sommet2016 le déploiement génomique en bovin viande
TRANSCRIPT
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Le déploiement de la génomique en bovin viande
• UMT 3G (INRA, Institut de l’Elevage et Allice).
• APIS-GENE, Charolais France, France Limousin Sélection et France Blonde d’Aquitaine Sélection.
• Sociétés d’exploitation des races Charolaise, Limousine et Blonde d’Aquitaine : Herd-Book Charolais, Charolais Univers, Gènes Diffusion, France Limousin Sélection et France GEN&BLOND.
1
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Le déploiement de la génomique en bovin viandePrésentation de l’outil génomique IBOVAL
UMT 3G :
• INRA : Thierry Tribout, Eric Venot
• Allice : Romain Saintilan, Marine Barbat, Laure Hugues
• Institut de l’Elevage : Philippe Boulesteix, Armelle Govignon-Gion,
Jean Guerrier
2
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geIntroduction
3
Depuis quelques années, nouvelle approche pour estimer
la valeur génétique des animaux : l’Evaluation Génomique
En place chez Bovins Laitiers depuis plusieurs années
Principe :
Index classiqueIndex
Génomique
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
4
Dans les populations allaitantes
françaises
Actions complémentaires
• GPSAB
• DEGERAM
• …
Programmes de recherche
• QUALVIGENE
• GEMBAL
Au cours des dernières années :
Génotypage de plusieurs
milliers d’individus dans
les populations allaitantes
mise en place d’évaluations génomiques
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
5
Les évaluations génomiques IBOVAL
Evaluations Génomiques IBOVAL :
Phase d’études mise en place officielle fin 2015
dans populations Charolais, Limousin, Blonde
Index Génomiques :
• naissance & sevrage ferme
- IFNAIS, CRsev, DMsev, DSsev, FOSsev, ISEVR
- AVel, ALait, MERPsev, IVMAT
• croissance & conformation carcasse jeunes bovins
- ICRCjbf, CONFjbf, IABjbf
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
6
Les évaluations génomiques IBOVAL
1. Principe de l’évaluation génomique
2. Les index génomiques IBOVAL
- comment sont ils calculés en pratique ?
- gains de précision / index IBOVAL classiques
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
7
Principe de l’évaluation génomique
x x x♂
♀♂ ♀
♂♀
Population (race)
Echantillon de la population :
performances et génotypes
= « Population de Référence »
1
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
8
Performance d’unindividu de la
Popul. de Référence~ Moyenne
performance individuelle&
performances des descendants
Génotypes : prélèvement de sang, poils, semence extraction ADN
en laboratoire, on regarde quelle
base est portée par l’individu
= « génotype » de l’individuMarqueur SNP
Performances et Génotypes
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
9
A quoi sert la Population de Référence ?
Génome de l’individu i
chr1 chr2 chr3
Génome de l’individu jchr1 chr2 chr3
Génome de l’individu k
chr1 chr2 chr3
La position des QTL sur les chromosomes et
leurs effets sur les caractères sont inconnus !
Population de Référence
favorable
défavorable
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
10
A quoi sert la Population de Référence ?
Génome de l’individu i Génome de l’individu j Génome de l’individu k
chr1 chr2 chr3 chr1 chr2 chr3 chr1 chr2 chr3
marqueurs
SNP
Population de Référence
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
11
A quoi sert la Population de Référence ?
Génome de l’individu i Génome de l’individu j Génome de l’individu k
chr1 chr2 chr3 chr1 chr2 chr3 chr1 chr2 chr3
Population de Référence
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
12
A quoi sert la Population de Référence ?
estimation de l’effet de chaque marqueur
sur chacun des caractères évalués
Equation de prédiction de la Valeur Génomique Directe « DGV »
Utilisable sur n’importe quel animal génotypé, même s’il
n’appartient pas à la Population de Référence
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
13
Principe de l’évaluation génomique
x x x♂
♀♂ ♀
♂♀
Population (race)
Echantillon de la population :
performances et génotypes
= « Population de Référence »
1
Equations de prédictions des valeurs génomiques
(« effets marqueurs »)
2
Application des équations de prédictions aux génotypes
des reproducteurs et candidats à évaluer
Valeur Génomique Directe « DGV »
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
14
Qualités d’une bonne Population de
Référence
La Population de référence doit être de grande taille
en pratique : plusieurs milliers d’individus nécessaires
sinon, valeur génomique mal estimée pour certains individus
La Population de référence doit être représentative de la
population à évaluer
Les individus de la Population de Référence doivent
(idéalement) avoir un phénotype précis
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
15
Qualités d’une bonne Population de
Référence
Impact de la précision du phénotype des individus de la
Population de Référence :
0
0,2
0,4
0,6
0,8
1
h2=0,9
h2=0,3Individus avec 1
perf. individuelle
Taureaux avec 100
descendants contrôlés
h² = 0,30Précision (CD)
des DGV
Taille de la Population de Référence
D’après Goddard, 2009
reproducteurs avec descendants contrôlés : très importants !
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
16
Taille des Population de Référence
Ensemble des individus disponibles 06/2016
Charolais Limousin Blonde
Indexations Naissance-Sevrage
Effet direct poids-conditions naissance 15 000 6 600 5 600
Effet direct croissance-morpho sevrage 12 500 5 600 2 800 – 3 900
Effet maternel conditions de naissance 5 200 3 300 3 000
Effet maternel croissance au sevrage 4 500 2 400 2 100
Indexations Croissance Conformation Carcasse jeunes bovins
AGA – CONF - PCAR 2 400 1 750 720
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
17
Taille des Population de Référence
Charolais Limousin Blonde
Indexations Naissance-Sevrage
Effet direct poids-conditions naissance ~1 800 ~2 700 ~1 200
Effet direct croissance-morpho sevrage ~1 500 ~2 400 ~1 000
Effet maternel conditions de naissance ~500 ~200 ~200
Effet maternel croissance au sevrage ~450 ~500 ~200
Indexations Croissance Conformation Carcasse jeunes bovins
AGA – CONF - PCAR ~600 ~400 ~300
Pour l’instant, précision modeste des DGV, mais va augmenter !
Taureaux avec nombreux descendants contrôlés 06/2016
Tous les animaux
sont utiles !
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
18
Production des Index Génomiques
Si parents connus & dans
base contrôlée :
Index IBOVAL classiques
Performances et
généalogies
Valeur Génomique Directe
DGV
Information de la
Population de
Référence
toute l’information
disponible est
valorisée
Index Génomique : GEBV = combinaison Index IBOVAL classique
Valeur Génomique Directe
précision GEBV> précision Index IBOVAL classique
> précision Valeur Génomique Directe DGV
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
19
Production des Valeurs Génomiques
En bref …
• Pour tout animal génotypé (veau, taureau, vache) :
Cas 1:
index IBOVAL classique disponible
(individuel ou sur ascendance)
index génomique GEBV,
accompagné d’un CD (précision)
Cas 2:
pas d’index IBOVAL classique
DGV
= « indicateur génomique »
Plus de détails dans la présentation suivante …
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
20
Intérêts des Index Génomiques GEBV
Index Génomiques GEBV plus précis que Index IBOVAL
actuels
• estimation plus précise et plus précoce de la VG qu’avec
index IBOVAL classique, sans avoir à attendre la mise à la
reproduction et le contrôle des 1ers produits
jeune individu (♂ ou ♀) sans descendant contrôlé (veau,
embryon) :
Information de la
Population de
Référence
Performances
et généalogiesInformation supplémentaire
contenue dans génotypes
gain de précision (CD)
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
21
0,00
0,05
0,10
0,15
0,20
0,25
0,30
0,00 0,20 0,40 0,60 0,80 1,00
CD index IBOVAL classique
IFNAIS
ISEVR
IVMAT
MERPsev
Ex : Charolais
veau issu de MN
0,00
0,05
0,10
0,15
0,20
0,25
0,30
0,00 0,20 0,40 0,60 0,80 1,00
CD
_G
EB
V -
CD
_E
BV
po
ly
CD index IBOVAL classique
IABjbf
ICRCjbf
Gains de précision par rapport aux
index IBOVAL classiques
index CD de l’index
IBOVAL classique
CD de l’index
génomique GEBV
IFNAIS 0,30 0,40 (+33%)
ISEVR 0,27 0,33 (+22%)
IVMAT 0,25 0,34 (+36%)
MERPsev 0,20 0,29 (+45%)
+0,10
CD
_G
EB
V –
CD
_IB
OV
AL
cla
ssiq
ue
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
22
Intérêts de la Sélection Génomique
possibilité de mise à la reproduction plus précoce
raccourcissement de l’intervalle entre générations
progrès génétique plus rapide
Intérêt pour caractères exprimés - tardivement
- dans un seul sexe
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
23
Conclusions
mise en place progressive pour autres caractères
et dans autres races
Génotyper des vaches (femelles) pour augmenter la
précision des index aptitudes maternelles !
Gain de précision, qui augmentera avec la taille des
Populations de Référence
continuer à génotyper & mesurer performances !
Eval. Génomiques IBOVAL officielles : depuis fin 2015
Charolais, Limousin, Blonde d’Aquitaine
- Naissance – Sevrage
- Croissance et Conformation Carcasse JB
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Le déploiement de la génomique en bovin viandeValorisation de l’outil génomique GeMBAL IBOVAL génomique
• APIS-GENE
• Charolais France, France Limousin Sélection et France Blonde d’Aquitaine Sélection
• Institut de l’Elevage
24
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geAPIS-GENE mandataire de la
valorisation
• Représente les co-propriétairesdes 4 apports clés :
- Matériel biologique
- Données / BDD / Formules
25
Nouvelle technologie d'évaluation génomique GeMBAL
Formules
Base de Données
Données
• Assure la diffusion de la technologie au travers d’une ou plusieurs Sociétés d’Exploitation contrat de licence
• Gère et perçoit, pour le compte des copropriétaires, les redevances perçues au titre de l’exploitation et :
- les redistribue aux co-propriétaires- réinvesti dans de nouveaux programmes de recherche
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Les bénéficiaires potentiels de valeurs génomiques
26
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
gePopulations ‘cibles’ retenues par chacun
des Organismes de Sélection raciaux pour le calcul des index génomiques
27
Animaux concernés
Charolaise LimousineBlonde
d’Aquitaine
Mâles
Inscrits « race pure certifiée » ou inscriptibles de pères et de mères inscrits « A » au livre généalogique (LG)
D’au moins 9 mois, « certifiables » au LGet soumis au Contrôle des Performances Viande (formule complète VA4)
Soumis à la Certification de la Parenté Bovine (CPB)
Femelles
Des adhérents au Contrôle des Performances Viande (formule complète VA4)
Des adhérents à la Certification de la Parenté Bovine (CPB)
Toutes, aucune restriction
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geDifférés raciaux de publication
pour les mâles • Âge minimal commun aux mâles de la race
Race Blonde d’Aquitaine : 18 mois d’âge, sauf pour les veaux contrôlés en SE-CI
Race Limousine :
28
70 à 130+ CD
- - -à
+++Rien
Moins de 9 mois
De 9 à 24 mois
Plus de 24 mois
Moins de 9 mois
De 9 à 10-11 mois*
Plus de 10-11 mois*
* : animal effectivement mis en contrôle (avec double pesée début)
Restéen
ferme
Passéen
SECI
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
SIG
Mise en œuvre pratique (1/3)
29
ClientPrélèvement/Génotypage
Résultat
IPVgéno‘DGV’
Société d’Exploitation
♀ avec parenté déclarée et résultat de génotypage
Parenté non compatible
etc.
Parenténon
démentieetc.
Conformité demandeHorsCPB
Pas de calcul
Diffusionprivée
INRA-CTIGUMT 3G
* ** *** *********Mauvais
Plutôt mauvais
MoyenPlutôt
bonBon
IPVgéno = Indicateur Précoce de Valeur génomique
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Mise en œuvre pratique (2/3)
30
Client
Prélèvement/GénotypageRésultat
Parentécompatible,
etc.
NOK
Pas de calcul
Conformité demande
Société d’Exploitation
Parenté non compatible
etc.
UMT 3G
Filiation pasnécessairement
certifiée SIG
Index‘poly’
pour lecaractère
+
DGV
♂/♀ avec parenté
déclarée et résultat de génotypage
Diffusionprivée
‘DGV’ ‘GEBVprov’+CD
IPVgéno
INRA-CTIG
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Mise en œuvre pratique (3/3)
31
SIGClient
Prélèvement/GénotypageRésultat
OKGEBV+CD
Parentécompatible,
etc.
Pas de calcul
Conformité demande
Société d’Exploitation
Parenté non compatible
etc.
Filiationcertifiée
SIG
Indexpoly. (EBV)
pour lecaractère
+
DGV
♂/♀ avec parenté
déclarée et résultat de génotypage
Publicationofficielle
‘immédiate’ou différée
Publicationofficielle
UMT 3G INRA-CTIG
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geRefonte des règles de publication des
index avec l’arrivée de la génomique (1/2)
• Dans un souci de simplification et d’harmonisation
Un maximum de critères (CD) communs entre évaluations
Déconnexion complète des index naissance-vêlagede tout autre index pour publication
ISEVR demeure la « pierre angulaire » des diffusions pour les éleveurs au moins au CPV en VA4
Dès qu’ISEVR est publiable les autres index de sélection le sont s’ils respectent leurs propres règles de diffusion
Maintien de la différence d’expression des index en fonction de leur grande comparabilité au niveau racial
32
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geRefonte des règles de publication des
index avec l’arrivée de la génomique (2/2)
• Plus particulièrement pour les index IBOVAL enrichis d’informations du génomeFemellesAucune contrainte particulière de publication
MâlesAucune contrainte de performance de descendant prise en compte dans les indexations mais une précision minimale (CD) nécessaire pour chaque index
• Notion de différé ‘Client’Le différé ‘Client’ consiste, au-delà du différé racial, à pouvoir retarder la diffusion officielle des index, ceci pendant un maximum de180 jours
Applicable pour les mâles et femelles
Peut être levé par le ‘Client’ à tout moment
33
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Le déploiement de la génomique en bovin viandePrésentation de l’offre en Charolais du Herd-Book Charolais
• Herd-Book Charolais
34
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
photo
photo
PERFORMANCES
SAVOIR-FAIRE
INNOVATION
35
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geUNE OFFRE RECONNUE
PAR TOUS LES ACTEURS DU MONDE DE L’ÉLEVAGE
DEPUIS 2009, RÉALISÉE DE FAÇON COLLECTIVE :
FRANCE GÉNÉTIQUE ÉLEVAGE
LES RÉSULTATS SONT CALCULÉS PAR
LES RÉGLES DE PUBLICATIONSONT DÉFINIES PAR
L’INRA
36
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
** si père et mère connus en SNP
Les Index Génomiques
(GEBV)
La Certification Race Pure Certifiée*
La Vérification de Compatibilité Génétique**
UNE OFFRE UNIQUE:4 SERVICES INCLUS DANS LE TARIF
1 2 3
Recherche des caractères
culard et sans corne
4
* Si animal inscriptible
37
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Index Génomique : Combinant les valeurs polygéniques & génomique directe
NAISSANCE:IFNAIS
LAIT:ALAIT
VÊLAGE:AVEL
MORPHOLOGIE CROISSANCE
IDENTIFIER LES MEILLEURSREPRODUCTEURS
DEV MUSCULAIRE- DEV SQUELETTIQUEPOTENTIEL DE CROISSANCE
FINESSE D’OS
QUALITÉS MATERNELLES
+ le gène Culard + le gène Sans Corne la filiation+ + + BVD proposé en option
38
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
l’éleveur restemaître et libre
de sa génétique !Pas d’obligation de
signer de contrat en préambule.
Le résultat est directement restitué et
l’éleveur en reste le seul propriétaire.
Il décide de l’avenir de l’animal sans aucune
clause exigée par le HBC.
LES GARANTIES HBC
LES RÉSULTATS SONT LA PROPRIÉTÉ DE L’ÉLEVEUR
OBTENTION DES RÉSULTATS SANS DIFFÉRÉ EN MOINS DE DEUX MOIS
L’INTERPRÉTATION DES RÉSULTATS PAR L’EXPERT HBC
39
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
UN PRÉLÈVEMENT À TOUT MOMENT...PAR L’EXPERT RACIAL HBC
OU PAR L’ÉLEVEUR**
• Sous réserve de l’obtention d’un agrément auprès de son EDE.
COMMENT ?
40
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geLA TRANSMISSION DES RÉSULTATS
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
42
Prix * proposé à l’unité Inscription incluse
pour les animaux inscriptiblesPrix groupé
MÂLE 120 €
FEMELLE93 €
10 FAITES = 1 GRATUITE (84.50€ /génotypage)
COUPLE209 €
Meilleur Prix du Marché
LES TARIFS HBC
* En option BVD au tarif de 5 euros HT/ animal. * + 19€ par parent inconnu en SNP
• OFFRE DE LANCEMENT 2016
Nouvel Adhérent HBC et AJEC: lors de la 1ère commande, remise de 10% sur les 10ers génotypages
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Le déploiement de la génomique en bovin viandePrésentation de l’offre en Charolais de Charolais Univers
• Charolais Univers
43
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Offre génotypage Charolais Original
•Une marque pour une offre complète
•Du prélèvement aux résultats
•1er bilan 2016
44
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Une marque pour une offre complète
• Une marque Charolais Original utilisée par les coopératives adhérentes et les distributeurs.
• Une offre complète
Filiation
Gènes d’intérêts
Indexation IBOVAL génomique utilisant la technologie Gembal
45
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Une marque pour une offre complète
• Identification des gènes d’intérêts
Gène Culard
Gène Sans Cornes
Anomalies génétiques Ataxie progressive du charolais
Blind
DEA (sans poils et sans dents)
46
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geDu prélèvement aux résultats
• Exemple de protocole pour un mâle *
47
PrélèvementGénotypage
des GI
Mâle porteur
(homo ou hétéro)
sur au moins 1
anomalie
Pas de
génotypage
GEMBAL
Génotypage
GEMBAL
Mâle non
porteur
d’anomalies
Transmission des
résultats
(Filitaion +GI)
Transmission
des résultats
( Filiation + GI
+GEMBAL)
* : A compter du 1/11/2016
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geDu prélèvement aux résultats
• Fiche résultats XPERF Manager
48
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Du prélèvement aux résultats
• Tarification 2016/2017 *
49
* : A compter du 1/11/2016
Quantité de génotypages (par commande) 1 à 9 10 à 24 25 et +
Gènes d'intérêts seuls + filitation
(Ataxie + Blind + DEA + SC + Mh)47 € 47 € 47 €
Mâles (54 k) (GI + GEMBAL + filiation) 129 € 109 € 95 €
Femelles (10k) (GI + GEMBAL + filiation) 69 € 59 € 56 €
Si mâle vierge d'anomalie ou femelle non homozygote porteuse alors indexation GEMBAL automatique
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge1er bilan 2016
• 2744 génotypages réalisés à fin septembre 2016
50
752
431
3351226
Mâles Femelles
Schéma CH UNIVERS Grands Comptes
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Le déploiement de la génomique en bovin viandePrésentation de l’offre en Charolais de Gènes Diffusion
• Gènes Diffusion
51
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
« L’évaluation génomique pour tous »
• Historique
• Offre Génomique Gènes Diffusion
52
Juin-2009 Création de la plateforme Génomique GD Scan
Sept-2010 Démarrage du programme de recherche Vache/Veau
Juin-2014 Offre de Génotypage GD Scan 38
Oct-2015 Offre de Génotypage GD Scan 38 + Evaluation Génomique IBOVAL
Fev-2016 Offre VCG
Juin-2016 Nouveaux index GD Scan
11 969 animaux indexés
+ 4213 animaux indexés
VCG 1299 animaux filiés
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Offre
53
6 index Production
9 index Morphologie
au sevrage
2 index Comportement
4 index Morphologie post-sevrage
21 index génomiques
(dont 15 de différenciation)
2 Gènes d’intérêts
Identification Génétique (200 SNP)
Gène Culard (Mh / +)Gène Polled (P / +)
Population Cible:
Tous les animaux CHAROLAIS
(code 38 )
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Offre
54
12 index génomiques
Population Cible définie par
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geOffres Complémentaires:
Identification Génétique, Vérification de Compatibilité Génétique, Gène Mh
55
Plateforme
Identification Génétique
Vérification de
Compatibilité Génétique
Gène Culard (Mh)
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geTarification des Offres
56
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
• Témoignage de Jean-Pierre LETHENET (Eleveur Charolais dans
l’Ain)
GAEC de l’ALLIANCE
80 vêlages d’automne
91 GDScan Femelles réalisés
57
Les 1ères confirmations
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
58
Questions ?
Merci de
votre
attention
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Le déploiement de la génomique en bovin viandePrésentation de l’offre en Limousin de France Limousin Sélection
• France Limousin Sélection et Ingenomix
59
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geUne offre de service complète
Un seul échantillon pour un service complet :
• IngenomiX est officiellement habilitée par FGE pour réaliserdes profils ADN et rendre des VCG. Les données sonttransmises au SIG.
• Calcul des index génomiques officiels par l’INRA.
• Evaluation de la valeur génomique pour 7 caractères : FN,CR, DM, DS, FOS, AL, AV.
• Recherche du gène culard : mh.
• Recherche du gène sans corne en option.
60
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geUne offre de service complète
61
FEMELLEMÂLE
Résultat IBOVAL
génomique selon
éligibilité.
G
E
M
B
A
L
D
G
V
Score génomique
sur 10.
FNCRDMDS
FOSALAV
MH
Gène culard inclus
+/- HP
Sans corne en option
Profil ADN
+ Filiation incluse
7 Caractères inclus dans
l’outil
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geUne offre originale
62
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geUne offre originale
63
Scores
génomiques de
l’animal, de 1 à 10Scores pour lesquels les animaux sont en
moyenne à 100 en IBOVAL
=> Déterminez si l’animal sera améliorateur ou
non sur ce caractère
Visualisation
graphique des
résultats
=> Repérez en un
coup d’œil les
points forts et les
points faibles de
votre animal
Informations sur
l’animal
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Le meilleur rapportqualité / prix
64
Evaluations génomiques Filiation Mutations
EVALIM complet 7 caractères.
EVALIM Modulo 2 caractères.
+ Recherche mutations en option.
Recherche culard et sans corne
Evaluations génomiques
Test mâle 199 € -
Test femelle 89 € 55 €
1 caract. supp - + 8 € - -
Filiation
Filiation Inclus - 5 € -
Profil ADN Inclus + 10 € 20 € -
Profil ADN + Filiation inclus + 15 € 25 € -
Mutations
Caractère "Culard" inclus + 8 € +5 € 22 €
Caractère "Sans corne" + 10 € + 10 € +5 € 22 €
Culard + "Sans corne" - + 15 € 10 € 27 €
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
geUn service opérationnel
• Un service de qualité :
Une équipe disponible à votre écoute pour toutes questionsconcernant :
- les VCG : les prélèvements, le profil ADN, les filiationsincompatibles,
- les évaluations génomiques, l’interprétation des résultats…
• Un service efficace :
Des résultats depuis 2011 avec des délais de traitement de 2à 3 mois.
• Un service accessible à tous :
Un réseau de distributeurs sur tout le territoire.
Pour nous contacter : www.ingenomix.fr
65
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Le déploiement de la génomique en bovin viandePrésentation du service de génotypage BLOND
• SAS France GEN&BLOND – France Blonde d’Aquitaine Sélection -AURIVA
66
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
67
Offre raciale au service des éleveurs
•Outil à la disposition de tous :Population cible large
•Diffusion d’un outil génomique au plus près des préoccupations des éleveurs : Intégration de la Filiation et des Gènes d’Intérêt
•Valorisation de la participation au phénotypage :Remise aux éleveurs en VA4
•Des précautions techniques :Différé racial pour les mâles jusqu’à 18 mois
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
68
Constitution de l’offre
• Mâles (Puce MD):
Kit de base : VCG + Tests : 90€ Réduc de 30€ pour les mâles filiés + résultat de transloc 1/29 connu + en VA4 (=> “Rattrapage Axono” possible si participe à la pop de rèf) – Valable jusqu’au 31/05/2017
Option indexation (à partir de 18 mois) : +160€ (réduc 40€ si VA4)
• Femelles (Puce LD):
VCG + Tests + Index : 90€ (réduc 20€ si VA4)
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
69
Tests kit BlondoTyp
• Tests sur haplotypes :
Axonopathie
Translocation 1/29
• Tests sur mutation :
Gène de Muscularité Blonde
Gène de coloration de robe
Gène Polled
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
70
Service de Génotypage
• Piloté par SAS Gen&Blond
• Exclut les mâles candidats au programme de sélection
• S’appuie sur un réseau de distributeurs locaux ou vendeurs “agréés”
• Contact : [email protected], France Blonde d’Aquitaine Sélection, AURIVA
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
71
So
mm
et
de
l’E
leva
ge
20
16
-L
es c
on
fére
nce
s d
e l’In
stitu
t d
e l’E
leva
ge
Merci de votre attention
Venez échanger avec nos
ingénieurs
Hall 1, stand C77
Retrouvez les diaporamas de nos
conférences sur
idele.fr
72