les virus des gea · – vlps(vp1) : immunogènes chez l’animal en parentéral, oral ou...
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Les virus des GEALes virus des GEALes virus des GEALes virus des GEA
Lepiller Quentin
Institut de Virologie, CHU Strasbourg
Réunion des équipes opérationnelles d’hygiène
28/02/2013
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• Cause importante de morbidité et de mortalité dans le monde
• Impact sanitaire majeur chez le jeune enfant
Les gastroentérites aiguës viralesLes gastroentérites aiguës virales
Tate JE, The Lancet, 2011
2008 : 453 000 morts/ an chez les enfants < 5 ans liés aux rotavirus
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• Maladie d’incubation et de durée brèves
– Diarrhées, Vomissements, Nausées, Fièvre
• Risque de déshydratation
Virus impliqués :
Les gastroentérites aiguës viralesLes gastroentérites aiguës virales
• Virus impliqués :
– Rotavirus, Calicivirus (Norovirus, Sapovirus), Adénovirus (40-41), Astrovirus, Virus Aichi
– Autres ? Coronavirus, Bocavirus, Torovirus, Picobirnavirus,…
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NorovirusNorovirusNorovirusNorovirus
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• Famille des Caliciviridae (Norovirus, Sapovirus)
• Virus Nus
• Icosaédrique
Taxonomie, structureTaxonomie, structure
• ARN sb (+)
Bok K et al., N Engl J Med, 2012HBGA = Antigènes de groupes sanguins tissulaires
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NorovirusNorovirus : : génogroupesgénogroupes et génotypeset génotypes
Zheng DP et al., Virology, 2006
(+++)
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• Mutations et des recombinaisons
• Infidélité de la polymérase (réplicase) (GII.4)
• Cinétique rapide d’évolution (GII.4) : adaptabilité
⇒ Echappement immunitaire, attachement à de nouveaux
Variabilité génétiqueVariabilité génétique
⇒ Echappement immunitaire, attachement à de nouveaux récepteurs cellulaires
⇒ Emergence de variants à l’origine des épidémies mondiales (GII.4 : glissement antigénique)
• Immunité : courte durée, peu de protection croisée entre les génotypes
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Pouvoir pathogène et contaminationPouvoir pathogène et contamination
• Agent étiologique majeur des GEA sporadiques et épidémiques de l’enfant et de l’adulte
• Cas groupés des collectivités
– Hôpitaux, institutions de soins, maisons de retraites, écoles, crèches, hôtels, restaurants, casernes militaires, bateaux de croisière, avions, équipes de sport,…
– Taux d’attaque proche de 50%
• Contamination féco-orale + aérosols lors des vomissements
– Personne à personne (Mains+++), surfaces contaminées
– Alimentaire et hydrique :
• Coquillages, fruits et légumes, salades, sandwichs, pâtisseries,…
• Manipulation des aliments par du personnel infecté (+++)
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Epidémies de Epidémies de NoVNoV d’origine alimentaired’origine alimentaire
Hall JA et al., Emerg Infect Dis, 2012
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Epidémies de Epidémies de NoVNoV d’origine alimentaired’origine alimentaire
Hall JA et al., Emerg Infect Dis, 2012
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NoV outbreaks in Europe (2001-2006) :
Modes of transmission
Person-to-person
Epidémies de Epidémies de NoVNoV en Europeen Europe
Most commonly reported settings fot NoV
outbreaks in Europe (2001-2006)
Person-to-person
Food-borne
Water-borne
D’après : Kroneman A et al., J Clin Microbiol, 2008
=> Importance des épidémies impliquant une transmission de personnes à personnes
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NoVNoV dans les collectivitésdans les collectivités
Thouillot F et al., Euro Surveill, 2012
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Epidémiologie des Epidémiologie des NoVNoV
Koopmans M, J Hosp Infect, 2009
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Pouvoir pathogène et clinique (1)Pouvoir pathogène et clinique (1)
• Contamination : voie orale (dose contagieuse faible < 100 particules virales)
• Incubation : 10-51H
• Symptômes :
– Volontiers début brutal
– Vomissements, diarrhées, douleurs abdominales,
+/- fièvre, céphalées, myalgies
– Asymptomatique chez 1/3 des sujets infectés
• Durée : 1 à 3 jours
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Pouvoir pathogène et clinique (2)Pouvoir pathogène et clinique (2)
• Sévérité :
– Faible ou modérée le plus souvent
– Morbidité et mortalité accrues chez le jeune enfant et le sujet âgé
• Excrétion virale :
– Grande quantité dans les selles et les vomissements (105-1011 copies/g selles)
– Excrétion prolongée au-delà de la phase symptomatique (jusqu’à 4-8 semaines chez
l’immunocompétent)
Trivedi TK, JAMA, 2012
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NoVNoV et immunodépressionet immunodépression
Bok K et al., N Engl J Med, 2012
=> Problèmes diagnostics et thérapeutiques
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ContaminationContamination préférentielle par les sujets préférentielle par les sujets symptomatiquessymptomatiques
A B
Sukhrie FHA et al., Clin Infect Dis, 2012
Fig : Taux de reproduction de base estimés chez les sujets symptomatiques (gris) ou
asymptomatiques (blanc)
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• Contexte épidémiologique évocateur
• Symptomatologie évocatrice, critères de Kaplan :
• Vomissements chez plus de 50% des sujets
• Période d’incubation moyenne de 24-48H
• Durée moyenne des symptômes de 12-60H
Suspicion cliniqueSuspicion clinique
• Durée moyenne des symptômes de 12-60H
• Absence de bactéries décelées par coprocultures
Tucios RM et al., Clin Infect Dis, 2006 ; Kaplan JE, Ann Intern Med, 1982
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Diagnostic au laboratoireDiagnostic au laboratoire
• Diagnostic virologique direct sur selles (! Virémie dans 25% des cas)
• RT-PCR (+++) +/- génotypage
• Tests immuno-enzymatiques
• ELISA, tests immuno-chromatographiques
• Spécificité, Sensibilité
Sensibilité de 4 Test commerciaux Immuno-chromatographiques NoV
Génotypes RIDA® QUICK Norovirus ImmunoCard STAT®!
Norovirus
NOROTOP® SD BIOLINE® Norovirus
Se (%) Testés (No) Se (%) Testés (No) Se (%) Testés (No) Se (%) Testés (No)
GI 17 % 58 26 % 49 52 % 61 23 % 81
GII 64 % 160 39 % 126 50 % 87 54 % 108
GII.4 78 % 77 59 % 54 61 % 28 67 % 33
GI + GII 52 % 218 35 % 175 51 % 148 41 % 189
• Spécificité, Sensibilité
Ambert-Balay K et Pothier P, J Clin Virol, 2013
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En pratiqueEn pratique
• Quel prélèvement ?
– Selles entières > frottis rectal
– Durant la phase aiguë
– +4°C (pour un envoi sous 48 h) ou à -20°C (pour un envoi différé)– +4°C (pour un envoi sous 48 h) ou à -20°C (pour un envoi différé)
• Combien de prélèvement par épidémie?
– ≥ 3 à 5 échantillons recommandés (un échantillon par patient)
• Combien d’échantillon positifs sont nécessaires pour conclure à une épidémie à NoV?
– ≥ 1 ? ≥ 2 ? ≥ 50% ?
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• Symptomatique : réhydratation
• Ajustement de l’immunosuppression ?
• L’avenir : vaccination
– Problèmes : absence de modèles expérimentaux robustes, hétérogénéité entre les souches avec peu de protection croisée,…
Traitement : présent et futurTraitement : présent et futur
entre les souches avec peu de protection croisée,…
– VLPs (VP1) : immunogènes chez l’animal en parentéral, oral ou intranasal
Atmar RL et al., N Engl J Med, 2011
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RotavirusRotavirusRotavirusRotavirus
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• Famille Reoviridae, genre Rotavirus
• ARN db segmenté (11)
• Nus, icosaédrique
Taxonomie, structureTaxonomie, structure
– VP6 : 7 groupes (A-G) (A+++)
– VP7 (G) : 23 génotypes
– VP4 (P/[P]) : 31 génotypes
⇒Ex. : type G1P[8]
• Diversité génétique : mutations, réassortiments
Kohli E, Virologie, 2011
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Diversité des souches circulantesDiversité des souches circulantes
Kohli E, Virologie, 2011 (d’après : Santos N, Rev Med Virol, 2005)
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• Histoire naturelle : infection enfants (6-24 mois)
96 %
69 %
Une infection de l’enfant…Une infection de l’enfant…
42 %
22 %
13 %
Velasquez FR et al., N Engl J Med, 1996
⇒ Protection immunitaire efficace augmentant avec le nombre d’infections
⇒ Intérêt de développer un vaccin
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…qui touche aussi l’adulte.…qui touche aussi l’adulte.
Anderson EJ, Lancet Infect Dis, 2004
• Adultes en contact de jeunes enfants
• Cas groupés en institutions de soins/ hébergement
• Immunodépression
• Diarrhées du voyageur,…
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• Contexte épidémiologique :
– Enfants de 6-24 mois
– Prédominance hivernale
• Incubation : 1-3 jours
Diagnostic cliniqueDiagnostic clinique
• Incubation : 1-3 jours
• Symptômes :
– Vomissements, diarrhées, douleurs abdominales, fièvre
• Durée : 3-6 jours
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• Direct sur selles : – Immuno-chromatographie, ELISA, RT-PCR
Diagnostic biologiqueDiagnostic biologique
Bon F, Pathol Biol, 2007
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Vaccins Vaccins
• 1998 : Vaccin vivant oral tétravalent réassortantssimiens-humains (Rotashield®)
– Invaginations intestinales => retiré du marché
• 2006 : Vaccin vivant oral pentavalent bovin-humain • 2006 : Vaccin vivant oral pentavalent bovin-humain (Rotateq®)
• 2006-2008 : Vaccin vivant atténué humain monovalent (Rotarix®)
• Recommandation mondiale par l’OMS depuis 2009
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Conséquences de l’introduction du Vaccin Conséquences de l’introduction du Vaccin
Tate JE et al., Pediatr Infect Dis J, 2011
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Conséquences de l’introduction du Vaccin Conséquences de l’introduction du Vaccin
Patel MM et al., Pediatr Infect Dis J, 2011
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• Astrovirus (Astroviridae)
– GEA souvent modérée durant 2-3 jours
• Adénovirus (40-41) (Adenoviridae)
– Incubation de 8-10 jours
Autres virus des GEAAutres virus des GEA
– Tableau de GEA proche du rotavirus, durée 6-8 jours
• Sapovirus (Caliciviridae)
– Impact clinique plus faible que les norovirus
– Diarrhées, souvent sans vomissements
• Virus Aichi (Picornaviridae), entérovirus, picobirnavirus, torovirus, coronavirus
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Autres virus des GEAAutres virus des GEA
Tran, J. Clin. Microbiol., 2010 ; Carrillo-Santisteve P, BEH 31-32 / 27 juillet 2010
Distribution des virus de GEA en pédiatrie
(CHU Reims, CHU Brest) en 2007
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• Des avancées : épidémiologie, diagnostic, traitement
⇒ Amélioration des techniques de détection des virus de GEA (biologie moléculaire)
⇒ Place des Norovirus comme agents étiologiques majeurs des GEA
⇒ Développement de vaccins contre les Rotavirus
• Des enjeux et des questions :
ConclusionsConclusions
• Des enjeux et des questions :
⇒ Manque de sensibilité de certaines techniques de détection
⇒ Agents étiologiques des GEA parfois non identifiés
⇒ Améliorer la prévention des épidémies de GEA : place de l’hygiène
⇒ Surveillance post-vaccinale du Rotavirus : émergence de nouvelles souches? Effets
secondaires? Efficacité faible dans les PVD?
⇒ Vaccin contre les Norovirus?
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Merci de votre attentionMerci de votre attentionMerci de votre attentionMerci de votre attention
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RésistanceRésistance dans l’environnementdans l’environnement
• Norwalk : détectable après 3 ans et infectieux après 61 jours
Seitz SR et al., Appl Environ Microbiol, 2011