construction automatique d’ontologies à partir d’une base de données relationnelles :...
DESCRIPTION
Présentation de Sonia Krivine, Jérôme Nobécourt, Lina Soualmia, Farid Cerbah et Catherine Duclos à IC 2009TRANSCRIPT
- 1. Construction automatique dontologie partir de bases de donnes relationnelles :application au mdicament dans le domaine de la pharmacovigilance S.Krivine 1 , J.Nobcourt 1 , L.Soualmia 1 , F.Cerbah 2 ,Catherine Duclos 1 1 Laboratoire dinformatique mdicale & Bioinformatique, Universit Paris 13 2 Dassault Aviation, Dpartement des Etudes Scientifiques Confrence IC2009 Plateforme AFIA - Hammamet 25-29 Mai
2. Plan
- Contexte et problmatique de la pharmacovigilance
- Iatrognie du mdicament : modle et sources de donnes
- Etude des outils de rtro-ingnierie
- Adaptation de RDBtoOnto
- Rsultats
- Discussion
3. Contexte de la pharmacovigilance
- Leseffets indsirables= risquemdicamenteux
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- Risque d ulcre gastriqueetaspirine
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- Pharmacovigilance = tablir le lien entre mdicament et survenue deffet indsirable
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- Augmentation de lincidence desdcsdes patients sousIsomride Retrait du march
- Ncessit doutiller la pharmacovigilance :principe de dtection du signal
4. Amliorer la dtection du signal 10 Rhabdomyolyse Lipanthyl 4 Rhabdomyolyse Zocor Nb doccurrences Effet Indsirable Mdicament 14 Rhabdomyolyse Hypolipmiants Nb doccurrences Effet Indsirable Mdicament Zocor Lipanthyl Hypolipmiant Statine Simvastatine Fnofibrate 5. Objectif
- Projet Vigitermes (ANR-TECSAN)
- Classer automatiquement les mdicaments selon leur risque deffets indsirables pour regrouper les cas de pharmacovigilance
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- Ncessit de constituer une ressource ontologique sur le mdicament
6. Les ressources existantes
- Ontologies sur le mdicament
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- Drug ontology, NDF-RT, SNOMED CT
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- Nintgrent pas les mdicaments franais
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- Problme de leur mise jour
- Bases de donnes sur le mdicament
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- Mises jour assures
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- Mdicaments franais
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- Totalit des proprits
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- Classement fig
7. Modle de la iatrognie
- Proprits dumdicamentayant un lien avec la survenue d effets indsirables
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- sa composition
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- amoxicilline dyschromie dentaire
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- son appartenance une classe chimique
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- amidinopenicillines diarrhe
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- son appartenance une classe pharmacologique
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- antihypertenseurs centraux hypotension orthostatique
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- ses classes dinteractions
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- lesaminosidesetamphotricine B augmentation du risque denephrotoxicit
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- son dosage, sa forme, sa voie dadministration
8. Substance active Classe Pharmacologique Classe Chimique A pour Ctx Expo A pour Ctx dadm A Pour CC A pour CP A pour Ctx dose A pour SA A pour SAux A Pour Ctx Patient Effet Indsirable A pour Prop Pcin Contexte patient Spcialit Substance auxiliaire Contexte de dose Contexte dexposition Contexte dadministration Proprit Pharmacocintique Proprit Pharmacodynamique A pour Prop Pdyn A pour EI Classe dinteraction Cas connu de pharmacovigilance A pour Spcialit prescrite A Pour CI Substance active Ayant CPH Substance active Ayant CCH 9. Ressources utilises
- Thsorimed
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- Banque publique avec licence
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- Tous les mdicaments commercialiss en France
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- Indexation de toutes leurs proprits
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- Hirarchies propres Thsorimed
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- ATC
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- ClassificationA natomique,T hrapeutique etC himique
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- Description pharmacothrapeutique
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- Standard international recommand par lOMS
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- Disponible dans Thsorimed
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- MeSH
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- Me dicalS ubjectH eadings
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- Thsaurus des termes mdicaux (NLM, Inserm VF)
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- Termes mdicaux organiss en hirarchies
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- Branche D : produits chimiques et mdicaments
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- Non disponible dans Thsorimed
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10. 11. Principes de transition
- Lesconcepts
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- Les tablesconcepts de haut niveau
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- La table des substancestous ses enregistrements sont des concepts de substances( 3-Amoxicilline)
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- les tables de hirarchiestous leurs enregistrements sont des concepts dont la hirarchie est dduite des codes
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- Dans ATC:C01A -Glucoside _ de_la _ digitale est une sorte deC01 -Mdicaments _ en _ cardiologie
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- Dans MesH: D04.615.638.8451-Naphtalamine est une sorte deD04.615.638Naphtalnes
- Lesrles
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- ce sont les tables de relations:la table de relation entre la table des substances et la table de codes ATC donne le rle hasATCClasse
- Lesdomainesetco-domainesdes rles
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- Ce sont les concepts de plus haut niveau associs aux tables impliques dans une relation ( Substance, ClasseATC, ...)
12. Principes de transition
- Descriptions associes aux concepts de substances
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- Lesconcepts primitifs(conditions ncessaires)
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- Un concept desubstancegnr partir de latable des substances
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- Cette substance est implique dans unerelationavec une table de hirarchie (rle utiliser)
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- Restriction du rle
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- 12-DigoxinehasATCClassesome C01AA05-Digoxine
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- Lesconcepts dfinis(conditions ncessaires et suffisantes)
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- Ce sont denouveaux conceptsde regroupements de substances
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- Chaque enregistrement dune table hirarchique gnre un nouveau concepts de regroupementde substance( Substance_Ayant_ATCClasse_C01AA05-Digoxine)
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- Dfinition systmatique par restriction des rles
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- Substance_Ayant_ATCClasse_C01AA05-DigoxinehasATCClassesome C01AA05-Digoxine
13. Etude des outils de transformation
- Passage dune BD un format ontologique
- Des outils DataMaster, KAON2, RDBToOnto
- Rcupre le schma de la BD pour dcrire lontologie
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- concepts :Substance, ClasseATC
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- Le contenu de la base de donnes est reprsent par les instances de lontologie
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- instances:12-Digoxine, C01AA05-Digoxine
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- Hirarchies limites 2 de profondeur
- Ne rpondent pas compltement nos besoins
14. Enrichissement RDBToOnto
- Rutilisation du module dacquisition du schma relationnel
- Intgre la possibilit de construire des hirarchies (de 2 niveaux)
- Outil prvu pour tre modifi (java, guide dveloppeur)
- Dveloppement de modules spcifiques nos besoins
15. Traitement de type ATC
- Construire des hirarchies deprofondeur fixe ou variable, sans multihritage
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- Paramtrage
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- Dterminer la table hirarchique
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- Dterminer lattribut portant le code
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- Dterminer lattribut portant le terme
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- Traitement
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- Concept dnot par Code Terme
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- Rcursivit sur le code
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16. Gnration du fichier owl Visualisation dans Protg 4 17. Traitement de type MeSH
- Construire des hirarchiesavec multihritage
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- Paramtrage
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- Dterminer la table hirarchique avec hritage multiple
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- Dterminer lattribut portant le code
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- Dterminer lattribut portant le terme
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- Traitement
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- Concept dnot par Terme
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- Rcursivit sur le code et multihritage sur le terme
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18. Gnration du fichier owl Visualisation dans Protg 4 19. Traitement de type Thesorimed
- Cration deconcepts de substance primitifs et dfinis
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- Paramtrage
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- Dterminer la table de jointure et les tables relies (substance et table de hirarchie)
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- Dterminer lattribut portant le Domaine
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- Dterminer lattribut portant le Co-domaine
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- Traitement
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- Cration du rle, domaine, co-domaine
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- Traitement type ATC sur la table de classification
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- Gnration des concepts dfinis (table hirarchique)
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- Concept dnot par Code_Terme_Suffixe
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- Dfinition systmatique(rle some Code_Terme)
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- Gnration des concepts primitifs
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- Une description est associe chaque concept de substance en utilisant la table de jointure
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20. Visualisation dans Protg 4 dans la hirarchie infre par le raisonneur Fact ++ Gnration du fichier OWL 21. Discussion et Conclusion
- Approche satisfaisante pour rpondre aux problmatiques
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- de modlisation :
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- Concepts = ce qui est connu (BDM)
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- Instances = cas de pharmacovigilance
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- de raisonnement :
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- exploiter de multiples hirarchies existantes pour classer des substances
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- de maintenance:
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- automatisation de tous les traitements
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22. Discussion et Conclusion
- Limites lies
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- la taille de lontologie
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- choix doutils (Protg 4, raisonneur Fact++)
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- la validation de lontologie
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- compltude, cohrence, consistance
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- aux volutions de RDBtoOnto
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- diffrentes versions mises jour
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- la spcialisation dun outil se voulant gnrique
23. Perspectives
- Outil ddi lexploitation des BD sur le mdicament par rtro-ingnierie
- Problmatique gnrale des modalits de classement des mdicaments pour un utilisateur non averti