enterobacteries generalites et e.coli bon

ENTEROBACTERIES GENERALITES

ENTEROBACTERIES

PLAN: I. ENTEROBACTERIES GENERALITES

1 Introduction 2 Morphologie 3 Culture 4 Caractères Biochimiques 5 Caractères antigéniques 6 Sensibilité aux ATB II. ESCHERISCHIA COLI

ENTEROBACTERIES

Famille des entérobacteriacae comprend nbreux Genres bactériens définit comme suit: -BG-, non sporulées aerobies et anaérobies facultatifs -mobiles(ciliature péritriche) ou immobiles -culture sur milieu ordinaire -fermentant le glucose avec ou sans production de gaz -possede une nitrate réductase -réaction - des oxydases -catalase + sauf Shigella dysenteriae du sérotype I -G+C:39 -59moles % ADN,ceci permet d’exclure

Pseudomonasaérobies stricts , métabolisme oxydatif;Vibrio , Aeromonas , Plesiomonas anaérobies facultatifs

ciliature nonPéritriche,oxydase +

INTRODUCTION

Espèces fréquemment isolées appartiennentaux genres : Citrobacter, Enterobacter , EscherichiaHafnia , Klebsiella , Morganella , Proteus ,Providencia ,Salmonella , Shigella , Yersinia

MORPHOLOGIE

Bacille à Gram négatif de 2-3µm de long sur 0,6 de large

Polymorphisme fréquent chez ProteusMobilité Bactéries immobiles :

Klebsiella,Shigella,Yersiniapestis Espèces mobiles plus nombreuses: -mobilité variable en fonction de la

température d’incubation Yersinia pseudotuberculosis, Hafnia alvei

souvent mobiles à 28°C ,et immobiles à 37°C

MORPHOLOGIE

Flagelle : longueur dépend condition de culture

20µm Ø20nmPili ou fimbriae : nature protéique, pptésadhésives aux cellules

eucaryotes(hématies). pili MS si adhésion inhibée par α

mannosides pili MR si adhésion non inhibée par le

mannose pili MS agglutine cellule levure et hématies

cobayes pili MR ceux de l’homme ; ils peuvent être

codés par les gènes plasmidiques , chromosomiques

MORPHOLOGIE

Capsule certaines entérobactéries ont une

volumineuse capsule; fréquente chez Klebsiella,

exceptionnelle chez E. coli . ces bactéries capsulées donnent des colonies

muqueuses sur milieux gélosés en absence de véritable capsule bien

délimitée, elles sont entourées d’une substance visqueuse rendant difficile l’identification des Ag O et H

CULTURE Les entérobactéries se développent rapidement in

vitro sur des milieux "ordinaires". La température optimale de croissance est 37°C

mais la culture est possible entre 20° et 40°C. Leur temps de division varie de 20 à 40 minutes. Sur gélose,

- fréquemment les colonies sont rondes (E. coli ,Salmonella , Enterobacter)

- lisses(smooth S) ,régulières et atteignent 2-3 mmØ après 18h d’incubation

à 37°C repiquées en bouillon on a culture homogène avec des ondes moirées.

différences dans la rapidité de dvpt ,Ø colonies ; Shigella , E.coli , Salmonella

CULTURE

Yersinia :colonies plus petites développement lent.

Les Proteus ont tendance à envahir la gélose et à y former un tapis uniforme.

Les Klebsiella forment des colonies souvent très muqueuses, larges, grasses luisantes

- colonies rugueuses(rough=R) rencontrées sur des cultures de collection à la suite de mutation portant sur le LPS de la paroi ;

- elles sont plates , surface mate , bords irréguliers

repiquée en milieu solide la culture est formée d’agglutinats spontanées

CULTURE

toutes les cultures d’entérobactéries mobiles

peuvent envahir la surface de milieu gélosés si

l’on abaisse leur concentration en agar

le temps de division moyen des entérobactéries

20- 40min sur milieu liquide le maximum deculture est atteint moins de 24h

CARACTERES BIOCHIMIQUESC’est sur leur étude que repose en pratique le diagnostic de genre

etd’espèce

Les méthodes utilisées ont pour principe:

1.Recherche de la fermentation de sucres ou alcools en eau

peptonée additionnée d’un indicateur de pH(bleu

bromothymol ou rouge de phenol):

La fermentation cause une acidification de l’indicateur

permet de dire qu’à partir d’une substance fermentescible ont

été produits des acides en quantité suffisante pour faire virer

l’indicateur

Signes utilisés pour la lecture :

+ : acidification en 1-2 j- : absence de fermentation

X :tardivement irreguliérement + ,l’acidification est due à l’apparution de mutants aptes à acidifier

d : +/- suivant les souches au sein de la même espèce

CARACTERES BIOCHIMIQUES:

2.Recherche de l’utilisation d’un substrat enmilieu complexe en aérobiose :citrate, malonateUne réaction + →alcalinisation3.Recherche d’un métabolite par une réaction caractéristique: production de nitrites à partir de nitrate par uneréductase (définition entérobacteries) le 2-3 butane diol produit terminal de certainesespèces qui le produisent à partir de l’ac pyruvique lorsde fermentation glucose (transformation en acétoїne révélépar réaction Voges-Proskauer ou VP) l’indole produit à partir du tryptophane les gaz qui lors de la fermentation du glucose témoigne de la

présence d’une hydrolyase Scinde l’acide formique HCOOH en CO₂ + H₂

CARACTERES BIOCHIMIQUES

4.Identification de certaines enzymes révéléespar action sur leur substrat ou un analoguecoloré de celui ci: décarboxylases de lysine(LDC) formation de

Cadaverine ; décarboxylase de l’ornithine (ODC)formation de putrescine ,révélées par alcalinisation 2re de milieux contenant ces substrats et du glucose

désaminases de la phénylalanine ou du tryptophane qui les transforment en ac phénylpyravique ou en ac. indolpyruvique que l’on révèle par le per chlorure de fer


4.Identification de certaines enzymes révélées

par action sur leur substrat ou un analoguecoloré de celui ci: uréase: production de carbonate

d’ammonium révélé par alcalinisation β-galactosidase: scinde le lactose →gluc

+gal , capable de scinder l’orthonitrophenyl β-D galactopyranoside (ONPG) libérant l’orthonitrophenol qui colore le milieu en jaune , ONPG+


β-glucuronidase:substrat chromogène le paraNitrophenyl β-Dglucuronide β-xylosidase: substrat le paranitrophenyl β-

Dxylopyranoside γ-glutamyltransférase : substrat ac.-L-glutamique paranitroanilide Gélatinase Tétrathionate réductase (TTR) transforme le

tétrathionate en thiosulfate


5. Etude de la croissance en milieu minimal:

Recherche de l’aptitude de la bactérie à culitiver en utilisant une source de carbone définie par exple citrate de Na(mil Simmons) en

Milieu minimal: seules les bactéries prototrophes poussent

6.Recherche de l’aptitude ou l’inaptitude à cultiver en présence d’un inhibiteur cyanure de K( milieu de Braun)

TABLEAU CARACTÈRE D’IDENTIFICATION DES GENRES *SEULEMENT À 20°C

Escherichia

Citrobacter

Enterobacter

Klebsiella Serratia Salmonella

Shigella Proteus

Gluc + + + + + + + +

Lact + + + + - - - -

ONPG + + + + + - +/- -

Indole + - - +/- - - +/- +/-VP(acétoїne)

- - + + + - - -*

Citr - + + + + +/- - +/-

Mob + + + - + + - +*

Urée - - - + - - - +

PDA/TDA

- - - - - - - +

H₂S - +/- - - - + - +/-

SENSIBILITÉ AUX ANTIBIOTIQUES 1

la R naturelle aux ATB est d’une grande aide à la démarche d’identification des entérobactériacae

toute divergence entre l’identification biochimique et le phénotype de résistance doit amener le biologiste à vérifier l’identification du germe

les Proteae: sont naturellement résistants aux

nitrofuranes et à la colistine

SENSIBILITÉ AUX ANTIBIOTIQUES 2 En fonction de la sensibilité aux βlactamines les

entérobactéries sont divisées en 4 groupes: GroupeI: pas de production de βlactamase

(Salmonella, Proteus mirabilis,

ou production de cephalosporinase à très bas niveau

E.coli , Shigella

Groupe II: production naturelle d’une penicillinase comme Klebsiella,Citrobacter diversus,C.amalonaticus ,E. hermanni

GroupeIII:productionnaturelledecéphalosporinase

comme le phénotype » pénicillase de haut niveau » retrouvé chez la ½ des souches de E. coli et Proteus mirabilis; l’émergence des BLSE , céphalosporinases plasmidiques

SENSIBILITÉ AUX ANTIBIOTIQUES

GroupeIV: production simultanée de pénicillinase et céphalosporinase : Yersinia enterocolitica

D’autres enzymes: cefuroximase de Proteus vulgaris BLSE chromosomique Citrobacter, ErwiniaPar ailleurs on note l’acquisition de mécanisme de R

plasmidique comme le phénotype » pénicillase de haut niveau » retrouvé chez la ½ des souches E. coli et Proteus mirabilis; l’émergence des BLSE , Céphalosporinases plasmidiques

Groupe V : production de BLSE

ESCHERICHIA COLI

PLAN: Historique Taxonomie Epidémiologie Caractères bactériologiques Facteurs de pathogénicité Pouvoir pathogène Diagnostic biologique Sensibilité aux antibiotiques / Résistance

aux antibiotiques Traitement / Mesures d’hygiène

HISTORIQUE

Escherichia coli encore appelée colibacille (bacille du colon)est un bacille gram négatif découvert en 1885 par le pédiatre allemand Theodor Escherich dans les selles de nourrissons

Dans les années 1950, de nombreuses souches d’E. coli sont evoquées en tant qu’agents étiologiques de diarrhées infantiles

par la suite on découvre que certaines souches spécialisées d’E. coli sont associées à des pathologies très diverses y compris extra intestinales

TAXONOMIE

Règne Bacteria

Embranchement Proteobacteria

Classe Gamma proteobacteria

Ordre Enterobacteriales

Famille Enterobacteriaceae

Genre Escherichia

Espèces E. coliE. fergusoniiE. hermanniiE. vulnerisE. blattae

EPIDEMIOLOGIE 1

Les E. coli sont des hôtes normaux du tube digestif, de la partie distale de l’iléon et du colon de l’homme et de la plupart des animaux à sang chaud qu’ils colonisent dès les premières heures après la naissance.

Ils constituent l’espèce dominante de la flore aérobie (106 à 108 bactéries par gramme de selles chez l’adulte = 1000 fois moins importante que la flore anaérobie).

Une dizaine de sérotypes coexistent normalement chez un même individu subit fréquemment des fluctuations dans sa composition.

La plupart des souches sont sans danger mais certains gènes peuvent donner à des E. coli commensaux des potentialités pathogènes.

EPIDEMIOLOGIE 2

La présence des E. coli dans l’eau et le sol est un indicateur de contamination fécale. Le dénombrement des coliformes dans l’eau est appelé “colimétrie”.

Transmission: aliments souillés, les mains sales souillées par le contact avec des animaux porteurs ou leurs déjections, par contact avec les malades qui excrètent des bactéries dans ses selles

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

CARACTERES CULTURAUX

Aéro-anaérobie facultatif

pH optimum : 7,5

Température : 37° ( pousse entre 15° et 45°)

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES CARACTERES BIOCHIMIQUES 1

Rouge de méthyle

LactoseONPGMannitolIndoleUréaseAcétoine/VPCitrateH2SGazRéduit les nitrates en nitritesSaccharoseSalicineLDC

(+)

(+)(+)(+)

(+++)(-)(-)(-)(-)(+)

(+)(+)(+)

CARACTERES BIOCHIMIQUES 2

Existence des variants négatifs pour un caractère habituellement positif (par exemple indole). Ceci est consécutif à une mutation.

A l’inverse, on peut exceptionnellement rencontrer des variants positifs pour un caractère habituellement négatif (par exemple la production de H2S); caractère souvent codé par un plasmide.

Les variants immobiles et agazogènes d’E. coli peuvent causer des problèmes de diagnostic différentiel avec les Shigella , ils avaient reçu un nom particulier : Alkalescens-Dispar

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

CARACTERES ANTIGENIQUES 1

Les composants antigéniques de E. coli sont variées et appartiennent à 3 types de structures.

Leur identification permet de définir le sérotypes c’est- à -dire l’association des spécificités des antigènes O, H et si possible K.

Cette sérotypie permet de caractériser une souche, en particulier les souches pathogènes et endémiques.

Ex: sérotypes O111:K4:H2 de souches entéropathogènes Sérotypes O157:H7 de souches entérohémorragiques


Antigène somatique O

Correspond au lipopolysaccharide de surface avec une composition très complexe

181 types antigéniques détectables par agglutination

Des méthodes de sérotypage moléculaire sont actuellement développées

La méthode classique de détection est limitée par : la présence d’agglutinations croisées entre les

antigènes O des Shigella et de certains Salmonella Le passage de certaines colonies de la forme S à la

forme R avec pour conséquence l’absence de synthèse de l’antigène O

Le nombre de plus en plus élevé de sérum à fabriquer


Antigène H

Il correspond aux protéines flagellaires

La diversité des antigènes est du aux différents types de flagelline (composante essentielle du flagelle)

56 sérotypes difficiles à mettre en évidence en raison de leur fragilité et de la faible mobilité de la plupart des souches lors de leur isolement

Intérêt épidémiologique pour la confirmation à l’appartenance d’E. coli à la même souche bactérienne

Le typage de l’Antigène H peut se faire par séro-agglutination ou encore par des techniques moléculaires de sérotypage


Antigène K

93 Antigènes K

Ce sont des antigènes de surface de nature polysaccharidique qui constituent soit:

une enveloppe d’importance variable antigène K de type B . Sa mise en évidence est difficile; c’est pourquoi ces antigènes n’apparaissent plus dans les formules antigéniques

soit une véritable capsuleantigène K de type A de Kaufmann. Dans ce cas, les colonies bactériennes sont alors mucoïdes et l’antigène O est masqué. Il ne peut être révélé qu’après chauffage

FACTEURS DE PATHOGENICITE 1

Des adhésines : o conférant aux souches qui les possèdent

la propriété de se fixer aux cellules épithéliales.

o de nature protéique, elles sont portées le

plus souvent par des pilli communs. o l'adhérence constitue une étape

essentielle de la pathogenèse des infections dues aux bactéries entériques.

FACTEURS DE PATHOGENICITE 2

Des toxines l'endotoxine, commune aux entérobactéries les entérotoxines : ST (thermostables) et LT

(thermolabiles)

Ce sont des toxines cytotoniques qui agissent sur le contrôle entérocytaire de la sécrétion hydro-électrolytique. Ces facteurs de virulence sont codés par les plasmides. La toxine LT est proche de la toxine cholérique

les cytotoxines SLT1 et SLT2 (Shiga-like toxin) Ce sont des toxines qui altèrent l'intégrité des entérocytes On les appelle encore des Véro-toxines (VT) à cause de leur

effet toxique sur les cellules Véro en culture

POUVOIR PATHOGENE 1

LES INFECTIONS DE L'ARBRE URINAIRE :

Mécanisme La migration des germes du tube digestif vers l'arbre urinaire par voie

ascendante et externe Contamination par voie lymphatique

Facteurs favorisants : Urèthre féminin plus court que celui de l’homme plus fréquent chez la femme Toutes les causes de stase telles que : lithiase, prostatite, compression,

grossesse, malformation. En effet, le pH acide et les vidanges périodiques de la vessie jouent un rôle important pour empêcher la prolifération intra vésicale des bactéries

E. Coli est impliqués dans 90% des infections communautaires du tractus urinaire survenant sur un arbre urinaire anatomiquement normal.

Il s’agit essentiellement des cystites, pyélites et pyélonéphrites.

POUVOIR PATHOGENE 2

Cependant, la contamination vésicale par le colibacille ne donne une infection urinaire et surtout une atteinte du parenchyme rénal, qu'avec certaines souches particulières Souches uro pathogènes (UPEC = uropathogenic E. coli)

Facteurs de pathogenicite : adhésion aux cellules uroépitheliales grâce aux

pili de type P ou pili PAP (pyelonephritis Associated Pili) Pili de type 1 et F1C

Les adhésines S, M et Afa/Dr Induction de la sécrétion de cytokines pro-inflammatoire Synthèse des sidérophores Capsule

Les souches uro-pathogènes appartiennent plus fréquemment aux : sérotypes O : 1, 2, 4, 6, 7, 16, 18, 25, 50, 75 sérotypes K : 1, 2, 3, 5, 12, qui possèdent des adhésines

POUVOIR PATHOGENE 3

LES INFECTIONS ABDOMINALES

Suppurations (péritonéales, biliaires, appendiculaires, génitales) et maladies inflammatoires (maladie de Crohn)

Les souches en cause

Colonisent la muqueuse grâce aux pili de type 1, pénètrent à l’intérieur de la cellule épithéliales s’y multiplient

Appartiennent au pathovar AIEC = Adherent-invasive E. coli

ont un pouvoir cytotoxique sur les polynucléaires, opposent une résistance à la phagocytose Survivent et se multiplient à l’intérieur des

macrophages possèdent des systèmes de captation du fer

POUVOIR PATHOGENE 4LES BACTÉRIÉMIES

Les pathovars des Escherichia coli incriminés dans les bactériémies sont caractérisés par un fort pouvoir invasif. Ils possèdent dans ce cas : des systèmes de captation du fer, des cytotoxines qui, occasionnent des dégâts

tissulaires en facilitant leur diffusion des facteurs de résistance à la phagocytose (par la

capsule) et à l'action bactéricide du complément (par les chaînes latérales du LPS)

LE CHOC ENDOTOXINIQUE

Fièvre, collapsus et hémorragies sont les symptômes principaux du redoutable choc septique qu'engendre la lyse massive dans l'organisme d'entérobactéries (ou de bactéries à Gram négatif) qui libèrent de grandes quantités de LPS.

POUVOIR PATHOGENE 5

LES MÉNINGITES ET LES BACTÉRIÉMIES DU NOUVEAU NE ET DU NOURRISSON

30% environ des méningites néonatales sont dues à Escherichia coli. Elles s'accompagnent presque toujours d'un état bactériémique, voire septicémique.

L'infestation du nouveau-né est certainement d'origine maternelle.

Les souches exprimant l'antigène K1 sont largement prépondérantes dans ces infections. L’antigène K1 a une composition chimique et la spécificité immunologique identique à celle de l’antigène B de N. meningitidis. Cet antigène augmente la résistance à la phagocytose et au pouvoir bactéricide du complément

POUVOIR PATHOGENE 6

LES MÉNINGITES ET LES BACTÉRIÉMIES DU NOUVEAU NE ET DU NOURRISSON

Il existe d’autres parentés immunologiques entre des antigènes K de E. coli et ceux d’autres bactéries agents des méningites: K92/méningocoque du groupe C K7/Streptococcus pneumoniae de type capsulaire

3 K100/Haemophilus influenzae de type capsulaire b

Autres facteurs de virulence impliqués: Systèmes de captation du fer Adhésines fimbriales SfaA

POUVOIR PATHOGENE 7

LES INFECTIONS INTESTINALES

Les souches de E. coli responsables d’infections intestinales sont actuellement classées dans 6 pathovars définis sur la base des facteurs de pathogénicité et des signes cliniques engendrés

POUVOIR PATHOGENECARACTÉRISTIQUES DES E. COLI ENTEROVIRULENTS

Sérogroupes O les plus fréquents

Principaux facteurs de pathogénicité

EPEC 18-44-55-86-111-112-114-119-125-126-127-128ab -142

•Facteurs d’adhesion: Bfp (adhesion localisee)•Attachement effacement : gène eae

ETEC 6-8-15-20-25-27-63-78-80-85-115-128ac -139-148-153-159-167

•Facteurs d’adhesion CFA/I,CS… (plasmide)•Enterotoxines LT et ST (plasmide)

ECEI 28ac -29-124-136-143-144-152-164-167

•Pouvoir invasif (plasmide pINV)

EHEC 157-26-91-103-111-128 •Cytokines : Stx1 et Stx2 (bacteriophage)•Attachement-effacement : gène eae

EAEC 3-4-7-9ab-15-21-51-55-77-86-91-92-106-111-126-127

•Facteurs d’adhesion aggregative •Enterotoxine EAST-1

DAEC 4-15-28-44-50-55-69-75-86-125-126-127-128

•Facteurs d’adhesion AIDA/1 et Afa/Dr (adhesion diffuse)

POUVOIR PATHOGENE

Souches entérotoxinogènes E T E C (EnteroToxinogenic Escherichia Coli)

Ces souches sont responsables de la "diarrhée des voyageurs" ou "turista" et de syndromes diarrhéiques épidémiques chez les enfants de moins de 2 ans dans les pays du tiers-monde.

L’infection se produit après absorption d’eau ou d’aliments contaminés et se manifeste par une diarrhée très aqueuse, cholériforme, des nausées, des crampes abdominales associées ou non avec une légère fièvre

Les ETEC se fixent sur la muqueuse par l’intermédiaire des facteurs d’adhésion CFA/1, CS et élaborent les entérotoxines thermolabiles (LT) et thermostables (ST).

POUVOIR PATHOGENE

Souches entéroinvasives E I E C (EntéroInvasive Escherichia Coli)

Ces souches (très voisines des Shigella par leurs caractères biochimiques et antigéniques) sont responsables de syndromes dysentériques avec invasion de la muqueuse intestinale.

Cette pathologie ressemble à celle causée par les Shigella, avec fièvre élevée.

Les souches entéroinvasives touchent toutes les tranches d’âge.

Invasion de l’epithélium colique et réaction inflammatoire intense avec libération massive d’interleukine

POUVOIR PATHOGENE Souches entérohémorragiques EHEC (EnteroHaemorragic

Escherichia Coli) .

Le sérogroupe le plus impliqué est le 0157 et le sérotype 0157 : H7

Les EHEC, sont capables d’adhérer aux entérocytes et sécrètent alors des exotoxines la SLT1-1 la SLT2-2. Ces deux toxines appelées : Shiga-like toxins, sont proches de la toxine de Shigella dysenteriae.

Ces souches sont responsables de diarrhées sanglantes accompagnées de douleurs abdominales sans fièvre.

Cette colites hémorragiques dure 2 à 10 jours et est liées à la production de toxines SLT.

Complication= syndromes hémolytiques et urémiques (insuffisance rénale aigue, thrombopénie et anémie hémolytique).

POUVOIR PATHOGENE Souches entéropathogènes EPEC

(Enteropathogenic Escherichia coli) Leur mécanisme physiopathologique est

dü à la capacité de ces souches à adhérer aux entérocytes

et ensuite d’entraîner leur destruction sans jamais envahir les entérocytes.

Ils créent des lésions d’attachement-effacement caractérisées par un effacement des microvillosités de la bordure en brosse des entérocytes et par une adhésion intime des bactéries à la cellule hôte

POUVOIR PATHOGENE Souches entéropathogènes E P E C

(Enteropathogenic Escherichia coli) Elles sont proches des souches

entérohémorragiques (EHEC) car elles produisent les toxines SLT qui seraient responsable des lésions.

Ces souches sont responsables de gastro-entérites souvent sous formes d’épidémies chez l’enfant de moins de trois ans.

Leurs diarrhées sont caractérisées par des selles aqueuses avec du mucus et ne comportent ni hématies ni leucocytes. Elles s’accompagnent de fièvre, de malaise, de vomissement.

POUVOIR PATHOGENE

Les Escherichia coli entero-aggrégatives ECEAgg

Les EAggEC sont des souches qui ne sécrètent pas les entérotoxines LT ou ST

Leur pouvoir pathogène se fait par adhésion aux cellules (adhésion agrégative). Sécrétion de mucus par les entérocytesles bactéries sont

piégées la surface de la muqueuse persistance de la colonisation

Production de l’entérotoxine EAST1 (pour « EAggEC ST-like toxin »), qui présente environ 50 % d’homologie avec la toxine ST des ETEC. La contribution de ces toxines au pouvoir pathogène n’est pas encore établie.

Les EAggEC sont responsables :

De diarrhées persistantes pratiquement dans tous les pays du monde

De retard de croissance surtout chez les jeunes enfants.

POUVOIR PATHOGENE Les Escherichia Coli à Adhésion Diffuse – E C A D – (ou

diffuse –adhering Escherichia coli =DAEC)

Ces souches, tout d'abord classées avec les Escherichia coli entéro-pathogènes, forment maintenant un groupe à part, du fait de leur phénotype d'adhésion particulier qui n'implique pas d'agrégats microbiens.

Responsables de diarrhées chez l’enfant

Deux marqueurs caractérisent ces souches : l'antigène fibrillaire de surface F1845 associé à un

fimbriae (pili) la protéine adhesin involved in diffuse adhérence,

AIDA-1

DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE

PRELEVEMENT 2eme jet d’urine chez l’adulte Urine dans un collecteur chez le nourrisson LCR Hémoculture Selles dans un flacon stérile Pus Liquide d’ épanchement

EXAMEN MICROSCOPIQUE Numération des leucocytes par mm³ à la cellule de

Malassez Coloration de Gram BG – Permet d’orienter sur le choix du milieu


CULTURE Sur gélose ordinaire

Milieu non chromogène avec un indicateur de l’attaque du lactose permettant une différentiation des colonies Non sélectif (CLED, milieu lactose au bromocresol

pourpre) Sélectif (milieu de Mac Conkey, milieu de Drigalski)

Milieu chromogène

développement de bacilles à gram négatif, fermentant le lactose et présentant les caractères biochimiques qui caractérisent l’espèce


Quel que soit le milieu utilisé, les colonies sont obtenues après 18 heures d’incubation à 37°C.

Colonies rondes , lisses, à bord réguliers et de 2-3 mm de diamètre.

Sur milieux de culture usuels, les mutants déficients en facteurs de croissance produisent des colonies naines très peu visibles.

En milieu liquide, la culture confère un trouble homogène.


Identification de l’espèce Elle repose sur l’ étude de l’ensemble des

caractères biochimiques (galeries classiques, Api 20E)

Identification des sérotypes ou des sérogroupes Réalisable par agglutination d’une colonie sur lame Intérêt épidémiologique

Identification des pathovars Par des test génétiques, PCR, étude de l’expression

phénotypique


Recherche de l'antigène K1 dans le sérum, le L.C.R ou les urines du malade par agglutination de particules de latex sensibilisées mais réaction croisée avec l'antigène du groupe B des méningocoques.

Révélation de la présence d'adhésines grâce à leur pouvoir hémagglutinant sur les globules rouges humains ou animaux.

Mise en evidence du pouvoir invasif par : le test de Sereny (l'instillation de la souche sur l'œil d'un cobaye

provoque une kérato-conjonctivite) leur pouvoir envahissant sur cellule HeLa en culture.

Recherche sur les souches isolées d'infections urinaires des anticorps fixés sur les bactéries dont la présence signerait une infection haute, rénale ou pyélo-calicielle.

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES

Escherichia coli possède une sensibilité naturelle aux antibiotiques actifs sur les BG-

ß-lactamines : pénicillines A (ampicilline, amoxicilline), C1G, C2G, C3G, les carboxypénicillines, les acyluréido-pénicillines, les carbapénems et les monobactams.

Les aminosides et les polypeptides sont

également actifs

Autres : sulfamides, aminosides, quinolones

RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES

On note actuellement un développement inquiétant des résistances des Escherichia coli.

50% de résistance à l’ampicilline, l’amoxicilline par production de pénicillinases plasmidiques

15 - 20% de résistance à l’amoxicilline + l’acide clavulanique

2-4% de résistance aux C3G par production de βLSE

5 - 10% de résistance aux fluoroquinolones (acide nalidixique, ofloxacine…)

Nombreuses souches Résistantes aux tétracyclines et aux sulfamides. Origine plasmidique par acquisition de réplicons par transfert horizontal

TRAITEMENT

Il est fonction de la localisation de l’infection et de l’antibiogramme

INFECTIONS URINAIRES antibiotiques ayant une bonne diffusion urinaire et non néphrotoxiques

Cystites Traitements courts

dose unique pour pefloxacine, ciprofloxacine, ofloxacinefosfomycine-trometadol

3 jours pour cotrimoxazole7 à 10 jours pour C3G, Amoxiciline-Acide clavulanique

TRAITEMENT

Il est fonction de la localisation de l’infection et de l’antibiogramme

INFECTIONS URINAIRES antibiotiques ayant une bonne diffusion urinaire et non néphrotoxiques

Cystites récidivantes Mesures d’hygiene générale Antibioprévention continue ou discontinue au

long cours (nitrofurantoine, cotrimoxazole, acide nalidixique, acide pipemidique, norfloxacine)

Pyélonéphrites aigües Traitement de 10 à 20 jours avec C3G

orale, fluoroquinolone, association G3G parentérale-aminoside

TRAITEMENTINFECTIONS EXTRA-INTESTINALES LOCALISEES

Monothérapie choisie en fonction de l’antibiogramme

MENINGITES ET BACTERIEMIES

Association β-lactamine + aminoside / fluoroquinolone

INFECTIONS INTESTINALES Réhydratation hydro électrolytique Antibiotique dans les cas graves : prise orale d’un

seul antiseptique ou antibiotique non résorbable par la muqueuse intestinale

La voie générale peut être utilisée dans le cas des souches invasives

Utilisation des antibiotiques controversée car ils auraient un effet négatif en augmentant la quantité de toxines libérées

MESURES D’HYGIENE Toute viande hachée doit être bien cuite

(température intérieure de la viande doit atteindre 70 à 80°C)

Les jus doivent être pasteurisés Les laits frais émanant directement de

l’animal sont à proscrire surtout chez les jeunes enfants

Les fruits et surtout les légumes doivent être lavés avant consommation

MESURES D’HYGIENE Le lavage des mains doit être très soigneux et doit

se faire: avant de préparer les aliments après être allés aux toilettes ou toutes

manipulations douteuses et surtout celle des animaux domestiques

Les surfaces de travail au niveau de la cuisine doivent être lavées et ainsi que les ustensiles qui ont été en contact avec la viande crue ou surtout celle de la volaille.

Les aliments doivent être conservés à une température de 4°C au moins.

Attention à la consommation d’eau provenant de certains cours d’eau, ou de certaines sources

enterobacteries generalites et e.coli bon

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