xBlasty pour tous
Recherche BLAST 1,2,3,4,5
1. Choisir sa séquence
2. Choisir le programme BLAST
3. Choisir la banque
4. Choisir les paramètres optionnels
5.
… et attendre un peu
GO
Banque non redondante
séquence
Domai
nes
cons
ervé
s
Séquence AC, FASTA ou text
Choisir un programme BLAST
Programme Entrée Banque
1blastn DNA DNA
1blastp protéine protéines
6blastx DNA protéines
6tblastn protéine DNA
36tblastx DNA DNA
5’ CAT CAA 5’ ATC AAC 5’ TCA ACT
5’ GTG GGT 5’ TGG GTA 5’ GGG TAG
… un ADN peut, potentiellement, coder 6 protéines
5’ CATCAACTACAACTCCAAAGACACCCTTACACATCAACAAACCTACCCAC 3’3’ GTAGTTGATGTTGAGGTTTCTGTGGGAATGTGTAGTTGTTTGGATGGGTG 5’
Choix de la banque
nr = non-redundant (most general database)
dbest = database of expressed sequence tags
dbsts = database of sequence tag sites
gss = genomic survey sequences
htgs = high throughput genomic sequence
OPTIONS
Chercher des domaines conservés
OPTIONS
Entrez!
Filter
Scoring matrix
Word sizeExpect
organisme
OPTIONS
RBP4 vs RBP4 avec option FILTRE
Filtre
ON
FiltreOFF
taxonomy
database
query
program
taxonomy
Cut-off:.05?10-10?
Alignment view
Alignment view
MEUH !