mendeley : découvrir un outil de partage de références bibliographiques
DESCRIPTION
Découvrir le logiciel Mendeley et le réseau social en ligne du même nom; appréhender les possibilités offertes pour le travail collaboratif autour des références bibliographiques (Support de formation accompagnant une intervention à l'Urfist de Lyon, 3h, octobre 2011)TRANSCRIPT
Mendeley : connaître et utiliser un logiciel de partage de références bibliographiques Urfist de Lyon 6 octobre 2011
Alain Marois – Bibliothèque de l'École Centrale de [email protected] / www.twitter.com/amarois
Plan● Les logiciels de gestion de références
bibliographiques● Installation de Mendeley● Gérer sa bibliothèque de références● Citer en utilisant ses références● Partager, collaborer, gérer son identité numérique● Consulter ses références en situation de mobilité● Usages avancés
Les logiciels de gestion de références bibliographiques...et Mendeley
Trop de références bibliographiques
© jorge cham, sur une idée originale de Valentin Vivier
Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011
Gérer sa bibliographie ?
● S'organiser● Capitaliser● Privilégier le fond sur la forme● Partager des références● Commenter, annoter, collaborer ?● Découvrir de nouveaux travaux ?
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Beaucoup d'outils dédiés
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Besoins classiques...et émergents
sur une idée originale de Martin Fenner
La dimension du partage n'est pas nouvelle; c'est un besoin qui remonte aux origines de la science moderne. Le web est né de ce besoin
Progressivement, les outils dévolues au travail bibliographique intègrent les possibilités découlant de l'omniprésence du réseau pour répondre -ou devancer – les pratiques des chercheurs
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Mendeley selon Mendeley
http://www.mendeley.com/compare-mendeley/Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011
Penser à vos arrières...
Veiller, suivre l'actualité des outils/services utilisés pour anticiper
S'assurer de pouvoir passer à un autre outil (fonction d'export, formats, etc..) sans trop de pertes
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Mendeley ?
● Logiciel à installer (« desktop »)+ service en ligne (http://www.mendeley.com)● Windows + Mac + Linux + (iOS, Androïd)● Modèle de Last.fm (partage de musique)● Version 1.0 depuis juillet 2011!● gratuit, mais... ●...business model en évolution, mais...●... « what is free now will remain free »● Société basée à Londres
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Mendeley : contexte
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Mendeley : contexte ?
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Mendeley : contexte ?!
Mendeley : social Ref. Manag.
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« What’s relevant to me….right now ? »
- informal chatting with colleagues- journal clubs- conferences- seminars- daily/weekly literature review- specialty blogs
- citations = links between publications (« Google»)- collaborative filtering (« Amazon»)
text-based recommendations -ontologies based recommendations -
cross-disciplinary text-mining analysis -real-time knowledge -
« Aligning textual elements from articles from different subject area »
+
+« What we are missing is the long-tail of relevance ».
Hoyt, 2009
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Mendeley et vos données
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http://www.mendeley.com/privacy/
Vos données restent les votres
Mendeley est une société basée à Londres. Elle s'engage pourtant à traiter les données personnelles en conformité avec le Safe Harbor
Rendez-vous sur Mendeley.com et créez un compte
Installation de Mendeley
Téléchargement : option 1
Par défaut, téléchargement suite à l'initialisation d'un compte
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Téléchargement : option 2
Il est aussi possible de télécharger l'outil sans créer de compte à priori
Mendeley est disponible sur de nombreuses plateformes
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Installation : les plugins MS Word et OpenOfficeLes plugins MS Word ou Ooo permettent l'insertion aisée de citations durant la rédaction d'un texte. A installer depuis le desktop
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Compatibilité word 2003 – 2007 - 2010
Compatibilité OpenOffice
Vue d'ensemble de l'interface « desktop »
Collections, corbeille
Filtres (auteurs, journaux, tag, mots clés auteur
Liste des références
Détails, tags, liens, annotations,
Moteur de rechercheBarre d'outils
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Vue d'ensemble de l'interface « web »Messages et notifications
Compte, réglages de confidentialité
Références, éditables
Envoie de document par email
Tableau de bord (newsfeed)Bibliothèque de référencesCatalogue généralGroupesRéseau et contacts
Collections (arborescence)
Filtres (revues, auteurs,etc.)
Groupes
Tags des références de votre bibliothèque
Tags des références de vos groupes
Outils et actions
Recherche dans sa bibliothèque
Recherche dans Mendeley
Créer sa bibliothèque de références
Ajouter des références : via Mendeley Desktop
Différentes stratégies :● Ajout d'un document ou d'un répertoire de documents● « Watch a folder », pour l'import automatique de PDF● Ajout de références au format EndNote, BibTeX, RIS, etc.
Ajout par « glisser-déposer » de fichiers PDF, dossier contenant plusieurs fichiers,...
...et Mendeley extraira les descriptions du document PDF automatiquement
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Ajouter des références : utiliser l'import web
Un simple lien placé dans la barre d'adresse permet d'importer directement des résultats de recherche à partir des sites compatibles
Choisir les références dans la fenêtre dédiée, annoter, ajouter des tag
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Remarque : les PDF des articles ne seront pas téléchargés
Compatible avec Firefox, Chrome, Safari, Internet Explorer...
Import web : installation et compatibilité
Les principales sources d'information scientifique
http://www.mendeley.com/import
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Synchronisation de sa bibliothèque de références
Synchronisez votre bibliothèque Mendeley Dekstop avec votre compte en ligne
Gestion et édition en ligne de vos références
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Si vous disposez d'un lot de fichiers PDFIndiquez le dossier à importer contenant les PDF
L'importation se déroule automatiquement et les références correspondant aux documents PDF apparaissent
Mendeley va chercher les informations décrivant les documents dans les bases de données d'information scientifique
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Depuis un autre logiciel : laissez vous guider
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Si vous venez de EndNote (ou d'ailleurs)1
Exporter en Xml, ou .txt avec le style RefMan(RIS)
Sélectionner les références à exporter
2 Dans Mendeley, choisir le format d'import RIS ou EndNote Xml suivant le format d'export EndNote
De la même manière, Mendeley peut importer des listes de références aux formats BibTeX, Zotero.sqlite, OVID,...
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Si vous utilisez Zotero1
Ouvrez la fenêtre des options
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Activez l'intégration avec Zotero
Mendeley lit la base Zotero et importe les références + fichiersA noter : - pas de vraie synchro (que de Zotero vers Mendeley)- si réf. Zotero dans plusieurs dossiers => doublons dans Mendeley- sur le web, dossiers « Zotero -... »
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Gérer sa bibliothèque de références
Des fonctions de gestion simples et utiles
Affichez le PDF attaché à la référence pour lecture
Les références peuvent être marquées comme « à lire », « lues », « favorites »
Créez vos propres collections
Filtrez vos listes de référencesDésambiguïsez (par glisser-déposer)
Triez rapidement vos listes en cliquant sur les en-têtes de colonne
Collection créées par défaut : ●Toutes les références●Ajouts récents●Mes favoris●Références à vérifier●Mes publications●Publications non classées
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Recherche : incrémentielle et suggestion
Mise à jour de la liste de résultat au cour de la frappe
Recherche dans les références et les PDF de toutes les collections
Mise en contexte et surlignage des termes recherchés
Suggestion de termes au court de la frappe
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Utilisation avancée du moteur de recherche
champs:terme à rechercher
http://www.mendeley.com/faq/#advanced-search
Champs disponibles : ● author, by, contributor, name● keyword● publication● tag● TitleOpérateurs booléens : ● AND (défaut)● OR● « - » (= NOT)
Exemples : ● author:harnad title:« open access »● keyword:Bacteria publication:nature● tag:tools notes: « à relire »
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PDF : lecteur intégré + et recherche de mots-clés
Surbrillance du terme recherché dans le PDF
Outils d'exploitation avancée : notes, surlignage manuel, lecture plein écran, etc.
Ouverture des PDF dans des onglet dédiés
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PDF : surlignez et annotez vos documents
Annotation (avec auteur et date)
Notes générales (à rechercher via « notes: »)
Passage surligné manuellement
Listes des annotations avec leurs liens pour une navigation aisée, leur auteur, leur date
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Classez et renommez automatiquement vos fichiers
L'outil de gestion des fichiers et ses options
Classement et nommage paramétrables
Tools > Option > File Organizer
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Vos fichiers (pdf, etc), restent organisés sur votre PC
Fichiers organisés automatiquement en arborescence selon les critères choisis
PDF (et autres fichiers) joints renommés
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Prenez soin de vos métadonnées : homogénéisation des noms de journaux, auteurs, tag, etc.
Passage surligné manuellement
Les entrées d'index peuvent être glissées-déposées les unes sur les autres pour homogénéiser leurs valeurs
Mendeley modifie automatiquement les références en conséquence
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Prenez soin de vos métadonnées : « needs review » et « find duplicates »
Validez ou non les détails des références
Toutes les réf. Non validées sont regroupées dans le répertoire « Needs reviews »
Assistant de dédoublage
Gestion des conflits : chaque champ peut être édité ou choisi pour la fusion
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Citer en utilisant ses références
Citer dans MS Word et OpenOffice 1/2
Placer son curseur à l'emplacement de l'appel de citation dans votre texte
Cliquer sur « Insert Citation dans la barre d'outil Mendeley de Word
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Chercher la citation à insérer dans l'assistant qui s'ouvre et valider., ou...
3'...cliquer sur « Go To Mendeley »...
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L'appel de citation est intégré au format choisi à l'emplacement du curseur
...et, depuis Mendeley Descktop, sélectionner une citation puis cliquer sur « Send Citation to Word ».
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Citer dans MS Word et OpenOffice 2/2
Éditer une bibliographie dans Word ou OpenOffice
Finaliser son texte avec tous les appels de citation
Positionner son curseur à l'endroit où doit figurer la bibliographie
Cliquer sur « insert Bibliography »
Choisir un style bibliographique
La bibliographie est générée automatiquement
Si des références sont modifiées dans Mendeley, cliquer sur « Refresh » pour mettre à jour
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Vous pouvez changer le style : le document se met à jour.
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Produire une simple liste de références formatées
Sélectionnez des références
Cela fonctionne aussi par copier-coller
Déplacez les dans votre document (« drag & drop »)
La liste est au format sélectionné dans Mendeley (View > Citation Style > monstyle)
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Un vaste choix de styles bibliographiques
MS Word : « Style »Ooo Writer : « Other citations from Mendeley »
Recherchez et sélectionnez un style
De très nombreux styles disponibles à installer
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Les mises à jour de styles vous sont indiquées
Utiliser LaTeX / BibTeX : options de synchronisation de la bibliothèque de références
Tools > Options > BibTeXPrise en compte de caractères spéciaux
Mise à jour automatique du fichier .bib
Un ou plusieurs fichiers. On peut imaginer le mettre sur un dossier partagé...Clés BibTeX éditables si besoin
référence par référence
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Partager, collaborer, s'intégrer à une communauté en gérant son identité numérique
Créer un groupeGréer un groupe permet de partager des références, de diffuser une liste commune de références, de collaborer autour de ces références
Créez un groupe depuis le Descktop ou en ligne; ajoutez une description, une photo, invitez des contacts, etc.
Les groupes sont : - privés (échanges de pdf et annotations)- publics (ouverts ou sur invitation; uniquement des références)
Chaque compte « free » peut créer 10 groupes « private » maximum
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Suivre l'activité d'un groupe« What's on your mind ? »
Activés du groupe (commentaires, « likes », ajout de référence
Références du groupe (+ fichiers si groupe privé)
Membres du groupe, ajouter, inviter, donner des droits (si vous êtes créateur du groupe)
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Partager des références au sein d'un groupe
Déposer des références par glisser-déposer dans vos groupes
Chaque compte « free » dispose d'un espace de 500 Mo pour ses références + 500 Mo pour ses groupes. Le créateur/propriétaire d'un groupe réserve donc une partie de ses 500 Mo aux références que chaque autre membre du groupe y place
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Plus simplement : si vous créez 4 groupes privés, tous les pdf déposés dans ces 4 groupes par vous et leurs membres ne doivent pas dépasser au total 500 Mo
Travailler collaborativement autour des références
Déposer des références par glisser-déposer dans vos groupes
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Vous pouvez décidez de synchroniser ou non les pdf des références groupe à groupe
Annoter, surligner un pdf, puis exporter un rapport
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Chaque membre d'un groupe peut annoter les pdf du groupe; les annotations sont tracées
L'export du pdf + annotations de l'ensemble du groupe est possible
Mendeley : un réseau social pour les chercheurs ?
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We define social network sites as web-based services that allow individuals to (1) construct a public or semi-public profile within a bounded system, (2) articulate a list of other users with whom they share a connection, and (3) view and traverse their list of connections and those made by others within the system.
Boyd, D.M., et N.B. Ellison. Social network sites: Definition, history, and scholarship. Journal of Computer-Mediated Communication 13, 2007, 210-230. Available from world wide web: <http://jcmc.indiana.edu/vol13/issue1/boyd.ellison.html>.
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”Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011
Compléter son profil et sa liste de publications : l'identité numérique du chercheur
CV du chercheur
Liste des publications du chercheur, mise à jour via une collection Mendeley
Contacts du chercheur
Groupes du chercheur
Statistiques sur ce chercheur
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Networking sous Mendeley : messages et notifications
Comme tout réseau social, Mendeley web intègre un système de notifications permettant de suivre les interactions des autres membres avec votre compte (commentaires, dépôt de références dans un groupe commun, etc)
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Réseau social <= paramétragesL'exposition de chaque bloc d'information personnelle est paramétrable- Tout le monde (public)- Mes contacts- Seulement moi
Les notifications (envoie de mail ou dans Mendeley) sont paramétrables.Chaque groupe peut recevoir des réglage sspécifiques
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Valoriser son travail bibliographiquePromouvoir son expertise
Alain Marois - 27/04/2010
Inclure un bouton vers son profil dans sa signature de courriel ou sur son blog de chercheurWidget : créez par simple copier-
coller du code une liste de publication mise à jour automatiquement
Un assistant permet de générer un widget (code) ou un badge (image) à insérer dans votre site web ou dans une signature de mail par exemple
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Trouver de l'aide
http://www.mendeley.com/getting-started/Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011
Participer, suivre l'évolution
Suivre les mises à jour
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Mendeley : une communauté dynamique
Avril 2010
Sept. 2011
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Mobilité : vos références biblio dans la poche ?
Vos références sur iOS : iPad, iPod, iPhone
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Vos références sur android 1/2
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http://www.mendeley.com/blog/tipstricks/android-on-mendeley-an-app-guide/
Vos références sur android 2/2
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Usages avancés : styles bibliographiques, abréviations, API, OpenURL
Abréviations des titres de revues
Créez un dossier journalAbbreviations dans le répertoire local (le chemin peut varier selon l'OS)
Créez un fichier default.txt structuré : Titre complet TAB Titre abbréExemple de fichier : http://tinyurl.com/6x256d7
Si le style bibliographique spécifie la forme « short » pour « container-title », les abréviations seront utilisées (ici, exemple avec Vancouver.csl)
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Création de styles, adaptations
Mendeley dispose de nombreux styles disponibles. Il respectent le format CSL 1.0 (Citation Style Language)Nombre de ces styles ont été adpatés du répertoire de styles de Zotero.org
http://www.mendeley.com/citationstyles/
Tous les fichiers CSL des styles installés sont dans le dossier citationStyles-1.0- dans Local Settings pour les nouveaux styles installés (Windows XP)- dans Program Files pour les styles par défaut (Windows XP)
Tout style est éditable en respectant le standard CSL, avec un simple éditeur de texte
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Mendeley et Open URL
https://www.mendeley.com/account/import/
Accédez directement au texte intégral des articles de revues auxquelles votre bibliothèque est abonnée, à partir du catalogue de Mendeley
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Mendeley Open API
Mendeley permet l'utilisation d'une partie des données bibliographiques générées par les utilisateurs via une API (Application Programming Interface)
Cela permet la création d'application tierces basées sur Mendeley et étendant ses fonctionnalités
http://dev.mendeley.com/
« The Mendeley API opens up a database of over 70 million research papers, usage statistics, reader demographics, social tags, and related research recommendations. »
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Mendeley Open API : un exemple d'applicationUn outil d'analyse bibliométrique basé sur l'API de Mendeley
http://readermeter.org/
« ReaderMeter is a proof-of-concept application showcasing the potential of readership data obtained from reference management tools. » Dario Taraborelli, 2010
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Partage avec d'autres services en ligne
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Les utilisateurs de twitter peuvent disséminer automatiquement leur activité depuis Mendeley
Les utilisateurs de CiteUlike peuvent continuer à utiliser le bookmarklet de CiteUlike et synchroniser (sens unique) leurs références avec Mendeley
Questions ?Alain Marois
Ressources !● Hull, Duncan, Defrosting the Digital Library: A survey of bibliographic tools for the next generation web. [cité 20 Avril 2010]. Disponible sur
le world wide web :
<http://www.slideshare.net/dullhunk/defrosting-the-digital-library-a-survey-of-bibliographic-tools-for-the-next-generation-web>.
●Hull, Duncan, Steve R Pettifer, et Douglas B Kell. Defrosting the Digital Library: Bibliographic Tools for the Next Generation Web. PLoS
Comput Biol 4, Octobre 2008, e1000204+. Disponible sur le world wide web : <http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000204>
● Mendeley Teaching Presentation [cité 20 Avril 2010]. Disponible sur le world wide web :
<http://www.slideshare.net/luiszz11/mendeley-teaching-presentation>
● Reiswig, Jennifer. Mendeley. 98, Avril 2010, 193-194. PubMed Central Link. [cité 31 Mai 2010]. Disponible sur le world wide web :
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2859264/>
● Readwriteweb, Curt Hopkins Of. Mendeley Throws Open the Doors to Academic Data. The New York Times Avril 2010. [cité 31 Mai 2010].
Disponible sur le world wide web :
<http://www.nytimes.com/external/readwriteweb/2010/04/29/29readwriteweb-mendeley-throws-open-the-doors-to-academic-43750.html>
● Henning, Victor, et Jan Reichelt. Mendeley - A Last.fm For Research? Dans eScience, IEEE International Conference on, Vol. 0 of, 327-
328, [Los Alamitos, CA, USA]: IEEE Computer Society, 2008
● H. Zaugg, R. E. West, I. Tateishi, D. L. Randall, and Holt Zaugg, “Mendeley: Creating Communities of Scholarly Inquiry Through Research
Collaboration,” TechTrends, vol. 55, no. 1, pp. 32-36, Jan. 2011.<10.1007/s11528-011-0467-y>
● Hoyt J. « What is relevant to my research right now? | Mendeley Blog ». In : Mendeley Blog [En ligne]. [s.l.] : [s.n.], 2009. Disponible sur le
world wide web : < http://www.mendeley.com/blog/design-research-tools/what%E2%80%99s-relevant-to-me-right-now/ > (consulté le 4
octobre, 2011)