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Salmonelles
2Classification
Genre le plus complexe et le plus vaste de la famille des entérobactéries
2 espèces : S. enterica +++ et S. bongori (rare)
Salmonella enterica : divisée en 6 sous-espèces Salmonella enterica subspecies enterica
homme et animaux à sang chaud (> 99,5 % des souches pathogènes) Salmonella enterica subspecies salamae Salmonella enterica subspecies arizonae Salmonella enterica subspecies diarizonae Salmonella enterica subspecies houtenae Salmonella enterica subspecies indica
animaux à sang froid (reptiles, tortues..)
Dans chaque sous-espèce, différents sérovars (sérotypes) sur la base des antigènes O, H et Vi
3Nomenclature
Genre, espèce, sous espèce : toujours en italique Ex : Salmonella enterica subspecies enterica
Salmonella enterica subspecies arizonae Sérotype :
Jamais en italique Commence par une majuscule Ex : Salmonella enterica subsp. enterica sérotype Typhi
Salmonella enterica subspecies enterica seul groupe isolé chez l ’homme
=> la sous espèce et l ’espèce ne sont pas mentionnés
=> seul le sérotype est précisé
=> nomenclature usuelle : genre + sérotype
Ex : Salmonella Typhi
Salmonella Enteritidis
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Les Salmonella enterica sont essentiellement des parasites du tube digestif de l ’homme et des animaux à sang chaud
Sérotypes strictement humains : Typhi Paratyphi A, B ou C Sendai
Sérotypes strictement animaux : Abortus-Ovis : ovins Gallinarum-Pullorum : volaille
Sérotypes ubiquistes : Typhimurium +++ Hadar, Heidelberg, Saint-Paul, Virchow, Senftenberg : volaille (dinde,
poulet) Enteritidis : œufs Dublin : bovins
Habitat
5Sous-espèce enterica :
2 types de salmonelloses
Salmonelloses majeures
Salmonelloses mineures
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Affections strictement humaines
fréquentes en zone tropicale Sérotypes :
• Typhi : cosmopolite mais pratiquement plus de cas autochtones• Paratyphi A : surtout répandu en Afrique• Paratyphi B : Europe• Paratyphi C : Extrême-Orient
Transmission :• Directe au contact des malades ou des porteurs
• Indirecte par ingestion d ’eau ou d ’aliments souillés par les selles de sujets infectés (malades, convalescents ou porteurs chroniques)
• Très peu de salmonelles suffisent pour => la maladie
Salmonelloses majeures
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Physiopathologie
• Passage à travers la barrière intestinale
• Colonisation des ganglions lymphatiques intestinaux
• Passage dans le sang par le canal thoracique : septicémie
• Possibilité de multiplication dans différents organes :
foie, vésicule biliaire
• Passage dans le colon => germes retrouvés dans les selles
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Symptomatologie des fièvres typhoïdes
Incubation : 5 à 30 jours (15 jours en moyenne)
Période d'invasion : fièvre, céphalées, vertiges constipation, puis diarrhée, vomissements, douleurs abdominales hépatosplénomégalie inconstante
Période d'état : Tuphos (état d ’obnubilation + phases de délire) inconstant taches rosées lenticulaires (2-4 mm diamètre) inconstantes
Guérison en 3-4 semaines, mais fatigue résiduelle Rechutes fréquentes (8 à 30 jours après l’arrêt du traitement)
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Salmonelloses mineures
Affections fréquentes en zone tropicale Sérotypes : très nombreux
• Typhimurium• Enteritidis• Hadar, Heidelberg, Virchow, Dublin …
Transmission :
• Ingestion d ’eau ou d ’aliments contaminés• Aliments incriminés : produits contaminés (viandes, charcuterie,
laitages, œufs, volailles), fruits et légumes souillés• Infection souvent collective : repas préparés à l'avance, défaut
dans la conservation des aliments (chaîne du froid)• Il faut ingérer beaucoup de germes pour => maladie (106)
les plus fréquents
10Symptomatologie des salmonelloses mineures :
gastroentérite fébrile
Incubation : 12 à 36 h (après ingestion de l'aliment contaminé)
Fièvre, nausées, céphalées
diarrhée liquide glaireuse parfois sanglante,
douleurs abdominales violentes, vomissements douloureux et fréquents
Évolution favorable en quelques jours (1 à 7)
Certains sujets restent porteurs sains après la maladie (plusieurs mois)
11Symptomatologie des salmonelloses mineures :
formes extra-digestives
Plus rares, surtout chez le patient immunodéprimé
Circonstances favorisantes:
drépanocytose, déficit enzymatique des globules rouges
Formes cliniques : septicémies, infections urinaires, cholécystites, méningites, infections ostéo-articulaires, infections pulmonaires
12Diagnostic direct des salmonelloses
Prélèvements pour culture
1. Suspicion de fièvre typhoïde Hémoculture (au début de la maladie, lors des ascensions thermiques)
• Prélever au moins 10 ml de sang• 1ère semaine : + dans 90 % des cas• 3ème semaine : + dans 40 % des cas
Coproculture (négative au début, peut rester longtemps positive après la négativation de l'hémoculture)
2. Salmonelloses mineures Coproculture L'hémoculture reste négative (parfois positive chez le jeune enfant) Autres prélèvements : en fonction du contexte (pus, LCR…) Aliments
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Milieux d ’isolement
Dans un prélèvement théoriquement stérile (hémoculture) :
Milieu ordinaire
Dans les selles :
l'excrétion des germes peut être faible au cours des salmonelloses, et leur nombre est inférieur à celui des espèces commensales : Culture sur milieu sélectif contenant des inhibiteurs Utilisation d'un milieu liquide d'enrichissement
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Milieux sélectifs généralement utilisés :
• Hektoen : contient des sels biliaires, du lactose (si utilisation du
lactose, le milieu vire au jaune) et des indicateurs (mise en
évidence de la production de H2S)
Salmonella : colonies verdâtres (lactose -) à centre noir si H2S+
• Milieux chromogènes très spécifiques de Salmonella
(colonies roses, oxydase -)
Milieux d'enrichissement
contiennent des antiseptiques sélectifs inhibant les autres bactéries
– Müller-Kauffmann (au tétrathionate de Na et vert brillant)
– Sélénite (au sélénite de sodium).
15SCHEMA D'ISOLEMENT D'UNE SALMONELLA PAR COPROCULTURE
Selle
1e jour
2e jour
3e jour
Isolement sur gélose sélective :Hektoen ou milieu chromogène
Bouillon d'enrichissement(Müller-Kauffmann)
Identification présomptive : - de 5 colonies suspectes sur Hektoen : uréase- ou d ’ 1 colonie rose sur milieu chromogène : oxydase
Si uéase - ou oxydase - : galerie API 20E
Isolement sur gélose sélective : Hektoen ou milieu chromogène
Si Salmonella : agglutination sur lame
Si une Salmonella n'est pas déjà isolée : étude des colonies suspectes.
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Caractères d'identification : API 20 E
Caractères des entérobactéries
Gaz en glucose (sauf Typhi)
Mobiles (sauf Gallinarum)
Lactose -
ONPG -
ODC + (sauf Typhi)
LDC + (sauf Paratyphi A, Choleraesuis)
Citrate de Simmons + (sauf Typhi, Paratyphi A) H2S + (sauf Parayphi A, Choleraesuis et Typhi) Uréase -, TDA-, gélatinase -
VP -
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Identification antigénique : étape indispensable
Basée sur la détermination, par agglutination sur lame, des antigènes O (paroi), H (flagelle) et Vi(capsule).
il existe >1400 sérotypes pour Salmonella enterica
Le typage est effectué à partir d'une gélose ordinaire en pente (humidité utile pour un bon développement de l'antigène H).
Vérifier que la souche n ’est pas autoagglutinable en testant un peu de culture dans de l ’eau physiologique.
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Antigènes O Spécifique du lipopolysaccharide de paroi
Antigène H Portés par les flagelles contenant une protéine, la flagelline, qui
détermine le type antigénique Habituellement diphasiques : les salmonelles ont deux systèmes de
synthèse codant pour 2 flagellines différentes
Antigène Vi Polyoside capsulaire retrouvé que chez 3 sérotypes mais de façon
inconstante : Salmonella Typhi, Paratyphi C, et Dublin Salmonella Typhi est O-inagglutinable par la présence d'un antigène Vi.
=> devient O-agglutinables après chauffage à 100°C, qui fait passer l'antigène Vi dans le surnageant.
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Tableau de Kaufmann-White indique pour chaque sérovar les antigènes O, Vi et H A chaque sérovar correspond une formule antigénique
• ex. S. Virchow : 6,7 : r : 1,2 Les sérovars ayant des antigènes O communs forment un groupe
désigné A, B, C, D etc...ex. sérovars du groupe B tous ont l'antigène O4
sérovars du groupe D tous ont l'antigène O9
Méthode classique de sérotypage Utilisation des sérums polyvalents O, puis agglutination par les
sérums monovalents
En pratique, minimum de sérums à posséder au laboratoire : sérum anti-Vi (S. Typhi) sérums polyvalents anti-O 4,5 - O 6, 7, 8- O 9
(> 90 % des Salmonella en France) Sérums anti- Hi - Hb - Hd - HG (mélange) et Hr
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S. Paratyphi A
S. Paratyphi BS. WienS. SchwarzengrundS. DuisburgS. Saint-paulS. DerbyS. AgonaS. TyphimuriumS. BredeneyS. BrandenburgS.. HeidelbergS. Coeln
S. OhioS. IsangiS. LivingstoneS. BraenderupS. MontevideoS. ThompsonS. InfantisS. Virchow
Groupe A1, 2, 12
Groupe B1, 4, (5), 121, 4, 12, 271, 4, 12, 271, 4, 12, 271, 4, 121, 4, (5), 121, 4, 121, 4, (5), 121, 4, 12, 271, 4, 121, 4, (5), 124, 5, 12Groupe C1
6, 76, 76, 76, 76, 76, 76, 76, 7
Phase I
a
bbdd
e, hf, g
f, g, si
1, v1, v
ry
bdd
e, hgkrr
Phase II
1, 21, w1, 7
e, n, z151, 2
--
1, 21, 7
e, n, z151, 21, 2
1, w1, 51, w1, 2m,s1, 51, 51, 2
Antigène HAntigène OSérovar
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S. ManhattanS. NewportS. LitchfieldS. BovismorbificansS. Hadar
S. PanamaS. TyphiS. EnteritidisS. DublinS. Gallinarum
S. AnatumS. MeleagridisS. SenftenbergS. LondonS. Give
S. Tel-el-kebirS. KedougouS. Worthington
Groupe C26, 86, 86, 86, 86, 8Groupe D1, 9, 129, 12, (Vi)1, 9, 121, 9, 12 (Vi)1, 9, 12Groupe E3, 103, 101, 3, 193, 103, 10Groupe G213, 231, 13, 231, 13, 23
Phase I
de, hI, vr
z10
1, vd
g, mg, p
-
e, he, h
g, s, t1, v1, v
diz
Phase II
1, 51, 21, 21, 5
e, n, x
1, 5----
1, 61, w
-1, 61, 7
e, n, z151, w1, w
Antigène HAntigène OSérovar
22Diagnostic indirect des salmonelloses
recherche des anticorps: sérodiagnostic de Widal et Félix Utile uniquement pour le diagnostic des fièvres typhoïdes et paratyphoïdes,
en particulier lorsque l'isolement de la bactérie n'est plus possible(malade vu tardivement ou antibiothérapie donnée "à l'aveugle")
Permet de rechercher dans le sérum les anticorps (agglutinines) correspondant aux antigènes O et H de Typhi et Paratyphi A, B, C
Nombreux causes d'erreurs : demander en parallèle une coproculture
et une hémoculture pour isolement du germe Méthode :
Utilisation de suspensions antigéniques:TO, TH, AO, AH, BO, BH, CO, CH Ce sont des bactéries tuées :
• soit par l'alcool (détruit les antigènes H)• soit par le formol (détruit les antigènes O)
Chaque suspension antigénique est mise en présence de dilutions croissantes du sérum du malade pour déterminer le titre en agglutinines
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Interprétation Sérodiagnostic négatif la première semaine
Apparition des anticorps anti-O vers le 8ème jour de la maladie
(titre : 1/800e à 1/1600)
Apparition des anticorps anti-H vers le 10ème-12ème jour de la
maladie (titre : 1/3200)
A la période d'état, il y a simultanément les agglutinines O et H
(titre plus élevé des anticorps anti-H).
Les anticorps anti-O disparaissent après la maladie (en 2-3 mois)
Les anticorps anti-H persistent plusieurs années après la maladie ou
après une vaccination anti-TAB
La présence seule d'anticorps anti-O témoigne d'une infection récente
24 Résultats faussement positifs
Anticorps anti-TO seuls : infection par une Salmonella ayant un antigène O commun avec Typhi, mais des antigènes H différents.
( Il s'agit le plus souvent de Enteritidis)
anticorps anti-BO seul : Typhimurium
BO ou TO : certaines souches de Yersinia pseudotuberculosis (communautés antigéniques)
Réaction faussement positives au cours du paludisme, typhus exanthématique, dysglobulinémies et infections diverses à entérobactéries
Résultats faussement négatifs Pendant la première semaine de la maladie
Traitement précoce par antibiotiques ou corticoïdes
Rares cas de typhoïdes sans élévation d'anticorps La sérologie est une orientation et non un diagnostic
25Prévention
Surveillance épidémique nationale : Institut de Veille Sanitaire, Centre National de Référence
Salmonella Typhi : déclaration obligatoire
Autres salmonelles : envoi au Centre National de Référence
Réduction de la dissémination : hygiène Distribution d'eau de qualité, tout à l'égout, traitement des eaux usées, contrôle
de qualité de l'alimentation, zones contrôlées pour les coquillages Détection des porteurs sains à l'embauche pour certaines professions (cuisines,
industries alimentaires) Précautions d'hygiène quand un cas se déclare (hôpital, crèche...)
Vaccination contre la fièvre typhoïde chez les militaires et personnels professionnellement exposés TYPHIM Vi : protection contre S. Typhi, peu de réactions secondaires
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Fièvres typhoïdes et paratyphoïdes Les souches isolées en France demeurent sensibles aux antibiotiques
(1 % de souches résistantes)
Antibiotiques de choix : bonne concentration dans les ganglions lymphatiques• fluoroquinolones (voie orale préférée), triméthoprime-sulfaméthoxazole
(Bactrim®), céphalosporines de 3ème génération ou ampicilline (bonne élimination biliaire)
Entérites et toxi-infections alimentaires Le traitement des salmonelloses est destiné à réduire le risque de diffusion
systémique bactérienne dans les cas suivants :• diarrhée profuse ou très fébrile• âge < 3 mois• âge > 65 ans• déficit immunitaire, drépanocytose, prothèse cardiovasculaire ou ostéo-articulaire
Chez l'immunocompétent, une prise unique de fluoroquinolone raccourcit la durée de la diarrhée
Traitement