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ATELIER OUTILS ET MODÈLES D’ÉTUDE DU MICROBIOTE INTESTINAL 17 Novembre 2014 - Hôpitaux Lyon Sud, Pavillon Médical

En partenariat avec

ATELIER OUTILS ET MODÈLES D’ÉTUDE DU MICROBIOTE INTESTINAL

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Contexte et objectif Le microbiote intestinal désigne l'ensemble des micro-organismes présents dans l’appareil gastro-intestinal. Il est composé de multiples espèces bactériennes qui entretiennent une relation symbiotique avec leur hôte. Depuis plusieurs années, le microbiote intestinal est devenu un sujet d’étude croissant en raison de son rôle avéré ou supposé dans la pathogénèse et la prévention de certaines maladies. La compréhension de cet environnement complexe, des mécanismes moléculaires et cellulaires qui sont mis en œuvre, des facteurs externes l’influençant et des conséquences physiologiques sont des sujets d’étude scientifique majeurs et représentent des perspectives médicales très prometteuses. Dans ce contexte, Lyonbiopôle et CENS se sont associés pour mettre en place un groupe de travail multidisciplinaire avec l’ensemble des acteurs rhônalpins (académiques, cliniciens et industriels) pouvant apporter leur expertise sur ce champ d’étude. L’objectif de cet atelier est de permettre l’émergence de nouvelles collaborations R&D et projets d’innovation et de consolider l’expertise de la région Rhône-Alpes dans le domaine des outils et modèles d’analyse du microbiote intestinal.

Format de la journée

Objectif : Diffuser l’état des connaissances

sur le microbiote intestinal, son rôle en pathologie et les outils d’analyse

et modèles d’étude existants

Objectif : Réfléchir à de nouveaux

outils et modèles pouvant être développés pour

analyser le microbiote et son rôle dans la santé

9h30 - 12h30 Séances plénières:

État de l’art et perspectives

13h30 - 16h Table ronde

de brainstorming N°1

Outils d’analyse

13h30 - 16h Table ronde

de brainstorming N°2

Modèles d’étude

Atelier Outils et Modèles d’étude du microbiote intestinal - 17 novembre 2014

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PROGRAMME

9h - Accueil des participants

9h30 - Présentations plénières : état de l’art et outils technologiques

Modérateur : François LEULIER, Directeur d’équipe, Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon 9h30 : Introduction par Lyonbiopôle et CENS 9h40 : Rôle du microbiote intestinal dans la santé et la maladie

Stanislav DUSKO EHRLICH, Directeur de recherche, Unité de recherche de génétique microbienne, INRA

10h30 : Outils et modèles d’analyse du microbiote - Exemples des dispositifs développés en Rhône-Alpes

François LEULIER, Directeur d’équipe, Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon Artem KHLEBNIKOV, Développement partenariat, BIOASTER

11h20 : Point de vue d’un clinicien sur le rôle du microbiote en pathologie

Denis FOUQUE, Pu-PH, Unité de Néphrologie, Dialyse et Nutrition Rénale, HCL 11h50 : Le microbiote, l'étranger intime

Vincent BATY, Gastro-entérologue, Clinique mutualiste de l'union Christine DURIF-BRUCKERT, Psychologue, Anthropologue, GRePS, Université Lyon 2 Elodie GIROUX, Philosophe, IRPHIL, Université Lyon 3

12h25 : Présentation de la méthodologie des Tables Rondes

Claudia CHAGNEAU, Responsable des projets R&D, Lyonbiopôle 12h30 - Déjeuner buffet

13h30 - Tables rondes

Table ronde 1 : Outils d’analyse du microbiote intestinal Animée par Stéphane BULTEAU, Project Manager, bioMérieux Table ronde 2 : Modèles (animaux, in vitro, in silico) innovants pour l’étude du microbiote Animée par François LEULIER, Directeur d’équipe, Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon

16h00 - Conclusions de la journée

16h30 - Networking


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Tables rondes de brainstorming pour poursuivre les échanges sur la base des présentations du matin afin de faire émerger de nouveaux projets innovants et nouveaux partenariats permettant de répondre à ces problématiques technologiques, scientifiques et aux besoins médicaux. Table ronde N°1 : Outils d’analyse du microbiote intestinal

Bilan des outils d’analyse/caractérisation du microbiote intestinal sur la base des présentations du matin, identification des besoins non couverts par ces technologies et de nouveaux outils à développer.

Table ronde N°2 : Modèles (animaux, in vitro, in silico) innovants pour l’étude du

microbiote intestinal Bilan des modèles existants et de leurs caractéristiques sur la base des présentations du matin, identification des besoins non couverts par ces modèles et de nouveaux modèles à développer.

Composition des Tables rondes

15 à 20 participants (grands groupes, PME, start-up, académiques et cliniciens)

Participent aux échanges et à l’identification des actions pour répondre aux besoins non couverts par les outils (TR1) / modèles (TR2) actuels, proposent des projets pour répondre aux enjeux et caractérisent le potentiel de chaque action identifiée. 1 animateur Facilite la compréhension des objectifs, du déroulement et des règles du jeu des tables rondes. Anime le groupe, gère les temps de parole, synthétise/reformule les propositions, challenge les participants sur les actions et leur positionnement sur la matrice. 1 secrétaire de séance (à désigner en début de séance) Assiste l’animateur, prend des notes synthétiques des débats (convergences/ divergences, conflits de fond, facteurs critiques évoqués, autres points particuliers).

TABLES RONDES (13h30 À 16h00)

Méthodologie des tables rondes


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Déroulement des Tables rondes 13h30 à 14h30 : Introduction : définition des besoins non couverts par les modèles/outils actuels

Tour de table de présentation des participants, de leurs activités et expertises. Retour sur les présentations du matin : bilan des outils (TR1) /modèles (TR2) existants et

de leurs caractéristiques et identification des besoins non couverts. Synthèse des principaux besoins non couverts par les outils (TR1) /modèles (TR2) actuels. 14h30 à 15h30 : Brainstorming, identification d’actions potentielles

Réflexion individuelle sur des actions potentielles à mettre en place pour répondre aux besoins non couverts par les outils (TR1) /modèles (TR2) actuels.

Chaque participant dispose de quelques post‐its pour formuler par écrit ses propositions d’actions (1 idée d’action par post‐it).

Collage des réponses au tableau par chaque participant qui explicite ses réponses. Regroupement des actions similaires par grappe et reformulation des idées.

15h30 à 16h : Qualification et positionnement des actions sur la matrice

Qualification des actions selon les 2 critères suivants :

Critère 1 : potentiel de chaque action au niveau scientifique, technologique, médical, industriel, etc. potentiel faible action ayant un impact limité mais qui est nécessaire pour la réalisation d’un projet plus ambitieux/potentiel élevé impact stratégique pour les partenaires, permet d’avoir un leadership dans le domaine et des retombées majeures.

Critère 2 : durée de mise en œuvre court terme compétences et ressources identifiées et mobilisables long terme expertises, technologies, ressources non disponibles ou à structurer.

Bilan des points clés discutés et conclusion


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LISTE DES PARTICIPANTS

AFFAGARD Hervé

ANDREONI Christine MERIAL

BAIN Christine PLATINE PHARMA SERVICES

BARCZA STOCKLER-PINTO

Milena CARMEN-INSERM U1060

BARGEON Claudia LYONBIOPÔLE

BATY Vincent CLINIQUE MUTUALISTE DE L’UNION

BAUM Binah ALMA BIOTHERAPEUTICS

BOMCHIL Natalia MERIAL

BREYTON Cécile CNRS

BULTEAU Stéphane BIOMERIEUX

CHAGNEAU Claudia LYONBIOPOLE

CONTAMIN Hugues CYNBIOSE

DE LUCA Karelle MERIAL

DE MAISTRE Sébastien HÔPITAL D’INSTRUCTION DES ARMÉES ST ANNE

DE MARTINO Alessandra BIOFORTIS

DECHELETTE Violette MERIEUX UNIVERSITÉ

DODET Betty DODET BIOSCIENCE

DURIF-BRUCKERT

Christine GREPS-UNIVERSITÉ LYON 2

DUSKO EHRLICH

Stanislav INRA

ELJAAFARI Assia CARMEN INSERM U1060

FANÇA-BERTHON

Pascale NATUREX

FERRY Tristan HCL

FOUQUE Denis UCBL/HCL

GAUTIER Christian UCBL /CNRS/INRIA

GAY Olivia GENOSTAR

GELAS Patrick NUTRITION CLINIQUE – CROIX ROUSSE

GIROUX Elodie IRPHIL, UNIVERSITÉ LYON 3

GODIN-RIBUOT

Diane LABORATOIRE HP2 INSERM U1042

GROMPONE Gianfranco BIOASTER

HENRI Hélène CNRS UNIVERSITÉ LYON 1

HRADECKY Pavel ALTRABIO

JOURDAT Catherine

SANOFI PASTEUR

KHANAFER Nagham Léa HCL

KHLEBNIKOV Artem BIOASTER

KLUCKER Marie-Françoise

CENS

KREMER Natacha UNIVERSITÉ LYON 1

LAFONT Sergyl BIOMERIEUX

LE MAGUERESSE-BATTISTONI

Sabrina BASF BEAUTY CARE SOLUTIONS SAS

LEULIER François IGFL

MICHALSKI Marie-caroline

LABORATOIRE CARMEN

MIGANEH Celine GENOSTAR


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LISTE DES PARTICIPANTS

MORIO-LIONDRE

Béatrice INRA

MOUGIN Bruno BIOMERIEUX

MOUTON Laurence UMR5558 LAB. BIOMETRIE ET BIOLOGIE EVOLUTIVE

NAVILLE Danielle CARMEN-INSERM U1060

NAZARE Julie-Anne CENS

PELEGE Stéphanie LYONBIOPÔLE

PERETTI Noel HCL-INSERM

PERRIN-VIDOZ Laurence CENS

PILLET Sylvie FACULTÉ DE MEDECINE – UJM ST-ETIENNE

PLANTAMURA Emilie INSERM U1111

POUZOL Stéphane FONDATION MERIEUX

RAVEL Denis ALMA BIO THERAPEUTICS

RECHENMANN François GENOSTAR

GUDIN Simon LYONBIOPÔLE

SOULAGE Christophe CARMEN INSERM U1033

TAMELLINI Andrea BIOASTER

TOUSSAINT Bertrand UNIVERSITÉ DE GRENOBLE

TROCME Candice LABORATOIRE BEP – CHU GRENOBLE

TROESCH Alain BIOASTER

URZUA

Erica

BIOSELLAL

VACHON Carole BIOMERIEUX

VALENTIN Christian LYONBIOPÔLE

VAVRE Fabrice CNRS

VERON Amélie THE COSMO COMPANY

VEYSSEYRE Hugo LYONBIOPÔLE

VINCENT Estelle LYONBIOPÔLE

VORS Cécile LABORATOIRE CARMEN, CENS

YOUNG Joanne CYTOO


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NOTES


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NOTES


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Lyonbiopôle, le pôle de compétitivité mondial de la santé en région Rhône-Alpes Le pôle se positionne aujourd’hui comme l’animateur et le guichet unique de la santé en région Rhône-Alpes. Il a pour vocation de soutenir l’émergence et le développement d’innovations technologiques, produits et services pour une médecine personnalisée au bénéfice des patients dans 4 domaines d’actions stratégiques : Focalisé à sa création en 2005 sur les maladies infectieuses, Lyonbiopôle soutient aujourd’hui les projets et les entreprises du secteur des Sciences de la Vie sur d’autres thématiques comme le cancer, les problématiques de nutrition, de métabolisme ou encore les pathologies du système nerveux. A ce jour, Lyonbiopôle a labellisé 165 projets collaboratifs de R&D représentant un investissement global de 733 M€ pour lesquels 300 M€ d’aides publiques ont été obtenus. Au 31 octobre 2014, Lyonbiopôle compte 175 membres : 4 industriels, leaders mondiaux sur leurs marchés, membres fondateurs du pôle (Sanofi Pasteur, bioMérieux, Merial, BD), 152 PME et ETI, 19 Centres de compétences dont les 3 Centres hospitalo-universitaires de la région. Contact : Claudia CHAGNEAU, Responsable de projets R&D - [email protected] CENS offre aux porteurs de projets scientifiques liés à la nutrition et à la santé un accompagnement dans la coordination et la structuration de leurs projets et leur donne accès à un réseau d’experts académiques, cliniciens et industriels pour apporter des réponses aux enjeux sanitaires, sociétaux et économiques liés à la nutrition. Sa vocation est d’encourager le développement d’une nutrition personnalisée tout au long de la vie pour permettre une meilleure prise en charge des maladies chroniques et de promouvoir un mode de vie sain auprès de la population générale. CENS s’appuie notamment sur les compétences pluridisciplinaires de ses 3 structures de recherche fondatrices: Le laboratoire CarMeN, Recherche biomédicale, Directeur : Dr. H. Vidal Le Centre de Recherche en Nutrition Humaine Rhône-Alpes (CRNH Rhône-Alpes), Recherche

clinique, Directeur : Pr. M. Laville Le Centre de Recherche de l’Institut Paul Bocuse, Etudes sensorielles et comportementales,

Directeur : Dr. A. Giboreau ainsi que sur les compétences de ses partenaires institutionnels associés (Hospices Civils de Lyon, IRT BioAster, pôles de compétitivité Lyonbiopôle et Vitagora, Université Lyon 1…) et de partenaires privés comme la Fondation Bullukian, le groupe Seb, l’Institut Mérieux, Nutrisens et la société Roquette, l’ACPPA, APICIL, la Fondation Terre d’Initiatives Solidaires, SILAB. Contact : Julie-Anne NAZARE, Coordinatrice scientifique - [email protected]

Médicaments à usage humain

Médicaments vétérinaires

Dispositifs médicaux & technologies médicales

Diagnostic in vitro


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