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<? Le PHP appliqué à la BioInformatique ?>
Thomas Mouilleseaux
Cours IFT6291 : Projet de Recherche
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<? Sommaire ?>
Introduction Le projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion
IntroLe Projet BioPHPTravaux avec BioPHPMes travaux en PHPConclusion
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<? Introduction ?>
Pourquoi ce sujet ?
IntroLe Projet BioPHPTravaux avec BioPHPMes travaux en PHPConclusion
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<? Le Projet BioPHP ?>
BioJava, BioPython, BioPerl, BioXml…
Vise à étendre le langage de script PHP pour l'utilisation en biologie
Une collection d'outils pour aider les programmeurs PHP à réaliser des applications bioinformatiques
Lie ensemble des applications et des bases de données bioinformatiques locales et distantes
IntroLe Projet BioPHPTravaux avec BioPHPMes travaux en PHPConclusion
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<? PHP pour calcul biologique ?> Lire les données de Genbank, Swissprot, Fasta, et Clustal
Effectuer des analyses simples (calculs poids moléculaires, calcul de charge, chaînes de consensus…)
Rechercher des motifs dans des séquences (codons, miroirs, palindromes)
Digérer une séquence nucléique en utilisant une ou plusieurs enzymes ou ribonucléases de restriction
Communiquer avec des programmes externes tels que Clustal, pour aligner plusieurs séquences
IntroLe Projet BioPHPTravaux avec BioPHPMes travaux en PHPConclusion
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<? Travaux avec BioPHP ?>
Trouvaille Mirror / Palindrome dans un ordre
Fragments de trouvaille de sommaire d’enzymes de restriction
Mes applications
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<? Trouvaille Mirror/Palindrome dans un ordre ?> Recherches des miroirs génétiques et palindromes dans un
ordre nucléique donné
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Long Palindrome
Long Subseq
Ordre nucléique
Choix Miroir/Palindrome
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<? Fragments de trouvaille de sommaire d’enzymes de restriction ?> Digère complètement (des coupes) un ordre donné de
nucléotide en utilisant une enzyme donnée de restriction
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<? Mes applications ?>
Exemples de scripts utilisants les classes Protéine Resten Seq SeqAlign SeqDB SeqMatch SubMatrix
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<? Mes travaux en PHP ?> Algorithme des 4 Russes Arbre des suffixes Algorithme de Boyer-Moore
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<? Algorithme des 4 Russes ?>
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<? Arbre des suffixes ?>
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<? Algorithme de Boyer-Moore ?> A Venir…
En cours de développement…
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<? Conclusion ?>
Que m’a apporté ce projet ?
IntroLe Projet BioPHPTravaux avec BioPHPMes travaux en PHPConclusion