2. utiliser les indicateurs pour agir: exemple des caprins

Satellite diversité génétique : des repères pour agir

Utiliser les indicateurs pour agir : exemple des caprins

Pierre Martin, [email protected]

Organisme et Entreprise de sélection pour l’espèce caprine Missions :

• Coordination des programmes de sélection• Production de semences• Promotion des races• Etude dans le domaine de la reproduction et de la génétique • Orientation des 14 races reconnues par le ministère de l’agriculture en étroite relation avec l’institut de l’élevage et les associations de races

Races caprines reconnuesRaces laitières

Chèvre SaanenPhoto: Capgènes

Chèvre PoitevinePhoto: Collection du Parc interrégional du Marais

Poitevin

Chèvre des FossésPhoto: CRAPAL

Chèvre du Massif CentralPhoto: Institut de l'élevage

Chèvre AlpinePhoto: Capgènes

Chèvre ProvençalePhoto: Institut de l'élevage

Races caprines reconnuesRaces laitières

DERNIERE RECONNUE FIN 2012 : la chèvre de lorraine

Races caprines reconnuesRaces mixtes

Race à production de fibre

Chèvre AngoraPhoto: Anne-Marie CHARLES

Chèvre CorsePhoto : CAPRA SCELTA

Chèvre du RovePhoto: ADCR Chèvre des Pyrénées

Photo : T. ABEN

Races caprines reconnues

Races à production de viande

Chèvre CréolePhoto: INRA La chèvre Boer La chèvre Péi

Quelle utilisation des données de VARUME en caprin ?

• Dans les schémas de sélection avec insémination animale : Alpine et Saanen

• Dans les schémas de sélection sans insémination animale : Angora

• Dans les programmes de conservation

• Au niveau racial

Dans les schémas de sélection avec insémination animale : Alpine et Saanen (1)

Prise en compte depuis plus de 15 ans de la nécessité de gérer la variabilité génétique par la gestion en amont des origines des boucs d’IA:

• de 2000 à 2006 par la méthode des familles de père• Chaque bouc utilisé dans le schéma est réparti selon un fondateur différent en analysant uniquement la voie mâle• Les boucs sont donc regroupés en famille : 12 en saanen et 14 en alpin• Objectif : maintenir les différentes familles

• Contraintes • Compromis entre progrès génétique et gestion de la variabilité génétique difficile• Pas de prise en compte de la voie femelle• Gestion amont uniquement

Dans les schémas de sélection avec insémination animale : Alpine et Saanen (2)

• De 2006 à aujourd’hui par la gestion de la sélection à parenté minimum (SPM)

• Tous les ans et pour chaque race, définition du progrès génétique souhaité et minimisation de la parenté des accouplements

• Contraintes • Gestion amont uniquement

• Pas de mesure de son efficacité

Intérêt de VARUME (1)

Mesurer l’impact du schéma et anticiper les problèmes

• Indicateurs sur la structure de la population : Qualité des généalogies et évolution du pourcentage d’ancêtres connus par génération : nombre moyen de générations remontées (8.7 en saanen et 9.4 en alpine)

Objectif : améliorer la connaissance généalogique car 50% des femelles du contrôle laitier n’ont pas de pères connus


Notion de fondateurs et ancêtres :• Pour connaître la provenance des gènes par la notion d’ancêtre majeur (36 ancêtres efficaces en saanen et 38 en alpins)

• Pour mesurer la présence de goulets d’étranglements par le ratio ancêtre/fondateur : exemple avec J199 (millésime 1994) en SAANEN 9.2% de contribution brute et P306 (millésime 1979) en ALPIN avec 11%

Objectif : mieux connaître la population en présence et repérer les futurs goulets d’étranglements


Evolution de la consanguinité

• niveau moyen actuel et le rythme d’augmentation sur 10 ans :

• 3.2 % en saanen avec une augmentation de 0.6 en 3 générations

• 2.7% en alpin avec une augmentation de 0.4 en 3 générations


Perspectives :

• Intégrer les génotypages de la voie mâle (tous les mâles mis en testage sont génotypés)

• Prévoir les futurs goulets d’étranglements en se focalisant sur les « jeunes mâles »

Dans les schémas de sélection sans insémination animale : Angora

• Petite population de 5 000 femelles dont 1 500 dans le schéma de sélection

• Taille des élevages modestes ( de 5 à 100 chèvres)

• Sélection efficace autour d’un objectif de sélection unique avec l’utilisation d’un index de synthèse

• Diffusion du progrès génétique par la vente de mâles

• Conscience qu’il faut gérer la variabilité génétique mais sans forte contrainte collective

Intérêt de VARUME• Avoir des références mises à jour régulièrement

• Réalisation depuis 2011 par IDELE d’indicateurs de variabilité pour chaque troupeau

• Parenté entre les mâles de l’élevage et les femelles

• Parenté moyenne entre les mâles de l’élevage et le troupeau

• Parenté entre les mâles de la race et le troupeau (disponible pour le technicien Capgènes)

Objectifs : Permettre de mieux renouveler les mâles en prenant en compte

les origines

Permettre de « doper » des mâles présentant des origines intéressantes

Dans les programmes de conservation

Intérêt de Varume

•Mieux connaître sa population (taille, démogaphie, qualité des généalogies)

• Améliorer le choix des reproducteurs (connaissance des goulets d’étranglements, consanguinité proche)

• Présenter l’intérêt d’enregistrer des filiations pour mieux gérer la variabilité génétique

• Permet de présenter des situations variées et des exemples d’amélioration du maintien de la variabilité génétique de la population

2. utiliser les indicateurs pour agir: exemple des caprins

Engineering