Marilyne Summo Université Montpellier IIZahra VafaSébastien HarispePol Kennel

Application to Blot SyntenyDéveloppement d'un visualisateur de synténies

Master 1 Intégration de compétences option BioinformatiquePromotion 2007-2008

Introduction

Synténie : Définie la conservation de l’ordre des gènes entre deux espèces apparentées. Alignement (orthologue, paralogue)

Espèce 1

Espèce 2

L’existant :Logiciel d’alignement (ex : Mauve, Mummer, Pipmarker, Alfresco ,etc.)Logiciel de visualisation d’alignement

Introduction

Présentation du projet

Sujet : créer un visualisateur de synténies.

Objectifs : Données d’alignement modifiables Attribution de couleurs aux blocs Zoom jusqu’au niveau nucléotidique Multi- visualisation Définition d’un format d’entrée (XML)

Pré-requis :

Environnement EclipseLangage JAVABibliothèque graphique : SWT / JFREEGRAPHParseur XML => JDOM

Présentation du projet

Organisation du travail:

Centralisation des données : SVN hebergé chez Google Codehttp://code.google.com/p/synteny-viewer/

Document Googlehttp://docs.google.com/Doc?docid=d7r4v3d_1hcdjpwdm&hl=en

Mise à disposition de tutoriaux jdom, swt, ect....

Présentation du projet

ConceptionUML : diagramme de cas d’utilisation

Fichiers d’entrée :

Format XML DTD (Document Type Definition) pour chaque type de fichier Script PERL de création des fichiers XML

Conception

Patron Modèle Vue Contrôleur (MVC)

Modèle : données manipulées par l’application. Vue : représentation graphique des données, interface

avec l’utilisateur. Contrôleur : gestion des évènements.

Conception

Résultats

Démonstration ABSynt

Conclusion & Discussion

Optimisations futures :

Optimisation de la représentation graphique. Optimisation des statistiques. Génération automatique des fichiers d’entrée XML

intégrée à l’application. Création d’un exécutable

Conclusion & Discussion

• Découverte de la phase de conception d’un projet informatique

• Mise en place de structures de communication cohérentes• Adaptation aux besoins de l’utilisateur • Elargissement des compétences en programmation JAVA• Découverte de l’interfaçage graphique en JAVA• Gestion d’une équipe de travail

Remerciements

Sèverine BérardAnnie Château

Isabelle MougenotVincent Ranwez