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GESTION INFORMATIQUE DES ECHANTILLONS BIOLOGIQUES CONSERVES A LA BIOTHEQUE

Création : 28/10/2005

Diffusion : 23/10/2012

SVC-GREF-BIT.MOP-04-0040 Pages : 1 /11

IDENTIFICATION DU DOCUMENT

Domaine

RÉALISATION DU SERVICE

Fonction

GREFFE/THÉRAPIE CELLULAIRE

Caractéristique

BIOTHÈQUE

Type

MODE OPÉRATOIRE

Date de péremption

23/10/2014

Mots clefs : CENTRE DE RESSOURCES BIOLOGIQUESfb4b1e3c-57c3-4c21-9d29-f282fcc445a0TUMOROTHEQUE2391b279-befc-48a7-a70c-77a74bd9a483CTC472fd8b7-de75-4e24-8b09-7b0947135d18CRBbdc372fd-c865-48b0-81cd-4e35930245dcBIOPATHOLOGIEb561aa93-f038-445e-be3f-b04a55edd011BASE DE DONNEES5fe84347-3a1e-4cc9-a89f-8479e5664f19ONCOGENETIQUEb37dc927-68c9-4be9-b81f-b17a62c30f5aOCGMed7dbb9e-2590-4368-b371-170c0c88d2a9VIE PRIVEE9bbda0bf-f9d8-4b1a-983d-dfcc54742b19CROSSWAYc7339cb3-22d8-4bec-9f3a-ff64056ed59eINFOCENTRE RECHERCHE5042eab7-6dd6-44b9-bcb4-1a9f49a5731aB.E.C.8cade935-0c14-43ab-8f3d-d74904d2ababDRCI31b8a546-1011-49fd-9a9c-45a72bfa4604JACIEaf73539a-1a1b-47a1-866b-b22a89551b63LABORATOIRES609d6e8e-51b0-4dbe-bc1b-ef8ea6e0eb78DEPARTEMENT DE BIOLOGIE DU CANCER09a01987-15f8-481c-b21e-4b3ae17c9e9eDBC52ebbf34-ea3d-4fba-8bdf-7c3d666e81f4COFRAC ISO 1518987421d35-189c-4de9-918f-f1ee0458e2a3

Référentiels externes

JACIEHAS r2011:REF 21:Crit b-Démarche qualité en laboratoire de biologie médicaleISO 15189:5 - Exigences techniques:5.4 - Procédures préanalytiques

Ce document ne doit être ni modifié ni reproduit

La version imprimée de ce document n’est valable que le 11 mai 2023 (passé cette date, elle doit être détruite)


Création : 28/10/2005



.

DIFFUSION DU DOCUMENT

Générale

[Diffusion]

GROUPE DE TRAVAIL

NOM – PRENOM FONCTION NOM – PRENOM FONCTION

RABAYROL Laetitia Coordinatrice OCGM SOBOL Hagay Responsable Oncogénétique

MALENFANT Carine Technicienne Principale CHABANNON Christian Personne Responsable du CTC

MAROC Christine Technicienne Principale GENRE Dominique Directeur DRCI

WARGNIEZ Véronique Technicienne Principale

NOGUCHI Tetsuro Ingénieur Biologiste

BOURDON Violaine Ingénieur Biologiste

XERRI Luc Responsable Biopathologie

LEGITIMITE DU DOCUMENT

REDACTION VERIFICATION APPROBATION

Nom : BECHLIAN Didier Nom : BOUYSSIE Martine Nom : BILLARD/DAUFRESNE Lise-Marie

Fonction : Coordinateur Biothèque Fonction : RAQ Fonction : Coordinatrice Biothèque




Création : 28/10/2005



Date : 02/10/2012

Visa :

Date : 03/10/2012

Visa :

Date : 23/10/2012

Visa :

SOMMAIRE

1.0 OBJET 3

2.0 MOYENS 3

2.1 Matériel 3

3.0 MISE EN ŒUVRE 4

3.1 Accès à la base biothèque par Intranet 4

3.2 Numéro d’identification du patient 4

3.3 Recherche d’informations sur un échantillon 4

3.4 Création d’un échantillon ou d’un produit dérivé, et description de sa conservation 5

3.4.1. Création d’un échantillon 5

3.4.2. Création d’un produit dérivé 5

3.4.3. Conservation et stockage des échantillons et produits dérivés 6

3.4.4. Destockage des échantillons et produits dérivés 7

3.5 Cession d’échantillons (à visée diagnostique ou recherche) à partir d’une demande informatique 7

3.6 Cession d’échantillon à partir d’une Demande papier (formulaire de déstockage) 8




Création : 28/10/2005



3.7 Modification d’un enregistrement 9

3.8 Suppression d’un enregistrement 9

3.9 Gestion des doublons 9

3.10 Réintégration d’échantillon 9

3.11 Contrôles qualité de la base de données 9

3.12 Lexique 10

4.0 DOCUMENTS ASSOCIES 11

4.1 Documents et Formulaires liés 11

4.2 Autres documents 11

4.3 Annexes 11

ETAT DES MODIFICATIONS

N° de Version Date Objet de la modification

1.01.0

26/02/200414/04/2005

Intégration et mise à jour du document au sein de ProlabRelecture complète du document à péremption, sans modification majeure.

Péremption prolongée.Ce document ne doit être ni modifié ni reproduit



Création : 28/10/2005



2.02.03.03.04.05.0

27/10/200529/11/200706/03/200801/04/201030/09/201123/10/2012

Modification complète du documentRelecture sans modification majeure. Péremption prolongée.

Modification des § 1.0 - 2.1 - 3.1 - 3.2 - 3.3 - 3.6 - 3.7 - 3.8 - 3.9 et 3.10.Relecture sans modification majeure. Péremption prolongée.

Changement de logiciel GED sans modification majeureActualisation complète du document

1.0 OBJET

Ce mode opératoire décrit l’utilisation de l’application « Bases de données MBioLIMS- Biothèque » pour la gestion informatique de tous les échantillons biologiques conservés à la Biothèque.

2.0 MOYENS




Création : 28/10/2005



2.1 Matériel

Application « Bases de données MBioLIMS –Biothèque», interface de saisie créée par la Société ModulBio qui permet la gestion informatique des échantillons conservés à la Biothèque. Elle s’utilise à partir de l’Intranet de l’IPC, au travers d’un navigateur Internet et autorise la saisie depuis n’importe quel poste de travail relié au réseau de l’IPC. Pour des raisons de sécurité, tous les utilisateurs doivent avoir un compte pour y accéder. La création des comptes utilisateurs est effectuée par les responsables du Service de Thérapie Cellulaire et doit être demandée par voie hiérarchique. Il existe 4 profils utilisateurs avec des autorisations spécifiques :

Consultation Simple :

- Consulter un dossier (informations relatives aux échantillons)

Demandeur :


- Demande de déstockage d’un/des échantillon(s) à visée diagnostique ou de recherche

Technicien :


- Enregistrement complet des données

- Créer un nouveau dossier

- Modifier un dossier (informations relatives aux échantillons)

- Fusionner des dossiers

Administrateur : Les mêmes droits que le profil « Technicien » plus :

- Gestion du type d’échantillons- Gestion des supports d’échantillons- Gestion des menus déroulants- Gestion de stockage- Gestion des utilisateurs- Supprimer un dossier




Création : 28/10/2005



- Supprimer un enregistrement

3.0 MISE EN ŒUVRE

3.1 Accès à la base biothèque par Intranet

1. Ouvrir la session WINDOWS avec ses identifiants personnels (login et password).

2. Ouvrir le logiciel de navigation Internet Exploreur.

3. Accéder à l’intranet IPC (en principe Internet Explorer est paramétré pour accéder à l’intranet IPC à l’ouverture du logiciel). Aller sur la page « MBioLIMS WEB APPLICATION» : HTTP://VM-IPC-LIMSAPP-1:8085

Entrer dans la base au moyen de ses identifiants personnels (login/password) et valider en cliquant sur connexion.

3.2 Numéro d’identification du patient

1. Individu déjà enregistré dans la base (avec un numéro IPP ou un numéro de dossier en 10000 ou en 20000…). Sur l’interface d’accueil, aller dans l’onglet « Ressource » saisir le numéro IPP dans le champ « N° Individu » et cliquer sur « Consulter » : le dossier administratif du patient apparaît.

2. Pour un patient avec un numéro IPP, les données « Informations Administratives » sont accessibles, elles sont récupérées du dossier médical électronique et sont donc non modifiables dans l’application « Bases de données MBioLIMS-Biothèque » (une mise à jour est effectuée toutes les nuits).




Création : 28/10/2005



3. Individu n’ayant pas été enregistré dans la base de données MBioLIMS-Biothèque. Si le numéro IPP ou le numéro de dossier n’est pas reconnu, il n’est pas possible de créer un dossier. Si le patient n’a pas de numéro IPP, il est possible d’attribuer un numéro en 10000 ou en 20000 (appelé numéro de dossier). Cela est fait par les secrétaires du Services de thérapie Cellulaire, dans la Base de Donnée Médicale (BDM) :

Se connecter à BDM : http://infoview.ipc.dom/bdm/index.jsp et s’identifier.

Créer l’identification du patient en renseignant l’ensemble des champs de l’interface. Puis cliquer sur « Sauvegarder ».

Un numéro de dossier a été attribué au patient. Ce numéro pourra ainsi être utilisé dans le MBioLIMS Biothèque.

3.3 Recherche d’informations sur un échantillon

Il est possible de retrouver les informations sur les échantillons soit à partir du « Numéro Individu » (IPP) soit à partir du « Nom du Support ».

1. A partir du N° IPP.

Depuis la page d’accueil, cliquer sur le petit onglet « Tube à essai » (en haut à droite à côté du point d’interrogation). Dans le champ « Numéro individu » à l’aide d’un lecteur optique, scanner le N° IPP ou le N° de dossier, ou à défaut les saisir manuellement. Puis cliquer sur « Rechercher ».

L’ensemble des échantillons pour le dossier correspondant sera alors répertorié comme résultat de la requête.

2. A partir du N° Echantillon (nommé Nom de support dans la base de données MBioLIMS-Biothèque).

Depuis la page d’accueil, cliquer sur le petit onglet « Tube à essai » (en haut à droite à côté du point d’interrogation). Dans le champ « Nom du Support » à l’aide d’un lecteur optique, scanner le N° échantillon correspondant, ou à défaut le saisir manuellement. Puis cliquer sur « Rechercher ».

L’ensemble des échantillons pour les dossiers correspondants sera alors répertorié comme résultat de la requête.

3. A partir du nom :



http://infoview.ipc.dom/bdm/index.jsp


Création : 28/10/2005



Comme pour la recherche avec le N° de l’échantillon, il est possible de saisir le nom ou le nom de jeune fille de la personne recherchée. Pour cela dans le champ « Nom de naissance » saisir le nom puis cliquer sur « Rechercher ».

Remarque : Pour affiner la recherche, plusieurs champs sont à disposition. Il est possible d’affiner la recherche par Nom de protocole, type d’échantillon, date de congélation, conditionnement…

3.4 Création d’un échantillon ou d’un produit dérivé, et description de sa conservation

3.4.1. Création d’un échantillon

Depuis l’accueil, aller sur l’onglet « Ressources »

1. Dans le champ « Numéro Individu », scanner le N° IPP et cliquer sur le lien « Rechercher »

2. Cliquer sur le numéro Individu surligné

3. Dans la fenêtre suivante cliquer sur l’onglet « Enregistrer un prélèvement »

4. Renseigner l’ensemble des champs de l’interface. Puis cliquer sur « Sauvegarder »

5. Les champs marqués d’une étoile rouge sont obligatoires. Les champs non marqués doivent impérativement être remplis si la personne qui effectue la saisie dispose des informations au moment de cette opération. Dans le cas contraire, les champs correspondants seront remplis a posteriori.

6. Sur la page suivante cliquer sur l’onglet « Enregistrer des échantillons »

7. Renseigner l’ensemble des champs de l’interface.




Création : 28/10/2005




Cas Particulier Génétique Constitutionnelle : (Buvards, Paxgene, écouvillons) : Dans le champ « Numéro échantillon », saisir :

- 81+N°IPP pour le buvard- 82+N°IPP pour les écouvillons- 83+N°IPP pour les Paxgene

9. Enregistrer ces informations en cliquant sur « Sauvegarder ».

10. Un message apparait et signale que l’échantillon est enregistré avec succès.

3.4.2. Création d’un produit dérivé

Depuis l’accueil, aller sur l’onglet « Ressources »

1. Dans le champ « Numéro Individu », scanner le N° IPP et cliquer sur le lien « Rechercher »

2. Cliquer sur le numéro Individu surligné

3. Sur le page suivante, dans l’onglet « Processus », choisir le type d’extraction (ADN ou ARN).

4. Renseigner l’ensemble des champs de l’interface.





Création : 28/10/2005



6. Enregistrer ces informations en cliquant sur « Sauvegarder ».

7. Un message apparait et signale que l’échantillon est enregistré avec succès.

3.4.3. Conservation et stockage des échantillons et produits dérivés

Il existe deux façons de stocker des échantillons.

Par l’onglet de stockage du menu principal

1. Cliquer sur l’onglet « Stockage » du menu accueil.

2. Sélectionner ensuite « Stocker plusieurs supports».

3. A l’intérieur du pavé, scanner les numéros support à stocker et cliquer sur « Proposer emplacement de stockage »

4. A partir de cette étape, le BioLIMS propose des emplacements libres aléatoires dans lesquels il est possible de ranger les échantillons. Un emplacement manuel est possible. Pour cela il suffit de cliquer sur l’onglet « manuel » et de ranger les échantillons ou l’on veut.

5. Une fois les échantillons rangés, un message apparait et signale que les échantillons sont rangés avec succès.

A l’aide du « panier » de stockage

1. Cliquer sur l’onglet « Recherche » du menu principal.

2. Dans le champ Support, cliquer sur l’onglet « Recherche support »




Création : 28/10/2005



3. A ce niveau, dans le champ « nom du support », scanner le numéro échantillon à stocker. Puis cliquer sur le « panier vert » correspondant à cet échantillon.

4. Si plusieurs échantillons doivent être stockés, répéter les étapes les étapes 1 et 2 et 3 afin de continuer à remplir le panier.

5. Les échantillons sont automatiquement insérés dans le panier de stockage.

6. Retourner sur l’onglet « Stockage » du menu principal.

7. Sélectionner ensuite « Stocker plusieurs supports».

8. Cliquer sur « le panier vert » situé à côté du pavé de stockage. Tous les échantillons à stocker apparaissent.

9. Cliquer sur « Proposer emplacement de stockage »

10. A partir de cette étape, le BioLIMS propose des emplacements libres aléatoires dans lesquels il est possible de ranger les échantillons. Un emplacement manuel est possible. Pour cela il suffit de cliquer sur l’onglet « manuel » et de ranger les échantillons où l’on veut.

Cas Particulier Génétique Constitutionnelle : Les Buvards, Paxgenes, et écouvillons sont stockés manuellement dans le container « Buvard ».

11. Une fois les échantillons rangés, un message apparait et signale que les échantillons sont rangés avec succès.

3.4.4. Destockage des échantillons et produits dérivés

Cette étape permet de déplacer un échantillon d’un emplacement à un autre. Il existe deux façons de déstocker des échantillons :

Par l’onglet de stockage du menu principal

1. Cliquer sur l’onglet « Stockage » du menu accueil.




Création : 28/10/2005



2. Sélectionner ensuite « Déstocker plusieurs supports».

3. A l’intérieur du pavé, scanner les numéros support à déstocker.

4. Dans le champ « statut » cocher « Actif »

5. Dans le champ « Raison de déstockage » cocher « Processus ». Puis Valider.

6. A partir de cette étape, les échantillons sont déstockés

7. Une fois les échantillons déstockés, un message apparait et signale que les échantillons sont déstockés avec succès.

A l’aide du « panier » de stockage

1. Cliquer sur l’onglet « Recherche » du menu principal.

2. Dans le champ Support, cliquer sur l’onglet « Recherche support »

3. A ce niveau, dans le champ « nom du support », scanner le numéro échantillon à déstocker. Puis cliquer sur le « panier vert » correspondant à cet échantillon.

4. Si plusieurs échantillons doivent être déstockés, répéter les étapes les étapes 1 et 2 et 3 afin de continuer à remplir le panier.

5. Les échantillons sont automatiquement insérés dans le panier de déstockage.

6. Retourner sur l’onglet « Stockage » du menu principal.

7. Sélectionner ensuite « Déstocker plusieurs supports».

8. Cliquer sur « le panier vert » situé à côté du pavé de stockage. Tous les échantillons à déstocker apparaissent.

8. Dans le champ « statut » cocher « Actif »




Création : 28/10/2005



9. Dans le champ « Raison de déstockage » cocher « Processus ». Puis Valider.

10. A partir de cette étape, les échantillons sont déstockés

11. Une fois les échantillons déstockés, un message apparait et signale que les échantillons sont déstockés avec succès.

3.5 Cession d’échantillons (à visée diagnostique ou recherche) à partir d’une demande informatique

La demande de déstockage est faite par les demandeurs.

1. Les administrateurs uniquement reçoivent la demande sur le LIMS.

2. Les administrateurs valident la demande font un déstockage temporaire et impriment la feuille PDF avec toutes les infos (N° de la demande, date de la demande, labo demandeur, n°IPP, Nom et prénom, N° échantillon, emplacement ….).

3. La feuille de déstockage est mise dans la bannette technicien biothèque.

4. Les techniciens la récupèrent et déstockent physiquement les échantillons.

5. Une fois déstockés, les techniciens font signer la feuille de déstockage. Les administrateurs vont dans le BioLIMS :- Onglet « Recherche »/ « Demande/Cession »/Recherche de demande.- Choisir le numéro de la demande- Cliquer sur l’onglet : « Valider + envoyer e-mail »

6. Le service demandeur reçoit l’e-mail l’informant que le déstockage est prêt. Imprime la feuille de déstockage et vient chercher les échantillons.

7. Les techniciens récupèrent la feuille de déstockage signée par l’investigateur.

8. Les techniciens vont dans le LIMS :- Onglet « Recherche »/ « Demande/Cession »/Recherche de demande- Choisir le numéro de la demande




Création : 28/10/2005



- Cliquer sur l’onglet : « Finaliser la demande»Les échantillons sont déstockés automatiquement. Ranger la feuille dans la bannette de déstockage.

3.6 Cession d’échantillon à partir d’une Demande papier (formulaire de déstockage)

Pour certain demandeur, la possibilité de déstocker des échantillons peut se faire par la fiche de demande de déstockage.

1. Rechercher l’échantillon demandé comme décrit en paragraphe 3.2.

2. A partir de la fiche « Demande de cession d’échantillon », vérifier la concordance des informations fournies, puis compléter la localisation et le nombre d’échantillons restants sur la fiche.

3. Ajouter l’échantillon au panier en cliquant sur l’onglet « panier vert ».

4. Faire signer la fiche aux coordinateurs Biothèque ou à la Technicienne Principale.

Lorsque le demandeur est venu chercher les échantillons, mettre la base de données Biothèque à jour :

1. A partir du menu principal cliquer sur l’onglet « Stockage »

2. Dans le champ « Demande/Cession cliquer sur l’onglet « Cession des support »

3. Remplir les champs obligatoires (Demandeur, Investigateur, Service, Date de Cession)

4. Dans le champ « Support », cliquer sur le « panier vert » pour faire apparaitre les échantillons à céder.

5. Sauvegarder.

3.7 Modification d’un enregistrement




Création : 28/10/2005



1. Rechercher le dossier du patient souhaité par l’interface « Recherche ». Procéder comme précédemment à partir du N° d’IPP, du N° de dossier, du nom de jeune fille, ou bien de la recherche étendue par le N° de l’échantillon ou le N° du spécimen (appelé N° anapath dans la base de données biothèque).

2. Une fois l’échantillon affiché, cliquer sur le « numéro Support surligné ».

3. Sur la page suivante, cliquer sur « ID Echantillon ».

4. Sur la page suivante cliquer sur « Mise à jour de l’échantillon »

5. Les modifications possibles sont : le numéro et le type d’échantillon, le nom du protocole, le statut de l’échantillon, le code topographique et morphologique, ainsi que la date de congélation.

En fin de manœuvre, sauvegarder les modifications en cliquant sur « sauvegarder ».

3.8 Suppression d’un enregistrement

Seuls les administrateurs peuvent supprimer un échantillon.

Suite à une erreur de saisie, il peut être nécessaire d’éliminer un enregistrement.

Dans ce cas, la demande doit en être faite au coordinateur de la biothèque ou la technicienne principale du laboratoire en précisant clairement les motifs de la demande.

3.9 Gestion des doublons

Suite à un problème d’identification d’un individu, il peut arriver qu’un N° de dossier « en 10000 » ou « en 20000 » soit généré pour un individu possédant déjà un IPP ou qu’à l’inverse, un N° IPP soit créé à posteriori.

Dans ce cas, la fusion des deux dossiers est réalisée par le secrétariat Biothèque à l’aide du formulaire prévu à cet effet, après validation par le coordinateur de la Biothèque.

Pour cela à partir du menu principal :

1. Cliquer sur l’onglet « Recherche »

2. Dans le champ « Fusion », cliquer sur « Recherche d’individu à fusionner ».

3. Suivre les étapes demandées.

3.10 Réintégration d’échantillon




Création : 28/10/2005



Les échantillons cédés ne sont jamais réintégrés à la Biothèque.

3.11 Contrôles qualité de la base de données

L’application dispose de contrôles automatiques sur certains champs :

- Champs obligatoires identifiés par un astérisque empêchant le passage au champ suivant ou l’enregistrement de la page.

- Les numéros identifiant le patient ou un échantillon sont uniques : le logiciel rejette la création.

Des contrôles manuels sont effectués régulièrement (cohérence des dates, localisation des échantillons lors du déstockage, cohérence protocole et type de prélèvement ou conditionnement ou nature du produit congelé).

Ces contrôles sont enregistrés sous forme de requêtes préformatées dans le logiciel Business Object.

3.12 Lexique

- Caractère médico-légal : dénomination des échantillons prélevés au cours de la transformation de produit de thérapie cellulaire et permettant une analyse de qualité des transformations a posteriori.

- Cellules mononucléées (CMN) : cellules obtenues à partir de sang périphérique ou de moelle osseuse après centrifugation sur gradient de Ficoll.

- Cellules viables cryopréservées : Cellules mononucléées conservées à très basse température en présence d’un cryoprotecteur permettant de récupérer, après décongélation, des cellules négatives pour les marqueurs de mort cellulaire (bleu Trypan, Iodure de propidium ou autre)

- Code histologique (anciennement CIMO-2, à présent CIMO-3) : parfois appelé code morphologique. Les numéros du code de morphologie comprennent cinq chiffres: les quatre premiers permettent d'identifier le type histologique de la tumeur, et le dernier est destiné à préciser son comportement évolutif : 0 = Bénin ; 1= Incertain, si bénin ou malin à la limite de la malignité ; 2 =Carcinome in situ, intraépithelial, non infiltrant, non invasif ; 3= Malin, siège primitif ; 6= Malin, métastatique siège secondaire ; 9= Malin, incertain si primitif ou métastatique

- Code topographique (CIM10) : est identique au code topographique initial pour la tumeur primaire, mais peut être différent dans le cadre d’une dissémination métastatique ou pour un nouveau cancer. Il est défini par l’OMS.

- Code topographique initial (CIM10) : code défini par l’OMS qui décrit la localisation de la tumeur primaire.*




Création : 28/10/2005



- Collection : ensemble d’échantillons biologiques remplissant les conditions biologiques et réglementaires nécessaires pour leur utilisation à des fins scientifique et représentatifs d’un groupe homogène d’individus.

- Conservation des prélèvements : définit le conditionnement des échantillons biologiques ainsi que leur localisation de stockage.

- Conservation des produits dérivés : cette interface permet de décrire les conditions d’obtention et de conservation des produits dérivés obtenus à la biothèque (ex : ADN, ARN, protéines).

- Culot sec : culot de cellules obtenu par centrifugation, élimination du surnageant et congélation directe sans ajout de cryoprotecteur ou de solution de conservation particulière.

- DSIO : Direction du système d’information et d’organisation

- DMCI : dossier médical commun informatisé, accessible à partir du dossier médical électronique

- Échantillon biologique : produit de la transformation plus ou moins complexe d’un spécimen

- Gestion des prélèvements : cette rubrique de la base de données décrit le prélèvement et ses conditions d’obtention.

- Gestion des produits dérivés : cette interface de saisie permet de créer un lien entre l’échantillon et le produit dérivé issu de la transformation de ce même échantillon, chacun étant identifié par un numéro unique.

- Information administrative : cette rubrique de la base de données regroupe à la fois des informations relatives à l’état civil du patient ainsi qu’à ses coordonnées dans la partie contact.

- IPP : Identifiant permanent patient, généré au niveau du Bureau des entrées de l’IPC.

- Leucocytes totaux : leucocytes sanguins ou médullaires obtenus par désérythrocytations successives (à l’aide d’un tampon de lyse hypotonique).

- Login : nom de l’utilisateur du réseau et/ou de la base de données attribué par la DSIO (généralement composé du nom et de la première lettre du prénom).

- N° anapath : numéro attribué à un spécimen. Il est unique et attribué par le service de Biopathologie (généré informatiquement au secrétariat) qui associe l’ensemble des prélèvements tissulaires effectués le même jour sur un patient donné. Ce numéro apparaît également sous le libellé « numéro de compte rendu anapath » sur le compte rendu anapath accessible au niveau du dossier médical commun informatisé via le dossier médical électronique et sur les fiches d’enregistrement des biopsies remplies au bloc opératoire (numéro d’examen).

- N° d’identification patient : numéro de dossier d’un individu. Il peut être généré au niveau du Bureau des entrées (numéro IPP) ou à l’aide du logiciel LABO2 (numéro en 10000) ou au niveau du service d’anapath (numéro en 20000).

- Nom du Support : numéro attribué à un échantillon biologique. Il est généré au département de biopathologie ou à la biothèque (en fonction des circuits) à l’aide de rouleaux d’étiquettes pré-imprimés, portant un code à barre. Ce numéro apparaît également sur le compte rendu anapath (sous la dénomination « congel ») accessible au niveau du dossier médical informatisé commun via le dossier médical électronique. Ce numéro est attribué à un échantillon ou à une série homogène d’échantillons. Le critère d’homogénéité porte sur les caractéristiques




Création : 28/10/2005



topographiques et morphologiques de l’échantillon, le type de traitement qu’il subit, son conditionnement, ainsi que ses conditions de conservation.

- Nom du protocole : les échantillons sont stockés à la biothèque dans le cadre de programmes définis. Chaque échantillon doit être rattaché à une collection donnée, qui est identifiée par un nom de protocole.

- Password : mot de passe.

- Prélèvement : acte chirurgical ou médical permettant d’obtenir un organe, des tissus ou des cellules d’origine humaine.

- Produits dérivés : sont appelés produits dérivés des espèces sub cellulaires (ADN, ARN, protéines) obtenues à partir d’un échantillon biologique. Seuls les produits dérivés isolés à la biothèque à partir d’échantillons déjà décrits dans la base de données seront enregistrés comme produits dérivés. Les ADN, ARN ou protéines arrivant déjà purifiés à la biothèque seront enregistrés comme au titre d’échantillons biologiques. Lien entre l’échantillon initial et les produits dérivés.

- Sang total : prélèvement sanguin congelé sans qu’il n’y ait eu d’élimination d’une partie du spécimen.

- Stockage : cette interface permet d’enregistrer les mouvements de sortie des échantillons biologiques à la biothèque, comporte notamment des informations sur la date du mouvement, ses raisons et le laboratoire destinataire.

- Tube ou aliquote : désigne le niveau de conditionnement le plus petit qui puisse être décrit en terme de stockage.

4.0 DOCUMENTS ASSOCIES

4.1 Documents et Formulaires liés

Documents liés

* SVC-DECH-SMD.MOP-07-0021 : DESTRUCTION DE SPECIMENS ET D'ECHANTILLONS BIOLOGIQUES CRYOCONSERVES A LA BIOTHEQUE * SVC-GREF-BIT.MOP-04-0081 : CESSION DES ECHANTILLONS BIOLOGIQUES STOCKES A LA BIOTHEQUE * SVC-GREF-BIT.MOP-04-0041 : RECEPTION DE SPECIMENS OU D'ECHANTILLONS BIOLOGIQUES DESTINES A LA BIOTHEQUE




Création : 28/10/2005



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