e2015-ev-0755361v-s2pur150007946-005451-rd-1.pdf

Section des Units de recherche

valuation de lAERES sur lunit : Biologie du Dveloppement et Reproduction

BDR

Sous tutelle des tablissements et organismes : Institut National de la Recherche Agronomique - INRA

cole Nationale Vtrinaire dAlfort

Janvier 2014

Section des Units de recherche

Pour lAERES, en vertu du dcret du 3 novembre 20061, M. Didier HOUSSIN, prsident M. Pierre GLAUDES, directeur de la section

des units de recherche

Au nom du comit dexperts, Mme Sophie ROUSSEAUX, prsidente du

comit

1 Le prsident de lAERES signe [...], les rapports d'valuation, [...] contresigns pour chaque section par le directeur concern (Article 9, alinea 3 du dcret n2006-1334 du 3 novembre 2006, modifi).

Biologie du Dveloppement et Reproduction, BDR, INRA, ENV Maisons-Alfort, Mme Corinne COTINOT

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Rapport dvaluation

Ce rapport est le rsultat de lvaluation du comit dexperts dont la composition est prcise ci-dessous.

Les apprciations quil contient sont lexpression de la dlibration indpendante et collgiale de ce comit.

Nom de l'unit : Biologie du Dveloppement et Reproduction Acronyme de l'unit : BDR Label demand : UMR N actuel : UMR 1198 Nom du directeur (2013-2014) :

Mme Corinne COTINOT

Nom du porteur de projet (2015-2019) :

Mme Corinne COTINOT

Membres du comit d'experts

Prsident : Mme Sophie ROUSSEAUX, Institut Albert Bonniot, Grenoble

Experts: M. Jean-Franois BECKERS, Universit de Lige, Belgique Mme Jolle COHEN-TANNOUDJI, Universit Paris-Diderot

M. Jol DREVET, Universit Blaise Pascal, Clermont-Ferrand (reprsentant des CSS INRA)

Mme Claire ROUGEULLE, Universit Paris-Diderot M. Stphane VIVILLE, IGBMC, Illkirch

Dlgu scientifique reprsentant de l'AERES : M. Pierre COUBLE

Reprsentants des tablissements et organismes tutelles de l'unit :

M. Pierre CAPY (directeur de lcole Doctorale n426)

M. Jean DALLONGEVILLE, INRA

M. Cyril KAO (directeur de lcole Doctorale n435) M. Benoit MALPAUX, INRA M. Renaud TISSIER, ENVA


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1 z Introduction

Historique et localisation gographique de lunit

Lunit de Biologie du Dveloppement et Reproduction (UMR 1198) est une unit mixte de recherche INRA-ENVA localise sur deux sites : le campus INRA du centre de Jouy-en-Josas et le campus de lcole Vtrinaire de Maisons-Alfort (ENVA). Cre en 2004, lunit BDR est issue du regroupement des laboratoires INRA de Biologie du Dveloppement et Biotechnologies et de Physiologie Animale, et de deux quipes de lENVA. Au cours de la priode value (2008-2013), lunit sest profondment rorganise au plan :

Organisationnel : changement de directeur dunit, renouvellement des chefs dquipe, intgration dun nouveau groupe venant de lINSERM.

Thmatique : les dveloppements biotechnologiques de la reproduction chez les mammifres dlevage sont en retrait par rapport au pass, et lorientation actuelle plus marque vers lanalyse et la comprhension de limpact de lenvironnement (et de ses variations et perturbations) sur le dveloppement et sur le phnotype des individus.

quipe de direction

Directrice : Mme Corinne COTINOT (DR)

2 directrices adjointes : Mme Vronique DURANTHON (DR) et Mme Genevive JOLIVET (CR)

Nomenclature AERES :

SVE1-LS3

Effectifs de lunit

Effectifs de lunit Nombre au 30/06/2013 Nombre au 01/01/2015

N1 : Enseignants-chercheurs titulaires et assimils 8 4

N2 : Chercheurs des EPST ou EPIC titulaires et assimils 26 21

N3 : Autres personnels titulaires (nayant pas dobligation de recherche) 46 46

N4 : Autres enseignants-chercheurs (PREM, ECC, etc.)

N5 : Autres chercheurs des EPST ou EPIC (DREM, Post-doctorants, visiteurs etc.)

N6 : Autres personnels contractuels (nayant pas dobligation de recherche)

TOTAL N1 N6 80 71


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Effectifs de lunit Nombre au 30/06/2013

Nombre au 01/01/2015

Doctorants 17

Thses soutenues 20

Post-doctorants ayant pass au moins 12 mois dans lunit * 11

Nombre dHDR soutenues 4

Personnes habilites diriger des recherches ou assimiles 17 15

2 z Apprciation sur lunit

Avis global sur lunit

Limpression gnrale est que lunit est structure de manire cohrente et fonctionnelle autour dune thmatique scientifique forte, en adquation avec les objectifs des tutelles, dordre cognitifs et appliqus.

La diversit et la complmentarit des modles animaux, la solidit des comptences technologiques, autant celles dj acquises dans lunit que celles nouvellement dveloppes, ainsi que lexcellente fonctionnalit transversale des plateformes constituent un socle solide et donnent lunit sa force et son originalit.

On peut aussi saluer la grande cohsion de lensemble du personnel, toutes catgories confondues, et un soutien sans rserve la direction scientifique et humaine de lunit.

Lunit a su notamment intgrer la dimension gnome entier dans ses projets et ce dans les diffrents modles animaux exploits. En consquence, lexpertise bioinformatique, bien que dj prsente au sein des diffrentes quipes, mriterait dtre largement renforce. Leffort de formation au sein des quipes pourrait tre complt par la mise en place dune plateforme ddie de bioinformatique/bioanalyse apportant de nouvelles comptences et, terme, une meilleure valorisation des mta-donnes gnres.

Un gros effort de recentrage des quipes autour de thmatiques scientifiques fortes a t accompli rcemment et semble porter dj ses fruits (augmentation du nombre et de la qualit de la production scientifique) mais cet effort mriterait dtre poursuivi plus avant.

Points forts et possibilits lies au contexte :

restructuration rcente, importante et russie, de lunit sur les plans thmatique et organisationnel ;

thmatique densemble originale, cohrente et clairement affiche ;

approches multi-organismes : diversit et originalit des modles et espces tudis, notamment les ruminants, le lapin, la souris et une ouverture rcente sur lhomme ;

intgration des paramtres pigntiques dans les thmatiques de recherche de toutes les quipes de lunit ;

synergie des projets scientifiques entre les quipes ;

trs bonne matrise doutils de pointe permettant des approches innovantes dans le domaine de la reproduction animale ;

excellente fonctionnalit des ateliers et plateformes technologiques ;


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dveloppements technologiques fort potentiel (technologies de la reproduction, imagerie, transgnse, etc) ;

volont et fort potentiel dapplication des rsultats des travaux de lunit dans les domaines de lagro-alimentaire et de la sant publique ;

liens forts avec lindustrie agro-alimentaire, lUNCEIA (Union Nationale des Coopratives dlevage et dInsmination Artificielle) ;

dynamisme de lanimation scientifique de lunit ;

trs bonne cohsion de lensemble des membres de lunit, toutes catgories confondues ;

soutien fort la direction, tant au plan scientifique quorganisationnel.

Points faibles et risques lis au contexte :

transfert de technologie et valorisation encore faible en regard du fort potentiel des outils et dveloppements technologiques de lunit ;

lnorme potentiel des donnes gnres par analyses genome-wide dans le cadre des projets des quipes nest pas encore compltement exploit ;

nombre relativement faible dtudiants en thse et de post-doctorants, notamment trangers ;

difficult mener bien les projets dans des dlais compatibles avec les dures de contrats de financement ou de thse du fait de la nature des modles animaux utiliss ;

effort de restructuration poursuivre, notamment pour lquipe de recherche 4, pour mieux centrer ses thmatiques.

Recommandations :

ncessit de renforcer les comptences en analyses bioinformatique afin de pouvoir exploiter correctement la masse des donnes accumules ;

veiller maintenir lapproche multi-organisme ;

renforcer la qualit des publications scientifiques ;

hirarchiser et recentrer les thmatiques scientifiques de lquipe de recherche 4 pour approfondir les questions abordes ;

accueillir plus dtudiants doctorants et post-doctorants dans lunit ;

regroupement trs souhaitable des quipes de lunit dans un seul btiment du Campus de Jouy-en-Josas.


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3 z Apprciations dtailles

Apprciation sur la production et la qualit scientifiques

Les recherches de lunit sont originales et abordes sous un angle particulirement intressant et cohrent par rapport aux questions principales qui sont de comprendre les interactions entre le conceptus et son environnement, leurs rpercussions sur le phnotype adulte, les mcanismes mis en jeu et leurs possibles drglements. La complmentarit thmatique des quipes est bien valorise.

Lunit vient de se rorganiser en 4 quipes de recherche. On peut constater que cet effort, bien que rcent, se manifeste dj par un accroissement du nombre et de la qualit des publications.

La thmatique scientifique de lunit concerne ltude des mcanismes dveloppementaux qui contribuent au phnotype adulte, leur rgulation par lenvironnement (in vitro et in vivo) et ltude des effets long terme de cette programmation prcoce sur la croissance, la sant et la capacit reproductive des individus. Pour apporter des rponses ce questionnement, quatre axes de recherche ont t formaliss au sein de lunit qui comprennent :

1. dynamique structurale et fonctionnelle du gnome embryonnaire au cours des premiers stades et tablissement de la pluripotence ;

2. etablissement de la gestation et caractrisation/rgulation des interactions materno-ftales ;

3. gonadogense et gamtogense foetale, mcanismes molculaires et cellulaires et impact des facteurs environnementaux sur ces processus ;

4. adaptation de lembryon et du foetus son environnement, notamment via les rgulations de son pignome, et rle du placenta dans cette adaptation), chacun de ces axes tant port par une quipe.

Leffort de regroupement et de simplification souligne la cohrence de la logique scientifique, et fournit un contexte favorable aux interactions et collaborations inter-quipes.

La mutualisation des ressources, notamment technologiques, est lun des points forts de lunit. Elle a des implications positives dans la conduite des projets de recherche des quipes. Les plateformes technologiques dimagerie et de transgense sont particulirement fonctionnelles et efficaces et sont gres sur une base collaborative.

Ainsi, lunit dmontre une activit scientifique dynamique qui vise impliquer lensemble des personnels. Cet effort visiblement porte ses fruits et il est poursuivre.

Les nouvelles approches technologiques dveloppes au sein de lunit sont originales et fort potentiel. Elles devraient aider susciter de nouveaux projets collaboratifs nationaux mais aussi internationaux.

Au plan quantitatif, le nombre de publications a globalement augment avec notamment, entre 2008 et 2012, un nombre darticles primaires par chercheur et par an qui a presque doubl. Le nombre de confrences a aussi pratiquement doubl. Toutes les quipes ont des publications communes avec des chercheurs dune autre quipe (nombre de publications inter-quipes de 10-12 %/an). Environ 1/3 des articles rsultent de collaborations avec des laboratoires trangers. Il faut aussi noter que 7 articles (dont 3 revues) sont cits plus de 50 fois, 26 plus de 20 fois et 57 plus de 10 fois.

Ainsi, le nombre et le niveau des publications sont clairement en croissance, et leffort doit tre poursuivi afin que leur qualit puisse atteindre le niveau que lon pourrait attendre dune unit capable de performances technologiques et abordant de thmatiques et de modles originaux.

Un brevet a t dpos en France et linternational en 2009. Ceci parat peu, surtout si on tient compte du potentiel important des technologies dveloppes par les chercheurs et les ingnieurs de cette unit.


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Apprciation sur le rayonnement et lattractivit acadmiques

Les membres de lunit ont t invits comme orateurs dans 206 runions scientifiques nationales et internationales, dont ICAR, Embryogenomics, IETS, PPTOX, IFPA, Symposium on the Biology of Vertebrate Sex Determination, EMBO, etc. Plusieurs membres de lunit ont reu des prix ou distinctions (Mdaille dargent de lAcadmie de lAgriculture, Professeur mrite de l'Universit Versailles-Saint-Quentin, Acadmie de Mdecine).

Lexpertise des membres de lunit est sollicite rgulirement au niveau national et international pour participer des comits ou jurys de thse, dHDR ou de diplme EPHE et des comits de slection ou des commissions de recrutement (ITA, chercheurs, enseignant-chercheurs). Plusieurs membres de lunit exercent des missions dexperts au sein des conseils scientifiques du centre, du dpartement PHASE, de la commission de formation permanente, des conseils scientifiques des utilisateurs des plateformes. Un chercheur a t membre du Comit dthique du Centre puis charg de mission Recherche et Exprimentation Animale auprs de la Prsidente du Centre INRA de Jouy-en-Josas. Plusieurs chercheurs de lunit ont t membres des Commissions de Spcialistes de Physiologie Animale de 2008 a 2013. Les chercheurs de lunit sont aussi investis dans diverses expertises. Plusieurs sont galement impliqus dans des comits ditoriaux comme diteurs associs ou invits (PloS ONE, Sexual Development, Frontiers in Biology, Indian Journal of Lipids, Journal of Obesity, Reproduction).

Les chercheurs de lunit ont particip lorganisation de plusieurs vnements scientifiques tels que les symposia intituls Sex determination and gonadal development in vertebrates (Paris, 2008), Embryogenomics (Paris 2008), Epigenetics and Child health, Nobel conference (Goteborg, Sude, 2009), COST Gemini (Soustons, 2010) ou International Embryo Transfer Society (IETS), qui aura lieu Versailles en 2015. Des personnels de lunit sont galement membres du Board of Governors de lIETS, des Conseils dAdministration de lAssociation Francaise de Zootechnie de lAssociation pour lEtude de la Reproduction Animale et de la Socit Franaise pour lEtude de la Fertilit.

Un investissement important de lunit est noter dans la cration et lanimation de la Socit francophone de la DOHaD, une association Loi 1901 affilie a la DOHaD internationale (www.sf-dohad.fr) qui regroupe 140 adhrents, et lassociation a conclu un partenariat industriel avec Bledina.

Enfin les membres de lunit contribuent aux animations scientifiques au sein de lorganisme de tutelle principalement celles organises par le dpartement PHASE.

Dune manire gnrale les membres de lunit sont trs actifs dans les congrs et les rseaux de leur domaine de recherche, ainsi que dans les actions impliquant leur organisme de tutelle, lINRA.

Il reste nanmoins que le nombre dtudiants post-doctorants et de jeunes chercheurs contractuels, notamment trangers, est globalement faible dans lunit.

Apprciation sur linteraction avec lenvironnement social, conomique et culturel

Dune manire gnrale lunit et ses personnels interagissent beaucoup avec les professionnels des biotechnologies de la reproduction, et de lagro-alimentaire. Leur investissement dans ce domaine est trs diversifi. Lunit et ses personnels sont particulirement impliqus dans la vulgarisation des acquis de la science auprs des professionnels (mdecins, agriculteurs, vtrinaires) ou du grand public.

LUNCEIA est un partenaire conomique et professionnel historique de lunit depuis plusieurs dizaines annes. L'UNCEIA est une organisation professionnelle d'levage reprsentant les filires de l'insmination bovine, caprine, ovine et porcine. Cette collaboration a contribu au dveloppement des techniques de transfert nuclaire chez les ruminants.

Plusieurs partenariats ont aussi t dploys avec des professionnels dans des domaines tels que lpigntique (Diagenode, Belgique), lAssistance Mdicale la Procration (Laboratoires Genevrier, France), ou limagerie in vivo (Foundation PremUp).

Lunit a galement men deux contrats avec des entreprises prives concernant limpact de rgimes alimentaires riches en anti-oxydants ou vitamines sur le dveloppement pr- et post-natal (STEIRNON, IPRAD) et la mise au point dune mthode de gene delivery dans lutrus de mammifre (ARCHIMMED).


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Dans le domaine des biotechnologies de la reproduction (transgense, clonage), des collaborations ont t tablies avec diffrentes entreprises ou laboratoires acadmiques pour la cration de lapins transgniques tels que Obetherapy, (Evry France), Stanford Research Institute (USA), Centre de Cardiologie (Freiburg University), Vaincre la Mucovoiscidose (France) ou lunit INSERM UMR 866 (Dijon).

Dans le cadre du partenariat SF-DOHaD avec Bledina, lunit contribue la mise en place de groupes de travail en vue de recommandations nutritionnelles, et participe au Symposium Bledina lors du Congrs de Mdecine Prinatale, au Grand Forum de la nutrition infantile et au Symposium Mditerranen avec les pays du Maghreb.

Au niveau national, les membres de lunit ont t sollicits pour participer des missions tlvises et ont rpondu plusieurs interviews de la presse crite et de la radio sur les biotechnologies animales. Ils participent rgulirement aux journes de la Fte de la Science, des forums des mtiers dans des collges, et quelques confrences grand public. Au niveau rgional, de nombreux personnels de lunit ont particip aux Portes Ouvertes INRA Jouy 2010, et deux confrences de la Socit de Biologie.

Dans le cadre de la promotion de ltude de la DoHaD, lunit a particip plusieurs confrences. Les membres de lunit sont aussi impliqus dans des confrences de vulgarisation auprs des professionnels de la sant (Socit Franaise pour l'Etude de la Fertilit, Groupe d'Etude pour le Don d'Ovocytes, etc...) ou des professionnels agronomes (Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants). En outre, lunit reoit rgulirement des lves de collge en stage dcouverte , des lycens pour des TPE ainsi que des personnes en reconversion professionnelle.

Lunit a publi plus dune trentaine de publications dans des revues de vulgarisation, en lien avec la fertilit des bovins dans les revues spcialises (BTIA, Le Point Vtrinaire, Le Nouveau Praticien Vtrinaire) destination des leveurs et des vtrinaires, et dans des revues gnralistes ou mdicales telles que Mdecine Sciences, Biologie Aujourdhui, Le Pdiatre.

Apprciation sur lorganisation et la vie de lunit

Lunit vient de se rorganiser en 4 quipes de recherche avec lobjectif doptimiser lactivit scientifique. On peut constater que cet effort, bien que rcent, est un succs, ce qui a dj impact favorablementle nombre et la qualit des publications.

Leffort de regroupement et de simplification de lorganigramme avec lindividualisation de 4 quipes augmente la cohrence de la logique scientifique, ce qui est trs favorable aux interactions et collaborations inter-quipes.

Les services mutualiss comprennent lquipe Administration, Finances, Communication ainsi que 3 ateliers communs : latelier production dembryons de ruminants, latelier transgnse et la plateforme dimagerie. Lunit dispose aussi dun IR ( mi-temps) spcialiste en statistiques et bioinformatique.

Dautres activits sont gres au sein de la collectivit telles que lassurance qualit et la constitution dune base de donnes des protocoles, un livret daccueil et la runion annuelle pour les nouveaux arrivants, lhygine et scurit, le recyclage des dchets

La mutualisation des ressources, notamment technologiques, est lun des points forts de lunit. Les deux plateformes technologiques dimagerie et de transgense sont particulirement bien dotes au plan des quipements et sont encadres par des personnels chevronns dont la comptence est souvent trs longue acqurir (micro-manipulation/injection des gamtes par exemple). Le fonctionnement mutualis de ces plateformes est garante de leur efficacit.

Ainsi, lunit dmontre une activit scientifique dynamique qui vise impliquer lensemble du personnel. Cet effort collectif visiblement porte ses fruits et il est poursuivre.

Le site web de lunit est dans lensemble clair et bien illustr et il est jour. Les programmes de recherche affichs sont clairs et cohrents et dcrivent bien leurs acteurs et les quipes impliques.

Lunit dispose dun budget, hors salaires des titulaires, de lordre de 1,76 millions deuros par an. Environ un tiers des ressources vient de la subvention de base de lINRA, et les deux tiers viennent de ressources contractuelles. On notera quun tiers des ressources contractuelles vient de la Commission Europenne, et environ 44 % des


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financements de lANR. Par ailleurs, la rpartition du budget est dbattue de manire collective et clairement explique.

Des trois entretiens avec les personnels, il ressort de manire trs frappante une trs grande cohsion entre les membres de chacune de ces trois catgories professionnelles et une adhsion collective forte aux orientations scientifiques et aux dcisions organisationnelles.

Les ITA (44 personnes) forment une communaut trs soude et bien organise, investie dans les activits collectives, non seulement technologiques (plateformes et projets transversaux) mais aussi administratives. Les ITA approuvent la gouvernance de lunit quils estiment collgiale et se sentent soutenus dans leurs projets personnels (formation, volution de carrire). Les ITA ont aussi exprim leur enthousiasme concernant la mise en place depuis un an de cours donns par les chercheurs et enseignants-chercheurs de lunit leur intention, quils suivent avec assiduit.

Les doctorants et post-doctorants ont dit leur satisfaction de leur encadrement scientifique et technique. La pluralit des coles doctorales dont ils proviennent (6 ED), ne semble pas poser de problme. Les tudiants estiment aussi que lencadrement quils reoivent pour la rdaction des mmoires et rapports de stage est trs bon. Ils prsentent chaque semaine, en anglais devant plusieurs autres membres de lunit (entre libre pour tous les membres de lunit), un article, ou leurs travaux, en langue anglaise. Chaque tudiant est amen prsenter 2 ou 3 fois dans lanne.

Les chercheurs expriment galement leur satisfaction notamment quant leur place dans les quipes et dans lunit, dans la gestion des projets scientifiques, pour lesquels ils ont une bonne autonomie tout en restant dans le cadre des orientations scientifiques des quipes. Ils soulignent aussi que, du fait des modles animaux utiliss, il est plus difficile dobtenir des rsultats scientifiques dans les temps gnralement impartis dans le cadre des programmes financs, ce qui ajoute une difficult pour trouver des financements et publier des niveaux levs.

Lunit forme donc une communaut cohrente et soude o les diffrentes catgories professionnelles sont bien intgres et interagissent de manire positive et constructive.

Apprciation sur limplication dans la formation par la recherche

Les membres des diffrentes quipes sont impliqus dans diverses actions de formation. Certains membres de lunit donnent des cours lENV de Maison-Alfort, ou des cours/TD/TP aux tudiants de Masters et Licence Pro, ou des cours de formation continue pour mdecins et sage-femmes. Dautres organisent des enseignements : UE dans le cadre du Master Reproduction et Dveloppement sur Paris 7, coles chercheurs ou ateliers de formation professionnelle au niveau national et international (INSERM, INRA, CNRS, COST et RTN), mise en place du cursus M2 Biologie Systmique et Synthtique (Universit dEvry).

Les tudiants en thse proviennent de plusieurs coles Doctorales diffrentes : GGC (ED n426, Paris 11), ABIES (EC n435, Paris Est), BIO-SigNE (ED n419, Paris 11), GAO (ED n423, Evry), GALILEE (ED n146, Paris 13), Physiologie et physiopathologie (ED n394, UPMC).

Le nombre dtudiants en thse est relativement faible tant donne la taille de lunit, ce qui, daprs la direction de lunit, pourrait dcouler, en partie, de labsence de rattachement de lunit une universite. De lentretien du comit avec les directeurs des coles Doctorales de GGC et ABIES, il apparat que la gestion commune prochaine des contrats doctoraux de plusieurs tablissements par Paris Saclay pourrait attnuer cet effet. Lentretien a aussi confirm, pour les deux coles doctorales principales de lunit, le suivi rgulier des doctorants au cours de leur thse et les complments de formation dont ils bnficient. Le devenir des docteurs fait lobjet denqutes systmatiques au cours des trois annes aprs la thse. On notera que compte tenu de la dure moyenne des thses - de 3,4 et 3,5 ans respectivement pour GGC et ABIES - la recherche de complment de financement pour achever la formation doctorale simpose et semble fructueuse.

Au final, linvestissement de lunit et de ses personnels dans la formation est consquent et reflte, pour un laboratoire avec une communaut rduite denseignants-chercheurs, une disposition intressante former, faire savoir et diffuser la science.


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Apprciation sur la stratgie et le projet cinq ans

Le projet de lunit est orient autour de la comprhension des mcanismes par lesquels des stimuli environnementaux sont traduits en diffrences phnotypiques au travers des changements de lpignome puis de lexpression gnique. Lun des objectifs majeurs est dlucider comment, au cours du dveloppement, les divers stimuli environnementaux impactent les processus de diffrenciation cellulaire et de croissance puis se maintiennent jusqu lge adulte, voire se transmettent aux gnrations suivantes. Les domaines dapplication et dimpact viss sont la reproduction animale et humaine.

Le projet se focalisera particulirement sur deux fentres temporelles particulirement sensibles aux stimuli environnementaux, celle du dveloppement primplantatoire et celle de la reprogrammation des cellules germinales primordiales, et sera organis autour de 4 axes :

I) les mcanismes impliqus dans la reprogrammation des gnomes gamtiques mles et femelles et des cellules pluripotentes embryonnaires et leffet de lenvironnement et du mtabolisme sur cette programmation ;

II) la programmation priconceptionnelle et ses consquences long terme ;

III) ltablissement de la gestation et les interactions embryo-maternelles ;

IV) la diffrenciation gonadique et la construction des gamtes.

Lunit sappuiera sur (I) une organisation en 4 quipes dont les comptences sont complmentaires et permettent de couvrir toute la priode de dveloppement (II) les 3 plateformes transversales ayant dvelopp une expertise technologique unique de pointe (III) la multiplicit des espces tudies permettant des analyses comparatives (IV) un partenariat dynamique avec les professionnels de llevage (UNCEIA) et les laboratoires hospitalo-universitaires ou INSERM (V) un programme de gouvernance bien dfini dont lobjectif est doptimiser les conditions de ralisation du projet.

Ainsi le projet scientifique de lunit sappuie sur les projets des quatre quipes et sur les activits collaboratives inter-quipes et transversales (plateformes). Dans lensemble, on retiendra :

- une bonne cohrence des diffrents projets dquipes autour dun objectif clair dfinissant lorientation thmatique de lunit ;

- une thmatique originale avec un potentiel dapplications important ;

- le dveloppement doutils pertinents et trs originaux ;

- une bonne synergie des quipes au niveau thmatique conceptuel et technologique (mutualisation, etc) ;

- une volont de poursuivre les projets en partenariat et daugmenter leffort collaboratif.

Lunit a dmontr sa capacit sadapter et rorienter sa stratgie de manire exemplaire. Cet effort constructif est poursuivre. En effet, les outils et approches originales dvelopps dans lunit mriteraient dtre exploits dans leur plein potentiel pour approfondir encore lactivit scientifique cognitive. A cette fin, il est important que lEquipe 4 soit encourage faire rapidement le choix de concentrer ses efforts sur une thmatique forte.

Si on considre lexprience des chercheurs dans les modles utiliss et les dveloppements technologiques de pointe, le potentiel est important et on ne peut pas douter de la faisabilit des projets proposs. Cependant il est important de bien respecter la synergie propose entre les projets pour ne pas risquer de trop disperser lactivit scientifique, ce qui pourrait nuire laboutissement de la recherche.

La recommandation principale concernant le projet est donc de maintenir une activit bien cible sur les thmatiques fortes, de sappuyer sur les forces de lunit, notamment sur les technologies dveloppes et lapproche multi-espce, et dapprofondir au mieux les questions scientifiques poses pour amliorer encore la production scientifique.


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4 z Analyse quipe par quipe

quipe 1 : Dynamique nulcaire et pluripotence au cours du dveloppement embryonnaire chez les mammifres

Nom du responsable : Mme Nathalie BEAUJEAN

Effectifs

Effectifs de lquipe Nombre au 30/06/2013 Nombre au 01/01/2015

N1 : Enseignants-chercheurs titulaires et assimils 1

N2 : Chercheurs des EPST ou EPIC titulaires et assimils 6

5

N3 : Autres personnels titulaires (nayant pas dobligation de recherche) 17

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TOTAL N1 N6 24 21


Doctorants 3

Thses soutenues 8

Post-doctorants ayant pass au moins 12 mois dans lunit 2




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z Apprciations dtailles


Lquipe 1 sintresse ltude du dveloppement prcoce. Son approche sorganise autour de 3 thmes principaux de recherche, chacun dirig par un chercheur statutaire : la reprogrammation, la pluripotence et lenvironnement periconceptuel.

Ces axes intgrent notamment des questions lies la reprogrammation et limpact des rgulations pigntiques dans ces processus. Ces domaines de recherche extrmement comptitifs sont abords ici de manire originale, notamment par une approche multi-organismes. Les rsultats obtenus ont des retombes non seulement dans le domaine de lagro-alimentaire, mais galement dans le champ fondamental de la reproduction et du dveloppement des mammifres, en identifiant les similarits / diffrences qui peuvent exister entre espces.

Lquipe a obtenu plusieurs rsultats descriptifs importants sur lactivation du gnome zygotique, la dynamique spatiale et chromatinienne de lhtrochromatine pri-centrique, la dynamique de la mthylation, dans les diffrentes espces, et au cours du dveloppement normal ou lors du transfert nuclaire, les profils transcriptionnels ou chromatiniens des diffrents tats pluripotents. Dans le cadre dune collaboration, lquipe a galement montr des diffrences importantes et inattendues au niveau du processus dinactivation du chromosome X entre diffrentes espces de mammifres. Enfin, lquipe a produit des rsultats originaux sur les contraintes mcaniques et leurs consquences sur les cassures de lADN lors du clonage, et sur limpact de la nutrition de la mre sur lexpression du gnome gamtique et embryonnaire.

Outre les avances conceptuelles, lquipe sest beaucoup implique dans le dveloppement doutils essentiels destins aux analyses spcifiques de lunit concernant notamment la transcriptomique (microarrays de cDNA chez le lapin et le bovin) et lanalyse dimage.

La production scientifique est trs bonne excellente. Lquipe a publi une centaine darticles originaux, dont une partie importante dans des bonnes trs bonnes revues de spcialit (Mol Reprod Dev, Reprod, Theriogen). On peut noter parmi les publications majeures de lquipe un PNAS en 2009, un Stem Cell en 2010, un Nature et un PNAS en 2011 et un Current Biology en 2013.


Il sagit de la plus grosse quipe de lunit avec une majorit de statutaires (7 Chercheurs/enseignants chercheurs, 17 ITA) et une minorit de chercheurs contractuels / stagiaires (1 post-doc et 7 doctorants). Plusieurs membres de lquipe sont galement responsables de plateformes et dateliers sur lesquels reposent les activits maitresses de lunit (micromanipulation, transgnse, imagerie), ce qui confre donc lquipe un rayonnement local important, quattestent de nombreuses publications collaboratives multi-quipes.

Au niveau national et international, lquipe a une bonne visibilit gnrale. Elle est implique dans des contrats europens et des projets financs sur investissement davenir (Labex, Equipex). LER1 a galement mis en place dexcellents rseaux de collaborations nationales et internationales valoriss par des publications et de la cration dun Laboratoire International Associ (LIA) avec la Chine. Les membres de lquipe participent de nombreux congrs, frquemment (1/3) en tant que confrencier invit, organisation de workshop et datelier de formation.

On peut relever le recrutement limit de chercheurs contractuels en gnral, et trangers en particulier, au niveau doctoral et postdoctoral. Le rayonnement national et international de lquipe pourrait tre renforc par une prsence accrue dans des instances dvaluation (projets et activit ditoriale).


Lquipe 1 a plus vocation gnrer des donnes fondamentales. Nanmoins, elle sest implique dans des actions dinformation et de vulgarisation destination du grand public et des filires professionnelles.


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Lquipe a galement dvelopp des partenariats avec des professionnels dans diffrents domaines (pigntique, AMP, biotechnologie de lembryon quin et bovin).


Le seul enseignant-chercheur qui figurait lorganigramme a maintenant quitt lquipe. Limplication pdagogique au niveau acadmique se poursuit par des participations ponctuelles des chercheurs des enseignements spcialiss, et par la coordination dune UE Paris 7. Limplication majeure de lER1 dans la formation par la recherche se fait par lencadrement de stagiaires (collgiens, lycens), dtudiants en M1 et M2 et par la direction de thses de doctorants.


Lquipe prsente un programme de recherche ambitieux mais raliste compte-tenu des comptences des membres de lquipe actuelle et de lintgration dITA dune quipe qui a cess son activit, ainsi que des outils prcedemment dvelopps et en constante optimisation. Les perspectives combinent la poursuite des tudes en cours avec des outils technologiques plus puissants et le dmarrage de nouveaux axes de recherche. La nouvelle organisation de lquipe va notamment permettre daborder des questions innovantes et uniques lquipe sur le lien entre lenvironnement maternel (paramtres mtaboliques) et la reprogrammmation pigntique et transcriptionnelle lors du dveloppement prcoce. LER1 propose galement dapprofondir ltude des stades prcoces du dveloppement dans dautres espces (lapin, bovin), ce qui constitue un atout majeur de ce programme de recherche. Un point important du programme de recherche quil faut encourager concerne lintgration dapproches fonctionnelles.

Etant donn la taille de lquipe, une attention particulire devra tre porte sur les risques de dispersion.

Conclusion


- approches multi organismes ;

- dveloppement doutils spcifiques ;

- excellentes collaborations ;

- originalit de certaines questions.


- approches principalement descriptives ;

- problmes lis aux modles animaux (cot, possibilit de financements, contrainte de temps) ;

- faible nombre de stagiaires contractuels, en particulier post-doctorants ;

- programme trop ambitieux, risque de dispersion ?

Recommandations :

- accrotre le recrutement de chercheurs contractuels notamment trangers ;

- favoriser les interactions entre le thme 3 et les thmes 1 et 2 : comment lenvironnement maternel et les paramtres mtaboliques affectent la reprogrammation de lhtrochromatine centromrique et plus gnralement lpignome de lembryon prcoce ;

- encourager les approches fonctionnelles.


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quipe 2 : Environnement Maternel et Dveloppement Pri-implantatoire Nom du responsable : M. Gilles CHARPIGNY et M. Olivier SANDRA

Effectifs








TOTAL N1 N6 11 11


Doctorants 5

Thses soutenues 3


Nombre dHDR soutenues




Lactivit de recherche de lquipe est centre sur une tape cl de la gestation, critique pour la fertilit des mammifres, la phase pri-implantatoire. Lquipe a une expertise reconnue dans ltude des mcanismes molculaires du dialogue embryo-maternel chez les ruminants. Au cours des dernires annes, elle a contribu de faon significative lavance des connaissances dans ce domaine.

Elle a ainsi mis en vidence, notamment par des approches transcriptomiques, une plasticit de lexpression gnique endomtriale selon lorigine de lembryon (fcondation in vivo/in vitro, transfert de noyau somatique),


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mettant en lumire la capacit de lendomtre agir comme un biosenseur prcoce de la capacit de dveloppement de lembryon. Cette mme approche transcriptomique a permis de rvler un dcouplage entre le dveloppement des tissus extra-embryonnaires et embryonnaires dans le cas de concepti produits par transfert de noyau somatique. Lquipe a galement mis en vidence une adaptation de la rponse anti-oxydante linterface endomtre-tissus extra-embryonnaires. Enfin, elle a identifi un nouvel acteur dans le dialogue embryo-maternel, lacide lysophosphatidique, un mdiateur lipidique impliqu la fois dans ladaptation maternelle et embryonnaire.

Lquipe a tabli de nombreuses collaborations au sein de lunit de mme quen France et linternational. Ce rseau de collaborations renforce lquipe et lui permet dobtenir des financements consquents sur appel doffres, franais ou europens.

Les rsultats sont publis dans de bonnes trs bonnes revues de spcialit (Endocrinology, Placenta, Biology of Reproduction) ainsi que dans des revues plus gnralistes (PLoS ONE, Int J Biochem Cell Biol) dont certaines haut facteur dimpact (2 publications dans PNAS). Dun point de vue quantitatif, le nombre darticles dans des revues comits de lecture est de 58, dont 32 depuis la cration de lquipe en 2011, ainsi que 15 revues/synthses. Cest une trs bonne production pour une quipe constitue de 2 enseignants-chercheurs et 3 chercheurs. Les rsultats ont aussi t prsents dans 11 confrences invites et dans 36 communications orales dans des colloques internationaux.


Les articles publis tmoignent dune collaboration importante avec dautres groupes de recherche nationaux et internationaux. Ceci est soulign galement par la forte implication de lquipe dans des rseaux internationaux puisquelle participe 7 rseaux internationaux dont 6 europens.

Lquipe est invite rgulirement donner des confrences dans des congrs internationaux.

Lquipe est frquemment sollicite pour une activit dexpertise de publications scientifiques. Elle a particip la rdaction de 6 chapitres douvrages (incluant la coordination de 2 de ces ouvrages).

Lquipe est trs active dans sa capacit obtenir des financements (1.6 M euros), la fois au niveau national (pilotage de 2 contrats ANR) et international (projets europens).

Un des deux responsables est en charge de la mission Recherche et Exprimentations animales auprs du prsident du centre INRA du Jouy-en-Josas.


Lquipe a un lien historique avec le secteur professionnel via sa collaboration avec lUNCEIA (Union Nationale des Coopratives agricoles d'Elevage et d'Insmination Animale), avec laquelle elle dveloppe notamment un diagnostic prcoce de gestation.

Elle a obtenu 2 contrats avec des entreprises prives (tude de limpact de rgimes alimentaires sur la gestation) et mthode de gene delivery dans lutrus).

Compte tenu de son expertise dans la fertilit des bovins, lquipe a publi plusieurs articles de vulgarisation destination des leveurs et vtrinaires.

Un des responsables a t membre du comit dthique du centre.


Lquipe est activement implique dans la formation universitaire, par les enseignements dispenss lcole Vtrinaire de Maisons-Alfort par les enseignants-chercheurs de lquipe et aussi par son implication dans la mise en place dun cursus de M2 (Universit dvry). De plus, lquipe participe lenseignement des deux M2 de reproduction nationaux.

Durant la priode 2008-13, lquipe a form 15 tudiants de Master et 9 doctorants (dont 3 en cours) et a assur lencadrement de 10 thses vtrinaires.


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Une tudiante en thse encadre par un des responsables de lquipe a reu la mdaille dargent de lAcadmie de lAgriculture pour la porte de ses travaux de thse.


Lquipe poursuivra ltude du dialogue entre le conceptus et lendomtre dans la priode pr et pri-implantatoire, la fois dans les conditions physiologiques et en cas de fertilit altre. De nouveaux questionnements sont envisags : recherche de squences gniques cibles des facteurs de transcription identifies (ChIP sur tissus) et de rgulations de nature pigntique (ARN non codants, mthylations des promoteurs), analyse in vivo de la fonction de gnes dintrt. Ces axes sont pertinents et dactualit. Ils sinscrivent dans la poursuite logique de la recherche de lquipe. Leur faisabilit devrait tre garantie par le rseau de collaborations mises en place au sein de lunit, du centre de Jouy-en-Josas et linternational. Ltude compare des mcanismes du dialogue embryo-maternel chez les mammifres euthriens est un projet judicieux compte tenu de la variabilit interspcifique des aspects anatomo-fonctionnels et de rgulation du dbut de la gestation.

Le deuxime axe du projet est lamlioration de lefficacit reproductive. Une des approches envisages est la recherche de nouvelles mthodes de diagnostic prcoce de gestation et le dveloppement du phnotypage prdictif. Lautre approche valuera limpact de la restriction alimentaire et le bnfice dalimentation proprits anti-oxydantes. Ces aspects dune recherche plus finalise sinscrivent parfaitement dans les objectifs agronomiques dfinis par lINRA.

Conclusion


- quipe internationalement reconnue ;

- approches conceptuelles et mthodologiques dactualit ;

- participation active des rseaux nationaux et internationaux ;

- trs bonne capacit dobtention de financements.


- beaucoup des perspectives reposent sur des approches gnratrices de masses de donnes (approches haut dbit : pigntique, ChIP, ARN non codants) ou difficiles technologiquement (analyse in vivo de gnes).

Recommandations :

- maintenir un lien collaboratif fort avec les mathmaticiens et les bioinformaticiens pour limiter la dispersion dans le traitement des donnes haut dbit ou la modlisation ;

- veiller valoriser les rsultats de ce type dapproches ;

- tirer parti de limplication de lquipe dans des rseaux internationaux pour attirer des post doctorants de haut niveau ;

- encourager les chercheurs de lquipe obtenir leur HDR pour maintenir une activit consquente de formation par la recherche.


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quipe 3 : Diffrenciation Gonadique et ses Perturbations Nom du responsable : M. Eric PAILHOUX

Effectifs


N1 : Enseignants-chercheurs titulaires et assimils






TOTAL N1 N6 10 10



Lquipe dveloppe deux thmes de recherche concernant la gntique de la diffrenciation gonadique chez les mammifres et limpact de lenvironnement sur cette mme diffrenciation. La force premire de cette quipe vient du choix des modles tudis. En effet, lquipe est lune des rares dans le monde aborder le sujet sur dautres modles que murin, en particulier les ovins et les lapins, sans pour autant, quand de besoin, ignorer le modle murin. Les thmes sont abords avec une large varit de stratgies scientifiques et technologiques. Les diffrents modles animaux sont tudis par des stratgies allant de linvalidation de gne in vivo des mthodes


Doctorants 2

Thses soutenues 3


Nombre dHDR soutenues



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dhistologie, dendocrinologie associes des approches de protomique et de transcriptomique. Lquipe est particulirement oriente vers des tudes fonctionnelles, bases sur linvalidation de gnes non seulement chez la souris mais aussi chez les ruminants. Elle a ainsi pu dmontrer le rle fondamental de FOXL2 dans le dterminisme sexuel chez la chvre, modle plus proche de lhomme que la souris. Ltude des effets de lenvironnement et de ses polluants sur la diffrenciation des gonades a montr que cette influence est dpendante du sexe du ftus et que la sensibilit aux polluants varie en fonction des priodes de la gestation pendant lesquelles la mre est expose ces polluants.

Lactivit de publication est bonne, voire trs bonne avec 41 articles dans des revues comit de lecture. Lquipe publie dans de bonnes et trs bonnes revues de spcialit (Mol Hum Reprod, BMC Dev Biol, Hum Mol Genet, Development) mais aussi dans des revues gnralistes (NAR, Nature (en collaboration) ; PLoS ONE). Lexpertise acquise sur les modles tudis offre une bonne ouverture et reconnaissance internationales. Il est noter que trois membres de lquipe ont t rattachs 100 % latelier transgense au cours de ce contrat.


Lquipe prsente un trs bon rayonnement international et national qui se traduit par un nombre important de collaborations fructueuses, sources de publications et dinvitations des congrs. Elle est sollicite rgulirement pour des expertises de dossiers. Elle est membre de plusieurs rseaux nationaux. De ce fait, elle na pas (trop) de difficults rpondre des appels doffre nationaux et europens et obtenir des financements pour ses projets. Les montants obtenus ainsi que les responsabilits de lquipe dans ces projets collaboratifs ont t dcrits lors de la prsentation. Lquipe est ainsi bien dote financirement, ce qui lui permet de fonctionner en toute srnit. Considrant sa petite taille, elle forme un grand nombre dtudiants, de niveaux varis (Licence/BTS/Master et doctorats). Les membres de lquipe participent des enseignements de plusieurs Master 1 et 2. De plus, ils sont rgulirement sollicits pour participer des jurys de thses ou dHDR.


Lquipe, sous diverses formes, participe la diffusion des connaissances auprs du grand public. Ceci se fait via des interviews auprs de journalistes de la presse grand public et spcialis ; de participations des forums dinformation grand public ou de collgiens et la rdaction darticles de vulgarisation. Du fait de son expertise, elle a dvelopp des collaborations avec des entreprises prives pour ltude des mutations sans corne chez les bovins (UNCEIA ) ou le dveloppement de lapins transgniques (vry-France (Obetherapy)).


Lquipe est bien implique dans la formation par la recherche et ceci sous les diffrentes composantes possibles, enseignement au niveau Master 1 et 2 de diffrentes universits (U Paris 7, U de Tours, AgroParisTech, ESITPA de Rouen), accueil de stagiaires de diffrentes formations (M1, M2) et de thsards en nombre important au vu de la taille de lquipe. Le nombre de post-doctorants accueillis est plus limit et devrait tre renforc. Les membres sniors de lquipe participent un grand nombre de jurys de thse (26) et dHDR (6) et de comits de thse (12).


Le projet de lquipe sinscrit dans la continuit de leurs travaux avec cependant des volutions qui apparaissent intressantes. Pour la partie dveloppement gonadique et cellules germinales, lquipe envisage une tude comparative approfondie des cellules somatiques et germinales diffrents stades du dveloppement embryonnaire. Ceci sera ralis chez le lapin, modle plus proche de lhumain que la souris, laide doutils que lquipe va dvelopper. Le choix stratgique est justifi et les outils envisags adapts, faisant appel aux dernires technologies disponibles pour la manipulation du gnome chez les mammifres. Ltude des effets de lenvironnement sur le dveloppement gonadique sera poursuivie, en particulier chez le lapin et les ovins. Cet aspect du projet de lquipe est encourager, en particulier pour les retombes possibles pour le domaine de llevage et pour la sant humaine. Cependant, l'tude bnficierait d'un approfondissement en incluant mieux l'aspect dose/effet, en particulier pour essayer de comprendre pourquoi, contrairement l'attente, un effet est observ aux doses retrouves dans l'environnement.


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Conclusion


- expertise reconnue sur des modles originaux de dterminisme et de diffrenciation du sexe ;

- capacit de gnrer, en collaboration avec les plates-formes de lunit, des outils et des modles animaux pertinents permettant une caractrisation fonctionnelle approfondie des gnes identifis.


- manipuler des gnes in vivo chez les ruminants reste technologiquement compliqu et chronophage mais ces modles sont essentiels pour la comprhension de la diffrenciation gonadique en situation physiologique et en conditions environnementales pollues.

Recommandations :

- les projets se structurent autour de thmes forts bien identifis. Compte tenu de la taille de lquipe, il est important de se concentrer sur ces thmes.

- maintenir la diversit des modles tudis et notamment le modle caprin.


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quipe 4 : Origines Dveloppementales, Environnementales et Epigntiques du Phnotype chez lHomme et lAnimal

Nom du responsable : Mme Pascale CHAVATTE-PALMER

Effectifs








TOTAL N1 N6 19 20



Lquipe occupe une position unique au sein de lunit BDR, linterface des priorits des dpartements AlimH et PHASE.

Les thmatiques de recherche de lquipe 4 sarticulent autour la priode pr (et pri) conceptionnelle et de la priode ftale, en tudiant les consquences de perturbations induites par lenvironnement sur le dveloppement


Doctorants 5

Thses soutenues 4



Personnes habilites diriger des recherches ou assimiles 3+2 5


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intra utrin, sur la vie post-natale et ventuellement sur les gnrations futures. Lquipe aborde ces questions ambitieuses et pertinentes par une grande diversit de modles et dapproches, tant du point de vue des espces tudies (lapin, souris, bovins, ovins, caprins et homme) que des approches mthodologiques (imagerie in vivo, physiologie, endocrinologie, histologie, biochimie, transcriptomique et pigntique) et des questions poses (impact de lalimentation maternelle, rle de placenta comme rgulateur et correcteur linterface fto-maternelle, dimorphisme sexuel, programmation pigntique, transfert nuclaire). Cette multiplicit thmatique et mthodologique reprsente une force mais surtout un risque important de dispersion, qui conduit lobtention de rsultats multiples et varis mais dans lensemble peu approfondis.

Lquipe 4 est galement associe plusieurs projets dautres quipes de lunit visant identifier les consquences moyen et long terme des manipulations in vitro et du clonage.

Grce ses comptences, lquipe renforce clairement le panel des comptences mthodologiques de lunit, en particulier avec lapport de limagerie 2D/3D de la gestation.

La production scientifique du groupe est quantitativement importante (104 publications originales sur la priode rapporte dont 19 revues) avec une tendance laugmentation (8-10 publications en 2008 et 2009, une vingtaine par an de 2010 2012, 28 en 2013). Cette production reflte lactivit de collaboration importante de lquipe avec non seulement les autres quipes de lunit mais galement avec des groupes hors de lunit. Dun point de vue qualitatif, la trs grande majorit de ces publications sont dans des journaux de spcialit ou plus gnralistes de facteur dimpact infrieur 5. Seuls six articles sont publis dans des revues facteur dimpact suprieur 5 (Development, Hum Mol Genet, Am J Clin Nutr, Leukemia, PNAS, Current Biol) et un suprieur 10 et qui concerne un article de revue signe par un seul membre de lquipe (Endocr Rev).

Ainsi, une attention particulire devra tre donne la qualit des publications, en particulier via lapprofondissement de questions biologiques abordes de manire plus slective.


De recomposition rcente au sein de lunit, lquipe 4 a vu son primtre humain tre considrablement modifi ces dernires annes. Ainsi, la taille de lquipe a fortement augment sur la priode value, attestant de son attractivit au niveau national : initialement compose de 3 chercheurs, 6 personnels techniques et un doctorant, lquipe regroupe maintenant 11 chercheurs statutaires, 8 personnels techniques. Elle a galement recrut 9 doctorants et 3 post-doctorants, mais ce chiffre est relativement faible compte tenu de la taille de lquipe et du nombre de personnels statutaires.

Lquipe 4 est dans lensemble trs largement implique dans plusieurs rseaux et socits. Les membres sniors de lquipe ont t moteur pour lmergence de la branche francophone de la Socit savante DOHaD (Developmental Origin of Health and Disease) et sont actuellement trs investis dans son animation. Lquipe participe galement au comit de pilotage de la fondation PremUp, et au bureau de la Socit Franaise dEtude de Fertilit. Au niveau europen, des membres de lquipe sont impliqus dans les comits excutifs des COST Gemini et Epiconcepts et sont galement responsables de workpackages dans ces COST. Au niveau international, des membres de lquipe ont t lus au bureau de lInternational Embryo Transfer Society et participent aussi au comit HASAC (Health and Safety Advisory Committee). Lquipe est galement implique dans le comit ditorial de PLoS ONE.

Les membres de lquipe participent rgulirement des congrs nationaux et internationaux (27 communications orales dont 11 invitations et 29 posters) et ont galement t impliqus dans lorganisation de 3 colloques internationaux. Enfin, ils participent des jurys, notamment de thse (16) et dHDR (5), des instances dexpertise scientifique (ANR, ITMO Cancer) et des commissions dvaluation.

Au plan acadmique, lquipe est correctement implique. Vu le nombre de statutaires, elle pourrait cependant accueillir un nombre plus consquent de doctorants et de post-doctorants.

Si les implications et les collaborations sont nombreuses, elles le sont parfois au dtriment dune vritable cohrence sur une question biologique bien prcise.


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Lquipe 4 est activement implique dans des actions de vulgarisation scientifique destination du grand public comme des professionnels de sant. Du fait de son implication dans des questions relatives lobsit, la nutrition, la grossesse ou la gestation, aux effets de lenvironnement au sens large ou au sens restreint (croissance de lovocyte, dveloppement embryonnaire et placenta), elle se retrouve en prise directe avec bon nombre de proccupations du monde actuel. Lquipe participe activement de nombreuses manifestations de vulgarisation scientifique, avec 30 publications dans des revues de vulgarisation et une participation des reportages audio-visuels. Lquipe est galement largement implique dans des actions et des dbats de socit, par des auditions publiques, des prsentations ou des portes ouvertes.

Lquipe a galement mis en place des relations avec le monde conomique, en particulier par la cration dun partenariat avec lindustrie.


Lquipe simplique dans la formation par lencadrement de stagiaires, au niveau M2 (23 stagiaires encadrs) et doctoral. Quatre doctorants ont soutenu leur thse, et 4 ont t recruts.

Par ailleurs lquipe est implique dans lenseignement, notamment via les enseignants-chercheurs de lcole Veterinaire dAlfort et par le biais de cours dans la formation continue pour des mdecins et sage-femmes. Des membres de lquipe ont galement cr une semaine de cours lcole Vtrinaire de Sao Paulo.


Lquipe prend en compte linfluence de lenvironnement sur la construction du phnotype au cours du dveloppement. Il sagit dun champ scientifique dlicat car la gnomique peine encore prendre en compte limpact de lenvironnement sur les performances, et chez les animaux dlevage, il nexiste que peu de travaux. Or, il est important de dterminer comment cette mmoire environnementale pourrait tre transmise par les cellules germinales et pourrait modifier la trajectoire dveloppementale de lembryon au cours des stades prcoces, ftaux et post-natals.

Lquipe possde traditionnellement lexpertise lui permettant daborder ce type dtude. Nanmoins, le document et la prsentation frappent par la diversit des thmatiques et des approches mthodologiques proposes, qui, au lieu de se recentrer, prsentent au contraire une diversit encore plus importante que sur la priode value, en intgrant notamment diffrents types de perturbations (rgime alimentaire, stress, pollution atmosphrique) et ltude non seulement du placenta, mais galement du foie, du cur et des cellules circulantes. Une clarification et un recentrage du projet scientifique sont ncessaires en focalisant sur le cur de mtier de lquipe, savoir le placenta et les variations pigntiques en rponse lenvironnement.

Il serait judicieux que lquipe se concentre sur le placenta et les relations environnement-placenta-ftus-jeune, sur un nombre restreint de modles. Ceci constitue dj un challenge respectable. Cest sur ces aspects que le groupe naissant a acquis sa notorit ces dernires annes. Lapprofondissement des mcanismes et des drgulations qui ont t soulevs devrait tre une priorit de faon sortir des aspects purement descriptifs.

Les explorations hpatiques, pulmonaires, cardiaques, et cellulaires (cellules de la ligne blanche) qui sont proposes dans les perspectives et ce, sur diffrents modles, sont des objectifs intressants mais qui ajouts ltendue de ce qui doit tre entrepris dj ne font que diluer la force de frappe de lquipe. De mme, lors de la prsentation orale, lquipe a annonc vouloir sintresser aux gamtes mles et femelles, ce qui lloigne une fois de plus de laxe placenta-environnement-ftus et des modifications pigntiques associes.

Conclusion


- matrise de limagerie mdicale ;

- transversalit des approches ;


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- tude de leffet de la nutrition sur la reproduction et le dveloppement du placenta et du foetus.


- grande dispersion des efforts et dilution de la question biologique principale ;

- manque dapprofondissement des questions biologiques ;

- manque de chercheurs contractuels.

Recommandations :

- se recentrer sur la thmatique centrale du placenta ;

- privilgier la qualit des publications.


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5 z Droulement de la visite

Dates de la visite

Dbut : Lundi 20 janvier 2014 10h15

Fin : Mardi 21 janvier 2014 16h15

Lieu de la visite

Institution : Campus de Jouyen-Josas

Adresse : INRA Btiment 230

Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas

Locaux spcifiques visits : Plateforme de microscopie et dimagerie

Plateforme de micromanipulation et microinjection

Droulement ou programme de visite

Lundi 20 Janvier 2014

10H15 Accueil du comit dexperts

10H3011H00 Runion du comit dexperts huis clos Participants : membres du comit dexperts et dlgu scientifique (DS) AERES

11H0011H15 Prsentation de lvaluation par lAERES et des membres du comit dexperts (M. Pierre COUBLE)

11H1512H00 Prsentation de lunit par Mme Corinne COTINOT Participants : membres du comit dexperts, DS, reprsentants des tutelles et tous les membres de lunit

12H00-12H30 Runion avec les reprsentants des tutelles (la discussion se poursuivre durant le djeuner) Participants : membres du comit dexperts, DS et reprsentants des tutelles

12H30-13H30 Djeuner

13H30-14H30 Prsentation scientifique de lquipe de Mme Nathalie BEAUJEAN Participants : membres du comit dexperts, DS, reprsentants des tutelles, directeur de lunit et membres de lquipe

14H30-15H30 Prsentation scientifique de lquipe de M. Gilles CHARPIGNY et de M. Olivier SANDRA Participants : membres du comit dexperts, DS, reprsentants des tutelles, directeur de lunit et membres de lquipe

15H3015H45 Pause

15H45-16H45 Prsentation scientifique de lquipe de M. Eric PAILHOUX Participants : membres du comit dexperts, DS, reprsentants des tutelles, directeur de lunit et membres de lquipe


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16H45-17H45 Prsentation scientifique de lquipe de Mme Pascale CHAVATTE-PALMER

Participants : membres du comit dexperts, DS, reprsentants des tutelles, directeur de lunit et membres de lquipe

17H45-18H00 Prsentation scientifique de lquipe partante de M. Jean-Pierre OZIL Participants : membres du comit dexperts, DS, reprsentants des tutelles, directeur de lunit et membres de lquipe

18H00-18H45 Visite du laboratoire

Mardi 21 Janvier 2014

08H4509H00 Runion du comit dexperts huis clos Participants : membres du comit dexperts et DS

09H00-09H30 Runion du comit avec les personnels techniques et administratifs Participants : membres du comit dexperts, DS et tous les personnels techniques et administratifs (titulaires ou non)

09H30-10H00 Runion du comit avec les doctorants et post-doctorants Participants : membres du comit dexperts, DS et tous les doctorants et post-doctorants

10H00-10H30 Runion du comit avec les chercheurs Participants : membres du comit dexperts, DS et tous les chercheurs, excepts les chefs dquipes et le directeur

10H30-10H45 Pause

10H45-11H00 Runion avec le reprsentant de lcole doctorale principale de lunit Participants : membres du comit dexperts, DS et reprsentant de lcole doctorale

11H0012H00 Discussion du comit dexperts avec le directeur de lunit

12H0013H00 Djeuner

14H00-16H00 Dlibration du comit dexperts (huis clos) Participants : membres du comit dexperts et DS

16H15 Dpart du comit dexperts


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6 z Observations gnrales des tutelles

e2015-ev-0755361v-s2pur150007946-005451-rd-1.pdf

Documents