virus responsables d'infections respiratoires · • connaître les stratégies de diagnostic des...

UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

VIRUS RESPONSABLES D'INFECTIONS RESPIRATOIRES

Dr J. LE GOFFFaculté de Médecine

Université Paris DiderotDFGSM3 - 2018

https://moodlesupd.script.univ-paris-diderot.fr/pluginfile.php/724025/mod_folder/content/0/CO…%2014%20-%20Infections%20respiratoires%20virales%20dont%20grippe.pptx?forcedownload=1 31/01/2018 14J52Page 1 sur 49


Plan

• Généralités• Virus Influenza • Autres virus respiratoires• Traitements, Prévention, Diagnostic

• Binôme 1 • Binôme 2



Généralités - Grippe

Binôme 1



Objectifs

• Connaître les différents virus respiratoires• Comprendre la variabilité des virus grippaux• Définir un syndrome grippal• Connaître les manifestations associées au VRS• Connaître les stratégies de diagnostic des infections

respiratoires virales• Connaître les antiviraux disponibles• Savoir réaliser un prélèvement respiratoire pour un diagnostic

virologique



Virus respiratoires

Virus qui ont pour organe-cible principal l’arbrerespiratoireHaut � rhinite, pharyngite, rhinopharyngite, laryngiteBasse � bronchite, bronchioloite, pneumonie Porte d’entrée = organe cible � Incubation courte Multiplication, Excrétion respiratoire � Transmission

Portage asymptomatiqueTransmission indirecte – surfaces, mains



ARN

ADN

Rhinite

Pharyngite/laryngiteTrachéite

BronchiteBronchiolitePneumonie

Virus influenzaVirus respiratoire syncytial (VRS)Virus parainfluenza PIV 1-4Metapneumovirus (hMPV)Rhinovirus/EntérovirusCoronavirusAdénovirusBocavirus humain

De nombreux virusDe nombreux symptômes



Associations Virus-symptômes

Symptomatologie

Principaux virus Autres virus

Rhinite Rhino, Corona Influenza, VRS, PIV, Adv, Entéro, hMPV

Pharyngite Rhino, Adv, VRS, Influenza A et B Epstein-Barr virus

Laryngite PIV Influenza, VRS, Adv,

Bronchite Rhino, VRS, PIV Influenza, VRS, Adv, hMPV, Corona

Bronchiolite VRS, hMPV Influenza, Adv, Rhino, Corona, Entéro

Pneumonie Influenza, Adv PIV, VRS, hMPV,Rougeole, Varicelle, CMV, Hantavirus

Syndrome grippal Influenza Tous

Diagnostic étiologique “clinique” difficile

Etiologie et symptomatologie variables également en fonction de➢ Epidémiologie (saison, région)➢ Population (enfant, adulte)➢ Co-morbidité (maladie respiratoire (asthme, BPCO) – Immunodépression)



« Les virus de la grippe »

Virus à ARNenveloppés

Orthomyxoviridae

Virus influenza



Structure Virus Influenza

Virus enveloppé ARN segmenté 2 protéines d’enveloppemajeures

➢ Hémagglutinine HA➢ Neuraminidase NA



Hémagglutinine HANeuraminidase NA

Proc Natl Acad Sci U S A.2012, 109(46): 18635–18636.

Anticorpsneutralisants

Acides sialiques

HA NA

Attachement Libération virions

SA-��2,3-Gal

SA-�� 2,6-Gal



Les 3 types de virusgrippaux

• Type A– chez homme et autres mammifères terrestres et marins, les

oiseaux étant le réservoir naturel du virus

• Type B– chez l’homme et le phoque

• Type C

– chez l’homme, le porc et le chien– rarement observé chez les humains, peu pathogène

immunité protectrice



Variabilité des virus grippaux

➢ ARN (erreurs de la polymérase) ➢ ARN segmenté Influenza A➢ HA – 17 sous types H1-H17 ➢ NA – 10 sous types N1-N10



Variabilité des virus grippaux

Les virus grippaux sont très variables grâce • Aux glissements antigéniques fait de mutations ponctuelles

donnant des souches épidémiques• Aux échanges de fragments de gènes entre différents virus

avec apparition de nouvelles protéines HA et NAPandémie• Forte augmentation dans l’espace et le temps des cas de grippe,

suite à la circulation d’un virus de composition antigéniquenouvelle sans immunité pré-existante de la population



Réassortiment de virus grippaux


Epidémie saisonnière 2016-2017

A H3N2


Epidémie saisonnière 2017-2018

A H1N1, A H3N2 et B



Surveillance épidémiologiqueRéseau sentinelles

Syndromes grippaux en consultation MG � Fièvre>39°C d'apparition brutale + myalgies et signesrespiratoiresEn 6 semaines d’épidémie 1 270 000 consultations MG (1 339 000en 2017 à la même date)

Semaine 3• Incidence = 270 cas / 100 000 habitants seuil épidémique =175• Age médian = 27 ans (1 mois - 92 ans)• Hospitalisation = 0,6% (0,2% en 2017)

https://websenti.u707.jussieu.fr/sentiweb/


Syndromes grippaux - Nb de cas / 100 000 habitants

RéseauSentinelles

2018 semaine 03

https://websenti.u707.jussieu.fr/sentiweb/



Réplicationvirale

Voies aériennessupérieures

Voiesrespiratoiresinférieures

Incubation : 2 j

Portage viral :

1-2 j avant les symptômes4-5 j après le début

des symptômes

Plus importantchez l’ enfant (10 j)

Plus prolongé

chez l’ immunodéprimé(60j)

Histoire naturelle

ET

Contagiosité : période de portage



Symptomatologie• Fièvre > 38°C• Début brutal• Asthénie• Myalgies• Frissons• Céphalées• Toux

• Rhinite

• Expectoration• Pharyngite• Otite• Troubles digestifs

> 80

60 - 80

40 - 60< 20

Syndrome grippal = grippe ou autres virus

Infection à virus Influenza sans syndrome grippal possible

%



Complications

• Patients à risque +++• Pneumonie virale• Pneumonie bactérienne (S pneumoniae, H influenzae, S aureus)

– 1 à 10% des infections symptomatiques

• Bronchiolite• Exacerbation asthme BPCO• Emphysème, pneumothorax• Encéphalopathie, Syndrome de Reye

– Atteinte cérébrale non inflammatoire et atteinte hépatique

– Aspirine non recommandée < 16 ans



Autres virusTraitementsDiagnostic

Binôme 2



Paramyxoviridae

• Virus enveloppés• Génome stable /orthomyxovirus• Glycoprotéines d’enveloppe � Attachement et fusion avec la

membrane cellulaire

Orthopneumovirus



VRS - Pouvoir pathogène

• Incubation 2 à 4 jours• Rhinite 1 à 3 jours � Bronchioloite

– Destruction cellules ciliées– Réponse inflammatoire

• Symptomes + sévères chez les enfants < 2 ans– Rhume– Fièvre (modérée)– Toux sèche– Dyspnée obstructive, polypnée, tirage, sifflements– Perte d’appétit– Otite, troubles digestifs

• Evolution favorable en 10 jours

Obstruction bronchiolaire



Bronchiolite - Epidémiologie

• 450 000 à 500 000 cas / an – France• Transmission aérienne +++• Transmission indirecte

– Survie du virus• 20’: peau,• 60’: vêtements,• 6H : surface non poreuse

➢ Infection nosocomiale



Formes graves

• 0,5-2% hospitalisés pour insuffisance respiratoiregrave– Prématurité– Age < 2-3 mois– Co-morbidité (cardio, respiratoire, Idépression)

• Mortalité– 0,005 à 0,2%– 1-3% des cas hospitalisés

• Adulte immunodéprimé – pneumonie (grippe)• Exacerbations asthme, BPCO



VRS - Epidémie hivernale

Novembre à janvier



• Epidémiologie – Virus ubiquitaire

– Epidémies automno-hivernales

– Séroprévalence >90% des enfants > 5 ans

• Clinique– Infections respiratoires hautes et basses du nourrisson et du jeune enfant– 5 à 15 % des bronchiolites du nourrisson hospitalisées– Pneumopathies sévères chez les personnes âgées et les patients

immunodéprimés

Métapneumovirus humainhMPV



Epidémiologie - France

hMPV < 5 % des pvts respiratoires

hMPV

VRS

Grippe

Rhinovirus



Virus Para-inflenza (PIV)

• PIV-1, PIV-2, PIV-3, PIV-4• PIV-3 (50% infections PIV de l’enfant)

– Endémiques automne � printemps– Bronchiolite, rhinites, laryngites, pneumonies

• PIV-1 (20-30% infections PIV de l’enfant), PIV-2– Epidémies 3-4 sem en automne– Laryngites, trachéites, rhinopharyngites, bronchites, pneumonies

• Patients immunodéprimés– Du portage asymptomatique à la pneumonie



CoronavirusVirus enveloppé ARN+résistant /surface



Epidémiologie

• Séroprévalences élevées• Infections saisonnières• Infections respiratoires hautes et basses• Touchent toutes les tranches d’âge• Du rhume à la pneumonie sévère de

l’immunodéprimé (rare)• Fréquemment associées à un syndrome digestif

Coronavirus ubiquitairesOC43 HKU1 229E NL63



● Apparition du SRAS-CoV en Novembre 2002dans la province du Guangdong puis diffusionmondiale à partir de Hong Kong

● 8000 cas probables � 800 morts

● Transmission inter-humaine interrompue en

juillet 2003 ➢ Reservoir : chauve souris➢ Hôte intermédiaire Civette palmée

SRAS-CoVSRAS - Syndrome respiratoire aigu sévère



MERS-CoV

• Sept 2012, nouveau CoV en Arabie Saoudite et au Qatar �pneumonies sévères

• CoV proche du SRAS-CoV• Fièvre + signes respiratoires � SDRA (syndrome détresse respiratoire

aigue)

• Incubation < 14 jours• Décembre 2017, total de 2103 cas - mortalité 35%• Cas autochtones principalement dans la Péninsule Arabique• Réservoir probable = dromadaires

– Transmission � Homme /gouttelettes/objets contaminés/lait– Transmission interhumaine : Arabie saoudite – République de Corée



Modes de transmission MERS-CoV



Picornaviridae

• Virus nus ARN+• résistant /surface➢ Rhinovirus

3 espèces A, B et C➢ 100 sérotypes

➢ Entérovirus➢ Parechovirus



Epidémiologie –pouvoir pathogène

• Endémique – pic épidémique automne– Rhinite +++– Sinusite– Otite moyenne aiguë– Bronchite, bronchiolite– Exacerbation asthme, BPCO

• Pathogénicité ≠ des espèces A, B et C ?

• Interférence épidémiologique négative avec la grippe



Adénovirus

Virus nuADN

• 7 espèces A-G• > 68 types

Infections respiratoiresEspèces Sérotypes

• B 3, 7, 14, 16, 21, 55• C 1,2, 5, 6, 57• E 4

Fibre

Hexon

Penton base



Adénovirus – infections respiratoires

• 50% asymptomatiques• Fièvre

– Rhinopharyngite– Association Rhinite - conjonctivite– Otite moyenne aiguë– Laryngite– Bronchiolite– Pneumonie (1-3% pneumonies de l’enfant, dont 8% hospitalisées)

• Infections sévères, disséminées chez le patient immunodéprimé,greffé de cellules souches hématopoïétiques +++



GRIPPE – Inhibiteurs de neuraminidase• Inhibition de la coupure des acides sialiques• Absence de relargage des virions• Oseltamivir (Tamiflu®) - Zanamivir (Relenza®)

VRSInhibiteurs de fusion en cours d’évaluation clinique

Traitements

Avec oseltamivir

VirusVirus



Indication du traitement antiviral

Patient avec syndrome grippal caractérisé Et forme grippe sévère ou compliquée :

Situation clinique avec au moins 1 facteur de gravité • T° < 35° ou >38.5 ° malgré antipyrétique,• pulsations > 120,• Fréq resp > 30,• troubles vigilance,• détresse respiratoire

Dans les 48 H suivant le début des symptômesTAMIFLU 75 mg 1 cp matin et soir x 5/j



Prévention

Vaccination➢ Grippe• Vaccin inactivé trivalent• Culture sur oeuf de poule embryonné• Composition modifiée tous les ans

Prévention de la transmission

➢ Masque➢ Lavage de mains➢ Nettoyage des surfaces

A(H1N1) A/Michigan/45/2015 (H1N1)

A(H3N2) A/Hong Kong/4801/2014 (clade 3C.2a)

B Brisbane/60/2008 (lignée Victoria).

2017-2018



Diagnostic virologique - Indications

➢ Formes graves ou chez les personnes à risque➢ Grippe (recommandations du COREB) Groupement de coordination de la gestion du risque épidémiologique et biologiquehttp://www.infectiologie.com/site/medias/alertes/grippe/COREB-Grippe-urgences-15122010.pdf

➢ Bronchiolite à VRS du nourrisson➢ Pneumonies virales de l’immunodéprimé

➢ Adapter le traitement anti-infectieux➢ Mise en œuvre de mesures d’isolement

Infection respiratoire communautaire bégnine = pas de diagnostic virologique



• Détection des antigènes

– Immunochromatographie (tests rapides) � Grippe, VRS– Immunofluorescence � Grippe, VRS, hMPV, PIV

• PCR– Grippe ou Grippe+VRS– Tous les virus séparément– Tous les virus simultanément = Multiplex

Diagnostic virologique - Méthodes

Approfondien ED



Méthodes de prélèvement

• Sécrétions nasales ➢ Aspiration nasopharyngée ➢ Ecouvillonnage nasopharyngé

• Eventuellement– Sécrétions trachéobronchiques– Lavage bronchoalvéolaire



Ecouvillon spécifique + milieu transport viral Nylon floqué – absorption sécrétions +++ Qualité du prélèvement primordiale� Former le personnel aux prélèvements

Ecouvillonnage nasopharyngé


UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects générauxJérôme Le Goff



Qui a une infection à virusrespiratoire aujourd’hui

dans cet amphi ?


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