Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011Réunion Équipe Bibliome

Projet FSOV/SAM

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Les Partenaires

● INRA ● Clermont-Ferrand

– Unité Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC) [Coordinateur]

● MIG (!)● ARVALIS - Institut du végétal● UFS (Union Française des Semenciers)

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L'objectif

● Le partage de connaissances entre partenaires en forme d'une...

Base de Connaissances● Base de données extraite de la bibliographie● Vérifiée, testée par les experts & des expériences (ex .

phénotypage)● Mise à jour en continu

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L'organisation

● En trois années● Création de la base● Validation● ...

● MIG est impliqué surtout dans la phase 1 – création de la base

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Nos propres objectifs

● Moteur de recherche (AlvisIR)● Aide à la recherche manuelle par les partenaires● Permet le retour par les partenaires

● Ontologie ● Gène● Marqueur● Variété● Caractère (phénotype)

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Notre Partie* l'étoile indique 'In progress/Coming'

● Extraction des articles à partir du web– Trouver– Récupérer– Transformer en texte

● TAL des articles– Définir les bons outils (lexiques, termes etc)

● Aide par des Experts

● Transformer l'information en Ontologie● Créer une Base de Données

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Extraction d'Information à partir du Web [1]

● Collection: recherche par mots-clés ou par « Related/Citing » - offline , batch

● Web of Science – Thomson Reuters● Web service pour les détails bibliographiques

– Pas de liens vers les éditeurs/article– Identifient unique Thomson/Reuters

● « Article Match Retrieval » Service (xml toujours)– DOI/PupMed ID/etc– Liens vers la page normale de WoS

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Extraction d'Information à partir du Web [2]

● Récupérer le lien vers l'éditeur● DOI : dx.doi.org● PMID : google-scholar *● UT : WoS (à voir) *

● Récupérer le pdf / html chez l'éditeur● Transformer en texte *

● PDF– Acrobat / Pdftotext– Abbyy

● HTML ***

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Traitement du texte

● Utilisation d' AlvisNLP● Les bons lexiques

● Utilisation des ressources disponibles : *– Données BIO: GrainGenes, MASWheat, SwissProt,...– Données Agro : GG,MASWheat, listes Arvalis, commerciales...

● Validation par les experts nécessaire *– mais pas donnée.... surtout pour les données type 'langue

naturelle' + agronomiques

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Moteur de Recherche [1]

● Utilisation d' AlvisIR● Recherches par mots-clés, catégories, … - online*● Résultats avec « valeur ajoutée »

● Snippets, étiquettés et coloriés● Lien vers la source● Structures et statistiques extraites

● Question des privilèges des utilisateurs (partenaires) *

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Moteur de Recherche [2]

● Adaptation d'AlvisIR *● Info biliographique ● Structures/champs pertinents● Autres idées bienvenues

● Retour par les utilisateurs *● Validation/ évaluation des résultats par les utilisateurs

– Utilisation de cette information (?)

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Ontologie

● La même nécessité des lexiques et validation● PLUS :

● Relations entre les termes à– Définir à la main *– Donner par les experts *– Apprendre *– Valider par les experts *

● Interface appropriée

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Base de Données

● A voir … ****● Questions de caractère

– Informatique– Administratif– Pratique– De stratégies / préférences des partenaires

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Prochaines Étapes

● L'utilisation et verification de la base de connaissance par les partenaires

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