Évolution des répertoires géniques

Évolution des répertoires géniques

Équipe Bioinformatique et Génomique Évolutive

BBE

BactériesBactéries

EucaryotesEucaryotes

ArchéesArchées

BBE

~ 60 gènes en commun

~400 - 10000 gènes

~2000 - 40000 gènes

~400 - 5000 gènes

Les génomes comme révélateurs de la diversité du vivant

BBE

E. coli S. typhimurium Y. pestis CO92 Y. pestis KIM

B. aphidicola

W. brevipalpis

H. infuenzae P. multocida V. cholerae

P. aeruginosa X. fastidiosa X. axonopodis X. campestris

418342033599

3879564653

17092015

2724+1081

55402680

4192

4029 275 gènes

Diversité des répertoires géniques au sein des Gamma-Protéobactéries

BBE

Diversité des répertoires géniques au sein de l’espèce Escherichia coli

4288 5016

5060

Welch et al., 2002



BBE

ArchéesArchées

Le renouvellement des répertoires géniques



BBE

ArchéesArchées

Endosymbioses (transferts de génomes)




BBE

ArchéesArchées

Endosymbioses (transferts de génomes)


Duplications complètes de génome



BBE

ArchéesArchées

Transferts de gènes entre espèces

Acquisitions de gènes (mais d’où?)


BBE

La mise en évidence des transferts horizontaux

AA

BB

CC

DD

AA

BB

CC

DD

A) Conflit phylogénétique

AA BB CC

gainsgains

B) Différences de contenus en gènes

DD

Une fraction importante de ces gènes n’a pas d’homologues dans d’autres espèces

GENES « ORPHELINS »

Pseu

dom

onas

E. c

oli k

12

Vibr

io

Yers

inia

Salm

onel

la

Esch

eric

hia

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Les gènes « orphelins » d’E. coli selon leur date d’acquisition

““OORRFFaanns”s”

Plus jeunesPlus jeunes Plus vieuxPlus vieux

42

46

50

54

58

% G

+C

3 ch

ez E

. co

li K

12

60

Escherichiacoli K12

BBE

Les gènes « orphelins » présentent des caractéristiques de gènes de bactériophages

ou de plasmides

Rocha et Danchin, 2002

BBE

Les gènes « orphelins » sont associés en clusters et souvent proches d’éléments

mobiles

50.79

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Les mécanismes de l’innovation génique

Évolution des répertoires géniques

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