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Le monde des agents infectieux

Pr Marie-Caroline MeyohasMaladies infectieuses et tropicalesHôpitaux Universitaires Paris Est

Site Saint Antoine04/09/2013

Cours sages-femmes

Processus infectieux

• Définition de l’infection • Les 3 protagonistes +++: hôte, germe, anti-infectieux• Epidémiologie des maladies transmissibles: définition,

réservoir de germes, modes de transmission, lieux d’acquisition de l’infection (liée aux soins, communautaire), infections émergentes et ré-émergentes

• Localisations de l’infection• Moyens et mode de détection d’un agent infectieux • Prévention des infections: hygiène, vaccinations

Définition du processus infectieux

L’infection est le résultat de l’agression de l’organisme humain par un micro-organisme vivant appelé agent pathogène.

Trois protagonistes - l’hôte → immunité- le germe → pouvoir pathogène- les anti-infectieux

Trois protagonistes

Hôte Germe

Anti-infectieux

Hôte et âges de la vie

Nouveau-né

Enfant

Adolescent

Adulte

Personne âgée

Nourrisson

Hôte et immunité

Hôte immuno-déprimé

Hôte Immuno-

compétent

Hôte et immunitéMoyens de défense de l’organisme

• Les moyens anatomiques

• La réaction inflammatoire

• Les éléments du système immunitaire

Hôte et immunitéLes moyens anatomiques

La peau et les muqueuses + + + sont des barrières à la pénétration des germes

D’autres éléments anatomiques interviennent :• l’écoulement des liquides biologiques par drainage• la présence de substances chimiques de l’estomac • les barrières internes sont représentées par les

aponévroses et les séreuses • la rate permet l’opsonisation des bactéries circulantes • un bon état nutritionnel contribue aussi à la défense

contre les agents infectieux

Hôte et immunitéLa réaction inflammatoire

La réaction inflammatoire permet la circonscription du foyer infectieux et l’apport d’éléments cellulaires et humoraux de défense

Hôte et immunitéLes éléments du système immunitaire

Immunité Non spécifique Spécifique

Humorale Système du complément Immunoglobulines

Cellulaire Polynucléaires Phagocytes mononucléés Cellules NK

Lymphocytes BLymphocytes T

Les cytokines jouent un rôle prépondérant

Hôte et terrain

Immunité Grossesse Usagers de

drogue

Insuffisance rénale Voyages Migrants

Insuffisance hépatique

Le germe

• Les bactéries• Les virus• Les parasites• Les champignons

Relations germe/hôtePouvoir pathogène

• Germe saprophyte: se trouve dans la nature (végétaux, produits animaux) ou sur la peau (staphylocoque) ou les muqueuses (flore digestive) sans être pathogène.

• Germe commensal: se développe aux dépens de l’hôte avec les produits du métabolisme cellulaire sans manifestation pathologique.

• Germe opportuniste: devient pathogène par anomalies de résistance à l’infection

Les agents infectieux

Virus Bactérie Champignon Parasite

Caractéristiques Un seul acide nucléique ( ARN ou ADN)

Chromosome circulaire

Unicellulaire : structure plus complexe

Unicellulaire ou pluricellulaire

Multiplication Réplication intracellulaire stricte

Reproduction autonome

Reproduction par bourgeonnement

Cycle de développement complexe

Les bactéries

Rappel

Staphylocoques

Streptocoques

Neisseria

Listeria

Corynebacterium

Bacillus

• Enterobactéries

• Pseudomonas, Burklolderia, Stenotrophomonas, Acinetobacter

• Campylobacter, Helicobacter, Vibrio

• Bordetella, Haemophilus, Brucella, Pasteurella, (Legionella)

Bactéries AérobiesGram+ Gram -

cocci

bacilles

Gram +

Clostridium

Peptococcus

Propionobacterium

Actinomyces

Prevotella

Gram -Bacteroides

Fusobacterium

Bactéries anaérobies

Autres bactéries

BAAR

Mycobacterium

Nocardia

Intracellulaires

Chlamydia

Mycoplasma

Rickettsia

Spirochètes

Treponema

Borrelia

Leptospira

Les virus Rappel

• Herpesviridae +++: HSV, VZV, CMV, EBV, HHV6,7,8• Virus des hépatites: A,B,C,D,E• Virus de la rougeole, de la rubéole, des oreillons • Sphère respiratoire: virus de la grippe, VRS, rhinovirus,

coronavirus, adénovirus • Sphère entérique: enterovirus, rotavirus, astrovirus,

calicivirus • Papillomavirus (HPV)• Polyoma virus • Poxvirus ( rage, molluscum contagiosum)• Virus des fièvres hémorragiques et arboviroses• Prions ( maladie de Creutzfeld-Jacob) • Retrovirus : VIH

Les parasitesRappel

Protozoaires• Plasmodium (paludisme+++), Toxoplasma, Giardia,

Trichomonas, Leishmania, TrypanosomaMetazoaires ( helminthes) • Plathelminthe : Taenia, Echinococcus, douves,

schistosomoses ou bilharziose• Némathelminthe: ascaridiose, ankylostome, anguillulose,

anisakiase, filarioseArthropodes : diptères, poux, puces, punaises, acariens,

tiques, sarcoptes

Les champignons

Responsables d’infections fongiques invasives

Levures: Candida, Cryptococcus

Champignons filamenteux: Aspergillus, zycomycètes

Dimorphiques: Histoplasma

Les anti-infectieux

• Antibiotiques• Antiviraux• Antiparasitaires• Antifongiques • Pas d’anti-inflammatoires +++

Principales familles d’antibiotiques

Béta-lactamines

Aminosides

Cyclines

Macrolides, kétolides, lincosamides, synergistines

Rifamycines

Quinolones

Polypeptides

Acide fusidique

Fosfomycine

Glycopeptides et lipopeptides

Oxazolidinones

Imidazolés

Les antibiotiques

• Les antibiotiques inhibent ou détruisent certaines espèces bactériennes

• Développement de phénomènes de résistance aux antibiotiques

• Nécessité d’une utilisation rationnelle des antibiotiques +++

Données microbiologiques

Activité antimicrobienne/spectre antimicrobien, reposant sur la CMI ( concentration minimale inhibitrice ) de la croissance bactérienne in vitro

• Germes sensibles • Germes intermédiaires• Germes résistants

Résistance aux antibiotiques • Naturelle • Acquise

Résistance aux antibiotiques

L’évolution des espèces microbiennes vers la résistance dépend

• de la pression de sélection exercée par les antibiotiques • des caractéristiques des différents antibiotiques • de la capacité de certaines espèces à héberger des

gènes de résistance provenant d’autres espèces• de la possibilité de leur transmission interhumaine dans

les groupes les plus exposés: crèche, hôpital, maison de retraite..

Sélection de bactéries résistantes

• Effet inéluctable de l’utilisation des antibiotiques • Foyer infectieux: sélection in vivo de bactéries

résistantes sous traitement antibiotique ( notion de masse bactérienne)

• Modification des flores commensales avec acquisition de bactéries résistantes en dehors du foyer infectieux

• Importance d’une politique de bon usage des antibiotiques

Du bon usage des antibiotiques

• Acte thérapeutique• Procédure diagnostique

• Objectif de guérison de la maladie• Efficacité optimale • Bonne tolérance

• Conséquences écologiques réduites • Coût acceptable par la société

Modifications de la sensibilité des antibiotiques

• Sensibilité peu modifiée : les streptocoques aux pénicillines

• Espèces avec souches de plus en plus résistantes : pneumocoque, staphylocoques, gonocoques, entérobactéries, Acinetobacter, Pseudomonas

Un antibiogramme doit compléter obligatoirement l’isolement et l’identification de ces germes au cours de toute infection invasive

Antibiothérapie

Administration des antibiotiques• Voie veineuse (mode d’administration) : connaissance

de différents éléments pharmacologiques comme antibiotique temps dépendant et antibiotique concentration dépendant

• Voie orale: surveillance des prises, rapport avec l’alimentation

Surveillance : allergie +++ avant tout. Toujours demander aux patients s’ils sont allergiques

Antiviraux

Anti-herpesviridae : si réplicatif• Anti- HSV et VZV: aciclovir (Zovirax®), valaciclovir

(Zélitrex®) • Anti-CMV: ganciclovir (Cymevan®), valganciclovir

(Rovalcyte®), foscarnet( Foscavir®)Anti-hépatites• Hépatite B: lamivudine( Zeffix®), adéfovir (Hepséra®),

ténofovir (Viréad®), entécavir (Baraclude®)• Hépatite C: ribavirine (Rébétol®, Copegus®) + interféron

( ViraféronPeg®, Pégasys®)

Antiviraux

Les antirétroviraux• INRT: inhibiteurs nucléosidiques de la réverse

transcriptase• INNRT: inhibiteurs non nucléosidiques de la réverse

transcriptase • IP: inhibiteurs de protéase• Anti-intégrases• Inhibiteurs de fusion• Anti-CCR5Importance de l’observance et de l’éducation thérapeutique

Les antiparasitaires

Les antipaludéens +++• Quinine +++ par voie veineuse (paludisme grave

ou troubles digestifs)

• Médicaments per os: horaires très précis pour la plupart

Les antifongiquesConcernent des patients immunodéprimés avec des infections fongiques invasives graves avec mauvais pronostic . Amélioration depuis les nouveaux antifongiques.

Antifongiques coûteux • Amphotéricine B liposomal ( Ambisome®) : 500 euros /j• Voriconazole ( Vfend®): 455 euros/j sous forme IV• Caspofungine ( Cancidas®): 480 euros/j• Posaconazole ( Noxafil®): 123 euros /j , avec

prescription surtout en préventif donc traitement long

Epidémiologie des maladies transmissibles

Définition L’épidémiologie, c’est l’étude de la fréquence et de la répartition des maladies et des états de santé

• avec détermination des facteurs de cette fréquence et de cette répartition

• et les résultats des interventions entreprises pour lutter contre les maladies et améliorer les états de santé

Epidémiologie

Réservoirs de germes• Infections endogènes • Infections exogènes Exemple : septicémie chez un patient immunodéprimé

avec une baisse des polynucléaires neutrophiles• endogènes: bactériémie d’origine digestive ( ses propres

germes par exemple E.coli )• exogènes: infections à staphylocoque doré venant d’un

soignant ou d’une visite et greffe sur cathéter

EpidémiologieMode de transmission

Transmission directe de personne à personne• Aéroportée (plusieurs mètres): tuberculose, grippe…• Gouttelettes de salive (moins d’un mètre de la personne

source) : méningites bactériennes • Manuportée pour les infections entériques à

transmission féco-orale et transmissions des bactéries multirésistantes (BMR) en milieu hospitalier

• Sexuelle : syphilis, urétrite, VIH, VHB …• Sanguine : VIH, VHB, VHC, CMV, bactéries, paludisme

au cours d’une transfusion ou d’une exposition professionnelle

Epidémiologie

Mode de transmissionTransmission indirecte

Par un intermédiaire inerte ou animé• eau et alimentation contaminées par des agents

entériques d’origine humaine : samonelles, shigelles, choléra , poliomyélite, légionelles…

• sol: ascaris, ankylostomes• arthropodes : moustiques , mouches, tiques avec

paludisme, fièvre jaune, maladie de Lyme…

Epidémiologie

Transmission verticale

• Transmission de la mère à l’enfant • Rubéole, syphilis, toxoplasmose, VIH, hépatite B…• Par voie transplacentaire, à différents moments de la

grossesse ou à l’accouchement

Epidémiologie Lieu d’acquisition de l’infection

Infections liées aux soins (IAS) : surviennent au cours ou au décours d’une prise en charge d’un patient

Parmi les IAS : infections nosocomiales: surviennent au cours ou au décours d’une hospitalisation

Infections communautaires +++La plupart des infections: acquises en dehors des lieux de

soins

Infections émergentes et ré-émergentes

Définition: entité clinique d’origine infectieuse nouvellement identifiée ou pathologie infectieuse connue dont l’incidence a augmenté à un endroit donné ou dans un groupe de population donné

Déterminants des maladies infectieuses émergentes• L’agent infectieux : apparition ou modification de l’agent

infectieux • L’environnement : environnement climatique, système

de santé• L’hôte: susceptibilité aux infections, relations sociales,

environnement

Infections émergentes et ré-émergentes

Infection émergente: VIH dans les années 1970; grippe aviaire A(H5N1) en 2003; grippe A(H1N1)2009; épidémie de Clostridium difficile 027 nosocomiale, venant de l’Amérique du Nord vers le Nord-Pas-de-Calais ( lié à l’utilisation des antibiotiques)

Infections ré-émergentes • Tuberculose dans certaines populations (VIH) • Épidémie de Chikungunya à la Réunion en 2006,

introduction du virus dans l’île à partir des Comores et transmis par le vecteur (moustique Aedes albopictus) dont la pullulation était importante dans l’environnement tropical et urbain

Les principales pathologies Notion de localisations

Infections généralisées (bactériémies)Infections localisées :• Cardiologie: endocardite, péricardite • Pneumologie : bronchite, pneumonie dont grippe• Hématologie : infections chez l’immunodéprimé• Uro-néphrologie: infections urinaires, prostatite• Neurologie: méningites, méningo-encéphalites• ORL: angines, sinusite, otite• Stomatologie : abcès dentaire …• Hépato-gastro-entérologie: hépatites, infections du TD• Gynéco-obstétrique: infections génitales, IST, infection et

grossesse• Rhumatologie: arthrite, ostéite• Dermatologie: dermo-hypodermite, varicelle, zona ….

Moyens et modes de détection d’un agent infectieux

Diagnostic direct Mise en évidence de l’agent infectieux • Examen direct sans coloration ou avec coloration (Gram)

+ culture + antibiogramme (bactéries) • Techniques d’immunofluorescence directe ou indirecte • Effet cytopathogène sur cultures cellulaires (virus)Mise en évidence d’antigènes ou du génome de l’agent

infectieux • Antigène soluble • Techniques de biologie moléculaire (PCR,….)

Moyens et mode de détection d’un agent infectieux

Diagnostic indirect • Sérodiagnostic : mise en évidence d’anticorps dirigés

contre l’agent infectieux• Mise en évidence d’IgM et/ou ascension des IgG entre

deux prélèvements à 15 jours d’intervalle Intérêt • infections virales +++• infections bactériennes +• limité pour infections parasitaires et fongiques sauf

toxoplasmose

Examens complémentaires

• Stratégies des examens complémentaires: orientation par la clinique, premiers examens d’orientation, prélèvements àvisée étiologique

• Principes: réalisation de prélèvements à visée diagnostic large dans tout acte invasif et stratégies pour les prélèvements à visée étiologique

• Réalisation : conditions optimales d’asepsie, avant tout traitement antimicrobien , acheminé rapidement au laboratoire (rôle infirmier ++)

Examens complémentaires

Les prélèvements • Sang: hémocultures +++, frottis sanguin, techniques de

concentration (goutte épaisse)• Urines: Bandelette urinaire (BU), Examen

cytobactériologique des urines (ECBU)• Selles : coproculture, examen parasitologique des selles,

recherche de la toxine de Clostridium difficile• Sphère ORL: pus, prélèvements de gorge (TDR) • Secrétions broncho-pulmonaires: examen cyto-

bactériologique des crachats (ECBC), aspiration endo-trachéale, recherche de BAAR dans les crachats ou dans les tubages gastriques, brossage bronchique protégé, lavage broncho-alvéolaire (LBA)

Examens complémentaires (2)

• Liquide céphalo-rachidien (LCR) • Pus et liquides d’épanchements ( plèvre, ascite ..)• Prélèvements osseux • Prélèvements de peau et des phanères • Secrétions génitales • Examen de moelle osseuse • Biopsie tissulaire

Prévention des infections

• Prévention des infections liées aux soins

• Prévention des infections

Définition : ensemble des mesures non spécifiques destinées à prévenir la transmissions d’agents pathogènes entre individus

• Recommandations générales en milieu de soins établies par les autorités sanitaires

• Instances nationales et interrégionales• 5 centres de coordination interrégionaux de la lutte

contre les infections nosocomiales (CCLIN)• Le Comité de lutte contre les infections nosocomiales

(CLIN) dans chaque hôpital et l’Equipe Opérationnelle d’Hygiène Hospitalière (EOHH) diffusent les mesures de prévention, surveillent les infections nosocomiales et veillent à l’application des recommandations

Prévention des infections nosocomiales. Hygiène

Prévention des infections nosocomiales. Hygiène

Deux messages

• Respect des précautions standard

• Frictions hydro-alcooliques

Prévention des infectionsVaccinations

• La vaccination consiste à administrer une préparation antigénique permettant d’induire chez le sujet vaccinéune réponse immunitaire capable, en cas d’exposition ultérieure à l’agent infectieux, d’éviter la survenue de la maladie ou d’en atténuer les manifestations cliniques

• Calendrier vaccinal • Recommandations vaccinales particulières • Vaccinations en milieu professionnel