle : « Cardiex »


Un nouveau module a été intégré à la plate‐forme Cardiex fin 2010 : « Exploration des fonctions neurologiques ». Sous la responsabilité de Laurent Lescaudron (MCU, U643, Nantes), il cible sa recherche sur l’étude du système nerveux central.

Des tests de lésions de SNC par chirurgie ou transplantation sont proposés, l’effet aigu ou chronique de substances pharmacologies est étudié, l’approche cognitive est privilégiée (olfaction, anxiété, apprentissage, mémorisation…). Des modèles animaux de pathologies neurodégénératives, comme les maladies de Parkinson ou de Huntington, sont à disposition (modèles neurotoxiques ou transgéniques).


Nouveaux équipements acquis en 2010 :

Luminex (dotation IBiSA) 3 concentrateurs O2 (dotation IBiSA) Système cœur isolé (dotation IBiSA) PSM : pour équiper le secteur A2 de l'animalerie (Projet interne)



Diminution de la cholestérolémie par inhibition de PCSK9 par vaccination à ADN. PCSK9 est un inhibiteur naturel du LDL récepteur. Son inactivation permet une diminution de la cholestérolémie et devient une cible thérapeutique importante. La technique de vaccination à ADN consiste à injecter un vecteur codant pour la protéine d’intérêt, sa surexpression induisant une réponse auto‐immune contre cette protéine.

Projets avec des entreprises : en 2010, 11 projets de recherche ont été réalisés avec des partenaires industriels.


Au cours de l’année 2010, la plate‐forme Cardiex a fait l’acquisition d’un Luminex. La technologie Luminex est basée sur le principe de la cytométrie en flux en alliant l’utilisation de microsphères fluorescentes et une double lecture par deux lasers. Il s’agit d’un système multi‐analytique puissant pouvant doser jusqu’à plus de 100 analytes par puits. Cette technologie intéresse de nombreuses disciplines biologiques telles que l’histocomptabilité, l’immunologie, la génétique, la cancérologie ou encore la biochimie.


Pauline PUREN : ingénieur qualité, recrutée en septembre 2010, IE CDD Université (ETP=1) Laurent LESCAUDRON : responsable du module « Exploration fonction neurologique », MCU (ETP=0.1)

4.9.4 Coordonnées

Plate‐forme Cardiex IRT‐UN ‐ Institut du thorax ‐ UMR 915 8 quai Moncousu ‐ BP 70721 44007 NANTES Cedex 1

Tél. 02 28 08 00 81 Fax : 02 28 08 01 30

www.cardiex.univ‐nantes.fr

Rattachement : Unités Inserm U915, U913 et U892, IFR26

Responsables :

Pierre PACAUD (resp. scientifique) ‐ pierre.pacaud@univ‐nantes.fr Maud CHETIVEAUX (resp. technique) ‐ maud.chetiveaux@univ‐nantes.fr

FAIT MARQUANT : Fin 2010, Cardiex intègre un nouveau

module au sein de la plateforme : « Exploration des fonctions

neurologiques ».

Système d’anesthésie du petit animal

Mesure de la résistance des voies aériennes par pléthysmographie


4.10 Exploration fonctionnelle : « Microscopy Rennes imaging center (MRic) »


Labellisée IBiSA en 2010, la plate‐forme de microscopie MRic a trouvé son rythme de croisière. Depuis cette labellisation, la grande évolution réside dans le virage interdisciplinaire et R&D qu’a pris le plateau MRic‐ALMF.

Marc TRAMIER (IR CNRS) a rejoint la plate‐forme en juillet 2010. Il a pris en charge la partie R&D du plateau MRic‐ALMF de l’IFR140 et est également impliqué dans le service R&D de l’Institut de génétique et développement de Rennes (IGDR). Mathématicien de formation, Marc TRAMIER développe un prototype de microscope FAST‐FLIM qui intéresse la compagnie ROPER. Il a obtenu un cofinancement du GIS IBiSA et de Rennes Métropole pour ce prototype et un financement SAD a également été obtenu auprès de la Région pour l’installation de l’équipe R&D. L’arrivée de cette équipe est concomitante avec l’arrivée de deux équipes interdisciplinaire à l’IGDR : Sébastien HUET, physicien de formation, sur une chaire CNRS UR1 qui développe un projet scientifique lié à la dynamique de la chromatine et pour lequel il souhaite développer un microscope de type PALM (photo‐activated localization microscopy) et Jacques PÉCRÉAUX sur un contrat ATIP CNRS qui développe une méthode de microscopie permettant de modéliser des forces.


Nouveaux équipements acquis en 2010 : Microscope de fluorescence champ large équipé EMCCD sur le plateau MRic‐ALMF (financement équipe ATIP J. Pécréaux, mis à disposition sur la plate‐forme)

Logiciel Volocity de reconstruction 3D+t sur le plateau MRic‐ALMF (financement IFR140)



Analyse de la dynamique de macrocomplexes moléculaires par cryomicroscopie électronique 3D. La cryo‐microscopie électronique sur macromolécules isolées est à l’origine de résultats majeurs en biologie structurale ces dernières années. Souvent, c’est le seul outil disponible pour apporter une information structurale et dynamique sur des complexes macromoléculaires dans leur état natif. Cependant, ceci nécessite l’acquisition d’un volume important de données. Si la norme actuelle se situe autour de 100 000 images de ces objets moléculaires, la tendance se fait autour de 1 x 106 images objet. Dans ce contexte, une caméra CCD 4 k x4 K avec une cible aux dimensions proches de celles du film argentique, une grande sensibilité aux électrons et un contraste supérieur, dépasse les qualités du film. De plus, elle permet d’envisager l’enregistrement automatique des données. Ce matériel s’intègre à un ensemble qui a été cofinancé sur le CPER et par Rennes Métropole (coût global d’acquisition du cryo‐microscope électronique : 850 K€). D’autres équipements complémentaires ont été financés sur des contrats ANR et par le CNRS (2 porte échantillons cryogéniques, coût global 80 K€). La caméra a obtenu un financement IBiSA (125 K€) et un complément Rennes Métropole. Le matériel est en cours de commande.

Projet fastFLIM. MRic propose de développer un prototype de système FLIM sur un microscope à disque rotatif en adaptant à l'excitation un laser pulsé picoseconde de forte puissance dans le visible, et à l'émission une caméra CCD intensifiée à porte temporelle rapide. Le système sera utilisé pour mesurer la régulation spatio‐temporelle de l'activité biochimique utilisant des biosenseurs FRET et les interactions protéine‐protéine en cellule vivante. Ce projet a été co‐financé par IBiSA (250 K€) par Rennes Métropole (50 K€) et par l’IFR140 (11 K€). Le microscope est installé avec le spinning disk et le laser Fianium parfaitement couplé au système. Une roue de filtres à bande passante est utilisée et directement pilotée par le logiciel Metamorph pour sélectionner la longueur d’onde d’excitation. A l’émission, un intensificateur est couplé devant la caméra CCD pour générer des portes temporelles de 2 ns. Un générateur de retard est piloté par Metamorph pour sélectionner la zone temporelle de la porte. Avec ce système, des acquisitions séquentielles de 5 images permettent de calculer l’image de durée de vie de fluorescence d’une excitation

FAIT MARQUANT : En 2010, la plateforme MRic a reçu le label IBiSA et rejoint

le réseau Biogenouest.

Prototype fastFLIM en développement

sur le plateau MRic-ALMF


confocal spinning disk. Le système est parfaitement opérationnel et les projets biologiques de mesure de FRET en cellules vivantes vont pouvoir démarrer. Les perspectives : (i) Optimisation de la vitesse d’acquisition en optimisant le pilotage du prototype ; (ii) Calcul en ligne des images de FLIM ; (iii) Valorisation du prototype ; (iv) Transfert du prototype sur la plate‐forme.


Le prototype fastFLIM est particulièrement original. Il est couplé à un projet de développement méthodologique de biosenseurs FRET d’activité kinase dont la demande ANR est classée première sur liste complémentaire (financement prévisible en octobre 2011). La caméra 4kx4k est elle aussi à replacer dans un projet de développement plus vaste des dernières méthodologies de cryomicroscopie électronique 3D dont un projet Equipex pour un nouveau microscope électronique est en dépôt en 2011.


Marc TRAMIER, IR CNRS, R&D plateau MRic‐ALMF (50% IFR, 50% IGDR)

4.10.4 Coordonnées

Plate‐forme MRic IFR140 2 avenue du Pr Léon Bernard CS 34317 35043 RENNES Cedex

Tél. 02 23 23 49 94 Fax : 02 23 23 44 78

http://microscopie.univ‐rennes1.fr

Rattachement : UMR 6061, IFR140

Responsables :

Claude PRIGENT, DR1 CNRS (resp. scientifique) Georges BAFFET, directeur de la Structure fédérative Biologie‐Santé IFR140 (resp. gestion)


4.11 Exploration fonctionnelle : « Imagerie fonctionnelle PRISM »


L’ouverture au secteur industriel s’accroît avec le démarrage de deux thèses Cifre au sein de la plate‐forme et le dépôt d’un brevet.

La plate‐forme a participé activement au dépôt d’un projet dans le cadre de l’appel d’offre Equipex. Ce projet, construit dans le cadre du GIS Europia, vise à doter la plate‐forme d’équipement prototype permettant de renforcer sa position de leadership dans le cadre de l’IRM appliquée à l’étude des produits biologiques et dédiée à l’étude des procédés, et de réaliser des mesures IRM sur un nombre d’échantillons ou d’animaux avec des cadences compatibles aux exigences des projets en génétique, tant dans le domaine médical que dans le domaine de la biologie. Enfin, en cohérence avec les priorités de Biogenouest, la plate‐forme PRISM a été identifiée pour conduire des travaux sur le stress hydrique des végétaux.

L’observation de lacunes dans l’unique atlas stéréotaxique de cerveau de porc disponible dans la littérature a amené la plate‐forme à construire un atlas tridimensionnel de cerveau de porc, afin de répondre au mieux aux exigences de l’imagerie et de la chirurgie fonctionnelles. PRISM a identifié les meilleurs paramètres d’acquisition possible sur l’IRM 4,7T de la plate‐forme, afin d’obtenir des images d’une résolution proche de celle de la microscopie optique. Les techniques histologiques ont également été adaptées aux contraintes de taille et de tissu afin de sauvegarder la stéréotaxie du cerveau de porc. Un atlas probabiliste a été construit à partir de 3 cerveaux de porc en utilisant l’atlas précédent comme référentiel stéréotaxique. Les résultats ont abouti à un atlas anatomique numérique et 3D comportant les données spatiales de 178 structures corticales, sous‐corticales et cérébelleuses dont 28 aires corticales. L’atlas probabiliste comporte des données spatiales de 62 structures sous corticales. Cette étude a été conduite au cours de la thèse d’université de S. Saikali (médecin neurohistopathologiste – soutenance fin 2010).



Les deux plateaux de Saint‐Gilles et de Beauregard ont mis en place une base de données pour l’ensemble des images produites. Après acquisition, les images sont automatiquement exportées dans cette base qui bénéficie d’un dispositif de sauvegarde

Colonne de coelioscopie et équipements afférents à cette modalité chirurgicale minimalement invasive Système de marquage radio‐isotopique et de fabrication du pain dans le cadre du programme ANR Nomac Injecteur automatique de produits de contraste (CT et TEP) Système de mesure de la fonction d’entrée artérielle d’un radiotraceur TEP – abord minimalement invasif chez l’animal anesthésié

Analyseur de réseau vectoriel pour le développement de capteurs radiofréquence.



Projet « U2M‐ChOp » ‐ Hiérarchisation des mécanismes impliqués dans la croissance des bulles dans une matrice fromagère : approche dynamique par IRM quantitative

Projet « Feuilleté » ‐ Etude expérimentale de l’alvéolage de la pate feuilletée en cours de fermentation et de cuisson

Projet « IRM‐Veg » ‐ Caractérisation des tissus végétaux par des méthodes IRM de mesures des temps de relaxation multi‐exponentiels »

ANR « NOMAC » (dans le cadre du programme ANR ALIA) ‐ Nouvelles ressources pour maîtriser le devenir digestif des nutriments des produits céréaliers

ANR « ARZERY » (dans le cadre du programme ANR Blanc) ‐ Rôles des solides poreux, argiles et zéolithes, en physiologie digestive et dans la restauration fonctionnelle de l'intestin

ANR « SAVANE » (dans le cadre du programme ANR TecSan) ‐ Stimulation vagale pour une réduction pondérale chez l’homme.

Programme « MétaboN3 » (début décembre 2010) ‐ Evaluation des effets biologiques des AGPI W3 chez le porc obèse.

FAIT MARQUANT : En 2010, PRISM obtient la

certification ISO 9001 pour un de ses plateaux.


Projet « EPIGONE » ‐ IRM anatomique haute résolution pour la caractérisation des lésions épileptogènes chez la souris

Projet « Analyse de texture tridimensionnelle pour la caractérisation de la fibrose hépatique » en collaboration avec l’Université d’Al Ain (Emirats Arabes Unis) et Inserm U991

ANR « funginib » ‐ Analyses structurales de pseudopeptides.


Une thèse Cifre avec les Fromageries Bel Une thèse Cifre avec le Groupe Pasquier Programme Prefavhum – laboratoires Phodé ‐ Etude de l’activation cérébrale au cours d’une stimulation olfactive obtenue par des noyaux moléculaires odorants.

Projet « Etude de l’hétérogénéité de produits de charcuterie » en collaboration avec un industriel (confidentiel) Projet « Évaluation de l'IRM pour la caractérisation de la porosité de matériaux inorganiques », IFP Lyon Projet « IDEA » en partenariat avec la société C.Ris Pharma, soutenu par le CRITT Santé Bretagne Projet « Modification et identification biopolymères » en collaboration avec un industriel (confidentiel)


Mise en place d’une méthode IRM pour mesurer la quantité de gras intra‐musculaire dans la viande de porc Mise en place d’une méthode de mesure de la porosité intra voxel : application aux végétaux Mise en place de protocole IRM pour la mesure quantitative des bulles dans des produits laitiers Mise en place des techniques de spectroscopie localisée in vivo chez le petit animal. Développement de capteurs radiofréquence adaptés à l’imagerie et la spectroscopie in vivo du petit animal Mise en place des expériences de relaxation hétéronucléaire donnant accès à l’étude de la dynamique interne des protéines

Imagerie dynamique de l’activation cérébrale chez le porc par TEP Développement d’un automate de présentation des odeurs et des saveurs dans le cadre de l’imagerie de la fonction centrale en TEP et SPECT

Mise en place d’une méthode chirurgicale permettant l’implantation d’électrodes dédiées à la stimulation vagale chronique par cœlioscopie

Un brevet a été déposé : Bobillier E, Malbert CH, Biraben A, Val‐Laillet D, Agronomique I‐INdlR. Device and method for reducing weight. (DEU): European Patent Office, 2009:29.


David GRENIER, IR Marine BOULARD, CDD Delphine HUC, thèse Cifre Bel Cécile DELIGNY, thèse Cifre Pasquier Yannick LARIDON, thèse Cemagref Caroline CLOUART, thèse Inra Alejandro BORDELOIS BOIZAN, thèse Université de Rennes 1 Hans ADRIAENSEN, post‐doc Cemagref

4.11.4 Coordonnées

Plate‐forme PRISM 17 avenue de Cucillé CS 64427 35044 RENNES Cedex

Tél. 02 23 48 21 78 Fax : 02 23 48 21 15 [email protected]

http://prism.univ‐rennes1.fr Rattachement : UR TERE, Cemagref, UMR Senah Inra, UMR CNRS 6026. UMR Inserm 642, Université de Rennes 1, IFR140

Responsables :

Coordination de PRISM : François MARIETTE

Imagerie IRM multi‐échelle et RMN en agronomie et agro‐alimentaire : François MARIETTE, DR Cemagref Imagerie multi‐modalité appliquée au modèle porc : Charles‐Henri MALBERT, DR Inra Charles‐[email protected] Imagerie et spectroscopie IRM du petit animal et application clinique : Hervé SAINT‐JALMES, PU‐PH Université de Rennes 1, CRLCC Rennes herve.saint‐jalmes@univ‐rennes1.fr Spectrométrie RMN structurale et biologique : Arnaud BONDON, DR CNRS Arnaud.Bondon@univ‐rennes1.fr


4.12 Exploration fonctionnelle : « Imagerie pour analyse du contenu cellulaire (ImPACcell) »


ImPACcell, dont l’activité s’inscrit dans une activité de criblage haut débit sur la base de tests variés de biologie cellulaire, s’est dotée d’un robot Hamilton afin de pouvoir assurer une analyse multiparamétrique de phénomènes de biologie cellulaire. Cet équipement complète la robotisation des trois volets d’activité de la plate‐forme : 1. L’entretien et

la mise en œuvre des modèles cellulaires in vitro utilisés pour le criblage des molécules ; 2. L’élaboration des tests biologiques en support aux criblages ; 3. La capture d’images et l’analyse multiparamétrique par imagerie à l’aide de la station Cellomics acquise et mise en service en 2010. Le robot nouvellement acquis permettra d’accéder au haut débit pour les deux premiers volets d’activité.

Par ailleurs, en 2010 Christiane Guillouzo a annoncé son souhait de transmettre la coordination scientifique de la plate‐forme à Anne Corlu en 2011. Cette dernière présentera, sous sa responsabilité, le nouveau projet IBiSA 2011.


Nouveaux équipements acquis en 2010 : Robot de distribution de cellules et de produits. Ses principales caractéristiques sont : 1. Sa capacité de distribution de cellules vivantes avec une assurance de reproductibilité, d’un traitement de jusqu’à 12 échantillons en parallèle, d’une étanchéité complète entre les échantillons ; 2. La dotation de sondes de sécurité pour la qualité et la fiabilité des opérations effectuées par le robot.

ArrayScan VTI : cette station Cellomics permet de réaliser des analyses d'images du contenu cellulaire à haut débit. L'analyse des images et données s'effectue en temps réel.



Projet Ligue contre le cancer en lien avec PROCAN II du Cancéropôle Grand Ouest (Sylvain Routier) : ce projet consiste à screener de nouvelles familles de molécules à action ciblée anti‐kinase pour leur efficacité anticancéreuse. Trois projets dans ce cadre sont en cours d’évaluation.

Continuité de projets ANR et CEE :

ANR : UMR CNRS 6026, Rennes (Y. Le Dréan) : évaluation des effets biologiques au niveau cellulaire des champs radiofréquences pulsés utilisés en IRM à haute résolution. Le but est de détecter des anomalies du cytosquelette et du cycle cellulaire.

ANR : Inserm UMR 991 Rennes (F. Morel/M.‐A. Robin), projet ANR « NISTEC » impliquant largement la plate‐forme : développement de procédés haut débit appliqués au criblage de composés hépatotoxiques, principalement de l’environnement ; effets aigus et chroniques et étude de mélanges.

ANR : Inserm UMR 991 Rennes (M. Cadène/C. Guillouzo), METASUP : l’implication de la plate‐forme est centrée sur le développement d’un test de motilité cellulaire quantifiable par imagerie et robotisée. Financement de Myriam Ravache.

Inserm U991, Rennes (A. Corlu/C. Guillouzo), projet européen LIV‐ES : caractérisation et régulation de fonctions ou marqueurs à la fois de cellules souches et de cellules matures hépatocytaires exprimés par la lignée HepaRG.

FAIT MARQUANT : Installation et mise en

service de l'appareil HCS Cellomics acquis en 2010.

ArrayScan VTI

Robot Hamilton STARLet



Projet société SISENE, Paris ‐ Le but est de rechercher et d’apporter la preuve qu’un peptide, centre d’intérêt de la société, n’induit pas de toxicité majeure en particulier d’hépatotoxicité.

Projet Biopredic, Rennes ‐ Le but est de mettre au point et d’adapter le test de génotoxicité de « micronoyaux » à l’analyse d’images automatisée.


Tests :

Cycle cellulaire et prolifération : index mitotique et synthèse d’ADN Apoptose : caspase 3 clivée Toxicité : altération de l’activité mitochondriale et cassure à ADN (phospho histone2AX)



4.12.4 Coordonnées

Plate‐forme ImPACcell IFR140, Université de Rennes 1 Bât. 8 2 avenue du Pr Léon Bernard CS 34317 35043 RENNES Cedex

Tél. 02 23 48 48 10 Fax : 02 23 48 53 85 anne.corlu@univ‐rennes1.fr

http://imagerie‐puces‐à‐cellules.univ‐rennes1.fr

Rattachement : IFR140, Inserm U991

Responsables :

Anne CORLU (resp. scientifique en 2011) Rémy LE GUÉVEL (resp. technologique)


4.14 Exploration fonctionnelle : « Histopathologie (H2P2) »


La reconnaissance de la plate‐forme pour son expertise en microdissection laser est désormais reconnue au niveau national. Elle a d’ailleurs été invitée à communiquer sur ce sujet en 2010 lors de deux congrès nationaux (l’Association française d’histotechnologie et le French Arcturus User Meeting). Plusieurs études ont permis de prouver la capacité de H2P2 à mener un échantillon tissulaire de la capture de cellules à l’étude transcriptomique.



Un automate de coloration équipé d’une colleuse de lamelles Un cryostat supplémentaire



Etude transcriptomique du myotome d’embryons de truites après capture laser

Etude transcriptomique du carcinome hépatocellulaire et de son environnement par microdissection laser

Détermination de l’implication de l’imflammasome dans le foie de souris traitées au CCL4


Mesure par analyse d'images de l'efficacité de molécules contre l'emphysème pulmonaire chez la souris Mesure de l’effet d’inhibiteur de la fibrose hépatique in situ


La préparation de lames virtuelles en fond clair comme en fluorescence va permettre de transmettre, via les réseaux informatiques, des coupes de tissus sur lames complètes et annotées manipulables sur un ordinateur comme sur un microscope. L’hybridation in situ va être développée sur l’automate hybridation, qui permettra de mettre en évidence les cellules dans lesquelles ont lieu l’expression de gènes d’intérêt.



4.14.4 Coordonnées

Plate‐forme H2P2 2 avenue du Pr Léon Bernard CS 34317 35043 RENNES Cedex

Tél. 02 23 23 47 95 Fax : 02 23 23 49 29 alain.fautrel@univ‐rennes1.fr

http://histopathologie.univ‐rennes1.fr

Rattachement : IFR140

Responsable :

Alain FAUTREL (resp.scientifique et technique)

FAIT MARQUANT : L’expertise de la plateforme

en microdissection laser est désormais reconnue

au niveau national.


4.15 Exploration fonctionnelle : « Cyclotron Arronax »


Le cyclotron a atteint ses performances nominales fin octobre, à savoir 750 µA sur cible en protons. Cela a permis de débuter les productions de lots de validation de strontium‐82. Cet isotope est le père du rubidium‐82, qui est chargé sur des générateurs Sr82/Rb82. En cardiologie, le rubidium‐82 permet l’utilisation des spécificités de l’imagerie par tomographie par émission de positron. Des productions de cuivre‐64, astate‐211 et scandium‐44m/44 à basse activité ont également été réalisées.

Autre fait marquant pour Arronax, la mise en œuvre de plusieurs dispositifs expérimentaux : une station d'irradiation de basse intensité, un dispositif de mesure de dose pour la radiolyse, ainsi qu’un dispositif permettant l'utilisation de méthodes nucléaires pour le contrôle non destructif.

Le faisceau de protons a permis d'effectuer des mesures de section efficaces par la technique des « stacked foils ». Un dispositif d'analyse non destructive de matériaux par la technique « PIXE » à haute énergie a été installé et est en cours de validation.

Enfin, le faisceau alpha a été utilisé pour la recherche en radiolyse par les chercheurs de Subatech et du CEA, avec comme première étape la validation de la dosimétrie.


Nouveaux équipements acquis en 2010 : L’équipement de la salle de métrologie s’est poursuivi avec l’acquisition d’un système de mesure alpha total/beta total, d’un spectromètre alpha et d’une station d’irradiation bas courant.



Plusieurs projets ont démarré en 2010 :

Le projet INCa PAIR prostate vise à utiliser le cuivre‐64 couplé avec l’ATSM pour imager les zones hypoxiques.

Le réseau NUCSAN fédère une dizaine de laboratoires des régions nantaise et angevine dans la perspective de l’exploitation des isotopes radioactifs innovants produits par Arronax.

Une collaboration avec l’INR (Russie) pour la mise en place d’une cible de rubidium métal pour la production de strontium‐82.


Dans le cadre d’un consortium public/privé coordonné par la société AAA, un activateur neutronique piloté par accélérateur est en cours de design à Arronax. Cet activateur sera installé d’ici la fin 2011 dans l’une des casemates du cyclotron. Il permettra d’élargir la liste des projectiles disponibles sur Arronax. Dans un premier temps il sera utilisé pour l’activation de nanoparticules ayant un cœur d’Holmium.


Développement en cours des méthodes de séparation utilisant des résines chromatographiques pour les productions de cuivre‐64, scandium‐44, strontium‐82.

Méthode d’extraction par voie sèche de l’astate‐211. Ciblerie nouvelle pour les hautes intensités notamment pour l’utilisation de cibles liquides (Rb métal). Sas de sortie blindé et automatisé.

FAIT MARQUANT : Le cyclotron a atteint ses

performances nominales fin octobre 2010.

Système d’irradiation de basse intensité

Enceintes blindées



Cécile BOURDEAU : Radiopharmacien au 01/01/2010

Johan LAIZE : Technicien radiochimiste au 01/01/2010

Nicolas GUILLOTIN : IR responsable maintenance CDD au 01/02/2010( départ 30/09/2010)

Freddy POIRIER : IR CNRS responsable maintenance et opération au 01/12/2010

Nadia AUDOUIN : Technicien radiochimie CDD au 01/12/2010

4.15.4 Coordonnées

GIP Arronax 1 rue Aronnax BP 10112 44817 SAINT HERBLAIN Cedex

Tél. 02 28 21 21 21 Fax : 02 40 94 81 30 arronax@arronax‐nantes.fr

www.cyclotron‐nantes.fr

Rattachement : ‐

Responsable :

Jacques BARBET (Directeur) Farid HADDAD (Directeur adjoint) Renaud DEVILDER (Secrétaire général)


4.16 Analyse structurale et métabolomique : « Biopolymères, biologie structurale (BIBS) »


La plate‐forme BIBS propose actuellement un ensemble de méthodes permettant d’appréhender le lien entre la structure des biopolymères et les propriétés (biologiques, fonctionnelles, technologiques) des systèmes biologiques ou synthétiques qui les intègrent (parois, émulsions, etc.). Les démarches mises en œuvre reposent sur une caractérisation de la structure et de l’organisation des biopolymères à différentes échelles, du nanomètre au millimètre, en s’appuyant sur l’utilisation des techniques de RMN, de microscopie et de spectrométrie de masse. Une nouvelle composante complétera bientôt ce dispositif : elle permettra de préparer des grandes séries d’échantillons et d’en caractériser la variabilité structurale et compositionnelle par des méthodes d’analyse chimique et spectroscopique. Elle intégrera ainsi une démarche plus « statistique » que les outils actuels, qui fournissent une caractérisation structurale fine mais sur un petit nombre d’échantillons. Ce dispositif de criblage chimique et structural, a priori unique en France, répond à une demande forte des généticiens.

L’année 2010 a été marquée par l’initiation de la construction de cette composante, avec l’installation d’un premier équipement et le recrutement d’un Assistant Ingénieur, qui a établi les méthodes de préparation sur un large panel de ressources végétales d’intérêt pour les partenaires de BIBS (fruits, graines, racines, tiges, feuilles, algues…). L’équipement se poursuivra en 2011 avec l’arrivée de plusieurs appareils de préparation et de mesure et un renforcement conséquent de l’équipe (recrutement de trois titulaires, sur concours et en mobilité). Cette nouvelle composante devrait être pleinement opérationnelle vers mi‐2012.

L’originalité de l’offre analytique de la plate‐forme BIBS et la qualité de son fonctionnement ont été reconnues par le GIS IBiSA, qui a accordé son label à la plate‐forme en juillet 2010. De plus, le comité IBiSA a validé le projet d’évolution de la plate‐forme et accordé un soutien financier pour les équipements destinés à la nouvelle composante de BIBS. La plate‐forme a également été reconnue « plate‐forme stratégique » de l’Inra.

Enfin, elle a été évaluée par l’AERES fin 2010 et a reçu la note A+.


Nouveaux équipements acquis en 2010 : Spectromètre de masse haute résolution (ORBITRAP Velos) et chaîne de nano‐chromatographie liquide (RSLC U3000) associée : cette acquisition a achevé un ambitieux projet (> 900 K€) de rééquipement de la composante spectrométrie de masse, initié en 2009.

Automate de préparation (extracteur ASE Dionex, 70K€), vibrobroyeur (FastPrep‐24, MP Biomedicals, 15K€) et cryobroyeur (Cryomill, Rescht, 15K€) acquis dans le cadre de la nouvelle composante. Ces équipements (financés par Biogenouest et sur fonds propres) seront suivis en 2011 de plusieurs autres équipements de préparation et de mesure (robot de pesée et pipetage, GC et GC MS, 475 K€) financés par l’Inra, la Région (CPER) et IBiSA.

Stéréomicroscope Trinoculaire Nikon avec caméra numérique couleur pour les observations macroscopiques de x0.5 à x6, équipé d‘un système d’illumination en contraste oblique et de polariseurs (5K€, autofinancement).



Recherche d’activités enzymatiques de dégradation dans deux souches de bactéries marines, incubées avec une variété de polysaccharides (coll. UMR 7139 CNRS‐UPMC Roscoff).

FAIT MARQUANT : En 2010, BIBS a initié la construction

d’une nouvelle composante : unique en France, ce dispositif de criblage chimique et structural répondra à une demande

forte des généticiens.

Mise en place des méthodes d’extraction du matériel pariétal

(extracteur ASE) sur une variété de substrats

Le LTQ-Orbitrap Velos finalise le rééquipement de la composante de spectrométrie de masse


Etude des mécanismes de régulation de la survie à l’état sec chez la graine de Medicago truncatula (coll. UMR PMS Inra‐Univ Angers)

Caractérisation de protéines de type « fil de soie d’araignée » (coll. Univ. Gattersleben, Allemagne) Caractérisation d’allergènes alimentaires du blé : comparaison entre une variété diploïde et une variété hexaploïde (coll. BIA et Univ. Viterbo, Italie)

Développement d’un axe de collaboration sur l’analyse chimique résolue de nanosystèmes hybrides organiques/inorganiques à base de biopolymères (Projet Nanofonc (2010‐2011) : appel d’offre « paris scientifiques régionaux », coordinateur : P. Moreau, IMN, Université de Nantes)

Caractérisation de nouveaux tensioactifs verts à base de phosphines (coll. UCCS, UMR CNRS 8181, Lens) Caractérisation de LDL de jaune d’œuf : rôle dans la cryoprotection des spermatozoïdes (coll. ENV Nantes) Etude de l’internalisation des cytomégalovirus humains dans les cellules dendritiques (coll. Inserm UMR643, Nantes)

Comportement des enzymes de déstructuration dans les assemblages modèles de parois végétales (2010‐2012 ; AIC ENZYDAM, FARE/BIA/BCF/LMEN/SOLEIL).


Secteur « Agroalimentaire » : Mac Cain ‐ Analyses de la teneur en huile dans des matrices amidonnées ; General Mills : Analyses d’un résidu présent dans les boîtes de conserve de Maïs.

Secteur « Biotechnologies » : Algenics ‐ Localisation de molécules fluorescentes dans des microalgues

Secteur « Pharmacie, santé, cosmétique » : Intervet PHARMA ‐ Caractérisation de peptides/protéines à activité pharmaceutique


Enrichissement et détection de peptides phosphorylés en spectrométrie de masse par utilisation de chromatographies HILIC et d’affinité métallique.

Suivi des produits de dégradation des polysaccharides par spectrométrie de masse MALDI‐TOF : optimisation des matrices MALDI et automatisation du processus analytique

Profilage massique de lipides (triglycérides, phospholipides) issus d’huiles d’origines variées par spectrométrie de masse MALDI‐TOF. Optimisation et qualification du processus de préparation et d’analyse.

Programme de mesure automatisée du coefficient de diffusion sur le spectromètre Bruker mq20 bas champ (20 MHz).

Techniques d’analyse ultrastructurale de graines par AFM à partir d’échantillons natifs ou inclus en résine à froid.

Microscopie à balayage par transmission de rayons X mous pour colocaliser des mélanges de biopolymères. Méthodes de greffage de pointe AFM par des protéines pour des mesures de force d’interaction. Méthodes d’analyses couplées en microscopie pour l’acquisition sur une même zone d’un échantillon de données multi‐échelles et multi‐spectrales. Application à la corrélation entre microscopie AFM et microscopie de fluorescence.

Sondes bifonctionnelles permettant de contrôler la longueur d’onde d’émission en fonction de leur taille pour des applications de microscopie corrélative MET/MCBL


Camille ALVARADO : titulaire, AI, microscopie (arrivée le 01/11/2010) Xavier FALOURD : CDD AI, Biogenouest, composante chémo/phénotypage (arrivé le 01/04/2010) Ahmad FAHS : post‐doctorant, Inra, microscopie (01/01/2010 – 31/12/2010)

4.16.4 Coordonnées

Plate‐forme BIBS Inra UR BIA Rue de la Géraudière 44316 NANTES


www.angers‐nantes.inra.fr/plates_formes_et_plateaux_techniques /plate_forme_bibs

Rattachement : Inra UR 1268, BIA

Responsables :

Hélène ROGNIAUX : resp. administratif

Cédric GAILLARD : composante « Microscopies » Hélène ROGNIAUX : composante « Spectrométrie de masse » Loïc FOUCAT : composante « Résonance magnétique nucléaire »


4.17 Analyse structurale et métabolomique : « Corsaire »


Créée officiellement en 2010, la plate‐forme Corsaire s’intègre dans l’axe technologique « Analyse structurale et métabolomique ». Elle est constituée de 8 plateaux techniques : ‐ UBO RMN : service commun de RMN de l'UBO ‐ U613, UBO/Inserm ‐ Métabomer, Station biologique de Roscoff, CNRS ‐ CRMPO, Université de Rennes 1 : service commun de RMN et Spectrométrie de masse de l'UR1 ‐ P2M2, Inra, UR1, Agrocampus Ouest ‐ IFR26, Université de Nantes/Inserm, CRNH ‐ Ceisam, Université de Nantes ‐ Laberca, Oniris.


Aucun équipement acquis en 2010, aucun projet démarré.


Plateaux techniques Responsables pour Corsaire Personnels UBO RMN Stéphane CERANTOLA (IR) Stéphane CERANTOLA (IR), 2 techniciens UBO Inserm Laurent CORCOS (chercheur) 1 chercheur, 2 techniciens, 1 ingénieur de recherche

mobilisables sur des projets de recherches/collaborations Métabomer Philippe POTIN (chercheur) Enseignants‐chercheurs et chercheurs :

Philippe POTIN DR2 CNRS (UMR 7139), animateur scientifique métabolomique 20% Pascal RIERA MC UPMC‐Paris6 (UMR 7144), SM Isotopique Thierry TONON MC UPMC‐Paris6 (UMR 7139), traitement de données métabolomiques et modélisation Jean MARY MC UPMC‐Paris6 (UMR 7144), complémentarité métabolomique‐protéomique Ingénieurs : Fanny GAILLARD IR2 CNRS (FR2424), responsable scientifique et technique spectrométrie de masse Sophie GOULITQUER CDD IR2 CNRS (UMR 7139), chargée des développements méthodologiques métabolomique Cédric LEROUX AI UMPC‐Paris6 (FR2424), chargé des développements méthodologiques en spectrométrie isotopique Erwan CORRE IR2 CNRS (FR2424), développement bio‐informatique

CRMPO Univ. Rennes 1

Nicolas LE YONDRE (IR) Nicolas LE YONDRE (IR) 1 ingénieur d'étude Techniciens

P2M2 Alain BOUCHEREAU (enseignant‐chercheur) Sylvain GUYOT (chercheur)

Nathalie MARNET (AI) : 80% Sylvain GUYOT : 20% En prévision : Angélique Boissière (administratif, gestion) : 40 à 50% d'un temps plein

Ceisam Univ. Nantes

Illa TEA (enseignant‐chercheur) Enseignants‐chercheurs et chercheurs Ingénieurs Techniciens

CRNH IFR26 Univ. Nantes/Inserm

Michel KREMPF (enseignant‐chercheur)

Enseignants‐chercheurs et chercheurs : Michel KREMPF : 30 % Khadija OUGUERRAM : 30 % Véronique FERCHAUD‐ROUCHER (IR) : 30 % Stéphanie CROSSOUARD (technicien) : 30 %

Laberca Oniris Jean‐Philippe ANTIGNAC (IR) 3 mois/homme par an

FAIT MARQUANT : L’année 2010 marque la

création de la plateforme métabolomique « Corsaire ».


Le recrutement d’un animateur pour structurer et animer la plate‐forme Corsaire est prévu pour janvier 2011 : un contrat de 4 mois puis un contrat de 12 mois (renouvelable). Le processus de recrutement a été initié en fin d'année 2010, les entretiens d'embauche ont été réalisés fin décembre 2010, pour une embauche qui a eu lieu le 24 janvier 2011.

La mission de cet animateur, après une phase de diagnostic, consistera à structurer l’organisation de la plate‐forme :

mise en place d’un guichet unique géré par la cellule d’animation de la plate‐forme, qui sera le point d’entrée pour les utilisateurs de la plate‐forme (réservations, demandes de travaux, gestion des données…)

mise en place d’une politique « Qualité » commune pour l’ensemble des plateaux techniques de la plate‐forme

structuration de la politique tarifaire. Chacun des plateaux ayant un mode de fonctionnement spécifique, il conviendra de l’harmoniser pour les travaux réalisés dans le cadre de Corsaire.

4.17.4 Coordonnées

Plate‐forme Corsaire Inra UMR 118 APBV Domaine de la Motte ‐ BP 35327 35653 LE RHEU Cedex

Tél. 02 23 48 52 15 Fax : 02 23 48 52 40 [email protected] Site web : en construction

Rattachement : ensemble des organismes et unités listés ci‐dessus.

Responsables :

Alain BOUCHEREAU ‐ 02 23 23 69 97 / alain.bouchereau@univ‐rennes1.fr Michel KREMPF ‐ 02 40 08 30 73 / michel.krempf@univ‐nantes.fr Animateur : Laurent RIVET


4.18 Bio‐informatique : ReNaBi Grand Ouest


Les trois plates‐formes constitutives de l’axe Bio‐informatique de Biogenouest (BiRD à Nantes, GenOuest à Rennes et ABiMS à Roscoff), réunies en un pôle régional ReNaBi‐GO, ont reçu la labellisation IBiSA. Ce nouveau pôle régional bénéficie de la complémentarité thématique et méthodologique de ses membres. Les domaines couverts sont ceux de Biogenouest (Mer, Agronomie, Santé, Environnement et Bio‐informatique) avec des approches méthodologiques permettant d’appliquer l’outil bio‐informatique aux différentes plates‐formes (génomique, transcriptomique et protéomique).

ReNaBi‐GO participe aux efforts de structuration de la bio‐informatique au niveau national avec une participation à divers projets Investissements d’avenir (ReNaBi‐IFB, EMBRC‐France, IDEALG). Le projet ReNaBi‐IFB vise la mise en place au niveau national d’une infrastructure bio‐informatique ambitieuse. EMBRC‐France envisage le développement d’un système d’informations autour des modèles marins et IDEALG le développement de projets d’analyses du génome, du transcriptome et du métabolome des macro‐algues.

Parmi les autres faits marquants :

Finalisation d’un partenariat entre le projet CIT3 de la Ligue et la plate‐forme GenOuest. Cet accord permet au projet CIT3 de bénéficier de l’infrastructure de GenOuest pour l’ensemble de ses données et traitements bio‐informatiques ainsi que pour héberger ses serveurs.

Organisation et participation à l’école thématique GRISBI dédiée au « calcul scientifique sur grille en bio‐informatique » (Roscoff du 27/09 au 1/10)

Action de formation à l’analyse de données de puces à ADN (Nantes du 4/10 au 8/10). Cette formation avait pour objectifs d'apprendre l'analyse des données de puces à ADN, ainsi que d'initier à l'interprétation des données obtenues. A l'issue de la formation, les participants ont pu mener à bien un projet d'analyse transcriptomique par puces à ADN.

La 8ème édition des rencontres de la plate‐forme sur le thème du séquençage de nouvelle génération a rassemblé plus de 120 personnes à l’Irisa.

Qualité : la plate‐forme ABiMS s’engage dans une démarche de certification avec l’objectif d’une certification en 2012.


Nouveaux équipements acquis en 2010 : Mise en place d’un serveur à forte capacité mémoire (256 Go) sur la plate‐forme ABiMS. Mise en place de 8 nœuds de calcul (144 Go) sur la plate‐forme GenOuest.



ABiMS :

Projet ANR PELICAN (en partenariat également avec la plate‐forme GenOuest ) BiRD :

Etude transcriptomique des mutants de la protéine JAK2 (U892, Nantes) Exploration transcriptomale sur une lignée cancéreuse colique humaine (U643, Nantes) Etude transcriptomique de biopsies cardiaques (U915, Nantes) Etude transcriptomique de Cdx2 dans les cellules intestinales et dans les cellules sanguines (U682, Nantes) Analyse du transcriptome dans les graines de mutants pm25 de Medicago truncatula à deux stades de développement (UMR PMS Inra, Angers)

FAIT MARQUANT : Les trois platesformes constitutives de l’axe bioinformatique, réunies en

un pôle régional ReNaBiGO, ont reçu la labellisation IBiSA.

Mise en place des méthodes d’extraction du matériel pariétal

(extracteur ASE) sur une variété de substrats


GenOuest :

Développement de la ressource DGD (duplicate gene database – http://dgd.genouest.org) (F. Lecerf, Agrocampus)

Développement de la base PhymycoDB (http://phymycodb.genouest.org) (P.Vandenkoornhuyse, Université de Rennes 1)

Développement de l’outil AnnotQTL (http://annotqtl.genouest.org) (F. Lecerf, Agrocampus Ouest) Projet « Docteur Motifs » : intégration d’un ensemble d’outils de recherche et découverte de motifs (http://drmotifs.org).

Release d’une nouvelle version de BioMAJ. Mise en place de la ressource eDystrophyn (http://edystrophin.genouest.org)


Projets PEPTISAN et IDEALG


Seqcrawler : Indexation et interrogation des banques de séquences. Basé sur l’outil « Solr ». Le projet BioPaaS financé par l’Université de Rennes 1 a permis de mettre en place une réflexion sur les différentes techniques de virtualisation utilisables au sein d’une plate‐forme bio‐informatique. Un premier nuage privé basé sur OpenNebula a été mis en place.


ABiMS : Mark HOEBEKE, IR CNRS (juillet 2010)

BiRD : Edouard HIRCHAUD, IE, CDD Biogenouest (4 janvier 2010)

GenOuest : pas de nouveaux arrivants.

4.18.4 Coordonnées

ABiMS Station biologique Place Georges Teissier 29680 ROSCOFF

Tél. 02 98 29 25 43 Fax : 02 98 29 23 24 christophe.caron@sb‐roscoff.fr

http://abims.sb‐roscoff.fr

Rattachement : FR 2424

Responsables :

Christophe CARON

BiRD IRT – UN 8 quai Moncousu BP 70721 44007 NANTES Cedex 1

Tél. 02 28 08 01 38 Fax : 02 28 08 00 49 gerard.ramstein@univ‐nantes.fr

http://cardioserve.nantes.inserm.fr/BIRD/

Rattachement : Inserm U915, IFR26

Responsables :

Gérard RAMSTEIN (resp. scientifique) Audrey BIHOUEE (resp. technique)

GenOuest Irisa/Inria Campus de Beaulieu 35042 RENNES Cedex


http://genouest.org

Rattachement : UMR 6074, Inria Rennes – Bretagne Atlantique

Responsables :

Olivier COLLIN


5 Budget 2010

Le graphique ci‐dessous présente la répartition des financements reçus par Biogenouest au titre de l’année 2010 :

Région Bretagne : 1,204 M€ (1 M€ en 2009) Région Pays de la Loire : 1,258 M€ (1,1 M€ en 2009) IBiSA : 1,342 M€ (1,2 M€ en 2009)

On note une augmentation du budget accordé à Biogenouest par ses trois principaux financeurs.

Sur la totalité des financements (Régions et IBiSA) accordés à Biogenouest en 2010 (soit 3,8 M€), 63,4% ont été dédiés à de l’équipement (contre 58% en 2009) et 36,6% à du soutien de programmes (42% en 2009).


6 Animation de Biogenouest

6.1 Animation scientifique

Intégration de nouvelles plates‐formes :

Depuis sa création, Biogenouest est en constante évolution, avec notamment l'intégration de nouvelles plates‐formes.

Biogenouest réfléchit depuis fin 2009 à la création d'une nouvelle plate‐forme de métabolomique au sein du dispositif. Cette plate‐forme a vu le jour en 2010 sous le nom de « Corsaire » (COopéRationS métAbollomIque gRand ouEst) et se compose d'un ensemble de plateaux sur les deux régions, ayant chacun des spécificités. Elle est coordonnée par Alain Bouchereau et Michel Krempf et rejoint l’axe « Analyse structurale et métabolomique ».

En fin d’année 2010, l’axe « Exploration fonctionnelle » a accueilli une nouvelle plate forme au sein du sous‐axe « Imagerie »: « MicroPICell », à Nantes, regroupe deux plateaux techniques de l'IFR26 localisés sur le site du CHU‐facultés de l'ensemble Santé (imagerie cellulaire et morphologie). MicroPICell propose un accès réglementé à des systèmes d’imagerie et des prestations en histologie (coupes paraffinées et congelées). Elle apporte une aide scientifique et technique (conception, réalisation, interprétation de projets et d’expériences) et organise diverses formations aux techniques de microscopie (formation permanente Inserm).

Par ailleurs, suite à l’élargissement du périmètre de Biogenouest aux sciences du vivant en 2009 et à la demande des Conseils régionaux, Biogenouest a finalisé le recencement des plates‐formes en Bretagne et Pays de la Loire en 2010. L’objectif est d’avoir une vue exhaustive des outils technologiques et des ressources associées en Sciences du vivant dans les deux régions. Les réponses aux questionnaires ont été analysées en fonction des critères d’ouverture, d’innovation et d’évolution technologique, de gestion et de management, de production scientifique et de formation. Des visites sur place des plates‐formes seront ensuite organisées à partir de fin 2010 et les plates‐formes pouvant intégrer Biogenouest seront alors identifiées.

Intégration des plates‐formes au niveau national :

Le Gis IBiSA coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux plates‐formes et infrastructures en Sciences du vivant. Biogenouest est la structure en interaction avec le Gis IBiSA pour les régions Bretagne et Pays de la Loire.

Pour Biogenouest, 11 plates‐formes ont jusqu'à présent été labellisées IBiSA, dont une en 2010 : « Biopolymères, biologie structurale (BIBS) » à Nantes. Par ailleurs l’axe Bio‐informatique obtient une labellisation commune des 3 plates‐formes de bio‐informatique sous le nom de ReNaBI Grand Ouest.

Actions d’animation des plates‐formes de Biogenouest en 2010 :

Les plates‐formes participent tous les ans à Gen2Bio et organisent des journées d'animation ouvertes à l'ensemble de la communauté scientifique de l'Ouest :

« Modélisation en biologie » le 25 mars 2010 à Rennes

« Journée scientifique de la plate‐forme Puces à ADN » le 25 mai 2010 à Rennes

« Analyses de données de puces à ADN » du 14 au 18 juin 2010 à Nantes

Journées de microscopie les 2‐4 juin 2010 à Nantes

« Découverte du potentiel de la génomique et de la protéomique au service du végétal ‐ Applications pratiques illustrées au travers de collaborations menées entre des entreprises et des plates‐formes de Biogenouest » le 21 septembre 2010 à Angers

Formation "Analyses de données de puces à ADN » les 4‐5 octobre 2010 à Nantes

« 8èmes rencontres autour de la plate‐forme Bio‐informatique » le 28 octobre 2010 à Rennes

« Journée d'animation de la plate‐forme métabolomique "Corsaire" » le 22 novembre 2010 à Rennes

« 3ème journée Bioanalyse ‐ Les bioanalyses au service de l’alimentation » le 23 novembre 2010 à Nantes

« 5èmes rencontres annuelles de la plate‐forme Protéomique Biogenouest » les 8 et 9 décembre 2010 à Rennes

Projet fédérateur sur la Biologie intégrative

Le développement des méthodologies et technologies pour les expériences de biologie cellulaire et moléculaire (automatisation, haut débit) offre de nouvelles perspectives dans l’étude des systèmes biologiques. Par exemple, la génomique permet d’étudier à grande échelle la composition, l’expression et l’évolution des génomes. La protéomique permet d’analyser l’expression des protéines et leurs interactions. Et la métabolomique permet d’étudier les empreintes chimiques que peuvent laisser les processus cellulaires. Toutes ces approches fournissent

FAIT MARQUANT : Dans l’axe « Analyse structurale et

métabolomique », création de la plateforme de métabolomique « Corsaire »

et labellisation IBiSA de BIBS.


de précieuses informations qui peuvent être obtenues dans un même système biologique, permettant ainsi de mieux appréhender voire comprendre la complexité du système. Le projet fédérateur « Biologie intégrative » a pour objectif de mieux comprendre et répondre aux problèmes inhérents à l’intégration des données issues de multi‐technologies et en particulier des données issues des différentes plates‐formes de Biogenouest.

Ce projet fédérateur a démarré dès la fin de l'année 2009 et devrait s'achever fin 2011. Il est coordonné par Rémi Houlgatte, Plate‐forme Puces à ADN de Nantes, et Charles Pineau, Plate‐forme Protéomique de Rennes. Nolwenn Le Meur a été recrutée début mars 2010 pour animer le projet en collaboration avec les coordinateurs, organiser les recensements, les réunions de travail et les journées de présentations, et assurer la communication du projet. Elle a été soutenue également par Daniel Baron, post‐doctorant à l’Inserm U915 à Nantes.

Les actions mises en œuvre pour mener à bien ce projet en 2010 ont été notamment :

Le recensement des besoins des utilisateurs des plates‐formes de Biogenouest en matière d’intégration de données (outils logiciels, formations)

L’organisation de formations et de séminaires : le 18 janvier à Rennes, le 8 avril à Nantes, le 28 juin à Nantes et le 21 octobre à Nantes

L’animation de groupes de réflexion sur les thèmes suivants : structuration des données, Web services, ontologies et annotations fonctionnelles, visualisation des données, modélisation, biostatistiques et séquençage nouvelle génération (NGS), etc.

La mise en place d’un plan de communication : visites des acteurs de Biogenouest pour présenter le projet, réalisation de questionnaires d'enquêtes et de satisfaction, site internet au format blog (http://int‐gen.genouest.org/) et listes de diffusion (propre au projet, de Biogenouest, de la société française de bio‐informatique, etc.)

Nolwenn Le Meur ayant été recrutée sur un nouveau poste, Biogenouest prépare fin 2010 le recrutement d’un nouvel animateur sur ce projet fédérateur « Biologie Intégrative » dès le début de l’année 2011.

Appels à projets Investissement d'avenir :

En 2010, Biogenouest a recensé les différents projets relatifs aux plates‐formes technologiques ayant répondu aux appels d'offres Investissement d'avenir, et plus particulièrement sur « EquipEx » et « Infrastructures ». Plusieurs réunions ont été organisées avec les PRES UEB et UNAM et des lettres de soutien ont été rédigées pour les différents porteurs de projet.

Conférences scientifiques :

La Cellule d'animation organise des conférences scientifiques sur les différents sites géographiques de Biogenouest en invitant des conférenciers :

« L’intégrité scientifique et la conduite responsable de la recherche » par Michelle Hadchouel le 28 janvier 2010 à Nantes

« Prix Nobel de Chimie 2009 : le ribosome dans tous ses états » par Reynald Gillet le 2 mars 2010 à Rennes

« Modélisation du métabolisme chez des micro-organismes photosynthétiques » par Guillaume Cogne le 1er avril 2010 à Nantes

« Implications écologiques des virus dans l’Océan et futurs challenges en écologie virale » par Anne-Claire Baudoux le 4 mai 2010 à Roscoff

« Paradoxe français : état de l'art » par Ramaroson Andriantsitohaina le 7 septembre 2010 à Angers

« Vers la reproduction clonale par graines : transformer la méiose en mitose » par Raphaël Mercier le 5 octobre 2010 à Rennes

« The Biosynthesis of Cell Wall Polysaccharides: the model of xylans in Cereal Grains » par Fabienne Guillon le 9 novembre 2010 à Nantes.


6.2 Démarche Qualité

Biogenouest continue de promouvoir la mise en place de démarches qualité sur l’ensemble de ses plates‐formes. En 2010, les actions qualité ont principalement porté sur les points suivants :

Poursuite de la mise en place d’un système de management de la qualité sur plusieurs plates‐formes

En 2009, cinq plates‐formes avaient été choisies pour la mise en œuvre de leur système de management de la qualité en vue d’une certification ISO 9001 de :

- la plate‐forme Génomique structurale et fonctionnelle composée, fin 2010, des 4 sites suivants : « Génotypage » au Rheu, « Génomique environnementale et fonctionnelle » à Rennes‐Beaulieu, « Séquençage/Génotypage » à Roscoff et « Génomique Santé » à Rennes‐Villejean.

- la plate‐forme Imagerie fonctionnelle PRISM

- la plate‐forme Transgenèse Rat

- la plate‐forme Production de vecteurs de synthèse (SynNanoVect)

- la plate‐forme Développement d’anticorps monoclonaux (Padam).

L’ingénieur Qualité a préparé, avant son départ en congé maternité, un planning de travail pour chacune des plates‐formes suivies. L’avancée des actions du planning a été revue dès son retour.

Lors de sa réunion du 16 novembre 2010, le Conseil de groupement a décidé qu’un soutien serait apporté à la plate‐forme Cardiex.

Des réunions ponctuelles ont été organisées sur la plate‐forme d’Histopathologie afin de mettre en place une démarche qualité.

Organisation et animation d’une rencontre des Responsables Qualité du réseau

L’ingénieur qualité a organisé et animé une « Journée des Responsables Qualité de Biogenouest » le 2 décembre 2010. Cette journée a réuni 18 responsables Qualité travaillant sur les plates‐formes et favorisé les échanges. Les principaux thèmes abordés ont été les suivants : déroulement d’un audit, présentation de plusieurs outils pour la gestion des projets et la gestion du matériel, importance de l’implication de la Direction dans la démarche qualité, impacts sur les plates‐formes certifiées de l’évolution de la norme ISO 9001, choix des objectifs et indicateurs qualité, rédaction du Manuel Qualité et contenu « Qualité » du site web de Biogenouest.

Organisation d’une session de formation à la qualité des Responsables Qualité

Une « Formation Qualité sur la norme ISO 9001 » a été organisée du 13 au 15 janvier 2010, à Rennes, sur le site d’Agrocampus. Destinée au personnel des plates‐formes chargé de mettre en place la démarche qualité, elle avait un double objectif : faire connaître la norme ISO 9001 et permettre la rencontre des Responsables Qualité afin de favoriser le partage des expériences. L’organisme ayant réalisé la formation est la Cegos. Cette formation a réuni 13 participants dont 7 rennais, 4 nantais, 1 brestois et 1 angevin.

Mise en place du plan d’actions Biogenouest 2010‐2013

Suite à la visite de la Commission d’évaluation en décembre 2009, l’Ingénieur qualité a mis en place un « plan d’actions Biogenouest 2010‐2013 », en collaboration avec le Comité directeur et le Conseil scientifique de Biogenouest. Ce plan d’actions a été validé en Conseil de groupement du 16 novembre 2010. L’avancée du plan d’actions, sur ces 4 années, est supervisée par l’Ingénieur qualité qui est chargée de mettre à jour ce document, à minima annuellement.

Soutien des plates‐formes certifiées

L’ingénieur qualité a réalisé l’audit interne de l’équipe IRM‐Food du Cemagref. Son travail a également consisté à apporter une aide au suivi des audits afin de mettre en place des plans d’actions adaptés et de répondre au mieux aux remarques émises par les auditeurs.

FAIT MARQUANT : Le 24 mars 2010, certification

ISO 9001 de l’équipe de recherche IRMFood du Cemagref pour ses

activités de recherche et d’expertise.


6.3 Valorisation

La Commission valorisation de Biogenouest est composée de membres issus des cellules de valorisation des universités ou des grands organismes, 9 des technopoles et enfin 6 des CRITT et centres techniques.

La commission s’appuie sur l’existant, défend un modèle en réseau (pas de guichet unique) et le rend lisible par rapport à l’extérieur. Ce réseau démontre la valeur ajoutée à travailler ensemble dans le domaine des biotechnologies.

Valorisation des plates‐formes et des technologies de Biogenouest :

En termes de création de nouvelles activités, des sociétés sont issues directement des travaux des chercheurs de Biogenouest et créées autour des technologies développées en son sein : Innova Proteomics et Spin Safety à Rennes, In Cell Art, ProtNeteomix, Atlantic Bio GMP et TcLand à Nantes, Korilog à Muzillac.

Certaines plates‐formes ont conclu des partenariats commerciaux avec les sociétés biotech suivantes : Biopredic International, Clean Cells, GenOway, Spin Safety. Biogenouest a également établi des partenariats avec des entreprises du secteur des biotechnologies, via des contrats de collaboration technologique. A noter également, la création d’un Centre d’immunomonitorage intégré (Cimna) associant la plate‐forme Transcriptome de Biogenouest de Nantes, les entreprises TcLand et Atlanstat et le CHU de Nantes.

Avec le concours de la SEM Régionale des Pays de la Loire et le Pôle Vegepolys, Biogenouest a organisé une rencontre d’échanges entre des plates‐formes et des entreprises de la filière végétale le 21 septembre 2010.

En 2010, la commission Valorisation a poursuivi un accompagnement spécifique et plus poussé de l'ensemble des plates‐formes de Biogenouest vers la mise en place d’actions marketing, la fourniture d’outils de calcul des coûts et de tarification des prestations. En accord avec les objectifs du projet ShareBiotech, elle amplifie sa mission d’accompagnement des plates‐formes dans leur développement à destination d’un public industriel.

Aidées d’un outil diagnostic développé par Bretagne Valorisation, ce sont maintenant dix plates‐formes qui ont été auditées sur plusieurs aspects, notamment :

La détermination d’indicateurs pour révéler d’éventuelles carences sur certaines ressources comme les équipements, les personnels et leur pérennisation

La construction d’un plan d’actions sur le marketing des produits et des prestations

Une aide à la mise en place d’outils de communication, plaquette, site web…

A l’issue de ces diagnostics, un compte rendu assorti des indicateurs relevés et un plan d’actions ont été remis aux plates‐formes. A charge pour les structures de valorisation de proximité d’aider à la mise en œuvre des préconisations sur chacune des plates‐formes auditées.

Biogenouest a organisé, à destination des salariés des plates‐formes, une session de formation spécifique sur une meilleure gestion de la relation‐client, concourant ainsi à un accroissement de la professionnalisation des plates‐formes tout en répondant à certains objectifs du projet européen ShareBiotech.

FAIT MARQUANT : En octobre 2010, dans le cadre de la professionnalisation des platesformes, Biogenouest a organisé une formation à la gestion de la relation client.


6.5 Communication

Ci‐dessous les moments forts de la vie de Biogenouest en 2010 :

Congrès Gen2Bio, le 30 mars à Saint‐Malo :

Pour sa troisième édition au Palais du Grand Large à Saint‐Malo, Gen2Bio a réuni pas moins de 395 professionnels des biotechnologies de toute la France et de tous horizons (dont 79 personnes représentant 49 entreprises). L’intérêt pour ces rencontres chercheurs et entreprises biotech n'est donc plus à démontrer. La veille de Gen2Bio, la 4ème Western BIO‐Connexion organisée en partenariat avec Buzz4bio a rassemblé quant à elle une soixantaine de personnes qui ont eu plaisir à « réseauter biotech » dans une ambiance marine et conviviale.

Réflexion sur le terme « Environnement » dans Biogenouest

Un groupe de travail s’est penché sur cette question, l’objectif de cette réflexion étant de renforcer l’affichage et la visibilité de la thématique transversale « environnement » au sein de Biogenouest. Les domaines Mer, Agro, Santé et Bio‐informatique sont conservés et la notion de thématique transversale « Environnement » est introduite. La nouvelle baseline « Réseau des plates‐formes du Grand Ouest en sciences du vivant et de l’environnement » est approuvée par le Conseil scientifique.

Présentation de l’offre technologique des plates‐formes aux entreprises du végétal :

Co‐organisée avec Vegepolys, la présentation « Découverte du potentiel de la génomique et de la protéomique au service du végétal ‐ Applications pratiques illustrées au travers de collaborations menées entre des entreprises et des plates‐formes de Biogenouest » a rassemblé une cinquantaine de personnes le 21 septembre 2010 à Angers.

Outils de communication :

Les outils de communication sont régulièrement actualisés, pour refléter l’évolution constante de Biogenouest, et notamment l’intégration de nouvelles plates‐formes. En particulier, les deux livrets de présentation des plates‐formes (Recherche et Entreprises) sont mis à jour à l’occasion de Gen2Bio. 4 numéros de la lettre d’info interne « infOGP » ont été diffusés en 2010 à environ 150 abonnés.

Salons et relations presse :

Le salon Eurobio n’existe plus, il a été en quelque sorte remplacé par Biofit, qui s’est tenu du 26 au 27 octobre 2010 à Lille. Biogenouest n’y a participé qu’en visiteur, afin de juger de la pertinence de participer à l’avenir, en tant que partenaire, à cette manifestation.

Des communiqués de presse, qui informent sur la vie, l'évolution et les projets du réseau, sont diffusés de manière régulière à une liste de journalistes et contacts communication des organismes partenaires de Biogenouest.

Des articles sont également parus dans la presse : Biofutur, La Gazette du Laboratoire, La Lettre économique de Bretagne, La Lettre API, Sciences Ouest…

Divers :

Chaque année au mois de juin, une « rencontre conviviale » permet aux membres du Conseil scientifique de se rencontrer en marge du dernier Conseil scientifique avant l'été. En juin 2010, après une randonnée découverte sur un site naturel protégé sur la côte sauvage entre Saint‐Malo et Cancale, le Conseil scientifique a tenu sa réunion mensuelle à Saint‐Malo.

FAIT MARQUANT :En 2010, Biogenouest affiche la thématique transversale

« Environnement ».

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